Действие белков YB-1 и РАВР на трансляцию полиа(-) и полиа(+)мРНК YB-1

Елисеева, Ирина Александровна

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Действие белков YB-1 и РАВР на трансляцию полиа(-) и полиа(+)мРНК YB-1
ВАК РФ 03.01.03, Молекулярная биология

Автореферат диссертации по теме "Действие белков YB-1 и РАВР на трансляцию полиа(-) и полиа(+)мРНК YB-1"

005055068

На правах рукописи

ЕЛИСЕЕВА ИРИНА АЛЕКСАНДРОВНА

ДЕЙСТВИЕ БЕЛКОВ УВ-]_И РАВР НА ТРАНСЛЯЦИЮ ПОЛИА(-) И ПОЛИА(+) мРНК УВ-1

03.01.03 - Молекулярная биология

Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук

1 5 НОЯ 2012

Пущино — 2012

005055068

Работа выполнена в Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Институте белка РАН

Научный руководитель:

академик РАН, доктор биологических наук, профессор

Овчинников Лев Павлович

Официальные оппоненты:

Озолинь Ольга Николаевна, доктор биологических наук, профессор, Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биофизики клетки РАН, заведующий лабораторией функциональной геномики и клеточного стресса Фролова Людмила Юрьевна, доктор биологических наук, профессор, Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт молекулярной биологии имени В. А. Энгельгардта РАН, заведующий лабораторией структурно-функциональной геномики

Ведущая организация:

НИИ физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Защита состоится "15" ноября 2012 г. в 14:00 часов на заседании диссертационного совета Д002.038.01 при Федеральном государственном бюджетном учреждении науки Институте биофизики клетки РАН по адресу: 142290, г. Пущино, Московская область, ул. Институтская, д. 3.

С диссертацией можно ознакомиться в центральной библиотеке НЦБИ РАН по адресу: 142290, г. Пущино, Московская область, ул. Институтская, д. 3.

Автореферат разослан "¡¡Ь октября 2012 г.

Ученый секретарь

диссертационного совета кандидат биологических наук

Смолихина Татьяна Ивановна

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность проблемы. Многофункциональный У-бокс-связывающий белок 1 (УВ-1) позвоночных принимает участие во многих клеточных процессах, включая пролиферацию, дифференцировку и ответ на стрессовые воздействия (Скабкин и др., 2004). Нокаут гена УВ-1 приводит к нарушениям эмбрионального развития и пренатальной или ранней постнатальной гибели животных (Ъи е! а1., 2005; исЫшш с1 а1., 2006). УВ-1 участвует в адаптации клеток к росту при пониженной температуре (ГуШбшгю^ сЧ а1., 2006), увеличивает их устойчивость к ионизирующей радиации и обработке ксенобиотиками (01ща сЧ а1., 1996). В настоящее время в литературе широко обсуждается роль УВ-1 в раковой трансформации (Ма18шш*о е! а1., 2005) и воспалительных заболеваниях (Тгуе е1 а1., 2009; Яаиеп Л а1., 2009). Количество УВ-1 существенно повышено в некоторых опухолях, поэтому в ряде случаев он рассматривается в качестве одного из ярких маркеров злокачественных новообразований (Ва^ои е! а1. 1997; ТУ^итоЮ й а1., 2005). Переходя из цитоплазмы в клеточное ядро, УВ-1 может вовлекаться в репарацию ДНК и активировать транскрипцию генов ряда защитных белков, в том числе и белков, обеспечивающих множественную лекарственную устойчивость раковых клеток (КоЬпо (Н. еЛ, 2003). Поэтому ядерная локализация белка УВ-1 является одним из ранних маркеров множественной лекарственной устойчивости (Ва^ои е! а1. 1997, Ки\уапо е1 а1., 2004). Кроме того, известно, что УВ-1 принимает участие в метастазировании опухолей. Повышенная экспрессия УВ-1 в раковых клетках может приводить к изменению клеточного фенотипа с эпителиального на мезенхимальный и, как следствие, к увеличению подвижности клеток (Еус1о1атоуа е1 а1., 2009). Однако в других случаях повышенное содержание УВ-1 может предотвращать онкогенную трансформацию клеток по Р13К/А1<1 сигнальному пути (Вас1ег е! а1., 2003).

Участие УВ-1 в широком спектре внутри- и внеклеточных процессов объясняется, прежде всего, его уникальной способностью взаимодействовать как с ДНК и РНК, так и с большим количеством разных белков (КоЬпо е1. аи 2003). Связываясь с определенными нуклеотидными последовательностями в промоторах генов, УВ-1 позитивно или негативно регулирует транскрипцию генов, продукты которых участвуют в делении клеток, апоптозе, иммунном ответе, развитии множественной лекарственной устойчивости и др. (КоЬпо е1. аХ, 2003). Взаимодействуя с поврежденной ДНК, УВ-1 вызывает локальное плавление двойных спиралей (1гшш е! а1., 2001; Саис1геаик е1 а1., 2004), а также

может стимулировать ферментативную активность ДНК-гликозилаз hNthl, NEIL1 и NEIL2 (Das et al., 2007; Guay et al., 2008; Pestryakov et al., 2012). Все это способствует эффективной репарации. Кроме того, YB-1 ускоряет обмен комплементарных цепей ДНК, и, как предполагается, может участвовать в рекомбинации ДНК (Skabkin et al., 2001).

YB-1 взаимодействует с мРНК на всех этапах ее существования. В ядре он участвует в регуляции альтернативного сплайсинга пре-мРНК (Chansky et al., 2001). В цитоплазме упаковывает мРНК, а также может регулировать ее трансляционную активность, стабильность и локализацию на актиновом и тубулиновом цитоскелетах (Davydova et al., 1997; Evdokimova et al., 2001; Ruzanov et al., 1999; Chernov et al., 2008). Считается, что YB-1 может регулировать функциональную активность мРНК как напрямую, связываясь со специфическими нуклеотидными последовательностями (Skabkina et al., 2005; Giorgini et al., 2001), так и опосредованно. Во втором случае YB-1 за счет своей РНК-шаперонной активности помогает мРНК образовать правильную вторичную структуру, необходимую для узнавания регуляторными белками (Skabkin et al., 2001).

Характер воздействия YB-1 на внутриклеточные процессы зависит от его содержания и локализации. Как правило, основная доля YB-1 находится в цитоплазме, однако в некоторых случаях YB-1 переходит в ядро. Такой переход наблюдается на границе G1/S фаз (Jurchott et al., 2003), при окислительном стрессе, под действием ДНК-повреждающих агентов или при облучении УФ (Stein et al., 2005; Das et al., 2007; Koike at al., 1997), при аденовирусной инфекции (Holm et al., 2002) и в результате взаимодействия YB-1 с некоторыми белками (Raffetseder et al., 2003; Zhang et al., 2003). YB-1 может переходить в ядро после отщепления 20 S протеасомой С-концевой последовательности с сигналом цитоплазматического удержания (Sorokin at al., 2005).

Принимая во внимание, что YB-1 участвует в регуляции многих клеточных процессов, следует ожидать, что его количество строго регулируется. Такая регуляция осуществляется как на уровне транскрипции (Shiota et al., 2008; Yokoyama et al., 2003) и трансляции (Fukuda et al., 2004; Hsieh et al., 2012; Kato et al., 2010; Skabkina et al., 2003, 2005; Thoreen et al., 2012), так и за счет изменения стабильности белка (Lutz et al., 2006; Chibi et al., 2008; Sorokin at al., 2005).

трансляцию неполиаденилированной (А(-)) мРНК УВ-1 (авторегуляция) при сравнительно низких концентрациях этого белка, оптимальных для трансляции большинства других клеточных мРНК. РАВР, наоборот, стимулирует трансляцию этой мРНК. Как ингибирование под действием УВ-1, так и стимуляция под действием РАВР наблюдаются на стадии инициации трансляции, на этапе присоединения к мРНК УВ-1 438-преинициаторного комплекса или на предыдущем этапе взаимодействия мРНК с факторами инициации трансляции (БкаЫапа сЧ а1., 2005; БкаЬкта й а1., 2003). С другой стороны, в 3' нетранслируемой области (НТО) мРНК УВ-1 была обнаружена нуклеотидная последовательность с повышенным сродством к УВ-1 и РАВР. Было показано, что сайты связывания двух белков на этой последовательности перекрываются, а белки УВ-1 и РАВР конкурируют за связывание с ней. Кроме того, было обнаружено, что фрагмент мРНК УВ-1 с этой последовательностью ингибирует трансляцию мРНК УВ-1, а также других мРНК на стадии инициации. Эта нуклеотидная последовательность была названа регуляторным элементом.

Несмотря на перечисленные данные, механизмы регуляции трансляции мРНК УВ-1 изучены недостаточно. Принимая во внимание важную роль УВ-1 в клетке, исследование механизмов регуляции трансляции мРНК УВ-1 является актуальной задачей для молекулярной и клеточной биологии.

Цель и задачи исследования. Целью данной работы является изучение молекулярного механизма регуляции трансляции мРНК УВ-1. Для достижения этой цели были поставлены следующие экспериментальные задачи: выяснить (1) действительно ли регуляторный элемент (1127-1204 нт) в 3'НТО А(-) мРНК УВ-1 строго необходим для регуляции трансляции под действием УВ-1 и РАВР; (2) оказывает ли УВ-1 прямое негативное действие на трансляцию А(-) мРНК УВ-1- (3) оказывает ли РАВР прямое позитивное действие на трансляцию А(-) мРНК УВ-1; (4) изучить как влияют УВ-1 и РАВР на трансляцию полиаденилированной (А(+)) мРНК УВ-1; (5) проверить, взаимодействует ли регуляторный элемент в З'НТО мРНК УВ-1 с поли(А)-фрагментом; (6) выяснить, как зависит влияние РАВР на трансляцию А(+) мРНК УВ-1 от длины и нуклеотидной последовательности участка РНК между регуляторным элементом и поли(А)-хвостом (1329-1503 нт).

Научная новизна работы и практическая значимость работы. Данными исследованиями на А(-) мРНК УВ-1 установлено, что регуляторный элемент (1127-1204 нт) в З'НТО строго необходим для специфической регуляции трансляции под действием УВ-1 и РАВР. Показано, что УВ-1 обладает прямым

негативным действием на трансляцию мРНК YB-1. Выяснено, что позитивное действие РАВР обусловлено вытеснением YB-1 с регуляторного элемента. Установлено, что РАВР не стимулирует трансляцию А(+) мРНК YB-1. Однако трансляция А(+) мРНК YB-1 с удаленным фрагментом (1329-1503 нт) из 3' НТО между регуляторным элементом и поли(А)-хвостом стимулируется РАВР, в то время как мРНК с заменой этого участка на неспецифическую последовательность ведет себя как исходная мРНК, т.е. не стимулируется РАВР в бесклеточной системе трансляции. Обнаружено, что регуляторный элемент 3' НТО мРНК YB-1 взаимодействует с поли(А)-фрагментом в присутствии белков лизата ретикулоцитов кролика. Предложена модель регуляции трансляции А(+) мРНК YB-1 за счет образования 3' концевой циклической структуры, препятствующей позитивному действию РАВР на трансляцию этой мРНК. Обнаруженные молекулярные механизмы регуляции трансляции мРНК YB-1 могут помочь в поиске подходов к лечению онкологических, вирусных и воспалительных заболеваний.

Апробация работы. Материалы диссертации были представлены на международных конференциях: «Translational Control» Meeting (Cold Spring Harbor, New York, USA, 2010), III International meeting «Early events in Human Pathologies» (Barbizon, France, 2010), «Protein Synthesis and Translational Control» (EMBL Heidelberg, Germany, 2009), «Protein Synthesis and Translational Control» (EMBL Heidelberg, Germany, 2007), «Translational Control» Meeting (Cold Spring Harbor, New York, USA, 2006), 8th International Engelhardt Conference on RNA -Protein Interactions (Sergiev Pasad, Russia, 2006); на 13-ой Международной Пущинской школе-конференции молодых ученых (Пущино, 2009), IV съезде Российского общества биохимиков и молекулярных биологов (Новосибирск, 2008), ежегодных конференциях Института белка РАН (Пущино, 2007, 2009).

Публикации. По материалам диссертации опубликовано 16 печатных работ, в том числе 3 статьи в реферируемых журналах и 1 статья в периодическом сборнике из списка ВАК.

Структура диссертации. Диссертация состоит из следующих разделов: «Введение», «Список сокращений», «Обзор литературы», «Материалы и методы», «Результаты», «Обсуждение результатов», «Выводы» и «Список литературы». Работа содержит 147 страниц, 32 рисунка и 4 таблицы.

СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ

1. Исследование механизмов специфического действия УВ-1 и РАВР на трансляцию А(-) мРНК УВ-1

На основе данных, ранее полученных в нашей лаборатории, было предположено, что специфическое ингибирование трансляции мРНК УВ-1 под действием УВ-1 и специфическая активация трансляции этой мРНК под действием РАВР достигаются в результате конкурентного взаимодействия этих белков с регуляторным элементом (ЯЕ) в 3' НТО мРНК УВ-1. (ВкаЬкта е! а1., 2005; вкаЬкта е1 а!., 2003). Однако до последнего времени не было ясно, является ли присутствие регуляторного элемента причиной наблюдаемой регуляции, и оба ли белка оказывают прямое действие на трансляцию, или действие одного из них заключается лишь в вытеснении белка-конкурента. Первая часть данного исследования посвящена ответу на эти вопросы.

1.1. Регуляторный элемент необходим для специфической регуляции трансляции мРНК УВ-1 под действием УВ-1 и РАВР

Регуляторный элемент мРНК УВ-1 (рис. 1) - это последовательность из 78 нуклеотидных остатков, локализованная в 3' НТО (1127-1204 нт). Она содержит два специфических сайта связывания УВ-1, представляющих из себя консенсусную последовательность 11ССАа/0СА (1137-1143 и 1164-1170 нт), и сайт специфического связывания двух молекул РАВР - А-богатую нуклеотидную последовательность (1149-1204 нт). Видно, что сайты связывания этих белков перекрываются. Ранее было показано, что УВ-1 и РАВР могут конкурировать за связывание с регуляторным элементом (БкаЬкта е1; а!., 2005).

- сайт специфического связывания УВ-1 I I - сайт специфического связывания РАВР

Рис. 1. Схема мРНК УВ-1 и детальная схема регуляторного элемента (1127-1204 нт) в 3' НТО мРНК УВ-1. Темными и светлыми прямоугольниками обозначены сайты специфического связывания УВ-1 и РАВР, соответственно.

Для ответа на вопрос, необходим ли регуляторный элемент для специфической регуляции трансляции мРНК YB-1 под действием двух мажорных белков мРНП, была получена конструкция для синтеза мРНК YB-1, в которой регуляторный элемент (1127-1204 нт) был заменен на неспецифическую последовательность той же длины (рис. 2А). Такая мРНК была названа мРНК YB-1 ARE.

Рис. 2. (А) Схема исходной мРНК YB-1 (WT) и мРНК YB-1 с удаленным регуляторный элементом (ARE). (Б, В) Определение констант диссоциации методом связывания на нитроцеллюлозных фильтрах. Радиоактивно-меченные фрагменты мРНК YB-1 инкубировали с увеличивающимися количествами YB-1 (Б) или РАВР (В) для образования РНК-белковых комплексов. Полученные комплексы фильтровали последовательно через нитроцеллюлозную (НЦ) и нейлоновую (НЛ) мембраны. Относительные количества радиоактивности определяли с использованием Packard Cyclone Storage Phosphor System. Процент связавшейся РНК определяли как (светимость НЩсветимость НЦ+светимость НЛ)).

Для проверки специфического связывания YB-1 и РАВР были получены фрагменты мРНК YB-1 (1070-1240 нт), содержащие исходный регуляторный элемент (WT) или неспецифическую последовательность той же длины (ARE) (рис. 2А). Константы диссоциации комплексов YB-1 (рис. 2Б) и РАВР (рис. 2В) с этими фрагментами определяли методом связывания на нитроцеллюлозных

фильтрах. Исходный фрагмент (WT) образует комплексы с YB-1 и РАВР с кажущимися константами диссоциации 3,89±0,15 нМ и 3,85±0,15 нМ, соответственно. Фрагмент, не содержащий регуляторного элемента {ARE), как и ожидалось, связывает YB-1 и РАВР значительно хуже (кажущиеся константы диссоциации 9,94±0,99 нМ и 45,3±0,3 нМ, соответственно).

Таким образом, замена регуляторного элемента в 3' НТО мРНК YB-1 на неспецифическую последовательность действительно привела к снижению сродства YB-1 и РАВР.

Luc -YB-1-

1 2 3 4 5

О 100 200 300 400 500 РАВР, нг

120 100

:.......h-.......

-•- YB-1 WT -О- Y8-1ARE Luc

О 100 200 300 400 500 600 YB-1, нг

Рис. 3. К(+)А(-) мРНК YB-1 WT, мРНК YB-1 ARE и мРНК Luc транслировали в БСТ объемом Юмкл в присутствии увеличивающихся количеств РАВР (А, Б) или YB-1 (В, Г). [|4С]-Туг-меченные продукты трансляции разделяли SDS-гель электрофорезом и детектировали радиоавтографией. (Б, Г) Относительные количества радиоактивности определяли с использованием Packard Cyclone Storage Phosphor System. Уровень трансляции каждой мРНК без добавления РАВР (Б) или YB-1 (Г) принимали за 100%. Значения определяли по крайней мере из трех независимых экспериментов. Тест Стьюдента использовали для определения статистической значимости различий между значениями уровня трансляции (Б) мРНК Luc и остальными мРНК: мРНК YB-1 WT и мРНК YB-1 ARE; (Г) мРНК YB-1 WT и остальными мРНК: мРНК YB-1 ARE и мРНК Luc. ***р<0.001, **р<0.01, *р<0.05, # и N.S. - незначимые различия.

Для ответа на вопрос, зависит ли регуляция трансляции мРНК YB-1 от присутствия регуляторного элемента, кэпированные и неполиаденилированные (К(+)А(-)) мРНК YB-1, мРНК YB-1 ARE и контрольную мРНК тоциферазы (Luc)

транслировали в бесклеточной системе трансляции (БСТ) в присутствии увеличивающихся количеств РАВР (рис. ЗА,Б) и YB-1 (рис. ЗВ,Г). Как и ожидалось, РАВР стимулирует трансляцию исходной мРНК YB-1 (рис. ЗА, дорожки 1-4), в то время как мРНК YB-1 ARE (дорожки 5-8) стимулируется РАВР на уровне контрольной мРНК Luc. Влияние YB-1 на трансляцию представлено на рисунке ЗВ,Г. Видно, что YB-1 ингибирует трансляцию собственной мРНК (рис. ЗВ, дорожки 1-5) сильнее, чем трансляцию контрольной мРНК Luc. Трансляция мРНК YB-1 ARE (дорожки 6-10) ингибируется YB-1 слабее, чем трансляция исходной мРНК YB-1, хотя несколько сильнее, чем контрольной. Таким образом, отсутствие регуляторного элемента приводит к снижению стимулирующего действия РАВР и ингибирующего действия YB-1 на трансляцию мРНК YB-1. Полученные данные свидетельствуют о том, что регуляторный элемент необходим для специфической регуляции трансляции мРНК YB-1 под действием YB-1 и РАВР.

1.2. YB-1 ингибирует, а РАВР не влияет на трансляцию мРНК YB-1 с

удаленным сайтом связывания РАВР

Для ответа на вопрос, оказывает ли YB-1 прямое негативное действие на трансляцию мРНК YB-1, была получена конструкция для синтеза мРНК YB-1, в которой сайт специфического связывания РАВР был заменен на неспецифическую последовательность той же длины. Сайты специфического связывания YB-1 оставались при этом интактными и располагались на том же расстоянии друг от друга, что и в природной мРНК (рис. 4А). Такая мРНК была названа мРНК YB-1 АРАВР.

