Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Изучение полинуклеотидной укладки SLS компьютерными методами

ВАК РФ 03.00.02, Биофизика

Автореферат диссертации по теме "Изучение полинуклеотидной укладки SLS компьютерными методами"

PÍO од

f г* f ' ' ', ^

МОСКОВСКИЙ ФИЗИКО-ТЕХНИЧЕСКИЙ ИНСТИТУТ

ФАКУЛЬ TET ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКОЙ БИОЛОГИИ Кафедра МожкулярноА Биофизики

На правах рукописи Фарутин Виктор Александрович.

Изучение полинуклеотидной укладки SLS компьютерными методами.

03 .00 02 - биофизика

АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание ученой степени кзнлидата физико-математических наук.

M О Ç К В А-1 Ч 3 5

Работа выполнена в Институте Молекулярной Биологии им. В.А.Энгельгардта РАН.

НАУЧНЫЕ РУКОВОДИТЕЛИ:

Доктор физико-математических наук В.И.Иванов

Кандидат физико-математических наук А.А.Горин

ОФИЦИАЛЬНЫЕ ОППОНЕНТЫ:

Доктор физико-математических наук Ю.С.Лазуркнн Кандидат физико-математических наук М.С.Гельфанд

ВЕДУЩАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ:

ГосНИИ Генетики и Селекции Промышленных Микроорганизмов

Зашита состоится 199 года в часов на

заседании специализированного совета К 063.91 10 при Московском Физико Техническом Институте (141700, г.Долгопрудный, Московская обл.. Институтский пер., 10).

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Московского Физико-Течнического Института.

Автореферат разослан" " 199 года.

Ученый секретарь Специализированного совета

кандидат физико-математических наук В.Б.Кнреев

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Диссертация посвящена конформационному исследованию нового типа укладки полинуклеотидной цепи - структуре со сдвинутыми петлями (SLS - Slipped Loop Structure).

5' ___

-ГТТ-ТЦУТ! I I I I III I I црп 14

/ \

Такая структура может возникать на участке двуспирапьной ДНК, содержащем прямой повтор, в условиях отрицательной сверхспирализации. Тогда при локальном расплетании ДНК, будут возникать сдвинутые одноннтевые участки с взаимнокомплементарными последовательностями. Образование дополнительного минндуплекса между этими петлями означало бы возникновение интересующей нас структуры (рис.I).

Такая же структура может быть образована и одноннтегим РНК-транскриптом соответствующей последовательности в ДНК.

Актуальность проблемы.

Как продемонстрировано в литературном обзо!>е диссертационной работы, в настоящее время исследование различных типов укладок нуклеиновых кислот является одним из важных направлений структурной биологии. Такое исследование состоит из двух основных этапов: доказательство существования нового типа структуры и выяснение его функциональной роли в клетке. В данной работе возможность образования исследуется методом теоретического конформационного анализа.

Цель и задачи исследования.

Нашей задачей было установить стереохимнческую возможность образования нового типа укладки полинуклеошдной цепи и исследовать конформаинонную жесткость полученной структуры. Также представлялось интересным проверить, насколько широко распространены последовательности, способные образовывать такую структуру.

Научная новизна и практическая ценность работы.

Предметом исследования настоящей диссертационной работы стал новый тип укладки полинуклеотидной цепи. Впервые были получены координаты атомов стереохимически приемлемой структуры, и, тем самым, продемонстрирована принципиальная возможность его образования. Дальнейшие исследования показали конформационную жесткость этой структуры и определили набор минимальных геометрических параметров, допускающих ее образование. Кроме того, аналогичные структуры были рассчитаны для нескольких наборов геометрических параметров. Данные расчетов были использованы при планировании экспериментальных исследований по SLS для определения оптимальных последовательностей модельных олигонуклеотидов.

Также было продемонстрировано существование в геномной ДНК большого количества последовательностей, способных принимать эту конформадию.

Новизна диссертационной темы обусловлена и тем, что доселе этот тип укладки полинуклеотидной цепи не исследовался.

Практическая ценность исследования определяется важностью роли необычных структур нуклеиновых кислот в биологических процессах. Продемонстрированная нашими расчетами и экспериментальными свидетельствами возможность образования структуры со сдвинутыми петлями позволяет предположить ее формирование ín vivo не только в ДНК, но и в матричных и рибосомальных РНК.

