Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Механизмы изменения флуоресцентных свойств соединений фурокумаринового и карбазольного рядов при взаимодействии с ДНК
ВАК РФ 03.00.23, Биотехнология
Содержание диссертации, кандидата химических наук, Ковалева, Мария Владимировна
Введение.
Глава 1. АНАЛИТИЧЕСКИЙ ОБЗОР.
1.1 .Образование комплексов красителей с ДНК.,.
1.1.1. Общие положения.
1.1.2. Элементы генотоксичности фармпрепаратов.
1.1.3.Исследование комплексообразования фурокумаринов.
1.1.4.Особенности комплексообразования карбазольных красителей с ДНК.
1.2.Спектральные свойства лигандов и их комплексов с ДНК.
1.2.1. Общие положения.
1.2.2. Механизмы изменения флуоресцентных свойств лигандов.
1.2.3. Влияние на взаимодействия лигандов с ДНК параметров среды и микроокружения.
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
2.1. Материалы и реактивы.
2.2. Спектральные методики.
2.3. Расчет квантовых выходов соединений в различных средах.
2.4. Определение параметров связывания комплекса ДНК-лиганд.
Глава 3. СПЕКТРАЛЬНЫЕ СВОЙСТВА КРАСИТЕЛЕЙ И ИХ КОМПЛЕКСОВ
С ДНК.
3.1. Спектральные характеристики соединений в средах различного состава.
3.1.1. Соединения фурокумаринового ряда.
3.1.2. Соединения карбазольного ряда.
3.2. Исследование комплексов с ДНК.".
3.2.1. Соединения фурокумаринового ряда.
3.2.2. Соединения карбазольного ряда.
Глава 4. Обсуждение результатов.
Выводы.
Введение Диссертация по биологии, на тему "Механизмы изменения флуоресцентных свойств соединений фурокумаринового и карбазольного рядов при взаимодействии с ДНК"
Актуальность проблемы. Последние десятилетия ознаменовались революционными изменениями в технологии различных сфер человеческой деятельности, и, в частности в биотехнологии. В практике современных клинико-диагностических подразделений они находят также широкое применение, среди которых первое место занимает полимеразная цепная реакция (ПЦР) и гибридизация ДНК. В настоящее время ПЦР успешно используется как для научных исследований, так и для диагностики в практическом здравоохранении, службе Госсанэпиднадзора (генотипирование, диагностика вирусных и бактериальных инфекций, определение устойчивости к химиотерапевтическим препаратам и тд.) [1-5]. Синтезируемый в ходе ПЦР продукт можно определять различными способами. Одним из самых простых, эффективных и распространенных является электрофоретическое разделение ампликонов в гелях с детекцией ДНК при помощи интеркалирующих флуоресцентных зондов (как правило, этидий бромида, имеющего АВозб=510 нм, АэМ=590 нм.) [1]. Применение флуоресцирующих ДНК-интеркаляторов в других областях исследований позволило разработать экспрессные и сравнительно простые способы диагностики радиационных воздействий, прогнозирования сокращения продолжительности жизни, возникновения злокачественных новообразований, на основе анализа патологии с точки зрения изменения содержания и структуры нуклеиновых кислот при различных физиологических состояниях организма [6-8]. Такие методы являются более информативными при оценке действия малых доз повреждающих факторов, т.к. позволяют избежать артефактов при индикации, чем, например, при использовании метода с применением радиактивных меток. Кроме того, подобные ДНК-лиганды могут быть использованы непосредственно в качестве противоопухолевых, антибактериальных, антивирусных препаратов [9,10]. Этим вопросам в отечественной и зарубежной литературе посвящено большое количество работ [11,12,13, 14, и др.]
