Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Роль сайтов взаимодействия ДНК с комплексом стероидный гормон - аполипопротеин A-I в регуляции транскрипции

ВАК РФ 03.00.04, Биохимия

Автореферат диссертации по теме "Роль сайтов взаимодействия ДНК с комплексом стероидный гормон - аполипопротеин A-I в регуляции транскрипции"

На правах^укописи

Величко Елена Юрьевна

РОЛЬ САЙТОВ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ДНК С КОМПЛЕКСОМ СТЕРОИДНЫЙ ГОРМОН - АПОЛИПОПРОТЕИН А-1В РЕГУЛЯЦИИ

ТРАНСКРИПЦИИ

03.00.04 - биохимия 03.00.03 - молекулярная биология

АВТОРЕФЕРАТ

диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук

О 5 ДЕК 2008

Новосибирск - 2008

003454257

Работа выполнена в Государственном учреждении Научно-исследовательском институте биохимии СО РАМН, г. Новосибирск

Научные руководители:

академик РАМН,

доктор медицинских наук, профессор Панин Лев Евгеньевич

доктор биологических наук Гимаутдинова Ольга Ивановна

Официальные оппоненты:

доктор биологических наук Гришанова Алевтина Юрьевна

доктор биологических наук Усынин Иван Федорович

Ведущая организация: Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, г. Новосибирск

Защита диссертации состоится « /<? 2008 г.

в (0 часов на заседании диссертационного совета Д 001.034.01 в Государственном учреждении Научно-исследовательском институте биохимии СО РАМН по адресу: 630117, г. Новосибирск, ул. Академика Тимакова, 2

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Государственного учреждения Научно-исследовательского института биохимии СО РАМН

Автореферат разослан « /Г » 2008 г.

Ученый секретарь диссертационного совета,

кандидат биологических наук Г.С. Русских

Общая характеристика работы

Актуальность темы. Данная работа посвящена изучению молекулярных механизмов гормональной регуляции транскрипции. Известно, что адаптивные свойства гормонов, как правило, реализуются через взаимодействие с геномом клетки, приводя к усилению экспрессии или, напротив, к супрессии отдельных генов. Несмотря на пристальное внимание ученых к данной проблеме многие этапы этого взаимодействия до сих пор неясны. Достаточно полно изучены молекулярные механизмы индукции ключевых ферментов глюконеогенеза при участии гормонов пучковой зоны коры надпочечников и цитозольного рецептора этих гормонов (Mangelsford D. J. et al., 1995; Libri V. et al., 2004). Однако механизмы взаимодействия гормон-рецепторных комплексов с ДНК изучены недостаточно.

В Институте биохимии СО РАМН ранее было открыто явление стимуляции резидентными макрофагами биосинтеза белка в паренхимных клетках органов и тканей в процессе регенерации, в котором принципиальную роль играли стероидные гормоны и липопротеины высокой плотности 3 подкласса (ЛПВП3) (Панин Л.Е., Усынин И.Ф., Харьковский А.В., 1994; 1999). Показано, что функцию переносчика стероидных гормонов в ядра клеток в данном механизме выполняет аполипопротеин A-I (апоА-I) (Панин Л.Е. и др., 1992). Образование биологически активного комплекса стероидный гормон-аполипопротеин A-I протекает в резидентных макрофагах. Затем осуществляется перенос данного комплекса в ядра соматических клеток, где он взаимодействует с депротеинизированными участками ДНК с последующим усилением экспрессии генов. Молекулярные механизмы данного явления во многом еще не раскрыты. К ним следует отнести определение сайтов взаимодействия комплексов стероидный гормон-аполипопротеин A-I с ДНК и их роль в активации транскрипции. Так, ранее было показано, что комплекс стероидный гормон (тетрагидрокортизол, дегидроэпиандростерон-сульфат)-аполипопротеин A-I взаимодействует преимущественно с GCC/CGG-последовательностями в изолированной ДНК (Панин Л.Е. и др., 2002; Panin L.E. et. al., 2003). Однако ряд деталей этого взаимодействия можно выяснить только на синтетических олигонуклеотидах, а не на нативной ДНК. Сегодня это важное и недостающее звено в изучении не только механизмов усиления экспрессии генов, но и копирования ДНК. Решение этих вопросов чрезвычайно актуально для понимания молекулярных механизмов гормональной индукции синтеза белков, их роли в процессах регенерации и пролиферации клеток.

Цель и задачи исследования

Целью данного исследования являлось изучение молекулярных механизмов действия комплексов стероидный гормон (тетрагидрокортизол, кортизол)-аполипопротеин A-I на вторичную структуру синтетических олигонуклеотидов вида (gCC)n и их комплементарных дуплексов, а также на транскрипцию ДНК крысы.

Для достижения поставленной цели необходимо было решить следующие задачи:

1. Установить возможные нуклеотидные последовательности сайтов связывания комплексов стероидный гормон-апоА-I (где стероидный гормон -ТГК или кортизол) с ДНК. Определить устойчивость их к действию ДНКазы I и нуклеазы S1 после взаимодействия с комплексом тетрагидрокортизол-апоА-1;

2. Изучить воздействие комплексов стероидный гормон-апоА-I (где стероидный гормон - ТГК или кортизол) на вторичную структуру синтетических олигонуклеотидов и их комплементарных дуплексов;

3. Оценить влияние метилирования олигонуклеотидов вида (gCC/ggC)„ на их взаимодействие с комплексом стероидный гормон-апоА-1;

4. Исследовать влияние комплексов стероидный гормон-апоА-I на транскрипцию ДНК in vitro.

Научная новизна работы

Впервые определены минимально достаточные нуклеотидные последовательности, специфично взаимодействующие с комплексом тетрагидрокортизол-аполипопротеин A-I. Найдены концевые нуклеотиды последовательностей, усиливающие связывание с указанным комплексом. Показано, что последовательность, связывающая комплекс тетрагидрокортизол-аполипопротеин A-I и недоступная действию нуклеаз, представляет собой 5'-gg(Cgg)jT3.

Впервые показано, что метилирование оснований в нуклеотидах CpG не препятствует связыванию олигонуклеотидного дуплекса вида gCC/ggC с комплексом ТГК-апоА-I. На модельных олигонуклеотидных дуплексах AnCC(gCC)3*gg(Cgg)3Tn (п=0, 3 и 6) доказано «расплетающее» действие комплекса ТГК-апоА-1.

Впервые показано, что комплекс тетрагидрокортизол-аполипопротеин A-I дозозависимо активирует транскрипцию ДНК крысы in vitro, выполняя роль, подобную роли транскрипционного фактора, изменяющего структуру ДНК в сайтах связывания, в процессе транскрипции.

Теоретическая и практическая значимость работы

Полученные данные вносят существенный вклад в понимание молекулярных механизмов гормональной регуляции синтеза белков в соматических клетках. Показано, что важную роль в этих механизмах играет такой адресный переносчик стероидных гормонов в ядра клеток как аполипопротеин A-I. Определение минимально достаточного сайта связывания ДНК с комплексом стероидный гормон-аполипопротеин A-I и особенности их взаимодействия существенно дополняют современные представления о структурно-функциональной организации генома эукариот. Полученные данные раскрывают новые механизмы гормональной регуляции экспрессии генов, их роли в регенерации и пролиферации клеток, в том числе, и при опухолевых процессах. Полученные результаты могут быть использованы при обосновании новых методов коррекции и лечения как пролиферативных, так и дегенеративно-деструктивных процессов в органах и тканях.

Основные положения, выносимые на защиту

1. Аполипопротеин A-I в составе комплекса со стероидными гормонами (где стероидный гормон - ТГК или кортизол) имеет высокое сродство как к природной ДНК, так и к GC-богатым синтетическим олигодезоксирибонуклеотидам разного состава.

2. Связывание комплекса ТГК-апоА-I с олигонуклеотидными дуплексами вида (gCC/Cgg)n приводит к образованию одноцепочечных (S1-нуклеазочувствительных) участков. Метилирование оснований в нуклеотидах не препятствует связыванию комплекса ТГК-апоА-I с комплементарным дуплексом.

3. Минимально достаточная для связывания комплекса ТГК-апоА-1 нуклеотидная последовательность, недоступная действию S1 нуклеазы и ДНКазы I, представляет собой олигонуклеотид gg(Cgg)3T3.

4. Транскрипция in vitro ДНК крысы, катализируемая РНК-полимеразами белкового экстракта ядер из клеток печени, дозозависимо активируется комплексом ТГК-апоА-I; но при 200-кратном мольном избытке комплекса транскрипция ингибируется полностью.

Апробация работы и публикации

Материалы диссертации изложены в 4 публикациях и были представлены на международной школе молодых ученых (BGRS, Новосибирск, 2005 г.), доложены на ученом совете Института Биохимии СО РАМН.

Структура и объем работы: диссертация изложена на 137 страницах машинописного текста, включая 2 таблицы и 22 рисунка. Работа состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследований, результатов собственных исследований, обсуждения результатов, заключения, выводов и списка цитируемой литературы. Список литературных источников содержит 195 ссылок, включая 57 отечественных.

ОСНОВНЫЕ МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

1. Выделение ЛПВП методом изоплотностного ультрацентрифугирования (Hatch F. Т., Less R. S., 1968).

2. Выделение апоА-I из апоЛПВП методом электрофореза по Лэммли (Laemmli U. К., 1970) в препаративном варианте.

3. Выделение нативной ДНК из печени крысы линии Вистар (Karlinsey J. et al., 1989).

4. Выделение белкового экстракта из ядер клеток печени крысы по (Dignam J. D. et al., 1983) с собственными модификациями.

5. Аффинная хроматография олигонуклеотидов.

6. Введение 32Р-метки в олигонуклеотиды (Маниатис Т. и др. 1984).

7. Титрование растворов олигонуклеотидов, комплементарных дуплексов и ДНК комплексами стероидный гормон-апоА-I (Гимаутдинова О. И. и др., 1998).

8. Ферментативный анализ структуры олигонуклеотидов, ДНК и их продуктов с применением нуклеазы S1 (Vogt V.M., 1973), ДНКазы I (Sambrook J., et al., 1989), метилазы M.Fsp4HI и рестриктазы Fsp4HI (Zingg J. M., Jones P. A., 1997; Власова Т. И. и др., 1996).

9. Реакция транскрипции на матрицах ДНК крысы и хроматина in vitro.

10. Электрофорез олигонуклеотидов, ДНК и РНК в полиакриламидном геле.

ОСНОВНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ РАБОТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

Полное описание результатов приведено в диссертации, в автореферат вынесены результаты, определяющие теоретическую и практическую значимость, а также новизну исследования.

Ранее было показано влияние комплексов стероидный гормон—апоА-I (где стероидный гормон - ТГК или кортизол) на вторичную структуру ДНК, в состав которой входят исследуемые нами последовательности нуклеотидов (рис. 1) (Панин JI. Е., Гимаутдинова О. И. и др., 1998), поэтому можно было ожидать аналогичное воздействие на олигонуклеотиды и их комплементарные дуплексы.

Взаимодействие олигонуклеотидов и их комплементарных дуплексов с комплексами ТГК-апоА-I или кортизол-апоА-1

В эксперименте были использованы два вида GC-олигонуклеотидов: содержащие Ап или ^-последовательности на 5'- и З'-концах, соответственно (рис. 1).

Г1 - 5'-CC(gCC)3 Г2 - 5"-gg(Cgg)3

Г1А6 - 5'-A6CC(gCC)3 Г2Т6 - 5'-gg(Cgg)3T6 ПАЗ - 5'-A3CC(gCC)3 Г2ТЗ - 5--gg(Cgg)3T3 ONl-5'-CC(gCC)5

ON2 - 5' -pATCTTTAACTGATGA ACTTCT ON3 - 5' -pTGCCTGG AGCTGCTTG ATGC

Рис 1. Нуклеотидные последовательности использованных в работе олигонуклеотидов, моделей сайтов связывания ДНК с комплексом ТГК-апоА-1.

Последовательность (gCC)3 является регуляторной (т.е. той последовательностью, с которой связываются транскрипционные факторы или другие регуляторные белки) для гена белка апоА-I человека (Перевозчиков А., 1997), а также встречается в промоторах других генов (Кузнецов П. А., 2004).

В нашей работе показано, что апоА-I способен связываться с олигонуклеотидами в составе комплекса с ТГК и кортизолом. Максимальным эффектом на структуру ДНК обладает комплекс состава 1 молекула белка - 2 молекулы гормона (Кузнецов П. А., 2004). Такой комплекс, по-видимому, обладает оптимальной конформацией для максимального воздействия на структуру ДНК.

На рис. 2 представлены данные по сродству олигонуклеотидов к комплексу ТГК-апоА-I (А и Б) и к комплексу кортизол-апоА-I (В) (стероидный гормон : белок - 2:1, моль/моль), полученных аффинной хроматографией на колонке с Сефарозой 4В с пришитыми поликлональными антителами к апоА-1 (синтезирована О. И. Гимаутдиновой).

