Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Картирование генома человека с помощью флюоресцентной in situ гибридизации

ВАК РФ 03.00.15, Генетика

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Воробьева, Надежда Валентиновна

Список сокращений.стр.

Введение.

Глава 1. Обзор литературы.

1.1. Структура и функции метафазных бэндов.

1.1.1. Виды хромосомного бэндинга.

1.1.2. Уровни разрешения хромосомного бэндинга.

1.1.3. Мозаичная структура генома, изохоры, композиционное картирование.

1.1.4. Распределение повторов.

1.1.5. Распределение генов, CpG островки.

1.1.6. Организация хроматина в интерфазе и метафазе.

1.1.7. Транскрипция.

1.1.8. Репликация.

1.1.9. Рекомбинация.

1.1.10. Эволюционные аспекты композиционной мозаичности.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Картирование генома человека с помощью флюоресцентной in situ гибридизации"

Актуальность проблемы. Картирование генома человека - одно из самых актуальных направлений молекулярной биологии, на разработку которого нацелены крупные международные и Российские программы, -связано, в первую очередь, с поиском генов, ответственных за различные наследственные и онкологические заболевания.

Из 64000-100000 генов, содержащихся в геноме человека, в настоящее время картировано только несколько тысяч. Это связано с тем, что основная часть генов экспрессируется только в определенных тканях и на определенных этапах развития, что существенно затрудняет их поиск. Идентификация генов при тотальном клонировании и секвенировании генома также встречает определенные трудности: большая часть генов (около 60 %) кластеризована в определенных местах хромосом (так называемые Т и R бэнды метафазных хромосом), структурные особенности которых препятствуют их клонированию. В настоящее время из 59 наиболее обогащенных генами бэндов только 20 полностью покрыты YAC контигами [Saccone et al., 1996]. Поэтому наряду с крупномасштабным картированием генома и работами по клонированию кДНК библиотек (EST - проект), в последнее время интенсивно развиваются методы поиска генов, использующие такую особенность организации Т бэндов, как их насыщенность CpG островками (CpG островки - короткие, неметилированные области генома, обогащенные динукпеотидом CpG, с которыми связаны промоторные области большинства генов млекопитающих). Одной из характеристик CpG островков является их обогащенность сайтами редкощепящих рестриктаз.

Использование "связующих" (linking) и "прыжковых" (jumping) библиотек, клоны которых содержат сайты редкощепящих рестриктаз, позволяет не только картировать гены, но и определять взаиморасположение клонов и расстояние между ними, т.е. строить контиги интересующих районов, а в более широком плане - интегрировать генетические и физические карты хромосом.

Модификация метода получения Not! linking и jumping библиотек и конструирование серии новых векторов позволили Забаровскому с соавт. [Zabarovsky et al. 1990, Zabarovsky et al. 1991, Zabarovsky et al. 1993] существенно повысить эффективность и качество клонирования и получить набор Notl библиотек, содержащих фрагменты ДНК хромосомы 3 человека. Известно, что эта хромосома несет несколько пока не идентифицированных генов, контролирующих развитие опухолей: хромосомные перестройки короткого плеча в районах 3р13-р21.1, 3р21.2-р21.3, Зр25-р26 были обнаружены при карциномах почек, легких, гортани, груди, яичников, семенников и при злокачественной мезотелиоме [Kok et al., 1997, Van den Berg et al., 1997], a делеции и инверсии в области 3q21-q26 сопровождают различные типы лейкемий и миелодисплазий [Mitelman et al., 1997].

Цель и задачи исследования. Настоящая работа является частью проекта, цель которого - построить физическую карту хромосомы 3 человека на основе Notl "связующих" и "прыжковых" библиотек. Работа осуществлялась совместно с Каролинским институтом (Стокгольм) в рамках программы "Геном человека". Основные задачи состояли в следующем:

1. Выделение и анализ индивидуальных клонов из хромосом-специфических библиотек.

2. Частичное секвенирование районов, прилегающих к Notl сайтам, для отбора уникальных клонов и поиска гомологии с известными генами.

3. Картирование всех индивидуальных клонов на метафазных хромосомах человека с помощью FISH.

4. Исследование возможности применения Notl linking клонов для сравнительного картирования геномов млекопитающих.

5. Отдельной задачей данной работы являлась локализация ряда новых генов и ДНК последовательностей, выделенных в различных лабораториях, в процессе выполнения исследований по программе "Геном человека".

