Локализация у свиньи и бурозубки обыкновенной генов синтенной группы хромосомы 17 человека

Ларкин, Денис Михайлович

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Локализация у свиньи и бурозубки обыкновенной генов синтенной группы хромосомы 17 человека
ВАК РФ 03.00.15, Генетика

Автореферат диссертации по теме "Локализация у свиньи и бурозубки обыкновенной генов синтенной группы хромосомы 17 человека"

На правах рукописи УДК 575.113:576.316:599.363:636.4

РГ6 од

1 з ЛЕК 2П00

Ларгспн Денис Михайлович

ЛОКАЛИЗАЦИЯ У СВИНЬИ И БУРОЗУБКИ ОБЫКНОВЕННОЙ ГЕНОВ СИНТЕННОЙ ГРУППЫ ХРОМОСОМЫ 17 ЧЕЛОВЕКА

Генетика - 03.00,15

АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук

Новосибирск 2000

Работа выполнена в Институте цитологии и генетики СО РАН, лаборатория генетических основ онтогенеза г. Новосибирск

Научный руководитель:

Официальные оппоненты:

Ведущее учреждение:

кандидат биологических наук, Н.С. Жданова

Институт цитологии и генетики СО РАН, г. Новосибирск

доктор биологических паук Т.Н. Аксенович

Институт цитологии и генетики СО РАН, г. Новосибирск

кандидат биологических наук С.П. Князев

Новосибирский аграрный университет, г. Новосибирск

Институт общей генетики РАН, г. Москва

^ Г

Защита диссертации состоится " Г) " _ 2000 года

на утреннем заседании специализировтшиого совета по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора наук (Д-002.11.01) при Институте цитологии и генетики СО РАН в конференц-зале Института по адресу: 630090, г. Новосибирск, проспект акад. Лаврентьева, 10. тел./факс: 33-12-78; e-mail: dissov@bionet.nsc.ru

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Института цитологии и генетики СО РАН.

Автореферат разослан " б " ОСС 2000 г.

Ученый секретарь диссертационного совета, доктор биологических наук —Груздев А.Д.

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность проблемы. Картирование геномов является одной из важнейших задач современной генетики. Картирование хромосом млекопитающих преследует две основные цели: 1) Создание подробных карт геномов человека и сельскохозяйственных видов позволит проводить молекулярный анализ локусов, имеющих медицинское значение, и изучать наследование локусов, вносящих главный вклад в формирование хозяйственно ценных признаков (ETL) у сельскохозяйственных животных. 2) Сравнение карт разных видов позволит выявлять закономерности эволюции и организации геномов млекопитающих.

Сравнение геномных карт млекопитающих указывает на то, что в кариотипах разных видов представлены схожие протяженные блоки одних и тех же сцепленных генов. Для выявления этих консервативных блоков используется флуоресцентная in situ гибридизация хромосомоспецифичных зондов на хромосомы других, даже отдаленных видов (Zoo-FISH). В большинстве случаев выявляются районы межвидовой гомеологии не меньше одной G полосы. Однако использование этого метода не позволяет выявлять мелкие районы и определять порядок генов в пределах консервативных районов. Границы консервативных районов и порядок генов в них может быть установлен с помощью генетического и радиационного картирования. Картирование с помощью радиационно-индуцированных гибридов позволяет установить порядок генов, основываясь на статистическом анализе данных по присутствию/отсутствию картируемых маркеров в клонах панели. Желательно, чтобы используемые маркеры были предварительно нанесены на цитогенетическую или генетическую карты вида.

Одной из наиболее консервативных ассоциаций генов у млекопитающих является группа сцепления хромосомы 17 человека. Согласно данным Zoo-FISH эта хромосома сохранилась у 15 исследованных видов, распавшись лишь у некоторых представителей отряда хищных и приматов (Glas et al., 1998). Данные геномного картирования в целом подтверждают результаты Zoo-FISH, однако свидетельствуют о том, что у разных видов отдельные гены могут выпадать из этой группы, либо в нее могут включаться гены или блоки генов из других синтенных групп (Werner et al., 1997; Muller et al., 1997; Larkin et ai., 2000). Только детальное геномное картирование может показать, какие именно изменения претерпевал в ходе эволюции геном млекопитающих в рамках каждого вида. Построение геномных карт представителей отрядов, рано дивергировавших от общего ствола млекопитающих, приблизит нас к пониманию природы происхождения крупных блоков синтенных генов в геномах далеких видов и возможности реконструкции предкового кариотипа млекопитающих.

Цели и задачи исследования. Целью данной работы являлось выяснение судьбы крупного консервативного блока генов у двух отдаленных видов млекопитающих.

Одной из главных задач исследования было картирование у свиньи (Sus scrofa Dom.) и бурозубки обыкновенной (Sorex araneus) генов, локализованных у человека в хромосоме 17. Для достижения цели были поставлены следующие конкретные задачи:

1. Осуществить субхромосомную локализацию четырех консервативных генов у свиньи с помощью Саузерн-блот гибридизации. Провести отбор по литературным источникам и сконструировать новые ПЦР праймеры для картирования генов у свиньи и бурозубки обыкновенной.

2. Осуществить с помощью ПЦР анализа у свиньи субхромосомную локализацию генов, распределенных по всей длине хромосомы 17 человека.

3. Нанести 9 генов свиньи на радиационную карту с помощью панели радиационных гибридов и установить их порядок.

4. Провести сравнение порядка генов в хромосомах 12 свиньи, 17 человека, 19 коровы и в гомеологичных хромосомах других видов для выявления изменения и сохранения порядка генов в ходе эволюции.

5. Картировать у бурозубки обыкновенной 8 генов, охватывающих всю длину хромосомы 17 человека.

Научная новизна и практическая значимость.

1. Впервые с использованием набора гибридов соматических клеток свинья-норка и свинья-китайский хомячок установлена хромосомная и субхромосомная локализация 17 генов свиньи: NF1, PRKCA, RARA, ERBB2, HLR1, THRA1, EN03, CRYB1, Р4НВ, MYL4, LISI, GAS, BRCA1, МСР1, Т0Р2А, STAT5B и H3F3B.

2. Впервые на радиационную карту нанесены 9 генов свиньи H3F3B, HLR1, MYL4, ТОР2А, STAT5B, THRA1, МРО, МСР1, NF1 и установлен их относительный порядок с использованием радиационной панели гибридов соматических клеток.

3. На основе сравнения порядков генов в хромосоме 12 свиньи и хромосоме 17 человека впервые выявлен район, перестройка в котором определила изменение порядка генов в гомеологичных хромосомах. Выявлено изменение относительного положения центромеры в этих двух хромосомах.

4. Впервые проведена хромосомная локализация 8 генов у бурозубки обыкновенной: генов NF1, MYL4, THRA1, MTMR4, GLUT4, ACADVL, МРО на хромосому hr¡, а гена MYH2 на хромосому ik. Впервые применена ПЦР с гетерологичными праймерами для картирования генома этого вида.

5. Впервые определен район возможного разрыва у бурозубки синтенной группы генов хромосомы 17 человека.

6. Создана геномная база данных, содержащая информацию о локализации генетических маркеров у бурозубки обыкновенной. База доступна в сети Интернет по адресу http://shrewbase.da.ru.

Насыщение геномной карты свиньи сыграет важную роль при выявлении генов-кандидатов, отвечающих за формирование экономически важных признаков. Установление точного порядка генов необходимо для проведения позиционного клонирования и характеристики выявляемых экономически важных локусов. Насыщение геноменой карты бурозубки имеет большое значение для развития частной генетики вида, предсказания локализаций гомеологичных генов у других видов и реконструкции предкового кариотипа млекопитающих.

Полученные в ходе данной работы данные используются при чтении лекций по курсу «Цитогенетика» (НГУ).

Апробация работы и публикации. По материалам диссертации опубликовано 4 статьи в отечественной и зарубежной печати. Результаты работы были представлены на 5 международных конференциях. Создан веб сайт «Shrew genome database» (http://shrewbase.da.ги).Часть материалов по картированию генома бурозубки была внесена в сводку по сравнительному картированию, опубликованную О'Браеном в журнале Science (O'Brien et а!., 1999).

Структура и объем работы. Диссертация состоит из введения, 3-х глав, заключения, выводов, приложений и списка литературы. Работа изложена на 132 страницах, иллюстрирована 13 рисунками и содержит 9 таблиц. Список цитированной литературы включает 210 работ.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Линии клеток, использованные для хромосомной локализации генов свиньи, а). Для определения субхромосомной локализации генов свиньи была использована серия клонов гибридов соматических клеток, полученных от слияния фибробластов американской норки линии MVTK', дефицитной по активности тимидинкиназы (ТК), и лейкоцитов свиньи (Zhdanova et al., 1996; Zhdanova et al., 1S95; Рубцов и др., 1998), а также гибридный клон 8990, любезно предоставленный доктором Пр. Томсеном (Королевский ветеринарный и сельскохозяйственный университет, Дания). Клон 8990 получен от слияния линии ВК 14-150 китайского хомячка, дефицитной по активности ТК1, с лимфоцитами свиньи (Thomsen and Zhdanova, 1995). б). В работе были использованы субклоны гибридных линий SV1, SV11, SV27, устойчивые к 5-бромдезоксиуридину. В аббревиатуре этих клонов присутствует буква "В", (табл.1)

Линии клеток, использованные для радиационного картирования генов свиньи. /mpRH7oooR панель состоит из 118 клонов, полученных от слияния

облученных клеток лимфоцитов или фибробластов свиньи с клетками китайского хомячка линии \Л/дЗс1 (УеМе е1 а1., 1998). В качестве контроля использовалась ДНК, выделенная из линии китайского хомячка У\/дЗс1 и фибробластов свиньи.

Таблица 1. Слисок гибридных клеточных клонов свинья-американская норка и свинья-китайский хомячок.

Клон свинья-американская норка Хромосомы свиньи

SV1-19 8,9,12

SV1-B12 8,9

SV11-B3 8

SV11-B5 8,14

SV19 Все

SV23 Все

SV27-B1 2

SV35 12

SV36 5cen-q2; 6q21-q23; 13q21; 13q22;

7q25-qter; 4p12-p13; 16q12-q14;

12pter-p15; Xp11-Xq11

SV38-B4 5

Клон свинья-китайский хомячок Хромосомы свиньи

8990 12p

8990-В4 -

Линии клеток, использованные для локализации генов бурозубки.

Использовалась панель из 14 клонов бурозубка-китайский хомячок (аббревиатура «SAS», «SAB») и 5 клонов бурозубка- мышь (клоны, маркированные «С») (табл. 2.). Гибридные клоны получены при слиянии клеток селезенки или костного мозга бурозубки с клетками перевиваемой линии мышей LMTK", дефицитной по активности ТК (клоны серии С1, С2) или клетками перевиваемой линии Ад17 китайского хомячка, дефицитной по активности гипоксантингуанинфосфорибозилтрансферазы (серии SAS и SAB) (Pack et al., 1995). В работе так же использовались: 1) перевиваемая линия клеток мыши LMTK", 2) перевиваемая линия клеток китайского хомячка Ад17, 3) гибридные клоны бурозубка-мышь К2-1 и K2-1BS, не включенные в панель.

ДНК зонды. Для локализации генов NF1, PRKCA, RARA, ERBB2 свиньи были использованы клонированные фрагменты гомеологичных генов человека. Работа с нуклеиновыми кислотами. Все молекулярные работы, связанные с выделением ДНК, трансформацией клеток E.Coli, амплификацией и сиквенсом ДНК проводили по стандартным методикам (Маниатис, 1986). Конструирование видоспецифических и консенсусных ПЦР праймеров. Для конструирования видоспецифических и консенсусных праймеров, были использованы последовательности ДНК генов свиньи, человека, мыши и других видов, доступные через GeneBank (http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/). В случае создания видоспецифических праймеров свиньи, последовательности генов свиньи анализировались с помощью программы Primer Premier 5.0.

