Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Исследование полиморфизма генов ариламин N-ацетилтрансфераз и ассоциации полиморфных вариантов с раком легкого у европеоидов г. Новосибирска
ВАК РФ 03.00.04, Биохимия
Автореферат диссертации по теме "Исследование полиморфизма генов ариламин N-ацетилтрансфераз и ассоциации полиморфных вариантов с раком легкого у европеоидов г. Новосибирска"
На правах рукописи
Никишина Марина Владимировна
ИССЛЕДОВАНИЕ ПОЛИМОРФИЗМА ГЕНОВ АРИЛАМИН 1Ч-АЦЕТИЛТРАНСФЕРАЗ И АССОЦИАЦИИ ПОЛИМОРФНЫХ ВАРИАНТОВ С РАКОМ ЛЕГКОГО У ЕВРОПЕОИДОВ г. НОВОСИБИРСКА
03 00 04 - биохимия
АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук
--11
I и 1..С.Г!
Новосибирск — 2007
003059111
Работа выполнена в ГУ Научно-исследовательском институте молекулярной биологии и биофизики СО РАМН (Новосибирск, Россия)
Научный руководитель:
доктор медицинских наук, профессор В А Вавилин Научный консультант:
доктор биологических наук, профессор С X Дегтярев Официальные оппоненты:
доктор медицинских наук, профессор А Р Колпаков кандидат медицинских наук В Н Максимов
Ведущая организация:
ГУ Научно-исследовательский институт цитологии и генетики СО РАН (Новосибирск)
Защита состоится "_" _ 2007 г в _ часов на заседании
диссертационного совета Д 001 034 01 в ГУ Научно-исследовательском институте биохимии СО РАМН (630117, г Новосибирск, ул. академика Тимакова, 2, тел 8-(383)333-54-81)
С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ГУ Научно-исследовательского института биохимии СО РАМН
Автореферат разослан "с/^Р" 2007 г
Ученый секретарь диссертационного совета кандидат биологических наук, старший научный сотрудник
Г С Русских
ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ
Актуальность темы В современных молекулярно-эпидемиологических исследованиях многофакторных заболеваний, к которым относятся и онкологические, широко используется подход, основанный на исследовании ассоциаций полиморфных вариантов генов, продукты которых потенциально вовлечены в развитие и регуляцию тех или иных звеньев патогенеза заболевания, так называемый подход кандидатных генов (Пузырев, Степанов, 1997) С этих позиций перспективным объектом исследования представляются ферменты биотрансформации ксенобиотиков (ФБК), которые ответственны за процессы токсификации и детоксификации чужеродных соединений, в том числе и канцерогенных веществ (Galton, Ferns, 1999) Соотношение процессов токсификации и детоксификации сильно варьирует между индивидуумами вследствие высокой популяционной вариабельности генов ФБК (Weber, 1999) Особое значение дисбаланс детоксификации/токсификации ксенобиотиков имеет для онкологической патологии, составляя важную часть процессов стадии инициации Рак легкого — самое распространенное в мировой популяции злокачественное заболевание Ежегодно в мире диагностируется около 1 млн новых случаев рака легкого (Трахтенберг, Чиссов, 2000) Острота проблемы обусловлена не только высокой распространенностью заболевания, но и поздней диагностикой, неудовлетворительными результатами лечения и, как следствие, высокой летальностью Это делает актуальным изучение всех факторов, причастных к начальному этапу канцерогенеза, в том числе и ФБК К группе ферментов биотрансформации ксенобиотиков относятся ариламин N-ацетилтрансферазы (ЕС 2 3 15), NATI и NAT2, осуществляющие N- и О-ацетилирование ароматических и гетероциклических аминов и гидразинов (Hein et al, 2000) Обширный скрининг субстратов показал, что NATI и NAT2 имеют перекрывающиеся, но четко отличающиеся профили специфических активностей (Kawamura et al, 2005) Давно известный полиморфизм NAT2 фенотипически проявляется наличием в популяции «быстрых» и «медленных» ацетиляторов, при этом у представителей европеоидной расы частота «медленных» ацетиляторов составляет 40-60% (Evans, 1989) Долгое время считалось, что для NATI не свойственен метаболический полиморфизм, но недавно показано, что около 8% европеоидов являются медленными ацетиляторами по специфическим субстратам NATI (Butcher et al, 1998) Причиной метаболического полиморфизма ацетилирования являются некоторые нуклеотидные замены в белок-кодирующем регионе гена NAT2 (Grant et al, 1990) и кодирующем и некодирующем регионе гена NATI (Weber, Vatsis, 1993) Молекулярные механизмы, ведущие к фенотипу «медленного» ацетилятора до сих пор не совсем понятны Снижение активности ацетилирования в несколько сотен и даже тысяч раз происходит за счет снижения экспрессии белка (Leff et al, 1999), образования менее стабильного белка (Grant et al, 1997, Delomenie et
al, 1997) или усиленной деградации белка (Butcher et al, 2004, Zang et al, 2004) Эти различия в механизмах реализации, а также характерная субстратная специфичность аллозимов (Hickman et al, 1995), свидетельствуют о гетерогенности группы медленных ацетиляторов
После того, как была показана роль ацетилирования в метаболической активации и детоксификации канцерогенов, присутствующих в табачном дыме, окружающей среде и потребляемой пище (Нет et al, 1993, 1994 Fretland et al, 2001, 2002), стали широко проводиться исследования ассоциаций между полиморфизмом NAT и онкологическими заболеваниями К настоящему времени показано, что статус ацетилирования вносит изменения в риски возникновения рака мочевого пузыря (Inatomi et al, 1999, Hein, 2006) и толстой кишки (Нет et al, 2000, Tamer et al, 2006) Имеющиеся немногочисленные данные литературы о связи полиморфизма NAT и рака легкого противоречивы (Cascorbi et al, 1996, Bouchardy et al, 1998, Wikman et al, 2001) В этих исследованиях по результатам генотипирования делили аллели на две группы ведущие к фенотипу медленного или быстрого ацетилятора Однако в свете последних данных о разнообразии проявлений полиморфных вариантов генов NAT, изучение их ассоциации с заболеванием имеет самостоятельное значение