Научная новизна и Практичёская ценность работы. В процессе работы выделено 136 уникальных Notl linking клонов, из которых 132 клона тонко локализованы на хромосоме 3 человека. Превращение Notl linking клонов в STS путем секвенирования Notl-фланкирующих районов и их локализация на цитогенетической карте хромосом с помощью флюоресцентной in situ гибридизации позволяет упорядочить сайты, расположенные на значительном расстоянии друг от друга, т.е. построить Notl-карту. Полученная карта является в настоящее время наиболее полной из известных Notl-карт третьей хромосомы человека.

Исследовано распределение Notl сайтов по хромосоме и показана корреляция распределения Notl сайтов и генов. Показано, что большинство локализованных уникальных Notl linking клонов гомологичны генам или анонимным экспрессирующимся последовательностям, значительная часть которых до сих пор не была картирована. Это позволит использовать в дальнейшем полученные Notl-STS в качестве генных маркеров при интеграции генетической и физической карт третьей хромосомы, а также для поиска новых генов.

Проведенные эксперименты по использованию Notl linking клонов для локализации гомеологичных районов хромосомы 3 человека и хромосомы 13 свиньи показали перспективность их применения в качестве зондов в работах по сравнительному картированию геномов млекопитающих.

Представленные данные по локализации Notl linking клонов были использованы сотрудниками Каролинского института для поиска Notl jumping клонов и построения контиг района 3р21.3 [Kashuba et al., 1995], в котором предполагается присутствие гена-супрессора карциномы клеток почек.

Апробация работы. Основные результаты диссертации докладывались на конференциях по программе "Геном человека" (1993-1999гг.) и на отчетной сессии Института цитологии и генетики (1999г.)

Вклад автора. Из 900 исследованных клонов автором выделено и проанализировано около 300. Частичное секвенирование выделенной плазмидной ДНК, отбор уникальных клонов и компьютерный поиск гомологии с известными генами и кДНК клонами выполнены сотрудниками Каролинского институтита, а также в Институте молекулярной биологии (Москва) и в НПО «Вектор» (Новосибирск). Выделение ДНК уникальных клонов, синтез меченых зондов и флюоресцентная in situ гибридизация сделаны автором. GTG окрашивание и идентификация хромосомных районов человека и свиньи выполнены А.С. Графодатским и А.И. Протопоповым.

Публикации. По теме диссертации опубликовано 11 статей.

Заключение Диссертация по теме "Генетика", Воробьева, Надежда Валентиновна

ВЫВОДЫ

1. Проанализировано около 900 клонов из пяти NotI linking библиотек, содержащих фрагменты ДНК хромосомы 3 человека и выделено 136 уникальных клонов.

2. Проведена локализация 132 NotI linking клонов на хромосоме 3 человека методом флюоресцентной in situ гибридизации, в основном, с точностью до одного бэнда при уровне разрешения около 500 бэндов на гаплоидный геном.

3. Показано, что большинство локализованных NotI linking клонов содержит фрагменты генов и анонимных кДНК клонов. 14 генов картированы нами впервые.

4. Показано, что распределение NotI сайтов по хромосоме 3 коррелирует с распределением генов, а максимумы концентраций приходятся на Т бэнды Зр25, 3р21.3, 3q21, 3q29.

5. Показана перспективность использования NotI linking клонов в качестве зондов для сравнительного картирования геномов млекопитающих.

6. Локализован на метафазных хромосомах человека ряд новых генов и ДНК-фрагментов: кератино-подобный ген К51 (9q21), проба рН2-42 (13q14-q21), гены рибосомных белков RPL11 (1р36.1-р35) и RPL32 (3q13-q21 основной сигнал и, дополнительно, в районах 9q13-q21 и 18q23).

7. Показана принципиальная возможность использования метода переаминирования для получения гибридизационных зондов на примере картирования гена соматомаммотропина и уточнена локализация гена соматомаммотропина (17q22). клонов из набора в 150 и 200 независимых клонов за N шагов с помощью численного моделирования, (предоставлены П.В. Воробьевым). Вероятность приведена в десятках процентов (например, «4» - означает 40 %, «а» соответствует 100 %).

3.3. Заключение

Идея превращения Notl linking клонов в STSs, реализованная в данной работе, привела к созданию представительной Notl карты хромосомы 3 человека. Из 900 проанализированных клонов выделено 136 уникальных и 132 клона, несущие вставки более 2 т.п.н., локализованы с помощью FISH с точностью (в основном) до одного бэнда при уровне разрешения около 500 бэндов на гаплоидный геном. В методическом плане это потребовало модификации способа выделения клонов и разработки метода получения Coti ДНК человека.

