Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Изучение нуклеиново-белковых взаимодействий в вирусах группы ВТМ и в коротких ВТМ-подобных рибонуклеопротеидных частицах

ВАК РФ 03.00.03, Молекулярная биология

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Мизенина, Ольга Алексеевна

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

I.I. Нуклеиново-белковые взаимодействия в составе палочковидных вирусов растений

1.1.1. Структура палочковидных вирусов группы ВТМ.

1.1.2. Оптические характеристики внутри-вирусной РНК ВТМ.

1.1.3. Механизмы самосборки вируса табачной мозаики

1.1.4. Действие формальдегида на палочковидные вирусы и возможность образования "формальдегидных" РНК-белковых сшивок.

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1. Спектры КД ряда вирусов группы ВТМ и их внутривирусных РНК

3.1.1. Характеристика препаратов используемых вирусов

3.1.2. Спектры КД цельных вирусов

3.1.3. Спектры КД вирусных белков

3.1.4. Спектры КД внутривирусных РНК.

3.2. Сшивание РНК ВТМ с белком в "30S "-РНП частицах.

3.2.1. Характеристика "30S "-РНП частиц а) зависимость эффективности образования РНП от условий сборки. б) спектры поглощения и кругового обзора дихроизма "30s "-РНП в) Равновесное центрифугирование препаратов "30 s "-РНП в градиенте плавучей плотности солей тяжелых металлов ( Cs2so4 и CsCi ) г) Действие РНК-азы на фрагменты РНК в составе "30 s "-РНП. д) Влияние рН на стабильность "30s "-РНП е) Электронная микроскопия препаратов

30 s "-РНП. ж) Антигенные характеристики "30 s "-РНП

3.2.2. Сшивание РНК ВТМ с белком в составе

30 s"-РНП под действием формальдегида а) Кинетика сшивания РНК с бежом в составе

30 s "-РНП под действием формальдегида. III б) Центрифугирование обработанных формальдегидом "30 s"-РНП в градиенте плотности в) Электрофорез формалинизировэнного "30 S"

РНП в полиакриламидном геле г) Гель-фильтрация формалинизированного

30 s "-РНП.

ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

4.1. Оптическая активность РНК в частицах палочковидных вирусов

4.2. Характеристика "30 s"-частиц.

4.3. Возможность сшивания РНК с бежом в составе

30 S"-частиц.

В Ы В О Д Ы.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Изучение нуклеиново-белковых взаимодействий в вирусах группы ВТМ и в коротких ВТМ-подобных рибонуклеопротеидных частицах"

Исследование структуры нуклеиновых кислот и природы нуклеи-ново-белковых взаимодействий в составе нуклеопротеидов преобре-тают в последние годы все более широкий размах и становятся одной из важнейших областей современной молекулярной биологии. Одним из наиболее удобных объектов для такого рода исследований являются спиральные РНК - содержащие вирусы растений. Результаты, полученные в процессе изучения оптических свойств РНК в частицах этих вирусов, позволили высказать предположение, что специфические РНК-белковые взаимодействия играют важную роль в определении структуры РНК in situ,причем, в такого рода взаимодействиях, по всей вероятности, должны участвовать основания внутривирусной РНК. Конкретная природа РНК-белковых взаимодействий в частицах вирусов этой группы остается, однако, до сих пор невыясненной.

Кроме того, остается неизвестным и характер индуцируемых РНК изменений в структуре белковых субъединиц в ходе сборки вируса (особенно на стадии инициации). В этой связи весьма полезными могли бы оказаться результаты экспериментов по сшиванию оснований внутривирусной РНК с белком, которые могли бы помочь в выяснении природы функциональных групп, участвующих в РНК-белковых взаимодействиях. Однако высокая "плотность" упаковки белковой оболочки ВТМ до настоящего времени препятствовала успешному сшиванию оснований внутривирусной РНК ВТМ с бежом / 15 /. В 1975 году в лаборатории И.Г.Атабекова были получены и исследованы короткие "30 s''-рибонуклеопротеидные частицы ("SO S''-РНП), представляющие собой продукт "одевания" белком ВТМ коротких (5080 нуклеотидов) 3S -фрагментов РНК / 187 /. В данной работе подобные короткие "30S"-PHII и были использованы для сшивания РНК

- 5

ВТМ с бежом оболочки с помощью формальдегида.

Основная цель первой части работы состояла в определении возможных причин, лежащих в основе аномально высокой оптической активности внутривирусной РНК ВТМ и проверке гипотезы об участии остатков триптофана во взаимодействии с основаниями РНК in situ путем сравнения оптической активности РНК в частицах разных вирусов группы ВТМ, отличающихся по содержанию и локализации остатков триптофана в белке оболочки. В задачу исследований также входило получение сшивки между РНК и белком оболочки ВТМ под действием формальдегида в составе ВТМ-подобного " 30S "-РНП.

В данной работе впервые определены спектры кругового дихроизма для целого ряда вирусов группы ВТМ (штаммы Uj, и2, НЕ , вирус мозаики долихоса и вирус огурцов 4) и их белков оболочки в разных агрегационных состояниях. Полученные спектры были использованы для расчета разностных спектров КД внутривирусных РНК исследуемых вщэусов. В результате было показано, что все эти вирусы существенно отличаются по характеру оптической активности внутривирусных РНК и, эти различия скорее всего определяются конкретной природой РНК-белковых взаимодействий в частицах каждого из изучаемых вщэусов. Оказалось однако, что вопреки высказывавшимся рядом авторов предположениям, остатки триптофана вирусного белка оболочки не играют существенной роли в определении оптической активности внутривирусной РНК.

В работе исследовали также ряд свойств коротких " 30s "-РНП, содержащих фрагменты РНК ВТМ длиной 25-40 нуклеотидов. С помощью ряда методов показано, что связывание коротких фрагментов РНК с дисками бежа ВТМ носит специфический характер и, что короткие фрагменты РНК способны индуцировать специфические дислокационные перестройки в субъединицах бежа ВТМ. Показана возможность сшивания РНК с белком в составе таких коротких связями,скорее всего ковалентной природы.

