Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Изучение механизма ферментативного карбоксилирования 5-аминоимидазолриботида

ВАК РФ 03.00.23, Биотехнология

Содержание диссертации, кандидата химических наук, Трибунских, Илья Александрович

СПИСОК ОБОЗНАЧЕНИЙ И СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Общая характеристика карбоксилаз.

1.2. Эндоэргические реакции карбоксилирования, катализируемые карбоксил азами первого типа.

1.2.1. Структура и механизм действия карбамоилфосфатсинтетаз.

1.3. Экзоэргическое карбоксилирование.

1.3.1. Структура и механизм действия рибулозобисфосфат-карбоксилаз/оксигеназ.

1.4. Общая характеристика биосинтеза пуриновых нуклеотидов de novo и

АИР-карбоксилаз, участвующих в этом биосинтезе.

1.4.1. Явление С02-стимуляции.

1.5. Химический синтез субстратов АИР-карбоксилазы и их аналогов.

1.6. Изучение обратимой реакции неферментативного карбоксилирования.

1.7. Сравнительная характеристика АИР-карбоксилаз бактерий, грибов и высших эукариот.

1.7.1. Ферменты бактерий.

1.7.2. Ферменты архебактерий.

1.7.3. Ферменты грибов.

1.7.4. Ферменты высших эукариот.

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Приборы.

2.2. Реактивы.

2.3. Методы исследования.

2.3.1. Спектрофотометрические методы.

2.3.2. Использование спектроскопии ЯМР 'Н для изучения реакции обратимого превращения АИР -» КАИР.

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.

3.1. Химический синтез субстратов АИР-карбоксилазы.

3.2. Характеристика АИР-карбоксилазы дрожжей Saccharomyces cerevisiae и САИКАР-синтетазы-АИР-карбоксилазы человека.

3.3. Изучение кинетики неферментативного декарбоксилирования 5-амино-4-карбоксиимидазолриботида и 5-амино-4-карбокси-1метилимидазола с помощью УФ- и 'Н-ЯМР-спектроскопии.

3.4. Изучение кинетики неферментативного карбоксилирования 5-амино-имидазолриботида и аминометилимидазола с помощью УФ-спектроскопии.

3.5. Изучение кинетики ферментативного декарбоксилирования 5-амино-4-карбоксиимидазолриботида с помощью УФ- и ЯМР 'И -спектроскопии.

3.6. Изучение кинетики ферментативного карбоксилирования 5-аминоимидазолриботида с помощью УФ- и ЯМР 'Н -спектроскопии.

3.7. Исследование мутантных и модифицированных форм АИР-карбоксилазы дрожжей.

3.8. Эволюция фермента АИР-карбоксилазы.

ВЫВОДЫ.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Изучение механизма ферментативного карбоксилирования 5-аминоимидазолриботида"

Актуальность проблемы. Фиксация СО2 клетками живых организмов осуществляется в результате реакций карбоксилирования, катализируемых ферментами двух типов. К первому типу относят карбоксилазы, катализирующие эндоэргические реакции, которые требуют энергии макроэргических соединений. Карбоксилазы второго типа ускоряют экзоэргические реакции, которые не требуют макроэргов.

К ферментам второго типа относится самый избыточный белок на Земле, D-рибулозо-!., 5-бисфосфат-карбоксилаза/оксигеназа, содержание которого в хлоропластах достигает 15-50 % от общего количества белка этих клеточных органелл [1]. Изучение механизмов ферментативных реакций карбоксилирования является фундаментальным направлением, которое, благодаря использованию генно-инженерных и биотехнологических подходов для получения микробиологических продуцентов карбоксилаз, получило, по существу, второе дыхание. Указанные подходы оказались особенно плодотворными при изучении карбоксилаз, присутствующих в клетках в низких концентрациях. Именно к таким ферментам относится АИР-карбоксилаза, катализирующая одну из промежуточных реакций [превращение 5-аминоимидазолриботида (АИР) в 5-амино-4-карбоксиимидазолриботид (КАИР)] в цепи биосинтеза пуриновых ну-клеотидов, которая протекает в клетках всех живых организмов, включая человека [2, 3].

