Современная структура кишечного микробиоценоза у детского населения Иркутской области

Ракова, Елена Борисовна

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Современная структура кишечного микробиоценоза у детского населения Иркутской области
ВАК РФ 03.02.03, Микробиология

Автореферат диссертации по теме "Современная структура кишечного микробиоценоза у детского населения Иркутской области"

Ракова Елена Борисовна

СОВРЕМЕННАЯ СТРУКТУРА КИШЕЧНОГО МИКРОБИОЦЕНОЗА У ДЕТСКОГО НАСЕЛЕНИЯ ИРКУТСКОЙ ОБЛАСТИ

03.02.03 - микробиология

АВТОРЕФАТ диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук

- 9 ЛЕН 2010

Иркутск - 2010

004616288

Работа выполнена в Институте эпидемиологии и микробиологии Научного Центра проблем здоровья семьи и репродукции человека СО РАМН

Научный руководитель:

доктор биологических наук Попкова София Марковна

Научный консультант:

кандидат биологических наук Джиоев Юрий Павлович

Официальные оппоненты:

доктор медицинских наук, профессор Киборт Рудольф Вадимович

доктор биологических наук Дубровина Валентина Ивановна

Ведущее учреждение: ФГУН «Московский научно-

исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г. Н. Габричевского» Роспотребнадзора

Защита диссертации состоится

«.14 .» ^С/ияф/.?2010 г. в 40 часов

на заседании Диссертационного совета Д001.038.01 при Научном Центре проблем здоровья семьи и репродукции человека СО РАМН по адресу: 664025 г. Иркутск, ул. Карла Маркса, 3. Почтовый адрес: 664025, Иркутск, а/я 539.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Научного Центра проблем здоровья семьи и репродукции человека СО РАМН

Автореферат разослан «/8 » и^оссс/^сЯ 2010 г.

Ученый секретарь Диссертационного совета кандидат медицинских наук,

старший научный сотрудник I/"' ' Коган В.М

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность исследования

Экологическая система, неразрывными компонентами которой являются макроорганизм, его микробиота и окружающая среда, характеризуется единством и способностью к саморегуляции. Изменения количественного и видового состава микробиоты кишечника могут возникать при действии самых различных факторов экзогенной и эндогенной природы, включая социальные, климатогеографические и экологические. Не менее важной проблемой является ухудшение экологической обстановки, связанное с урбанизацией (Веккер И.П. и соавт., 2001; Голубев И.П., 2001; Красногорская Н.В., 2002). Имеются доказательство того, что в микробиотопах детей, проживающих в неблагоприятной эколого-биогеохимической зоне, отмечались серьезные нарушения микробной колонизации. Они проявлялись в снижении и изменении свойств симбиотических микроорганизмов, модификации общей микробной обсемененности и появлении условно-патогенных микроорганизмов, не свойственных данному биотопу, сдвигом микробных сообществ в сторону ассоциативного роста грамотрицательных бактерий, что, бесспорно, требует разработки специальной программы коррекции и реабилитации (Урсова Н.И., 2001). По данным Всемирной Организации Здравоохранения, 20 % заболеваний человека, так или иначе, связаны с изменением состояния окружающей среды и, в первую очередь, с загрязнением воздушного бассейна. Комплексная медико-экологическая оценка отражает общую неблагоприятную экологическую ситуацию в изучаемых городах (Иркутск, Ангарск, Шелехов) (данные Росгидромета по Иркутской области).

Доказано, что изменения в иммунореактивности организма отражаются и на его микробиоценозе, придавая особенности нормальной микробиоте кишечника, а состав и биологические свойства микробиоты, в свою очередь, определяют состояние здоровья человека, что подтверждается ее изменениями при различных заболеваниях (Kassie F. et al., 2000; Миронов А.Ю. и соавт., 2001; Bjorksten et al., 2001; Sekirov I., Finlay B.B., 2009; Morowitz M.J. et al., 2010). При этом нарушения в составе микроорганизмов кишечника наступают задолго до клинических симптомов и поэтому могут быть предвестниками патологического процесса. В связи с этим возникает необходимость в разработке критериев оценки микроэкологического статуса кишечного биоценоза и определении региональных количественных ориентиров у населения различных территорий (Воробьев В.И. и соавт., 1998; Миронов А.Ю., 2001; Schulenburg Н. et al., 2009).

ленных на выяснение закономерностей саморегуляции биоценозов, определения их роли в поддержании гомеостаза и в возникновении многих заболеваний (Finegold S.M. et al., 1983; Векслер И.Г., 1985; Gialdroni-Grassai, 1985; Van der Waaij, 1996; Hamilton-Miller J., 1997; Костюкова H.H., 1999; Крамарь Л.В., 2001; Домарадский И.В. с соавт., 2002; Versalovic J., 2006; Costello Е. К. et al., 2009; Turnbaugh P. J., 2009; Hattori M., 2009; The NIH Human Microbiome Project, 2009).

Цель исследования: на основе изучения особенностей региональной архитектоники кишечного микробиоценоза определить основные варианты интестинальных микроценотипов и видовой рейтинг бифидобактерий у детей Иркутской области.

Для достижения поставленной цели были определены следующие задачи:

• Изучить региональные особенности микробного пейзажа кишечной микробиоты у здоровых детей Иркутской области в условиях существующей техногенной нагрузки.

• Проанализировать динамику микроэкологических нарушений у детей с клиническими проявлениями кишечного дисбиоза.

• Определить спектр геновидового разнообразия рода Bifidobacterium в кишечнике детей и взрослых, проживающих в зоне техногенного загрязнения, а также выявить доминирующие виды бифидобактерий.

• Исследовать антагонистическую активность региональных штаммов популяции бифидобактерий.

Научная новизна работы и ее теоретическая значимость

• Впервые определены качественные и количественные характеристики микробного пейзажа основных групп резидентных микроорганизмов в кишечной микробиоте детей, проживающих в городах Иркутской области, выявлены характерные отличительные особенности микробиоценозов в зависимости от места проживания.

• Установлено, что многолетняя динамика структуры кишечных дис-биозов у детей имеет выраженную тенденцию сокращения тяжёлых форм на фоне отсутствия эубиотических состояний.

• Впервые показана оригинальная видовая архитектоника региональных штаммов бифидобактерий с преобладанием B.longum и их низкая антагонистическая активность.

• Показана информативность метода МГНК и его перспективность для видовой идентификации бифидобактерий.

• Предложен универсальный алгоритм для популяционной оценки микроархитектоники интестиналыюй микробиоты по отношению к общефизиологическим нормам и региональным ориентирам.

Практическая значимость и внедрение результатов исследований

Создана база данных по микроэкологическому пейзажу кишечного биоценоза человека у населения Иркутской области, защищенная патентом РФ (Per. номер св. 2009620535 от 06.11.2009).

Характеристика основных вариантов интестинальных микробиоценозов и региональные показатели количественного содержания основных групп ин-дигенных микроорганизмов в кишечнике детей, проживающих в городах Иркутской области, легли в основу методических рекомендаций для врачей «Региональные особенности микробной экологии у детей Иркутской области» и используются в учебном процессе на кафедрах эпидемиологии ГОУ ДПО «ИГИУВ» Росздрава, общей гигиены ГОУ ВПО «ИГМУ» Росздрава, физико-химической биологии ГОУ ВПО ИГУ, а также в работе врачей-бактериологов МУЗ ГКБ № 9 г. Иркутска. Акты внедрения приложены к диссертации.

Основные положения, выносимые на защиту:

1. Микроэкологическая структура кишечных биоценозов здоровых детей Иркутской области имеет региональные особенности, характеризующиеся снижением количества доминирующих симбионтных микроорганизмов (би-фидобактерий, лактобацилл, нормальной кишечной палочки), высокой частотой индикации атипичных эшерихий (слабоферментативные, лактозонегатив-ные и гемолитические варианты), увеличивающейся с возрастом детей. У детей изученных городов сложился оригинальный микробиоценоз, отличный от других, как по архитектонике, так и по выделению «индикаторных» штаммов условно-патогенных микроорганизмов (УПМ).

2. Многолетняя динамика структуры дисбиотических изменений в кишечной микробиоте детей с клиническими проявлениями дисбиоза (диспеп-тический синдром, аллергические реакции) характеризуется значительным сокращением, вплоть до отсутствия, как глубоких изменений кишечного микробиоценоза (IV степени дисбиотических изменений), так и отсутствием эу-биотических состояний.

3. Видовая архитектоника бифидобактерий у жителей гг. Иркутска и Ангарска имеет оригинальную региональную структуру с преобладанием B.longum. Популяции региональных аутоштаммов бифидобактерий характеризуются резко выраженным снижением антагонистической активности по отношению к условно-патогенным микроорганизмам, способствуя усилению их персистентного потенциала и формированию патобиоценозов.

Апробация материалов диссертации. Основные положения диссертации доложены и обсуждены на Международном конгрессе по пробиотикам (Санкт-Петербург, 2007 г.), Юбилейной международной конференции НИИЭМ, (Иркутск, 2007г), Всероссийской научно-практической конференции «Здоровье семьи - здоровый ребёнок», посвященной 20- летию Института педиатрии НЦ ПЗС РЧ СО РАМН (Иркутск, 2009 г.), Научно-практической конференции для врачей (Иркутск, 2009 г.), 6-й Объединенной научной сессии 2-го Международного конгресса по пробиотикам (Санкт-Петербург, 2009 г.),

8-й научно-практической конференции молодых ученых «Актуальные вопросы охраны здоровья населения регионов Сибири» (Красноярск, 2010 г.).

Личный вклад автора. Личное участие автора осуществлялось на всех этапах работы и заключалось в выполнении всех микробиологических исследований, статистической обработке результатов, анализе полученных данных, в обобщении и оформлении результатов.

Публикации. По теме диссертации опубликовано 16 научных работ, из них 5 в изданиях, рекомендованных ВАК Минобразования и науки РФ для публикаций материалов диссертационных работ, 1 методические рекомендации, 1 патент РФ.

Объём и структура диссертации

Диссертация изложена на 192 страницах, состоит из введения, обзора литературы, 4 глав собственных исследований, обсуждения результатов, выводов, списка литературы. Работа иллюстрирована 29 таблицами, 30 рисунками, 2 микрофотографиями. Библиографический указатель включает 131 наименование отечественных и 105 зарубежных источников литературы.

СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ

Материалы, методы и объём исследований

Исследования проводились в рамках 2-х плановых тем: НИР: К-01 «Комплексное исследование нарушений общественного здоровья в современных экологических условиях Восточной Сибири» и М-013 «Фундаментальные и прикладные аспекты экологии и эпидемиологии наиболее значимых инфекций человека в условиях антропогенной трансформации окружающей среды».

Объектами исследования были выбраны:

1. Детское население промышленных городов Иркутской области, характеризующихся высоким уровнем техногенной нагрузки: гг. Иркутск, Ангарск, Шелехов.

2. Культуры микроорганизмов, выделенные из фекалий детей (5000 штаммов).

3. Эталонные, музейные штаммы индигенных (Bifidobacterium bifidum 791, Bifidobacterium longum В 4a 200, Bifidobacterium adolescentis MC - 4, Bifidobacterium catenulatum CCM 7094), условно-патогенных и патогенных микроорганизмов кишечника (E.coli - ЭПК-028/57; Staphylococcus aureus 209).

4. Образцы ДНК бифидобактерий.

Основу исследований составили:

1. Бактериологическое изучение микробиоценоза толстого кишечника у 199 практически здоровых детей дошкольного и школьного возраста, проживающих в условиях существующего техногенного прессинга в трёх городах Иркутской области (Иркутске, Ангарске, Шелехове) за период с 2006 по 2007 гг. и у 1492 детей раннего и дошкольного возраста с клиническими проявлениями кишечного дисбиоза за период с 1990 по 2007 гг.

2. Исследование внутрипопуляционной гетерогенности эшерихий - 400 штаммов.

3. Изучение биологических свойств аутоштаммов бифидобактерий, выделенных из фекалий детей, проживающих в г. Иркутске, на примере определения антагонистической активности по отношению к условно-патогенным микроорганизмам in vitro (192 штамма) и in vivo (184 ребёнка).

4. Видовая идентификация бифидобактерий с использованием метода гибридизации нуклеиновых кислот. Гибридизацию со специфическими синтетическими олигонуклеотидными зондами прошли 50 образцов ДНК бифидобактерий, выделенных из 75 образцов фекалий взрослых и детей, проживающих в гг. Иркутске и Ангарске.

5. Характеристика техногенной нагрузки на изучаемых территориях (по данным Росгидромета и результатам исследований Ангарского филиала ВСНЦ ЭЧ СО РАМН - НИИ Медицины труда и экологии человека).

Бактериологическое исследование качественного и количественного состава микроорганизмов толстого кишечника проводили по методикам Р.В. Эпштейн-Литвак и Ф.Л. Вильшанской в модификации Б.А. Ефимова, В.М. Коршунова и др. «Диагностика, профилактика и лечение дисбактериозов кишечника», 1991 г.; Методическим рекомендациям - СПб, 1999, 2002, с использованием актуальных справочных материалов (Йоргенсен Дж.Х., 2006., Меньшиков В.В., 2009). Идентификация микроорганизмов проводилась в соответствии с определителем бактерий Берджи, 1997.

Состояние биоценоза оценивали показателем коэффициента постоянства - С (Bern С., Martines J. et al., 1988); C=px100/P, где p - число выборок, содержащих изучаемый вид, Р - общее число выборок. При С > 50 % микроорганизмы считали постоянными; при 25 % < С < 50 % — добавочными; при С < 25 % - случайными. Для оценки степени выраженности дисбиоза толстой кишки применяли классификацию фаз развития дисбактериоза кишечника (Куваева К.С., Ладодо И.Б., 1991; Гриневич В.Б., 2003).

Оценку гетерогенности популяций нормальной E.coíi проводили с использованием индекса разнообразия Шеннона (Одум Ю., 1975): Н—Z(ni/N) log (ni/N), где Н - показатель разнообразия; ni - оценка значимости каждого компонента разнообразия; N - сумма оценок значимости. Указанный индекс позволил оценить степень разнообразия (диссоциации) популяций нормальной кишечной папочки у детей с дисфункцией кишечника, проживающих в г. Иркутске.

Первичную обработку бактериологических показателей кишечного и носоглоточного биотопов проводили с использованием разработанных нами балльных критериев. Каждое количественное или качественное отклонение того или иного показателя от физиологической нормы регистрировали значением - «1», а отсутствие отклонений - «0». Теоретически индивид, имея отклонения от нормы по 6-и основным показателям, мог получить суммарный балл, равный 6-и единицам. Таким образом, микроэкологический анализ различных биотопов был произведён с помощью данного формализованного приема и помещен в общую базу данных.