30S "-РНП прочными

Заключение Диссертация по теме "Молекулярная биология", Мизенина, Ольга Алексеевна

ВЫВОДЫ

1. Измерены спектры КД и поглощения в зоне 250-300 нм 5 вирусов группы ВТМ ( uj, u2f HR, ВМД и В04), их свободных РНК и бежов в различных агрегационных состояниях. Обнаружено, что спектры КД вирусных белков сильно зависят от структуры данного бежа и существенно изменяются при увеличении степени агрегации бежа.

2. На основании этих измерений рассчитаны спектры КД РНК в составе 5 исследованных вирусов и показано, что эти спектры значительно отличаются друг от друга и от спектров свободных РНК. Полученные данные свидетельствуют в пользу предположения, что оптическая активность внутривирусной РНК определяется конкретной природой РНК-белковых взаимодействий в частицах данного вируса.

3. Путем сравнения спектров КД ряда штаммов ВТМ и родственных ВТМ вирусов, отличающихся по числу и локализации остатков триптофана в беже оболочки, показано, что вопреки высказывавшимся ранее предположениям остатки триптофана не играют существенной роли в определении оптической активности РНК в частицах вирусов группы ВТМ.

4. Подтверждена возможность дислокации 20 s-дисков бежа оболочки ВТМ во фрагменты вирусной спирали под действием коротких фрагментов вирусной РНК. Обнаружено, что дислокация может осуществляться фрагментами РНК, длина которых не превышает I витка спирали внутривирусной РНК (49 нуклеотидов).

5. С помощью связывания на нитроцеллюлозных фильтрах и равновесного ультра центрифугирования в градиенте плавучей плотности Cs2sc4 показано, что в случае "30s "-РНП, в отличие от цельного ВТМ, при обработке формальдегидом возможно образование РНК-бежо-вого комплекса, в составе которого на I фрагмент РНК длиной в среднем 25-40 нуклеотидов приходится 1-2 молекулы вирусного белка оболочки. б. Обнаружено, что в составе этого комплекса молекулы РНК и белка связываются прочными, устойчивыми к диссоциирующей обработке связями, вероятно, ковалентной природы.

- 139

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Мизенина, Ольга Алексеевна, Москва

1. Атабекова Т.И. Формирование "смешанных" частиц ВТМ in vi\o и in vitro Канд.дисс. М., МГУ, 1972.

2. Бейли Дж. Методы химии белков. М., Мир, 1965.

3. Добров Е.Н.,Лайзер P.M., Куст С.В. Некоторые оптические свойства вируса мозаики долихоса.- В сб.: Структура и функции нуклеиновых кислот и нуклеопротеидов'.' Симпоз.посвящ.памяти А.Н.Белозерского, янв.-февр.1974, МГУ, М.

4. Добров Е.Н., Куст С.В., Новиков В.К. Тихоненко Т.И. Дисперсия оптического вращения пяти вирусов группы ввдса табачной мозаики и их компонентов, Мол.биол., 1978, 12, с.148-156.

5. Добров Е.Н., Куст С.В. Спектрофотометрические исследования структуры РНК в частицах ВТМ. Вопр.вирусологии,1971,^ 3,с.366--371.

6. Добров Е.Н., Куст С.В., Мажуль Л.А., Тихоненко Т.И. Изучение структуры РНК в частицах палочковидного вируса огурцов. Биол. науки, 1974, 2, с.96-101.

7. Добров Е.Н., Куст С.В., Тихоненко Т.И. Сборник трудов межфакультетской лаборатории биоорганической химии, МГУ дек. 1970,с.71.

8. Добров Е.Н., Ше М. Итоги науки и техники. Вирусология, М., ВИНИТИ, 1978, 7, с.7-49.

9. Дорохов Ю.Л., Александрова Н.М., Мирошниченко Н.А., Атабеков И.Г. Обнаружение внутривирусных рибонуклеопротеидных частиц при инфицировании табака ts -мутантом Ni 118 вируса табачной мозаики. Биол.науки, 1980, 6, с.23-28.

10. Каплан И.Б., Пшенникова Е.С., Козлов Ю.В., Аграновский А.А., Талъянский М.Э., Атабеков И.Г. Локализация участков инициации реконструкции в молекуле РНК мутанта вируса табачной мозаики Ni 2519, Мол.биол., 1982, 16, с.160-169.

11. Киселева Н.П., Хромов И.О., Куст С.В., Шемякин И.Г., Добров Е.Н., Тихоненко Т.И. Прочное связывание РНК с белком в частицах палочковидного вируса под действием формальдегида. Природа и специфичность связи. Биохимия, 1981, 46, с.2019-2023.

12. Куст С.В. Изучение структуры РНК в составе спиральных вирусов растений. Канд.дисс. 1974, М., МГУ, .

13. Панина Т.Г., Тюлькина Л.Г., Леднева Р.К., Богданов А.А. Изучение структуры и взаимодействия компонентов вируса табачной мозаики методами кругового дихроизма и УФ-спектрофото-метрии. Мол.биол., 1974, 8, с.742-751.

14. Леднева Р.К. Вирус табачной мозаики: нуклеиновые взаимодействия. Итоги науки и техники. Мол.биол., ВИНИТИ, 1982, 17.

15. Мажуль Л.А., Добров Е.Н., Тихоненко Т.И. Прочное связывание РНК с белком в частицах палочковидного вируса под действием формальдегида. Биохимия, 1978, 43, с.138-145.

16. Остерман Л.А. Методы исследования белков и нуклеиновых кислот. М., Наука, 1981, с.240-246.

17. Плохинский Н.А. Биометрия. М., МГУ, 1970.

