Естественная рекомбинация у пикорнавирусов

Белалов, Илья Шамильевич

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Естественная рекомбинация у пикорнавирусов
ВАК РФ 03.02.02, Вирусология

Автореферат диссертации по теме "Естественная рекомбинация у пикорнавирусов"

005008810

На правах рукописи

%г~

Белалов Илья Шамильевич Естественная рекомбинация у пикорнавируеов

03.02.02 - вирусология

АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук

005008810

Работа выполнена в Учреждении Российской академии медицинских наук Институте полиомиелита и вирусных энцефалитов имени М.П. Чумакова

Научный руководитель:

доктор медицинских наук

Лукашев Александр Николаевич

Официальные оппоненты:

доктор биологических наук кандидат физико-математических наук

Карганова Галина Григорьевна Спирин Сергей Александрович

Ведущая организация:

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Научноисследовательский институт вирусологии имени Д.И. Ивановского» Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации

Защита диссертации состоится « 1Ь » 2011г. в ¡0^ часов на

заседании Диссертационного совета Д 001.026.01 при Институте полиомиелита и вирусных энцефалитов им. М.П. Чумакова РАМН по адресу: 142782, Московская область, п/о Институт полиомиелита

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ИПВЭ им. М.П. Чумакова

РАМН

Автореферат разослан « /!) » _ ____2011 г.

Ученый секретарь Диссертационного совета, кандидат биологических наук

О.А. Медведкина

Актуальность проблемы

Семейство пикорнавирусов содержит ряд важных патогенов человека и животных, таких как полиовирус, вирус ящура, вирус гепатита А и риновирусы. Пикорнавирусы сыграли важнейшую роль в развитии современной вирусологии и биологии в целом. Пикорнавирусы представляют собой важные модельные объекты, на которых были впервые открыты важные биологические и молекулярные механизмы, впоследствие оказавшиеся широко распространенными у многих организмов. Рекомбинация у РНК-содержащих вирусов была открыта на полиовирусе, представителе вида Human Enterovirus С (HEV-C), семейства Picornaviridae. Позднее выяснилось, что естественная рекомбинация распространена чрезвычайно широко, не только среди пикорнавирусов, но и среди других вирусов. Изучение рекомбинации представляет как фундаментальный, так и практический интерес. Для пикорнавирусов характерна широкая распространенность и высокая частота инфекции, однако клинические проявления заболеваний очень редки. Предполагается, что рекомбинация может играть большую роль в возникновении патогенных вариантов вируса. В последнее время для эпидемиологических исследований предлагается изучать циркуляцию рекомбинантных форм, в дополнение к традиционному серотипированию.

Благодаря высокой частоте рекомбинации, различные участки генома пикорнавирусов имеют независимую филогенетическую историю. Каждый изолят вируса можно рассматривать как срез глобального пула генетической информации, представляющего собой таксономический вид. Таким образом, рекомбинации отводится важная роль в процессах эволюции пикорнавирусов.

В данной работе исследуются закономерности естественной рекомбинации, характерные для родов Hepatovirus, Parechovirus и Kobuvirus, принадлежащих к семейству Picornaviridae, а также роль рекомбинации в эволюции пикорнавирусов.

Цель работы

Исследовать закономерности естественной рекомбинации, характерные для родов Нера1оу1гт, Рагескочти и КоЬи\чги.ч, принадлежащих к семейству Р1согпт!пс1ае, и выяснить роль рекомбинации в эволюции вирусов данных таксономических групп.

Задачи работы:

1. Определить филогенетические взаимоотношения между вариантами вируса гепатита А, вируса Айчи и парэховирусов человека, в различных участках генома.

2. На основании полученных данных, определить участки генома, между которыми рекомбинация встречается наиболее и наименее часто.

3. Для вируса гепатита А уточнить таксономию с учетом рекомбинации в качестве таксономического критерия.

4. Выяснить роль рекомбинации в эволюции вирусов указанных таксономических групп.

Научная новизна

1. Впервые обнаружена рекомбинация внутри структурной области генома парэховирусов, принадлежащих к одному серотипу.

2. Впервые для вирусов с несегментированным геномом показана географическая специфичность варианта фрагмента генома. Монофилетический вариант фрагмента генома парэховирусов, кодирующий протеазу ЗС, преобладал на протяжении порядка 150 лет у вирусов четырех различных серотипов, циркулировавших на территории Бразилии.

3. Показано, что рекомбинация у вирусов гепатита А и Айчи, происходит во всех участках генома с приблизительно одинаковой частотой, в отличие от других пикорнавирусов, что соответствует низкой серологической вариабельности, характерной для данных вирусов.

4. Для вируса гепатита А показана репродуктивная изоляция генотипов. Генотипы вируса удовлетворяют репродуктивному критерию

биологической концепции вида. Созданы предпосылки для пересмотра таксономии рода Hepatovirus.

Практическая значимость работы

1. Показано, что для генотипирования вируса гепатита А могут быть исследованы последовательности любой области генома.

2. Для определения рекомбинантных форм в эпидемиологических исследованиях предложено использовать два участка генома парэховирусов, VP1 и ЗС. Для энтеровирусов (и других пикорнавирусов) такое определение рекомбинантных форм также не лишено оснований.

Апробация работы

Материалы диссертации были представлены на международных конференциях в России и зарубежом: International Life Sciences Students’ Conference, Nijmegen, The Netherlands, 2010 г; международный научный форум «Ломоносов-2011», Москва, 2011 г; American society for virology 30th Annual Meeting, Minneapolis, Minnesota, USA, 2011 r.

Апробация диссертационной работы состоялась на заседании межлабораторного Ученого совета института полиомиелита и вирусных энцефалитов им М.П. Чумакова 28 октября 2011 года.

Публикации

По теме диссертации опубликовано 2 печатных работы в реферируемых научных журналах.

Структура и объем диссертации

Диссертация изложена на 103 страницах машинописного текста, состоит из введения обзора литературы, результатов собственных исследований, обсуждения выводов и списка литературы, содержащего 234 источника. Работа иллюстрирована 5 таблицами и 14 рисунками.

Собственные исследования

Материалы и методы

Выравнивание нуклеотидных последовательностей производилось с помощью программы MUSCLE (Edgar 2004). Кодирующие области геномов выравнивались согласно аминокислотным последовательностям. 5’-НТО выравнивалась отдельно и присоединялась к выровненным последовательностям кодирующей области генома. З’-НТО из анализа исключалась.

Расчет матриц филогенетической совместимости проводился с помощью программы Simmonics v.1.6 (Simmonds and Smith 1999). Из полногеномного выравнивания был получен набор пересекающихся выравниваний длиной 500 нуклеотидов с шагом 100. По каждому из полученных выравниваний методом Neighbor-joining было построено филогенетическое дерево с использованием ста бутстрэп-псевдорепликатов. Каждое построенное дерево сравнивалось со всеми остальными. Для каждой пары филогенетических деревьев определялос наименьшее число топологических изменений, которое нужно внести в одн дерево, для того чтобы его топология стала идентичной топологии второг дерева (Robinson and Foulds 1981). Полученная величина нормировалась н количество клад в дереве. Группы последовательностей с бутстрэп-поддержко:“ менее 70% при анализе не учитывались.

Для анализа филогенетического группирования парэховирусов человека различных участках генома, из выровненных полногеномны: последовательностей был получен набор пересекающихся выравниваниГ длиной 500 нуклеотидов с шагом 100. По каждому из полученны выравниваний методом Neighbor-joining было построено филогенетическо дерево с использованием ста бутстрэп-псевдорепликатов. Группь последовательностей с бутстрэп-поддержкой менее 70% при анализе н учитывались. Порядок штаммов на каждом филогенетическом дереве (кроме 1 500 нт) изменялся так, чтобы максимально соответствовать порядку штаммов

«соседнем» дереве, расположенном ближе к 5’-концу генома, без нарушения топологии дерева. Анализ филогенетического группирования был выполнен с помощью программы Simmonics v.1.6 (Simmonds and Smith 1999).

Для построения графиков сходства и проведения бутскан-анализа использовалась программа SimPlot v.3.5.1 (Lole et al. 1999). Методом Neighbor-joining для набора выравниваний, полученных из полногеномного с шагом 100 нуклеотидов и размером окна 750, были построены филогенетические деревья. На графиках сходства, для одной последовательности из выравнивания измеряется генетическое расстояние до всех остальных последовательностей, как функция позиции генома. При бутскан-анализе, для одной, заранее заданной, последовательности из нуклеотидного выравнивания фиксируется количество бутстрэп-псевдорепликатов, в филогенетических деревьях, построенных по разным участкам генома, в которых другие последовательности имеют наибольшее сходство (являются ближайшим родственником) с заданной (Salminen е/ al. 1995). Количество бутстрэп-псевдорепликатов также измерялось как функция позиции генома.

Для более качественной реконструкции филогенетических взаимоотношений в разных участках генома вирусов использовалась программа BEAST, основанная на Байесовом выводе вероятности (Drummond and Rambaut 2007). В предварительном анализе определялись наиболее подходящие априорные данные, такие как модель роста популяции и тип молекулярных часов, а также модель нуклеотидных замен. Для этого проводился анализ последовательностей двух участков генома, VP1 и 3D. Наиболее подходящей моделью замен для кодирующей области генома, и для парэховирусов, и для вируса гепатита А, оказалась SRD06 (Shapiro et al. 2006), предполагающая, что частоты замен происходят согласно шестипараметрической модели HKY (Hasegawa et al. 1985), но с различными параметрами для первой-второй и третьей позиций кодона. Предположение, что размер популяции постоянен, оказалось наиболее подходящим для обоих вирусов. Оптимальный тип молекулярных часов, в случае вируса гепатита А оказался строгим, а для

парэховирусов - нескореллированым с логнормальным распределением (Drummond et al. 2006).

Консенсусное филогенетическое дерево для филогенетических деревьев, построенных для разных фрагментов генома вируса Гепатита А, было получено с помощью программы Consense (Felsenstein 1989). При построении консенсусного дерева, применялось правило строгого консенсуса. Для последовательностей, филогенетические отношения между которыми различались в различных областях генома, правило строго консенсуса предполагает неразрешенную филогению в консенсусном дереве (Margush and McMorris 1981).

Нуклеотидные последовательности

В работе использовались все доступные полногеномные нуклеотидные последовательности, для вируса гепатита А, парэховирусов человека, вируса Айчи и энтеровирусов вида С. Последовательности искуственно-модифицированных штаммов, прошедших длительное пассирование в культуре клеток (более сорока пассажей), или (для HEV-C) отличающиеся от вакцинных штаммов Сэбина менее чем на 13%, в области VP1, из анализа исключались. Таким образом, количество полногеномных последовательностей составило 39 для HAV, 44 для парэховирусов человека, 10 для вируса Айчи и 68 для HEV-C.

Также для вируса гепатита А использовались 106 пар последовательностей соответствующих областям VP1-2A (позиции генома 2940-3420 в соответствии с последовательностью штамма НМ-175) и 3CD (5385-5979). Для 39 вирусов, соответствующие последовательности были получены из полногеномного нуклеотидного выравнивания, оставшиеся пары последовательностей принадлежат вирусам, циркулировавшим в Японии в 1984-2004 годах (Endo et al. 2007а).

Результаты и их обсуждение

Матрицы филогенетической совместимости

Матрицы филогенетической совместимости дают общее представление о частоте и некоторых закономерностях рекомбинации (Рис. 1).

У парэховирусов человека, как и у НЕУ-С, прототипного вида семейства Р1сотттс1ае, наблюдается практически полное отсутствие рекомбинации внутри структурной области. Это выражается в высоком сходстве филогенетических деревьев, построенных по различным участкам структурной области генома (Рис. 1). В неструктурной области рекомбинация происходит гораздо чаще, со сравнимой интенсивностью у парэховирусов и НЕУ-С. Между структурной и неструктурной областью наблюдаются значительные отличия, которые у парэховирусов человека выражены немного сильнее, чем у НЕУ-С. Однако, 5’-НТО энтеровирусов филогенетически гораздо более подвижна, филогенетические деревья, построенные по соответствующим последовательностям резко отличаются от деревьев, построенных по последовательностям кодирующей области генома.

Рекомбинация у вируса гепатита А выражена гораздо меньше по сравнению с НЕУ-С, что выражается в относительно высоком сходстве филогенетических деревьев, построенных по последовательностям различных учасктов генома. При анализе вирусов, принадлежащих к генотипам 1А и ША по отдельности (14 и 15 последовательностей, соответственно), филогенетическая несовместимость между различными участками генома видна более отчетливо. Это объясняется отсутствием рекомбинации между вирусами, принадлежащими к разным генотипам (см. ниже), поскольку отображаемое количество филогенетических конфликтов нормируется на количество клад в дереве. Исключение клад, не претерпевающих изменений (соответствующих генотипам НАУ) во всех областях генома, приводит к относительному увеличению наблюдаемой частоты филогенетических конфликтов. Рекомбинация у вируса гепатита А, в отличие от НЕУ-С и

парэховирусов, наблюдается во всех участках генома, включая структурную область, с большей или меньшей интенсивностью, без каких-либо явных закономерностей.

Вирус Айчи, как и вирус гепатита А, характеризуется более низко интенсивностью рекомбинации, по сравнению с НЕУ-С и парэховирусам человека. Как и у вируса гепатита А, у вируса Айчи события рекомбинаци наблюдаются во всех участках генома, без видимых закономерностей, сожалению, на момент проведения исследования, было доступно только десят полногеномных последовательностей вируса Айчи, и какие-то особенносп рекомбинации, характерные для вируса Айчи, не могли быть выявлены.

