Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Молекулярная эволюция β-эстеразных генов в подгруппе Drosophila melanogaster

ВАК РФ 03.00.15, Генетика

Содержание диссертации, доктора биологических наук, Балакирев, Евгений Станиславович

I. ВВЕДЕНИЕ.

1.1. Проблема отбора и нейтральности на молекулярном уровне.

1. 2. Проблема эволюции дупликаций.

1.3. Р-эстеразный кластер генов.

1.4. Эволюция псевдогенов.

1. 5. Гомеобокс-содержащие гены tin и bap.

1. 6. Объем диссертационной работы.

II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2. 1. Исследованные линии и виды подгруппы D. melanogaster.

2. 2. Аллозимный электрофорез.

2. 3. Амплификация, клонирование и секвенирование генов.

2. 4. Анализ последовательностей ДНК.

III. РЕЗУЛЬТАТЫ.

3. 1. Полиморфизм и дивергенция последовательностей ДНК.

3. 2. Рекомбинация и генная конверсия.

3. 3. Структура гаплотипоЕ и дифференциация популяций.

3. 4. Распределение изменчивости и дивергенции.

3. 5. Межлокусные взаимодействия.

3.6. Тесты на нейтральность.

3. 7. Энтропия и нуклеотидный состав.

IV. ОБСУЖДЕНИЕ.

4. 1. Филогеография D. melanogaster.

4. 2. Сравнительная характеристика функционально связанных генов. 104 4. 3. Соотношение нейтральных факторов и отбора при формировании паттерна нуклеотидной изменчивости.

4. 4. Псевдогены, потогены и интергены.

V. ВЫВОДЫ.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Молекулярная эволюция β-эстеразных генов в подгруппе Drosophila melanogaster"

1.1. Проблема отбора и нейтральности на молекулярном уровне

Генетическая изменчивость, механизмы ее поддержания и важность для эволюции, была и остается одной из основных и все еще не разрешенных проблем эволюционной биологии (Алтухов, 1989; Lewontin, 1974; Ayala, 1976; Kimura, 1983; Nei, 1987). С одной стороны, убедительно показано, что нейтральные факторы играют значительную роль в динамике генетической изменчивости (Kimura, 1983). С другой стороны, выявлено, что потеря изменчивости, обусловленная, например, значительным снижением численности, может иметь негативные последствия для вида (Алтухов, 1989;Mitton, 1998). Неясность данного вопроса во многом связана с методическими сложностями анализа генетической изменчивости. До недавнего времени исследователям были доступны методы лишь частично или косвенно характеризующих генетическую изменчивость (аллозимы, рестрикционный анализ и др.). Результаты этих работ, тем не менее, позволили выявить огромный резерв генетической изменчивости на молекулярном уровне. Это открытие стимулировало дальнейшее проведение многочисленных теоретических и экспериментальных исследований и явилось причиной длительного и плодотворного противоборства идей нейтральности и селективности на молекулярном уровне (нейтралистско-селекционистская полемика). Рассмотрим кратко некоторые аспекты этой полемики.

Нейтральная теория признает, что морфологические, функциональные и поведенческие признаки организмов эволюционируют под влиянием естественного отбора, оперирующего через посредство адаптивных изменений в ДНК. Сторонники этой теории утверждают, что, существенная часть эволюционных изменений в ДНК (и, следовательно, в белках, кодируемых ДНК), тем не менее, происходит за счет случайного процесса ошибок выборочное™ в чреде генераций (Kimura, 1968, 1983; King and Jukes, 1969; Kimura and Ohta, 1971).

Нейтральная теория принимает, что большая доля всех вновь возникающих мутаций является вредоносной. Эти вредные генетические варианты элиминируются, или сегрегируют при очень низких частотах, за счет действия негативного отбора. Сторонники нейтральной теории утверждают, что по многим, возможно, большинству, генным локусам имеется большое число мутантов, которые являются эффективно эквивалентными в отношении к адаптации. Каждый из этих нейтральных мутантов положительно отбирается относительно вредоносных, но носители альтернативных функциональных генотипов не различаются по приспособленности; их частоты в популяциях следовательно не находятся под влиянием естественного отбора. Так как природные популяции состоят из конечного числа особей, частоты нейтральных мутаций будут изменяться от генерации к генерации, вследствие выборочного дрейфа. Следовательно, предсказывается, что различия последовательностей ДНК или белков между видами обусловлены в основном случайными процессами, а не естественным отбором. Внутривидовой генетический полиморфизм представляет, в соответствии с нейтральной теорией, переходное состояние в популяциях, идущее от фиксации одного аллеля по направлению к фиксации другого, адаптивно эквивалентного аллеля.

Теория эволюции посредством естественного отбора, со своей стороны, признает, что генетические частоты находятся под влиянием стохастического процесса ошибок выборочности. Полемика между двумя теориями заключается в следующем: являются ли генетические различия между видами и генетический полиморфизм в пределах популяций результатом исключительно (или главным образом) стохастических процессов, как утверждается нейтральной теорией, или должны быть постулированы неслучайные процессы, как утверждается теорией естественного отбора (Алтухов, 1989; Lewontin, 1974; Ayala, 1976, 1997, 1999).

Нейтральная теория эволюции делает определенные предсказания в отношении паттернов генетического полиморфизма в популяциях и различий между видами. Следовательно, имеется возможность для критического тестирования наличия (или отсутствия) конгруэнтности между предсказаниями, выведенными из теории и результатами релевантных наблюдений и экспериментов. Нейтральная теория действительно была подвергнута многостороннему эмпирическому тестированию.

Одно семейство тестов исследует теоретическое ожидание постоянства скорости молекулярной эволюции генов и белков. Теория нейтральности принимает, что число нуклеотидных или аминокислотных замен (со средним значением М = kt, где к - это частота нейтральных мутаций и t - это время в годах), аккумулирующихся после дивергенции видов от общего предка, следует распределению Пуассона. Данное распределение характеризуется тем, что дисперсия, V, является равной среднему значению, М, и поэтому, ожидаемое значение отношения дисперсии к среднему значению теоретически должно быть равно единице, R = V/M= 1 (Kimura and Ohta, 1971; Kimura, 1983). В многочисленных исследованиях, однако, показано, что гены и белки эволюционируют более неравномерно, чем допускается нейтральной теорией. Наблюдаемые значения R часто существенно отклоняются от единицы (так называемые "сверхрассредоточенные" молекулярные часы, Gillespie, 1989, 1991), что подвергает сомнению правомерность модели молекулярных часов (Gillespie, 1991; Ayala, 1999). В связи с этим было предложено несколько гипотез, которые модифицировали предсказания нейтральной теории, допуская большую дисперсию эволюционных скоростей (Ayala, 1999). Показано, однако, что предсказания, полученные на основании любой из производных гипотез также не выдерживаются. Детальные исследования различных генов доказывают, что скорости молекулярной эволюции варьируют от одной группы организмов к другой и от одного временного периода к другому, в несогласующихся паттернах (Ayala, 1997, 1999; Rodriguez-Trelles et al., 2001).

Другое семейство тестов исследует распределение внутривидовой генетической изменчивости и оценивает степень его соответствия нейтральным моделям. К настоящему времени накоплено огромное количество данных в рамках этого подхода, полученных в основном с использованием аллозимных маркеров. Аллозимные маркеры имеют однозначную генетическую интерпретацию, обладают высокой надежностью и оказываются пригодными для выяснения общих тенденций в уровне генетической изменчивости (см. обзоры на эту тему Nevo et al., 1984; Ward et al., 1992). Аллозимы оказались особенно плодотворными маркерами при исследованиях популяционной структуры (Корочкин и др., 1977; Кирпичников, 1987; Алтухов, 1989; Алтухов и др., 1989), регуляции и экспрессии генов (Корочкин, 1995; Корочкин и др., 1977; Korochkin et al., 1990), а также при эволюционных исследованиях в метаболическом контексте (Watt, 1994; Watt and Dean, 2000). Однако эти маркеры оказались менее эффективными для решения проблемы отбора и нейтральности на молекулярном уровне (Lewontin, 1991; Kreitman and Akashi, 1995; Barbadilla et al., 1996; David, 1998; Hey, 1999; Veuille, 2000). Возможно, это обусловлено тем, что аллозимы маркируют лишь небольшую долю генома (вероятно, менее 2%), так как, некодирующие последовательности составляют более 98% генома (Adams et al., 2000; Rubin et al., 2000; Lander et al., 2001; Waterston et al., 2002) и выявляют лишь несинонимичные мутации, приводящие к изменению суммарного заряда белка. В ряде случаев результаты аллозимных исследований могут быть одинаково убедительно интерпретированы как с позиции отбора, так и с позиции нейтральности. Приведем ряд примеров данного тезиса.

1. Аллозимная изменчивость у морских беспозвоночных: адаптивная стратегия или особенности макроэволюции?

С использованием большого набора аллозимных маркеров (до 100 и более локусов) мы исследовали внутривидовой аллозимный полиморфизм у губки Suberites domuncula (Балакирев и Манченко, 1985а), актинии Anthopleura orientalis (Манченко и Балакирев, 1984), немертины Lineus torquatus (Балакирев и Манченко, 1984; Balakirev and Manchenko, 1984b), брахиоподы Coptothyris grayi (Балакирев и Манченко, 19856), сипункулиды Phascolosoma japonicum (Балакирев и Манченко, 1983; Balakirev and Manchenko, 1984а), моллюсков Swiftopecten swifti, Mizuhopecten yessoensis, Chlamys farreri nipponensis (Balakirev et al., 1995), Mytilus trossulus, M. edulis, M. galloprovincialis (Зайкин и Балакирев, 1989; МакДональд и др., 1990), Crenomytilus grayanus и Modiolus difflcilis (Балакирев, 1985, 19876; Балакирев, неопубликованные данные), иглокожего Scaphechinus mirabilis (Манченко и Балакирев, 1982), ракообразного Paralithodes camtschaticus (Балакирев и Федосеев, 1994, 1999, 2000а, 20006, 2001), и асцидии Halocynthia aurantium (Балакирев и Манченко, 19856). Кроме этого, у разнообразных видов морских организмов исследована аллозимная изменчивость аланопин дегидрогеназы (Манченко и Балакирев, 1985; Manchenko and Balakirev, 1986), неорганической пирофосфатазы (Балакирев, 1984; Balakirev, 1985), глутатион редуктазы (Balakirev and Zaykin, 1990а), формальдегид дегидрогеназы (Балакирев и Зайкин, 1988; Balakirev and Zaykin, 1990b), гистонов (Манченко и др., 1984) и других белков (Манченко и Балакирев, 1979; Manchenko and Balakirev, 1980а). Для сравнительных целей исследована также изменчивость аллозимов у высшего гриба Boletus edulis (Manchenko and Balakirev, 1980b),

В подавляющем большинстве случаев выявлен очень высокий уровень аллозимной изменчивости; существенно более высокий чем, например, у позвоночных организмов (Nevo et al., 1984; Ward et al., 1992). Однако у крупного ракообразного - камчатского краба Paralithodes camtschaticus обнаружен очень низкий уровень изменчивости, существенно ниже, чем в среднем у позвоночных организмов (Балакирев и Федосеев, 1994, 1999, 2000а, 20006, 2001).

Полученные нами данные находятся в соответствии с результатами других авторов, исследующих аллозимный полиморфизм. При анализе распределения изменчивости в разных таксономических группах обнаруживаются определенные тенденции: наиболее низкие значения гетерозиготности характерны для крупных, обычно подвижных форм; мелкие малоподвижные организмы обычно обладают существенно более высоким уровнем изменчивости (Nevo et al., 1984; Ward et al., 1992). Первая группа в основном включает позвоночные организмы, вторая -беспозвоночные. Однако аналогичная закономерность выявляется и при рассмотрении отдельных групп организмов, например, ракообразных. В пределах этой группы обнаружена аналогичная закономерность: у крупных и подвижных форм (крабы и другие, десятиногие ракообразные) выявлены низкие значения гетерозиготности, тогда как у мелких и малоподвижных форм (усоногие, веслоногие, ветвистоусые и криль) значения гетерозиготностей существенно выше (Nelson and Hedgecock, 1980; Hedgecock et al., 1982).

Данные наблюдения могут быть объяснены различной стратегией генетической адаптации (Levins, 1968) крупных и мелких форм к внешней среде. Крупные относительно подвижные организмы, воспринимают среду как "мелкозернистую", что должно привести к фиксации наиболее благоприятных аллелей по многим локусам и соответственному снижению общего генетического разнообразия. Мелкие малоподвижные организмы, воспринимают внешнюю среду как "грубозернистую", что благоприятствует отбору, повышающему общий размах изменчивости вида. Данное объяснение исходит из превалирующей роли естественного отбора в определении уровня изменчивости вида (Levins, 1968). Однако выявленное различие в уровне изменчивости у мелких и крупных организмов может быть объяснено и без привлечения гипотезы адаптивной стратегии. Так, в соответствии с нейтральной теорией молекулярной эволюции величина генетического разнообразия определяется частотой мутаций и эффективной численностью вида (Kimura, 1983). Основным источником мутаций являются ошибки при репликации ДНК в процессе деления половых клеток. Следовательно, в любой произвольный период времени организмы с коротким временем генерации будут проходить через большее число генераций и, следовательно, большее число раундов делений половых клеток (репликаций ДНК), чем организмы с длительным временем генерации. Отсюда ожидается, что у видов с коротким временем генерации скорость молекулярной эволюции должна быть выше, чем у видов с длительным временем генерации (гипотеза эффекта времени генерации (Laird et al., 1969)). Гипотеза эффекта времени генерации нашла подтверждение при сравнительных исследованиях скорости молекулярной эволюции у грызунов, приматов и человека (Gu and Li, 1992), а также растений (Gaut et al., 1992). Положительная корреляция между величиной внутривидового полиморфизма и скоростью молекулярной эволюции предсказывается нейтральной теорией (Kimura, 1983) и подтверждается экспериментальными данными (Skibinski et al., 1993). Время генерации у мелких организмов обычно значительно меньше, чем у крупных. Например, у мелких ракообразных время генерации составляет от 0,1 до 2 лет, в то время как у крупных может достигать 10-12 лет. Таким образом, гипотеза эффекта времени генерации удовлетворительно объясняет различие генетической изменчивости, выявленное для крупных и мелких форм организмов.