Одним из наиболее востребованных методов обнаружения полиморфных вариантов генов является анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (ПДРФ-анализ) В связи с открытием все новых полиморфизмов в генах NAT, иногда в непосредственной близости от ранее известных, важна более точная локализация выявляемых полиморфизмов (Hein et al , 2000) Поэтому оптимизация метода ПДРФ является актуальной задачей
Генетический полиморфизм NAT2 у европеоидов Западной Сибири, как и вообще России, остается малоизученным Генетический полиморфизм NATI у европеоидов России не изучен вообще В связи с этим, имеет большое значение изучение распределения частот встречаемости полиморфных вариантов генов NAT у европеоидов России, а также поиск возможных специфических полиморфизмов в нашей популяции
Целью настоящей работы является исследование полиморфизма генов NATI и NAT2 методом полиморфизма длин рестрикционных фрагментов и анализ ассоциации полиморфных вариантов с раком легкого у европеоидов г Новосибирска
Для достижения цели были поставлены следующие задачи:
1 Изучить возможность использования новых эндонуклеаз рестрикции для более надежного и точного обнаружения известных полиморфизмов генов NATI и NAT2 и поиска новых полиморфизмов
2 Изучить частоту встречаемости полиморфных вариантов генов NATI и NAT2 у европеоидов г Новосибирска
3 Провести анализ ассоциаций аллелей, генотипов и комбинаций генотипов полиморфных вариантов генов NAT с раком легкого
Научная новизна исследования
Впервые предложен способ обнаружения полиморфизма Д1025 гена NATI методом ПДРФ-анализа и предложены способы однозначного определения полиморфизмов А752Т гена NATI и С190Т, G857A гена NAT2 этим методом Предложенные способы ПДРФ-анализа позволяют различать полиморфизмы С190Т и G191A, G857A и Т859С, 859Del гена NAT2
Впервые в России охарактеризована частота встречаемости полиморфных вариантов С97Т, С190Т, 350,351G>C, Т402С, А752Т и Д1025 гена NATI и С190Т, G191A, А434С, С759Т, Т859С, 859Del гена NAT2 Впервые у европеоидов Западной Сибири определены частоты встречаемости полиморфных вариантов С282Т, A803G и G857A гена NAT2
Установлено, что аллель 803G гена NAT2 у мужчин ассоциирован с устойчивостью к раку легкого Генотип 803АА у мужчин, в том числе курящих, ассоциирован с предрасположенностью к раку легкого Комбинация генотипов гена NAT2 282TC/590AG/481CC/803GA/857GG ассоциирована с устойчивостью к раку легкого, а комбинация 282CC/590GG/481TC/803AA/857GG ассоциирована с предрасположенностью к раку легкого
Практическая значимость работы
Предложены новые способы ПДРФ-анализа генов NAT, которые позволяют однозначно определить полиморфизмы А752Т гена NATI и С190Т, G857A гена NAT2, а также различить полиморфизмы С190Т и G191A, G857A и Т859С, 859Del гена NAT2 Эти способы применимы в исследованиях, направленных на изучение функциональных проявлений полиморфизмов генов NAT, кинетических характеристик аллозимов NAT и популяционно-генетических исследованиях
Полученные данные о распределении аллелей и генотипов полиморфных вариантов NAT у жителей г Новосибирска представляют интерес для геногеографических и генетико-эпидемиологических исследований широко распространенных заболеваний человека Результаты настоящей работы могут быть использованы в учебно-методическом процессе на биологических и медицинских факультетах ВУЗов
Основные положения, выносимые на защиту
1 Предложенные способы ПДРФ-анализа позволяют однозначно определять полиморфизмы С190Т и G857A гена NAT2 и А752Т гена NATI, а также различать полиморфизмы С190Т и G191A, G857A и Т859С, 859Del гена NAT2
2 Распределение частот встречаемости полиморфных вариантов генов NATI и NAT2 у европеоидов г Новосибирска соответствует таковому в других популяциях европеоидов
3 В европеоидной популяции г Новосибирска аллель 803G гена NAT2 у мужчин ассоциирован с устойчивостью к раку легкого Генотип 803АА у мужчин, в том числе курящих, ассоциирован с предрасположенностью к раку легкого
4 Комбинация генотипов 282TC/590AG/481CC/803GA/857GG гена NAT2 в исследованной популяции ассоциирована с устойчивостью к раку легкого, а комбинация 282CC/590GG/481TC/803AA/857GG ассоциирована с предрасположенностью к раку легкого
Апробация работы. Материалы исследования были представлены на III съезде биохимического общества (Санкт-Петербург, 2002), 8-ой Международной Пущинской школе-конференции молодых ученых «Биология — наука XXI века» (Пущино, 2004), на Российской научно-практической конференции, посвященной 25-летию НИИ онкологии ТНЦ СО РАМН «Современное состояние и перспективы развития клинической онкологии» (Томск, 2004), на V молодежной научной конференции СО РАМН «Фундаментальные и прикладные проблемы современной медицины» (Новосибирск, 2004)
Публикации. По материалам диссертации опубликовано 10 работ (из них 4 в рецензируемой печати)