Антагонистическая активность аутоштаммов бифидобактерий определялась методом отсроченного антагонизма (метод штрихов) (Постникова Е.А. с соавт., 2004; Ткаченко Е.И., Суворова А.Н., 2009).

Для получения результатов молекулярно-генетического анализа видового разнообразия бифидобактерий применялся метод молекулярной гибридизации нуклеиновых кислот (МГНК) по Маииатису (Маниатис Т., 1984). Был использован набор синтетических олигонуклеотидных зондов, специфически комплементарных видам: B.bifidum, B.longum, B.adolescentis, B.catenulatum, т.к. именно эти виды наиболее часто встречаются в биоценотической картине людей различных возрастных групп (Turroni F. et al., 2009).

Статистическая обработка данных произведена при помощи лицензированных прикладных программ «MS Excel for Windows» и «Statgrafics» с учетом конкретных целей решавшейся задачи. Вычислялись основные показатели параметрических методов вариационной статистики (средняя арифметическая, мода, медиана, дисперсия, критерий Стьюдента-Фишера, достоверность полученных результатов), а также непараметрические критерии оценки достоверности (критерий Вилкоксона) при критическом значении уровня значимости р < 0,05 (Мюллер П. 1982; Кулачёв А.П., 1999; Гайдышев И.В.; 2001; ГОСТ РИСО 5725 - 2 - 2002).

Результаты исследований и их обсуждение

I. Анализ состояния здоровья детей Для оценки состояния здоровья детей, проживающих в Ангарске, Ше-лехове и Иркутске, были использованы групповые критерии (Приказ Минздрава РФ N 621, 2003 г.).

Поскольку территория Иркутска неоднородна по уровню техногенного загрязнения, для обследования были выбраны дети, проживающие в условно «грязном» районе (Кировский район), где загрязнение атмосферы превышает нормативные показатели по многим поллютантам, и в условно «чистом» (пос. Молодежный), который относится к наиболее благоприятным для проживания районам города. Более половины детей г. Иркутска по состоянию здоровья отнесены во II группу (рис. 1). Несмотря на некоторые отличия, большая часть детей Шелехова и Ангарска были определены во ПБ и III группы здоровья.

Рис. 1. Распределение детей, проживающих на разных территориях Иркутской области, по группам здоровья: 1 -1 группа, 2 - II А, 3 - II В, 4 - III.

II. Микроэкологический статус детей г. Ангарска (Особенности микробиоценоза толстого кишечника у детей г. Ангарска)

Среднее содержание бифидобактерий в кишечном биоценозе дошкольников Ангарска составляло 8,8±0,4 ^ КОЕ/г, что сопоставимо с нижним пределом показателей физиологической нормы. У детей школьного возраста среднее содержание бифидобактерий и лактобацилл было значительно ниже общефизиологических показателей (ОСТ 91500.11.0004-2003), и в значительных концентрациях (7,1± 0,9 ^ КОЕ/г), вытесняя нормальную кишечную палочку (НК), выделялась Е.соИ, утратившая биохимическую активность (лак-тозонегативные и слабоферментативные варианты) (табл.1, 2).

Таблица 1

Частота обнаружения и количественное содержание микроорганизмов в 1 г. фекалий у здоровых детей дошкольного возраста г. Ангарска

Наименование Коэффициент постоянства, С (%) М±ш 1ё КОЕ/г (диапазон)

микроорганизма

Анаэробные микроорганизмы

Бифидобактерии 100 8,8±0,4 (8-9)

Лактобациллы 100 8,4±0,7 (6-9)

Аэробные микроорганизмы

Эшерихии 100 6,1±1,5 (5-8)

НКП 80,8±7,1 6,3± 0,9 (5-8)

Дефицит эшерихий с нормальными свой- 19,2±8,0

ствами

Эшерихии с атипичными св-вами (всего) 28,0±8,9 6,0±0,8 (5-8)

В том числе:

Эшерихии со сниженными ферментативнь^ 28,0±8,9 6,(Ш),8 (5-8)

ми свойствами

Эшерихии лактозонегативные 0 0

Эшерихии с гемолитическими свойствами 8,0±5,4 6,5±0,7 (6-7)

Стафилококки: ( эпидермальный 8,0±5,4 5,5±0,7 (5-6)

золотистый 0

Энтерококки 8,0±5,4 7,5±0,7 (7-8)

Условно-патогенные из семейства кишеч- 36±9,5 5,5±1,1 (4-6)

яых (суммарно)

Клостридии 12,0±6,4 5,3±0,57 (5-6)

Патогенные грибы рода Кандида 8,0±4,9 5,0

Таблица 2

Частота обнаружения и количественное содержание микроорганизмов в 1 г. фекалий здоровых детей школьного возраста, проживающих

в г. Ангарске

Наименование Коэффициент постоянства, С (%) М±т lg КОЕ/г (диапазон)

микроорганизма

Анаэробные микроорганизмы

Бифидобактерии 100 6,6±1,4 (5-9)

Лактобациллы 100 5,1±0,4 (5-6)

Аэробные микроорганизмы

Эшерихии 100 6,1 ±2,1 (5-8)

НКП 90,4±5,37 6,8± 0,7 (6-8)

Дефицит зшерихий с нормальными 9,6

свойствами

Эшерихии с атипичными св-вами (всего) 100 7,1± 0,9 (5-8)

В том числе:

эшерихии со сниженными ферментатив- 64,2±3,7 7,2±0,2 (5-8)

ными свойствами

В том числе: 61,1±0,9 6,1±1,2 (5-8)

эшерихии лактозонегативные

Эшерихии с гемолитическими свойствами 0

Стафилококки (эпидермальный) 25,0±7,7 6

Стафилококи (золотистый) 0

Энтерококки 29,0±8,1 8

Условно-патогенные из семейства кишеч- 25,8±7,8 3,7±0,5

ных (суммарно)

Клостридии 38,7±8,8 7,53±1,1

Патогенные грибы рода Кандида 16,1±6,7 5,0

Рейтинговая архитектоника УПМ, присутствующих в кишечной микро-биоте, показала, что, если у младших детей Ангарска преобладали энтеробак-терии, то у школьников доминировали клостридии, и в два раза вырос контингент носителей патогенных грибов рода Candida, выделяемых в диагностически значимых количествах (5 lg КОЕ/г) (рис. 2), что является отражением пониженной иммунорезистентности организма (Бухарин О.В. и др., 2002; Бойков С.С.и др., 2005).

ас. 2. Коэффициент постоянства УПМ, выделенных из кишечного биотопа детей г. Ангарска

В кишечнике детей, проживающих в г. Шелехов, достаточно часто регистрировались гемолизирующие формы кишечной палочки (36,8±8,8 %), тогда как в Ангарске они практически не выделялись. Архитектоника видов УПМ, выделяемых из кишечного биоценоза школьников Шелехова, в целом, похожа на таковую у детей аналогичного возраста в Ангарске. Однако клост-ридии, энтерококки, а также условно-патогенные микроорганизмы семейства Enterobacteriacea выделялись у детей Шелехова примерно в 1,5 раза чаще, чем у детей Ангарска. Кроме того, видовой спектр УПМ в кишечном биоценозе детей Шелехова расширился за счет выделения эшерихий с гемолитическими свойствами и S. aureus (рис. 3).

Рис. 3. Коэффициент постоянства УПМ, выделенных из кишечного биотопа школьников, гг. Ангарска, Шелехова

Таким образом, имеет место явление «индикаторных» видов УПМ у детей, проживающих в городах с разным уровнем и характером техногенной нагрузки (топодемах). Для кишечного биоценоза детей школьного возраста г. Шелехова такими характеристическими видами УПМ можно считать, в первую очередь, гемолизирующие формы E.coli и S. aureus, которые в Ангарске у детей данного возраста не выделялись, тогда как грибы рода Candida, напротив, обнаруживались у школьников Ангарска.

Принимая во внимание, как содержание доминирующих в кишечнике видов микробов-симбионтов, бифидобактерий и лактобацилл, так и возрастную динамику появления атипичных форм эшерихий, можно с уверенностью констатировать, что у детей школьного возраста значительно чаще выявлялся микроэкологический дисбаланс в кишечном биоценозе, регистрируемый как дисбиоз 1-Н степени, что косвенно свидетельствует о снижении у них с возрастом колонизационной резистентности.

III. Особенности микроэкологии кишечника у детей дошкольного возраста г. Иркутска

Дефицит бифидобактерий и лактобацилл значительно чаще проявлялся у обследованных детей из Кировского района (соответственно 13,3% и 36,6 % по сравнению с 8,1 % в пос. Молодежный), хотя дефицит НКП выявлен в большей степени у детей из пос. Молодежный (72,0 %), в центральном р-не - 56,6 % (рис.4). В то же время сочетанный дефицит основных представителей индигенных микроорганизмов кишечника чаще встречался у детей, проживающих в условиях повышенной техногенной нагрузки (Кировский район).

\ В молод. Икировск.

Рис. 4. Характер микроэкологических нарушений у детей г. Иркутска.

Примечание: 1-дефицит бифидобактерий; 2-дефицит лактобацилл; 3-дефицит НКП; 4-

дефицит бифидобактерий+лактобацилл; 5-дефицит бифидобактерий+лактобацилл+НКП.

Таким образом, у здоровых детей, проживающих в разных районах г. Иркутска («чистом» и «грязном») выявлены следующие особенности архитектоники кишечного микробиоценоза:

1. Среднее содержание бифидобактерий у здоровых детей Кировского района находится ниже предела общефизиологической нормы (7,76±1,10), тогда как у детей «Молодежного» этот показатель был приближен к нижней границе нормы (8,64±0,14).

2. Дефицит нормальных эшерихий и частота регистрации их атипичных вариантов (слабоферментативные и лактозонегативные) более выражены в пос. Молодежный (С = 72 % и С = 44 %), чем у детей Кировского района (С = 56 % и С = 6,6 % соответственно), р<0,05. Поскольку аэробная состав-

ляющая кишечной микробиоты более динамична и изменчива, а облигатно-анаэробная - более консервативна и устойчива (Крамарь JI.B., 2001г.), на фоне существующей небольшой ксенобиотической нагрузки (от 0,5 до 1,5 ПДК) в сочетании с низкой антагонистической активностью бифидобактерий (см. ниже), происходит диссоциация НКП у детей пос. Молодежный, предвещая начальный этап дисбиотических изменений в кишечнике, но ещё в стадии компенсации, обусловленной сложным механизмом межмикробных коммуникаций в системе «макроорганизм-микробиота». Об этом свидетельствует нивелирование суммарного дефицита основной триады индигенных бактерий (бифидобактерий, лактобацилл и эшерихий) у детей пос. Молодёжный. Таким образом, подтверждается постулат о динамичности микроэкосистемы, которая при дальнейшим хроническом воздействии экотоксикантов или увеличении степени техногенной нагрузки отвечает поражением более стабильного анаэробного ростка кишечной микробиоты, сопровождающегося компенсаторным увеличением плотности и функциональной активности нормальных эшерихий, селекцией оппортунистических микроорганизмов с признаками патогенности, что наблюдалось у детей из «грязного» района Иркутска (дефицит бифидобактерий и лактобацилл) и у детей Ангарска и Шелехова (селекция УПМ) при меньшей частоте дефицита и диссоциации эшерихий. 3. Гемолизирующих эшерихий у детей из обоих районов не обнаружено. 4. Условно-патогенные микроорганизмы в диагностически значимых количествах не выделялись. 5. Грибы рода Candida не выявлены.

Полученные результаты являются отражением особенностей микробной экологии кишечника здоровых детей дошкольного возраста, проживающих в различных по уровню техногенной нагрузки топодемах крупного промышленного города Сибири, а существование региональных отличительных характеристик интестинального микробиоценоза человека подтверждается материалами исследований кишечной микробиоты в разных регионах РФ, опубликованными в научной и методической литературе (Крамарь JI.B., 2001; Леванова Л.А., 2003).

IV. Сравнительная характеристика интестинальных микробиоценозов у

детей, проживающих в промышленных городах Иркутской области

По мнению Б.А. Шендерова (1997), нормальная микрофлора является первичной мишенью приложения любого попадающего в организм экотокси-канта и её состояние является биологическим индикатором внешнего неблагополучия. Проведённый анализ свидетельствовал о неравнозначной экологической обстановке в Иркутске и городах области, что и позволило определить варианты сочетаний микроэкологических ценотипов в т.н. топодемах (район проживания с конкретной эколого-гигиенической характеристикой) (Крамарь Л.В., 2003), которые, учитывая различные дисбиотические проявления, являются по своей сущности патоценозами и формируются под воздействием комплекса факторов, в т.ч. и техногенных. Основой концептуального обобщения послужила совокупность полученных наблюдений (рис.5).

ИРКУТСК

АНГАРСК

ШЕЛЕХОВ

Сумм, выброс поллютантов ' (тыс. т) 17,24. ИЗА- 15,7 Специфика: бензин, ацетон, ксилол, толуол, керосин, аммиак

Сумм, выброс поллютантов (тыс. т) 177,18. ИЗА- 15,9 Специфика: толуол, аммиак формальдегид, фенолы

Сумм, выброс поллютантов (тыс.т)29,26. ИЗА- 14,97 Специфика: смолистые вещ-ва, твёрдые фториды, фтористый

1топодем 2 топодем

сероводород, серная кислота,Дводород 3 топодем

0,5-1,5 ПДК/

5-10 ГЩК

/ 4топодем х

1,3-2,2 Щ У

1 вариант биоценоза ^ЩШШШШШШШШШШШЯШШ??' :

а в

Е.Сой |

1ас(оЬас. N В|'МоЬас! | Е. Сой 1 1ас1оЬас, ^

ВМоЬай |

УПМ N УПМ N

2 вариант биоценоза ч-.,' 1 _ - __V- ;

а в

ВМ)»* | 1 ВййоЬас! т

Е. Сой 1 Е. Сой |

(.айоЬас, N 1айоЬас. \

УПМ | № |

11?

ш.

Е. Сой

1айоЬас N. УПМ

Шт

. ечсл-зирулсме '¡ерихии:

Рис. 5. Алгоритм формирования вариантов сочетания интестинальных микробных ценоти-пов (ми1фобиоценозов) у детей на фоне техногенного прессинга в городах Иркутской области.

