Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Характеристика спектра генов, дифференциально транскрибирующихся в ВИЧ-ассоциированных и спонтанных лимфомах человека
ВАК РФ 03.00.03, Молекулярная биология
Автореферат диссертации по теме "Характеристика спектра генов, дифференциально транскрибирующихся в ВИЧ-ассоциированных и спонтанных лимфомах человека"
На правах рукописи
Ненашева Валентина Валерьевна
ХАРАКТЕРИСТИКА СПЕКТРА ГЕНОВ, ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНО ТРАНСКРИБИРУЮЩИХСЯ В ВИЧ-АССОЦИИРОВАННЫХ И СПОНТАННЫХ ЛИМФОМАХ ЧЕЛОВЕКА
03.00.03.-молекулярная биология
Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук
Москва - 2004
Работа выполнена в Лаборатории молекулярной генетики ретровирусов и СПИДа Отдела вирусной и клеточной молекулярной генетики Институте молекулярной генетики РАН
НАУЧНЫЙ РУКОВОДИТЕЛЬ: кандидат биологических наук
Алексей Иванович Николаев
ОФИЦИАЛЬНЫЕ ОППОНЕНТЫ: доктор биологических наук, профессор
Мансур Мухамедович Гараев кандидат медицинских наук Владимир Витальевич Демкин ВЕДУЩАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ: НИИ эпидемиологии и микробиологии им.Н.Ф.Гамалеи (адрес: 123098, РФ, г.Москва, ул.Гамалеи, 18)
Защита состоится октября 2004 г. в 12-00 часов на заседании
диссертационного Совета Д.001.20.01 при ГУ НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского РАМН (адрес: 123098 Москва, ул. Гамалеи, 16) С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ГУ НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского РАМН.
Автореферат разослан сентября 2004 г.
Ученый секретарь диссертационного Совета,
доктор медицинских наук
Н.П. Косякова
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность проблемы.
Лимфоидные неоплазии представляют собой большую группу разнообразных злокачественных заболеваний, в которую входит так называемая болезнь Ходжкина, неходжкинские лимфомы (NHL), различные формы лейкемии и множественная миелома. В последние годы получено большое количество данных, касающихся молекулярных механизмов, приводящих к возникновению лимфом. Было выяснено, что одним из важных факторов онкогенеза и, в частности, лимфомогенеза являются вирусы (Magrath, 1990; 1992). Вирусы, по-видимому, ответственны примерно за 15% всех злокачественных опухолей человека. За последние годы произошел большой прогресс в изучении механизмов вирусного онкогенеза и его особенностей. В частности, развитие злокачественных NHL довольно часто ассоциировано с инфицированием людей вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ) (Bower, 2001; Carbone, 2002; Carbone et al, 2000; Frisch et al, 2001; Gaidano et al, 1996; Gaidano et al., 2000; Knowles, Pirog, 2001). NHL характерны для 3,5-12% ВИЧ-носителей (Frisch et al., 2001; Hiddemann, 1989). Количество случаев возникновения NHL значительно возросло с начала распротранения СПИДа (1984 год). Частота заболеваний NHL у ВИЧ-инфицированных пациентов в 200 раз выше, чем в целом в популяции людей (Spina et al., 1999).
Изучение молекулярных особенностей NHL показало как сходство, так и различие между ассоциированными и не ассоциированными с ВИЧ лимфомами. Было отмечено, что у ВИЧ-инфицированных пациентов в 15 раз чаще, чем у неинфицированных людей возникают лимфомы мозга и примерно в 3 раза чаще лимфомы с высокой степенью злокачественности (Cote et al., 1997). По регистрационным данным 1980-1990 гг. было подсчитано, что риск возникновения лимфом высокой степени злокачественности в 348 раз выше у пациентов со СПИДом, по сравнению с неинфицированными людьми, в то время как риск возникновения лимфом с низкой степенью злокачественности у ВИЧ-инфицированных пациентов только в 14 раз выше (Biggar et al., 1997). Высоко злокачественные диффузные В-крупноклеточные лимфомы (DLBCL) составляют примерно две трети системных NHL (Moses et al., 1998) и являются одними из наиболее часто встречающихся типов лимфом у больных СПИДом. В связи с этим изучение молекуля_рно-генетических
О ОС. НАЦИОНАЛЬНАЯ!
БИБЛИОТЕКА I СПетерОург * л J
оэ
механизмов возникновения и развития данной группы лимфом, возникающих у человека на фоне ВИЧ-инфекции и спонтанно, приобретает на сегодняшний день особую актуальность.
В настоящее время не известны надежные генетические маркеры как для ассоциированных с ВИЧ, так и для спонтанных DLBCL. Несмотря на то, что недавние исследования, касающиеся DLBCL, являются большим шагом по выяснению происхождения, генетических и клинических характеристик данной гетерогенной группы заболеваний, надо отметить, что механизмы возникновения DLBCL в целом и каждого заболевания из этой группы лимфом все еще остаются неясными. Необходимо изучить молекулярные особенности каждой конкретной лимфомы этого типа и идентифицировать группы генов, ответственные за различный прогноз течения заболевания и различный ответ на лечение, доступное в наши дни, и, таким образом, приблизиться к конечной цели - разработке совершенных стратегий борьбы с возникновением и развитием рака.
В настоящее время уже ясно, что в злокачественную трансформацию клеток, как правило, вовлечены не единицы и не десятки, а сотни генов. Поэтому сейчас на повестке дня встали следующие вопросы: изменение экспрессии каких генов связано с опухолевой трансформацией клетки, какие из этих генов могут играть ключевую роль и влиять на остальные гены, и в какой степени эта роль универсальна или специфична. Один из возможных подходов к решению этой проблемы, который был использован в данной работе, - сравнительный анализ транскрипции генов в разных типах раковых клеток и на разных этапах их злокачественного перерождения.
Цель и задачи работы.
Целью настоящей работы являлось изучение молекулярных механизмов ВИЧ-ассоциированного лимфомогенеза. В качестве объекта исследования были выбраны две ВИЧ-ассоциированне близкородственные лимфомы человека, относящиеся к классу DLBCL, - центробластная и иммунобластная, а также спонтанные лимфомы человека.
В соответствии с этой целью была поставлены следующие задачи: 1. С помощью модифицированного метода двухэтапной вычитающей гибридизации, сопряженной с двухступенчатым дифференциальным скринингом, обнаружить
гены, транскрипция которых повышена в двух ВИЧ-ассоциированных лимфомах (центробластной и иммунобластной) по сравнению с нормальными В-лимфоцитами, а также в каждой из двух лимфом по сравнению с другой.
2. Проанализировать уровни транскрипции отобранных генов в ВИЧ-ассоциированных и спонтанных лимфомах человека с целью выяснения влияния вируса на лимфомогенез.
3. Проанализировать уровни транскрипции отобранных генов в иммортализованных фибробластах человека, как модели раннего этапа злокачественного перерождения клетки.
Основные положения, выносимые на защиту.
1. Селектированы гены, дифференциально транскрибирующиеся в двух ВИЧ-ассоциированных лимфомах (центробластной и иммунобластной) по сравнению с нормальными В-лимфоцитами, а также в каждой из двух лимфом по сравнению с другой.
2. Выявлены как гены, специфичные для ВИЧ-ассоциированных лимфом, так и гены, универсальные для лимфомогенеза разной природы.
3. Обнаружены гены, связанные со злокачественным перерождением клетки уже на ранних этапах онкогенеза.
Научная новизна и практическая ценность работы.
В данной работе был разработан оригинальный метод двухэтапной вычитающей гибридизации с последующим двуступенчатым дифференциальным скринингом, сопряженный с ПЦР-амплификацией.
С помощью этого метода были обнаружены гены с известными функциями, активно экспрессирующиеся в двух ВИЧ-ассоциированных лимфомах (центробластной и иммунобластной) по сравнению с нормальными В-лимфоцитами, а также в каждой лимфоме по сравнению с другой.
Также были обнаружены новые гены с неизвестными функциями, дифференциально транскрибирующиеся в каждой лимфоме по сравнению с другой.
Впервые было показано, что изменение транскрипции генов a-myb, pub и кальпаина 4 специфично для ВИЧ-ассоциированных лимфом и не происходит в
спонтанных лимфомах человека. Кроме того, впервые было показано повышение транскрипции генов set, SMG-1, ND4 в лимфомогенезе человека, как в ВИЧ-ассоциированном, так и в спонтанном.
Установлено, что экспрессия генов ND1, ND4, СОХ2, set, a-myb, IL4R, SMG-1, pub, дифференциально транскрибирующихся в лимфомах, повышена по сравнению с нормой в одной или обеих проанализированных линиях иммортализованных фибробластов человека, что свидетельствует о возможном участии этих генов в злокачественной трансформации клеток на ранних этапах канцерогенеза.
Таким, образом, были идентифицированы гены, являющиеся возможными кандидатами на роль генетических маркеров для ВИЧ-ассоциированных DLBCL. Обнаружение таких маркеров может способствовать более точной и своевременной постановке диагноза, а также разработке современных методов лечения этих заболеваний.
Апробация работы.
Отдельные положения работы представлялись на 11-ой Международной Конференции «СПИД, рак и родственные проблемы» (Санкт-Петербург, октябрь 2003 г.) и на Ш-м съезде Всероссийского Биохимического общества (Санкт-Петербург, июнь 2002 г.). В завершенном виде результаты диссертационной работы были доложены на заседании Ученого совета Института молекулярной генетики РАН 25 июня 2004 г.
Публикации.
По материалам диссертации опубликовано 4 статьи и тезисы 2 докладов в материалах российских и международных конференций.
Структура и объем диссертации.
Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания методов исследования, изложения полученных результатов, их обсуждения, выводов и списка цитируемой литературы. Работа изложена на 133 страницах машинописного текста, включает 16 таблиц и 15 рисунков. Библиография включает 273 названия.
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
Биологический материал и его характеристика. Образцы биопсии двух ВИЧ-ассоциированных неходжкинских лимфом, возникшие у двух разных больных СПИДом (стадия WR-6) пациентов (W.S. (центробластная лимфома, далее лимфома 1) и H.H.G. (иммунобластная лимфома, далее лимфома 2); пол - мужской, возраст -43 и 36 лет, соответственно) были предоставлены проф. I. Schedel (Медицинская школа, Ганновер, Германия). Материал лимфомы 1 был выделен из левой миндалины. Образцы лимфомы 2 были получены из перипортальных надключичных лимфоузлов. Опухолевые клетки из обеих опухолей по данным иммуногистохимического анализа и ПЦР-анализа содержали вирусы ВИЧ-1 и EBV. Эти данные были получены в Лаборатории молекулярной генетики ретровирусов и СПИДа (ИМГ РАН, Москва) и в Немецком центре приматов (Геттинген, Германия). Кроме того, была проведена оценка уровня экспрессии некоторых генов, ассоциированных с лимфомогенезом, с помощью полуколичественного метода, основанного на гибридизации выбранных зондов с кДНК в точках. Экспрессия генов bcl-2, bcl-6, с-тус в обеих лимфомах была такая же, как и в нормальных В-лимфоцитах, а уровень экспрессии антионкогенов pRb ир53 был понижен в лимфоме 1 по сравнению с нормой; в лимфоме 2 экспрессия этих генов не изменялась.
Образцы тканей спонтанных лимфом для Нозерн-блот-анализа были предоставлены сотрудниками Гематологического научного центра РАМН. Характеристика этих опухолей представлена в таблице 1.
Таблица 1. Характеристика спонтанных лимфом, используемых в работе.
№№ Подтип (по классификации REAL) Пол/год рождения
3 (Б.З 860-864/01) DLBCL Жен/1900
4 (Б.956-998/01) FL, стадия II, смешанно-клеточная Жен/1945
5 (Б.3681-3682/01) FL Муж/1955
7 (Б. 1638-1644/00) DLBCL ?
9 (Б.1212-1216/01) FL, стадия I, преимущественно мелкоклеточная Муж/1936
10 (Б.1537-1539) DLBCL, лимфосаркома Муж/1975
13 (Б.334-336/01) Узловая склеротическая HD Муж/1971
14 (Б.2218-2219/00) Узловая склеротическая HD Муж/1978
DLBCL - диффузные В-крупноклеточные лимфомы; FL - фолликулярные лимфомы; HD
болезнь Ходжкина.
Линии нормальных (1214 и 1391) и иммортализованных (G3 и СН) фибробластов были предоставлены Лабораторией молекулярной генетики соматических клеток ИМГ РАН.
Вычитающая гибридизация в данной работе проводилась в два этапа. На первом этапе проводили два параллельных вычитания суммарной популяции кДНК из клеток лимфомы 1 (трейсер в одном вычитании) и лимфомы 2 (трейсер во втором вычитании) против суммарной популяции кДНК из В-лимфоцитов здорового донора (V.T.), предварительно проанализированного на СПИД (драйвер в обоих вычитаниях).
Обратную транскрипцию мРНК и последующую ПЦР проводили в случае трейссра и драйвера с разными праймерами: для трейсера использовали праймер Т1 (5'-CGCAGTCGACCG(T)13-3'), содержащий сайт рестриктазы SalGl, для драйвера -праймер Т2 (5'-GAGCCACGACCG(T)13-3') без сайта рестрикции.