18. Семин Ю.А., Симонов В.В., Поверенный A.M. Реакция формальдегида с дезоксинуклеотидами и ДНК в присутствии аминокислоти лизинбогатого гистона. Докл.АН СССР, 1973, 208, с.1480-1483.

19. Спирин А.С. Спектрофотометрическое определение нуклеиновых кислот. Биохимия, 1958, 23, с.656-662.

20. Уокер Дж.Ф. В кн.: Формальдегид. М., изд-во Химической литературы, 1958.

21. Френкель-Конрат X. Специфические белки. I.Белковая оболочка ВТМ. В кн.: Химия и биология вирусов. М., Мир, 1972,с.74-83.- 141

22. Ше М., Добров Е.Н., Модель сборки ВТМ in vitro : специфическая дислокация в результате кооперативного однобуквенно-го узнавания пуринов и некооперативного запирания цепи РНК мезду слоями субъединиц. Мол. биология, 1979, 13, 769-776.

23. Atabekov J.G., Novikov V.K., Vishnichenko V.K., Kaftanova A.S. Some properties of hybrid viruses reassembled in vitro Virology, 1970, 41, 519-532.

24. Atabekova T.I., Taliansky M.E., Atabekov J.G. Specificity of proteinvRNA and protein-protein interaction upon assembly of TMV in vivo and in vitro. Virology, 19 75, 67, 1-13.

25. Anderer F.A., Uhlig H., Weber E., Shramm G. Primary structure of the protein of tobacco mosaic virus. Nature, 1960, 186, 922-925.

26. Ansevin A.T., Lauffer M.A. Native tobacco mosaic virus protein of molecular weight 1800. Nature, 1959, 183, 1601-1602.

27. Beachy R.N., Zaitlin M., Bruening G., Israel H.W. A genetic map for thecowpea strain of TMV. Virology, 73, 498-507, 1976.

28. Beaveri G.H., Holiday E.R. Techniques in protein chemistry, 1962, Elsevier publishing сотр., Amsterdam- London- N.York.

29. Bernal J.D., Fankuchen I. X-ray and crystallographic studies of plant virus preparations. I. Introduction and preparation of speciment. II. Modes of aggregation of the virus particles. J.Gen. Physiol., 1941, 25, 111-146.

30. Bloomer A.C., Champness J.N., Bricogne G., Staden R., Klug A.о

31. Protein disk of TMV at 2.8 A resolution showing the interaction within and between subunits. Nature, 1978, 256, 362-368.

32. Bonhoffer F., Schachman M.K. Studies on the organization of nucleic acids within nucleoproteins. Biochem.Biophys.Res. Commun., 1960, 2, 366-371.

33. Bonner W.M., Laskey R.A. A film detection method for acryl-amide gels. Eur. J. Biochem., 1974, 46, 83-88.

34. Bruening G., Beachy R.N. , Scalla R. , Zaitlin M. In vitro and in vivo translation of the ribonucleic acids of a cowpea stain of tobacco mosaic virus. Virology, 1976, 71, 498-517.

35. Brutlag D., Shlehuber C., Bonner J. Properties of formaldehyde treated nucleohistone. Biochemistry, 1969, 8, 3214-3218.

36. Budzinski A.L. Circular dichroism studies on coat protein of some strains and mutants of TMV. Biochim.Biophys.Acta, 1972, 251, 292-302.

37. Budzinski A.L. Circular dichroism of two TMV mutants identical single amino acid replacement in a different positions in polypeptide chain. Biochem.Вiophys.Res.Commun., 1970, 41, 841-890.

38. Bush C.A., Scheraga H.A. Optical rotatory dispersion and RNA base pairing in ribosomes and in tobacco mosaic virus. Biochemistry, 1967, 6, 3036-3042.

39. Butler P.J.G. Structures and roles of the polymorphic forms of tobacco mosaic virus protein. VIII. Elongation of nucleo-protein rods of the virus RNA and protein. J.Mol.Biol., 19 74, 82, 333-341.

40. Butler P.J.G. Structures and roles of the polymorphic forms of tobacco mosaic virus protein. VI. Assembly of the nucleo-protein rods of tobacco mosaic virus from protein disks and RNA. J.Mol.Biol., 1972, 72, 25-35.

41. Butler P.J.G. Assembly of tobacco mosaic virus. Phil.Trans. R.Soc., 1976, B, 276, 151-163.

42. Butler P.J.G. The current picture of the structure and assembly of tobacco mosaic virus. J.Gen.Virol., 1984, 65, 253-279.- 143

43. Butler P.J.G., Durcham A.C.H. Tobacco mosaic virus protein aggregation and the virus assembly. Adv. Protein Chem., 1977, 31, 187-251.

44. Butler P.J.G., Durcham A.C.H. Structures and roles of the polymorphic forms of tobacco mosaic virus protein. IV. Control of mode of aggregation of tobacco mosaic virus protein by proton binding. J.Mol.Biol., 1972, 72, 1-18.

45. Butler P.J.G., Finch J.T. Structures and roles of the polymorphic forms of tobacco mosaic virus protein. VII. Lengths of the growing rods during assembly into nucleoprotein withthe viral RNA. J.Mol.Biol., 1973, 78, 637-649.

46. Butler P.J.G., Finch J.T., Zimmern D. Configuration of tobacco mosaic virus RNA during virus assembly. Nature, 1977, 265, 217-219.

47. Butler P.J.G., Klug A. Assembly of the particle of tobacco mosaic virus from RNA and disks of protein. Nature New Biol., 1971, 229, 47-50.

48. Butler P.J.G., Lomonossoff G.P. RNA-protein interactions in the assembly of tobacco mosaic virus. Biophys.J., 1980, 32, 295-312.