Исходя из нейтральной теории молекулярной эволюции, наблюдаемое различие гетерозиготности у мелких и крупных форм также достаточно хорошо объясняется различием эффективной численности их популяций. Эффективная численность обычно значительно меньше реальной численности, что может быть обусловлено, например, флуктуациями численности во времени и неравной численностью самок и самцов, участвующих в размножении (Wright, 1931,1938). Такие события менее вероятны для морской среды, что наряду с особенностями эволюционной истории морских беспозвоночных (больший геологический возраст по сравнению с позвоночными организмами) достаточно легко может объяснить различие в уровнях генетической изменчивости этих групп организмов.

Таким образом, различия в уровне аллозимной изменчивости между позвоночными и беспозвоночными (как и в общем случае - между крупными и мелкими формами организмов), могут быть обусловлены как особенностями макроэволюционной истории (отсутствием значительных изменений численности во времени) и большим объемом популяций у мелких форм в сравнении с крупными (то есть, нейтральными факторами), так и стратегией генетической адаптации. Низкий уровень аллозимная изменчивости у камчатского краба может быть объяснен как селективными факторами (стратегия крупного зерна), так и нейтральными причинами (низкая эффективной численности вида).

2. Существенное отличие уровня аллозимной изменчивости у трех видов гребешков: различия во времени существования видов или особенности биологии?

При исследовании трех видов гребешков (Balakirev et al., 1995) мы обнаружили, что уровень аллозимной изменчивости у малоподвижного вида, формирующего друзы (Chlamys farreri nipponensis) существенно выше, чем у подвижных видов гребешков (Swiftopecten swifti и Mizuhopecten yessoensis). Интересно, что возраст исследованных видов существенно различается. Chlamys farreri nipponensis принадлежит к древнему роду Chlamys, известному с триаса; раковины Chlamys находят в отложениях, имеющих возраст не менее 200 миллионов лет. Роды Swiftopecten и Mizuhopecten отделились от рода Chlamys относительно недавно, около 20-30 миллионов лет назад в позднем олигоцене и раннем миоцене (Waller, 1991). Как следует из геологической летописи, роды Swiftopecten и Mizuhopecten значительно моложе рода Chlamys. Таким образом, выявляется прямая связь между геологическим возрастом вида и уровнем генетической изменчивости, как и предсказывается нейтральной теорией молекулярной эволюции. С другой стороны, эти же данные достаточно убедительно объясняются и с селекционной позиции (различные стратегии адаптации, см. выше). Исследованные виды имеют контрастные биологические характеристики: Chlamys farreri nipponensis является малоподвижным видом, формирующим друзы, тогда как Swiftopecten swifti и Mizuhopecten yessoensis способны передвигаться. Исходя из гипотезы стратегии адаптации к внешней среде подвижный вид должен быть менее изменчив, поскольку он воспринимает среду как мелкозернистую, в отличие от неподвижного вида, воспринимающего среду как грубозернистую, что и наблюдается в наших данных. Таким образом, полученные результаты достаточно убедительно объясняются как с селекционной позиции (различные стратегии адаптации подвижных и малоподвижных форм, см. выше), так и с нейтральной позиции (существенные различия во времени существования видов).

3. Микропространственная изменчивость у мидии Грея: отбор по местообитанию или пецилогония?

При исследовании внутривидовой аллозимной изменчивости у морского двустворчатого моллюска Crenomytilus grayanus (Балакирев, 1983, 1986а, 19866, 1987а, 19876, 1988а, 19886; Балакирев и Пудовкин, 1984; Пудовкин и Балакирев, 1985) обнаружена микропространственная и временная неоднородность его поселений. Если предположить, что во время личиночной стадии происходит полное перемешивания генофонда вида, то генетическая неоднородность наиболее вероятно возникает вследствие действия отбора по местообитанию. Следовательно, результаты данной работы могут рассматриваться как веское свидетельство действия естественного отбора в отношении изученного полиморфизма. Однако, известно, что распространение личинок может происходить не случайно, за счет, например, такой особенности биологии моллюсков как "пецилогония", при которой часть личинок остается вблизи родительских особей (Hoagland and Robertson, 1988; Krug, 1998; Gibson et al., 1999; Morgan et al., 1999; Schulze et al., 2000). Если часть личинок после нереста мидий не покидает родительские друзы, это может привести к накоплению генетических различий между соседними друзами за счет ограничения миграции (и сопутствующего дрейфа генов), а не действия отбора по местообитанию.

4. Аллозимные отличия поселений модиолуса Modiolus difficilis, расположенных на грунтах различной плотности: отбор по местообитанию или "скрытые" виды?

При эколого-генетическом исследовании двустворчатого моллюска Modiolus difficilis (Прийма и Балакирев, 1984, 1986, 1988) выявлена отчетливая связь между типом грунта (мягкий - ил и твердый - скалы) и частотами аллелей по локусу Lap. Эта связь не зависит от расстояния между исследованными поселениями моллюска. Так, поселения, находящиеся на расстоянии десятков километров, но расположенные на сходных грунтах, генетически оказываются ближе, чем поселения, разделенные десятками метров, но приуроченные к разным типам грунтов. В жизненном цикле модиолуса имеется стадия пелагической личинки, продолжающаяся 1-2 месяца. Этого времени достаточно, чтобы нивелировать любые генетические отличия, обусловленные стохастическими причинами. Следовательно, выявленная связь между генетическим сходством поселений и типом грунта, вероятно, обусловлена либо действием естественного отбора (внутривидовая дифференциация), либо присутствием "скрытых" видов (часто обнаруживаемых у морских организмов, Palumbi, 1994; Knowlton, 2000) модиолуса (межвидовая дифференциация), приуроченных к разным типам грунта.

Таким образом, не смотря на большую ценность аллозимных маркеров при решении ряда важных эволюционно-генетических вопросов (Корочкин и др., 1977; Кирпичников, 1987; Алтухов, 1989; Алтухов и др., 1989; Korochkin et al., 1990; Корочкин, 1995; Watt, 1994; Watt and Dean, 2000), они оказались малоинформативными для выяснения проблемы отбора и нейтральности на молекулярном уровне.

Разработка методов секвенирования и амплификации ДНК (Sanger et al., 1977; Maxam and Gilbert, 1980; Mullis et al., 1986) в корне изменила ситуацию. Впервые появилась возможность анализировать изменчивость на уровне нуклеотидных последовательностей. Этот методический прорыв привел к появлению нового раздела генетики (молекулярной популяционной и эволюционной генетики), оперирующего нуклеотидными последовательностями на внутри- и межвидовом уровне. Начиная с пионерской работы Мартина Крейтмана (Kreitman, 1983), впервые применившего метод секвенирования ДНК для исследования нуклеотидной изменчивости гена алкогольдегидрогеназы у Drosophila melanogaster, эволюционная и популяционная генетика вышла на новые рубежи (см., например, Алтухов и Салменкова, 2002; Cavalli-Sforza, 1998). Впервые появилась возможность анализа внутри- и межвидовой изменчивости на уровне нуклеотидных последовательностей, исчерпывающем уровне организации генома. В настоящей работе представляются результаты, полученные с использованием семейства тестов, основанных на анализе паттернов нуклеотидного полиморфизма, наблюдаемых на популяционном уровне. Мы исследуем распределение изменчивости нуклеотидных последовательностей fi-эстеразных генов Est-6 и vjiEst-6 и гомеобокс-содержащих генов tin и bap в природных популяциях Drosophila melanogaster.

Заключение Диссертация по теме "Генетика", Балакирев, Евгений Станиславович

V. выводы

1. Клонированы и секвенированы fi-эстеразные гены, Est-б и \yEst-6, а также сцепленные с ними гомеобокс-содержащие гены, tin и bap, у семи видов Drosophila подгруппы melanogaster. Исследованы характеристики полиморфизма, дивергенции, рекомбинации, генной конверсии, неравновесия по сцеплению, энтропии и нуклеотидного состава последовательностей данных генов. Показано, что межлокусные ассоциации (как в пределах, так и между генами) играют существенную роль в распределении изменчивости генома D. melanogaster.

2. Полиморфизм и дивергенция нуклеотидных последовательностей Est-б и yEst-б исследованы в четырех выборках D. melanogaster (суммарно 78 изохромосомных линий) из природных популяций восточной Африки (Зимбабве), Европы (Испания), Северной Америки (США, Калифорния) и Южной Америки (Венесуэла). Обнаружена сложная структура гаплотипов для обоих генов. Дивергентные последовательности не полностью соответствует аллозимной изменчивости Est-б, что обусловлено присутствием генетически близких гаплотипов, определяющих разные аллозимы.

3. Деревья, построенные на базе последовательностей fi-эстеразных генов отражают в большей степени их гаплотипную структуру, а не филогенетические взаимоотношения исследованных популяций, что объясняет парадоксальные несоответствия биохимических свойств F и S аллозимов Est-б у D. melanogaster, выявленные в разных лабораториях. Для получения несмещенной оценки изменчивости и сходства геномов необходимо использовать мультигенный подход, позволяющий нивелировать отклонения, обусловленные спецификой эволюции отдельных генов.

4. Демографическая история вида (миграция, флуктуации численности, смешивание неоднородных популяций) является основным фактором, формирующим паттерны изменчивости нуклеотидных последовательностей исследованных генов. Закономерности распределения изменчивости свидетельствуют в пользу того, что всесветное расселение D. melanogaster сопровождалось позитивными селективными процессами, существенно изменяющими генетический состав производных популяций.

5. Выявлен существенный сигнал позитивного отбора для двух (Est-б и bap) из четырех исследованных генов. Показано, что действие позитивного отбора может быть направлено на множественные сайты в пределах гена. Характер распределения изменчивости формируется посредством направленного и балансирующего типов отбора, независимо влияющих на различные гены и функциональные области в их пределах. Балансирующий отбор формирует пики повышенного уровня изменчивости нуклеотидных последовательностей и неравновесия по сцеплению, центрированные на полиморфные, функционально значимые сайты, а направленный отбор создает существенный избыток сходных низкоизменчивых последовательностей. Устойчивость системы определяется балансирующим отбором, препятствующим полной фиксации гаплотипов, эволюционирующих под влиянием направленного отбора.

6. Показано, что селективные процессы в промоторной и кодирующей области Est-б взаимосвязаны и соотношение F и S аллозимных вариантов определяется отбором не только на кодирующую, но и на регуляторную область гена. Широтные аллозимные клины Est-б генерируются за счет взаимодействия селективных процессов в промоторе и кодирующей области.

7. Характеристики изменчивости нуклеотидных последовательностей fi-эстеразных генов, Est-б и \/Est-б, а также сцепленных с ними гомеобокс-содержащих генов, tin и bap, существенно различаются, что обусловлено спецификой эволюции функционально связанных и тесно сцепленных генов.

7. 1. В пределах кодирующей области \\)Est-б обнаружено 17 преждевременных стоп-кодонов в двух из четырех исследованных популяциях (хотя ранее этот ген считался функциональным). Внутригенная конверсия существенно более выражена у \/Est-б, чем у Est-б; обратная тенденция обнаружена для рекомбинации (последнее различие наблюдается только в неафриканских выборках). Неравновесие по сцеплению более выражено в \\iEst-6, чем в Est-б. Структура гаплотипов сложная и представлена дивергентными наборами сходных аллелей; дивергентные последовательности по двум генам, однако, не конгруэнтны. Анализ энтропии выявил значительно более низкую структурную регулярность и более высокую структурную дивергенцию для \>Est-6 у всех исследованных видов. Структурная энтропия является нуклеотид-зависимой.

7.2. Уровень изменчивости гена tin существенно ниже, а отношение дивергенции к полиморфизму выше, чем гена bap. Различие между синонимичной и несинонимичной дивергенцией для гена tin в два раза меньше, чем для гена bap, что указывает на значительно большее давление негативного отбора на ген tin. Более высокая иерархическая позиция гена tin ассоциируется с меньшим уровнем генетической изменчивости и негативным отбором, тогда как ген bap, являющийся функционально зависимым компонентом этого взаимодействующего комплекса, демонстрирует более высокий уровень изменчивости и признаки адаптивной эволюции.

8. Выявлены противоречивые характеристики эволюции \\iEst-6, ожидаемые как для функциональных, так и нефункциональных генов. Характеристики нуклеотидной изменчивости, рекомбинации и неравновесия по сцеплению указывают на то, что эволюция \\>Est-б подвергается селективным ограничениям. Скорость синонимичных замещений выше, чем скорость несинонимичных, а тесты на нейтральность статистически существенны. С другой стороны, \yEst-6 демонстрирует ряд признаков, характерных для псевдогенов (пункт 7. 1). Аналогичная закономерность обнаружена для многих псевдогенов у других организмов.

9. На основании анализа литературы показано, что псевдогены часто характеризуются высокой степенью консервации структуры, транскрипционной активностью, а также играют существенную роль в таких процессах, как регуляция экспрессии генов и генерирование генетического разнообразия. Следовательно, псевдогены являются важной составной частью геномов, представляющей набор последовательностей, доступных для функциональной эволюции, и подвергаемой ненейтральным эволюционным изменениям. Предлагается рассматривать псевдогены как потогены, то есть последовательности ДНК, имеющие иошенциальную возможность для формирования новых генов или функций.

10. Выдвигается гипотеза, в соответствии с которой псевдогены, возникающие посредством дупликации или ретропозиции способны взаимодействовать с предковыми или окружающими генами, формируя функциональный комплекс ("интерген"), выполняющий новые функции, являющиеся производными функций предкового гена. Комплекс Est-6lyEst-6 у D. melanogaster и близких видов является примером интергена. В этом комплексе Est-б выполняет структурную роль (кодируя фермент EST-6), тогда как у Est-б может увеличивать генетическую изменчивость в гене Est-б, а также участвовать в регуляции его экспрессии.

Библиография Диссертация по биологии, доктора биологических наук, Балакирев, Евгений Станиславович, Владивосток

1. Алтухов Ю. П., Салменкова Е. А. Полиморфизм ДНК в популяционной генетике // Генетика. 2002. Т. 38. № 9. с. 1173-1195.

2. Алтухов Ю. П., Победоносцева Е. Ю. Особенности генетического процесса в экспериментальной популяционной системе Drosophila melanogaster II Журнал общей биологии. 1979. Т. 40. № 6. С. 816-823.

3. Алтухов Ю. П., Межжерин С. В., Салменкова Е. А., Омельченко В. Т.