Структура работы. Диссертационная работа изложена на 125 страницах машинописного текста с полуторным интервалом, содержит 20 таблиц и 14 рисунков и состоит из шести разделов введения, обзора литературы, материалов и методов, результатов собственных исследований, обсуждения, выводов, а также списка цитируемой литературы, включающего 230 ссылок
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
Работа выполнена с использованием банка образцов периферической крови, собранного при выполнении программы «Здоровье населения Сибири», проект «Оценка генетически полиморфных форм ферментов биотрансформации чужеродных соединений как факторов риска развития рака у жителей г Новосибирска» (руководитель - академик РАМН Ляхович В В ) Группа больных раком легкого состояла из 122 чел (мужчин - 78, женщин - 44), средний возраст составил 60 4 ± 10 4 лет Постановка диагноза по совокупности рентгенологических, клинических и, в части случаев, на основании результатов гистологического исследования, сбор учетной информации и биологического материала проведен врачем-онкологом Наровым Ю Э на базе поликлинического отделения онкологического диспансера г Новосибирска
Контрольная группа людей без признаков онкологических заболеваний состояла из 167 чел (мужчин - 119, женщин — 48), средний возраст составил 56 8 ± 18 9 лет Все обследованные индивиды являлись европеоидами и не состояли в родстве Часть образцов ДНК контрольной группы предоставлена
ГУ НИИ терапии СО РАМН, собранных при проведении эпидемиологического исследования по программе ВОЗ «MONIKA»
К группе курящих в нашем исследовании относили лиц, курящих на момент исследования, и учитывали суточную дозу в пачках В качестве объекта исследования были использованы образцы тотальной геномной ДНК, выделенной из лимфоцитов периферической крови
Методы. Выделение ДНК проводили из образцов цельной периферической крови стандартным методом фенол-хлороформной экстракции (Маниатис, 1984) Фрагменты генов NATI размером 1552 пни NAT2 размером 1000 пн, которые включали единственный транслируемый экзон размером 870 п н , амплифицировали в ходе полимеразной цепной реакции (ПНР) (Hickman, Sim, 1991, Payton, Sim, 1998) Подбор эндонуклеаз рестрикции проводился с использованием программ Dnasis и Vector NTI в первичных последовательностях генов NATI (GenBank, Асс Number Х17059) и NAT2 (GenBank, Асс Number AY331807 1) Полиморфные варианты генов NAT (табл 1) выявляли методом анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов с помощью опубликованных (Hickman, Sim, 1991, Bell et al, 1993, Lin et al, 1994, Cascorbi et al, 1995, Woolhouse et al 1997, Lin et al, 1998, Leff et al, 1999) и оригинальных способов Все использованные в работе эндонуклеазы рестрикции произведены в НПО «СибЭнзим» (Россия) Продукты ферментативного гидролиза разделяли путем горизонтального электрофореза в 2% агарозном геле в трис-ацетатном буфере и визуализировали в проходящем УФ-свете с помощью видеосистемы «DNA Analyzer» (Россия)
Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей генов NATI (GenBank, Асс Number Х17059), NAT2 (GenBank, Асс Number AY331807 1) и NATP (GenBank, Асс Number X17060) проводили при помощи компьютерной программы для сравнения нуклеотидных последовательностей CLUSTAL W Multiple Sequence Alignment Program (http //www ebi ac uk/clustalw/)
Статистическую обработку полученных результатов проводили с использованием пакета прикладных статистических программ SPSS 11 5 и программы EpiInfo 6 Об ассоциации аллелей, генотипов и комбинаций генотипов с раком легкого судили по величине отношения шансов (ОШ) (Флетчер и др , 1998) Достоверность различий в частотах встречаемости изучаемых признаков между группой больных и контрольной группой оценивалась по критерию %2 с коррекцией Иейтса или по двустороннему критерию Фишера, когда в группе сравнения было менее 5 наблюдений
Таблица 1
Общая характеристика изученных полиморфных вариантов генов NAT
Ген Нуклеотидная Аминокислотная Локализация
замена замена в гене
С97Т Arg33Stop ORF
С190Т Arg64Trp ORF
NATI G350,351C Argil 7Thr ORF
Т402С - ORF
А752Т Asp251Val ORF
дЮ25 - 3'-UTR
Т111С - ORF
С190Т Arg64Trp ORF
G191A Arg64Gln ORF
С282Т - ORF
NAT2 А434С Glnl45Pro ORF
С481Т - ORF
G590A Argl97Gln ORF
С759Т - ORF
A803G Lys268Arg ORF
G857A Gly286Glu ORF
Т859С Ser287Pro ORF
859Del Ser287Frameshift ORF
РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
Оптимизация набора эндонуклеаз рестрикции для выявления полиморфных вариантов генов NAT
Полиморфизм А1025 гена NATI обнаружен Lo-Guidice J-M et al (2000) К настоящему времени не было разработано способа его обнаружения методом ПДРФ-анализа Нами предложено использовать эндонуклеазу Sse9I для обнаружения полиморфизма А1025, при наличии которого наблюдается исчезновение сайта узнавания (рис 1) Более предпочтительно обнаружение полиморфизма по появлению нового сайта узнавания при его наличии, но в данном случае анализ сайтов узнавания известных эндонуклеаз рестрикции показал отсутствие такой возможности
а)
«дикий» аллель 5' - ТАТААТТААА
5' -1019ТАТААТ*ААА
аллель А
1025
M 7 8 9 10 11 12
б)
Рис. Î. Обнаружение полиморфизма А гена NATI методом ПДРФ-анализа, (а) Положение сайта узнавания эндонуклеазы рестрикции Sse91 (выделен сайт узнавания ААТТ). Звездочкой обозначено положение полиморфизма, (б) Электрофореграмма гидролиза эндонуклеазой Sse9I. Дорожки 1-12 - «дикая» гомозигота; M — маркер точных длин фрагментов ДНК.