Примечание: ПДК-по бенз(а)пирену; N - норма; снижение | ; увеличение тяг - «индикаторные виды»

1-й вариант (г. Иркутск): отсутствие гемолизирующих эшерихий, незначительный % индикации УПМ, отсутствие патогенных грибов рода Candida.

2-й вариант (г. Ангарск): селекция УПМ разных родов, высокая плотность УПМ, наличие «индикаторного» вида - патогенных грибов рода Candida.

Наличие причинно-следственной связи между индикацией в фекалиях детей грибов рода Candida и химической контаминацией биосред формальдегидом и толуолом отмечали другие авторы (Аминова А.И. с соавт., 2009), а данные химические соединения входят в перечень специфичных для Ангарска экотоксикантов.

3-й вариант (г. Шелехов): селекция УПМ разных родов и их высокая плотность, отсутствие патогенных грибов рода Candida. Наличие «индикаторных» видов - гемолизирующих эшерихий и золотистого стафилококка.

V. Региональные особенности количественного содержания индиген-ных микроорганизмов в толстом кишечнике детей, проживающих в промышленных городах Иркутской области

Оригинальные исследования, выполненные на небольших выборках, позволили нам предложить региональные ориентиры популяционной плотности основных микробов-симбионтов (бифидобактерий, лактобацилл, нормальной кишечной палочки) в кишечном биоценозе детей, к которым в современных условиях можно относиться как определенным физиологическим показателям нормы (рис.6). Несмотря на то, что в практике, обычно отталкиваются от общефизиологических нормативов отраслевого стандарта (ОСТ, 2003), в современной научной литературе уже имеется достаточно данных по их региональной корректировке (Леванова JI.A., 2003; Крамарь JI.B., 2001).

1 ocf i - Москва 1 5 S г птб g !

1 3 в S______Ирчга, ! с Шеле'са.школьники I х " Аигарск-школьники 1 Ангзрсадоштольники а !

j 1 1 « S 8 Ч 1 ......

1 ; ост еэ еэ

i a Москва

[ £ Кемерово 1 в Иркутск п=т 1 ^ ]

! « _Шегемв.Ш110Льиики ! _Ан кольн и*и ! ш Амга per дошкольники

I L . . . 2 4 8 Ь 10 12 ! ) - J

ост1

Москва1 еэ

Птб С—и

Кемерово та

Иркутск

Шелехов.школьники

Ангэрск.школьники

Ангзрскдош кольни ки

0 2 4 6 8 10

Рис. 6. Региональные ориентиры популяционной плотности микроорганизмов (даны пределы колебаний в Lg титра) в кишечном микробиоценозе детей гг. Иркутской области в сравнении показателями г. Кемерова, г. Москвы, г. Санкт-Петербурга и нормативами Отраслевого Стандарта (ОСТ, 2003).

VI. Антагонистическая активность региональных штаммов бифидобактерий

Одной из ключевых функций индигенных микроорганизмов ЖКТ является формирование и поддержание колонизационной резистентности (КР) (Van der Vaaij, 1987), а ключевой характеристикой микроорганизмов в системе КР является антагонистическая активность (а.а.). Большой интерес представляет исследование а.а. бифидобактерий и лактобацилл in vivo и in vitro (Servin A.L., 2004). Механизм антагонистической активности основан на продукции бактериями ингибиторных факторов (короткоцепочечные жирные кислоты, бактериоцины, дефенсины, лантабиотики и др.), нарушающих метаболизм патогенных и условно-патогенных бактерий, конкурентной борьбе за питательные субстраты, места адгезии, прямой деградации токсинов, антиэн-дотоксическом действии, препятствии транслокации в другие участки организма (Zoetendal E.G. et al., 2004; Т. de Sablet et al., 2009). Так, Bifidocin B, продуцируемый Bifidobacterium bifidum NCFB 1454, обладает широким спектром антимикробного действия (Yildirim Z., 1998).

Кроме зафиксированной нами тенденции выделения из кишечного биоценоза детей представителей условно-патогенных микроорганизмов на фоне низкого содержания их естественных антагонистов, бифидобактерий и лактобацилл, что вполне логично, обращали на себя внимание частые случаи выделения УПМ у детей на фоне оптимальной концентрации бифидобактерий и лактобацилл. Последнее — свидетельство низкой антагонистической активности данных симбионтов кишечника.

При исследовании антагонистической активности бифидобактерий к эталонному и аутоштаммам S. aureus in vitro выявлено, что 71,4±3,2 % ау-тоштаммов, изолированных из кишечника детей, проживающих в Иркутске, имели низкую антагонистическую активность к эталонным штаммам S. aureus (рис.7). Полагаем, что данное обстоятельство является особенностью микробной экологии детей, проживающих в экологически неблагоприятных условиях Восточной Сибири.

[Ш Высокая а.а. И Пониженная а.а. ОНизкаяа.а. j

8,6%+-2,1

71,4%+-3,2

Рис. 7. Антагонистическая активность аутоштаммов бифидобактерий (192 шт.) к S.aureus (Примечание: а.а. - антагонистическая активность).

Способность представителей УПМ вегетировать в кишечнике детей на фоне физиологического содержания бифидобактерий и лактобацилл прослеживалась in vivo при анализе состояния микробиоты у детей по двум биотопам, что позволило оценить механизм снижения антагонистической активности бифидобактерий:

- при одновременном физиологическом содержании бифидобактерий и лактобацилл УПМ у детей или не обнаруживались (кишечник) или выделялись в малом проценте случаев (6 %);

- при дефиците бифидобактерий и норме лактобацилл - обнаружение УПМ минимально, полагаем, за счёт компенсаторных функций лактобацилл;

- при норме бифидобактерий и дефиците лактобацилл происходит рост индикации УПМ, по-видимому, за счёт снижения антагонистической активности обоих видов (количественной для лактобацилл, либо качественной для бифидобактерий);

- при одновременном дефиците бифидобактерий и лактобацилл происходит пик индикации УПМ: более 50 % случаев подобного вегетирования УПМ на фоне двойного дефицита микробов симбионтов.

Весьма характерно, что по мере снижения суммарной антагонистической активности исследуемых видов бактерий прослеживается общая тенденция роста частоты выделения УПМ одновременно из двух биотопов (носоглотка, кишечник).

Таким образом, судя по нашим данным, низкий уровень защиты от экспансии различных патогенов обусловлен особенностями биологического профиля региональных аутоштаммов бифидобактерий, связанных с их низкой антагонистической активностью. Это обстоятельство и поставило перед нами вопрос об их видовой принадлежности.

VII. Видовая архитектоника бифидобактерий в кишечном биоценозе жителей городов Иркутской области

В настоящее время видовая идентификация бифидобактерий, осуществляемая традиционными культуральными методами, трудоемка, а иногда невозможна, так как основана на крайне изменчивых фенотипических характеристиках, что ограничивает возможности проведения качественного и количественного исследования популяций бифидобактерий. Использование моле-кулярно-генетических подходов значительно ускоряет процесс идентификации, позволяет получить более точные и надёжные результаты по сравнению с биохимическим тестированием (Ventura М., 2003; Хавкин А.И., 2007; Сидоренко A.B., 2008).

Видовая идентификация бифидобактерий у жителей Иркутска и Ангарска проводилась с использованием метода молекулярной гибидизации ДНК (МГНК).

Архитектоника видов бифидобактерий, изолированных из толстого кишечника жителей изучаемых городов, имеет оригинальную структуру с различной степенью представительства B.bifidum, B.adolescentis.B.catenulatum и безусловным доминированием B.longitm, что также является региональной особенностью (рис. 8).

г. Ангарск г. Иркутск

Рис. 8. Видовая архитектоника бифидобактерий в кишечном биоценозе жителей городов Иркутской области

VIII. Многолетняя динамика структуры дисбиозов толстого кишечника у детей Иркутска

Особый интерес вызывает вопрос о влиянии социально экономических факторов на кишечную микробиоту человека в динамично меняющихся экономических условиях. Ряд иностранных исследователей поднимали уже эту проблему (Stepp Е., Björksten В. et al., 2007, и др.), однако исследования проводились в странах с более устойчивой экономикой (Эстония, Швеция). К тому же, анализ осуществлялся на малых выборках, от 8 до 19 детей в группах сравнения. При этом наблюдения были ограничены небольшим периодом — 5 лет. Исследования, проведённые в данной работе, охватывают значительно больший временной период: с 1990 по 2007 гг.

Все обследованные дети были разделены на 4 группы сравнения в зависимости от возраста и года обследования. Для каждой возрастной группы характерны свои особенности дисбиозов по степени их проявления (табл. 3). У детей 1990 - 1996 годов обследования с однотипными клиническими проявлениями дисбиоза толстого кишечника бактериологически определялись как IV степень дисбиотических изменений (16,0±3,2 %; 10,0±1,4 %), так и эубиоз (3,0±1,4%; 13,0±1,6%). Причем у этих детей с возрастом частота выявления дисбиоза IV степени уменьшалась с 16 % до 10 % , а эубиоза- увеличивалась с 3 % до 13 %.

Таблица 3

Частота встречаемое™ разных степеней микроэкологических нарушений в кишечнике у детей с клиническими проявлениями кишечного дисбиоза

Степень дисбактерио-за Доля детей (%) с дисбиотическими расстройствами в возрасте:

1 мес. - 1 год | > 1 год - 6 лет

Период наблюдений

19901996 гг. (п=130) 20002002 гг. (п=93) 20062007 гг. (п=318 1990- 1996 гг. (п=410) 2000-2002 гг. (п=272) 2006- 2007 гт. (п=269)

I 3,0 ±1,4 6,3±2,1* 60±2,7* 20,0±1,9 17,6±1,5 60±2,9*

II 10,0 ±2,6 31,2±4,8* 36±2,6* 20,0±1,9 68,8±2,8* 38 ±2,9

III 68,0±4,09 62,5±5,02 4±1,09* 37,0 ±2,3 13,6±2,0* 3±1,04*

IV 16,0 ±3,2 0 0 10,0 ± 1,4 0 0

Эубиоз (норма) 3,0 ± 1,4 0 0 13,0 ± 1,6 0 0

'р<0,05 (различие достоверно между группами детей одного возраста, обследованных в разные годы)

У детей обеих возрастных категорий, обследованных в 2000-2007 гг., отсутствовали эубиоз и IV степень дисбиоза и значительно (р<0,05) возросла частота выявления дисбиозов II степени по сравнению с предыдущим этапом наблюдений.

Таким образом, снижение тяжести дисбиотических изменений на фоне полного отсутствия случаев эубиоза к концу периода наблюдения свидетельствует о нестабильности экосистемы «человек - микробиота», когда конфликт между хозяином и его микробиотой инициируется воздействием различных низкоинтенсивных факторов, в частности, околопороговых доз некоторых токсических веществ. Результатом этих процессов на уровне организма оказывается его пограничное состояние, когда выраженной патологии нет, но есть совокупность функциональных нарушений, которые держат организм в состоянии, далеком от нормы и готовым патологически реагировать на возмущения различной природы (Домарадский И.В. и соавт., 2002).

ВЫВОДЫ

1. Микроэкологическая структура кишечных биоценозов здоровых детей Иркутской области характеризуется высокой частотой диссоциации нормальных эшерихий, увеличивающейся с возрастом (28,0±8,9 % - у дошкольников и у всех школьников Ангарска; р<0,05 ), и наличием в зависимости от топодема проживания сложившихся вариантов интестинальных микробиоценозов с индикацией условно-патогенных микроорганизмов, названных нами «индикаторными».

мерово) и смещением диапазона количественных показателей плотности популяций бифидобактерий в среднем до 5-7 lg КОЕ/г, лактобацилл - до 5 lg КОЕ/г, нормальных эшерихий - до 5-6 lg КОЕ/г.

3. У детей школьного возраста г. Ангарска значительно чаще (р<0,05), чем у дошкольников, регистрируется микроэкологический дисбаланс, проявляющийся снижением концентрации бифидобактерий и лактобацилл, увеличением частоты индикации атипичных и снижением плотности нормальных эшерихий, высокой частотой регистрации патогенных грибов рода Candida (16,1±6,7%) в диагностических титрах (5 lg КОЕ/г), что свидетельствует о снижении колонизационной резистентности.

4. Многолетняя динамика структуры дисбиозов кишечника у детей с диспептическим синдромом и аллергическими реакциями (1990 - 2007 гг.) характеризуется значительным снижением выраженности микроэкологических сдвигов к концу периода наблюдения (р<0,05), что проявляется в снижении оценочной степени дисбиоза, независимо от возраста, в сокращении, вплоть до отсутствия, глубоких изменений (IV степень дисбиоза) и отсутствии эубиотических состояний.

5. Зарегистрирован высокий удельный вес аутоштаммов региональной популяции бифидобактерий с низкой антагонистической активностью (71,4±3,2 %) к представителям транзиторных оппортунистических микроорганизмов, что способствует снижению колонизационной резистентности.

6. Видовая архитектоника бифидобактерий у жителей гг. Иркутска и Ангарска имеет оригинальную региональную структуру с доминированием B.longum и выявляемостью B.adolescentis среди «здоровых» детей обоих городов, что может свидетельствовать о микроэкологических сдвигах в кишечном биотопе детей в сторону дисбиоза.

7. Применение алгоритма комплексного микробиологического обследования организма/популяции позволяет выявлять тенденции микроэкологических отклонений, соотнесенных к физиологичным/региональным нормативам.

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

Результаты проведенных исследований могут быть рекомендованы для внедрения в следующих направлениях:

1. Создание диагностических тест-систем на основе МГНК для видовой идентификации бифидобактерий, в т. ч. и Rapid-диагностикумов и биочипов для клинических лабораторий.

2. Применение базы данных по региональной популяционной характеристике индигенных микроорганизмов в лабораториях практических органов здравоохранения для более адекватных рекомендаций при дисбиотических нарушениях кишечного биоценоза у детей.

3. В производстве при конструировании пробиотических консорциумов микроорганизмов, адаптированных для функционального питания жителей региона.

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

1. Ракова Е.Б. Инфицирование новорожденных условно-патогенной микрофлорой в условиях городского родильного дома // Актуальные проблемы эпидемиологии, диагностики и профилактики инфекционных болезней.-1991.-7 стр. Деп. в № Д-21474. Разд. 111,- N24-6. Публ. 1417.

2. Леонтьева А.Г. Особенности микробиоценоза кишечника у детей с клинически выраженными формами дисбактериоза / А.Г. Леонтьева, Е.Б. Ракова, Т.Ю. Циндик И Журн. инфекц. патол. - 1998. - Т. 5, № 1. - С. 23-25.