4. Воздействие селективного рыбоводства на адаптивную генетическую и биологическую структуру популяции горбуши Oncorhynchus gorbuscha (Walb.) // Генетика. 1989. Том 25. № 10. С. 1843-1853.

5. Аронштам А. А., Корочкин Л. И. Проявление аллеломорфов локуса Est-б угибридов между D. melanogaster и D. simulans // Генетика. 1975. Т. 11. № 3. С. 87-91.

6. Аронштам А. А., Кузин Б. А. Становление полового диморфизма по выражению гена Est-б в онтогенезе D. melanogaster и D. simulans И Журнал Общей Биологии. 1974. Т. 35. № 6. С. 926-936.

7. Аронштам А. А., Кузин Б. А., Корочкин Л. И. Особенности фенотипического выражения локуса Est-б у гибридов между D. melanogaster и D. simulans // Генетика. 1975. Т. 11. № 3. С. 92-96.

8. Балакирев Е. С. Аллозимная изменчивость неорганической пирофосфатазы у морских беспозвоночных // Генетика. 1984. Т. 20. № 5. С. 788-793.

9. Балакирев Е. С. Генетическая изменчивость пяти ферментов у взрослых особей и молоди мидии Crenomytilus grayanus // Генетика 1985. Т. 21. № 7. С. 11161124.

10. Балакирев Е. С. Популяционно-генетическое исследование мидии Грея: данные по молоди и взрослым моллюскам // В кн. Тезисы докладов III Всесоюзного совещания по генетике, селекции и гибридизации рыб. Москва: МРХ СССР. 1986а. С. 12-14.

11. Балакирев Е. С. Популяционная генетика мидии Грея. Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук. Ленинград. Ленинградский государственый университет. 19876. 18 с.

12. Балакирев Е. С. Анализ популяционно-генетической структуры у двустворчатого моллюска мидии Грея И В кн.: Проблемы микроэволюции. Москва: Наука. 19886. С. 50-51.

13. Балакирев Е. С. Простой метод нахождения порядка взаимного расположения фрагментов при построении парных рестрикционных карт// Генетика. 1995. Т. 31. № 10. С. 1445-1448.

14. Балакирев Е. С., Манченко Г. П. Высокий уровень внутривидовой генетической изменчивости у сипункулиды Phascolosoma japonicum // Генетика. 1983. Т. 19. № 10. С. 1638-1643.

15. Балакирев Е. С., Манченко Г. П. Внутривидовая генетическая изменчивостьбелков у немертины Lineus torquatus // Генетика. 1984. Т. 20. № 12. С. 20702071.

16. Балакирев Е. С., Манченко Г. П. Внутривидовая генетическая изменчивость губки Suberites domuncula И Биология моря. 1985а. № 5. С. 36-40.

17. Балакирев Е. С., Манченко Г. П. Высокий уровень аллозимной изменчивости у брахиоподы Coptothyris grayi и асцидии Halocynthia aurantium II Генетика. 19856. Т. 21. №2. С. 239-244.

18. Балакирев Е. С., Зайкин Д. В. Аллозимная изменчивость формальдегиддегидрогеназы у морских беспозвоночных // Генетика. 1988. Т. 24. № 8. С. 1504-1507.

19. Балакирев Е. С., Федосеев В. Я. Оценка генетической изменчивости камчатского краба Paralithodes camtschatica (Tilesius) с использованием аллозимных маркеров // Генетика. 20006. Том 36. № 8. С. 1041-1048.

20. Балакирев Е. С., Федосеев В. Я. Анализ генетической (аллозимной) изменчивости камчатского краба Paralithodes camtschatica (Crustacea: Decapoda, Lithodidae) // Известия ТИНРО-центра. 2001. Том 128. С. 465-494.

21. Балакирев Е. С., Айала Ф. Дж. Нуклеотидная изменчивость j.3-эстеразных генов в природных популяциях Drosophila melanogaster // Успехи современной биологии. 2004а. Т. 124. № 4. С. 385-396.

22. Балакирев Е.С., Айала Ф. Дж. Псевдогены: консервация структуры, экспрессия и функции // Журнал общей биологии. 20046. Т. 65. № 4. С. 306-321.

23. Ениколопов Г. Н., Малеванчук О. А., Пеунова Н. И., Сергеев П. В., Георгиев Г. П. Локус est Drosophila virilis содержит два родственных гена // Докл. АН СССР. 1989. Т. 306. № 5. С. 1247-1249.

24. Инге-Вечтомов С. Г. Возможная роль неоднозначности трансляции в эволюции //

25. Молекулярная Биология. 2002. Т. 36. № 2. С. 268-276. Животовский JI. А. Интеграция полигенных систем в популяциях. Проблемыанализа комплексных признаков. М.: Наука. 1984. Зайкин Д. В., Балакирев Е. С. Сравнительный электрофоретический анализ

26. Кирпичников В. С. Генетика и Селекция Рыб. Ленинград. Издательство "Наука".

27. Корочкин Л. И., Серов О. Л., Пудовкин А. И., Аронштам А. А., Боркин Л. Я., Малецкий С. И., Полякова Е. В., Манченко Г. П. Генетика Изоферментов. М.: Наука. 1977. 278 с.

28. Корочкин JI. И. Клонирование, экспрессия, регуляция тканеспецифических генов у дрозофилы // Генетика. 1995. Т. 31. № 8. С. 1029-1042.

29. Лобзин В. В., Чечеткин В. Р. Порядок и корреляции в геномныхпоследовательностях ДНК. Спектральный подход // Успехи Физ. Наук. 2000. Т. 170. № 1. С. 57-81.

30. Мак-Дональд Дж. X., Коэн Р. К., Балакирев Е. С., Манченко Г. П., Пудовкин А. И., Сергиевский С. О., Крутовский К. В. Видовая принадлежность "съедобной мидии", обитающей в приазиатской части Тихого океана // Биология моря. 1990. № 1. С. 13-22.

31. Манченко Г. П., Балакирев Е. С. Высокий уровень генетической изменчивости у морских беспозвоночных // В кн.: Вторая всесоюзная конференция по морской биологии. Биология шельфовых зон мирового океана. Часть 2. Владивосток: ДВНЦ АН СССР. 1982. С. 92-93.

32. Манченко Г. П., Балакирев Е. С. Аллозимная изменчивость у актинии Anthopleura orientalis из залива Петра Великого Японского моря // Генетика. 1984. Т. 20. № 12. С. 2072-2074.

33. Манченко Г. П., Балакирев Е. С., Глазко В. И. Внутри- и межвидовоймономорфизм гистонов спермы морских звезд. Генетика // 1984. Т. 20. № 10. С. 1644-1648.

34. Манченко Г. П., Балакирев Е. С. Аллозимная изменчивостьаланопиндегидрогеназы нового генного маркера морских беспозвоночных // Генетика. 1985. Том 21. № 3. С. 397-401.

35. Пудовкин А. И., Балакирев Е. С. Микропространственная генетическая разнородность в поселении морского моллюска со значительным потенциалом к междемовому генетическому обмену //Доклады АН СССР. 1985. Т. 285. № 5. С. 1218-1220.

36. Тоцкий В. Н., Усеркепова Е. В., Джан 3. У. Ген-энзимная система эстеразы-6 и устойчивость дрозофилы к повышенной температуре // Генетика. 1994. Т. 30. № 3. С. 342.

37. Успенский И. И., Людвиг М. 3., Корочкин Л. И. Сравнительный анализкарбоксилэстеразы в различных органах репродуктивной системы самцов Drosophila подгруппы melanogaster II Журнал общей биологии. 1988. Т. 49. №4. С. 601-610.

38. Adams М. D., S. Е. Celniker, R. A Holt, С. A. Evans, J. D. Gocayne, et al. The genome sequence of Drosophila melanogaster II Science. 2000. V. 287. P. 2185-2195.

39. Aguade M. Different forces drive the evolution of the Acp26Aa and Acp26Ab accessory gland genes in the Drsophiola melanogaster species complex // Genetics. 1998. V. 150. P. 1079-1089.

40. Aguade M. Positive selection drives the evolution of the Acp29AB accessory gland protein in Drosophila//Genetics. 1999. V. 152. P. 543-551.

41. Akhmanova A, Hennig W. Drosophila melanogaster histone H2B retropseudogene is inserted into a region rich in transposable elements // Genome. 1998. V. 41. № 3. P. 396-401.

42. Alfonzo J. D., Crother T. R., Guetsova M. L., Daignan-Fornier В., Taylor M. W. APT1, but not APT2, codes for a functional adenine phosphoribosyltransferase in Saccharomyces cerevisiae II J. Bacteriology. 1999. V. 181. № 1. P. 347-352.

43. Allen C. L., Kelly J. M. Trypanosoma cruzi: mucin pseudogenes organized in a tandem array // Exper. Parasitol. 2001. V. 97. № 3. P. 173-177.

44. Almagro J. C., Dominguez-Martinez V., Lara-Ochoa F., Vargas-Madrazo E. Structural repertoire in human Vl pseudogenes of immunoglobulins: comparison withfunctional germline genes and amino acid sequences // Immunogenet. 1995. V. 43. #> № 1-2. P. 92-96.

45. Ammer H., Schwaiger F.-W., Kammerbauer C., Gomolka M., Arriens A., Lazary S., Epplen J.T. Exonic polymorphism versus intronic simple repeat hypervariability in MHC-DRB genes // Immunogenet. 1992. V. 35. № 5. P. 332-340.

46. Amor M., Parker K.L., Globerman H., New M.I., White P.C. Mutation in the CYP21B ^ gene (lie 172—>Asn) causes steroid 21 -hydroxylase deficiency // Proc. Natl. Acad.

47. Sci. USA. 1988. V. 85. № 5. p. 1600-1604.

48. Andersson J. O., Andersson S. G. E. Pseudogenes, junk DNA, and the dynamics of rickettsia genomes// Mol. Biol. Evol. 2001. V. 18. № 5. p. 829-839.

49. Andersson L., Sigurdardottir S., Borsch C., Gustafsson K. Evolution of MHCpolymorphism: extensive sharing of polymorphic sequence motifs between human and bovine DRB alleles//Immunogenet. 1991. V. 33. № 3. P. 188-193.

50. Andolfatto P. Contrasting patterns of X-linked and autosomal nucleotide variation in Drosophila melanogaster and Drosophila simulans //Mol. Biol. Evol. 2001. V.18. №3. P. 279-290.

51. Andolfatto P., Przeworski M. A genome-wide departure from the standard neutral vl model in natural populations of Drosophila // Genetics. 2000. V. 156. P. 257-268.

52. Aquadro C. F. Why is the genome variable? Insights from Drosophila II Trends Genet. 1992. V. 8. P. 355-362.

53. Aquadro C. F., Bauer V., Reed F. A. Genome-wide variation in the human and fruitfly: a comparison // Current Opinion in Genetics and Development. 2001. V.l 1. № 6. P. 627-634.Щ

54. Aquadro С. F. Molecular population genetics of Drosophila // In: Molecular Approaches to Fundamental and Applied Entomology. J. Oakeshott, M. J. Whitten, editors. Springer-Verlag, New York. 1993. P. 222-266

55. Arcari P., Martinelli R., Salvatore F. The complete sequence of a full length cDNA for human liver glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase: evidence for multiple mRNA species//Nucleic Acids Res. 1984. V. 12. № 23. P. 9179-9189.

56. Aronow В., D. Lattler, R. Silbiger, M. Dusing, J. Hutton et al., Evidence for a complex regulatory array in the first intron of the human adenosine deaminase gene// Genes Dev. 1989. V. 3. P. 1384-1400.

57. Athma P., Peterson T. Ac induces homologous recombination at the maize P locus // Genetics. 1991. V.128.№ l.P. 163-173.

58. Aubert D., Bisanz-Seyer C., Herzog M. Mitochondrial rpsl4 is a transcribed and edited pseudogene in Arabidopsis thaliana // Plant Mol. Biol. 1992. V. 20. № 6. P. 11691174.

59. Avedisov S. N., I. B. Rogozin, E. V. Koonin, B. J. Thomas. Rapid evolution of a cyclin A inhibitor gene, roughex, in Drosophila // Mol. Biol. Evol. 2001. V. 18. P. 21102118.

60. Avery P. J., W. G. Hill. Distribution of linkage disequilibrium with selection and finite population size // Genet. Res. 1979. V. 33. P. 29-48.

61. Ayala F. J. (editor). Molecular Evolution. Sinauer. Sunderland. Massachusetts. 1976.

62. Ayala F. J. Vagaries of the molecular clock. Proc. Natl. Acad. Sci. USA // 1997. V. 94. P.7776-7783.

63. Ayala F. J. Molecular clock mirages // BioEssays 1999. V. 21. P. 71-75.

64. Ayala F. J., Balakirev E. S., Saez A. G. Genetic polymorphism at two linked loci, Sod and Est-6, in Drosophila melanogaster // Gene. 2002. V. 300. № 1-2. P. 19-29.

65. Azpiazu N., Frasch M. tinman and bagpipe: two homeo box genes that determine cell fates in the dorsal mesoderm of Drosophila // Gene Dev. 1993. V. 7. P. 13251340.

66. Bailis A. M., Rothstein R. A defect in mismatch repair in Saccharomyces cerevisiae stimulates ectopic recombination between homeologous genes by an excision repair dependent process // Genetics. 1990. V. 126. № 3. P. 535-547.

67. Baines J. F., Y. Chen, A. Das and W. Stephan, 2002 DNA sequence variation at a duplicated gene: Excess of replacement polymorphism and extensive haplotype structure in the Drosophila melanogaster bicoid region // Mol. Biol. Evol. Vol. 19. P. 989-998.

68. Balakirev E. S. Inorganic pyrophosphatase polymorphism in marine invertebrates // Isozyme Bulletin. 1985. V. 17. P. 61.

69. Balakirev E. S., Manchenko G. P. High level of gene-protein variation in thesipunculan Phascolosoma japonicum II Isozyme Bulletin. 1984a. V. 17. P. 57.

70. Balakirev E. S., Manchenko G. P. Gene-protein variation in the nemertean Linens torquatus II Isozyme Bulletin. 1984b. V. 17. P. 58.

71. Balakirev E. S., Zaykin D. V. Allozyme polymorphism of glutathion reductase in marine invertebrates // Isozyme Bulletin. 1990a. V. 23. P. 90.

72. Balakirev E. S., Zaykin D. V. Allozyme polymorphism of formaldehydedehydrogenase: a new gene marker in marine invertebrates // Isozyme Bulletin. 1990b. V. 23. P. 91.