Прежде всего, необходимо было убедиться, что внесенная мутация действительно уменьшила сродство РАВР к регуляторному элементу, но не изменила сродства YB-1. Для этого были получены фрагменты мРНК YB-1, содержащие исходный регуляторный элемент (WT) и регуляторный элемент с удаленным сайтом связывания РАВР {АРАВР). Методом связывания на нитроцеллюлозных фильтрах были определены кажущиеся константы диссоциации YB-1 и РАВР с этими последовательностями. Кривые связывания и полученные константы представлены на рисунке 4. Видно, что в случае связывания YB-1 (рис. 4Б) кривые практически совпадают и значения констант практически не отличаются: 3,89±0,15 нМ (WT) и 3,87±0,05 нМ {АРАВР). На рисунке 4В видно, что связывание РАВР с мутантным регуляторным элементом наступает при более высоких концентрациях белка. Константа диссоциации

РАВР с регуляторным элементом, содержащим мутацию, значительно выше: 3,85±0,15 нМ (ИГ) и 17,67±0,57 нМ {АРАВР). Таким образом, как и ожидалось, регуляторный элемент с удаленным сайтом специфического связывания РАВР связывает УВ-1 с той же эффективностью, а РАВР - в пять раз хуже, чем исходный регуляторный элемент.

мРНК YB-1 (IV7)

мРНК YB-1 (АРАВР)

О 123

кодирующая область

Ш - сайт специфического связывания YB-1 I I - сайт специфического связывания РАВР ДД - неспецифическая последовательность

фрагмент 1240 MPHKV8-Î (ÙPABP)

уУ фрагмент РНК связывание Y8-1

^У (1070-1240) Kd. нМ

0- -г- WT 3,89 ±0.15

АРАВР 3.87 ± 0.05

10^

К)-7 YB-1.M

фрагмент РНК связывание РАВР

(1070-1240) Kd, нМ

WT 3,85 ±0.15

АРАВР 17,67 ±0.57

1er7 РАВР, M

Рис. 4. (А) Схема исходной mPHK YB-1 (WT) и мРНК YB-1 с удаленным сайтом связывания РАВР {АРАВР). (Б, В) Определение констант диссоциации YB-1 (Б) или РАВР (В) методом связывания на нитроцеллюлозных фильтрах. Более подробное описание см. на рис. 2.

Для проверки возможности прямого действия YB-1 на трансляцию мРНК YB-1 предварительно необходимо удостовериться, что мутация в РАВР-связывающем сайте привела к исчезновению позитивного действия РАВР на трансляцию такой мРНК. Для этого К(+)А(-) мРНК YB-1, мРНК YB-1 АРАВР и контрольную мРНК Luc транслировали в БСТ в присутствии увеличивающихся количеств РАВР (рис. 5А,Б). Как и ожидалось, РАВР стимулирует трансляцию исходной мРНК YB-1 (дорожки 1-4), в то время как мРНК YB-1 АРАВР (дорожки 5-8) стимулируется РАВР на уровне контрольной мРНК Luc. Таким образом, делеция РАВР-связывающего участка действительно привела к снижению

стимулирующего действия РАВР на трансляцию мРНК УВ-1 до уровня, который наблюдается на контрольной мРНК.

YB-1 ЛРАВР

Luc — YB-1

1 2 3 4 5

О 100 200 300 400 500 РАВР, нг

Рис. 5. К(+)А(-) мРНК YB-1 WT, мРНК YB-I ЛРАВР и мРНК Luc транслировали в БСТ объемом Шмкл в присутствии увеличивающихся количеств РАВР (А, Б) или YB-1 (В, Г). [иС]-Туг-меченные продукты трансляции разделяли SDS-гель электрофорезом и детектировали радиоавтографией. (Б, Г) Относительные количества радиоактивности определяли с использованием Packard Cyclone Storage Phosphor System. Уровень трансляции каждой мРНК без добавления РАВР (Б) или YB-1 (Г) принимали за 100%. Значения определяли как минимум из трех независимых экспериментов. Тест Стьюдента использовали для определения статистической значимости различий между значениями уровня трансляции (Б) мРНК Luc и остальными мРНК: мРНК YB-1 WT и мРНК YB-1 АРАВР; (Г) мРНК YB-1 WT и остальными мРНК: мРНК YB-1 АРАВР и мРНК Luc. ***р<0.001, **р<0.01, *р<0.05, # и N.S. - незначимые различия.

Если YB-1 обладает прямым негативным действием на трансляцию мРНК YB-1, то удаление РАВР-связывающего участка не должно повлиять на оказываемый им эффект. Если же негативное действие YB-1 заключается лишь в вытеснении позитивного регулятора - РАВР, то удаление РАВР-связывающего участка должно приводить к исчезновению ингибирующего действия YB-1. На рисунках 5В,Г представлены результаты трансляции в БСТ К(+)А(-) мРНК YB-1, мРНК YB-1 АРАВР и контрольной мРНК Luc в присутствии увеличивающихся количеств YB-1. Как и ожидалось, YB-1 ингибирует трансляцию собственной мРНК (дорожки 1-5) сильнее, чем контрольной мРНК Luc. мРНК YB-1, содержащая удаленный РАВР-связывающий сайт (АРАВР), ингибируется YB-1 с

той же эффективностью, что и исходная мРНК УВ-1 ЖТ. Таким образом, полученные результаты свидетельствуют в пользу гипотезы о прямом негативном действии УВ-1 на трансляцию мРНК УВ-1.

1.3. YB-1 и РАВР не влияют на трансляцию мРНК YB-1 с удаленным

сайтом связывания YB-1

Для ответа на вопрос, оказывает ли РАВР прямое позитивное действие на трансляцию мРНК YB-1, была получена конструкция для синтеза мРНК YB-1, в которой в сайты специфического связывания YB-1 были внесены точечные нуклеотидные замены (UUUAUUA - выделены жирным и подчеркнуты), снижающие сродство YB-1 к этим последовательностям. Сайты специфического связывания РАВР оставались при этом интактными (рис. 6А). Такая мРНК была названа мРНК YB-1 AYB-1.

мРНК YB-1 (ИТ}

МРНК YB-1 (ЛУ8-1)

1070 1097

кодирующая область

- сайт специфического связывания УВ-1 I I - сайт специфического связывания РАВР IX! - мутированный сайт специфического связывания УВ-1

фрагмент 1240 мРНК YB-1 (ЛУВ-f)

фрагмент РНК связывание УВ-1

(1070-1240) Kd. нМ

WT 3,89 ±0.15

AYB-1 12* 1.9

Ю"7 YB-1, М

10"' РАВР, М

Рис. 6. (А) Схема исходной мРНК УВ-1 (ЖГ) и мРНК УВ-1 с измененными сайтами связывания УВ-1 (А УВ-1). (Б, В) Определение констант диссоциации УВ-1 (Б) или РАВР (В) методом связывания на нитроцеллюлозных фильтрах. Более подробное описание см. на рис. 2.

Внесенные точечные мутации должны приводить к снижению сродства УВ-1 к регуляторному элементу, но не изменять сродства РАВР. Для проверки

этого предположения были получены фрагменты мРНК YB-1, содержащие исходный регуляторный элемент (IVT) и регуляторный элемент с измененными сайтами связывания YB-1 {AYB-1). Методом связывания на нитроцеллюлозных фильтрах были определены кажущиеся константы диссоциации YB-1 и РАВР с этими последовательностями. Кривые связывания и полученные константы представлены на рисунке 6. Как и ожидалось, точечные мутации в сайте специфического связывания YB-1 не влияют на связывание РАВР с регуляторным элементом (рис. 6В). Графики связывания РАВР и константы диссоциации практически совпадают для WT и AYB-1 регуляторного элемента: 3,85±0,15 нМ (WT) и 3,88±0,39 нМ (AYB-1). В случае же YB-1 (рис. 6Б) связывание с мутантным регуляторным элементом наступает при более высоких концентрациях YB-1. Константа диссоциации в этом случае составляет 12±1,9нМ, что в три раза больше, чем константа диссоциации для исходного регуляторного элемента 3,89±0,15 нМ). Таким образом, регуляторный элемент с измененным сайтом специфического связывания YB-1 связывает РАВР с той же эффективностью, a YB-1 значительно хуже, чем исходный регуляторный элемент.

Для проверки возможности прямого действия РАВР на трансляцию мРНК YB-1 предварительно необходимо убедиться, что мутации в YB-1-связывающих сайтах привели к снижению негативного действия YB-1 на трансляцию такой мРНК. Для этого К(+)А(-) мРНК YB-1, мРНК YB-1 AYB-1 и контрольную мРНК Luc транслировали в БСТ в присутствии увеличивающихся количеств YB-1 (рис. 7В,Г). Как и ожидалось, YB-1 ингибирует трансляцию собственной мРНК (дорожки 1-5) сильнее, чем контрольной мРНК Luc. В случае же мРНК YB-1 AYB-1 (дорожки 6-10) негативное действие YB-1 гораздо слабее. Таким образом, мутации в YB-1-связывающих сайтах действительно привели к снижению ингибирующего действия YB-1 на трансляцию мРНК YB-1.

Если РАВР обладает прямым негативным действием на трансляцию мРНК YB-1, то мутации в YB-1-связывающих участках не должны повлиять на оказываемый им эффект. Если же позитивное действие РАВР заключается лишь в вытеснении негативного регулятора - YB-1, то мутации в YB-1-связывающих участках должны приводить к исчезновению позитивного действия РАВР. На рисунках 7А,Б представлены результаты трансляции в БСТ К(+)А(-) мРНК YB-1, мРНК YB-1 AYB-1 и контрольной мРНК Luc в присутствии увеличивающихся количеств РАВР. Как и ожидалось, в отличие от контрольной мРНК Luc РАВР стимулирует трансляцию исходной мРНК YB-1 (дорожки 1-4). Однако

стимулирующего действия РАВР не наблюдается на мРНК УВ-1 с мутациями в УВ-1 -связывающих участках - АУВ-1 (дорожки 5-8). Таким образом, РАВР не обладает прямым действием на трансляцию мРНК УВ-1.

Luc -VB-1-

О 100 200 300 400 500 РАВР, нг

100 200 300 400 500 600 YB-1, нг

Рис. 7. К(+)А(-) мРНК YB-1 WT, мРНК YB-1 AYB-I и мРНК Luc транслировали в БСТ объемом 10 мкл в присутствии увеличивающихся количеств РАВР (А, Б) или YB-1 (В, Г). [иС]-Туг-меченные продукты трансляции разделяли SDS-гель электрофорезом и детектировали радиоавтографией. (Б, Г) Относительные количества радиоактивности определяли с использованием Packard Cyclone Storage Phosphor System. Уровень трансляции каждой мРНК без добавления РАВР (Б) или YB-1 (Г) принимали за 100%. Значения определяли как минимум из трех независимых экспериментов. Тест Стьюдента использовали для определения статистической значимости различий между значениями уровня трансляции (Б) мРНК Luc и остальными мРНК-мРНК YB-1 WT и мРНК YB-1 AYB-1; (Г) мРНК YB-1 WT и остальными мРНК: мРНК YB-1 AYB-I и mPHKLhc. ***р<0.001, **р<0.01, *р<0.05, # и N.S. - незначимые различия.

Все полученные данные свидетельствуют в пользу того, что ключевым регулятором трансляции мРНК YB-1 является белок YB-1. Связываясь с регуляторным элементом в 3' НТО мРНК YB-1, он напрямую ингибирует ее трансляцию. Поли(А)-связывающий белок, вытесняющий YB-1 с регуляторного элемента, не обладает прямым действием на трансляцию мРНК YB-1. Его позитивное действие обусловлено лишь вытеснением негативного регулятора -YB-1.

2. Исследование механизмов специфического действия YB-1 и РАВР на трансляцию полиаденилированной мРНК YB-1

Все предыдущие эксперименты по изучению механизма регуляции трансляции мРНК проводились на неполиаденилированных (А(-)) мРНК. Такой подход позволяет наблюдать только за эффектом РАВР, взаимодействующего с 3' НТО, но не с поли(А)-хвостом. Однако, он не дает ответа на вопрос о том, как влияют белки YB-1 и РАВР на трансляцию полиаденилированной (А(+)) мРНК YB-1. Поэтому вторая часть данного исследования посвящена изучению механизма регуляции трансляции А(+) мРНК YB-1.

2.1. РАВР не стимулирует трансляцию полиаденилированной мРНК YB-1

Полиаденилированная мРНК YB-1 содержит два специфических сайта связывания РАВР: поли(А)-хвост и A-богатую последовательность в регуляторном элементе 3' НТО. Стоит отметить, что поли(А)-хвост является более сильным сайтом для связывания РАВР. В условиях недостатка РАВР, вероятнее всего, поли(А)-связывающий белок в первую очередь будет связываться с поли(А)-хвостом, а лишь потом с регуляторным элементом. Можно предположить, что появление более сильного сайта для связывания РАВР в мРНК YB-1 должно привести к снижению конкуренции между YB-1 и РАВР за регуляторный элемент, и, как следствие, А(+) мРНК YB-1 должна ингибироваться при более низких концентрациях YB-1 и стимулироваться при более высоких концентрациях РАВР.

Для проверки этого предположения К(+)А(-) и К(+)А50 мРНК YB-1 (рис. 8А,Г) или, в качестве контроля, мРНК GAPDH (рис. 8Б,Д) транслировали в БСТ в присутствии увеличивающихся количеств YB-1 (рис. 8А-В) или РАВР (рис. 8Г-Е).

Рисунки 8А-В демонстрируют эффект YB-1 на трансляцию. Как и ожидалось, мРНК YB-1, как А(-) (рис. 8А, дорожки 1-5), так и А50 (дорожки 210) ингибируются YB-1 сильнее, чем контрольные мРНК GAPDH (рис. 8В). Степень ингибирования А(+) и А(-) мРНК YB-1 одинакова, что отличается от ожидаемого результата. Отсутствие разницы в степени ингибирования может быть объяснено тем, что количество РАВР в системе трансляции достаточно для связывания как с поли(А)-хвостом, так и с регуляторным элементом в 3' НТО.

Рисунки 8Г-Е демонстрируют эффект РАВР на трансляцию. Как ожидалось, РАВР стимулирует трансляцию А(-) мРНК YB-1 (рис. 8Г,

дорожки 1-4), в то время как трансляция контрольных мРНК САР ОН (рис. 8Д) остается практически неизменной.

100 150 200 250 300 350 YB-1, НГ

1 2 3 4 5

1 2 3 4 5 6 7 8 GAPDH, A(-) GAPDH, А50

Рис. 8. К(+)А(-) и К(+)А50 мРНК YB-1 (А, Г) или мРНК GAPDH (Б, Д) транслировали в БСТ объемом 10 мкл в присутствии увеличивающихся количеств YB-1 (А, Б) или РАВР (Г, Д). [|4С]-Tyr-меченные продукты трансляции разделяли SDS-гель электрофорезом и детектировали радиоавтографией. (В, Е) Относительные количества радиоактивности определяли с использованием Packard Cyclone Storage Phosphor System. Уровень трансляции каждой мРНК без добавления YB-1 (В) или РАВР (Е) принимали за 100%. Значения определяли как минимум из трех независимых экспериментов. Тест Стьюдента использовали для определения статистической значимости различий между значениями уровня трансляции мРНК YB-1 А50 и остальными мРНК: мРНК YB-1 А(-), мРНК GAPDH А(-) и А50. ***р<0.001, **р<0.01, *р<0.05, # и N.S. - незначимые различия.

В зависимости от количества РАВР в лизате для А50 мРНК YB-1 можно было бы ожидать стимуляцию трансляции либо при тех же концентрациях

РАВР, либо при чуть более низких. Однако этого не наблюдается. Трансляция А50 мРНК YB-1 (рис. 8Г, дорожки 5-8) не зависит от добавления РАВР, так же как и трансляция контрольных мРНК GAPDH (рис. 8Е). Стоит отметить, что наблюдаемые различия в поведении А(-) и А50 мРНК YB-1 при добавлении РАВР не объясняются изменениями в стабильности мРНК.

Известно, что поли(А)-хвост и кэп являются энхансерами трансляции, причем в их действии наблюдается синегризм. Считается, что образование циклической структуры (поли(А)-РАВР-е1Р40-кэп) сближает концы мРНК, что облегчает рециклирование рибосом, и повышает сродство eIF4G к мРНК. Интересно, что в случае увеличения концентрации РАВР в лизате для мРНК YB-1 изменяется эффект от поли(А)-хвоста (рис. 8Г, 9А). В исходном лизате А(+) мРНК YB-1 транслируется лучше, чем А(-) мРНК. При добавлении РАВР в систему происходит снижение положительного действия поли(А)-хвоста, вплоть до ингибирования (рис. 9А). Таким образом, в некоторых системах с высоким содержанием поли(А)-связывающего белка для мРНК YB-1 поли(А)-хвост будет являться не энхансером трансляции, а ингибитором. В случае контрольной мРНК GAPDH различий в стимулирующем действии поли(А)-хвоста при добавлении РАВР не наблюдается (рис. 9Б).

Рис. 9. Обсчет результатов трансляции, представленной на рисунке 8А,Б для начальной (0 нг РАВР) и конечной точки (204 нг РАВР). Уровень трансляции неполиаденилированной мРНК YB-1 (А) и мРНК GAPDH (Б) принимали за 100%. Значения определяли как минимум из трех независимых экспериментов. Тест Стьюдента использовали для определения статистической значимости различий между величиной влияния поли(А)-хвоста на трансляцию в присутствии или отсутствие РАВР. *р<0.05, N.S. - незначимые различия.

Таким образом, YB-1 ингибирует трансляцию А(-) и А50 мРНК YB-1 одинаково, в то время как РАВР стимулирует трансляцию только А(-) мРНК YB-1, причем в лизатах с высоким содержанием РАВР может наблюдаться негативное действие поли(А)-хвоста на трансляцию мРНК YB-1.

2.2. Регуляторный элемент в 3' НТО мРНК YB-1 взаимодействует с

поли(А)-фрагментом в присутствии белков лизата ретикулоцитов

кролика

На основании полученных данных можно предположить, что в случае А(+) мРНК YB-1 образуется некая структура, которая не препятствует посадке YB-1 на регуляторный элемент, в то время как РАВР не может конкурировать с YB-1 за этот элемент. Одной из возможных структур может быть 3' концевая циклическая структура: регуляторный элемент - белки — поли(А)-хвост (рис. 10А). Образование подобной структуры в мРНК c-fos ранее было описано в литературе (Grosset et al., 2000).

Одним из доводов в пользу предложенной гипотезы может служить образование комплекса «регуляторный элемент - белки — поли(А)-фрагмент» (рис. 10Б). Для его обнаружения использовали метод замедления подвижности РНК в геле (Gel-shift). Схема эксперимента представлена на рисунке 10В. [32Р]-меченный поли(А)-фрагмент инкубировали с лизатом ретикулоцитов кролика для образования поли(А)-белковых комплексов в отсутствии или в присутствии немеченных РНК (регуляторного элемента (RE), контрольной РНК или полноразмерной 3' НТО мРНК YB-1 (рис. ЮГ, дорожки 4-5, 6-7, и 8-9, соответственно)). Полученные комплексы разделяли электрофорезом в неденатурирующем ПААГ и детектировали радиоавтографией. Об образовании поли(А)-белкового комплекса можно судить по изменению подвижности в геле радиоактивного поли(А)-фрагмента (рис. ЮГ, дорожки 1 и 2). Появление дополнительного сдвига при добавлении немеченой РНК может свидетельствовать об образовании тройного комплекса «РНК — белки -фрагмент поли(А)». На рисунке ЮГ виден сдвиг полосы поли(А)-белкового комплекса (дорожка 2) при добавлении немеченого регуляторного фрагмента (дорожка 4) и 3' НТО (дорожка 8), в то время как в контроле такого сдвига не наблюдается (дорожка 6).

