Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Анализ генов предрасположенности к развитию бронхиальной астмы в Республике Башкортостан
ВАК РФ 03.00.15, Генетика
Автореферат диссертации по теме "Анализ генов предрасположенности к развитию бронхиальной астмы в Республике Башкортостан"
□03407999
На правах рукописи
ФЕДОРОВА ЮЛИЯ ЮРЬЕВНА
АНАЛИЗ ГЕНОВ ПРЕДРАСПОЛОЖЕННОСТИ К РАЗВИТИЮ БРОНХИАЛЬНОЙ АСТМЫ В РЕСПУБЛИКЕ БАШКОРТОСТАН
03.00.15 - генетика
АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук
1 О ДЕК 2009
Уфа-2009
Работа выполнена в Учреждении Российской академии наук Институт биохимии и генетики Уфимского научного центра РАН
Научный руководитель: доктор биологических наук, профессор
Хуснутдинова Эльза Камилевна
Официальные оппоненты: доктор биологических наук, профессор
Мусгафина Ольга Евгеньевна Учреждение Российской академии наук Институт биохимии и генетики УНЦ РАН
доктор медицинских наук, профессор Зинченко Рена Абульфазовна ГУ Медико-генетический научный центр РАМН
Ведущая организация: Учреждение Российской академии наук
Институт общей генетики имени Н.И. Вавилова РАН
Защита диссертации состоится «ЛА» декабря 2009г. в «Ш » часов на заседании Объединенного диссертационного совета ДМ 002.133.01 при Учреждении Российской академии наук Институт биохимии и генетики УНЦ РАН по адресу: 450054, Уфа, просп. Октября, 71.
С диссертацией и авторефератом можно ознакомиться в научной библиотеке Уфимского научного центра РАН но адресу. 450054, Уфа, просп. Октября, 71 и на сайте Учреждения Российской академии наук Институт биохимии и генетики УНЦ РАН: www.ibg.anrb.ru/dissov.html, e-mail: molgen@anrb.ru.
Автореферат разослан «21 » ноября 2009г.
Ученый секретарь диссертационного совета
С.М. Бикбулатова
ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ Актуальность проблемы
Бронхиальная астма - это распространенное воспалительное заболевание дыхательных путей, в котором принимают участие многие клетки и клеточные элементы. По социально-экономическому ущербу, влиянию на уровень здоровья и качество жизни пациентов, бронхиальная астма входит в число первых трех патологий в структуре заболеваний человека. Хроническое рецидивирующее течение БА, часто проявляющееся в раннем детстве и продолжающееся в течение всей жизни, может быть причиной не только инвалидности, но и смертельных исходов, что определяет необходимость исследования сложных невыясненных механизмов развития данной патологии с целью разработки эффективных методов диагностики и профилактики [Геппе Н. А. и др., 2002; Под ред. Чучалина А.Г., 2005; GINA, 2007].
Бронхиальная астма является классическим примером многофакторной патологии, развивающейся при взаимодействии многочисленных факторов окружающей среды и наследственной предрасположенности. Исследование генетических механизмов БА в последние годы стало областью активных международных исследований. На сегодняшний день более 15 исследовательских групп опубликовали результаты полногеномных анализов сцепления при атонии, атопическом дерматите и астме в различных популяциях [Ober С. et al., 2006; Scirica C.V. et al., 2007; Weiss S.T., 2009]. Согласно выводам этих работ, для 10 хромосомных областей (2р16, 2q32-33, 5q31-33, 6р21-24, llql2-13, 12ql4-24, 13ql4-22, 14q24, 16p 12, 17q21, 20p 13) показана высокая степень сцепления с астмой и сопутствующими с ней признаками [Daniels S.E. et al., 1996; CSGA, 1997; Ober С. et al., 1998; Yokouchi Y. et al., 2000; Haagerup A. et al., 2002; Hakonarson H. et al., 2002; Van Eerdewegh P. et al., 2002; Evans D.M. et al, 2004; Nicolae D. et al., 2005; Postma D.S. et al., 2005; Pillai S.G. et al., 2006; Moffatt M.F. et al., 2007].
Многочисленные ассоциативные исследования свидетельствуют, что в патогенезе БА принимают участие множество функционально взаимосвязанных генов (генных сетей), в том числе главные, ключевые гены и гены-модификаторы, фенотипический эффект которых зависит от факторов окружающей среды [Баранов B.C. и др., 2008]. Существенная часть исследований посвящена генам цитокиновой сети, которые играют решающую роль в развитии аллергического воспаления [Rosenwasser L.J. et al., 1995; Kruse S. et al., 1999; Kips J.C., 2001; Markova S. et al., 2007; Settin A. et al., 2008; Castro-Giner F. et al., 2009]. Большой опыт накоплен и в отношении генов системы детоксикащш, отвечающих за
деградацию и выведение из организма ксенобиотиков [Баранов B.C. и др., 2000; Ляхович В.В. и др., 2002; Niewinski P. et al., 2003; Фрейдин М.Б. и др., 2006; Polonikov A.V. et al., 2009]. Позиционно-клонированный ген ADAM33 (А Disintegrin and Metalloprotease 33) рассматривается в качестве одного из главных кандидатов тяжести течения БА [Van Eerdewegh P. et al., 2002; Howard T.D. et al., 2003; Cheng E. et al., 2004; Jie Z. et al., 2009]. Взаимосвязь полиморфных вариантов как генов цитокиновой сети, так и генов системы биотрансформации, с бронхиальной астмой у жителей России изучена несколькими группами исследователей [Ляхович В.В. и др., 2002; Фрейдин М.Б. и др., 2002; Карунас А.С. и др., 2004; Фрейдин М.Б. и др., 2006; Баранов B.C. и др., 2008; Polonikov A.V. et al., 2009]. Полученные результаты, однако, весьма противоречивы и не дают однозначного ответа на вопрос об их патогенетической роли в развитии астмы. Исследование гена ADAM33 у больных БА в отечественных работах ранее не проводилось. Это свидетельствует о необходимости комплексного исследования генетических механизмов развития данного заболевания для оценки факторов риска развития БА и последующей разработки профилактических мероприятий с учетом индивидуальных особенностей каждого больного.
В связи с вышесказанным бьши определены цели и задачи исследования.
Цель работы
Анализ ассоциации полиморфных вариантов генов цитокинов, генов ферментов биотрансформации ксенобиотиков и гена дизинтегрина и металлопротеазы ADAM33 с развитием бронхиальной астмы в Республике Башкортостан.
Задачи исследования
1. Провести анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфных вариантов генов цитокинов: IL4 (-590С>Т), IL4RA (IleSOVal), IL10 (-627С>А), TNFA (-308G>A), IL1B (3953С>Т) и ¡LIRA (VNTR) у больных бронхиальной астмой и здоровых индивидов.
2. Провес-га исследование полиморфных вариантов генов ферментов биотрансформации ксенобиотиков CYP1A1 (48870А, 4889A>G, 6235Т>С), CYP2C9 (430С>Т, 1075С>Т), CYP2C19 (681G>A), CYP2D6 (1934G>A), GSTM1 (делеция), GSTT1 (делеция), NAT2 (481С>Т, 590G>A, 857G>A), MTHFR (6770Т) у больных бронхиальной астмой и здоровых индивидов.
3. Провести генотипирование и гаплотипирование полиморфных вариантов гена дизинтегрина и металлопротеазы ADAM33 у больных бронхиальной астмой и здоровых индивидов.
4. Провести анализ ассоциаций исследованных полиморфных вариантов генов с развитием БЛ у детей и индивидов старше 18 лет. Проанализировать распределение частот аллелей и генотипов изученных полиморфных локусов с учетом этнической принадлежности индивидов, форм и степени тяжести БА.
5. Провести анализ роли межгенных взаимодействий полиморфных вариантов генов цитокинов и генов ферментов биотрансформации ксенобиотиков в развитии бронхиальной астмы.
Научная новизна исследования
Впервые с помощью биочипа, разработанного в лаборатории биологических микрочипов Института молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта, в диссертационной работе определены частоты полиморфных вариантов генов системы биотрансформации CYP1A1, CYP2D6, GSTT1, GSTM1, MTHFR, CYP2C9, CYP2C19 и NAT2 у больных БА и здоровых индивидов из РБ. Впервые проведен анализ ассоциаций полиморфных локусов гена ADAM33 с бронхиальной астмой. Выявлены генетические маркеры риска развития заболевания у индивидов с учетом их этнической принадлежности, форм и степени тяжести Б А. Впервые с помощью программы GMDR исследовано межгенное взаимодействие генов цитокинов, ферментов системы биотрансформации и гена дизинтегрина и металлолротеазы ADAM33, а также изучена их взаимосвязь с учетом возраста индивидов и клинических проявлений Б А.
Научно-практическая значимость работы
Результаты работы вносят вклад в общее представление о генетических основах предрасположенности к бронхиальной астме. Данные диссертационной работы могут послужить основой для последующих исследований по определению генетических факторов риска развития БА и разработки адекватных лечебно-профилактических мероприятий. Результаты исследования также могут быть использованы при чтении спецкурсов на факультетах биологии, в медицинских ВУЗах, на курсах повышения квалификации медицинских работников.
Апробация работы
Основные положения диссертации были представлены на школе-семинаре «Биомика-наука XXI века» (Уфа, 2007), European Human Genetics Conference (Barcelona, 2008; Vienna, 2009), European Respiratory Society Annual Congress
(Berlin, 2008; Vienna 2009), Congress of the European Academy of Allergology and Clinical Immunology (Warsaw, 2009), V Съезде Вавиловского общества генетиков и селекционеров (Москва, 2009).
Публикации
По материалам диссертации опубликовано 12 работ, из них 2 статьи в изданиях, рекомендованных ВАК, и одна монография.
Структура и объем диссертации
Диссертация изложена на 224 страницах машинописного текста. Состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследования, результатов исследования и обсуждения, заключения, выводов и списка литературы. Работа содержит 19 рисунков и 69 таблиц. Слисок литературы включает 293 источника.
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ Материалы исследования
В работе использованы образцы ДНК 510 неродственных индивидов, больных бронхиальной астмой, в возрасте от 2 до 60 лет. Из них число детей, больных БА, составило 265 человек (от 2 до 18 лет). Все обследованные являлись пациентами детского отделения Клиники Башкирского государственного медицинского университета, пульмонологического и аллергологического отделений городской клинической больницы № 21 г. Уфы. Диагноз БА устанавливался в соответствии с критериями Глобальной стратегии лечения и профилактики бронхиальной астмы (GEMA, 2007) и критериями отечественных программных документов по диагностике, лечению и профилактике БА [Под ред. Чучалина А.Г., 2005; GINA, 2007].
Состав больных по этнической принадлежности был следующим: русские -172, татары - 101, башкиры - 65, метисы - 172. В зависимости от формы бронхиальной астмы выборка больных была разделена на следующие группы: 1) с аллергической - 282 человека; 2) с неаллергической - 113 человек; 3) со смешанной - 89 человек. Среди пациентов с БА 100 индивидов имели легкое течение заболевания, 256 индивидов - среднетяжелое и 127 человек - тяжелое течение БА. В качестве контроля исследована группа здоровых лиц без каких-либо признаков атопических заболеваний с очень низким или низким уровнем IgE, состоящая из 366 человек различной этнической принадлежности (123 русских, 91 татар, 51 башкир и 101 метиса).
Методы исследования
ДНК была выделена из периферической крови методом фенолыю-хлороформной экстракции [Mathew С.С. et al., 1984]. Анализ полиморфных вариантов генов IL4, 1L4RA, ILIO, IURA, HIB, TNFA, ADAM33 осуществляли методом полимеразной цепной реакции синтеза ДНК (ПЦР) на амплификаторе "Терцик" производства компании «ДНК-технология» (г. Москва) и ГЩРФ-анализом с последующим электрофорезом в 7-8% полиакриламидном геле. Исследование 11 полиморфных локусов и 2 делеций в восьми различных генах ФБК - CYP1A1 (48S70A, 4889A>G, 6235Т>С), CYP2D6 (1934G>A), GSTT1 (делеция), GSTM1 (делеция), NAT2 (4810Т, 590G>Â, 857G>A), MTHFR (677С>Т), CYP2C9 (4300Т, 10750Т) и CYP2C19 (681G>A) - проводилось при помощи биочипа, разработанного в лаборатории биологических мнкрочипов ИМБ им. В.А. Энгельгардта РАН [Глотов A.C. и др., 2005].
Статистическая обработка
Математическую обработку результатов проводили с использованием пакета программ: MS Office Excel 2003 [Microsoft], STATISTÍCA v.6.0. [StatSoft], BIOSTAT [Гланц С., 1999]. При попарном сравнении частот аллелей и генотипов в группах больных и хонтроля использовался критерий у} (р) для таблиц сопряженности 2x2 с поправкой Иэйтса на непрерывность. Силу ассоциаций оценивали в значениях показателя соотношения шансов Odds Ratio (OR) [Schlesselman J. et al., 1982]. Для оценки неравновесия по сцеплению пары полиморфных локусов использовался показатель D', рассчитанный с помощью программы LDA [http://ymw.chgb.ora.cn/Ida/lda.htm1. Определение частот гаплотипов и тестирование различий в распределении частот гаплотипов в группах пациентов и в контроле осуществлялось с помощью программы CHAPLIN rvt-ww.genetics.emorv.edu/labs/epstein/sofbware/chaplin/iridex.htm]. Анализ
межгенных взаимодействий проводился с помощью программы GMDR (MDR) (Generalized Multifactor-Dimensionality Reduction) [Lou X.Y. et al., 2007; http://www.healthsvstem.virginia.edu/internet/addiction-genomics/Software/].
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ 1. Анализ ассоциаций полиморфных вариантов генов цитокинов с бронхиальной астмой в Республике Башкортостан
Цитокины играют ключевую роль на всех стадиях реализации аллергических реакций. Особенно важным является IL4, переключающий В-лимфоциты на производство IgE и осуществляющий свои функции, взаимодействуя с клетками-мишенями через специфический рецептор (IL4R), расположенный на их поверхности. TNFa принимает участие в регуляции процессов дифференцировки, роста и метаболизма клеток, является медиатором воспалительных процессов. ILlß является цитокином широкого спектра действия: обуславливает пусковые реакции иммунитета, играет ключевую роль в развитии воспаления. Его рецепторный антагонист (IL1RA) рассматривается как противовоспалительный фактор локального действия, также как и ILIO, основными биологическими функциями которого является ограничение и завершение воспалительных процессов [Ярилин A.A., 1999; Фрейдин М.Б. и др., 2006; Баранов B.C. и др., 2008].
Нами проведено исследование полиморфных локусов шести генов цитокинов IL4, IL4RA, IL1B, IURA, ILIO, TNFA у больных БА и индивидов контрольной группы различной этнической принадлежности с учетом возраста, форм и степени тяжести бронхиальной астмы.
Анапа полиморфного варианта -590С>Тгена IL4 у больных бронхиальной астмой и в контрольной группе
Проведенный анализ распределения частот аллелей и генотипов •полиморфного варианта -590С>Т гена IL4 в контрольных выборках выявил статистически значимые отличия между башкирами и русскими (¿=6,59, р=0,01 и •¿=1,19, р=0,02). Различия в распределении частот аллелей и генотипов полиморфного локуса -590С>Т гена IL4 были достоверными и между группами больных с аллергической формой БА и здоровых индивидов русской этнической принадлежности {¿=9,29, р=0,002, ¿=\1,99, р=0,002). Ассоциация с аллергической формой БА была определена для генотипа IL4-590*T/T (17,71% vs 4,10%, р=0,0009, OR=5,04, 95%CI 1,78-14,21) и аллеля 1L4-590*T (39,06% vs 25,41%, р=0,002, OR=l,88, 95%CI 1,25-2,83). Гомозиготный генотип IL4-590*C/C и аллель IL4-590*C являются маркерами пониженного риска развития аллергической формы БА у русских (р=0,04, OR=0,57, 95%С1 0,33-0,99 и р-0,002, OR=0,53,95%С10,35-0,80, соответственно) (рис. 1).
Распределение частот аллелей и генотипов данного полиморфного варианта в зависимости от степени тяжести заболевания показало, что у больных с тяжелым течением БА русской этнической принадлежности частота генотипа IL4-590*T/T (13,33%) была также значительно выше, чем у здоровых индивидов (4,10%, р=0,03, OR=3,60, 95%С1 1,04-12,45) (рис. 1).
При сравнении детской выборки больных БА и соответствующей | контрольной группы русской этнической принадлежности обнаружены статистически значимые различия по распределению частот аллелей и генотипов 1 полиморфного локуса -590С>Т гена IL4 (х2=6М, р=0,009 и %2=10,23, р=0,006, соответственно). Отмечено значительное увеличение частоты гомозиготного генотипа IL4-590*T/T(20,51%) и аллеля IL4-590*T(43,59%) в группе пациентов по сравнению с индивидами без признаков аллергических заболеваний (1,85% и 27,78%, соответственно). Показатель отношения шансов для носителей генотипа IL4-590*T/T составил 13,68 (р=0,004, 95%С1 1,76-106,58), для носителей аллеля J IL4-590*T- 2,01 (р=0,009, 95%С1 1,19-3,40). Аллель IL4-590*C является маркером пониженного риска развития БА у детей (OR=0,50, 95%С1 0,29-0,84) (рис. 2). В ' данном случае, маркеры риска заболевания обуславливают развитие именно аллергической формы бронхиальной астмы, которая является основной у детей.