73. Balakirev E. S., Ayala F. J. Is esterase-P encoded by a cryptic pseudogene in Drosophila melanogaster? // Genetics. 1996.V. 144. № 4. P. 1511-1518.

74. Balakirev E. S., Ayala F. J. Nucleotide variation of the Est-6 gene region in naturalpopulations of Drosophila melanogaster II Genetics. 2003a. V. 165. № 4. P. 19011914.

75. Balakirev E. S., Ayala F. J. Molecular population genetics of the ^-esterase gene cluster of Drosophila melanogaster II J. Genet. 2003b. V. 82. № 3. 115-131.

76. Balakirev E. S., Ayala F. J. Pseudogenes: are they "junk" or functional DNA? // Annu. Rev. Genet. 2003c. V. 37. P. 123-151.

77. Balakirev E. S., Ayala F. J. Pseudogenes are not junk DNA // In: Evolutionary Theory and Processes: Modern Horizons (Wasser, S. P., editor). Kluwer Academic Publishers. The Netherlands. 2003d. P. 177-193.

78. Balakirev E. S., Ayala F. J. 2004a. The ^-esterase gene cluster of Drosophilamelanogaster: Is vjfEst-6 a pseudogene, a functional gene, or both? // Genetica. V. 121. №2. P. 165-179.

79. Balakirev E. S., Ayala F. J. Nucleotide variation in the tinman and bagpipe homeobox genes of Drosophila melanogaster II Genetics. 2004b. V. 166. № 4. P. 1845-1856.

80. Balakirev E. S., Dolganov S. M., Priima T. F. The level of genetic variation in

81. Balakirev E. S., Chechetkin V. R., Lobzin V. V., Ayala F. J. Entropy and GC content in the /^-esterase gene cluster of D. melanogaster subgroup // Mol. Biol. Evol. 2005a. Submitted.

82. Barker, J. A. F., 1979. Inter-locus interactions: a review of experimental evidence. Theor. Popul. Biol. Vol. 16. P. 323-346.

83. Begun D., 1997. Origin and evolution of a new gene descended from alcohol dehydrogenase in Drosophila II Genetics. V. 145. № 2. P. 375-382.

84. Begun, D. J., and C. F. Aquadro, 1992. Levels of naturally occurring DNApolymorphism correlate with recombination rates in Drosophila melanogaster. Nature. Vol. 356. P. 519-520.

85. Begun D.J., Aquadro C. F., 1993. African and North American populations of

86. Drosophila melanogaster are very different at the DNA level I I Nature. V. 365. № 6446. P. 548-550.

87. Begun, D.J., and C. F. Aquadro, 1994. Evolutionary inferences from DNA variation at the 6-phosphogluconate dehydrogenase locus in natural populations of Drosophila: selection and geographic differentiation. Genetics 136: 155-171.

88. Begun, D. J., S. N. Boyer and C. F. Aquadro, 1994 cut locus variation in natural populations of Drosophila. Mol. Biol. Evol. Vol. 11. P. 806-809.

89. Begun, D.J., and C. F. Aquadro, 1995 Molecular variation at the vermilion locus in geographically diverse populations of Drosophila melanogaster and D. simulans. Genetics 140: 1019-1032.

90. Benassi V., Depaulis F., Meghlaoui G.K,. Veuille M., 1999. Partial sweeping of variation at the Fbp2 locus in a West African population of Drosophila melanogaster I I Mol. Biol. Evol. V. 16. № 3. P. 347-353.

91. Benatar Т., Ratcliffe M.J.H., 1993. Polymorphism of the functional immunoglobulin variable region genes in the chicken by exchange of sequence with donor pseudogenes // Eur. J. Immunol. V. 23. № 10. P. 2448-2453.

92. Benevolenskaya E.V., Kogan G.L., Tulin A.V., Philipp D., Gvozdev V.A., 1997. Segmented gene conversion as a mechanism of correction of 18S rRNA pseudogene located outside of rDNA cluster in D. melanogaster II J. Mol. Evol. V. 44. №6. P. 646-651.

93. Bliskovskii V.V., Kirillov A.V., Spirin K.S., Zakharev V.M., Chumakov I.M., 1993. Son pseudogene does not contain five repeated elements of the area of perfect tandem repeats present in the homologous son gene sequence //Mol. Biol. V. 27. № 1. P. 61-68.

94. Borts R.H., Haber J.E., 1987. Meiotic recombination in yeast: alteration by multiple heterozygosities // Science. V. 237. № 4821. P. 1459-1465.

95. Brady J.P., Richmond R.C., Oakeshott J.G., 1990. Cloning of the esterase-5 locus from Drosophila pseudoobscura and comparison with its homologue in D. melanogaster II Mol. Biol. Evol. V. 7. № 6. P. 525-546.

96. Brady J.P., Richmond R.C., 1992. An evolutionary model for the duplication and divergence of esterase genes in Drosophila // J. Mol. Evol. V. 34. № 6. P. 506521.

97. Braunstein N.S., Germain R.N., 1986. The mouse E-beta-2 gene: a class II MHC beta gene with limited intraspecies polymorphism and an unusual pattern of transcription // EMBO J. V. 5. № 10. P. 2469-2476.

98. Brayton K.A., Knowles D.P., McGuire T.C., Palmer G.H., 2001. Efficient use of asmall genome to generate antigenic diversity in tick-borne ehrlichial pathogens // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 98. № 7. P. 4130-4135.

99. Brayton K.A., Palmer G.H., Lundgren A., Yi J., Barbet A.F., 2002. Antigenic variation of Anaplasma marginale msp2 occurs by combinatorial gene conversion // Mol. Microbiol. V. 43. № 5. P. 1151-1159.

100. Brenner D.A., Smigocki A.C., Camerini-Otero R.D., 1985. Effect of insertions,deletions, and double-strand breaks on homologous recombination in mouse L cells // Mol. Cell. Biol. V. 5. № 4. P. 684-691.

101. Virus Genes. V. 11. №2/3. P. 163-179. Brown C.J., Aquadro C.F., Anderson W.W., 1990. DNA sequence evolution of theamylase multigene family in Drosophila pseudoobscura II Genetics. V. 126. № 1. P.131-138.

102. Organization and evolution of olfactory receptor genes on human chromosome 11 // Genomics. V. 53. № 1. P. 56-68.

103. Cao L., Alani E., Kleckner N., 1990. A pathway for generation and processing ofdouble-strand breaks during meiotic recombination in S. cerevisiae II Cell. V. 61. №6. P. 1089-1101.

104. Cariou, M.-L. 1987. Biochemical phylogeny of the eight species in the Drosophila melanogaster subgroup, including D. sechellia and D. orena II Genet. Res. Vol. 50. P. 181-185.

105. Cavalli-Sforza L. I. 1998. The DNA revolution in population genetics. TIG, v. 14, p. 6065.

106. Chakrabarti R., McCracken J.B., Chakrabarti D., Souba W.W., 1995. Detection of a functional promoter/enhancer in an intronless human gene encoding a glutamine synthase-like enzyme // Gene. V. 153. № 2. P. 163-199.

107. Chakravarti A., Buetow K.H., Antonarakis S.E., Waber P.G., Boehm C.D., Kazazian H.H., 1984. Nonuniform recombination within the human yff-globin gene cluster // Amer. J. Hum. Genet. V. 36. № 6. P. 1239-1258.

108. Chambers S.R., Hunter N., Louis E.J., Borts R.H., 1996. The mismatch repair system reduces meiotic homeologous recombination and stimulates recombination-dependent chromosome loss // Mol. Cell. Biol. V. 16. № 11. P. 6110-6120.

109. Charles J.-P., Chihara C., Nejad S., Riddiford L.M., 1997. A cluster of cuticle protein genes of Drosophila melanogaster at 65A: sequence, structure and evolution // Genetics. V. 147. № 3. P. 1213-1224.

110. Chechetkin V.R., Knizhnikova L.A., Turygin A.Y., 1994. Three-quasiperiodicity,mutual correlations, ordering and long-range modulations in genomic nucleotide sequences for viruses //J. Biomol. Struct Dyn. V. 12. № 2. P. 271-299.

111. Chechetkin V.R., Lobzin V.V., 1996. Levels of ordering in coding and non-coding regions of DNA sequences // Phys. Lett. A. V. 222. P. 354-360.

112. Chechetkin V.R., Lobzin V.V., 1998. Study of correlations in segmented DNA sequences: application to structural coupling between exons and introns // J. Theor. Biol. V. 190. № 1. P. 69-83.

113. Chechetkin V.R., Turygin A.Y., 1994. On the spectral criteria of disorder in nonperiodic sequences: application to inflation models, symbolic dynamics and DNA sequences II J. Phys. A: Math. Gen. V. 27. № 14. P. 4875-4898.

114. Chechetkin V.R., Turygin A.Y., 1996. Study of correlations in DNA sequences // J. Theor. Biol. V. 178. № 2. P. 205-217.

115. Chen W., Jinks-Robertson S., 1999. The role of mismatch repair machinery inregulating mitotic and meiotic recombination between diverged sequences in yeast // Genetics. V. 151. № 4. P. 1299-1313.

116. Cirera, S., and M. Aguade, 1997 Evolutionary history of the sex-peptide (Acp70A) gene region in Drosophila melanogaster. Genetics 147: 189-197.

117. Claverys J.P., Lacks S.A., 1986. Heteroduplex deoxyribonucleic acid base mismatch repair in bacteria// Microbiol. Rev. V. 50. № 2. P. 133-165.

118. Collet C., Nielsen K.M., Russell R.J., Karl M., Oakeshott J.G., Richmond R.C., 1990. Molecular analysis of duplicated esterase genes in Drosophila melanogaster II Mol. Biol. Evol. V. 7. № 1. P. 9-28.

119. Collick A., Jeffreys A.J., 1990. Detection of a novel minisatellite-specific DNA-binding protein // Nucleic Acids Res. V. 18. № 3. P. 625-629.

120. Comeron J.M., Kreitman M., Aguade M., 1999. Natural selection on synonymous sites is correlated with gene length and recombination in Drosophila // Genetics. V. 151. №1. P. 239-249.

121. Confalone E., Beintema J.J., Sasso M.P., Carsana A., Palmieri M., Vento M.T., Furia A., 1995. Molecular evolution of genes encoding ribonucleases in ruminant species // J. Mol. Evol. V. 41. № 6. P. 850-858.

122. Cooke P.H., Oakeshott J.G., 1989. Amino acid polymorphisms for esterase-6 in

123. Drosophila melanogaster II Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 86. №4. P. 1426-1430.

124. Сох M.M., 1993. Relating biochemistry to biology: how the recombinational repair function of the RecA protein is manifested in its molecular properties // BioEssays. V. 15. № 9. P. 617-623.

125. Cristiano R.J., Giordano S.J., Steggles A.W., 1993. The isolation and characterization of the bovine cytochrome bs gene, and a transcribed pseudogene // Genomics. V. 17. № 2. P. 348-354.

126. Currie P.D., Sullivan D.T., 1994. Structure, expression and duplication of genes which encode phosphoglyceromutase of Drosophila melanogaster II Genetics. V. 138. № 2. P. 353-363.

127. Datta A., Adjiri A., New L., Grouse G.F., Jinks-Robertson S., 1996. Mitotic crossovers between diverged sequences are regulated by mismatch repair proteins in Saccharomyces cerevisiae II Mol. Cell. Biol. V. 16. № 3. P. 1085-1093.

128. Datta A., Hendrix M., Lipsitch M., Jinks-Robertson S., 1997. Dual roles for DNA sequence identity and the mismatch repair system in the regulation of mitotic crossing-over in yeast // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 94. № 18. P. 9757-9762.

129. David J.R., Capy P., 1988. Genetic variation of Drosophila melanogaster natural populations //Trends in Genetics. V. 4. №4. P. 106-111.

130. De Wind N., Dekker M., Berns A., Radman M., Riele H.T., 1995. Inactivation of the mouse Msh2 gene results in mismatch repair deficiency, methylation tolerance, hyperrecombination and predisposition to cancer // Cell. V. 82. № 2. P. 321-330.

131. Depaulis, F., Veuille, M., 1998. Neutrality tests based on the distribution of haplotypes under an infinite-site model. Mol. Biol. Evol. 15, 1788-1790.

132. Dhawan P., Yang E., Kumar A., Mehta K.D., 1998. Genetic complexity of the human geranylgeranyltransferase I beta-subunit gene: a multigene family of pseudogenes derived from mis-spliced transcripts // Gene. V. 210. № 1. P. 9-15.

133. Diaz M., Pomykala H.M., Bohlander S.K., Maltepe E., Malik K., Brownstein В., Olopade O.I., 1994. Structure of the human type-I interferon gene cluster determined from a YAC clone contig // Genomics. V. 22. № 3. P. 540-552.

134. Dobzhansky, Th., 1937. Genetics and the Origin of Species. Columbia University Press, New York.

135. Dobzhansky, Th. 1955. A review of some fundamental concepts and problems ofpopulation genetics. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 20: 1-15. Dobzhansky, Th., 1970. Genetics of the Evolutionary Process. Columbia University Press, New York.

136. Doolittle R. E. 1979. Protein evolution. In: The Proteins, Vol. 4 (eds. H. Neurath and R.

137. Hill), pp. 1-118. Academic Press, New York. Dooner H.K., 1986. Genetic fine structure of the bronze locus in maize // Genetics. V.113. №3. P. 1021-1036. Duboule, D. (editor), 1994 Guidebook to the Homeobox Genes. A Sambrook & Tooze

138. Elliott В., Richardson С., Winderbaum J., Nickoloff J.A., Jasin M., 1998. Geneconversion tracts from double-strand break repair in mammalian cells // Mol. Cell. Biol. V. 18. № l.p. 93-101.

139. Endoh A., Yang L., Hornsby P.J., 1998. CYP21 pseudogene transcripts are much less abundant than those from the active gene in normal human adrenocortical cells under various conditions in culture // Mol. Cell. Endocrin. V. 137. № 1. P. 13-19.

140. Engels W.R., 1989. P elements in Drosophila melanogaster II Mobile DNA / Eds. Berg D., Howe M., Washington D. C.: American Society for Microbiology. P. 437-484.

141. Fan Q., Xu F., Petes T.D., 1995. Meiosis-specific double-strand breaks at the HIS4 recombination hot spot in the yeast Saccharomyces cerevisiae control in с is and trans II Mol. Cell. Biol. V. 15. № 3. P. 1679-1688.