49. Butler P.J.G., Lomonossoff G.P. Quantized incorporation of RNA during assembly of tobacco mosaic virus protein disks. J.Mol.Biol., 1978, 126, 877-882.- 144

50. Caspar D.L.D. Radial density distribution in the TMV particle. Nature (London), 1956, 177, 928-929.

51. Caspar D.L.D. Assembly and stability of the tobacco mosaic virus particle. Adv. Protein Chem., 1963, 18, 37-121.

52. Caspar D.L.D. Movement and self-control in protein assembles. Biophys.J., 1980, 32, 103-138.

53. Caspar D.L.D., Klug A. Physical principles in the construction of regular viruses. Cold Spring Harbor Symp. Quant.Biol., 1962, 27, 1-24.

54. Caspar D,L.D., Klug A. Physical principles in the construction of regular virus particles. Viruses, Nucleic Acids and Cancer, Baltimore, 1963, 27-39.

55. Champness I.N., Bloomer A.C., Bricogne G., Butler P.J.G., Klug A. The structure of the protein disk of tobacco mosaicоvirus to 5 A resolution. Nature, 1976, 259, 20-24.

56. Cheng Ping-Yao. Optical rotatory dispersion, tryptophan location and base distribution in tobacco mosaic virus. Biochemistry, 1968, 7, 3367-3373.

57. Dobrov E.N., Kust S.V., Tikhonenko T.I. The structure of single-stranded virus RNA in situ. A study of absorption spectraand optical rotatory dispersion of tobacco mosaic virus and potato virus X preparations. J. Gen. Virol., 1972, 16, 161-172.

58. Dobrov E.N., Kust S.V., Yakovleva O.K., Tikhonenko T.I. Structure of single-stranded virus RNA in situ. II. Optical activity of five tobacco mosaic-like viruses and their components. Biochim. Biophys. Acta, 1977, 475, 623-637.

59. Durham A.C.H. Structure and roles of the polymorphic forms of tobacco mosaic virus protein. I. Sedimentation studies. J.Mol. Biol. 1972, 67, 289-305.- 145

60. Durham A.C.H., Butler P.J.G. A prediction of the structure of tobacco mosaic virus protein. Eur.J.Biochem., 1975, 53, 397-404.

61. Durham A.C.H., Finch J.T. Structures and roles of the polymorphic forms of tobacco mosaic virus protein. II. Electron microscope observations of the larger polymers. J.Mol.Biol., 1972, 67, 307-314.

62. Durham A.C.H., Klug A. Polymerization of tobacco mosaic virus protein and its control. Nature New Biol., 1971, 229, 42-46.

63. Durham A.C.H., Klug A. Structures and roles of the polymorphic forms of tobacco mosaic virus protein. III. A model for the association of A-protein into disks. J.Mol.Biol., 1972, 67, 315-332.

64. Durham A.C.H., Finch I.Т., Klug A. States of aggregation of tobacco mosaic virus protein. Nature New Biol., 1971, 229, 37-42.

65. Durham A.C.H., Vogel D., de Marcillac G.D. Hydrogen- Ion binding of tobacco mosaic virus protein polymers. Eur. J. Biochem., 1977, 79, 151-159.

66. Feldman M.Ya. Reaction of nucleic acid and nucleoprotein with formaldehyde. Prog. Nucleic Acid Res. and Mol.Biol., 1973, 13, 1-49.

67. Finch I.Т., Leberman R., Gillert P.F.C., Witz J., Klug A. X-ray analysis of the disk of TMV protein. I. Crystallization of the protein and of a heavy- atom derivative. J.Mol. Biol., 1974, 86, 179-182.

68. Finch I.Т., Leberman R., Chang Y.S., Klug A. The rotational symmetry of the two-turn disk-aggregate of tobacco mosaic virus protein. Nature, 1966, 212, 349-350.- 146

69. Finch I.Т., Klug A. Three-dimensional reconstruction of the stached disk aggregate of tobacco mosaic virus protein from electron micrographs. Phyl. Transi R. Soc., 1971, B, 261,211.219.

70. Fish S.R., Hartman К.A., Stubbs G.J., Thomas G.J. Structural studies of tobacco mosaic virus and its components by laser Raman spectroscopy. Biochemistry, 1981, 20, 7449-7457.

71. Fox B.W. The application of Triton X-100 colloid scintillation counting of biochemistry int. J. of Applied radiation and iso-tops. 1968, 19, 717-730.

72. Fraenkel-Conrat H. Degradation of tobacco mosaic virus with acetic acid. Virology, 1957, 4, 1-5.

73. Fraenkel-Conrat H. The chemistry and biology of viruses. New York Acad. Press, 1969.

74. Fraenkel-Conrat H., Singer B. Reconstruction of tobacco mosaic virus. IV. Inhibition of enzymes and other proteins and useof polynucleotides. Virology, 1964, 23, 354-362.

75. Fraenkel-Conrat H., Singer В., Tsugita A. Purification of virus RNA by means of bentonite. Virology, 1961, 14, 54-58.

76. Fraenkel-Conrat H., Williams R.S. Reconstruction of active tobacco mosaic virus from its inactive protein and nucleic acid components. Proc. Natl. Acad. Sci USA, 1955, 41, 690-698.

77. Franklin R. X-ray diffraction studies of the cucumber virus 4 and three strains of TMV. Biochim. Biophys. Acta, 1956, 19, 203-211.

78. Franklin R. Location of the RNA in the tobacco mosaic virus particle. Nature, 1956, 177, 928-930.

79. Franklin R. Structural resemblance between schramm's repoly-merised A-protein and tobacco mosaic virus. Biochim.Biophys. Acta, 1955, 18, 313-321.- 147

80. Franklin R. Structure of tobacco -mosaic virus. Nature, 1955, 175, 379-381.

81. Franklin R., Klug A. The nature of the helical groove on the tobacco mosaic virus particle. X-ray diffraction studies.

82. Вiochim.Вiophys. Acta, 1956 , 19, 403-415.