Сравнение различных методов картирования - с помощью FISH, PCR-маркеров и блот-гибридизации на ДНК панелей гибридных клеток в параллельных экспериментах - показало, что наиболее четкую локализацию демонстрирует FISH. Из 132 клонов 127 дали единственный сигнал, клон 924021 локализован на четырех парах хромосом и несет, возможно, фрагмент гена, принадлежащего к какому-то семейству, 4 клона имеют двойной сигнал на Зр и 3q, причем только 3 из них могут быть химерными, т.к. не имеют гомологов.

В совокупности с 16 уникальными Notl jumping клонами (картирование которых не рассматривалось в данной работе) полученные 152 клона составляют около 60 % от теоретически рассчитанного количества Notl сайтов для третьей хромосомы человека. Несмотря на потери (возможные причины которых - утрата при клонировании коротких фрагментов и метилирование Notl сайтов), полученная нами карта Notl-STS является в настоящее время наиболее полной и точной. Notl карта третьей хромосомы, полученная другими авторами [Gemmill et al., 1995] включает меньшее число клонов, основная часть которых не секвенирована, и содержит некоторые ошибки [Kashuba et al., 1997].

Представленные результаты по локализации Notl linking клонов были использованы сотрудниками Каролинского института для поиска Notl jumping клонов и построения контиг района 3р21.3 [Kashuba et al., 1995], в котором предполагается присутствие гена-супрессора карциномы клеток почек.

Как и ожидалось, распределение Notl сайтов коррелирует с распределением генов (рис. 10), и максимумы концентраций совпадают с наиболее ген-богатыми Т бэндами: Зр25, 3р21.3, 3q21 и 3q29. Это дает возможность использовать Notl linking клоны при построении физических карт данных районов (не покрытых полностью YAC контигами) в сочетании с библиотеками, полученными на основе других векторов, либо с помощью пульс-электрофореза, а также для поиска новых генов. Более того, анализ гомологии Notl-STS с последовательностями, имеющимися в доступных базах данных, показал, что большинство Notl linking клонов несут фрагменты генов и/или анонимных кДНК клонов, многие из которых до сих пор не были картированы (табл. 7).

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Воробьева, Надежда Валентиновна, Новосибирск

1. Билтуева Л.С., Рубцов Н.Б., Сердюкова Н.А., Воробьева Н.В., Кафтановская Е.М., Ян Фентан, Забаровскии Е.Р., Графодатскии А.С. Возможности анализа макроэволюционных преобразовании хромосом млекопитающих // Генетика,- 1997,-Т. 33(8).-с. 1094-1101.

2. Графодатский А.С., Раджабли С.И. Хромосомы сельскохозяйственных и лабораторных млекопитающих//Новосибирск: Наука,-1988.- 128 с.

3. Забаровский Е.Р., Домнинский Д.А., Киселев Л.Л. Физическое картирование генома человека: на пути к выработке оптимальной стратегии // Молекулярная биология,- 1994.-Т.28, N.6.- Р. 1231-1244.

4. Козырев С.В. CpG островки как инструмент поиска новых генов: клонирование, анализ экспрессии, экзон-интронная структура и хромосомная локализация гена LKLF человека //Автореф. дис.канд. биол. Наук: 03.00.03. М.: ИМБ, 1999.

5. Коллинз Ф. Анализ генома. Методы / Под ред. Дейвиса К., // М., Мир.- 1990.-с. 95-122.

6. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Д. Молекулярное клонирование // М.: Мир, 1984.

7. Antequera F., Bird A. Number of CpG islands and genes in human and mouse // Pros. Natl. Acad. Sci USA.- 1993,-V90.- P. 11995-11999.

8. Antequera F., Boyes J., Bird A. High levels of de novo methylation and altered chromatin structure at CpG islands in cell-lines // Cell.- 1990,- V. 62.- P. 503-514.

9. Ainscough J.F., John R.M., Surani M.A. Mechanism of imprinting on mouse distal chromosome 7 // Genet. Res.- 1998,- V. 72, N.3.- P. 237-245.

10. Aota S., and Ikemura T. Diversity in G+C content at the third position of codons in vertebrate genes and its cause // Nucl. Acids Res.- 1986,- V,-14,- P. 6345-6355.

11. Berezney R., and Coffey D.S. Identification of a nuclear protein matrix // Biochem. Biophys. Res. Commun.- 1974,-V. 60,- P. 1410-1417.

12. Bernardi G. The vertebrate genome: isochores and evolution // Mol. Biol. Evol.-1993,-V. 10,-P. 186-204.

13. Bernardi G. // Isochores and the evolutionary genomics of vertebrates // Gene.-2000,-V. 241,- P. 3-17.

14. Bickmore W., Sumner A. Mammalian chromosome banding an expression of genom organization // Trends Genet.-1989.- V. 5.-P. 144-148.