Особый интерес к этому ферменту обусловлен тем, что охарактеризованные к настоящему времени АИР-карбоксилазы двух микроорганизмов и фермент курицы по механизму действия относятся к двум разным типам карбоксилаз. К первому типу относятся ферменты бактерии Escherichia coli и патогенных грибов Cryptococcus neoformans. Бактериальный фермент состоит из двух отдельных белковых цепей — К и Ei [4]. У грибов он представляет собой одну .белковую цепь, состоящую из двух доменов - К и Ej [5]. Фермент К (а в случае грибов домен К) в присутствии АТФ, катионов Mg и бикарбонат-аниона осуществляет N-карбоксилирование АИР с образованием промежуточного продукта реакции - карбамата (N-КАИР); фермент Ei (у грибов домен Ei) ускоряет перегруппировку карбамата в КАИР. У высших эукариот изучена АИР-карбоксилаза курицы, которая относится ко второму типу карбоксилаз. Этот фермент не содержит домена К и имеет домен Е2 (гомологичный домену Ei микроорганизмов), катализирующий прямое карбоксилирование АИР молекулой СО2 [6]. Причем в этом случае N-КАИР не является субстратом фермента.

Наличие белка К или домена К у микроорганизмов создает предпосылки для целенаправленного поиска ингибиторов первой стадии ферментативной реакции, отсутствующей у высших организмов. Такие ингибиторы представляют несомненный интерес для фармакологии и медицины в качестве потенциальных лекарственных препаратов, подавляющих размножение патогенных микроорганизмов. Существенно отметить, что среди аналогов КАИР обнаружены соединения, обладающие противоопухолевой и антифунгицидной активностями [7]. Показано, что активность АИР-карбоксилазы увеличена у больных лейкозом. Однако в литературе отсутствуют данные о механизме действия АИР-карбоксилазы человека и пекарских дрожжей Saccharomyces cerevisiae - одного из наиболее изученных эукариотических микроорганизмов, обычно используемого в качестве модельного объекта для выявления и изучения веществ, обладающих антифунгицидными свойствами.

В связи с этим цель нашей работы заключалась в исследовании свойств ферментов, выделенных из эритроцитов человека и штамма-продуцента АИР-карбоксилазы дрожжей Saccharomyces cerevisiae, и выявлении отличий в их структуре и механизме действия.

В задачи исследования входило:

1) синтезировать субстраты, необходимые для исследования ферментов

2) получить препараты АИР-карбоксилазы дрожжей S. cerevisiae и человека и

3) исследовать каталитические свойства ферментов дрожжей и человека в реакции превращения N-КАИР—» КАИР

4) изучить ферментативную реакцию карбоксилирования АИР, катализируемую дрожжевой АИР-карбоксилазой в присутствии АТФ, катионов Mg и бикарбонат-аниона

5) исследовать модифицированные формы дрожжевой АИР-карбоксилазы, полученные методами генетической инженерии.

Полученные данные позволили нам представить следующие положения и результаты, выносимые на защиту:

1) установлен двухстадийный механизм действия АИР-карбоксилазы дрожжей Saccharomyces cerevisiae и показано, что Е-домен фермента ускоряет обратимую перегруппировку N-КАИР —> КАИР

2) показано, что ферменты дрожжей и человека по механизму действия относятся к разным классам карбоксилаз; различия в организации и механизме действия АИР-карбоксилаз микроорганизмов и человека открывают перспективу для поиска лекарственных препаратов - ингибиторов первой стадии ферментативной реакции у патогенных микроорганизмов.