Чтобы убедиться в наличии фрагментов мРНК YB-1 в полученных комплексах, реакционную смесь (после предварительной инкубации при 30°С) обрабатывали смесью рибонуклеаз А и Т1 (рис. ЮГ, дорожки 3, 5, 7 и 9), которые расщепляют гетерогенные полинуклеотидные последовательности (в нашем случае немеченую РНК), но не гидролизуют поли(А).

—| YB-1

)п

П-ПЛЛ

комплекс — поли (А)' белки - РНК

)п

эзы А, Т1)

(ММАА)п

_комплекс ( С^__)

поли (А)'- белки

,_свободный (АААААА)П

поли(А}* фрагмент

без РНК RE контроль з1 НТО Ret лизат - + + + + + + + + смесь РНКаз . + - + ■ ■ +

re_ з'нто,

свободный_

поли (А)' фрагмент

Рис. 10. (А) Схема предполагаемой 3' концевой циклической структуры. (Б) Схема предполагаемого комплекса «РНК - белки - поли(А)-фрагмент». (В) Схема эксперимента. На модели неденатурирующего ПААГ показаны предполагаемые подвижности радиоактивно-меченного поли(А)-фрагмента, комплекса «белки - поли(А)-фрагмент» и комплекса «РНК - белки - поли(А)-фрагмент». Кроме того, изображен переход комплекса «РНК - белки - поли(А)-фрагмент» в комплекс «белки - поли(А)-фрагмент» под действием рибонуклеаз А и Т1. (Г) [32Р]-меченный поли(А)-фрагмент длиной около 100 нт инкубировали в необработанном микрококковой нуклеазой ретикулоцитном лизате (1,5 мкл) 15 мин при 30 °С в отсутствие (дорожки 2, 3) или в присутствии 400 нг немеченых фрагментов РНК (ЯЕ - дорожки 4, 5; РНК длиной 100 нт-дорожки 6, 7 или 3' НТО мРНК УВ-1 - дорожки 8, 9). Затем комплексы разделяли электрофорезом в 3,6% ПААГ. Детекцию проводили радиоавтографией. Экспериментальные точки 3, 5, 7, 9 перед электрофоретическим разделением обрабатывали смесью рибонуклеаз (РНКаза А - 4 нг, РНКаза Т1 - 0,01 ед.) в течение 20 мин при 30 °С. (Д) [32Р]-меченный поли(А)-фрагмент длиной около 100 нт инкубировали с 240 нг РАВР 15 мин при 30 °С в отсутствие (дорожка 2) или в присутствии 90 и 450 нг немеченых фрагментов РНК (З'НТО - дорожки 3, 4 и И.Е — дорожки 5, 6), затем комплексы разделяли электрофорезом в 5% ПААГ. Детекцию проводили радиоавтографией. КЕ - регуляторный элемент З'НТО мРНК УВ-1.

После такой обработки подвижность комплексов (дорожки 5, 7, 9) совпадает с подвижностью поли(А)-белкового комплекса (дорожка 3). Это говорит о том, что наблюдаемый нами сдвиг полосы поли(А)-белкового комплекса при добавлении немеченых фрагментов мРНК YB-1 действительно обусловлен образованием комплексов «РНК - белки - фрагмент поли(А)». Таким образом, в присутствии белков лизата ретикулоцитов кролика регуляторный элемент в З'НТО мРНК YB-1 взаимодействует с экзогенным поли(А).

Из литературных данных известно, что РАВР может формировать димеры и мультимеры, которые, как предполагается, обеспечивают кооперативное связывание белка с поли(А)-хвостом (Kuhn and Pieler, 1996). Можно предположить, что для образования 3' концевой циклической структуры будет достаточно только РАВР (З'НТО-РАВР-РАВР-поли(А)).

Для проверки этого предположения также был использован метод Gel-shift (рис. 10Д). Реакционную смесь, содержащую [32Р]-меченный поли(А)-фрагмент, РАВР и возрастающие количества одного из немеченых фрагментов РНК (регуляторный элемент или З'НТО мРНК YB-1) инкубировали 15 мин при 30 °С для образования РНК-белковых комплексов, которые разделяли электрофорезом в ПААГ и детектировали радиоавтографией (рис. 10Д). Появление дополнительного сдвига при добавлении немеченой РНК может свидетельствовать об образовании комплекса «РНК - РАВР - РАВР - поли(А)-фрагмент». Однако, при добавлении как регуляторного элемента (рис. 10Д, дорожки 5-6), так и полноразмерной З'НТО мРНК YB-1 (дорожки 3-4) не происходит образование такого комплекса, а наблюдается лишь конкуренция за связывание с РАВР (полоса, соответствующая полосе исходного комплекса, исчезает, и появляются полосы, соответствующие более подвижным и менее насыщенным комплексам поли(А) с РАВР).

Таким образом, в присутствии белков лизата ретикулоцитов кролика регуляторный элемент в 3' НТО мРНК YB-1 взаимодействует с экзогенным поли(А), однако одного РАВР для такого взаимодействия недостаточно.

2.3. Влияние РАВР на трансляцию полиаденилированной мРНК YB-1 зависит от длины участка РНК между регуляторный элементом и поли(А)-хвостом

Можно предположить, что образование 3' концевой циклической структуры

на А(+) мРНК YB-1 препятствует посадке РАВР на регуляторный элемент, и, как

следствие, РАВР не будет стимулировать трансляцию такой мРНК. Если данное предположение верно, то укорочение участка РНК между регуляторным элементом и поли(А)-хвостом должно приводить к невозможности образования циклической структуры. В этом случае можно ожидать облегчения посадки РАВР на регуляторный элемент и, как следствие, стимуляцию трансляции как полиаденилированной, так и неполиаденилированной мРНК под действием РАВР.

Для проверки предложенной гипотезы были получены К(+)А(-) и К(+)А50 мРНК УВ-1 с различной длиной З'НТО: (1) с полноразмерной 3' НТО (ЖГ); (2) с укороченной 3' НТО (Л329); (3) с 3' НТО, в которой удаленная последовательность была заменена на неспецифическую последовательность примерно той же длины {А1329+250). Схемы полученных мРНК представлены на рисунке 11 А. Эти мРНК транслировали в БСТ из ретикулоцитов кролика в присутствии увеличивающихся количеств РАВР (рис. 11Б-Ж).

В случае исходной мРНК УВ-1 \УТ (рис. 11Б,В) стимуляция под действием РАВР наблюдается только для А(-) мРНК (ср. дорожки 1-4 с дорожками 5-8). В случае мРНК УВ-1 А1329 с укороченным 3' НТО (рис. 11Г,Д), как и ожидалось, РАВР стимулирует трансляцию как А(-) (дорожки 1-4), так и А(+) мРНК (дорожки 5-8). Влияние РАВР на трансляцию мРНК УВ-1 А1329+250 (рис. 11Е,Ж) такое же, как и в случае исходной мРНК: А(-) мРНК (дорожки 1-4) стимулируется РАВР, а А(+) мРНК не стимулируется (дорожки 5-8).

Таким образом, влияние РАВР на трансляцию полиаденилированной мРНК УВ-1 зависит от длины участка РНК между регуляторным элементом и поли(А)-хвостом, что свидетельствует в пользу гипотезы об образовании 3' концевой циклической структуры на мРНК УВ-1.

YB-1 мРНК |_p

5HT0

YB-1 мРНК |_Г~

W329) 5Ж)

YB-1 мРНК |_Г"

(Д1329+250)

кодирующая область

Ц - сайт специфического связывания УВ-1 I I - сайт специфического связывания РАВР /ч/\- неспецифическая последовательность

1097 1127 1204

1097 1127 1204 1329 З'НТО

1097 1127 1204 1329

зито

УВ-1 Ы, А(-)

1 2 3 4 5 6 7

УВ-1 А1329, А(-) YB-1 А1329. А50

1 2 3 4 5 6 7

УВ-1 Л1329+250, А<-) УВ-1 /¡1329*250, А50

0 50 100 150 200 250 РАВР, нг

50 100 150 200 250 РАВР. нг

1 2 3 4 5

О 50 100 150 200 250 РАВР.НГ

Рис. 11. (А) Схема исходной мРНК YB-1 (WT) и мРНК YB-1 с измененными З'НТО. (Б-Ж) К(+)А(-) и К(+)А50 мРНК YB-1 WT (Б, В), мРНК УВ-1 А1329 (Г, Д) или мРНК YB-1 А1329+250 (Е, Ж) транслировали в БСТ объемом Юмкл в присутствии увеличивающихся количеств РАВР. [,4С]-Tyr-меченные продукты трансляции разделяли SDS-гель электрофорезом и детектировали радиоавтографией. (В, Д, Ж) Относительные количества радиоактивности определяли с использованием Packard Cyclone Storage Phosphor System. Уровень трансляции каждой мРНК без добавления РАВР принимали за 100%. Значения определяли как минимум из трех независимых экспериментов. Тест Стьюдента использовали для определения статистической значимости различий между значениями уровня трансляции неполиаденилированной и полиаденилированной мРНК (для каждой пары отдельно) ***р<0.001, **р<0.01, *p<0.05,N.S.- незначимые изменения.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Данная работа посвящена изучению молекулярного механизма регуляции трансляции мРНК YB-1. Ранее в 3' нетранслируемой области этой мРНК была обнаружена последовательность, названная регуляторным элементом. С этой последовательностью конкурентно связываются два мажорных белка мРНП: YB-1 и РАВР. Эти белки обладают противоположным действием на трансляцию А(-) мРНК YB-1. В данной работе было показано, что найденный ранее регуляторный элемент в 3' НТО мРНК YB-1 действительно строго необходим для регуляции трансляции А(-) мРНК YB-1 под действием YB-1 и РАВР. Установлено, что только один из двух белков — YB-1 — оказывает прямое негативное действие на трансляцию мРНК YB-1. Позитивное действие РАВР на трансляцию А(-) мРНК YB-1 обусловлено вытеснением негативного регулятора - YB-1 - из комплекса с регуляторным элементом мРНК YB-1.

Специфическое негативное действие YB-1 наблюдается и на А(+) мРНК YB-1, в то время как влияние РАВР на трансляцию полиаденилированной и неполиаденилированной мРНК YB-1 различается. В отличие от А(-), А(+) мРНК YB-1 не стимулируется РАВР. Стоит отметить, что при высоком содержании РАВР для мРНК YB-1 может наблюдаться негативный эффект от поли(А)-хвоста. Одним из возможных объяснений этого необычного явления может быть образование на 3' конце минициклической структуры (поли (А) — белки -регуляторный элемент), препятствующей дополнительной посадке РАВР на регуляторный элемент. В пользу данного предположения свидетельствует тот факт, что экзогенный поли(А)-фрагмент может взаимодействовать с 3' НТО мРНК YB-1 в присутствии белков лизата ретикулоцитов кролика. Белки, участвующие в этом взаимодействии, еще предстоит идентифицировать. Кроме того, было показано, что влияние РАВР на трансляцию А(+) мРНК YB-1 зависит от длины участка РНК между регуляторным элементом и поли(А)-хвостом, что также может свидетельствовать в пользу предложенной гипотезы. Можно предположить, что в зависимости от набора и количества белков может наблюдаться ситуация, когда А(-) мРНК YB-1 будет транслироваться гораздо лучше, чем А(+) мРНК.

РАВР-зависимая активация трансляции А(-) мРНК YB-1 может быть очень

важна в условиях тотального деаденилирования мРНК, которое наблюдается в

раннем эмбриональном развитии, при формировании долговременной памяти, а

также в условиях ДНК-повреждающего стресса (Zhang et al., 2010). При

деаденилировании трансляционная активность большинства мРНК падает. Они

выходят из полисом и сохраняются в форме свободных нетранслируемых мРНП, в которых мРНК защищена от действия экзорибонуклеаз. Такие мРНК могут снова использоваться после их цитоплазматического полиаденилирования. Для формирования этих частиц требуется доупаковка мРНК белком YB-1. Это обуславливает необходимость продолжения более активного синтеза YB-1 в условиях деаденилирования мРНК (Evdokimova et al., 2001).

В последнее время в литературе широко обсуждается альтернативное 3' концевое обрезание и полиаденилирование мРНК-предшественника, в ходе которого образуются мРНК с более короткой 3' НТО, и роль этого явления в раковой трансформации, дифференцировке и пролиферации клеток (Giammartino et al., 2011; Proudfoot, 2011). Биоинформатическими методами было показано, что предпочтение в использовании проксимальных и дистальных сигналов обрезания предшественников мРНК и их последующего полиаденилирования зависит от ткани. Так например, в плаценте, сетчатке глаза и крови чаще используются проксимальные сигналы (синтезируются мРНК с более короткой 3' НТО), а в мозге (где находятся практически не пролиферирующие клетки), наоборот, дистальные (Wang et al., 2008; Zhang et al., 2005). Программа PolyApred (http://www.imtech.res.in/raghava/polyapred/) предсказывает в 3' НТО мРНК YB-1 два альтернативных сигнала обрезания и полиаденилирования (1313-1318 и 1335-1341нт). Можно предположить, что использование альтернативного сигнала полиаденилирования для мРНК YB-1 приведет к невозможности образования 3' концевой циклической структуры и, как следствие, к стимуляции трансляции данной мРНК поли(А)-связывающим белком, что может отразиться на количестве YB-1 в клетке.

Известно, что негативная авторегуляция трансляции РАВР осуществляется за счет специфического связывания РАВР с 5' НТО собственной мРНК (de Meló Neto et al., 1995). В совокупности данная регуляторная система - авторегуляции YB-1 и РАВР и позитивная регуляция трансляции мРНК YB-1 под действием РАВР — может поддерживать концентрацию YB-1 и РАВР и их соотношение в клетке на уровне, оптимальном для трансляции большинства клеточных мРНК, и быстро реагировать на изменения в количестве вновь синтезируемой мРНК. Это особенно актуально для активно делящихся клеток, в которых интенсивно протекают процессы как транскрипции, так и трансляции. Можно предположить, что для таких клеток использование альтернативного сигнала обрезания/полиаденилирования в мРНК YB-1 предпочтительнее. В случае же медленно делящихся клеток транскрипция идет в них не столь активно и,

возможно, тонкая регуляция оптимального соотношения УВ-1 и РАВР в этих условиях не так важна. На данный момент есть очень мало экспериментально проверенных примеров альтернативного обрезания/полиаденилирования. Однако изучение данного способа регуляции может помочь в понимании механизмов регуляции дифференцировки, пролиферации клеток и раковой трансформации.

ВЫВОДЫ

В бесклеточной системе трансляции из ретикулоцитов кролика показано,

что

1. Регуляторный элемент в 3'НТО неполиаденилированной мРНК УВ-1 строго необходим для негативной регуляции трансляции этой мРНК под действием УВ-1 и позитивной под действием РАВР.

2. УВ-1 обладает прямым негативным действием на трансляцию мРНК УВ-1, в то время как позитивный эффект РАВР обусловлен вытеснением УВ-1 с регуляторного элемента.

3. Фрагмент мРНК УВ-1 с регуляторным элементом образует комплекс с поли(А)-фрагментом в присутствии белков лизата ретикулоцитов кролика.

4. Влияние РАВР на трансляцию полиаденилированной мРНК УВ-1 зависит от длины участка РНК между регуляторным элементом и поли(А)-хвостом. Трансляция полиаденилированной мРНК УВ-1 с укороченным спейсером стимулируется РАВР, в то время, как трансляция полноразмерной мРНК или мРНК с заменой удаленного участка на неспецифическую последовательность не стимулируется поли(А)-связывающим белком.

5. На основании полученных данных предложена модель регуляции трансляции полиаденилированной мРНК УВ-1 за счет образования 3' концевой циклической структуры, препятствующей позитивному действию РАВР на трансляцию этой мРНК.

СПИСОК ПУБЛИКАЦИЙ

Статьи в реферируемых журналах и периодических сборниках:

1 Eliseeva, I.A., Kim, E.R., Guryanov, S.G., Ovchinnikov, L.P., and Lyabin, D. N. (2011). Y-box-binding Protein 1 (YB-1) and Its Functions. Biochemistry (Moscow) 76, 13, 1402-1433.

2 Елисеева И.А., Ким E.P., Гурьянов С.Г., Овчинников Л.П.. Лябин Д.Н. (2011) Y-бокс-связывающий белок (YB-1) и его функции. Успехи биол. химии т. 51, 65-132.

3 Lyabin, D.N., Eliseeva I.A., Skabkina, O.V. and Ovchinnikov L.P. (2011). Interplay between Y-box-binding protein 1 (YB-1) and poly(A) binding protein (PABP) interplay in specific regulation of YB-1 mRNA translation. RNA Biology 8, 5, 883-892.

4 Pestryakov P., Zharkov D.O., Grin I., Fomina E.E., Kim E.R., Hamon L., Eliseeva I. A., Petruseva I.O., Curmi P.A., Ovchinnikov L.P. and Lavrik O.I. (2012). Effect of the multifunctional proteins RPA, YB-1, and XPC repair factor on AP site cleavage by DNA glycosylase NEIL1. J Mol Recognition 25, 4,224-233.

5 Моисеева Н.И., Стромская Т.П., Рыбалкина Е.Ю., Вайман A.B., Малышкина М.А., Ким Е.Р., Елисеева И.А., Кулаковский И.В., Овчинников Л.П., Ставровская A.A. (2012). Влияние внеклеточного белка YB-1 на культивируемые клетки опухолей молочной железы. Биологические мембраны 29, 5, 340-348.

Тезисы научных конференций:

6 Lyabin, D.N., Eliseeva, I.A., Skabkina, O.V., and Ovchinnikov, L.P. (2010). YB-1 - PABP interplay in specific regulation of YB-1 mRNA translation. In: Transational Control, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, New York, p. 79.

7 Lyabin, D.N., Eliseeva, I.A., Skabkina, O.V. and Ovchinnikov, L.P. (2010). YB-1-PABP interplay in specific regulation of YB-1 mRNA translation. In: Biopolymers and cell, Vol.26, N3, p.244. (Ill International meeting «Early events in Human Pathologies», Barbizon, France).

8 Елисеева И.А., Лябин Д.Н., Овчинников Л.П. (2009). Исследование механизма ингибирования трансляции мРНК YB-1 при ее полиаденилировании. В сборнике тезисов: «Биология наука XXI века», Пущино, Россия, стр. 14.

9 Eliseeva, I., Lyabin, D., Ovchinnikov, L. (2009). On the Mechanism of YB-1 mRNA translation by polyadenilation. In: Protein Synthesis and Translational Control, EMBL Heidelberg, Germany, p. 120.

10 Елисеева И.А., Лябин Д.Н., Скабкина O.B., Овчинников Л.П. (2008). Молекулярный механизм избирательного ингибирования трансляции мРНК YB-1 при ее полиаденилировании. В книге: «IV съезд Российского общества биохимиков и молекулярных биологов» 11-15 мая 2008 г. Новосибирск, стр. 79 (№ 111).

11 Лябин Д.Н., Скабкина О.В., Скабкин М.А., Елисеева И.А., Овчинников Л.П. (2008). Регуляция трансляции мРНК YB-1. В книге: «IV съезд Российского общества биохимиков и молекулярных биологов» 11-15 мая 2008 г. Новосибирск, стр. 96 (№ 146).

12 Lyabin, D.N., Eliseeva, I.A., Skabkina, O.V. and Ovchinnikov, L.P. (2007). A mechanism of negative regulation of YB-1 mRNA translation by poly(A) tail. In: Protein Synthesis and Translational Control, EMBL Heidelberg, Germany, p. 186.