15. Bickmore W.A., Carothers A.D. Factors affecting the timing and imprinting of replication on a mammalian chromosome // J. Cell Sci.-1995.- V. 108.- P. 28012809.

16. Bird A. CpG islands as gene markers in the vertebrate nucleus // Trends in Genetics.-1987.-.V. 3, N.12.-P. 342-347.

17. Bird A., Taggart M., Frommer M., Miller O.J., Macleod D. A fraction of the mouse genome that is derived from islands of nonmethylated, CpG-rich DNA // Cell.-1985,-V. 40,- P. 91-99.

18. Boulikas T. Chromatin domains and prediction of MAR sequences // International Review of Cytology.- 1995,-V. 162А,- P. 279-388.

19. Boy de la Tour E. and Laemmli U.K. The metaphase scaffold is helically folded: sister chromatids have predominantly opposite helical handedness // Cell.- 1988,-V. 55,- P. 937-944.

20. Boyle A.L., Ballard S.G., Ward D.C. Differential distribution of long and short interspersed element sequences in the mouse genome: chromosome karyotyping by fluorescence in situ hybridization // Pros. Natl. Acad. Sci USA.- 1990,- V. 87,-P. 7757-7761.

21. Bridger J.M., Bickmore W.A. Putting the genome on the map // Trends in Genetics.- 1998.-.V. 14, N.10.-P. 403-409.

22. Britten R.J., Graham D.E., Neufeld B.R. Analisis of repeating DNA sequence by reassociation // Methods in enzymology. N.Y.I.: Acad.Press.- 1974,- V. 29.- part E.- P. 363-419.

23. Burke D.T., Carle G.F., Olson M.V. Cloning of large segments of exogenous DNA into yeast by means of artificial chromosome vector // Science.- 1987,- V. 236.- P. 806-812.

24. Camargo M., Cervenka. J. Patterns of chromosomal replication in synchronized lymphocytes. 1. Evaluation and application of methotrexate block // Hum. Genet.-1980.-V. 54,- P. 47-53.

25. Cavalier-Smith T. Eukariote gene numbers, non-coding DNA and genom size // In: Cavalier-Smith T. (Ed.), The Evolution of Genom Size, Willey, London,1985.-P. 69-103.

26. Cedar H. DNA methyiation and gene activity. // Cell.- 1988,- V. 53,- P. 3-4.

27. Chandley A.C. A model for effective pairing and recombination at meiosis based on early replicating sites (R-bands) along chromosomes // Hum. Genet.-1986,- V. 72.- P. 50-57.

28. Chen T.L., Manuelidis L. SINEs and LINEs claster in distinct DNA fragments of Giemsa band size // Chromosoma.- 1989,- V. 98, N.5.- P. 309-316.

29. Chumakov I.M. and 60 other authors. A YAC contig map of the human genome // Nature.- 1995,-V. 377(suppl.).- P. 175-297.

30. Collins F., Weissman S. Direction cloning of DNA fragments at a large distance from an initial probe: a circularisation method // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.-1984.-V. 81,- P. 6812-6816.

31. Collins F., Drumm M., Cole J., Lockwood W., Vande Woude G.,Lannuzzi M. Construction of a general human jumping library with application to cyclic fibrosis // Science.- 1987,- V. 235,- P. 1046-1049.

32. Comings D.E. Mechanisms of chromosome banding and implication for chromosome structure //Annu. Rev. Genet.- 1978,- V. 12,- P. 25-46.

33. Cooper D.N. Mapping the human genome // Ann. Genet.- 1994,- V. 37,- P. 101112.

34. Craig J.M., Bickmore W.A. Chromosome bands flavours to savour // BioEssays.- 1993,- V. 15,- P. 349-354.

35. Craig J.M., Bickmore W.A. The distribution of CpG islands in mammalian chromosomes // Nature Genet.-1994.- V. 7,- P. 376-382.

36. Cross S.H., Bird A.P. CpG islands and genes // Current Opinion in Genetics and Development.-1995.- V. 5,- P. 309-314.

37. De Sario A., Geigl E., Palmieri G., D'Urso M., and Bernardi G. A compositional map of human chromosome band Xq28 // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1996.-V. 93,- P. 1298-1302.

38. Dhar V. , Skoultchi A.I., Schildkraut C.L. Activation and repression of a beta-globin dene in cell hybrids is accompanied by a shift in its temporal replication // Mol. Cell Biol.- 1989,- V. 9, N.8.- P. 3524-3532.