Научная новизна. 1) впервые установлено, что самопроизвольное N-карбоксилирование АИР протекает более эффективно в водных растворах 002, чем в водных растворах бикарбоната калия; этот эффект позволяет объяснить явление роста при повышенной концентрации СО2 в атмосфере культивирования «СОг-стимулируемых» мутантов дрожжей, несущих мутации в гене, кодирующем АИР-карбоксил азу

2) показано, что АИР-карбоксилаза дрожжей S. cerevisiae использует в качестве субстрата (карбоксиамино)-имидазолриботид и осуществляет катализ реакции карбоксилирования 5-аминоимидазолриботида по первому типу; фермент из эритроцитов, напротив, не использует в качестве субстрата N-КАИР и относится ко второму классу карбоксилаз

3) замена 411Ser —» Leu в домене Ei дрожжевой АИР-карбоксилазы приводит к инактивации декарбоксилазной активности фермента, что подтверждает участие этого домена в катализе обратимой реакции превращения N-КАИР—> КАИР Т

5) в современных базах данных иденифицировано более 100 гомологов АИР-карбоксилазы, которые по доменной организации можно разделить на 5 классов Практическая ценность. Наличие белка К или домена К у микроорганизмов создает предпосылки для целенаправленного поиска ингибиторов первой стадии ферментативной реакции, отсутствующей у высших организмов и человека. Такие ингибиторы представляют несомненный интерес для фармакологии и медицины в качестве препаратов, подавляющих размножение патогенных микроорганизмов, например, таких как патогенные грибы С. neoformans, поражающие центральную нервную систему людей, больных вирусом приобретенного иммунодефицита [8].

Изученная нами реакция карбоксилирования, катализируемая дрожжевым ферментом, чрезвычайно чувствительна к бикарбонат-аниону, поэтому АИР-карбоксилаза дрожжей может быть использована для создания селективных сенсоров, позволяющих тестировать следовые количества указанного аниона.

Апробация работы. По теме диссертации опубликовано 7 работ (из них три статьи). Основные результаты были представлены и обсуждены на XIX международной конференции «Yeast Genetics and Molecular Biology» (Рим, Италия, 25-30 мая 1999 г), на Второй международной конференции «Актуальные тенденции в органическом синтезе на пороге новой эры» (Санкт-Петербург, 28-30 июня 1999 г), на международной конференции «Modern problems of radiobiology, radioecology and evolution» (6-9 сентября 2000 г).

Объем и структура диссертации. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, материалов и методов исследования, обсуждения результатов исследования, выводов и списка цитируемой литературы. Работа изложена на

Заключение Диссертация по теме "Биотехнология", Трибунских, Илья Александрович

ВЫВОДЫ:

1. АИР-карбоксилаза дрожжей S. cerevisiae, в отличие от АИР-карбоксилазы человека, катализирует АТФ-зависимое карбоксилирование АИР по двухста-дийному механизму, что позволяет отнести указанные ферменты к двум разным типам карбоксилаз

2. В присутствии бикарбонат-аниона, катионов Mg2+ и АТФ АИР-карбоксилаза дрожжей ускоряет N-карбоксилирование; образовавшийся карбамат в результате перегруппировки превращается в конечный продукт на С-концевом домене Еь поскольку замена консервативного 411Ser на Leu в домене Ei приводит к утрате его каталитической активности.

3. Установлено, что СОг, по сравнению с бикарбонат-анионом, является более эффективным N-карбоксилирующим агентом для АИР, и поэтому увеличение концентрации С02 может частично компенсировать функцию домена К АИР-карбоксилаз первого типа

4. В современных базах данных идеАифицировано более 100 гомологов АИР-карбоксилазы, представляющие собой различные комбинации доменов К, Е и С, которые по доменной организации можно разделить на 5 классов.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата химических наук, Трибунских, Илья Александрович, Санкт-Петербург

1. Inoue S., Yamazaki N. Organic and bio-organic chemistry of carbon dioxide. A halsted press book.-Tokyo: Kodansha LTD, 1982.- 274 p.

2. Zalkin H., Dixon J.E. De novo purine nucleotide biosynthesis // Progr. Nucl. Acid Res. Mol. Biol.- 1992.- V. 42.- P. 259-287.