При использовании в биотехнологии и диагностических целях, такие соединения, помимо достаточно высокой специфичности, должны также обладать удобными для регистрации свойствами. Например, способностью флуоресцировать и резко изменять интенсивность своего свечения при взаимодействии с определенными субстратами. Так, бромид этидия является меткой на нуклеиновые кислоты [14], DAPI - на три АТ-пары нуклеотидов в ДНК [13] и т.д. Во всех этих случаях происходит многократное возрастание интенсивности флуоресценции красителей при взаимодействии их с определенной мишенью. В то же время, обеспечение вышеназванных способов дорогостоящими импортными реактивами подчас делает внедрение новейших достижений биотехнологии и создаваемых на их основе диагностических систем затруднительным. В таких обстоятельствах актуальными является поиск новых отечественных люминесцентных красителей для анализа нуклеиновых кислот [15].
В связи с этим активно изучаются механизмы взаимодействия флуорофоров с ДНК. Исследованию реакций лигандов-неинтеркаляторов в комплексе с субстратами, сопровождающихся изменениями их флуоресцентных свойств, был посвящен ряд работ [13,16,17,18,19,20 и др.]. Установлено, в частности, что изменение флуоресценции ряда неинтеркалирующих лигандов при взаимодействии с ДНК обусловлено двумя механизмами: снижением ротационных диффузионных процессов и снятием ингибирующего влияния терминальных радикалов на свечение потенциально активного "ядра" соединения. Вместе с тем, несмотря на то, что взаимосвязь структуры субстрата и характера взаимодействия в системах подобного класса для неинтеркаляторов в определенной степени изучена, в настоящее время, практически отсутствуют основные положения, позволяющие достаточно полно объяснить механизмы изменения флуоресцентных свойств интеркалирующих лигандов, при взаимодействии с субстратом и, исходя из этого, принципы конструирования новых флуоресцентных ДНК-зондов. Отсутствует и достаточно теоретически обоснованный метод выбора химической структуры активного флуорофора-интеркалятора на нуклеиновые кислоты, что может быть использовано в ряде биотехнологических процессов. Для решения поставленных проблем, в настоящей работе исследовались при взаимодействии с ДНК два ряда вновь синтезированных планарных соединений: фурокумариновые производные, являющиеся, как известно, эффективными флуорофорами, и производные карбазола, близкие к структуре идеальных интеркаляторов.
Цель исследования: установить закономерности изменений комплексообразующих и спектрально-люминесцентных свойств потенциальных ДНК-лигандов фурокумаринового и карбазольного рядов для формулирования на этой основе требований к направленному синтезу новых эффективных индикаторов для биотехнологии.
Задачи исследования:
• оценить влияние на свечение потенциально активных люминофоров из ряда псораленов, ангелицинов и карбазолов характера их микроокружения; в модельных системах выявить соединения, которые наиболее значительно могут изменять свои флуоресцентные свойства;
• изучить спектры поглощения и флуоресценции рассматриваемых красителей при взаимодействии их с ДНК в водных средах различного состава; и на основании этого рассчитать относительный вклад ионной и водородной составляющих в специфическое взаимодействие исследуемых соединений с субстратом;
• провести расчет комплексообразующих параметров исследуемых систем ДНК-краситель, оценить характер зависимостей между ними, а также зависимости вышеназванных параметров от химической структуры "ядра" рассматриваемых соединений;
• провести оценку влияния терминальных радикалов на комплексообразующие свойства исследуемых соединений в зависимости от их химической структуры и условий взаимодействия.
Научная новизна и практическая значимость полученных результатов.
В данной работе были впервые изучены как в свободном состоянии, так и при взаимодействии с ДНК соединения фурокумаринового и карбазольного рядов, имеющие в качестве терминальных заместителей электроноакцепторные группы. В результате исследования впервые было показано, что производные псоралена имеют меньшую степень связывания с ДНК, по сравнению с производными ангелицина. Среди фурокумаринов большее сродство к полинуклеотиду обусловлено наличием сопряженной системы с терминальной ацетильной группой.
При исследовании ряда карбазольных производных впервые было установлено, что для создания эффективного флуорофора с дибензопиррольным "ядром" необходимо наличие сильного электроноакцепторного заместителя.