Таблица 2. Частота встречаемости хромосом и хромосомных плеч бурозубки в клетках гибридных клонов панели

с)е Ьс 1 к 3 о Л ь п т Р ч г 1и

ЭАвЗ 1.03 0.07 0.07 0.73

ЭА37 1.00 0.93 0.57 1.16

БАБ 8 1.00 1.40 1.00 1.00 0.96 0.96 1.00

ЭДЭН 1.оо 1.00

ЭАЗЧЗ 1.03 1.00 0.50 0.50 1.06 1.06 1.20

здэгз 0.83 0.96 0.30 0.30 0.46 0.90 0.93

ЭАэгб 1.00 0.40 1.20 0.60 0.60 1.00 1.08 1.06 0.77

эдэгв 1.00 1.13 0.73 0.73 0.96 0.96 1.00 1.08 1.06 0.60 0.60 0.90

ЭА331 1.00 1.00 0.93 0.70 0.70 0.80

3дв32 0.96 0.83 1.06 0.67 0.67 1.16 1.16 1.40 о.во 0.80 0.73 0.73 0.53

ЭАЗЗб 1.00 1.20 0.40 0.40 0.83 0.47 0.47 0.73 0.73 1.00

ЗАЭ37 1,00 0.37 0.90 0.50 0.50 0.77

ЗА541 1.00 1.03 0.96 0.96 0.20 0.20 1.06 0.10 0,10 0.27

эдвв 1 00 1.03 0.93 0.93

С1-4 0.50 0.80 0.80 0.60 1.33 1.33 0.13 0.13 0.36 0.40 0.20

С2-1 1.00 1.00

С 2-2 0.40 0.40 1.20 1.20

С2-3 0.70 0.93 0.93 0.73 1.03 1.03 1.10 0.60 0.93 1.00

С2-9 1.70 1.03 0.53 1.16 0.83 0.17 0.13 0.56

* - производился учет в клетках клона одного или двух гомологов, поэтому показатель может быть больше 1.

Анализ 1Мр(*Н панели ПЦР анализ всей радиационной панели проводился дважды. Клоны, дававшие противоречивый результат анализировались третий раз. Результаты обрабатывались с помощью веб интегрированной программы (http://imprh.toulouse.inra.fr/) на совместное сохранение в клонах с референтными маркерами, которые были нанесены на радиационную карту ранее (На\«кеп е! а1„ 1999).

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

Картирование генов из синтенной группы хромосомы 17 человека на хромосомы свиньи

Гомеология хромосомы 17 человека и хромосомы 12 свиньи позволяет использовать для хромосомного и субхромосомного

картирования у свиньи генов из этой синтенной группы ограниченный набор клеточных гибридов, в который входят моно- и малохромосомные клоны свинья-американская норка (табл. 1), содержащие хромосому 12 и ее фрагменты (Zhdanova et al., 1996).

Картирование проводили с помощью Саузерн-блот гибридизации зондов кДНК человека и ПЦР анализа с 53 парами геноспецифических праймеров разного типа. В результате четыре гена - NF1, PRKCA, RARA и ERBB2, - были локализованы с помощью Саузерн-блот анализа гибридных клонов (табл. 3). Гены HLR1, THRA1, EN03, CRYB1, Р4НВ, MYL4, LISI, GAS, BRCA1, МСР1, ТОР2А, STAT5B и H3F3B были картированы с помощью ПЦР анализа гибридных клонов.

Хромосомная и субхромосомная локализация генов NF1, PRKCA, RARA и ERBB2 с помощью Саузен-блот анализа

Саузерн-блот анализ EcoRI гидролизатов ДНК свиньи, норки и китайского хомячка выявил полиморфизм фрагментов ДНК генов NF1 (рис. 1), PRKCA, ERBB2 у свиньи, норки и китайского хомячка. В случае гена RARA был выявлен рестрикционный полиморфизм только для ДНК свиньи и китайского хомячка. Из анализа таблицы 3 следует, что ген NF1 локализован в хромосоме 12, по-видимому, в q плече, ген ERBB2 и PRKCA в районе 12р1.4-р1.0, ген RARA в р плече хромосомы 12.

Хромосомная и субхромосомная локализация генов HLR1, THRA1, EN03, CRYB1, Р4НВ, MYL4, LISI, GAS, BRCA1, МСР1, ТОР2А, STAT5B и H3F3B с помощью ПЦР анализа гибридных клонов свинья-норка и свинья китайский хомячок

Для локализации генов из этой группы был использован набор ПЦР праймеров. Для генов THRA1, ТОР2А, GAS, МСР1 - гомологичные праймеры (праймеры для генов THFRA1, ТОР2А, GAS разработаны нами, а праймеры для гена МСР1 - TOAST праймеры (Jiang et al., 1998)); для гена HLR1 - CATS праймеры (Lyons et al., 1997); для генов CRYB1, Р4НВ, MYL4, L1S1 - праймеры, гомологичные для генома коровы (Yang and Womack, 1998; Yang and

гибридных клонов 1 2 3 4 5 6 7

Рис. 1. Саузерн-блот гибридизация ЕсоИ-

гидролизатов ДНК,

выделенной из клеток печени свиньи (1), норки (2), китайского хомячка (3), клонов: ЭУЗб (4), ЭУЗб (5), 8990 (6), 8990В4 (7), с клонированным фрагментом кДНК гена ЫП. Клон 4 - положительный, а клоны обозначены 5, 6, 7 -отрицательные по фракциям свиньи

Womack, 1997; Yang and Womack, 1995); для генов STAT5B, H3F3B -праймеры гомологичные для кошки (Murphy et а!., 2000); для генов EN03 и BRCA1 - консенсусные праймеры, разработанные нами в ходе данной работы.

Таблица 3. Результаты анализа гибридных клонов свинья-норка и свинья-китайский хомячок на наличие 17 генов свиньи

Название Гибридные клоны

гена SV1- SV1 SV1 SV11 SV19 SV23 SV27 SV35 SV36 SV38- 8990 8990

свиньи 19 В12 вз В5 В1 В4 В4

P4HB + - - - + + - + + - + -

PRKCA + - - - + + - + - - + -

ERBB2 + - - - ¥ - + - - + -

HLR1 + - - - + + - + - - + -

THRA1 + - - - + + - + - - + -

MYL4 + - - - + + - + - - + -

GAS + - - - + + - + - - + -

BRCA1 + - - - + + - + - - + -

ТОР2А + - - - + + - + - - + -

NF1 + - - - + + - + - - - -

МСР1 + - ■ - + + - + - - - -

CRYB1 + - - - + + - + - - - -

EN03 + - - - + + - + - - - -

LISI + - - - + + - + - - - -

RARA ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? + -

H3F3B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? + -

STAT5B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? + -

«+» - положительный клон, «-» - отрицательный клон, «?» - клоны свинья-норка, которые не удалось проанализировать по причине отсутствия межвидового полиморфизма по данному маркеру.

Для генов THRA1, EN03, Р4НВ, LISI, МСР1, ТОР2А (рис. 2.) были подобраны условия ПЦР и разделения фракций норки, свиньи и китайского хомячка, что позволило по подвижности фракций идентифицировать положительные и отрицательные клоны. В случае генов HLR1, CRYB1, MYL4, BRCA1, GAS нам не удалось подобрать условия, которые бы позволили четко различить фракции родительских видов. Для разделения ПЦР продуктов использовали полиморфизм по длинам рестрикционных фрагментов (RFLP). В случае генов BRCA1, HLR1, GAS полиморфизм удалось выявить

Рис. 2. Результат ПЦР анализа ДНК свиньи (1), норки (2), китайского хомячка (3) и клонов вУ35 (4), ЭУЗб (5), в\/27В1 (6), 8990 (7), 8990В4 (8) с праймерами, специфичными для гена ТОР2А свиньи. Клоны 4 и 7 положительные, а клоны 5, 6 и 8 отрицательные по фракции свиньи.

с использованием НаеШ эндонуклеазы рестрикции, для гена МУ1.4 была использована Мвр1 рестриктаза, а гена СЯУВ1 - рестриктаза НИа1. В случае генов 8ТАТ5В и НЗРЗВ не удалось подобрать условия разделения ПЦР продуктов свиньи и норки, но ПЦР продукты свиньи и китайского хомячка разделялись без дополнительной обработки. В обоих случаях клон, содержащий р плечо хромосомы 12, был положительным. Результаты анализа гибридных клонов свинья-норка и свинья китайский хомячок по этим генам свиньи представлены в таблице 3. В результате проделанной работы, ген Р4НВ был картирован в

район pter-p1.4, гены HLR1, THRA1, MYL4, GAS, BRCA1, ТОР2А в район 12р1.5-р1.0, гены H3F3B и STAT5B в р плечо хромосомы 12, а EN03, LISI, МСР1, CRYB1 в q плечо хромосомы 12 (рис 3.)

Локализация 17 генов в хромосомах 12 свиньи и 17 человека

р 1.5 р1.4

р1.3

р1.2 -ш

41.2

q1.3

q1.4 q1.5 !

хромосома 12 свиньи хромосома 17 человека

Рис. 3. Результаты сравнения локализаций 17 генов в хромосомах 12 свиньи и 17 человека. Стрелками указано относительное изменение положения центромеры.

Сравнение карты хромосомы 12 свиньи с картой хромосомы 17 человека (GDB: http://www.gdb.org) показывает, что гены, локализованные в р плече хромосомы 12 свиньи, локализованы в q плече хромосомы 17 человека. Там же локализованы 3 гена из q плеча хромосомы 12 (рис. 3). Локализация гена NF1 в 12 q свиньи подтверждается локализацией его в 12q1.0-q1.3 методом микродиссекции районов хромосомы с последующим ПЦР ДНК районов с праймерами специфичными к NF1 (личное сообщение Кузнецова С.Б., Рубцова Н.Б. и Ждановой Н.С.). Можно предположить, что по сравнению с хромосомой 17 человека в гомеологичной хромосоме свиньи имеется либо хромосомная перестройка, ведущая к изменению соотношений длин плеч и порядка генов в прицентромерных районах, либо порядок генов в этой хромосоме такой же, как в хромосоме 17 человека, но произошло изменение положения центромеры, в результате чего как минимум 3 гена оказались перемещенными из одного плеча в другое. Чтобы прояснить ситуацию, мы решили установить порядок ряда картированных генов с помощью радиационной панели гибридов соматических клеток.

Картирование генов H3F3B, HLR1, MYL4, Т0Р2А, STAT5B, THRA1, МРО, МСР1, NF1 с использованием IMpRH панели

Для картирования с помощью радиационной панели были отобраны маркеры, для которых нами были выявлены четкие различия по подвижности ПЦР фракций свиньи и китайского хомячка. Кроме того, мы попытались картировать ген МРО, ранее локализованный у свиньи с точностью до хромосомы (Gl:6644339). Этот ген интересен тем, что у человека он локализуется в том же районе хромосомы 17, что и ген LPO, для которого было показано изменение положения в хромосоме 12 относительно положения в гомеологичной хромосоме человека (Pintón et al., 2000). Частота сохранения проанализированных маркеров колебалась от 18% (NF1, HLR1) до 29% (МСР1). Обработка на IMpRH веб сервере (http://imprh.toulouse.inra.fr/) данных по сохранению в клонах панели 9 генов, основанная на двухточечном статистическом анализе, показала, что все картируемые гены сцеплены с референтными маркерам нескольких групп сцепления хромосомы 12, которые были получены при радиационном картировании генома свиньи с помощью этой панели (рис.4) (Hawken et al., 1999).

Использование многоточечного анализа, основанного на методе минимизации обязательных хромосомных разрывов, позволило установить порядок каждого в отдельности картируемого гена относительно референтных маркеров. Первые 3 лучшие порядка для маркеров приведены в таблице 4. На основании полученных данных можно заключить, что наиболее вероятный порядок всех

Таблица. 4. Лучшие порядки картируемых относительно референтных маркеров хромосомы 12, установленные с использованием метода минимизации обязательных хромосомных разрывов.

Маркер Порядок № Количество дополнительных дифференциальных разрывов Порядок маркеров

H3F3B 1 - SW2490 H3F3B S0143 SW2494 GH SW943

2 2 SW2490 S0143 SW2494 H3F3B GH SW943

3 4 SW2490 S0143 H3F3B SW2494 GH SW943

HLR1 1 - SW2490 S0143 SW2494 HLR1 GH SW943

2 4 SW2490 S0143 SW2494 GH HLR1 SW943

3 12 SW2490 S0143 SW2494 GH HLR1 SW943

MYL4* 1 - SW2490 S0143 SW2494 GH MYL4 SW957

2 - SW2490 S0143 SW2494 MYL4 GH SW943

ТОР2А 1 - SW2490 S0143 SW2494 GH TOP2A SW943

2 12 SW2490 S0143 SW2494 GH SW943 TOP2A SW874

3 12 SW2490 S0143 SW2494 GH SW943 SW874 SW1350 SS04H11 SW168 SW37 SWR390 SSC8F12 TOP2A S0090 SW1956 SW62...