Одновременно в ходе ПЦР в цепи кДНК трейсера были включены меченые [32Р] dATP. кДНК драйвера перед вычитанием биотинилировали. Гибридизацию трейсера и драйвера проводили в соотношении 1:30.
После каждого цикла вычитающей гибридизации избыток молекул двухцепочечного и одноцепочечиого драйвера, содержащих биотин, удаляли с помощью стрептавидина, к вычтенной пробе добавляли новую порцию биотинилированного драйвера и проводили следующий цикл вычитающей гибридизации. После удаления избытка драйвера стрептавидином селектированные молекулы кДНК вычтенной пробы достраивали и затем амплифицировали с помощью ПЦР. С помощью двух циклов, вычитающей гибридизации было достигнуто ~20-кратное обогащение популяций кДНК лимфомоспецифическими последовательностями. Степень обогащения в ходе гибридизации оценивалась по количеству меченого трейсера, не прогибридизовавшегося с драйвером и оставшегося после удаления драйвера. Полученные в результате вычитания кДНК клонировали по сайту рестриктазы SalGl, содержащемуся в праймерах на концах уникальных кДНК трейсера, в плазмидный вектор. Таким образом, на первом этапе были получены клонотеки кДНК лимфом 1 и 2, обогащенные лимфомоспецифическими кДНК.
Полученные вычтенные против нормальных В-лимфоцитов популяции кДНК лимфомы 1 и лимфомы 2 были использованы, во-первых, для клонирования и
дальнейшего анализа, во-вторых, как трейсеры на втором этапе вычитающей гибридизации.
На втором этапе проводили два параллельных вычитания - прямое (вычтенная популяция кДНК из клеток лимфомы 1 - трейсер против суммарной популяции кДНК лимфомы 2 - драйвер) и обратное (вычтенная популяция кДНК из клеток лимфомы 2 - трейсер против суммарной популяции кДНК лимфомы 1 - драйвер). Было проведено по три цикла прямого и обратного вычитания по. методике, использованной на первом этапе вычитающей гибридизации. В результате трех циклов в случае прямого вычитания было достигнуто ~ 10-кратное обогащение кДНК лимфомоспецифическими последовательностями, в случае обратного — 30-кратное обогащение.
В результате прямого вычитания на втором этапе была получена популяция кДНК, обогащенная последовательностями, уникальными для лимфомы 1 по сравнению с лимфомой 2.
В результате обратного вычитания на втором этапе была получена популяция кДНК, обогащенная последовательностями, уникальными для лимфомы 2 по сравнению с лимфомой 1.
После получения вычтенных клонотек кДНК осуществляли их двухэтапный скрининг.
На этапе первичного дифференциального скрининга по 200 колоний, содержащих рекомбинантные плазмиды с кДНК, гибридизовали на фильтрах с 1) меченой кДНК трейсера, вычтенной против В-лимфоцитов, 2) с меченой кДНК драйвера, полученной с помощью аналогичного вычитания популяции кДНК драйвера против самой себя для нормализации популяции кДНК драйвера, в результате чего были отобраны клоны кДНК, дающие дифференциальный сигнал, которые затем были взяты для вторичного дифференциального скрининга.
Вторичный скрининг отобранных клонов после первого и второго этапа вычитающей гибридизации проводили по различным схемам.
После первого этапа вычитания меченые рекомбинантные вставки кДНК гибризовали с фильтром, на который были нанесены в точки образцы суммарных популяций кДНК трейсера, драйвера и популяция кДНК вычтенного трейсера.
Дифференциальную экспрессию соответствующих генов оценивали по разнице гибридизационных сигналов, которые давали разные образцы кДНК.
После второго этапа вычитания рекомбинантные вставки кДНК наносили в точки одинаковым образом на три мембранных фильтра и проводили анализ их экспрессии в трейсере и драйвере с помощью дот-гибридизации. В качестве зондов использовали меченую кДНК лимфомы-трейсера, вычтенную против В-лимфоцитов, кДНК лимфомы-драйвера, вычтенную против В-лимфоцитов, и кДНК В-лимфоцитов, вычтенную против самой себя. Использовались лимфомные клонотеки кДНК, обогащенные вычитающей гибридизацией между кДНК лимфом и кДНК В-лимфоцитов крови, чтобы получить сильный сигнал для последовательностей кДНК, более представленных в лимфомах. Чтобы учесть частичную нормализацию, возникающую при вычитающей гибридизации, и уменьшить количество фальшивых сигналов, использовалась клонотека кДНК В-лимфоцитов крови, обогащенная вычитающей гибридизацией против самой себя.
Дифференциальную экспрессию соответствующих генов оценивали по разнице гибризационных сигналов. Количественную оценку гибридизации в каждой точке проводили с помощью компьютерной программы ImageQuant. Для дальнейшего анализа отбирались клоны, интенсивность гибридизации которых с трейсером была более чем в два раза выше по отношению гибридизации с драйвером и с В-лимфоцитами.
Дальнейший анализ отобранных клонов проводили с помощью Нозерн-блот гибридизации с суммарными РНК из клеток лимфом (спонтанных и ВИЧ-ассоциированных) и нормальных В-лимфоцитов и с суммарными РНК из нормальных и иммортализованных фибробластов человека. Результаты Нозерн-блот-анализа, полученные с помощью фосфоимиджера или после сканирования радиоавтографов, были количественно оценены с помощью - компьютерной программы ImageQuant. Была подсчитана оптическая плотность каждой полосы всех фильтров Нозерн-блот-анализа и пронормирована по контрольной гибридизации этих же фильтров с 0-актином (в случае мРНК лимфом) и с глицеральдегидфосфатдегидрогеназой (ОЛРБИ) (в случае мРНК фибробластов).
В качестве зондов для гибридизации использовали 8аЮ1 -фрагменты выделенных клонов в следующих случаях: ND\, СОХ1, hss2-1-6-7, 8Ы0-1,
рибосомный белок S8. В остальных случаях были использованы ПЦР-фрагменты соответствующих генов.
ПЦР, Нозерн-блот-анализ, клонирование в плазмидном векторе проводили по стандартным методикам (Sambrook et al, 1989).
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
1. Отбор генов, дифференциально транскрибирующихся в двух ВИЧ-ассоциированных лимфомах по сравнению с нормальными В-лимфоцитами, а также в каждой лимфоме по сравнению с другой.
Основная цель настоящей работы заключалась в поиске и анализе новых генов, вовлеченных в процесс спонтанного и вирус-ассоциированного онкогенеза, на примере лимфомогенеза. Для этой цели нами был разработан и использован модифицированный метод, основанный на двухэтапной вычитающей гибридизации с последующим двуступенчатым дифференциальным скринингом.
На первом этапе с помощью метода вычитающей гибридизации был выявлен и проанализирован спектр генов, экспрессия которых повышена в двух близкородственных ВИЧ-ассоциированных неходжкинских лимфомах — центробластной и иммунобластной (далее, лимфома 1 и лимфома 2, соответственно) по сравнению с нормальными В-лимфоцитами. При этом были выявлены гены, высокоэкспрессирующиеся в клетках одной (лимфома 1: ген субъединицы I НАДН дегидрогеназы (ND1), ген Х-цепи иммуноглобулина (JJg), интерферон-индуцибельный ген INFind 6-16, онкоген set; лимфома 2: гены, кодирующие цитохром Ь, субъединицу VI АТФ-синтазы) или обеих лимфом по сравнению с нормальными В-лимфоцитами (гены субъединицы IV НАДН дегидрогеназы (ND4), субъединицы 2 цитохром-с-оксидазы (СОХ2), ген, гомологичный 16S рРНК (гуманин)). Однако в этом варианте вычитающей гибридизации повышенная транскрипция некоторых генов в лимфомах по сравнению со зрелыми лимфоцитами могла быть обусловлена не только злокачественным перерождением этих клеток, а и некоторыми другими факторами, например, отличиями в пролиферативной активности сравниваемых популяций клеток.
Поэтому дополнительно была использована двухэтапная вычитающая гибридизация между кДНК этих двух типов лимфом. Такая постановка эксперимента
позволяла исключить те сложно интерпретируемые моменты, которые имели место при проведении вычитающей гибридизации между кДНК лимфом и зрелых лимфоцитов. В результате прямой и обратной двухэтапных вычитающих гибридизаций был детектированы нуклеотидные последовательности кДНК, экспрессия которых была повышена в каждой из лимфом по сравнению с другой.
В результате скрининга было отобрано 33 позитивных клона кДНК, специфичных для лимфомы 1, экспрессия которых была повышена в лимфоме 1 по сравнению с лимфомой 2 (и по сравнению с В-лимфоцитами) в 2-5 раза, и 22 позитивных клона кДНК, специфичных для лимфомы 2, экспрессия которых была повышена в лимфоме 2 по сравнению с лимфомой 1 в 2-20 раз. Размеры фрагментов кДНК варьировали от 200 до 500 п.н. Эти фрагменты кДНК были частично секвенированы, и их последовательности были сравнены с существующими базами данных нуклеотидных последовательностей генома человека (табл. 2).
Полученные результаты позволили выделить среди отбранных генов три группы.
1) Последовательности кДНК, имевшие гомологию с известными генами и выявленные нами в ходе анализа клонотек как после первого, так и после второго этапа вычитающей гибридизации.
2) Последовательности кДНК, имевшие гомологию с известными генами и выявленные нами в ходе анализа клонотеки, полученной в результате двух этапов вычитающей гибридизации, и не обнаруженные после первого этапа.
3) Последовательности кДНК, имевшие гомологию только с EST (expressed sequenced tags) и с участками геномной ДНК.
Последовательности кДНК первой группы включали в себя последовательности, гомологичные онкогену set, константной области гена митохондриальному гену ND4, интерферон-индуцибельному гену 6-16, гену 16S рРНК и др. По-видимому, эти гены высокоэкспрессируются в клетках лимфомы 1 по сравнению с лимфомой 2 и с В-лимфоцитами, поэтому обогащение популяции кДНК на первом этапе (вычитание против В-лимфоцитов) в 20 раз уже позволило их выявить. Выявление этих генов после второго этапа позволило предположить, что увеличение их экспрессии связано не только с изменением скорости роста и
пролиферации клеток, но и с конкретными специфичными для лимфомы 1 изменениями.
Таблица 2. Гены, дифференциально транскрибирующиеся в ВИЧ-
ассоциированных лимфомах человека.
Лимфома Гены, экспрессия которых повышена в одной из лимфом по сравнению как с В-лимфоцитами, так и с другой лимфомой Гены, экспрессия которых повышена только в одной из лимфом по сравнению с другой
1 онкоген set, митохондриальный ген ND4, кодирующий субъединицу 4 НАДН-дегидрогеназы, гены иммуноглобулинов, ген, гомологичный I6SpPHK (гуманин), IFN-ind 6-16 Онкоген a-myb, гены кальций-зависимой цистеиновой протеиназы кальпаина 4, транспортного белка ТАР2, ILS, рецептора 1L-4R, рибонуклеопротеина hnRNPAl, гены с неизвестными функциями (9)
2 ISMG-l, рибоеомный белок S8 гены с неизвестными функциями 1(8)
Среди второй группы генов присутствовали гены рецептора интерлейкина 4 (IL4R), транспортного белка ТАР2, онкоген a-myb и ген малой субъединицы протеиназы калпаина 4 (в случае лимфомы 1) и SMG-1 и ген рибосомного белка S8 (в случае лимфомы 2). Они были обнаружены в популяции кДНК при достаточно высоком суммарном обогащении (после двух этапов вычитания). Выявление этих генов в клонотеке, полученной после вычитания как против нормальных В-лимфоцитов, так и против другой лимфомы, позволило предположить специфичность этих генов для данной ВИЧ-ассоциированной лимфомы.
В третью группу входили 17 клонов кДНК (9 - в случае лимфомы 1 и 8 в случае лимфомы 2), гомологичных различным ранее клонированным, но пока не идентифицированным последовательностям кДНК (EST). Возможность обнаружения новых лимфомоспецифических генов с еще не известными функциями является одним из преимуществ использованного метода вычитающей гибридизации.
Таким образом, в результате вычитающей гибридизации и двухступенчатого дифференциального скрининга мы выявили последовательности кДНК, которые
повышенно транскрибируются в клетках одной из лимфом по сравнению с другой. Чтобы дополнительно проверить эти данные, мы провели Нозерн-блот-гибридизацию тотальной РНК, выделенной из лимфом 1 и 2 и В-лимфоцитов здорового человека, с ПЦР-фрагментами нескольких обнаруженных нами дифференциально транскрибирующихся в лимфомах генов.
В случае Нозерн-блот-гибридизации с использованием зонда к онкогену set нами было обнаружено, что в ВИЧ-ассоциированных лимфомах 1 и 2 присутствует единственный транскрипт этого гена длиной 780 н., и его количество значительно увеличено в клетках лимфомы 1 по сравнению с В-лимфоцитами крови (рис. 1а, табл. 3) В лимфоме 2 экспрессия set тоже была повышена по сравнению с нормой, но в меньшей степени (по результатам дифференциального скрининга, табл. 3).