Комплексы стероидный гормон-апоА1 (где стероидный гормон - ТГК или кортизол) связываются со всеми синтетическими

олигодезоксирибонуклеотидами разного состава и длины (рис. 1), используемыми в эксперименте, кроме Ti9 (рис. 2 А, Б, дор. 1, 6). Для данного

олигонуклеотида заметного связывания с комплексом ТГК-апоА-I обнаружено не было.

12345 67 89 10 11

А Б В

Рис. 2. Радиоавтографы 15% ПААГ после разделения электрофорезом Р32-олигонуклеотидов, элюированных с сорбента Сефароза-антиапоА1:апоА1-стероидный гормон (где стероидный гормон - ТГК или кортизол); ( ) - метка введена до аффинной хроматографии. В каждом опыте на колонку с аффинным сорбентом наносили одинаковое количество молей олигонуклеотидов.

А - сродство олигонуклеотидов к комплексу ТГК-апоА-1.

1. Т19;

2. "ONI (5'-CC(gCC)5);

3. ON2 (5'-pTGCCTGGAGCTGCTTGATGC);

4. ON3 (5' -pATCTTTAACTGATGAACTTCT);

5. ONI (5'-CC(gCC)5).

Б - сродство олигонуклеотидов к комплексу ТГК-апоА-1. 6 ^Т '

7. r219(5--gg(Cgg)3);

8. r2T3(5'-gg(Cgg)3T3);

9. r2T6(5--gg(Cgg)3T6).

В - сродство олигонуклеотидов к комплексу кортизол-апоА-1.

10. Г2ТЗ;

11. Г2Т6.

Наибольшим сродством к комплексу ТГК-апоА-1 обладают олигонуклеотиды, содержащие Тп на З'-конце (Г2ТЗ и Г2Т6), т.к. на радиоавтографе обнаруживалось наиболее заметное их присутствие (рис. 2 Б, дор. 8, 9). Также обнаружено связывание Т„-содержащих олигонуклеотидов (Г2ТЗ и Г2Т6) с апоА-I в комплексе с другим стероидным гормоном -кортизолом, но в меньшей степени (рис. 2 В, дор. 8-10 и 9-11).

Из рис. 2 можно заключить, что электрофоретические подвижности в 15% ПААГ исследуемых олигонуклеотидов, соотнесенные с маркерными красителями ХС и BP, соответствуют литературным (Мазин А. В., Кузнеделов К. Д., 1986).

Изменение чувствительности к нуклеазе и ДНКазе I олигонуклеотидов и их комплементарных дуплексов под влиянием комплексов ТГК-апоА-1 или кортизол-апоА-1

Предварительная обработка ДНК комплексом апоА-1 - стероидный гормон (кортизол и ТГК, АС, ДЭА, ДЭАС) приводит к появлению дополнительных 81-нуклеазочувствительных участков (Кузнецов П. А., 2004) и защищает от действия ДНКазы I.

Корттол Тетрагвдрокорттол

(метаболит кортизола)

Рис. 3 Структура стероидных гормонов, которые использовались в данной работе

Проведенные нами эксперименты показали, что инкубация с комплексом ТГК-апоА-1 дуплексов комплементарных олигонуклеотидов приводит к появлению Б1-нуклеазочувствительных участков, чего не наблюдается для необработанных комплексом ТГК-апоА-1 комплементарных дуплексов. Олигонуклеотиды, имеющие Ап-последовательности на 5'-конце, оказались более подвержены гидролизу нуклеазой и ДНКазой I, чем олигонуклеотиды, имеющие Т„-последовательности на 3'-конце или олигонуклеотиды, не имеющие Тп- и Ап-последовательностей на 3'- и 5'-концах, соответственно.

При предварительной обработке комплементарных дуплексов комплексом кортизол-апоА-1 не наблюдалось появления Б1-нуклеазочувствительных участков. По-видимому, различие в действии комплексов апоА-1 с ТГК и кортизолом связано с отсутствием ОН-группы в А-кольце у кортизола (рис. 3), что приводит к другой конформации комплекса стероидный гормон-апоА-1.

Ниже представлены результаты гидролиза олигонуклеотидов (рис. 1) и их дуплексов, инкубированных с комплексами ТГК-апоА-1 (рис. 4 и 6) и кортизол-апоА-1 (рис. 5 и 7), нуклеазой и ДНКазой I.

Дуплекс Г1-Г2, образованный комплементарными олигонуклеотидами Г1 и Г2 (рис. 4, дор. 1), инкубировали с комплексом ТГК-апоА-1 при молярных соотношениях дуплекс : комплекс 1:0,5 (дор. 3) и 1:2 (дор. 4), затем обрабатывали нуклеазой (дор. 2, 3 и 4). Олигонуклеотиды Г1 и Г2 (рис. 4, дор. 5 и 9, соответственно) также предварительно инкубировали с комплексом ТГК-апоА-1 при молярных соотношениях дуплекс : комплекс 1:0,5 (дор. 7 и 11)

и 1:2 (дор. 8 и 12), затем обрабатывали нуклеазой S1 (дор. 6-8 и 10-12). Дорожки 1, 5 и 9 - контрольные.

Как следует из рис. 4, нуклеаза S1 практически полностью расщепляет однонитевые олигонуклеотиды Г1 (дор. 6) и Г2 (дор. 10), в то время как дуплекс П»Г2 остается негидролизованным (дор. 2), что соответствует литературным данным (Vogt V. М., 1973).

1 23456789 10 11 12

—ХС

—ВР

Продукты гидролиза нуклеазой_^

Рис. 4. Радиоавтограф 20% ПААГ после разделения электрофорезом продуктов гидролиза олигонуклеотидов Г1 и Г2 и их дуплекса Г1*Г2 нуклеазой в присутствии и в отсутствие комплекса ТГК-апоА-1.

1 .Г1-Г2 (5'-CC(gCC)з•5'-gg(Cgg)з);

2.Г1-Г2 (5'-СС(ёСС)з*5,-ёв(Сёё)з) + нуклеаза 81;

3.Г1-Г2 (5'-CC(gCC)з•5'-gg(Cgg)з) + [ТГК-апоА-1] + нуклеаза при молярном соотношении дуплекс : комплекс - 1:0,5;

4.Г1-Г2 (5'-СС(ёСС)з»5'^^)з) + [ТГК-апоА-1] + нуклеаза (1:2);

5.Г1 (5--СС(8СС)з);

6.Г1 (5'-СС(ёСС)3) + нуклеаза 51;

7.Г1 (5'-СС(8СС)з) + [ТГК-апоА-1] + нуклеаза 51, при молярном соотношении олигонуклеотид : комплекс - 1. 0,5;

8.Г1 (5'-СС(ёСС)3) + [ТГК-апоА-1] + нуклеаза Б1 (1:2);

9.Г2 (5'-ёё(СёВ)3);

10. Г2 + нуклеаза 51;

И. Г2 + [ТГК-апоА-1] + нуклеаза 51 (1:0,5);

12. Г2 (5' —+ [ТГК-апоА-1] + нуклеаза 51 (1:2).

Предварительная инкубация олигонуклеотидов Г1 и Г2 с комплексом ТГК-апоА-1 защищает их от действия нуклеазы 81 (рис. 4, дор. 7-8, 11-12), причем, чем выше концентрация комплекса, тем лучше защита. Данный вывод был сделан при сравнении интенсивности окрашивания пятен на радиавтографе в дорожках 7-8 и 11-12, в которых молярное соотношение олигонуклеотид : комплекс (где олигонуклеотид Г1 или Г2) увеличивается от 1:0,5 (дор. 7 и 11) до 1:2 (дор. 8

и 12), соответственно. При предварительной обработке дуплекса Г1-Г2 комплексом ТГК-апоА-1 наблюдается образование Б!-

нуклеазочувствительных участков, что видно по накоплению продуктов гидролиза в дор. 3 (рис. 4).

1 2 3 4 5 6

р

Продукты гидролиза нуклеазой

Рис. 5. Радиоавтограф 20% ПААГ после разделения электрофорезом продуктов гидролиза олигонуклеотида Г2 и дуплекса ГЬГ2 нуклеазой в присутствии и в отсутствие комплекса кортизол-апоА-1.

1.Г1-Г2 (5,-CC(gCC)з•5'-gg(Cgg)з) + [кортизол-апоА-1] при молярном соотношении дуплекс : комплекс, равном 1:2;

2.ГЬГ2 (5'-СС^СС)з*5'^0^)з) + [кортизол-апоА-1] + нуклеаза (1:2);

3.Г2 (5'-К(С88)3);

4.Г2 (5'-Вё(СёВ)3) + нуклеаза 81;

5.Г2 (5'-gg(Cgg)з) + [кортизол-апоА-1] + нуклеаза (1:2);

6.Г2 3) + [кортизол-апоА-1] + нуклеаза 81 (1:0,5).

Дуплекс Г1-Г2, инкубированный с комплексом кортизол-апоА-1 при молярном соотношении дуплекс : комплекс, равном 1:2 (рис. 5, дор. 1 и 2), обрабатывали нуклеазой 81 (дор. 2). Олигонуклеотид Г2 (рис. 5, дор. 3) инкубировали с комплексом кортизол-апоА-1 при молярных соотношениях олигонуклетид : комплекс 1:0,5 (дор. 6) и 1:2 (дор. 5), затем обрабатывали нуклеазой 81 (дор. 4). Дорожки 1 и 3 - контрольные.

Как следует из рис. 5, нуклеаза полностью расщепляет однонитевой олигонуклеотид Г2 (дор. 4), в то время как дуплекс Г1-Г2 остается негидролизованным (дор. 2). Для того, чтобы обнаружить возможные продукты гидролиза дуплекса Г1-Г2 нуклеазй Б1, на 2-ую дорожку (рис. 5) наносили 2-кратную пробу. Предварительная обработка олигонуклеотида Г2 комплексом кортизол-апоА-1 защищает его от действия нуклеазы 81 (дор. 5 и 6), причем при увеличении концентрации комплекса кортизол-апоА-1 увеличивается защита от действия нуклеазы, как это наблюдалось при инкубации Г2 с комплексом ТГК-апоА-1 (рис. 4, дор. 7-8, 11-12), т.к. увеличивается количество исходного негидролизованного Г2 при увеличении концентрации комплекса (рис. 5, сравн. дор. 5 и 6). При предварительной обработке дуплекса Г1»Г2 комплексом кортизол-апоА-1 не наблюдается образования 81-нуклеазочувствительных

участков (рис. 5, дор. 2) в отличие от взаимодействия этого же дуплекса с комплексом ТГК-апоА-1 (рис. 4, дор. 3-4).

2 3 4 5 6 7

8 9 10 11 12

—ХС

Фрагмент

Г2Т6 ->

■ВР

Рис. 6. Радиоавтограф 15% ПААГ после разделения электрофорезом в 6 М мочевине продуктов гидролиза олигонуклеотидов Г2Т6 и Г2 нуклеазой в присутствии и в отсутствие комплекса ТГК-апоА-1.

1. Г2Т6 (5'^(С5§)зТб) + [ТГК-апоА-1] + нуклеаза Э1, при молярном соотношении олигонуклеотид : комплекс - 1:4, соответственно;

2. Г2Т6 + [ТГК-апоА-1] + нуклеаза Б1 (1:2);

3. Г2Т6 (У^С^зТб) + [ТГК-апоА-1] + нуклеаза (1:0,5);

4. Г2 (5'-й(С№)3) + [ТГК-апоА-1] + нуклеаза Б1 (1:0,5);

5. Г2 (5'^^)3) + [ТГК-апоА-1] + нуклеаза (1:2);

6. Г2 (5' -gg(Cgg)з) + [ТГК-апоА-1] + нуклеаза 81(1:4);

7. Г2Т6 (5'-ёё(СёЕ)3Т6) + [ТГК-апоА-1] (1:2);

8. Г2 (5'-8ё(С86)3) + [ТГК-апоА-1] (1:2);

9. Г2Т6 (5'^(С®)зТ6) + нуклеаза Э1;

10. Г2 (б'^^вЬ) + нуклеаза Б1;

Н.Г2Т6(5'-ёё(Сёе)зТ6);

12.Г2(5--ёё(С8ё)з).

Аналогичные результаты были получены нами и для остальных олигонуклеотидов (рис. 1), использовавшихся в работе.

Олигонуклеотид Г2Т6 (рис. 6, дор. 11) предварительно инкубировали с комплексом ТГК-апоА-1 при молярных соотношениях олигонуклеотид : комплекс 1:0,5 (дор. 3), 1:2 (дор. 2) и 1:4 (дор. 1) и обрабатывали нуклеазой Б1. В контрольном эксперименте олигонуклеотид Г2Т6 инкубировали с комплексом ТГК-апоА-1 при молярном соотношении олигонуклеотид : комплекс, равном 1:2 (дор. 7), не подвергая гидролизу нуклеазой Б1.

Олигонуклеотид Г2 (рис. 6, дор. 12) обрабатывали нуклеазой 81 (дор. 10), предварительно инкубируя с комплексом ТГК-апоА-1 при молярных соотношениях олигонуклеотид : комплекс 1:0,5 (дор. 4), 1:2 (дор. 5) и 1:4 (дор. 6). В контрольном опыте олигонуклеотид Г2 инкубировали с комплексом ТГК-апоА-1 при молярном соотношении олигонуклеотид : комплекс, равном 1:2 (рис. 6, дор 8), не подвергая гидролизу нуклеазой Б1. Дорожки 11 и 12 содержат контрольные образцы олигонуклеотидов.