142. Feldman, M. W. and F.B.Christiansen, 1975 The effect of population subdivision on two loci without selection. Genet. Res. 24: 151-162.

143. Ferguson S.E., Rudikoff S., Osborne B.A., 1988. Interaction and sequence diversity among T15 VH genes in CBA/J mice// J. Exp. Med. V. 168. № 4. P. 1339-1349.

144. Filatov D.A., Charlesworth D., 1999. DNA polymorphism, haplotype structure and balancing selection in the Leavenworthia PgiC locus // Genetics. V. 153. №3. P. 1423-1434.

145. Fisher J.A., Maniatis Т., 1985. Structure and transcription of the Drosophila mulleri alcohol dehydrogenase genes 11 Nucl. Acids Res. V. 13. № 19. P. 6899-6917.

146. Fitts M.G., Metzger D.W., 1990. Identification of rabbit genomic Ig-Vu pseudogenes that could serve as donor sequences for latent allotype expression // J. Immunol. V. 145. №8. P. 2713-2717.

147. Force, A., Lynch, M., Pickett, F. В., Amores, A., Yan, Y. L., and Postlethwait, J. 1999. Preservation of duplicate genes by complementary, degenerative mutations. Genetics. Vol. 151. P. 1531-1545.

148. Fotaki M.E., Iatrou K., 1988. Identification of a transcriptionally active pseudogene in the chorion locus of the silkmoth Bombyx mori. Regional sequence conservation and biological function // J. Mol. Biol. V. 203. № 4. P. 849-860.

149. Fotaki M.E., Iatrou K., 1993. Silk moth chorion pseudogenes: hallmarks of genomic evolution by sequence duplication and gene conversion // J. Mol. Evol. V. 37. № 2. P. 211-220.

150. Frohli E., Aoyama A., Klemenz R., 1993. Cloning of the mouse hsp25 gene and an extremely conserved hsp25 pseudogene // Gene. V. 128. № 2. P. 273-277.

151. Fu Y.-X., Li W.-H., 1993. Statistical tests of neutrality of mutations. Genetics. Vol. 133. P. 693-709.

152. Fujii G.H., Morimoto A.M., Berson A.E., Bolen J.B., 1999. Transcriptional analysis of the PTEN/MMAC1 pseudogene, WTEN //Oncogene. V. 18. № 9. P. 1765-1769.

153. FiirbaB R., Vanselow J., 1995. An aromatase pseudogene is transcribed in the bovine placenta // Gene. V. 154. № 2. P. 287-291.

154. Galland F., Stefanova M., Pirisi V., Birnbaum D., 1990. Characterization of a murine glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase pseudogene //Biochimie. V. 72. № 10. P. 759-762.

155. Game A.Y., Oakeshott J.G., 1989. Variation in the amount and activity of esterase-6 in a natural population of Drosophila melanogaster //Heredity. V. 62. № 1. P. 2734.

156. Game A.Y., Oakeshott J.G., 1990. Associations between restriction site polymorphism and enzyme activity variation for esterase 6 in Drosophila melanogaster // Genetics. V. 126. №4. P. 1021-1031.

157. Garchon H.-J., Loh E., Ho W.Y., Amar L., Avner P., Davis M.M., 1989. The XLRsequence family: dispersion on the X and У chromosomes of a large set of closely related sequences, most of which are pseudogenes // Nucl. Acids Res. V. 17. № 23. P. 9871-9888.

158. Gasch, A., U. Hinz and R. Renkawitz-Pohl, 1989 Intron and upstream sequences regulate expression of the Drosophila beta 3-tubulin gene in the visceral and somatic musculature, respectively. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 3215-3218.

159. Gaut, B.S., Muse, S.V, Clark, W.D., and Clegg, M.T, Relative Rates of Nucleotide Substitution at the rbcL Locus of Monocotyledonous Plants, J. Mol. Evol., 1992, vol. 35, pp. 292-303.

160. Gibson, G., and D. S. Hogness, 1996 Effect of polymorphisms in the Drosophila regulatory gene Ubx on homeotic stability. Science. Vol. 271. P. 200-203.

161. Gibson G., Paterson I. G., Taylor H., Woolridge В., 1999. Molecular andmorphological evidence of a single species, Boccardia proboscidea (Polychaeta: Spionodae), with multiple development modes. Marine Biology. Vol. 134. № 4. P. 743-751.

162. Gillespie, J.H., 1989. Lineage effects and the index of dispersion of molecular evolution. Mol. Biol. Evol. 6, 636-647.

163. Gillespie, J.H., 1991. The Causes of Molecular Evolution. Oxford University Press, New York.

164. Gimelbrant A.A., McClintock T.S., 1997. A nuclear matrix attachment region is highly homologous to a conserved domain of olfactory receptors // J. Mol. Neurosci. V. 9. № 1. P. 61-63.

165. Giribet G., Wheeler W.C., 1999. On gaps. Mol. Phylogenet. Evol. V. 13. № 1. P. 132143.

166. Givol D., Zakut R., Effron K., Rechavi G., Ram D., Cohen J.B., 1981. Diversity of germ-line immunoglobulin Уц genes // Nature. V. 292. № 5822. P. 426-430.

167. Godwin A.R., Liskay R.M., 1994. The effects of insertions on mammalian intrachromosomal recombination // Genetics. V. 136. № 2. P. 607-617.

168. Goeddel D.V., Leung D.W., Dull T.J., Gross M., Lawn R.M., McCandliss R., Seeburg P.H., Ullrich A., Yelverton E., Gray P.W., 1981. The structure of eight distinct cloned human leukocyte interferon cDNAs // Nature. V. 290. № 5801. P. 20-26.

169. Gojobori Т., Li W.-H., Graur D., 1982. Patterns of nucleotide substitution in pseudogenes and functional genes Hi. Mol. Evol. V. 18. № 5. P. 360-369.

170. Gomez G.A., Hasson E., 2003. Transpecific polymorphisms in an inversion linked esterase locus in Drosophila buzzatiill Mol Biol Evol. V.20. №3. P. 410-423.

171. Goss, P. J. E., and R. C. Lewontin, 1996 Detecting heterogeneity of substitution along DNA and protein sequences. Genetics. Vol. 143. P. 589-602.

172. Gottlieb L.D., Ford V.S., 1997. A recently silenced, duplicate PgiC locus in Clarkia 11 Mol. Biol. Evol. V. 14. № 2. P. 125-132.

173. Graur D., Li W.-H., 2000. Fundamentals of molecular evolution. Second edition. Sunderland, Massachusetts: Sinauer Associates, Inc. 481 p.

174. Graur D., Shuali Y., Li W.-H., 1989. Deletions in processed pseudogenes accumulate faster in rodents than in humans // J. Mol. Evol. V. 28. № 4. P. 279-285.

175. Groenen M.A., van der Poel J.J., Dijkhof R.J.M., Giphart M.J., 1990. The nucleotide sequence of bovine MHC class II DQB and DRB genes // Immunogenet. V. 31. № 1. P. 37-44.

176. Gromko M.H., Gilbert D.F., Richmond R.C., 1984. Sperm transfer and use in themultiple mating system of Drosophila II Sperm competition and the evolution of animal mating systems. /Ed. Smith R.L., New York: Academic Press. P. 371-426.

177. Gu, X. and Li, W.-H., 1992. Higher rates of amino acid substitution in rodents than in humans. Mol. Phylogenet. Evol. Vol. 1. P. 211-214.

178. Haas R., Veit S., Meyer T.F., 1992. Silent pilin genes of Neisseria gonorrhoeae MS 11 and the occurrence of related hypervariant sequences among other gonococcal isolates // Mol. Microbiol. V. 6. № 2. P. 197-208.

179. Hall B.G., 1990. Directed evolution of a bacterial operon // BioEssays. V. 12. № 11. P. 551-558.

180. Hanfstingl, U., A. Berry, E. A. Kellogg, J. T. Costa III, W. RUdiger et al., 1994

181. Haplotype divergence coupled with lack of diversity at the Arabidopsis thaliana alcohol dehydrogenase locus: roles for both balancing and directional selection? Genetics 138: 811-828.

182. Hardy R.W., Lindsley D.L., Livak K.J., Lewis В., Siversten A.L., Joslyn G.L., Edwards J., Bonaccorsi S., 1984. Cytogenetic analysis of a segment of the У chromosome of Drosophila melanogaster II Genetics. V. 107. № 4. P. 591-610.

183. Hardy R.W., Tokuyasu K.T., Lindsley D.L., 1981. Analysis of spermatogenesis in Drosophila melanogaster bearing deletions for У chromosome fertility genes // Chromosoma. V. 83. № 5. P. 593-617.

184. Harris S., Rudnicki K.S., Haber J.E., 1993. Gene conversions and crossing over during homologous and homeologous ectopic recombination in Saccharomyces cerevisiae I I Genetics. V. 135. № 1. P. 5-16.

185. Harris, H., and D. A. Hopkinson, 1976 Handbook of Allozyme Electrophoresis in Human Genetics. North Holland Publishing Co., Amsterdam.

186. Harrison P.M., Echols N. Gerstein M.B., 2001. Digging for dead genes: an analysis of the characteristics of the pseudogene population in the Caenorhabditis elegans genome. Nucl. Acids Res. V. 29. № 3. P. 818-830.

187. Harrison P.M., Gerstein M., 2002. Studying genomes through the aeons: protein families, pseudogenes and proteome evolution // J. Mol. Biol. V. 318. № 5. P. 1155-1174.

188. Harrison P.M., Kumar A., Lan N., Echols N., Snyder M., Gerstein M., 2002b. A small reservoir of disabled ORFs in the yeast genome and its implications for the dynamics of proteome evolution // J. Mol. Biol. V. 316. № 3. P. 409-419.

189. Harrison P.M., Milburn D., Zhang Z., Bertone P., Gerstein M., 2003. Identification of pseudogenes in the Drosophila melanogaster genome // Nucl. Acids Res. V. 31. №3. P. 1033-1037.

190. Hartl D.L., Clark A.G., 1989. Principles of population genetics. Second edition.

191. Sunderland, Massachusetts: Sinauer Associates, Inc. 682 p. Hartl, D. L., and E. R. Lozovskaya, 1995 The Drosophila Genome Map: A

192. Practical Guide. R. G. Landes, Austin, TX. Hasson E., Eanes W. F., 1996. Contrasting histories of three gene regions associated with In(3L)Payne of Drosophila melanogaster // Genetics. V. 144. №4. P. 15651575.

193. Hedgecock D., Tracey M.L., Nelson K. Genetics // The Biology of Crustacea. Embriology, Morphology, and Genetics. (Abelle L.G., editor) NY: Academic Press, 1982. - Vol. 2. - P. 283-403.

194. Hedrick, P. W., S.Jain and L. Holden, 1978 Multilocus systems in evolution. Evol. Biol. 11: 101-182.

195. Heino, Т. I., А. О. Saura and V. Sorsa, 1994 Maps of the salivary glandchromosomes of Drosophila melanogaster. Dros. Inf. Serv. 73: 621-738.

196. Hey J., 1999. The neutralist, the fly and the selectionist. TREE. Vol. 14. № 1. P. 35-37.

197. Hibner B.L., Burke W.D., Eickbush Т.Н., 1991. Sequence identity in an early chorion multigene family is the result of localized gene conversion // Genetics. V. 128. № 3. P. 595-606.

198. Hileman, L. C., D. A. Baum, 2003. Why do paralogs persist? Molecular evolution of CYCLOIDEA and related floral symmetry genes in Antirrhineae (Veronicaceae). Mol. Biol. Evol. 20: 591-600.

199. Hill S.A., Morrison S.G., Swanson J., 1990. The role of direct oligonucleotide repeats in gonococcal pilin gene variation // Mol. Microbiol. V. 4. № 8. P. 1341-1352.

200. Hill, W. G., 1975 Linkage disequilibrium among multiple neutral alleles produced by mutation in a finite population. Theoret. Pop. Biol. 8: 117-126.

201. Hill, W. G., 1976 Non-random association of neutral linked genes in finitepopulations, pp. 339-376 in Population Genetics and Ecology, edited by S. Karlin and E. Nevo. Academic Press, New York.

202. Hill, W. G., and A.Robertson, 1968 Linkage disequilibrium in finite populations. Theoret. Appl. Genet. 38: 226-231.

203. Hudson R.R., 1993. Levels of DNA polymorphism and divergence yield importantinsights into evolutionary processes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 90. №16. P. 7425-7426.

204. Hudson R.R., 2001. Two-locus sampling distributions and their application // Genetics.

205. V.159. №4. P. 1805-1817. Hudson R. R., Kaplan N.L., 1985. Statistical properties of the number of recombination events in the history of a sample of DNA sequences // Genetics. V. 111. №1. P. 147-164.

206. Hudson R. R., Kaplan N.L, 1988. The coalescent process in models with selection and recombination// Genetics. V. 120. №3. P. 831-840.

207. Hudson R.R., Kreitman M., Aguade M., 1987. A test of neutral molecular evolution based on nucleotide data // Genetics. V. 116. № 1. P. 153-159.

208. Hudson R.R., Boos D., Kaplan N.L., 1992a. A statistical test for detecting geographic subdivision // Mol. Biol. Evol. V. 9. №1. P. 138-151.

209. Hudson R.R., Slatkin M., Maddison W.P., 1992b. Estimation of levels of gene flow from DNA sequence data // Genetics. V. 132. №2. P. 583-589.

210. Hudson R.R., Bailey K., Skarecky D., Kwiatowski J., Ayala F. J., 1994. Evidence for positive selection in the superoxide dismutase (Sod) region of Drosophila melanogaster // Genetics. V. 136. №4. P. 1329-1340.

211. Hudson R.R., Saez A. G., Ayala F. J., 1997. DNA variation at the So*/locus of

212. Jacq C., Miller J.R., Brownlee G.G., 1977. A pseudogene structure in 5S DNA of Xenopus laevis // Cell. V. 12. № 1. P. 109-120.

213. Jagla, К., M. Bellard and M. Frasch, 2001. A cluster of Drosophila homeobox genes involved in mesoderm differentiation program. BioEssays. Vol. 23. P. 125-133.

214. Jeffreys A.J., Barrie P.A., Harris S., Fawcett D.M., Nugent Z.J., Boyd A.C., 1982. Isolation and sequence analysis of a hybrid 5-globin pseudogene from the brown lemur//J. Mol. Biol. V. 156. № 3. P. 487-495.