~1 " ~ I Г-Г ~ Т ' Г ' I jvre|№3| vpi |м|гв| гс ДОэс| зБ |

HAV

все генотипы

~1 I I Г ~ "Т ~ 1--------------------------г

¡|>л=г]даз]~№1 ¡гл)га гс ^Гзс то j

HAV IA

Xr_J

0Ф° цР Л<Р „с$*>

*Р ¿Р jP gp $Р ip 4Р ^

^ ^ #> gp ¿Р л<Р iP

| i/po |vps] vpt й|гв| гс |а||зс зс "]

^Р ¿Р ¿Р ¿Р jp jp ^р ¿Р ^ ¿р Ь<Р ь<р jp ¿р

Рисунок 1 ■ 1.5

Матрицы филогенетической совместимости для пикорнавирусов человека. 1Q

Внизу справа дана цветовая шкала, отображающая количество филогенетических конфликтов, нормированное по количеству клад.

0.5 ■ 0.0 j

Бутскан-анализ и анализ сходства нуклеотидных

последовательностей

Бутскан-анализ и графики сходства нуклеотидных последовательносте показывают, что у парэховирусов человека, как и у НЕУ-С, практически н наблюдается смены филогенетических взаимоотношений между различным вирусами внутри структурной области генома (Рис. 2). При переходе неструктурной области наблюдается отсутствие филогенетического сигнал (филогенетический шум) и у парэховирусов, и у энтеровирусов, неструктурной области филогенетический сигнал более четкий, и хорош видны точки перекреста для различных штаммов, соответствующие точка рекомбинации.

Вирус гепатита А, напротив, рекомбинирует во всех участках генома приблизительно одинаковой частотой. Однако смена филогенетическог группирования наблюдается только между вирусами, принадлежащими одному генотипу (Рис. 9). Похожая картина характерна и для вируса Айчи рекомбинация между вирусами генотипа В наблюдается во всех учаскта генома. Среди вирусов генотипа А вируса Айчи событий рекомбинации н выявлено, однако для этого генотипа доступно всего четыре полногеномнь последовательности, что, как правило, недостаточно для выявления собып естественной рекомбинации.

Следует отметить, что взаимоотношения между вирусами, характерны для генотипов I и III вируса гепатита А, а также для генотипа В вируса Айчи, в всех областях генома, качественно (но не количественно) воспроизводи таковые для парэховирусов человека и энтеровирусов вида С в неструктурно области генома (Рис. 2). На графиках сходства нуклеотидны последовательностей не обнаружено участков, со стопроцентным сходство между вирусами в одних областях генома, при существенном различии других. Следовательно, наблюдаемая смена филогенетически взаимоотношений не является результатом контаминации, когда в образц могут присутствовать два и более различных вируса.

HPeV5 CT86-6760

- IIIAIND-HAV-WF

- IIIAIND-HAV-97F -IIIA IND-HAV-08F

- Other Ilia (lib

Other genotype

-CVA20 BAN01-10618

- CVA17 DAN03-10616 -CVA11 BANOO-10444

Olher CVA20

- Other HEV-C

—— At BAY-1-03-DEU

----- A2

----- A3

----- A4

----- 61Chshc?

----- 02

-----B4

----- B5

-HPeVJSHI .Other HPeVI -HPeV2 -HPeV3 HPeV4 -HPeV5 T92-15

- Other HPeVS

- HPeV6 BN1*67

- Other HPeVS

- HHeV/

HPeVS

Рисунок 2.

Графики сходства нуклеотидных последовательностей (слева) и бутскан-графшш (справа) для изолятов ІМХОТ (субтип ША, НАУ), ВАМОО-10462 (вирус Коксаки А, серотип 20, НЕУ-С), Ооіапіа (генотип В, вирус Айчи), СТ86-6760 (серотип 5, НРеУ). На графиках представлены репрезентативные взаимоотношения между вирусами соответствующих видов пикорнавирусов (Веіаіоу еі аі. 2011; Ргехіег еі аі. 2011).

Естественная рекомбинация у вируса гепатита А

Для восьми областей генома вируса гепатита А были построены филогенетические деревья (Рис. 3), по всем доступным полногеномным последовательностям. Среди вирусов, принадлежащих к разным генотипам, признаков рекомбинации не наблюдалось. Во всех областях генома вирусы, принадлежащие к одному и тому же генотипу, образуют монофилетические группы, рассчитанная апостериорная вероятность для которых составляет 1,00 во всех случаях без исключений. В пределах субтипов наблюдаются множественные филогенетические конфликты в различных участках генома. На консенсусном дереве филогенетические взаимоотношения в пределах субтипов практически не разрешены. В наиболее представленных субтипах (1А и 1ПА) только по одной группе из двух вирусов сохраняется во всех участках генома.

Рксунок 3. Филогенетические взаимоотношения между вариантами вируса гепатита А, в различных областях генома (Belalov et al. 2011). Для филогенетической реконструкции использовалась программа BEAST (Drummond and Rambaut 2007), с моделью замен SRD06 (Shapiro et al. 2006), со строгим типом молекулярных часов и постоянным размером популяции. Достоверно установленные случаи рекомбинации обозначены пунктирными линиями. Консенсусное филогенетическое дерево для всех областей генома получено по правилу строгого консенсуса (Margush and McMorris 1981), с помощью программы Consense (Felsenstein 1989).

IRES

rlA_LP0l4_20C5 i-lA LY6J0Q1 ... Lia- -•

•VP2-

IA imwr 1986 '*

IA DL3 IA FH2 1993

LA 1974

V8A-07J988 IA G3WWT 19?€ IA>H1J992 —л-*’.:: tA_FH3 1994*“'

LA AH2 1991 IA~AH1 1992 IA АШ 1993 IA HAW 2005 ♦***•***"

HIM 75 197S IB HAV-203 1992 IB_LA1

19 MBS 137» l!3 SLFW J983 IIA CFKVBeme 1379 IliA IN0-HAV-Q8F 2008 HIAIpN-ИЮ 1392 l!IA_IND-HAV-G7F 2X7 1Г1А CP-lfO 1995 KiAJtfi^HAV-95F 1985 IIIA INO-HAV-99f”1999 HIA NOR-21 1988 IRA IND-HAV-06F 2006 IIIA GB$-iN0 25X3 IIIA SI2007 IIIA IND-HAV-97F 1997 IliA HA-JNGQ4-9Q 1990 IIIA HA-JNG08-92 1992 KIA_HAJ95-8 1995 Hffl HAJ35-1 1983 IttS JNG0$-90f 1990 V SHAV У AGM-27 1935

IAJ.P014 2005 IA AH1 1992 1A‘FH2 1993 JA~tU38/Wr 1988 ^JA’DU “

• UAVfb 2001 ■ "lA FH3 1994 f1lA~AH3*' 1993 ‘IA AH2~ 1991 . гЖрнГ1992

/<1А VBA-07 1588 * IAJ974 V HAV5 2005 ^ GSM/WT 1976 b IQ HM-175 1978 _J1ffifHAV-2Q3 1992 if В MSB 1973 148 1АГ rr»8 SIF88 1988 !№jCF53/Beme 1979 11 IIIA CFMNO 1995 |{1AQ?©-HAV*85F 1995 IIIA t№WttV-06f 2006 !ilA-HWNG04-90~1990-lilA'lND-HAV-0SF'2008 lilA~5HD-HAV-99F 1999 -l«A*NOR-21 1988“

IIIA* FWNO~1992 ltlA~№fi>-HAV-07F 2007 «iajnd-hav-S7M997 HilA S12007 14IIA~GBS-IND 2003 r4WCWWNG(&92 1992 MIlA HAJ95-6 1995“

_____fll!BJNG06-SK>FJ99Q

ЯНВ H

VP3

> HAJ8W 1985 JtV AGM-27 1985 “VKHAV ~

IAJK2 1993 IA Lioawr 1988

IA DL3 ------------

.IA LPQ14 2005 *...

1 IA AH1 1992

r.lAlYB 200l L’lA_FH3 1994 r,lA_AH3_l993 t|A AH2 1991

П^_Н2

™IAFKt fXVBA* FLA LA 1 b IA HAVi ’L-1A G8M jJBJ

Hi5-1

“»I

FH1 1992 ,IA_VBA4)7J988 1974 KAV5 2005 G8MWT 1976 U1 * MB8_1978 HAV-2Q3 1992 >JlM-175J97S

— HB SLF88 1988

— HAjCF53fBeme 1979 _«■ IIIAJN&HAY-07FJ007 1 f ttlAJND-HAV-V/hJW ЛША_РНМ>_1992

kHIA SJ2007 ‘• IIIA GBS-IND 2003 rlllA NOR-21 7988 ь HIA KAr^4Q04-90 1990 .IIIA WD-HAV-95F”l995 l!tA_CF4NO 1995 I11AJND-HAV-06F 2006 [rJllA IND-HA'/-08FjQ0e ь HIA IND-HAY-99F 1999 rr IIIA HA-JNG08-92-1992 ^ HIA HAJ9WJ995

{illlB HAJ85-1 1985 •IIIB~JNG06-96F 1990 \V SHAV ~

1v AGM-27 1985

sæi'ü-KovT1!_ _ AVHS'i\i_ кбГда-экжГш

•D

Jg П

ЇіШЩІІІР £§SÍ's ¡УйлУй Ws

üwriO>>>5;'ÍR5 5azN і'Г У.'ЛйЬ

i'i 111 S's 11 Ig'S І І.ї і » "

1 ,ю'”і"п і '’’C^

88І8 ill

igg§

.. і. П fl

4г0Гг-Г^РГ

Ç#i-??g^aû- ,«*ё£Ь 'jjwucíj-s

*-e- J'-lltJ'S’!11 §I~C §sl§§'ggi,^

rsr

JT^Li ГТ"кг~г5Г

ІчЩЩШтЦ'іт w

W.* P* ,K.¿>«O^Í¿2ífe«>é(«¿>S&ÍSua «SS

s Ц

Sefli |,98Млв*лМ£

I i i g Si§a

Так как наблюдаемое отсутствие рекомбинации между различными

генотипами могло объясняться недостаточностью выборки, был проведен

дополнительный анализ с использованием 106 вирусов, для которых в работе

других авторов были определены последовательности в областей VP1-2A и

3CD. Важно, что большая часть этих вирусов была выделена в 1984-2004 годах

в Японии, где была отмечена коциркуляция генотипов I и III (Endo et al. 2007а).

На филогенетических деревьях, построенных для увеличенной выборки, также

наблюдается рекомбинация между различными вирусами в пределах генотипов,

но не между генотипами (Рис. 4), несмотря на высокую частоту инфекции и

возможность коинфекции вирусами различных генотипов (Chitambar et al.

2007). Различные генотипы вируса гепатита А характеризуются разным

географическим распространением (Robertson et al. 1992), тем не менее

сообщается о коциркуляции генотипов IA и IIIA в различных частях мира (Pina

et al. 2001; Chironna et al. 2003; Tallo et al. 2003), Также отмечена коинфекция

вирусами, принадлежащими к генотипам IIIA и IB, в Индии (Chitambar et al.

2007), стране происхождения десяти из используемых в настоящей работе

вирусов. Кроме того, в данной работе была использована расширенная выборка

вирусов, принадлежащих к субтипам LA, IB, IIIA и ШВ, которые были

выделены в Японии в течение двадцати лет. Так как инфекция HAV также

часто встречается среди лиц, путешествующих в эндемичные районы (Lenfant

1994), которые покрывают большую часть суши, вирусы различных генотипов

могут часто перемещаться по всему миру. Вероятность коинфекции вирусами,

принадлежащими к различным генотипам, весьма высока, следовательно,

имеются все возможности для межгенотипической рекомбинации.

Рисунок 4. Филогенетические взаимоотношения между вариантами вируса гепатита А, в областях генома, VP1-2A (позиции 2940-3420 в соответствии с последовательностью штамма НМ-175) и 3CD (5385-5979). Для филогенетической реконструкции использовалась программа BEAST (Drummond and Rambaut 2007), с моделью замен SRD06 (Shapiro et al. 2006), со строгим типом молекулярных часов и постоянным размером популяции. В узлах филограммы отмечены апостериорные вероятности более

0,95. Достоверно установленные случаи рекомбинации обозначены пунктирными линиями. Группы с высокой поддержкой, присутствующие только в одном филогенетическом дереве, выделены полужирным шрифтом. Ветвление филогенетических деревьев, на уровнях выше субтипа не приводится.