Результаты, полученные в диссертации, позволяют существенно расширить представления о механизмах изменения флуоресцентных свойств 7 интеркалирующих соединений при взаимодействии с ДНК и увеличить спектральный диапазон, который может быть использован для определения продуктов ПЦР. Работа является значительным вкладом в разработку новых эффективных ДНК - индикаторов для биотехнологических процессов.
Данная работа проводилась в соответствии с координационным планом МЗ РФ и РАМН по комплексной проблеме "Злокачественные новообразования".
Объем и структура диссертации. Диссертационная работа состоит из введения и 4 глав; из которых первая посвящается обзору литературы, вторая -описанию методов исследования, третья - результатам собственных спектральных исследований рассматриваемых красителей в водной и спиртовой средах и при взаимодействии с ДНК в средах различного состава, четвертая -обсуждению полученных результатов.
Заключение Диссертация по теме "Биотехнология", Ковалева, Мария Владимировна
ВЫВОДЫ.
1. Изменения флуоресцентных свойств фур оку марин овы х и карбазольных производных при смене микроокружения с водной среды на изопропанол могут быть основой первичного скрининга ДНК-лигандов. В этих условиях квантовые выходы производных псоралена изменялись в пределах 11.0-1.5, производных ангелицина 19.0 - 1.1, тогда как для производных карбазола они были в пределах 4.5 -1.3.
2. Среди исследованных фурокумаринов дериваты ангелицина образовывали два вида комплексов ДНК-лиганд: "сильный" при низких значениях концентрации ДНК и "слабый" при высоких значениях. Наибольшее сродство к ДНК, из соединений этого класса, показало соединение 5'-ацетил-4,4' - диметил ангелицин.
3. Для карбазольных соединений характерно наличие одного типа связывания с ДНК, которое преобладало при высоких концентрациях полинуклеотида.
4. Сродство к ДНК как для производных псоралена, так и для производных ангелицина увеличивалось в ряду заместителей гидроксильный < оксимный < ацетильный; для соединений карбазольного ряда имела место следующая закономерность: гидразинокарбонильный < карбоксильный < нитрильный.
5. Расчет квантовых выходов при комплексообразовании с ДНК фурокумариновых и карбазольных производных показал, что свечение в комплексе ДНК-лиганд зависело как от структуры гетероцикла лиганда, так и от электронной донорно-акцепторной активности терминального радикала. Наиболее эффективным флуорофором на ДНК среди изученных соединений являлось соединение 9(3-цианоэтил)-1,2,3,4-тетрагидрокарбазол, имеющее Авозб—285 нм и 380 нм, что позволяет расширить спектр аппаратуры, применяемой для индикации вышеназванного субстрата в биотехнологических реакциях.
Библиография Диссертация по биологии, кандидата химических наук, Ковалева, Мария Владимировна, Санкт-Петербург
1. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрун Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование: Пер. с англ.: М.:Мир.-1984,- 480с.
2. Безлепкин В.Г., Васильева Г.В., Ломаева М.Г., и др. Вариабильность продуктов ПЦР с производными праймерами на ДНК-матрице потомства мышей-самцов, облученных малыми дозами радиации./ ДАН,- 2000,- Т.372., № 4,- С.558-561.
3. Момыналиев К.Т., Говорун В.М. Перспективы примннения методов ДНК-диагностики в лабораторной службе. / Клинич. лабор. диагностика. -2000,-№4.-С .25-32.
4. Therwell N., Millington S., Solinas A., et al. Mode of action and applicathion of Scorpion primers to mutation detection. // Nucl. Acids. Res. -2000,- V.28, № 19. -P.3752-3761.
5. Mullis K.B., Falona F.A. Specific synthesis of DNA in vitro vici a polymerax catalyzed chain reaction.// Meth. Enzymol.-1987.- V.155.- P.335-350.
6. Иванов С.Д., Ремизова И.В., Кованько Е.Г. и др. Структурные изменения ДНК нуклеотидов крови и развития отдаленных последствий у облученных крыс // Бюлл. эксперим. биол. мед.- 1990.- Т. С9, №3,- С.296-299.