83. Franklin R., Klug A., Holmes K.C. X-ray diffraction studies of the structure acid morphology of tobacco mosaic virus. In "Nature of viruses", Churchill, London, 1957, 39-49.

84. Franklin R., Holmes K.C. Tobacco mosaic virus. Application of the method of isomorphous replacement to the helical parameters and radial density distribution. Acta Cristallogr., 1958, 11, 213-220.

85. Fukuda M., Meshi Т., Okada Y., Otsuki Y. , Takebe I. Correlation between particle multiplication and location on virion RNA assembly initiation site for viruses of the tobacco mosaic virus group. Proc. Natl. Acad. Sci USA, 1981, 78, 42314235.

86. Fukuda M., Okada Y. Mechanism of tobacco mosaic virus assembly: role of subunit and larger aggregate protein. Proc. Natl. Acad. Sci USA, 1982, 79, 5833-5836.

87. Fukuda M., Okada Y., Otsuki Y., Takebe I. The site of initiation of rod assembly of the RNA of a tomato and cowpea strain of tobacco mosaic virus. Virology, 1980, 101, 493-502.

88. Fukuda M., Ohno Т., Okada Y., Otsuki Y., Takebe I. Kinetics of the biphasic reconstitution of tobacco mosaic virus in vitro. Proc. Natl. Acad. Sci USA, 1978, 75, 1727-1730.

89. Gerlach E., Deuticke B. Eine einfache methode zur microbestim-mung von phosphat in der paperchromatographie. Biochemische Zeitschrift, 1963, 337, 5.

90. Gibbs A.Y. Tobacco mosaic virus group. CMI/AAB Descrip.plant viruses, 1977, N 184.- 148

91. Gierer A., Schramm G. Infectivity of ribonucleic acid from tobacco mosaic virus. Nature, 1956, 177, 702-703.

92. Gilbert P.F.C., Klug A. X-ray analysis of the disk of tobacco mosaic virus protein. III. A low resolution electron density map. J.Mol.Biol., 1974, 86, 193-207.

93. Goelet J., Lomonossoff G.P., Butler P.J.G., Akam M.E., Gait M.J., Karn J. Nucleotide sequence of tobacco mosaic virus RNA.

94. Proc. Natl. Acad. Sci USA, 1982, 79, 5818-5822.

95. Graham J., Butler P.J.G. Location of tyrosine residues in the disk of tobacco-mosaic-virus protein and comparison of the subunit packing with that of the virus. Eur. J. Biochem., 1978, 83, 523-528.

96. Graham J., Butler P.J.G. Binding of oligonucleotides to the disk of tobacco mosaic virus protein. Eur. J.Biochem., 1979, 93, 333-337.

97. Guilley H., Jonard G., Richards K.E., Hirth L. Sequence of a specifically encapsidated RNA fragment originating from the tobacco mosaic virus coat-protein cistron. Eur. J. Biochem., 1975, 54, 135-144.

98. Guilley H., Jonard G., Richards K.E., Hirth L. Observations concerning the sequence of two additional specifically encapsidated RNA fragments originating from the tobacco mosaic virus coat-protein cistron. Eur. J. Biochem., 1975, 54, 145-153.

99. Guilley H., Jonard G., Kukla В., Richards K.E. Sequence of 1000 nucleotides of the 31-end of tobacco mosaic virus RNA. Nucl. Acids Res., 1979, 6, 1287-1308.

100. Guttenplan J.В., Calvin M. Tertiary and quaternary structure of tobacco mosaic virus and protein. II. Emission, excitation, polarization and position of a-p-totudinylnaphthalene-6-sul-fonate binding. Biochim. Biophys. Acta, 1973, 322, 301-320.- 149

101. Hall С.E. Length of TMV from electron microscopy. J.Amer. Chem.Soc., 1956, 80, 2556.

102. Hart R.G. Electron microscopic evidence for the localization of ribonucleic acid in the particles of TMV. Proc. Natl. Acad. Sci USA, 1955, 41, 261-264.

103. Haselkorn R., Doty P. The reaction of formaldehyde with polynucleotides. J. Biol. Chem., 1961, 236, 2738-2743.

104. Huxley. Some observation on the structure of tobacco mosaic virus. Stockholm Conf, Electron Microscopy, sept. 19 56, Proc. 260-261. Academic Press, New York, 1957.

105. Higgins T.J.V., Goodwin P.В., Whitfeld P.R. Occurence of short particles in beams infected with the cowpea strain of TMV. II. Evidence that short particles contain the cistron of coat protein. Virology, 1976, 71, 486-497.

106. Hill I.N., Stepherd R.I. Molecular weights of plant virus coat protein by polyacrylamide gel electrophoresis, Virology, 1972, 47, 817-822.

107. Hirth L., Richards K.E. Tobacco mosaic virus: model for structure and function of a simple virus, Adv. in Virus Res., 1981, 26, 145-199.

108. Holmes K.C. Protein-RNA interactions during the TMV Assembly. J.Supramol.Struct., 1979, 12, 305-320.

109. Holmes K.C. Protein-RNA interactions during the assembly of tobacco mosaic virus. Trends Biochem. Sci., 1980, 5, 4-7.

110. Holmes K.C. The structure and assembly of simple viruses. Struct. Mol. Biol.: Methods and Appl. Proc. Nat. Adv. Study Inst, and FEBS Adv. course N 78, Maratea, May 1981, 475-505, New York, London, 1982.

111. Holmes K.C., Franklin R.M. The radial density distribution in some strains of tobacco mosaic virus. Virology,1958,6,328-336.- 150

112. Holmes К.С., Stubbs G.J., Mandelkow E., Gallwitz U. Structureоof tobacco mosaic virus at 6.7 A resolution. Nature, 1975, 254, 192-196.

113. Holoubek V. Mixed reconstitution between protein from common tobacco mosaic virus and RNA from other strains. Virology, 1962, 18, 401-404.