Рис. 1. Распределение частот аллелей и генотипов полиморфного варианта -590С>Ттена И4 у больных БА и контроля русской этнической принадлежности.
0,00% 10,00% 20,00% 30,00% □ Контрольная группа я Больные с тяжелым течением БА 0 Больные аллергической формой БА
40,00%
50,00%
60,00%
70,00%
80,00%
0,00% 10,00% 20,00% 30,00% 40,00% 50,00% 60,00% 70,00% 80,00%
■ Дети с аллергической формой БА □ Контрольная группа
Рис. 2. Распределение частот аллелей и генотипов полиморфного варианта -590С>Т гена IL4 у детей, больных БА, и в контрольной группе русской этнической принадлежности.
Полученные данные согласуются с результатами других исследований. Ассоциация аллеля IL4-590*T с астмой была показана у детей из Японии [Noguchi Е. et al., 1998]. Обнаружена ассоциация аллеля IL4*-590T с развитием астмы в тайваньской популяции, а также с угнетением функции внешнего дыхания у американцев европеоидного происхождения [Burchard E.G. et al., 1999: Chiang C.H. et al., 2007]. Повышение риска развития Б А у носителей аллеля IL4*-590T, возможно, объясняется тем, что полиморфная замена С на Г в -590 положении ведет к образованию нового сайта связывания факторов транскрипции семейства NFAT и к повышенной транскрипции гена IL4 [Rosenwasser L.J. et al., 1997; Rockman M.V. et al., 2003], продукт которого является ключевым цитокином в развитии аллергического воспаления.
Анализ полиморфного локуса Ile50VaIгена IL4RA у больных бронхиальной астмой и в контрольной группе
Проведено исследование однонуклеотидной замены Ile50Val гена IL4RA у больных БА и в контрольной группе. Обнаружены статистически значимые различия по распределению частот аллелей данного полиморфного локуса при сравнении детской выборки больных БА и контроля татарской этнической принадлежности (%1=5,36, р=0,02). В группе пациентов отмечено статистически достоверное увеличение частоты аллеля IL4RA*50Val, на долю которого приходилось 48,28% случаев по сравнению с контролем, где частота данного
аллеля составила 32,65% (СЖ=1,93, 95%С1 1,10-3,36). Генотип 114ИА *50Пе/Пе и аллель Н4ЯА*50Пе среди детей, больных БА, определялись гораздо реже (в 24,14% и 51,72% случаев), чем в соответствующей контрольной группе (44,90% и 67,35%, соответственно). Показатель отношения шансов для носителей генотипа Я,4М*50Пе/11е составил 0,39 (С195% 0,17-0,89, ^=5,13, р=0,02), для носителей аллеля И4ВА*5011е - 0,52 (С195% 0,30-0,91, ^=5,36, р=0,02) (рис. 3). В данной группе все пациенты имеют аллергическую форму заболевания, следовательно, выявленные маркеры риска ассоциированы с аллергической БА. Согласно литературным данным, значимая ассоциация гаплотипа гена Н4ИА, содержащего аллель 1Ь4ЯА*50Уа1, с аллергической астмой была показана и у жителей Швеции [Нуйпеп А. М. et а!., 2004].
11 IV
■ Дети с аллергической формой Б А □ Контрольная группа
Рис. 3. Распределение частот аллелей и генотипов полиморфного варианта 11е50Уа1 гена 1Ь4ЯА у детей, больных Б А, и в контрольной группе татарской этнической принадлежности.
Анализ полиморфного варианта -308С>А гена ТЫРА у больных бронхиальной астмой и в контрольной группе Аначиз распределения частот аллелей и генотипов полиморфного варианта -308С>А гена ТЫРА не выявил достоверных отличий между контрольными группами различной этнической принадлежности (р>0,05). Учитывая отсутствие межэтнических различий по данному локусу и высокий уровень метисации населения РБ, нами рассматривались группы больных и контроля без учета их этнической принадлежности.
При сравнении выборок детей, больных аллергической формой БА, и соответствующего контроля выявлены статистически значимые различия в
распределении частот аллелей и генотипов данного локуса - ^=7,10, р=0,008 и %2=6,46, р=0,04, соответственно. В группе больных частота гетерозиготного генотипа ШРА*-3080/А (24,47%) была выше по сравнению с контролем, где данный генотип был обнаружен в 16,50% случаев (р=0,04, <Ж=1,64, 95%С1 1,022,64). Частота генотипа ТША *-308аС у детей с аллергической формой БА была ниже (71,31%), чем у детей без признаков атопических заболеваний (81,50%, р—0,01, (Ж=0,56, 95%С1 0,36-0,89). Анализ распределения частот аллелей показал, что в группе пациентов наблюдается увеличение в 1,5 раза частоты аллеля ТМ^А *-308А по сравнению со здоровыми индивидами (16,46% и 10,25%, соответственно) (р=0,008, СЖ=1,72, 95%С1 1,15-2,58) и уменьшение частоты аллеля ТМРА*-308в (83,54% и 89,75%, соответственно, СЖ=0,58, 95%С1 0,39-0,87) (рис. 4).
0,00% 10,00% 20,00% 30,00% 40,00% 50,00% 60,00% 70,00% 80,00% 90,00%
□ Контрольная группа ■ Дета с тяжелым течением БА г Дета с аллергической формой Б А
Рис. 4. Распределение частот аллелей и генотипов полиморфного варианта ■ -308G>A гена TNPA у детей, больных БА, и в контрольной группе.
Обнаружены статистически значимые различия по распределению частот аллелей и генотипов полиморфного локуса -308G>A гена TNFA между выборками детей с тяжелым течением БА и здоровых индивидов (%2=11,38, р=0,0007 и Х2= 10,96, р=0,004, соответственно). В группе пациентов отмечено статистически достоверное увеличение частоты гомозиготного генотипа TNFA *-308А/А, на долю которого приходилось 11,11% по сравнению с контрольной группой, г де частота данного генотипа достигала лишь 2,00% (р=0,01, OR=6,13, 95%С1 1,58-23,82) (рис. 4). Аллель TNFA*-308A в выборке детей с тяжелым течением БА определялся также чаще (в 23,33% случаев), чем в контрольной группе (10,25%, р=0,0007, OR=2,66, 95%С1 1,48-4,79). Генотип TNFA*-308G/G и аллель TNFA*-
308G среди детей, больных БА, определялись гораздо реже (в 64,44% и 76,67% случаев), чем в соответствующей контрольной группе (81,50%, р=0,01, OR=0,41 и 89,75%, р=0,0007, OR=0,38, соответственно) (рис. 4).
Значительная ассоциация аллеля TNFA*-308A с астмой отмечается во многих исследованиях. Gao J. с соавг. провели мета-анализ, включивший в себя 15 исследований случай-контроль на выборках более чем в 5 тыс. человек. В результате установлены положительные ассоциации между аллелем TNFA*-308A и астмой в 9 исследованиях [Gao J. et al., 2006]. В европейских популяциях была обнаружена значимая ассоциация полиморфного варианта TNFA(-308G>A) со средней степенью тяжести бронхиальной астмы, а также с БА, ведущей к летальному исходу [Chagani Т. et al., 1999]. Кроме того, в клетках бронхоальвеолярного лаважа, в образцах биопсии, слюне астматиков по сравнению с образцами здоровых людей обнаруживается высокий уровень экспрессии TNFA [Taki F. et al., 1991; Cembrzynska-Nowak M. et al., 1993], ассоциированный с аллелем TNF*-308A [Wilson A.G. et al., 1997].
Таким образом, в результате проведенного исследования установлена ассоциация полиморфных вариантов генов IL4, 1L4RA и TNFA с развитием БА в РБ. Кроме того, обнаружены статистически значимые различия в распределении частот аллелей и генотипов между контрольными группами русской и башкирской этнической принадлежности по полиморфному локусу -6270А гена ILIO (%2=7,24, р=0,007 и ^=6,55, р=0,04). Анализ полиморфных вариантов ILIO (-6270А), IL1B (39530Т), IL1RA (VNTR) показал отсутствие ассоциации данных ДНК-локусов с бронхиальной астмой.
2. Анализ ассоциаций полиморфных вариантов генов системы биотрансформации с бронхиальной астмой в Республике Башкортостан
В настоящее время подавляющее число распространенных заболеваний человека в той или иной мере обусловлено воздействием неблагоприятных факторов внешней среды. Различные химические токсины, так называемые ксенобиотики, могут провоцировать начало и способствовать развитию этих заболеваний [Баранов B.C. и др., 2000].
Ферменты первой фазы биотрансформации, а именно, цитохромы семейства Р-450, участвуют в метаболизме множества липофильных, биологически активных ксенобиотиков, которые включают большое количество терапевтических лекарств и токсичные вещества окружающей среды [Баранов B.C. и др., 2000; Ляхович В.В. и др., 2002: Niewinski Р. et al., 2003; Фрейцин М.Б. и др., 2006; Polonikov A.V. et al.,
2009]. В нашей работе проведено исследование полиморфных локусов генов CYP1A1 (4887С>A, 4889A>G, 6235Т>С), CYP2D6 (1934G>A), CYP2C9 (4300Т, 1075С>Т), CYP2C19 (68Ю>А), в результате которого не установлено ассоциаций данных ДНК-локусов с бронхиальной астмой в РБ. При этом по полиморфному локусу CYP2D6 (1934G>A) обнаружены статистически значимые различия в распределении частот аллелей и генотипов между контрольными группами русской и татарской этнической принадлежности (¿=6,13, р=0,009. ¿=6,87, р=0,03, соответственно).
Анализ ассоциации полиморфных вариантов 481С>Т, 590G>A и 857G>A гена NAT2 у больных бронхиальной астмой и в контрольной группе Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного варианта 481С>Т гена NAT2 в контрольных выборках различной этнической принадлежности обнаружил достоверные отличия между русскими и татарами (х2=12,72, р=0,0004 и >^=13,29, р=0,001). Последующее исследование данного полиморфного локуса выявило, что у пациентов русской этнической принадлежности генотип NAT2*481 Т/Т встречается реже (13,77%), чем в контроле (24,51%, р=0,03, OR=Q,49, 95%С10,26-0,92).
70,00% 60,00% 50,00% 40,00%-зо,00%-го,00% 10,00% 0,00%-
сс ст тт с т
■ Дета с аллергической формой БА □ Контрольная группа
Рис. 5. Распределение частот аллелей и генотипов полиморфного варианта 481С>Т гена NAT2 у детей, больных Б А, и в контрольной группе русской этнической принадлежности.
Различия в распределении частот аллелей данного полиморфного локуса между группами больных БА и контроля с учетом возраста были статистически значимы у детей русской этнической принадлежности (%2=4,77, р=0,03). Аллель
ИАТ2*481 С является маркером повышенного риска развития Б А (в данном случае, аллергической формы) у детей русской этнической принадлежности (<Ж=1,88, 95%С1 1,06-2,98), аллель ШТ2Ч81Т - маркером пониженного риска (<Ж=0,56, 95%С1 0,34-0,94) (рис. 5). Полученные ассоциации согласуются с исследованиями российских ученых, которые установили, что аллель ИАТ2*481Т является протехтивным, а отсутствие этого аллеля связано с развитием астмы у детей [Макагоуа Б.!. « а!., 2000].
В то же время, у больных БА татарской этнической принадлежности, напротив, выявлено достоверное повышение частоты генотипа ИАТ2*481Т/Т (20,00%) по сравнению с контрольной группой (7,07%, р=0,008, СЖ=3,29, 95%С1 1,31-8,23). Маркером повышенного риска развития БА у татар является аллель ЫАТ2*481Т (р=0,04, 011=1,54, 95%С1 1,01-2,35), маркером пониженного риска -аллель ЫАТ2*481С(СЖ=0,65, 95%С1 0,43-0,99) (рис. 6).
80,00% 70,00% 60,00% 50,00% 40,00% 30,00% 20,00% 10,00% 0,00%
■ Больные БА о Контрольная группа
Рис. 6. Распределение частот аллелей и генотипов полиморфного варианта 481 С>Т гена NAT2 в группах больных Б А и контроля татарской этнической принадл ежности.
Обнаруженные по данном)' локусу ассоциации с бронхиальной астмой у татар согласуются с результатами других исследований. Так, в работах Zielinska Е. с соавт. было показано, что медленные ацетиляторы преобладают в группе пациентов с аллергией, проживающих на территории центральной Польши, по сравнению с контролем (91% и 62%, соответственно) [Zielinska Е. et al, 1997]. Необходимо отметить, что соотношение быстрых и медленных аллелей гена NAT2 значительно варьирует в популяциях с различным этническим и географическим происхождением, разные аллельные варианта гена NAT2 могут модулировать
риск развития БА у лиц различной этнической принадлежности [Lin H.J. et al., 1994; Голденкова-Павлова И.В. и др., 2001; Hamdy S.I. et al., 2003].
В результате проведенного анализа полиморфных вариантов 590G>A и 857G>A гена NAT2 не выявлено ассоциаций данных ДНК-локусов с развитием бронхиальной астмы в РБ.
Анализ ассоциации полиморфного варианта 677С>Тгена AÎTHFR у больных бронхиальной астмой и в контрольной группе Проведен анализ полиморфного варианта 677С> Т гена MTHFR у больных БА и в контрольной группе из РБ. Анализ распределения частот аллелей и генотипов данного полиморфного локуса в группе индивидов старше 18 лет татарской этнической принадлежности выявил статистически значимые различия между больными и здоровыми индивидами (х2=Ю,54, р=0,001, ^=9,85, р=0,007). В группе пациентов отмечалось понижение частоты генотипа MTHFR*677T/T (2,17%) по сравнению с контролем (17,95%, р=0,03, OR=0,10, 95%С1 0,01-0,87), и повышение частоты генотипа MTHFR*677C/C (67,39%), выявляемого у здоровых индивидов в 38,46% случаев (р=0,008, OR=3,31, 95%С1 1,35-8,07). Аллель MTHFR*677C в выборке пациентов встречался в 82,61% случаев, тогда как у здоровых индивидов частота аллеля MTHFR*677C была значительно ниже (60,26%, OR=3,13, 95%С1 1,55-6,34). Также обнаружена более низкая частота аллеля MTHFR*677T в группе пациентов (17,39%) по сравнению с контролем (39,74%, OR=0,32, 95%С1 0,16-0,65) (рис. 7).
сс ст тт с т
■ Больные БА старше 18 лет □ Контрольная группа
Рис. 7. Распределение частот аллелей и генотипов полиморфного варианта 677С>Т гена MTHFR в группах больных БА и контроля старше 18 лет татарской этнической принадлежности.
Анализ полиморфных локусов генов GSTT1 и GSTM1, кодирующих ферменты Н-ой фазы детоксикации, не выявил достоверных отличий между исследуемыми выборками больных БА и контроля.
3. Анализ ассоциаций полиморфных вариантов гена ADAM33 с бронхиальной астмой в Республике Башкортостан
ADAM33 принадлежит к семейству генов, участвующих в межклеточных взаимодействиях и миграции клеток. ADAM33 экспрессируется преимущественно в гладкой мускулатуре и фибробластах дыхательных путей, что, по всей видимости, свидетельствует о важной роли данного гена в ремоделировании дыхательных путей [Van Eerdewegh P. et al., 2002; Holgate S.T. et al„ 2006].
Проведен анализ полиморфного варианта 114340А (ST+4) гена ADAM33 у больных БА и здоровых индивидов из РБ. Значительное увеличение частоты гомозиготного генотипа ADAM33*11434А/А (55,56%) и аллеля ADAM33*! 1434А (70,0%) отмечалось в группе пациентов с тяжелым течением БА русской этнической принадлежности по сравнению со здоровыми индивидами (28,46% и 53,66%, соответственно). Показатель отношения шансов для носителей генотипа ADAM33*11434А/А составил 3,14 (р=0,001, 95%С1 1,55-6,37), для носителей аллеля ADAM33*11434А - 2,02 (р=0,007, 95%С1 1,20-3,38). Генотип ADAM33*11434А/С и аллель ADAM33*11434С являются маркерами пониженного риска развития тяжелой формы БА у индивидов русской этнической принадлежности (OR=0,40, 95%С1 0,19-0,83 и OR=0,50, 95%С1 0,30-0,83) (рис. 8).
0,00%
АА АС
■ Больные с тяжелым течением БА
СС А С
□ Контрольная группа
Рис. 8. Распределение частот аллелей и генотипов полиморфного варианта 11434С>А х-ена АИАМЗЗ в группах больных с тяжелым течением БА и контроля русской этнической принадлежности.