Дпр^ацид,,

Материалы диссертации были представлены на двух международных конференциях: "Молекулярная биология на рубеже XXI века", 1994 .год и 9-й конференции по биомолекулярной стереодинамике, 1995 год.

Цу^тшш,

Результаты данной работы были опубликованы в журнале "Молекулярная Биология" (I) и в сборнике тезисов 9-й конференции -но биомолекулярной структуре н динамике (2)._

Структура и объем работы.

Диссертация изложена на 60 страницах и включает 22 рисунка и 18 таблиц. Список цитируемой литературы содержит 122 наименования. Диссертация состоит из введения, литературного

*

обзора, изложения методики расчетов, результатов с обсуждением, выводов и списка литературы.

СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ.

Литературный обзор.

Литературный обзор диссертации посвящен необычным структурам ДНК и РНК и их значению для функционирования клетки.

В нем мы рассмотрели такие альтернативные укладки полннуклеотидной цепи, как А- и 2-формы ДНК, "крест", триплексы, тетраплексы и псевдоузел.

Для каждой из этих структур излагаются основные требования, предъявляемые к последовательности и внешним условиям для формирования. Обсуждаются процессы в клетке, участие в которых таких структур было показано или предположено.

Глава завершается рассмотрением известных к настоящему времени экспериментальных свидетельств сущестования БЬв. Показано место и значение настоящего исследования в изучении БЬБ.

В этой же главе мы также обосновали важность расчета образованной спиралями, принадлежащими к А-семейству : ЯЬБ могла бы быть структурным мотивом в РНК разных типов.

Методика расчетов.

Написана* программа, выполняющая молекулярно-механический расчет БЬБ. Программа основывалась на алгоритме, разработанном В.Б.Журкиным и его коллегами в 70-х-90-х годах, с учетом внутренней симметрии рассматриваемой нами структуры.

В качестве переменных задачи использовали параметры, описывающие дуплексы, составляющие 8ЬБ, однонитевые фрагменты и две дополнительные переменные - угол поворота вокруг общей оси симметрии дуплексов ЯЬБ и расстояние между ними вдоль этой же осн.

Рис.2.

На рис.2 схематично изображена БЬБ с осями симметрии и принятыми нами обозначениями основных элементов структуры. Дополнительный дуплекс мы называли "парусом", одноннтевые петли - "вантами", сахарофосфатный остов, замыкающий З'-конец основной спирали и З'-конец "паруса" - "углом" и дуплекс, ограниченный выходами сахарофосфатной цепи в "парус" - "кором".

Используя переменные, указанные выше, мы последовательно минимизировали энергию сахарофосфатного остова сначала "угла", а затем - "вантов". На окончательной стадии оптимизации энергии структуры мы использовали все переменные, ответственные за неоптимальные энергетические члены.

Данный подход был применен для расчета всех полученных нами структур.

Жесткость полученной структуры определяли путем вычисления энергии БЬБ, как функции угла (О) и расстояния (Ь) между "кором" и "парусом" - оба дуплекса в зтих расчетах были длиной-6 п.о. Причем энергия однонитевых участков - "вантов", в расчет не принималась - естественно полагать, что достаточно длинный "вант" будет нечувствителен к взаимному расположению дуплексов ЗЬБ. В то время как энергия угла минимизировалась в каждой точке (П,Ь).

Результаты и обсуждение,

Расчеты мы начали с оптимизации БЬБ, образованной цепью ДНК, двуспиральные учасгки которой принадлежали к А-форме ДНК. Имея в виду перейти потом к расчету БЬБ, сформированной цепью РНК. При этом А-ДНК-вЬБ служила бы отправной точкой в расчетах структуры РНК-ЗЬБ. Расчет был выполнен для последовательности:

с^ССАТС^тССССССсс): с^ССАТССииССОСССсс) Заглавными буквами выделены последовательности "паруса" и "кора" соответственно; однонитевые участки состояли из 4-х тиминов. Расчет был выполнен для первого из представленных на рис.1 изомеров. Мы показали, что 5Ь5 для второго изомера образоваться не может, так как в этом случае между петлями располагается главный желоб двойной спирали, и расстояние между ними делает их комплементарное взаимодействие невозможным. Рассчитанная нами ДИК-ЭКБ приведена на рис.3.