В
set
а
Р-актин ,.
Рисунок 1. Анализ уровней транскрипции онкогенов а-туb и set в нормальных В-лимфоцитах и клетках ВИЧ-ассоциированных лимфом 1 и 2 с помощью Нозерн-блот-гибридизации Дорожка В - тотальная РНК из В-лимфоцитов здорового человека, дорожка 1 - тотальная РНК из лимфомы 1; дорожка 2 - тотальная РНК из лимфомы 2 (а) гибридизационный зонд - ПЦР-фрагмент гена set, (б) зонд - ПЦР-фрагмент гена а-туЪ Контроль равномерности загрузки РНК при электрофорезе - Нозерн-блот-гибридизация этих же фильтров с ПЦР-фрагментом гена
Скрининг клонотеки кДНК, полученной в результате прямого вычитания (обогащенная популяция кДНК лимфомы 1 против суммарной популяции кДНК лимфомы 2), выявил ген а-туЪ, экспрессия которого была выше в клетках лимфомы 1 по сравнению с клетками лимфомы 2. Ген SMG-1 был обнаружен в результате обратного вычитания (обогащенная популяция кДНК лимфомы 2 против суммарной популяции кДНК лимфомы 1). Нозерн-блот анализ экспрессии этих двух генов показал, что экспрессия а-туb (транскрипт примерно 1700-1800 н.) была выше в клетках лимфомы 1, чем в клетках лимфомы 2 (в 8 раз) и чем в нормальных В-лимфоцитах (в 26 раз) (рис. 16, табл. 3), а экспрессия SMG-1 в лимфоме 2 выше
примерно в 8 раз по сравнению с лимфомой 1 и в 5 раз выше по сравнению с В-лимфоцитами (табл. 3). Таким образом, данные Нозерн-блот-гибридизации полностью подтверждают наши данные, полученные в результате дифференциального скрининга, что служит дополнительным доказательством адекватности использованной процедуры.
2. Сравнительный анализ экспрессии некоторых лимфомоспецифических генов из ВИЧ-ассоциированных лимфом в образцах спонтанных лимфом и нормальных В- и Т-лимфоцитов.
Чтобы выяснить, насколько специфична повышенная транскрипция выявленных нами генов для ВИЧ-ассоциированных лимфом, мы провели Нозерн-блот-анализ экспрессии этих генов в спонтанных, не ассоциированных с ВИЧ, лимфомах. В качестве контроля проводили гибридизацию этих же фильтров с меченым ПЦР-фрагментом гена В экспериментах были использованы
образцы различных лимфом, характеристика которых дана в таблице 1.
Онкоген a-myb характеризуется по нашим данным повышенной транскрипцией в клетках лимфомы 1 по сравнению с лимфомой 2. С помощью Нозерн-блот-гибридизации • нами было показано, что в В- и Т-лимфоцитах, а также во всех проанализированных образцах спонтанных лимфом, среди которых присутствовали лимфомы, относящиеся к DLBCL, FL и HD, ген a-myb не экспрессировался (или экспрессировался ниже уровня чувствительности эксперимента) (табл. 3).
По данным, полученным с помощью микрочипов (Alizadeh et al., 2000), экспрессия a-myb повышена в клетках GC, FL и понижена в клетках большинства DLBCL, не ассоциированных с ВИЧ. Таким образом, с учетом наших и литературных данных, повышение экспрессии а-туЪ оказывается специфичным для ВИЧ-ассоциированных DLBCL, возможно, для определенного подтипа этих лимфом.
В специфической для лимфомы 1 клонотеке кДНК последовательность онкогена set встречалась в 8% клонов. По данным (Nagata et al., 1995), в результате альтернативного сплайсинга происходит образование нескольких транскриптов гена set, трансляция которых приводит к появлению в клетках по крайней мере двух форм белка TAF-1. Собственно белок SET представлет собой TAF-lp изоформу и
транслируется с нескольких MPIIK, различающихся размером З'-нетранслируемой части, в то время как TAF- 1 а транслируется с мРНК set размером 1262 н.
Проведенный нами анализ экспрессии гена set в В- и Т-лимфоцитах и лимфомах методом Нозерн-блот гибридизации показал, что в клетках этих типов образуется только один транс крипт длиной 780 н., кодирующий TAFlß/SET. Его экспрессия была повышена по сравнению с В-лимфоцитами в шести спонтанных лимфомах (3, 4, 5, 7, 10, 14). Экспрессия не изменялась или была понижена по сравнению с нормальными В-лимфоцитами в двух лимфомах (9 и 13) (рис. 2а и табл. 3). Количественная оценка результатов гибридизации гена set в лимфомах, нормированная на интенсивность гибридизации в В-лимфоцитах, приведена на гистограмме на рис. 2в.
По данным, полученным с помощью микрочипов, ген set входит в спектр высокоэкспрессирующихся в DLBCL генов (Alizadeh et al., 2000). На основании полученных нами данных можно предположить, что повышение экспрессии set происходит преимущественно в лимфомах, состоящих из крупных и средних лимфоцитов фолликулярного центра, образующихся на более ранних этапах в GC, а понижение - в лимфомах, которые возникают на более поздних стадиях созревания лимфоцитов в GC (например, центроциты).
Повышенная транскрипция в лимфоме 1 по сравнению с лимфомой 2 характерна и для гена малой субъединицы кальций-зависимой цистеиновой протеиназы кальпаина 4. Длительное время влияние кальпаинов связывали исключительно со способностью вызывать апоптоз. Однако к настоящему времени появилось несколько работ, где была обнаружена повышенная экспрессия кальпаинов в раковых клетках (Zhu, Uckun, 2000; Wang et al., 2003; Wittkowski et al., 2002). Один из возможных путей участия кальпаина в злокачественной траенформации клетки связан с его способностью расщеплять супрессор опухолей р53 (Kurland, Meyn, 2001). Возможно, что именно с этими свойствами связан и обнаруженный нами эффект увеличения экспрессии гена малой субъединицы кальпаина 4 в клетках лимфомы 1. По нашим данным, экспрессия этого гена не детектировалась ни в нормальных В- и Т- лимфоцитах, ни в спонтанных лимфомах человека (табл. 3), что позволяет предположить специфичность увеличения экспрессии кальпаина 4 для ВИЧ-ассоциированной DLBCL.
set ND4
Рисунок 2. Анализ экспрессии генов set, ND4 и SMG-1 в нормальных В-лимфоцитах и спонтанных лимфомах с помощью Нозерн-блот-гибридизации. Дорожки В и Т - тотальная РНК из В- и Т-лимфоцитов здорового человека; дорожки 3, 4, 5, 7, 9, 10, 13, 14 - тотальная РНК из лимфом 3, 4, 5, 7, 9, 10, 13, 14 (см. табл. 1). (а) зонды ПЦР-фрагменты генов set и ND4; (б) зонд SalGl-фрагмент клона, гомологичного гену SMG-1; (в) - гистограммы разницы сигналов гибридизации зонда с лимфомами и с В-лимфоцитами, пронормированная по контрольной гибридизации этих же фильтров с р-актином, оцененной с помощью компьютерной программы ImageQuant. Контроль равномерности загрузки РНК при электрофорезе - Нозерн-блот-гибридизация этих же фильтров с ПЦР-фрагментом гена актина
При изучении спектра дифференциально транскрибирующихся в лимфомах 1 и 2 генов нами бвгли идентифицированы митохондриальные гены, кодирующие белки окислительного фосфорилирования. В других исследованиях также отмечалось вовлечение регуляции экспрессии митохондриального генома в процесс злокачественной трансформации (Cavalli et al., 1997; Cavalli et al., 1998; Reed, 1999).
На возможное вовлечение ряда митохондриальных генов, в том числе СОХ2 и ND4, в развитие лимфом указывают и данные, полученные в ходе анализа В-клеточной центробластной лимфомы, экспериментально индуцированной у обезьян (Масаса mulatto) вирусом SIVmac (Tarantui et al., 2001). Увеличение экспрессии этих генов нельзя объяснить увеличением количества митохондрий в опухолевых клетках, так как повышенно транскрибировались только некоторые гены, в то время как экспрессия ряда других митохондриальных генов в клетках лимфом оставалась без изменения (Николаев и др., 2001). Нозерн-блот-анализ экспрессии двух митохондриальных генов (гена ND4, выявленного нами в результате вычитающей гибридизации, и СОХЗ) в спонтанных лимфомах показал, что наряду с увеличением экспрессии обоих генов в некоторых спонтанных лимфомах (3, 4, 7,10, 14) по сравнению с В-лимфоцитами, было обнаружено понижение их экспрессии в одной лимфоме (9) и отсутствие изменений в экспрессия этих митохондриальных генов в другой лимфоме (13) (рис. 2 а). В лимфоме 5 была повышена экспрессия только гена СОХЗ. Количественная оценка результатов гибридизации гена ND4 в лимфомах, нормированная на интенсивность гибридизации в В-лимфоцитах, приведена на гистограмме на рис. 2в. Таким образом, изменение экспрессии этих генов в лимфомах нельзя объяснить лишь относительным изменением количества митохондриалыюй ДНК в опухолевых клетках или повышенной активностью митохондрий.
При анализе обогащенной клонотеки кДНК из лимфомы 2 нами было обнаружено повышенное количество неполноразмерного транскрипта гена SMG-1. По результатам Нозерн-блот-анализа повышенная экспрессия гена SMG-1 по сравнению с нормальными В-лимфоцитами наблюдалась в ВИЧ-ассоциированной лимфоме 2 и большинстве проанализированных спонтанных лимфом (5, 7, 9, 13, 14) (рис. 26 и табл. 3), что свидетельствует о вовлеченности этого гена в лимфомогенез различной природы. В лимфомах 5 и 7 экспрессировались два более коротких транскрипта. В лимфоме 10 ген SMG-1 не экспрессировался.
Ранее в центробластной лимфоме обезьян, ассоциированной с SIV, была обнаружена повышенная экспрессия гена, практически идентичного KIAA0129 (TRIM14) человека (Tarantui et al., 2000). Недавно было показано, что KIAA0129 представляет собой ген pub, повышенная экспрессия которого приводит к ингибированию активности транскрипционного фактора PU.1, существенного для
дифференцировки и пролиферации В-лимфоцитов и клеток меилоидного ряда (Hirose etal.,2003).
Таблица 3. Анализ экспрессии некоторых генов в ВИЧ-ассоциированных и спонтанных лимфомах с помощью Нозерн-блот-гибридизации и дифференциального скрининга.
Лимфомы Гены, специфичные для ВИЧ-ассоиииро ванных лимфом Гены, участвующие в лимфомогенезе
a-myb pub Кальпаии set SMG-1 ND4 сохз
ВИЧ-ассоциирован ные DLBCL (1) ++ + ++ ++ + ++
DLBCL (2) + + + + ++ +
Спонтанные DLBCL (3) N - N + + +
DLBCL (7) N — N + + + +
DLBCL (10) N - N + - + +
FL(4) ' N - N + +
FL(5) N - N + + N +
FL(9) N - N N + - -
HD (13) N - N N + N N
HD (14) ' N - N + + + +
«+» - выше нормы, «-» - ниже нормы, «14» - как в норме, БЬВСЬ - диффузные В-крупноклеточные лимфомы, ГЬ - фолликулярные лимфомы, НР - болезнь Ходжкина
По данным проведенной нами дог-гибридизации, экспрессия pub оказалась в 2 раза выше в лимфомах 1 и 2 по сравнению с В-лимфоцитами. В то же время, по данным Нозерн-блот-анализа, экспрессия pub не детектировалась ни в нормальных Т-лимфоцитах, ни в спонтанных лимфомах человека при наличии слабой экспрессии в нормальных В-лимфоцитах (табл. 3). Таким образом, по-видимому, повышение экспресии генариЬ специфично для ВИЧ^]У-ассоциированного лимфомогенеза.
Таким образом, в результате Нозерн-блот-анализа экспрессии отобранных генов в клетках спонтанных и ВИЧ-ассоциированных лимфом, а также анализа литературных данных выделились две группы генов:
1) гены a-myb,pub, ген кальпаина 4, экспрессия которых повышена только в клетках одной или обеих вирус-ассоциированных лимфом человека и не изменялась (или понижалась) в спорадических лимфомах, т.е., по нашим данным, повышение экспрессии этих генов специфично для ВИЧ-ассоциированных лимфом в отличие от спонтанных;
2) гены set, ND4, СОХЗ и SMG-1, экспрессия которых изменяется как в ВИЧ-ассоциированных, так и в спонтанных лимфомах и, видимо, связана не с действием вируса, а со злокачественными изменениями в клетках DLBCL.
3. Анализ экспрессии некоторых выявленных лимфомоспецифичных генов в нормальных и иммортализованных вирусом SV40 фибробластах человека.