215. Jeffreys A.J., Wilson V., Thein S.L., 1985 Hypervariable "minisatellite" regions in human DNA // Nature. V. 314. № 6006. P. 67-73.

216. Jeffs P.S., Ashburner M., 1991. Processed pseudogenes in Drosophila // Proc. R. Soc.1.nd. В. V. 244. № 1310. P. 151-159.

217. Jeffs P.S., Holmes E.C., Ashburner M., 1994. The molecular evolution of the alcohol dehydrogenase and alcohol dehydrogenase-related genes in the Drosophila melanogaster species subgroup // Mol. Biol. Evol. V. 11. № 2. P. 287-304.

218. John T.R., Smith J.J., Kaiser II, 1996. A phospholipase Аг-like pseudogene retaining the highly conserved introns of Mojave toxin and other snake venom group II PLA2s, but having different exons // DNA and Cell Biol. V. 15. № 8. P. 661-668.

219. Johnson F., Kanapi C., Richardson R., Wheeler M., Stone W., 1966. An operational classification of Drosophila esterases for species comparisons // Univ. Texas Publ. №6615. P. 517-527.

220. Johnson N. L., and Leone F. C., 1977 Statistics and Experimental Design in Engineering and the Physical Sciences. Vol. 1, John Wiley, New York.

221. Jukes, Т.Н., Cantor, C.R., 1969. Evolution of protein molecules. In: Munro, H.M. (Ed.), Mammalian Protein Metabolism. Academic Press, New York, pp. 21-120.

222. Kalmykova A.I., Dobritsa A.A., Gvozdev V.A., 1998. Su(Ste) diverged tandem repeats in a Y chromosome of Drosophila melanogaster are transcribed and variously processed // Genetics. V. 148. № 1. P. 243-249.

223. Kaplan, N. L., Darden, Т., Hudson, R. R., 1988. The coalescent process in models with Щ selection. Genetics 120,819-829.

224. Kaplan, N.L., Hudson, R.R., Langley, C.H., 1989. The "hitchhiking effect" revisited. Genetics 123,887-899.

225. Karotam J., Boyce T.M., Oakeshott J.G., 1995. Nucleotide variation at thehypervariable esterase 6 isozyme locus of Drosophila simulans II Mol. Biol. ^ Evol. V. 12. №i. p. ЦЗ-122.

226. Karotam J., Delves A.C., Oakeshott J.G., 1993. Conservation and change in structural and 5' flanking sequences of esterase 6 in sibling Drosophila species // Genetica. V. 90. № 1. P. 79-80.

227. Kelly J.K.,1997. A test of neutrality based on interlocus associations // Genetics. V. 146. №3. P. 1197-1206.

228. Kirn, Y., and M. Nirenberg, 1989 Drosophila NK-homeobox genes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. Vol. 86. P. 7716-7720.

229. Kimura M., 1968. Evolutionary rate at the molecular level. Nature 217, 624-626.

230. Kimura M., 1980. A simple method for estimating evolutionary rate of basesubstitutions through comparative studies of nucleotide sequences //J. Mol. Evol. V. 16. №2. P. 111-120.

231. Kimura M., 1983. The Neutral Theory of Molecular Evolution. Cambridge University Press, Cambridge.

232. Kimura M., J. L. King, 1979. Fixation of a deleterious allele at one of two "duplicate" loci by mutation pressure and random drift. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1979, 76: 2858-2861.

233. Kimura M., Ohta Т., 1971. Protein polymorphism as a phase of molecular evolution. Nature 229,467-469.

234. Kimura, M., 1985 The role of compensatory neutral mutations in molecular evolution. J. Genet. 64: 7-19.

235. King L.M., 1998. The role of gene conversion in determining sequence variation and divergence in the Est-5 gene family in Drosophila pseudoobscura I I Genetics. V. 148. №1. P. 305-315.

236. King, J.L., Jukes, Т.Н., 1969. Non-Darwinian Evolution. Science 164, 788-798.

237. Kirby, D. A., and W. Stephan, 1995 Haplotype test reveals departure from neutrality in a segment of the white gene of Drosophila melanogaster. Genetics 141: 14831490.

238. Kirby, D. A., Muse, S.V., Stephan, W., 1995. Maintenance of pre-mRNA secondary structure by epistatic selection. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 9047-9051.

239. Kirby, D.A., Stephan, W., 1996. Multi-locus selection and the structure of variation at the white gene of Drosophila melanogaster. Genetics 144, 635-645.

240. Kliman RM, Hey J. The effects of mutation and natural selections on codon bias in the genes of Drosophila. Genetics, 1994, 137(4): 1049D1056.

241. Knight K.L., 1992. Restricted Vh usage and generation of antibody diversity in rabbit // Annu. Rev. Immunol. V. 10. P. 593-616.

242. Knowlton N. Molecular genetic analyses of species boundaries in the sea. Hydrobiologia. 2000. Vol. 420. P. 73-90.

243. Ко, W.-Y., R. M. David, and H. Akashi. 2003. Molecular phylogeny of the Drosophila melanogaster species subgroup // J. Mol. Evol. Vol. 57. P. 562-573.

244. Kobori J.A., Winoto A., McNichoIas J., Hood L., 1984. Molecular characterization of the recombination region of six murine major histocompatibility complex (MHC) I-region recombinants//Mol. Cell. Immunol. V. l.№2. P. 125-131.

245. Kondrashov F. A., Rogozin I. В., Wolf Y. I., Koonin E. V., 2002. Selection in the evolution of gene duplication // Genome Biol. V. 3. № 2. P. 1-9.

246. Koop B.F., Wilson R.K., Wang K., Vernooij В., Zallwer D., Kuo C.L., Seto D., Toda M., Hood L., 1992. Organization, structure and function of 95 kb of DNA spanning the murine T-cell receptor С alpha/C delta region // Genomics. V. 13. № 4. P. 1209-1230.

247. Korneev S.A., Park J.-H., O'Shea M., 1999. Neuronal expression of neural nitric oxide synthase (nNOS) protein is suppressed by an antisense RNA transcribed from an NOS pseudogene//J. Neurosci. V. 19. № 18. P. 7711-7720.

248. Korochkin L. I., Ludwig M. Z., Poliakova E. V. and Philinova M. R. 1987 Somemolecular genetic aspects of cellular differentiation in Drosophila. Sov. Sci. Rev. F. Physiol. Gene. Biol. 1, 411-466.

249. Kravariti L., Lecanidou R., Rodakis G.C., 1995. Sequence analysis of a small early chorion gene subfamily interspersed within the late gene locus in Bombyx mori // J. Mol. Evol. V. 41. № i. p. 24-33.

250. Krawinkel U., Zoebelein G., Bruggemann M., Radbruch A., Rajewsky K., 1983.

251. Recombination between antibody heavy chain variable-region genes: evidence for gene conversion// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 80. № 16. P. 4997-5001.

252. Kreitman M. 1983. Nucleotide polymorphism at the Alcohol dehydrogenase locus of Drosophila melanogaster. Nature, v. 304, p. 412-417.

253. Kreitman M., Akashi H., 1995. Molecular evidence for natural selection. Annu. Rev. Ecol. Syst. Vol. 26. P. 403-422.

254. W.-H., 1983. Evolution of duplicate genes and pseudogenes //Evolution of genes and proteins / Ed. Nei M., Koehn R. Sunderland, Massachusetts: Sinauer Associates, Inc. P. 14-37.

255. Manchenko G. P., Balakirev E. S. Allozymic variation of GOT, MDH, and SOD (TO) in marine invertebrates. Isozyme Bulletin. 1980a. V. 13. P. 94.

256. Manchenko G. P., Balakirev E. S. Allozymic variation of alanopine dehydrogenase in marine invertebrates. Isozyme Bulletin. 1986. V. 18. P. 73.

257. Manchenko G.P., Balakirev E. S. High level of genetic variation in mushrooms. Isozyme Bulletin. 1980b. V. 13. P. 96.

258. Marche P.N., Kindt Т.J., 1986. A variable region gene subfamily encoding T cellreceptor beta-chains is selectively conserved among mammals // J. Immunol. V. 137. №5. P. 1729-1734.

259. Markert, C. L., and Faulhaberl., 1965 Lactate dehydrogenase isozyme patterns in fish. J. Exp. Zool. Vol. 159. P. 319-325.

260. Mather, K., 1953 The genetical structure of populations. Symposium Soc. Exp. Biol. Vol. 7. P. 66-95.

261. Matic I., Rayssiguier C., Radman M., 1995. Interspecies gene exchange in bacteria: the role of SOS and mismatch repair systems in evolution of species // Cell. V. 80. № 3. P. 507-515.

262. Matsuo, Y. 2003. Evolution of the GC content of the histone 3 gene in seven Drosophila species // Genes Genet. Syst. Vol. 78. P. 309-318.

263. Matters G.L., Goodenough U.W., 1992. A gene/pseudogene tandem duplication encodes a cysteine-rich protein expressed during zygote development in Chlamydomonas reinhardtii II Mol. Gen. Genet. V. 232. № 1. P. 81-88.

264. Maxam, A., and W. Gilbert. 1980. Sequencing end-labeled DNA with base specific chemical cleavages. Meth. Enzymol. 65: 500-560.

265. Mayr, E., 1963 Animal Species and Evolution. Belknap. Cambridge.

266. Mazet F., Shimeld S.M., 2002. Gene duplication and divergence in the early evolution of vertebrates // Curr. Opin. Genet. Develop. V. 12. № 4. P. 393-396.

267. McCarrey J.R., Riggs A.D., 1986. Determinator-inhibitor pairs as a mechanism for threshold setting in development: a possible function for pseudogenes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 83. № 3. P. 679-683.

268. McCarrey J.R., Thomas К., 1987. Human testis-specific PGK gene lacks introns and possesses characteristics of a processed gene // Nature. V. 326. № 6112. P. 501505.

269. McCormack W.T., Hurley E.A., Thompson C.B., 1993. Germ line maintenance of the pseudogene donor pool for somatic immunoglobulin gene conversion in chickens // Mol. Cell. Biol. V. 13. № 2. P. 821-830.

270. McCormack W.T., Thompson C.B., 1990. Chicken IgL variable gene conversiondisplay pseudogene donor preference and 5' to 3' polarity // Genes Dev. V. 4. № 4. P. 548-558.

271. McDonald, J.H., Kreitman, M., 1991. Adaptive protein evolution at the Adh locus in Drosophila. Nature 351, 652-654.

272. McDonald, J. H., 1996 Detecting non-neutral heterogeneity across a region of DNA sequence in the ratio of polymorphism to divergence. Mol. Biol. Evol. Vol. 13. P. 253-260.

273. McDonald, J. H., 1998 Improved tests for heterogeneity across a region of DNAsequence in the ratio of polymorphism to divergence. Mol. Biol. Evol. Vol. 15. P. 377-384.

274. McVean G. А. Т., 2001. What do patterns of genetic variability reveal about mitochondrial recombination? Heredity. Vol. 87. P. 613-620.

275. McVean G., Awadalla P., Fearnhead P., 2002. A coalescent-based method for detecting and estimating recombination from gene sequences // Genetics. V. 160. №3. P. 1231-1241.

276. Mighell A.J., Smith N.R., Robinson P.A., Markham A.F., 2000. Vertebrate pseudogenes // FEBS Letters. V. 468. № 2-3. P. 109-114.

277. Misra-Press A., Cooke N.E., Liebhaber S.A., 1994. Complex alternative splicingpartially inactivates the human chorionic somatomammotropin-like (hCS-L) gene // J. Biol. Chem. V. 269. № 37. p. 23220-23229.

278. Mitton J. B. Selection in Natural Populations. Oxford, Oxford University Press. 1998.

279. Miyashita, N., and С, H. Langley, 1988 Molecular and phenotypic variation of the white locus region in Drosophila melanogaster. Genetics. Vol. 120. P. 199-212.

280. Miyashita, N., M. Aguade and С. H. Langley, 1993 Linkage disequilibrium in the white locus region of Drosophila melanogaster. Genet. Res. Vol. 62. P. 101-109.

281. Moran, N. A., 2002. Microbial minimalism: genome reduction in bacterial pathogens. Cell 108: 583-586.

282. Morgan T. S., Rogers A. D., Paterson G. L. J., Hawkins L. E., Sheader M., 1999.

283. Evidence for poecilogony in Pygospio elegans (Polychaete: Spionidae). Marine Ecology Progress Series. Vol. 178. P. 121-132.

284. Moriyama E.N., Powell J.R., 1996. Intraspecific nuclear DNA variation in Drosophila // Mol. Biol. Evol. V. 13. №1. P. 261-277.

285. Mousset S., Brazier L., Cariou M.L., Chartois F., Depaulis F., Veuille M. 2003

286. Evidence of a high rate of selective sweeps in African Drosophila melanogaster II Genetics. V. 163. №2. P. 599-609.

287. Mukai, Т., and R. A. Voelker, 1977 The genetic structure of natural populations of Drosophila melanogaster. XIII. Further studies on linkage disequilibrium. Genetics 86: 175-185.

288. Mukai, Т., Т. К. Watanabe and О. Yamaguchi, 1974 The genetic structure ofnatural populations of Drosophila melanogaster. XII. Linkage disequilibrium in a large local population. Genetics 77: 771-793.

289. Nei M., 1987. Molecular Evolutionary Genetics // New York: Columbia University Press. 512 p.

290. Nei M., Roychoudhury A. K., 1973. Probability of fixation of nonfunctional genes atduplicate loci. Am. Nat. Vol. 107. P. 362-372. Nei, M., and W.-H. Li, 1973 Linkage disequilibrium in subdivided populations.

291. Genetics 75:213-219. Nei, M., and W.-H. Li, 1980 Non-random association between electromorphs and inversion chromosomes in finite populations. Genet. Res. 35: 65-83.

292. Nelson K., Hedgecock D. Enzyme polymorphism and adaptive strategy in the decapod crustacea. // Amer. Natur. 1980. Vol. 116. - P. 238-280.

293. Nguyen Т., Sunahara R., Marchese A., Van Tol H.H.M., Seeman P., O'Dowd B.F., 1991. Transcription of a human dopamine D5 pseudogene // Biochem. Biophys. Щ) Res. Commun. V. 181. № 1. P. 16-21.