STAT5B* 1 - SW2490 S0143 SW2494 GH STAT5B SW943 SW874 SW1350 SS04H11 SW168

THRA1 1 - SW2490 S0143 SW2494 GH THRA1 SW943

2 4 SW2490 S0143 SW2494 GH SW943 THRA1 SW874 SW1350 SS04H11 SW168 SW37

3 14 SW2490 S0143 SW2494 GH SW943 SW874 SW1350 SS04H11 SW168 SW37 SWR390 SSC8F12 THRA1 S0090 SW1956 SW62

МРО* 1 - SSC8F12 S0090 MPO SW1956 SW62

2 2 SSC8F12 MPO S0090 SW1956 SW62

МСР1 1 - SSC8F12 S0090 SW1956 SW62 MCP1 SW1962 SW467 S0147 SWC23 S0106

2 4 SSC8F12 S0090 SW1956 MCP1 SW62 SW1962 SW467 S0147 SWC23 S0106

3 14 SC8F12 S0090 SW1956 SW62 SW1962 MCP1 SW467 S0147 SWC23 S0106 SW1936

NF1 1 - S0147 NF1 SWC23 S0106 SW1936 SWR1021

2 4 S0147 SWC23 S0106 SW1936 NF1 SWR1021

3 6 S0147 SWC23 S0106 NF1 SW1936 SWR1021

"Для большинства генов приведено 3 лучших порядка. Если приведено 1 или 2 порядка, это означает, что следующий за приведенным порядок относился к группам сцепления не 12-ой хромосомы. Они не приведены, поскольку локализация всех генов на хромосоме 12 считается установленной.

картированных нами генов и референтных маркеров следующий: р(ег-... -3\Л/2490-НЗРЗВ-50143-3\Л/2494; Н1К1-(МУ1_4)-СН-(МУ1_4, Т0Р2А, ТНЯА1, 8ТАТ5В)-3\/У943-3\Л/874-3304Н 11 -3\Л/1350-3\Л/168-Б\Л/37-SWR390-SSC8F12; 30090-МРО-3\Л/1956-3\Л/62-3\Л/1962-МСР1-3\Л/467-Э0147-МР1 -3\Л/С23-30106-3\А/1936; SWR1021-...-qter. При

методом «максимального «квази-филогенетического»

установлении этого порядка мы использовали лучший порядок для каждого гена в отдельности. В случае гена MYL4 первые 2 порядка не отличались по количеству дифференциальных разрывов. Лучшие порядки для генов ТОР2А, THRA1, STAT5B и один из двух первых порядков для гена MYL4 указывали на вероятную локализацию этих маркеров между одними и теми же референтными маркерами. Для выяснения относительного порядка генов в группе ...-GH-(TOP2A, THRA1, MYL4)-SW943... была проведена одновременная обработка наших данных и векторов для референтных маркеров с помощью статистического метода «максимального правдоподобия». Эта обработка проводилась др. Денисом Миланом, лаборатория клеточной генетики, Тулуза, Франция. Наиболее вероятным оказался следующий порядок: G Н-М YL4-TO Р2А-ТН RA1 -S W943-.... Порядок MYL4-GH-TOP2A-THRA1-SW943-... всего в 8 раз менее вероятен, чем первый. Мы не имеем обработки результатов локализации гена STAT5B

правдоподобия», однако использование метода (Barendse et al., 2000) свидетельствует о порядке ...-MYL4-TOP2A-STAT5B-THRA1-SW143 -... как о наиболее вероятном. Принимая во внимание лучшие порядки, мы заключаем, что общий порядок маркеров на радиационной карте хромосомы 12 следующий: pter-...-SW2490-H3F3B-S0143-SW2494; HLR1 -G Н-М YL4-TO Р2 A-STAT5 В THRA1-SW943-SW874-SS04H11-SW1350-SW168-SC8F12 S0090-MPO-SW1956-SW62-MCP1-SW1962-S W467-S0147-NF1-SWC23-S0106-SW1936; SWR1021-...-qter. (рис. 4). В результате проделанной работы нам не только удалось нанести на радиационную карту хромосомы 12 свиньи 9 генов, что увеличивает число генных маркеров на радиационной карте этой хромосомы с 1 до 10, но и объединить две из 4 групп сцепления, на которые была разбита опубликованная радиационная карта хромосомы 12 (Hawken et.al., 1999).

Рис. 4. Радиационная карта хромосомы 12 свиньи. Гены H3F3B, HLR1, MYL4, TOP2A.STAT5B, THRA1, МРО, МСР1, NF1 картированы нами. Большая стрелка указывает на вероятное положение центромеры, полученное при анализе цитогенетических локализаций этих генов (рис. 3).

STAT5B

1— SW2490 -%TH3F3B V SO143 4 SW2494

-HLR1 GH

•MYL4 TOE2A ^ч THRAI 4 SW543 SW874 " SS04H11 SW1350 ' SW168 "SSC8F12

■S0090 МРО SW1956 SW62 WMCP1 pv SW1962 \Y SW467 S0147 ' NF1 SWC23 SO 106 SW1936

SWR1021

Сравнение порядка генов в хромосоме 12 с порядком гомеологичных генов у других видов млекопитающих

Проведем сравнение полученного генного порядка с порядком гомеологичных генов на радиационной карте хромосоме 17 человека (UniGene: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/). Позиция гена STAT5B у человека точно не установлена, поэтому этот маркер мы не рассматриваем. Относительный порядок остальных картированных у свиньи генов, у человека следующий: H3F3B-HLR1-GH-MPO-MYL4-T0P2A-THRA1-MCP1-NF1. Из сравнения этих порядков следует, что они преимущественно совпадают. Однако у свиньи ген МРО локализуется между генами THRA1 и MCP1-NF1, а у человека между GH и MYL4-TOP2A-THRA-MCP1-NF1. У мыши, коровы и собаки определен следующий порядок генов: GH-THRA1-MP0-NF1 (Werner et al., 1999; Yang and Womack, 1998; Yang and Womack, 1995). Ha основании этих данных можно предположить, что порядок GH-THRA1-MP0-NF1 может быть предковым для этих видов, а в ходе хромосомной эволюции приматов (или только человека), произошла хромосомная перестройка, изменившая положение этого маркера.

Сравним порядок генов в гомеологичных хромосомах у двух представителей отр. Парнокопытных: хромосомы 19 коровы и хромосомы 12 свиньи. У коровы представлен следующий порядок: H3F3B-GH-MYL4-THRA1-MPO-NF1 -MCP 1 (Yang and Womack, 1998; Yang and Womack, 1995). Можно заметить, что порядок генов NF1-МСР1 у коровы инвертирован по сравнению с таковым у свиньи и человека. Если учесть порядок всех генов, нанесенных на радиационную карту хромосомы 19 коровы, то видно, что у этого вида имеется как минимум 3 точки разрыва, определивших изменение порядка генов в этой хромосоме относительно хромосомы 17 человека (Yang and Womack, 1998). При сравнении с нашими данными можно заключить, что инверсия порядка генов, по крайней мере, в одном районе хромосомы 19 коровы, включающем гены NF1 и МСР1, характерна не для всех представителей отр. Парнокопытных.

Полученные данные показывают, что изменение морфологии гомеологичных хромосом у разных видов не всегда сопровождается изменением порядка генов, в прицентромерных районах. Как мы уже указывали, в хромосоме 12 свиньи изменено положение центромеры относительно ее положения в хромосоме 17 человека, в результате чего произошло изменение соотношения длин хромосомных плеч (рис. 3). При этом порядок ближайших к центромере генов (THRA1, МСР1, NF1) у свиньи и человека совпадает. Таким образом, положение центромеры изменилось без изменения порядка окружающих генов. Подобное явление описано для эволюции хромосомы 9 у нескольких видов приматов (Montefalcone et al., 1999). Не исключая возможности возникновения нескольких хромосомных перестроек, изменяющих

положение центромеры при сохранении порядка генов, авторы указывают на возможность возникновения новых центромер у каждого вида.

Принимая во внимание данные, полученные недавно при гибридизации регионспецифичных хромосомных ДНК библиотек норки с метафазными хромосомами человека и свиньи (КиЫэоу е\ а1, 2000), можно заключить, что хромосомы 12 свиньи и 17 человека отличают как минимум 2 перестройки и измененное положение центромеры.

Локализация генов ТНЯА1, МРО, СШТ4, МУ1.4 на

хромосому /ш с использованием набора монохромосомных гибридных клонов бурозубка-мышь

Результаты 7оо-Р13Н анализа показали

гомеологию хромосомы 17 человека с единственным районом в геноме бурозубки - частью плеча /7 (0'|хкепз е1 а1., 1998). Это давало право надеяться, что использование ограниченного набора моносомных гибридов окажется эффективным для картирования у бурозубки группы генов хромосом 17 человека. Для локализации этих генов были использованы независимые клоны бурозубка мышь С2-1, С2-3, С2-9 из панели (таб. 2), а так же непанельный клон К2-1, содержащий единственную хромосому бурозубки - /т. и его бэкселектант, не содержащий эту хромосому. Результаты анализа гибридных клонов бурозубка-мышь на наличие перечисленных выше маркеров представлены в таблице 5.

Таблица 5. Результаты анализа гибридных клонов бурозубка мышь на наличие 5 генов бурозубки.

Гибридные клоны Название гена

ТН(?А1 МРО СШТ4 МУ1.4

С2-1* + + + + +

С2-3 + + + + +

С2-9 + + + + +

К2-1 + + + + +

К2-1ВЭ - - - - -

'Выделены клоны, содержащие единственную хромосому бурозубки -хромосому Нп.

ПЦР продукты генов ТНЯА1, ^1, МРО (рис. 5.), вШТ4, Ш1Л различались по подвижности у бурозубки и мыши. Частичное

Рис. 5. ПЦР анализ ДНК бурозубки (1), мыши (2), клона С2-1 (3), и клона К2-1В8 (4) с праймерами, специфичными для гена МРО. Клон 3 -положительный, а клон 4 -отрицательный по фракции бурозубки

секвенирование ПЦР продукта гена МРО и ТНКА1 значительную (96% и 89% соответственно) гомологию гомеологичных генов человека и овцы. Результаты монохромосомных клонов бурозубка-мышь позволили заключение о локализации этих генов в хромосоме /т.

Локализация гена МУН2

Таблица 6. Сегрегация хромосом и маркеров бурозубки в гибридных клонах

Нам

не

показало с кДНК анализа сделать

удалось

Хромосома АСАБУЬ + МТМИ4 + МГН2 +

<*е + 2 12 5 0 2 12 5 0 7 7 4 1

Ьс + 2 3 5 9 2 3 5 9 3 2 8 6

а£ + 3 8 4 4 3 8 4 4 8 3 3 5

хк + 5 7 2 5 5 7 2 5 11 1 0 7

до + 1 3 6 9 1 3 6 9 4 0 7 8

31 + 3 5 4 7 3 5 4 7 7 1 4 7

Ьп + 7 0 0 12 7 0 0 12 5 2 6 6

т + 2 5 5 7 2 5 5 7 5 2 6 6

Р + 2 3 5 9 2 3 5 9 4 1 7 7

Ч + 3 9 4 3 3 9 4 3 8 4 3 4

г + 4 10 3 2 4 10 3 2 10 4 1 4

Ы + 4 10 3 2 4 10 3 2 9 5 2 3

локализовать ген МУН2 на хромосому йл, используя ограниченный набор

гибридных клонов, поэтому для локализации этого гена у бурозубки была использована полная панель гибридов соматических клеток бурозубка мышь и бурозубка-китайский хомячок. Результаты

анализа клонов

представлены в таблице 6. Наиболее вероятной

хромосомой для

локализации гена МУН2 оказалась хромосома ¡к, при одном дискордантном клоне (БАБгЗ) (табл. 2.) Дискордантность в данном случае может объясняться наличием не

идентифицированной делеции в хромосоме /к клона.

Локализация генов МТМ1*4 и АСАО\/1_ на хромосому Ьп

При локализации генов МТМР?4 и АСАЭ\/1_ мы также использовали полную панель и дополнительные клоны. Результаты анализа панельных клонов по этим генам бурозубки представлены в таблице 6. Оказалось, что клоны, содержащие хромосому бурозубки Л/7, содержат и фракции ПЦР продуктов бурозубки для генов АСАО\/1. и МТМЯ4, а клоны, не содержащие эту хромосому, были во всех случаях отрицательными. Таким образом, можно сделать заключение о локализации этих генов в хромосоме Ьп.

Сравнительный анализ у бурозубки группы генов хромосомы 17 человека

Пять из картированных нами у бурозубки генов были из q плеча хромосомы 17 человека, а три - из р плеча. Учитывая ранее картированные на эту хромосому гены из синтенной группы хромосомы 17 человека (Pack et al., 1995; Malchenko et al., 1996), видно, что большая часть из них локализована в хромосоме hn, подтверждая данные zoo-FISH (Dixkens et al., 1998). Исключение составил ген MYH2, который был локализован нами на хромосому ¡к. У человека этот ген локализуется в терминальном районе р плеча: 17р13.1. Возможно, в ходе эволюции у бурозубки гены из этого района были перенесены в синтенную группу хромосомы ik. Чтобы уточнить район разрыва, мы картировали у бурозубки гены GLUT4 и ACADVL, локализованные у человека в районе 17р13. Оба этих гена были картированы на хромосому hn. Можно предположить, что точка хромосомного разрыва соответствует району хромосомы человека 17р13.1 между генами (GLUT4, ACADVL) и MYH2. Таким образом, у бурозубки, по-видимому, из синтенной ассоциации выпадает район 17pter-17p13.1, т.е. район размером меньше G полосы. Согласно данным zoo-FISH, h плечо хромосомы hn состоит из двух сегментов, один из которых гомеологичен хромосоме 17, а второй - хромосоме 11 человека. При этом зонд хромосомы 11 человека гибридизовался еще и с терминальным районом к плеча хромосомы ik. На основании полученных данных можно предположить, что в ходе эволюции кариотипов произошел реципрокный обмен хромосомных материалов, в результате чего в хромосоме ik бурозубки хромосомный материал, соответствующий району 17pter-p13.1 человека,оказался сцепленным с материалом хромосомы 11.