7. Иванов С.Д. Пострадиционные изменения ДНК нуклеотидов лейкоцитов крови. Детектирование, закономерности, диагностическое и прогностическое значение. Дисс.докт.биол.наук./ЦНИРРИ.- СПб.-1992.-306с.
8. Иванов С.Д., Кованько Е.Г., Попович И.Г., Забежинский М.А. Оценка генотоксичности и отдаленных эффектов радиоционно-химических воздействий. // Радиац. биология, радиоэкология. 1999. -Т.39.,№4. - С.418-424.
9. Denison L.,Haigh A., D'Cunha G.,Martin R.F.DNA ligands as radioprotectors: molecular studies with Hoechst 33342 and Hoechst 33258. // Int.J.Radiat.Biol.-1992-V.61,-P.69-81.
10. Martin R.F.,Denison L.DNA ligands as radiomodifiers : studies with minor-groove binding bisbenzimidazoles.//Int.J.Radiation Oncology Biol. Phys.-1992-v.23,№3 -P.579-584.
11. Барский И. Я., Папаян Г. В., Фадеев М. Д. Определение биспиральной ДНК в смеси с денатурированной по флуоресценции акридинового оранжевого в комплексе с ДНК.П. Двухволновый метод. //Цитология. 1969. - Т. 11, №1. - С. 64 - 70.
12. Кривцова М.А., Морошкина Е.Б., Глибин Е.Н.,Фрисман Э.В. Взаимодействие ДНК с низкомолекурярными лигандами различной структура . Комплексы ДНК с дикгацинами . //Мол. биол.-1984,- Т.18,№4,-С.950-956.
13. Barcellona M.L., Favilla R.,von Berger J., et al. DNA-4'-6-diamidine-2-phenylindole interactions : a comparative study employing fluorescence and ultraviolet spektroscopy. // ArchivesBiochem.Biophys.-1986.-V.250,№l.-P.48-53.
14. Morgan A.R., Evans D. H.,Lee J.S., Pulleyblank D.E. Review : Ethidium fluorescence assays .Part II Enzymatic studies and DNA-protein interactions. // Nucl. Acids Res.-1979.-V.7,№3.-P.571-595.
15. Зеленин A.B., Полетаев А.И.,Степанова Н.Г. Флуоресцентная цитохимия нуклеиновых кислот. Современное состояние и перспективы: К 35-летию метода .//Цитология . -1987. -Т.29.,№12.-С.1323-1336.
16. Заседателев А.С., Жузе A.JL, Циммерман К. и др. Стереохимическая модель молекулярного механизма "узнавания" АТ-пар при связывании с ДНК антибиотиков дистамицина А и нетропсина. // Доклад АН.СССР.- 1976.-Т.231. №4,- С.1006-1009.
17. Иванов С.Д., Квитко И.Я., Ртищев Н.И., и др. Спектральные свойства аминов 2-фенилбензазолов при взаимодействии с ДНК.// Биоорган, химия -1989 т.15-№5,- С. 648-655.
18. Иванов С.Д., Гарабаджиу А.В., Ртищев Н.Н., Фомина Е.И., Колосова О.Ю. Спектральные свойства бисбензимидазолов при их взаимодействии снуклеиновыми кислотами. // Биоорган, химия. 1991. - Т.17, № 8. - С. 10411047.
19. Сибирцев B.C., Гарабаджиу А.В., Иванов С.Д. Механизмы взаимодействия красителя фенидбензимидазольного и фенилиндольного ряда с ДНК.// Биорган. химия,- 1994.-Т.20,№6.-С.650-668.
20. Pjura P.E.,Grzeskowiuk K.,Dickerson R.E.Binding of Hoechst 33258 to the minor croove of B-DNA. // J.Mol. Biol. -1987. V.197, №2.-P.257-271.