VP1-2A

ÍHAJ95-5 1995 HAj96-3~1996 ІА AHI 7992

3CD

\ê

HAJ94-3T1994 HAJ91-£1Ô91

HAJ95-7^1996-----

HAJW-ПвИ-''*' HAJ81-2T1891 •— HAJSO-7^1990

WHAJ95-4~1995 HAJ95-ST1Ô95 IA IP01Í 2005 HÄJ92-1 1992 HAJ94-1~Î994 _ V HAJ89-4”1989

J ^ HAJ89»1~1989

1____If HAJ95-3“1995

HAJ95-6~1995

j----HAJ90-2"1990

Jp— HAJ8S-5"ÏB88

|____r— HAJ92-2~iQQ2 • — *

Iі— IA FH2JT9S3 “ ' HÆ68-Î 1988 HAJ90-5 1990 IA LU3aAiVT 1988 HAJ89-3 19Я5 HAJ90-9'1990 HAJ884~teaa JA DL3 !Л)04-2_2004 HAJ94-6 1994 HAJ94-0994 ^ HAJ8S-2 5988 ,r HAJ86-3~19Ô6 4-HAJ86-1 1986 HAJ86-4“1986 HAJ90-4~1990 HAJ89-2~19Ô9 HAJ90-3“1990 HAJ94-5 1994 UV.FH3 Ï994 ÎALYS~2001 HÂJ84-'2 1984 HAJ94-2 1994 HAJ94-8~1994 HAJ88-2 1988 IA AH2 4991 НЛ96-Г 1996 ÍA AH3 1993 H&I90-? 1990 HAJ94-7~19Ô4 HAJ90-1Ü 1990 f HAJ92-3 T992 -i HAJ93-1~1993

rO HAJ95-1~1995

HAJ68-1*“î988 HAJ90-1~1990 HAJ01-2~20Û1 HAJ01-1~2001 .<■ HAJ94-9~1994 ' HAJ04-1~2004 HAJ02-2“2002 KAJ02-O002 IA H2 -HÄJ03-1 2003 HAJ04-3~2004 JA FH1 1992 HAJ96-Î 1996 IA LA 1S74 IA”VBA-Q7 1988 НЛ93-2 1993 IA HAV5~20Q5 НА96-2Л996 HAJ99-2~1999 „ ÍA GSMAVT 197«

V- IB LA1 ^■1B”MSB 19Г8 HÄJ90-Ä" 1990

г JL HAJ99-1~1999 u IAJ.P01Ï 2005

. - HAJ90-T 1990

f Ji HAJ9S-6“1995 Jl HAJ95-3 1995 i-P- HAJ92-1”1992 4 u HAJ90*2^1990 L— HAJ94-ri894 r KAJ92-C1992

HAJ89-2T1989 IA LU387WT 1983 HAJ8&4 1988 HAJ9Q-9 1990 HAJ9Û-5“1990 HAJ8a-3Tl98a HAJ94-6~1994 HAJ04-2~2004 IA DL3 “

НЛ89-4 1989 HAJ89-1~1989 HAJ88-5~1988

IA AH2 1991 .НР-НЛ96.Г 1996

I----І1----IA AH3 І993

JrtOQ ‘-----HAJ90-ÍT 1990

{U'W p. HAJ9Q-1 її 1990

^ HAJ94-7 T994 H^JS3-1~1993 HAJ9S-ri»ft5 ,, HAJ92-3“1992

Iі HAJ01-2_2001

Jf $¿02-2 2002 □ QQ -R*P~ HAJ04-1~2004 аууш>— HAJ02-1“2002 ‘ HAJ04-3"2004 HAJ03-1~2003 IA FH1 1992 HAJ96-Í 1996 j- HAJ94-5“1S94 <J- HAJ9Ô-4 1990 Г- - Г* HAJ89-2“ 1989 *— HAJ30*3*1990 — » IA IY6 Z001

»--------IAFHT1994

HAÜ06-T 18B6 HAJ8Ô-2T198$ HAJ8d-3 1986 HAJ86-4~1986 HAJ88.2‘1988 HAJ94*2~1994 HAJ&4-2“19Û4 HAJ94-8“1994 IA LA 1574 ІАЛ/БА-07 1958 HAJ93-2 1593 —г— IA HAV5H2005 0i92f—. HÄJ99-2 1999 -П*— HAJ9Q-2“1996

1----IA GBMWT 1976

л IBHAV-203“1992 veXM.f75 1978

Jr IB HM-17S 1976 T- IB‘HAV-203 1992

— HA CF53/Beme 1979

— I®"SLF88 mff ilUCCWNDJ995 «yQN0-HA7-eSF 1«5 aUQlÂrJNG04-«ri990 -fljAGNE>-HAV-0№200e -JliA IND-HAV-08F^Q08 »¡A INO-HAV-99F"1999 -/HA^ND-HAV^7F-2007 • HfA"GeS-IND 2003 IRA“PN-INO «32 IIWC8I2007“

USA IND-HAV-97F 1997 JI!A NOR-21 1988

tll!A~HA-JNGÜ8^2 1992 HAJ93-3 1993 HAJ9S-8~1995 ПІА HAJ35-8 1995 HAJB5-1 1965 HIB HAJB5-1 1965 HAJ&4-1 1954 HA-JNG06-90F 1990 № JNG06-90F 1990 V Simian HAV* V^AGM-27 1985

HÆJ90-8 1590 fS мав 1978 ІВЧА1

li/f CF53/Beme 1979 UB SLF88 1SÔ8 IHAJND-HÄV-06F 2006 №lND-HAV-Q$fC200e

im^

і ;

IIIA CP-INO 1995" AJÄ9464 IRA NOR.21 1: HtA_HA-JRG0f-90 199ÍT MA GBSAND 2003 IIIA“SI2007 ” IIlAf>N-lNO 1992 HIA1NO-HA7-97F 1997 j lilA”HAJ95-8 1995 7 НАЗЭ5-8 1995 _ - IIIA HA-JNG08-92 1992

?-----HAJ93-3 1993 "

1 HAJ85-1~1985 f ІІІВ HAÆ5-1 1985 1 HA3B4-1 1961 Г HA-JNGÖ&-90F 1990 ‘ "1 JNG06-90r 1990

Так как ни анализ 39 полногеномных последовательностей (Рис. 3), ни анализ 106 пар последовательностей в расширенной выборке (Рис. 4) не выявили событий рекомбинации между представителями разных генотипов вируса гепатита А, можно предполагать наличие репродуктивной изоляции между ними.

Распределение попарных генетических дистанций между вариантами вируса гепатита А позволяет четко разграничить различные генотипы (Рис. 5). Качественно, такое разграничение аналогично разделению вирусов рода Enterovirus на виды. Варианты HAV не покрывают все возможное пространство нуклеотидных последовательностей в пределах рода Hepatovirus. Все вирусы либо очень схожи и принадлежат к одному генотипу, либо сильно различаются и принадлежат к разным генотипам, при этом промежуточных значений не наблюдается. Рекомбинация, постоянно перемешивая последовательности геномов одного генотипа, ограничивает возможности для их дивергенции.

HAVVP1-2A

HAV3CD

800|

600-

200-

I 1

bcdítln____Кь_____[

У0 0.1 0.2

nucleotide p-distanoe

80060040С -20С-

tito.

-rfTfUlvu—-j-n-ríí

HEV-C 3CD

•ame »pedei Intertpecles

-Chjf

Ljl.

8.00 0.05 0.10 0.1S 0.20 0.0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5

nucleotide p-distance nucleotide p-distance

300 г

same species

Interspecies

0 0.025 0.05 0.10 0.15

amino acid p-distance

0 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 amino acid p-distance

0.1 0 2 0 3 0 4

amino acid p-distance

Рисунок 5. Распределение попарных генетических дистанций для последовательностей штаммов вируса гепатита А,в областях \Ф1-2А и ЗСО, и энтеровирусов вида С, в области ЗСБ (Ве1а1о\> е1 а1. 2011). Генетические дистанции рассчитаны как относительное содержание неидентичных нуклеотидов или аминокислот между последовательностями в выравнивании.

По современной классификации, вирус гепатита А представляет собой единственный вид рода Hepatovirus (Knowles et al. 2010). Однако, одним из критериев вида в семействе Picomaviridae, принятым в международном комитете по таксономии вирусов, является «значительная степень совместимости в протеолитическом процессинге, репликации, энкапсидации и генетической рекомбинации» у штаммов или (серо)типов, относящихся к одному виду (http://www.picomast\idvgroxm.com/definitions/sDecies definition.htm'). В свете наблюдаемой репродуктивной изоляции генотипов вируса гепатита А, их совместимость если и имеется, вряд ли является значительной. Тем не менее, отсутствие совместимости между штаммами, принадлежащими к разным генотипам HAV, должно быть подтверждено экспериментально. Если несовместимость между штаммами, принадлежащими к различным генотипам вируса гепатита А, действительно имеет место, то таксономия рода Hepatovirus, должна быть переработана, а (суб)генотипы переклассифицированы в виды.

Так как рекомбинация между вирусами различных генотипов не наблюдается, для генотипирования полевых изолятов вируса гепатита А могут быть использованы любые участки генома. Для идентификации субтипов можно использовать любые участки кодирующей области генома.

Закономерности рекомбинации, характерные для вируса гепатита А, свойственны также и вирусу Айчи. Всвязи с низким количеством доступных для анализа нуклеотидных последовательностей вируса Айчи, какие-либо выводы о закономерностях его рекомбинации являются преждевременными.

Таким образом, вирус гепатита А, имеющий ряд уникальных свойств по сравнению с другими пикорнавирусами, характеризуется широко распространенной рекомбинацией, как и другие пикорнавирусы. Тем не менее, сравнительно высокая частота рекомбинации в структурной области генома и отсутствие рекомбинации между различными генотипами (т.е. таксономическими единицами уровнем ниже серотипа) выделяют вирус гепатита А на фоне других пикорнавирусов.

Естественная рекомбинация у парэховирусов человека

Анализ филогенетического группирования для всех доступных полногеномных последовательностей парэховирусов человека показал, что в области 3CD бразильские вирусы группируются преимущественно вместе (Рис. 6). В структурной области генома все исследуемые парэховирусы группируются в соответствии с серотипической принадлежностью. При переходе к неструктурной области наблюдается резкая смена филогенетических взаимоотношений между вирусами. Внутри неструктурной области генома, при переходе от точки к точке, группирование парэховирусов продолжает изменяться, но уже не так интенсивно. Исключение составляют представители HPeV третьего типа, которые продолжают группироваться вместе и в неструктурной области. Только один из десяти вирусов НРеУЗ, в неструктурной области, группируется с представителями других серотипов. Обособленность представителей HPeV3 от других парэховирусов человека наблюдалась и в других работах (Benschop et al. 2008; Calvert et al. 2010).

VPO VP3 VP1 2A2B 2C % 3C

VPO VP3 VP1 2A2B 2C S 3C

б ю'оо 2600 3600 4000 50'00 6000 7000 6 1000 2000 3000 4000 50'00 60'00 7CI00

Рисунок 6.

Анализ филогенетического группирования парэховирусов человека. Слева, позиции индивидуальных вирусов отмечены цветом в соответсвии с серотипической принадлежностью, серотипы, представленные менее чем четыремя последовательностями, обозначены серым. Справа, на том же графике, цветом отмечены только парэховирусы человека третьего типа и вирусы, выделенные в Бразилии.

На филогенетических деревьях, построенных по последовательностям областей УРО и УР1, обнаружены филогенетические конфликты, свидетельствующие о внутритипической рекомбинации в структурной области генома. Минимум два события рекомбинации достоверно можно обнаружить среди вирусов, принадлежащих к первому серотипу, и одно у вирусов четвертого серотипа (Рис. 7). Сообщения о рекомбинации в структурной области у других пикорнавирусов очень редки, для парэховирусов такая рекомбинация наблюдается впервые.

В неструктурной области филогенетическая группируемость исследуемых вирусов практически не зависит от серотипической принадлежности. Исключение составляют парэховирусы третьего типа, только один из них в неструктурной области группируется с представителями других серотипов. Так как для каждого использованного парэховируса была известна дата выделения, могли быть определены частоты нуклеотидных замен и время существования последнего общего предка ([МЯСА) для той или иной группы вирусов. Возраст основной группы НРсУЗ, определенный по последовательностям УРО, УР1, ЗАВ, ЗС и ЗБ составляет 19,05 [15,95;22,86], 19,9 [16,26;24;45], 20,58 [16,05;26,1], 22,6 [17,16;29,91] и 22,11 [17,46;27,55] лет, соответственно, в квадратных скобках указан 95% доверительный интервал.

В данной работе исследовались девять парэховирусов человека,

выделенных в Бразилии, пять из них принадлежат к первому серотипу, два - к

пятому и по одному к шестому и восьмому серотипам. В структурной области

генома, бразильские парэховирусы группируются в соответствии со своей

серотипической принадлежностью, как и ожидалось. В области ЗС все

бразильские вирусы образуют монофилетическую группу (Рис. 7), возраст

последнего общего предка этой группы вирусов составляет 149,83 лет (95%

доверительный интервал [75,41 ;246,92]). В областях ЗАВ и ЗБ бразильские

вирусы образуют два кластера, при этом, в области ЗП эти два кластера очень

близки и объединяются в группу, включающую также два представителя

НРеУ1, выделенных в Нидерландах. Рассчитанные апостериорные вероятности

для двух ветвей, объединяющих бразильские вирусы, в областях ЗАВ и 3D, составляют 0,56, 1,00 и 1,00, 1,00 соответственно, а для ветви, объединяющей все бразильские вирусы, в области ЗС - 0,96. Группа, для которой апостериорная вероятность, в области ЗАВ составляет 0,56, состоит из шести вирусов, пять из которых группируются с апостериорной вероятностью 1,00, а вирус HPeVl_BRl 14 занимает прикорневое положение.

Наблюдаемую монофилию бразильских вирусов в области ЗС и образование двух филогенетически далеких групп в области ЗАВ, резонно объяснить единичным событием рекомбинации. В случае области 3D, включение в группу бразильских вирусов двух голландских изолятов, скорее всего, произошло в результате двух независимых событий рекомбинации.