Р|»' Э ДНК-81 Общая ОСЬ С..НС>аМыЯ СМфкЛ* Я АЯ-ЪГ.'С!» V...

(М.1ЧО вимчно |*[Ч.£ПИ.ИГГ ( рл. Т.. и НС Л СПС^ЬМ И *ии.>'МКН*МОГ*1 мин»

Д>п-мкс< - 'парус** Одлонип'ии« ча ллгну. ¿лкилш к К... ...»»'1 . »с«

дв)!р*мнык * г ■»л 'лэтш КО* ыщы I "ХМ. намерен*» •

Критерием стереохимической приемлемости структуры было отсутствие в ней межатомных контактов, более тесных, чем между такими же атомами в экспериментально расшифрованных структурах нуклеиновых кислот (табл.1).

Та fa I

Расстояния тесных контактов в ЛНК-SiS (А):

тип контакта расч. эксп. тип контакта расч. эксп.

С6 (6)-04'(6)' 2.696 2.677 С2'(8)-Р(9) 3.091 3.108

02(б)-CI'(6Г 2.726 2.695 НЗ'(7)-Е>(8)' 2.602 2.542

Н5'(12)-Р(12) 2.614 2.542 НЗ' (3)-Р(4) 2.590 2.542

04'(10)-05'(10) 2.496 2.448 02(10)-Н1(10) 2.245 2.238

02(3)-HI' (3) 2.267 2.256 02(3)-С1' <3)4 2.688 2.656

Представлены (в порядке возрастания энергии) расстояния в ангстремах для 10 тесных контактов с наибольшей энергией в оптимизированной А-ДНК-Я/Л. В скобках - порядковый номер нукчеотида с 5'-конца. В 3-й и 6-ой колонках - расстояния между соответствующими атомами в структурах из экспериментальных работ. Приведены контакты только для одной полинуклеотидной цепи, так как во второй (сииметричной) цепи контакты - те же.

к'м. 4 SI 5 4к6*4 ti»U Ж**ь txu ou«o*w-i toHp*m ■'».^4* А'имм ■» lawtuM

Полученную С1руктуру мы использовали в качестве стартовой

1 дла 1 1 -it) 11)ьлсо1н.н,

1 - да» <¿-10. 10-ю. 11-ю и 12-ю и)кдсолио»: 5 • та^жс;1Ыii>k.-ieorH.4i)B II н |'j; * - ГД» ЛЛЧ И'.'клсе/ниоь 4, 16 | 7 18. 1 J.hK

при оптимизации PHK-SLS. Для этого заменили тимины на урацилы, а дсзоксирибозу на рибозу. Это привело к возникновению новых недопустимо тесных контактов. Для того чтобы устранить их, потребовалось задействовать одновременно параметры, минимизирующие энергию "ванта" и "угла".

Стереопара оптимизированной структуры для РНК представлена на рис.4. Вид вдоль оси основной спирали. Видно, что угол между "парусом" и "кором" близок к прямому, а "ванты" сильно вытянуты и их двугранные углы попадают в антиклинальную» антиперипланарную области.

Эту структуру удалось построить незначительным изменением спиральных параметров дуплексов спиральные параметры изменились только для крайних пар "кора" и "паруса" и не более, чем на 5%. При этом рибоза 5'-концевого нуклеотида "угла" совершила переход из СЗ-эндо в С2-эндо конформацию.

Тем не менее "ванты" длиной 4 нуклеотида можно считать предельно короткими, допускающими SLS с однонитевыми участками одинаковой длины. Как можно видеть из табл.2 н рис.4, их конформация почти полностью растянута?

Таким образом, доказана принципиальная возможность существования SLS на основе А-формы'ДНК и РНК. Мы не ставили задачу найти уникальную конформацию, соответствующую абсолютному минимуму энергии.Это - задача существенно иного класса сложности. Ее решение в настоящее время для объекта такой сложности, как SLS, неосуществима.

Расчет SLS, образованной B-формой ДНК, был проведен Н.Б.Ульяновым с соавторами (Ulyanov,N.B. et al. Tertiary'base pair interaction in slipped loop-DNA': an NMR and model building. Nucleic Acids Res. 22, 4242 (1994)).

Таблица 2.

"реформация рдиопитевого участка Я/Я.