В детской группе больных аллергической астмой русской этнической принадлежности отмечалось значительное увеличение частоты гомозиготного генотипа АОАМЗЗ*] 1434А/А (50,00%) по сравнению с русскими детьми без признаков атонических заболеваний (27,27%, <Ж=2,67, р=0,009, 95%С1 1,27-5,59). Генотип АОАМЗЗ*11434А/С является маркером пониженного риска развития БА у детей русской этнической принадлежности (р=0,0004, (Ж=0,28, 95%С1 0,13-0,58) (рис. 9).
70,00% 60,00% 50,00% 40,00% 30,00% 20,00% 10,00% 0,00%
Я Дета с аллергической формой БА □ Контрольная группа
Рис. 9. Распределение частот аллелей и генотипов полиморфного варианта 11434С>А гена ADAM33 в группах детей, больных БА, и контроля русской этнической принадлежности.
У индивидов старше 18 лет русской этнической принадлежности обнаружена ассоциация аллеля ADAM33*11434A с риском развития неаллергической формы БА, частота встречаемости которого среди больных данной группы составила 65,56%, среди контроля - 50,74% (р=0,03, OR=l,85, 95%С1 1,07-3,20). Частота аллеля ADAM33*11434С была значительно ниже в выборке пациентов (34,44%), чем в контроле (49,26%, 01<=0,54, 95%С1 0,31-0,94) (рис. 10).
Полученные результаты согласуются с исследованиями других авторов. В работе Van Eerdewegh Р. с соавт. также отмечается повышенная частота аллеля ADAM33*! 1434А в выборке пациентов с БА европейского происхождения по сравнению с контрольной группой [Van Eerdewegh P. et al., 2002]. Обнаружена ассоциация полиморфного локуса ADAM33 (ST+4) с общим уровнем IgE у латиноамериканцев и афро-американцев [Horward T.D. et al., 2003].
я Индивиды с неаллергической формой БА старше 18 лет О Контрольная группа
Рис. 10. Распределение частот аллелей и генотипов полиморфного варианта 11434С>А гена ADAM33 в группах индивидов, больных БА, и контроля старше 18 лет русской этнической принадлежности.
Проведенный нами анализ полиморфного варианта 6716G>C гена ADAM33 показал отсутствие ассоциации данного ДНК-локуса с БА в РБ.
Полиморфные локусы 11434С>А и 6716G>C гена АЮАМЗЗ находятся в неравновесии по сцеплению друг с другом (D—0,317, %2=151). В результате гаплотипического анализа было обнаружено 4 гаплотипа. Показано, что гаплотип ADAM33*11434С/6716С достоверно реже встречался, как в общей выборке пациентов русской этнической принадлежности (LR=16,11, р=0,00006, (3^0,99), так и при разделении ее по возрастным группам: у детей, больных БА (LR=4,86, р=0,03, Р=-0,82) и у пациентов старше 18 лет (LR=U,24, р=0,0008, 0—1,13), по сравнению с соответствующими контрольными группами.
4. Исследование роли межгенных взаимодействий в формировании предрасположенности к бронхиальной астме
Помимо опенки влияния отдельных полиморфных вариантов на развитие многофакторных заболеваний, необходимо учитывать воздействие, обуславливаемое другими генами и факторами окружающей среды. Непараметрическая программа GMDR (MDR) (Generalized Multifactor Dimensionality Reduction), использующая подход редукции размерных величин, была разработана для поиска ген-генных и ген-средовых взаимодействий [Ritchie et al., 2001; Lou X.Y. et al., 2007]. С помощью прохраммы GMDR была определена модель ген-генного взаимодействия ДНК-локусов, ассоциированная с развитием
БА в РБ: ILIO (-627С>A), IL4 (-5900Т) и ADAM33 (1I4340A). Тестируемая сбалансированная точность (Bal.Acc.) данной модели составила 0,57. Кроме того, при исследовании межгенных взаимодействий была определена шестифакторная модель взаимодействия полиморфных вариантов генов цитокинов, детерминирующая развитие аллергической формы БА у детей русской этнической принадлежности: TNFA (-308G>A), ILIO (-627С>А), 1L4 (-5900Т), IL4RA (IleSOVal), 1L1RA (VNTR) и IL1B (39530T). Тестируемая сбалансированная точность (Bal.Acc.) данной модели составила 0,69. Обнаружена комбинация трех локусов (IL4 (-590С> Т), IL1RA (VNTR) и ADAM33 (U4340A)), которая ассоциирована с неаллергической формой Б А у индивидов старше 18 лет русской этнической принадлежности. Сбалансированная точность (Bal.Acc.) данной модели составила 0,68. У индивидов старше 18 лет татарской этнической принадлежности выявлена четырехфакторная модель взаимодействия следующих ДНК-локусов: CYP1A1, GSTM1, MTHFR (6770Т), NAT2 (481С>Т). Сбалансированная точность (Bal.Acc.) данной модели составила 0,72.
В большинстве случаев в детском возрасте бронхиальная астма связана с атонией и проявляется в виде аллергической формы заболевания. Выявленные «цитокиновые модели» риска БА у детей хорошо укладываются в IgE-зависимый механизм развития астмы в раннем возрасте, в то время как взаимодействие полиморфных вариантов генов детоксикации может обуславливать неаллергический механизм развития заболевания в более позднем возрасте. Структурная перестройка бронхиального дерева (гипертрофия и гиперплазия гладких мышечных клеток и субэпителиальный фиброз) является важным компонентом патогенеза заболевания как у детей, так и в старшем возрасте. Присутствие в моделях межгенного взаимодействия гена ADAM33, участвующего в ремоделировании дыхательных путей, свидетельствует о несомненном вкладе этого гена в развитие БА у индивидов из РБ [Holgate S.T., 2008; Grammatikos А.Р., 2008; Weiss S.T., 2009].
Таким образом, проведено молекулярно-генетическое исследование БА, в результате которого показан вклад полиморфных вариантов генов IL4, IL4RA, TNFA, NAT2, MTHFR, ADAM33 в формирование генетической структуры предрасположенности к бронхиальной астме в Республике Башкортостан. Определены маркеры повышенного и пониженного риска развития аллергической и неаллергической БА, а также обнаружена ассоциация полиморфных локусов генов-кандидатов с тяжестью течения заболевания. Выявлены ключевые межгенные взаимодействия, детерминирующие развитие бронхиальной астмы.
ВЫВОДЫ
1. Обнаружены значимые отличия по распределению частот аллелей и генотипов полиморфных локусов IL4(-590C>T), IL10(-627C>A), CYP2D6(1934G>A), NAT2(48!OT) между контрольными выборками русских, татар и башкир.
2. Выявлено, что маркерами повышенного риска развития аллергической формы бронхиальной астмы у детей русской этнической принадлежности являются генотипы IL4*-590T/T, ADAM33*11434AJA и аллели IL4*-590T, NAT2*481C, маркерами пониженного риска - генотип ADAM33*11434А/С и аллель IL4*-590C.
3. Установлено, что маркером повышенного риска развития аллергической формы Б А у татар в детском возрасте является аллель IL4RA*50Val, маркерами пониженного риска - генотип IL4RA*50Ile/Ile и аллель 1L4RA *50Пе.
4. Выявлено, что маркерами повышенного риска развития аллергической формы БА у детей являются генотип TNFA*-308G/A и аллель TNFA*-308A, маркерами пониженного риска - генотип TNFA*-308G/G и аллель TNFA*-308G. Генотип TNFA*-308A/A ассоциировал с тяжелым течением Б А у детей.
5. Обнаружено, что у индивидов старше 18 лет русской этнической принадлежности маркером повышенного риска развития неаллергической формы БА является аллель ADAM33*11434A. У индивидов старше 18 лет татарской этнической принадлежности маркерами повышенного риска развития БА являются генотип MTHFR*677С/С и аллель MTHFR*677C.
6. Выявлено межгенное взаимодействие полиморфных локусов генов цитокинов, детерминирующее развитие аллергической формы БА у детей русской этнической принадлежности - TNF А, ILIO, IL4, IL4RA, IL1RA, ILJB. Определены комбинации полиморфных вариантов генов 1L4, IL1RA, ADAM33, предрасполагающие к развитию неаллергической формы бронхиальной астмы у русских старше 18 лет. Обнаружены сочетания полиморфных вариантов генов, ассоциированные с развитием бронхиальной астмы у татар старше 18 лет - CYP1A1, GSTM1, MTHFR, NAT2.
СПИСОК ПУБЛИКАЦИЙ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ
1. Федорова Ю.Ю., Гра О.А., Карунас А.С., Хузина А.Х., Рамазанова Н.Н., Юлдашева А.А., Бикташева А.Р., Эткина Э.И., Наседкина Т.В., Голденкова-Павлова И.В., Хуснутдинова Э.К. Ассоциация полиморфных вариантов генов системы биотрансформации с атоническими заболеваниями у русских детей из Республики Башкортостан // Молекулярная биология. - 2009. - Т.43. - №6. - С. 1032-1039.
2. Федорова Ю.Ю., Карунас А.С., Гра О.А., Рамазанова Н.Н.. Гурьева JI.JL, Эткина Э.И., Голденкова-Павлова И.В., Хуснутдинова Э.К. Ассоциация полиморфных вариантов генов системы биотрансформации с бронхиальной астмой у татар // Якутский медицинский журнал. - 2009. -№2. - С. 93-95.
3. Khusnutdinova Е.К., Karunas A.S., Fedorova U.U., Gilyazova I.R. Association of candidate genes polymorphism with asthma in Bashkortostan Republic of Russia // In Book Molecular Polymorphism of Man. Ed. S.D. Varfolomyev, G.E. Zaikov. Moscow, 2009. - P. 540-582.
4. Федорова Ю.Ю., Карунас A.C., Рамазанова H.H., Эткина Э.И., Хуснутдинова Э.К. Анализ ассоциации полиморфных вариантов генов цитокинов с атопической бронхиальной астмой в Республике Башкортостан // Биомика - наука XXI века: Материалы школы-семинара молодых ученых Уфимского научного центра РАН и Волго-Уральского региона по физико-химической биологии и биотехнологии. - Уфа, 2007 -С. 126-127.
5. Y. Fedorova, A.Karunas, N. Ramazanova, E.Etkina, E.Khusnutdinova. Association analysis of interleukin gene polymorphisms with childhood asthma in Volga-Ural region of Russia // European Respiratory Society 18-th annual congress. - Berlin, 2008 - P. 362s.
6. Y. Fedorova, A.Karunas, N. Ramazanova, E.Etkina, E.Khusnutdinova. The role of cytokine gene polymorphisms in the pathogenesis of childhood asthma // European Human Genetics Conference. - Barcelona, 2008 - P. 294.
7. Гра O.A., Кожекбаева Ж.М., Гра Д.В., Федорова Ю.Ю., Скотникова О.И., Киселева Н.П., Киселев Ф.Л., Голденкова-Павлова И.В., Наседкина Т.В. Биочиповые технологии в диагностике социально-значимых многофакторных заболеваний // Вестник биотехнологии и физико-химической биологии имени Ю.А. Овчинникова. - 2009 - Т.5 - №1 - С. 14-18.
8. Федорова Ю.Ю., Карунас А.С., Измайлова А.Р., Исламгулов Д.Р., Хуснутдинова Э.К. Анализ ассоциации полиморфных вариантов генов биотрансформации ксенобиотиков (GSTM1, CYP1A1) с бронхиальной астмой в Республике Башкортостан // Аграрная Россия. - Москва, 2009. -С. 132-133.
9. Федорова Ю.Ю., Карунас А.С., Гра О.А., Рамазанова Н.Н., Эткина Э.И., Голденкова-Павлова И.В., Хуснутдинова Э.К. Ассоциация полиморфных вариантов генов биотрансформации ксенобиотиков с развитием
бронхиальной астмы у детей // V Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров. - Москва, 2009. - С. 386.
10.Y. Fedorova, A. Karunas, О. Gra, 1. Goldenkova-Pavlova, Li. Khusnutdinova. Biochip analysis of the role of xenobiotic-metabolizing gene polymorphisms in the pathogenesis of bronchial asthma in Volga-Ural region of Russia // XXVIII Congress of the European Academy of Allergy and Clinical Immunology. -Poland, 2009. - P. 187.
11.Y. Fedorova, A. Karunas, O. Gra, I. Goldenkova-Pavlova, E. Khusnutdinova. Biochip analysis of xenobiotic-metabolizing gene polymorphisms in children with bronchial asthma // 19 th Annual Congress European respiratory Society. -Vienna, 2009. - P. 137s.
12.Y. Fedorova, A. Karunas, N. Ramazanova, O. Gra, 1. Goldenkova-Pavlova, E. Khusnutdinova. Association analysis of xenobiotic-metabolizing gene polymorphisms with asthma in Volga-Ural region of Russia // European Human Genetics Conference. - Vienna, 2009. - P. 234.
Заказ № 569 Подписано в печать 20.11.2009г. Отпечатано на оборудовании типографии РНТИК «Баштехинформ» тираж 100 экз. бумага офсетная
450077, РБ, г. Уфа. уп. Кирова, 15, тел.: (347) 272-10-37, 272-41-20
Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Федорова, Юлия Юрьевна
ВВЕДЕНИЕ.
Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.
1.1. Эпидемиология бронхиальной астмы.
1.2. Этиология и классификация бронхиальной астмы.
1.3. Механизмы развития бронхиальной астмы.
1.4. Генетические факторы развития бронхиальной астмы.
1.4.1. Позиционно-клонированные гены бронхиальной астмы.
1.4.2. Гены цитокинов и их рецепторов.
1.5. Бронхиальная астма и окружающая среда.
1.6. Гены детоксикации ксенобиотиков.
1.6.1. Гены I фазы биотрансформации.
1.6.2. Гены II фазы биотрансформации.
1.6.3. Ген метилентетрагидрофолатредуктазы (MTHFR).
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ.
2.1. Материалы исследования.
2.2. Полимеразная цепная реакция синтеза ДНК.
2.3. Рестрикционный анализ.
2.4. Метод электрофореза.
2.5. Анализ полиморфных вариантов генов системы биотрансформации с помощью биочипа.
2.5.1. Мультиплексная полимеразная цепная реакция.
2.5.2. Гибридизация, регистрация изображения и обработка полученных результатов.
2.6. Статистическая обработка полученных результатов.
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.
3.1. Анализ ассоциаций полиморфных вариантов генов цитокинов с бронхиальной астмой в Республике Башкортостан.
3.1.1. Анализ полиморфного локуса -590С>Т гена IL4 у больных бронхиальной астмой и в контрольной группе.
3.1.2. Анализ полиморфного локуса Ile50Val гена IL4RA у больных бронхиальной астмой и в контрольной группе.
3.1.3. Анализ полиморфного локуса -308G>A гена TNFA у больных бронхиальной астмой и в контрольной группе.
3.1.4. Анализ полиморфного локуса -627С>А гена IL10 у больных бронхиальной астмой и в контрольной группе.
3.1.5. Исследование полиморфного локуса 3953С>Т гена IL1B у больных бронхиальной астмой и в контрольной группе.
3.1.6. Исследование fWTT^-полиморфного локуса гена IL1RA у больных бронхиальной астмой и в контрольной группе.
3.2. Анализ ассоциаций полиморфных вариантов генов системы биотрансформации с бронхиальной астмой в Республике Башкортостан.
3.2.1. Анализ полиморфных вариантов генов I фазы системы биотрансформации (CYP1A1, CYP2D6, CYP2C9, CYP2C19) у больных бронхиальной астмой и в контрольной группе.
3.2.2. Анализ полиморфных локусов генов II фазы системы биотрансформации (GSTT1, GSTM1, NAT2) у больных 135 бронхиальной астмой и в контрольной группе.
3.2.3. Анализ полиморфного варианта 677С>Т гена MTHFR у 155 больных бронхиальной астмой и в контрольной группе.
3.3. Анализ ассоциации полиморфных вариантов гена ADAM33 с бронхиальной астмой в Республике Башкортостан.
3.3.1. Анализ полиморфного варианта ST+4 (11434С>А) гена ADAM33 у больных бронхиальной астмой и в контрольной группе.
3.3.2. Анализ полиморфного варианта D-l (6716G>C) гена ADAM у больных бронхиальной астмой и в контрольной группе.
3.3.3. Анализ ассоциаций гаплотипов гена ADAM33 с риском развития бронхиальной астмы.
3.4. Исследование роли межгенных взаимодействий в формировании предрасположенности к бронхиальной астме.
Введение Диссертация по биологии, на тему "Анализ генов предрасположенности к развитию бронхиальной астмы в Республике Башкортостан"
Бронхиальная астма (БА) — это распространенное воспалительное заболевание дыхательных путей, в котором принимают участие многие клетки и клеточные элементы. По социально-экономическому ущербу, влиянию на уровень здоровья и качество жизни пациентов, бронхиальная астма входит в число первых трех патологий в структуре заболеваний человека. Хроническое рецидивирующее течение БА, часто проявляющееся в раннем детстве и продолжающееся в течение всей жизни, может быть причиной не только инвалидности, но и смертельных исходов, что определяет необходимость исследования сложных невыясненных механизмов развития данной патологии с целью разработки эффективных методов диагностики и профилактики. Эпидемиологические исследования указывают на значительный разброс в показателях заболеваемости среди населения различных стран (от 1% до 18%) [Геппе Н.А. и др., 2002; Под ред. Чучалина А.Г., 2005].