3. Архитектоника симбионтной микрофлоры у детей в условиях воздействия неблагоприятных факторов внешней среды / Е.Л. Кичигина, И.Ю. Саф-ронова, С.М. Попкова, А.Г.Леонтьева, Е.Б. Ракова, Мыльникова И.В. // Бюл. ВСНЦ СО РАМН. - 2007. - № 2 - 3 (приложение). - С. 36-38.

4. Геновидовая характеристика бифидобактерий на фоне изучения микробиоценоза толстого кишечника у детей и взрослых г. Ангарска / С.М. Попкова, Ю.П. Джиоев, Е.Б. Ракова, Т.В. Демина, И.Ю. Сафронова // Актуальные проблемы экологии и охраны окружающей среды: сб. ст. междунар. науч.-практ. конф. - Иркутск, 2007. - Т. 2, вып. 3. - С. 344-346.

5. Характеристика геновидового разнообразия бифидобактерий у городского населения Иркутской области / Ю.П. Джиоев, С.М. Попкова, Е.Б. Ракова, Т.В. Демина, И.Ю. Сафронова // Клиническое питание. - 2007. -№ 1.2.-С. А38.

6. Многолетняя динамика структуры кишечных дисбактериозов у детей, рождённых в разные годы / Е.Б. Ракова, С.М. Попкова, А.Г. Леонтьева, Е.А. Кунгурцева // Вестник Российской военно-медицинской академии. -2008. - № 2(22), ч. 2. - С. 537-538.

7. Нанокомпозитные системы для диагностики, профилактики и коррекции дисбактериозов / С.М. Попкова, Л.И. Колесникова, Ю.П. Джиоев, С.И. Лещук, Т.В. Демина, Л.В. Миронова, Л.В. Сердюк, Е.Б. Ракова [и др.] // Материалы междунар. форума по нанотехнологиям : сб. науч. ст. - М., 2008. -С. 353-355.

8. Ракова Е.Б. Мониторинг структуры кишечных дисбактериозов у детей, рожденных в разные годы / Е.Б. Ракова, С.М. Попкова, У.М. Немченко // Гастроэнтерология Санкт-Петербурга. - 2009. - № 4. - С. МЗЗ.

9. Видовая архитектоника и плазмидный профиль бифидобактерий кишечной микробиоты у населения Иркутской области / Е.Б. Ракова, С.М. Попкова, Ю.П. Джиоев, Е.А. Кунгурцева, Е.Г. Ламсков // Вестник Российской военно-медицинской академии. - 2008. - № 2(22), ч. 2. - С. 660-661.

10. Многолетняя динамика структуры кишечных дисбактериозов у детей, рожденных в разные годы / С.М. Попкова, Е.Б. Ракова, А.Г. Леонтьева, З.И. Будникова, Е.А. Кунгурцева, Д.Ц. Очиржапова // Актуальные проблемы права, экономики и управления : сб. ст. междунар. науч.-практ. конф. - Иркутск, 2008.-С. 308-311.

11. Мониторинг микробной экологии человека на территории Иркутской области / С.М. Попкова, М.Ф. Савченков, Е.Б. Ракова, С.И. Лещук, Е.Л. Кичигина // Методологические проблемы изучения, оценки и регламентирования биологических факторов в гигиене окружающей среды : материалы пленума науч. совета по экологии человека и гигиене окружающей среды РАМН и Минздравсоцразвития РФ. - М., 2009. - С. 220-221.

12. Региональные особенности микробной экологии у детей Иркутской области / С.М. Попкова, Е.Л. Кичигина, Е.Б. Ракова, Е.В. Анганова, У.М. Немченко // Пособие для врачей / [рец. д-ра мед. наук, проф. Киборт Р.В., канд. мед. наук Ленок Г.В.- Иркутск : РИО ИГИУВа, 2009. -36 с./

13. База данных «Микроэкологический пейзаж биоценозов человека у населения Иркутской области» [текст] / С.М. Попкова, Е.Л. Кичигина, Е.Б. Ракова, Е.В. Анганова, В.А. Астафьев ; патентообладатель НЦПЗСРЧ СО РАМН, ГОУПДО «Иркутский ГИУВ Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию». - № 2009620535; заявл. 06.11.2009; опубл. 20.03.2010, Бюл. № 1(70). - 750 Кб.

14. Микробная экология кишечного тракта детей на фоне общего состояния их здоровья / С.М. Попкова, Е.Л. Кичигина, Е.Б. Ракова, Е.А. Кун-гурцева, И.В. Мыльникова // Сиб. мед. журн. - 2009. - № 7. - С. 206-208.

15. Изучение сочетанности микроэкологических нарушений кишечного биоценоза в семейных парах мать-дитя / Н.М. Шабанова, У.М. Немченко, С.М. Попкова, Е.Б. Ракова // Актуальные вопросы охраны здоровья населения регионов Сибири : материалы 8-й науч.-практ. конф. мол. ученых. - Красноярск, 2010. - С.77-78.

16. Особенности микроэкологических ценотипов у детей, проживающих в условиях техногенного прессинга / Е.Б. Ракова, С.М. Попкова, У.М. Немченко, Н.В. Ефимова, И.В. Мыльникова, H.A. Тараненко, Е.Л. Кичигина, Ю.П. Джиоев, Е.А. Кунгурцева, Е.Г. Ламсков// Сиб. мед. журн. - 2010. - в печати.

СПИСОК ПРИНЯТЫХ СОКРАЩЕНИЙ

а.а. - антагонистическая активность

ЖКТ - желудочно-кишечный тракт

ИЗА - индекс загрязнения атмосферы

КОЕ - колониеобразующие единицы

KP - колонизационная резистентность

МГНК - метод гибридизации нуклеиновых кислот

НКП - нормальная кишечная палочка

ПДК - предельно допустимая концентрация

УПМ - условно-патогенные микроорганизмы

Подписано в печать 08.11.2010 г. Формат 60x90/16. Печать трафаретная. Усл.-печ. л. 1,4. Тираж 100 экз. Заказ 25.

Издательство Иркутского государственного университета 664003, Иркутск, бульвар Гагарина, 36; тел. (3952) 24—14—36

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Ракова, Елена Борисовна

ВВЕДЕНИЕ.4

ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 .Современные представления о формировании микробиоценозов человека.14

1.1.1 .Экосистемные симбиотические взаимодействия.14

1.1.2.Микробиота толстого кишечника.18

1.1.3. Кишечные дисбиозы и экологический прессинг.26

1.2. Колонизационная резистентность - ключевая функция индигенных микроорганизмов.41

1.3.Бифидобактерии: молекулярный подход и геносистематика.52

1.4. Современные методы коррекции дисбиотических нарушений.56

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ.68

2.1. Объекты исследований.69

2.2. Методы исследований.70

2.3. Эколого-гигиеническая характеристика изучаемых территорий

Восточной Сибири.78

ГЛАВА 3. ХАРАКТЕРИСТИКА ИНТЕСТИНАЛЬНЫХ МИКРОБИОЦЕНОЗОВ У ДЕТЕЙ ДОШКОЛЬНОГО И ШКОЛЬНОГО ВОЗРАСТА, ПРОЖИВАЮЩИХ НА ТЕРРИТОРИИ ИРКУТСКОЙ ОБЛАСТИ.97

3.1. Анализ состояния здоровья детей в гг. Иркутск, Ангарск, Шелехов.97

3.2. Особенности интестинальных микробиоценозов у детей Иркутска.102

3.3. Особенности интестинальных микробиоценозов у детей Ангарска. 106

3.4. Характеристика микробной экологии кишечного биоценоза у детей г. Шелехова.115

3.5. Сравнительная характеристика интестинальных микробиоценозов у детей, проживающих в промышленных городах Иркутской области.120

3.6. Региональные ориентиры количественного содержания основных аутохтонных микроорганизмов в кишечной микробиоте детей Иркутской области.122

3.7. Характер дисбиотических нарушений у детей с клиническими проявлениями кишечного дисбиоза.124

3.8 Изменение биологического профиля и биохимическая внутрипопуляционная гетерогенность Е.соИ у лиц с манифестными формами дисбиоза кишечника.129

3.9. Динамика структуры кишечных дисбиозов детей, рожденных в разные годы.134

ГЛАВА 4. НЕКОТОРЫЕ БИОЛОГИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ ПОПУЛЯЦИЙ БИФИДОБАКТЕРИЙ У НАСЕЛЕНИЯ ИРКУТСКОЙ

ОБЛАСТИ.139

4.1. Изучение антагонистических свойств аутоштаммов бифидобактерий, изолированных от детей с дисбиозами толстого кишечника.139

ГЛАВА 5. ИЗУЧЕНИЕ ВИДОВОЙ АРХИТЕКТОНИКИ БИФИДОБАКТЕРИЙ НА ОСНОВЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОГО ПОДХОДА.145

ГЛАВА 6. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.156

ВЫВОДЫ.163

Введение Диссертация по биологии, на тему "Современная структура кишечного микробиоценоза у детского населения Иркутской области"

Демоэкологическая Г политика, содействующая охране и улучшению здоровья населения, невозможна без / понимания закономерностей функционирования нормальных биоценозов человека и животных.

Микробная колонизация представляет собой, одно из явлению природы, которое изучается как биологией,.так и медициной. CS позиции экологии данное' явление можно рассматривать как процесс расселения микроорганизмов на различных объектах, в том числе, на коже, слизистых оболочках, на раневой поверхности, что сопровождается их размножением до определенного предела. Колонизация приводит к формированию комплексных сообществ различных популяций микроорганизмов'в определенных биотопах - как в окружающей среде, так и в организме животных и человека. В результате указанных событий формируются экосистемы, обнаруживается определенная иерархия среди микробных популяций [Бочков И.А., Овчарова Н.М., 1991; Бондаренко В.М., 1998; Воробьев A.A. и соавт., 2001; Шендеров Б.А., 1998]. Ни-один метаболический процесс, ни одна физиологическаяг функция в организме не протекает без прямого или опосредованного участия симбионтной микробиоты [Шендеров Б.А., 2007]. •

Биоценозы состоят из совокупности популяций автохтонных, аллохтонных и заносных из внешней среды видов; между которыми; существуют определенные количественные и качественные соотношения. В результате внешних и внутренних воздействий состав популяций постоянно меняется. При длительном влиянии дестабилизирующих факторов или кратковременном воздействии агента большой повреждающей силы, происходит нарушение механизмов стабилизации, и, как следствие этого, новый состав? микроорганизмов формирует дисбиоз [Долгушина И.И. и соавт., 1998; Крамарь Л.В., 2001; Домарадский И. В., 2002].

Социальное значение микроэкологических исследований значительно возрастает в эпоху научно-технических преобразований, характеризующихся усилением взаимодействия общества и природы. Нормальная микрофлора находится в прямой зависимости от факторов окружающей среды, является первичной мишенью приложения любого попадающего в организм соединения и первой вовлекается в трансформацию естественных и чужеродных субстанций, в том числе ксенобиотиков и. экотоксикантов. Это способствует росту дисбиозов биотопов человека, приводит к изменению физиологических, биохимических и иммунологических показателей, накоплению и селекции атипичных штаммов, формированию в организме новых микробных сообществ (патоценозов) и, в конечном итоге, способствует возникновению патологических состояний [Шендеров Б.А., Манвелова М.А., 1997].

Возрастающее экологическое неблагополучие окружающей среды уже привело к тому, что некоторые эволюционно сложившиеся биоценозы почвы и водоемов' безвозвратно утеряны. Нарушение же естественных микробиоценозов человека может привести к непредсказуемым последствиям для его здоровья и жизни. В условиях длительного воздействия негативных факторов на биологическую систему «макроорганизм-микробиота» отношения между членами этой системы изменяются. К особым экологическим факторам следует отнести широко применяемые в практике здравоохранения антибиотики и другие противомикробные препараты. Особенность этого экологического феномена для микроорганизмов заключается в том, что этот процесс трудно было приостановить [Бароян О.В., 1972]. Кроме того, в результате широкого применения вакцинных, фаговых препаратов в какой-то степени изменена иммунологическая структура населения, и циркуляция некоторых микроорганизмов происходит в необычных для них условиях. Поэтому правомерно будет говорить о существовании и такого экологического фактора, как обитание микроорганизма в необычных для него условиях [Покровский В.И. и соавт., 1994].

Варианты тактического разнообразия в системе «макроорганизм -микробиота» являются отражением высоких адаптационных возможностей участников этой биологической системы, изучение которой- остается одним из актуальнейших-направлений современной медицины и биологии.

Следует подчеркнуть важное обстоятельство - отношения макроорганизма с микроорганизмами, заселяющими свои экологические ниши, складываются по-разному. Так, отношения с бифидобактериями, доминантой кишечного микробиоценоза (около 90% всех бактерий кишечника), подобны отношениям целого со своей частью — макроорганизмом. Не случайно, в научной литературе имеет место приравнивания сложнейшей экологической системы «нормобиоценоз кишечника» к «своеобразному экстракорпоральному органу человека» [Дорофеев А.Э. и соавт., 1997; Крылов В.П. и соавт., 1998]. В кишечнике человека'обитает около 100 триллионов бактерий. Живые бактерии составляют 30% фекальных масс. У здорового человека имеется стабильное равновесие в доминировании полезных микроорганизмов. Интестинальная микробиота - это комплексное микробное сообщество, коллективный геном которого, микробном, кодирует функции, которые оказывают воздействие на физиологию человека [Тиггош Р, 2008; МаэаЫга Найоп, 2009].

Иммунологические взаимоотношения- в системе «макроорганизм микробиота» нередко выходят за границы нормы. Это проявляется наличием измененной реактивности к представителям нормальной микробиоты хозяина. В регуляции микробиоценоза важную роль играют иммунные реакции, в т.ч. содержание ^А в слизистых секретах кишечника [Пинегин Б.В. и соавт., 1984; Лыкова Е.А.и соавт., 1996].