Как следует из рис. 6, обработка олигонуклеотидов комплексом ТГК-апоА-1 защищает их от действия нуклеазы 81 (дор. 1-6). При увеличении концентрации комплекса усиливается защита Г2 (дор. 4-6), в то время как для Г2Т6 (дор. 3-1)

наблюдается необычная закономерность. При увеличении концентрации комплекса олигонуклеотид более подвержен гидролизу нуклеазой Б1. Это можно увидеть при сравнении дорожек 3-1 и 4-6, в которых молярное соотношение олигонуклеотид : комплекс увеличивается от 1:0,5 до 1:4, соответственно.

1 234 56789 10

Рис. 7. Радиоавтограф 15% ПААГ после разделения электрофорезом олигонуклеотидов Г1А6, Г2Т6 и их дуплекса Г1А6»Г2Т6, инкубированных с комплексом стероидный гормон-апоА-I (где стероидный гормон ТГК или кортизол) и нуклеазами S1 (Vogt V.M., 1973) и ДНКазой I (время инкубации 2 часа).

1. Г1А6-Г2Т6 (5'-A6CC(gCC)3»5'-gg(Cgg)3T6) + [ТГК-апоА-1] + ДНКаза I, при молярном соотношении дуплекс : комплекс - 1:0,5, соответственно;

2. Г1А6»Г2Т6 (5,-A6CC(gCC)3.5'-gg(Cgg)3T6) + [ТГК-апоА-1] + ДНКаза I, (1:2);

3. Г1А6 (5'-A6CC(gCC)3) + [ТГК-апоА-1] + нуклеаза S1, при молярном соотношении олигонуклеотид : комплекс-(1:0,5);

4. ПА6 (5~-A6CC(gCC)3) + [ТГК-апоА-1] + S1, (1:2);

5. Г2Т6 (5' -gg(Cgg)3T6) + [ТГК-апоА-1] + S1, (1:0,5);

6. Г2Т6 (5'-gg(Cgg)3T6) + [ТГК-апоА-1] + S1, (1:2);

7. Г1А6-Г2Т6 (5'-A6CC(gCC)3.5--gg(Cgg)3T6) + [ТГК-апоА-1] (1:0,5);

8. Г1А6 (5"-A6CC(gCC)3);

9. r2T6(5'-gg(Cgg)3T6);

10. Г1А6-Г2Т6 (5'-A6CC(gCC)3»5'-gg(Cgg)3T6)+ [кортизол-апоА-I] (1:0,5).

Кроме этого наблюдается образование фрагмента Г2Т6, связывающего комплекс ТГК-апоА-1, и недоступного действию нуклеазы S1 (рис. 6, дор. 3).

Дуплекс Г1А6-Г2Т6 инкубировали с комплексом ТГК-апоА-1 при молярных соотношениях дуплекс : комплекс 1:0,5 (рис. 7, дор. I) и 1:2 (дор. 2), затем обрабатывали ДНКазой I. Дуплекс Г1А6*Г2Т6 инкубировали с комплексами ТГК-апоА-1 или кортизол-апоА-I при молярном соотношении дуплекс : комплекс, равном 1:0,5 (рис. 7, дор. 7 и 10, соответственно) не подвергая их гидролизу нуклеазами. Олигонуклеотиды Г1А6 и Г2Т6 (рис. 7, дор. 8 и 9, соответственно) инкубировали с комплексом ТГК-апоА-1 при молярных соотношениях олигонуклеотид : комплекс 1:0,5 (дор. 3 и 5) и 1:2 (дор. 4 и 6), затем обрабатывали нуклеазой S1.

Как следует из рис. 7, обработка дуплекса Г1А6*Г2Т6 комплексом ТГК-arroA-i (дор. 7) приводит к «расплетанию» дуплекса Г!А6*Г2Т6. Это подтверждается образованием олигонуклеотидов, имеющих одинаковую с

исходными олигонуклеотидами Г1А6 (дор. 8) и Г2Т6 (дор. 9) электрофоретическую подвижность. В то же время обработка данного дуплекса комплексом кортизол-апоА-1 (дор. 10) не приводит к такому результату.

123456789 10

ХС ВР

продукты гидролиза ДНКазой I

метка у[32Р]АТР

Рис. 8. Радиоавтограф 15% ПААГ после разделения электрофорезом в 6 М мочевине олигонуклеотидов Г1А6 и Г2Т6 и дуплекса Г1А6*Г2Т6, инкубкированных с комплексом ТГК-апоА-1 и ДНКазой 1 (время инкубации 30 мин.).

1. Г1А6 (5'-А6СС^СС)э);

2. Г1А6 (5' -АбСС^СС)3) + ДНКаза I (0,75 нг/мл реакционной смеси);

3. Г1А6 (5'-АбСС(§СС)3) + ДНКаза I (0,5 нг/мл реакционной смеси);

4. Г1А6 (5'-АбСС(§СС)3) + [ТГК-апоА-1] + ДНКаза 1(0,5 нг/мл реакционной смеси), при молярном соотношении олигонуклеотид : комплекс - 1:0,5;

5. Г2Т6 (5' -gg(Cgg)зTб) + ДНКаза I (0,75 нг/мл реакционной смеси);

6. Г2Т6 (5'-gg(Cgg)зTб) + ДНКаза I (0,5 нг/мл реакционной смеси);

7. Г2Т6 (5' -gg(Cgg)зT6) + [ТГК-апоА-1] + ДНКаза 1(0,5 нг/мл реакционной смеси), (1:0,5);

8. Г1А6-Г2Т6 (5'-А6СС(ёСС)3«5' -gg(Cgg)зT6) + ДНКаза I (0,75 нг/мл реакционной смеси);

9. Г1А6-Г2Т6 (5'-A6CC(gCC)3•5'-gg(Cgg)зT6) + ДНКаза I (0,5 нг/мл реакционной смеси);

10. Г1А6-Г2Т6 (5■-A6CC(gCC)з•5^-gg(Cgg)зT6) + [апоА-1 -ТГК] + ДНКаза I (0,5 нг/мл реакционной смеси), (1:0,5).

Из рис. 7 также следует, что олигонуклеотид Г1А6 гидролизуется легче, чем Г2Т6 (сравн. дор. 3 и 5). Вероятно, это связано со стабилизацией самокомплементарных §С-структур Тп-последовательностью, находящейся на 3'-конце.

Олигонуклеотиды Г1А6 (рис. 8, дор. 1) и Г2Т6 инкубировали с комплексом ТГК-апоА-1 при молярном соотношении олигонуклеотид : комплекс, равном 1:0,5 (дор. 4 и 7, соответственно) и обрабатывали ДНКазой I при концентрации ДНКазы I 0,5 нг/мл реакционной смеси (рис. 8, дор. 4 и 7). Известно, что 0,5 мкг свежего фермента ДНКазы I полностью разрушают 5 мг ДНК тимуса теленка за 10 мин. при комнатной температуре (БаглЬгоок I., й а!., 1989), т.е. реакционные смеси содержали фермент в количестве, достаточном для полного гидролиза олигонуклеотида (менее 50 нг). Аналогичный эксперимент проводили с дуплексом Г1А6-Г2Т6 (рис. 8, дор. 8-10).

Как следует из рис. 8, Г1А6 в отсутствие комплекса гидролизуется полностью в выбранных условиях (дор. 1-3) и несколько защищается комплексом ТГК-апоА-1 (дор. 4), тогда как Г2Т6 мало подвержен разрушению ДНКазой I (дор. 5-7).

Известно, что ДНКаза I гидролизует связи пурин-пиримидин (БашЬгоок ]., е1 а1., 1989). При поиске сведений о строгой нуклеотидной специфичности данного фермента в литературных источниках нами ничего не было найдено. Таким образом, можно сказать, что §С-структуры, содержащие А„-последовательности (где п=3 или 6) на 5'-конце, гидролизуются ДНКазой I в выбранных условиях эффективно (рис. 7, дор. 1-4), тогда как §С-структуры, содержащие Т„-последовательности (где п=3 или 6) на З'-конце, меньше подвержены разрушению ДНКазой I (рис. 8, дор. 5-7). Вероятно, это связано со стабилизацией самокомплементарных §С-структур Тп-последовательностью.

Нами было обнаружено, что при метилировании комплементарных олигонуклеотидных дуплексов, выявленных в составе ДНК и используемых в данной работе, способность комплекса ТГК-апоА-1 защищать их от действия ДНКазы I усиливается, т.е. метилирование оснований в комплементарных дуплексах не препятствует связыванию с комплексом ТГК-апоА-1.

Из литературных данных известно, что в эукариотических клетках степень метилирования ДНК часто коррелирует со степенью экспрессии гена (Гвоздев В. А., 1996). Показано, что метилируется, в основном, цитозин, находящийся после гуанозина, образуя 5-метилцитозин (ТеИБсЬ А., 2002). Для метилирования олигонуклеотидов использовали М.Рэр4Н1 - фермент, катализирующий метилирование азотистых оснований в gC-coдepжaщиx последовательностях. Для подтверждения факта метилирования ДНК или олигонуклеотидных дуплексов использовали рестиктазу Бзр4Н1 - фермент, расщепляющий ДНК по неметилированным §С-содержащим последовательностям.

На рис. 9 представлены результаты гидролиза ДНКазой I и рестриктазой Рзр4Н1 неметилированного и метилированного дуплекса Г1АЗ»Г2ТЗ в присутствии или в отсутствие комплекса ТГК-апоА-1.

Дуплекс Г1АЗ«Г2ТЗ инкубировали с ДНКазой I (рис. 9, дор. 4) или рестриктазой Рзр4Н1 (дор. 5), предварительно обработав комплексом ТГК-апоА-1 при молярном соотношении дуплекс : комплекс, равном 1:4 (дор. 7).

Дуплекс Г1АЗ*Г2ТЗ, метилированный с помощью МРзр4Н1, подвергали действию рестриктазы Рзр4Н1 (рис. 9, дор. 6) или ДНКазы I в течение 2 часов (дор. 8), предварительно инкубируя с комплексом ТГК-апоА-1 при молярном соотношении дуплекс : комплекс, равном 1:4 (дор. 9, 10). Дорожки с 1 по 3 -контрольные.

Как следует из рис. 9, метилирование дуплекса Г1АЗ»Г2ТЗ размером 14 п.о. осуществляется (сравн. дор. 5 и 6) с помощью фермента МРзр4Н1, предназначенного для полимерной ДНК. Метилирование оснований в дуплексе Г1АЗ»Г2ТЗ уменьшает действие ДНКазы I (сравн. дор. 4 и 8); видно, что остается больше негидролизованного дуплекса на дор. 8. Комплекс ТГК-апоА-1 связывается с дуплексом после метилирования его оснований, т.к. на рис. 9

видно, что он защищает метилированный дуплекс от гидролиза ДНКазой 1 (сравн. дор. 8 и 9) даже в большей степени, чем неметилированный (сравн. дор. 7 и 9).

123 4 56 78 9 10

Рис. 9. Радиоавтограф 15% ПААГ после разделения электрофорезом в 6 М мочевине олигонуклеотидов ПАЗ, Г2ТЗ и дуплекса Г1АЗ-Г2ТЗ, инкубированных с MFsp4Hl, комплексом ТГК-апоА-I, ДНКазой I и Fsp4Hl.

1. ПАЗ (5'-A3CC(gCC)3);

2. Г2ТЗ (5--gg(Cgg)3T3);

3. Г1АЗ-Г2ТЗ (5,-A3CC(gCC)3*5"-gg(Cgg)3T3);

4. Г1АЗ-Г2ТЗ (54- АзСC(gCC)3• 54 -gg( Cgg)3T3) + ДНКаза I;

5. Г1АЗ«Г2ТЗ (5'-A3CC(gCC)3• 54-gg(Cgg)3T3) + Fsp4HI;

6. Г1АЗ-Г2ТЗ (5A3CC(gCC)3*5'-gg(Cgg)3T3) + MFsp4HI+ Fsp4HI;

7. Г1АЗ-Г2ТЗ (5'- A3CC(gCC)3*5'-gg(Cgg)3T3) + [ТГК-апоА-I] + ДНКаза I, при молярном соотношении дуплекс : комплекс - 1:4, соответственно;

8. Г1АЗ-Г2ТЗ (5'-A3CC(gCC)3*5'-gg(Cgg)3T3) + MFsp4HI + ДНКаза I;

9. Г1АЗ-Г2ТЗ (5'-A3CC(gCC)3*5'-gg(Cgg)3T3) + MFsp4HI + [ТГК-апоА-I] + ДНКаза I (дуплекс : комплекс - 1:4);

10. Г1АЗ-Г2ТЗ (5'-A3CC(gCC)3*5'-gg(Cgg)3T3) + MFsp4№ + [ТГК-АпоА-I] + ДНКаза I + Fsp4HI (дуплекс : комплекс - 1:4).

Известно, что метилирование ДНК способствует связыванию в районе промотора белков, подавляющих транскрипцию (Schäfer С. et al., 2007).