21. Молекулярные основы действия антибиотиков / под ред. Г.Ф. Гаузе.-М.: Мир., 1975. 500с.
22. Zimmer С. Effect of the antibiotics netropsin and distamycin A on the structure and function of nucleic acid. // Progr. Nucleic Asid Res.Mol. Biol.-1975.-V.15.-p.285-318.
23. Baraldi P.G., Cacciari В., Guiotto A., et al. Design, synthesis and biological activity of pyrrolo2.1-c.[l,4]benzodiakerine (PBD) distamycin hybrid. // Bioorg. Med. Chem. Lett.- 1998. - V.8.- P. 3019-3024.
24. Damayanthi Y., Reddy P.B.S., Lown J.W. Design and synthesis of novel pyrrolo2.1-c.[l,4]benzodiazepine- lexitropsin conjugates. // J. Org. Chem.-1999-V.64.-P.290-292.
25. Norbert H., Jbara R., Khamadi F., et al. Synthesis of pyridazino4,5-b.carbazoles as potential antitumos agents //Heterocycles.-1998.-V.48.-№8.- P. 1609-1622.
26. Веселков А.И., Морошкина Е.Б., Соболева О.И., Фрисман Э.В. Сравнительное исследование взаимодействия ДНК с дауномицином и профлавином в растворе. // Мол.биол. -1984. -Т. 18, №2.-С.481-487.
27. Lerman L.S. Structural consideration in the interaction of DNA and acridines.// J.Mol.Biol.-1961 .-V.3,№1 .-P. 18-30.
28. Lerman L.S. The structure of the DNA -acridine complex. // Proc . Natl. Acad.Sci.USA.-1963.-V.49,№l.-P.94-102.
29. Кантор Ч., Шиммел П. Биофизическая химия. /Мир :-М.- 1984.-Т.1.-55бс.
30. Принципы структурной организации нуклеиновых кислот ./ под ред. В.Зенгер .-М.:Мир,1987.-37/с.
31. Круглова Е.Б., Зиненко Т.Д. Экспериментальные и теоретические исследования образования комплексов ДНК с биологически активными лигандами, содержащими хромофорные группы, в зависимости от ионной силы раствора.// Мол.биол.-1993.-Т.27,№3.-С.655-665.
32. Веселков А.Н., Дымант JI.H., Болотин П.А. Исследования взаимодействия бромистого этидия с дезокситетрарибонуклеотидтрифосфатом 5'-d(GCGC) методом 'Н-ЯМР-спектроскопии. //Мол. биол.-1995,- Т.29.-С.326-338.
33. Веселков А.Н., Дымант JI.H., Барановский С.Ф. Исследование взаимодействия профлавина с аденозинмонофосфатом в водном растворе методом проточного магнитного резонанса. //Хим.физика.-1986.- Т.5.-С.1334-1338.
34. Kastrup R.Y., Young М.А., Krugh T.R. Mechanism of ethidium bromide fluorescence enhancement on binding to nucleic acids. // Biochemistry.- 1978.-V. 17.-P.4855-4865.
35. Tubbs R.K., Ditmars W.E., Winkle Q.V. Heterogeneity of the interaction of DNA with acriflavine. // J.Mol.Biol.- 1964,- V.9.- P.545 -557.
36. Waring M.J. Complex formation between ethidium bromide and nucleic acids.//J.Mol.Biol.-1965.-V.13.- P.269-282.
37. LePecq J.B., Paoletti C. A Fluorescent complex between etidium bromide and nucleic acids.//J. Mol. Biol.- 1967.-V.27.-P.87-106.
38. Борисова О.Ф., Щелкина A.K., Каранетян A.T., Суровая А.Н. Гетерогенность мест сильного связывания бромистого этидия на ДНК. Флуоресцирующие и нефлуоресцирующие комплексы.//Мол. биол.- 1998.- т.32,-№ 5 С.855-862.
39. Тищенко Е.И., Карапетин А.Т. Гетерогенные комплексы бромистого этидия и их роль в стабилизации (dA)n(dT)n структур. // Мол. биол.- 1996,- Т.30,-с.1370-1377.