114. Horn M.J., Jones D.B. A rapid colometric method for the determination of tryptophane in proteins and foods, J.Biol.Chem., 1945, 157, N 1, 153.

115. Hunter T.R., Hunt Т., Knowland J. Messenger RNA for the coat protein of tobacco mosaic virus. Nature, 1976, 260, 759-764.

116. Inoue H., Kuriyama Т., Ohno Т., Okada J. Circular dichroism and sedimentation studies on the reconstitution of tobacco mosaic virus. Arch. Biochem. Biophys., 19 74, 165, 34-45.

117. Jackson V. Studies on histone organisation in the using formaldehyde as a reversible cross-linking agent. Cell, 1978, 15, 945-954.

118. Jardetzsky O., Akasaka K., Vogel D., Morris S., Holmes K.C. Unusual segmental flexibility in a region of tobacco mosaic virus coat protein. Nature, 1978, 273, 564-566.

119. Jonard G., Guilley H., Hirth L. Specific encapsidation of TMV RNA fragments by 25 S TMV protein, isolation and some properties of the nucleoprotein complexes formed. Virology, 1975, 64, 1-9.

120. Jonard G., Richards K.E., Guilley H., Hirth L. Sequence from the assembly nucleation region of TMV RNA. Cell, 1977, 483493.

121. Kaplan I.В., Kozlov Yu.V., Pshennikova E.S., Taliansky M.E., Atabekov J.G. A study of TMV ts-mutant Ni2519. III. Location of the reconstitution initiation sites on Ni 2519 RNA.- 151

122. Virology, 1982, 118, 317-323.

123. Kilkson R. Cylindrically averaged electron density distribution in cucumber virus number four. Arch. Biochem. Biophys. 1957, 67, 53-58.

124. Klug A. Assembly of tobacco mosaic virus. Proc. Natl. Acad. Sci USA, 1972, Fed. Proc. 31, 30-42.

125. Klug A., Caspar D.L.D. The structure of small viruses. Adv. Virus Res., 1960, 7, 225-325.

126. Knight C.A. Are cucumber viruses 3 and 4 strains of tobacco mosaic viruses? A review of the problem. Virology, 1955, 1, 261-267.

127. Laemmli U.K., Cleaving of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4, Nature, 1970,227, 680-685.

128. Lanina T.P., Ledneva R.K., Bogdanov A.A. A circular dichroism study of the interaction of adenylic and oligo- and polynucleotides with TMV protein. FEBS Letters, 1974, 39, 235-238.

129. Lanina T.P., Terganova G.V., Ledneva R.K., Bogdanov A.A. A study of the interaction of TMV protein with single and double stranded polynucleotides, 1976, FEBS Lett., 1976, 67, 167-170.

130. Lauffer M.A., Stevens G.L. Structure of the TMV particles. Polymerization of TMV protein. Advan. Virus Res., 1968, 13, 1-63.

131. Lebeurier G., Nicolaeff A., Richards K.E. Inside-out model for self-assembly of tobacco mosaic virus. Proc.Natl.Acad.Sci USA, 1977, 74, 149-153.

132. Ledneva R.K., Lanina T.P., Terganova G.V., Bogdanov A.A. Mechanism of RNA-protein interactions in tobacco mosaic virus: analysis of the pH stability of virus protein complexes with- 152 synthetic polynucleotides. Nucl. Acids Res., 1980, 8, 51295141 .

133. Loening U.E. The fractionation of high molecular weight RNA by polyacrylamide gel electrophoresis. Biochem.J., 1967, 102, 251-257.

134. Lomonossoff G.P., Butler P.J.G. Location and encapsidation of coat protein cistron of tobacco mosaic virus. A bidirectional elongation of the nucleoprotein rod. Eur. J. Biochem., 1979, 93, 157-164.

135. Lomonossoff G.P., Butler P.J.G. Assembly of tobacco mosaic virus: elongation towards the 3'-hydroxy1 terminus of the RNA. FEBS Letters, 1980, 113, 271-274.

136. Lowry O.H., Rosebrough N.J., Farr A.L., Randall R.J. Protein measurement with the folin phenol reagent. J.Biol.Chem., 1951, 193, 265-275.

137. Mandelkow E., Holmes K.C. The position of the N-terminus and residues 68 in TMV. J. Mol. Biol., 1974, 87, 265-273.

138. Mandelkow E., Holmes K.C., Gallwitz V. A new helical aggregation of tobacco mosaic virus protein, J.Mol.Biol., 1976, 102, 265-285.

139. Mandelkow E., Stubbs G.J., Warren S.G. Structures of the helical aggregates of tobacco mosaic viruses protein. J. Mol. Biol., 1981, 152, 375-386.- 153

140. Maxam A.M., Gilbert W. Methods in Enzymology, 1980, 65, 499-560.

141. McGhee J.D., Hippel P.H. Formaldehyde as a probe of DNA structure: mechanism of the initial reaction of formaldehyde with DNA. Biochemistry, 1977, 16, 3276-3293.

142. Meshi Т., Kiyama R., Ohno Т., Okada Y. Nucleotide sequence of the coat protein cistron and the 31 noncoding region of cucumber green mottle mosaic virus (Watermelon strain) RNA. Virology, 1983, 127, 54-64.

143. Meshi Т., Ohno Т., Okada Y. Nucleotide sequence of a cloned DNA copy of TMV (cowpea strain) RNA, including the assembly origin, the coat protein cistron and the 3' non-coding region. Mol.Gen.Genet., 1981, 184, 20-25.

144. Meshi Т., Ohno Т., Okada Y. Nucleotide sequence of the 30K-protein cistron of cowpea strain of tobacco mosaic virus. Nucleic Acids Res., 1982, 10, 6111-6117.

145. Meshi Т., Ohno Т., Okada Y. Nucleotide sequence and its character of cistron coding for the 30K protein of tobacco mosaic virus {OM strain). J. of Biochem. (Japan), 1982, 91, 1441-1444.