13 Lyabin, D.N., Eliseeva, I.A., Skabkina, O.V. and Ovchinnikov, L.P. (2007). Regulation of YB-1 mRNA Translation. In: Protein Biosynthesis, Structure and Function, Pushchino, Russia, p. 16.

14 Lyabin, D.N., Eliseyeva, I.A., Skabkina, O.V., and Ovchinnikov, L.P. (2006). The Negative Effect of Poly(A) Tail on YB-1 mRNA Translation. In: Translational Control, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, New York, p.199.

15 Lyabin, D.N., Skabkina, O.V., Eliseyeva, I.A., and Ovchinnikov, L.P. (2006). The Specific regulation of YB-1 mRNA translation by 3'UTR and the poly(A) tail. In: RNA - Protein Interactions. Program and Abstracts, Moscow Region, Russia, p. 35.

16 Lyabin, D.N., Eliseyeva, I.A., Skabkina, O.V., and Ovchinnikov, L.P. (2006). The Negative Effect of Poly(A) Tail on YB-1 mRNA Translation. In: RNA - Protein Interactions. Program and Abstracts, Moscow Region, Russia, p. 72.

Подписано в печать 10.10.2012 г. Печать лазерная цифровая Тираж 100 экз.

Типография Aegis-Print 115230, Москва, Варшавское шоссе, д. 42 Тел.: 8 (495) 785-00-38, 8 (926) 850-53-16 www.autoref.ae-print.ru

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Елисеева, Ирина Александровна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1. Структура и функции Y-бокс-связывающего белка YB-1.

1.1. Структура, доменная организация.

1.2. Особенности взаимодействия YB-1 с другими молекулами.

1.3. Функции YB-1 в ядре.

1.4. Функции YB-1 в цитоплазме.

1.5. Внеклеточные функции YB-1.

1.6. Регуляция синтеза и активности YB-1.

1.7. Участие YB-1 в эмбриональном развитии и онкологических заболеваниях

2. Структура и функции поли(А)-связывающего белка РАВРС1.

2.1. Структура, доменная организация и взаимодействие с другими молекулами.

2.2. Функции.

2.3. Регуляция синтеза и активности РАВР.

3. Участие 3' НТО в трансляции.

3.1. Регуляция с участием белков, взаимодействующих с 3' НТО.

3.2. Регуляция трансляции микрорегуляторными РНК, специфически связывающимися с 3' НТО.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

1. Плазмидные конструкции, использованные в работе.

2. Методы работы с ДНК.

2.1. Полимеразная цепная реакция (ПЦР).

2.2. Трансформация Escherichia coli плазмидной ДНК.

2.3. Выделение плазмидной ДНК из Escherichia coli.

2.4. Обработка плазмиды рестриктазой.

2.5. J1 игирование Т4 ДНК лигазой.

2.6. Получение меченого фрагмента кДНК (ДНК-зонда) для Northen-блота.

2.7. Электрофорез ДНК в геле агарозы.

3. Методы работы с РНК.

3.1. Синтез РНК in vitro.

3.2. Дефосфорилирование РНК.

3.3. Мечение РНК по 5' концу Т4 полинуклеотид киназой.

3.4. Получение РНК, биотинилированной по 3' концу.

3.5. Получение суммарной РНК из лизата ретикулоцитов кролика.

3.6. Получение суммарной РНК из клеток HeLa.

3.7. Получение суммарной кДНК.

3.8. Получение поли(А)-фрагмента.

3.9. Выделение РНК из полиакриламидного геля.

3.10. Определение стабильности мРНК (Northern-блот).

3.11. Электрофорез РНК в полиакриламидном нативном геле.

3.12. Электрофорез РНК в полиакриламидном геле в присутствии мочевины

3.13. Электрофорез РНК в геле агарозы в денатурирующих условиях.

4. Методы работы с белками.

4.1. Выделение рекомбинантного РАВР.

4.2. Выделение рекомбинантного YB-1.

4.3. Выделение рекомбинантных GST и GST-Paip2.

4.4. Обеднение ретикулоцитного лизата по РАВР.

4.5. Электрофорез белков в полиакриламидном геле в присутствии додецилсульфата натрия.

4.6. Иммуноблоттинг (Western-блот).

5. РНК-белковые методы.

5.1. Метод задержки в геле (гель-шифт).

5.2. Связывание на нитроцеллюлозных фильтрах.

5.3. Ковалентные сшивки под действием ультрафиолета (УФ-сшивки).

5.4. Выделение белков на биотинилированную РНК.

5.5. Бесклеточная система трансляции (БСТ) из ретикулоцитов кролика.

РЕЗУЛЬТАТЫ.

1. Исследование механизмов специфического действия YB-1 и РАВР на трансляцию А(-) мРНК YB-1.

1.1. Регуляторный элемент необходим для специфической регуляции трансляции мРНК YB-1 под действием YB-1 и РАВР.

1.2. YB-1 ингибирует, а РАВР не влияет на трансляцию мРНК YB-1 с удаленным сайтом связывания РАВР.

1.3. YB-1 и РАВР не влияют на трансляцию мРНК YB-1 с удаленным сайтом связывания YB-1.

1.4. YB-1 ингибирует, а РАВР не влияет на трансляцию мРНК YB-1 с разделенными сайтами связывания РАВР и YB-1.

2. Исследование механизмов специфического действия YB-1 и РАВР на трансляцию полиаденилированной мРНК YB-1.

2.1. Полиаденилирование мРНК YB-1 стимулирует ее трансляцию в лизате ретикулоцитов кролика.

2.2. Полиаденилирование мРНК YB-1 не изменяет набора белков, сшивающихся с 3' НТО мРНК YB-1 в лизате ретикулоцитов кролика.

2.3. YB-1 ингибирует трансляцию А(+) так же как и А(-) мРНК YB-1.

2.4. РАВР не стимулирует трансляцию полиаденилированной мРНК YB-1 в лизате ретикулоцитов кролика.

2.5. В условиях недостатка РАВР трансляция как А(-), так и А50 мРНК YB-1 зависит от количества РАВР.

2.6. Регуляторный элемент в 3' НТО мРНК YB-1 взаимодействует с поли(А)-фрагментом в присутствии белков лизата ретикулоцитов кролика.

2.7. Влияние РАВР на трансляцию полиаденилированной мРНК YB-1 зависит от длины участка РНК между регуляторным элементом и поли(А)-хвостом.

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.

1. Роль YB-1 и РАВР в регуляции трансляции неполиаденилированной мРНК YB-1.

2. Возможные механизмы действия YB-1 и РАВР на трансляцию полиаденилированной мРНК YB-1.

3. Регуляция трансляции мРНК YB-1 и ее место в общей регуляции белкового синтеза.

ВЫВОДЫ.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Действие белков YB-1 и РАВР на трансляцию полиа(-) и полиа(+)мРНК YB-1"

Многофункциональный Y-бокс-связывающий белок 1 (YB-1) - это ДНК- и РНК-связывающий белок с эволюционно консервативным доменом холодового шока. YB-1 принимает участие во многих клеточных процессах, включая пролиферацию, дифференцировку и ответ на стрессовые воздействия (Eliseeva et al.,

2011). Нокаут гена YB-1 приводит к нарушениям эмбрионального развития и пренатальной гибели животных (Lu et al., 2005; Uchiumi et al, 2006). Участие YB-1 в широком спектре внутри- и внеклеточных процессов объясняется, прежде всего, его уникальной способностью взаимодействовать как с ДНК и РНК, так и с различными белками (Eliseeva et al., 2011; Скабкин и др., 2004). Связываясь с поврежденной ДНК, YB-1 принимает участие в репарации ДНК (Guay et al., 2008 b; Pestryakov et al., 2012). Связываясь с определенными нуклеотидными последовательностями в промоторах генов, YB-1 позитивно или негативно регулирует транскрипцию генов, продукты которых участвуют в делении клеток, апоптозе, иммунном ответе, развитии множественной лекарственной устойчивости и др. (Kohno et al., 2003; Eliseeva et al., 2011).

YB-1 взаимодействует с мРНК на всех этапах ее биогенеза и функционирования (Dong et al., 2009; Evdokimova et al., 2006; Skabkin et al., 2004; Svitkin et al., 2009). В ядре он участвует в регуляции альтернативного сплайсинга пре-мРНК (Chansky et al., 2001; Raffetseder et al, 2003). В цитоплазме упаковывает мРНК в мРНП, регулирует ее трансляционную активность, стабильность и взаимодействие с актиновым и тубулиновым цитоскелетами (Chernov et al., 2008 b; Davydova et al., 1997; Evdokimova et al., 2001; Ruzanov et al., 1999; Skabkin et al., 2004). Считается, что YB-1 может регулировать функциональную активность мРНК как напрямую, связываясь со специфическими нуклеотидными последовательностями (Giorgini et al., 2001; Skabkina et al., 2005), так и опосредованно. Во втором случае YB-1 за счет своей РНК-шаперонной активности помогает мРНК образовать правильную вторичную структуру, необходимую для узнавания другими регуляторными белками (Skabkin et al., 2001).

Принимая во внимание, что YB-1 участвует в регуляции многих клеточных процессов, следует ожидать, что его количество строго контролируется. Было показано, что регуляция содержания YB-1 к клетке осуществляется как на уровне транскрипции (Shiota et al., 2008; Yokoyama et al., 2003 b) и трансляции (Fukuda et al, 2004; Hsieh et al, 2012; Kato et al, 2010; Skabkina et al, 2003, 2005; Thoreen et al,

2012), так и за счет изменения стабильности белка (Chibi et al., 2008; Lutz et al, 2006; Sorokin et al, 2005).

Ранее в нашей лаборатории было показано, что специфическая регуляция синтеза YB-1 может происходить под действием двух мажорных белков мРНП: YB-1 и поли(А)-связывающего белка РАВР. YB-1 избирательно ингибирует трансляцию неполиаденилированной (А(-)) мРНК УВ-1 (авторегуляция) при сравнительно низких концентрациях этого белка, оптимальных для трансляции большинства других клеточных мРНК. РАВР, наоборот, стимулирует трансляцию этой мРНК. Как ингибирование под действием УВ-1, так и стимуляция под действием РАВР наблюдаются на стадии инициации трансляции, на этапе присоединения к мРНК УВ-1 438-преинициаторного комплекса или на предыдущем этапе взаимодействия мРНК с факторами инициации трансляции (БкаЫапа et а1, 2003, 2005). С другой стороны, в 3' нетранслируемой области (НТО) мРНК УВ-1 была обнаружена нуклеотидная последовательность с повышенным сродством к УВ-1 и РАВР. Было показано, что сайты связывания двух белков на этой последовательности перекрываются, а белки УВ-1 и РАВР конкурируют за связывание с ней. Кроме того, было обнаружено, что фрагмент мРНК УВ-1 с этой последовательностью ингибирует трансляцию мРНК УВ-1, а также других мРНК на стадии инициации. Эта нуклеотидная последовательность была названа регуляторным элементом.

Тем не менее, механизмы регуляции трансляции мРНК УВ-1 все еще изучены недостаточно. Данная работа посвящена дальнейшему изучению молекулярных механизмов регуляции трансляции мРНК УВ-1. Для этого были поставлены следующие экспериментальные задачи:

1) выяснить, действительно ли регуляторный элемент (1127-1204 нт) в 3' НТО А(-) мРНК УВ-1 строго необходим для регуляции трансляции под действием УВ-1 и РАВР;

2) выяснить, оказывает ли УВ-1 прямое негативное действие на трансляцию А(-) мРНК УВ-1;

3) выяснить, оказывает ли РАВР прямое позитивное действие на трансляцию А(-) мРНК УВ-1\

4) изучить как влияют УВ-1 и РАВР на трансляцию полиаденилированной (А(+)) мРНК УВ-1\

5) проверить, взаимодействует ли регуляторный элемент в 3' НТО мРНК УВ-1 с поли(А)-фрагментом;

6) выяснить, как зависит влияние РАВР на трансляцию А(+) мРНК УВ-1 от длины и нуклеотидной последовательности участка РНК между регуляторным элементом и поли(А)-хвостом (1329-1503нт).

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

В первых двух разделах литературного обзора будут рассмотрены вопросы функционирования двух мажорных белков цитоплазматических мРНП, принимающих участие в регуляции трансляции мРНК YB-1: YB-1 и РАВР. Поскольку наибольший интерес для данной диссертации представляют сведения об участии этих белков в регуляции трансляции, основное внимание будет уделено именно этим функциям. В третьей части обзора литературы будут обсуждаться механизмы регуляции инициации трансляции, в которых принимает участие 3' нетранслируемая область мРНК.

Заключение Диссертация по теме "Молекулярная биология", Елисеева, Ирина Александровна

выводы

В бесклеточной системе трансляции из ретикулоцитов кролика показано, что

1. Регуляторный элемент в 3' НТО неполиаденилированной мРНК УВ-1 строго необходим для негативной регуляции трансляции этой мРНК под действием УВ-1 и позитивной под действием РАВР.

БЛАГОДАРНОСТИ

В заключение я приношу слова благодарности всем, кто помогал мне в данной работе. В первую очередь, я признательна Льву Павловичу Овчинникову за предоставленную возможность выполнить данную работу в лаборатории регуляции биосинтеза белка, а также за поддержку, помощь, проявленное внимание и дельные советы.

Безмерно благодарна Дмитрию Лябину, моему «микрошефу», за чуткость, доброту, понимание, помощь в овладении множеством экспериментаторских навыков.

Спасибо Вячеславу Адамовичу Колбу за внимание к моей работе, ценные советы и конструктивную критику.

Огромное спасибо Кате Ким, Насте Селютиной, Диме Кретову, Саше Доронину, Даше Мордовкиной, Лире Нигматтулиной, Эльвире Мавлявиевой, Сергею Гурьянову, Максиму Скабкину, Ольге Скабкиной, Диме Полякову, Насте Ишутиновой за практическое и моральное содействие, за готовность всегда прийти на помощь и за создание дружеской атмосферы в лаборатории.

Отдельные слова благодарности хочется произнести в адрес Елены Алексеевны Соболевой и Нины Михайловны Гришиной за техническую помощь, их незаменимый труд и создание уюта в лаборатории.

Отдельное спасибо Евгении Викторовне Серебровой за неоценимую помощь в написании статей, автореферата и диссертационной работы.

А также, огромное спасибо хочется сказать всем моим близким и родным людям: Ване Кулаковскому, Ане Елисеевой, Татьяне Владимировне Кулаковской, Ренате Александровне Кулаковской, Кате Кулаковской, Александр Прокопьевич и Валентине Николаевне Елисеевой за поддержку во время выполнения и написания этой работы.

Благодарю также всех сотрудников Института белка РАН, с которыми я общалась, а также моих друзей и коллег за веру в мою работу и задушевные разговоры.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Елисеева, Ирина Александровна, Пущино

1. Скабкин МА, Скабкина OB, and Овчинников ЛП. (2004). Мультифункциональные белки с доменом холового шока в регуляции экспрессии генов. Успехи биол. химии 44: 3-52.

2. Скабкина ОВ, Скабкин МА, Лябин ДН, and Овчинников ЛП. (2004). Мажорный белок цитоплазматических мРНП p50/YB-l регулирует свой синтез. Докл. АН 359: 548-550.

3. Abaza I, Coll О, Patalano S, and Gebauer F. (2006). Drosophila UNR is required for translational repression of male-specific lethal 2 mRNA during regulation of X-chromosome dosage compensation. Genes Dev 20: 380-9.

4. Ansari SA, Safak M, Gallia GL, Sawaya BE, Amini S, and Khalili K. (1999). Interaction of YB-1 with human immunodeficiency virus type 1 Tat and TAR RNA modulates viral promoter activity. The Journal of General Virology 80 Pt 10: 26292638.

5. Arif A, Jia J, Moodt RA, DiCorleto PE, and Fox PL. (2011). Phosphorylation of glutamyl-prolyl tRNA synthetase by cyclin-dependent kinase 5 dictates transcript-selective translational control. Proc Natl Acad Sci USA 108: 1415-20.

6. Arnold MM, Brownback CS, Taraporewala ZF, and Patton JT. (2012). Rotavirus Variant Replicates Efficiently Although Encoding An Aberrant NSP3 That Fails to Induce Nuclear Localization of Poly-A Binding Protein. J Gen Virol.

7. Ashizuka M, Fukuda T, Nakamura T, Shirasuna K, Iwai K, Izumi H, et al. (2002). Novel translational control through an iron-responsive element by interaction of multifunctional protein YB-1 and IRP2. Molecular and Cellular Biology 22: 63756383.

8. Astanehe A, Finkbeiner MR, Hojabrpour P, To K, Fotovati A, Shadeo A, et al. (2009). The transcriptional induction of PIK3CA in tumor cells is dependent on the oncoprotein Y-box binding protein-1. Oncogene 28: 2406-2418.

9. Astanehe A, Finkbeiner MR, Krzywinski M, Fotovati A, Dhillon J, Berquin IM, et al. (2012). MKNK1 is a YB-1 target gene responsible for imparting trastuzumab resistance and can be blocked by RSK inhibition. Oncogene.

10. Bader AG, Felts KA, Jiang N, Chang HW, and Vogt PK. (2003). Y box-binding protein 1 induces resistance to oncogenic transformation by the phosphatidylinositol 3-kinase pathway. Proc Natl Acad Sci USA 100: 12384-12389.

11. Bader AG, and Vogt PK. (2005). Inhibition of protein synthesis by Y box-binding protein 1 blocks oncogenic cell transformation. Molecular and Cellular Biology 25: 2095-2106.

12. Bader AG, and Vogt PK. (2008). Phosphorylation by Akt disables the anti-oncogenic activity of YB-1. Oncogene 27: 1179-1182.

13. Baer BW, and Kornberg RD. (1983). The protein responsible for the repeating structure of cytoplasmic poly(A)-ribonucleoprotein. J Cell Biol 96: 717-21.

14. Bag J, and Wu J. (1996). Translational control of poly(A)-binding protein expression. Eur JBiochem 237: 143-52.

15. Bag J. (2001). Feedback inhibition of poly(A)-binding protein mRNA translation. A possible mechanism of translation arrest by stalled 40 S ribosomal subunits. J Biol Chem 276: 47352-60.

16. Barends S, Bink HHJ, van den Worm SHE, Pleij CWA, and Kraal B. (2003). Entrapping ribosomes for viral translation: tRNA mimicry as a molecular Trojan horse. Cell 112: 123-9.

17. Barnard DC, Ryan K, Manley JL, and Richter JD. (2004). Symplekin and xGLD-2 are required for CPEB-mediated cytoplasmic polyadenylation. Cell 119: 641-51.

18. Basaki Y, Hosoi F, Oda Y, Fotovati A, Maruyama Y, Oie S, et al (2007). Akt-dependent nuclear localization of Y-box-binding protein 1 in acquisition of malignant characteristics by human ovarian cancer cells. Oncogene 26: 2736-2746.

19. Basaki Y, Taguchi K-I, Izumi H, Murakami Y, Kubo T, Hosoi F, et al (2010). Y-box binding protein-1 (YB-1) promotes cell cycle progression through CDC6-dependent pathway in human cancer cells. European Journal of Cancer 46: 954-965.

20. Bazzini AA, Lee MT, and Giraldez AJ. (2012). Ribosome profiling shows that miR-430 reduces translation before causing mRNA decay in zebrafish. Science 336: 233-7.

21. Benoit P, Papin C, Kwak JE, Wickens M, and Simonelig M. (2008). PAP- and GLD-2-type poly(A) polymerases are required sequentially in cytoplasmic polyadenylation and oogenesis in Drosophila. Development 135: 1969-79.

22. Berlanga JJ, Baass A, and Sonenberg N. (2006). Regulation of poly(A) binding protein function in translation: Characterization of the Paip2 homolog, Paip2B. RNA 12: 1556-68.