39. Donev R.M., Djondjurov L.P. Macromolecular and ultrastructural of the mitotic chromosome scaffold // DNA Cell Biol.- 1999,- V. 18, N.2.- P. 97-105.

40. Drouin R., Boutouil M., Fetni R., Holmquist G.P. Scott P. , Richer C-L. Lemieux N. DNA replication asynchrony between the paternal and maternal alleles of imprinted genes does not straddle the R/G transition // Chromosoma.-1997.- V. 106,- P. 405-411.

41. Drouin R., Holmquist G.P. Richer C-L. High-resolution replication bands compared with morphologic G- and R-bands // AdV. Hum. Genet.-1994,- V. 22.-P. 47-115.

42. Drouin R., Lemieux N., Richer C-L. Analysis of DNA replication during S-phase by means of dynamic chromosome banding at high resolution // Chromosome.-1990,-V. 99,- P. 273-280.

43. Drouin R., Lemieux N., Richer C-L. Chromosome condensation from prophase to late metaphase: Relationship to chromosome bands and their replication time // Cytogenet. Cell Genet.- 1991,- V57.- P. 91-99.

44. Dutrillax В., Counturier J., Richer C-L., and Viegas-Peguinot E. Sequence of DNA replication in 277 R- and Q-bands of human chromosomes using a BrdU treatment //Chromosoma.-1976,- V. 58,- P. 51-61.

45. Edmondson D.G.,Roth S.Y. Chromatin and transcription // The FASEB Journal.-1996,- V. 10,- P. 1173-1182.

46. Efstratiadis A. Parental imprinting of autosomal mammalian genes //. Curr. Opin. Genet DeV. 1994,-V. 4,- P. 265-280.

47. Ehrlich M., Wang R.Y. 5-Methilcytosine in eukaryotic DNA // Science.- 1981,- V. 212(4501).- P. 1350-1357.

48. Federico С., Saccone S., and Bernardi G. The gene-richest bands of human chromosomes replicate at the onset of the S-phase // Cytogenet. Cell Genet.-1998,-V. 80,- P. 83-88.

49. Fields C. Adams M.D., White O., Venter J.C. How many genes in the human genome? // Nature Genet.-1994.- V. 7,- P. 345-346.

50. Filipski J. Correlation between molecular clock ticking, codon usage, fidelity of DNA repair, chromosome banding and chromatin compactness in germline cell // FEBS LETTERS.-1987,- V. 217, N.2.- P. 184-186.

51. Frank D., Keshet I., Shani M., Levine A., Razin A., Cedar H. Demethylation of CpG islands in embrionic cells // Nature.-1991.- V. 351.- P. 239-241.

52. Gardiner K., Aissani В., and Bernardi G. A compositional map of human chromosome 21 // EMBO J.-1990.-V. 9, N.1.- P. 25-34.

53. Gardiner-Garden M., and Frommer M. CpG islands in vertebrate genomes // J. Moi. Biol.-1987,- V. 196,- P. 261-282.

54. Gemmill R.M., Chumakov I., Scott P. , et al. A second-generation YAC contig map of human chromosome // Nature.- 1995,- V. 377,- P. 299-319/

55. Giacalone J., Friedes J., and Franke U. A novel GC-rich human macrosatellite VNTR in Xq24 is differentially methylated on active and inactive X chromosomes // Nature Genetics.- 1992,- V. 1.- P. 137-143.

56. Green E., Green P. Sequence-tagged site (STS) content mapping of human chromosomes: theoretical considerations and early experiences // PCR Methods Appl.-1991,-V. 1,- P. 77-90.

57. Gregory P. D., Horz W. Chromatin and transcription. How transcription factors battle with a repressive chromatin environment // Eur. J. Biochem.- 1998,- V. 251,- P. 9-18.

58. Hatada I., Kitagava K., Yamaoka Т., Wang X.D., Arai Y., Hashido H., Ohishi S., Masuda J., Ogata J., Mukai T. Allele-specific methylation and expression of an imprinted U2af1-rs1 (SP2) gene// Nucleic Acids Res.-1995.- V. 23.- P. 36-41.

59. Hatton K.S., DharV. , Brown E.H., Iqbal M.A., Stuart S., Didano V. Т., Schildkraut C.L. Replication program of active and inactive multigene families in mammalian cells // Mol. Cell Biol.- 1988- V. 8,- P. 2149-2158.

60. Hilcs R., Muhlig P. , and Claussen U. The nature of G-bands analyzed by chromosome stretching // Cytogenet. Cell Genet.-1997.- V. 79,- P. 162-166.