МУКА Р X а ¡'■СУ 0 Г С4--СУ е СУ-О}' С ОЗ'-П 4Г . А5'

8 25.0 87.8 - - - 180 28.2 -2. 4

9 -61.7 158 218 167 195 209 231 -3. 5 1.3

10 7.3 94.8 202 187 133 177 233 -4. 9 -0.2

11 -43.5 159 221 213 149 180 211 -4. 2 -4.2

12 42.0 113 210 268 144 171 224 -4. 2 -4.4

13 24.9 87.8 228 257 70.2 - - - -4.9

В 1-м столбце слева - порядковый номер нуклеотидов "ванта" и соседних с ними. Первый (с 5'-конца) тимин "ванта" имеет Хе9. Р -уго>I псевдовращения сахара. Видно, что для крайних оснований, входящих в "парус" и в "кор", он остался практически неизменным и не отличающимся от регулярного значения 25° (для сравнения - угол псеадов/ющения 5'-овой рибозы "угла" стач равен 140°). Так же как и следующий за ним гликозидный угол х, в регулярной спирали равный 90°. Затем приведены двугранные углы сахарофосфатпого остова с соответствующими обозначениями, попадающие в антиобласть. Последние два столбца - отклонения ваттных углов СЗ'-О-Р и С5'-0-Р от идеальных значений в градусах. Остальные валентные длины и валентные углы в нашей модели оставались зафиксированными и равными оптимальным значениям.

Расчет РНК-БЬБ-бхбхД дал следующие ответы на вопросы, представлявшиеся нетривиальными:

- существует ли такое расположение "паруса" относительно основной спирали, при котором сахарофосфатный остов между соответствующими 5'- и З'-концами двуспиральных участков стереохимнчески допустим ? Да, существует.

- возможна ли такая конформация однонитевых участков из 4-х нуклеотидов, при которой сахарофосфатный остов между З'-кон-"цЬм~"паруса,т1Г5'-ко1щом "кора" окажется без искажения валентных длин и углов и без недопустимых межатомных контактов ? Да,

ю

возможна (по-крайней мерс для А-формы)'. По данным Н.Б.Ульянова (см. цитированную выше работу) такой длины недостаточно, если спиральные участки образованы В-ДНК.

- достаточен ли объем как физического (ограниченного взаимодействиями с "парусом", "кором" и основной спиралью), так и конформационного пространства (ограниченного дополнительными требованиями на существование неискаженного сахарофос-фатного остова), для расположения З'-концевого основания одно-нитевого участка ? Да, достаточен.

Исследование жесткости БЬБ.

Трудности, встреченные при расчете БЬБ, позволили предположить, что такая структуры должна быть весьма жесткой. Иными словами, должно существовать относительно небольшое число взаимных расположений расположений двунитевых участков, позволяющих образование такой структуры.

Следуя описанному в главе "Методика расчетов" алгоритму, мы провели сначала несколько сканирований по углу и расстоянию между осями "паруса" и "кора" с большим шагом для определения границ области, требующей более пристального внимания. Затем было произведено сканирование с шагом 0,1° и 0,01 А по углу и расстоянию соответственно.

Изоэнергетические кривые на рис.5 очерчивают области на конформационной плоскости, приемлемые для дальнейшей оптимизации БЬБ. Они ограничивают области с условной энергией меньшей, чем 5ккал/моль п.о., что приблизительно равно энергии оптимизированной" нами структуры.

Ввиду сказанного раньше, к этим значениям нельзя относи ться как к единственно допустимым для таких структур, но можно считать, что БЬБ без чрезмерных искажений двуспнралькых участков не должны выходить далеко за границы этих достаточно узких (менее, чем 20°х2А) областей.

Рассчитанная' нами структура (£1^-104.64°, НС"19.83А) оказалась на склоне такой энергетической поверхности.

* - можно даже предположить, что во-жикмо»снис может переводить ДНК в Л- или А-подобную (т с. спираль со спиральными парт; метрами И1 А-семейства но с С2'ондо сахаром) форму, если она с> тсстгожо необходима для формировании такой структуры.