Бронхиальная . астма является классическим примером многофакторного заболевания, развивающейся при взаимодействии; многочисленных факторов окружающей среды и наследственной предрасположенности. Генетические механизмы БА в последние годы стали областью- активных международных исследований. На сегодняшний день более 15 исследовательских групп опубликовали результаты полногеномных анализов сцепления (genome-wide linkage analysis) при атопии, атопическом дерматите и астме в различных популяциях [Ober С. et al., 2006; Scirica C.V. et al., 2007; Weiss S.T., 2009]. Согласно; выводам этих работ, для 10 хромосомных- областей ■ (2р 16; 2q32-33, 5q31 -33, 6р21-24, 1 l'ql 2-13; 12ql4-24; 13q 14-22, 14q24, 16р12, 17q21, 20р13) показана-высокая степень сцеплениях астмой и сопутствующими с ней признаками [Daniels S.E. et al.,. 1996; CSGA, 1997;.Deichmann K.A. et al., 1998; Ober G. et al., 1998; Yokouchi Y. et al., 2000; Haagerup A. et al., 2002; Hakonarson H. et al., 2002; Van Eerdewegh P:. et al.,
2002; Huang S.K. et al., 2003; Evans D.M. et al., 2004; Nicolae D. et al., 2005; Postma D.S. et al., 2005; Brasch-Andersen C. et al., 2006; Pillai S.G. et al., 2006; Moffatt M.F. et al., 2007].
Многочисленные ассоциативные исследования показывают, что в патогенезе БА принимают участие множество функционально взаимосвязанных генов (генных сетей), в том числе главные, ключевые гены, и гены-модификаторы, фенотипический эффект которых зависит от факторов окружающей среды [Баранов B.C. и др., 2008]. Существенная часть исследований посвящена генам цитокиновой сети, которые играют решающую роль в развитии аллергического воспаления бронхов [Rosenwasser L.J. et al., 1995; Kruse S. et al., 1999; Kips J.C., 2001; Markova S. et al., 2007; Castro-Giner F. et al., 2008; Settin A. et al., 2008]. Большой опыт накоплен и в отношении генов системы детоксикации, отвечающих за деградацию и выведение из организма ксенобиотиков. Генетический полиморфизм генов системы биотрансформации, обуславливающий полное отсутствие соответствующего белка или появление ферментов с измененной активностью, служит причиной выраженной индивидуальной чувствительности организма к лекарственным препаратам, промышленным и химическим загрязнениям [Zielinska Е. et al., 1997; Баранов B.C. и др., 2000; Makarova S.I. et al., 2000; Ляхович B.B. и др., 2002; Niewinski P. et al., 2003; Фрейдин М.Б. и др., 2006; Polonikov A.V. et al., 2009]. Позиционно-клонированный ген ADAM33 (A Disintegrin and Metalloprotease 33) рассматривается в качестве одного из главных кандидатов тяжести течения и хронического развития БА [Van Eerdewegh P. et al., 2002; Howard T.D. et al., 2003; Cheng E. et al., 2004].
Взаимосвязь полиморфных вариантов как генов цитокиновой сети, так и генов системы биотрансформации, с бронхиальной астмой у жителей России изучена несколькими группами исследователей [Фрейдин М.Б. и др., 2002; Карунас А.С. и др., 2004; Баранов B.C. и др., 2008]. Полученные результаты, однако, весьма противоречивы и не дают однозначного ответа на вопрос об их патогенетической роли. Исследование гена ADAM33 у больных БА в отечественных работах ранее не проводилось. Это свидетельствует о необходимости комплексного исследования генетических механизмов развития данного заболевания для оценки факторов риска развития БА и последующей разработки профилактических мероприятий с учетом индивидуальных рекомендаций каждого больного.
На основании вышесказанного были определены цели и задачи настоящего исследования.
Цель работы
Анализ ассоциации полиморфных вариантов генов цитокинов, генов ферментов биотрансформации ксенобиотиков и гена дизинтегрина и металлопротеазы ADAM33 с развитием бронхиальной астмы в Республике Башкортостан.
Задачи исследования
1. Провести анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфных вариантов генов цитокинов IL4 (~590С>Т), IL4RA (IleSOVal), IL10 (-627С>A), TNFA (~308G>A), IblB (.39530Т') и IL1RA (VNTR) у больных бронхиальной астмой и здоровых индивидов.
2. Провести исследование полиморфных вариантов генов ферментов биотрансформации ксенобиотиков' CYP1A1 (4887С>А, 4889A>G, 6235Т>С), CYP2C9 (430С>Т, 1075А>С), CYP2C19 (681G>A), CYP2D6 (1934G>A), GSTM1 (делеция), GSTT1 (делеция), NAT2 (481 ОТ, 590G>A, 857G>A), MTHFR (677ОТ) у больных бронхиальной астмой и здоровых индивидов.
3. Провести генотипирование и гаплотипирование полиморфных вариантов гена дизинтегрина и металлопротеазы ADAM33 у больных бронхиальной астмой и здоровых индивидов.
4. Провести анализ ассоциаций исследованных полиморфных вариантов генов с развитием БА у детей и индивидов старше 18 лет. Проанализировать распределение частот аллелей и генотипов изученных полиморфных локусов с учетом этнической принадлежности индивидов, форм и степени тяжести БА.
5. Провести анализ роли межгенных взаимодействий полиморфных вариантов генов цитокинов, гена ADAM33 и генов ферментов биотрансформации ксенобиотиков в развитии бронхиальной астмы.
Научная новизна исследования
Впервые с помощью биочипа, разработанного в лаборатории биологических микрочипов Института молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта, в диссертационной работе определены частоты полиморфных вариантов генов системы биотрансформации CYP1A1, CYP2D6, GSTT1, GSTM1, MTHFR, CYP2C9, CYP2C19 и NAT2 у больных БА и здоровых индивидов из РБ. Впервые проведен анализ ассоциаций полиморфных локусов гена ADAM33 с бронхиальной астмой. Выявлены генетические маркеры риска развития заболевания у индивидов с учетом их этнической принадлежности, форм и степени тяжести БА. Впервые с помощью программы GMDR исследовано межгенное взаимодействие генов цитокинов, ферментов системы биотрансформации и гена дизинтегрина и металлопротеазы ADAM33, а также изучена их взаимосвязь с учетом возраста индивидов и клинических проявлений БА.
Научно-практическая значимость работы
Результаты работы вносят вклад в общее представление о генетических основах предрасположенности к бронхиальной астме. Данные диссертационной работы могут послужить, основой для последующих исследований по определению генетических факторов риска развития, БА и разработки адекватных лечебно-профилактических мероприятий. Результаты исследования также могут быть использованы при чтении спецкурсов на факультетах биологии, в медицинских ВУЗах, на- курсах повышения квалификации медицинских работников.
Положения, выносимые на защиту
1. Достоверные отличия между контрольными выборками русских, татар и башкир по распределению частот аллелей и генотипов полиморфных локусов IL4 (-5900Т), IL10 (-627ОA), CYP2D6 (1934G>A), NAT2 (481 ОТ).
2. Маркеры повышенного риска развития аллергической формы БА у детей русской этнической принадлежности — генотипы 1L4*-590T/T\ ADAM33 * 7 i434А/А и аллели 1L4*-590T, NAT2*481C, маркеры пониженного риска - генотип ADAM33*! 1434А/С и аллель 1L4*-590C.
3. Маркер повышенного риска развития аллергической формы БА у татар в детском возрасте - аллель 1L4RA *50Val, маркеры пониженного риска - генотип IL4RA *50Ile/lle и аллель 1L4RA *5011е.
4. Ассоциация генотипа TNFA*-308G/A и аллеля TNFA*-308A с аллергической формой БА у детей, генотипа TNFA *-308А/А с тяжелым течением БА у детей.
5. Маркер повышенного риска развития неаллергической формы Б А у индивидов старше 18 лет русской этнической принадлежности — аллель ADAM33*11434А. У индивидов старше 18 лет татарской этнической принадлежности маркеры повышенного риска развития БА.— генотип MTHFR477C/C и аллель MTHFR*677С.
6. Межгенное взаимодействие полиморфных вариантов генов цитокинов TNFA, IL10, IL4, IL4RA\ IL1RA, IL1B в детерминации риска развития аллергической формы БА у детей русской этнической принадлежности. Комбинации полиморфных вариантов генов IL4, IL1RA, ADAM33 предрасполагающие к развитию неаллергической формы бронхиальной астмы у русских старше 18 лет. Сочетания* полиморфных вариантов генов, ассоциированные с развитием бронхиальной астмы у татар старше 18 лет - CYP1A1, GSTM1, MTHFR, NAT2.
Заключение Диссертация по теме "Генетика", Федорова, Юлия Юрьевна
ВЫВОДЫ
Обнаружены значимые отличия по распределению частот аллелей и генотипов полиморфных локусов IL4 (~590С>Т), ILI0 (-627С>А), CYP2D6 (1934G>A), NAT2 (481 С>Т) между контрольными выборками русских, татар и башкир.
Выявлено, что маркерами повышенного риска развития аллергической формы бронхиальной астмы у детей русской этнической принадлежности являются генотипы 1L4*-590T/T, ADAM33*11434А/А и аллели 1L4*-590T, NAT2481C, маркерами пониженного риска - генотип ADAM33* 11434А/С и аллель 1L4*-590C. Установлено, что маркером повышенного риска развития аллергической формы БА у татар в детском возрасте является аллель IL4RA*50Vci1, маркерами пониженного риска — генотип IL4RA*50Пе/Пе и аллель IL4RA*50Ile.
Выявлено, что маркерами повышенного риска развития аллергической формы БА у детей являются генотип TNFA*-308G/A и аллель TNFA *-308А, маркерами пониженного риска - генотип TNFA *-308G/G и аллель TNFA*-308G. Генотип TNFA*-308A/A ассоциирован с тяжелым течением Б А у детей.
Обнаружено, что у индивидов старше 18 лет русской этнической принадлежности маркером повышенного риска развития неаллергической формы БА является аллель ADAM33*11434А. У индивидов старше 18 лет татарской этнической принадлежности маркерами повышенного риска развития БА являются генотип MTHFR 477С/С и аллель MTHFR 477С.
Выявлено межгенное взаимодействие полиморфных локусов генов цитокинов, детерминирующее развитие аллергической формы БА у детей русской этнической принадлежности - TNFA, IL10, 1L4, IL4RA, IL1RA, 1L1B. Определены комбинации полиморфных вариантов генов IL4, IL1RA, ADAM33, предрасполагающие к развитию неаллергической формы бронхиальной астмы у русских старше 18 лет. Обнаружены сочетания полиморфных вариантов генов, ассоциированные с развитием бронхиальной астмы у татар старше 18 лет — CYP1A1, GSTM1, MTHFR, NAT2.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Бронхиальная астма (БА) является одним из наиболее распространенных хронических заболеваний, которое при недостаточно эффективном лечении может значительно ограничивать повседневную жизнь пациентов и даже приводить к смертельному исходу. В этиологии астмы существенную роль играют такие составляющие, как генетические факторы и окружающая среда. Основной задачей молекулярно-генетических исследований бронхиальной астмы, проводимых повсеместно, является поиск сети взаимосвязанных генов, предрасполагающих к данному заболеванию. Анализ ассоциаций заболевания с полиморфными вариантами "генов-кандидатов, белковые продукты которых, предположительно, могут быть вовлечены в патогенез заболевания, является составной частью молекулярно-генетических исследований.
В рамках настоящей работы проведено молекулярно-генетическое исследование факторов риска бронхиальной астмы в РБ. Изучены полиморфные локусы 6 генов цитокиновой сети (IL4, IL4Ra, IL10, TNFA, IL1B, ILIRA), которым принадлежит решающая роль в развитии аллергического воспаления бронхов. С помощью биочипа проведен анализ 13 полиморфных вариантов 8 генов системы биотрансформации (CYP1A1, ~lCYP2D6, GSTT1, GSTM1, NAT2, MTHFR, CYP2C9, CYP2C19), белковые продукты которых отвечают за метаболизм канцерогенов, аллергенов и токсинов, а также участвуют в метаболизме лекарственных препаратов, применяемых привлечении астмы. Исследованы полиморфные варианты гена дизинтегрина и металлопротеазы 33, вовлеченного в ремоделирование в тканях легких.
Учитывая этническую специфику генетических факторов риска развития заболеваний, в выборки больных БА и контроля включены представители трех наиболее распространенных этнических групп РБ: фусских, татар и башкир, а также индивиды смешанной этнической принадлежности. В соответствии с возрастными различиями в предрасположенности к БА, связанными с особенностями этиопатогенеза заболевания в детском и более позднем возрасте, изучено распределение частот аллелей и генотипов по полиморфным локусам у индивидов, больных БА, до 18 лет и старше 18 лет, а также в соответствующих контрольных группах. Кроме того, исследовано распределение частот аллелей и генотипов указанных полиморфных локусов в группе пациентов с учетом форм и степени тяжести БА.
Цитокины играют ключевую роль на всех стадиях реализации аллергических реакций. Как и при многих других воспалительных заболеваниях, при БА наблюдается дисбаланс противо- и провоспалительных цитокинов, что может приводить к нарушению адекватного течения воспалительного ответа. Проведен анализ полиморфных вариантов IL10 (-627С>A), IL1B (3953С>Т), IL1RA (VNTR), в результате которого показано отсутствие ассоциации данных ДНК-локусов с БА в РБ. Обнаружены I статистически значимые различия в распределении частот аллелей и генотипов между контрольными группами>русской и, башкирской этнической принадлежности по полиморфному локусу -627С>А гена IL10 (х2=7,24, р=0,007 и х2=6,55, р=0,04). Сравнение распределения частот аллелей и генотипов полиморфного локуса -590С>Т гена IL4 в контрольных выборках выявило, что башкиры достоверно отличаются от русских (х =6,59, р=0,01 и х2=7,79, р=0,02). Обнаружено, что генотип IL4*-590T/T и аллель IL4*-590T являются маркерами повышенного риска развития аллергической формы БА у индивидов русской этнической принадлежности (OR=5,04, р=0,0009 и !OR=l,88, р =0,002, соответственно), в частности в детской группе (OR=13,68, р =0,004 и OR=2,01, р =0,009, соответственно). В выборках детей русской этнической принадлежности со среднетяжелым и тяжелым формами заболевания отмечается закономерность прогрессирования тяжести течения-БА у носителей аллеля IL4-590*T (OR=l,91, р=0,03). Следует отметить, что полиморфная замена С на Г в -590 положении ведет к образованию нового сайта связывания факторов транскрипции семейства NFAT и к повышенной транскрипции гена IL4 [Rosenwasser L.J. et al., 1997; Rockman M.V. et al., .2003], продукт которого является ключевым цитокином в развитии I аллергического воспаления.
Выявлено, что у татар в детском возрасте маркером повышенного риска развития аллергической формы Б А является аллель IL4RA*50Val полиморфного локуса Ile50Val гена IL4RA (OR=l,93, р=0,02), маркерами пониженного риска — генотип IL4RA*Ile50fle (OR=0,39, р=0,02) и аллель IL4RA*50Ile (OR=0,52, р=0,02). Согласно литературным данным, значимая ассоциация гаплотипа гена IL4RA, содержащего аллель IL4Ryi'¥50Val, с аллергической астмой была показана и у жителей Швеции [Hytonen A.M. et -al., 2004]. I
Исследование гетерогенности по частотам аллелей и генотипов полиморфного варианта -308G>A гена TNFA не обнаружило достоверных различий между контрольными группами исследуемых этнических групп (р>0,05). Учитывая отсутствие межэтнических различий по данному локусу и высокий уровень метисации населения РБ, изучено распределение частот аллелей и генотипов по полиморфному варианту -308G>A гена TNFA в объединенных группах больных и контроля. Исследование данного локуса показало достоверное повышение частоты генотипа TNFA-308*G/A и аллеля -TNFA-308*A у детей с аллергической формой БА (OR=l,64, р=0,04 и OR=l,72, р=0,008, соответственно). Установлена достоверно высокая частота встречаемости генотипа TNFA-308*A/A и аллеля TNFA-308*А в группе детей с тяжелым течением заболевания (OR=6,13, р=0,01 и OR=2,66, р=0,0007, соответственно). Согласно данным литературы, аллель TNFA-308*A характеризуется повышенной продукцией TNFa, в связи с чем можно предположить, что чрезмерно высокая концентрация данного цитокина ведет к развитию воспалительных реакций, а также к усилению тяжести течения и хронизации заболевания. Ферменты, первой фазы биотрансформации, а именно цитохромы семейства Р-450, участвуют в метаболизме множества липофильных, биологически активных ксенобиотиков, которые включают большое количество терапевтических лекарств и токсичные вещества окружающей среды [Downie D. et al., 2005]. В нашей работе проведено исследование полиморфных локусов генов CYP1A1 (4887С>А, 4889A>G, 6235Т>С), CYP2D6 (1934G>A), CYP2C9 (430С>Т, 1075С>Т), CYP2C19 (681G>A), в результате которого не установлено ассоциаций данных ДНК-локусов с бронхиальной астмой в РБ. Обнаружены статистически значимые различия в распределении частот аллелей и генотипов между контрольными группами русской и татарской этнической принадлежности по полиморфному локусу CYP2D6 (1934G>A) tf=6,73, р=0,009 и %2=6,87, р=0,03, соответственно). Анализ полиморфных локусов генов GSTT1 и GSTM1, кодирующих ферменты И-ой фазы детоксикации, не выявил достоверных отличий между исследуемыми выборками больных БА и контроля.
Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфного варианта 481 С>Т гена NAT2 в контрольных выборках обнаружил достоверные отличия между русскими и татарами 12,72, ip=0,0004 и х2=13,29, р=0,001, соответственно). Исследование данного полиморфного варианта показало, что маркером пониженного риска развития бронхиальной астмы у русских является генотип NAT2*481T/T (OR=0,49, р=0,03). Выявлено, что риск развития тяжелого течения БА у индивидов русской этнической принадлежности повышен у носителей аллеля NAT2481C (OR=l,87, р=0,02). Обнаружена ассоциация аллеля NAT2*481C (OR=l,88, р=0,03) с риском развития аллергической формы. БА у детей русской этнической принадлежности. В группе татар, больных БА, напротив, отмечается достоверное повышение частоты генотипа NAT2*481T/T l(OR=3,29, р=0,008) по сравнению со здоровыми индивидами: Частота генотипа NAT2*481T/T (OR=5,26, р=0,001) и аллеля NAT2*481T (OR=2,41, р=0,004) заметно повышена и у татар с тяжелым течением БА.
Необходимо отметить, что соотношение быстрых и,медленных аллелей гена NAT2 значительно варьирует в популяциях с различным этническим и географическим происхождением (табл. 3.44). Индивидуальные и этнические различия в ацетилировании оказывают влияние на терапевтический эффект и наличие побочных действий некоторых используемых в клинике лекарств. Генетический полиморфизм ацетилирования может влиять и на патогенез 'различных многофакторных заболеваний, к которым относится бронхиальная астма [Lin H.J. et al., 1994; Голденкова-Павлова И.В. и др., 2001; Hamdy S.I. et al., 2003]. Таким образом, различные аллельные варианты гена NAT2 могут модулировать риск развития БА у лиц различной этнической принадлежности. В результате проведенного анализа полиморфных вариантов 590G>A и 857G>A гена NAT2 не выявлено ассоциаций данных ДНК-локусов с развитием бронхиальной астмы в РБ.
Проведенный анализ полиморфного варианта 677С>Т гена MTHFR позволил определить у лиц татарской этнической принадлежности 'ассоциацию аллеля MTHFR*677C (OR=l,69, р=0,03) с риском развития БА. Обнаружена ассоциация генотипа MTHFR*677C7C (OR=3,31, р=0,008) и аллеля MTHFR*677C (OR=3,13, р=0,001) с риском развития БА у индивидов старше 18 лет татарской этнической принадлежности.
Ген дизинтегрина и металлопротеазы ADAM33 принадлежит к семейству генов^ участвующих в межклеточных взаимодействиях и миграции клеток [Primakoff P. et al., 2000]. ADAM33 экспрессируется преимущественно в гладкой мускулатуре и фибробластах дыхательных путей, что, по всей -видимости, свидетельствует о важной роли,данного гена в ремоделировании дыхательных путей [Van Eerdewegh P. et al., 2002; Holgate S.T. et al., 2006].
Проведен анализ полиморфного варианта П434С>А (ST+4) гена ADAM33 у больных Б А и здоровых индивидов из РБ. Обнаружена ассоциация- генотипа ADAM33*11434A/A с риском развития аллергической формы- БА у индивидов русской этнической принадлежности (OR=2,41, р=0,002). Кроме того, генотип ADAM33*11434А/А (OR=3,14, р=0,001) и аллель ADAM33*! 1434А (OR=2,02, р=0,007) определяют повышенный риск тяжелого течения бронхиальной астмы у лиц русской' этнической
I 192 принадлежности. Выявленные ассоциации сохраняются и при анализе выборок с учетом возрастного фактора. В детской группе больных аллергической астмой русской этнической принадлежности было отмечено значительное увеличение частоты гомозиготного генотипа ADAM33*11434A/A по сравнению с русскими детьми без признаков атопических заболеваний (OR=2,67, р=0,009). Обнаружена ассоциация аллеля ADAM33*11434А с риском развития неаллергической формы БА у русских старше 18 лет (OR=l,85, р=0,03). Полиморфный вариант ST+4 (11434С>А) 'расположен в 19 интроне гена ADAM33. Структурные изменения этого участка, по-видимому, потенциально могут оказывать влияние на наличие и количество изоформ мРНК гена ADAM33 и участвовать в альтернативном сплайсинге [Van Eerdewegh P. et al., 2002]. Проведенный нами анализ полиморфного варианта 6716G>C гена ADAM33 показал отсутствие ассоциации данного ДНК-локуса с бронхиальной астмой в РБ.
Полиморфные локусы 11434С>А и 6716G>C гена ADAM33 находятся в о неравновесии по сцеплению-друг с другом (D-0,317, xj==151). Показано, что гаплотип ADAM33*! 1434С/6716С достоверно реже' встречался в группе 'пациентов русской этнической принадлежности - 9,69%, по сравнению с выборкой здоровых индивидов - 23,07% (LR=16,11, р=0,00006, (3—0,99). Кроме того, понижение частоты гаплотипа ADAM33*11434С/6716С отмечалось и у детей, больных БА, русской этнической принадлежности по сравнению с контролем (10,82% и 21,63%, соответственно, LR=4,86, р=0,03, (3—0,82). Частота гаплотипа ADAM33*11434C/6716G была снижена и в группе пациентов русской этнической принадлежности старше 18 лет по сравнению со- здоровыми индивидами (8,80% и 24,23%, соответственно, -LR=11,24, р=0;0008, Р^-1,13).
Помимо оценки влияния отдельных полиморфных вариантов на развитие многофакторных заболеваний, необходимо, учитывать воздействие, обуславливаемое другими генами и факторами окружающей среды. Непараметрическая программа GMDR (MDR) (Generalized Multifactor
Dimensionality Reduction), использующая подход редукции размерных величин, была разработана для поиска ген-генных и ген-средовых взаимодействий [Ritchie et al., 2001; Lou X.Y. et al., 2007]. С помощью программы GMDR была определена модель ген-генного взаимодействия ДНК-локусов, ассоциированная с развитием Б А в РБ: IL10 (-627О A), IL4 (-590С>Т) и ADAM33 (11434С>А). У детей русской этнической принадлежности в формирование наследственной предрасположенности к (аллергической БА основную роль вносят полиморфные варианты генов; TNFA (-308G>A), IL10 (-627О A), IL4 (-5900Т), IL4RA (IleSOVal), IL1RA (VNTR) и IL1B (3953С>Т). Предрасположенность к неаллергической БА у лиц старше 18 лет русской этнической принадлежности определяется взаимодействующими ДНК-локусами IL4 (-5900Т), IL1RA (VNTR) и ADAM33 (11434С>А). У индивидов татарской этнической принадлежности старше 18 лет были выявлены сочетания генотипов генов детоксикции ксенобиотиков CYP1A1, GSTM1, MTHFR (677С>Т) и NAT2 (48ЮТ), предрасполагающие к развитию бронхиальной астмы. j В большинстве случаев БА связана с атопией и является, аллергическим заболеванием. Однако. по мере увеличения длительности заболевания, отмечается постепенное уменьшение или исчезновение признаков атопии и усиление инфекционно-зависимых симптомов. В данном случае идет смена патогенетических. процессов, с возрастом снижается способность, организма продуцировать IgE, а значит и уменьшается возможность возникновения аллергических проявлений. Выявленные «цитокиновые модели» риска БА у детей хорошо укладываются в IgE-зависимый» механизм развития: астмы в раннем возрасте, в то время : как, !взаимодействие; полиморфных вариантов генов- детоксикации может, обуславливать неаллергический механизм развития' заболевания в более позднем- возрасте: Структурная перестройкам бронхиального дерева (гипертрофия и гиперплазия гладких, мышечных клеток, и субэпителиальный фиброз) является важным компонентом:патогенеза заболевания как у детей;. так и в старшем возрасте. Присутствие в моделях межгенного взаимодействия гена ADAM33, участвующего в ремоделировании дыхательных путей, свидетельствует о несомненном вкладе этого гена в ^развитие БА у индивидов из РБ [Holgate S.T., 2008; Grammatikos А.Р., 2008; Weiss S.T., 2009].
Таким образом, проведенное нами исследование позволило установить значимость полиморфных вариантов генов IL4, IL4RA, ADAM33, NAT2 и MTHFR в развитии бронхиальной астмы у индивидов русской и татарской этнической принадлежности. Определены маркеры повышенного и пониженного риска развития БА, обнаружена ассоциация полиморфных локусов генов-кандидатов с аллергической и неаллергической формами Б А, а также с тяжестью течения заболевания. Кроме того, выявлены ключевые I межгенные взаимодействия, детерминирующие развитие бронхиальной астмы в РБ.
195
Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Федорова, Юлия Юрьевна, Уфа
1. Аульченко Ю.С., Аксенович Т.П. Методологические подходы и стратегии картирования генов, контролирующих комплексные признаки человека // Вестник ВОГиС. 2006. - Т. 10. - № 1. - С. 189202.
2. Баранов B.C., Баранова Е.В., Иващенко Т.Э., Асеев М.В. Геном человека и гены "предрасположенности" (Введение в предиктивную медицину) СПб.: Интермедика, 2000. - 263с.
3. Баранов B.C., Иващенко Т.Э., Лаврова О.В., и др. Некоторые молекулярно-генетические аспекты этиопатогенеза атопической бронхиальной астмы // Медицинская генетика. — 2008. №10. - С. 3-13.
4. Брагина Е.Ю., Фрейдин М.Б., Тен И.А., и др. Полиморфизм генов биотрансформации ксенобиотиков GSTT1, GSTM1, CYP2E1 и CYP2C19 у больных атопической бронхиальной астмой // Бюллетень СО РАМН. 2005. - №3 (117). - С. 121-125.
5. Геппе Н.А., Каганов С.Ю. Национальная программа «Бронхиальная астма у детей. Стратегия лечения- и профилактика» и ее реализация // Пульмонология. 2002. - №1. - С. 38-42.
6. Гланц С. Медико-биологическая статистика. М.: Практика, 1999. -459с.
7. Глобальная стратегия лечения и профилактики бронхиальной астмы / Под ред. Чучалина А.Г. М.: Атмосфера, 2007. - 104с.
8. Глотов А.С., Наседкина Т.В., Иващенко Т.Э., и др. Создание биочипа для анализа полиморфизма в генах системы биотрансформации // Молекуляр. биология. 2005. - Т. 39. - С. 403-412.
9. Голденкова-Павлова И.В., Брускин С.А., Абдеев P.M., и др. Сравнительный анализ результатов фенотипирования и генотипирования по полиморфизму N-ацетилирования у человека // Генетика. 2006. - Т. 42. - № 8. - С. 1-8.
10. Ю.Животовский JI.A. Популяционная биометрия. М.: Наука, 1991. - 272 с.
11. П.Зайцева О.В., Лаврентьев А.В., Зайцева С.В., и др. Интерлейкин-1 альфа фактор некроза опухолей-альфа и интерферон-гамма в сыворотке крови детей больных бронхиальной астмой // Аллергология. — 2000. —1.№3.-С. 4-7.
12. Карунас А.С., Измайлова А.Р., Загидуллин Ш.З., и др. Анализ ассоциации полиморфных вариантов генов цитокинов с бронхиальной астмой в республике Башкортостан // Цитокины и Воспаление. 2007. -Т.6.-№4.-С. 22-28.
13. Ляхович В.В., Гавалов С.М., Вавилин В.А., и др. Полиморфизм генов ферментов биотрансформации ксенобиотиков и особенности бронхиальной астмы у детей // Пульмонология. — 2002. Т. 12. - № 2. — С. 31-38.
14. Национальная программа «Бронхиальная астма у детей. Стратегия лечения и профилактика» / Под ред. Чучалина А.Г. М.: Атмосфера,1 2008.- 108с.
15. Руководство по диагностике, лечению и профилактике бронхиальной астмы / Под ред. Чучалина А.Г. М.: НТЦ-КВАН, 2005. - 51с.
16. Фрейдин М.Б., Брагина Е.Ю., Огородова Л.М., и др. Полиморфизм генов глутатионтрансфераз 0х и щ (GSTT1 и GSTM1) у больных атопической бронхиальной астмой в Западно-Сибирском регионе // Молекулярная биология. 2002. - Т. 36. — № 4. — С. 1-5.
17. Фрейдин М.Б., Брагина Е.Ю., Огородова JI.M., и др. Генетика атопии: современное состояние // Вестник ВОГиС. — 2006. — Т. 10. — № 3. — С. 492-503.
18. Чучалин А.Г. Генетические аспекты бронхиальной астмы // Пульмонология. 1999. - Vol.9, № 4. - С. 6-10.
19. Ярилин А.А. Основы иммунологии: Учебник. М.: Медицина, 1999. — 608с.
20. Abdel-Rahman S.Z., El-Zein R.A., Anwar W.A., et al. A multiplex PCR procedure for polymorphic analysis of GSTM1 and GSTT1 genes in population studies // Cancer Lett. 1996. - Vol. 107. - P. 229-233.
21. Adithan C., Gerard N., Vasu S., et al. Allele and genotype frequency of CYP2C19 in a Tamilian population // Br J Clin Pharmacol. 2003. - Vol. 56.-P. 331-333.
22. Allabi A.C., Gala J.-L., Desager J.-P., et al. Genetic polymorphisms of CYP2C9 and CYP2C19 in the Beninese and Belgian populations // J Clin Pharmacol. 2003. - Vol. 56. - P. 653-657.
23. Allen M., Heinzmann A., Noguchi E., et al. Positional cloning of a novel gene influencing asthma from chromosome 2ql4 // Nat Genet. 2003. — Vol. 35. -№ 3. - P. 258-263.
24. Androutsopoulos V.P., Tsatsakis A.M., Spandidos D.A. Cytochrome P450 CYP1A1: wider roles in cancer progression and prevention // BMC Cancer. -2009.-Vol. 9:187.
25. Arend W. Interleukin 1 receptor antagonist: a new member of the interleukin 1 family // J Clin Invest. 1991. - Vol.5. - P. 1445-1451.
26. Arman A., Soylu O., Yildirim A. Interleukin-1 receptor antagonist gene VNTR Polymorphism is associated with coronary artery disease // Arq Bras Cardiol. -2008. Vol. 91. -№ 5. - P. 268-273.
27. Asadullah K., Sterry W., Volk H.D. Interleukin-10 Therapy Review of a New Approach // Pharmacol Rev. - 2003. - Vol.55. - P. 241-269.
28. Baldini M., Lohman I.С., Halonen M., et al. A Polymorphism in the 5' flanking region of the CD14 gene is associated with circulating soluble CD 14 levels and with total serum immunoglobulin E // Am J Respir Cell Mol Biol. 1999. - Vol.20. - P. 976-983.
29. Barnes K.C. Atopy and asthma genes where do we stand? // Allergy. -2000. - Vol. 55. - P. 803-817.
30. Basehore M.J., Howard T.D., Lange L.A., et al. A comprehensive evaluation of IL4 variants in ethnically diverse populations: association of total serum IgE levels and asthma in white subjects // J Allergy Clin Immunol. 2004. -Vol. 114, № l.-P. 80-87.
31. Ваег A.N., McAllister C.B., Wilkinson G.R., et al. Altered distribution of debrisoquine oxidation phenotypes in patients with systemic lupus erythematosus // Arthritis & Rheumatism. 1986. - V. 29. - № 7. - P. 843850.
32. Begh В., Padoan M., Moss C.T., et al. Lack of association of HLA class I genes and TNFa-308 polymorphism in toluene diisocyanate-induced asthma // Allergy. 2004. - Vol. 59. - P. 61-64.
33. Beghe В., Barton S., Rorke S., et al. Polymorphisms in the interleukin-4 and interleukin-4 receptor a chain genes confer susceptibility to asthma and atopy in a Caucasian population // Clin Exp Allergy. 2003. - Vol. 33. - P. 1111-1117.
34. Bell D.A., Taylor J.A., Butler M.A., et al. Genotype/phenotype discordance for human arylamine N-acetyltransferase (NAT2) reveals a new slow-acetylator allele common in African-Americans // Carcinogenesis. 1993. -Vol. 14.-P. 1689-1692.
35. Bergamaschi E., De Palma G., Mozzoni P., et al. Polymorphism of quinine-metabolizing enzymes and susceptibility to ozone-induced acute effects // Am J Respir Crit Care Med.-2001.-Vol. 163.-P. 1426-1431.