Наши данные по связыванию метилированных дуплексов Г1АЗ*Г2ТЗ с комплексом ТГК-апоА-I указывают на способность этого комплекса влиять на регуляцию транскрипции и в районах метилированных участков генома.

Нуклеотидная специфичность и минимально достаточная нуклеотидная

последовательность, взаимодействующая с комплексом ТГК-апоА-1

Нуклеотидная последовательность, связывающая комплекс ТГК-апоА-1, становится недоступной действию нуклеазы S1 и ДНКазы I и представляет собой последовательность gg(Cgg)3T3±lN. Этот вывод сделан на основании

появления при обработке дуплекса Г1 Аб*Г2Тб ДНКазой I олигонуклеотида, защищенного от действия фермента, с большей электрофоретической подвижностью, чем у исходных олигонуклеотидов Г1А6 и Г2Т6 (рис. 7, дор. 1 и 2). Данный результат дублируется при обработке олигонуклеотидов нуклеазой S1, что было показано на рис. 6 (дор. 3). Кроме этого, по электрофоретической подвижности данный олигонуклеотид примерно соответствует 13-15 N (Мазин А. В., Кузнеделов К. Д., 1986).

Это подтверждает ранее полученные результаты об образовании одноцепочечных участков в gC-богатых районах ДНК под влиянием комплекса ТГК-апоА-I (Кузнецов П. А. и др. 2000, Панин Л. Е. и др., 2002).

Наличие открытых последовательностей ДНК в хроматине и возможность их аффинной модификации производными олигонуклеотидов были показаны в работе (Chernolovskaya Е. L. et al., 1992).

В литературе описаны Sl-нуклеазочувствительные участки в промоторных районах некоторых генов (Santra M. et al., 1994, Wang Z. Y. et al., 1993, McKeon C. et al., 1984). Известно также, что промоторы многих генов общего метаболизма являются gC-богатыми (Holmquist G., 1988). Поиск по компьютерным базам данных последовательностей вида (gCC/Cgg)n показал, что данные последовательности встречаются во всех структурах генома: экзонах, интронах, 5'- и З'-нетранслируемых районах и довольно часто - в промоторных районах. Это важно для понимания функции исследуемого нами комплекса и роли сайтов их связывания, учитывая, что промоторные районы многих конститутивно экспрессирующихся генов свободны от нуклеосомной укладки.

Влияние комплексов стероидный гормон-апоА-I на транскрипцию ДНК и хроматина

Паниным JI.E. и соавторами (2002) было показано, что комплексы стероидный гормон-апоА-I (где стероидный гормон - ТГК, АС, ДЭА, ДЭАС) вызывают увеличение биосинтеза белка в культивируемых гепатоцитах. Скорее всего, эффективность взаимодействия неодинакова для разных гормонов и для изучения данного аспекта необходимы эксперименты на модельных ДНК. Также следует учитывать, что в живой клетке эффект стимуляции биосинтеза белка комплексом стероидный гормон-апоА-I развивается на фоне активации хроматина и лизосомального аппарата клетки. Показано, что апоА-I увеличивает проницаемость лизосомальных мембран, облегчает проникновение лизосомальных протеиназ в ядро клетки. Показано также, что гепатоцит способен захватывать протеиназы макрофагального происхождения из межклеточного пространства (Панин Л. Е., 1998).

На основании проведенных нами экспериментов можно заключить, что комплекс ТГК-апоА-I m vitro активирует синтез РНК на ДНК-матрице выполняя роль, подобную роли фактора, изменяющего структуру ДНК, что приводит к дозозависимой активации транскрипции ДНК крысы, катализируемой гомологичными РНК-полимеразами белкового экстракта из ядер клеток печени, однако, при 200-кратном молярном избытке комплекса транскрипция полностью ингибируется.

В таблице представлены результаты по синтезу 32Р-транскриптов в присутствии ТГК как в составе комплекса с апоА-1, так и без него в условиях реакции транскрипции, катализируемой РНК-полимеразами белкового экстракта из ядер клеток печени крысы. В качестве матрицы использовалась ДНК крысы Вистар или ДНК в составе хроматина из ядер клеток печени крысы той же линии.

Таблица

Синтез 32Р-транскриптов в присутствии комплекса ТГК-апоА-1, катализируемый РНК-полимеразами белкового экстракта из ядер клеток печени крысы. Матрица -ДНКкрысы.

№ ДНК/ комплекс ТГК-апоА-1 Р -транскрипты, относительное кол-во, %

Опыт 1 (контроль) Опыт 2 Опыт 3 Опыт 4 Опыт 5 Опыт 6

1 Без комплекса 100 100 100 100 100 100

2 1:5, моль/моль 110 109 108 107 - 108

3 1:10 118 116 112 111 - 117

4 1:50 89 86 89 86 91 87

5 1Т00 42 45 47 48 41 46

6 1.200 0 0 0 0 0 0

7 ДНК/ТГК, 1 200 16 27 21 24 23 -

Примечание № - номер дорожки, опыт 6 - матрица - ДНК в составе хроматина

и=5, Р<0,05, где п - количество выборки, Р - достоверность различий по сравнению с контролем

Как следует из таблицы, при увеличении молярного избытка комплекса ТГК-апоА-1 над ДНК до 5- и 10-кратного транскрипция активируется, а начиная с 50-кратного, происходит ингибирование транскрипции ДНК. ТГК вне комплекса с апоА-1 также способен ингибировать транскрипцию ДНК.

На рис. 10 представлены результаты влияния комплексов стероидный гормон-апоА-1 (где стероидный гормон - ТГК или кортизол) на транскрипцию ДНК. В условиях реакции транскрипции ДНК (рис. 10, дор. 2) предварительно инкубировали с комплексами ТГК-апоА-1 (дор. 1) или кортизол-апоА-1 (дор. 3) при молярном соотношении ДНК : комплекс, равном 1:10.

Связывание ДНК с комплексами ТГК-апоА-1 или кортизол-апоА-1 подтверждается изменением результатов реакции транскрипции после инкубации с комплексами ТГК-апоА-1 (рис. 10, дор. 1) или кортизол-апоА-1 (дор. 3) и без инкубации с комплексами (дор. 2).

Как следует из рис. 10 и табл. 1, комплекс ТГК-апоА-1 активирует транскрипцию ДНК, т.к. увеличивается относительное содержание синтезированных 32Р-транскриптов с увеличением концентрации комплекса ТГК-апоА-1 до молярного соотношения ДНК : комплекс, равного 1:10 (табл. 1, № дор. 1-3). Кроме того наблюдается образование транскриптов определенной длины (-70-53 N для верхнего пятна и -12-15 N для нижнего пятна) (рис. 10, дор. 1), в то время как в контроле в отсутствие комплекса ТГК-апоА-1

образуются транскрипты различной длины (дор. 2), т.е. совершенно меняется картина транскрипции. Комплекс кортизол-апоА-1 не оказывает подобного влияния на транскрипцию ДНК (рис. 10, дор. 3).

Рис. 10. Транскрипция ДНК крысы, катализируемая РНК-полимеразами белкового экстракта из ядер клеток печени крысы. Радиоавтограф 15% ПААГ после разделения электрофорезом 32Р-транскриптов суммарной РНК, образовавшейся в процессе реакции транскрипции в присутствии и в отсутствие комплекса стероидный гормон-апоА-1 (где стероидный гормон - ТГК или кортизол).

1. ДНК в условиях реакции транскрипции + [ТГК-апоА-1], при молярном соотношении ДНК : комплекс -1:10;

2. ДНК в условиях реакции транскрипции;

3. ДНК в условиях реакции транскрипции + [кортизол-апоА-1], при молярном соотношении ДНК : комплекс - 1:10.

При проведении данного опыта на хроматине, выделенном в нашей лаборатории с участием Базалук В. В. по методу (Dignam 1.0., 1983), были получены аналогичные результаты (табл. 1, опыт 6, № дор. 1-3). На рис. 11 представлена схема дозозависимого влияния комплекса ТГК-апоА-1 на транскрипцию ДНК.

Связывание комплекса ТГК-апоА-1 с gCC/Cgg-участками ДНК

локальное «плавление» ■ одноцепочечные участки

Прединициаторный комплекс

ТГК-апоА-1 БЕ^ЕЬТ,,

Ингибирование транскрипции при 50-200-кратном мольном избытке комплекса ТГК-апоА-1

мРНК, тРНК, рРНК

Активация транскрипции в сайтах, измененных под влиянием комплекса ТГК-апоА-1

Рис. 11. Схема дозозависимого влияния комплекса ТГК-апоА-1 на транскрипцию ДНК

выводы

1. Аполипопротеин A-I связывается с дезоксирибоолигонуклеотидами (11N-21N) как в составе комплексов с кортизолом и тетрагидрокортизолом, так и в свободном состоянии.

2. Комплементарные дуплексы CCgCCgCCgCOggCggCggCgg и AnCCgCCgCCgCOggCggCggCggTn (п = 3 и 6) становятся чувствительными к нуклеазе S1 при взаимодействии с комплексом тетрагидрокортизол-аполипопротеин A-I; комплекс кортизол-апоА-1 такого действия не оказывает. Олигонуклеотиды A„CC(gCC)3 в присутствии комплекса тетрагидрокортизол-апоА-I более подвержены гидролизу нуклеазой S1, чем gg(Cgg)3T„ (п = 3 и 6). Комплекс тетрагидрокортизол-апоА-I связывается с комплементарными дуплексами после метилирования его азотистых оснований.

3. Олигонуклеотиды gg(Cgg)3Tn (п = 3 и 6) избирательно связываются с комплексом тетрагидрокортизол-аполипопротеин A-I как в свободном состоянии, так и в составе комплементарного дуплекса, становясь недоступными действию нуклеазы S1 и ДНКазы I.

4. Минимально достаточная для связывания комплекса тетрагидрокортизол-апоА-1 нуклеотидная последовательность, недоступная действию нуклеаз, представляет собой 5'-gg(Cgg)3T3±lN.

5. Комплекс тетрагидрокортизол-аполипопротеин A-I дозозависимо активирует транскрипцию in vitro ДНК крысы (при молярных соотношениях ДНК : комплекс от 1:5 до 1:10), катализируемую гомологичными РНК-полимеразами; однако, при 200-кратном молярном избытке комплекса транскрипция ингибируется полностью. Комплекс тетрагидрокортизол-апоА-1 способен in vitro играть роль, подобную роли фактора, изменяющего структуру ДНК в процессе транскрипции.

СПИСОК ОСНОВНЫХ ПУБЛИКАЦИЙ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

1. Velichko Е. Ju.. Gimautdinova О. I. Interaction sites of eukaryotic DNA with the steroid hormone - apolipoprotein A-I complexes // The BGRS Intern. School of Young Scientists.-Russia, Novosibirsk, 2005.

2. Gimautdinova О. I., Velichko E. Ju„ Panin L. E. The role of DNA GCC elements binding the steroid-apoAI complex in stress conditions // Second Intern. Interdisciplinary Congress "Neuroscience for Medicine and Psychology". -Ukraina, Sudak, 2006. - P. 78-80.

3. Панин Л. E., Гимаутдинова О. И., Кузнецов П. А., Величко Е. Ю.. Базалук В. В. Структура сайтов взаимодействия ДНК эукариот с комплексами стероидный гормон-аполипопротеин A-I // Молек. биол. -2007. - Т. 41, № 4. - С. 647-653.

4. Гимаутдинова О. И., Величко Е. Ю.. Базалук В. В. Функциональная роль GCC/GGC последовательностей при воздействии на ДНК метаболитов стероидных гормонов в комплексе с anoAI // Бюллетень СО РАМН. - 2007. -№ 6.-С. 38-40.

Список сокращений н обозначений

BP - бромфеноловый синий;

Fsp4HI - эндонуклеаза рестрикции с сайтом узнавания GCANGC или CGNA

M.Fsp4HI - ДНК-метилтрансфераза из Flavobacterium species 4HI;

N - любой рибонуклеотид;

NTP - любой рибонуклеозидтрифосфат;

SAM - Б-аденозил-Ь-метионин;

ХС - ксиленцианол;

апоА-1 - аполипопротеин A-I;

апоЛП - аполипопротеины;

апоЛПВП - аполипопротеины из липопротеинов высокой плотности;

АС, ДЭА, ДЭАС - андростерон, дегидроэпиандростерон

дегидроэпиандростерон-сульфат, соответственно;

БЯЭ - белковый экстракт из ядер клеток печени крыс;

ПААГ - полиакриламидный гель;

ТГК - тетрагидрокортизол;

ТФ - транскрипционный фактор.

Соискатель Е. Ю. Величко

Подписано к печати 7 ноября 2008г. Тираж 100 экз Заказ № 762 Отпечатано "Документ-Сервис", 630090, Новосибирск, Институтская 4/1, тел. 335-66-00

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Величко, Елена Юрьевна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И ОБОЗНАЧЕНИЙ. введение!.!.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Транскрипция ДНК.

1.1.1. Ферменты биосинтеза РНК.

1.1.1.1. Общая характеристика РНК-полимераз.

1.1.1.2. РНК-полимераза I.

1.1.1.3. РНК-полимераза II.