40. Drummond D.S., Simpson-Gildenmeister V.F.W., Peacocke A.R. Interaction of aminoacridines with deoxyribonucleic acids: effect of ionic strength, denaturation, and structure. //Biopolymers.- 1965.-V.3.- P. 135-153.
41. Pritchard N.J., Blake A., Peacocke A.R. Modified intercalation model for the interaction of amino acridines and DNA. // Nature. -1966. V.212., №5066 - P.1360-1374.
42. Olmsted J., Kearns D.R. Ethidium bromide complexes with self-complementary deoxytetranucleotides. Demonstration and discussion of sequence preference in the intercalative binding of ethidium bromide. // Biochemistry.- 1977.- V. 16.- P. 36473654.
43. Гурский Г.В. Взаимодействие акридинов с ДНК. // Биофизика. -1966,- Т. 11.-с.737-742.
44. Mauger А.В. The actinomycins .//Topics in antibiotic chemistry /Ed.P.G.Sammes.-Chichester :Ellis Horwood,1980.-V.5.-P.229-306.
45. Carlassare F., Baccichetti F., Guiotto A., et.al. Synthesis and photobiological properties of acetylpsoralen derivatives. //J. Photochem. Photobiol, B: Biology, 1990.-V.5.-P.25-39.
46. Dall'Acqua F., Vedaldi D., Bordin F., et.al. 4'-methylangelicins: new potential agents for the photochemotherapy of psoriasis. // J.Med.Chem.-1983.-V.26.- P. 876879.
47. Guiotto A., Rodighiero,P., Manzini, P., et.al. 6-Methylangelicins: a new series of potential photochemotherapeutic agents for the treatment of psoriasis. // J.Med. Chem.-1984.-V27.-P.959-967.
48. Sardari S., Mori Y., Horita K., et.al. Synthesis and antifungal activity of coumarins and angular furocoumarins. // Bioorg. Med. Chem.-1999.- V.7.- P. 1933-1940.
49. Scott B.R., Pathak M.A., Mohn G.R. Molecular and genetic basis of furocoumarin reactions. // Mutat. Res.-1976.-V.39.-P.29-74.
50. Han G.S., Yoo D.J., Kim S.K., et.al. Photophysical properties of pyrazinopsoralen, a new monofunctional psoralen. // Photochem. Photobiol.- 1996.-V.64.-P.525-530.
51. Gasparo F.P. Psoralen-DNA in interaction.//in Psoralen- DNA Photobiology. F.P.Gasparo Ed.-1988.-V.1.CRS Press Inc.USA.-P.5-36.
52. Cimino G.D., Gamper H.B., Isaacs S.T., et.al. Psoralens as photoactive probes of nucleic acid structure and function: organic chemistry, photochemistry, and biochemistry. //Ann. Rev. Biochem.- 1985.-V.54.-P.1151-1193.
53. Ben-Hur E. and Song P.S., The photochemistry and photobiology of furocoumarins ( psoralens). // Adv. Radiat. Biol., -1984,- V. 11 .-P. 131-171.
54. Thompson J.F., Bachellerie J.P., Hall K., Hearst J.E. Dependence of 4'-(hydroxymethyl)-4,5',8-trimetylpsoralen. Photoaddition on the conformation of ribonucleic acid. //Biochemistry. 1982.-V.21.-P.1363-1368.
55. Gupta M., Ali R. Fluorescence studies on the interaction of furocoumarins with DNA in the dark. //J. Biochem.-1984.- V.95.- P. 1253-1257.
56. Larcom L.L., Dodds E.G., McNeill W.F. Effects of cation concentration on sensitivity of DNA to UV inactivation. // Photobiochem.Photobiophys.-1981.-V.2.-P.181-186.
57. Kanne D., Straub K., Hearst J.E., et.al. Isolation and characterization of pyrimidine-psoralen-pyrimidine. Photoadducts from DNA. // J. Am. Chem. Soc.-1982.-V.104.- P.6754-6764.