36. Berndt S.I., Chatterjee N., Huang W.Y., et al. Variant in sex hormone-binding globulin gene and the risk of prostate cancer // Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2007. - Vol. 16. - P. 165-168.
37. Beyeler C., Armstrong M., Bird H.A., et al. Relationship between genotype for the cytochrome P450 CYP2D6 and susceptibility to ankylosing spondylitis and rheumatoid arthritis // Annals of the Rheumatic Diseases. -1996.-Vol. 55.-P. 66-68.
38. Beyer K., Nickel R., Freidhoff L., et al. Association and linkage of atopic dermatitis with chromosome 13ql2-14 and 5q31-33 markers // J Invest Dermatol. 2000. - Vol. 115. - P. 906-908.
39. Bhandari V. Developmental differences in the role of interleukins in hyperoxic lungs injury in animal models // Front Bios. 2002. — Vol.7:dll624-33.
40. Black R.A., White J.M. ADAMs: focus on the protease domain // Curr Opin Cell Biol. 1998.-Vol. 10.-№5.-P. 654-659.
41. Blakemore A.I., Tarlow J.K., Cork M.J., et al. Interleukin-1 receptor antagonist gene polymorphism as a disease severity factor in systemic lupus erythematosus // Arthritis Rheum. 1994. - Vol.37. - P. 1380-1385.
42. Blakey J., Halapi E., Bjornsdottir U.S., et al. Contribution of ADAM33 polymorphisms to the population risk of asthma // Thorax. 2005. - Vol. 60.-P. 274-276.
43. Borger P., Kauffman H.F., Postma D.S., et al. Interleukin-4 gene expression in activated human T lymphocytes is regulated by the cyclic adenosine monophosphate-dependent signaling pathway // Blood. 1996. - Vol.87. -№2.-P. 691-698.
44. Bozina N., Bradamante V., Lovric M. Genetic polymorphism of metabolic enzymes P450 (CYP) as a susceptibility factor for drug response, toxicity, and cancer risk // Arh Hig Rada Toksikol. 2009. - Vol. 60. - № 2. - P. 217-242.
45. Bozina N., Graniae P., Lalise Z., et al. Genetic Polymorphisms of Cytochromes P450: CYP2C9, CYP2C19, and CY P2D6 in Croatian Population // Croat Med J. 2003. - Vol. 44. - P. 425-428.
46. Bradding P., Walls A.F. and Holgate, S.T. The role of the mast cell in the pathophysiology of asthma // J Allergy Clin Immunol. 2006. - Vol.117. -P. 1277-1284.
47. Brasch-Andersen C., Tan Q., Borglum A.D., et al. Significant linkage to chromosome 12q24.32-q24.33 and identification of SFRS8 as a possible asthma susceptibility gene // Thorax. 2006. - Vol.61. - P. 874-879.
48. Braun-Fahrlander C. Environmental exposure to endotoxin and other microbial products and the decreased risk of childhood atopy: evaluating developments since April 2002 // Curr Opin Allergy Clin Immunol. 2003. -Vol.3.-№5.-P. 325-329.
49. Broide D.H., Lotz M., Cuomo A.J., et al. Cytokines in symptomatic asthma airways // J Allergy Clin Immunol. 1992. - Vol. 89, № 5. - P. 958-967.
50. Brown M.A., Edwards S., Hoyle E., et al. Polymorphisms of the CYP2D6 gene increase susceptibility to ankylosing spondylitis // Human Molecular Genetics. -2000. Vol. 9.-№. 11.-P. 1563-1566.
51. Brusselle G.G., Kips J.C., Tavernier J.H., et al. Attenuation of allergic airway inflammation in IL-4 deficient- mice // Clin Exp Allergy. — 1994. — Vol.24.-№ l.-p. 73-80.
52. Burchard E.G., Silverman E.K., Rosenwasser L.J., et al. Association between a sequence variant in the IL-4 gene promoter and FEV(l) in asthma // Am J Respir Crit Care Med. 1999. - Vol. 160. - P. 919-922.
53. Burrows В., Martinez F.D., Halonen M., et al. Association of asthma with serum IgE levels and skin-test reactivity to allergens // N Engl J Med. -1989. Vol. 320, №5. - P. 271-277.
54. Carroll W.D., Lenney W., Jones P.W., et al. Effects of glutathione S-transferase Ml, T1 and PI on lung function in asthmatic families // Clin Exp Allergy. 2005. - Vol. 35. - P. 1155-1161.
55. Cascorbi I., Brockmoller J., and Roots I. A C4887A polymorphism in exon 7 of human CYP1AJ: population frequency, mutation linkages, and impact on lung cancer susceptibility // Cancer Research. 1996. - Vol. 56. — P. 4965-4969.
56. Cascorbi I., Drakoulis N., Brockmoller J., et al. Arylamine N-acetyltransferase (NAT2) mutations and their allelic linkage in unrelated Caucasian, individuals: correlation with phenotypic activity // Am J Hum Genet. 1995. - Vol. 57. - P. 581-592.
57. Castro J., Telleria J.J., Linares P., et al. Increased TNFA*2, but not TNFB*1, allele frequency in Spanish atopic patients // J Invest Allergol Clin Immunol. 2000. - Vol: 10.-P. 149-154.
58. Castro-Giner F., Kogevinas M., Machler M., et al. TNFA -308G>A in two international population-based cohorts and risk of asthma // Eur Respir J. -2008. Vol.32. - № 2. - P. 350-361.
59. Castro-Giner F., Kogevinas M., Imboden M., et al. Joint effect of obesity and TNFA variability on asthma: two international cohort studies // Eur Respir J.- 2009. -Vol.33. -№ 5. P. 1003-1009.
60. Cembrzynska-Nowak M., Szklarz E., Inglot A.D., et al. Elevated release of tumor necrosis factor-alpha and interferon-gamma by bronchoalveolar leukocytes from patients with bronchial asthma // Am Rev Respir Dis. — 1993. Vol. 147, № 2. - P. 291-295.
61. Chae S.C., Park Y.R., Oh G.J., et al. The suggestive association of eotaxin-2 and eotaxin-3 gene polymorphisms in Korean population with allergic rhinitis // Immunogenetics. 2005. - Vol. 56, № 10. - P. 760-764.
62. Chagani Т., Pare P.D., Zhu S., et al. Prevalence of tumor necrosis factor-alpha and angiotensin converting enzyme polymorphisms in mild/moderate and fatal/near-fatal asthma // Am J Respir Crit Care Med. 1999. - Vol.160. -№ 1.- P. 278-282.i
63. Chan I.H.S., Tang N.L.S., Leung T.F., et al. Study of gene-gene interactions for endophenotypic qauntitative traits in Chinese asthmatic children // Allergy.-2008.-Vol. 63.-P. 1031-1039.
64. Chan A.T., Tranah G.J., Giovannucci E.L., et al. A prospective study of genetic polymorphisms in the cytochrome Р-450 2C9 enzyme and the risk for distal colorectal adenoma // Clin Gastroenterol Hepatol. 2004. - Vol. 2. - № 8. — P. 704-712.
65. Chan-Yeung M., Malo J.L. Table of the major inducers of occupational , asthma. In: Bernstein I.L., Chan-Yeung M., Malo J.L., Bernstein D.I., eds.
66. Asthma in the workplace // New York: Marcel Dekker. 1999. - P. 683720.
67. Chang T.J., Chang H., Chen P., et al. Requirement of aryl hydrocarbon receptor overexpression for CYP1B1 up-regulation and cell growth in human lung adenocarcinomas // Clin Cancer Res. 2007. - Vol. 13. - P. 3845.
68. Chen J., Giovannucci E., Kelsey K., et al. A methylenetetrahydrofolate reductase polymorphism and the risk of colorectal cancer // Cancer Res. —i 1996.-Vol. 56.-№21.-P. 4862-4864.
69. Chen H., Wilkins L.M., Aziz N., et al. Single nucleotide polymorphisms in the human interleukin-IB gene affect transcription according to haplotype context // Hum Mol Gen. 2006. - Vol.15. - № 4. - P. 519-529.
70. Chen W., Mempel M., Schober W., et al. Gender difference, sex hormones, and immediate type hypersensitivity reactions // Allergy. 2008. - Vol. 63, № 11.-P. 1418-27.
71. Cheng L., Enomoto Т., Hirota Т., et al. Polymorphisms in ADAM33 are associated with allergic rhinitis due to Japanese cedar pollen // Clin Exp Allergy.-2004.-Vol. 34.-P. 1192-1201.
72. Chiang C.H., Tang Y.C., Lin M.W., et al. Association between the IL-4 promoter polymorphisms and asthma or severity of hyperresponsiveness in Taiwanese//Respirology. — 2007. — Vol. 12. — № l.-P. 42-48.
73. Chung K.F. and Barnes P.J. Cytokines in asthma // Thorax. 1999. — Vol.54.-P. 825-57.
74. Crofts F., Taioli E., Trachman J., et al. Functional significance of different human CYP1A1 genotypes // Carcinogenesis. 1994. - Vol. 15. - P. 29612963.
75. CSGA. The Collaborative Study on the Genetics of Asthma. A genome-wide search for asthma susceptibility loci in ethnically diverse populations // Nat Genet. 1997. - Vol.15. - P. 389-392.
76. Cui Т., Wu J., Pan S., et al. Polymorphisms in the IL-4 and IL-4R alpha. genes and allergic asthma // Clin Chem Lab Med. 2003. - Vol.41. - № 7. -P. 888-892.
77. Cullup H., Middleton P.G., Duggan G. Environmental factors and not genotype influence the plasma level of interleukin-1 receptor antagonist in normal individuals // Clin Exp Immunol. 2004. - Vol. 137. -P. 351-358.
78. D'amato M., Vitiani L.R., Petrelli G. et al. Association of persistent bronchial hyperresponsiveness with p2-adrenoceptor (ADRB2) haplotypes.
79. A population study // Am J Respir Crit Care Med. 1998. - Vol. 158, № 6. -P. 1968-1973.
80. Dale Smith C.A., Moss J.E., Gough A.C., et al. Molecular genetic analysis of the cytochrome P450-debrisoquine hydroxylase locus and association with cancer susceptibility // Environmental Health Perspectives. — 1992. -Vol. 98.-P. 107-112.
81. Daniels S.E., Bhattacharrya S., James A., et al. A genome-wide search for quantitative trait loci underlying asthma // Nature. 1996. - Vol.383. - P. 247-250.
82. Dewar J.C., Wilkinson J., Wheatley A., et al. The glutamine 27 beta2-adrenoceptor polymorphism is associated with elevated IgE levels in asthmatic families // J Allergy Clin Immunol. 1997. - Vol. 100. - № 2. -P. 261-265.
83. DickmannL.J., Rettie A.E., Kneller M.B., et al. Identification and functional characterization of a new CYP2C9 variant (CYP2C9*5) expressed among African Americans // Mol Pharmacol. 2001. - Vol. 60. - P. 382-387.
84. Dinarello C.A. The IL-1 family and inflammatory diseases // Clin Exp Rheumatol. 2002. - Vol.20. - № 5. - Suppl 27. - P. SI-S13.
85. Djukanovic R., Homeyard S., Gratziou C., et al. (1997) The effect of treatment with oral corticosteroids on asthma symptoms and airwayinflammation // Am J Respir Crit Care Med. 1997. - Vol.155. - P. 826832.
86. Downie D., McFadyen M.C.E., Rooney P.H. Profiling cytochrome P450 expression in ovarion cancer: identification of prognostic markers // Clin Cancer Res. 2005. - Vol. 11, № 20. - P. 7369-7375.
87. Dunham I., Sargent C.A., Trowsdale J., et al. Molecular mapping of the human major histocompatibility complex by pulsed-field gel electrophoresis // Proc Natl Acad Sci USA.- 1987. Vol.84. - № 20. - P. 7237-7241.
88. Eder W., Klimecki W., Yu L., et al. Opposite effects of CD14/-260 on serum IgE levels in children raised in different environments // J Allergy Clin Immunol. 2005. - Vol.116. - P. 601-607.
89. Erbek S.S., Yurtcu E., Erbek S., et al. Proinflammatory cytokine single nucleotide polymorphisms in nasal polyposis // Arch Otolaryngol Head Neck Surg. 2007. - Vol. 133. - № 7. - P. 705-709.
90. Eskdale J., Gallagher G., Verweij C.L., et al. Interleukin 10 secretion in relation to human IL-10 locus haplotypes // Proc Natl Acad Sci USA. -1998. Vol.95. - P. 9465-9470.
91. Evans D.M., Zhu G., Duffy D.L., et al. Major quantitative trait locus for eosinophil count is located on chromosome 2q // J Allergy Clin Immunol. -2004.-Vol.114.-P: 826-830.
92. Fabbri L.M., Caramori G., Maestrelli P. Etiology of occupational asthma. In: Roth RA, ed. Comprehensive toxicology: toxicology of the. respiratory system // Cambridge: Pergamon Press. 1997. - P. 425-435.
93. Flood-Page P.T., Menzies-Gow A.N., Kay A.B., et al. Eosinophil's role remains uncertain as anti-interleukin-5 only partially depletes numbers inasthmatic airway // Am J Respir Crit Care Med. 2003a. - Vol.167. - P. 199-204.
94. Franco R.F., Simoes B.P., Tone L.G., et al. The methylenetetrahydrofolate reductase C677T gene polymorphism decreases the risk of childhood acute lymphocytic leukaemia // Br J Haematol. 2001. - Vol. 115. - № 3. - P. 616-618.
95. Franlcel W.N., Schork N.J. Who's afraid of epistasis? // Nat Genet. 1996. -Vol. 14.-P. 371-373.
96. Fryer A.A., Bianco A., Hepple M., et al. Polymorphism at the glutathione S-transferase GSTP1 locus // Am J Respir Crit Care Med. 2000. - Vol. 161.-P. 1437-1442.
97. Gao P.S., Huang S.K. Genetic aspects of asthma // Panminerva medica. -2004. Vol.46. - № 2. - P. 121-134.
98. Gao J., Shan G., Sun В., et al. Association between polymorphism of tumor necrosis factor a 308 gene promoter and asthma: a meta-analysis // Thorax. - 2006. - Vol. 61. - P. 466-471.
99. Garte S. The role of ethnicity in cancer susceptibility gene polymorphisms: the example of CYP1A1 // Carcinogenesis. 1998. - Vol. 19. - № 8. - P. 1329-1332.
100. Garte S., Gaspari L., Alexandrie A.K., et al. Metabolic gene polymorphism frequencies in control populations // Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. — 2001.-Vol. 10.-P. 1239-1248.
101. Gawronska-Szklars В., Pawlik A., Czaja-Bulsa G., et al. Genotype of N-acetyltransferase 2 (NAT2) polymorphism in children with immunoglobulin E-mediated food allergy // Clin Pharmacol Ther. 2001. - Vol. 69, № 5. P. 372-378.
102. Gerhard D.S., Nguyen L.T., Zhang Z.Y., et al. A relationship between methylenetetrahydrofolate reductase variants and the development of invasive cervical cancer // Gynecol Oncol. — 2003. — Vol. 90. № 3. - P. 560-565.
103. Grammatikos A.P. The genetic and environmental basis of atopic diseases // Ann Med. 2008. - Vol.40. - № 7. - P. 482-495.
104. Green S.A., Turki J., Bejarano P., et al. Influence of beta 2-adrenergic receptor genotypes on signal transduction in human airway smooth muscle cells//Am J Respir Cell Mol Biol. 1995. - Vol. 13.-№ l.-P. 25-33.
105. Grove J., Daly A.K., Bassendine M.F., et al. lnterleukin 10 promoter region polymorphisms and susceptibility to advanced alcoholic liver disease // Gut. 2000. - Vol.46. - P. 540-545.
106. Haag M., Leusink-Muis Т., Le Bouquin R., et al. Increased expression and decreased activity of cytochrome P450 1A1 in a murine model of toluene diisocyanate-induced asthma // Arch Toxicol. — 2002. Vol. 76. - № 11.— P. 621-627.
107. Hagg S., Spigset O., Dahlqvist R. Influence of gender and oral contraceptives on CYP2D6 and CYP2C19 activity in healthy volunteers // Br J Clin Pharmacol. 2001. - Vol. 51. - P. 169-173.
108. Haagerup A., Bjerke Т., Schiertz P.O., et al. Asthma and atopy a total genome scan for susceptibility genes // Allergy. — 2002. — Vol.57. — № 8. — P. 680-686.
109. Hahn L.W., Ritchie-M.D., and Moore J.H. Multifactor dimensionality reduction software , for detecting gene-gene and gene-environment interactions // Bionformatics. 2003. - V. 19. - №3. - P. 376-382.
110. Hakonarson H., Bjornsdottir U.S., Halapi E., et al. A major susceptibility gene for asthma maps to chromosome 14q24 // Am J Hum Genet. 2002. -Vol.71.-P. 483-491.
111. Hall S.K., Perregaux D.G., Gabel C.A., et al. Correlation of polymorphic variation in the promoter region of the interleukin-1 beta gene with secretion of interleukin-1 beta protein // Arthritis Rheumatism. 2004. - Vol.50. - P. 1976-1983.