Создание веб сайта "Shrew genome database"

В результате проделанной работы настоящая геномная карта бурозубки стала содержать 46 генов. Количество картированных генов из синтенной ассоциации хромосомы 17 человека возросло с 2 до 10. В обновленном виде карта бурозубки доступна на сервере "Shrew genome database" по адресу: http://shrewbase.da.ru. Этот сервер содержит всю имеющуюся информацию по картированию генома бурозубки: детали экспериментов, условия разделения биохимических маркеров, картированных у бурозубки ранее, последовательности использованных праймеров, данные по zoo-FISH анализу генома бурозубки (Dixkens et al., 1998), а также данные по локализации гомеологичных генов у человека и ссылки на базу данных OMIM.

выводы

1. Используя набор гибридов соматических клеток свинья-норка и свинья-китайский хомячок, проведена хромосомная и субхромосомная локализация 17 генов свиньи. Установлено, что гены Р4НВ и PRKCA локализуются в 12pter-p1.4; гены RARA, ERBB2, HLR1, THRA1, MYL4, GAS, BRCA1, ТОР2А в 12р1.5-р1.0; гены H3F3B и STAT5B в р плече хромосомы 12, a NF1, EN03, LISI, МСР1, CRYB1 были картированы в q плечо хромосомы 12.

2. Используя IMpRH панель, установлен порядок для 9-и генов H3F3B, HLR1, MYL4, ТОР2А, STAT5B, THRA1, МРО, МСР1, NF1 на радиационной карте хромосомы 12 свиньи.

3. На основе сопоставления данных по цитогенетическому и радиационному картированию хромосомы 12 свиньи и хромосомы 17 человека было выявлено изменение относительного положения центромеры и положения гена МРО в этих двух хромосомах. Сопоставление данных по картированию гомеологичных хромосом у свиньи, коровы, собаки, кошки, мыши и человека позволило выявить изменение порядка генов в хромосоме 17 человека относительно предкового для этих видов млекопитающих порядка генов.

4. Картировано 8 генов на цитогенетическую карту бурозубки обыкновенной. Гены NF1, MYL4, THRA1, MTMR4, GLUT4, ACADVL, МРО локализованы в хромосому hn. Ген MYH2 локализован в хромосому ik. Создана геномная база данных, содержащая информацию обо всех генах картированных у бурозубки. База является публично доступной по средствам сети Интернет.

5. При сопоставлении данных по картированию генов MYL4, THRA1, MTMR4, GLUT4, ACADVL, МРО, MYH2 у человека и бурозубки впервые выявлен район, выпадающий у бурозубки из синтенной ассоциации, локализованной в хромосоме 17 человека. Высказано предположение о реципрокном обмене хромосомного материала в ходе эволюции Sorex araneus.

Список работ, опубликованных по теме диссертации:

1. Zhdanova N.S., Kuznecov S.В., Plyusnina (Ivanova) E.V., Rybtsov N.B., Larkin D.M., Serdyukova N.A., Graphodatsky A.S. Regional localization of three genes on porcine chromosome 12. // 10th North American Colloqium on Gene Mapping and Cytogenetics in Human and Domestic Species Abstract Booklet. 1997. P.35.

2. Larkin D.M., Kuznetsov S.B., Kaftanovskaya E.M., Ivanova E.V., Zhdanova N.S. Mapping of several HSA17 genes in pigs, cattle, and sheep. // Plant and Animal Genome VI abstracts guide. 1998. P.109.

3. Кузнецов С.Б., Ларкин Д.М., Кафтановская Е.М., Иванова Е.В., Астахова Н.М., Черяукене О.В., Жданова Н.С. Хромосомная

локализация и анализ синтении некоторых генов у свиньи, коровы и овцы (отряд Artiodactyla) // Генетика. 1S98. Т.34. С.1200-1204.

4. Larkin D.M., Serov O.L., Zhdanova N.S. Mapping of 5 genes from human chromosome 17 in chromosome hn of common shrew (Sorex araneus). И In Proceedings of the ISACC Fifth International Meeting. Bialowieza, Poland.

1999. P. 22.

5. Larkin D.M., Serov O.L, Borodin P.M., Zhdanova N.S., Searle J.В., Comparative mapping in mammals: the shrew genome map. // Acta Theriologica. 2000. V. 45. P. 131-141

6. Larkin D.M., Serov O.L., Zhdanova N.S. Mapping of 5 HSA17 genes to chromosome hn of common shrew (Sorex araneus). II Acta Theriologica.

2000. V. 45. P. 143-146.

7. Larkin, D., Serov O., Fokina, V., Zhdanova N. Mapping of HSA17 genes in the common shrew (Sorex araneus) // 27th International conference on animal genetics conference abstract book. Minneapolis. 2000. P.52.

8. Zhdanova, N.S., Larkin, D.M., Kuznetsov, S.B., Rubtsov, N.B. and Astakhova, N.M. The order of genes on porcine chromosome 12. // 27th International conference on animal genetics conference abstract book. Minneapolis. 2000. P.52.

9. Ларкин Д.М., Кузнецов С. Б., Астахова Н. М.р Жданова Н. С. Использование ПЦР маркеров для картирования хромосомы 12 свиньи II Генетика (в печати)

Подписано к печати 28.09. 2000 г.

Формат бумаги 60 х 90 1 /16. Печ. л. 1. Уч. изд. л. 0,7

Тираж 100 экз. Заказ 122.

Ротапринт Института цитологии и генетики СО РАН 630090, Новосибирск, пр. ак. Лаврентьева, 10

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Ларкин, Денис Михайлович

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.В

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Геномное картирование.

1.1.1. Цели геномного картирования.

1.2. Типы генетических маркеров.

1.2.1. Маркеры первого типа.

1.2.1.1. Картирование генов, кодирующих биохимические признаки.

1.2.1.2. ДНК маркеры.

1.2.1.2.1. CATS.

1.2.1.2.2. TOAST.

1.2.1.2.3. EST.

1.2.2. Маркеры второго типа.

1.2.3. Маркеры третьего типа.

1.2.4. RAPD.

1.2.5. RFLP.

1.3. Генетические геномные карты.

1.4. Физическое картирование.

1.4.1. Картирование с помощью гибридов соматических клеток.

1.4.2. Гибридизация нуклеиновых кислот in situ.

1.4.3. Радиационное картирование.

1.4.4. Гетерологичный пэйтинг.

1.4.5. Сравнительное картирование.

1.4.5.1. Медицинские аспекты сравнительного картирования.

1.4.6. Анализ геномных баз данных.

1.5. Картирование геномов сельскохозяйственных животных.

1.6. Эволюционные аспекты картирования.

1.7. Картирование генома свиньи.

1.8. Картирование генома бурозубки обыкновенной.

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Линии клеток.

2.1.1. Линии клеток, использованные для хромосомной локализации генов свиньи.

2.1.2. Линии клеток, использованные для радиационного картирования генов свиньи.

2.1.3. Линии клеток, использованные для локализации генов бурозубки.

2.2. ДНК зонды.

2.3. Трансформация компетентных клеток Е. Coli.

2.4. Выделение ДНК.

2.4.1. Выделение суммарной ДНК клеток клонов.

2.4.2. Выделение плазмидной ДНК.

2.5. Методы работы с ДНК.

2.5.1. Расщепление ДНК эндонуклеазами рестрикции.

2.5.2. Электрофорез ДНК в агарозном геле.

2.5.3. Введение Р-нуклеотидтрифосфатов во фрагменты ДНК с помощью метода статистической затравки.

2.5.4. Выделение ДНК фрагментов из легкоплавкой агарозы.

2.5.5. Гибридизация фрагментов ДНК на капроновых фильтрах.

2.5.6. ПЦР анализ гибридных клонов.

2.5.6.1. Гетеродуплексный анализ.

2.5.7. Определение последовательности нуклеотидов ДНК методом Сэнгера.

2.6. Конструирование видоспецифических и консенсусных ПЦР праймеров.

2.7. Анализ IMpRH панели.

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Картирование генов из синтенной группы HS А17 на хромосомы свиньи.

3.1.1. Картирование генов у свиньи с помощью гибридных клонов.

3.1.2. Хромосомная и субхромосомная локализация генов NF1, PRKCA, RARA и ERBB2 с помощью Саузен-блот анализа гибридных клонов.

3.1.3. Хромосомная и субхромосомная локализация генов HLR1, THRA1, EN03, CRYB1, Р4НВ, MYL4, LIS1, GAS, BRCA1, МСР1, ТОР2А, STAT5B и H3F3B с помощью ПЦР анализа гибридных клонов свинья-норка и свинья китайский хомячок.

3.1.4. Сравнение цитогенетических локализаций 17 генов в хромосоме 12 свиньи и хромосоме 17 человека.

3.1.5. Картирование генов H3F3B, HLR1, MYL4, ТОР2А, STAT5B, THRA1, МРО, МСР1, NF1 с использованием IMpRH панели.

3.1.6. Сравнение порядка генов в хромосоме 12 с порядком гомеологичных генов у других видов млекопитающих.

3.2. Физическое картирование генов у бурозубки обыкновенной с использованием панели гибридов соматических клеток.

3.2.1. Локализация генов THRA1, NF1, МРО, GLUT4, MYL4 на хромосому hn с использованием набора монохромосомных гибридных клонов бурозубка-мышь.

3.2.2. Локализация гена MYH2.

3.2.3. Локализация генов MTMR4 и ACADVL на хромосому hn.

3.2.4. Сравнительный анализ у бурозубки группы генов хромосомы 17 человека.

3.2.5. Создание веб сайта "Shrew genome database".

3.3. Использование ПЦР праймеров разного типа для картирования хромосомы

12 свиньи и хромосомы hn бурозубки.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Локализация у свиньи и бурозубки обыкновенной генов синтенной группы хромосомы 17 человека"

АКТУАЛЬНОСТЬ. Картирование геномов является одной из важнейших задач современной генетики и молекулярной биологии. В настоящее время картирование хромосом млекопитающих преследует две основные цели. Это, во-первых, создание подробных карт генома человека и видов, важных в практической деятельности человека и их использование: молекулярный анализ локусов в биомедицинских целях и изучение наследования локусов, вносящих главный вклад в формирование хозяйственно ценных признаков (QTL) у сельскохозяйственных животных. И, во-вторых, это сравнение карт разных видов с целью изучения закономерностей эволюции и организации геномов млекопитающих.

К настоящему времени геномные карты разной степени насыщенности созданы, по крайней мере, для 30 видов млекопитающих, представителей 8 отрядов (Graves, 1998). Наиболее насыщены геномные карты человека, модельных объектов - мыши и крысы, а затем следуют сельскохозяйственные виды - корова и свинья. Геномные карты большинства видов содержат, преимущественно, видоспецифические микросателлитные последовательности, которые пригодны для генетического анализа, но не могут быть использованы для сравнительного анализа геномов. Гены составляют меньшую часть картированных маркеров, однако именно они, в большинстве своем, консервативны и могут быть использованы для сравнительного анализа геномов разных видов.

Сравнение геномных карт млекопитающих указывает на то, что в ходе эволюции происходит сохранение сцепленности генов, входящих в протяженные блоки, которые представлены у разных видов. Некоторые группы генов остаются сцепленными не только у млекопитающих, но даже у птиц и рыб. Для выявления этих консервативных блоков используется флуоресцентная in situ гибридизация хромосомных зондов («пейтинг проб»), полученных из единичных хромосом одних видов млекопитающих, на хромосомы других, отдаленных видов (Zoo-FISH). Этот метод позволяет выявлять районы хромосомной гомеологии у двух исследуемых видов. В большинстве случаев выявляются районы межвидовой гомеологии не меньше одной G полосы. Zoo-FISH удобен для выяснения эволюции кариотипов у видов, чьи геномные карты слабо насыщенны генами. Однако использование этого метода не позволяет выявлять мелкие районы гомеологии и определять порядок генов в пределах консервативных районов. Для точного выявления консервативных районов и порядка генов в них используется прямое генетическое и физическое картирование. Только таким образом можно определить точное число консервативных сегментов и их границы у разных видов. Наиболее перспективным подходом для выяснения порядка картированных генов представляется радиационное картирование. Оно позволяет устанавливать порядок картированных генов, основываясь на статистическом анализе данных по присутствию/отсутствию картируемых маркеров в клонах панели радиационных гибридов. Для обработки данных, полученных при анализе радиационных панелей, используются статистические методы, при использовании которых для получения истинных групп сцепления в каждой конкретной радиационной панели, важно правильно выбирать пороговые значения статистических критериев. Для этого необходимо использовать маркеры, предварительно нанесенные на цитогенетическую или генетическую карты вида.