294. Nicolas A., Treco D., Schultes N.P., Szostak J.W., 1989. An initiation site for meiotic gene conversion in the yeast Saccharomyces cerevisiae II Nature. V. 338. № 6210. P. 35-39.

295. Nishioka Y., Leder A., Leder P., 1980. Unusual a-globin-like gene that has cleanly lost both globin intervening sequences // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 77. № 5. P. 2806-2809.

296. Oakeshott J. G., E. A. van Papenrecht, C. Claudianos, В. C. Morrish, C. Coppin, W. A. Odgers, 2001. An episode of accelerated amino acid change in Drosophila esterase-6 associated with a change in physiological function. Genetica 110: 231244.

297. Oakeshott J.G., BoyceT.M., Russell R.J., Healy M.J., 1995. Molecular insights into theevolution of an enzyme; esterase 6 in Drosophila II TREE. V. 10. №. P. 103-110.

298. Ross V., Richmond R.C., 1987. Molecular cloning and characterization of esterase 6, a serine hydrolase from Drosophila II Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 84. № 10. P. 3359-3363.

299. Nucleotide polymorphism in the Est6 promoter, which is widespread in derived populations of Drosophila melanogaster, changes the level of esterase 6 expressed in the male ejaculatory duct // Genetics. V. 162. №2. P. 785-797.

300. Odgers W.A., Healy M.J., Oakeshott J.G., 1995. Nucleotide polymorphism in the 5' promoter region of esterase 6 in Drosophila melanogaster and its relationship to enzyme activity variation I I Genetics. V. 141. №1. P. 215-222.

301. Ohno, S., 1970. Evolution by Gene Duplication. Springer-Verlag, Heidelberg, Germany.

302. Ohta Т., 1988. Further simulation studies on evolution by gene duplication. Evolution. Vol. 42. P. 375-386.

303. Ohta, Т., 1982a Linkage disequilibrium due to random genetic drift in finite subdivided populations. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 79: 1940-1944.

304. Ohta, Т., 1982b Linkage disequilibrium with the island model. Genetics 101: 139155.

305. Ohta, Т., and M. Kimura, 1969a Linkage disequilibrium due to random genetic drift. Genet. Res. 13: 47-55.

306. Ohta, Т., and M. Kimura, 1969b Linkage disequilibrium at steady state determined by random genetic drift and recurrent mutation. Genetics 63: 229-238.

307. Olsen M.A., Schechter L.E., 1999. Cloning, mRNA localization and evolutionaryconservation of a human 5-HT7 receptor pseudogene // Gene. V. 227. № 1. P. 6369.

308. Olsen, К. M., A. Womack, A. R. Garrett, J. I. Suddith and M. D. Purugganan, 2002 Contrasting evolutionary forces in the Arabidopsis thaliana floral developmental pathway. Genetics. Vol. 160. P. 1641-1650.

309. Palumbi S. R. Genetic divergence, reproductive isolation, and marine speciation. Annu. Rev. Ecol. Syst. 1994. Vol. 25. P. 547-572.

310. Parkash R., Munjal A. K., Karan D. 1998. Thermal adaptive significance of ADH and EST-6 allozymes in Indian geographical populations of Drosophila melanogaster. J. Zool. Syst. Evol. Res. Vol. 36. № 3. P. 147-152.

311. Parsch, J., C. D. Meiklejohn, E. Hauschteck-Jungen, P. Hunziker, and D. L. Hartl. 2001. Molecular evolution of the ocnus and janus genes in the Drosophila melanogaster species subgroup // Mol. Biol. Evol. Vol. 18. P. 801-811.

312. Pascual V., Capra J.D., 1991. Human immunoglobulin heavy-chain variable region genes: organization, polymorphism, and expression // Adv. Immunol. V. 49. P. 174.

313. Patterson G.I., Kubo K.M., Shroyer Т., Chandler V.L., 1995. Sequences required for paramutation of the maize b gene map to a region containing the promoter and upstream sequences // Genetics. V. 140. № 4. P. 1389-1406.

314. Pinarbasi E:, Elliott J., Hornby D.P., 1996. Activation of a yeast pseudo DNAmethyltransferase by deletion of a single amino acid // J. Mol. Biol. V. 257. № 4. P. 804-813.

315. Pogulis, R. J., and S. O. Freytag, 1993. Contribution of specific cis -acting elements to activity of the mouse pro-alpha 2(1) collagen enhancer. J. Biol. Chem. Vol. 268. P. 2493-2499.

316. Popadic A., Norman R.A., Doanet W.W., AndersonW.W., 1996. The evolutionary history of the amylase multigene family in Drosophila pseudoobscura // Mol. Biol. Evol. V. 13. № 6. P. 883-888.

317. Powell J.R., 1997. Progress and prospects in evolutionary biology. The Drosophila model. Oxford, N. Y.: Oxford University Press. 562 p.

318. Powell, J. R., and R. DeSalle, 1995 Drosophila molecular phylogenies and theiruses, pp. 87-138 in Evolutionary Biology, edited by M. K. Hecht, R. J. Maclnture and M. T. Clegg. Plenum Press, New York.

319. Prakash, S., and R. C. Lewontin, 1968 A molecular approach to the study of genie heterozygosity. III. Direct evidence of coadaptation in gene arrangements of Drosophila. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 59: 398-405.

320. Prakash, S., 1974 Gene differences between sex ratio and standard gene arrangements of the X chromosome and linkage disequilibrium between loci in the standart gene arrangement of the X chromosome in the Drosophila pseudoobscura. Ibid 77: 795-804.

321. Preston C. R., Engels W.R., 1996. P-element-induced male recombination and gene conversion in Drosophila // Genetics. V. 144. №4. P. 1611-1622.

322. Prince V. E., Pickett F. В., 2002. Splitting pairs: the diverging fates of duplicated genes // Nat. Rev. V. 3. № 11. P. 827-837.

323. Pritchard J.K., Schaeffer S.W., 1997. Polymorphism and divergence at a Drosophila pseudogene locus//Genetics. V. 147. № 1. P. 199-208.

324. Procunier W.S., Smith J.J., Richmond R.C., 1991. Physical mapping of the esterase-6 locus of Drosophila melanogaster II Genetica. V. 84. № 3. P. 203-208.

325. Proudfoot N. 1980. Pseudogenes // Nature. V. 286. № 5776. P. 840-841.

326. Purugganan, M. D., 2000 The molecular population genetics of regulatory genes. Mol. Ecol. Vol.9. P. 1451-1461.

327. Purugganan, M. D., and J. I. Suddith, 1998 Molecular population genetics of the

328. Arabidopsis CAULIFLOWER regulatory gene: Nonneutral evolution and naturally occurring variation in floral homeotic function. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. Vol. 95. P. 8130-8134.

329. Purugganan, M. D., and J. I. Suddith, 1999 Molecular population genetics of floral homeotic loci: Departures from the equilibrium-neutral model at the APETALA3 and PISTILLATA genes of Arabidopsis thaliana. Genetics. Vol. 151. P. 839-848.

330. Quinones V., Zanlungo S., Moenne A., Gomez I., Holuigue L., Litvak S., Jordana X., 1996. The rpl5-rpsl4-cob gene arrangement in Solanum tuberosum: rpsl4 is a transcribed and unedited pseudogene // Plant Mol. Biol. V. 31. № 4. P. 937-943.

331. Ramos-Onsins S., Aguade M., 1998. Molecular evolution of the cecropin multigene family in Drosophila: functional genes vs. pseudogenes // Genetics. V. 150. № 1. P. 157-171.

332. Rayssiguier C., Thaler D.S., Radman M., 1989. The barrier to recombination between Escherichia coli and Salmonella typhimurium is disrupted in mismatch repair mutants // Nature. V. 342. № 6248. P. 396-401.

333. Reiner O., Horowitz M., 1988. Differential expression of the human glucocerebrosidase-coding gene // Gene. V. 73. № 2. P. 469-478.

334. Restrepo B.I., Carter C.J., Barbour A.G., 1994. Activation of a vmp pseudogene in Borrelia hermsii: an alternate mechanism of antigenic variation during relapsing fever// Mol. Microbiol. V. 13. № 2. P. 287-299.

335. Reynaud C.A., Anquez V., Grimal H., Weill J.C., 1987. A hyperconversion mechanism generates the chicken light chain repertoire // Cell. V. 48. № 3. P. 379-388.

336. Reynaud C.A., Dahan A., Anquez V., Weill J.C., 1989. Somatic hyperconversiondiversifies the single Vh gene of the chicken with a high incidence in the D region //Cell. V. 59.№ l.P. 171-183.

337. Richardson M.P., Braybrook C., Tham M., Moore G.E., Stanier P., 1998. Molecular cloning and characterization of a highly conserved human 67-kDa laminin receptor pseudogene mapping to Xq21.3 // Gene. V. 206. № 1. P. 145-150.

338. Richmond R.C., Gilbert D.G., Sheehan K.B., Gromko M.H., Butterworth F.M., 1980. Esterase 6 and reproduction in Drosophila melanogaster II Science. V. 207. № 4438. P. 1483-1485.

339. Rodriguez-Trelles, F., Tarrio, R., Ayala, F.J. 2001. Erratic overdispersion of three molecular clocks: GPDH, SOD, and XDH. PNAS 98, 11405-11410.

340. Rogers M.A., Winter H., Wolf C., Heck M., Schweizer J., 1998. Characterization of a 190-kilobase pair domain of human type I hair keratin genes // J. Biol. Chem. V. 273. №41. P. 26683-26691.

341. Rosato, E., A. A. Peixoto, R.Costa and C. P. Kyriacou, 1997 Linkagedisequilibrium, mutational analysis and natural selection in the repetitive region of the clock gene, period, in Drosophila melanogaster. Genet. Res. 69: 89-99.

342. Rothenfluh H.S., Blanden R.V., Steele E.J., 1995. Evolution of V genes: DNA sequence structure of functional germline genes and pseudogenes // Immunogenet. V. 42. № 3.P. 159-171.

343. Rouquier S., Blancher A., Giorgi D., 2000. The olfactory receptor gene repertoire in primates and mouse: evidence for reduction of the functional fraction in primates. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 97. № 6. P. 2870-2874.

344. Rowan, R.G., Hunt, J.A., 1991. Rates of DNA change and phylogeny from the DNA-sequences of the alcohol-dehydrogenase gene for 5 closely related species of Hawaiian Drosophila. Mol. Biol. Evol. 8,49-70.

345. Rozas J., Rozas R., 1999. DnaSP version 3: an integrated program for molecular population genetics and molecular evolution analysis // Bioinformatics. V. 15. №2. P. 174-175.

346. Rubin G. M., Yandell M. D., Wortman J. R., Miklos G. L. G., Nelson C. R., et al., 2000. Comparative genomics of the eukaryotes. Science. Vol. 287. P. 2204-2215.

347. Russel S.R., Kaiser K., 1993. Drosophila melanogaster male germ line-specifictranscripts with autosomal and У-linked genes // Genetics. V. 134. № 1. P. 293308.

348. Russell R.J., Robin G.C., Kostakos P., Newcomb R.D., Boyce T.M., Medveczky K.M., Oakeshott J.G., 1996. Molecular cloning of an a-esterase gene cluster on chromosome 3R of Drosophila melanogaster И Insect Biochem. Mol. Biol. V. 26. № 3. P. 235-247.

349. Russo, С. A. M., Takezaki,N. and M. Nei, 1995 Molecular phylogeny and divergence times of drosophilid species. Mol. Biol. Evol. 12: 391-404.

350. Saad M., Game A.Y., Healy M.J., Oakeshott J.G., 1994. Associations of esterase 6 allozyme and activity variation with reproductive fitness in Drosophila melanogaster // Genetica. V. 94. №1. P. 43-56.

351. Sadasivan E., Cedeno M., Rothenberg S.P., 1992. Genomic organization of the gene and a related pseudogene for a human folate binding protein // Biochim. Biophys. Acta. V. 1131.№ l.P. 91-94.

352. Saitou, N. and M. Nei. 1987. The neighbor-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol. Biol. Evol. V. 4. № 4. P. 406-425.

353. Sanger, F., S. Nicklen and A. R. Coulson, 1977 DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74 (12): 5463-5467.

354. Satyanarayana K., Strominger J.L., 1992. DNA sequences near a meioticrecombinational breakpoint within the human HLA-DQ region // Immunogenet. V. 35. № 4. p. 235-240.

355. Sawyer, S.A., 1989. Statistical tests for detecting gene conversion. Mol. Biol. Evol. V. 6. №5. P. 526-538.

356. Sawyer, S.A., 1999. GENECONV: A computer package for the statistical detection of gene conversion. Distributed by the author. Department of Mathematics, Washington University in St. Louis.

357. Sayegh C.E., Drury G., Ratcliffe J.H., 1999. Efficient antibody diversification by gene conversion in vivo in the absence of selection for V(D)J-encoded determinants // EMBOJ. V. 18. №22. P. 6319-6328.

358. Schaeffer, S. W., and E.L.Miller, 1993 Estimates of linkage disequilibrium and the recombination parameter determined from segregating nucleotide sites in the alcohol dehydrogenase region of Drosophila pseudoobscura. Genetics 135: 541552.

359. Schiff C., Milili M., Fougereau M., 1985. Functional and pseudogenes are similarly organized and may equally contribute to the extensive antibody diversity of the IgVHII family // EMBO J. V. 4. № 5. P. 1225-1230.

360. Schmalhausen, 1.1., 1946. Factors of Evolution : The Theory of Stabilizing Selection. The University of Chicago Press, Chicago, reprinted 1986.

361. Viability studies // Genetics. V. 102. №3. P. 467-483. Seiser C., Beck G., Wintersberger E., 1990. The processed pseudogene of mouse thymidine kinase is active after transfection // FEBS Letters. V. 270. № 1,2. P. 123-126.

362. Sharon D., Glusman G., Pilpel Y., Khen M., Gruetzner F., Haaf Т., Lancet D., 1999. Primate evolution of an olfactory receptor cluster: diversification by gene conversion and recent emergence of pseudogenes // Genomics. V. 61. № 1. P. 2436.

363. Sharp S., DeFranco D., Silberklang M., Hosbach H.A., Schmidt Т., Kubli E., Gergen J.P., Wensink P.C., Soil D., 1981. The initiator tRNA genes in Drosophila melanogaster: evidence for a tRNA pseudogene // Nucleic Acids Res.V. 9. № 22. P. 5867-5882.