61. Hino O., Testa J.R., Buetow K.H., Taguchi Т., Zhou J.Y., Bremer M., Bruzel A., Yeung R., Levan G., Levan K.K. Universal mapping probes and the origin of human chromosome 3. // Proc Natl Acad Sci.- 1993,- V. 90,- P. 730-734

62. Holberg M., Johnasson. Preferential location of X-ray induced chromosome breakage in the R-bands of human chromosomes // Hereditas.- 1973,- V. 74.- P. 57-68.

63. Holmquist G.P. Chromosome bands, their chromatin flavor, and their functional features//Am. J. Hum. Genet.-1992.-V. 51,- P. 17-37.

64. Holmquist G.P. Role of replication time in the control of tissue-specific gene expression//Am. J. Hum. Genet- 1987,-V. 40,- P. 151-173.

65. Hudson T.J., Stein L.D., Gerety S.S., Ma J., Castle A.B., Silva J., Slonim D.K., Baptista R., Kruglyak L., Xu S.H. et al. An STS-based map of the human genome //Science.- 1995,-V. 270,- P. 1945-1954.

66. Ikemura Т., and Aota S. Global variation in G+C content along vertebrate genome DNA // J. Mol. Biol.-1988.- V. 203.- P. 1-13.

67. Ikemura Т., Wada K., and Aota S. Giant G+C mosaic structures of the human-genome found by arrangement of GenBank human DNA sequences according to genetic positions // Genomics.-1990.- V. 8,- P. 207-216.

68. ISCN An International System for Human Cytogenetic Nomenclature (ed. Harnden D.G. and Klinger H.P.) - 1985.

69. Jabbari K., Caccio S., de Barros J.P. P. , Desgres J., Bernardi G. Evolutionary changes in CpG and methylation level in the genome of vertebrates // Gene.-1997,-V. 205,-P. 109-118/

70. Jackson D.A., Pombo A. Replicon clasters are stable units of chromosome structure: evidence that nuclear organization contributes to the efficient activation and propagation of S phase in human cells // J. Cell Biol.-1998,- V. 140, N.6.- P. 1285-1295.

71. Kamakaka R.T., Thomas J.O. Chromatin structure of transcriptionally competent and repressed genes // EMBO J.- 1990,- V. 9.- P. 3997-4006.

72. G., Zabarovsky E.R. Analisis of Notl linking clones isolated from human chromosome 3 specific libraries // Gene.-1999.-V. 239,- P. 259-271.

73. Kokalj-Vokas N., Zagorac A., Pristovnik M., Bourgeois C., Dutrillaux B. DNA methylation of the extraembryonic tissues: an in situ study on human metaphase chromosomes//Chrom. Res.- 1998,-V. 6,- P. 161-166.

74. Korenberg J.R., and Rykowski M.C. Human genome organisation. Alu, Lines, and the molecular structure of metaphase chromosome bands // Cell.- 1988.- V. 53.-P. 391-400.

75. Koshland D., Strunnikov A. Mititic chromosome condensation // Annu. ReV. Cell DeV. Biol.- 1996,-V. 12,- P. 305-333.

76. Kurz A., Lampel S., Nikolenko J.E., Bradi J., Benner A., Zirbel R.M., Cremer Т., Lichter P. Active and inactive genes localize preferentially in the periphery of chromosome territories // J. Cell Biol.-1996,- V. 135,-P. 1195-1202.

77. Larsen F., Gundersen G., Lopez R., Prudz H. CpG islands as gene markers in the human genome//Genomics.-1992a.-V. 13,- P. 1095-1107

78. Larsen F., Gundersen G. and Prudz H. Choice of enzymes for mapping based on CpG islands in the human genome//GATA.- 1992b.-V. 9(3).- P. 80-85.

79. Lindsay S., Bird A.P. Use of restriction enzymes to detect potential gene sequences in mammalian DNA // Nature.- 1987,- V. 327,- P. 336-338.

80. Lawrence J.В., Willnave C.A., Singer R.H. Sensitive, high-resolution chromatin and chromosome mapping in situ: presence and orientation of two closely integrated copies of EBV in a limphoma line // Cell.- 1988,- V. 52,- P.- 51 -61.

81. Macleod D., Charlton J., Mullins J., Bird A.P. Sp1 sites in the mouse aprt gene promoter are required to prevent methylation of the CpG island // Genes DeV. -1994,- V. 8.- P. 2282-2292.

82. Manuelidis !., Ward D.C., Chromosomal and nuclear distribution of the 1,9-kb human DNA repeat segment // Chromosoma.- 1984,-V. 91,- P. 28-38.

83. Marcus M., Nielsen K., Goitein R., Gropp A. Pattern of condensation of mouse and Chinese hamster chromosomes in G2 and mitosis of 33258 Hoechst -treated cell // Expl. Cell Res.-1979.-V. 122,- P. 191-201.