Как показывают дальнейшие исследования консервативных районов хромосом млекопитающих, их генный состав действительно очень похож у разных видов. Таким образом, данные о хромосомной локализации генов у видов с насыщенными геномными картами, таких как человек или мышь, могут использоваться для быстрого хромосомного картирования других видов, если определены районы гомеологии между этими видами. Однако порядок генов в рамках консервативного района может варьировать от вида к виду. Так же в консервативные группы у разных видов могут включаться гены из других синтенных групп, или ряд маркеров может выпадать.

Показано, что одной из наиболее консервативных синтенных ассоциаций генов у млекопитающих является группа сцепления хромосомы 17 человека. Согласно данным 7оо-Р18Н, эта хромосома сохранилась у 15 исследованных видов, распавшись лишь у некоторых представителей отряда хищных и приматов. Данные геномного картирования в целом подтверждают результаты 7оо-Р18Н, однако свидетельствуют о том, что у разных видов отдельные гены могут выпадать из этой группы, либо в нее могут включаться гены или блоки генов из других синтенных групп (Werner et al., 1997; Muller et al., 1997). Порядок генов в рамках этой группы у разных видов также может варьировать. Таким образом, только детальное геномное картирование может показать какие именно изменения претерпевал в ходе эволюции в целом консервативный геном млекопитающих в рамках каждого вида. А построение геномных карт представителей отрядов, рано дивергировавших от общего ствола млекопитающих, приблизит нас к пониманию природы происхождения крупных блоков синтенных генов в геномах далеких видов и выяснению роли естественного отбора в их поддержании. Постановка проблемы в таком ключе тесно соприкасается с одним из ключевых вопросов эволюции: «Случайно или не случайно образуются и поддерживаются в эволюции ассоциации синтенных генов?».

Цели и задачи исследования

Целью данной работы являлось выяснение судьбы крупного консервативного блока генов у двух отдаленных видов млекопитающих.

Одной из главных задач исследования было картирование у свиньи и бурозубки обыкновенной генов, локализованных у человека в хромосоме 17. Для достижения цели были поставлены следующие конкретные задачи:

5. Картировать у бурозубки обыкновенной 8 генов, охватывающих всю длину хромосомы 17 человека.

Научная новизна и практическая значимость

2. Впервые на радиационную карту картированы 9 генов свиньи H3F3B, HLR1, MYL4, ТОР2А, STAT5B, THRA1, МРО, МСР1, NF1 и установлен их относительный порядок с использованием радиационной панели гибридов соматических клеток.

4. Впервые проведена хромосомная локализация 8 генов у бурозубки обыкновенной: генов NF1, MYL4, THRA1, MTMR4, GLUT4, ACADVL, МРО на хромосому hn, а гена MYH2 на хромосому ik. Впервые применена ПЦР с гетерологичными праймерами для картирования генома этого вида.

5. Впервые определен район возможного разрыва у бурозубки синтенной группы генов хромосомы 17 человека.

Практическая значимость результатов, полученных при картировании генов свиньи не вызывает сомнения. Насыщение геномной карты этого сельскохозяйственного вида сыграет важную роль при выявлении генов-кандидатов, отвечающих за формирование экономически важных признаков.

Установление точного порядка генов необходимо для проведения позиционного клонирования и характеристики выявляемых экономически важных локусов. Насыщение геномной карты бурозубки имеет большое значение для развития частной генетики вида, предсказания локализаций гомеологичных генов у других видов и реконструкции предкового кариотипа млекопитающих.

Полученные в ходе данной работы данные используются при чтении лекций по курсу «Цитогенетика» (НГУ).

Апробация работы и публикации. Основные результаты работы докладывались на 10-м Североамериканском коллоквиуме по картированию животных (Апалачикола, 1997), на 6-ой международной конференции по генетике растений и животных (Сан-Диего, 1998), на 11-ом Североамериканском коллоквиуме по картированию животных (Миннеаполис, 1999), на 5-ой встрече международного комитета по цитогенетике Sorex araneus (Беловежа, 1999), на 27-ой международной конференции по генетике животных (Миннеаполис, 2000). Часть материалов по картированию генома бурозубки была внесена в сводку по сравнительному картированию, опубликованную О'Браеном в журнале Science (O'Brien et al., 1999a).

По материалам диссертации опубликовано 9 работ в отечественной и зарубежной печати. Создан веб сайт «Shrew genome database» (http://shrewbase.da.ru).

Заключение Диссертация по теме "Генетика", Ларкин, Денис Михайлович

выводы

1. Используя набор гибридов соматических клеток свинья-норка и свинья-китайский хомячок, проведена хромосомная и субхромосомная локализация 17 генов свиньи. Установлено, что гены Р4НВ и PRKCA локализуются в 12pter-pl.4; гены RARA, ERBB2, HLR1, THRA1, MYL4, GAS, BRCA1, ТОР2А в 12pl.5-pl.O; гены H3F3B и STAT5B в р плече хромосомы 12, aNFl, EN03, LISI, МСР1, CRYB1 были картированы в q плечо хромосомы 12.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Данные, полученные с помощью прямого геномного картирования и гоо-РКН, показали, что в геномах млекопитающих имеются консервативные районы, некоторые из которых включают хромосомные плечи или целые хромосомы. Помимо X хромосомы млекопитающих, одной из наиболее консервативных оказалась группа генов, локализованная у человека в хромосоме 17, у мыши в I

17р

17р1ег - р12

17р1ег-р13

17р13.1

17р13

17р12-р11

17я12.2

17411.2^12

17я11.2-р12

17я11-я21

М(\\2

17ц21.1

17я21<|22

17я21^ег

17р21.3ч|23

Мц2ЪЛ

7q22-q24

17с\2Ъ-ц2Л

17я24

17д24ч|1ег

17ц2Ъ-<\25

17я23.2-д25.3

Мс\2Ь

174

Ив1

Е1ЧОЗ

МУН2

АЮХ 12

Р01-1Ч2А

ТР53 вШТ4

СНРНЧВ1

N082А

ЫР1

СР?УВА1

ТНКА1

ВРСА1

Р^АРА

ЕРВВ2

НОХВ@

МУ14

СОИА1

МРО еж

РРКСА

РЯЖА^А вАЬК1

HLR1 иМРН2

ТК1

Р4НВ

ОАЭ ш (С (0 ъс (0 э О. 10 о О о

X о о о. 3

О Ш О 5 X з: со о л 3 2 2

0 ы ю 2

О >> >ч со о о л о р. о о сх >. с ю о

Е1

-¡к

Ип

ЬдЗ

Рис. 13. Синтения генов хромосомы 17 человека у 10 видов млекопитающих. хромосоме 11, у крысы в хромосоме 10, у коровы в хромосоме 19, у свиньи в хромосоме 12, у бурозубки в хромосоме /ш. У изученных видов плацентарных млекопитающих эта группа генов распадается только у собачьих (собака, лиса) и у некоторых приматов (рис 13). У мыши в эту синтенную ассоциацию входят гены из других групп (однако эти гены не вошли в список, отраженный на рис. 13, поскольку большинство из них картировано только у человека и мыши и они не пригодны для сравнения геномов других видов), тогда как у коровы, кошки, крысы, норки, она сохраняется полностью. В ходе нашего исследования мы провели картирование генов из этой ассоциации у двух отдаленных видов млекопитающих - представителя отряда Парнокопытных, свиньи, и представителя отряда Насекомоядных, бурозубки обыкновенной. По причине разной степени насыщенности геномных карт этих двух видов, перед нами стояли разные задачи. На геномную карту свиньи уже нанесено более 400 генов и около 1000 микросателлитных маркеров (O'Brien et al., 1999b), тогда как у бурозубки к началу нашего исследования было картировано только 36 генов, из которых только 2 входили в интересующую нас группу (Larkin et al., 2000). Поэтому при картировании генома свиньи мы решили не ограничиваться только цитогенетическим картированием генов, но и установить порядок некоторых из них, используя IMpRH радиационную панель. Это позволило нам выявить хромосомные перестройки внутри группы сцепления, которые не могли быть выявлены при цитогенетическом картировании и с помощью zoo-FISH. При картировании генома бурозубки имело смысл в первую очередь продолжать насыщение цитогенетической карты вида и определить степень целостности у этого вида синтенной группы хромосомы 17 человека. Напомним, что для построения радиационной карты вида и выяснения порядка картированных генов у бурозубки желательно иметь гораздо более насыщенную геномную карту, чем имеется сейчас.

Используя набор моно- и малохромосомных гибридов соматических клеток свинья-норка и свинья-китайский хомячок нам удалось нанести на цитогенетическую карту свиньи 17 генов. Эти гены охватывают всю длину хромосомы 17 человека. Картированные нами у свиньи гены разделились на три группы, соответственно фрагментам хромосомы 12, которые мы могли дискриминировать в гибридах, однако общая целостность синтенной группы сохранялась. У бурозубки мы картировали 8 генов из синтенной ассоциации человека и показали, что у данного вида нарушена синтения этого блока генов. Семь из картированных нами генов оказались локализованными в хромосоме hn, а один - ген МУН2 оказался локализованным в хромосоме 1к. Возможно, что в ходе формирования кариотипа у бурозубки из синтенной группы выпал район, соответствующий р-терминальному району хромосомы 17 человека.

Для выявления перестроек внутри синтенной группы мы дополнительно нанесли 9 генов на радиационную карту хромосомы 12. Таким образом, мы провели независимое картирование нескольких генов, подтвердив цитогенетические локализации. Установленный порядок генов оказался схожим для хромосомы 12 свиньи и хромосомы 17 человека, а сопоставление полученной нами цитогенетической и радиационной карт позволило выявить и приблизить нас к пониманию приходы хромосомных перестроек, приведших к относительному изменению положения центромеры в этих двух хромосомах. Нами был выявлен только один ген, МРО, имеющий разное положение в гомеологичных хромосомах свиньи и человека. Привлечение литературных данных по картированию хромосом коровы, собаки и мыши позволило заключить, что в данном случае хромосомная перестройка произошла в ходе формирования кариотипа приматов (или только человека), а у свиньи, коровы, собаки и мыши наблюдается одинаковое и, вероятно, предковое для отрядов хищных, парнокопытных и грызунов положение гена МРО.

Сравнение наших данных по картированию генов в хромосоме 12 свиньи с данными по картированию гомеологичных хромосом человека, коровы и кошки свидетельствует о том, что относительная эволюционная близость видов не всегда сопровождается высокой степенью сходства их кариотипов. Хромосома 19 коровы имеет 3 перестройки, изменивших порядок генов и морфологию хромосомы по отношению к гомеологичным хромосомам человека и кошки, тогда как у свиньи мы обнаружили только один пример расхождения в порядке генов с человеком и ни одного расхождения с кошкой. Наблюдаемый у человека, кошки и свиньи похожий порядок генов сопровождается схожестью морфологии хромосом (хромосома 12 свиньи и Е1 кошки метацентрические, а хромосома 17 человека субметацентрическая), тогда как хромосома 19 коровы акроцентрическая. Схожесть порядка генов в гомеологичных хромосомах у достаточно удаленных видов млекопитающих наводит нас на мысль, что установленный нами у свиньи порядок генов близок (если ни идентичен) к порядку генов, который мог присутствовать у гипотетического предка многих (если ни всех) отрядов плацентарных млекопитающих. А если рассмотреть все литературные данные по картированию этой группы генов у разных видов млекопитающих, можно заметить, что это удивительно стойкая генная ассоциация, которая присутствует у весьма отдаленных видов, а ее распад в большинстве случаев наблюдается у видов, чей кариотип является сильно перестроенным. Однако у мыши, чей кариотип считается очень сильно перестроенным относительно кариотипа человека и предкового кариотипа, эта синтенная группа представлена одной хромосомой, хотя генетическое картирование показывает, что в нее включены отдельные гены из нескольких синтенных групп человека, а ряд генов из нее выпадает. Данные по картированию неплацентарных млекопитающих также указывают на присутствие этой синтенной ассоциации, например у опоссума (рис. 13). Все эти факты подтверждают предположение о предковом происхождении синтенной ассоциации генов хромосомы 17 человека и ее удивительном сохранении в ходе эволюции большинства отрядов современных млекопитающих, но при формировании кариотипа каждого вида в ней могут происходить изменения порядка генов.