В последние годы интерес к симбионтной микробиоте кишечника человека необыкновенно возрос. Дисбиоз кишечника со всеми заболеваниями, сопровождающими его, с его последствиями, связанными с нарушением функции интестинальной иммунной системы, привлекает пристальное внимание врачей во всем мире. Распространенность дисбиозов необычно велика. Но, несмотря на многочисленность исследований по изучению кишечных дисбиозов взрослых и особенно детей, обилие практических рекомендаций по коррекции кишечного микробного гомеостаза, профилактике и.т.п., проблема остается актуальной поскольку даже тенденции к их сокращению не наблюдается.,

Актуальность данной проблемы определяется и тем, что климатогеографические и эколого-гигиенические условия обитания человека, возраст, характер питания и др. вызывают изменения в иммунореактивности организма, что отражается на его микробиоценозе, придавая особенности нормальной микробиоте кишечника. В свою очередь, состав и биологические свойства микробиоты определяют состояние здоровья человека, что доказывается ее изменениями при различных заболеваниях [Миронов А.Ю. 2001 и др.; Bjorksten et al.,2001; Sekirov I., Finlay B.B., 2009; Morowitz M.J. et al., 2010]. При этом нарушения в составе кишечной микробиоты наступают задолго до клинических симптомов и поэтому могут быть предвестниками определенного патологического процесса [Воробьев А.А. и соавт., 1995; Schulenburg Н. et al., 2009]. В связи с этим возникает необходимость в разработке критериев оценки микроорганизмов кишечника и определении нормы для населения различных территорий.

Не менее важной проблемой является ухудшение экологической обстановки, связанное с урбанизацией. В условиях экологического неблагополучия иммунодефицитные состояния наблюдаются практически у всего населения, проживающего в данных регионах. При этом выраженность иммуносупрессивного эффекта зависит от продолжительности и интенсивности воздействия экологически вредных факторов на организм человека [Хаитов P.M. и соавт., 1995; Скачков М.В., 2001; и др.]. Изменения в иммунной системе проявляются в формировании первичных и вторичных иммунодефицитов, аллергии, аутоиммунных и онкологических заболеваний, а также дисбиозов, которые проявляются, прежде всего, в угнетении бифидобактерий и лактобацилл, обладающих иммуностимулирующей активностью и увеличением количества условно - патогенных бактерий, особенности биологических свойств которых определяются регионом их распространенности [Бондаренко-В.М., 2002; и др.].

В процессе постоянного взаимодействия макро- и микроорганизмов формируется уникальная система, находящаяся в состоянии динамического равновесия. При, этом постоянство микробиоценоза, микробиологический фенотип, присущий каждому человеку, является показателем иммунологической реактивности организма и одним из факторов естественного иммунитета [Гребнев А.Л., Мягкова А.Н., 1994; Пинегин Б.В. и соавт., 1984; Лыкова Е.А. с соавт, 1996]. Разгадку многих механизмов, лежащих в основе формирования дисбиозов, может дать всестороннее изучение всех сочленов данных сообществ, которые как объект экологии, представляют собой сложные многофакторные явления. Человек является не только средой обитания для микроорганизмов, но и непосредственным сочленом формирующихся биоценозов. Поэтому так важно иметь полное представление о поведении всех сочленов этого сообщества.

Так, практика показала, что коррекция препаратами пробиотиков, содержащих бифидобактерии и лактобациллы, часто не приводит к устойчивому улучшению состояния и дальнейшей нормализации микробиоценоза кишечника. И через 1-2 месяца после прекращения биокоррекции состояние дисбиоза кишечника возвращается. Считается, что эта коррекция не сопровождается заселением слизистых поверхностей кишечника штаммами лечебных препаратов. Они только, восполняя недостаточную антагонистическую и другие функции аутоштаммов, дают возможность размножиться и заселиться своей, аутохтонной микрофлоре. В тех случаях, когда не происходит восстановления нормобиоценоза кишечника с помощью препаратов-пробиотиков, создается впечатление, что организм как бы постоянно «отторгает» от себя нужную микрофлору.

Таким образом, поскольку механизмы процесса нарушения микробиоценоза изучены недостаточно, представляется важным дальнейшее изучение особенностей микробиоты кишечника,

Учитывая малую вероятность полного оздоровления окружающей среды в ближайшее время, формирование и поддержание оптимальных микробиоценозов и их коррекция при дисбиозах являются важными задачами как в отношении сохранения здоровья отдельных людей, так и человеческой популяции в целом [Глушанова Н.А. и соавт., 2007; Lampe J.W., 2008; Preidis G.A., Versalovic J., 2009; Saulnier D.M.A. et al., 2009]. Это делает необходимым дальнейшее расширение и углубление исследований в области микробной экологии, направленных на выяснение закономерностей саморегуляции биоценозов, определения их роли в поддержании гомеостаза и в возникновении многих заболеваний [Векслер И.Г., 1985; Костюкова Н.Н., 1999; Крамарь Л.В., 2001; Finegold S.M., et al, 1983; Gialdroni-Grassai G., 1985; Van der Waaij D., 1996; Hamilton-Miller J.M.T.,1997; Домарадский И.В. и соавт., 2002; Versalovic J.,2006; Шендеров Б.А., 2007; Costello E.K. et al., 2009; Turnbaugh P.J., 2009; Hattori M., 2009; The NIH Human Microbiome Project, 2009].

ЦЕЛЬ ИССЛЕДОВАНИЯ

На основе изучения особенностей региональной архитектоники кишечного микробиоценоза определить основные основные варианты интестинальных микроценотипов и видовой рейтинг бифидобактерий у детей Иркутской области

Задачи исследования:

Проанализировать динамику микроэкологических нарушений у детей с клиническими проявлениями кишечного дисбиоза.

Определить спектр геновидового разнообразия рода Bifidobacterium в кишечнике детей и взрослых, проживающих в зоне техногенного загрязнения, а также выявить доминирующие виды бифидобактерий.

Исследовать антагонистическую активность региональных штаммов популяции бифидобактерий.

Научная новизна:

Впервые определены качественные и количественные характеристики микробного пейзажа основных групп резидентных микроорганизмов в кишечной микробиоте детей, проживающих в городах Иркутской области, выявлены характерные отличительные особенности микробиоценозов, связанные с местом проживания.

Впервые установлено, что многолетняя динамика структуры кишечных дисбиозов у детей имеет выраженную тенденцию сокращения тяжёлых форм на фоне отсутствия эубиотических состояний.

Впервые показана, оригинальная видовая архитектоника региональных штаммов бифидобактерий с преобладанием B.longum и их низкая антагонистическая активность.

Показана информативность метода МГНК и его перспективность для видовой идентификации бифидобактерий.

Впервые предложен универсальный алгоритм для популяционной оценки микроархитектоники интестинальной микробиоты по отношению к общефизиологическим нормам и региональным ориентирам.

Практическая значимость работы:

Результаты натурных и экспериментальных исследований легли в основу полученного патента: База данных Микроэкологический пейзаж биоценозов человека у населения Иркутской области [текст]: Per. номер св. 2009620535 (06.11.2009); патентообладатель НЦ ПЗСРЧ СО РАМН, ГОУПДО «Иркутский ГИУВ Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию»; опубл. 20.03.2010, Бюл.№ 1(70) -750 Кб.

Разработаны, опубликованы и внедрены методические рекомендации для врачей, научных работников, преподавателей: «Региональные особенности микробной экологии у детей Иркутской области» // Пособие для врачей. Иркутск: РИО ИГИУВа, 2009.-36 с./Рец. д.м.н., проф. Киборт Р.В., к.м.н. Ленок Г.В.

Характеристика основных вариантов интестинальных микробиоценозов и региональные показатели количественного содержания основных групп индигенных микроорганизмов в кишечнике детей, проживающих в городах Иркутской области, используются в учебном процессе на кафедре эпидемиологии ГОУ ДПО ИГИУВ Росздрава, кафедре общей гигиены ГОУ ВПО ИГМУ Росздрава, кафедре физико-химической биологии ГОУ ВПО ИГУ, а также в работе врачей-бактериологов МУЗ ГКБ № 9 г. Иркутска.

ПОЛОЖЕНИЯ, ВЫНОСИМЫЕ НА ЗАЩИТУ

1. Микроэкологическая структура кишечных биоценозов здоровых детей

Иркутской области имеет региональные особенности, характеризующиеся снижением количества доминирующих симбионтных микроорганизмов (бифидобактерий, лактобактерий, нормальной кишечной палочки), высокой частотой индикации атипичных эшерихий (слабоферментативные, лактозонегативные и гемолитические варианты), увеличивающейся с возрастом. У детей изученных городов сложились оригинальные варианты микробиоценозов, различающиеся как по архитектонике, так и по выделению «индикаторных» штаммом УПМ.

2. Многолетняя динамика структуры дисбиотических изменений в кишечной микробиоте детей с клиническими проявлениями дисбиоза (диспептический синдром, аллергические реакции) характеризуется значительным сокращением, вплоть до отсутствия, как глубоких изменений кишечного микробиоценоза (IV степени дисбиотических нарушений), так и отсутствием эубиотических состояний.

3. Видовая архитектоника бифидобактерий у жителей гг. Иркутска и Ангарска имеет оригинальную региональную структуру с преобладанием ВЛоп^ит Популяции региональных ауто штаммов бифидобактерий характеризуются резко выраженным снижением антагонистической активности по отношению к условно-патогенным микроорганизмам, способствуя усилению их персистентного потенциала и формированию патобиоценозов.

Апробация работы

Основные положения работы представлены и доложены на конференциях:

• Международном конгрессе по пробиотикам (Санкт-Петербург, 2007 г.).

• Юбилейной международной конференции НИИЭМ, (Иркутск, 2007г.).

• Всероссийской научно-практической конференции «Здоровье семьи -здоровый ребёнок», посвященной 20- летию Института педиатрии НЦ ПЗС РЧ СО РАМН (Иркутск, 2009 г.).

• Научно-практической конференции для практических врачей (Иркутск, 2009 г).

• 6-й Объединенной научной сессии и 2-го Международного конгресса по пробиотикам (Санкт-Петербург, 2009 г).

• 8-й научно-практической конференции молодых ученых «Актуальные вопросы охраны здоровья населения регионов Сибири» (Красноярск, 2010 г.).

Работа обсуждена на заседаниях Ученого совета и совещаниях сотрудников Института эпидемиологии и микробиологии Научного Центра проблем здоровья семьи и репродукции человека СО РАМН.

Результаты исследований использованы и внедрены в практическую и научно-исследовательскую работу специалистов здравоохранения: врачей-бактериологов, микробиологов.

Полученные новые данные используются в учебном процессе кафедры эпидемиологии» ГОУ ДПО ИГИУВ Росздрава, кафедры общей гигиены ГОУ ВПО ИГМУ Росздрава., кафедры физико-химической биологии ГОУ ВПО ИГУ, а также в работе врачей-бактериологов МУЗ ГКБ № 9, г. Иркутск. Акты внедрения приложены к диссертации.

Публикации

По теме диссертации опубликовано 16 научных работ, из них 5 в изданиях, рекомендованных ВАК Минобразования и науки РФ для публикаций материалов диссертационных работ, материалы исследований защищены 1 патентом РФ, разработано и внедрено в практику здравоохранения 1 методическое пособие для практических врачей.

Объем и структура диссертации Диссертация состоит из введения, обзора литературы, 4 глав собственных исследований и обсуждения результатов, выводов. Работа изложена на 192 страницах машинописного текста, иллюстрирована 29 таблицами, 30 рисунками, 2 фотографиями. Библиографический указатель включает 131 наименование отечественных и 105 зарубежных источников литературы. Лабораторные и клинические исследования проведены непосредственно автором настоящей работы на базе лабораторий и клиники института

Заключение Диссертация по теме "Микробиология", Ракова, Елена Борисовна

ВЫВОДЫ

1. Микроэкологическая структура кишечных биоценозов здоровых детей Иркутской области характеризуется высокой частотой- диссоциации нормальных эшерихий, увеличивающейся с возрастом (28,0±8,9%- у дошкольников и 100%- у школьников г. Ангарска; р<0,05 ), и наличием в зависимости от топодема проживания сложившихся вариантов интестинальных микробиоценозов с индикацией условно-патогенных микроорганизмов, названных нами «индикаторными».

2. Региональные ориентиры основных групп резидентных микроорганизмов в кишечной микробиоте детей характеризуются снижением их титров относительно общефизиологических показателей (ОСТ, 2003), данных по другим крупным промышленным городам России (С-Петербург, Москва, Кемерово) и смещением диапазона количественных показателей плотности популяций бифидобактерий в среднем до 5-7 lg КОЕ/г, лактобацилл - до 5 lg КОЕ/г, нормальных эшерихий- до 5-6 lg КОЕ/г.

3. У детей школьного возраста г. Ангарска- 'значительно чаще, чем у дошкольников (р<0,05), регистрируется микроэкологический дисбаланс, проявляющийся снижением концентрации бифидобактерий и лактобацилл, увеличением частоты индикации атипичных и снижением плотности нормальных эшерихий, высокой частотой регистрации патогенных грибов рода Candida (16,1 ±6,7%) в диагностических титрах (5 lg КОЕ/г), что свидетельствует о снижении колонизационной резистентности.

4. Многолетняя динамика структуры дисбиозов кишечника у детей с диспептическим синдромом и аллергическими реакциями (1997 - 2007 гг.)< характеризуется значительным снижением выраженности микроэкологических сдвигов к концу периода наблюдения (р<0,05), что проявляется в снижении оценочной степени дисбиоза, независимо от возраста, в сокращении, вплоть до отсутствия, глубоких изменений (IV степень дисбиоза) и отсутствии эубиотических состояний.

5. Зарегистрирован высокий удельный вес аутоштаммов региональной популяции бифидобактерий с низкой антагонистической активностью (71,4±3,2%) к представителям транзиторных оппортунистических микроорганизмов, что способствует снижению колонизационной резистентности.

6. Видовая архитектоника бифидобактерий у жителей гг. Иркутска и Ангарска имеет оригинальную региональную структуру с доминированием B.longum и выявляемостыо B.adolescentis среди «здоровых» детей обоих городов, что может свидетельствовать о микроэкологических сдвигах в кишечном биотопе детей в сторону дисбиоза.

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

Результаты проведенных исследований могут быть рекомендованы для внедрения в следующих направлениях:

1. Создание диагностических тест- систем на основе МГНК для видовой идентификации бифидобактерий, в т. ч. и Кар1ё-диагностикумов и биочипов для клинических лабораторий.

2. Применение базы данных по региональной популяционной характеристике индигенной микроорганизмов в . лабораториях практических органов здравоохранения для более адекватных рекомендаций при дисбиотических нарушениях кишечного биоценоза у детей.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Ракова, Елена Борисовна, Иркутск

1. Александрович Н.Ж., Пирогова З.И. Нарушения микробного пейзажа человека и пути их коррекции // Клин, питание.— 2005 — № 2.— С. 4360.

2. Аминова А.И., Бурдина Е.С., Уланова Т.В. Особенности диагностики дисбактериоза у детей, проживающих в условиях экологического неблагополучия // Известия самарского научного центра РАН. — 2009. —Т.1, №1(5). — С. 835-838.