3. Kappock T.J., Ealick S.E., Stubbe J. Modular evolution of the purine biosynthetic pathway // Curr. Opin. Chem. Biol.- 2000.- V. 4.- P. 567-572.

4. Biochemical role of the Cryptococcus neoformans ADE2 protein in fungal de novo purine biosynthesis / S.M. Firestine, S. Misialek, D.L. Toffaletti, T.J. Klem // Arh. Biochem. Biophys.-1998.- V. 351, № 1.- P. 123-134.

5. Firestine S.M., Davisson V.J. Carboxylases in de novo purine biosynthesis. Characterization of the Gallus gallus bifunctional enzyme // Biochemistry.- 1994.- V. 33, №39.-P. 11917-11926.

6. A placebo-controlled trial off maintenans therapy with fluconazole after treatment of cryptococcal meningitis in the acquired immunodeficiency syndrom / S.A. Bozette, R.A. Larsen, J. Chiu et al. // New Engl. J. Med.- 1991.- V. 324, № 9.- P. 580-583.

7. Movement of the biotin carboxylase B-domain as a result of ATP binding / J.B. Thoden, C.Z. Blanchard, H.M. Holden, J.L. Waldrop // JBC.- 2000.- V. 275, № 21.-P. 16183-16190.

8. Function of Escherichia coli biotin carboxylase requires catalytic activity of both subunits of the homodimer / K. Janiyani, T. Bordelon, G.L. Waldrop, J.E. Cronan // JBC.- 2001.- V. 276, № 32.- P. 29864-29870.

9. Crystal structure of Escherichia coli phosphoenolpyruvate carboxykinase: a new structural family with the P-loop nucleoside triphosphate hydrolase fold / A. Mattel, H. Goldie, R.M. Sweet, L.T.J. Delbaerel //J. Mol. Biol.- 1996.- V. 256.- P. 126-143.

10. Crystal structure of human cytosolic phosphoenolpyruvate carboxykinase reveals a new GTP-binding site / P. Dunten, C. Belunis, R. Crowther et al. // J. Mol. Biol.-2002.- V. 316.- P. 257-264.

11. Crystal structure of the malic enzyme from Ascaris suum complexed with nicotinamide adenine dinucleotide at 2.3 A resolution / D.E. Coleman, G.S. Jagannatha Rao, E.J. Goldsmith et al. // Biochemistry.- 2002.- V. 41.- P. 6928-6938.

12. The dimer contact area of sorghum NADP-malate dehydrogenase: role of aspartate 101 in dimer stability and catalytic activity / I. Schepensa, P. Decottigniesa, E. Ruellanda et al. // FEBS Lett.- 2000.- V. 471.- P. 240-244.

13. Knowles J.R. The mechanism of biotin-dependent enzymes // Annu. Rev. Bio-chem.- 1989.- V. 58.- P. 195-221.

14. Carbamate kinase: New structural machinery for making carbamoyl phosphate, the common precursor of pyrimidines and arginine / A. Marina, P.M. Alzari, J. Bravo et al. // Prot. Sci.- 1999.- V. 8.- P. 934-940.

15. Huang X., Holden H.M., Raushel F.M. Chaneling of substrates and intermediates in enzyme-catalyzed reactions //Annu. Rev. Biochem.- 2001.- V. 70.- P. 149-180.

16. Carbamoyl phosphate synthetase: a crooked path from substrates to products / F.M. Raushel, J.B. Thoden, G.D. Reinhart, H.M. Holden // Curr. Opin. Chem. Biol. 1998. V. 2. P. 624-632.

17. Structure of carbamoyl phosphate synthetase: a journey of 96 A from substrate to product / J.B. Thoden, H.M. Holden, G. Wesenberg et al. // Biochemistry.- 1997.- V. 36.-P. 6305-6316.

18. Holden H.M., Thoden J.B., Raushel F.M. Carbamoyl phosphate synthetase: an amazing biochemical odyssey from substrate to product // Cell. Mol. Life Sci.- 1999,-V. 56.- P. 7-22.