Другой аспект нашей работы был связан с использованием гомологичных и гетерологичных ПЦР праймеров разного типа для картирования генов у двух отдаленных видов млекопитающих. Было показано, что хотя наиболее перспективным является использование гомологичных праймеров, в случае их отсутствия можно использовать гетерологичные праймеры. Причем консенсусные ПЦР праймеры зарекомендовали себя хуже в случае картирования генома бурозубки, чем специфические праймеры свиньи, при конструировании которых были использованы кДНК картируемых генов.

Мы полагаем, что наши данные по радиационному картированию хромосомы 12 могут быть использованы как для позиционного клонирования, так и для точного выявления генов-кандидатов при анализе количественных признаков. Однако как данные по цитогенетическому и радиационному картированию хромосомы 12 свиньи, так и данные по картированию хромосом бурозубки важны для понимания событий, происходивших при эволюции геномов млекопитающих, и могут быть использованы для реконструкции предкового кариотипа млекопитающих.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Ларкин, Денис Михайлович, Новосибирск

1. Захаров И А., Никифоров B.C., Степанюк Е.В. Гомология и эволюция генных порядков: комбинаторная мера сходства групп синтении и моделирование эволюционного процесса// Генетика. 1992. Т.28. С.77-81.

2. Кузнецов С.Б., Ларкин Д.М., Кафтановская Е.М., Иванова Е.В., Астахова Н.М., Черяукене О.В., Жданова Н.С. Хромосомная локализация и анализ синтении некоторых генов у свиньи, коровы и овцы (отряд Artiodactyla) // Генетика. 1998. Т.34. С. 1200-1204.

3. Ларкин Д.М., Кузнецов С. Б., Астахова Н. М., Жданова Н. С. Использование ПЦР маркеров для картирования хромосомы 12 свиньи // Генетика (в печати)

4. Маниатис Т., Фрич Э., Сембрук Дж. Молекулярное клонирование // М.: Мир. 1986. 480с.

5. Матяхина Л.Д., Черяукене О.В., Пак С.Д., Бородин П.М., Серов О.Л. Хромосомная локализация девяти генов землеройки обыкновенной (Sorex araneus) // Генетика.1998. Т.34. С. 406-410.

6. Матяхина Л.Д., Бородин П.М., Серов О.Л. Хромосомная локализация 10 генов на цитогенетической карте землеройки обыкновенной Sorex araneus L. // Генетика.1999. Т.35. С. 493-498.

7. Рингерц Н., Севидж Р. Гибридные клетки // М.: Мир. 1979. 415с.

8. Рубцов Н.Б., Плюснина Е.В., Сердюкова H.A., Астахова Н.М., Билтуева Л.С., Кузнецов С.Б., Графодатский A.C., Жданова Н.С. Новые возможности анализа сложных хромосомных перестроек в клеточных гибридах // Генетика. 1998. Т.34. С.46-53.

9. Эфрусси Б. Гибридизация соматических клеток // М.: Мир. 1976. 195с.

10. Ahringer J. Turn to the worm! // Curr. Opin. Genet. Dev. 1997. V. 7. P. 410 415.

11. Avner P., Amar L., Dándolo L. and Guenet J. L. Genetic analysis of the mouse using interspecific crosses // Trends Genet. 1988. V. 4. P. 18 23.

12. Balloux F., Ecoffey E., Fumagalli L., Goudet J., Wyttenbach A. and Hausser J. Microsatellite conservation, polymorphism, and GC content in shrews of the genus Sorex (Insectívora, Mammalia) // Mol. Biol. Evol. 1998. V. 15. P. 473 475.

13. Barendse W., Armitage S. M., Aleyasin A. and Womack J. E. Differences between the radiation hybrid and genetic linkage maps of bovine chromosome 5 resolved with a quasi-phylogenetic method of analysis // Mamm. Genome. 2000. V. 11. P. 369 372.

14. Barendse W., Armitage S. M., Kossarek L. M., Shalom A., Kirkpatrick B. W., Ryan A. M., Clayton D., Li L., Neibergs H. L., Zhang N. and et a. 1. A genetic linkage map of the bovine genome //Nat. Genet. 1994. V. 6. P. 227 235.

15. Barry A. E., Howman E. V., Cancilla M. R., Saffery R. and Choo K. H. Sequence analysis of an 80 kb human neocentromere // Hum. Mol. Genet. 1999. V. 8. P. 217 227.

16. Baxendale S., Abdulla S., Elgar G.,: Buck D., Berks M„ Micklem G., Durbin R., Bates G., Brenner S. and Beck S. Comparative sequence analysis of the human and pufferfish Huntington's disease genes //Nat. Genet. 1995. V. 10. P. 67 76.

17. Bielec P. E., Gallagher D. S., Womack J. E. and Busbee D. L. Homologies between human and dolphin chromosomes detected by heterologous chromosome painting // Cytogenet. Cell Genet. 1998. V. 81. P. 18 25.

18. Boehnke M., Lange K. and Cox D. R. Statistical methods for multipoint radiation hybrid mapping//Am. J. Hum. Genet. 1991. V. 49. P. 1174 1188.

19. Boehnke M. Multipoint analysis for radiation hybrid mapping // Ann. Med. 1992. V. 24. P. 383 386.

20. Bonnet H. and Eriksson T. Transfer of algai chloroplasts into protoplasts of higher plants // Planta. 1974. V. 120. P. 71 79.

21. Botstein D., White R. L., Skolnick M. and Davis R. W. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms // Am. J. Hum. Genet. 1980. V. 32. P. 314-331.

22. Brandriff B., Gordon L. and Trask B. A new system for high-resolution DNA sequence mapping interphase pronuclei // Genomics. 1991. V. 10. P. 75 82.

23. Brenner S., Elgar G., Sandford R., Macrae A., Venkatesh B. and Aparicio S. Characterization of the pufferfish (Fugu) genome as a compact model vertebrate genome //Nature. 1993. Y. 366. P. 265 268.

24. Broad TE H. D., Maddox JB, Montgomery GW, Nicholas FW The sheep gene map // ILAR J. 1998. V. 39. P. 160 170.

25. Brunner B., Todt T., Lenzner S., Stout K., Schulz U., Ropers H. H. and Kalscheuer V. M. Genomic structure and comparative analysis of nine Fugu genes: conservation of synteny with human chromosome Xp22.2-p22.1 // Genome Res. 1999. V. 9. P. 437 448.

26. Burgerhout W. G. A standard procedure for gene assignment by use of somatic cell hybrids // Cytogenet. Cell Genet. 1978. V. 22. P. 689 693.

27. Burt D. W., Bruley C., Dunn I. C., Jones.C. T., Ramage A., Law A. S., Morrice D. R, Paton I. R, Smith J., Windsor D., Sazanov A., Fries R. and Waddington D. The dynamics of chromosome evolution in birds and mammals // Nature. 1999. V. 402. P. 411-413.

28. Caetano A. R., Pomp D., Murray J. D. and Bowling A. T. Comparative mapping of 18 equine type I genes assigned by somatic cell hybrid analysis // Mamm. Genome. 1999. V. 10. P. 271 -276.

29. Caetano-Anolles G., Bassam B. J. and Gresshoff P. M. DNA amplification fingerprinting using very short arbitrary oligonucleotide primers // Biotechnology. 1991. V. 9. P. 553 -557.

30. Charlier C., Coppieters W., Farnir F., Grobet L., Leroy P. L., Michaux C., Mni M., Schwers A., Vanmanshoven P., Hanset R. and et a. 1. The mh gene causing double-muscling in cattle maps to bovine Chromosome 2 // Mamrri. Genome. 1995. V. 6. P. 788 792.

31. Chen H. C., Kung H. J. and Robinson D. Digital cloning: identification of human cDNAs homologous to novel kinases through expressed sequence tag database searching // J. Biomed. Sci. 1998. V. 5. P. 86 92.

32. Chowdhary B. P., Fronicke L., Gustavsson I. and Scherthan H. Comparative analysis of the cattle and human genomes: detection of ZOO-FISH and gene mapping-based chromosomal homologies // Mamm. Genome. 1996. V. 7. P. 297 302.

33. Chowdhary B. P., Raudsepp T., Fronicke L. and Scherthan H. Emerging patterns of comparative genome organization in some mammalian species as revealed by Zoo-FISH // Genome Res. 1998. V. 8. P. 577 589.

34. Chowdhary B. P. and Raudsepp T. HSA4 and GGA4: remarkable conservation despite 300-Myr divergence // Genomics. 2000. V. 64. P. 102 105.

35. Cox D. R., Burmeister M., Price E. R. Kim S. and Myers R M. Radiation hybrid mapping: a somatic cell genetic method for constructing high-resolution maps of mammalian chromosomes // Science. 1990. V. 250. P. 245 250.

36. Creagan R. P. and Ruddle F. H. The clone panel: a systematic approach to gene mapping using interspecific somatic cell hybrids // Birth. Defects Orig. Artie. Ser. 1975. V. 11. P. 112-116.

37. Dinesh K. R., Lim T. M., Chua K. L., Chan W. K. and Phang V. P. RAPD analysis: an efficient method of DNA fingerprinting in fishes // Zoolog. Sci. 1994. V. 10. P. 849 -854.

38. Dixkens C., Klett C., Bruch J., Kollak A., Serov O. L., Zhdanova N. Yogel W. and Hameister H. ZOO-FISH analysis in insectivores: "Evolution extols the virtue of the status quo" // Cytogenet. Cell Genet. 1998. V. 80. P. 61 67.

39. Eichler E. E. Repetitive conundrums of centromere structure and function // Hum. Mol. Genet. 1999. V. 8. P. 151-155.

40. Ellegren H., Chowdhary B. P., Johansson M., Marklund L., Fredholm M., Gustavsson I. and Andersson L. A primary linkage map of the porcine genome reveals a low rate of genetic recombination // Genetics. 1994. V. 137. P. 1089 1093.

41. Fan Y. S., Davis L. M. and Shows T. B. Mapping small DNA sequences by fluorescence in situ hybridization directly on banded metaphase chromosomes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1990. V. 87. P. 6223 6227.

42. Fedyk S. and Ivanitskaya E. Y. Chromosomes of Siberian shrews // Acta Theriol. 1972. V. 17. P. 475-492.

43. Francke U. and Taggart R. T. Comparative gene mapping: order of loci on the X chromosome is different in mice and humans // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1980. V. 77. P. 3595 3599.

44. Fredga K. and Nawrin J. Karyotype variability in Sorex araneus, L. (Insectivora: Mammalia) // Chromosomes Today. 1977. V. 6. P. 151 161.

45. Fridolfsson A. K., Hori T., Wintero A. K., Fredholm M., Yerle M., Robic A., Andersson L. and Ellegren H. Expansion of the pig comparative map by expressed sequence tags (EST) mapping // Mamm. Genome. 1998. V. 8. P. 907 912.

46. Fronicke L., Chowdhary B. P., Scherthan H. and Gustavsson I. A comparative map of the porcine and human genomes demonstrates ZOO-FISH and gene mapping-based chromosomal homologies // Mamm. Genome. 1996. V. 7. P. 285 290.

47. Fronicke L., Muller-Navia J., Romanakis K. and Scherthan H. Chromosomal homeologies between human, harbor seal (Phoca vitulina) and the putative ancestral carnivore karyotype revealed by Zoo-FISH // Chromosoma. 1997. V. 106. P. 108 113.

48. Frydman M., Bonne-Tamir B., Farrer L. A., Conneally P. M., Magazanik A., Ashbel S. and Goldwitch Z. Assignment of the gene for Wilson disease to chromosome 13: linkage to the esterase D locus // Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 1985. V. 82. P. 1819 -1821.

49. Fujii J., Otsu K., Zorzato F., de Leon S., Khanna V. K., Weiler J. E., O'Brien P. J. and MacLennan D. H. Identification of a mutation in porcine ryanodine receptor associated with malignant hyperthermia// Science. 1991. V. 253. P. 448 451.

50. Gellin J., Brown S., Marshall Graves J. A., Rothschild M., Schook L., Womack J. and Yerle M. Comparative gene mapping workshop: progress in agriculturally important animals // Mamm. Genome. 2000. V. 11. P. 140 144.

51. Gerhold D. and Caskey C. T. It's the genes! EST access to human genome content // Bioessays. 1997. V. 18. P. 973 981.

52. Goureau A., Yerle M., Schmitz A., Riquet J., Milan D., Pinton P., Frelat G. and Gellin J. Human and porcine correspondence of chromosome segments using bidirectional chromosome painting // Genomics. 1997. V. 36. P. 252 262.

53. Graves J. A. The evolution of mammalian sex chromosomes and dosage compensation from marsupials and monotrems // Trends Genet. 1987. V. 3. P. 252 255.