20.5

20

19.5

95

100

105

Угол

110

115

Расстояние

Рис.5. Карта зависимости условной энергии РНК-5Ь8-6х6х4 от угла и расстояния между двунитевыми участками структуры. Изоэнергетические кривые ограничивают область существования структур с энергиями, сравнимыми с энергией огггимизированной нами структуры. Она (Лс= 104.64', Нс=19.8А) находится на границе этой области, что могло быть вызвано дополнительным требованием на отсутствие тесных межатомных контактов.

Расчет БЬБ с другими длинами "паруса" и "кора"

БЬБ с 6-ю основаниями в "коре" и "парусе" и 4-мя основаниями в каждом из двухспиральных участков, рассчитанная нами ранее, оказалась, как мы видели в предыдущей част, достаточно жесткой. Следующий вопрос, который естественно возник перед нами : "А возможны ли такие структуры с другими длинами двунитевых участков ? Или только половина витка А-спирали может быть приемлемым элементом структуры БЬЬ ?"

Для ответа на этот вопрос мы провели расчеты структур со следующими геометриями: 6x7x5, 7x6x5, 6x5x4 и 5x6x4 (число пар оснований "кор" X "парус" X "вант"). Этим структурам соответствовали такие последовательности :

РНК-8[^-6х7х5:

Кв^САСи0СиииииСС0СССсс):т(веССАСиССиииш10С0СССсс ), РЖ-8Ь8-7х6х5:

т(8ССАиСОииииОССССССс):г(8ССАиООииииС.ССССССс); РНК-5Ь5-6х5х4:

^ССАСОшшиССССССсс):т^ССиООииииаСОСССсе); РНК-81.8-5х6х4; '

г(£^САиССииииСССССсс):г^ССАиССшшиСООССсе).

Все расчеты проводили для РНК-8Ц5. Отправной точкой служила РНК-5Ь5-6х6х4. После того, как к одной из ее двойных спиралей добавляли регулярным образом пару оснований или убирали пару, к вновь полученному начальному приближению применялся описанный выше алгоритм.

Расчет РНК-8Ь5-<>х5х4 не встретил препятствий принципиального характера. А для структур с 7-ю п о. в одном из двухспиральных участков потребовалось добавить 5-е основание в каждый из "вангои". При расчете БЬБ с "кором" длиной 5 п о межатомные контакты. З'-концевых оснований "валтов" всегда оказывались стерсохимически неприемлемыми. Естественным объяснением этому служит то, что с более коротким "кором", они. оказались ближе один к друюму, и стало меньше пространства чтобы, оставаясь замкнутыми, не натыкаться ни на двуспиральные участки, ни друг на друга.

Рм>| 6 Вид и о ль овм гишо| «ир|Л1. Структур« одмоиктых фр1гннт,

киим«о« расположена« дауеяарааышх учавтаоа детапмвь почта ммшиныия по «римшм •

Р11К-31.8-6*6х4 Лтоыи аодорчда ■« юкшы.

Рис 7. РИК-515-6 <7x3 Вид июль оси основниЛ спирали Дауитмьк фр«цент структуры практически 1крпснкзик>;ифны1ии[ вР1{К-51£*6х5»4 однако олнонтевьм: фршыент

&1юим на одю шношние и тем не шне* гак ж« напряжены ш м • ггнх (ср с рис.4

и 6)

Рис 8 РНК-51Л-7\6\5. Вид моль оси главной спирали. Легко индетъ существенное по сравнению со всеми предыдущими структурами изменение утта между осями лвуспиральиых фрагментов структуры и более рслаксированнос состояние одноннтевых участков.

Результаты этих расчетов представлены в виде стерео изображений РНК-5Ь8-6х5х4, 6x7x5 «и 7x6x5 (рис.6-8). Табл.3 представляет расстояния между глобальными осями двуспиральных участков и углы между ними для всех рассчитанных структур.

Табл.3.

6x5x4 6x6x4 6x7x5 7x6x5

ПсП 93.24 104.65 78.66 69.22

Нс(А) 18.05 19.83 21.74 21.73

Во всех этих структурах в процессе оптимизации были задействованы за редкими исключениями все переменные задачи. Однако, как и для РНК-8Ь8-6х6х4, изменения большинства из них не превышают 5%.

Таблицы 4-7 представляют расстояния между самыми тесными межатомными контактами во вновь рассчитанных нами структурах. Видно, что все они не хуже самого высокоэнергетического контакта в ДНК-БЬБ, приемлемость которого была обоснована сравнением с экспериментальными данными.