23. Besse F, Lopez de Quinto S, Marchand V, Trucco A, and Ephrussi A. (2009). Drosophila PTB promotes formation of high-order RNP particles and represses oskar translation. Genes Dev 23: 195-207.

24. Bhattacharyya SN, Habermacher R, Martine U, Closs EI, and Filipowicz W. (2006). Relief of microRNA-mediated translational repression in human cells subjected to stress. Cell 125: 1111-24.

25. Blagden SP, Gatt MK, Archambault V, Lada K, Ichihara K, Lilley KS, et al (2009). Drosophila Larp associates with poly(A)-binding protein and is required for male fertility and syncytial embryo development. Dev Biol 334: 186-97.

26. Blobel G. (1972). Protein tightly bound to globin mRNA. Biochemical and Biophysical Research Communications 47: 88—95.

27. Bommert KS, Effenberger M, Leich E, Kiispert M, Murphy D, Langer C, et al. (2012). The feed-forward loop between YB-1 and MYC is essential for Multiple Myeloma cell survival. Leukemia.

28. Bonderoff JM, Larey JL, and Lloyd RE. (2008). Cleavage of poly(A)-binding protein by poliovirus 3C proteinase inhibits viral internal ribosome entry site-mediated translation. J Virol 82: 9389-99.

29. Bouvet P, Matsumoto K, and Wolffe AP. (1995). Sequence-specific RNA recognition by the Xenopus Y-box proteins. An essential role for the cold shock domain. The Journal of Biological Chemistry 270: 28297-28303.

30. Braat AK, Yan N, Arn E, Harrison D, and Macdonald PM. (2004). Localization-dependent oskar protein accumulation; control after the initiation of translation. Dev Cell 7: 125-31.

31. Bradrick SS, Dobrikova EY, Kaiser C, Shveygert M, and Gromeier M. (2007). Poly(A)-binding protein is differentially required for translation mediated by viral internal ribosome entry sites. RNA 13: 1582-93.

32. Brooks SA. (2010). Functional interactions between mRNA turnover and surveillance and the ubiquitin proteasome system. Wiley interdisciplinary reviews. RNA 1: 240-52.

33. Brown CE, and Sachs AB. (1998). Poly(A) tail length control in Saccharomyces cerevisiae occurs by message-specific deadenylation. Mol Cell Biol 18: 6548-59.

34. Brune C, Munchel SE, Fischer N, Podtelejnikov AV, and Weis K. (2005). Yeast poly(A)-binding protein Pabl shuttles between the nucleus and the cytoplasm and functions in mRNA export. RNA 11: 517-31.

35. Burd CG, Matunis EL, and Dreyfuss G. (1991). The multiple RNA-binding domains of the mRNA poly(A)-binding protein have different RNA-binding activities. Mol Cell Biol 11: 3419-24.

36. Cakmakci NG, Lerner RS, Wagner EJ, Zheng L, and Marzluff WF. (2008). SLIP1, a factor required for activation of histone mRNA translation by the stem-loop binding protein. Mol Cell Biol 28: 1182-94.

37. Campbell ZT, Menichelli E, Friend K, Wu J, Kimble J, Williamson JR, et al. (2012). Identification of a conserved interface between PUF and CPEB proteins. J Biol Chem 287: 18854-62.

38. Capowski EE, Esnault S, Bhattacharya S, and Malter JS. (2001). Y box-binding factor promotes eosinophil survival by stabilizing granulocyte-macrophage colony-stimulating factor mRNA. Journal of Immunology (Baltimore, Md. J: 1950) 167: 5970-5976.

39. Castagnetti S, and Ephrussi A. (2003). Orb and a long poly(A) tail are required for efficient oskar translation at the posterior pole of the Drosophila oocyte. Development 130: 835-43.

40. Castagnetti S, Hentze MW, Ephrussi A, and Gebauer F. (2000). Control of oskar mRNA translation by Bruno in a novel cell-free system from Drosophila ovaries. Development 127: 1063-8.

41. Chansky HA, Hu M, Hickstein DD, and Yang L. (2001). Oncogenic TLS/ERG and EWS/Fli-1 fusion proteins inhibit RNA splicing mediated by YB-1 protein. Cancer Research 61: 3586-3590.

42. Chatterjee M, Rancso C, Stiihmer T, Eckstein N, Andrulis M, Gerecke C, et al. (2008). The Y-box binding protein YB-1 is associated with progressive disease and mediates survival and drug resistance in multiple myeloma. Blood 111: 3714-3722.

43. Chattopadhyay M, Shi K, Yuan X, and Simon AE. (2011). Long-distance kissing loop interactions between a 3' proximal Y-shaped structure and apical loops of 5' hairpins enhance translation ofSaguaro cactus virus. Virology 417: 113-25.

44. Chattopadhyay R, Das S, Maiti AK, Boldogh I, Xie J, Hazra TK, et al. (2008). Regulatory role of human AP-endonuclease (APEl/Ref-1) in YB-1-mediated activation of the multidrug resistance gene MDR1. Molecular and Cellular Biology 28: 7066-7080.

45. Chekanova JA, and Belostotsky DA. (2003). Evidence that poly(A) binding protein has an evolutionarily conserved function in facilitating mRNA biogenesis and export. RNA 9: 1476-90.

46. Chekulaeva M, Hentze MW, and Ephrussi A. (2006). Bruno acts as a dual repressor of oskar translation, promoting mRNA oligomerization and formation of silencing particles. Cell 124: 521-33.

47. Chekulaeva M, Parker R, and Filipowicz W. (2010). The GW/WG repeats of Drosophila GW182 function as effector motifs for miRNA-mediated repression. Nucleic Acids Res 38: 6673-83.

48. Chen CY, Gherzi R, Andersen JS, Gaietta G, Jiirchott K, Royer HD, et al. (2000). Nucleolin and YB-1 are required for JNK-mediated interleukin-2 mRNA stabilization during T-cell activation. Genes & Development 14: 1236-1248.

49. Chen NN, and Khalili K. (1995). Transcriptional regulation of human JC polyomavirus promoters by cellular proteins YB-1 and Pur alpha in glial cells. Journal of Virology 69: 5843-5848.

50. Cheng S, Alfonso-Jaume MA, Mertens PR, and Lovett DH. (2002). Tumour metastasis suppressor, nm23-beta, inhibits gelatinase A transcription by interference with transactivator Y-box protein-1 (YB-1). The Biochemical Journal 366: 807-816.

51. Cheng Y-C, Chen T-A, Chen C-Y, Liang C-M, and Liang S-M. (2012). 3'poly-G-Tailed ODNs Inhibit F-spondin to Induce Cell Death and Neurite Retraction in Rat Embryonic Neurons. Mol Neurobiol 45: 536-49.

52. Chernov KG, Curmi PA, Hamon L, Mechulam A, Ovchinnikov LP, and Pastre D. (2008).(a). Atomic force microscopy reveals binding of mRNA to microtubules mediated by two major mRNP proteins YB-1 and PABP. FEBS Letters 582: 28752881.

53. Chernov KG, Mechulam A, Popova NV, Pastre D, Nadezhdina ES, Skabkina OV, et al. (2008).(b). YB-1 promotes microtubule assembly in vitro through interaction with tubulin and microtubules. BMC Biochemistry 9: 23.

54. Cho PF, Gamberi C, Cho-Park YA, Cho-Park IB, Lasko P, and Sonenberg N. (2006). Cap-dependent translational inhibition establishes two opposing morphogen gradients in Drosophila embryos. Curr Biol 16: 2035-41.

55. Cho PF, Poulin F, Cho-Park YA, Cho-Park IB, Chicoine JD, Lasko P, et al. (2005). A new paradigm for translational control: inhibition via 5'-3' mRNA tethering by Bicoid and the eIF4E cognate 4EHP. Cell 121: 411-23.

56. Clark IE, Wyckoff D, and Gavis ER. (2000). Synthesis of the posterior determinant Nanos is spatially restricted by a novel cotranslational regulatory mechanism. Curr Biol 10: 1311^1.

57. Clouse KN, Ferguson SB, and Schiipbach T. (2008). Squid, Cup, and PABP55B function together to regulate gurken translation in Drosophila. Dev Biol 313: 713-24.

58. Cobbold LC, Spriggs KA, Haines SJ, Dobbyn HC, Hayes C, de Moor CH, et al. (2008). Identification of internal ribosome entry segment (IRES)-trans-acting factors for the Myc family of IRESs. Molecular and Cellular Biology 28: 40-49.

59. Coles LS, Diamond P, Occhiodoro F, Vadas MA, and Shannon MF. (1996). Cold shock domain proteins repress transcription from the GM-CSF promoter. Nucleic Acids Research 24: 2311-2317.

60. Coles LS, Lambrusco L, Burrows J, Hunter J, Diamond P, Bert AG, et al. (2005). Phosphorylation of cold shock domain/Y-box proteins by ERK2 and GSK3beta and repression of the human VEGF promoter. FEBS Letters 579: 5372-5378.

61. Collier B, Gorgoni B, Loveridge C, Cooke HJ, and Gray NK. (2005). The DAZL family proteins are PABP-binding proteins that regulate translation in germ cells. EMBOJ 24: 2656-66.

62. Cooke A, Prigge A, and Wickens M. (2010). Translational repression by deadenylases. J Biol Chem 285: 28506-13.

63. Craig AW, Haghighat A, Yu AT, and Sonenberg N. (1998). Interaction of polyadenylate-binding protein with the eIF4G homologue PAIP enhances translation. Nature 392: 520-3.

64. Das S, Chattopadhyay R, Bhakat KK, Boldogh I, Kohno K, Prasad R, et al. (2007). Stimulation of NEIL2-mediated oxidized base excision repair via YB-1 interaction during oxidative stress. The Journal of Biological Chemistry 282: 28474-28484.

65. David JJ, Subramanian SV, Zhang A, Willis WL, Kelm RJ, Leier CV, et al. (2012). Y-box binding protein-1 implicated in translational control of fetal myocardial gene expression after cardiac transplant. Exp Biol Med (Maywood) 237: 593-607.

66. Davydova EK, Evdokimova VM, Ovchinnikov LP, and Hershey JW. (1997). Overexpression in COS cells of p50, the major core protein associated with mRNA, results in translation inhibition. Nucleic Acids Research 25: 2911-2916.

67. Delbes G, Yanagiya A, Sonenberg N, and Robaire B. (2012). PABP Interacting Protein 2A (PAIP2A) Regulates Specific Key Proteins During Spermiogenesis in the Mouse. BiolReprod 86: 95.

68. Deo RC, Bonanno JB, Sonenberg N, and Burley SK. (1999). Recognition of polyadenylate RNA by the poly(A)-binding protein. Cell 98: 835-45.

69. Dhalla AK, Ririe SS, Swamynathan SK, Weber KT, and Guntaka RV. (1998). chk-YB-lb, a Y-box binding protein activates transcription from rat alpha 1(1) procollagen gene promoter. The Biochemical Journal 336 ( Pt 2: 373-379.

70. Dhawan L, Liu B, Pytlak A, Kulshrestha S, Blaxall BC, and Taubman MB. (2012). Y-box binding protein-1 and Ribonuclease UK114 mediate MCP-1 mRNA stability in vascular smooth muscle cells. Mol Cell Biol.

71. Diamond P, Shannon MF, Vadas MA, and Coles LS. (2001). Cold shock domain factors activate the granulocyte-macrophage colony-stimulating factor promoter in stimulated Jurkat T cells. The Journal of Biological Chemistry 276: 7943-7951.

72. Didier DK, Schiffenbauer J, Woulfe SL, Zacheis M, and Schwartz BD. (1988). Characterization of the cDNA encoding a protein binding to the major histocompatibility complex class IIY box. Proc Natl Acad Sci USA 85: 7322-7326.

73. Djuranovic S, Nahvi A, and Green R. (2012). miRNA-mediated gene silencing by translational. repression followed by mRNA deadenylation and decay. Science 336: 237^40.

74. Dmitriev SE, Terenin IM, Dunaevsky YE, Merrick WC, and Shatsky IN. (2003). Assembly of 48S translation initiation complexes from purified components with mRNAs that have some base pairing within their 5' untranslated regions. Mol Cell Biol 23: 8925-33.

75. Dobrikova E, Shveygert M, Walters R, and Gromeier M. (2010). Herpes simplex virus proteins ICP27 and UL47 associate with polyadenylate-binding protein and control its subcellular distribution. J Virol 84: 270-9.

76. Dominski Z, and Marzluff WF. (2007). Formation of the 3' end of histone mRNA: getting closer to the end. Gene 396: 373-90.

77. Dong J, Akcakanat A, Stivers DN, Zhang J, Kim D, and Meric-Bernstam F. (2009). RNA-binding specificity of Y-box protein 1. RNA Biology 6: 59-64.

78. Dooley S, Said HM, Gressner AM, Floege J, En-Nia A, and Mertens PR. (2006). Y-box protein-1 is the crucial mediator of antifibrotic interferon-gamma effects. The Journal of Biological Chemistry 281: 1784—1795.

79. Dreher TW, and Miller WA. (2006). Translational control in positive strand RNA plant viruses. Virology 344: 185-97.

80. Dreher TW. (2010). Viral tRNAs and tRNA-like structures. Wiley interdisciplinary reviews. RNA 1: 402-14.

81. Duncan KE, Strein C, and Hentze MW. (2009). The SXL-UNR corepressor complex uses a PABP-mediated mechanism to inhibit ribosome recruitment to msl-2 mRNA. Mol Cell 36: 571-82.

82. Dunn EF, Hammell CM, Hodge CA, and Cole CN. (2005). Yeast poly(A)-binding protein, Pabl, and PAN, a poly(A) nuclease complex recruited by Pabl, connect mRNA biogenesis to export. Genes Dev 19: 90-103.

83. Dutertre M, Sanchez G, De Cian M-C, Barbier J, Dardenne E, Gratadou L, et al. (2010). Cotranscriptional exon skipping in the genotoxic stress response. Nature Structural & Molecular Biology 17: 1358-1366.

84. Edgil D, and Harris E. (2006). End-to-end communication in the modulation of translation by mammalian RNA viruses. Virus Res 119: 43-51.

85. Eliseeva IA, Kim ER, Guryanov SG, Ovchinnikov LP, and Lyabin DN. (2011). Y-box-binding protein 1 (YB-1) and its functions. Biochemistry (Moscow) 76: 1402-33.

86. En-Nia A, Yilmaz E, Klinge U, Lovett DH, Stefanidis I, and.Mertens PR. (2005). Transcription factor YB-1 mediates DNA polymerase alpha gene expression. The Journal of Biological Chemistry 280: 7702-7711.

87. Eulalio A, Huntzinger E, Nishihara T, Rehwinkel J, Fauser M, and Izaurralde E. (2009). Deadenylation is a widespread effect of miRNA regulation. RNA 15: 21-32.

88. Evdokimova V, Ruzanov P, Anglesio MS, Sorokin AV, Ovchinnikov LP, Buckley J, et al. (2006). Akt-mediated YB-1 phosphorylation activates translation of silent mRNA species. Molecular and Cellular Biology 26: 277-292.

89. Evdokimova V, Ruzanov P, Imataka H, Raught B, Svitkin Y, Ovchinnikov LP, et al. (2001). The major mRNA-associated protein YB-1 is a potent 5' cap-dependent mRNA stabilizer. The EMBO Journal 20: 5491-5502.

90. Evdokimova V, Tognon C, Ng T, Ruzanov P, Melnyk N, Fink D, et al. (2009). Translational activation of snail 1 and other developmentally regulated transcription factors by YB-1 promotes an epithelial-mesenchymal transition. Cancer Cell 15: 402415.

91. Ezzeddine N, Chen C-YA, and Shyu A-B. (2012). Evidence Providing New Insights into TOB-Promoted Deadenylation and Supporting a Link between TOB's Deadenylation-Enhancing and Antiproliferative Activities. Mol Cell Biol 32: 1089-98.

92. Fabian MR, Cieplak MK, Frank F, Morita M, Green J, Srikumar T, et al. (2011). miRNA-mediated deadenylation is orchestrated by GW182 through two conserved motifs that interact with CCR4-NOT. Nat Struct Mol Biol 18: 1211-7.

93. Fabian MR, Mathonnet G, Sundermeier T, Mathys H, Zipprich JT, Svitkin YV, et al. (2009). Mammalian miRNA RISC recruits CAF1 and PABP to affect PABP-dependent deadenylation. Mol Cell 35: 868-80.

94. Fabian MR, and Sonenberg N. (2012). The mechanics of miRNA-mediated gene silencing: a look under the hood of miRISC. Nat Struct Mol Biol 19: 586-93.

95. Finkbeiner MR, Astanehe A, To K, Fotovati A, Davies AH, Zhao Y, et al. (2009). Profiling YB-1 target genes uncovers a new mechanism for MET receptor regulation in normal and malignant human mammary cells. Oncogene 28: 1421-1431.

96. Forrest KM, Clark IE, Jain RA, and Gavis ER. (2004). Temporal complexity within a translational control element in the nanos mRNA. Development 131: 5849-57.

97. Fotovati A, Abu-Ali S, Wang P-S, Deleyrolle LP, Lee C, Triscott J, et al. (2011). YB-1 bridges neural stem cells and brain tumor-initiating cells via its roles in differentiation and cell growth. Cancer Res 71: 5569-78.

98. Frank F, Fabian MR, Stepinski J, Jemielity J, Darzynkiewicz E, Sonenberg N, et al. (2011). Structural analysis of 5'-mRNA-cap interactions with the human AG02 MID domain. EMBO Rep 12: 415-20.

99. Friedman RC, Farh KK-H, Bürge CB, and Bartel DP. (2009). Most mammalian mRNAs are conserved targets of microRNAs. Genome Res 19: 92-105.

100. Friend K, Brook M, Bezirci FB, Sheets MD, Gray NK, and Seli E. (2012). Embryonic poly(A)-binding protein (ePAB) phosphorylation is required for Xenopus oocyte maturation. Biochem J.

101. Frye BC, Halfter S, Djudjaj S, Muehlenberg P, Weber S, Raffetseder U, et al. (2009). Y-box protein-1 is actively secreted through a non-classical pathway and acts as an extracellular mitogen. EMBO Reports 10: 783-789.

102. Fukada T, and Tonks NK. (2003). Identification of YB-1 as a regulator of PTP1B expression: implications for regulation of insulin and cytokine signaling. The EMBO Journal 22: 479-493.

103. Fukaya T, and Tomari Y. (2011). PABP is not essential for microRNA-mediated translational repression and deadenylation in vitro. EMBO J30: 4998-5009.

104. Fukuda T, Ashizuka M, Nakamura T, Shibahara K, Maeda K, Izumi H, et al. (2004). Characterization of the 5'-untranslated region of YB-1 mRNA and autoregulation of translation by YB-1 protein. Nucleic Acids Research 32: 611-622.

105. Galgano A, Forrer M, Jaskiewicz L, Kanitz A, Zavolan M, and Gerber AP. (2008). Comparative analysis of mRNA targets for human PUF-family proteins suggests extensive interaction with the miRNA regulatory system. PLoS One 3: e3164.

106. Gamberi C, Peterson DS, He L, and Gottlieb E. (2002). An anterior function for the Drosophila posterior determinant Pumilio. Development 129: 2699-710.

107. Gebauer F, Grskovic M, and Hentze MW. (2003). Drosophila sex-lethal inhibits the stable association of the 40S ribosomal subunit with msl-2 mRNA. Mol Cell 11: 1397^104.

108. Di Giammartino DC, Nishida K, and Manley JL. (2011). Mechanisms and consequences of alternative polyadenylation. Mol Cell 43: 853-66.

109. Gimenez-Bonafe P, Fedoruk MN, Whitmore TG, Akbari M, Ralph JL, Ettinger S, et al. (2004). YB-1 is upregulated during prostate cancer tumor progression and increases P-glycoprotein activity. Prostate 59: 337-349.