54. Graves J. M. Background and Overview of Comparative Genomics // ILAR J. 1998. V. 39. P. 48 64.

55. Haaf T. and Bray-Ward P. Region-specific YAC banding and painting probes for comparative genome mapping: implications for the evolution of human chromosome 2 // Chromosoma. 1996. V. 104. P. 537 544.

56. Hadrys H., Balick M. and Schierwater B. Applications of random amplified polymorphic DNA (RAPD) in molecular ecology // Mol. Ecol. 1992. V. 1. P. 55 63.

57. Hadrys H., Schierwater B., Dellaporta S. L., DeSalle R. and Buss L. W. Determination of paternity in dragonflies by Random Amplified Polymorphic DNA fingerprinting // Mol. Ecol. 1993. V. 2. P. 79- 87.

58. Haldane J., Sprunt A. and Haldane N. Reduplication in mice // J. Genet. 1915. V. 5. P. 133 135.

59. Hameister H., Klett C., Bruch J., Dixkens C., Vogel W. and Christensen K. Zoo-FISH analysis: the American mink (Mustela vison) closely resembles the cat karyotype // Chromosome Res. 1997. V. 5. P. 5 -11.

60. Harris H., Watkins J. F., Campbell G. L., Evans E. P. and Ford C. E. Mitosis in hybrid cells derived from mouse and man // Nature. 1965. V. 207. P. 606 608.

61. Harris H. and Watkins J. F. Hybrid cells derived from mouse and man: artificial heterokaryons of mammlian cells from different species // Nature. 1965. V. 205. P. 640 -646.

62. Hausser J., Catzeflis F., Meylan A. and Vogel P. Speciation in the Sorex araneus complex (Mammalia: Insectívora) // Acta Zoologica Fennica. 1985. V. 170. P. 125 130.

63. Hawken R. J., Murtaugh J., Flickinger G. H., Yerle M., Robic A., Milan D., Gellin J., Beattie C. W., Schook L. B. and Alexander L. J. A first-generation porcine whole-genome radiation hybrid map // Mamm. Genome. 1999. V. 10. P. 824 830.

64. Hodge S. E., Spence M. A., Crandall B. F., Sparkes R. S., Sparkes M. C., Crist M. and Tideman S. Huntington disease: linkage analysis with age-of-onset corrections // Am. J. Med. Genet. 1980. V. 5. P. 247 254.

65. Hozier J. C. and Davis L. M. Cytogenetic approaches to genome mapping // Anal. Biochem. 1992. V. 200. P. 205 217.

66. Hudson T. J., Stein L. D., Gerety S. S., Ma J., Castle A. B., Silva J., Slonim D. K., Baptista R., Kruglyak L., Xu S. H. and et a. 1. An STS-based map of the human genome // Science. 1995. V. 270. P. 1945 1954.

67. Iannuzzi L., Di Meo G. P., Perucatti A. and Incarnato D. Comparison of the human with the sheep genomes by use of human chromosome-specific painting probes // Mamm. Genome. 1999a. V. 10. P. 719 723.

68. Iannuzzi L., Gallagher J. D., Di M. G., Yang Y., Womack J. E., Davis S. K. and Taylor J. F. Comparative FISH-mapping of six expressed gene loci to river buffalo and sheep chromosomes // Cytogenet. Cell Genet. 1999b. V. 84. P. 161 -163.

69. Imlah P. Evidence for the TF locus being associated with an early lethal factor in a strain of pigs // Anim. Blood Groups Biochem. Genet. 1970. V. 1. P. 5 -13.

70. Jacob H. J., Lindpaintner K., Lincoln S. E., Kusumi K., Bunker R. K., Mao Y. P., Ganten D., Dzau V. J. and Lander E. S. Genetic mapping of a gene causing hypertension in the stroke-prone spontaneously hypertensive rat // Cell. 1991. V. 67. P. 213 224.

71. Jauch A., Wienberg J., Stanyon R., Arnold N., Tofanelli S., Ishida T. and Cremer T. Reconstruction of genomic rearrangements in great apes and gibbons by chromosome painting // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. V. 89. P. 8611 8615.

72. Jiang Z., Priat C. and Galibert F. Traced orthologous amplified sequence tags (TOASTs) and mammalian comparative maps // Mamm. Genome. 1998. V. 9. P. 577 587.

73. Jones H. B. Estimating physical distances from radiation hybrid mapping data // Genomics. 1997. V. 43. P. 258 266.

74. Joyner A. L., Lebo R. V., Kan Y. W., Tjian R„ Cox D. R. and Martin G. R. Comparative chromosome mapping of a conserved homoeo box region in mouse and human // Nature. 1985. V. 314. P. 173 175.

75. Kan Y. W. and Dozy A. M. Polymorphism of DNA sequence adjacent to human beta-globin structural gene: relationship to sickle mutation // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1979. V. 75. P. 5631 -5635.

76. Koch J. E., Kolvraa S., Petersen K. B., Gregersen N. and Bolund L. Oligonucleotide-priming methods for the chromosome-specific labelling of alpha satellite DNA in situ // Chromosoma. 1989. V. 98. P. 259 265.

77. Koehler U., Bigoni F., Wienberg J. and Stanyon R. Genomic reorganization in the concolor gibbon (Hylobates concolor) revealed by chromosome painting // Genomics. 1995. V. 30. P. 287 292.

78. Koop B. F. and Nadeau J. H. Pufferfish and new paradigm for comparative genome analysis // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. V. 93. P. 1363 1365.

79. Koroleva I. V., Malchenko S. N., Shukri N. M., Ivanova E. V., Kuznetsov S. B., Zhdanova N. S. and Bendixen C. Assignment of five porcine genes by pig-mink cell hybrids to pig chromosomes 2, 5, 8,12 // Mamm. Genome. 1998. V. 9. P. 913 914.

80. Krizman D. B. Gene isolation by exon trapping // Methods Mol. Biol. 1997. V. 68. P. 167 -182.

81. Kruglyak L. The use of a genetic map of biallelic markers in linkage studies // Nat. Genet. 1997. V. 17. P. 21 24.

82. Landegren U., Nilsson M. and Kwok P. Y. Reading bits of genetic information: methods for single-nucleotide polymorphism analysis // Genome Res. 1998. V. 8. P. 769 776.

83. Lange K., Boehnke M., Cox D. R. and Lunetta K. L. Statistical methods for polyploid radiation hybrid mapping // Genome Res. 1995. V. 5. P. 136 150

84. Langford C. F., Telenius H., Miller N. G., Thomsen P. D. and Tucker E. M. Preparation of chromosome-specific paints and complete assignment of chromosomes in the pig flow karyotype // Anim. Genet. 1993. Y. 24. P. 261 267.

85. Larkin D. M., Serov O. L., Borodin P. M., Zhdanova N. S. and Searle J. B. Comparative genome mapping in mammals: the shrew map // Acta Theriologica. 2000a. V. 45. P. 131 -143.

86. Larkin D. M., Serov O. L., Zhdanova N. S. Mapping of five genes from human chromosome 17 to chromosome hn of the common shrew Sorex araneus // Acta Theriologica. 2000b. V. 45. P. 143 146.

87. Larsen N. J., Marklund S., Kelly K. A., Malek M., Tuggle C. K., Yerle M. and Rothschild M. F. New insights into porcine-human synteny conservation // Mamm. Genome. 1999. V. 10. P. 488 491.

88. Levan G., Stahl F., Klinga-Levan K., Szpirer J. and Szpirer C. The Rat Gene Map // ILAR J. 1998. V. 39. P. 132 137.

89. Lichter P. and Ward D. C. Is non-isotopic in situ hybridization finally coming of age? // Nature. 1990. V. 345. P. 93 94.

90. Littlefield J. W. Three degrees of guaylic acid-inosinic acid pyrophosphorylase deficiency in mouse fibroblasts // Nature (London). 1964. V. 203. P. 1142 1144.

91. Love J. M., Knight A. M., McAleer M. A. and Todd J. A. Towards construction of a high resolution map of the mouse genome using PCR-analysed microsatellites // Nucleic Acids Res. 1990. V. 18. P. 4123 4130.

92. Lyons L. A., Laughlin T. F., Copeland N. G., Jenkins N. A., Womack J. E. and O'Brien S. J. Comparative anchor tagged sequences (CATS) for integrative mapping of mammalian genomes //Nat. Genet. 1997. V. 15. P. 47 56.

93. Ma R. Z., van E. M., Beever J. E., Guerin G., Mummery C. L. and Lewin H. A. Comparative analysis of 82 expressed sequence tags from a cattle ovary cDNA library // Mamm. Genome. 1998. V. 9. P. 545 549.

94. Manuelidis L. and Borden J. Reproducible compartmentalization of individual chromosome domains in human CNS cells revealed by in situ hybridization and three-dimensional reconstruction // Chromosoma. 1988. V. 96. P. 397 410.

95. Marklund L., Jeon J. T. and Andersson L. Xenoduplex analysis—a method for comparative gene mapping using hybrid panels // Genome Res. 1998. V. 8. P. 399 403.

96. Menotti-Raymond M., David V. A., Lyons L. A., Schaffer A. A., Tomlin J. F., Hutton M. K. and O'Brien S. J. A genetic linkage map of microsatellites in the domestic cat (Felis catus) // Genomics. 1999. V. 57. P. 9 23.

97. Mewes H. W., Albermann K., Bahr M., Frishman D., Gleissner A., Hani J., Heumann K., Kleine K., Maierl A., Oliver S. G., Pfeiffer F. and Zollner A. Overview of the yeast genome //Nature. 1997. V. 387. P. 7 65.

98. Meyer W., Lieckfeldt E., Kuhls K., Freedman E. Z., Borner T. and Mitchell T. G. DNA-and PCR-fmgerprinting in firngi // EXS. 1993. V. 67. P. 311 320.

99. Milan D., Riquet J., Yerle M., Goureau A., Schmitz A., Cribiu E. P., Frelat G. and Gellin J. Homologous and heterologous FISH painting with PARM-PCR chromosome-specific probes in mammals // Mamm. Genome. 1996. V. 7. P. 194 199.

100. Mohr J. Estimation of linkage between the Lutheran and the Lewis blood groups // Acta Path. Microbiol. Scand. 1951. V. 29. P. 339 344.

101. Monaco A. P., Neve R. L., Colletti-Feener C., Bertelson C. J., Kurnit D. M. and Kunkel L. M. Isolation of candidate cDNAs for portions of the Duchenne muscular dystrophy gene //Nature. 1986. V. 323. P. 646 650.

102. Montefalcone G., Tempesta S., Rocchi M. and Archidiácono N. Centromere repositioning // Genome Res. 1999. V. 9. P. 1184 1188.

103. Muller S., O'Brien P. C., Ferguson-Smith M. A. and Wienberg J. A novel source of highly specific chromosome painting probes for human karyotype analysis derived from primate homologues // Hum. Genet. 1997. V. 101. P. 149 153.

104. Murphy W. J., Sun S., Chen Z. q., Yuhki N., Hirschmann D., Menotti-Raymond M. and O'Brien S. J. A radiation hybrid map of the cat genome: implications for comparative mapping // Genome Res. 2000. V. 10. P. 691 702.

105. Murray J. M., Davies K. E., Harper P. S., Meredith L., Mueller C. R. and Williamson R. Linkage relationship of a cloned DNA sequence on the short arm of the X chromosome to Duchenne muscular dystrophy // Nature. 1982. V. 300. P. 69-71.

106. Nadeau J. H. and Sankoff D. Comparable rates of gene loss and functional divergence after genome duplications early in vertebrate evolution // Genetics. 1997. V. 147. P. 1259 1266.

107. Nadeau J. H. and Sankoff D. The lengths of undiscovered conserved segments in comparative maps // Mamm. Genome. 1998. V. 9. P. 491 495.

108. Nash W. G., Wienberg J., Ferguson-Smith M. A., Menninger J. C. and O'Brien S. J. Comparative genomics: tracking chromosome evolution in the family ursidae using reciprocal chromosome painting // Cytogenet. Cell Genet. 1998. V. 83. P. 182 192.

109. Neff M. W., Broman K. W., Mellersh C. S., Ray K., Acland G. M., Aguirre G. D., Ziegle J. S., Ostrander E. A. and Rine J. A second-generation genetic linkage map of the domestic dog, Canis familiaris // Genetics. 1999. V. 151. P. 803 820.

110. Newell W., Beck S., Lehrach H. and Lyall A. Estimation of distances and map construction using radiation hybrids // Genome Res. 1998. V. 8. P. 493 508.

111. Nowak, R.M. Walker's Mammals of the World. Baltimore MD: Johns Hopkins University Press. 1991.

112. O'Brien S. J. and Graves J. A. Report of the committee on comparative gene mapping // Cytogenet. Cell Genet. 1991. V. 55. P. 406 433.