Для выяснения молекулярных механизмов, приводящих к злокачественной трансформации клеток, необходимо иметь представление, какие именно гены повышенно транскрибируются уже на ранних этапах злокачественного перерождения клеток и, возможно, оказывают влияние на дальнейшие события. Мы полагаем, что иммортализованные диплоидные клетки человека в определенной мере могут служить моделью для идентификации генов, ответственных за иммортализацию, т.е. за первый этап малигнизации клетки. Исследование экспрессии выявленных лимфомоспецифических генов в иммортализованных клетках, как модели раннего онкогенеза, может быть одним из возможных подходов к выяснению причинно-следственных связей, возникающих при злокачественной трансформации клетки.
На рисунке 3 и в таблице 4 приведены результаты Нозерн-блот-гибридизации отобранных лимфомоспецифичных последовательностей с тотальной РНК из клеток нормальных фибробластов (линии 1214 - эмбриональные фибробласты и 1391 -фибробласты взрослого человека) и двух линий фибробластов человека, иммортализованных вирусом SV40 и Т-антигеном вируса SV40 (линии СН и G3, соответственно), полученных в Лаборатории молекулярной генетики соматических клеток ИМГ РАН (Иноземцева и др., 2001).
Содержание некоторых транскриптов онкогена set было повышено в обеих линиях иммортализованных фибробластов (2100 н., 1700 н.) по сравнению с нормальными. Экспрессия одной из форм (780 н.) была повышена в линии СН по
сравнению с линией нормальных фибробластов 1214 в 7 раз и значительно понижена в линии G3 по сравнению с линией нормальных фибробластов 1391, а транскрипция мРНК (1200 н) была обнаружена только в линии нормальных фибробластов взрослого человека 1391 и не детектировалась как в эмбриональных фибробластах (1214), так и в обеих линиях иммортализованных фибробластов (рис За и табл 4)
set
GAPDH
а б
Рисунок 3. Нозерн-блот анализ экспрессии онкогена set и гена кальпаина 4 в линиях нормальных и иммортализованных фибробластов Дорожки 1214, 1391 - тотальная РНК из клеток линий 1214 и 1391 нормальных фибробпастов, соответственно, дорожки СН, G3 -тотальная РНК из клеток иммортализованных линий СН и G3 В качестве зондов использовались ПЦР-фрагменты генов set (а) и кальпаина (б) Контроль равномерности загрузки РНК при электрофорезе - Нозерн-блот-гибридизация ПЦР-фрагмента гена глицеральдегидфосфат дегидрогеназы (GAPDH)
По-видимому, в фибробластах человека уже на стадии иммортализации клеток происходит значительное увеличение транскрипции мРНК, кодирующих TAF-ip изоформу (2100н, 1700 н ), и подавление транскрипции мРНК, кодирующей изоформу (1200 н) Кроме того, в линии эмбриональных фибробластов 1214 также подавлена экспрессия при достаточно высокой экспрессии
Экспрессия гена кальпаина не менялась в линии G3 по сравнению с нормальными клетками (1391), но была понижена в линии СН по сравнению с контрольными фибробластами (1214) (рис 35 и табл 4) Транскрипция гена a-myb была повышена в обеих линиях иммортализованных фибробластов в 4 раза по сравнению с контрольными клетками (табл 4)
Анализ в нормальных и иммортализованных фибробластах экспрессии генов а также обнаруженных нами и другими авторами
(Strome et al., 2002; Husson et al., 2002; Obiri, Puri, 1994) среди генов, экспрессия которых повышается в клетках лимфом по сравнению с нормальными В-лимфоцитами, показал, что экспрессия cdL4R и yiL2R была повышена в иммортализованных клетках по сравнению с нормальными в 2-8 раз (табл. 4).
Таблица 4. Анализ экспрессии некоторых лимфомоспецифических генов в двух линиях иммортализованных фибробластах человека (СН и 03) по сравнению с нормальными (линии 1214 и 1391).
Ген Линия СН Линия G3
set.
кодирующая область
мРНК 2100н. + +
мРНК 1700 н. + +
мРНК 1200 н. - —
мРНК 780 н. + —
Кальпаин — N
a-myb + +
ctIL4R +
ylL2R +* +
alL13R N
IL4 N
IL2 N
ТАР2 Нет Нет
hss2-l-6-7 Her Нет
*- образуется транскрипт большего размера, чем в контрольных клетках.
"+" - экспрессия повышена по сравнению с контролем;- экспрессия понижена по
сравнению с контрольными клетками; «Нет» - нет экспрессии; "Ы" - как в норме.
Кроме того, в линии СН по сравнению с 1214 для обоих генов наблюдалось увеличение размера транскрипта. Экспрессия 1Ь13Я, 1Ь4 и 1Ь2 при иммортализации фибробластов не изменялась. Таким образом, при иммортализации фибробластов человека вирусом 8У40 или его антигеном повышалась экспрессия мРНК, кодирующих белки, из которых состоит именно рецептор интерлейкина 4.
Кроме того, мы проанализировали экспрессию ряда генов в линии 03 иммортализованных фибробластов по сравнению с нормальными (линия 1391) (рис. 4, табл. 5). Транскрипция всех митохондриальных генов МЛ, ЫБ2, МВ4, СОХ2, СОХ3, взятых на анализ, была повышена в иммортализованных фибробластов по сравнению с нормальными (рис. 4а и табл. 5). Таким образом, при иммортализации
фибробластов, в отличие от лимфом, наблюдается повышение количества транскриптов всех проанализированных нами генов, кодирующих белки окислительного фосфорилирования, которое в данном случае может быть связано с увеличением числа митохондрий или усилением их активности на ранних этапах онкогенеза.
Неполноразмерный транскрипт гена SMG-1 присутствовал в повышенном количестве в иммортализованных фибробластах (линия G3) по сравнению с нормальными (линия 1391) (рис. 4б и табл. 5). Экспрессия гена рибосомного белка S8, напротив, была понижена в линии G3 по сравнению с нормальными фибробластами (1391) (рис. 4в и табл. 5).
Экспрессия генаpub была повышена в 3 раза в линии G3 по сравнению с контрольной линией 1391 (рис. 4г и табл. 5).
Рисунок 4. Нозерн-блот анализ экспрессии генов, дифференциально транскрибирующихся в лимфомах, в линиях нормальных и иммортализованных фибробластов человека. Дорожка 1391 - тотальная РНК из линии нормальных фибробластов 1391; дорожка G3 - тотальная РНК из линии иммортализованных фибробластов G3. В качестве зондов (а) ПЦР-фрагменты генов ND1, ND2, ND4, СОХ2, СОХЗ; (б), (в), (г) - SaIGI-фрагменты клонов, гомологичных генам SMG-1, рибосомного белка S8 и pub, соответственно. Контроль равномерности загрузки РНК при электрофорезе - Нозерн-блот-гибридизация этих же фильторов с ПЦР-фрагментом гена глицеральдегидфосфат дещдрогеназы (GAPDH).
Таблица 5. Анализ экспрессии некоторых лимфомоспецифических генов в линии иммортализованных фибробластах человека 03 по сравнению с нормальными (линия 1391).
Таким образом, мы провели анализ экспрессии обнаруженных генов в нормальных и иммортализованных фибробластах. Все проанализированные гены по результатам Нозерн-блот гибридизации можно разделить на две группы.
1) Гены, вероятно связанные с онкогенезом уже на ранних этапах малигнизации, экспрессия которых повышается при иммортализации клеток (ND1. ND4, СОХ2, set (мРНК, кодирующая TAF1-p/SET), а-туb, IL4R, SMG-l.pub).
2) Гены, экспрессия которых понижается в иммортализованных фибробластах по сравнению с нормой (рибосомный белок S8, ген кальпаина 4).
Обнаруженные нами сходные изменения в транскрипции ряда генов при лимфомогенезе и при иммортализации фибробластов человека служат определенным указанием на то, что эти гены могут быть весьма тесно связаны с механизмами злокачественного перерождения клеток. Вместе с тем, вопрос о причино-следственной связи между повышенной экспрессией селектированных нами генов и малигнизацией клетки пока нельзя считать полностью решенным.
Таким образом, в результате данной работы, проведенной с использованием двухэтапного вычитания, были выявлен спектр новых лимфомоспецифических генов. Основываясь на собственных и литературных данных, можно предполагать, что уровень транскрипции этих генов изменяется, по-видимому, на различных этапах злокачественной трансформации клеток и для ряда генов связан скорее всего с действием ВИЧ. Мы считаем, что детализированное определение спектра генов, изменяющих свою экспрессию в
лимфомных клетках, является важным шагом в понимании молекулярных процессов,
лежащих в основе ВИЧ-ассоциированного и спонтанного лимфомогенеза.
ВЫВОДЫ.
1. Определены спектры генов, повышенно транскрибирующихся в двух типах диффузных В-крупноклеточных лимфом человека (центробластной и иммунобластной), ассоциированных с вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ).
2. В центробластной лимфоме по сравнению с иммунобластной увеличена транскрипция следующих генов: онкогенов set и a-myb, генов НАДН-дегидрогеназы 4 (ND4), иммуноглобулинов, интерлейкина 5, рецептора интерлейкина 4, транспортного белка ТАР2, рибонуклеопротеина hnRNP A1 и девяти генов с еще не охарактеризованными функциями. В иммунобластной лимфоме по сравнению с центробластной повышенно транскрибировались гены SMG-1, рибисомного белка S8 и восемь генов с еще не охарактеризованными функциями.
3. Выявлены гены (a-myb, pub и кальпаин 4), транскрипция которых повышена только в клетках ВИЧ-ассоциированных лимфом человека и не изменялась в спонтанных лимфомах по сравнению с нормальными В-лимфоцитами.
4. Как в ВИЧ-ассоциированных, так и в спонтанных лимфомах по сравнению с нормальными В-лимфоцитами происходила повышенная транскрипция генов set, ND4 и SMG-1, что, по-видимому, связано с участием этих генов в развитии лимфом разного происхождения.
5. Определены лимфомоспецифические гены (ND1, ND4, С0Х2, set, a-myb, IL4R, SMG-1, pub), транскрипция которых повышена в иммортализованных фибробластах человека по сравнению с нормальными клетками, что, вероятно, свидетельствует об участии этих генов в злокачественных изменениях в клетке уже на ранних этапах онкогенеза.
6. Показана дифференциальная транскрипция гена set (TAF1) в иммортализованных фибробластах человека по сравнению с нормальными клетками. В иммортализованных фибробластах увеличивалось количество мРНК и уменьшалось количество мРНК
Список опубликованных работ по теме диссертации.
1. Николаев А. И., Хенниг X., Мухоян И. А., Ненашева В. В., Калмырзаев Б. Б., Дубовая В. И., Хунсманн Г., Бодемер В. Анализ лимфомоспецифичных транскриптов в В-клеточных неходжкинских лимфомах больных, инфицированных вирусом иммунодефицита человека типа 1 // Молекулярная биология.-1999.- Т.ЗЗ.- №2.- С.252-260.
2. Tarantul V., Nikolaev A., Hannig H., Kalmyrzaev В., Muchoyan I., Maximov V., Nenasheva V., DubovayaV., HunsmannG., Bodemer W. Detection of abundantly transcribed genes and gene translocation in human immunodeficiency virus associated non-Hodgkin's lymphoma//Neoplasia.-2001.- V.3.- №2.- P. 132-142.
3. Ненашева В.В., Максимов В.В., Николаев А.И., Тарантул В.З. Сравнительный анализ уровней транскрипции генов в двух типах ВИЧ-ассоциированных лимфом // Молекулярная генетика, вирусология и микробиология.- 2001.- №4.-С.27-31.
4. Ненашева В.В., Николаев А.И., Иноземцева Л.С., Дубовая В.И., Тарантул В.З. Исследование экспрессии лимфомоспецифических генов в иммортализованных фибробластах человека // Сб. тезисов Ш съезда Всероссийского Биохимического общества.- Санкт-Петербург.- июнь 2002 г.
5. Ненашева В.В., Тарантул В.З., Николаев А. И. Новый подход двуступенчатой вычитающей гибридизации позволяет адакватно идентифицировать гены, экспрессия которых повышена в клетках одной ВИЧ-ассоциированной лимфомы по сравнению с другой. Тезисы доклада на 11-ой Международной Конференции «СПИД, рак и родственные проблемы», Санкт-Петербург, октябрь 2003 г. // Русский Журнал ВИЧ/СПИД и родственные проблемы.-2003.- Т.7.- №2.- С.69-70.
6. Ненашева В. В., Николаев А. И., Дубовая В. И., Иноземцева Л. С, Мануилова Е. С, Мартыненко А. В., Тарантул В. 3. Анализ экспрессии ряда лимфомоспецифических генов в иммортализованных вирусом SV40 фибробластах человека // Молекулярная биология.-2004,- Т.38.- №2.- С.265-275.
Принято к исполнению 16/09/2004 Исполнено 17/09/2004
Заказ № 326 Тираж: 90 экз.
ООО «11-й ФОРМАТ» ИНН 7726330900 Москва, Балаклавский пр-т, 20-2-93 (095) 747-64-70 (095)318-40-68 www.autoreferat.ru
16954
Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Ненашева, Валентина Валерьевна
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.
ВВЕДЕНИЕ.
ЧАСТЬ I. ЛИМФОИДНЫЕ НЕОПЛАЗИИ (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ).