112. Hamdy S.I., Hiratsuka M., Narahara K., et al. Genotype and allele frequencies of TPMT, NAT2, GST, SULT1A1 and MDR-1 in the Egyptian population // Br J Clin Pharmacol. 2003. - Vol. 55. - № 6. - P. 560-569.
113. Hanene C., Jihene L., Jamel A., et al. Association of GST genes polymorphisms with asthma in Tunisian children // Mediators of Inflamm. — 2007.-Vol. 2007.
114. Hansel N.N., Diette G.B. Gene expression profiling in human asthma // Proc Am Thorac Soc. 2007. - Vol 4. - P. 32-36.
115. He J.Q., Chan-Yeung M., Becker A.B., et al. Genetic variants of the IL13 and IL4 genes and atopic diseases in at-risk children // Genes Immun. — 2003. Vol.4. - № 5. - P. 385-389.
116. Hefler L.A., Tempfer C.B., Grimm C., et al. Estrogen-metabolizing gene polymorphisms in the assessment of breast carcinoma risk and fibroadenoma risk in Caucasian women // Cancer. 2004. - Vol. 101. - № 2. - P. 264-269.
117. Hershey G.K., Friedrich M.F., Esswein L.A., et al. The association of atopy with a gain-of-function mutation in the alpha subunit of the interleukin-4 receptor // N Engl J Med. 1997. - Vol.337. - № 24. - P. 1720-1725.
118. Hirvonen A. Genetic factors in individual responses to environmental exposures // J Occup Environ Med. 1995. - Vol. 37. - P. 37-43.
119. Hobbs C.A., Cleves M.A., Lauer R.M., et al. Preferential transmission of the MTHFR 677 T allele to infants with Down syndrome: implications for a survival advantage // Am J Med Genet. 2002. - Vol. 113. - № 1. - P. 9-14.
120. Hobbs K., Negri J., Klinnert M., et al. Interleukin 10 and transforming growth factor-(3 promoter polymorphisms in allergies and asthma // Am J Respir Crit Care Med. 1998. - Vol.158. - P. 1958-1962.
121. Hogaboam C.M., Carpenter K.J., Schuh J.M., et al. Aspergillus and asthma—any link? // Med Mycol. 2005. - Vol.43. - Suppl 1. - P. S197-S202.
122. Holgate S.T. Pathogenesis of asthma // Clin and Exp Allergy. 2008. -V.38.-P. 872-897.
123. Horwood L.J., Fergusson D.M., Shannon F.T. Social and familial factors in the development of early childhood asthma // Pediatrics. 1985. -Vol.75. -№ 5. - P. 859-868.
124. Holgate S.T., Yang Y., Haitchi H.M., et al. The genetics of asthma: ADAM33 as an example of a susceptibility gene // Proceedings of the American Thoracic Society. 2006. - Vol. 3. - № 5. - P. 440-443.
125. Howard T.D., Postma D.S., Jongepier H., et al. Association of a disintegrin and metalloprotease 33 (ADAM33) gene with asthma in ethnically diverse populations // J Allergy Clin Immunol. 2003. - Vol. 112. - № 4. - P. 717722.
126. Huang S.K., Mathias R.A., Ehrlich E., et al. Evidence for asthma susceptibility genes on chromosome 11 in an African-American population // Hum Genet. 2003. - Vol.113. - P. 71-75.
127. Hung H.C., Chuang J., Chien Y.C., et al. Genetic polymorphisms of CYP2E1, GSTM1, and G57T7; environmental factors and risk of oral cancer // Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 1997. - Vol. 6. - P. 901-905.
128. Humrich J.Y., Humrich J.H., Averbeck M., et al. Mature monocyte-derived dendritic cells respond more strongly to CCL19 than to CXCL12: consequences for directional migration // Immunology. — 2006. Vol. 117.— P. 238-247.
129. Hurme M., Santtila S. IL-1 receptor antagonist (IL-IRa) plasma levels are coordinately regulated by both IL-IRa and IL-1 beta genes // Eur J Immunol. 1998. Vol.28. - № 8. - P. 2598-2602.
130. Husemoen L.L., Toft U., Fenger M., et al. The association between atopy and factors influencing folate metabolism: is low folate status causally related to the development of atopy? // Int J Epidemiol. 2006. - Vol. 35. — №4.-P. 954-961.
131. Hytonen A.M., Lowhagen O., Arvidsson M., et al. Haplotypes of the interleukin-4 receptor a chain gene associate with susceptibility to and severity of atopic asthma // Clin Exp Allergy. 2004. - Vol. 34. - P. 15701575.
132. Ishiguro Y. Mucosal proinflammatory cytokine production correlates with endoscopic activity of ulcerative colitis // J Gastroenterol. 1999. - Vol.34. - P. 66-74.
133. Ivaschenko Т.Е., Sideleva O.G., Baranov V.S. Glutathione-S-transferase j.i and theta gene polymorphisms as new risk factors of atopic bronchial asthma // J Mol Med. 2002. - Vol. 80. - P. 39-43.
134. Jang N., Stewart G., Jones G. Polymorphisms within the PHF11 gene at chromosome 13ql4 are associated with childhood atopic dermatitis // Genes and Immunity. 2005. - Vol. 6. - P. 262-264.
135. Jahnke V., Matthias C., Fryer A., et al. Glutathione 5-transferase and cytochrome P450 polymorphism as risk factors for squamous cell carcinoma of the larynx // Am J Surg. 1996. - Vol. 172. - P. 671-673.
136. Jourenkova N., Reinikanen M., Bouchardy C., et al. Effects of glutathione 5-transferases GSTMI and GSTT1 genotypes on lung cancer risk in smokers //Pharmacogenetics. 1997. - Vol. 7.-P. 515-518.
137. Kamada F., Mashimo Y., Inoue H., et al. The GSTP1 gene is a susceptibility gene for childhood asthma and the GSTMI gene is a modifier1.of the GSTP1 gene // Int Arch Allergy Immunol. 2007. - Vol. 144, № 4. -P. 275-286.
138. Kamali-Sarvestani E., Ghayomi M.A., Nekoee A. Association of TNF-alpha -308 G/A and IL-4 -589 C/T gene promoter polymorphisms with asthma susceptibility in the south of Iran // J Investig Allergol Clin Immunol. 2007. - Vol.17. - № 6. - P. 361-366.
139. Kauppi P., Lindblad-Toh K., Sevon P., et al. A Second-Generation Association Study of the 5q31 Cytokine Gene Cluster and the Interleukin-4 Receptor in Asthma // Genomics. 2001. - Vol. 77. - № 1-2. - P. 35-42.
140. Kay A.B. Allergy and allergic diseases. Second of two parts // N Engl J I Med. 2001. - Vol.344. - P! 109-113.
141. Kay A.B. The role of eosinophils in the pathogenesis of asthma // Trends Mol Med.-2005.-Vol.11.-P.' 148r152.
142. Kay A.B. The role of T lymphocytes in asthma // Ghem Immunol Allergy.- 2006. Vol.91. - P. 59-75.
143. Kempkes M., Golka К., Reich S., et al. Glutathione 5-transferase GSTMI and GSTT1 null genotypes as potential risk factors for urothelial cancer of the bladder // Arch Toxicol. 1996. - Vol. 71. - P. 123-126.
144. Kimura R., Nishioka Т., Soemantri A., et al. Cis-acting effect of the IL1B C-31T polymorphism on IL-1 beta mRNA expression // Genes Immun. -2004.-Vol.5.-P. 572-575.
145. Kips J.C. Cytokines in asthma // Eur Respir J Suppl. 2001. - Vol.34. - P. 24s-33s.
146. Khedhaier A., Hassen E., Bouaouina N., et al. Implication of xenobiotic metabolizing enzyme gene (CYP2E1, CYP2C19, CYP2D6, mEH and NAT2) polymorphisms in breast carcinoma // BMC Cancer. 2008. - 8:109.
147. Kraft M., Martin R.J., Wilson, S., et al. Lymphocyte and eosinophil influx into alveolar tissue in nocturnal asthma // Am J Respir Crit Care Med. -1999.-Vol.159.-P. 228-234.
148. Laitinen T. Gene mapping in asthma-related'traits // Methods Mol Biol. — 2007.-Vol. 376.-P. 213-134.
149. Laitinen Т., Polvi A., Rydman P., et al. Characterization of a common susceptibility locus for asthma-related traits // Science. 2004. — Vol. 304. — P. 300-304.
150. Laprise С., Sladek R., Ponton A., et al. Functional classes of bronchial mucosa genes that are differentially expressed in asthma // BMC Genomics. -2004. Vol.5:21.
151. Lee E.J., Wong J.Y., Yeoh P.N., et al. Glutathione S-transferase theta (GSTT1) genetic polymorphism among Chinese, Malays and Indians in Singapore // Pharmacogenetics. 1995. - Vol. 5. - P. 332-334.
152. Lee J.-Y., Park S.-W., Chang H.K., et al. A Disintegrin and Metalloproteinase 33 Protein in Patients with Asthma Relevance to Airflow Limitation // Am J Respir Crit Care Med. 2006. - Vol. 173. - P. 729-735.
153. Lee S.-G., Kim B.-S., Kim J.-H., et al. Gene-gene interaction between interleukin-4 and interleukin-4 receptor a in Korean children with asthma // Clin Exp Allergy. 2004. - Vol. 34. - P. 1202-1208.
154. Levine A.J., Siegmund K.D., Ervin C.M., et al. The methylenetetrahydrofolate reductase 677C~>T polymorphism and distal colorectal adenoma risk // Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. — 2000. — Vol. 9.-№7.-P. 657-663.
155. Lin H.J., Han C.Y., Lin B.K., et al. Ethnic distribution of slow-acetylator mutations in the polymorphic N-acetyltransferase (NAT2) gene // Pharmacogenetics. 1994. - Vol. 4. - P. 125-134.
156. Lind D.L., Choudhry S., Ung N., et al. ADAM33 is not associated with asthma in Puerto Rican or Mexican populations // Am J Respir Crit Care Med.-2003.-Vol. 168.-№ 11.-P. 1312-1316.
157. Litonjua A.A., Carey V.J., Burge H.A., et al. Parental history and the risk for childhood asthma. Does mother confer more risk than father? // Am J Respir Crit Care Med.- 1998.-Vol. 158, № l.-P. 176-181.
158. Louis R., Leyder E., Malaise M., et al. Lack of association between adult asthma and the tumour necrosis factor a-308 polymorphism gene // Eur Respir J. 2000. - Vol. 16. - P. 604-608.
159. Loza M.J., Chang B.L. Association between Q551R IL4R genetic variants and atopic asthma risk demonstrated by meta-analysis // J Allergy Clin Immunol. 2007. - Vol. 120. - № 3. - P. 578-585.
160. Lyon H., Lange C., Lake S., et al. IL10 gene polymorphisms are associated with asthma phenotypes in children // Genetic Epidemiology. 2004. -Vol.26.-P. 155-165.
161. Makarova S.I., Vavilin V.A., Lyakhovich V.V., et al. Allele NAT2*5 Determines Resistance to Bronchial Asthma in Children // Bulletin of Experimental Biology and Medicine. 2000 - № 6. - P. 575-577.
162. Malerba G., Pignatti P.F. A review of asthma genetics: gene expression studies and recent candidates // J Appl Genet. 2005. - Vol.46. - № 1. - P. 93-104.
163. Malo J.L. Future advances in work-related asthma and the impact on occupational health // Occup Med. 2005. - Vol.55. - P. 606-611.
164. Mao X.Q., Kawai M., Yamashita Т., et al. Imbalance production between interleukin-1 beta (IL-1J3) and IL-1 receptor antagonist (IL-1RA) in bronchial asthma // Biochem Biophys Res Commun. 2000. - Vol.276. - P. 607-612.
165. Markova S., Nakamura Т., Makimoto H. IL-lb Genotype-Related Effect of Prednisolone on IL-lb Production in Human Peripheral Blood Mononuclear Cells under Acute Inflammation // Biol Pharm Bull. 2007. - Vol.30. - № 8.-P. 1481-1487.
166. Martinez F.D., Graves P.E., Baldini M., et al. Association between genetic polymorphisms of the p2-adrenoceptor and response to albuterol in childrenwith and without a history of wheezing // J Clin Invest. 1997. - Vol. 100, № 12.-P. 3184-3188.
167. Martinez F.D., Wright A.L., Taussig L.M., et al. Asthma and wheezing in the first six years of life. The Group Health Medical Associates // N Engl J Med. 1995. - Vol.332. -№ 3. - P. 133-138.
168. Masoli M., Fabian D., Holt S., et al. The global burden of asthma: executive summary of the GINA Dissemination Committee Report // Allergy. 2004. - Vol. 59, №5. - P. 469-478.
169. Masson L.F., Sharp L., Cotton S.C., et al. Cytochrome P-450 1A1 gene polymorphisms and risk of breast cancer: a HuGE review // Am J Epidemiol.-2005.-Vol. 161.-№ 10. P. 901-915.
170. Mathew C.C. The isolation of high molecular weight eucariotic DNA // Methods in molecular biology / Ed. Walker J.M. N.Y.; Haman press, 1984. -V.2. — P.31-34.
171. May D.G., Black C.M., Olsen N.J., et al. Sclerodenna is associated with differences in individual routes of drug metabolism: a study with dapsone, debrisoquine, and mephenytoin // Clin Pharmacol Ther. 1990. - Vol. 48. — P. 286-295.
172. McGlynn K.A., Rosvold E.A., Lustbader E.D., et al. Susceptibility to hepatocellular carcinoma is associated with genetic variation in the enzymatic detoxification of aflatoxin В // Proc Natl Acad Sci USA. -1995. -Vol. 92.-P. 2384-2387.
173. Mei H., Cuccaro M.L., and Martin E.R. Multifactor dimensionality reduction-phenomics: A novel method to capture genetic heterogeneity with use of phenotypic variables // The Am J Hum Gen. -2007. V. 81. - P. 1251-1261.
174. Mitsuyasu H., Izuhara К., Mao X.Q., et al. Ile50Val variant of IL4R alpha upregulates IgE synthesis and associates with atopic asthma // Nat Genet. -1998.-Vol. 19, №2.-P. 119-120.
175. Mitsuyasu H., Yanagihara Y., Mao X.Q., et al. Cutting edge: dominant effect of Ile50Val variant of the human IL-4 receptor alpha-chain in IgE synthesis // J Immunol. 1999. - V.162. - P. 1227-1231.
176. Moffatt M.F., James A., Ryan G, et al. Extended tumour necrosis factor/HLA-DR haplotypes and asthma in an Australian population sample // Thorax. 1999.-Vol.54.-P. 757-761.
177. Moffatt M.F., Kabesch M., Liang L., et al. Genetic variants regulating ORMDL3 expression contribute to the risk of childhood asthma // Nature. — 2007. Vol.448. - № 715. - P. 470-473.
178. Moos V., Rudwaleit M., Herzog V., et al. Association of genotypes affecting the expression of interleukin-lb or interleukin-1 receptor antagonist with osteoarthritis // Arthritis & Rheumatism. 2000. - Vol. 43. -№ 11.-P. 2417-2422.
179. Muntjewerff J.W., Kahn R.S., Blom H.J., et al. Homocysteine, methylenetetrahydrofolate reductase and risk of schizophrenia: a metaanalysis // Mol Psychiatry. 2006. - Vol. 11. - № 2. - P. 143-149.
180. Nacak M., Aynacioglu A.S., Filiz A. Association between the N-acetylation genetic polymorphism and bronchial asthma // Br J Clin Pharmacol.-2002.-Vol. 54.-P. 671-674.
181. Nakamura E., Megumi Y., Kobayashi Т., et al. Genetic Polymorphisms of the Interleukin-4 Receptor a Gene Are Associated with an Increasing Risk and a Poor Prognosis of Sporadic Renal Cell Carcinoma in a Japanese
182. Population // Clinical Cancer Research. 2002. - Vol. 8. - P. 2620-2625. 2002.
183. Nasu K., Kubota Т., Ishizaki T. Genetic analysis of CYP2C9 polymorphism in a Japanese population // Pharmacogenetics. — 1997. Vol. 7.-P. 405-409.
184. Nelson H.H., Wiencke J.K., Christiani D.C., et al. Ethnic differences in the prevalence of the homozygous deleted genotype of glutathione S-transferase theta // Carcinogenesis. 1995. - Vol. 16. - P. 1243-1245.
185. Nicolae D., Cox N.J., Lester L.A., et al. Fine mapping and positional candidate studies identify HLA-G as an asthma susceptibility gene on chromosome 6p21 // Am J Hum Genet. 2005. - Vol. 76. - № 2. -P. 349357.
186. Niewinski P., Orzechowska-Juzwenko K., Patkowski J., et al. Significance of CYP2D6 oxidation genotype as a risk factor in development of allergic diseases // Pol Arch Med Wevra. 2003. - Vol. 109. - № 2. - P. 137-142.