Изучение первичной структуры природной ДНК из ЕМВЬ банка нуклеотидных последовательностей выявило большое число последовательностей, РНК-транскрипт которых мог бы сформировать БЬБ. На рис.9 в качестве примера изображены два представителя этих последовательностей.

Рис.9. Примеры природных последовательностей, способных образовывать Наклонными линиями обозначены комплементарные взаимодействия п "парусе".

Табл. 4. (>HK-SlS-6x6x4,

Тип контакта: Расст. Тип контакта: Расе*.

04'(10)-05'(10) 2.503 Нб(11)-Н3'(11) 1.973

С2(12)-HI"(12) 2.429 02(19)-HI'(19)с 2.251

Сб(11)-С2'(11) ' 2.873 03'(З)-О(З) 2.496

НЗ'(8)-05'(9) 2.225 из*(si-Pie)" 2.590

02'(2)-04'(13) 2.480 02(3)-С1'(3)' 2.688

Таб.ъ 5. PHK-SlS-6x5x4.

Тип контакта: Расст. Тип контакта: Расст.

02'(5)-1Н5'(б) 2.222 Н2'(1)-Н8(2) 1.972

02(18)-HI'(18) 2.259 НЗ'(5)-Р(б) 2.591

Нб(10)-Н3'(10) 1.SP73 Н2'(22)-Нб(23) 1.968

НЗ'(16)-Р(17) 2.596 НЗ ' (8) -Р(9) 1и 2.590

04' <Ю)-05' (10) 2.477 02 (3)-С1' (З)11 2.688

Таб.t.6. РНК-SIS 6x7x5.

Тип контакта: Расст. Тип контакта: Расст.

04'(13)-05'(13) 2.479 НЗ'(6)-Р(7) 2.589

НЗ'(2)-Р(3)" 2.591 Н02(2)-04'(15) 2.205

Н6(10)-Н3'(10) 1.968 С4 ' (Ю)-Р(Ю) 3.064

НЗ*(5)-Р(6) 2.590 04 (2) -05' (2) 2.468

02(3)-HI'(3) 2.247 . 02 (3 ) -CI' (3)iJ 2.688

Табл. 7. PHK-S!S-7x6x5:

Тип контакта: Расст. Тип контакта: Расст.

Сб <18)-04'(18) 2.698 Сб(20)-04'(20) 2.673

НЗ' (13)-Р(14) " 2.623 НЗ'(6)-Р(7) 2.593

С6(5)-04'(5) 2.696 02(2)-HI'(2) 2.249

С2(12)-Hi'(12) 2.429 НЗ' (4) — Р (5)iT> 2.590

02(19)-HI'(19) 2.274 02(2)-С1' (2)" 2.688

также дм 16-ю. 17-го и 20-го куосотмо», также для 9-ю иуклеотидд;

также дяж 6-го и 7-го, 9-го и 10-га, 15-ю и 16-то нумеотидов; также для нуклеотидов 3, 4, 16, 17, 18, 19, 20 -также для П-14 н 14-15 тхлсотидов; -такжеХ1я 4. is, 16.11,18 и 19 нуклеоткаев; -также Д1я 13-16 и 16-17 иуклеотндов; -тзюке для 4. 18, 19, 20, ! I и 22 куклеот«.»* -также ятя 15-16 иуклеоткло»: -гаюкс для 5-6 и 17-18 иуклсотндов; -также для J, 16. 17, 18, 19 м 10 нуклеопие»

выводы

1. Доказана стереохиыичсская приемлемость структуры со сдвинутыми петлями для ДНК и РНК.

2. Показана предпочтительность дуплексов из А-семейства для образования SLS.

3. Определены предельные геометрические параметры, допускающие формирование SLS. Этот результат был в дальнейшем использован при конструировании модельных олигонуклеотидов для экспериментального изучения SLS.

4. Выявлена конформационная жесткость SLS.

5. Продемонстрирована возможность сущестования SLS с основной и дополнительной спиралями разной длины.

Публикации;

1. Farutin V.A., Gorin A.A. & Ivanov V.l. J.Biomol.Struct.Dynamics 12, a051 (1995)

2. Горгошидзе M.3., Минят E.E., Горин A.A., Фарутин B.A. и Иванов ВН. Молекулярная Биология 26, 1063(1992)