19. Andersson I. Large structures at high resolution: the 1.6 A crystal structure of spinach ribulose-l,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase complexed with 2-carbo-xyarabinitol bisphosphate // J. Mol. Biol.- 1996.- V. 259.- P. 160-174.

20. Crystal structure of a novel-type archaeal Rubisco with pentagonal symmetry / K. Kitano, N. Maeda, T. Fukui et al. // Structure.- 2001.- V. 9.- P. 473-481.

21. Taylor T.C., Andersson I. The structure of the complex between Rubisco and its natural substrate ribulose 1, 5-bisphosphate // J. Mol. Biol.- 1997. V. 265.- P. 432444.

22. X-ray structure of Galdieria Rubisco complexed with one sulfate ion per active site / Y. Okano, E. Mizohata, Y. Xie et al. // FEBS Lett. 2002. V. 527. P. 33-36.

23. Долгих В.В., Долгих Е.А., Домкин В.Д. Изучение ферментов биосинтеза пу7 риновых нуклеотидов у плероцеркоидов цестод семейства Ligulidae II Паразитология.- 1992.- Т. 26, № 4.- С. 310-313.

24. Escherichia coli and Salmonella: cellular and molecular biology. In 2-nd ed.: Zalkin H., Nygaard P.- Washington: ASM, D.C., 1996.- V. 1.- 579 p.

25. Смирнов M.H. Изучение красного пигмента аденин-зависимого мутанта дрожжей Saccharomyces cerevisiae: Дис. . канд.биол.наук: 20.10.67 / ЛГУ им. А.А. Жданова.- Обнинск, 1967.- 129 с.

26. Красный пигмент аденин-зависимого мутанта дрожжей Saccharomyces cerevisiae / M.H. Смирнов, В.Н. Смирнов, Э.И. Будовский и др. // Мол. биология,-1967.- Т. 1, вып. 5.- С. 639-647.

27. Lukens L.N., Buchanan J.M. The enzymatic synthesis of 5-amino-l-ribozyl-4-imidazole carboxylic acid 5'-phosphate from 5-amino-l-ribozylimidazole and carbon dioxide //J. Biol. Chem.- 1959.- V. 234, № 7.- P. 1799-1805.

28. Charles H.P., Broadbent J.A. Carbon dioxide mutants in Neurospora // Nature.-1964.- V. 201.- P. 1004-1006.

29. Woods R.A. Response of ad-2 mutants of Saccharomyces cerevisiae to carbone dioxide // Mol. Gen. Genet.- 1969.- V. 105.- P. 314-316.

30. Vivian A., Charles H.P. The occurense and genetics of some C02 mutants in Streptomyces coelicolor // J. Gen. Microbiol.- 1970.- V. 61.- P. 155-161.

31. Handbook of genetics. Plenum press: ed. King, RD New York, 1974. V. 1.- 3951. P- .

32. Михайлова Н.П., Сойдла T.P. Влияние повышенной концентрации СО2 на фенотипическое проявление мутаций по генам adel и ade2 у дрожжей Saccharomyces cerevisiae II Генетика.- 1976.- Т. 12,- С. 117-127.

33. Изучение механизма фенотипической супрессии мутаций в гене ADE1 под действием СО2 у дрожжей Saccharomyces cerevisiae / К.В. Останин, В.В. Але-нин, В.Д. Домкин, М.Н. Смирнов // Вест. Ленингр. Ун-та.- 1988. Вып. 3, № 17.-С. 99-105.

34. Аленин В.В., Костикова Т.Р., Домкин В.Д. Обнаружение продуктов N-карбоксилирования ^-замещенных 5-аминоимидазолов в водных растворах бикарбоната калия // ЖОХ.- 1987.- Т. 57, вып. 3.- С. 692-701.

35. Levenberg В., Buchanan J.M. Structure, enzymatic synthesis, and metabolism of 5-amino-imidazole ribotide //JBC.-1957.- V. 224, № 2.- P. 1005-1118.