146. Meshi Т., Takamatsa N., Ohno Т., Okada Y. Molecular cloning of the complementary DNA copies of the common and cowpea strains of TMV RNA. Virology, 1982, 118, 64-75.

147. Miall S.M., Walker J.O. Circular dichroism of E.coli ribosomes and TMV. Biochim. Biophys. Acta, 1968, 166, 711-713.

148. Mflller K., Rinke J., Ross A., Buddie G., Brimacombe R. The use of formaldehyde in RNA-protein cross-linking studies with ribosomal subunits from Escherichia coli. Eur. J. Biochem., 1977, 76, 175-187.- 154

149. Ohba Y. , Morimitsu J., Watarai A. Reaction of formaldehyde with calf-thymus nucleohistone. Eur. J. Biochem., 1979, 100, 285-293.

150. Ohno Т., Takahashi M., Okada У. Assembly of tobacco mosaic virus in vitro: elongation of partially reconstituted RNA. Proc. Natl. Acad. Sci USA, 1977, 74, 552-555.

151. Ohno Т., Yamaura R., Kuriyama K., Inoue H., Okada Y. Structure of N-bromosuccinimide modified tobacco mosaic virus protein and its function in the reconstitution process. Virology,1972, 50, 76-83.

152. Okada Y., Ohno T. Assembly mechanisms of tobacco mosaic virus particle from its ribonucleic acid and protein. Mol. Gen. Genetics, 1972, 114, 205-217.

153. Okada Y., Ohno T. Participation of the tyrosine residues at protein 139 of TMV protein in the reconstitution reaction. Virology, 1972, 47, 838-841.

154. Otsuki Y., Takebe I., Ohno Т., Fukuda M., Okada Y. Reconstitution of tobacco mosaic virus rods occurs bidirectionally from an internal initiation region: demonstration by electron microscopic serology. Proc. Natl. Acad. Sci USA, 1977, 74, 1913-1917.

155. Ouchterlony O. Antigen-antibody reaction in gels. IV. Types of reactions in coordinated systems of diffusion. Acta Path. Microbiol. Scand., 1953, 22, 231.

156. Penefsky H. Reversible binding of P.^ by beef heart mitochondrial adenosine triphosphatase. J. Biol. Chem., 1977, 252, 2891-2899.

157. Perham R.N., Wilson T.M.A. The polarity of stripping of coat protein subunits from the RNA in tobacco mosaic virus under alkaline conditions. FEBS Lett. 1976, 62, 11-15.- 155

158. Perham R.N., Wilson T.M.A. The characterization of intermediates formed during the disassembly of tobacco mosaic virus at alkaline pH. Virology, 1978, 84, 293-302.

159. Ramachandram L.K., Gish D.T. Studies of the amino acid sequence of protobacco virus protein. The amino acid sequence of six peptides, obtained from a tryptic digest. J.Am.Chem. Soc., 1959 , 81 , 884 .

160. Richards K.E., Williams R.C. Assembly of tobacco mosaic virus in vitro: effect of state of polymerization of the protein component. Proc. Natl. Acad. Sci USA, 1972, 69, 1121-1124.

161. Richards K.E., Williams R.C. Assembly of tobacco mosaic virus rods in vitro: elongation of partially assembled rods. Biochemistry, 1977, 12, 4574-4581.

162. Sela I. Controlled enzymatic cleavage of tobacco mosaic virus RNA yielding uniform-size fragments. Arch. Biochem. Biophys., 1970, 138, 323-328.

163. Shalaby R.A., Lauffer M.A. Hydrogen ion uptake upon TMV protein polymerization. J. Mol. Biol., 1977, 116, 709-725.

164. Shie M., Dobrov E.N., Tikhonenko T.I. A comparative study of the structure of tobacco mosaic virus and cucumber virus 4 by laser Raman spectroscopy. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1978, 81, 907-914.

165. Shire S.J., Sterckert J.J., Shuster T.M. Mechanism of tobacco mosaic virus assembly; incorporation of 4S and 20S proteinat pH 7.0 and 20°C. Proc. Natl. Acad. Sci USA, 1981, 78, 256-260.

166. Shire S.J., Steckert J.J., Shuster T.M. Mechanism of self-assembly of tobacco mosaic virus protein. II. Characterization of the metastable polymerization nucleus and the initial stages of helix formation. J.Mol.Biol., 1979, 127, 487-506.- 156

167. Shire S.J., Steckert J.J. Kinetics and mechanism of tobacco mosaic virus assembly. Direct measurement of relative rates of incorporation of 4S and 20S protein. Proc. Natl. Acad. Sci USA, 1979, 76, 2745-2749.

168. Shuster T.M., Scheele R.B., Khairallah L.H., Mechanism of self-assembly of tobacco mosaic virus protein. I. Nucleation-cont-rolled kinetics of polymerization. J. Mol. Biol., 1979, 127, 461-485.

169. Shuster T.M., Scheele R.B., Adams M.L., Shire S.J., Steckert J.J., Potschka M. Studies on the mechanism of assembly of tobacco mosaic virus. Biophys. J., 1980, 32, 313-329.

170. Singer В., Fraenkel-Conrat H. Effect bentonite of infectivity and stability of TMV-RNA. Virology, 1961, 14, 59-65.

171. Staehelin M. Reaction of TMV nucleic acid with formaldehyde. Biochim. Biophys. Acta, 1958, 29, 410-416.

172. Stanley W.M. Isolation of a cristalline protein possessing the properties of tobacco mosaic virus. Science, 1935, 81, 644-645.

173. Steckert J.J., Shuster T.M. Sequence specificity of trinucleo-side diphosphate binding to polymerized tobacco mosaic virus protein. Nature (London), 1982, 299, 32-36.