1.1.1.4. РНК-полимераза III.

1.1.1.5. РНК-полимераза бактериофага Т7 (Т7 РНКП).

1.1.2. Этапы биосинтеза РНК.

1.1.2.1. Инициация транскрипции.

1.1.2.2. Элонгация транскрипции.

1.1.2.3. Терминация транскрипции.

1.1.2.4. Процессинг РНК.

1.2. Ингибиторы биосинтеза нуклеиновых кислот.

1.3. Взаимодействие ДНК со стероидными гормонами и апоА-1.

1.3.1. Взаимодействие ДНК со стероидными гормонами.

1.3.2. Взаимодействие ДНК с аполипопротеиномА-1.

1.4. Метилирование ДНК.

1.5. Регуляция транскрипции генов и ее нарушения.

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ.

2.1. Материалы, биологические объекты и оборудование.

2.2. Методы исследований.

2.2.1. Выделение препаратов апоА-I, ДНК и белкового экстракта из ядер клеток печени крысы.

2.2.1 Л. Выделение аполипопротеина A-I из ЛПВП.

2.2.1.2. Выделение нативной ДНК.

2.2.1.3. Выделение белкового экстракта из ядер клеток печени крысы

2.2.2. Аффинная хроматография олигонуклеотидов на сорбенте с иммобилизированными антителами к апоА-I.

2.2.3. Анализ влияния апоА-I, стероидных гормонов и их комплексов на вторичную структуру ДНК и синтетических олигонуклеотидов.

2.2.3.1. Связывание дуплексов из комплементарных олигонуклеотидов или ДНК с комплексами стероидный гормон-апоА-1.

2.2.3.2. Метилирование ДНК и олигонуклеотидов.

2.2.3.3. Гидролиз олигонуклеотидов нуклеазой S1.

2.2.3.4. Гидролиз олигонуклеотидов ДНКазой I.

2.2.4. Экспериментальная модель для изучения транскрипции ДНК in vitro

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ.

3.1. Характеристика препаратов белков, ДНК и белкового экстракта из ядер клеток печени крысы.

3.2. Селекция олигонуклеотидов по связыванию с комплексами ТГК-апоА-1 или кортизол-апоА-1.

3.3. Воздействие апоА-I, стероидных гормонов и их комплексов на вторичную структуру олигонуклеотидов и их дуплексов.

3.3.1. Влияние комплексов стероидный гомон-апоА-1 на гидролиз олигонуклеотидов и их дуплексов нуклеазой S1.

3.3.2. Устойчивость олигонуклеотидов и их дуплексов к гидролизу ДНКазой I в присутствии комплексов стероидный гормон — апоА-1.

3.3.3. Влияние метилирования ДНК и олигонуклеотидов на взаимодействие с комплексами стероидный гормон-апоА-1.

3.4. Влияние комплексов стероидный гормон-апоА-I на транскрипцию изолированной ДНК и ДНК в составе хроматина.

ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.

ВЫВОДЫ.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Роль сайтов взаимодействия ДНК с комплексом стероидный гормон - аполипопротеин A-I в регуляции транскрипции"

Расшифровка генома человека явилась замечательным достижением современной молекулярной биологии. Благодаря этим исследованиям известна полная нуклеотидная последовательность ДНК человека и многих других эукариот. Однако, как реализуется совместная работа огромного числа генов, мы знаем недостаточно. В настоящее время найдено более 2000 транскрипционных факторов, регулирующих экспрессию генов, но неясно, почему выключаются, например, отдельные гены в процессе клеточной дифференцировки в эмбриогенезе. Практически неизвестно, почему дифференцированная клетка взрослого организма вдруг превращается в малодифференцированную клетку опухоли с другими принципами регуляции.

Раскрытие молекулярных механизмов регуляции экспрессии генома в условиях стресса также является очень сложной и слабо изученной проблемой. Решение этой проблемы позволяет нам глубже понять особенности эндокринно-метаболических взаимоотношений в организме при действии на него субэкстремальных и экстремальных факторов (Панин JI.E., 1983; Меерсон Ф.З., Пшенникова М.Г., 1988).

Хорошо изучены молекулярные механизмы действия некоторых стероидных (Mangelsford D.J. et al., 1995) и белково-пептидных (Vesely В.А. et al., 2005; Chowdhury V. S. et al., 2008) гормонов на экспрессию отдельных генов. В частности хорошо известен рецептор-опосредованный механизм глюкокортикоидной индукции ферментов глюконеогенеза и катаболизма аминокислот (Quandt К. et. al., 1995). В то же время влияние различных метаболитов и производных стероидных гормонов на геном клетки изучено крайне недостаточно. Это относится к гормонам как пучковой, так и сетчатой зоны коры надпочечников и еще в большей степени к мужским и женским половым гормонам. Например, основной метаболит кортизола — тетрагидрокортизол (ТГК) в литературе рассматривается как неактивный продукт. В последнее десятилетие появляются работы, в которых метаболитам гормонов приписывают важную роль в биохимических процессах в организме (Wallace А. М. et al., 2004; Glattard Е. et al., 2006). Наличие существенной функциональной активности восстановленных форм стероидных гормонов впервые показали JI. Е. Панин с соавт. (Панин Л. Е., 1987; Панин Л. Е., 1997; Усынин И. Ф., 1999). Оказалось, что такие гормоны как андростерон, дегидроэпиандростерон, дегидроэпиандростерон-сульфат и тетрагидрокортизол в большей степени, чем кортизол, влияют на вторичную структуру ДНК (Панин Л. Е., Гимаутдинова О. И., 2007). Это воздействие на изолированную ДНК усиливалось в 10-15 раз, если тетрагидрокортизол действовал в составе комплекса с аполипопротеином A-I (Панин Л. Е. и др., 2000; Гимаутдинова О. И. и др., 2002). Изменения во вторичной структуре ДНК (появление одноцепочечных участков вблизи сайтов связывания) под влиянием комплексов стероид-апоА-I (ТГК, АС, ДЭАС) вызывали активацию копирования изолированной ДНК (Панин Л. Е., Гимаутдинова О. И., 2007). Однако не была известна роль подобных комплексов в усилении транскрипции ДНК.

Таким образом, исследование регуляции экспрессии генов с участием различных стероидных гормонов и их метаболитов являются чрезвычайно важными.

Актуальность темы

Данная работа посвящена изучению молекулярных механизмов гормональной регуляции транскрипции. Известно, что адаптивные свойства гормонов, как правило, реализуются через взаимодействие с геномом клетки, приводя к усилению экспрессии или, напротив, к супрессии отдельных генов. Несмотря на пристальное внимание ученых к данной проблеме многие этапы этого взаимодействия до сих пор неясны. Достаточно полно изучены молекулярные механизмы индукции ключевых ферментов глюконеогенеза при участии гормонов пучковой зоны коры надпочечников и цитозольного рецептора этих гормонов (Mangelsford D. J. et al., 1995; Libri V. et al., 2004). Однако механизмы взаимодействия гормон-рецепторных комплексов с ДНК изучены недостаточно.

В Институте биохимии СО РАМН ранее было открыто явление стимуляции резидентными макрофагами биосинтеза белка в паренхимных клетках органов и тканей в процессе регенерации, в котором принципиальную роль играли стероидные гормоны и липопротеины высокой плотности 3-его подкласса (ЛПВП3) (Панин Л.Е., Усынин И.Ф., Харьковский А.В., 1994; 1999). Показано, что функцию переносчика стероидных гормонов в ядра клеток в данном механизме выполняет аполипопротеин A-I (апоА-1) (Панин Л.Е. и др., 1992). Образование биологически активного комплекса стероидный гормон - аполипопротеин A-I протекает в резидентных макрофагах. Затем осуществляется перенос данного комплекса в ядра соматических клеток, где он взаимодействует с депротеинизированными участками ДНК с последующим усилением экспрессии генов. Это сложное явление. Молекулярные механизмы его во многом ещё не раскрыты. К ним следует отнести определение сайтов взаимодействия комплексов стероидный гормон-аполипопротеин A-I с ДНК и их роль в активации транскрипции. Так, ранее было показано, что комплекс стероидный гормон (тетрагидрокортизол, дегидроэпиандростерон-сульфат)-аполипопротеин A-I взаимодействует преимущественно с GCC/CGG-последовательностями в изолированной ДНК (Панин Л.Е. и др. 2002; Panin L.E'. et. al. 2003). Однако ряд деталей этого взаимодействия можно выяснить только на синтетических олигонуклеотидах, а не на нативной ДНК. Сегодня это важное недостающее звено в изучении не только механизмов усиления экспрессии генов, но и копирования ДНК. Решение этих вопросов чрезвычайно актуально для понимания молекулярных механизмов гормональной индукции синтеза белков, их роли в процессах регенерации и пролиферации клеток.

Цель и задачи исследования

Целью данной работы являлось изучение молекулярных механизмов действия комплексов стероидный гормон (тетрагидрокортизол, кортизол)-аполипопротеин A-I на вторичную структуру синтетических олигонуклеотидов вида (gCC)n и их комплементарных дуплексов, а также на транскрипцию ДНК крысы.

Для достижения поставленной цели необходимо было решить следующие задачи:

1. Установить возможные нуклеотидные последовательности сайтов связывания комплексов стероидный гормон-апоА-I (где стероидный гормон - ТГК или кортизол) с ДНК. Определить устойчивость их к действию ДНКазы I и нуклеазы S1 после взаимодействия с комплексом тетрагидрокортизол-апоА-1;

2. Изучить воздействие комплексов стероидный гормон-апоА-I (где стероидный гормон — ТГК или кортизол) на вторичную структуру синтетических олигонуклеотидов и их комплементарных дуплексов;

3. Оценить влияние метилирования олигонуклеотидов вида (gCC/ggC)n на их взаимодействие с комплексом стероидный гормон-апоА-1;

4. Исследовать влияние комплексов стероидный гормон-апоА-I на транскрипцию ДНК in vitro.

Научная новизна

Впервые определены минимальные и достаточные нуклеотидные последовательности, специфично взаимодействующие с комплексом тетрагидрокортизол-аполипопротеин A-I. Найдены концевые нуклеотиды последовательностей, усиливающие связывание с указанным комплексом. Показано, что последовательность, связывающая комплекс тетрагидрокортизол-аполипопротеин A-I и недоступная действию нуклеаз, представляет собой 5"-gg(Cgg)3T3.

Впервые показано, что метилирование оснований в нуклеотидах CpG не препятствует связыванию олигонуклеотидного дуплекса вида gCC/ggC с комплексом ТГК-апоА-I. На модельных олигонуклеотидных дуплексах AnCC(gCC)3*gg(Cgg)3tn (п=0, 3 и 6) доказано «расплетающее» действие комплекса ТГК-апоА-1.

Впервые показано, что комплекс тетрагидрокортизол-аполипопротеин A-I дозозависимо активирует транскрипцию ДНК крысы in vitro, выполняя роль, подобную роли транскрипционного фактора, изменяющего структуру ДНК в сайтах связывания, в процессе транскрипции.

Теоретическая и практическая значимость работы

Полученные нами данные вносят существенный вклад в понимание молекулярных механизмов гормональной регуляции синтеза белков в соматических клетках. Показано, что важную роль в этих механизмах играет такой адресный переносчик стероидных гормонов в ядра клеток как аполипопротеин A-I. Определение минимально достаточного сайта связывания ДНК с комплексом стероидный гормон-аполипопротеин A-I и особенности их взаимодействия существенно дополняют современные представления о структурно-функциональной организации генома эукариот. Полученные данные раскрывают новые механизмы гормональной регуляции экспрессии генов, их роли в регенерации и пролиферации клеток, в том числе, и при опухолевых процессах. Полученные результаты могут быть использованы для обоснования новых методов коррекции и лечения как пролиферативных, так и дегенеративно-деструктивных процессов в органах и тканях.

Основные положения, выносимые на защиту

1. Аполипопротеин A-I в составе комплекса со стероидными гормонами (где стероидный гормон - ТГК или кортизол) имеет высокое сродство, как к природной ДНК, так и к GC-богатым синтетическим олигодезоксирибонуклеотидам разного состава.

2. Связывание комплекса ТГК-апоА-I с нуклеотидиыми последовательностями вида (gCC/Cgg)n приводит к образованию одноцепочечных (Sl-нуклеазочувствительных) участков. Метилирование оснований в нуклеотидах не препятствует связыванию комплекса ТГК-апоА-I с комплементарным дуплексом.

3. Минимально достаточная для связывания комплекса ТГК-апоА-1 нуклеотидная последовательность, недоступная действию S1 нуклеазы и ДНКазы I, представляет собой олигонуклеотид gg(Cgg)3T3.

4. Транскрипция in vitro ДНК крысы, катализируемая РНК-полимеразами белкового экстракта ядер из клеток печени дозозависимо активируется комплексом ТГК-апоА-I; но при 200-кратном мольном избытке комплекса транскрипция ингибируется полностью.

Апробация работы и публикации

Материалы диссертации изложены в 4 публикациях и были представлены на международной школе молодых ученых (BGRS, Новосибирск, 2005 г.), доложены на ученом совете Института Биохимии СО РАМН.