36. Янулайтис A.A., Субботина М.Ф., Смирнов М.Н. Изучение фосфорибозил-аминоимидазолкарбоксилазы у мутантных штаммов дрожжей Saccharomyces cerevisiae // Вестн. ЛГУ.- 1972.- № 9.- С. 144-152.

37. Изучение фосфорибозил-аминоимидазолкарбоксилазы у мутантных штаммов дрожжей Saccharomyces cerevisiae / А.А. Янулайтис, З.К. Николаева, М.В. Падкина и др. // Вестн. ЛГУ. 1972. № 21. С. 142-147.

38. The synthesis of 5-amino-l-(P-D-ribofuranosyl)-glyoaxaline-4-carboxamide and 4-amino-l-(P-D-ribofuranosyl)-glyoaxaline-5-carboxamide / J. Baddiley, J.G. Buchanan, F.E. Hardy, J. Stewart / // J. Chem. Soc. (C).- 1959, № 10.- P. 2893-2902.

39. Shaw G., Wilson D.V. Synthesis of some 5-amino-imidazol-4-carboxylic acids and 5-amino-l-(3-D-ribofuranosylimidazol-4-carboxylic acids // J. Chem. Soc. (C).-1962.- N. 8.- P. 2937-2944.

40. Ikehara M., Nakazawa N., Nakayama H. Synthesis of 5-aminoimidazole-4-carboxthioamide and nitro-l-beta-D-ribofuranosylimidazoles // Chem. Pharm. Bull. (Tokyo).- V. 10.- P. 660-664.

41. Аленин B.B., Домкин В.Д. Аномеры в синтезе имидазольных нуклеозидов по методу Шоу//Химия Гетероцикл. Соед.- 1974.- С. 275-276.

42. Аленин В.В. Синтез карбоксиаминоимидазолриботида и его аналогов и изучение субстратной специфичности аминоимидазолриботидкарбоксилазы дрожжей Saccharomyces cerevisiae: Дис. . канд.хим.наук: 10.06.78 / ЛГУ им. А.А. Жданова.- Л., 1978.- 199 с.

43. Cusak N.J., Shaw G. A simple synthesis in high yield of 2, 3-O-isopropylidene-p-D-ribofuranosylamine, an intermediate in the preparation of iV-substituted ribofu-ranosides //J. Chem. Soc. (D).- 1970.- N. 17.- P. 1114.

44. Аленин B.B., Домкин В.Д. Синтез ингибиторов аминоимидазолрибонуклео-тидкарбоксилазы // ЖОХ.- 1980.- Т. 50.- С. 2126-2132.

45. Yoshikawa M., Kato Т., Takenishi T. Novel method for phosphorylation of nucleosides to 5-nucleotides // Bull. Chem. Soc. Jpn.- 1969.- V. 42.- P. 3505-3512.

46. Sowa Т., Ouchi S. The facile synthesis of 5'-nucleotides by the almost complete phosphorylation of a primary hydroxyl group of nucleosides wich phosphoryl chloride // Bull. Chem. Soc. Jpn.- 1975.- V. 48, № 7.- P. 2084-2090.

47. Huang H.T. Preparation of 5-amino-l-P-D-ribosyl-4-imidazolecarboxamide-5'-phosphate and N-(5-amino-l-p-D-ribosyl-4-imidazolecarbonyl)-I-aspartic acid 5'-phosphate // Biochemistry.- 1965.- V. 4.- P. 58-62.

48. Cusack N.J., Shaw G., Litchfield G.J, Carboxylatione of some 5-aminoimidazoles and related compounds, including nucleoside and nucleotide, wich potassium hydrogen carbonate in aqueous solution // J. Chem. Soc. (C).-1971, № 8.- P. 1501-1507.

49. Litchfield G.J., Shaw G. A kinetic study of the decarboxylation of 5-amino-l-P-D-ribofuranosylimidazole-4-carboxylic acide 5'-phosphate and related compounds // J. Chem. Soc. (B).-1971, № 7.- P. 1474-1484.