58. Steaub K., Kanne D., Haerst J.E., et.al. Isolation and characterization of pyrimidine-psoralen. Photoadducts from DNA. // J. Am. Chem. Soc. 1981,- V. 103.- P. 23472355.
59. Kanne D., Steaub K., Rapoport H., et.al. Psoralen-deoxyrobonucleic acid photoreaction. Characterization of the monoaddition products from 8-methoxypsoralen and 4,5',8-trimethylpsoralen. // Biochemistry. 1982.- V. 21,- P. 861-871.
60. Rodighiero, G, Musajo L., Dall'Acqua F., et. al. Mechanism of skin photosensitization by furocoumarins photoreactivity of various furocoumarins with native DNA and with ribosomal RNA. // Biochim. Biophys. Acta.- 1970.- V.217.-P.40-49.
61. Dall'Acqua F., Marciani S., Vedaldi D., et.al. Studies on the photoreactions (365nm) between DNA and some methylpsoralens. // Biochim. Biophys. Acta.- 1974,- V.353.-P. 267-273.
62. Joshi P.S., Pathak M.A. Photophysical photobiological properties of 3-carbethoxypsoralen. //Indian J. Biochem. Biophys.-1995.-V.32., № 2.-P.63 73.
63. Perahia D., Pullman A., Pullman B. Cation-binding to biomolecules. IV. An ab initio study on the interaction of Na+ with the purine and pyrimidine bases of the nucleic acids. // Theoret. Chim. Acta.-1977.-V.43.- P.207-214.
64. Gniazdowski M., Tolwinska-Stanczyk Z., Wilmanska D., Malagaka E. Photoreaction of furocoumarins with DNA is similar inhibition by minor and major grooves interaction ligands.// Farmaco.-1997.-V.52.-№l 1.- P.653-655.
65. Bridges J.W., Williams R.T. The fluorescence of indoles and aniline derivatives.// Biochem.J.- 1968.-V.107.-P.225.
66. Kanzava F., Nishio K., Kubota N. and et.al. Antitumor activities of a new indolocarbazole substance, NB-506, and establishment of NB-506-resistant cell line, SBC-3/NB. // Cancer Res.- 1995,- V.55.- P. 2806-2813.
67. Zain S.M., Hashim R., Taibor A.B., et.al. Electronic structure of carbazoles and its derivatives: A semi-empirical study on the substitution effects of carbazole.// J.Mol. Structure.-1996.-V.401.-№.3.- P.287-300.
68. Rajeswazan W.G., Szinivaran P.C. Synthesis of benzob.carbazoles with oxygenated D-ring. Potential DNA binders. // Indian J.Chem. В. 1994.-V.33.,№4.-P. 368-369
69. Mateo С.A., Urrutia A., Rodriguez J.G., and et.al. Photooxygenation of 1,2,3,4,-tetrahydrocarbazole: synthesis of spirocyclopentane-l,2'-indolin-3'-one.// J.Org.Chem.- 1996.-V.61,- P.810-812.
70. Tanious F.A., Ding D., Patrick D.A., and et.al. A new type of DNA minor-groove complex: carbazole dication-DNA interactions.// Biochemistry.-1997.-V.36.- P. 15315-15325.
71. Potier P. Search and discovery of new antitumour compounds.// Chem.Soc.Rew.-1992.-V.21 .-P.113-119.
72. Gribble G.W. Synthesis and antitumor activity of ellipticine alkaloids and related compounds.// The alkaloids.-1990.-V.39.-P.239-352.
73. Talaska G., Reilman R., Schamer M., and et.al. Tissue distribution of DNA adducts of 7H-dibenzoc,g.carbazole and its derivatives in mice following topical application.// Chem.Res.Toxicol.-1994.-V.7.- P. 374-379.