174. Steere R.L. The purification of plant viruses. Adv. Virus Res. 1959, 6, 3-70.

175. Stubbs G., Stauffacher C. Protein-RNA interactions in tobacco mosaic virus. Biophys.J., 1980, 32, 244-246.- 157

176. Stubbs G., Stauffacher C. Structure of RNA in tobacco mosaic virus. J.Mol.Biol., 1981, 152, 387-396.

177. Stubbs G., Warren S., Mandelkow E. Structural comparison of the aggregates of tobacco mosaic virus protein. J.Supramol. Struct., 1979, 12, 177-183.

178. Stubbs G., Warren S., Holmes K.C. Structure of RNA and RNAobinding site in TMV from 4 A map calculated from X-ray fiber diagrams. Nature, 1977, 267, 216-221.

179. Stussi C., Lebeurier G., Hirth L. Partial reconstitution of tobacco mosaic virus. Virology, 1969, 38, 16-25.

180. Takamutsu N., Ohno Т., Meshi Т., Okada Y. Molecular cloning and nucleotide sequence of the 3 0K and the coat protein cist-ron of TMV (tomato strain) genome. Nucl. Acids Res., 1983, 11, 3767-3778.

181. Taliansky M.E., Atabekova T.I., Atabekov J.G. The formation of phenotypically mixed particles upon assembly of some tobacco mosaic virus (TMV) strains. Virology, 1977, 76, 701708.

182. Taliansky M.E., Kaplan I.В., Yarvekulg L.V., Atabekova T.I., Agranovsky A.A., Atabekov J.G. A study of TMV ts-mutant Ni 2519. II. Temperature sensitive behaviour of Ni 2519 RNA upon reassembly. Virology, 1982, 118, 309-316.

183. Tamm U.V. Mechanism of interaction of oligoadenylic acids with TMV protein. Stud. Biophys., 1982, 87, 113-114.

184. Tikhonenko T.I., Dobrov E.N. Peculiarities of the secondary structure of bacteriophage DNA in situ. II. Reaction withformaldehyde. J.Mol.Biol., 1969, 42, 119-139.

185. Tsugita A., Gish D.T., Young J., Fraenkel-Conrat H., Knight C.A., Stanley W.M. The complete amino acid sequence of the protein of tobacco mosaic virus. Proc.Natl.Acad.Sci USA 1980, 46, 1463-1469.- 158

186. Tung J.I., Knight С.A. The coat protein subunits of cucumber viruses 3 and 4 and a comparison of methods for determining their molecular weights. Virology, 1972, 48, 574-581.

187. Tyulkina L.G., Nazarova G.N., Kaftanova A.S., Ledneva R.K., Bogdanov A.A., Atabekov J.G. Reassembly of tobacco mosaic virus (TMV) 20S disks with 3S RNA. Virology, 1975, 63, 15-29.

188. Vandervalle M.J., Siegel A. A study of nucleotide sequence homology between strains of tobacco mosaic virus. Virology, 1976, 73, 413-418.

189. Van Ragenmortel M.H.V. in "Serology and immunochemistry ofиplant viruses, Acad. Press, New York, 1982, 266-270.

190. Vogel D. Neutral salt effects on the polymorphisme of tobacco mosaic virus protein A contribution to the understanding of its mechanism of aggregations and virus reassembly. Biochim. Biophys. Acta, 1982, 706, 65-79.

191. Vogel D., Durham A.C.H., de Marcillac G.D. Metastable aggregates in the polymerisation of tobacco mosaic virus protein. Eur. J. Biochem., 1977, 79, 161-171.

192. Vogel D., de Marcillac G.D., Hirth L., Gregori E., Jaenicke R. Size distribution in the higher stages of poymerisation of the A-protein of tobacco mosaic virus (vulgare). Z.Naturforsch., 1979, 34, 782-792.

193. Vogel D., Jaenicke R. Conformational changes and protein uptake in the reversible aggregation of TMV protein. Eur.J.Biochem., 1974, 41, 607-615.

194. Vogel D., Jaenicke R. Circular dichroism and absorption spectroscopic studies on specific arometic residues involved in the different modes of aggregation of tobacco mosaic virus protein. Eur. J. Biochem., 1976, 61, 423-431.

195. Vonograd J., Hearst J.E. Equilibrium sedimentation of macromo-lecules and viruses in a density gradient. Fortschr.Chem.- 159

196. Org,Naturstoff, 1962, 20, 372-422.

197. Watson J.D. The structure of TMV. Biochim. Biophys. Acta, 1954, 13, 10-19.

198. Wilson T.M.A., Perham R.N., Finch J.Т., Butler P.J.G. Polarity of the RNA in the tobacco mosaic virus particle and the direction of protein stripping in sodium dodecyl sulfate. FEBS Letters, 1976, 64, 285-289.

199. Williams R.C., Steere R.L. Electron microscopic observation on the unit length of the particles of tobacco mosaic virus. J.Am.Chem.Soc., 1951, 73, 2057-2060.

200. Wouters M., Miller A.O.A., Fenwick M.L. Distortion of poly-virus particles by fixation with formaldehyde. J.Gen.Virol., 1973, 18, 211-214.

201. Zimmern D. The nucleotide sequence at the origin for assembly on tobacco mosaic virus RNA. Cell, 1977, 11, 463-482.

202. Zimmern D. An extended secondary structure model for the TMV assembly origin and its correlation with protection studies and an assembly defective mutant. EMBOJ, 1983, 2, 1901-1907.

203. Zimmern D., Butler P.J.G. The isolation of TMV RNA fragments containing the origin for viral assembly. Cell, 1977, 11, 455-462.

204. Zimmern D., Hunter T. Point mutation in the 30K open reading frame of TMV implicated in temperature sensitive assembly and local lesion spreading of mutant Ni2519. EMBO J., 1983, 2, 1893-1900.

205. Zimmern D., Wilson T.M.A. Location of the origin for viral reassembly on tobacco mosaic virus RNA and its relation to stable fragment. FEBS Lett., 1976, 71, 294-298.