84. Marsden M.P. , Laemmli U.K. Metaphase chromosome structure: evidence for a radial loop model // Cell (Cambridge, Mass.).- 1979,- V. 17.* P. 849-858.

85. McKusick V. A. Genomic mapping and how it has progressed // FASEB J.-1991,.- V. 26.- P. 50-64.

86. Mitelman F., Mertens F., Johansson B. A breakpoint map of recurrent chromosomal rearrangements in human neoplasia // Nat Genet.- 1997,- Apr;15.-Spec No.- P.417-74

87. Morton N. Parameters of human genome // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.-1991 .V. 88,- P. 7474-7476.

88. Mouchiroud D., D" Onofrio G., Aissani В., Macaya G., Gautier C., and Bernardi G. The distribution of gene in human genome // Gene.- 1991.- V. 100,- P. 181187.

89. Mouchiroud D., Bernardi G. Compositional properties of coding sequences and Mammalian phylogeny // J. Mol. Evol.- 1993,-V. 37,- P. 109-116.

90. Nasir J., Maconochie M.K., and Brown S.D.M. Co-amplification of L1 line elements with localised low copy repeats in Giemsa dark bands: implications for genome organisation // Nucl. Acid Res.- 1991.- V. 19.- P. 3255-3260.

91. Ng H., Bird A. DNA methylation and chromatin modification // Current Opinion in Genet. & Develop.- 1999,- V. 9,- P. 158-163.

92. Nightingale K.P. , Wellinger R.E., Sogo J.M., Becker P. B. Histone acetilation facilitates RNA polimerase II transcription of the Drosophila hsp26 gene in chromatin // EMBO Journal.- 1998,- V. 17, N.10.- P. 2865-2876.

93. Nishioka Y., Dolan B.M., Fiorellino A., and Prado V. F. Nucleotide sequence analisis of a mouse Y chromosomal DNA fragment containing BKM and LINE elements // Genetica.- 1992,- V. 87,- P. 7-15.

94. Noccala S., Noccala C. Coiled internal structure of chromonema within chromosomes suggesting hierarchical model for chromosome structure // Hereditas.- 1986,- V. 104,- P. 29-40.

95. Ohnuki Y. Structure of chromosomes. I.Morphological studies of the spiral structure of human somatic chromosomes // Chromosoma.-1968.- V. 25,- P. 402428.

96. Olson M., Hood L., Cantor C., Botstein D. A common language for physical mapping of the human genome//Science.- 1989,- V. 245,- P. 1434-1435.

97. Paulson J.R., and Laemmli U.K. The structure of histone-depleted metaphase chromosomes // Cell (Cambridge, Mass.).- 1977,- V. 12,- P. 817-828.

98. Pinkel D., Straume Т., Gray J.W. Cytogenetic analysis using quantitative, high sensitivity, fluorescence hybridization // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1986.-V. 83.-P. 2934-2938.

99. Poustka A. Construction and use of chromosome jumping libraries: // Methods in enzymology.- 1993.- V. 217,- P. 358-379.

100. Poustka A. Large insert linking-clone libraries: construction and use // Methods in enzymology.- 1993,- V. 217,- P. 335-358.

101. Poustka A., Pohl Т., Barlow D., Frischauf A., Lehrach H. Construction and use of chromosome jumping libraries from Notl-digested DNA // Nature.- 1987.- V. 352,- P. 353-355.

102. Rattner J.B. Integrating chromosome structure with function // Chromosoma.-1992.-V. 101,- P. 259-264.

103. Razin S.V. , Cedar H. DNA methylation and genomic imprinting // Cell.-1994,-V. 77,- P. 473-476.

104. Razin S.V. , Gromova 1.1., larovaia O.V. Specificity and functional significance of DNA interaction with the nuclear matrix: new approaches to clarify the old question // International Review of Cytology.- 1995.- V. 162В,- P. 405-448.

105. Rocci A., Di Castro M., Prantera G. Effects of DAPI on human leucocytes in vitro // Cytogenet. Cell Genet.-1979.- V. 23,- P. 250-254.

106. Sabeur G., Macaya G., Kadi F., Bernardi G. The isohore patterns of Mammalian genomes and their phylogenetic implications // J. Mol. Evol.-1993.- V. 37,- P. 93-108.

107. Saccone S., Caccio S. Kusuda J., Andreozzi L., Bernardi G. Identification of the gene-richest bands in human chromosomes // Gene.-1996,- V. 174,- P. 85-94.