1. Характеристика различных популяций нормальных лейкоцитов.
1.1. Т-лимфоциты: популяции и их функции.
1.2. Нормальные киллерные клетки (НК-клетки, NK).
1J. В-лимфоциты: популяции, их образование и функции.
1.3.1. Перестройки генов иммуноглобулинов, сопровождающие процесс развития В-лимфоцитов.
1.3.2. Популяции активированных В-лимфоцитов и процессы, происходящие в центрах размножения В-лимфоцитах.
1.3.3. Роль цитокинов в созревании В-лимфоцитов.
2. Характеристика лимфоидных заболеваний.
2.1. Классификация лимфом.
2.1.1. Ранние классификации лимфом.
2.1.2. REAL классификация.
2.1.3. WHO классификация.
2.2. Диффузные В-крупноклеточные лимфомы (DLBCL).
2.2.1. Молекулярно-генетические характеристики DLBCL.
3. Вирус-ассоциированные лимфоидные заболевания.
3.1. Вирусы, ассоциированные с лимфомогенезом.
3.1.1. РНК-содержащие вирусы приматов.
3.2. ВИЧ-1 ассоциированные лимфомы.
3.2.1. Молекулярные особенности ВИЧ-ассоциированных лимфом.
3.2.2. Механизмы ВИЧ-ассоциированного лимфомогенеза.
ЧАСТЬ И. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
ЧАСТЬ III. РЕЗУЛЬТАТЫ ЭКСПЕРИМЕНТОВ.
1. Поиск генов, экспрессия которых изменяется в клетках ВИЧ-ассоциированных лимфом.
1.1. Предварительная характеристика лимфом, использованных в работе.
1.2. Создание библиотек вычтенных лимфомоспецифических кДНК.
1.2.1. Вычитающая гибридизация.
1.2.2. Дифференциальный скрининг вычтенных клонотек кДНК.
1.2.2.1. Вторичный дифференциальный скрининг клонотеки кДНК, полученной в результате прямого вычитания обогащенной популяции кДНК лимфомы 1 против суммарной популяции кДНК лимфомы 2.
1.2.2.2. Характеристика нуклеотидных последовательностей кДНК, селектированных в результате прямого вычитания (обогащенная популяция кДНК лимфомы 1 против суммарной популяции кДНК лимфомы 2).
1.2.2.3. Вторичный дифференциальный скрининг клонотеки кДНК, полученной в результате обратного вычитания обогащенной популяции кДНК лимфомы 2 против суммарной популяции кДНК лимфомы 1.
1.2.2.4. Характеристика нуклеотидных последовательностей кДНК, специфичных для лимфомы 2, селектированных в результате обратного вычитания (обогащенная популяция кДНК лимфомы 2 против суммарной популяции кДНК лимфомы 1).
Анализ экспрессии лимфомоспецифических генов в ВИЧ-ассоциированных лимфомах
1 и 2 и в нормальных В-лимфоцитах с помощью Нозерн-блот-гибридизации.
Сравнительный анализ экспрессии некоторых лимфомоспецифических генов из ВИЧ-ассоциированных лимфом в образцах спонтанных лимфомах по сравнению с нормальными В- и Т-лимфоцитами.
Анализ экспрессии некоторых выявленных лимфомоспецифичных генов в: нормальных и иммортализованных вирусом SV40 фибробластах человека.
4.1. Анализ экспрессии онкогена set в нормальных и иммортализованных фибробластах человека.
4.2. Анализ экспрессии генов кальпаина, транспортного белка ТАР2 и онкогена a-myb в нормальных и иммортализованных фибробластах человека.
4.3. Анализ экспрессии генов интерлейкинов и их рецепторов в нормальных и иммортализованных фибробластах человека.
4.4. Анализ экспрессии некоторых митохондриальных генов в нормальных и иммортализованных фибробластах человека.
4.5. Анализ экспрессии гена SMG-1 и гена, кодирующего рибосомный белок S8, дифференциально транскрибирующихся в лимфоме 2 по сравнению с лимфомой 1, в нормальных и иммортализованных фибробластах человека.
4.6. Анализ экспрессии гена pub, повышенно транскрибирующегося в клетках ЦЛ обезьян, ассоциированной с SIV, в нормальных и иммортализованных фибробластах человека.
ЧАСТЬ IV. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.
1. Характеристика генов, дифференциально транскрибирующихся в ВИЧ-ассоциированных лимфомах.
2. Гены, специфичные только для ВИЧ-ассоциированных лимфом, и гены, экспрессия которых изменяется в БЬВСЬ, ассоциированных и не ассоциированных со СПИДом.
3. Гены, изменение экспрессии которых происходит уже на ранних стадиях злокачественной трансформации клетки.
ВЫВОДЫ.
Введение Диссертация по биологии, на тему "Характеристика спектра генов, дифференциально транскрибирующихся в ВИЧ-ассоциированных и спонтанных лимфомах человека"
Лимфоидные неоплазии представляют собой большую группу разнообразных злокачественных заболеваний, в которую входят так называемая болезнь Ходжкина, неходжкинские лнмфомы (NHL), различные формы лейкемии и множественная миелома. В последние годы получено большое количество данных, касающихся молекулярных механизмов, приводящих к возникновению лимфом. Было показано, что одним из важных факторов лимфомогенеза являются вирусы (Magrath, 1990; 1992). В частности, развитие злокачественных NHL довольно часто ассоциировано с инфицированием людей вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ) (Bower, 2001; Carbone, 2002; Carbone et al, 2000; Frisch et al, 2001; Gaidano et al, 1996; Gaidano et al., 2000; Knowles, Pirog, 2001). NHL характерны для 3,5-12% ВИЧ-носителей (Frisch et al., 2001; Hiddemann, 1989). Изучение молекулярных особенностей NHL показало как сходство, так и различие между ассоциированными и не ассоциированными с ВИЧ лимфомами. Было отмечено, что у ВИЧ-инфицированных пациентов в 15 раз чаще, чем у неинфицированных людей возникают лимфомы мозга и примерно в 3 раза чаще лимфомы с высокой степенью злокачественности (Cote et al., 1997). Высоко злокачественные диффузные В-крупноклеточные лимфомы (DLBCL) составляют примерно две трети системных NHL (Moses et al., 1998) и являются одними из наиболее часто встречающихся типов лимфом у больных СПИДом. В связи с этим изучение молекулярно-генетических механизмов возникновения и развития данной группы лимфом, возникающих у человека на фоне ВИЧ-инфекции и спонтанно, приобретает на сегодняшний день особую актуальность.
В настоящее время уже ясно, что в злокачественную трансформацию клеток, как правило, вовлечены не единицы и не десятки, а сотни генов. Поэтому сейчас на повестке дня встали следующие вопросы: изменение экспрессии в раковых клетках каких генов связано с опухолевой трансформацией клетки, какие из этих генов могут играть ключевую роль и влиять на остальные гены, и в какой степени эта роль универсальна или специфична. Один из возможных подходов решения этой проблемы - сравнительный анализ транскрипции генов в разных типах раковых клеток и на разных этапах их злокачественного перерождения.
Цель настоящей работы - изучение молекулярных механизмов ВИЧ-ассоциированного лимфомогенеза. В качестве объекта исследования были выбраны две ВИЧ-ассоциированные близкородственные лимфомы человека - центробластная и иммунобластная (далее, лимфома 1 и лимфома 2), относящиеся к классу диффузных В-крупноклеточных лимфом, и несколько спонтанных лимфом человека, относящихся к классам ЭЬВСЬ, фолликулярных лимфом (Н.), болезни Ходжкина (НО). В соответствии с этой целью была поставлены следующие задачи:
1. С помощью модифицированного метода двухэтапной вычитающей гибридизации, сопряженной с двухступенчатым дифференциальным скринингом, обнаружить гены, транскрипция которых повышена в двух ВИЧ-ассоциированных лимфомах по сравнению с нормальными В-лимфоцитами, а также в каждой из двух лимфом по сравнению с другой.
2. Проанализировать уровни транскрипции отобранных генов в ВИЧ-ассоциированных и спонтанных лимфомах человека с целью выяснения влияния вируса на лимфомогенез.
3. Проанализировать уровни транскрипции отобранных генов в иммортализованных фибробластах человека как модели раннего этапа злокачественного перерождения клетки.
Результаты получены как лично автором, так и совместно с сотрудниками и аспирантами Лаборатории молекулярной генетики ретровирусов и СПИДа Отдела вирусной и клеточной молекулярной генетики Института молекулярной генетики РАН.
ЧАСТЬ I. ЛИМФОИДНЫЕ НЕОПЛАЗИИ (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ).
Лимфоидные неоплазии представляют собой большую группу злокачественных заболеваний, в которую входят так называемая болезнь Ходжкина, неходжкинские лимф омы (NHL), различные формы лейкемии и множественная миелома. Возникновение лимфоидных неоплазий возможно на каждой стадии созревания лейкоцитов, начиная с эмбриональных стволовых клеток. Лейкоциты — клетки, осуществляющие иммунную защиту организма, поэтому их перерождение и неспособность осуществлять свои функции влечет за собой особую опасность для больного. Течение болезни, молекулярные и биохимические характеристики опухолей, а также основанные на них классификации, в первую очередь, определяются типом клеток, в которых происходят злокачественные изменения. Поэтому дадим сначала краткую характеристику нормальных лейкоцитов.
Заключение Диссертация по теме "Молекулярная биология", Ненашева, Валентина Валерьевна
1. Определены спекчры генов, повышенно трапскрибируюн1ихся в двух тинах диффузных В-круниоклеточных лимфом человека (цептробластной и иммунобластной), ассоциированных с вирусом иммуподефини'1а человека (ВИЧ).2. В цснтробластной лимфоме но сравнению с иммуноблаечной увеличена чранскринция следующих генов: оико1е1юв set и а-туЬ, ге1шв 11Л/1,11-легидроге11аз1,1 4 {ND4), иммуноглобулинов, интерлейкина 5, рецепчора интерлсйкина 4, трансноргного белка ТАР2, рибонуклеонротеина hnRNP А1 и девяти генов с еще не охарактеризованными функциями. В иммунобластной лимфоме но сравнению с ценчробластной новыптенно транскрибировались гены SMG-1, рибисомного белка S8 и восемь генов с еще не охарактеризоваггными функциями.3. Выявленг>1 гены (а-туЬ, pub и кальпаин 4), транскрипция которглх HOBiwHieiia только в клетках ВИЧ-ассоциированггг.гх лимфом человека и не измсггялась в снонта1гнг,1х лимфомах по сравнеггию с нормальными В-лимфоцитами.4. Как в ВИЧ-ассоггиирова1нн>1х, так и в схюггтанных лимфомах но сравнению с нормахгьными В-лимфоцитами происходила новглнюнная транскри1Н1ия гегюв set, ND4 и SMG-1, что, гю-видимому, связано с участием этих генов в развитии лимфом разггого происхождения.5. Онределегн,! лимфомоспецифичсские г-егн:.г {NDJ, ND4, СОХ2, set, a-myh, IL4R, SMG-1, pub), транскриггггия которьгх нов1>ниена в иммортшгизованных фиброб;гастах человека гю сравнеггию с гчормальггг,1ми клетками, что, вероятгю, свидегельствует об участии этих генов в злокачественггьгх изменеггиях в клетке уже гга ранних этапах онкогенеза.6. Показагга дифференциальная транскринтщя гена set (TAF1) в иммортализованньхх фибробластах человека гю сравнению с ггормальггг.гми клетками. В иммортализованных фибробластах увеличивалось ко;гичество мРПК TAF1-P и умеггьп1алось количество мРИК
Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Ненашева, Валентина Валерьевна, Москва
1. Иноземцева Л. С , Черников В. Г., Мануйлова Е. С , Мартак М. И., Николаева 1.. Н., Кулагина О. С , Гривенников И. А. Иммортализация фибробластов человека под воздействием tsA мутанта SV40 и плазмиды pSV3neo. Цитоло1ия. 2001. Т. 43, № 10, 944-953.
2. Несмеянов В. А. Цитокины иммунной системы., В кн.: Белки иммунной системы. ИБХ им. М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова РАН. Москва. 1997. 79-121.
3. Ройт А., БростоффДж.,Мейл Д; Иммунология. М: Мир, 2000. "* • ' • .
4. Скулачев В.II. Старение организма - особая биологическая функция, а не результат поломки сложной живой системы: биохимической обоснование гипотезы Вейсмана. Биохимия, 1997, Т. 62, вып. 11, 1394-1399.
5. Хейфлик Л. Смертность и бессмертие на клеточном уровне. Биохимия, 1997, Т. 62, вып. 11, 1380-1393.
6. Шугурова И. М., Андреева Л. К., Дубовая В. И., Зуева Л. Л., Серова И. А., Tapaniyji В. 3. Влияние генов пе/тл tat вируса иммунодефицита человека типа 1 па клетки 1рызупов in vivo и in vilro. Генетика, 1997, Т. 33. 1202-1208.
7. Ярилин А. А. Антигенраспознаюгцис рецепторные комплексы лимфоцитов., В кн.: Белки иммунной системы. ИБХ им. М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова РАН. Москва. 1997. 64-75.