3. Ардатская М.Д., Минушкин О.Н. Дисбактериоз кишечника: эволюция взглядов. Современные принципы диагностики и фармакологической коррекции // Consilium medicum. Приложение. Гастроэнтерология. — 2006-№2-С. 4-18.

4. Бабин В.Н., Домарадский И.В., Дубинин А.В., Кондракова О.А. Биохимические и молекулярные аспекты симбиоза человека и его микрофлоры // Российск. хим. журн. — 1994.— № 38. — С. 66-78.

5. Барановский А.Ю., Кондрашина З.А. Дисбактериоз и дисбиоз кишечника. СПб: Питер, 2000. — 224 с.

6. Белобородова Н.В., Белобородов С.М. Метаболиты анаэробных бактерий (летучие жирные кислоты) и реактивность макроорганизма // Антибиотики и химиотер. — 2000. — №2 — С. 28-35.

7. Бельмер С.В., Малкоч А. В. Дисбактериоз кишечника и роль пробиотиков в его коррекции // Лечащий Врач. — 2006. — №6. — С. 18-23.

8. Бельмер С.В. Применение пробиотиков для профилактики и лечения нарушений микрофлоры кишечника: учебно-методическое пособие — М., 2005.-24 с

9. Битюкова В.Р. Экологическая цена промышленного роста в России (1998-2003) // ЭКиП: Экология и промышленность России. —2005. — N3.-C.4-9.

10. Бойков С.С. Мороз А.Ф., Бабаева Е.Е. Ассоциации грибов Candida albicans с некоторыми условно-патогенными микроорганизмами при дисбиозе кишечника у пациентов различных возрастных групп // Журнал микробиологии. — 2005. — N 2. С.— 65-69.

11. Бондаренко В.М. «Острова» патогенности бактерий // Журн. микробиол. 2001. — № 4. — С. 67-74.

12. Бондаренко В.М., Воробьев A.A. Дисбиозы и препараты с пробиотической функцией // Журн. микробиол. — 2004. — №1. — С. 84 -92.

13. Бондаренко В.М., Грачева Н.М. Дисбиотические состояния и лечебные мероприятия при них // Вестн. РАМН. — 2005. — № 12. — С. 23-29.

14. Бондаренко В.М. Поликомпонентные пробиотики: механизм действия и терапевтический эффект при дисбиозах кишечника // Фарматека.— 2005.—№20,—С. 46-54.

15. Бондаренко В.М., Грачева Н.М., Мацулевич Т.В. Дисбактериозы кишечника у взрослых. — М.: КМК Scientific Press, 2003.— 24 с.

16. Бондаренко В.М., Королюк A.M. Пробиотическая микробиология: современное состояние и проблемы // Журн. «Клиническое питание».— 2007. — №1-2,— С. А24-25.

17. Бухарин О.В., Валышев A.B., Перунова Н.Б. Бактериально-грибковые ассоциации кишечника в условии колонизации дрожжеподобными грибами рода Candida // Журнал микробиологии. — 2002. — N 5. — С. 45-48.

18. Быков A.A., Неверова O.A. Моделирование загрязнения атмосферы и экологическое зонирование территории г. Кемерово // Инженерная экология.— 2002.— N 6.— С. 25-32.

19. Вахитов Т.Я., Петров JT.H., Бондаренко В.М. Стимулятор роста микроорганизмов «Полифлор» и препарат для лечения желудочно-кишечного тракта// Патент России №2291192. 2007. Бюлл. №1.

20. Векслер И.Г. Сравнительная оценка влияния некоторых биологически активных полисахаридов на иммунную систему организма /под ред. Чипенса Г.И. и др. // Химия и биология иммуномодуляторов. Рига: Зинатне, 1985.— С. 167-187.

21. Воеводин Д.А., Розанова Г.Н., Стенина М.А. Роль дисбактериоза в формировании хронической неинфекционной патологии у детей // Журн. Микробиол, —2001.— № 6. — С. 88-93.

22. Володин H.H., Ефимов Б.А., Пикина А.П. Микробиологическая диагностика дисбактериозов кишечника: пособие для врачей и студентов. — Москва: МЗ РФ, 1997.— 24с.

23. Воробьев A.A., Бондаренко В.М., Лыкова Е.А. Микроэкологические нарушения при клинической патологии и их коррекция бифидосодержащими пробиотиками // Вестн. РАМН. — 2004. — №2.—С. 13-17.

24. Воробьёв A.A., Иноземцева Л.О., Буданова Е.В. Изменения микробиоценоза толстой кишки у больных различными заболеваниями // Вест. РАМН. — 1995. — №5.— С. 59 64.

25. Воробьев A.A. Дисбактериозы у детей : учеб. пособие для врачей и студентов. — М., 1998.— 175 с.

26. Гайдышев И.В. Анализ и обработка данных: специальный справочник.— С-Петербург, СПб: Питер. — 2001.— С. 22-45.

27. ГОСТ РИСО 5725 2 - 2002. Точность (правильность и рецизионность) методов и результатов измерений. М: Госстандарт России, 2002. — 15с.

28. Государственный доклад о санитарно-эпидемиологической обстановке в Иркутской области в 2008 г. / Иркутск, 2009. — 255с.

29. Государственный доклад о состоянии окружающей природной среды Иркутской области в 1996 году (1997-2000 гг.) / Иркутск, 1998-2000.

30. Грачева Н.М., Бондаренко В.М. Пробиогические препарты в терапии и профилактике дисбактериоза кишечника // Инфекц. болезни. — 2004. — Т.2, №2. —С. 53-58.

31. Григорьев В.А., Огородников И.А. Проблемы экологизации городов в мире, России, Сибири: аналит. обзор // Экология. — №63. — 2001. — 151 с.

32. Гриневич В.Б., Успенский Ю.П., Добрынин В.М. Клинические' аспекты диагностики и лечения дисбиоза кишечника в общетерапевтической практике: учебно-методическое пособие. — СПб.—2003.— 134 с.

33. Гриневич В.Б., Захаренко С.М., Осипов Г.А. Принципы коррекции дисбиозов кишечника// Лечащий врач. — 2008. — №6. — С. 10-14.

34. Гришина И.А., Долина А.М., Яковлев В.П. Влияние антибиотиков на адгезию микроорганизмов // Антибиотики и химиотерапия. — 1990. — Т. 35, №3. — С. 50-52.

35. Даутов Ф.Ф., Яруллин А.Х., Гончаров Ю.Н. Заболеваемость детей, проживающих в районах с разным уровнем загрязнения атмосферного воздуха // Гигиена и санитария. — 1998. —№11.— С. 3-5.

36. Диагностика, профилактика и лечение дисбактериозов кишечника: метод, рекомендации / МЗ СССР №10-11/4-М., 1991. — 15 с.

37. Дисбиоз кишечника. Руководство по диагностике и лечению / под ред. Е.И.Ткаченко, А.Н.Суворова. — СПб.: СпецЛит., 2007. — 238с.

38. Дисбиоз кишечника. Руководство по диагностике и лечению / под ред. Е.И. Ткаченко, А.Н. Суворова. — 2-изд. — СПб.: ИнформМед, 2009.— 276 с.

39. Домарадский И.В., Хохоев Т.Х., Кондракова O.A. Противоречивая микроэкология // Российский химический журнал. —2002. — № 46(3). — С. 80-89

40. Дубинин A.B., Бабин В.Н., Раевский П.М. Трофические и регуля горные связи макроорганизма и микрофлоры // Клиническая медицина. — 1991. — № 7 — С. 24 28.

41. Егоров Н.С. Основы учения об антибиотиках: учебник. — 6-е изд., перераб. и доп. — М.: Изд-во МГУ; Наука, 2004. —503 с.

42. Езепчук Ю.В. Патогенность как функция биомолекул. — М., 1985.— 287 с.

43. Запруднов A.M. Мазанкова J1.H. Микробная флора кишечника и пробиотики: методическое пособие. — М., 2001. — 32 с.

44. Захарченко М.П., Гриневич В.Б., Добрынин В.М. Проблемы диагностики дисбиоза под влиянием факторов окружающей среды // Журн. Гигиена и санитария. — 2003. — № 5. — С. 74-76.

45. Иванова Ю.Д. Эколого-информационные технологии: анализ пространственной информации с помощью канонических корреляций (Электронный экологический атлас г. Красноярска) // Инженерная экология. — 2004 .— N 2. — С. 35-40.

46. Ивашкин В.Т., Лапина Т.Л. Пробиотики. Рациональная фармакотерапия заболеваний органов пищеварения / под ред. В.Т. Ивашкина. — М.: Литтерра, 2003. — С. 132-137.

47. Иноземцева Л.О., Леверьева М.И., Ахременко Я.А. Микробный статус человека в условиях Крайнего Севера, как показатель здоровья индивидуума // Лабораторное дело и профилактика: Науч.-практ. изд., Якутск. — 2000. — С. 92-93.

48. Йоргенсен Дж.Х. Микробиологический справочник для клиницистов.1. М: Мир, 2006.— 242 с.

49. Казначеев В.П. Очерки теории и практики экологии человека.—М.,1983.-260 с.

50. Калмыкова А.И. Пробиотики: Терапия и профилактика заболеваний. Укрепление здоровья. — Новосибирск, 2001. — 208 с.

51. Карпунина Т.Н., Горовиц, Э.С., Чиненкова А.Н., Повышение терапевтического действия пробиотиков // Журн. микробиол. — 1998.2. —С. 104- 107.

52. Квасников Е.И., Нестеренко O.A. Молочнокислые бактерии и пути их использования.— М.: Наука, 1975. — С. 392.

53. Корниенко Е.А. Актуальные вопросы коррекции кишечноймикрофлоры у детей — Москва: ГОУ ВУНМЦ МЗ и CP РФ, 2006.С48.

54. Королюк А.М. От простокваши Мечникова к современным пробиотическим продуктам функционального питания // Вестник РАМН. — 2008. —- №3. — С. 146-151.

55. Коршунов В.М., Ефимов Б.А., Пикина А.П. Характеристика биологических препаратов и пищевых добавок для функциональногопитания и коррекции микрофлоры кишечника // Журн. микробиол.2000. —№3,—С. 86-91.

56. Косенко И.М., Пирогова З.И. Обоснование алгоритма коррекциикишечной микрофлоры у детей: методическое пособие для врачей.1. СПб., 2008. —24 с.

57. Костюкова H.H. Уроки дифтерии // Журн. микробиол.— 1999. —№ 21. С. 92 -96.

58. Крамарь Л.В. Микробная экология кишечника людей, проживающих в условиях техногенного воздействия крупного промышленного города: Автореф. дис. докт. мед. наук. — Москва, 2001. — 44 с.

59. Красноголовец В.Н. Дисбактериоз кишечника.— 2-е изд. — М.: Медицина, 1989. —208 с.

60. Куваева И.Б., Ладо до К.С. Микроэкологические и иммунные нарушения у детей. — М., 1991. — 240 с.

61. Кулачёв А.П. Компьютерный контроль процессов и анализ сигналов.

62. М: Информатика и компьютеры, 1999. — 300 с.

63. Леванова Л.А. Микроэкология кишечника жителей Западной Сибири, коррекция дисбиотических состояний: автореф. дис. докт. мед. наук.1. Москва, 2003.— 48 с.

64. Лещенко Я.А. Научные основы совершенствования мониторинга здоровья населения промышленного города как средства эколого-гигиенической оценки качества окружающей среды и условийжизнедеятельности: автореф. дис. докт. мед. наук. — Иркутск, 1997.44 с.

65. Лыкова Е.А., Бондаренко В.М., Сидоренко C.B. Сочетанная антибактериальная терапия хеликобактерассоциированных заболеваний у детей // Журн. микробиол. — 1999. — № 2.С. 76-81.

66. Малов В.А., Гюлазян Н.М. Микробиоценоз желудочно-кишечноготракта: современное состояние проблемы // Лечащий врач.2007. —6.— С. 10-14.

67. Маянский А.Н. Дисбактериоз: иллюзии и реальность // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. — 2000.Т.2, № 2.1. С. 61-64.

68. Мехтиев С.Н., Гриневич В.Б., Захаренко С.М. Дисбактериоз кишечника. Вопросы и ответы: учебно-методическое пособие. — М., 2006.— 63 с.

69. Мечников И.И. Молочные микробы и польза, приносимая ими здоровью (Ягурт). — СПб. — 1911. — 155с.

70. Минушкин О.Н., Минаев В.И., Митрохин С.Д. Комплексная диагностика, лечение и профилактика дисбактериоза (дисбиоза) кишечника в клинике внутренних болезней: методические рекомендации / под ред. В.И. Минаева. — М.: МЦ УД ПРФ, 1997. — 20 с.

71. Минушкин О.Н., Елизаветина Г. А., Ар датская М.Д. Лечение функциональных расстройств кишечника и желчевыводящей системы, протекающих с абдоминальными болями и метеоризмом // Клин, фармакол. и тер. — 2002.— № (1). — С. 1-4.

72. Миронов А.Ю. Архитектоника микробной экологии человека в норме и при некоторых патологических состояниях: автореф. дисс. докт. мед. наук. — Москва, 2002. — 44 с.

73. Михайлов И.Б., Корниенко Е.А., Дисбиоз кишечника у детей и взрослых (про- и пребиотики): методическое пособие для врачей. — СПб. — 2007.

74. Мюллер П. Таблицы по математической статистике. — М.: «Финансы и статистика», 1982 — С. 191 200.

75. Николаева Т.Н., Зорина В.В., Бондаренко В.М. Иммуностимулирующая и антиканцерогенная активность нормальной лактофлоры кишечника // Эксперим. клин, гастроэнтерол. — 2004. — №4.—С. 39-43.

76. Новик Г.И., Астапович Н.И., Самарцев A.A. Исследование биохимических особенностей бифидобактерий на поздних стадияхразвития популяций // Микробиология. — 2001.— Т. 70, №4. — С. 495-502.

77. Новиков В.Н. Экология. Урбанизация. Жизнь: учеб. пособие — М., 2002. —327 с.

78. О дум Ю. Экология. — М.: Мир, 1986. — Т. 1-2.

79. Олескин А.В., Ботвинко И.В. и др. Микробная эндокринология и биополитика // Вестн. Моск. Ун-та. Сер. Биология. — 1998. — № 4. — С. 3-10.

80. Определитель бактерий Берджи / Пер. с англ. М.: 1997. - Т. 1.; Bergy' s Mannual of Systematic Bacteriology / Ed. N.A. King. Baltimore: London, 1984.-9 ed. Vol. l.-P. 141- 199; P. 353 -373; P. 591 -599.