Ранее уже были сообщения о некоторой географической специфичности участка 3D парэховирусов (Calvert et al. 2010). К сожалению, в этой работе использовалось только по паре последовательностей для каждого вируса, кодирующих области VP3/VP1 и 3D, и описанная в настоящей работе четкая географическая специфичность области генома ЗС не могла быть выявлена. Подобные временные или географические закономерности группирования вирусов разных серотипов в неструктурной области генома наблюдались также и у энтеровирусов. В частности, было показано, что двадцать девять из тридцати двух изолятов вида Enterovirus В, выделенных на территории СНГ, группируются вместе, и отдельно от большинства прототипных штаммов этого вида (Lukashev et al. 2003). В настоящей работе также показано, что в области 3D все бразильские парэховирусы образуют монофилетическую группу вместе с двумя вирусами, выделенными в Нидерландах. Таким образом, есть

Рисунок 7. Филогенетические взаимоотношения между парэховирусами человека в различных областях генома. Для филогенетической реконструкции использовалась программа BEAST (Drummond and Rambaut 2007), с моделью замен SRD06 (Shapiro et al. 2006), тип молекулярных часов - нескореллированный с логнормальным распределением (Drummond et al. 2006), размер популяции постоянен. В узлах филограмм отмечены апостериорные вероятности более 0,95. Достоверно установленные случаи рекомбинации в структурной области генома обозначены пунктирными линиями. Названия вирусов выделены цветом, в соответствии с серотипами. Ветви филогенетических деревьев, объединяющие вирусов, выделенных в Бразилии отмечены красным.

VPO

, HPoV3_K20-94 HPeV3_K11 a7HPeV3_K12 rHPeV3.A308 9 M • HPeV3_152037 \ HPeV3_Can82853 °*f;HPeV3 251360 •HPeV3_450936 HPeV3 K8 —HPeV3_651689

----HPeV7

.;HPeV1 BR 145 jJ*HPoV 1 _BR_21 J -HPeV1_BR_27 ' ! —HPeVi_BR_30 , -HPeV1_p123 ~-HPeV1_BN!-788Sl J HP»V1_45Q343

VP Г

—HPeV8 BR_217

-HPeV1252531 ,-HPeV1 K129 '-HP*V1^K150 -TaHPöVl"K54 ■HPöV1 K63-94 —HPeVi 650163 HPeVi 7555312 —HPeV1_ 152478 HPoV1_SH1

-----HPeVi 863

-----HPeVI BR.114

—HPeVI ІІлт.і

-----HPeVI _452568

___ » HPuVe_NII5fl 1

jj* HPoV¿lBR_ 104 •

HPeV2_WWlaiT\son

-------HPeVe_BRJ17

-------HP«V4_123

’ -----HPeV4_K251176

HPeV4_T75-4077 , -HPeV5. BR 77 •HPeV5_BR53 j_—HPeV5CT86-6760 ------HPeV$ T92-15

HPeV7

, HPeV3_K20-94 'HPoV3_K11 -1—HPeV3_Kl2 rHPeV3_A308 ■HPeV3 152037 fHPeV3 Can82853 ' *HPeV3 251360

'•HPeV3_450936 HPeV3_K8 HPeV3 651689

— HPeV2_Wi(liamson

■—HPeV1_450343 "—HPeVI 550163 HPeV 1.252581 ■д_—HPoV1_BNI-788Sl

- - -HP0VI j)1?3 —HPeVI_SH1

• ' D«rHPeV1 BR 145 1 —'hP*V1_BR_21 0« -HPeVi BR 27

¡—HPeVI BR 30 —HPeVt 7S55312 1 _HPeV 1 K63-94 w HPeVi К54 ом HPeV 1. К150 -HP0VI K129 —HPeVi 152478 —HPeVi OR 114

'------HPeV1 .452568

~HPeV1_Harns —HPeV1_6G3 o*>-~—HPyV6 .823 BR

HPeV4T75-4077

•----HPeV4_123

------HPeV4_K25l176

_____-HPeV5_BR 77

•HPeV5_8R_53

•-HPeV5_T&2-^5

— HPeV5_CT86-6760

ЗАВ

HP6V5_CT86-6760

—HPeVü SNf-67

-----HPeVt_863

— і—HPeV?

—HPoVl_SH1 ~—HPeV4_K251176

‘---HPeV3_651689

_ 0 »j— HPeV 1 _K129

~HPeV1_K150 _j_HPeV 1 _K63-94 HPeVi K54

— HPeV1 252581

lj-HPeV1 J3123 —HPeV1_8NI-788SI jHPeV3_K11 _ HPeV3_K20-94

" .-HPeV3_A308 -HPeV3_ 152037 lj HPoV3_450936 -L \HPeV3_251360 •HPeV3_Can82853 HPeV3K0

- HPeV3_K12

HPeV4_123 —j t f»HPfV6~BR 104 HPeV5_BR_77 *""» HPeV5~BR353 --------HPeV 1 452568

V-1-—

-----HPeVi 7555312

— HPeV4_T75-4077

—HPeV1 BR 114 HPeV8_BR^217

HPeV 1~BR~ 30

_____- HPeVi _BR_27

—•“•HPeV1_BR_21 •HPeVi BR 145

--------HPeV 1550163

-------HPeV1_ 152478

— HPeVi Harris і — HPeV6 823

- HPeV6 N1(561 -HPeVi 450343

- HPeV2_ Williamson

------HPeV5_T92-15

-----HPeVi 452568

-----HPeV1_75553l2

tHPeV3_K11 HPeV3 K20-94 -HPeV3_A308 _2_ HPeV3.JC12 HPeV3_K8 il-HPeV3_450936 j HPe V3_251360 ■ -HPeV3_ 152037 -HPeV3_Ca»82853 —HPeV1~252581

-. —HPeV1_p123

HPeVi _BNI-788St

-----HPeV4_123

----HP®V4_K251176

—HPeV4_T75-4077

-----HPeV1863

HPoV7

-----HPeV3_651689

—HPeVlJ<129 -HPeV 1_K 150 ~_¡_HPeV 1 K63-94 HPeVi K54 -----HPeVi ,050103

~HPeV1_SH1 -HPeVi 450343

—HPeV5_CT86-67€0

•HPeVJJ

1^114

-------HPeV8_BR_217

__»HPeVb_BK~/1

,—*"-^HPeVfBR~30 - *HPeV5_BR_53

—HPeV1_BR_27 ,-HPeV1_BRJ45 -HPeV1_BR_2l

-----HPflV5_T92-?5

~HPeV2_Wil«amson

------HPeV 1J 52478

—HPeV1_Harns

____-HPeV6. N11561

—HPeVC .823 -------HP. ■

—HPeV5_CT86-6760 ----HP*V1 SH1

-HP0V6 NII561

-----HPeVi 152478

-----HPe V3 651689

¿—HPeV1 _Kt 29 -HPeV1.K150

t__HPt*V1_K63-94

HP«V1_K54 —HPeV4_T75-4077

---—HPeV4_123

-----HPoV1_452568

-----HPoV1_863

-----HPeV4_K251176

-----HPevf

-----HPeV1_7555312

j__—HPeVi _p 123

--HP0VI.BNI 788St tHPeV3_K11 HPeV3_K20-94 —HPeV3__A308 I. HPeV3_K8 ,, HPeV3 251360 ‘'-HPeV3_450936 1- !-HPeV3_Canfl2S53 -HPeV3j 52037 -HPeV3_K12

---HPeV?_252581

—I ■!! ;6 BR 1'

—HPeVi BR_30 -HPeV5_BR_53 ----HPeV8_BR_217

——.HHeV5_tJK_^/’ —HPeVi BR 114

----HPeVl_450343

----HPeVI 550163

—HPeV1.BR_27 “,»HPcV1 BR. 145

*HPeV1_BR_2 -HPeVi Hams

-------HP0V6 BNI i>

- HPeV2_Wi(liamson

основания считать, что для определения рекомбинантных форм, для подобных исследований, по крайней мере, для парэховирусов, целесообразнее использовать последовательность участка генома, кодирующего белок ЗС.

Выводы

1. Естественная рекомбинация широко распространена у родов НераШ1гш (вирус гепатита А) и КоЬипгиу (вирус Айчи) семейства Ркогпсмтс1ае.

1. Рекомбинация у родов Нераитпя (вирус гепатита А) и КоЬиутк (вирус Айчи) выявляется во всех участках генома с приблизительно одинаковой частотой, в отличие от других пикорнавирусов.

3. На основании молекулярно-эпидемиологических данных показана репродуктивная изоляция генотипов вируса гепатита А. Каждый генотип вируса гепатита А удовлетворяет репродуктивному критерию в биологической концепции вида и может представлять самостоятельный таксономический вид.

4. Закономерности рекомбинации у парэховирусов в целом сходны с таковыми у энтеровирусов и большинства других пикорнавирусов. В пределах области генома, кодирующей поверхностные белки капсида, рекомбинация обнаруживается редко, а в кодирующей неструктурные белки часто, чаще всего на границах структурной области генома в областях, кодирующих белки УРО и 2А.

5. Впервые зафиксирована рекомбинация внутри области генома, кодирующей поверхностные белки капсида парэховирусов, между вирусами, принадлежащими к одному серотипу.

6. Впервые для вирусов с несегментированным геномом показана географическая специфичность варианта фрагмента генома независимо от других участков генома, возможная благодаря частой рекомбинации. Монофилетический вариант фрагмента генома парэховирусов, кодирующий протеазу ЗС, преобладал на протяжении порядка 150 лет у вирусов четырех различных серотипов, циркулировавших на территории Бразилии.

Список работ, опубликованных по теме диссертации

1. Belalov, I. S., О. V. Isaeva and А. N. Lukashev (2011) Recombination in hepatitis A virus: evidence for reproductive isolation of genotypes. J Gen Virol. 92, 860-72. (70% / 13стр.)

2. Drexler, J. F., K. Grywna, A. Lukashev, A. Stocker, P. S. Almeida, J. Wieseler, Т. C. Ribeiro, N. Petersen, C. Ribeiro Hda, Jr., I. Belalov, В. M. Kummerer and C. Drosten (2011) Full genome sequence analysis of parechoviruses from Brazil reveals geographical patterns in the evolution of non-structural genes and intratypic recombination in the capsid region. J Gen Virol. 92, 564-71. (35%/8стр.)

3. Belalov Ilya (2011) Frequent recombination in Hepatitis A Virus and reproductive isolation of genotypes. Материалы международного научного форума «Ломоносов-2011», Москва, МГУ им. Ломоносова, 11-15 апреля 2011 г.

Подписано в печать 10.11.2011 Формат 60x88 1/16. Объем 1.0 п.л. Тираж 100 экз. Заказ № 1166 Отпечатано в ООО «Соцветие красок» 119991 г.Москва, Ленинские горы, д. 1 Главное здание МГУ, к. А-102

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Белалов, Илья Шамильевич

Список сокращений.

Введение.

Цель работы.

Задачи работы:.

Научная новизна.

Практическая значимость работы.

Обзор литературы.

Строение генома пикорнавирусов.

Трансляция вирусного генома.

Репликация генома.

Сборка вириона.

Классификация пикорнавирусов.

Эволюция пикорнавирусов.

Рекомбинация.

Естественная рекомбинация.

Роль рекомбинации в эволюции.

Материалы и методы.

Выравнивание нуклеотидных последовательностей.

Реконструкция филогении методом Neighbor-joining.

Бутстрэп анализ.

Матрицы филогенетической совместимости.

Анализ филогенетического группирования.

Графики сходства нуклеотидных последовательностей и бутскан-анализ.

Консенсусное филогенетическое дерево.

Реконструкция филогении с использованием Байесового вывода вероятности.

Результаты.

Матрицы филогенетической совместимости.

Бутскан-анализ и графики сходства последовательностей.

Филогенетические взаимоотношения в разных областях генома между представителями вируса гепатита А.

Филогенетические взаимоотношения для расширенной выборки вируса гепатита А в двух участках генома.

Анализ филогенетического группирования парэховирусов человека в различных участках генома.

Филогенетические взаимоотношения между парэховирусами человека в структурной области генома.

Филогенетические взаимоотношения между парэховирусами человека в неструктурной области генома.

Обсуждение результатов.

Рекомбинация у вируса гепатита А.

Репродуктивная изоляция генотипов вируса гепатита А.

Классификация вируса гепатита А и рекомбинация.

Распределение точек рекомбинации у вируса гепатита А и других пикорнавирусов.

Рекомбинация у парэховирусов человека.

Эндемичность ЗС-протеазы парэховирусов на территории Бразилии.

Рекомбинация и молекулярное типирование пикорнавирусов.

Рекомбинация и видовая идентичность пикорнавирусов.

Выводы.

Заключение Диссертация по теме "Вирусология", Белалов, Илья Шамильевич

Выводы

1. Естественная рекомбинация широко распространена у родов Hepatovirus (вирус гепатита А) и Kobuvirus (вирус Айчи) семейства Picornaviridae.

2. Рекомбинация у родов Hepatovirus (вирус гепатита А) и Kobuvirus (вирус Айчи) выявляется во всех участках генома с приблизительно одинаковой частотой, в отличие от других пикорнавирусов.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Белалов, Илья Шамильевич, Москва

1. Abed, Y. and G. Boivin (2005) Molecular characterization of a Canadian humanparecho virus (HPeV)-3 isolate and its relationship to other HPeVs. J Med Virol. 77, 566-70.