364. Sharp, P.M., Li, W.-H., 1989. On the rate of DNA-sequence evolution in Drosophila. J.1. Mol. Evol. 28,398-402.

365. Sheehan K., Richmond R. C., Cochrane B. J. 1979. Studies of esterase 6 EC-3.1.1.1 in D. melanogaster. 3. The developmental patterns and tissue distribution // Insect. Biochem. Vol. 9. № 5. P. 443-450.

366. Shen P., Huang H.V., 1986. Homologous recombination in Escherichia coli:dependence on substrate length and homology // Genetics. V. 112. № 3. P. 441457.

367. Shen P., Huang H.V., 1989. Effect of base pair mismatches on recombination via the RecBCD pathway // Mol. Gen. Genet. V. 218. № 2. P. 358-360.

368. Shepard, K. A., and M. D. Purugganan, 2003 Molecular population genetics of the

369. Arabidopsis CLAVATA2 region: The genomic scale of variation and selection in a selfing species. Genetics. Vol. 163. P. 1083-1095.

370. Sherratt D. J. (ed), 1995. Mobile genetic elements. Oxford University Press. Oxford, New York.

371. Sibbald P.R., Blencowe B.J., 1990. A completely conserved rat U6 snRNA pseudogene coding sequence is sandwiched between a cytochrome с retropseudogene and a LINE-like sequence // Nucl. Acids. Res. V. 18. № 4. P. 1063.

372. Simonsen, K.L., Churchill, G.A., Aquadro, C.J., 1995. Properties of statistical tests of neutrality for DNA polymorphism data. Genetics 141, 413-429.

373. Singh R.S., Long A.D., 1992. Geographic variation in Drosophila-. from molecules to morphology and back // TREE. V. 7. № 10. P. 340-345.

374. Singh, R.S., Hickey, D.A., David, J., 1982. Genetic differentiation betweengeographically distant populations of Drosophila melanogaster. Genetics 101, 235-256.

375. Skerka C., Horstmann R.D., Zipfel P.F., 1991. Molecular cloning of a human serum protein structurally related to complement factor H // J. Biol. Chem. V. 266. № 18. P. 12015-12020.

376. Skibinski, D.O.F., Woodwark, M., and Ward, R.D., 1993. A Quantitative Test of the Neutral Theory Using Pooled Allozyme Data. Genetics. Vol. 135. P. 233-248.

377. Smith G. R., Amundsen S. K., Dabert P., Taylor A. F., 1995. The initiation and control of homologous recombination in Escherichia coli II Phil. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. V. 347. № 1319. P. 13-20.

378. Smith G.R., Kunes S.M., Schultz D.W., Taylor A., Triman K.L., 1981. Structure of chi hotspots of generalized recombination // Cell. V. 24. № 2. P. 429-436.

379. Smit-McBride, Z., Moya, A., Ayala, F.J., 1988. Linkage disequilibrium in natural and experimental populations of Drosophila melanogaster. Genetics 120, 10431051.

380. Snyder M., Hunkapiller M., Yuen D., Silvert D., Fristrom J., Davidson N., 1982.

381. Cuticle protein genes of Drosophila: structure, organization and evolution of four clustered genes // Cell. V. 29. № 3. P. 1027-1040.

382. Sokal, R.R., Rohlf, F.J., 1981. Biometry. The Principles and Practice of Statistics in Biological Research, Ed. 2. W. F. Freeman and Co., San Francisco.

383. Sorge J., Gross E., West C., Beutler E., 1990. High level transcription of theglucocerebrosidase pseudogene in normal subjects and patients with Gaucher disease // J. Clin. Invest. V. 86. № 4. P. 1137-1141.

384. Steinemann S., Steinemann M., 1999. The amylase gene cluster on the evolving sex chromosomes of Drosophila miranda II Genetics. V. 151. № 1.Р. 151-161.

385. Steinman, H.M., 1988. Bacterial superoxide dismutases. Basic Life Sciences 49, 641646.

386. Steinmetz M., Stephan D., Fischer-Lindahl K., 1986. Gene organisation andrecombinational hotspots in the murine major histocompatibility complex // Cell. V. 44. № 6. P. 895-904.

387. Stephan, W., 1996 The rate of compensatory evolution. Genetics. Vol. 144. P. 419-426.

388. Stephan, W., and D. Kirby, 1993 RNA folding in Drosophila shows a distance effect for compensatory fitness interactions. Genetics 135: 97-103.

389. Stoltzfus, A., 1999. On the possibility of constructive neutral evolution. J. Mol. Evol. 49: 169-181.

390. Strobeck C., 1983. Expected linkage disequilibrium for a neutral locus linked to a chromosomal arrangement // Genetics. V. 103. №3. P. 545-555.

391. Sudo K., Maekawa M., Luedemann M.M., Deaven L.L., Li S.S.L., 1990. Human lactate dehydrogenase-B processed pseudogene: nucleotide sequence analysis andassignment to the A"-chromosome // Biochem. Biophys. Res. Com. V. 171. № l.P. 67-74.

392. Sullivan D.T., Starmer W.T., Curtiss S.W., Menotti-Raymond M., Yum J., 1994.

393. Unusual molecular evolution of an Adh pseudogene in Drosophila И Mol. Biol. Evol. V. 11. № 3. P. 443-458. Suzuki E., Lowry J., Sonoda G., Testa J.R., Walsh K., 1996. Structures and ^ chromosome locations of the human MEF2A gene and a pseudogene MEF2APII

394. Tajima F., 1989. Statistical method for testing the neutral mutation hypothesis by DNA ^ polymorphism // Genetics. V. 123. №3. P. 585-595.

395. Takemura M., Nozato N., Oda K., Kobayashi Y., Fukuzawa H., Ohyama K., 1995.

396. Active transcription of the pseudogene for subunit 7 of the NADH dehydrogenase in Marchantiapolymorpha mitochondria // Mol. Gen. Genet. V. 247. № 5. P. 565570.

397. Ting, С. Т., S. С. Tsaur, М. L. Wu and С. I. Wu, 1998 A rapidly evolving homeobox at the site of a hybrid sterility gene. Science. Vol. 282. P. 1501-1504.

398. Toba G., Aigaki Т., 2000. Disruption of the microsomal glutathione S-transferase-like gene reduces life span of Drosophila melanogaster II Gene. V. 253. № 2. P. 179187.

399. Torrents D., Suyama M., Zdobnov E., Bork P., 2003. A genome-wide survey of human pseudogenes. Genome Res. Vol. 13. P. 2559-2567.

400. Toung Y.-P., Hsieh T.S., Tu C.P., 1993. The glutathion S-transferase D genes: a divergently organized, intronless gene family in Drosophila melanogaster II J. Biol. Chem. V. 268. № 13. P. 9737-9746.

401. Trabesinger-Ruef N., Jermann Т., Zankel Т., Durrant В., Frank G., Benner S.A., 1996. Pseudogenes in ribonuclease evolution: a source of new biomacromolecular function? IIFEBSLetters. V. 382. № 3. P. 319-322.

402. Treco D., Arnheim N., 1986. The evolutionarily conserved repetitive sequence d(TG AG)n promotes reciprocal exchange and generates unusual recombinant tetrads during yeast meiosis // Mol. Cell. Biol. V. 6. № 11. P. 3934-3947.

403. Triglia Т., Thompson J.K., Cowman A.F., 2001. An EBA175 homologue which istranscribed but not translated in erythrocytic stages of Plasmodium falciparum II Mol. Biochem. Parasitol. V. 116. № 1. P. 55-63.

404. Troyanovsky S.M., Leube R.E., 1994. Activation of the silent human cytokeratin 17 pseudogene-promoter region by cryptic enhancer elements of the cytokeratin 17 gene // Eur. J. Biochem. V. 225. № 1. P. 61-69.

405. Tso J., Sun X.H., Kao Т.Н., Reece K., Wu R., 1985. Isolation and characterization of rat and human glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase cDNAs: genomiccomplexity and molecular evolution of the gene // Nucl. Acids Res. V. 13. № 7. P. 2485-2502.

406. Veuille, M., and L. M.King, 1995 Molecular basis of polymorphism at the

407. Wall J.D., 1999. Recombination and the power of statistical tests of neutrality // Genet.

408. Res. V. 74. № i.p. 65-79. Wall, J. D., 2001 Insights from linked single nucleotide polymorphisms: what we can learn from linkage disequilibrium. Curr. Opin. Genet. Dev. Vol. 11. P. 647-651.

409. Waller T. R., 1991. Evolutionary relationships among commercial scallops (Mollusca: ^ Bivalvia: Pectinidae). In: Scallops: Biology, Ecology and Aquaculture. S. E.

410. Shumway, editor. Elsevier, Amsterdam. P. 1-72.

411. Walsh J., 1995. How often do duplicated genes evolve new functions? Genetics. Vol. 139. P. 421-428.

412. Ward R.D., Skibinski D.O.F., Woodwark M. Protein heterozygosity, protein structure, and taxonomic differentiation. (Hecht M.K., Wallace В., Maclntyre R.J., editors) -Evolutionary Biology, Plenum Press, New York. 1992. - Vol. 26. - P. 73-159.

413. Waterston R. H., Lindblad-Toh K., Birney E., Rogers J., Abril J. F., Agarwal P., Agarwala R., Ainscough R., Alexandersson M., An P., et al., 2002. Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome. Nature. Vol. 420. P. 520-562.

414. Watt W. В. Allozymes in evolutionary genetics: self-imposed burden or extraordinary tool? Genetics. 1994. Vol. 136. P. 11-16.

415. Watt W. B. and Dean A. M., 2000. Molecular-functional studies of adaptive genetic variation in prokaryotes and eukaryotes. Annu. Rev. Genet. Vol. 34. P. 593-622.

416. Watterson G. A. 1975. On the number of segregating sites in genetical models without recombination. Theor. Popul. Biol. 10, 256-276.

417. Weiner A.M., Deininger P.L., Efstratiadis A., 1986. Nonviral retroposons: gene,pseudogenes, and transposable elements generated by the reverse flow of genetic information // Annu. Rev. Biochem. V. 55. P. 631-661.

418. Weinshank R.L., Adham N., Macchi M., Olsen M.A., Branchek T.A., Hartig P.R.,1991. Molecular cloning and characterization of a high affinity dopamine receptor (Dip) and its pseudogene // J. Biol. Chem. V. 266. № 33. P. 22427-22435.

419. Weir B.S., Hill W.G., 1986. Nonuniform recombination within the human Д-globin gene cluster//Amer. J. Hum. Genet. V. 38. № 5. P. 776-778.

420. White M.A., Detloff P., Strand M., Petes T.D., 1992. A promoter deletion reduces the rate of mitotic, but not meiotic recombination at the HIS4 locus in yeast // Curr. Genet. V. 21. №2. P. 109-116.

421. White M.A., Dominska M., Petes T.D., 1993. Transcription factors are required for the meiotic recombination hotspot at the HIS4 locus in Saccharomyces cerevisiae // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 90. № 14. P. 6621-6625.

422. Wilde C.D., 1986. Pseudogenes // CRC Crit. Rev. Biochem. V. 19. № 4. P. 323-352.

423. Wright S., 1931. Evolution in Mendelian Populations. Genetics. Vol. 16. P. 97-159.

424. Wright S., 1938. Size of population and breeding structure in relation to evolution. Science. Vol.87. P. 430-431.

425. Wright T. R. F., 1963. The genetics of an esterase in Drosophila melanogaster // Genetics. V. 48. № 6. P. 787-801.

426. Wright, T. R. F., 1961 The genetic control of an esterase in Drosophila melanogaster. Amer. Zool. Vol. 1.P.476.

427. Wu S., Saunders T.L., Bach F.H., 1986. Polymorphism of human la antigens generated by reciprocal intergenic exchange between two DR /3 loci // Nature. V. 324. № 6098. P. 676-679.

428. Wu T.-C., Lichten M., 1994. Meiosis-induced double-strand break sites determined by yeast chromatin structure // Science. V. 263. № 5146. P. 515-518.

429. Wysocki L.J., Gefter M.L., 1989. Gene conversion and the generation of antibody diversity// Annu. Rev. Biochem. V. 58. P. 509-531.

430. Xu X., Hsia A.-P., Zhang L., Nikolau B.J., Schnable P.S., 1995. Meiotic recombination break points resolve at high rates at the 5' end of a maize coding sequence // Plant Cell. V. 7. №12. P. 2151-2161.

431. Yang D., Waldman A.S., 1997. Fine-resolution analysis of products ofintrachromosomal homeologous recombination in mammalian cells // Mol. Cell. Biol. V. 17. №7. P. 3614-3628.

432. Zapata, C., and G. Alvarez, 1992 The detection of gametic disequilibrium between allozyme loci in natural populations of Drosophila. Evolution 46: 1900-1917.

433. Zapata, C., and G.Alvarez, 1993 On the detection of nonrandom associationbetween DNA polymorphisms in natural populations of Drosophila. Mol. Biol. Evol. 10: 823-841.

434. Zhang J., 2003. Evolution by gene duplication: an update. TREE. Vol. 18. № 6. P. 292-298.

435. Zhang J., Pontoppidan В., Xue J., Rask L., Meijer J., 2002. The third myrosinase gene TGG3 in Arabidopsis thaliana is a pseudogene specifically expressed in stamen and petal // Physiol. Plantarum. V. 115. № 1. P. 25-34.

436. Zhang J.-R., Hardham J.M., Barbour A.G., Norris S.J,, 1997. Antigenic variation in lyme disease Borreliae by promiscuous recombination of VMP-like sequence cassettes // Cell. V. 89. № 2. P. 275-285.

437. Zhang X.-M., Cathala G., Soua Z., Lefranc P.-M., Huck S., 1995. The human T-cell receptor gamma variable pseudogene VI0 is a distinctive marker of human speciation // Immunogenet. V. 43. № 1-2. P. 196-203.

438. Zhang Y., Nelson M., Van Etten J.L., 1992. A single amino acid change restores DNA cytosine methyltransferase activity in a cloned chlorella virus pseudogene //Nucl. Acids Res. V. 20. № 7. P. 1637-1642.

439. Zhou B.-S., Beidler D.R., Cheng Y.-C., 1992. Identification of antisense RNAtranscripts from a human DNA topoisomerase I pseudogene // Cancer Res. V. 52. № 15. P. 4280-4285.

440. Zouros, E., 1976 The distribution of enzyme and inversion polymorphism over the genome of Drosophila: evidence against balancing selection. Genetics 83: 169179.