81. Осипов Г.А. Хромато-масс-спектрометрическое исследование микроорганизмов и их сообществ. Автореф. дис. докт. биол. наук. — Москва, 1995.— 62 с.

82. Отраслевой Стандарт «Протокол ведения больных. Дисбактериоз кишечника» / ОСТ 91500.11.0004-2003.Приказ МЗ РФ №231 от 09.06.2003. —70 с.

83. Парфенов А. И. Кишечный дисбактериоз // Лечащий Врач. —2001. — №5-6. — С. 20-25.

84. Парфенов А.И. Микробная флора кишечника и дисбактериоз // Русск. Мед. журн.— 1998, — Т.6, №18. — С. 1170-1 173.

85. Пененко В.В., Белан Б.Д., Харитонов А.Ю. Экологические проблемы городов Сибири: междисциплинарный проект СО РАН // География и природные ресурсы. — 2004. —Спец. выпуск. — С. 140-143.

86. Петровская В.Г., Бондаренко В.М. Адгезины энтеротоксигенных кишечных палочек: роль в патогенезе диарей и генетический контроль // Журн. микробиол. — 1990. — №5. — С. 110 116.

87. Петухов В.А., Стернина JI.A., Травкин А.Е. Нарушения функций печени и дисбиоз при липидном дистресс-синдроме Савельева:современный взгляд на проблему // Consilium Medicum. — 2004 — Т. 06, № 6. — С. 406-412.

88. Пивкнн В.М., Чнндяева J1.H. Экологическая инфраструктура сибирского города: (На примере Новосиб. агломерации) / под ред. В.М.Пивкина. — Новосибирск: Сибпринт, 2005. — 194 с.

89. Пинегин Б.В., Мальцев В.Н., Коршунов В.М. Дисбактериозы кишечника. — М., 1984. — 144 с.

90. Подволоцкая А.Б. Функциональная характеристика аутомикрофлоры кожи детей младшего школьного возраста в условиях техногенного загрязнения среды: автореф. дисс. канд. биол. наук.— Владивосток, 2000. —31 с.

91. Попкова С.М., Кичигина Е.Л. Иммуноэкологическая концепция развития кишечных дисбактериозов // Журн. инфекционной патологии. —Иркутск, — 1999. —№2-3. —С. 13- 15.

92. Попкова С.М., Лещук С.И., Немченко У.М. Микробная экология человека в промышленных городах Восточной Сибири // Бюлл. ВСНЦ СО РАМН. — 2004. — Т. 3, № 1. —С. 143-146.

93. Приказ Минздрава РФ от 30 декабря 2003 г. N 621 "О комплексной оценке состояния здоровья детей".

94. НИ Римарчук Г.В., Щеплягина Л.А., Кругпова И.В. Нарушение микрофлоры кишечника у детей (клиническое значение, диагностика, факторы риска, новые технологии в лечении): лекция для врачей.1. М., 2007.

95. Сабирова З.Ф. Влияние загрязнения атмосферного воздх^.1. В т-чнефтепереработки, нефтехимии, химии на смертности ^Эегионах

96. Гигиена и санитария. — 1999. — №5. — С. 15-19. ^^Ления //

97. Савилов Е.Д., Колесников С.И., Красовский Г.Н ^^техногенное загрязнение-Новосибирск: Наука, 1996 Нс£>екция иl90c

98. Савченков М.Ф., Лемешевская Е.П. Медико-экологиче1. J-c ^ ена территории Сибири // Сибирский медицинский жур^ Р'облемы1. N2. —С. 34-37. "" 1995. —

99. Савченков М.Ф. Состояние здоровья населения г. Иркл^ техногенным загрязнением окружающей среды.— Ир^ связи с 75с. >"*СК' 1991.

100. Сидоренко А.В. Новик Г.И., Акимов В.Н. Испольч«-^ геносистематики в классификации и идентификации г— Методов Bijidobacterium 11 Микробиология. — 2008. — Т. 77 >Г«з Р°Да

101. Сираева А.С. Состояние колонизационной резистентт^ ^'^93-302. кишки в динамике лечения больных хроническим ^ ТИ т°лстой дис. канд. мед. наук. — Уфа, 2008. — 138 с. Креатиюм :

102. Совершенствование методов диагностики дисбакт^1. РИозакишечника // Информационное письмо. СПб. —■ 200? °лстого15с.

103. Тармакова С.С. Структурно-функциональные повп^кишечника и их коррекция фитобактерР1 Печени,бифидосодержащими средствами: автореф. дисс п нЫМи и

104. Улан-Удэ, 1999. — 40 с. * HOJ1• наук.

105. Терновская J1.H., Гапон М.Н. Особенности микробу1. Цецоза ткишки людей с дисфункциональными расстройств °лстойтракта // Журн. микробиол. —2009 .— № 3. — С. 89-9? ЛИаРного

106. Тетиор А.H. Экологическая инфраструктура и среда жизни // Рос. экол. федер. информ. агентство. — М.: РЭФИА, 2002. — 421 с.

107. Труфакин В.А., Трунова JT.A. Иммунологические механизмы формирования экологически обусловленной патологии // Вестн. РАМН.— 1997. —№7,—С. 15-18.

108. Усенко Д.В., Горелов A.B., Шабалина C.B. Применение пробиотического продукта в диетотерапии детей с измененной аллергической реактивностью // Лечащий врач. — 2006. — №4. — С. 91-92.

109. Хавина Л.А. Экологическая ситуация в городе Шелехове (Иркутская обл.) // География и природные ресурсы .-— 2001. —- N 3. —-С. 136139.

110. Хавкин А.И. Эволюция представлений о роли кишечной микрофлоры. URL: http://www.disbak.ru/php/content.php?group=442 (дата обращения: 02.10.2009).

111. Хергет Х.Ф., Летцель X., Петров Р.О. Комплексная терапия дисбиозов // Эпидемиол. и инфекц. болезни. — 1997. — №6. — С. 51-55.

112. Циммерман Я.С. О сущности понятия «дисбактериоз (дисбиоз) кишечника» и правомерности использования этого термина // Росс.журн.гастроэнтерол.,гепатол.,колопроктол. — 2000. — №1. — С. 81-84.

113. Шевяков М.А. Антибиотик-ассоциированная диарея и кандидоз кишечника: возможности лечения и профилактики // Антибиотики и химиотерапия. — 2004. — Т. 49, №10. — С. 26-29.

114. Шевяков М.А., Архипова Е.И., Александров И.В. Дисбиоз кишечника (клиническое значение и коррекция): учебное пособие. — Великий Новгород, 2007.

115. Шендеров Б.А. Медицинская микробная экология: некоторые итоги и перспективы исследований // Вестник РАМН. — 2005. — №12. -— С.13-17.

116. Шендеров Б.А. Медицинская микробная экология и функциональное питание. — М.: Грант, 1998, —Т. 1. —286 е., —Т. 2.— 412 с.

117. Шостакович-Корецкая Л.Р., Кривуша Е.Л., Чергинец A.B. Тактический подход к коррекции дисбиоза кишечника у детей пробиотическими препаратами. Опыт применения препарата Линекс // Укр. мед. журн.1999.— № 2. — С. 6-14.

118. Щербаков П.Л., Цветков П.М., Нечаева Л.В. Профилактика диареи связанной с приемом антибиотиков у детей // Вопросы современной педиатрии. — 2004. — Т. 3, № 2. — С. 55-58.

119. Экологическое картографирование Сибири / под ред. В.В. Воробьева.

120. Новосибирск: Рос. акад. наук. Сиб. отд-ние. Ин-т географии, 1996.279 с.

121. Экологические проблемы урбанизированных территорий /А.Н. Антипов, Е.В. Полюшкин и др. / под ред. А.Н. Антипова. — Иркутск: ИГ СО РАН, 1998.-198 с.

122. Экология Сибири / под ред. В.В.Захаренкова. — Новокузнецк: КузГПА, 2004. — 97 с.

123. Эткина Э.И. Состояние здоровья детей дошкольного возраста в районах атмосферного загрязнения выбросами переработки нефти: автореф. дис. канд. мед. наук. — Москва, 1992.— 21 с.

124. Яковенко Э.П. Дисбактериоз кишечника // Лечеб. дело. —2004.— № 3.—С. 3-8.

125. Adams M.R., Hall С. J. Growth inhibition of food-borne pathogen by lactic and acetic acids and their mixtures // Int. J. Fud. Sci. Technol. — 1988. — Vol. 23. —P. 292.

126. Albright J.F. Airborne pollutants and the immune system // Otolaryngology-Head and Neck Surgery. — 1996. — Vol. 114, № 2. — P. 232-238.

127. Axselsson L.T., Chung T.C., Dobrogosz W. et al. Production of a broad spectrum antimicrobial substance by Lactobacillus rcuten // Microb. Ecolog. Health Dis. — 1989. — Vol. 2. — P. 131-136.

128. Apperloo-Renkema H.Z., Van der Waaij B.D., Van der Waaij. D. Role of competition for substrate in bacterial antagonism in the gut // Infect. Immun. — 1982. — Vol. 38, №3. — P. 887-892.

129. Baird-Parker A.C., Silliker J. Organic acids // Microbial Ecology of Foods: Academic Press, New York. —1980. — P. 126-135.

130. Bern C., Martines J. et al. The magnitude of the global problem of diarrheal disease // Vale J.Biol.Med. — 1988. — Vol. 51.— P. 505-512.

131. Barman Melissa, Unold David, Shifley Kathleen et al. Enteric Salmonellosis Disrupts the Microbial Ecology of the Murine Gastrointestinal Tract // Infect. Immun. — 2008. — Vol. 76. — P. 907-915.

132. Besselink M.G., van Santvoort H.C., Buskens E. et al. Probiotic prophylaxis in predicted severe acute pancreatitis: a randomised, double-blind, placebo-controlled trial // J. Pancreas. — 2008. — Vol. 9, №3. — P. 362-364.

133. Besselink Marc G.H., Hjalmar C.van Santvoort, Geert J.M.G. et al. Gooszen and For the Dutch Acute Pancreatitis Study Group // Langenbeck's Archives of Surgery. — 2009. — Vol. 394, № 1. — P. 191-192.

134. Biavati B., Sgorbati V. The Genus Bifidobacterium // The Procariotes. A Handbook on the biology of bacteria: ecophysiology, isolation, identification, application Ed. Balows A. New York: Springer-Verlag, 1992. —Vol. 1. —P. 816-833.

135. Braat H., de Jong E.C., van den Brande J.M. et al. Dichotomy between Lactobacillus rhamnosus and Klebsiella pneumoniae on cell dendritic phenotype and function // J. Mol. Med. — 2004. — Vol. 82, № 3. — P. 197-205.

136. Charteris W.P., Kelly P.M., Morelli L. et al. Antibiotic suscebility of potentially probiotic Bifidobacterium isolates from the human gastrointestinal tract // Letters in Applied Microbiol. — 1998. — Vol. 26, №5. —P. 333 337.

137. Clinical Ecology, American College Physicians // Ann.Intem.med. — 1989. — Vol. Ill, №2, —P. 168-178.

138. Collado et al. Imbalances in faecal and duodenal Bifidobacterium species composition in active and non-active coeliac disease // BMC Microbiol. — 2008. — Vol. 8. —P. 232.

139. Cummings J.H., Antoine J.M., Azpiroz F. et al. PASSCLAIM—gut health and immunity // Eur. J. Nutr. — 2004. — Vol. 43, № 2. — P. 118-173.

140. Differential cytokine production in clonal macrophage and T cell lines cultured with bifidobacteria // J. Dairy Sc. — 1997. — Vol. 80. — P. 27132720.

141. De Roos N.M., Katan M.B. Effects of probiotic bacteria on diarrhea, lipid metabolism, and carcinogenesis: a review of papers published between 1988 and 1998 // American J. of Clinical Nutrition. — 2000. — Vol. 71. — P. 405 -411.

142. Determination of colonization resistance of the digestive tract by biotyping of Enterobacteriaceae // Epidemiology and Infection: Cambridge University Press, 1990.—Vol. 105. — P.355-361.

143. Devillard E., Mcintosh F.M., Paillard D. Differences between human subjects in the composition of the faecal bacterial community and faecal metabolism of linoleic acid // Microbiology. — 2009. — Vol. 155. — P. 513-520.

144. Dubuis Ch., Haas D. Cross-Species GacA-ControUed Induction of Antibiosis in Pseudomonads // Appl. Environ. Microbiol.— 2007. —• Vol. 73, №21. —P. 650-654.

145. Eckburg P.B., Bik E.M., Bernstein C.N. et al. Diversity of the human intestinal microbial flora // Scince. — 2005. — Vol. 308. — P. 1635-1638.

146. Estelle Devillard., Freda M. Mcintosh et al. Metabolism of Linoleic Acid by Human Gut Bacteria: Different Routes for Biosynthesis of Conjugated Linoleic Acid // J.Bacteriol. — 2007. — Vol. 189. — P. 2566-2570.

147. Ewaschuk J.B., Diaz H., Meddings L. et al. Secreted bioactive factors from Bifidobacterium infantis enhance epithelial cell barrier function // Am. J. Physiol. Gastrointest. Liver Physiol. — 2008. — Vol. 295. — P. 10251034.

148. Faber S.M. Are probiotics useful in irritable bowel syndrome? // J. Clin. Gastroenterol. — 2003. — Vol. 37, № 1. — P. 93-94.

149. McCracken V.J., Gaskins HR., Tannoek G.W. Probiotics and the immune system. Probiotics a critical review // Horizon Scientific Press, 1999. — P. 85-111.

150. Rousseaux C., Thuru X., Gelot A. et al. Lactobacillus acidophilus modulates intestinal pain and induces opioid and cannabinoid receptors // Nat. Med.—2007. —Vol. 13, — P. 35-7.

151. Zhao H.Y., Wang H.J., Lu Z. Intestinal microflora in patients with liver cirrhosis // Chin. J. Dig. Dis. — 2004. — Vol. 5, №2. — P. 64-70.

152. Finegold S.M., Mathisen C.E., George W.L. (ed. D.S.Mentges) Human intestinal microflora in health and disease // N.Y.: Acad. Press., 1983.—P. 355-446.

153. Gialdroni-Grassai G. Bacterial products as immunodulating agents // Int. Arch. Allergy and Appl. Immunol. 1985. — Vol. 76, № 1. — P. 119127.

154. Hamady M., Knight R. Microbial community profiling for human microbiome projects: Tools, techniques, and challenges // Genome Res. — 2009. —Vol. 19. —P. 1141-1152.