2. Abed, Y. and G. Boivin (2008) New Saffold cardioviruses in 3 children, Canada.

3. Emerg Infect Dis. 14, 834-6.

4. Abed, Y., D. Wolf, R. Dagan and G. Boivin (2007) Development of a serologicalassay based on a synthetic peptide selected from the VP0 capsid protein for detection of human parechoviruses. J Clin Microbiol. 45, 2037-9.

5. Acharya, R., E. Fry, D. Stuart, G. Fox, D. Rowlands and F. Brown (1989) Thethree-dimensional structure of foot-and-mouth disease virus at 2.9 A resolution. Nature. 337, 709-16.

6. Agol V., I. (2010) Picornaviruses as a model for studying the nature of RNArecombination. The Picornaviruses. Ehrenfeld, E., Domingo, E. and Roos, R. P. (eds.), pp 239-252, ASM Press Washington, DC

7. Al-Sunaidi, M., С. H. Williams, P. J. Hughes, D. P. Schnurr and G. Stanway2007) Analysis of a new human parechovirus allows the definition of parechovirus types and the identification of RNA structural domains. J Virol. 81, 1013-21.

8. Ali, I. K., L. McKendrick, S. J. Morley and R. J. Jackson (2001) Activity of thehepatitis A virus IRES requires association between the cap-binding translation initiation factor (eIF4E) and eIF4G. J Virol 75, 7854-63.

9. Andino, R., G. E. Rieckhof and D. Baltimore (1990) A functionalribonucleoprotein complex forms around the 5' end of poliovirus RNA. Cell 63, 369-80.

10. Andrea, L. D., R. M. Pinto, A. Bosch, H. Musto and J. Cristina (2011) A detailedcomparative analysis on the overall codon usage patterns in hepatitis A vims. Virus Res. 157, 19-24.

11. Aragones, L., A. Bosch and R. M. Pinto (2008) Hepatitis A virus mutant spectraunder the selective pressure of monoclonal antibodies: codon usage constraints limit capsid variability. J Virol. 82, 1688-700.

12. Aragones, L., S. Guix, E. Ribes, A. Bosch and R. M. Pinto (2010) Fine-tuningtranslation kinetics selection as the driving force of codon usage bias in the hepatitis A virus capsid. PLoS Pathog. 6, el000797.

13. Arias, A., J. J. Arnold, M. Sierra, E. D. Smidansky, E. Domingo and C. E.

14. Cameron (2008) Determinants of RNA-dependent RNA polymerase (in)fidelity revealed by kinetic analysis of the polymerase encoded by a foot-and-mouth disease virus mutant with reduced sensitivity to ribavirin. J Virol. 82, 12346-55.

15. Arnold, J. J. and C. E. Cameron (1999) Poliovirus RNA-dependent RNApolymerase (3Dpol) is sufficient for template switching in vitro. Journal of Biological Chemistry. 274, 2706-2716.

16. Back, S. H., Y. K. Kim, W. J. Kim, S. Cho, H. R. Oh, J. E. Kim and S. K. Jang2002) Translation of polioviral mRNA is inhibited by cleavage of polypyrimidine tract-binding proteins executed by polioviral 3C(pro). J Virol. 76, 2529-42.

17. Baltimore, D. and R. M. Franklin (1963) A New Ribonucleic Acid Polymerase

18. Appearing after Mengovirus Infection of L-Cells. J Biol Chem. 238, 3395400.

19. Baltimore, D., M. Girard and J. E. Darnell (1966) Aspects of the synthesis ofpoliovirus RNA and the formation of virus particles. Virology. 29, 179-89.

20. Bamford, D. H., J. M. Grimes and D. I. Stuart (2005) What does structure tellus about virus evolution? Curr Opin Struct Biol. 15, 655-63.

21. Banerjee, R., A. Echeverri and A. Dasgupta (1997) Poliovirus-encoded 2Cpolypeptide specifically binds to the 3'-terminal sequences of viral negativestrand RNA. J Virol. 71, 9570-8.

22. Barton, D. J., B. J. Morasco and J. B. Flanegan (1999) Translating ribosomesinhibit poliovirus negative-strand RNA synthesis. J Virol. 73, 10104-12.

23. Barton, D. J., B. J. O'Donnell and J. B. Flanegan (2001) 5' cloverleaf inpoliovirus RNA is a cis-acting replication element required for negativestrand synthesis. EMBOJ. 20, 1439-48.

24. Baumgarte, S., L. K. de Souza Luna, K. Grywna, M. Panning, J. F. Drexler, C.

25. Karsten, H. I. Huppertz and C. Drosten (2008) Prevalence, types, and RNA concentrations of human parechoviruses, including a sixth parechovirus type, in stool samples from patients with acute enteritis. J Clin Microbiol. 46, 242-8.

26. Belalov, I. S., O. V. Isaeva and A. N. Lukashev (2011) Recombination inhepatitis A virus: evidence for reproductive isolation of genotypes. J Gen Virol 92, 860-72.

27. Benschop, K. S., M. de Vries, R. P. Minnaar, G. Stanway, L. van der Hoek, K.

28. C. Wolthers and P. Simmonds (2010) Comprehensive full-length sequence analyses of human parechoviruses: diversity and recombination. J Gen Virol. 91, 145-54.

29. Benschop, K. S., J. Schinkel, R. P. Minnaar, D. Pajkrt, L. Spanjerberg, H. C.

30. Kraakrnan, B. Berkhout, H. L. Zaaijer, M. G. Beld and K. C. Wolthers (2006) Human parechovirus infections in Dutch children and the association between serotype and disease severity. Clin Infect Dis. 42, 204-10.

31. Benschop, K. S., C. H. Williams, K. C. Wolthers, G. Stanway and P. Simmonds2008) Widespread recombination within human parechoviruses: analysis of temporal dynamics and constraints. J Gen Virol. 89, 1030-5.

32. Benson, S. D., J. K. Bamford, D. H. Bamford and R. M. Burnett (2002) The Xray crystal structure of P3, the major coat protein of the lipid-containing bacteriophage PRD1, at 1.65 A resolution. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 58, 39-59.

33. Biebricher, C. K. and M. Eigen (2005) The error threshold. Virus Res. 107, 11727.

34. Blinkova, O., A. Kapoor, J. Victoria, M. Jones, N. Wolfe, A. Naeem, S.

35. Shaukat, S. Sharif, M. M. Alam, M. Angez, S. Zaidi and E. L. Delwart (2009) Cardioviruses are genetically diverse and cause common enteric infections in South Asian children. J Virol. 83, 4631-41.

36. Boni, M. F., M. D. de Jong, H. R. van Doom and E. C. Holmes (2010)

37. Guidelines for identifying homologous recombination events in influenza A virus. PLoS One. 5, el0434.

38. Borman, A. M. and K. M. Kean (1997) Intact eukaryotic initiation factor 4G isrequired for hepatitis A virus internal initiation of translation. Virology. 237, 129-36.

39. Borman, A. M., Y. M. Michel and K. M. Kean (2001) Detailed analysis of therequirements of hepatitis A virus internal ribosome entry segment for the eukaryotic initiation factor complex eIF4F. J Virol. 75, 7864-71.

40. Borovec, S. V. and D. A. Anderson (1993) Synthesis and assembly of hepatitis

41. A virus-specific proteins in BS-C-1 cells. J Virol. 67, 3095-102.

42. Brown, B., M. S. Oberste, K. Maher and M. A. Pallansch (2003) Completegenomic sequencing shows that polio viruses and members of human enterovirus species C are closely related in the noncapsid coding region. J Virol. 77, 8973-84.

43. Brown, D. M., S. E. Kauder, C. T. Cornell, G. M. Jang, V. R. Racaniello and B.

44. Semler (2004) Cell-dependent role for the poliovirus 3' noncoding region in positive-strand RNA synthesis. J Virol. 78, 1344-51.

45. Brown, E. A., S. P. Day, R. W. Jansen and S. M. Lemon (1991) The 5'nontranslated region of hepatitis A virus RNA: secondary structure and elements required for translation in vitro. J Virol. 65, 5828-38.

46. Brunner, J. E., J. H. Nguyen, H. H. Roehl, T. V. Ho, K. M. Swiderek and B. L.

47. Semler (2005) Functional interaction of heterogeneous nuclearribonucleoprotein C with poliovirus RNA synthesis initiation complexes. J Virol. 79, 3254-66.

48. Calvert, J., T. Chieochansin, K. Benschop, E. C. McWilliam Leitch, J. F.

49. Carrillo, C., Z. Lu, M. V. Borca, A. Vagnozzi, G. F. Kutish and D. L. Rock2007) Genetic and phenotypic variation of foot-and-mouth disease virus during serial passages in a natural host. J Virol. 81, 11341-51.

50. Charini, W. A., S. Todd, G. A. Gutman and B. L. Semler (1994) Transductionof a human RNA sequence by poliovirus. J Virol. 68, 6547-52.

51. Chetverina, H. V., A. A. Demidenko, V. I. Ugarov and A. B. Chetverin (1999)

52. Spontaneous rearrangements in RNA sequences. FEBS Lett. 450, 89-94.

53. Ching, K. Z., T. Nakano, L. E. Chapman, A. Demby and B. H. Robertson2002) Genetic characterization of wild-type genotype VII hepatitis A virus. J Gen Virol. 83, 53-60.

54. Chironna, M., A. Grottola, C. Lanave, E. Villa, S. Barbuti and M. Quarto2003) Genetic analysis of HAV strains recovered from patients with acute hepatitis from Southern Italy. J Med Virol. 70, 343-9.

55. Chitambar, S., M. Joshi, K. Lole, A. Walimbe and S. Vaidya (2007)

56. Cocirculation of and coinfections with hepatitis A virus subgenotypes IIIA and IB in patients from Pune, western India. Hepatol Res. 37, 85-93.

57. Chow, M., J. F. Newman, D. Filman, J. M. Hogle, D. J. Rowlands and F.

58. Brown (1987) Myristylation of picornavirus capsid protein VP4 and its structural significance. Nature. 327, 482-6.

59. Cohen, J. I., J. R. Ticehurst, R. H. Purcell, A. Buckler-White and B. M.

60. Baroudy (1987) Complete nucleotide sequence of wild-type hepatitis A virus: comparison with different strains of hepatitis A virus and other picornaviruses. J Virol. 61, 50-9.

61. Collis, P. S., B. J. O'Donnell, D. J. Barton, J. A. Rogers and J. B. Flanegan1992) Replication of poliovirus RNA and subgenomic RNA transcripts in transfected cells. J Virol. 66, 6480-8.

62. Cooper, P. D. (1968) A genetic map of poliovirus temperature-sensitivemutants. Virology. 35, 584-596.

63. Cooper, P. D., E. Geissler and G. A. Tannock (1975) Attempts to extend thegenetic map of poliovirus temperature-sensitive mutants. Journal of General Virology. 29, 109-120.

64. Costa-Mattioli, M., A. Di Napoli, V. Ferre, S. Billaudel, R. Perez-Bercoff and J.

65. Cristina (2003a) Genetic variability of hepatitis A virus. J Gen Virol. 84, 3191-201.

66. Costa-Mattioli, M., V. Ferre, D. Casane, R. Perez-Bercoff, M. Coste-Burel, B.

67. M. Imbert-Marcille, E. C. Andre, C. Bressollette-Bodin, S. Billaudel and J. Cristina (2003b) Evidence of recombination in natural populations of hepatitis A virus. Virology. 311, 51-9.

68. C. Drosten (2008) Identification of a contemporary human parechovirus type 1 by VIDISCA and characterisation of its full genome. Virol J. 5, 26.54 de Vries, M., K. Pyre, R. Berkhout, W. Vermeulen-Oost, R. Dijkman, M. F.

69. Jebbink, S. Bruisten, B. Berkhout and L. van der Hoek (2008) Human parechovirus type 1, 3, 4, 5, and 6 detection in picornavirus cultures. J Clin Microbiol 46, 759-62.

70. Domingo, E. (2007) Virus Evolution. Fields Virology. Knipe, D. M. and

71. Howley, P. M. (eds.), pp 390-422, Wolters Kluwer Health/Lippincott Williams & Wilkins Philadelphia

72. Drake, J. W. and J. J. Holland (1999) Mutation rates among RNA viruses. Proc

73. Natl Acad Sci USA. 96, 13910-3.

74. Drexler, J. F., S. Baumgarte, L. K. de Souza Luna, A. Stacker, P. S. Almeida,

75. T. C. Ribeiro, N. Petersen, P. Herzog, C. Pedroso, C. Brites, H. da Costa Ribeiro, Jr., A. Gmyl, C. Drosten and A. Lukashev (2010) Genomic features and evolutionary constraints in Saffold-like Cardioviruses. J Gen Virol.

76. Drexler, J. F., K. Grywna, A. Lukashev, A. Stocker, P. S. Almeida, J. Wieseler,

77. Drexler, J. F., K. Grywna, A. Stocker, P. S. Almeida, T. C. Medrado-Ribeiro,

78. M. Eschbach-Bludau, N. Petersen, H. da Costa-Ribeiro-Jr and C. Drosten (2009) Novel human parechovirus from Brazil. Emerg Infect Dis. 15, 310-3.