110. Giorgini F, Davies HG, and Braun RE. (2001). MSY2 and MSY4 bind a conserved sequence in the 3' untranslated region of protamine 1 mRNA in vitro and in vivo. Molecular and Cellular Biology 21: 7010-7019.

111. Gray NK, Coller JM, Dickson KS, and Wickens M. (2000). Multiple portions of poly(A)-binding protein stimulate translation in vivo. EMBOJ 19: 4723-33.

112. Groft CM, and Burley SK. (2002). Recognition of eIF4G by rotavirus NSP3 reveals a basis for mRNA circularization. Mol Cell 9: 1273-83.

113. Groisman I, Jung M-Y, Sarkissian M, Cao Q, and Richter JD. (2002). Translational control of the embryonic cell cycle. Cell 109: 473-83.

114. Gross JD, Moerke NJ, von der Haar T, Lugovskoy AA, Sachs AB, McCarthy JEG, et al. (2003). Ribosome loading onto the mRNA cap is driven by conformational coupling between eIF4G and eIF4E. Cell 115: 739-750.

115. Grosset C, Chen CY, Xu N, Sonenberg N, Jacquemin-Sablon H, and Shyu AB. (2000). A mechanism for translationally coupled mRNA turnover: interaction between the poly(A) tail and a c-fos RNA coding determinant via a protein complex. Cell 103: 29-40.

116. Guay D, Garand C, Reddy S, Schmutte C, and Lebel M. (2008).(b). The human endonuclease III enzyme is a relevant target to potentiate cisplatin cytotoxicity in Y-box-binding protein-1 overexpressing tumor cells. Cancer Science 99: 762-769.

117. Hanssen L, Frye BC, Ostendorf T, Alidousty C, Djudjaj S, Boor P, et al. (2011). Y-box binding protein-1 mediates profibrotic effects of calcineurin inhibitors in the kidney. J Immunol 187: 298-308.

118. Harb M, Becker MM, Vitour D, Baron CH, Vende P, Brown SC, et al. (2008). Nuclear localization of cytoplasmic poly(A)-binding protein upon rotavirus infection involves the interaction of NSP3 with eIF4G and RoXaN. J Virol 82: 11283-93.

119. Hartmuth K, Urlaub H, Vornlocher H-P, Will CL, Gentzel M, Wilm M, et al.2002). Protein composition of human prespliceosomes isolated by a tobramycin affinity-selection method. Proc Natl Acad Sci USA 99: 16719-16724.

120. Hasegawa SL, Doetsch PW, Hamilton KK, Martin AM, Okenquist SA, Lenz J, et al. (1991). DNA binding properties of YB-1 and dbpA: binding to double-stranded, single-stranded, and abasic site containing DNAs. Nucleic Acids Research 19: 49154920.

121. Hasgall PA, Hoogewijs D, Faza MB, Panse VG, Wenger RH, and Camenisch G. (2011). The putative RNA helicase HELZ promotes cell proliferation, translation initiation and ribosomal protein S6 phosphorylation. PLoS One 6: e22107.

122. Homer C, Knight DA, Hananeia L, Sheard P, Risk J, Lasham A, et al. (2005). Y-box factor YB1 controls p53 apoptotic function. Oncogene 24: 8314-8325.

123. Hornstein E, Git A, Braunstein I, Avni D, and Meyuhas O. (1999). The expression of poly(A)-binding protein gene is translationally regulated in a growth-dependent fashion through a 5'-terminal oligopyrimidine tract motif. J Biol Chem 274: 1708-14.

124. Hosoda N, Kobayashi T, Uchida N, Funakoshi Y, Kikuchi Y, Hoshino S, et al. (2003). Translation termination factor eRF3 mediates mRNA decay through the regulation of deadenylation. J Biol Chem 278: 38287-91.

125. Hosoda N, Lejeune F, and Maquat LE. (2006). Evidence that poly(A) binding protein CI binds nuclear pre-mRNA poly(A) tails. Mol Cell Biol 26: 3085-97.

126. Hsieh AC, Liu Y, Edlind MP, Ingolia NT, Janes MR, Sher A, et al. (2012). The translational landscape of mTOR signalling steers cancer initiation and metastasis. Nature 485: 55-61.

127. Hu Z, Jin S, and Scotto KW. (2000). Transcriptional activation of the MDR1 gene by UV irradiation. Role of NF-Y and Spl. The Journal of Biological Chemistry 275: 2979-2985.

128. Huichalaf C, Schoser B, Schneider-Gold C, Jin B, Sarkar P, and Timchenko L. (2009). Reduction of the rate of protein translation in patients with myotonic dystrophy 2. JNeurosci 29: 9042-9.

129. Huntzinger E, Braun JE, Heimstadt S, Zekri L, and Izaurralde E. (2010). Two PABPC1-binding sites in GW182 proteins promote miRNA-mediated gene silencing. EMBOJ29: 4146-60.

130. Iizuka N, Najita L, Franzusoff A, and Sarnow P. (1994). Cap-dependent and cap-independent translation by internal initiation of mRNAs in cell extracts prepared from Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol 14: 7322-30.

131. Ilkow CS, Mancinelli V, Beatch MD, and Hobman TC. (2008). Rubella virus capsid protein interacts with poly(a)-binding protein and inhibits translation. J Virol 82: 4284-94.

132. Imataka H, Gradi A, and Sonenberg N. (1998). A newly identified N-terminal amino acid sequence of human eIF4G binds poly(A)-binding protein and functions in poly(A)-dependent translation. EMBO J17: 7480-9.

133. Ise T, Nagatani G, Imamura T, Kato K, Takano H, Nomoto M, et al. (1999). Transcription factor Y-box binding protein 1 binds preferentially to cisplatin-modified

134. DNA and interacts with proliferating cell nuclear antigen. Cancer Research 59: 342346.

135. Ivanov P, Emara MM, Villen J, Gygi SP, and Anderson P. (2011). Angiogenin-induced tRNA fragments inhibit translation initiation. Mol Cell 43: 613-23.

136. Ivanov PV, Gehring NH, Kunz JB, Hentze MW, and Kulozik AE. (2008). Interactions between UPF1, eRFs, PABP and the exon junction complex suggest an integrated model for mammalian NMD pathways. EMBO J 27: 736-47.

137. Iwakawa H-O, Tajima Y, Taniguchi T, Kaido M, Mise K, Tomari Y, et al. (2012). Poly(A)-binding protein facilitates translation of an uncapped/nonpolyadenylated viral RNA by binding to the 3' untranslated region. J Virol.

138. Izumi H, Imamura T, Nagatani G, Ise T, Murakami T, Uramoto H, et al. (2001). Y box-binding protein-1 binds preferentially to single-stranded nucleic acids and exhibits 3'—>5' exonuclease activity. Nucleic Acids Research 29: 1200-1207.

139. Jacobson A. (1996). Poly(A) Metabolism and Translation: The Closed-loop Model. In: Sonenberg N, editor. Translational Control. Volume 30. Cold Sring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press, p 451-480.

140. Jenkins RH, Bennagi R, Martin J, Phillips AO, Redman JE, and Fraser DJ. (2010). A conserved stem loop motif in the 5'untranslated region regulates transforming growth factor-p(l) translation. PLoS ONE 5: el2283.

141. Joachims M, Van Breugel PC, and Lloyd RE. (1999). Cleavage of poly(A)-binding protein by enterovirus proteases concurrent with inhibition of translation in vitro. J Virol 73: 718-27.

142. Johnstone O, and Lasko P. (2001). Translational regulation and RNA localization in Drosophila oocytes and embryos. Annu Rev Genet 35: 365^06.

143. Jurchott K, Bergmann S, Stein U, Walther W, Janz M, Manni I, et al. (2003). YB-1 as a cell cycle-regulated transcription factor facilitating cyclin A and cyclin B1 gene expression. The Journal of Biological Chemistry 278: 27988-27996.

144. Kahvejian A, Svitkin YV, Sukarieh R, M'Boutchou M-N, and Sonenberg N. (2005). Mammalian poly(A)-binding protein is a eukaryotic translation initiation factor, which acts via multiple mechanisms. Genes & Development 19: 104-113.

145. Kalifa Y, Huang T, Rosen LN, Chatterjee S, and Gavis ER. (2006). Glorund, a Drosophila hnRNP F/H homolog, is an ovarian repressor of nanos translation. Dev Cell 10: 291-301.

146. Kapasi P, Chaudhuri S, Vyas K, Baus D, Komar AA, Fox PL, et al. (2007). L13a blocks 48S assembly: role of a general initiation factor in mRNA-specific translational control. Mol Cell 25: 113-26.

147. Kawahara H, Imai T, Imataka H, Tsujimoto M, Matsumoto K, and Okano H. (2008). Neural RNA-binding protein Musashil inhibits translation initiation by competing with eIF4G for PABP. J Cell Biol 181: 639-53.

148. Kedde M, van Kouwenhove M, Zwart W, Oude Vrielink JAF, Elkon R, and Agami R. (2010). A Pumilio-induced RNA structure switch in p27-3' UTR controls miR-221 and miR-222 accessibility. Nat Cell Biol 12: 1014-20.

149. Kedde M, Strasser MJ, Boldajipour B, Oude Vrielink JAF, Slanchev K, le Sage C, et al. (2007). RNA-binding protein Dndl inhibits microRNA access to target mRNA. Cell 131: 1273-86.

150. Keller RW, Kiihn U, Aragon M, Bornikova L, Wahle E, and Bear DG. (2000). The nuclear poly(A) binding protein, PABP2, forms an oligomeric particle covering the length of the poly(A) tail. JMol Biol 297: 569-83.

151. Kerekatte V, Keiper BD, Badorff C, Cai A, Knowlton KU, and Rhoads RE. (1999). Cleavage of Poly(A)-binding protein by coxsackievirus 2A protease in vitro and in vivo: another mechanism for host protein synthesis shutoff? J Virol 73: 709-17.

152. Khaleghpour K, Kahvejian A, De Crescenzo G, Roy G, Svitkin YV, Imataka H, et al. (2001). Dual interactions of the translational repressor Paip2 with poly(A) binding protein. Mol Cell Biol 21: 5200-13.

153. Khanam T, Muddashetty RS, Kahvejian A, Sonenberg N, and Brosius J. (2006). Poly(A)-binding protein binds to A-rich sequences via RNA-binding domains 1+2 and 3+4. RNA Biol 3: 170-7.

154. Khandelwal P, Padala MK, Cox J, and Guntaka RV. (2009). The N-terminal domain of y-box binding protein-1 induces cell cycle arrest in g2/m phase by binding to cyclin dl. Int J Cell Biol 2009: 243532.

155. Kim JH, and Richter JD. (2006). Opposing polymerase-deadenylase activities regulate cytoplasmic polyadenylation. Mol Cell 24: 173-83.

156. Kiriakidou M, Tan GS, Lamprinaki S, De Planell-Saguer M, Nelson PT, and Mourelatos Z. (2007). An mRNA m7G cap binding-like motif within human Ago2 represses translation. Cell 129: 1141-51.

157. Kloks CP AM, Spronk CAEM, Lasonder E, Hoffmann A, Vuister GW, Grzesiek S, et al. (2002). The solution structure and DNA-binding properties of the cold-shock domain of the human Y-box protein YB-1. Journal of Molecular Biology 316: 317— 326.

158. Kohno K, Izumi H, Uchiumi T, Ashizuka M, and Kuwano M. (2003). The pleiotropic functions of the Y-box-binding protein, YB-1. BioEssays: News and Reviews in Molecular, Cellular and Developmental Biology 25: 691-698.

159. Koike K, Uchiumi T, Ohga T, Toh S, Wada M, Kohno K, et al. (1997). Nuclear translocation of the Y-box binding protein by ultraviolet irradiation. FEBS Letters 417: 390-394.

160. Kojic S, Medeot E, Guccione E, Krmac H, Zara I, Martinelli V, et al. (2004). The Ankrd2 protein, a link between the sarcomere and the nucleus in skeletal muscle. Journal of Molecular Biology 339: 313-325.

161. Kononenko AV, Mitkevich V a, Atkinson GC, Tensón T, Dubovaya VI, Frolova LY, et al. (2010). GTP-dependent structural rearrangement of the eRFl:eRF3 complex and eRF3 sequence motifs essential for PABP binding. Nucleic Acids Res 38: 548-58.

162. Kozlov G, Ménade M, Rosenauer A, Nguyen L, and Gehring K. (2010).(a). Molecular determinants of PAM2 recognition by the MLLE domain of poly(A)-binding protein. J Mol Biol 397: 397^07.

163. Kozlov G, Safaee N, Rosenauer A, and Gehring K. (2010).(b). Structural basis of binding of P-body-associated proteins GW182 and ataxin-2 by the Mile domain of poly(A)-binding protein. J Biol Chem 285: 13599-606.

164. Krab IM, Caldwell C, Gallie DR, and Bol JF. (2005). Coat protein enhances translational efficiency of Alfalfa mosaic virus RNAs and interacts with the eIF4G component of initiation factor eIF4F. J Gen Virol 86: 1841-9.

165. Kuersten S, and Goodwin EB. (2003). The power of the 3' UTR: translational control and development. Nat Rev Genet 4: 626-37.

166. Kulkarni SD, Muralidharan B, Panda AC, Bakthavachalu B, Vindu A, and Seshadri V. (2011). Glucose-stimulated translation regulation of insulin by the 5' UTR-binding proteins. J Biol Chem 286: 14146-56.

167. Kundu P, Fabian MR, Sonenberg N, Bhattacharyya SN, and Filipowicz W. (2012). HuR protein attenuates miRNA-mediated repression by promoting miRISC dissociation from the target RNA. Nucleic Acids Res 40: 5088-100.

168. Kuyumcu-Martinez NM, Joachims M, and Lloyd RE. (2002)". Efficient cleavage of ribosome-associated poly(A)-binding protein by enterovirus 3C protease. J Virol 76: 2062-74.

169. Kühn U, and Pieler T. (1996). Xenopus poly(A) binding protein: functional domains in RNA binding and protein-protein interaction. J Mol Biol 256: 20-30.

170. Kühn U, and Wahle E. (2004). Structure and function of poly(A) binding proteins. Biochim Biophys Acta 1678: 67-84.

171. Ladomery M, and Sommerville J. (1994). Binding of Y-box proteins to RNA: involvement of different protein domains. Nucleic Acids Research 22: 5582-5589.

172. Lai EC. (2003). microRNAs: runts of the genome assert themselves. Curr Biol 13: R925-36.

173. Lasham A, Lindridge E, Rudert F, Onrust R, and Watson J. (2000). Regulation of the human fas promoter by YB-1, Puralpha and AP-1 transcription factors. Gene 252: 1-13.

174. Lasham A, Moloney S, Hale T, Homer C, Zhang YF, Murison JG, et al. (2003). The Y-box-binding protein, YB1, is a potential negative regulator of the p53 tumor suppressor. The Journal of Biological Chemistry 278: 35516-35523.

175. Lasham A, Samuel W, Cao H, Patel R, Mehta R, Stern JL, et al. (2012). YB-1, the E2F pathway, and regulation of tumor cell growth. J Natl Cancer Inst 104: 133-46.

176. Lasko P. (2011). Posttranscriptional regulation in Drosophila oocytes and early embryos. Wiley interdisciplinary reviews. RNA 2: 408-16.

177. Le H, Browning KS, and Gallie DR. (2000). The phosphorylation state of poly(A)-binding protein specifies its binding to poly(A) RNA and its interaction with eukaryotic initiation factor (elF) 4F, eIFiso4F, and eIF4B. J Biol Chem 275: 1745262.

178. Lee BJ, Cansizoglu AE, Süel KE, Louis TH, Zhang Z, and Chook YM. (2006). Rules for nuclear localization sequence recognition by karyopherin beta 2. Cell 126: 543-558.

179. Lee C, Dhillon J, Wang MYC, Gao Y, Hu K, Park E, et al. (2008). Targeting YB-1 in HER-2 overexpressing breast cancer cells induces apoptosis via the mTOR/STAT3 pathway and suppresses tumor growth in mice. Cancer Research 68: 8661-8666.

180. Lemay J-F, Lemieux C, St-André O, and Bachand F. (2010). Crossing the borders: poly(A)-binding proteins working on both sides of the fence. RNA Biol 7: 291-5.

181. Lessing D, and Bonini NM. (2008). Polyglutamine genes interact to modulate the severity and progression of neurodegeneration in Drosophila. PLoS Biol 6: e29.

182. Li J, Hawkins IC, Harvey CD, Jennings JL, Link AJ, and Patton JG. (2003). Regulation of alternative splicing by SRrp86 and its interacting proteins. Molecular and Cellular Biology 23: 7437-7447.

183. Li WW, Hsiung Y, Wong V, Galvin K, Zhou Y, Shi Y, et al. (1997). Suppression of grp78 core promoter element-mediated stress induction by the dbpA and dbpB (YB-1) cold shock domain proteins. Molecular and Cellular Biology 17: 61-68.

184. Lim C, Lee J, Choi C, Kilman VL, Kim J, Park SM, et al. (2011). The novel gene twenty-four defines a critical translational step in the Drosophila clock. Nature 470: 399-403.

185. Lin J, Fabian M, Sonenberg N, and Meller A. (2012). Nanopore detachment kinetics of poly(a) binding proteins from RNA molecules reveals the critical role of C-terminus interactions. Biophys J102: 1427-34.

186. Liu J, Sato C, Cerletti M, and Wagers A. (2010). Notch signaling in the regulation of stem cell self-renewal and differentiation. Current Topics in Developmental Biology 92: 367-409.

187. Lloberas J, Maki RA, and Celada A. (1995). Repression of major histocompatibility complex I-A beta gene expression by dbpA and dbpB (mYB-1) proteins. Molecular and Cellular Biology 15: 5092-5099.

188. Lovett DH, Cheng S, Cape L, Pollock AS, and Mertens PR. (2010). YB-1 alters MT1-MMP trafficking and stimulates MCF-7 breast tumor invasion and metastasis. Biochemical and Biophysical Research Communications 398: 482-488.

189. Lu J-Y, Bergman N, Sadri N, and Schneider RJ. (2006).(a). Assembly of AUF1 with eIF4G-poly(A) binding protein complex suggests a translation function in AUrich mRNA decay. RNA 12: 883-93.

190. Lu ZH, Books JT, and Ley TJ. (2006).(b). Cold shock domain family members YB-1 and MSY4 share essential functions during murine embryogenesis. Molecular and Cellular Biology 26: 8410-8417.

191. Lu ZH, Books JT, and Ley TJ. (2005). YB-1 is important for late-stage embryonic development, optimal cellular stress responses, and the prevention of premature senescence. Molecular and Cellular Biology 25: 4625-4637.

192. Lutz M, Wempe F, Bahr I, Zopf D, and von Melchner H. (2006). Proteasomal degradation of the multifunctional regulator YB-1 is mediated by an F-Box protein induced during programmed cell death. FEBSLetters 580: 3921-3930.

193. Ma S, Bhattacharjee RB, and Bag J. (2009). Expression of poly(A)-binding protein is upregulated during recovery from heat shock in HeLa cells. FEBS J 216: 552-70.

194. Ma S, Musa T, and Bag J. (2006). Reduced stability of mitogen-activated protein kinase kinase-2 mRNA and phosphorylation of poly(A)-binding protein (PABP) in cells overexpressing PABP. J Biol Chem 281: 3145-56.

195. MacDonald GH, Itoh-Lindstrom Y, and Ting JP. (1995). The transcriptional regulatory protein, YB-1, promotes single-stranded regions in the DRA promoter. The Journal of Biological Chemistry 270: 3527-3533.

196. Makino Y, Ohga T, Toh S, Koike K, Okumura K, Wada M, et al. (1996). Structural and functional analysis of the human Y-box binding protein (YB-1) gene promoter. Nucleic Acids Research 24: 1873-1878.