155. Hamilton-Miller J.M.T. Living in the post-antibiotic era: could the use of probiotics an effective strategy? // Microbiol, and infection. — 1997. — Vol. 3, № 1. —P.234-237.

156. Hancock R.E.W., Falla T.J. Antimicrobial peptides: broad-spectrum antibiotics from nature // Clin. Microbiol. Inf. — 1996, № 1. — P. 226-229.

157. Hansen-Wester I., Hensel M. Salmonella pathogenicity islands encoding type III secretion systems // Microb. Infect. — 2001. — Vol. 3. — P. 549590.

158. Hentschel U., Hacker J. Pathogenicity islands: the tip of the iceberg // Microb. Infect. — 2001. — Vol. 3. — P. 545-8.

159. Herget H.F., Herget. H. Das intestinale Immunsystem und seine Stimulation durch Symbioselenkung // Aufl.-Pascoe. — 1996. — 512 p.

160. Hermie J.M., Harmsen, Gerwin C. Raangs et al. Extensive Set of 16S rRNA-Based Probes for Detection of Bacteria in Human Feces // Appl. Envir. Microbiol. — 2002. — Vol. 68 — P. 2982-2990.

161. Holdeman L.V., Moore W.E.C. // Anaerobe. Laboratory manual. Blacksburg; Virginia, Polytechnic Institute and State University. — 1972.

162. Jihyun F. Kim., Haeyoung Jeong et al. Genome Sequence of the Probiotic Bacterium Bifidobacterium animalis subsp. lactis ADO 11 // Journal of Bacteriology. — 2009. — Vol. 191, № 6. — P. 1995.

163. Joseph F. Petrosino, Sarah- Highlander, Ruth Ann Luna, Richard A. Gibbsand, J. Versalovic. Metagenomic Pyrosequencing and Microbial Identification // Clinical Chemistry. — 2009. — Vol. 55. — P. 856-866.

164. Klein G., Pack A., Bonaparte C., Reuter G. Taxomony and physiology of probiotic acid bacteria // Int. J. Food Microbiol. — 1998, № 41. — P. 103125.

165. Klijn A. Mercenier A. Arigoni F. Lessons from the genomes of bifidobacteria // FEMS Microbiol. Rev. — 2005. — Vol. 29, № 3. — P. 491-509.

166. Kovatcheva-Datchary P. et al. Tools for the tract: understanding the functionality of the gastrointestinal tract // Therapeutic Advances in Gastroenterolog. — 2009. — № 2. — P. 9-22.

167. LaFleur Michael D., Qingguo Qi. et al. Patients with Long-Term Oral Carriage Harbor High-Persister Mutants of Candida albicans //Antimicrobial Agents and Chemotherapy. — 2010. — Vol. 54, № 1. — P. 39-44.

168. Lammers K.M., Brigidi P., Vitali B. et al. Immunomodulatory effects of probiotic bacteria DNA: IL—1 and IL-10 response in human peripheral blood mononuclear cells // FEMS Immunol. Med. Microbiol. — 2003. — Vol. 22, № 38(2). — P. 165-720.

169. Leahy S.C., Higgins D.G, Fitzgerald G.F., van Sinderen D. Getting better with bifidobacteria // J. Appl. Microbiol. — 2005. — № 98. — P. 1303 -1315.

170. Leser T.D., M0lbak L. Better living through microbial action: the benefits of the mammalian gastrointestinal microbiota on the host // Environ. Microbiol. — 2009. — Vol. 11, №9. — P. 2194-206.

171. Mara D.D., Oragui J. Sorbitol-fermenting bifidobacteria as specific indicators of human faecal pollution // J. Appl. Bacteriol. — 1983. — Vol. 55, № 2. — P. 79-82.

172. Marin M., Murtha J., Ustunol Z., Ventura Marco, Reniero Roberto, Zink Ralf. Specific Identification and Targeted Characterization of

173. Bifidobacterium lactis from Different Environmental Isolates by a Combined Multiplex-PCR Approach //Appl. Environ. Microbiol. — 2001. — Vol. 67, № 6. — P. 2760-2765.

174. Martinez I., Wallace G., Zhang C., Legge R. et al. Diet-Induced Metabolic Improvements in a Hamster Model of Hypercholesterolemia Are Strongly Linked to Alterations of the Gut Microbiota // Appl. Envir. Microbiol. — 2009. — Vol.75. — P. 4175-4184.

175. Masahira Hattori, Todd D. Taylor. The Human Intestinal Microbiome: A New Frontier of Human Biology // DNA Research. — 2009. Vol. 16, № 1. —P.l-12.

176. Matsuki T., Watanabe K., Fujimoto J. et al. Use of 16S rRNA gene-targeted group-specific primers for real-time PCR analysis of predominant bacteria in human feces // Appl. Environ. Microbiol. — 2004. — Vol. 70, №12. — P. 7220-8.

177. Matsuki T., Watanabe K., Tanaka R. Genus-and species-specific PCR primers for the detection and identification of bifidobacteria // Curr. Issues Intest. Microbiol. — 2003. — Vol. 4. — P. 61-69.

178. McCartney A.L., Wenzhi W., Tannock G.W. Molecular analysis of the composition of the bifidobarterial and lactobacillus microflora of humans // Appl. Environ. Microbiol. — 1996. — Vol. 62. — P. 4608-4613.

179. Miettinen M., Lehtonen A., Julkunen I., Matikainen S. Lactobacilli and Streptococci activate NF-kappa B and STAT signaling pathways in human macrophages // J. Immunol. — 2000. — Vol. 164, № 7. — P. 3733^0.

180. Misra A., Kuila R. Antimicrobial substances from Bifidobacterium bifidum. // Indian J. Dairy Sc. — 1995. — Vol. 48. — P 612-614.

181. Morowitz M.J., Poroyko V., Caplan M. et al. Redefining the Role of Intestinal Microbes in the Pathogenesis of Necrotizing Enterocolitis // Pediatrics. — 2010. — Vol. 125. — P. 777-785.

182. Nebra Y., Bonjoch X., Blanch Anicet R. Use of Bifidobacterium dentium as an Indicator of the Origin of Fecal Water Pollution // Appl Environ Microbiol. — 2003. — Vol. 69, №5 — P. 2651-2656.

183. Perez P.F., Minnaard, Y., Disalvo E.A. Surface properties of bifidobacterial strains of human origin // Applied and Environmental Microbiology. — 1998 — Vol. 64. — P. 21 26.

184. Rolfe R.D. The role of probiotic cultures in the control of gastrointestinal health // J. of Nutrition. — 2000. — Vol. 130, № 2S. — P. 396- 402.

185. Roy D., Berger J.L., Reuter G. Characterization ofdairyrelated Bifidobacterium spp. based on their beta-galactosidase electrophoretic patterns // Int. J. Food Microbiol. — 1994. — Vol. 23. — P. 55-70.

186. Ruth E. Ley, Hamady Micah et al. Evolution of Mammals and Their Gut Microbes//Science. — 2008. — Vol. 320, №. 5883, —P. 1647- 1651.

187. Sakata S., Kitahara M., Sakamoto M. et al., Unification of Bifidobacterium infantis and Bifidobacterium suis as Bifidobacterium longum // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. — 2002. — Vol. 52. — P. 1945 1951.

188. Savage D.C., Zink R. Overview of the association of microbes with epithelial surfaces // Microecol. Therapy. — 1984. — Vol. 14. — P. 167171.

189. Schmidt G. Basis features of the stress response in the three species of bifidobacteria: B. longum, B. adolescentis and B. Breve // International J. of Food Microbiol. — 2000. — Vol. 54. —P. 41 -45.

190. Seaton A., MacNee W., Donaldson K. Particulate air pollution and accute health effects // Lancet. — 1995.—Vol. 345, № 2.—P. 176-178.

191. Sekirov. I., Finlay B.B. The role of the intestinal microbiota in enteric infection // J. Physiol. — 2009. — Vol. 587. — P. 4159-4167.

192. Sepp E., Voor Т., Julge K., et al. Does the composition if intestinal microbiota depend on the year of birth? // Журн. «Клиническое питание».—2007. -№1-2:—С. All.

193. Servin A.L. Antagonistic activities of lactobacilli and bifidobacteria against microbial pathogens // FEMS Microbiol. Rev. — 2004. — Vol. 28,-№4. — P. 405-40.

194. Sharma R., Young C., Mshvildadze M. et al. Intestinal Microbiota: Does It Play a Role in Diseases of the Neonate? // NeoReviews. — 2009. — № 10. — P. 166-179.

195. Shenderov B.A. Modern condition and prospective host microecology investigation // Журн. «Клиническое питание». — 2007. — №1-2. — С. А12.

196. Silva М., Jacobus N.V., Deneke С., Gorbach S.L. Antimicrobial substance from a human Lactobacillus strains // Antimicrob. Agents Chemother. — 1987, —Vol. 31. —P. 1231-1233.

197. Simpson P.J., Ross R.P., Fitzgerald .G.F., Santon C. Bifidobacterium psychroaerophilum sp. nov. and Aeriscardovia aeriphilla gen. nov., sp. nov., isolaited from porsine ceacum // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. — 2004. — Vol. 54.—P. 401 -406.

198. Stach J.E.M., Maldonado L.A., Ward A.C. et al. New primers for the class Actinobacteria; application to marine and terrestrial environments // Environ. Microbiol. — 2003. — Vol. 5. — P. 828-841.

199. Stackebrandt E., Rainey F.A., Ward-Rainey N.L. Proposal for a new hierarchic classification system, Actinobacteria classis nov. // Int. J. Syst. Bacteriol. — 1997. —№ 47. P. 479-491.

200. Steen G. Stahlhut, Chattopadhyay Sujay et al. Population Variability of the FimH Type 1 Fimbrial Adhesin in Klebsiella pneumoniae // Journal of Bacteriology. — 2009. — Vol. 191.—№.6. —P. 1941-1950.

201. T. de Sablet., Chassard C.et al. Human Microbiota-Secreted Factors Inhibit Shiga Toxin Synthesis by Enterohemorrhagic Escherichia coli 0157:H7 // Infect. Immun. — 2009. — Vol. 77. — P. 783-790.

202. Takahashi Т., Nakagawa E., Nara T. et al. Effect of orally ingested Bifidobacterium longum on the mucosal IgA response to mice dietary antigens // Biosci Biotechnol Biochem. — 1998. —№62. — P. 10-15.

203. Takahiro Matsuki et al. Quantitative PCR with 16S rRNA-Gene-Targeted Species-Specific Primers for Analysis of Human Intestinal Bifidobacteria // Appl Environ Microbiol. —2004. —Vol. 70, №1. — P. 167-173.

204. Tannock G.W. Probiotics: A critical ' review. — URL: http://www.horisonpress.com/hsp/pro.html. (Дата обращения: 01.09.2009).

205. Turck D., Bernet J.P., Marx J. et al. Incidence and risk factors of oral antibiotic-associated diarrhea in outpatient pediatric population // J. Pediatr. Gastroenterol. Nutr. — 2003. — Vol. 37, № 1. — P. 22-26.

206. Turroni F., Ribbera A., Foroni E. Human gut microbiota and bifidobacteria: from composition to functionality //Antonie Van Leeuwenhoek. — 2008. — Vol. 94, №1 — P. 35-50.

207. Turroni F., Marchesi J.R., Foroni E. et al. Microbiomic analysis of the bifidobacterial population in the human distal gut // ISME J. — 2009. — Vol 3, №6 —P. 745-51.

208. Ueli von Ah, Mozzetti Valeria, Lacroix Christophe. Classification of a moderately oxygen-tolerant isolate from baby faeces as Bifidobacterium thermophihim // BMC Microbiol. — 2007. — Vol. 7. — P. 79.

209. Van der Waaij D. The immunoregulation of the intestinal flora: experimental investigation on the development and the composition of the microflora in normal and thymusless mice // Microecol. Therapy. — 1984. — Vol. 14. —P. 197-201.

210. Veckman V., Miettinen M., Matikainen S. et al. Lactobacilli and streptococci induce inflammatory chemokine production in human macrophages that stimulates Thl cell chemotaxis // J. Leukoc. Biol. — 2003. — Vol. 74, № 3. — P. 395-402.

211. Ventura M., Meylan V., Zink R. Identification and traicing of Bifidobacterium srecies by use of enterobacterial repetitive intergenic consensus sequences // Appl.and Enviromental microbiology. — 2003. — Vol. 69, № 7. — P. 4296-4301.

212. Versalovic J., Relman D. How bacterial communities expand functional repertoires? // PLOS Biology. — 2006. — № 4 — P. 2193-2195.

213. Virmeet V., Singh, Phillip P. Toskes. Small bowel Bacterial Owergrowth: Presentation? Diagnosis, and treatment // Current Gastroenterology Reports. — 2003. —P. 365-372.

214. Yasui H., Nagaoka N., Mike A. et al. Detection of Bifidobacterium strains that induce large quantities of IgA // Microbiol. Ecol. in Health Dis. — 1992. —Vol. —P. 155-162.

215. Yasui H., Ohwaki M. Enhancement of immune response in Peyer's patch cells cultured with Bifidobacterium breve // J Dairy Sei. — 1991. — Vol.74. —P. 1187-1195.

216. Yeung P.S.M., Sanders M.E., Kitts C.L. et al. Species-specific identification of commercial probiotic strains // J. Dairy Sei. — 2002. — № 85. — P. 1039-1051.

217. Yildirim Z., Johnson M. Characterization and antimicrobial spectrum of Bifidocin B a bacteriocin produced by Bifidobacterium bifidum NCFB 1454//J. Food Prot. — 1998. —Vol. 61. —P. 47-51.

218. Zoetendal E.G., Rajilic-Stojanovic M., de Vos W.M. High-throughput diversity and functionality analysis of the gastrointestinal tract microbiota // Gut. —2008,—№57. —P. 1605-1615.

219. Zoetendal E.G., Cheng B., Koike S., Mackie R.L. Molecular microbial ecology of the gastrointestinal tract from phytogeny to function // Curr. Issues Intest. Microbiol. — 2004. — № 5. — P. 31 -45.

220. Список основных сокращенийа.а. антагонистическая активность

221. ААД антибиотик-ассоциированная диарея

222. АБ антибактериальные препараты

223. БПТ Байкальская природная территория

224. ЖКТ желудочно-кишечный тракт

225. ЗЗР зона задержки роста микроорганизмов

226. ИЗА индекс загрязнения атмосферы

227. КОЕ колониеобразующие единицы

228. КР колонизационная резистентность

229. МГНК метод гибридизации нуклеиновых кислот

230. НКП нормальная кишечная палочка

231. ПДК предельно допустимая концентрация