Полиморфизм А752Т гена NATI был открыт Lin H.J. et a!. (1998), для обнаружения которого методом ПДРФ-анализа этими авторами предложено использовать эндонуклеазу рестрикции Bglll. Для BglII в последовательности аллеля «дикого» типа гена NATI имеется единственный сайт узнавания, который затрагивает нуклеотиды 750-755. Нами предложено для обнаружения А752Т использовать эндонуклеазу Bst4Cl, что дает возможность определенно локализовать полиморфизм по появлению нового сайта узнавания в аллеле 752Т (рис. 2). Дополнительным преимуществом использования эндонуклеазы рестрикции Bst4Cl является наличие в последовательности гена NATI двух константных сайтов узнавания, что позволяет контролировать полноту протекания гидролиза.
"дикий" аллель 5' ATACAG АТСТАА BglII (AGATCT) аллель 752Т 5' -?4Й ATACAGTТСТА A Bst4CI (ACNGT)
Рис. 2. Обнаружение полиморфизма А752Т (Asp251Val) гена NATI методом ПДРФ-анализа. Выделены сайты узнавания эндонуклеаз рестрикции Bglli и Bst4Cl. Звездочкой обозначено положение 752.
В исследованной нами выборке обнаружен один гетерозиготный носитель полиморфизма А752Т. При этом результаты ПДРФ-анализа для эндонуклеазы рестрикции В§1П совпадают с таковыми для Вз14С1 (рис. 3).
Рис. 3. Электрофореграмма гидролиза эндонуклеазами рестрикции Вй1П (а) и Вз14С1 (б). Дорожка 5 - генотип 752АТ: М - маркер точных длин фрагментов ДНК.
Для обнаружения полиморфизма GI91A (Arg64Gln) гена NAT2 методом ПДРФ-анализа было предложено использовать эндонуклеазу Mspl (Bell et al., 1993), Для Mspl в интересующем районе сайт узнавания имеется в аллеле «дикого» типа и затрагивает нуклеотиды 189-192 (рис. 4).
5' -18ÍGAAACCGGGGTG Mspl (CCGG) 5' -1S5GAAACTGGGGTG Bsell (ACTGG) 5' -185GAAACCAGGCiTG вжш(CCWGG)
Рис. 4. Обнаружение полиморфизмов C190T и Gl91А гена NAT2 методом ПДРФ-анализа. Выделены сайты узнавания эндонуклеаз рестрикции Mspl, Bsell и Bst2Ul. Звездочками обозначены положения полиморфизмов.
После того, как был открыт полиморфизм CI90T (Arg64Trp) гена NAT2 (Shishikura et al., 2000) стало понятно, что при выявлении полиморфизма G191A эндонуклеазой Mspl часть образцов может содержать полиморфизм С190Т. До настоящего времени не был разработан способ различать эти два полиморфизма методом ПДРФ-анализа. Нами предложено проводить гидролиз исходных амтишфицированных образцов с выявленным Mspl-полиморфизмом последовательно эндонуклеазами Bsell и Bst2UI. Для эндонуклеазы Bsell появляется новый сайт узнавания в аллеле 190Т, что свидетельствует о наличии полиморфизма С190Т и об отсутствии полиморфизма G191A. Если электрофоретическая картина гидролиза эндонуклеазой Bsel 1 свидетельствует об отсутствии С190Т, следующий этап
"дикий11 аллель аллель 19 ОТ аллель 191А
заключается в гидролизе исходных ам плифициро ванных образцов эндонуклеазой В5121Л, для которой появляется новый сайт узнавания в аллеле 191А (рис. 4).
12 34 5 М 678 9 10
S14
2x93
Рис. 5. Электрофореграмма гидролиза эндонуклеазой рестрикции Mspl. Дорожки 1-10 - «дикая» гомозигота; М — маркер точных длин фрагментов ДНК.
В исследованной нами выборке не обнаружено индивидуумов с Mspl-по диморфизм ом, что свидетельствует об отсутствии полиморфных вариантов С190Т и G191A (рис. 5), однако при исследовании популяций с высокой частотой встречаемости Mspl-полиморфизма, например афро-американской, предложенный нами комплексный подход может иметь большое прикладное значение,
В гене NAT2 одним из первых был открыт полиморфизм G857A (Gly286G!u) (Ohsako, Deguchi, 1990), для обнаружения которого методом ПДРФ-анализа было предложено использовать эндонуклеазу BamHl (Hickman, Sim, 1991). Для BamHI в последовательности аллеля «дикого» типа гена NAT2 имеется единственный сайт узнавания, который затрагивает нуклеотиды 856-861 (рис. 6). Недавно были открыты полиморфизмы Т859С (Ser2ÍS7Pro) и 859Del, который приводит к сдвигу рамки считывания (Aniíha, Banerjee; 2003). Соответственно, выявленный по предложенному методу (Hickman, Sim, 1991) аллель 857А на самом деле может оказаться 859С или 859Del. Способ, позволяющий различать эти полиморфизмы с помощью ПДРФ-анализа, до настоящего времени не был разработан. Нами предложено проводить гидролиз исходных амплифицированных образцов с выявленным Bam HI-полиморфизмом последовательно эндонукеазами Hinfl и AspS9I. Для эшюнуклеазы Hinfl появляется новый сайт узнавания в аллеле 857А, что свидетельствует о наличии полиморфизма G857A и об отсутствии полиморфизмов Т859С. и 859De). Дополнительным преимуществом использования эндонуклеазы Hinfl, по сравнению с BamHI, является наличие константных сайтов в последовательности гена, что позволяет
1 I
контролировать полноту протекания ферментативного гидролиза. Если электрофоретическая картина гидролиза эндонуклеазой НтП свидетельствует об отсутствии С857А, следующий этап будет заключаться в гидролизе эндонуклеазой А£р891, для которой появляется новый сайт узнавания при наличии полиморфизмов Т859С или 8590е1, при этом различить эти два полиморфизма не представляется возможным.