197. Mangus DA, Evans MC, and Jacobson A. (2003). Poly(A)-binding proteins: multifunctional scaffolds for the post-transcriptional control of gene expression. Genome Biol 4: 223.

198. Manival X, Ghisolfi-Nieto L, Joseph G, Bouvet P, and Erard M. (2001). RNA-binding strategies common to cold-shock domain- and RNA recognition motif-containing proteins. Nucleic Acids Research 29: 2223-2233.

199. Maquat LE, Hwang J, Sato H, and Tang Y. (2010). CBP80-promoted mRNP rearrangements during the pioneer round of translation, nonsense-mediated mRNA decay, and thereafter. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 75: 127-34.

200. Martineau Y, Derry MC, Wang X, Yanagiya A, Berlanga JJ, Shyu A-B, et al. (2008). Poly(A)-binding protein-interacting protein 1 binds to eukaryotic translation initiation factor 3 to stimulate translation. Mol Cell Biol 28: 6658-67.

201. Mathonnet G, Fabian MR, Svitkin YV, Parsyan A, Huck L, Murata T, et al. (2007). MicroRNA inhibition of translation initiation in vitro by targeting the cap-binding complex eIF4F. Science 317: 1764-7.

202. Matsuda D, and Dreher TW. (2004). The tRNA-like structure of Turnip yellow mosaic virus RNA is a 3'-translational enhancer. Virology 321: 36-46.

203. Matsumoto K, and Bay B-H. (2005). Significance of the Y-box proteins in human cancers. JMol Genet Med 1: 11-17.

204. Matsumoto K, Tanaka KJ, and Tsujimoto M. (2005). An acidic protein, YBAP1, mediates the release of YB-1 from mRNA and relieves the translational repression activity of YB-1. Molecular and Cellular Biology 25: 1779-1792.

205. Mazumder B, Sampath P, Seshadri V, Maitra RK, DiCorleto PE, and Fox PL. (2003). Regulated release of L13a from the 60S ribosomal subunit as a mechanism of transcript-specific translational control. Cell 115: 187-98.

206. McKinney C, Perez C, and Mohr I. (2012). Poly(A) binding protein abundance regulates eukaryotic translation initiation factor 4F assembly in human cytomegalovirus-infected cells. Proc Natl Acad Sci USA 109: 5627-32.

207. Mendez R, Barnard D, and Richter JD. (2002). Differential mRNA translation and meiotic progression require Cdc2-mediated CPEB destruction. EMBOJ21: 1833^4.

208. Mertens PR, Alfonso-Jaume MA, Steinmann K, and Lovett DH. (1998). A synergistic interaction of transcription factors AP2 and YB-1 regulates gelatinase A enhancer-dependent transcription. The Journal of Biological Chemistry 273: 3295732965.

209. Mertens PR, Alfonso-Jaume MA, Steinmann K, and Lovett DH. (1999). YB-1 regulation of the human and rat gelatinase A genes via similar enhancer elements. J Am Soc Nephrol 10: 2480-2487.

210. Mertens PR, Harendza S, Pollock AS, and Lovett DH. (1997). Glomerular mesangial cell-specific transactivation of matrix metalloproteinase 2 transcription is mediated by YB-1. The Journal of Biological Chemistry 272: 22905-22912.

211. Miller WA, Wang Z, and Treder K. (2007). The amazing diversity of cap-independent translation elements in the 3'-untranslated regions of plant viral RNAs. Biochem Soc Trans 35: 1629-33.

212. Minich WB, Maidebura IP, and Ovchinnikov LP. (1993). Purification and characterization of the major 50-kDa repressor protein from cytoplasmic mRNP of rabbit reticulocytes. European Journal of Biochemistry / FEBS 212: 633-638.

213. Minich WB, and Ovchinnikov LP. (1992). Role of cytoplasmic mRNP proteins in translation. Biochimie 74: 477-483.

214. Minich WB, Volyanik EV, Korneyeva NL, Berezin YV, and Ovchinnikov LP. (1990). Cytoplasmic mRNP proteins affect mRNA translation. Molecular Biology Reports 14: 65-67.

215. Minshall N, Reiter MH, Weil D, and Standart N. (2007). CPEB interacts with an ovary-specific eIF4E and 4E-T in early Xenopus oocytes. J Biol Chem 282: 37389401.

216. Miroci H, Schob C, Kindler S, Olschlager-Schutt J, Fehr S, Jungenitz T, et al. (2012). Makorin ring zinc finger protein 1 (MKRN1), a novel poly(A)-binding protein-interacting protein, stimulates translation in nerve cells. J Biol Chem 287: 1322-34.

217. Mishima Y, Fukao A, Kishimoto T, Sakamoto H, Fujiwara T, and Inoue K. (2012). Translational inhibition by deadenylation-independent mechanisms is central to microRNA-mediated silencing in zebrafish. Proc Natl Acad Sci USA 109: 1104-9.

218. Molina H, Horn DM, Tang N, Mathivanan S, and Pandey A. (2007). Global proteomic profiling of phosphopeptides using electron transfer dissociation tandem mass spectrometry. Proc Natl Acad Sci USA 104: 2199-2204.

219. Moraes KCM, Quaresma AJC, Maehnss K, and Kobarg J. (2003). Identification and characterization of proteins that selectively interact with isoforms of the mRNA binding protein AUF1 (hnRNP D). Biological Chemistry 384: 25-37.

220. Moretti F, Kaiser C, Zdanowicz-Specht A, and Hentze MW. (2012). PABP and the poly(A) tail augment microRNA repression by facilitated miRISC binding. Nat Struct Mol Biol 19: 603-8.

221. Mukherjee N, Corcoran DL, Nusbaum JD, Reid DW, Georgiev S, Hafner M, et al. (2011). Integrative regulatory mapping indicates that the RNA-binding protein HuR couples pre-mRNA processing and mRNA stability. Mol Cell 43: 327-39.

222. Mullin C, Duning K, Barnekow A, Richter D, Kremerskothen J, and Mohr E. (2004). Interaction of rat poly(A)-binding protein with poly(A)- and non-poly(A) sequences is preferentially mediated by RNA recognition motifs 3+4. FEBS Lett 576: 437-41.

223. Murata Y, and Wharton RP. (1995). Binding of pumilio to maternal hunchback mRNA is required for posterior patterning in Drosophila embryos. Cell 80: 747-56.

224. Murray MT, Schiller DL, and Franke WW. (1992). Sequence analysis of cytoplasmic mRNA-binding proteins of Xenopus oocytes identifies a family of RNA-binding proteins. Proc Natl Acad Sei USAS9: 11-15.

225. Naarmann IS, Harnisch C, Müller-Newen G, Urlaub H, Ostareck-Lederer A, and Ostareck DH. (2010). DDX6 recruits translational silenced human reticulocyte 15-lipoxygenase mRNA to RNP granules. RNA 16: 2189-204.

226. Nakamura A, Sato K, and Hanyu-Nakamura K. (2004). Drosophila cup is an eIF4E binding protein that associates with Bruno and regulates oskar mRNA translation in . oogenesis. Dev Cell 6: 69-78.

227. Nashchekin D, Zhao J, Visa N, and Daneholt B. (2006). A novel Dedl -like RNA helicase interacts with the Y-box protein ctYB-1 in nuclear mRNP particles and in polysomes. The Journal of Biological Chemistry 281: 14263-14272.

228. Nelson MR, Leidal AM, and Smibert CA. (2004). Drosophila Cup is an eIF4E-binding protein that functions in Smaug-mediated translational repression. EMBO J 23: 150-9.

229. Neusiedler J, Mocquet V, Limousin T, Ohlmann T, Morris C, and Jalinot P. (2012). INT6 interacts with MIF4GD/SLIP1 and is necessary for efficient histone mRNA translation. RNA 18: 1163-77.

230. Newkirk K, Feng W, Jiang W, Tejero R, Emerson SD, Inouye M, et al. (1994). Solution NMR structure of the major cold shock protein (CspA) from Escherichia coli: identification of a binding epitope for DNA. Proc Natl Acad Sci USA 91: 5114-5118.

231. Nicholson BL, and White KA. (2011). 3' Cap-independent translation enhancers of positive-strand RNA plant viruses. Current opinion in virology 1: 373-80.

232. Nicholson BL, Wu B, Chevtchenko I, and White KA. (2010). Tombusvirus recruitment of host translational machinery via the 3' UTR. RNA 16: 1402-19.

233. Niessing D, Blanke S, and Jackie H. (2002). Bicoid associates with the 5'-cap-bound complex of caudal mRNA and represses translation. Genes Dev 16: 2576-82.

234. Ohashi S, Atsumi M, and Kobayashi S. (2009). HSP60 interacts with YB-1 and affects its polysome association and subcellular localization. Biochemical and Biophysical Research Communications 385: 545-550.

235. Ohashi S, Moue M, Tanaka T, and Kobayashi S. (2011). Translational level of acetylcholine receptor a mRNA in mouse skeletal muscle is regulated by YB-1 in response to neural activity. Biochem Biophys Res Commun 414: 647-52.

236. Ohba H, Chiyoda T, Endo E, Yano M, Hayakawa Y, Sakaguchi M, et al. (2004). Sox21 is a repressor of neuronal differentiation and is antagonized by YB-1. Neuroscience Letters 358: 157-160.

237. Ohga T, Koike K, Ono M, Makino Y, Itagaki Y, Tanimoto M, et al. (1996). Role of the human Y box-binding protein YB-1 in cellular sensitivity to the DNA-damaging agents cisplatin, mitomycin C, and ultraviolet light. Cancer Research 56: 4224-4228.

238. Ohmori M, Shimura H, Shimura Y, and Kohn LD. (1996). A Y-box protein is a suppressor factor that decreases thyrotropin receptor gene expression. Molecular Endocrinology (Baltimore, Md.) 10: 76-89.

239. Ohyama T, Nagata T, Tsuda K, Kobayashi N, Imai T, Okano H, et al. (2011). Structure of Musashil in a complex with target RNA: the role of aromatic stacking interactions. Nucleic Acids Res 40: 3218-3231.

240. Okamoto T, Izumi H, Imamura T, Takano H, Ise T, Uchiumi T, et al. (2000). Direct interaction of p53 with the Y-box binding protein, YB-1: a mechanism for regulation of human gene expression. Oncogene 19: 6194-6202.

241. Okochi K, Suzuki T, Inoue J, Matsuda S, and Yamamoto T. (2005). Interaction of anti-proliferative protein Tob with poly(A)-binding protein and inducible poly(A)-binding protein: implication of Tob in translational control. Genes Cells 10: 151-63.

242. Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, Macek B, Kumar C, Mortensen P, et al. (2006). Global, in vivo, and site-specific phosphorylation dynamics in signaling networks. Cell 127: 635-648.

243. Onishi H, Kino Y, Morita T, Futai E, Sasagawa N, and Ishiura S. (2008). MBNL1 associates with YB-1 in cytoplasmic stress granules. Journal of Neuroscience Research 86: 1994-2002.

244. Ostareck DH, Ostareck-Lederer A, Shatsky IN, and Hentze MW. (2001). Lipoxygenase mRNA silencing in erythroid differentiation: The 3'UTR regulatory complex controls 60S ribosomal subunit joining. Cell 104: 281-90.

245. Ostareck DH, Ostareck-Lederer A, Wilm M, Thiele BJ, Mann M, and Hentze MW. (1997). mRNA silencing in erythroid differentiation: hnRNP K and hnRNP El regulate 15-lipoxygenase translation from the 3' end. Cell 89: 597-606.

246. Ostareck-Lederer A, Ostareck DH, Cans C, Neubauer G, Bomsztyk K, Superti-Furga G, et al. (2002). c-Src-mediated phosphorylation of hnRNP K drives translational activation of specifically silenced mRNAs. Mol Cell Biol 22: 4535-^3.

247. Ostareck-Lederer A, and Ostareck DH. (2004). Control of mRNA translation and stability in haematopoietic cells: the function of hnRNPs K and E1/E2. Biol Cell 96: 407-11.

248. Otero LJ, Ashe MP, and Sachs AB. (1999). The yeast poly(A)-binding protein Pablp stimulates in vitro poly(A)-dependent and cap-dependent translation by distinct mechanisms. EMBO J18: 3153-63.

249. Padilla-Noriega L, Paniagua O, and Guzman-Leon S. (2002). Rotavirus protein NSP3 shuts off host cell protein synthesis. Virology 298: 1-7.

250. Paranjape SM, and Harris E. (2007). Y box-binding protein-1 binds to the dengue virus 3'-untranslated region and mediates antiviral effects. The Journal of Biological Chemistry 282: 30497-30508.

251. Parker R, and Song H. (2004). The enzymes and control of eukaryotic mRNA turnover. Nat Struct Mol Biol 11: 121-7.

252. Patel GP, and Bag J. (2006). IMP1 interacts with poly(A)-binding protein (PABP) and the autoregulatory translational control element of PABP-mRNA through the KH III-IV domain. FEBS Journal 273: 5678-5690.

253. Patel GP, Ma S, and Bag J. (2005). The autoregulatory translational control element of poly(A)-binding protein mRNA forms a heteromeric ribonucleoprotein complex. Nucleic Acids Res 33: 7074-89.

254. Pelham HR, and Jackson RJ. (1976). An efficient mRNA-dependent translation system from reticulocyte lysates. European Journal of Biochemistry 67: 247-56.

255. Perez C, McKinney C, Chulunbaatar U, and Mohr I. (2011). Translational control of the abundance of cytoplasmic poly(A) binding protein in human cytomegalovirus-infected cells. J Virol 85: 156-64.

256. Pestryakov P, Zharkov DO, Grin I, Fomina EE, Kim ER, Hamon L, et al. (2012). Effect of the multifunctional proteins RPA, YB-1, and XPC repair factor on AP site cleavage by DNA glycosylase NEIL1. Journal of molecular recognition 25: 224-33.

257. Petersen CP, Bordeleau M-E, Pelletier J, and Sharp PA. (2006). Short RNAs repress translation after initiation in mammalian cells. Mol Cell 21: 533^2.

258. Piqué M, López JM, Foissac S, Guigó R, and Méndez R. (2008). A combinatorial code for CPE-mediated translational control. Cell 132: 434-48.

259. Pirón M, Vende P, Cohen J, and Poncet D. (1998). Rotavirus RNA-binding protein NSP3 interacts with eIF4GI and evicts the poly(A) binding protein from eIF4F. EMBOJU: 5811-21.

260. Pokrovskaya ID, and Gurevich VV. (1994). In vitro transcription: preparative RNA yields in analytical scale reactions. Anal Biochem 220: 420-3.

261. Polacek C, Friebe P, and Harris E. (2009). Poly(A)-binding protein binds to the non-polyadenylated 3' untranslated region of dengue virus and modulates translation efficiency. J Gen Virol 90: 687-92.

262. Proudfoot NJ. (2011). Ending the message: poly(A) signals then and now. Genes Dev 25: 1770-82.

263. Proweller A, and Butler JS. (1996). Ribosomal association of poly(A)-binding protein in poly(A)-deficient Saccharomyces cerevisiae. J Biol Chem 271: 10859-65.

264. Raffetseder U, Rauen T, Djudjaj S, Kretzler M, En-Nia A, Tacke F, et al. (2009). Differential regulation of chemokine CCL5 expression in monocytes/macrophages and renal cells by Y-box protein-1. Kidney International 75: 185-196.

265. Raj GV, Safak M, MacDonald GH, and Khalili K. (1996). Transcriptional regulation of human polyomavirus JC: evidence for a functional interaction between RelA (p65) and the Y-box-binding protein, YB-1 .Journal of Virology 70: 5944-5953.

266. Rajkowitsch L, Vilela C, Berthelot K, Ramirez CV, and McCarthy JEG. (2004). Reinitiation and recycling are distinct processes occurring downstream of translation termination in yeast. J Mol Biol 335: 71-85.

267. Rakotondrafara AM, Polacek C, Harris E, and Miller WA. (2006). Oscillating kissing stem-loop interactions mediate 5' scanning-dependent translation by a viral 3'-cap-independent translation element. RNA 12: 1893-906.

268. Ranjan M, Tafuri SR, and Wolffe AP. (1993). Masking mRNA from translation in somatic cells. Genes & Development 7: 1725-1736.

269. Rauen T, Raffetseder U, Frye BC, Djudjaj S, Muhlenberg PJT, Eitner F, et al. (2009). YB-1 acts as a ligand for Notch-3 receptors and modulates receptor activation. The Journal of Biological Chemistry 284: 26928-26940.

270. Ray PS, and Fox PL. (2007). A post-transcriptional pathway represses monocyte VEGF-A expression and angiogenic activity. EMBO J 26: 3360-72.

271. Reynolds N, Collier B, Maratou K, Bingham V, Speed RM, Taggart M, et al.2005). Dazl binds in vivo to specific transcripts and can regulate the pre-meiotic translation of Mvh in germ cells. Hum Mol Genet 14: 3899-909.

272. Richter JD. (2007). CPEB: a life in translation. Trends Biochem Sci 32: 279-85.

273. Rivera CI, and Lloyd RE. (2008). Modulation of enteroviral proteinase cleavage of poly(A)-binding protein (PABP) by conformation and PABP-associated factors. Virology 375: 59-72.

274. Rouhana L, and Wickens M. (2007). Autoregulation of GLD-2 cytoplasmic poly(A) polymerase. RNA 13: 188-99.

275. Roy G, De Crescenzo G, Khaleghpour K, Kahvejian A, O'Connor-McCourt M, and Sonenberg N. (2002). Paipl interacts with poly(A) binding protein through two independent binding motifs. Mol Cell Biol 22: 3769-82.

276. Rudinger-Thirion J, Olsthoorn RCL, Giege R, and Barends S. (2006). Idiosyncratic behaviour of tRNA-like structures in translation of plant viral RNA genomes. J Mol Biol 355: 873-8.

277. Rush J, Moritz A, Lee KA, Guo A, Goss VL, Spek EJ, et al. (2005). Immunoaffinity profiling of tyrosine phosphorylation in cancer cells. Nature Biotechnology 23: 94-101.

278. Ruzanov PV, Evdokimova VM, Korneeva NL, Hershey JW, and Ovchinnikov LP. (1999). Interaction of the universal mRNA-binding protein, p50, with actin: a possible link between mRNA and microfilaments. Journal of Cell Science 112: 3487-3496.

279. Safak M, Gallia G, Ansari S, and Khalili K. (1999).(a). Physical and functional interaction between the Y-box binding protein YB-1 and human polyomavirus JC virus large T antigen. Journal of Virology 73: 10146-10157.

280. Safak M, Gallia G, and Khalili K. (1999).(b). Reciprocal interaction between two cellular proteins, Puralpha and YB-1, modulates transcriptional activity of JCVCY in glial cells. Molecular and Cellular Biology 19: 2712-2723.

281. Sagliocco F, Laloo B, Cosson B, Laborde L, Castroviejo M, Rosenbaum J, et al.2006). The ARE-associated factor AUF1 binds poly(A) in vitro in competition with PABP. Biochem J 400: 337-47.

282. Saji H, Toi M, Saji S, Koike M, Kohno K, and Kuwano M. (2003). Nuclear expression of YB-1 protein correlates with P-glycoprotein expression in human breast carcinoma. Cancer Letters 190: 191-197.

283. Sampath P, Mazumder B, Seshadri V, Gerber CA, Chavarte L, Kinter M, et al.2004). Noncanonical function of glutamyl-prolyl-tRNA synthetase: gene-specific silencing of translation. Cell 119: 195-208.

284. Samuel S, Beifuss KK, and Bernstein LR. (2007). YB-1 binds to the MMP-13 promoter sequence and represses MMP-13 transactivation via the AP-1 site. Biochimica et Biophysica Acta 1769: 525-531.