79. Drexler, J. F., L. K. Luna, A. Stocker, P. S. Almeida, T. C. Ribeiro, N. Petersen,

80. P. Herzog, C. Pedroso, H. I. Huppertz, C. Ribeiro Hda, Jr., S. Baumgarte and C. Drosten (2008) Circulation of 3 lineages of a novel Saffold cardiovirus in humans. Emerg Infect Dis. 14, 1398-405.

81. Drummond, A. J., S. Y. Ho, M. J. Phillips and A. Rambaut (2006) Relaxedphylogenetics and dating with confidence. PLoS Biol. 4, e88.

82. Drummond, A. J. and A. Rambaut (2007) BEAST: Bayesian evolutionaryanalysis by sampling trees. BMC Evol Biol. 7, 214.

83. Dulbecco, R. (1952) Production of Plaques in Monolayer Tissue Cultures by

84. Single Particles of an Animal Virus. Proc Natl Acad Sci USA. 38, 747-52.

85. Edgar, R. C. (2004) MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracyand high throughput. Nucleic Acids Res. 32, 1792-7.

86. Eigen, M. (1993) Viral quasispecies. SciAm. 269, 42-9.

87. Enders, J. F., T. H. Weller and F. C. Robbins (1949) Cultivation of the Lansing

88. Strain of Poliomyelitis Virus in Cultures of Various Human Embryonic Tissues. Science. 109, 85-7.

89. Endo, K., J. Inoue, M. Takahashi, T. Mitsui, K. Masuko, Y. Akahane and H.

90. Okamoto (2007a) Analysis of the full-length genome of a subgenotype IIIB hepatitis A virus isolate: primers for broadly reactive PCR and genotypic analysis. J Med Virol. 79, 8-17.

91. Endo, K., M. Takahashi, K. Masuko, K. Inoue, Y. Akahane and H. Okamoto2007b) Full-length sequences of subgenotype IIIA and IIIB hepatitis A virus isolates: characterization of genotype III HAV genomes. Virus Res. 126,116-27.

92. Escarmis, C., E. Lazaro and S. C. Manrubia (2006) Population bottlenecks inquasispecies dynamics. Curr Top Microbiol Immunol. 299, 141-70.

93. Escarmis, C., C. Perales and E. Domingo (2009) Biological effect of Muller's

94. Ratchet: distant capsid site can affect picornavirus protein processing. J Virol. 83, 6748-56.

95. Fabry, C. M., M. Rosa-Calatrava, J. F. Conway, C. Zubieta, S. Cusack, R. W.

96. Ruigrok and G. Schoehn (2005) A quasi-atomic model of human adenovirus type 5 capsid. EMBOJ. 24, 1645-54.

97. Felsenstein, J. (1989) PHYLIP Phylogeny Inference Package (Version 3.2).1. Cladistics. 5, 164-166.

98. Fields, B. N., D. M. Knipe and P. M. Howley (2007) Fields virology, 5th ed.,

99. Wolters Kluwer Health/Lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia

100. Flanegan, J. B. and D. Baltimore (1977) Poliovirus-specific primer-dependent

101. RNA polymerase able to copy poly(A). Proc Natl Acad Sci USA. 74, 367780.

102. Fujiwara, K., O. Yokosuka, K. Fukai, F. Imazeki, H. Saisho and M. Omata2001) Analysis of full-length hepatitis A virus genome in sera from patients with fulminant and self-limited acute type A hepatitis. J Hepatol. 35, 112-9.

103. Gamarnik, A. V. and R. Andino (1998) Switch from translation to RNAreplication in a positive-stranded RNA virus. Genes Dev. 12, 2293-304.

104. Garcia-Aguirre, L. and J. Cristina (2008) Analysis of the full-length genome ofhepatitis A virus isolated in South America: heterogeneity and evolutionary constraints. Arch Virol. 153, 1473-8.

105. Geller, R., M. Vignuzzi, R. Andino and J. Frydman (2007) Evolutionaryconstraints on chaperone-mediated folding provide an antiviral approach refractory to development of drug resistance. Genes Dev. 21, 195-205.

106. Ghazi, F., P. J. Hughes, T. Hyypia and G. Stanway (1998) Molecular analysisof human parechovirus type 2 (formerly echo virus 23). J Gen Virol. 79 ( Pt 11), 2641-50.

107. Gmyl, A. P., E. V. Belousov, S. V. Maslova, E. V. Khitrina, A. B. Chetverinand V. I. Agol (1999) Nonreplicative RNA recombination in poliovirus. Journal of Virology. 73, 8958-8965.

108. Gmyl, A. P., S. A. Korshenko, E. V. Belousov, E. V. Khitrina and V. I. Agol2003) Nonreplicative homologous RNA recombination: promiscuous joining of RNA pieces? RNA. 9, 1221-1231.

109. Gorbalenya, C. L. a. A. E. (2010) Partitioning the Genetic Diversity of

110. Picornaviruse. Europic 2010, pp 141

111. Graff, J., A. Normann, S. M. Feinstone and B. Flehmig (1994) Nucleotidesequence of wild-type hepatitis A virus GBM in comparison with two cell culture-adapted variants. J Virol. 68, 548-54.

112. Greenbaum, B. D., A. J. Levine, G. Bhanot and R. Rabadan (2008) Patterns ofevolution and host gene mimicry in influenza and other RNA viruses. PLoS Pathog. 4, el000079.

113. Hagino-Yamagishi, K. and A. Nomoto (1989) In vitro construction ofpoliovirus defective interfering particles. J Virol. 63, 5386-92.

114. Han, T. H., J. Y. Chung, E. S. Hwang and J. W. Koo (2009) Detection ofhuman rhinovirus C in children with acute lower respiratory tract infections in South Korea. Arch Virol. 154, 987-91.

115. Harvala, H. and P. Simmonds (2009) Human parechoviruses: biology,epidemiology and clinical significance. J Clin Virol. 45, 1-9.

116. Hasegawa, M., H. Kishino and T. Yano (1985) Dating of the human-apesplitting by a molecular clock of mitochondrial DNA. JMol Evol. 22, 16074.

117. Heath, L., E. van der Walt, A. Varsani and D. P. Martin (2006) Recombinationpatterns in aphthoviruses mirror those found in other picornaviruses. J Virol. 80, 11827-32.

118. Herold, J. and R. Andino (2001) Poliovirus RNA replication requires genomecircularization through a protein-protein bridge. Mol Cell. 7, 581-91.

119. Hirst, G. K. (1962) Genetic recombination with Newcastle disease virus,polioviruses and influenza. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology., pp 303-308

120. Hogle, J. M., M. Chow and D. J. Filman (1985) Three-dimensional structure ofpoliovirus at 2.9 A resolution. Science. 229, 1358-65.

121. Holland, J. J. (2006) Transitions in understanding of RNA viruses: a historicalperspective. Curr Top Microbiol Immunol. 299, 371-401.

122. Hsu, N. Y., O. Ilnytska, G. Belov, M. Santiana, Y. H. Chen, P. M. Takvorian,

123. C. Pau, H. van der Schaar, N. Kaushik-Basu, T. Balla, C. E. Cameron, E. Ehrenfeld, F. J. van Kuppeveld and N. Altan-Bonnet (2010) Viral reorganization of the secretory pathway generates distinct organelles for RNA replication. Cell. 141, 799-811.

124. Hu, Y., N. Hu and G. Liu (2002) Complete genomes of two Human hepatitis Avirus isolates from China: analysis and comparison with other isolates. Acta Virol. 46, 153-7.

125. Huang, S. C., Y. W. Hsu, H. C. Wang, S. W. Huang, D. Kiang, H. P. Tsai, S.

126. M. Wang, C. C. Liu, K. H. Lin, I. J. Su and J. R. Wang (2008) Appearanceof intratypic recombination of enterovirus 71 in Taiwan from 2002 to 2005. Virus Res. 131, 250-9.

127. Huang, S. W., Y. W. Hsu, D. J. Smith, D. Kiang, H. P. Tsai, K. H. Lin, S. M.

128. Wang, C. C. Liu, I. J. Su and J. R. Wang (2009a) Reemergence of enterovirus 71 in 2008 in taiwan: dynamics of genetic and antigenic evolution from 1998 to 2008.J Clin Microbiol. 47, 3653-62.

129. Huang, T., W. Wang, M. Bessaud, P. Ren, J. Sheng, H. Yan, J. Zhang, X. Lin,

130. Y. Wang, F. Delpeyroux and V. Deubel (2009b) Evidence of recombination and genetic diversity in human rhinoviruses in children with acute respiratory infection. PLoS One. 4, e6355.

131. Hyypia, T., C. Horsnell, M. Maaronen, M. Khan, N. Kalkkinen, P. Auvinen,

132. Kinnunen and G. Stanway (1992) A distinct picornavirus group identified by sequence analysis. Proc Natl Acad Sci USA. 89, 8847-51.

133. Ito, M., T. Yamashita, H. Tsuzuki, N. Takeda and K. Sakae (2004) Isolationand identification of a novel human parechovirus. J Gen Virol. 85, 391-8.

134. Jackson, A. L., H. O'Neill, F. Maree, B. Blignaut, C. Carrillo, L. Rodriguezand D. T. Haydon (2007) Mosaic structure of foot-and-mouth disease virus genomes. J Gen Virol. 88, 487-92.

135. Jackson, R. J., S. L. Hunt, C. L. Gibbs and A. Kaminski (1994) Internalinitiation of translation of picornavirus RNAs. Mol Biol Rep. 19, 147-59.

136. Jacobson, M. F. and D. Baltimore (1968) Morphogenesis of poliovirus. I.

137. Association of the viral RNA with coat protein. J Mol Biol. 33, 369-78.

138. Jarvis, T. C. and K. Kirkegaard (1992) Poliovirus RNA recombination:mechanistic studies in the absence of selection. EMBO Journal. 11, 31353145.

139. Jenkins, G. M. and E. C. Holmes (2003) The extent of codon usage bias inhuman RNA viruses and its evolutionary origin. Virus Res. 92, 1-7.

140. Jones, M. S., V. V. Lukashov, R. D. Ganac and D. P. Schnurr (2007)

141. Discovery of a novel human picoraavirus in a stool sample from a pediatric patient presenting with fever of unknown origin. J Clin Microbiol. 45, 214450.

142. Joshi, M. S., A. M. Walimbe and S. D. Chitambar (2008) Evaluation ofgenomic regions of hepatitis A virus for phylogenetic analysis: Suitability of the 2C region for genotyping. J Virol Methods. 153, 36-42.

143. Kaku, Y., L. S. Chard, T. Inoue and G. J. Belsham (2002) Uniquecharacteristics of a picornavirus internal ribosome entry site from the porcine teschovirus-1 talfan. J Virol. 76, 11721-8.

144. Kanda, T., V. Gauss-Muller, S. Cordes, R. Tamura, K. Okitsu, W. Shuang, S.

145. Nakamoto, K. Fujiwara, F. Imazeki and O. Yokosuka (2010) Hepatitis A virus (HAV) proteinase 3C inhibits HAV IRES-dependent translation and cleaves the polypyrimidine tract-binding protein. J Viral Hepat. 17, 618-23.

146. Khayat, R., L. Tang, E. T. Larson, C. M. Lawrence, M. Young and J. E.

147. Johnson (2005) Structure of an archaeal virus capsid protein reveals a common ancestry to eukaryotic and bacterial viruses. Proc Natl Acad Sci U S A. 102, 18944-9.

148. King, A. M. (1988) Preferred sites of recombination in poliovirus RNA: ananalysis of 40 intertypic cross-over sequences. Nucleic Acids Research. 16, 11705-11723.

149. King, A. M., D. McCahon, W. R. Slade and J. W. Newman (1982)

150. Recombination in RNA. Cell. 29, 921-8.

151. Kirkegaard, K. and D. Baltimore (1986) The mechanism of RNArecombination in poliovirus. Cell. 47, 433-443.

152. Kistler, A. L., D. R. Webster, S. Rouskin, V. Magrini, J. J. Credle, D. P.

153. Schnurr, H. A. Boushey, E. R. Mardis, H. Li and J. L. DeRisi (2007) Genome-wide diversity and selective pressure in the human rhinovirus. Virol J. 4, 40.

154. Knowles, N. J., T. Hovi, A. M. Q. King and G. Stanway (2010) Overview of

155. Taxonomy. The Picornaviruses. Ehrenfeld, E., Domingo, E. and Roos, R. P. (eds.), pp 19-32, ASM Press Washington, DC

156. Komar, A. A. and M. Hatzoglou (2005) Internal ribosome entry sites incellular mRNAs: mystery of their existence. J Biol Chem. 280, 23425-8.

157. Krous, H. F. and N. E. Langlois (2010) Ljungan virus: a commentary on itsassociation with fetal and infant morbidity and mortality in animals and humans. Birth Defects Res A Clin Mol Teratol. 88, 947-52.

158. Kulkarni, M. A., A. M. Walimbe, S. Cherian and V. A. Arankalle (2009) Fulllength genomes of genotype IIIA Hepatitis A Virus strains (1995-2008) from India and estimates of the evolutionary rates and ages. Infect Genet Evol. 9, 1287-94.

159. Le, S. Y. and J. V. Maizel, Jr. (1998) Evolution of a common structural core inthe internal ribosome entry sites of picoraavirus. Virus Genes. 16, 25-38.

160. Ledinko, N. (1963) Genetic recombination with poliovirus type 1: studies ofcrosses between a normal horse-serum resistant mutant and several guanidine-resistant mutants of the same strain. Virology. 20, 107-119.