113. O'Brien S. J., Menotti-Raymond M., Murphy W. J., Nash W. G., Wienberg J., Stanyon R., Copeland N. G., Jenkins N. A., Womack J. E. and Marshall Graves J. A. The promise of comparative genomics in mammals // Science. 1999b. V. 286. P. 458 62, 479-481.

114. O'Brien S. J., Wienberg J. and Lyons L. A. Comparative genomics: lessons from cats // Trends Genet. 1997. V. 13. P. 393 399.

115. O'Brien S. J., Womack J. E., Lyons L. A., Moore K. J., Jenkins N. A. and Copeland N. G. Anchored reference loci for comparative genome mapping in mammals // Nat. Genet. 1993. V. 3. P. 103-112.

116. Ohno, S. Evolution by Gene Duplication. Heidelberg: Springer-Verlag. 1970.

117. Okada Y. and Murayama F. Multinucleated giant cell formation by fusion between cells of two different strains // Exp. Cell. Res. 1965. V. 40. P. 154 158.

118. Olson M., Hood L., Cantor C. and Botstein D. A common language for physical mapping of the human genome // Science. 1989. V. 245. P. 1434 1435.

119. Pinton P., Schibler L., Cribiu E., Gellin J. and Yerle M. Localization of 113 anchor loci in pigs: improvement of the comparative map for humans, pigs, and goats // Mamm. Genome. 2000. V. 11. P. 306 315.

120. Rabbitts P., Impey H., Heppell-Parton A., Langford C., Tease C., Lowe N., Bailey D., Ferguson-Smith M. and Carter N. Chromosome specific paints from a high resolution flow karyotype of the mouse // Nat. Genet. 1995. V. 9. P. 369 375.

121. Rapp J. P., Wang S. M. and Dene H. A genetic polymorphism in the renin gene of Dahl rats cosegregates with blood pressure // Science. 1989. V. 243. P. 542 544.

122. Rastan S. and Beeley L. J. Functional genomics: going forwards from the databases // Curr. Opin. Genet. Dev. 1997. V. 7. P. 777 783.

123. Raudsepp T., Fronicke L., Scherthan H., Gustavsson I. and Chowdhary B. P. Zoo-FISH delineates conserved chromosomal segments in horse and man // Chromosome Res. 1996. V. 4. P. 218 -225.

124. Rebeiz M. and Levin H. Compass of 47,787 Cattle ESTs // Animal Biotechnology. 2000. V. 11. P. 75-241.

125. Reeves R. H., Irving N. G., Moran T. H., Wohn A., Kitt C., Sisodia S. S., Schmidt C., Bronson R. T. and Davisson M. T. A mouse model for Down syndrome exhibits learning and behaviour deficits//Nat. Genet. 1995. V. 11. P. 177 184.

126. Rettenberger G., Klett C., Zechner U., Bruch J., Just W., Vogel W. and Hameister H. ZOO-FISH analysis: cat and human karyotypes closely resemble the putative ancestral mammalian karyotype // Chromosome Res. 1995a. V. 3. P. 479 486.

127. Rettenberger G., Klett C., Zechner U., Kunz J., Vogel W. and Hameister H. Visualization of the conservation of synteny between humans and pigs by heterologous chromosomal painting // Genomics. 1995b. V. 26. P. 372 378.

128. Rogner U. C., Heiss N. S., Kioschis P., Wiemann S., Korn B. and Poustka A. Transcriptional analysis of the candidate region for incontinentia pigmenti (IP2) in Xq28 // Genome Res. 1997. V. 6. P. 922 934.

129. Rohrer G. A., Alexander L. J., Keele J. W., Smith T. P. and Beattie C. W. A microsatellite linkage map of the porcine genome // Genetics. 1994. V. 136. P. 231 245.

130. Rose T. M., Schultz E. R, Henikoff J. G., Pietrokovski S., McCallum C. M. and Henikoff S. Consensus-degenerate hybrid oligonucleotide primers for amplification of distantly related sequences // Nucleic Acids Res. 1998. V. 26. P. 1628 1635.

131. Rubin G. L., Frommer M. S., Vincent N. C., Phillips P. A. and Leeder S. R. Getting new evidence into medicine ' - // Med. J. Aust. 2000. V. 172. P. 180 - 183.

132. Scherthan H., Cremer T., Arnason U., Weier H. U., Lima-de-Faria A. and Fronicke L. Comparative chromosome painting discloses homologous segments in distantly related mammals // Nat. Genet. 1994. V. 6. P. 342 347.

133. Schibler L., Vaiman D., Oustry A., Giraud-Delville C. and Cribiu E. P. Comparative gene mapping: a fine-scale survey of chromosome rearrangements between ruminants and humans // Genome Res. 1998. V. 8. P. 901 915.

134. Schmitz A., Oustry A., Chaput B., Bahri-Darwich I., Yerle M., Millan D., Frelat G. and Cribiu E. P. The bovine bivariate flow karyotype and peak identification by chromosome painting with PCR-generated probes // Mamm. Genome. 1995. V. 6. P. 415 420.

135. Schoen D. J. Comparative genomics, marker density and statistical analysis of chromosome rearrangements // Genetics. 2000. V. 154. P. 943 952.

136. Scott M. P., Haymes K. M. and Williams S. M. Parentage analysis using RAPD PCR // Nucleic Acids Res. 1992. V. 20. P. 5493.

137. Searle A. G., Edwards J. H. and Hall J. G. Mouse homologues of humman heredity disease // J. Med. Genet. 1994. V. 31. P. 1 -19.

138. Searle, J.B. Chromosomal hybrid zones in eutherian mammals. // Hybrid Zones and the Evolutionary Process, R.G. Harrison (ed.). New York: Oxford University Press. 1993. P. 309-353

139. Searle J. B. Speciation in small mammals // Symp. Zool. Soc. Lond. 1996. V. 69. P. 143 -156.

140. Serov O. L., Matyakhina L. D., Borodin P. M. and Searle J. B. The common shrew gene map // ILAR J. 1998. V. 39. P. 195 202.

141. Sherrington R., Rogaev E. I., Liang Y., Rogaeva E. A., Levesque G., Ikeda M., Chi H., Lin C., Li G., Holman K. and et a. 1. Cloning of a gene bearing missense mutations in early-onset familial Alzheimer's disease //Nature. 1995. V. 375. P. 754 760.

142. Solinas-Toldo S., Lengauer C. and Fries R. Comparative genome map of human and cattle // Genomics. 1995. V. 27. P. 489 496.

143. Stallings R. L. Conservation and evolution of (CT)n/(GA)n microsatellite sequences at orthologous positions in diverse mammalian genomes // Genomics. 1995. V. 25. P. 107 -113.

144. Stormo G. D. Gene-finding approaches for eukaryotes // Genome Res. 2000. V. 10. P. 394 397.

145. Suzuki K., Asakawa S., Iida M., Shimanuki S., Fujishima N., Hiraiwa H., Murakami Y., Shimizu N. and Yasue H. Construction and evaluation of a porcine bacterial artificial chromosome library //Anim. Genet. 2000. V. 31. P. 8 -12.

146. Thomsen P. D. and Zhdanova N. S. Reverse painting for identification of pig chromosomes in hybrid cell lines: assignment of the HOXB and the TK1 gene to pig chromosome 12p // Mamm. Genome. 1995. V. 6. P. 670 672.

147. Toder R. and Graves J. A. CSF2RA, ANT3, and STS are autosomal in marsupials: implications for the origin of the pseudoautosomal region of mammalian sex chromosomes //Mamm. Genome. 1998. V. 9. P. 373 376.

148. Troyer D. L., Xie H., Goad D. W. and Skinner D. Z. Use of a new technique to map the porcine alpha interferon gene to chromosome 1 // Mamm. Genome. 1994. V. 5. P. 112 -4.

149. Volleth M., Klett C., Kollak A., Dixkens C., Winter Y., Just W., Yogel W. and Hameister H. ZOO-FISH analysis in a species of the order Chiroptera: Glossophaga soricina (Phyllostomidae) 11 Chromosome Res. 1999. V. 7. P. 57 64.

150. Volobouev V. T. Phylogenetic realationships of the Sorex araneus arcticus species complex (Insectivora, Soricidae), based on high resolution chromosome analysis // J. Heredity. 1989. V. 80. P. 284 - 290.

151. Waddington D., Springbett A. J. and Burt D. W. A chromosome-based model for estimating the number of conserved segments between pairs of species from comparative genetic maps // Genetics. 2000. V. 155. P. 993.

152. Walter M. A., Spillett D. J., Thomas P., Weissenbach J. and Goodfellow P. N. A method for constructing radiation Hybrid maps of whole genomes // Nat. Genet. 1994. V. 7. P. 22 -28.

153. Wang G., Whittam T. S., Berg C. M. and Berg D. E. RAPD (arbitrary primer) PCR is more sensitive than multilocus enzyme electrophoresis for distinguishing related bacterial strains //Nucleic Acids Res. 1994. V. 21. P. 5930 5933.

154. Wang S. M. and Rowley J. D. A strategy for genome-wide gene analysis: integrated procedure for gene identification // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998. V. 95. P. 11909 -11914.

155. Weiss M. C. and Green H. Human-mouse hybrid cell lines containing partial complements of human chromosomes and functioning human genes // Proc. Natl. Acad. Sci. US A. 1967. V. 58. P. 1104-1111.

156. Welsh J. and McClelland M. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers // Nucleic Acids Res. 1991. V. 18. P. 7213 7218.

157. Werner P., Raducha M. G., Prociuk U., Henthorn P. S. and Patterson D. F. Physical and linkage mapping of human chromosome 17 loci to dog chromosomes 9 and 5 // Genomics. 1997. V. 42. P. 74 82.

158. Wienberg J., Jauch A., Stanyon R. and Cremer T. Molecular cytotaxonomy of primates by chromosomal in situ suppression hybridization // Genomics. 1991. V. 8. P. 347 350.

159. Wijnen L. M., Grzeschik K. H., Pearson P. L. and Meera Khan P. The human PGM-2 and its chromosomal localization in man-mouse hybrids // Hum. Genet. 1977. V. 37. P. 271 -278.

160. Wilcox S. A., Watson J. M., Spencer J. A. and Graves J. A. Comparative mapping identifies the fusion point of an ancient mammalian X-autosomal rearrangement // Genomics. 1996. V. 35. P. 66 70.

161. Womack J. E. The cattle gene map // ILAR J. 1998. V. 39. P. 153 159.

162. Yang Y. P. and Womack J. E. Human chromosome 17 comparative anchor loci are conserved on bovine chromosome 19 // Genomics. 1995. V. 27. P. 293 297.

163. Yang Y. P. and Womack J. E. Construction of a bovine chromosome 19 linkage map with an interspecies hybrid backcross // Mamm. Genome. 1997. V. 8. P. 262 266.

164. Yang Y. P. and Womack J. E. Parallel radiation hybrid mapping: a powerful tool for high-resolution genomic comparison // Genome Res. 1998. V. 8. P. 731 736.

165. Zhang Y., Proenca R., Maffei M., Barone M., Leopold L. and Friedman J. M. Positional cloning of the mouse obese gene and its human homologue // Nature. 1994. V. 372. P. 425 432.

166. Zhao L. P., Aragaki C., Hsu L. and Quiaoit F. Mapping of complex traits by single-nucleotide polymorphisms // Am. J. Hum. Genet. 1998. V. 63. P. 225 240.

167. Zhdanova N. S., Astakhova N. M., Kuznetsov S. B., Schuler L. and Serov O. L. Characterization of pig-mink cell hybrids: assignment of the TK1 and UMPH2 genes to pig chromosome 12 // Mamm. Genome. 1995. V. 5. P. 781 784.

168. Zhdanova, N.S., Larkin, D.M., Kuznetsov, S.B., Rubtsov, N.B. and Astakhova, N.M. The order of genes on porcine chromosome 12. (27th International conference on animal genetics). Minneapolis. 2000. P.52.

169. Zhdanova N. S., Thomsen P. D., Astakhova N. M., Kuznetsov S. B., Jorgensen C. B., Plyusnina E. V. and Serov O. L. Production of pig-mink cell hybrids with single pig chromosomes 2, 5, 12, or t(l,13) // Mamm. Genome. 1996. V. 7. P. 613 615.

170. Zijlstra C., Bosma A. A., de Haan N. A. and Mellink C. Construction of a cytogenetically characterized porcine somatic cell hybrid panel and its use as a mapping tool // Mamm. Genome. 1996. V. 7. P. 280 284.

Информация о работе

Ларкин, Денис Михайлович
кандидата биологических наук
Новосибирск, 2000
ВАК 03.00.15

Диссертация

Локализация у свиньи и бурозубки обыкновенной генов синтенной группы хромосомы 17 человека - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Похожие работы