8. Albini Л., Benelli R., Prcsla M., Rustani M., Ziche M., Rubartelli A., Paglialunga G., Bussolino F., Noonan D. lllV-tal protein is a hcparin-binding angiogenic growth factor. Oncogene, 1996a, V. 12, N. 2, P. 289-297.
9. Ali/adeh A. A., Staudt L. M., Genomic-scale gene expression profiling of normal and malignant immune cells. Current Opinion in Immunology, 2000, V. 12, P. 219-225.
10. Ambinder R. F. Epslein-Barr virus associated lymphoproliferations in the AIDS setting. Eur, J. Cancer, 2001, V. 37, P. 1209-1216.
11. Amsterdam A., Sadler K. C , Lai K., Farrington S., Bronson R. Т., Lees J. A., Hopkins N. Many ribosomal protein genes are cancer genes in Zebrafish. PloS Biology, 2004, V. 2, N. 5, P. 690-698.
12. Arsura M., Hofmann C. S., Golay J., Introna M., Sonenshein G. E. A-myb rescues murine B-cell lymphomas from IgM-receplor-mediated apoptosis through c-myc transcriptional regulation. Blood, 2000, V. 96, N. 3, P. 1013-1020.
13. Baird A.M., Gcrstein R.M., Berg L.J. The role of cytokine receptor signaling in lymphocyte development. Current Opinion in Immunology, 1999, V. 11, P. 157-166.
14. Ballcrini P., Gaidano G., Gong J. Z., Tassi V., Saglio G., Knowles D. M., Dalla-Favera R. Molecular phatogenesis of HIV-associated lymphomas. AIDS Res. Human Retrovir., 1992, V. 8, P. 731-735.
15. Baron И. М., Bobrysheva I. V., Varshaver N. В. The activated human c-Ha-rasl oncogene as a mutagene. Cancer Genet. Cytogenct., 1992, V. 62, P. 15-20.
16. Baskin G. В., Cremer K. J., Levy L. S. Workshop summary. Comparative pathobiology of IlIV- and SIV-associated lymphoma. AIDS Res. Hum. Retrovir., 2001, V. 17, N. 8. P. 745-751.
17. Baumann MA, Paul CC. lnterleukin-5 is an autocrine growth factor for Hpstein-Barr virus- transformed В lymphocytes. Blood, 1992, V. 79, N. 7, P. 1763-1767.
18. Baumgartner J., Rachlin J., Beckstead J. Primary central nervous system lymphomas; Natural history and response to radiation therapy in 55 patients with acquired immunodeficiency syndrome. J. Neurosurg., 1990, V. 73, P. 206-211.
19. Beck-Engeser G. В., Monach P. A., Mumberg D,, Yang F., Wanderling S. et al. Point mutation in essential genes with loss or mutation of the second allele: relevance to the retention of tumor-specific antigens. J. Exp. Med., 2001, V. 194, P. 285-300.
20. Beckhardt R.N., Farady N., May M., Torres R.A., Strauchen J.A. Increased incidence of malignant lymphoma in AIDS: a comparison of risk groups and possible etiologie factors. Mt. Sinai J. Med., 1988,V. 55, P. 383-389.
21. Benjamin D., Park CD. , Sharma V. Human В cell lL-10. Leukemia and Lymphoma, 1994, V. 12, P. 205-210.
22. Benschop R.J., Cambeir J.C. В cell development: signal transduction by antigen receptors and their surrogates. Current Opinion in Immunology, 1999, V. 11, P. 143-151.
23. Beral V., Peterman Т., Berkelman R., Jaffe H. AIDS-associated non-IIodgkin lymphoma. Lancet, 1991,V. 337, P. 805-809.
24. Bessudo A., Chcrcpakhin V., Johnson T.A., Rassenti L.Z., Feigal H., Kipps T.J. Favored use of immunoglobulin VH4 genes in AlDS-associaled B-cell lymphoma. Blood, 1996, V. 88, P. 252-260.
25. Biggar R. J., Rosenberg P. S., Cole T. Goedert J. J. Non-Hodgkin's lymphoma in AIDS: findings from linking AIDS and cancer registries. J. Acquir. Immune Defic. Syndr. Hum. Retroviral, 1997, V. 14,P.A43.
26. Birx D., Redfield R.R., Tosato G. Defective regulation of EpstcinJiarr virus infection in patients with acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) or AIDS-relaled disorders. N. Hngl. J. Med., I986,V. 31, P. 874-879.
27. Blattncr W.A., Biggar R.J., Weiss S.H., Clark J.W., Goeder J.J. Epidemiology of human lymphotrophic retroviruses: an overview. Cancer Res., 1985, V. 45, Suppl. 9, P. 4598s-4601s.
28. Blattncr W.A., Clark J.W., Gibbs W.N., Williams C.K., Nomura A., Mann D., Saxinger C , Robert- Guroff M., Gallo R.C. HTLV: epidemiology and relationship to disease. Int. Symp. Princess Takamatsu Cancer Res. Fund., 1984, V, 15, P. 93-108.
29. Boiocchi M., Carbonc A., De-Re V., Dolcetti R., Volpe R., Tirelli U. AIDS-related B-cell non- IIodgkin's lymphomas in direct blood-stream HIV-infected patients: pathogenesis and differentiation features. Int. J. Cancer, 1990, V. 45, N. 5, P. 883-888.
30. Bower M. Acquired immunodeficiency syndrome-related systemic non-IIodgkin's lymphoma. Br. J. Haematol., 2001, V. 112, P. 863-873.
31. Breen E. C, Rezai A. R., Nakajima K, Infection with HIV is associated with elevated IL-6 levels and production. J. Immunol., 1990, V. 144, P. 480-484.
32. Buonaguro L., Barillari G., Chang U.K., Bohan C.A., Kao V., Morgan R., Gallo R.C, Hnsoli B. Effect of the human immunodeficiency virus type 1 Tat protein on the expression of inflammatory cytokines. J. Virol., 1992, V. 66, N. 12, P. 7159-7167.
33. Busslinger M., Nut S.L., Rolink A.G. Lineage commitment in lymphopoiesis. Current Opinion in Immunology, 2000, V. 12, P. 151-158.
34. Caligaris-Cappio F., Ferrarini M. В cells and their fate in health and disease. Immunology Today, 1996, V. 17, N. 5, P. 206-208.
35. Caputi M., Mayeda A., Krainer A. R., Zahlcr A. M. hnRNP A/B proteins are required for inhibition of HIV-1 pre-mRNA splicing. KMBO J., 1999, V. 18, N. 14, P. 4060-4067.
36. Carbonc A. AIDS-related non-IIodgkin's lymphomas: from pathology and molecular pathogenesis to treatment. Hum. Pathol., 2002, V. 33, N. 4, P. 392-404. I l l
37. Carbone A., Gloghini A., Capello D., Gaidano G. Genetic pathways and histogenetie models of AIDS-related lymphomas. Eur. J. Cancer, 2000, V. 37, N. 10, P. 1270-1275.
38. Casabona J., Melbye M., Biggar R.J. Kaposi's sarcoma and non-IIodgkin's lymphoma in european AIDS cases. No excess risk of Kaposi's sarcoma in mediterranean countries. Int. J. Cancer, 1991, V. 47, N. 1, P. 49-53.
39. Cavalli L. R., Varella-Garcia M., Liang B. C. Diminished tumorigenic phenotype after depletion of mitochondrial DNA. Cell Growth Differ., 1997, V. 8, P. 1189-1198.
40. Cavalli L. R., Liang B. C. Mutagenesis, tumorigenicity, and apoptosis: are the mitochondria involved? Mutat. Res., 1998, V. 398, P. 19-26.
41. Cesarman E., Chang Y., Moore P. S., Said J. W., Knowles D. M. Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus-like DNA sequences are present in AIDS-related body cavity-based lymphomas. N. Engl. J. Med., 1995, V. 332, P. 1186-1191.
42. Chen W., lida S., Louie D., Dalla-Favera R., Chaganti R. S. K. Heterologous promoters fused to BCL6 by chromosomal translocations affecting band 3q27 cause its deregulated expression during B-cell differentiation. Blood, 1998, V. 91, N. 2, P. 603-607.
43. Clerici M., Fusi M. L., Ru/aante S., Piconi S., Biasin M., Aricnti D., Trabattoni D., Villa M. L. Type 1 and type 2 cytokines in HIV infection - a possible role in apoptosis and disease progression. Ann. Med., 1997, V. 29, N. 3, P. 185-188.
44. Clerici M., Shearer G. M. A Thl-Th2 switch is a critical step in the etiology of HIV infection. Immunology Today, 1993, V. 14, P. 107.
45. Cunto-Amesty G., Przybylski G., Ilonczarenko M., Monroe J. G., Silbcrstein L. F,. Evidence that immunoglobulin specificities of AIDS-related lymphoma are not directed to IllV-related antigens. Blood, 2000, V. 95, N. 4, P. 1393-1399.
46. Damgaard C. K., Tange T. O., Kjems J. hnRNP Al controls IllV-1 mRNA splicing through cooperative binding to intron and exon splicing silencers in the context of a conserved secondary structure. RNA, 2002, V. 8, N. 11, P. 1401-1415.
47. Daniel M.D., Letvin N.L., King N.W., Kannagi M., Sehgal P.K., Hunt D., Kanki P.J., Essex M., Desrosiers R.C. Isolation of T-cell tropic IITLV-IlI-Iike retrovirus from macaques. Science, 1985, V.228,P. 1201-1204.
48. Das D. K., Gupta S. K., Datta B. N., Sharma S. C., Working formulation of the non-IIodgkin's lymphomas: a study of cell size and mitotic indices in cytologic subtypes. Diagn. Cytopathol., 1991, V. 7, N. 5, P. 499-503.
49. Dclecluse II. J., Hummel M., Marafioti Т., Anagnoslopoulos 1., Stein, H. Common and HIV-related diffuse large B-cell lymphomas differ in their immunoglobulin gene mutation pattern. J. Pathol., 1999,V. 188,P. 133- 138.
50. Dovhey S. E., Ghosh N. S., Wrighl K. L. Loss of interfcron-gamma inducibility of TAPl and LMP2 in a renal cell carcinoma cell line. Cancer Res., 2000, V. 60, N. 20, P. 5789-5796.
51. Draptchinskaia N., Gustavsson P., Andersson В., Pettersson M., Willing T. N. et al. The gene encoding ribosomal protein S19 is mutated in Diamond-Black fan anemia. Nat. Genet., 1999, V. 21, P. 169-175.
52. Dyomin V.G., Rao P.II., Dalla-F'avera R., Chaganti R.S. BCE8, a novel gene involved in translocations affecting band 15qll-13 in diffuse large-cell lymphoma. Proceedings of the National Academy of Sciences of the U.S.A., 1997, V. 94, P. 5728-5732.
53. Engels E. A., Rosenberg P. S., Frisch M., Goedert J. J. Cancers associated with Kaposi's sarcoma (KS) in AIDS: a link between KS herpesvirus and immunoblastic lymphoma. Br. J. Cancer, 2001, V. 85,N. 9,P. 1298-1303.
54. Ernberg I., Altiok E. The role of Epstein-Barr virus in lymphomas of HIV-carriers. APMIS-Suppl., 1989,V. 8,P. 58-61.
55. Fakher M., Wu J., Qin D., Szakal A., Tew J. Follicular dendritic cell accessory activity crosses Ml 1С and .species barriers. European Journal of Immunology, 2001, V,31, N, 1, P, 176-185.
56. Falini В., Mason D. Y. Proteins encoded by genes involved in chromo.somal alterations in lymphoma and leukemia: clinical value of their detection by immunocytochemistry. Blood, V. 99, N. 2, P. 409-426.
57. Fauci A. S., Schnittman S. M., Poli G., Koenig S., Pantaleo G. Immunopathogenic mechanisms in human immunodeficiency virus (IIIV) infection. Ann. Int. Med., 1991, V. 114, P. 678.
58. Feichtinger II., Putkonen P., Paravicini C , Ei S.-E., Kaaya E. E., Bottingcr D., Biberfeld G., Biberfeld P. Malignant lymphomas in cynomolgus monkeys infected with simian immunodeficiency virus. Am. J. Pathol., 1990, V. 137, P. 1311-I3I5.
59. Prisch M., Biggar R. J., Engels F. A., Goederl J, J. Association of Cancer with AIDS-relatcd immunosuppression in adults. JAMA, 2001, V. 285, N. 13.
60. Gaidano G., Capcllo D., Carbone A. The molecular basis of acquired immunodeficiency syndrome- related lymphomagencsis. Semin. Oncol., 2000, V. 27, N. 4, P. 431-441.
61. Gaidano G., Dalla-Favera R. Biologic aspects of human immunodeficiency virus-related lymphoma. Curr. Opin. Oncol., 1992, V. 4, P. 900-906.
62. Gaidano G., Pastore C , Gloghini A., Volpc G., Ghia P., Saglio G., Carbone A. AIDS-related non- Hodgkin's lymphomas: molecular genetics, viral infection and cytokine deregulation. Acta Haematol., 1996, V. 95, P. 193-198.