161. Leitch, E. C., H. Harvala, I. Robertson, I. Ubillos, K. Templeton and P.

162. Simmonds (2009) Direct identification of human enterovirus serotypes in cerebrospinal fluid by amplification and sequencing of the VP1 region. J Clin Virol. 44, 119-24.

163. Lemon, S. M., P. C. Murphy, P. A. Shields, L. H. Ping, S. M. Feinstone, T.

164. Cromeans and R. W. Jansen (1991) Antigenic and genetic variation incytopathic hepatitis A virus variants arising during persistent infection: evidence for genetic recombination. J Virol. 65, 2056-65.

165. Lenfant, C. (1994) From the National Institutes of Health. JAMA. 272, 842.

166. Li, L., J. Victoria, A. Kapoor, A. Naeem, S. Shaukat, S. Sharif, M. M. Alam,

167. M. Angez, S. Z. Zaidi and E. Delwart (2009) Genomic characterization of novel human parechovirus type. Emerg Infect Dis. 15, 288-91.

168. Liang, Z., A. S. Kumar, M. S. Jones, N. J. Knowles and H. L. Lipton (2008)

169. Phylogenetic analysis of the species Theilovirus: emerging murine and human pathogens. J Virol. 82, 11545-54.

170. Lin, K. H., K. P. Hwang, G. M. Ke, C. F. Wang, L. Y. Ke, Y. T. Hsu, Y. C.

171. Tung, P. Y. Chu, B. H. Chen, H. L. Chen, C. L. Kao, J. R. Wang, H. L. Eng, S. Y. Wang, L. C. Hsu and H. Y. Chen (2006) Evolution of EV71 genogroup in Taiwan from 1998 to 2005: an emerging of subgenogroup C4 of EV71. J Med Virol. 78, 254-62.

172. Liu, W., J. Zhai, J. Liu and Y. Xie (2010) Identification of recombinationbetween subgenotypes IA and IB of hepatitis A virus. Virus Genes. 40, 2224.

173. Liu, Y., C. Wang, S. Mueller, A. V. Paul, E. Wimmer and P. Jiang (2010 )

174. Direct interaction between two viral proteins, the nonstructural protein 2C and the capsid protein VP3, is required for enterovirus morphogenesis. PLoS Pathog. 6.

175. Lole, K. S., R. C. Bollinger, R. S. Paranjape, D. Gadkari, S. S. Kulkarni, N. G.

176. Novak, R. Ingersoll, H. W. Sheppard and S. C. Ray (1999) Full-length human immunodeficiency virus type 1 genomes from subtype C-infectedseroconverters in India, with evidence of intersubtype recombination. J Virol. 73, 152-60.

177. Lopez de Quinto, S. and E. Martinez-Salas (2000) Interaction of the eIF4Ginitiation factor with the aphthovirus IRES is essential for internal translation initiation in vivo. RNA. 6, 1380-92.

178. Lu, L., K. Z. Ching, V. S. de Paula, T. Nakano, G. Siegl, M. Weitz and B. H.

179. Robertson (2004) Characterization of the complete genomic sequence of genotype II hepatitis A virus (CF53/Berne isolate). J Gen Virol. 85, 294352.

180. Lukashev, A. N. (2010) Recombination among picornaviruses. Rev Med Virol.20, 327-37.

181. Lukashev, A. N., V. A. Lashkevich, O. E. Ivanova, G. A. Koroleva, A. E.

182. Hinkkanen and J. Ilonen (2003) Recombination in circulating enteroviruses. Journal of Virology. 77, 10423-10431.

183. Lukashev, A. N., V. A. Lashkevich, O. E. Ivanova, G. A. Koroleva, A. E.

184. Hinkkanen and J. Ilonen (2005) Recombination in circulating enterovirus B: independent evolution of structural and non-structural genome regions. J Gen Virol. 86, 3281-3290.

185. Luo, M., G. Vriend, G. Kamer, I. Minor, E. Arnold, M. G. Rossmann, U.

186. Boege, D. G. Scraba, G. M. Duke and A. C. Palmenberg (1987) The atomic structure of Mengo virus at 3.0 A resolution. Science. 235, 182-91.

187. Lyons, A. J. and H. D. Robertson (2003) Detection of tRNA-like structurethrough RNase P cleavage of viral internal ribosome entry site RNAs near the AUG start triplet. J Biol Chem. 278, 26844-50.

188. Lyons, T., K. E. Murray, A. W. Roberts and D. J. Barton (2001) Poliovirus 5'terminal cloverleaf RNA is required in cis for VPg uridylylation and the initiation of negative-strand RNA synthesis. J Virol. 75, 10696-708.

189. Maidaniuk, A. G., G. I. Tiunnikov, V. E. Konakova, E. P. Bondarenko, V.

190. Nemtsov Iu, L. G. Karpovich, T. V. Kalashnikova, N. V. Mamaeva, S. V. Sosnovtsev and V. E. Chizhikov (1993) The isolation and study of thecharacteristics of a cytopathic strain of the hepatitis A virus. Vopr Virusol. 38, 101-5.

191. Margush, T. and F. McMorris (1981) Consensus n-trees. Bulletin of

192. Mathematical Biology. 43, 239-244.

193. Matute, D. R., I. A. Butler, D. A. Turissini and J. A. Coyne (2010) A test ofthe snowball theory for the rate of evolution of hybrid incompatibilities. Science. 329, 1518-21.

194. McClure, M. A. and J. Perrault (1985) Poliovirus genome RNA hybridizesspecifically to higher eukaryotic rRNAs. Nucleic Acids Res. 13, 6797-816.

195. McWilliam Leitch, E. C., J. Bendig, M. Cabrerizo, J. Cardosa, T. Hyypia, O.

196. E. Ivanova, A. Kelly, A. C. Kroes, A. Lukashev, A. MacAdam, P. McMinn, M. Roivainen, G. Trallero, D. J. Evans and P. Simmonds (2009) Transmission networks and population turnover of echo virus 30. J Virol. 83, 2109-18.

197. Molla, A., A. V. Paul and E. Wimmer (1991) Cell-free, de novo synthesis ofpoliovirus. Science. 254, 1647-51.

198. Moratorio, G., M. Costa-Mattioli, R. Piovani, H. Romero, H. Musto and J.

199. Cristina (2007) Bayesian coalescent inference of hepatitis A virus populations: evolutionary rates and patterns. J Gen Virol. 88, 3039-42.

200. Moyle, L. C. and T. Nakazato (2010) Hybrid incompatibility "snowballs"between Solanum species. Science. 329, 1521-3.

201. Munoz, E., J. M. Park and M. W. Deem (2008) Quasispecies theory forhorizontal gene transfer and recombination. Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys. 78, 061921.

202. Murzin, A. G., S. E. Brenner, T. Hubbard and C. Chothia (1995) SCOP: astructural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures. JMolBiol. 247, 536-40.

203. Najarian, R., D. Caput, W. Gee, S. J. Potter, A. Renard, J. Merryweather, G.

204. Van Nest and D. Dina (1985) Primary structure and gene organization of human hepatitis A virus. Proc Natl Acad Sci USA. 82, 2627-31.

205. Niepmann, M. (2009) Internal translation initiation of picornaviruses andhepatitis C virus. Biochim Biophys Acta. 1789, 529-41.

206. Niklasson, B., A. Samsioe, N. Papadogiannakis, A. Kawecki, B. Hornfeldt, G.

207. R. Saade and W. Klitz (2007) Association of zoonotic Ljungan virus with intrauterine fetal deaths. Birth Defects Res A Clin Mol Teratol. 79, 488-93.

208. Nomoto, A., B. Detjen, R. Pozzatti and E. Wimmer (1977) The location of thepolio genome protein in viral RNAs and its implication for RNA synthesis. Nature. 268, 208-13.

209. Novak, J. E. and K. Kirkegaard (1991) Improved method for detectingpoliovirus negative strands used to demonstrate specificity of positive-strand encapsidation and the ratio of positive to negative strands in infected cells. J Virol. 65, 3384-7.

210. Novak, J. E. and K. Kirkegaard (1994) Coupling between genome translationand replication in an RNA virus. Genes Dev. 8, 1726-37.

211. Nugent, C. I., K. L. Johnson, P. Sarnow and K. Kirkegaard (1999) Functionalcoupling between replication and packaging of poliovirus replicon RNA. J Virol. 73, 427-35.

212. Oberste, M. S., K. Maher and M. A. Pallansch (1998) Complete sequence ofechovirus 23 and its relationship to echovirus 22 and other human enteroviruses. Virus Res. 56, 217-23.

213. Oberste, M. S., K. Maher and M. A. Pallansch (2004a) Evidence for frequentrecombination within species human enterovirus B based on complete genomic sequences of all thirty-seven serotypes. Journal of Virology. 78, 855-867.

214. Oberste, M. S., K. Maher and M. A. Pallansch (2007) Complete genomesequences for nine simian enteroviruses. J Gen Virol. 88, 3360-72.

215. Oberste, M. S., S. Penaranda and M. A. Pallansch (2004b) RNArecombination plays a major role in genomic change during circulation of coxsackie B viruses. J Virol. 78, 2948-55.

216. Ochs, K., R. C. Rust and M. Niepmann (1999) Translation initiation factoreIF4B interacts with a picoraavirus internal ribosome entry site in both 48S and 80S initiation complexes independently of initiator AUG location. J Virol. 73, 7505-14.

217. Ochs, K., A. Zeller, L. Saleh, G. Bassili, Y. Song, A. Sonntag and M.

218. Niepmann (2003) Impaired binding of standard initiation factors mediates poliovirus translation attenuation. J Virol. 77, 115-22.

219. Oh, D. Y., P. A. Silva, B. Hauroeder, S. Diedrich, D. D. Cardoso and E.

220. Schreier (2006) Molecular characterization of the first Aichi viruses isolated in Europe and in South America. Arch Virol. 151, 1199-206.

221. Pallansch, M. A. and R. P. Roos (2001) Enteroviruses: Polioviruses,

222. Coxsackieviruses, Echoviruses, and Newer Enteroviruses. Fields Virology, Fourth Edition. Knipe, D. M. and Howley, P. M. (eds.), pp 724-743, Lippincott-Raven Philadelphia

223. Palmenberg, A. C., D. Spiro, R. Kuzmickas, S. Wang, A. Djikeng, J. A. Rathe,

224. C. M. Fraser-Liggett and S. B. Liggett (2009) Sequencing and analyses of all known human rhinovirus genomes reveal structure and evolution. Science. 324, 55-9.

225. Park, J. M. and M. W. Deem (2007) Phase diagrams of quasispecies theorywith recombination and horizontal gene transfer. Phys Rev Lett. 98, 058101.

226. Parsley, T. B., J. S. Towner, L. B. Blyn, E. Ehrenfeld and B. L. Semler (1997)

227. Poly (rC) binding protein 2 forms a ternary complex with the 5'-terminal sequences of poliovirus RNA and the viral 3CD proteinase. RNA. 3, 112434.

228. Pathak, H. B., H. S. Oh, I. G. Goodfellow, J. J. Arnold and C. E. Cameron2008) Picornavirus genome replication: roles of precursor proteins and rate-limiting steps in oril-dependent VPg uridylylation. J Biol Chem. 283, 3067788.

229. Paul, A. V., E. Rieder, D. W. Kim, J. H. van Boom and E. Wimmer (2000)1.entification of an RNA hairpin in poliovirus RNA that serves as the primary template in the in vitro uridylylation of VPg. J Virol. 74, 10359-70.

230. Paul, A. V., H. Tada, K. von der Helm, T. Wissel, R. Kiehn, E. Wimmer and

231. F. Deinhardt (1987) The entire nucleotide sequence of the genome of human hepatitis A virus (isolate MBB). Virus Res. 8, 153-71.

232. Paul, A. V., J. H. van Boom, D. Filippov and E. Wimmer (1998) Proteinprimed RNA synthesis by purified poliovirus RNA polymerase. Nature. 393, 280-4.

233. Paul, A. V., J. Yin, J. Mugavero, E. Rieder, Y. Liu and E. Wimmer (2003) Aslide-back" mechanism for the initiation of protein-primed RNA synthesis by the RNA polymerase of poliovirus. J Biol Chem. 278, 43951-60.

234. Pelletier, J. and N. Sonenberg (1988) Internal initiation of translation ofeukaryotic mRNA directed by a sequence derived from poliovirus RNA. Nature. 334, 320-5.

235. Perera, R., S. Daijogo, B. L. Walter, J. H. Nguyen and B. L. Semler (2007)

236. Cellular protein modification by poliovirus: the two faces of poly(rC)-binding protein. J Virol. 81, 8919-32.

237. Pettersson, R. F., V. Ambros and D. Baltimore (1978) Identification of aprotein linked to nascent poliovirus RNA and to the polyuridylic acid of negative-strand RNA. J Virol. 27, 357-65.

238. Pfeiffer, J. K. and K. Kirkegaard (2006) Bottleneck-mediated quasispeciesrestriction during spread of an RNA virus from inoculation site to brain. Proc Natl Acad Sci USA. 103, 5520-5.

239. Pfister, T., D. Egger and K. Bienz (1995) Poliovirus subviral particlesassociated with progeny RNA in the replication complex. J Gen Virol. 76 ( Pt 1), 63-71.