108. Saccone S., Caccio S. Perani P. , Andreozzi L., Rapisarda A., Motta S., Bernardi G. Compositional mapping of mouse chromosomes and identification of the gene-richest regions // Chrom. Res.- 1997,- V. 5,- P. 293-300.

109. Saccone S., De Sario A., Valle G.D., and Bernardi G. The highest gene concentration in the human genome are in telomeric bands of metaphase chromosomes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1992.-V. 89,- P. 4913-4917.

110. Saccone S., De Sario A., Wiegant J., Raap A.K., Valle G.D., and Bernardi G. Correlation between isochores and chromosomal bands in the human genome // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1993.-V. 90,- P. 11929-11933.

111. Saccone S., Federico C., Solovei I., Croquette M., Delia Valle G. and Bernardi G. Identification of the gene-richest bands in human prometaphase chromosomes // Chrom. Res.- 1999.- V. 7,- P. 379-386.

112. Saitoh Y., Laemmli U. Metaphase chromosome structure: bands arise from a differential folding path of the highly AT-rich scaffold // Cell.- 1994,- V. 76,- P. 609622.

113. Sanford J., Kim B.W., Deaven L.L., Jones C., Higgins M.J., Novak N.J., Shows T.B. A human chromosome 11 Notl end clone library // Genomics.-1993.- V. 15,-P. 653-658.

114. Seabright M. A rapid banding technique for human chromosomes // Lancet.-1971,-V. 11.-P. 971.

115. Sternberg N. Bacteriophage P1 cloning system for the isolation, amplification, and recovery of DNA fragments as large as 100 kilobase pairs // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1990.-V. 87,- P. 103-107.

116. Tazi J., Bird A. Alternative chromatin structure at CpG islands // Cell.-1990.- V. 60,- P. 909-920.

117. Thiery J., Macaya G., Bernardi G. An analysis of eukaryotic genomes by density gradient centrifugation //J. Mol. Biol.- 1976,-V. 108,- P. 219-235.

118. Tse C., Sera Т., Wolffe A.P. , Hansen J.C. Disruption of higher-order folding by core histone acetilation dramatically enhances transcription of nucleosomal arrays by RNA polimerase III // Molecular and Cell Biology.-1998.-V. 18, N.8.- P. 4629-4638.

119. Tykocinski M.L., Max E.E. CG dinucleotide clasters in MHC genes and in 5' demethylated genes // Nucleic Acids Res.-1984,- V. 12,- P. 4385-4396.

120. Van Pouke M., Tornsten A., Mattheeuws M., Van Zeveren A., Peelman L.J., and Chowdhary B.P. Comparative mapping between human chromosome 3 and porcine chromosome 13 // Cytogenet Cell Genet.-1999.- V. 85,- P. 279-284.

121. Vorobieva N.V. , Filipenko M.L., Karpova G.G., Mertvetsov N.P. and Graphodatsky A.S. Assignment of the L32 ribosomal protein gene (RPL32) to human chromosome 3q13.3-q21 by in situ hibridization // Cytogenet. Cell Genet.-1997,-V. 77,-P. 190-191.

122. Weisbrod S. Active chromatin. // Nature.- 1982,- V. 297,- P. 289-295.

123. Wolfe K.H., Sharp P. M., Li W-H. Mutation rates differ among regions of the mammalian genome // Nature.- 1989,- V. 337,- P. 283-285.

124. Wolffe A.P. , Pruss D. Targeting chromatin disruption: transcription regulators that acetilate histones // Cell.- 1999.- V. 84.- P. 817-819.

125. Wong A.K., Yee H.A., van de Sande J.H., and Rattner J.B. Distribution of CT-rich tracts is conserved in vertebrate chromosomes // Chromosoma.- 1990,- V. 99,- P. 344-351.

126. Yokota H., Singer M.J., van den Engh G.J., Trask B.J. Regional difference in the compaction of chromatin in human Go/G 1 interphase nuclei // Chromosome Research.- 1997,-V. 5,- P. 157-166.

127. Yunis J.J. Mid-prophase human chromosomes. The attainment of 2000 bands // Human Genet.-1981.-V. 56.-P. 239-298.

128. Zabarovsky E.R., Winberg G., Klein G. The SK-diphasmids Vectors for genomic, jumping and cDNA library//Gene-1993,-V. 127,-P. 1-14.

129. Zink D., Bornfleth H., Visser A., Cremer C., Cremer T. Organization of early and late replicating DNA in human chromosome territories // ExP. Cell Res.-1999.-V. 247,- P. 176-188.

130. Zoubak S., Clay O., Bernardi G. The gene distribution of human genome // Gene.- 1996,- V. 174,- P. 95-102.