"дикий" аллель 5' _853(
аллель 85 7А 5' 853(
аллель 859С' 5'
аллель 859Del 5' 853!
GATGGATCCCTT GATGAATCCCTT GATGGACCCCTT GATGGACCCTT
Bam HI (GGATCC) Hinfl (GANTC) AgpS9I (GGNCC) ÄspSM (GGNCC)
Рис. 6. Обнаружение полиморфизмов С857А, Т859С и 8590е1 гена ИАТ2 методом ПДРФ-аиализа. Выделены сайты узнавания эндонуклеаз рестрикции ВатН1, НтЛ и Аяр391. Звездочками обозначены положения полиморфизмов.
При проведения рестрикционного анализа в нашей выборке образцы с выявленным ВатН1-полиморфизмом подвергались гидролизу НтП. Для всех образцов с ВатЬП-полиморфизмом при гидролизе НтЛ наблюдалось появление нового сайта узнавания, что свидетельствует о наличии полиморфизма 0857А во всех образцах и отсутствии полиморфизмов Т859С и 859П)е1 в исследованной нами выборке. Типичные электрофореграммы гидролиза представлены на рисунке 7.
а) б)
12345 М М1234567В9
Рис. 7. Электрофореграмма гидролиза эндонуклеазами рестрикции ВатН! (а) и НтП (б). М - маркер точных длин фрагментов ДНК. (а) 2, 3, 4,5 - «дикий» генотип; 1 - генотип 857АО. (б) 4, 7, 8, 9 - «дикий» генотип; 1, 2, 3,5,6- генотип 857АС.
Обобщенная характеристика длин фрагментов, образующихся в ходе ферментативного гидролиза по оригинальным методикам ПДФ-анализа, представлена в таблице 2
Таблица 2
Оригинальные методики обнаружения полиморфных вариантов генов ИАТ ПДРФ-анализом
Ген Замена Эндо-нуклеаза Длина образующихся фрагментов
«Дикий» аллель Полиморфный аллель
NATI А752Т Bst4CI 879, 194, 479 879, 194, 53, 426
Д1025 Sse9I 226, 27,51,99, 26, 358,110, 73, 139, 289,103, 46, 5 226, 27,51,99, 26, 358, 110, 73, 139, 392, 46,5
NAT2 С190Т Bsell 227, 62, 18,693 188, 39, 62, 18, 693
G191A Bst2UI 204,273,367, 156 186,18, 273,367, 156
G857A Hinfl 467, 137, 396 467, 137, 249,147
Поиск новых полиморфизмов в гене NAT2
Несмотря на то, что генетический полиморфизм NAT2 давно известен (Grant et al, 1990), до настоящего времени продолжается активный поиск новых полиморфных вариантов этого гена В результате проведенных работ к 1995 г было открыто 9 полиморфизмов в гене NAT2 (Vatsis et al, 1995), к 2000 г - 13 полиморфизмов (Hein et al , 2000), а в 2003 г было обнаружено еще 4 полиморфизма (http //louisville edu/medschool/pharmacology/NAT html-) Такая динамика открытия новых полиморфных вариантов гена NAT2 наталкивает на мысль о существовании еще неописанных полиморфизмов Поскольку ПДРФ-анализ позволяет не только выявлять известные полиморфизмы, но также дает возможность поиска новых, нами был проведен такой поиск Для формирования набора эндонуклеаз рестрикции предварительно были определены положения сайтов узнавания для различных эндонуклеаз в первичной последовательности гена NAT2 (GenBank, Асс Number XI4672) с использованием программы Dnasis Из этого списка была отобрана группа эндонуклеаз рестрикции, для которых уже имеются сайты узнавания и возможно появление новых сайтов в нуклеотидной последовательности гена NAT2 AccBlI, AluI, AspS9I, Bmel8I, BstACI, Bst4CI, BstDSI, Erhl, Fsp4HI, Hinfl, Rsal, SfaNI, SmiMI Для отобранной группы эндонуклеаз рестрикции был проведен анализ появления новых сайтов узнавания при наличии возможных полиморфизмов в участках последовательности, частично совпадающих с сайтами узнавания этих эндонуклеаз
В результате, при частичном перекрывании имеющихся и появляющихся при возможных полиморфизмах сайтов узнавания, данным набором
эндонуклеаз тестировали в сумме 254 нуклеотида (29 7% транслируемой последовательности гена) Среди этих нуклеотидов выявление замены на любой из трех других нуклеотидов (например, замена Т на А, О или С) было возможно в 50 положениях нуклеотидной последовательности гена (6 2%), на два из трех - в 37 положениях (4 3%), только на определенный нуклеотид - в 167 положениях (19 2%) В качестве иллюстрации выявления любой замены приведем тимин в положении 709 В этой области первичная последовательность частично совпадает с сайтами узнавания для нескольких эндонуклеаз (табл 3) Во втором варианте выявление замены в двух из трех возможных нуклеотидов достигалось в 37 положениях Например, на участке последовательности 5'-87ОСАССАОА в положении 90 у «дикого» типа находится цитозин, в случае мутации С90Т появляется новый сайт узнавания для эндонуклеазы 8Га№ (5'-87ССАТС), при мутации С90С - для эндонуклеазы рБр4Н1 (5'-87ОСАСС), выявление мутации С90А используемым набором эндонуклеаз невозможно
Таблица 3
Возникновение новых сайтов узнавания в результате возможных замен в
положении 709
Варианты полиморфизма Участок последовательности Распознающая эндонуклеаза
«Дикий» тип Полиморфизм Т709А Полиморфизм Т709С Полиморфизм Т709С 5'-705GGGCTTCAT 5'-705GGGCATCAT 5 '-705GGGCCTC AT 5'-705GGGCGTCAT SfaNI (GCATC) AspS9I (GGNCC) BstACI (GRCGYR)