74. Warshawsky D.W. Environmental sources, carcinogenicity, mutagenicity, metabolism and DNA binding of nitrogen and sulfur heterocyclic aromatics. // Environ.Carcinog.Ecotox.Rev.-1992.-V. 10.- P. 1 -71.
75. Kirby A.H., and Peacock P.R. The influence of methylation on carcinogenic activity I.N-methyl-3,4,5,6-dibenzocarbazole. // Br.J.Exp.Pathol.-1946.-V.27.-P.179-189.
76. Tripathi S., Mohan M., Randey R.K., and et.al. Some novel fluorescent azo compounds as intercalation for calf thymus DNA.// Indian J.Chem.-1999.-V.38B.- P. 317-324.
77. Barsellona M.L., Favilla R.,von Berger J., et al. DNA-4'-6-diamidine-2-phenylindole interactions : a comparative study employing fluorescence and ultraviolet spektroscopy. //Archives Biochem.Biophys.-1986.-V.250,№l.-P.48-53.
78. Нурмухаметов Р.Н. Поглощение и люминесценция ароматических соединений .-М: Химия , 1971.-216с.
79. Электронная структура и свойства органических молекул / В.Ф. Травень М.: Химия, 1989.- 384 с.
80. Лакович Дж. Основы флуоресцентной спектроскопии. М.: Мир, 1986. - 496 с.
81. Georgiev G.P. Histories and the control of gene action .// Annu. Rev. Genet.-1969.-V.3,№3.-P. 155-205.
82. Колосова О.Ю. Флуоресцентные ДНК-зонды в ряду бензимидазолов.: Автореф. дис. . канд. хим. наук. /ЛТИ им.Ленсовета.-Л.,1991-19 с
83. Толмачев А. Ю. Изучение основно-катализируемых реакций гидрокси- и ортоацил)гидроксикумаринов.: Автореф. дис.канд. хим. наук. / РХТУ им.
84. Менделеева.- М., 2000.-20с.
85. Hahn W.E., Nowaczyk М., Bartnik R. Cycloparaffins condensed with heterocyclic rings. Synthesis of b-(2,3-cycloalkenoindolyl-l)-propionic acid derivatives.// Soc. Scient. Lodz. Acta. Chim.-1968.-V.13.-P.59-72.
86. Lowry O.H., Rosenbrough N.J., Farr A.L., et.al. Protein measurement with the folinphenol reagent. // J. Biol.Chem.-1951.-V.193., №3,- P.265-275.
87. Кантор Ч., Шиммер П. Биофизическая химия . М.: Мир , 1984 . - Т.2.-493с.
88. Кантор Ч., Шиммер П. Биофизическая химия . М.:Мир, 1984 .-Т.3.-536с.
89. Сибирцев B.C. Исследование механизмов флуоресцентного взаимодействия комплексов ДНК-лиганд бензимидазольного и фенилиндольного рядов.: Автореф. дис. . канд. хим. наук. /СПТИ(У) им. Ленсовета .- СПб.,1995.-21с.
90. Джонсон К. Уравнение Гаммета.: Пер. с англ. чл-корр. АН СССР И.П. Бенецкой; М., Мир.-1977.-240с.103
91. Muller W.,Gautier F.Interactions of heterochromatic compounds with nucleic acids. AT-specific nonintercalating DNA ligands.// Eur. J.Biochem.-1975.-V.54,№2.-P.385-394.
92. Паркер С. Фотолюминесценция растворов. М.; Мир, 1972.-580с.
- Ковалева, Мария Владимировна
- кандидата химических наук
- Санкт-Петербург, 2001
- ВАК 03.00.23
- Новые методы биотестирования и анализа ДНК с помощью флуорофоров
- Влияние аминокислотных замен на спектральные свойства флуоресцентных белков на примере mRFP1
- Исследование механизмов флуоресцентного взаимодействия комплексов ДНК-лигандов бензимидазольного и фенилиндольного рядов
- Молекулярные основы АТ-специфичности лигандов, изоспиральных узкой бороздке ДНК
- Взаимодействие карбоксиметильных порфиринов с ДНК