1. Velichko E.Ju., Gimautdinova O.I. Interaction sites of eukaryotic DNA with the steroid hormone-apolipoprotein A-I complexes // BGRS International Summer School for Young Scientists "Evolution, Systems Biology and High Performance Computing Bio informatics" Russia, Novosibirsk, 2005.-(http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrsschool/).

2. Gimautdinova О. I., Velichko E. Ju., Panin L. E. The role of DNA GCC elements binding the steroid-apoAI complex in stress conditions // Second Intern. Interdisciplinary Congress "Neuroscience for Medicine and Psychology". -Ukraina, Sudak, 2006. - P. 78-80.

3. Панин JI. E., Гимаутдинова О. И., Кузнецов П. А., Величко Е. Ю„ Базалук В. В. Структура сайтов взаимодействия ДНК эукариот с комплексами стероидный гормон-аполипопротеин A-I // Молек. биол. - 2007. — Т. 41, № 4. -С. 647-653.

4. Панин Л. Е., Гимаутдинова О. И., Величко Е. Ю., Базалук В. В. Функциональная роль GCC/GGC последовательностей при воздействии на ДНК метаболитов стероидных гормонов в комплексе с anoAI // Бюллетень СО РАМН. - 2007. - № 6. - С. 38-40.

Заключение Диссертация по теме "Биохимия", Величко, Елена Юрьевна

выводы

1. Аполипопротеин A-I связывается с дезоксирибоолигонуклеотидами (11N-21N) как в составе комплексов с кортизолом и тетрагидрокортизолом, так и в свободном состоянии.

2. Комплементарные дуплексы CCgCCgCCgCOggCggCggCgg и AnCCgCCgCCgCOggCggCggCggTn (п = 3 и 6) становятся чувствительными к нуклеазе S1, при взаимодействии с комплексом тетрагидрокортизол-аполипопротеин А-1; комплекс кортизол-апоА-1 такого действия не оказывает. Олигонуклеотиды AnCC(gCC)3 в присутствии комплекса тетрагидрокортизол-апоА-I более подвержены гидролизу нуклеазой S1, чем gg(Cgg)3Tn (п = 3 и 6).

Комплекс тетрагидрокортизол-апоА-I связывается с комплементарными дуплексами после метилирования его азотистых оснований.

3. Олигонуклеотиды gg(Cgg)3Tn (п = 3 и 6) избирательно связываются с комплексом тетрагидрокортизол-аполипопротеин А-1 как в свободном состоянии, так и в составе комплементарного дуплекса, становясь недоступными действию нуклеазы S1 и ДНКазы I.

4. Минимально достаточная для связывания комплекса тетрагидрокортизол-апоА-I нуклеотидная последовательность, недоступная действию нуклеаз, представляет собой 5"-gg(Cgg)3T3±lN.

5. Комплекс тетрагидрокортизол-аполипопротеин А-1 дозозависимо активирует транскрипцию in vitro ДНК крысы (при молярных соотношениях ДНК : комплекс от 1:5 до 1:10), катализируемую гомологичными РНК-полимеразами; однако при 200-кратном молярном избытке комплекса транскрипция ингибируется полностью. Комплекс тетрагидрокортизол-апоА-I способен in vitro играть роль, подобную роли фактора, изменяющего структуру ДНК в процессе транскрипции.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Ранее определенный молекулярный механизм воздействия комплексов стероидный гормон-апоА-I (где стероидный гормон - ТГК или кортизол) на нуклеотидные последовательности природной ДНК, заключающийся в локальном изменении вторичной структуры ДНК, т.е. образовании одноцепочечных участков в нативной ДНК, в сайтах взаимодействия с указанными комплексами, подтвержден в данной работе и на синтетических олигонуклеотидных комплементарных дуплексах вида gCC/Cgg. Дуплексы A6CC(gCC)3'gg(Cgg)3T6 распадаются под влиянием ТГК-апоА-1 на одноцепочечные олигонуклеотиды 5,-A6CC(gCC)3 и 5,-gg(Cgg)3T6.

Показано, что олигонуклеотиды A3CC(gCC)3, gg(Cgg)3T3, входящие в состав дуплекса A3CC(gCC)3#gg(Cgg)3T3 способны метилироваться с помощью ДНК-метилтрансферазы, подобно нативной ДНК. Такой метилированный дуплекс не теряет связывающих свойств по отношению к комплексу ТГК-апоА-1.

Показана способность апоА-I выполнять регуляторные функции в комплексе с метаболитом стероидного гормона кортизола тетрагидрокортизола, активируя транскрипцию ДНК крысы in vitro. Для эффективной индукции транскрипционных процессов с участием комплекса ТГК-апоА-1, по-видимому, требуются дополнительные белковые факторы, которые присутствуют in vivo в клетках.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Величко, Елена Юрьевна, Новосибирск

1. Анарбаев Р. О., Лохова И. А., Лаврик О. И. ДНК-полимераза а-ДНК-праймаза: структура и функции // Молек. биол. 1999. - Т. 33. — С. 740-749.

2. Власов В. В., Дымшиц Г. М., Лаврик О. И. Струрктурно-функциональная динамика ДНК- и РНК-полимераз // Молек. биол. . 1998. -Т. 32.-С. 5-18.

3. Власова Т. И., Кирнос М. Д., Ванюшин Б. Ф. Цитозиновая ДНК-метилтрансфераза из проростков пшеницы // Биохимия. 1996. Т. 61. -№6.-С. 1078-1087.

4. Гвоздев В. А. Механизмы регуляции активности генов в процессе транскрипции // Соросовский образовательный журнал. 1996 № 2. -С. 22-31.

5. Гвоздев В. А. Подвижная ДНК у эукариот. 2. Роль в регуляции активности генов и эволюции генома // Соросовский образовательный журнал. 1998.-№ 8.-С. - 15-21.

6. Гимаутдинова О. И., Номоконова Н. Ю., Макарова Е. Н. Взаимодействие аполипопротеина A-I с эукариотическими и синтетическими ДНК! // Бюллютень СО РАМН. 1998. - №3. - С. 30-32.

7. Гимаутдинова О. И., Панин Л. Е. Влияние аполипопротеина A-I в комплексе с тетрагидрокортизолом на вторичную структуру нативной ДНК // Бюллетень СО РАМН. 1998. - №3. - С. 32-35.

8. Гимаутдинова О. И., Панин Л. Е., Кузнецов П. А., Еттянова-Акимжанова М. В. Специфические изменения вторичной структуры ДНК эукариот подвлиянием комплекса тетрагидрокортизол-аполипопротеин A-I //Молек. биол. 2002. - Т. 36.-№ 1.-С. 103-105.

9. Камзолова С. Г., Камзолов С. С., Иванова Н. Н. Конформационные изменения транскрипционного комплекса РНК-полимеразы с ДНК // Молек. биол. 1998. - Т. 32. - С. 788-792.

10. Кнорре Д. Г. РНК-полимераза II // Молек. биол. . 1999. - Т. 33. -С. 156-162.

11. Кузнецов П. А. Влияние стероидных гормонов и их комплексов с аполипопротеином A-I на структуру ДНК : дисс. канд. биол. наук. — Новосибирск, 2004. 119 с.

12. Кузнецов П. А., Гимаутдинова О. И., Акимжанова М. В. Изменения вторичной структуры ДНК эукариот вблизи сайтов связывания комплекса тетрагидрокортизол аполипопротеин A-I // Бюллетень СО РАМН. -2000.-№2.-С. 71-73.

13. Кулинский В. И., Колесниченко JI. С. Общая гормонология. Определение, значение, свойства и механизмы действия гормонов. -Иркутск. 2005. - 142 с.

14. Куницын В. Г. Структурные фазовые переходы в мембранах эритроцитов, липопротеинах и макромолекулах, дисс. докт. биол. наук. — Новосибирск, 2002. С. 205-215.

15. Мазин А. В., Кузнеделов К. Д. Методики для работ по генетической инженерии. Новосибирск: ИциГ СО РАН. — 1986. - 60 с.

16. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. — М.: Мир. 1984. — 480 с.

17. Меерсон Ф. 3., Пшенникова М. Г. Адаптация к стрессорным ситуациям. М: Медицина, 1988. - 256 с.

18. Меркулова Т. И., Меркулов В. М., Митина P. JT. Механизмы глюкокортикоидной регуляции и регуляторные зоны генов, контролируемых глюкокортикоидами: описание в базе данных TRRD

19. Молек. биол. 1997. - Т. 31. - №4. - С. 714-725.

20. Мертвецов Н. П. Регуляция экспрессии генов стероидными гормонами. -Новосибирск: Наука, 1990. 264 с.

21. Никитина Т. В., Тищенко Л. И. Компьютерный поиск потенциальных участков посттрансляционных модификаций субъединиц РНК-полимеразы

22. I человека // Молек. биол. 2005 б. - Т. 39. - С. 437-444.

23. Никитина Т. В., Тищенко Л. И. Транскрипционная машина РНК-полмеразы III: строение и регуляция транскрипции. // Молек. биол. -2005а.-Т. 39.-С. 179-192.

24. Панин Л. Е, Гимаутдинова О. И, Поляков Л. М, Наякшина Т. Н. Особенности взаимодействия кортизола, тетрагидрокортизола и их комплексов с аполипопротеином A-I с эукариотической ДНК // Молек. биол. 1998. - Т. 32. - № 3. - С. 447-451.

25. Панин Л. Е. Роль кооперативного эффекта липопротеинов и гормонов в регуляции лизосомального аппарата клеток // Вопросы медицинской химии. 1987. - Т. 33. - № 5. - С. 96-102.

26. Панин JI. Е. Функциональная роль тетрагидропроизводных стероидных гормонов // Эндокринные механизмы регуляции функции в норме и патологии. Новосибирск. — 1997. — С. 117-118.

27. Панин JI. Е. Хощенко О. М. Роль резидентных макрофагов в регуляции биосинтеза ДНК и белка в клетках асцитной гепатомы мышей линии А // Вопросы онкологии. 2003. - Т. 49. - С. 472-475.

28. Панин JI. Е. Явление стимуляции резидентными макрофагами биосинтеза белка в паренхимных клетках органов и тканей // Бюллетень СО РАМН. 1998. - № 3 (89). - С. 11-23.

29. Панин Л. Е., Биушкина Н. Г., Поляков Л. М. Количественная характеристика взаимодействия липопротеинов сыворотки крови состероидными гормонами // Бюллетень экспериментальной биологии. — 1992. Т. 114. - №7. - С. 34-36.

30. Панин Л. Е., Поляков Л. М., Усынин И. Ф., Кузьменко А. П., Потеряева О. Н. Иммунохимическая идентификация апопротеина A-I в хроматине ядер гепатоцитов крыс // Биополимеры и клетка. — 1992. Т. 8. - № 2. — С. 44-49.

31. Панин Л. Е., Соколова М. В., Усынин И. Ф. Изменение скорости биосинтеза белка в паренхимных клетках печени при стимуляции системы мононуклеарных фагоцитов // Цитология. — 1990. — Т. 32. — № 5. — С. 528-532.

32. Панин JI. Е., Тузиков Ф, В., Тузикова Н. А., Гимаутдинова О. И., Поляков Л. М. Взаимодействие эукариотической ДНК с аполипопротеином A-I и его комплексами с глюкокортикоидами // Биофизика. 2000. -Т. 45.-№4.-С. 611-619.

33. Панин Л. Е., Тузиков Ф. В., Тузикова Н. А., Гимаутдинова О. И., Поляков Л. М. Взаимодействие комплекса тетрагидрокортизол-аполипопротеин A-I с эукариотической ДНК и одноцепочечными олигонуклеотидами // Молек. биол. 2002. - Т. 36. - № 1. - С. 96-102.

34. Панин Л. Е., Усынин И. Ф., Харьковский А. В., Трубицина О. М. Роль клеток Купфера в регуляции биосинтеза белка в гепатоцитах // Вопросы медицинской химии. 1994. - Т. 40. - № 4. - С. 6-8.

35. Панин Л. Е., Хощенко О. М., Усынин И. Ф. Роль аполипопротеина A-I в реализации анаболического действия стероидных гормонов // Проблемы эндокринологии. 2002. - Т. 48. - № 6. - С. 45-48.

36. Паташинский А. 3., Шумило Б. И. Тезисы докл. на симпозиуме "Физико-химические свойства биополимеров в растворе и клетках". — Пущино. — 1985.-С. 3-4.

37. Перевозчиков А. П. Экспрессия гена аполипопротеина A-I человека в клетках млекопитающих: Автореф. дисс. . докт. биол. наук. С.-Пб., 1997.

38. Поляков JI. М., Потеряева О. Н., Панин JI. Е. Определение аполипопротеина А-1 методом иммуноферментного анализа // Вопросы медицинской химии. 1991. - Т. 37. - С. 89-92.

39. Потапенко А. И., Обухова JI. К. Дефекты вторичной структуры ДНК, опознаваемые нуклеазой S1. Сообщение II // Возможная роль в старении млекопитающих. Известия РАН. Серия биологическая. 1992. - № 6. — С. 940-943.