50. Johnson S.L., Morrison D.L. Kinetics and mechanism of decarboxylation of N-acrylcarbamates. Evidences for kinetically important zvitterionic carbamic acide species of short lifetime // J. Am. Chem. Soc.- 1972.- V. 94, № 4.- P. 1323-1334.

51. Three-dimensional structure of iV5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthetase: a member of the ATP grasp protein superfamily / J.B. Thoden, T.J. Kappock, J. Stubbe, H.M. Holden // Biochemistry.- 1999. V. 38, № 47.- P. 15480-15491.

52. Crystal structure of Escherichia coli PurE, an unusual mutase in the purine bio-synthetic pathway / I.I. Mathews, T.J. Kappock, J. Stubbe, S.E. Ealick // Structure.-1999.-V. 7, № 11.-P. 1395-1406.

53. Acidophilic adaptations in the structure of Acetobacter aceti N^-carboxy-aminoimidazole ribonucleotide mutase (PurE) / E.C. Settembre, J.R. Chittuluru, C.P. Mill et al. // Acta Cryst. D.- 2004.- V. 60.- P. 1753-1760.

54. Crystal structure of a phosphoribosylaminoimidazole mutase PurE (TM0446) from Thermotoga maritima at 1.77-A resolution / R. Schwarzenbacher, L. Jaroszew-ski, F. von Delft et al. // Proteins.- 2004.- V. 55.- P. 474 -478.

55. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs / S.F. Altschul, T.L. Madden, A.A. Schaffer et al. // Nucl. Acids Res.-1997.- V. 25.- P. 3389-3402.

56. Hamilton P.T., Reeye J.N. Sequence divergence of an archaebacterial gene cloned from a mesophiilic and a thermophilic methanogen //J. Mol. Evol.- 1985.- V. 22, № 4.- P. 351-360.

57. The complete genome sequense of the hyperthermophilic, sulphate-reducing ar-chaeon Archaeoglobus fulgidus / H.P. Klenk, R.A. Clayton, J.F. Tomb, O. White et al. // Nature.- 1997.- V. 390.- P. 364-370.

58. Complete genome sequense of Methanobacterium thermoautotroficum deltaH: functional analysis and comparative genomics / D.R. Smith, L.A. Doucette-Stamm, C. Deloughery et al. // J. Bacterid.- 1997.- V. 179, № 22.- P. 7135-7155.

59. Sorensen I.S., Dandanell G. Identification and sequense analysis of Sulfolobus solfataricus purE and purK genes // FEMS Microbiol. Lett.- 1997.- V. 154, № 2.- P. 173-180.

60. Kirsch D.R., Whitney R.R. Pathogenicity of Candida albicans auxotrophic mutants in experimental infections // Infect. Immun.-1991.- V. 59, № 9.- P. 3297-3300.

61. Perfect J.R., Toffaletti D.L., Rude Т.Н. The gene encoding phosphorybosylami-noimidazol carboxylase (ADE2) is essential for growth of Cryptococcus neoformans in cerebrospinal fluid // Infect. Immun.- 1993.- V. 61, № 10.- P. 4446-4451.

62. Virulence of a phosphorybosylaminoimidazol carboxylase-deficient Candida albicans stran in an immunosupressed murine model of systemic candidiasis / M. Donovan, J.J. Schumuke, W.A Fonzi. et al. // Infect. Immun.- 2001.- V. 69, № 4.- P. 2542-2548.

63. Использование карбоксиаминоимидазолриботида для характеристики фос-форибозил-аминоимидазолкарбоксилазы дрожжей Saccharomyces cerevisiae / З.К. Николаева, В.В. Аленин, В.Д. Домкин, М.Н. Смирнов // Биохимия.- 1975. Т. 40, вып. 4.- С. 751-754.