Примечание подчеркнуты сайты узнавания эндонуклеаз
В исследованной выборке европеоидов мы не обнаружили новых полиморфизмов в гене NAT2 Объем исследованной выборки (79 человек, 158 аллелей) позволяет заключить, что при возможном обнаружении этих полиморфизмов в большей выборке европеоидов, они с высокой вероятностью будут относиться к категории редких мутаций
Распределение частот встречаемости полиморфных вариантов генов NAT в контрольной выборке европеоидов г. Новосибирска
Нами проведено генотипирование по шести описанным в литературе полиморфным вариантам гена NATI (Deitz et al, 1997, Lin et al, 1998, Lo-Guidice, 2000) y 74 индивидуумов контрольной группы (табл 4)
Таблица 4
Частоты встречаемости полиморфных аллелей гена у европеоидов г Новосибирска в сравнении с литературными данными
Аллель Результаты исследования Данные литературы*,
Абс Частота частота
97T 0 0 0-0 015
190T 0 0 0 001-0 005
350,351C 0 0 0
402C 0 0 0-0 002
752T 1 0 007 0 004-0 006
ДЮ25 0 0 0 002
Примечание * - Lin et al, 1998, Lo-Guidice et al, 2000, Cascorbi et al, 2001, Fronhoffs et al, 2001, Soucek et al, 2004
Генотипирование NAT2 проведено по двенадцати описанным в литературе полиморфным вариантам (Hein et al, 2000, Anitha, Banerjee, 2003) y 167 индивидуумов контрольной группы (табл 5)
Таблица 5
Частоты встречаемости полиморфных вариантов гена NAT2 у европеоидов г Новосибирска в сравнении с литературными данными
Аллель Результаты исследования Данные литературы*, частота
Абс Частота
111С 0 0 -
190Т 0 0 0
191А 0 0 0
282Т 108 0 323 0 279-0 347
481Т 137 0410 0 388-0 442
434С 0 0 0 004
590А 110 0 329 0 268-0 317
759Т 0 0 0 009
803G 137 0 410 0 395-0 428
857А 9 0 027 0 020-0 034
859С 0 0 0 003
859Del 0 0 0 003
Примечание * - Lm et al, 1994, Brockmoller et al, 1996, Woolhouse et al, 1997, Gross et al, 1999, Anitha, Banerjee, 2003, Gaikovitch et al, 2003
Полученные нами результаты свидетельствуют о схожей картине распределения частот встречаемости полиморфных вариантов генов NAT в Западно-Сибирской популяции европеоидов с другими европеоидными популяциями
Исследование ассоциаций полиморфных вариантов гена NAT2 с раком легкого у европеоидов г. Новосибирска
Исследование ассоциаций проведено для полиморфных вариантов С282Т, С481Т, G590A, A803G и G857A гена NAT2 с раком легкого По всем исследованным полиморфным вариантам гена NAT2 наблюдается соответствие распределения частот генотипов равновесию Харди-Вайнберга Анализ распределения частот встречаемости аллелей и генотипов полиморфных вариантов С282Т, С481Т, G590A, A803G и G857A гена NAT2 показал отсутствие статистически значимых различий между общей группой больных раком легкого и контрольной группой (табл 6)
Таблица 6
Распределение генотипов полиморфных вариантов гена N,472 у больных раком легкого и в контрольной группе
Генотипы Рак легкого Контроль Р
Абс Частота Абс Частота
С282Т
сс 53 0 434 78 0 467 0 667
ст 55 0 451 70 0 419 0 667
тт 14 0 115 19 0 114 0 872
C481T
СС 39 0 320 59 0 353 0 638
ст 68 0 557 79 0 473 0 195
тт 15 0 123 29 0 174 0 308
G590A
GG 59 0 484 72 0 431 0 444
GA 51 0418 80 0 479 0 363
АА 12 0 098 15 0 090 0 967
A803G
АА 53 0 434 55 0 329 0 089
AG 53 0 434 87 0 521 0 182
GG 16 0 131 25 0 150 0 783
G857A
GG 116 0 951 158 0 946 0 928
GA 6 0 049 9 0 054 0 928
Опыт молекулярно-эпидемиологичёоких исследований показывает, что сила ассоциации признака с заболеванием в объединенных группах может быть слабой и не достигать уровня достоверности вследствие разнонаправленных эффектов многих неучтенных факторов (Garte, 2001). Поэтому был выполнен анализ распределения частот аллелей и генотипов гена NAT2 с учетом фактора курения и пола.
В результате проведенного анализа с учетом пола выявлены достоверные различия в частоте встречаемости аллеля 803G у мужчин больных раком легкого (30.8%) по сравнению с мужчинами контрольной группы (42.4%) (%2 = 4.97, р = 0.026), Значение Olli = 0.60 свидетельствует об ассоциации аллеля 803G с устойчивостью к возникновению рака легкого у мужчин. При анализе распределения генотипов по этому полиморфизму выявлено, что «дикий» генотип 803АА достоверно чаще встречался у больных раком легкого мужчин (47.4%) по сравнению с мужчинами контрольной группы (31.9) (jjf = 4.17, р = 0.04 [). Значение ОШ = 1.92 свидетельствует об ассоциации данного генотипа с предрасположенностью к раку легкого у мужчин. По полиморфным вариантам С282Т, С481Т, G590A и G857A гена NAT2 статистически значимых различий между группой больных раком легкого и контрольной группой при учете фактора курения не обнаружено.
Рис. 8. Распределение частот генотипов полиморфного варианта А803С гена КАТ2 и аллеля 803С у мужчин в группе больных раком легкого и в контрольной группе.