40. Романенко Е. Б., Демиденко 3. Н., Ваюшин Б. Ф. РНК-полимеразная, ДНК-полимеразная, ДНК-метилтрансферазная и сфингомиелазная активность в ядрах печени крыс различного возраста // Биохимия. 1998. -Т. 63.-№2.-С. 194-199.

41. Сергеев П. В. Стероидные гормоны. М.: Наука. - 1984. - 240 с.

42. Спирин А. С. Молек. биол. . Т. 2. Структура и биосинтез нуклеиновых кислот. М.: Высшая школа - 1990. - 352 с.

43. Туницкая В. JL, Кочетков С. Н. Структурно-функциональный анализ РНК-полимеразы бактериофага Т7 // Биохимия. 2002. - Т. 67. -С. 1360-1373.

44. Усынин И. Ф. Роль макрофагов в регуляции метаболических процессов в печени при функциональном напряжении организма: Автореф. дисс. .докт. биол. наук. 03.00.03 НИИ биохимии СО РАМН. - Новосибирск. -1999.

45. Фаворова О. О. Сохранение ДНК в ряду поколений: Репликация ДНК // Соросовский образовательный журнал. 1996. - № 4. - С. 11-23.

46. Филиппович Ю. Б. Основы биохимии. М.: Изд-во «Агар». - 1999. -512 с.

47. Холодова Ю. Д., Чаяло П. П. Липопротеины крови. Киев: Наука. Думка. - 1990.-208 с.

48. Худолий Г. А., Обухова Л. К., Акифьев А. П. Изменение чувствительности ДНК к нуклеазе S1 в процессе старения и после воздействия геропротектором в эксперименте // Докл. АН СССР. 1980. -Т. 254.-С. 507-509.

49. Шематорова Е. К., Шпаковский Г. В. Структура и функции ядерной ДНК-зависимой РНК-полимеразы I эукариот // Молек. биол. . 2002. -Т. 36.-С. 3-26.

50. Andrau J. С., Sentenac A., Werner М. Mutagenesis of yeast TFIIIB70 reveals critical for interaction with TBP and C34 // J. Mol. Biol. 1999. - V. 288.-P. 511-520.

51. Bjorklund S., Kim Y.-J. Mediator of transcriptional regulation // Trends Biochem. Sci. 1996. - V. 21. - P. 335-337.

52. Blin N. and Stafford D. W. A general method for isolation of high molecular weight DNA from eukaryotes // Nucl. Acids Res. 1976. - V.3. -P. 2303-2308.

53. Bourguet W., Germain P., and Gronemeyer H. Nuclear receptor ligand-binding domains: three-dimensional structures, molecular interactions and pharmacological implications // Trends Pharm. Sci. — 2000. V. 21. -P. 381-388.

54. Bradford M. M. A rapid and sensitive method for the quantitation ofmicrogram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding // Anal. Biochem. 1976. - V. 72. - P. 248-254.

55. Budarf M. L. and Blackburn E. H. SI Nuclease sensitivity of a double-stranded telomeric DNA sequence // Nucl. Acids Res. 1987. -V. 15. -P. 6273-6292.

56. Burg M. В., Kwon E. D., Kultz D. Regulation of gene expression by hypertonicity // Annu. Rev. Physiol. 1997. - V. 59. - P. 437-455.

57. Carles C., Treich I., Bouet F., Riva M., Sentenac A. Two additional common subunits, ABC 10 and ВСЮ, are shared by yeast RNA polymerases // J. Biol. Chem. 1991. - V. 266. - P. 24092-24096.

58. Cermakian N., Ikeda Т. M., Cebergen R., and Gray M. W. Sequences homologous to yeast mitochondrial and bacteriophage T3 and T7 RNA polymerases are widespread throughout the eukaryotic lineage // Nucleic. Acids Res. 1996. - V. 24. - P. 648-654.

59. Chedin S., Riva M., Schultz P., Sentenac A., Carles C. The RNA cleavage activity of RNA polymerase III is mediated by an essential TFIIS-like subunit and is important for transcription termination // Genes Dev. 1998. -V. 12.-P. 3857-3871.

60. Cheetham G. M. Т., and Steitz T. A. Structure of a Transcribing T7 RNA Polymerase Initiation Complex // Science. 1999. - V. 286. - P. 2305-2309.

61. Cheetham G. M. Т., Jeruzalmi D., and Steitz T. A. Structural basis for initiation of transcription from an RNA polymerase-promoter complex //Nature. 1999.-V. 399. - P. 80-83.

62. Chernolovskaya E. L., Kobets N. D., Borissov R. G., Abramova Т. V., Vlassov V. V. Affinity modification of human chromatin with reactive derivatives of oligonucleotides // Febs Letters. — 1992. V. 303. -P. 269-271.

63. Chernolovskaya E. L., Koshkin A. A., Vlassov V. V. Interaction of DNA oligonucleotides with mdrl promoter // Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids. 2001. - V. 20. - P. 847-850.

64. Chetsanga C. J., Rushlow K., Boyd V. T. Caffeine enhancement of digestion of DNA by nuclease SI // Mutation Research. ~ 1976. V. 34. -№ l.-P. 11-20.

65. Christian D. S., Markus P., Thompson N., Kuhn L. C. Effect of Transcription Inhibitors on Iron-dependent Degradation of Transferrin Receptor mRNA // The American Soc. for Biochem. and Mol. Biol. -1995. V. 270. - P. 29400-29406.

66. Clark A. F., Lane D., Wilson K., Miggans S. Т., and McCartney M. D. Inhibition of dexamethasone-induced cytoskeletal changes in cultured human trabecular meshwork cells by tetrahydrocortisol // Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 1996. - V. 37. - P. 805-811.

67. Dignam, J. D., Lebovitz, R. M. and Roeder, R. G. Accurate transcription initiation by RNA polymerase II in a soluble extract from isolated mammalian nuclei//Nucleic Acids Res. 1983. - V. 11.-P. 1475-1489.

68. Dumay H., Rubbi L., Sentenac A., Marc C. Interaction between yeast RNA polymerase III and transcription factor TFIIIC via ABClOalpha and tau 131 subunits // J. Biol. Chem. 1999. - V. 274. - P. 33462-33468.

69. Edwards J. // www.mblab.gla.ac.uk/~juia/dict2.cgi 1768 2006.

70. Encio I. J., Deterawadleigh S. D. The genomic structure of the human glucocorticoid receptor// J. Biol. Chem. 1991.-V. 266. - P. 7182-7188.

71. Felton-Edkins Z. A., Farley J. A., Graham E. L., Jonston I. M.,. White R. J., Scott P. H. The mitogen-activated protein (MAP) kinase ERK induces tRNA synthesis.by phosphorylating TFIIIB // EMBO J. 2003. - V. 22. -P. 2422-2432.

72. Ferri M. L., Peyroche G., Siaut M., Lefebvre O., Carles C., Conesa C., Sentenac A. A novel subunit of yeast RNA polymerase III interacts with the TFIIS-related domain of TFIIIB // Mol. Cell Biol. 2000. - V. 20. -P. 488-495.

73. Frezza M. et al. Reversal of intrahepatic cholestasis of pregnancy in women after high dose S-adenosyl-L-methionine administration // Hepatology. 1984. - V. 274. - № 4. - P. 4-274.

74. Geiduschek E. P., Kassavetis G. A. The RNA polymerase III transcription apparatus//J. Mol. Biol. 2001. - V. 310.-P. 1-26.

75. Ghavidel A., Schultz M. C. TATA binding protein-associated CK2 transduces DNA damage signals to the RNA polymerase III transcriptional machinery//Cell.-2001,-V. 106.-P. 575-584.

76. Gierman H. J., Indemans M. H. G., Koster J., Goetze S., Seppen J., Geerts D., van Driel R., and Versteeg R. Domain-wide regulation of gene expression in the human genome // Genome Res. 2007. - V. 17. -P. 1286-1295.

77. Gimautdinova О. I., Kuznetsov P. A., Panin L. E. A transcription initiation with the participation of the tetrahydrocortisol-apolipoprotein A-I complex // Proceed. Progressive Sci. Technologies for Human Health. —? Ukraina: Feodosia. 2003. - P. 48-49.

78. Glattard E., Muller A., Aunis D., Metz-Boutigue M. H., Stefano G. В., -and Goumon Y. Rethinking the opiate system? Morphine and morphine-6-glucuronide as new endocrine and neuroendocrine mediators // Med. Sci. Monit. 2006. - V. 12. - P. 25-27.

79. Gottesfeld J. V. Novobiocin inhibits RNA polymerase III transcription in vitro by a mechanism distinct from DNA topoisomerase II // Nucleic Acids Res. 1986. - V. 14. - P. 2075-2088.

80. Haile D. J., Rouault T. A. Cellular Regulation of the Iron-Responsive Element Binding Protein: Disassembly of the Cubane Iron-Sulfur Cluster Results in High-Affinity RNA Binding // Proc. Natl. Acad. Sci USA. -1992. V. 89. - P. 11735-11739.

81. Haltiner M. M., Smale S. Т., Tjian R. Two distinct promoter elements in the human rRNA gene identified by linker scanning mutagenesis // Mol. Cell. Biol. 1986. - V. 6. - P. 227-235.

82. Handwerger S., Myers S., Richards R., Richardson В., Turzai L., Moeylcins C., Meyer Т., Anantharamahiah G. M. Apolipoprotein A-I stimulates placental lactogen expression by human trophoblast cells // Endocrinology. 1995. - V. 136. - P. 5555-5560.

83. Hatch F. Т., Less R. S. Practical methods for plasma lipoprotein analysis. // Adv. Lipid Res. 1968. - V. 6. - P. 2-68.

84. Hockman D. J., Schultz M. C. Casein kinase II is required for efficient transcription by RNA polymerase III // Mol. Cell. Biol. 1996. - V. 16. -P. 892-898.

85. Holmquist G. DNA sequences in G-bands and R-bands // Chromosomes and Chromatin. Boca Raton: C. R. C. Rress. - 1988. - Vol. 2. - P., 75-121.

86. Hu P., Wu S., Hernandez N. A minimal RNA polymerase III transcriptional system from human cells reveals positive and negative regulatory roles for CK2 // Mol. Cell. Biol. 2003. - V. 12. - P. 699-709.

87. Hu P., Wu S., Sun Y., Yuan С. C., Kobayashi R., Myers M. P., Hernandes N. Characterization of human RNA polymerase III identifies ortholog for Saccharomyces cerevisiae RNA polymerase III subunit // Mol. Cell. Biol. 2002. - V. 22. - P. 8044-8055.

88. Ikeda R. A., and Richardson С. C. Enzymatic properties of a proteolytically nicked RNA polymerase of bacteriophage T7 // J. Biol. Chem. 1987. - V. 262. - P. 3790-3799.

89. Jeltsch A. Beyond Watson and Crick: DNA methylation and molecular enzymology of DNA methyltransferases // Chem. Bio. Chem. (on line). -2002.-V. 3.-P. 274-293.

90. Jeruzalmi D., and Steitz T. A. Structure of T7 RNA polymerase complexed to the transcriptional inhibitor T7 lysozyme // EMBO J. 1998. -V. 17.-P. 4101-4113.

91. Johnston I. M., Allison S. J., Morton J. P., Schramm L., Scott P. H., White R. J. CK2 forms a stale complex with TFIIIB and activates PNA polymerase III transcription in human cells // Mol. Cell. Biol. 2002. -V. 22.-P. 3757-3768.

92. Kaiser K., Meisterrernst M. The human general cofactors // Trends Biochem. Sci. 1996. - V. 21. - P. 342-345.

93. Kanda Y., Richards R. G., Handwerger S. Apolipoprotein A-I stimulates human placental lactogen release by activation of MAP kinase // Mol. Cell. Endocrinol. 1998.-V. 1431.-P. 125-31.

94. Karlinsey J., Stamatoyannopoulos G., Enver T. Simultaneous purification of DNA and RNA from small numbers of eukaryotic cells. v, //Anal. Biochem. 1989.-V. 180.-P. 303-306.

95. Kerppola Т. K. Transcriptional cooperativity: bending over backwards and doing the flip // Structure. 1998. - V. 6. - P. 549-554.

96. Kisseleva Т., Bhattacharya S., Braunstein J. and Schindler C. W. Signaling through the JAKASTAT pathway, recent advances and future challenges // Gene. 2002. - V. 285. - P. 1-24.

97. Knorre D. G., Vlassov V. V. Affinity modification of biopolymers // С R С Press. Boca: Raton, FL. - 1989.

98. Kornberg R. D., and Lorch Y. Chromatin-modifying and remodeling complexes // Current Opin. in Genetics & Develop. - 1999. - V. 9. -P. 148-151.

99. Kroeker W. D., Kowalski D. Gene-sized pieces produced by digestion of linear duplex DNA with mung bean nuclease // Biochemistry. 1978. -V. 17. -№. 16.-P. 3236-43.

100. Kulkens Т., Riggs D. L., Heck J. D., Planta R. J., Nomura M. The yeast RNA polymerase I promoter: ribosomal DNA sequences involved in transcription initiation and complex formation in vitro // Nucleic Acids Res. 1991. - V. 19. - P. 5363-5370.