64. Chen Z., Dixon J.E., Zalkin Н. Cloning of a chiken liver cDNA encoding 5-aminoimidazole ribonucleotide cxarboxylase and 5-aminoimidazole-4-A^-succinocarboxamide ribonucleotide synthetase by functional complementation of

65. Escerichia coli pur mutants // Proc. Natl. Acad. Sci.- 1990.- V. 87, № 8.- P. 30973101.

66. Тестирование активностей двух ферментов биосинтеза пуриновых нуклео-тидов АИР-карбоксилазы и САИКАР-синтетазы в экстрактах клеток человека / В.В. Аленин, М.Ф. Яковлева, И.М. Быстрова и др. // Вопр. мед. хим.- 1990.- № 36.- С. 59-63.

67. Fontenelle L.J., Henderson J.F. An enzymatic basic for the inability of erythrocytes to synthesize purine ribonucleotides de novo // Biochem. Biophys. Acta.- 1969.-V. 177, №1.-P. 175-176.

68. Ahmad F., Missimer P., Moat A.G. Aminoimidazole ribonucleotide carboxylase. Partual purificatione and properties // Canad. J. Biochem.- 1965.- V. 43.- P. 17231731.

69. Shaw G., Thomas S.E. Purine nucleotide biosynthesis in the brain // J. Neuro-chem.- 1976.- V. 27.- P. 637-639.

70. Аленин В.В., Останин К.В., Домкин В.Д. О методе биохимической идентификации мутаций у красных адешш-зависимых штаммов дрожжей // Прикл. биохим. микробиол.- 1989.- Т. 25, вып. 1.- С. 135-141.

71. Аленин В.В., Домкин В.Д. Аналоги 4-карбокси-5-аминоимидазолриботида (КАИР) с модифицированным остатком фосфорной кислоты // ЖОХ.- 1984.- Т. 54, вып. 10.- С. 2365-2373.

72. Очистка и некоторые свойства фосфорибозиламиноимидазол-карбоксилазы дрожжей Saccharomyces cerevisiae / З.К. Николаева, Е.А. Пушнова, А.А. Арон-штам и др. // Вест. Ленингр. Ун-та.- 1982.- № з. с. 92-98.

73. Bradford M. A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding // Anal. Biochem.-1976.- V. 72.- P. 248-254.

74. Laemmli U. K. Clevage of structural protein during the assembly of the head of bacteriophage T4 // Nature.- 1970.- V. 227.- P. 680-685.

75. Сборник методик по генетике дрожжей-сахаромицетов / И.А. Захаров, С.А. Кожин, Т.Н. Кожина, И.В. Федорова.- JT: Наука, 1984.- 123 с.

76. Rose M.D., Winston F., Hieter P. Metods in yeast genetics.- NY: CSHL Press., 1990.- 198 p.

77. Трибунских И.А., Аленин B.B. Изучение реакции карбоксилирования 1-замещенных 5-аминоимидазолов в водных растворах КНСОз и С02 // Вестн. СПбГУ.- 2001.- № 28.- С. 98-106.

78. Трибунских И.А., Аленин В.В. Образование N- и С-карбоксипроизвод-ных 5-аминоимидазолриботида, катализируемое ферментом АИР-карбо-ксилазой, выделенной из дрожжей Saccharomyces cerevisiae и эритроцитов человека // Вестн. СПбГУ.- 2001.- № 12.- С. 127-133.

79. Дивергенция биосинтеза инозин-5'-фосфата de novo / И.А. Трибунских, В.В. Аленин, С.И. Селиванов и др. // ДАН.- 2005.- Т. 400, № 4.- С. 546-549.

80. Катализ в химии и энзимологии: В 2 т.: Пер. с англ. / Под ред. чл.-корр. АН СССР И.В. Березина.- М.: Мир, 1972. Т. 1.- 259 с.

81. Protonic reorganisazation in catalysis by serine proteases: acylation by small substrates / D.M. Quinn, J.P. Elrod, R. Ardis et al. // J. Am. Chem. Soc.- 1980.- V. 102, № 16.- P. 5358-5365.