Далее был проведен анализ ассоциаций полиморфных вариантов гена 1УАТ2 с учетом и пола, и фактора курения. В подгруппе больных раком легкого не оказалось курящих женщин, поэтому анализ выполнен для грех подгрупп (некурящих женщин, курящих мужчин и некурящих мужчин). Анализ распределения частот встречаемости аллелей И генотипов
полиморфных вариантов С282Т, С481Т, 0590А и 0857А гена ШТ2 показал отсутствие статистически значимых различий между группой больных раком легкого и контрольной группой при учете и пола, и фактора курения.
При анализе распределения генотипов полиморфного варианта А803в выявлено, что «дикий» генотипа 803АА (рис. 9) чаще встречался в подгруппе курящих больных раком легкого мужчин (52.5%) по сравнению с курящими мужчинами контрольной группы (34.1%) = 4.09, р = 0.043). При этом значение ОШ = 2.13 свидетельствует об ассоциации данного генотипа с предрасположенностью к раку легкого у курящих мужчин.
% 60 1 □ рак легкого ■ контроль р=0,043
50 -40 30 -20 10 ■ г 39, 13.4 _ _8Д . 9,3 ■■¡а Ц 1
алпель АО АА генотип
Рис. 9. Распределение частот генотипов полиморфного варианта А803й гена 1^АТ2 и аллеля 8030 у курящих мужчин в группе больных раком легкого и в контрольной группе.
Проведенный сравнительный анализ распределения частот встречаемости аллелей и генотипов полиморфных вариантов С282Т, С481Т, 0590А, А8030 и С857А гена ЫАТ2 у больных раком легкого разных гистологических типов не выявил статистически значимых различий.
Исследование ассоциаций комбинаций генотипов гена 1ЯАТ2 с раком легкого у жителей г. Новосибирска
Анализ распределения частот комбинаций генотипов полиморфных вариантов гена N А Т2 (рис. 10) выявил достоверные различия в частоте встречаемости комбинации 282СС7590СС/481 ТС/803 А А/557СС в группе больных раком легкого (6.6%) по сравнению с контрольной группой (0.6%) {Хг = 6.44, р = 0.005) и комбинации 282ТС/590АС/481СС/803СА/857СС в группе больных раком легкого (0%) по сравнению с контрольной группой (3.6%) (х2 = 2.88, р = 0.041). При этом комбинация генотипов 282СС/59000/481 ТС/803 А А/857Св ассоциирована с предрасположенностью К раку легкого (ОШ = 11.65), а комбинация
282TC/590AG/481CC/803GA/857GG (ОШ = 0.22 при допущении единичного случая в подгруппе больных раком легкого) ассоциирована с устойчивостью к заболеванию. Эти комбинации генотипов характеризуются наличием аллсля, содержащим C4S1T без A803G или во втором случае, наоборот, A803G без С481Т. Известно, что в популяции европеоидов наиболее часто встречаются аллели, в которых сочетаются полиморфизмы С282Т И G590A; С481Т и A803G (Barrett et а% 2003; Gaikovitch et al, 2003). Поэтому полученный факт свидетельствует о большом эпидемиологическом значении этих комбинаций.
123456789
Рис 10, Распределение частот комбинаций генотипов гена NAT2 у больных раком легкого и е контрольной группе. ¡ - 282CC/590GG/481CC/803AA/857GG;
2 - 282СС/590GG/481TC/S03AA/857GG;
3 - 282CC/590GG/48ITC/803GA/857GG;
4 - 282CC/590GG/481TT/803GG/857GG;
5 - 282TC/590AG/481CC/S03AA/857GG;
6 - 282TC/590AG/481CC/S03GA/857GG;
7 - 282TC/590AG/481TC/803GA/857GG;
8 -282TT/S90AA/4S1CC/803AA/S57GG;
9 — редкие комбинации.
Собственные результаты и данные литературы (Cascorbi et al. 1996; Wikman et al. 2001; Borlak, Rcamon-Buettner, 2006) свидетельствуют о том, что на определенных территориях, под воздействием присущего им спектра (про-)канцерогенных веществ, на предрасположенность к раку легкого будут влиять определенные комбинации генотипов. У европеоидов г. Новосибирска комбинации генотипов 282CC/590GG/481 ТС/803 AA/857GG,
282TC/590AG/481CC/803GA/857GG, а также индивидуальный полиморфизм (A803G) могут оказать влияние на предрасположенность к раку легкого. Полученные результаты свидетельствуют о целесообразности дальнейшего
изучения роли полиморфизма генов ФБК в этиологии и патогенезе заболевания
ВЫВОДЫ
1. Использование эндонуклеаз рестрикции Bsell и Hinfl позволяет однозначно определить полиморфизмы С190Т и G857A гена NAT2, соответственно, a Bst4CI — полиморфизм А752Т гена NATI Сочетанное использование эндонуклеаз рестрикции MspI, Bsell и Bst2UI позволяет различить полиморфизмы С190Т и G191A, а эндонуклеаз ВатНЗ, Hinfl и AspS9I - полиморфизмов G857A и Т859С, 859Del гена NAT2
2 В результате поиска методом ПДРФ-анализа с использованием эндонуклеаз рестрикции AccBlI, Alul, AspS9I, Bmel8I, BstACl, Bst4CI, BstDSI, Erhl, Fsp4HI, Hinfl, Rsal, SfaNI и SmiMI новых мутаций в транслируемой последовательности гена NAT2 не обнаружено
3 Частоты встречаемости шести полиморфных вариантов гена NATI (С97Т, С190Т, G350,351C, Т402С, А752Т и А1025) и двенадцати полиморфных вариантов гена NAT2 (Т111С, С190Т, G191A, С282Т, С481Т, А434С, G590A, С759Т, A803G, G857A, Т859С, 859Del) в исследованной выборке европеоидов г Новосибирска достоверно не отличаются от таковых в других популяциях европеоидов