101. Kunitsyn V. G., Panin L. E., Polyakov L. M. Anomalous change of viscosity and conductivity in blood plasma lipoproteins in the physiological temperature range // Intern. J. Quantum Chemistry. 2001. - V. 81. - P. 348-369.

102. Laemmli U. K. Ckeavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4. // Nature. 1970. - V. 227. - P. 680-685.

103. Lan N. C., Karin M., Nguen T. Mechanism of glucocorticoid hormone atcion // J. Ster. Biochem. 1984. - V. 20. - P. 77-88.

104. Lercher M. J., Urrutia A. O., Pavlicek A., and Hurst L. D. A unification of mosaic structures in the human genome // Hum. Mol. Genet. 2003. -V. 12.-P. 2411-2415.

105. Li E. Chromatin modification and epigenetic reprogramming in mammalian development // Nat. Rev. Genet. 2002. - V. 3. - P. 662-673.

106. Li Y., Moir R. D., Sethy-Coraci I. K., Warner J. R., Willis I. M. Repression of ribosome and tRNA synthesis in secrecion-defective cells is signaled by a novel branch of the cell integrity patway // Mol. Cell. Biol. -2000.-V. 20.-P. 3843-3851.

107. Libri V., Onori A., Fanciulli M., Passananti C. and Corbi N. The artificial zinc finger protein "Blues" binds the enchancer of the fibroblast growth 4 and represses transcription // FEBS Lett. 2004. - V. 560. -P. 75-80.

108. Liu W.-M., Chu W.-M., Choundary P. V. and Schmid C. W. Cell stress and translational inhibitors transiently increase the abundance of mammalian SINE transcripts // Nucleic Acids Res. 1995. - V. 23. - P. 1758-1765.

109. Mangelsford D. J., Thummel C., Beato M., Herrlich P., Schutz G., Umesono K., Blumberg В., Kastner P., Mark M., Chambon P., Evans R.M. // Cell. 1995. - V. 83. - P. 835-839.

110. Manley J. L. Nuclear coupling: RNA processing reaches back to transcription // Nat. Struct. Biol. 2002. - V. 9. - P. 790-791.

111. Markov D., Naryshkina Т., Mustaev A. Severinov K. A zinc-binding site in the largest subunit of DNA-dependent RNA polymerase is involved in enzyme assembly // Genes Dev. 1999. - V. 13. - P. 2439-2448.

112. Martin С. Т., Muller D. K., and Coleman J. E. Processivity in early stages of transcription by T7 RNA polymerase // Biochemistry. 1988. - V. 27.-P. 3966-3974.

113. Matouk С. C., Marsden P. A. Epigenetic Regulation of Vascular Endothelial Gene Expression // Circulation Research. 2008. - V. 102. -P. 873-887.

114. McAllister W. T. and Raskin C. A. The phage RNA polymerases are related to DNA polymerases and reverse transcriptases // Mol. Microbiol. -1993.-V. 10.-P. 1-6.

115. McKeon C., Schmidt A., deCrombrugghe B. A sequence conserved in both the chicken and mouse alpha 2(1) collagen promoter contains sites sensitive to SI nuclease // The Journal of Biological Chemistry. 1984. -V. 259. - № 10. - P. 6636-6640.

116. Miller K. G., Tower J., Sollner-Webb B. A complex control region of the mouse rRNA gene directs accurate initiation by RNA polymerase I // Mol. Cell. Biol. 1985. - V. 5. - P. 554-562.

117. Muller D. K., Martin С. Т., and Coleman J. E. Processivity of proteolytically modified forms of T7 RNA polymerase // Biochemistry. — 1988. -V. 27.-P. 5763-5771.

118. Myers L. C., and Kornberg R. D. Mediator of transcriptional regulation // Annu. Rev. Biochem. 2000. - V. 69. - P. 729-749.

119. Narlikar G. J., Fan H. Y., Kingston R. E. Cooperation between complexes that regulate chromatin structure and transcription // Cell. 2002. -V. 108.-P. 475-487.

120. Nikitina Т. V., Nazarova N. Y., Aksenov N. D., Tishchenko L. I., Tuohimaa P., Sedova V. M. Small stable RNA level depends on the physiological state of the cell // Cytology. 2004. - V. 46. - P. 437-441.

121. Ogata K., Sato K. and Tahirov T. Eukaryotic transcriptional regulatory complexes: cooperativity from near and afar // Current Opin. in Struct. Biology. 2003. - V. 13. - P. 40-48.

122. Panin L. E., Tuzikov F. V., Gimautdinova О. I. Tetrahydrocortisol-apolipoprotein A-I complex specifically interacts with eukaryotic DNA and GCC elements of genes // J. Steroid Biochem. and Mol. Biol. 2003. -V. 87.-P. 309-318.

123. Pombo A. Cellular genomics: which genes are transcribed, when and where? // Trends in Biochem. Sci. 2003. - V. 28. - P. 6-9.

124. Protasevich I. I., Memelova L. V., Kochetkov S. N., and Makarov A. A. The studies of cooperative regions in T7 RNA polymerase // FEBS Lett. -1994. -V. 349.-P. 429-432.

125. Quandt К., Freeh К., Karas H., Wingender E. and Werner T. Matlnd and Matlnspector: new fast and versatile tools for detection of consensus matches in nucleotide sequence data // Nucleic Acids Res. 1995. — V. 23. — P. 4878-4884.

126. Reddy M. V. Nuclease SI-mediated enhancement of the 32P-postlabeling assay for aromatic carcinogen-DNA adducts // Carcinogenesis. 1991. - V.12. - № 9. - P. 1745-1748.

127. Reese J. C. Basal transcription factors // Curr Opin Genet Dev., 2003. -V. 13. - № 2. - P. 114-118.

128. Roeder R. G. The role of general initiation-factors in transcription by RNA-polymerase-II // Trends Biochem. Sci. 1996. - V. 249. - P. 327-335.

129. Romanov V. V., Starostina V. K. DNA covalently bind to AE-cellulose // Biotechnologiya. 1987. — V. 3.-P. 618-623.

130. Rozenfeld S., Thuriaux P. A genetic look at the active site,of RNA polymerase III // EMBO Repts. 2001. - V. 2. - P. 598-603.

131. Rykova E. Yu., Pautova L. V., Yakubov L. A., Karamyshev V. N., Vlassov V. V. Serum immunoglobulins interact with oligonucleotides // FEBS Lett. 1994. - V. 344. - P. 96-98.

132. Sambrook J., Fritsch E. F. and Maniatis J. Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Edn., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor. New York. 1989. - P. 583.

133. Scharmm L., Hernandez N. Recruitment of RNA polymerase III to its target promoters // Genes Dev. 2002. - V. 16. - P. 2593-2620.

134. Schliess F., Haussinger D. The cellular hydration state: role in apoptosis and proliferation // Signal Transduction. 2005. - V. 6. - P. 297-302.

135. Schultz M. C. Target of rapamycin (TOR) signaling coordinates tRNA and 5S rRNA genes transcription with growth rate in yeast // Gene Ther. Mol. Biol. 1999. - V. 4. - P. 339-348.

136. Schwahn В. C., Wendel U., Lussier-Cacan S., Mar M. H., Zeisel S. H., Leclerc D., Castro C., Garrow T. A., Rozen R. Effects of betaine in a murine model of mild cystathionine-beta-synthase deficiency // Metabolism. 2004. -P. 53.-P. 594-599.

137. Schwartz M. L., Shneidman P. S. Actinomycin prevents the destabilization of neurofilament mRNA in primary sensory neurons // J. Biol. Chem. 1992. - V. 267. - P. 24596-24600.

138. Seraj M. J., Umemoto A., Tanaka M., Kajikawa A., Hamada K., Monden Y. DNA adduct formation by hormonal steroids in vitro // Mutat. Res. -1996.-V. 370.-P. 49-59.

139. Sheikh-Hamad D., Garcia-Perez A., Ferraris J. D., Peters E. M., Burg M. B. Induction of gene expression by heat shock vs. osmotic stress // Am J Physiol Renal Fluid Electrolyte Physiol. 1994. - V. 267. - P. F28-F34.

140. Sheridan R. B. Huang, P. C. Single strand breakage and repair in eukaryotic DNA as assayed by SI nuclease // Nucleic Acids Research. — 1977. -V. 4. -№ 2. P. 299-318.

141. Singer G. A., Lloyd А. Т., Huminiecki L. В., and Wolfe К. H. Clusters of Co-expressed genes in mammalian genomes are conserved by natural selection // Mol. Biol. Evol.- 2005.- V. 22.- P. 767-775.

142. Sousa R. Structural and mechanistic relationships between nucleic acid polymerases//Trends. Biochem. Sci. 1996. - V. 21. - P. 186-190.

143. Sousa R., Chung Y. Т., Rose J. P., and Wang B.-C. Crystal structure of bacteriophage T7 RNA polymerase at 3.3 A resolution // Nature. 1993. -V. 364. - P. 593-599.

144. Steitz T. A., Smerdon S. J., Jager J., and Joyce С. M. A unified polymerase mechanism for nonhomologous DNA and RNA polymerases // Science. 1994. - V. 266. - P. 2022-2025.

145. Sudarsanam P. and Winston F. The Swi\Snf family nucleosome -remodeling complexes and transcriptional control // Trends in genetics. -2000.-V. 16.-P. 345-351.

146. Suelter С. H. A Practical Guide to Enzymology // Biochemistry: A series of monographs. 1985. P. 441-447.

147. Tan Q., Prysak M. H., Woychik N. A. Loss of the Rpb4\Rpb7 subcomplex in a mutant form of the Rpb6 subunit shared by RNA polymerase I, II and III // Mol. Cell Biol. 2003. - V. 23. - P. 3329-3338.

148. Thuriaux P., Sentenac A. Yeast nuclear RNA polymerases // Molecular and cellular biology of the yeast Saccharomyces. Gene Expression / Eds. J. R

149. Broach., J. R. Pringle, E. W. Jones. N. Y: Cold Spring Harbor Lab. Press. -1992. -V. 2.-P. 1-48.

150. Verrijzer C. P., Tjian R. Tafs mediate transcriptional activation and promoter selectivity // Trends Biochem. Sci. 1996. - V. 21. - P. 338-342.

151. Vesely B. A., Alii A. A., Song S. J., Gower Jr. W. R., Sanchez-Ramos J., and Vesely D. L. Four peptide hormones' specific decrease (up to 97%) of human prostate carcinoma cells // European Journal of Clin. Invest. 2005. -V. 35.-№ 11.-P. 700-710.

152. Vogt V. M. Purification and further properties of single-strand-specific nuclease from Aspergillus oryzae // European Journal of Biochemistry. -1973.-V. 33.-№ l.-P. 192-200.

153. Wallace A. M., Banfield E., Ingram M., Fraser R., Swan L., Hillis W. S., and Connell J. M. Glucocorticoids contribute to the heritability of leptin in Scottish adult female twins // Clin. Endocrinol. (Oxf). 2004. - V. 61. -P. 149-154.

154. Wells L., Whelan S. A., Hart G. W. O-GlcNAc: a regulatory post-translational modification. Biohem. Biophys. Res. Commun. 2003. — V. 302.-P. 435-441.

155. Werner M., Hermann-Le Denmat S., Treich I., Sentenac A., Thuriaux P. Effect of mutations in the zinc-binding domain of yeast RNA-polymerase С (III) on enzyme function and subunit association // Mol. Cell. Biol. 1992. -V. 12. -P. 1087-1095.

156. Westmark C. J., Ghose R., Huber P. W. Inhibition of RNA polymerase III transcription by a ribosome-associated kinase activity // Nucleic Acids Res. 1998. - V. 26. - P. 4758-4764.

157. Wettstein M., Haussinger D. Cytoprotection by the osmolytes betaine and taurine in ischemia-reoxygenation injury in the perfused rat liver // Hepatology. 1997. - V. 26. - P. 1560-1566.

158. Wilken D. R., McMacken M. L., Rodriquez A. Choline and betaine aldehyde oxidation by rat liver mitochondria // Biochim. Biophys. Acta. -1970. -V. 216.-P. 305-317.

159. Wingender E., Dietze P., Karas H., Knuppel R. TRANSFAC: a database on transcription factors and their DNA binding sites // Nucleic Acids Res. — 1996.-V. 24.-P. 238-241.

160. Woychik N. A. and Hampsey M. The RNA Polymerase II Machinery Structure Illuminates Function // Cell. 2002. - V. 108. -P. 453-463.

161. Woychik N. A. Fractions to functions: RNA polymerase II thirty years later // Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1998. - V. 63. -P. 311-317.

162. Zhang Y., and Reinberg D. Transcription regulation by histone methylation: interplay between different covalent modifications of the core histone tails // Genes Dev. 2001. - V. 15. - P. 2343-2360.

163. Zhao X. and Herr W. A Regulated Two-Step Mechanism of TBP Binding to DNA A Solvent-Exposed Surface of TBP Inhibits TATA Box Recognition 11 Cell. 2002. - V. 108. - P. 615-627.

164. Zingg J. M., Jones P. A. Genetic and epigenetic aspects of DNA methylation on genome expression, evolution, mutation and caranogenesis // Carcinogenesis. 1997. - V. 18. - P. 869-882.