63. Gamberi В., Gaidano G., Parsa N., Carbonc A., Roncella S., Knowles D. M., Louie D. C , Shibata D., Chaganti R. S. K., Dalla-Favera R. Microsatcllite instability is rare in B-cell non-Hodgkin's lymphomas. Blood, 1997, V. 89, N. 3, P. 975-979.
64. Garrone P., Djossou O., Galiz/.i J. P., Banchereau J. A recombinant extracellular domain of the human interlcukin 4 receptor inhibits the biological effects of interleukin 4 on T and В lymphocytes. Eur. J. Immunol., 1991, V. 21, N. 6, P. 1365-1369.
65. Garvin A. J., Simon R., Young R. C , DeVita V. Т., Berard C. W. The Rappaport classification of non-Hodgkin's lymphomas: a closer look using other proposed classifications. Semin. Oncol., 1980, V. 7, N. 3, P. 234-243.
66. Ghebranious N., Sell S. Hepatitis В injuri, male gender, aflatoxin, and p53 expression each contribute to hepatocarcinogenesis in transgenic mice. Hepatology, 1998, V. 27, P. 383-391.
67. Gill P. S., Levine A., Meyer P. Primary central nervous system lymphoma in homosexual men. Am. J. Med., 1985, V. 78, P. 742-748.
68. Golay J., Broccoli V., Lamorte G., Bifulco C., Parravicini C , Pi/yey Л., Thomas N. S., Delia D., Ferrauti P., Vitolo D., Introna M. The A-Myb transcription factor is a marker of centroblasts in vivo. J. Immunol., 1998, V. 160, N. 6, P. 2786-2793.
69. Golay J., Capucci Л., Arsura M., Castellano M., Rizzo V., Introna M. Expression of c-myb and B- myb, but not A-myb, correlates with proliferation in human hematopoietic cells. Blood, 1991, V. 77, N. 1,P. 149-158.
70. Green A. R., Wyke J, A. Integrated proviruses as probes for chromosomal position effects in mammalian cells and their hybrids. Cancer Surv., 1988, V. 7, P. 335-351.
71. Gutierrez C , Bernabc R. R., Vega J., Kreisler M. Purification of human T and В cells by a discontinuous density gradient of Percoll. J. Immunol. Methods, 1979, V. 29, P. 57-63.
72. Hanto D.W., Frizzera G., Gajl-Pcczalska K.J., Simmons R.L. Fpstein-Barr virus, immunodeficiency and В cell lymphoproliferation. Transplantation, 1985, V. 39, P. 461-472.
73. IS.IIirose S., Nishizumi IL, Sakano IT. Pub, a novel PU.l binding protein, regulates the transcriptional activity of PU.l. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2003, V. 311, P. 351-360.
74. IIomma Т., Kanki P.J., King N.W., Hunt R.D., O'Connell M.J., Letvin N.L., Daniel M.D., Desrosiers R.C., Yang C.S., Essex M. Lymphoma in macaques: association with virus of human T lymphotropic family. Science, 1984, V. 225, N. 4663, P. 716-718.
75. Husain S. R., Leland P., Aggarwal B. В., Puri R. K. Transcriptional up-regulation of interleukin 4 receptors by human immunodeficiency virus type 1 tat gene. AIDS Res. Mum. Retrovir., 1996, V. 12, P. 1349-1359.
76. Hyland .1., Lasota J., Jasinski M., Petersen R. O., Nordling S., Mietfinen M. Molecular pathological analysis of tesUcular diffuse large cell lymphomas. Hum. Pathol., 1998, V. 29, P. 1231-1239.
77. Jaffe E.S. Pathologic and clinical spectrum of post-thymic T-cell malignancies. Cancer Invest., 1984,V. 2, P.413-426.
78. Jaffe E.S., Harris N.L., Chan J. K. C. et al. Proposed World Health Organization classification of neoplastic diseases of hematopoietic and lymphoid tissues. Am. J. Surg. Pathol, 1997, V. 21 , P. 114-121.
79. Jaffe E.S., Harris N.L., Diebold J., Muller-Hermelink U.K. World Health Organization classification of neoplastic diseases of the hematopoietic and lymphoid tissues: A work in progress. Ann Oncol., 1998, V. 9, P. S25-30.
80. Jaffe E.S., Harris N.L., Diebold J., Muller-Hermelink H.K. World Health Organization classification of neoplastic diseases of the hematopoietic and lymphoid tissues. A progress report. Am. J. Clin. Pathol., 1999, V. l l I ,Suppl 1,P. S8-12.
81. Jones D. L., Thompson D. A., Mungcr K. Destabilization of the RB tumor suppressor protein and stabilization of p53 contribute to IIPV type 16 E7-induced apoptosis. Virology, 1997, V. 239, P. 97-107.
82. Kang J. K., Yoon S. J., Kim N. K., Heo D. S. The expression of MllC class I, TAPl/2, and
83. MP2/7 gene in human gastric cancer cell lines. Int. J. Oncol., 2000, V. 16, N. 6, P. 1159-1163.
84. Kaplan L.D., Abrams D.I., Eeigal E., McGrath M., Kahn J., Neville P., Ziegler J., Volberding P.A. AlDS-associated non-Hodgkin's lymphoma in San Francisco. JAMA, 1989, V. 261, P. 719-724.
85. Kaplan L. D., Shiramizu В., Ilerndier B. Influence of molecular charasteristics on clinical outcome in HIV-associated non-Hodgkin's lymphoma: Identification of subgroup with favorable clinical outcome. Blood, 1995, V. 85, P. 1727-1735.
86. Karp J. E., Brodcr S. Acquired immunodeficiency syndrome and non-Hodgkin's lymphomas. Cancer Res., 1991, V. 51, P. 4743-4756.
87. Karltunen J. Т., Lehner P. J., Gupta S. S., Hewitt E. W., Cresswell P. Distinct functions and cooperative interaction of the subunits of the transporter associated with antigen processing (TAP). Proc. Nat. Acad. Sci., 2001, V. 98, P. 7431-7436.
88. Korke R., Rink A., Seow T. K., Chung M. С M., Beattie С W., Hu W.-S. Genomic and proteomic perspectives in cell culture engineering. J. Biotechnol., 2002, V, 94, P. 73-92.
89. Kristal A. R., Nasca P. C , Burnett W. S. Changes in the epidemiology of non-IIodgkin's lymphoma associated with epidemic human immunodeficiency virus (HIV) infection. Am. J. Epidemiol., 1988, V. 128, P. 711-718.
90. Kundu R.K., Sangiorgi P., Wu L.Y., Pattengale P.K., Ilinton D.R., Gill P.S., Maxson R. Expression of the human immunodeficiency virus-/a/ gene in lymphoid tissues of transgenic mice is associated with B-cell lymphoma. Blood, 1999, V. 94, P. 275-282.
91. Kurland J. F., Meyn R. E. Protease inhibitors restore radiation-induced apoptosis to Bcl-2- expressing lymphoma cells. Int. J. Cancer. 2001, V. 96, N. 6, P. 327-333.
92. Eage H., Perlitz C , Abele R., Tampe R., Dictel M., Schadendorf D., Sinha P. Enhanced expression of human ABC-transporter tap is associated with cellular resistance to mitoxantrone. FEJiS Lett., 2001, V. 503, N. 2-3, P. 179-184.
93. Eankat-Buttgereit В., Tampe R. The transporter associated with antigen processing: function and implications in human diseases. Physiol. Rev., 2002, V. 82, N. 1, P. 187-204.
94. Lefevrc E. A., Krzysiek R., Loret И. P., Galanaud P., Richard Y. Cutting edge: IIIV-1 Tat protein differentially modulates the В cell response of naive, memory, and germinal center В cells. J. of Immunol., 1999, V. 163,N. 3,P. 1119-1122.
95. Levine A.M. Non-Hodgkin's lymphomas and other malignancies in the AIDS. Semin. Oncol., 1987, V. 14, N. 1, P. 34-39.
96. Levine A.M. AIDS-related malignancies: the emerging epidemic. J. Nat. Cancer Res., 1993, V. 85, N. 17, P. 1382-1397.
97. Li II., Zhao L. L., Funder J. W., Liu J. P. Protein phosphatase 2A inhibits nuclear telomerasc activity in human breast cancer cells. J. Biol. Chem., 1997, V. 272, N. 27, P. 16729-16732.
98. Li M., Makkinje A., Damuni Z. The myeloid leukemia-associated protein SRT is a potent inhibitor ofproleinphosphatase2A.J. Biol. Chem., 1996, V. 271, N. 19, P. 11059-11062.
99. Liu J. L., Ye Y., Lee L. F., Kung H. J. Transforming potential of the herpesvirus oncoprotein MF^Q: morphological transformation, scrum-independent growth, and inhibition of apoptosis. J. Virol., 1998, V. 72, N. 1, P. 388-395.
100. Lukes R.J., Collins R.D. Immunologic characterization of human malignant lymphomas. Cancer, 1974, V. 34, N . 3 , P. 1488-1503.
101. Lyons S.F., Liebowitz D.N. The roles of human viruses in the pathogenesis of lymphoma. Semin. Oncol., 1998, V. 25, P. 461-475.
102. MacMahon E.M.F., Glass J.D., Hay ward S.D., Mann R.B., Becker P.S., Charache P., McArthur J.C., Ambinder R.F. F'pstein-Barr virus in AIDS-related primary central nervous system lymphoma. 1.ancet, 1991, V. 338, N. 8773, P. 969-979.
103. Magrath I. The patogenesis of Burkitt's lymphoma. Adv. Cancer Res. 1990. V. 55. P. 133-269.
104. Magrath I. Molecular basis of lymphomagenesis. Cancer Res. 1992. V. 52 Suppl. P. 5529S-5540S.
105. Marone G., Florio G., Petraroli A., de Paulis A. Dysregulation of the IgF/Ix epsilon Rl network in niV-1 infection. J. Allergy Clin. Immunol., 2001, V. 107, N. 1, P. 22-30.
106. Marsh J.W., Herndier В., Tsuzuki A., Ng V.L., Shiramizu В., Abbey N., McGrath M.S. Cytokine expression in large cell lymphoma associated with acquired immunodeficiency syndrome. J. Interferon Cytokine Res., 1995, V. 15, P. 261-268.
107. Martin F., Kearney J.F. Bl cells: similarities and differences with other В cell subsets. Current Opinion in Immunology, 2001, V.13, P. 195-201.
108. McCarthy T.J., Kennedy J.L., Blakeslee J.R., Bennett B.T, Spontaneous malignant lymphoma in a simian T-lymphotropic virus type I (S11.V-1) antibody positive olive baboon. Lab. Animal Sci., 1990,V.40,N. 1, P. 79-81.
109. McIleyzer M.G., Ahmed R. В cell memory and the long-lived plasma cell. Current Opinion in Immunology, 1999, V. 11, P. 172-179.
110. Meeker T. C , Shirami/.u В., Kaplan L. Evidence for molecular subtypes of lllV-associated lymphoma: division into peripheral monoclonal polyclonal and central nervous system lymphoma. AIDS, 1991, V. 5, P. 669-674.
111. Morita A., Suzuki N., Matsumoto Y. et al. p41 as a possible marker for cell death is generated by caspase cleavage of p42/SETbeta in irradiated MOLT-4 cells. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2000, V. 278, N. 3, P. 627-632.
112. Moscs A., Nelson J., Bagby G. C , Jr. The influence of human immunodeficiency virus-1 on hematopoiesis. J. of Am. Soc. Hemal., 1998, V. 91, N. 5, P. 1479-1495.
113. Nagata K, Kawase 11, Handa II, Yano K, Yamasaki M, Ishimi Y, Okuda A, Kikuchi A, Matsumoto K. Replication factor encoded by a putative oncogene, set, associated with myeloid leukcmogenesis. PNAS, 1995, 92(10), 4279-4283.
114. Najcra I., Krieg M., Karn J. Synergistic stimulation of HlV-1 rev-dependent export of unspliced mRNA to the cytoplasm by hnRNP Al . J. Mol. Biol., 1999, V. 285, N. 5, P. 1951-1964.
115. Nakamura II., Said J.W., Miller C.W., Koefflcr H.P. Mutation and protein expression of p53 in acquired immunodeficiency syndrome-related lymphomas. Blood, 1993, V. 82, N. 3, P. 920-926.
116. Nath A., Psooy K., Martin C , Knudsen В., Magnuson D. S., Ilaughey N., Geigcr J. D. Identification of a human immunodeficiency virus type 1 Tat epitope that is neuroexcitatory and neurotoxic. J. Virol., 1996, V. 70, N. 3, P. 1475-1480.
117. National Cancer Institute: summary and description of a working formulation for clinical usage. The Non-1 lodgkin's Lymphoma Pathologic Classification Project. Cancer, 1982, V. 49, N. 10, P. 2112-2135.
118. Nerenberg M., Hinrichs S.H., Reynolds R.K., Khoury G., Jay G. The tat gene of human T lymphotropic virus type I induces mesenchymal tumors in transgenic mice. Science, 1987, V. 237, P. 1324-1329.