187. Noguchi E., Shibasaki M., Arinami Т., et al. Evidence for linkage between asthma/atopy in childhood and chromosome 5q31-q33 in a Japanese population // Am J Respir Crit Care Med. 1997. - Vol.156. - P. 13901393.
188. Noguchi E., Shibasaki M., Arinami Т., et al. Association of asthma and the interleukin-4 promoter gene in Japanese // Clin Exp Allergy. 1998. -Vol.28.-№4.-P. 449-453.
189. Noguchi E., Shibasaki M., Arinami Т., et al. Lack of association of atopy/asthma and the interleukin-4 receptor alpha gene in Japanese // Clin Exp Allergy. 1999. - Vol. 29. - P. 228-233.
190. Ober C., Hoffjan S. Asthma genetics 2006: the long and winding road to gene discovery // Genes Immun. 2006. — Vol. 7, № 2. - P. 95-100.
191. Paine M.F., Hart H.L., Ludington S.S., et al. The human intestinal cytochrome P450 "pie" // Drug Metab Dispos. 2006. - Vol. 34. - P. 880886.
192. Panhuysen C.I.M., Xu J., Postma D.S., et al. Evidence for a major locus for bronchial hyperresponsiveness independent of the locus regulating total serum IgE levels // Am J Hum Genet. 1996. - 5:A231.
193. Pillay V., Gaillard M.C., Halkas A.A. Differences in the genotypes and plasma concentrations of the interleukin-1 receptor antagonist in black and white South African asthmatics and control subjects // Cytokine. 2000. -Vol.12.-P. 819-821.
194. Pociot F., Molving J., Wogensen L., et al. A TaqI polymorphism in the human interleukin-1 beta (IL-1 beta) gene correlates with IL-1 beta secretionin vitro // Eur J Clin Invest. 1992. - Vol.22. - P.396-402.
195. Postma D.S., Koppelman G.H. Confirmation of GPRA: a putative drug target for asthma // Am J Respir Crit Care Med. 2005. - Vol. 171. - № 12. -P. 1323-1324.
196. Postma D.S., Koppelman G.H., Meyers D.A. The genetics of atopy and airway hyperresponsiveness // Am J Respir Crit Care Med. 2000. -Vol.162.-P. SI 18-S123.
197. Prescott S.L., Macaubas C., Holt В J., et al. Transplacental priming of the human immune system to environmental allergens: universal skewing ofIinitial T cell responses toward the Th2 cytokine profile // J Immunol. -1998. -Vol.160.-P. 4730-4737.
198. Primakoff P., Myles D.G. The ADAM gene family: surface proteins with adhesion and protease activity // Trends Genet. — 2000. Vol. 16. — № 2. — P. 83-87.
199. Reihsaus E., Innis M., Maclntyre N., et al. Mutations in the gene encoding for the beta 2-adrenergic receptor in normal and asthmatic subjects // Am J Respir Cell Mol Biol. 1993. - Vol. 8, № 3. - P. 334-339.
200. Rigoli L., Di Bella C., Procopio V., et al. Molecular analysis of sequence variants in the Fcepsilon receptor I beta gene and IL-4 gene promoter in Italian atopic families // Allergy. 2004. - Vol.59. - № 2. - P. 213-218.
201. Ritchie M.D., Hahn L.W., Roodi N., et al. Multifactor-dimensionality1.reduction reveals high-order interactions among estrogen-metabolism genesin sporadic breast cancer // Am J HumGenet. 2001. - Vol. 69. - P. 138147.
202. Rockman M.V., Hahn M.W., Soranzo N., et al. Positive selection on a human-specific transcription factor binding site regulating IL4 expression И Curr Biol. 2003. - Vol. 13. - № 23. - P. 2118-2123.
203. Roddam P.L., Rollinson S., Kane E., et al. Poor metabolizers at the cytochrome P450 2D6 and 2C19 loci are at increased risk of developing adult acute leukaemia // Pharmacogenetics. 2000. — Vol. 10. - № 7. - P. 605-615.
204. Rosenwasser L.J., Borish L. Genetics of atopy and asthma: the rationale behind promoter-based candidate gene studies (IL-4 and IL-10) // Am J Respir Crit Care Med. 1997. - Vol.156. - P. SI 52-S155.
205. Rosenwasser L.J., Klemm D.J., Dresback J.K., et al. Promoter polymorphisms in the chromosome 5 gene cluster in asthma and atopy // Clin Exp Allergy. 1995. - Vol. 25, Suppl. 2. - P. 74-78.
206. Russo C. and Polosa R. TNF-a as a promising therapeutic target in chronic asthma: a lesson from rheumatoid arthritis // Clinical Science. 2005. -Vol.109.-P.135-142.
207. Qi S.Y., Riviere P.J., Trojnar J., et al. Cloning and characterization of dipeptidyl peptidase 10, a new member of an emerging subgroup of serine proteases //Biochem. J. -2003. Vol. 373. - P. 179-189.
208. Sachse C., Smith G., Wilkie M.J., et al. A pharmacogenetic study to investigate the role of dietary carcinogens in the etiology of colorectal cancer // Carcinogenesis. 2002. - Vol. 23. - P. 1839-1849.
209. Sandford A.J., Chagani Т., Zhu S., et al. Polymorphisms in the IL4, IL4RA, and FCERIB genes and asthma severity // J Allergy Clin Immunol. -2000.-Vol. 106, № l,Pt. l.-P. 135-140.
210. Santtila S., Savinainen K., Hurme M. et al. Presence of the IL-1RA allele 2 (IL-1RN*2) is Associated, with enhanced IL-1(3 Production in vitro И Scand J Immunology. 1998. - Vol. 47. - P. 195-198.
211. Settin A., Zedan M., Farag M., et al. Gene polymorphisms of lL-6(-174) G/C and IL-IRa VNTR in asthmatic children // Indian J Pediatr. 2008. -Vol.75.-№ 10.-P. 1019-1023.
212. Scirica C.V., Celedon J.C. Genetics of asthma: potential implications for reducing asthma disparities // Chest. 2007. - Vol. 132. - P. 770-781.
213. Schedel M., Depner M., Schoen C., et al. The role of polymorphisms in ADAM33, a disintegrin and metal!oprotease 33, in childhood asthma and lung function in two German populations // Respiratory Research. 2006. -Vol. 7:91.
214. Schlesselman J. Case-control studies. Design, conduct, analysis // New York, Oxford: Oxford University Press. 1982. - P.58-96.
215. Scordo M.G., Aklillu E., Yasar U., et al. Genetic polymorphism of cytochrome P450 2C9 in a Caucasian and a Black African population // Br J Clin Pharmacol. 2001. - Vol. 52. - P. 447-450.
216. Shin H.D., Park B.L., Kim L.H., et al. Association of tumor necrosis factor polymorphisms with asthma and serum total IgE // Hum Mol Gen. 2004. -Vol. 13. -№ 4. - P. 397-403.
217. Sibbald В., Rink E. Epidemiology of seasonal and perennial rhinitis: clinical presentation and medical history // Thorax. 1991. - Vol. 46. - № 12.-P. 895-901.
218. Sigurs N., Bjarnason R., Sigurbergsson F., et al. Respiratory syncytial virus bronchiolitis in infancy is an important risk factor for asthma and allergy at age 7 // Am J Respir Crit Care Med. 2000. - Vol.161. - № 5. -P. 1501-1507.
219. Smit J.J., Lukacs N.W. A closer look at chemokines and their role in asthmatic responses // Eur J Pharmacol. 2006. - Vol.533. - P. 277-288.
220. Smith C.A.D., Wadelius M., Gough A.C., et al. A simplified assay for the arylamine N-acetyltransferase 2 polymorphism validated by phenotyping with isoniazid // J Med Genet. 1997. - Vol. 34. - P. 758-760.
221. Sousa A.R., Lane S.J., Nakhosteen J.A., et al. Expression of interleukin-1 beta (IL-1 beta) and interleukin-1 receptor antagonist (IL-lra) on asthmatic bronchial epithelium // Am J Respir Crit Care Med. 1996. - Vol.154. - p. 1061-1066.
222. Sporik R., Holgate S.T., Platts-Mills T.A., et al. Exposure to house-dust mite allergen (Der p I) and the development of asthma in childhood. A prospective study // N Engl J Med. 1990. - Vol.323. - № 8. - P. 502-507.
223. Steinke J.W., Barekzi E., Hagman J., et al. Functional Analysis of -571 IL-10 Promoter Polymorphism Reveals a Repressor Element Controlled by Spll // The Journal of Immunology. 2004. - Vol.173.-P. 3215-3222.
224. Strachan D.P. Hay fever, hygiene, and household size // BMJ. -1989. — Vol.299.-P. 1259-1260.
225. Suzuki I., Hizawa N., Yamaguchi E., et al. Association between a C+33T polymorphism in the IL-4 promoter region and total serum IgE levels // Clin Exp Allergy. 2000. - Vol. 30. - P. 1746-1749.
226. Taki F., Kondoh Y., Matsumoto K., et al. Tumor necrosis factor in sputa of patients with bronchial asthma on exacerbation // Arerugi. 1991. - Vol. 40. - № 6. - P. 643-646.
227. Tahan F., Patiroglu T. Plasma soluble human leukocyte antigen G levels in asthmatic children // Int Arch Allergy Immunol. 2006. - Vol. 141. - № 3. -P. 213-216.
228. Tamer L., Calikoglu M., Aras Ate§ N., et al. Relationship between N-acetyl transferase-2 gene polymorphism and risk of bronchial asthma // Tuberk Toraks.- 2006. -Vol. 54.-№2.-P. 137-143.
229. Tarlow J.K., Blakemore A.I., Lennard A., et al. Polymorphism in human IL-1 receptor antagonist gene intron 2 is caused by variable numbers of an 86-bp tandem repeat // Hum Genet. 1993. - Vol.91. - P. 403-404.
230. Tarlow J.K., Clay F.E., Cork M.J., et al. Severity of alopecia areata is associated with a polymorphism in the interleukin-1 receptor antagonist gene // J Invest Dermatol. 1994. - Vol.103. - P. 387-390.
231. The European Community Respiratory Health Survey Group. Genes for asthma? An analysis of the European Community Respiratory Health Survey II Ami Respir Crit Care Med. 1997. - Vol.156. - P. 1773-1780.
232. Thomsen S.F., Kyvik K.O., Backer V. Etiological relationships in atopy: a review of twin studies // Twin Res Hum Genet. — 2008. Vol.11. - № 2. — P. 112-120.
233. Trabetti E. Homocysteine, MTHFR gene polymorphisms, and cardio-cerebrovascular risk // J Appl Genet. 2008. - Vol. 49. - № 3. - P. 267-282.
234. Truyen E., Coteur L., Dilissen E. et al. (2006) Evaluation of airway inflammation by quantitative Thl/Th2 cytokine mRNA measurement in sputum of asthma patients // Thorax. 2006. - Vol. 61. - P. 202-208.
235. Umland S.P., Garlisi C.G., Shah H., et al. Human ADAM33 messenger RNA expression profile and post-transcriptional regulation // Am J Respir Cell Mol Biol. 2003. - Vol. 29. - P. 571 -582.
236. Van Eerdewegh P., Little R.D., Dupuis J., et al. Association of the ADAM33 gene with asthma and bronchial hyperresponsiveness // Nature. — 2002.-Vol. 418.-P. 426-430.
237. Vercelli D. Genetics, epigenetics, and the environment: switching, buffering, releasing // J Allergy Clin Immunol. 2004. - Vol.113. - P. 381386.
238. Vijgen L., Van Gysel M., Rector A. Interleukin-1 receptor antagonist VNTR-polymorphism inflammatory bowel disease // Genes and Immunity. 2002. - Vol. 3. - P. 400-406.
239. Von Gamier С., Filgueira L., Wikstrom M., et al. Anatomical locationdetermines the distribution and function of dendritic cells and other APCs in the respiratory tract // J Immunol. 2005. - Vol. 175. - P. 1609-1618.
240. Wahn U., Lau S., Bergmann R., et al. Indoor allergen exposure is a risk factor for sensitization during the first three years of life 11 J Allergy Clin Immunol. 1997. - Vol.99. - (6 Pt 1). - P. 763-769.
241. Walley A.J., Cookson W.O. Investigation of an interleukin-4 promoter polymorphism for associations with asthma and atopy // J Med Genet. — 1996. -Vol.33. -№ 8.-P. 689-692.
242. Walraven J.M., Zang Y., Trent J.O. Structure/function evaluations of single nucleotide polymorphisms in human N-acetyltransferase 2 // Curr Drug Metab. 2008. - Vol. 9. - № 6. - P. 471-486.
243. Wang S.L., Huang J., Lai M.D., et al. Detection of CYP2C9 polymorphism based on the polymerase chain reaction in Chinese // Pharmacogenetics. -1995.-Vol. 5.-P. 37-42.
244. Wei' Q., Gu J., Cheng L., et al. Benzoa.pyrene diol epoxide-induced chromosomal aberrations and risk of lung cancer // Cancer Res. 1996. -Vol. 56.-P. 3975-3979.
245. Weidinger S., Gieger C., Rodriguez E., et al. Genome-wide scan on total serum IgE levels identifies FCER1A as novel susceptibility locus // PLoS Genet. 2008. - Vol.4. - № 8:el000166.
246. Weiss S.T., Raby B.A., Rogers A. Asthma genetics and genomics 2009 // Curr Opin Genet Dev. 2009. - Vol.19. - № 3. - P. 279-282.
247. Wen A., Wang J., Feng K., et al. Effects of haplotypes in the interleukin lbeta promoter on lipopolysaccharide-induced interleukin lbeta expression // Shock. 2006. - Vol.26. - P. 25-30.
248. Werner M., Herbon N., Gohlke H., et al. Asthma is associated with single-I nucleotide polymorphisms in ADAM33 // Clin Exp Allergy. 2004. - Vol.34.-P. 26-31.
249. Wilson A.G., Symons J.A., McDowell T.L., et al. Effects of a polymorphism in the human tumor necrosis factor a promoter on transcriptional activation // Proc Natl Acad Sci USA. 1997. - Vol. 94. - P. 3195-3199.
250. Witte J.S., Palmer L.J., O'Connor R.D., et al. Relation between tumour necrosis factor polymorphism TNFa-308 and risk of asthma // European
251. Journal of Human Genetics. 2002. - Vol. 10. - P. 82-85.
252. Wolf C.R., Smith C.A., Gough A.C., et al. Relationship between the debrisoquine hydroxylase polymorphism and cancer susceptibility // Carcinogenesis. 1992.-Vol. 13.- №6. -P. 1035-1038.
253. Ying S., Zhang G., Gu S., et al. How much do we know about atopicasthma: where are we now? // Cell Mol Immunol. — 2006. Vol.3. - № 5. Pr/ч 321-332.
254. Yokouchi Y., Nukaga Y., Shibasaki M., et al. Significant evidence for linkage of mite-sensitive childhood asthma to chromosome 5q31—q33 near the interleukin 12 В locus by agenome-wide search in Japanese families // Genomics. -2000.-Vol.66. P. 152-160.
255. Yoshinaka Т., Nishii K., Yamada K., et al. Identification and characterization of novel mouse and human ADAM33s with potential metalloprotease activity // Gene. 2002. - Vol. 282. -P. 227-236.
256. Yu J., Chen В., Zhang G., et al. The 677 C-->T mutation in the methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) gene in five Chinese ethnic groups // Hum Hered. 2000. - Vol. 50. - № 4. - P. 268-270.
257. Zagha E., Ozaita A., Chang S.Y., et al. DPP10 modulates Kv4-mediated A-type potassium channels // J Biol Chem. 2005. - Vol. 280. - № 19. - P. 18853-18861.
258. Zambelli-Weiner A., Ehrlich E., Stockton M.L., et al. Evaluation of the CD14/-260 polymorphism and house dust endotoxin exposure in the Barbados Asthma Genetics Study // J Allergy Clin Immunol. — 2005. — Vol.115.-P. 1203-1209.
259. Zhang Z.Y., Fasco M.J., Huang L., et al. Characterization of purified human recombinant cytochrome P4501A1-Ile462 and -Val462: assessment of a role for the rare allele in carcinogenesis // Cancer Res. 1996. - Vol. 56. - № 17. - P. 3926-3933.
260. Zhang Y., Leaves N.I., Anderson G.G., et al. Positional cloning of a quantitative trait locus on chromosome 13ql4 that influences immunoglobulin E levels and asthma // Nat Genet. — 2003. — Vol. 34. — № 2. -P. 181-186.
-
Федорова, Юлия Юрьевна
-
кандидата биологических наук
-
Уфа, 2009
-
ВАК 03.00.15
- Исследование молекулярно-генетических основ атопического дерматита
- Сравнительный анализ структуры наследственной компоненты подверженности к бронхиальной астме и туберкулезу по генам ферментов метаболизма ксенобиотиков
- Структурный полиморфизм кандидатных генов при аллергических заболеваниях (бронхиальная астма, аллергический ринит, атопический дерматит) у детей
- Молекулярно-генетическое исследование аллергических заболеваний
- Полиморфизм ариламин N-ацетилтрансферазы и его связь с некоторыми распространенными заболеваниями