240. Pina, S., M. Buti, R. Jardi, P. Clemente-Casares, J. Jofre and R. Girones2001) Genetic analysis of hepatitis A virus strains recovered from the environment and from patients with acute hepatitis. J Gen Virol. 82, 295563.

241. Pinto, R. M., L. Aragonés, M. I. Costafreda, E. Ribes and A. Bosch (2007)

242. Codon usage and replicative strategies of hepatitis A virus. Virus Res. 127, 158-63.

243. Racaniello, V. R. and D. Baltimore (1981) Cloned poliovirus complementary

244. DNA is infectious in mammalian cells. Science. 214, 916-9.

245. Robertson, B. H., R. W. Jansen, B. Khanna, A. Totsuka, O. V. Nainan, G.

246. Siegl, A. Widell, H. S. Margolis, S. Isomura, K. Ito and et al. (1992) Genetic relatedness of hepatitis A virus strains recovered from different geographical regions. J Gen Virol. 73 ( Pt 6), 1365-77.

247. Robinson, D. F. and L. R. Foulds (1981) Comparison of phylogenetic trees.

248. Mathematical Biosciences. 53, 131-147.

249. Romanova, L. A., E. A. Tolskaya, M. S. Kolesnikova and V. I. Agol (1980)

250. Biochemical evidence for intertypic genetic recombination of polio viruses. FEBS Letters'. 118, 109-112.

251. Romanova, L. I., V. M. Blinov, E. A. Tolskaya, E. G. Viktorova, M. S.

252. Kolesnikova, E. A. Guseva and V. I. Agol (1986) The primary structure of crossover regions of intertypic poliovirus recombinants: a model of recombination between RNA genomes. Virology. 155, 202-13.

253. Rossmann, M. G., E. Arnold, J. W. Erickson, E. A. Frankenberger, J. P.

254. Griffith, H. J. Hecht, J. E. Johnson, G. Kamer, M. Luo, A. G. Mosser and et97al. (1985) Structure of a human common cold virus and functional relationship to other picornaviruses. Nature. 317, 145-53.

255. Salminen, M. O., J. K. Carr, D. S. Burke and F. E. McCutchan (1995)1.entification of breakpoints in intergenotypic recombinants of HIV type 1 by bootscanning. AIDS Res Hum Retroviruses. 11, 1423-1425.

256. Sanchez, G., A. Bosch and R. M. Pinto (2003) Genome variability and capsidstructural constraints of hepatitis a virus. J Virol. 77, 452-9.

257. Santti, J., H. Harvala, L. Kinnunen and T. Hyypia (2000) Molecularepidemiology and evolution of coxsackievirus A9. Journal of General Virology. 81, 1-12.

258. Santti, J., T. Hyypia, L. Kinnunen and M. Salminen (1999) Evidence ofrecombination among enteroviruses. Journal of Virology. 73, 8741-8749.

259. Sasaki, J., Y. Kusuhara, Y. Maeno, N. Kobayashi, T. Yamashita, K. Sakae, N.

260. Takeda and K. Taniguchi (2001) Construction of an infectious cDNA clone of Aichi virus (a new member of the family Picornaviridae) and mutational analysis of a stem-loop structure at the 5' end of the genome. J Virol. 75, 8021-30.

261. Sasaki, J. and K. Taniguchi (2003) The 5'-end sequence of the genome of

262. Aichi virus, a picornavirus, contains an element critical for viral RNA encapsidation. J Virol. 77, 3542-8.

263. Savolainen-Kopra, C., S. Blomqvist, T. Smura, M. Roivainen, T. Hovi, D.

264. Kiang, I. Kalra, S. Yagi, J. K. Louie, H. Boushey, J. Boothby and D. P. Schnurr (2009) 5' noncoding region alone does not unequivocally determine genetic type of human rhinovirus strains. J Clin Microbiol. 47, 1278-80.

265. Savolainen, C., P. Laine, M. N. Mulders and T. Hovi (2004) Sequenceanalysis of human rhino viruses in the RNA-dependent RNA polymerase coding region reveals large within-species variation. J Gen Virol. 85, 22717.

266. Sean, P. and B. L. Semler (2008) Coxsackievirus B RNA replication: lessonsfrom poliovirus. Curr Top Microbiol Immunol. 323, 89-121.

267. Serrano, P., J. Gomez and E. Martinez-Salas (2007) Characterization of acyanobacterial RNase P ribozyme recognition motif in the IRES of foot-and-mouth disease virus reveals a unique structural element. RNA. 13, 849-59.

268. Shapiro, B., A. Rambaut and A. J. Drummond (2006) Choosing appropriatesubstitution models for the phylogenetic analysis of protein-coding sequences. Mol Biol Evol. 23, 7-9.

269. Sharma, N., B. J. O'Donnell and J. B. Flanegan (2005) 3-Terminal sequence inpoliovirus negative-strand templates is the primary cis-acting element required for VPgpUpU-primed positive-strand initiation. J Virol. 79, 356577.

270. Simmonds, P. (2006) Recombination and selection in the evolution ofpicoraaviruses and other Mammalian positive-stranded RNA viruses. J Virol. 80, 11124-40.

271. Simmonds, P. (2010) Recombination in the Evolution of Picornaviruses. The

272. Picornaviruses. Ehrenfeld, E., Domingo, E. and Roos, R. P. (eds.), pp 229237, ASM Press Washington, DC

273. Simmonds, P. and D. B. Smith (1999) Structural constraints on RNA virusevolution. J Virol. 73, 5787-94.

274. Simmonds, P. and J. Welch (2006) Frequency and dynamics of recombinationwithin different species of human enteroviruses. J Virol. 80, 483-93.

275. Stanway, G., P. Brown, P. Christian, T. Hovi, T. Hyypia, A. M. Q. King, N. J.

276. Stanway, G., P. Joki-Korpela and T. Hyypia (2000) Human parechovirusesbiology and clinical significance. Rev Med Virol. 10, 57-69.

277. Stanway, G., N. Kalkkinen, M. Roivainen, F. Ghazi, M. Khan, M. Smyth, O.

278. Meurman and T. Hyypia (1994) Molecular and biological characteristics ofechovirus 22, a representative of a new picornavirus group. J Virol. 68, 8232-8.

279. Steil, B. P. and D. J. Barton (2009) Cis-active RNA elements (CREs) andpicornavirus RNA replication. Virus Res. 139, 240-52.

280. Stene-Johansen, K., K. Skaug and H. Blystad (1999) Surveillance of hepatitis

281. A by molecular epidemiologic studies. Tidsskr Nor Laegeforen. 119, 37259.

282. Tallo, T., H. Norder, V. Tefanova, K. Ott, V. Ustina, T. Prukk, O.

283. Solomonova, J. Schmidt, K. Zilmer, L. Priimagi, T. Krispin and L. O. Magnius (2003) Sequential changes in hepatitis A virus genotype distribution in Estonia during 1994 to 2001 .J Med Virol. 70, 187-93.

284. Tapparel, C., T. Junier, D. Gerlach, S. Cordey, S. Van Belle, L. Perrin, E. M.

285. Zdobnov and L. Kaiser (2007) New complete genome sequences of human rhinoviruses shed light on their phylogeny and genomic features. BMC Genomics. 8, 224.

286. Tapparel, C., T. Junier, D. Gerlach, S. Van-Belle, L. Turin, S. Cordey, K.

287. Muhlemann, N. Regamey, J. D. Aubert, P. M. Soccal, P. Eigenmann, E. Zdobnov and L. Kaiser (2009) New respiratory enterovirus and recombinant rhinoviruses among circulating picornaviruses. Emerg Infect Dis. 15, 71926.

288. Teterina, N. L., D. Egger, K. Bienz, D. M. Brown, B. L. Semler and E.

289. Ehrenfeld (2001) Requirements for assembly of poliovirus replication complexes and negative-strand RNA synthesis. J Virol. 75, 3841-50.

290. Tolskaya, E. A., L. A. Romanova, V. M. Blinov, E. G. Viktorova, A. N.

291. Tosh, C., D. Hemadri and A. Sanyal (2002) Evidence of recombination in thecapsid-coding region of type A foot-and-mouth disease virus. J Gen Virol. 83, 2455-60.

292. Tsarev, S. A., S. U. Emerson, M. S. Balayan, J. Ticehurst and R. H. Purcell1991) Simian hepatitis A virus (HAV) strain AGM-27: comparison of genome structure and growth in cell culture with other HAV strains. J Gen Virol. 72 ( Pt 7), 1677-83.

293. Vignuzzi, M., J. K. Stone, J. J. Arnold, C. E. Cameron and R. Andino (2006)

294. Quasispecies diversity determines pathogenesis through cooperative interactions in a viral population. Nature. 439, 344-8.

295. Vogt, D. A. and R. Andino (2010) An RNA element at the 5'-end of thepoliovirus genome functions as a general promoter for RNA synthesis. PLoS Pathog. 6, el000936.

296. Wakatsuki, K., D. Kawamoto, H. Hiwaki, K. Watanabe and H. Yoshida (2008)1.entification and characterization of two strains of human parechovirus 4 isolated from two clinical cases in Fukuoka City, Japan. J Clin Microbiol. 46,3144-6.

297. Watanabe, K., M. Oie, M. Higuchi, M. Nishikawa and M. Fujii (2007)1.olation and characterization of novel human parechovirus from clinical samples. EmergInfect Dis. 13, 889-95.

298. Williams, C. H., M. Panayiotou, G. D. Girling, C. I. Peard, S. Oikarinen, H.

299. Hyoty and G. Stanway (2009) Evolution and conservation in human parechovirus genomes. J Gen Virol. 90, 1702-12.

300. Witso, E., G. Palacios, O. Cinek, L. C. Stene, B. Grinde, D. Janowitz, W. I.1.pkin and K. S. Ronningen (2006) High prevalence of human enterovirus a infections in natural circulation of human enteroviruses. J Clin Microbiol. 44, 4095-100.

301. Yamashita, T., K. Sakae, H. Tsuzuki, Y. Suzuki, N. Ishikawa, N. Takeda, T.

302. Miyamura and S. Yamazaki (1998) Complete nucleotide sequence andgenetic organization of Aichi virus, a distinct member of the Picornaviridae associated with acute gastroenteritis in humans. J Virol. 72, 8408-12.

303. Yogo, Y. and E. Wimmer (1973) Poly (A) and poly (U) in poliovirus doublestranded RNA. Nat New Biol. 242, 171-4.

304. Yozwiak, N. L., P. Skewes-Cox, A. Gordon, S. Saborio, G. Kuan, A.

305. Balmaseda, D. Ganem, E. Harris and J. L. DeRisi (2010) Human enterovirus 109: a novel interspecies recombinant enterovirus isolated from a case of acute pediatric respiratory illness in Nicaragua. J Virol. 84, 9047-58.

306. Ypma-Wong, M. F., P. G. Dewalt, V. H. Johnson, J. G. Lamb and B. L.

307. Semler (1988) Protein 3CD is the major poliovirus proteinase responsible for cleavage of the PI capsid precursor. Virology. 166, 265-70.

308. Zell, R., A. Krumbholz, M. Dauber, E. Hoey and P. Wutzler (2006)

309. Molecular-based reclassification of the bovine enteroviruses. J Gen Virol. 87, 375-85.

310. Zhang, B., G. Morace, V. Gauss-Muller and Y. Kusov (2007a) Poly(A)binding protein, C-terminally truncated by the hepatitis A virus proteinase 3C, inhibits viral translation. Nucleic Acids Res. 35, 5975-84.

311. Zhang, B, S. Seitz, Y. Kusov, R. Zell and V. Gauss-Muller (2007b) RNAinteraction and cleavage of poly(C)-binding protein 2 by hepatitis A virus protease. Biochem Biophys Res Commun. 364, 725-30.

312. Zhang, G., D. T. Haydon, N. J. Knowles and J. W. McCauley (1999)

313. Molecular evolution of swine vesicular disease virus. J Gen Virol. 80 ( Pt 3), 639-51.

314. Zhang, Y, Y. Liu, W. Liu, J. Zhou, H. Chen, Y. Wang, L. Ma, Y. Ding and J.

315. Zhang (2011) Analysis of synonymous codon usage in Hepatitis A virus. Virol J. 8, 174.

316. Zoll, J., S. Erkens Hulshof, K. Lanke, F. Verduyn Lunel, W. J. Melchers, E.

317. Schoondermark-van de Ven, M. Roivainen, J. M. Galama and F. J. van Kuppeveld (2009a) Saffold virus, a human Theiler's-like cardiovirus, is ubiquitous and causes infection early in life. PLoSPathog. 5, el000416.

318. Zoll, J., J. M. Galama and F. J. van Kuppeveld (2009b) Identification ofpotential recombination breakpoints in human parechoviruses. J Virol. 83, 3379-83.

Информация о работе

Белалов, Илья Шамильевич
кандидата биологических наук
Москва, 2011
ВАК 03.02.02

Диссертация

Естественная рекомбинация у пикорнавирусов - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Похожие работы

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему Естественная рекомбинация у пикорнавирусов ВАК РФ 03.02.02, Вирусология

Автореферат диссертации по теме "Естественная рекомбинация у пикорнавирусов"

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Белалов, Илья Шамильевич

Заключение Диссертация по теме "Вирусология", Белалов, Илья Шамильевич

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Белалов, Илья Шамильевич, Москва

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Естественная рекомбинация у пикорнавирусов
ВАК РФ 03.02.02, Вирусология