119. Ng V.L., Hurt M.ll., Herndier B.G., Fry K., McGrath M.S. VH gene use by HIV type 1-associated lymphoproliferations. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 1997, V. 13, N. 2, P. 135-149.
120. Niedcr С , Petersen S., Petersen C., Thames IT. D. The challenge of p53 as prognostic and predictive factor in Hodgkin's or non-IIodgkin's lymphoma. Ann. Ilematol., 2001, V. 80, P. 2-8.
121. Palmisano G. L., Pistillo M. P., Capanni P., Pera C , Nicolo G., Salvi S., Perdclli L., Pasciucco G., Ferrara G. B. Investigation of HLA class I downregulation in breast cancer by RT-PCR. Hum. Immunol., 2001, V. 62, N. 1, P. 4292-4299.
122. Patella V., Florio G., Petraroli A., Marone G. IIIV-1 gpl20 induces IL-4 and IL-13 release from human FCERI* cells through interaction with the VH3 region of IgE. J. Immunol., 2000, V. 164, P. 589-595.
123. Pinkus G.S., O'llara C.J., Said J.W. Peripheral/post-thymic T-cell lymphomas: a spectrum of disease. Clinical, pathologic, and immunologic features of 78 cases. Cancer, 1990, V. 65, P. 971-998.
124. Puri R. K., Aggarwal B. B. Human immunodeficiency virus type 1 tat gene up-regulates interlcukin 4 receptors on a human B-lymphoblastoid cell line. Cancer Res, 1992, V. 52, N. 13, P-3787-3790.
125. Rabkin C. S., Hilgartner M. W., Iledberg K. W. Incidence of lymphomas and other cancers in HIV-infected patients with hemophilia. JAMA, 1992, V. 267, P. 1090-1094.
126. Rabkin С S., Yellin F. Cancer incidence in a populafion with a high prevalence of infecfion with human immunodeficiency virus type 1. J. Natl. Cancer Inst, 1994, V. 86, N. 22, P. 1711-1716.
127. Rappaport II., Tumors of the hematopoietic system. Atlas of Tumor Pathology, V. Section III , Washington, DC, Armed Forces Institute of Pathology, 1966.
128. Ray S., Ray M. Docs excessive adenosine 5'-triphosphate formation in cells lead to malignancy? A hypothesis on cancer. Med. Hypothesis, 1997, V. 48, P. 473-476.
129. Rechavi G., Ben-Bassat I., Berkowicz M., Martinowitz U., Brok-Simoni F., Neuman Y., Vansover A., Gotlieb-Stematsky Т., Ramot B. Molecular analysis of Burkitt's leukemia in two hemophilic brothers with AIDS. Blood, 1987, V. 70, N. 6, P. 1713-1717.
130. Rilke F. & Giardini R. Working formulation of malignant lymphomas for clinical use. Pathologica, 1982,V. 74,N. 1030,P. 151-160.
131. Robb-Smith A. H. U.S. National Cancer Institute working formulation of non-IIodgkin's lymphomas for clinical use. Lancet, 1982, V. 2, N. 8295, P. 432-434.
132. Roithmann S., Tourani J.M., Andrieu J.M. Timing of occurence of malignant lymphomas in t h e course ofMIV disease. Blood, 1991,V. 78,N. 10, Suppl. 1,P. 110.
133. RolIing С , Treton D., Pellegrini S., Galanaud P., Richard Y. IL4 and IL13 receptors share the gamma с chain and activate STAT6, STAT3 and STATS proteins in normal human В cells. FliBS 1.ett., 1996, V. 393, N. 1, P. 53-56.
134. Rosenberg Z., Fauci A.S. Immunopathologic mechanisms of HIV infection: cytokine induction of IIIV expression. Immunol. Today, 1990, V. 11, P. 176-180.
135. Sambrook J., Fritsch E. F., Maniatis Т., Molecular Cloning: a laboratory manual. N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press. 1989.
136. Samoszuk M., Ravel J., Ramzi K. F'pstein-Barr virus and interleukin-5 mRNA in acquired immunodeficiency syndrome-related lymphomas with eosinophilia. Hum. Pathol., 1992, V. 23, N. 12, P. 1355-1359.
137. Sanger F., Nicklen S., Coulson A. R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1977. V. 74, N.12, P. 5463-5467.
138. Shiramizu В., Ilerndier В., Meeker Т., Kaplan L., McGrath M. Molecular and immunophenotypic cheracterization of AIDS-associated Epstein-Barr virus negative, polyclonal lymphoma. J. Clin. Oncol., 1992, V. 10, P. 383-389.
139. Simard M.^ J.,^ Chabot В., Control of hnRNP Al alternative splicing: an intron element represses use of the common 3 ' splice site. Mol. Cell Biol., 2000, V. 20, N. 19, P. 7353-7362.
140. Singal D. P., Ye M., Ni J., Snider D. P. Markedly decreased expression of TAPl and LMP2 genes in IlLA class I-deficient human tumor cell lines. Immunol. Lett, 1996a, V. 50, N. 3, P. 149-154.
141. Singal D. P., Ye M., Qiu X. Molecular basis for lack of expression of HLA class I antigens in human small-cell lung carcinoma cell lines. Int. J. Cancer, 1996b, V. 68, N. 5, P. 629-636.
142. Skulachev V. P. Why are mitochondria involved in apoptosis? Permeability transition pores and apoptosis as selective mechanisms to eliminate superoxide-producing mitochondria and cell. FEBS 1.ett., 1996, V. 397, N. 1, P. 7-10.
143. Spencer J., Perry M.E., Dunn-Walters D.K. Human marginal-zone В cells. Immunology Today, 1998,V.19,N. 12, P. 421-426.
144. Spina M., Vaccher E., Carbone A., Tirelli U. Neoplastic complications of HIV infection. Ann. Oncol., 1999, V. 10, P. 1271-1286.
145. Stansfeld A.G., Diebold J., Kapanci Y., Kelenyi G., Lennert K., Mioduszewska O., Noel H., Rilke F., Sundstrom C , van Unnik J.A.M., Wright D.H. Updated Kiel classification for lymphomas. 1.ancet, 1988, V. 1, N. 8580, P. 292-293.
146. Stein II. Die neue WHO klassifikation der malignen lymphome. Der Pathologe, 2000, V. 2 1 , P. 101-105.
147. Stein II., Lennert K., Feller A., Mason D. Immunohistological analysis of human lymphoma: Correlation of histolodical and immunological categories. Adv, Cancer Res., 1984, V, 42, P. 67.
148. Steulund A., Botchan M. R. The E2 trans-activator can act as a repressor by interacting with a cellular transcription factor. Gene and Develop., 1990, V. 4, P. 123-136.
149. Stevenson G.T., Cragg M.S. Molecular markers of B-cell lymphoma. Seminars in cancer biology, 1999, V. 9, P. 139-147.
150. Stremmel C , Wein A., Hohenbergcr W., Reingrubcr B. DNA microarrays: a new diagnoctic tool and its implication in colorectal cancer. Int. J. Colorectal Dis., 2002, V. 17, P. 131-136.
151. Su I-h., Tarakhovsky A. B-1 cells orthodox or conformist? Current Opinion in Immunology, 2000 , V.12,P. 191-194.
152. Subar M., Neri A., Inghirami G., Knowles D.M., Dalla-Favera R. Frequent c-myc oncogene activation and infrequent presence of Epstein-Barr virus genome in AIDS-assotiated lymphoma. Blood, 1988, V. 72, P. 667-671.
153. Tanaka A., Takahashi C, Yamaoka S., Nosaka Т., Maki M., Hatanaka M. Oncogenic transformation by the tax gene of human T-cell leukemia virus type I in vitro. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1990, V. 87, P. 1071-1075.
154. Tange T. O., Damgaard С К., Guth S., Valcarcel J., Kjems J. The hnRNP Al protein regula tes HIV-1 tat splicing via a novel intron silencer element. EMBO J., 2001, V. 20, N. 20, P. 5748-5758.
155. Tarantul V. Z. Transgenic mice as an in vivo model of lymphomagenesis. Int. Rev. Cyto logy , 2004, V. 236, P. 123-180.
156. Tarantul V. Z., Hunsmann G. Mitochondrial polypeptides of the oxidative phosphorylation pathway as potential new targets for anti-cancer therapy, Med. Hypothesis, 2001, V. 56, N . 3 , P . 386-387.
157. Tarantul V. Z., Nikolaev A. I., Martynenko A., Hannig H., Hunsmann G., Bodemer W. Differential gene expression in B-cell non-IIodgkin's lymphoma of SIV-infected monkey, AIDS Res. H u m . Retroviruses, 2000, V.16, N 2, P. 173-179.
158. Teranishi F., Liu Z. Q., Kunimatsu M., Imai K., Takeyama II., Manabc Т., Sasaki M., Okamoto T. Calpain is involved in the IlIV replication from the latently infected OMlO.l cells. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2003, V. 303, N. 3, P. 940-946.
159. Tschopp J., Thome M., Hofmann K., Meinl E. The fight of viruses against apoptosis. Curr. Opin. Genet. Dev., 1998, V. 8, N. 1, P. 82-87.
160. Varmus II. E. Form and function of retroviral proviruses. Science, 1982, V. 216, P. 812-820.
161. Vellutini C , Ilorschovski N., Philippon V., Gambarelli D., Nave K. A., Filippi P. Development of lymphoid hypeфlasia in transgenic mice expressing the IIIV tat gene. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 1995, V. 11, N. 1, P. 21-29.
162. Voelkerding K.V., Sandhaus L.M., Kim II .C, Wilson J., Chittenden Т., Levine A.J., Raska K. Plasma cell malignancy in the acquired immune deficiency syndrome. Association with Epstein-Barr virus. Am. J. Clin. Pathol., 1989, V. 92, N. 2, P. 222-228,
163. Vogel J., Hinrichs S.H., Reynolds R.K., Luciw P.A., Jay G. The IIIV tat gene induced dermal lesions resembling Kaposi's sarcoma in transgenic mice. Nature, 1988, V. 335, N. 6191, P. 606-610.
164. Volm M.D., Von Roenn J.H. AlDS-associatcd lymphoma. Cancer Treat. Res., 1999, V. 99, P. 241- 266.
165. Wakasa П., Morphological classification of non-Modgkin's lymphoma. International Working Formulation and Japanese classification. Nippon Rinsho, 1983, V. 41, N. 11, P. 2497-2505.
166. Wang X. D., Rosales J. L., Magliocco A., Gnanakumar R., Lee K. Y. Cyclin E in breast tumors is cleaved into its low molecular weight forms by calpain. Oncogene. 2003, V. 22, N. 5, P. 769-774.
167. Ward A.C., Touw I., Yoshmura A. The Jak-Stat pathway in normal and perturbed hematopoiesis. Blood, 2000, V. 95, N. 1, P. 19-29.
168. Yamada K., Yamakawa M., Imai Y., Tsukamoto M. Expression of cytokine receptors on follicular dendritic cells. Blood, 1997, V. 90, N. 12, P. 4832-4841.
169. Yanagihara Y., Ikizawa K., Kajiwara K., Koshio Т., Basaki Y., Akiyama K. Functional significance of IL-4 receptor on H cells in IL-4-induced human IgE production. J. Allergy Clin. Immunol., 1995, V. 96, N. 6 Pt 2, P. 1145-1151.
170. Yates K. E., Glowacki J. Gene expression changes in an vitro model of chondroinduction: a comparison of two methods. Wound Rep. Reg., 2003, V. 11, P. 386-392.
171. Yip M.T., Chen I.S.Y. Modes of transformation by the human T-cell leukemia virus. Mol. Biol. Med., 1990, V. 7, P. 33-44.
172. Zhu D. M., Uckun F. M. Calpain inhibitor II induces caspase-dependent apoptosis in human acute lymphoblastic leukemia and non-Hodgkin's lymphoma cells as well as some solid tumor cells. Clinical Cancer Research, 2000, V. 6, N. 6, P. 2456-2463.
173. Zhu J., Mayeda A., Krainer A. R. Exon identity established through differential antagonism between exonic splicing silencer-bound hnRNP Al and enhancer-bound SR proteins. Mol Cell., 20G1,V. 8,N. 6,P. 1351-1361.
174. Ziegler J.L., Beckstead J.A., Volberding P.A. et al., Non-Hodgkin's lymphomas in 90 homosexual men: Relation to generalized lymphadenopathy and the acquired immunodeficiency syndrome. N. Engl. J. Med., 1984, V. 311, P. 565-570.
-
Ненашева, Валентина Валерьевна
-
кандидата биологических наук
-
Москва, 2004
-
ВАК 03.00.03
- Количественные и качественные характеристики субпопуляций ВИЧ в крови и спинномозговой жидкости
- Создание иммуногена на основе белка p17 ВИЧ-1 субтипа A
- Исследование геномов вирусов герпетической группы и ретровируса HTLVI при лимфомах и ангиитах кожи методом полимеразной цепной реакции
- Характеристика спектра генов, экспрессия которых повышается при образовании В-клеточных не-ходжкинских лимфом, ассоциированных с ВИЧ-1
- Серологические свойства V3-петли GP 120 вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на территории бывшего СССР