285. Samuel S, Twizere J-C, and Bernstein LR. (2005). YB-1 represses API-dependent gene transactivation and interacts with an AP-1 DNA sequence. The Biochemical Journal 388: 921-928.

286. Sato H, and Maquat LE. (2009). Remodeling of the pioneer translation initiation complex involves translation and the karyopherin importin beta. Genes Dev 23: 253750.

287. Searfoss A, Dever TE, and Wickner R. (2001). Linking the 3' poly(A) tail to the subunit joining step of translation initiation: relations of Pablp, eukaryotic translation initiation factor 5b (Funl2p), and Ski2p-Slhlp. Mol Cell Biol 21: 4900-8.

288. Selivanova OM, Guryanov SG, Enin GA, Skabkin MA, Ovchinnikov LP, and Serdyuk IN. (2010). YB-1 is capable of forming extended nanofibrils. Biochemistry (Mosc) 75: 115-120.

289. Semotok JL, Cooperstock RL, Pinder BD, Vari HK, Lipshitz HD, and Smibert CA.2005). Smaug recruits the CCR4/POP2/NOT deadenylase complex to trigger maternal transcript localization in the early Drosophila embryo. Curr Biol 15: 284-94.

290. Sengupta S, Mantha AK, Mitra S, and Bhakat KK. (2011). Human AP endonuclease (APEl/Ref-1) and its acetylation regulate YB-l-p300 recruitment and

291. RNA polymerase II loading in the drug-induced activation of multidrug resistance gene MDR1. Oncogene 30: 482-493.

292. Shiota M, Izumi H, Onitsuka T, Miyamoto N, Kashiwagi E, Kidani A, et al. (2008). Twist promotes tumor cell growth through YB-1 expression. Cancer Research 68: 98105.

293. Shiota M, Takeuchi A, Song Y, Yokomizo A, Kashiwagi E, Uchiumi T, et al. (2011).(a). Y-box binding protein-1 promotes castration-resistant prostate cancer growth via androgen receptor expression. Endocr Relat Cancer 18: 505-17.

294. Shiota M, Zoubeidi A, Kumano M, Beraldi E, Naito S, Nelson CC, et al. (2011).(b). Clusterin is a critical downstream .mediator of stress-induced YB-1 transactivation in prostate cancer. Mol Cancer Res 9: 1755-66.

295. Shnyreva M, Schullery DS, Suzuki H, Higaki Y, and Bomsztyk K. (2000). Interaction of two multifunctional proteins. Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K and Y-box-binding protein. The Journal of Biological Chemistry 275: 1549815503.

296. Siddiqui N, Mangus DA, Chang T-C, Palermino J-M, Shyu A-B, and Gehring K. (2007). Poly(A) nuclease interacts with the C-terminal domain of polyadenylate-binding protein domain from poly(A)-binding protein. J Biol Chem 282: 25067-75.

297. Singh G, Rebbapragada I, and Lykke-Andersen J. (2008). A competition between stimulators and antagonists of Upf complex recruitment governs human nonsensemediated mRNA decay. PLoS Biol 6: el 11.

298. Singh N, Morlock H, and Hanes SD. (2011). The Bin3 RNA methyltransferase is required for repression of caudal translation in the Drosophila embryo. Dev Biol 352: 104-15.

299. Skabkin MA, Evdokimova V, Thomas AA, and Ovchinnikov LP. (2001). The major messenger ribonucleoprotein particle protein p50 (YB-1) promotes nucleic acid strand annealing. The Journal of Biological Chemistry 276: 44841^14847.

300. Skabkin MA, Kiselyova 01, Chernov KG, Sorokin AV, Dubrovin EV, Yaminsky IV, et al. (2004). Structural organization of mRNA complexes with major core mRNP protein YB-1. Nucleic Acids Research 32: 5621-5635.

301. Skabkina OV, Lyabin DN, Skabkin MA, and Ovchinnikov LP. (2005). YB-1 autoregulates translation of its own mRNA at or prior to the step of 40S ribosomal subunit joining. Molecular and Cellular Biology 25: 3317-3323.

302. Skabkina OV, Skabkin MA, Popova NV, Lyabin DN, Penalva LO, and Ovchinnikov LP. (2003). Poly(A)-binding protein positively affects YB-1 mRNA translation through specific interaction with YB-1 mRNA. The Journal of Biological Chemistry 278: 18191-18198.

303. Skalweit A, Doller A, Huth A, Kahne T, Persson PB, and Thiele B-J. (2003). Posttranscriptional control of renin synthesis: identification of proteins interacting with renin mRNA 3'-untranslated region. Circulation Research 92: 419^427.

304. Skoko N, Baralle M, Buratti E, and Baralle FE. (2008). The pathological splicing mutation c.6792C>G in NF1 exon 37 causes a change of tenancy between antagonistic splicing factors. FEBSLetters 582: 2231-2236.

305. Sladic RT, Lagnado CA, Bagley CJ, and Goodall GJ. (2004). Human PABP binds AU-rich RNA via RNA-binding domains 3 and 4. Eur JBiochem 271: 450-7.

306. Smith RWP, and Gray NK. (2010). Poly(A)-binding protein (PABP): a common viral target. Biochem J 426: 1-12.

307. Snee M, Benz D, Jen J, and Macdonald PM. (2008). Two distinct domains of Bruno bind specifically to the oskar mRNA. RNA Biol 5: 1-9.

308. Sorokin AV, Selyutina AA, Skabkin MA, Guryanov SG, Nazimov IV, Richard C, et al. (2005). Proteasome-mediated cleavage of the Y-box-binding protein 1 is linked to DNA-damage stress response. The EMBO Journal 24: 3602-3612.

309. Stefanizzi I, and Cañete-Soler R. (2007). Coregulation of light neurofilament mRNA by poly(A)-binding protein and aldolase C: implications for neurodegeneration. Brain Res 1139: 15-28.

310. Stein U, Bergmann S, Scheffer GL, Scheper RJ, Royer H-D, Schlag PM, et al. (2005). YB-1 facilitates basal and 5-fluorouracil-inducible expression of the human major vault protein (MVP) gene. Oncogene 24: 3606-3618.

311. Stenina OI, Shaneyfelt KM, and DiCorleto PE. (2001). Thrombin induces the release of the Y-box protein dbpB from mRNA: a mechanism of transcriptional activation. Proc Natl Acad Sci USA 98: 7277-7282.

312. Stickeler E, Fraser SD, Honig A, Chen AL, Berget SM, and Cooper TA. (2001). The RNA binding protein YB-1 binds A/C-rich exon enhancers and stimulates splicing of the CD44 alternative exon v4. The EMBO Journal 20: 3821-3830.

313. Stratford AL, Fry CJ, Desilets C, Davies AH, Cho YY, Li Y, et al. (2008). Y-box binding protein-1 serine 102 is a downstream target of p90 ribosomal S6 kinase in basal-like breast cancer cells. Breast Cancer Research□: BCR 10: R99.

314. Stratford AL, Reipas K, Hu K, Fotovati A, Brough R, Frankum J, et al. (2012). Targeting p90 Ribosomal S6 Kinase Eliminates Tumor-Initiating Cells by Inactivating Y-Box Binding Protein-1 in Triple-Negative Breast Cancers. Stem Cells 30: 1338-48.

315. Stupina VA, Yuan X, Meskauskas A, Dinman JD, and Simon AE. (2011). Ribosome binding to a 5' translational enhancer is altered in the presence of the 3' untranslated region in cap-independent translation of turnip crinkle virus. J Virol 85: 4638-53.

316. Sullivan KD, Mullen TE, Marzluff WF, and Wagner EJ. (2009). Knockdown of SLBP results in nuclear retention of histone mRNA. RNA 15: 459-72.

317. Sundseth R, MacDonald G, Ting J, and King AC. (1997). DNA elements recognizing NF-Y and Spl regulate the human multidrug-resistance gene promoter. Molecular Pharmacology 51: 963-971.

318. Svitkin YV, Evdokimova VM, Brasey A, Pestova TV, Fantus D, Yanagiya A, et al. (2009). General RNA-binding proteins have a function in poly(A)-binding protein-dependent translation. The EMBO Journal 28: 58-68.

319. Svitkin YV, Ovchinnikov LP, Dreyfuss G, and Sonenberg N. (1996). General RNA binding proteins render translation cap dependent. The EMBO Journal 15: 7147-7155.

320. Svitkin YV, and Sonenberg N. (2004). An efficient system for cap- and poly(A)-dependent translation in vitro. Methods Mol Biol 257: 155-70.

321. Swamynathan SK, Nambiar A, and Guntaka RV. (2000). Chicken Y-box proteins chk-YB-lb and chk-YB-2 repress translation by sequence-specific interaction with single-stranded RNA. The Biochemical Journal 348 Pt 2: 297-305.

322. Sanchez R, and Marzluff WF. (2002). The stem-loop binding protein is required for efficient translation of histone mRNA in vivo and in vitro. Mol Cell Biol 22: 7093104.

323. Tafuri SR, and Wolffe AP. (1992). DNA binding, multimerization, and transcription stimulation by the Xenopus Y box proteins in vitro. The New Biologist 4: 349-359.

324. Tanaka T, Ohashi S, Funakoshi T, and Kobayashi S. (2010). YB-1 binds to GluR2 mRNA and CaMl mRNA in the brain and regulates their translational levels in an activity-dependent manner. Cellular and Molecular Neurobiology 30: 1089-1100.

325. Tay J, Hodgman R, Sarkissian M, and Richter JD. (2003). Regulated CPEB phosphorylation during meiotic progression suggests a mechanism for temporal control of maternal mRNA translation. Genes Dev 17: 1457-62.

326. Thoreen CC, Chantranupong L, Keys HR, Wang T, Gray NS, and Sabatini DM. (2012). A unifying model for mTORCl-mediated regulation of mRNA translation. Nature 485: 109-13.

327. Ting JP, Painter A, Zeleznik-Le NJ, MacDonald G, Moore TM, Brown A, et al. (1994). YB-1 DNA-binding protein represses interferon gamma activation of class II major histocompatibility complex genes. The Journal of Experimental Medicine 179: 1605-1611.

328. To K, Fotovati A, Reipas KM, Law JH, Hu K, Wang J, et al. (2010). Y-box binding protein-1 induces the expression of CD44 and CD49f leading to enhanced self-renewal, mammosphere growth, and drug resistance. Cancer Research 70: 28402851.

329. Toulany M, Schickfluss T-A, Eicheler W, Kehlbach R, Schittek B, and Rodemann HP. (2011). Impact of oncogenic K-RAS on YB-1 phosphorylation induced by ionizing radiation. Breast Cancer Res 13: R28.

330. Treder K, Kneller ELP, Allen EM, Wang Z, Browning KS, and Miller WA. (2008). The 3 ' cap-independent translation element of Barley yellow dwarf virus binds eIF4F via the eIF4G subunit to initiate translation. RNA 14: 134-47.

331. Tritschler F, Huntzinger E, and Izaurralde E. (2010). Role of GW182 proteins and PABPC1 in the miRNA pathway: a sense of déjà vu. Nat Rev Mol Cell Biol 11: 37984.

332. Uchida N, Hoshino S-I, Imataka H, Sonenberg N, and Katada T. (2002). A novel role of the mammalian GSPT/eRF3 associating with poly(A)-binding protein in Cap/Poly(A)-dependent translation. J Biol Chem 277: 50286-92.

333. Uchiumi T, Fotovati A, Sasaguri T, Shibahara K, Shimada T, Fukuda T, et al. (2006). YB-1 is important for an early stage embryonic development: neural tube formation and cell proliferation. The Journal of Biological Chemistry 281: 4044040449.

334. Uramoto H, Izumi H, Ise T, Tada M, Uchiumi T, Kuwano M, et al. (2002). p73 Interacts with c-Myc to regulate Y-box-binding protein-1 expression. The Journal of Biological Chemistry 277: 31694-31702.

335. Vaiman AV, Stromskaya TP, Rybalkina EY, Sorokin AV, Guryanov SG, Zabotina TN, et al. (2006). Intracellular localization and content of YB-1 protein in multidrug resistant tumor cells. Biochemistry (Mose) 71: 146-154.

336. Vazquez-Pianzola P, Urlaub H, and Suter B. (2011). Pabp binds to the osk 3'UTR and specifically contributes to osk mRNA stability and oocyte accumulation. Dev Biol 357: 404-18.

337. Vyas K, Chaudhuri S, Leaman DW, Komar AA, Musiyenko A, Barik S, et al. (2009). Genome-wide polysome profiling reveals an inflammation-responsive posttranscriptional operon in gamma interferon-activated monocytes. Mol Cell Biol 29: 458-70.

338. Wahle E, and Rüegsegger U. (1999). 3'-End processing of pre-mRNA in eukaryotes. FEMS Microbiol Rev 23: 277-95.

339. Wakiyama M, Futami T, and Miura K. (1997). Poly(A) dependent translation in rabbit reticulocyte lysate. Biochimie 79: 781-5.

340. Wang ET, Sandberg R, Luo S, Khrebtukova I, Zhang L, Mayr C, et al. (2008). Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes. Nature 456: 470-6.

341. Wang Z, and Kiledjian M. (2000). The poly(A)-binding protein and an mRNA stability protein jointly regulate an endoribonuclease activity. Mol Cell Biol 20: 633441.

342. Wang Z, Kraft JJ, Hui AY, and Miller WA. (2010). Structural plasticity of Barley yellow dwarf virus-like cap-independent translation elements in four genera of plant viral RNAs. Virology 402: 177-86.

343. Wang Z, Parisien M, Scheets K, and Miller WA. (2011). The cap-binding translation initiation factor, eIF4E, binds a pseudoknot in a viral cap-independent translation element. Structure 19: 868-80.

344. Wang Z, Treder K, and Miller WA. (2009). Structure of a viral cap-independent translation element that functions via high affinity binding to the eIF4E subunit of eIF4F. J Biol Chem 284: 14189-202.

345. Watermann DO, Tang Y, Zur Hausen A, Jäger M, Stamm S, and Stickeier E. (2006). Splicing factor Tra2-betal is specifically induced in breast cancer and regulates alternative splicing of the CD44 gene. Cancer Research 66: 4774^1780.

346. Webster PJ, Liang L, Berg CA, Lasko P, and Macdonald PM. (1997). Translational repressor bruno plays multiple roles in development and is widely conserved. Genes Devil: 2510-21.

347. Wei CC, Balasta ML, Ren J, and Goss DJ. (1998). Wheat germ poly(A) binding protein enhances the binding affinity of eukaryotic initiation factor 4F and (iso)4F for cap analogues. Biochemistry 37: 1910-6.

348. Wei W-J, Mu S-R, Heiner M, Fu X, Cao L-J, Gong X-F, et al. (2012). YB-1 binds to CAUC motifs and stimulates exon inclusion by enhancing the recruitment of U2AF to weak polypyrimidine tracts. Nucleic Acids Res.

349. Wells SE, Hillner PE, Vale RD, and Sachs AB. (1998). Circularization of mRNA by eukaryotic translation initiation factors. Mol Cell 2: 135-40.

350. Wilhelm JE, Mansfield J, Hom-Booher N, Wang S, Turck CW, Hazelrigg T, et al. (2000). Isolation of a ribonucleoprotein complex involved in mRNA localization in Drosophila oocytes. J Cell Biol 148: 427-40.

351. Xie W, Yang J, Cao Y, Peng C, Ning H, Zhang F, et al. (2012). Expression of Y-Box-binding protein 1 in Chinese patients with breast cancer. Tumour Biol 33: 63-71.

352. Yanagiya A, Delbes G, Svitkin YV, Robaire B, and Sonenberg N. (2010). The poly(A)-binding protein partner Paip2a controls translation during late spermiogenesis in mice. J Clin Invest 120: 3389-400.

353. Yang R, Gaidamakov SA, Xie J, Lee J, Martino L, Kozlov G, et al. (2011). La-related protein 4 binds poly(A), interacts with the poly(A)-binding protein MLLE domain via a variant PAM2w motif, and can promote mRNA stability. Mol Cell Biol 31: 542-56.

354. Yao P, Potdar AA, Arif A, Ray PS, Mukhopadhyay R, Willard B, et al. (2012). Coding region polyadenylation generates a truncated tRNA synthetase that counters translation repression. Cell 149: 88-100.

355. Yokoyama H, Harigae H, Takahashi S, Kameoka J, Miyamura K, Ishizawa K, et al. (2003).(a). High expression of YB-1 gene in erythroid cells in patients with refractory anemia. International Journal of Hematology 78: 213-218.

356. Yokoyama H, Harigae H, Takahashi S, Takahashi S, Furuyama K, Kaku M, et al. (2003).(b). Regulation of YB-1 gene expression by GATA transcription factors. Biochemical and Biophysical Research Communications 303: 140-145.

357. Yoshida M, Yoshida K, Kozlov G, Lim NS, De Crescenzo G, Pang Z, et al. (2006). Poly(A) binding protein (PABP) homeostasis is mediated by the stability of its inhibitor, Paip2. EMBOJ25: 1934-44.

358. Zhang B, Morace G, Gauss-Muller V, and Kusov Y. (2007). Poly(A) binding protein, C-terminally truncated by the hepatitis A virus proteinase 3C, inhibits viral translation. Nucleic Acids Res 35: 5975-84.

359. Zhang H, Lee JY, and Tian B. (2005).(b). Biased alternative polyadenylation in human tissues. Genome Biol 6: R100.

360. Zhang X, Virtanen A, and Kleiman FE. (2010). To polyadenylate or to deadenylate: that is the question. Cell cycle 9: 4437-49.

361. Zhang YF, Homer C, Edwards SJ, Hananeia L, Lasham A, Royds J, et al (2003). Nuclear localization of Y-box factor YB1 requires wild-type p53. Oncogene 22: 2782-2794.

362. Zou Y, and Chien KR. (1995). EFIA/YB-1 is a component of cardiac HF-1A binding activity and positively regulates transcription of the myosin light-chain 2v gene. Molecular and Cellular Biology 15: 2972-2982.

363. Zou Y, Evans S, Chen J, Kuo HC, Harvey RP, and Chien KR. (1997). CARP, a cardiac ankyrin repeat protein, is downstream in the Nkx2-5 homeobox gene pathway. Development 124: 793-804.

364. Zuo X, Wang J, Yu P, Eyler D, Xu H, Starich MR, et al (2010). Solution structure of the cap-independent translational enhancer and ribosome-binding element in the 3' UTR of turnip crinkle virus. Proc Natl Acad Sci USA 107: 1385-90.

365. Гене ГП, Стромская ТП, Калита OB, Вайман АВ, Рыбалкина ЕЮ, Овчинников ЛП, et al. (2009). Исследование белка YB-1 в опухолях молочной железы . Клин, лаб. диагн. 4: 21-24.6220-31.

Информация о работе

Елисеева, Ирина Александровна
кандидата биологических наук
Пущино, 2012
ВАК 03.01.03

Диссертация

Действие белков YB-1 и РАВР на трансляцию полиа(-) и полиа(+)мРНК YB-1 - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Похожие работы

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему Действие белков YB-1 и РАВР на трансляцию полиа(-) и полиа(+)мРНК YB-1 ВАК РФ 03.01.03, Молекулярная биология

Автореферат диссертации по теме "Действие белков YB-1 и РАВР на трансляцию полиа(-) и полиа(+)мРНК YB-1"

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Елисеева, Ирина Александровна

Введение Диссертация по биологии, на тему "Действие белков YB-1 и РАВР на трансляцию полиа(-) и полиа(+)мРНК YB-1"

Заключение Диссертация по теме "Молекулярная биология", Елисеева, Ирина Александровна

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Елисеева, Ирина Александровна, Пущино

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Действие белков YB-1 и РАВР на трансляцию полиа(-) и полиа(+)мРНК YB-1
ВАК РФ 03.01.03, Молекулярная биология