4 В европеоидной популяции г Новосибирска отсутствует ассоциация полиморфных вариантов С282Т, С481Т, G590A и G857A гена NAT2 с раком легкого
5 В европеоидной популяции г Новосибирска аллель 803G гена NAT2 у мужчин (ОШ = 0 60, р = 0 026) ассоциирован с устойчивостью к раку легкого Генотип 803АА у мужчин (ОШ = 1 92, р = 0 041), в том числе курящих (ОШ = 2 13, р = 0 043) ассоциирован с предрасположенностью к раку легкого
6 Комбинация генотипов 282TC/590AG/481CC/803GA/857GG гена NAT2 в исследованной популяции ассоциирована с устойчивостью к раку легкого (ОШ = 0 22, р = 0 041), а комбинация 282CC/590GG/481TC/803AA/857GG ассоциирована с предрасположенностью к раку легкого (ОШ = 11 65, р = 0 005)
Практические рекомендации
При проведении молекулярно-эпидемиологических исследований использование эндонуклеаз рестрикции Bsell и Hmfl позволит однозначно определить полиморфизмы С190Т и G857A гена NAT2, a Bst4CI -полиморфизм А752Т гена NATI Сочетанное использование эндонуклеаз рестрикции MspI, Bsell и Bst2UI позволит различить полиморфизмы С190Т и G191A, а эндонуклеаз ВашШ, Hinfl и AspS9I — полиморфизмов G857A и Т859С, 859Del renaNAT2
Основные результаты диссертации опубликованы в следующих работах:
1 Никишина М.В., Макарова С И , Акишев А Г , Вавилин В А , Дегтярев С X , Ляхович В В Анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов гена ариламин N-ацетилтрансферазы 2 у больных раком легкого // Тезисы научных докладов III съезда биохимического общества, 26 июня-1 июля 2002, С 305-306
2 Никишина М.В., Акишев А Г, Вавилин В А , Макарова С И , Дегтярев С X , Ляхович В В Анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов гена NATI у европеоидов Западной Сибири // Бюлл Эксп Биол Мед — 2003 -Т 136 -№11 -С 544-546
3 Никишина М.В. Полиморфизм гена NAT2 у здоровых и больных раком легкого жителей г Новосибирска // Материалы Российской научно-практической конференции, посвященной 25-летию НИИ онкологии ТНЦ СО РАМН «Современное состояние и перспективы развития клинической онкологии», Томск, 24-25 июня 2004, С 152-153
4 Никишина М.В. Полиморфизм генов N-ацетилтрансфераз (NATI и NAT2) у жителей г Новосибирска // Материалы V молодежной научной конференции СО РАМН «Фундаментальные и прикладные проблемы современной медицины», Новосибирск, 2004, С 138-139
5 Никишина М.В., Макарова С И Полиморфизм гена NAT2 у европеоидов Западной Сибири // Сборник тезисов 8-ой Международной Пущинской школы-конференции молодых ученых «Биология - наука XXI века», Пущино, 17-21 мая 2004, С 22
6 Никишина М.В., Акишев А Г Рестрикционный анализ гена NATI у европеоидов Западной Сибири // Сборник тезисов 8-ой Международной Пущинской школы-конференции молодых ученых «Биология — наука XXI века», Пущино, 17-21 мая 2004, С 22-23
7 Никишина М.В. Полиморфизм гена N-ацетилтрансферазы (NAT2) у европеоидов Западной Сибири Выявление ассоциации с раком легкого // Материалы конкурса работ молодых ученых «Теоретические и прикладные проблемы медицинской генетики», СО РАМН, Новосибирск, 2004, С 47-57
8 Никишина М.В., Акишев А Г , Макарова С И , Вавилин В А , Дегтярев С X , Ляхович В В Применение эндонуклеаз рестрикции Bst2UI и Асс651 для обнаружения Крп1-полиморфизма гена №472//Биомед Хим -2004 -Т 50 -№3 -С 269-272
9 Никишина М В., Макарова С И , Акишев А Г , Вавилин В А , Дегтярев С X, Ляхович В В Рестрикционный анализ гена N-ацетилтрансферазы (№4Т2) у европеоидов Западной Сибири //Генетика -2004 -Т 40 - №11 -С 1557-1561
10 Никишина М.В., Вавилин В А , Макарова С И , Ляхович В В Анализ ассоциаций полиморфизмов гена NAT2 с риском возникновения рака легкого //Бюлл Эксп Биол Мед -2007 -Т 143 -№ 1 -С 89-92
Список используемых сокращений:
Del, Д - делеция
Frameshift - сдвиг рамки считывания NAT - ариламин N-ацетилтрансфераза ORF - открытая рамка считывания З'-UTR - З'-нетранслируемый регион ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота ОШ — отношение шансов пи- пар нуклеотидов
ПДРФ - полиморфизм длин рестрикционных фрагментов
ПЦР - полимеразная цепная реакция
ФБК - ферменты биотрансформации ксенобиотиков
Автор выражает благодарность коллективу НИИ терапии СО РАМН за предоставленную часть образцов контрольной выборки, к б н Макаровой С И за помощь в проведении ферментативного гидролиза при поиске новых полиморфизмов в гене NAT2, а также с не Акишеву А Г за помощь в освоении методов и научные консультации на всех этапах работы
Подписано к печати 27 апреля 2007 г Тираж 100 экз Заказ № 544 Отпечатано "Документ-Сервис", 630090, Новосибирск, Институтская 4/1, тел 335-66-00
Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Никишина, Марина Владимировна
Список сокращений.
Введение.
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.
1.1 Структурные характеристики белков NAT.
1.2 Структурные особенности генов NAT.
1.3 Реакция ацетилирования и субстратная специфичность ариламин N-ацетилтрансфераз.
1.4 Аллели NA Т2 человека.
1.5 Аллели NATI человека.
1.6 Тканевая и органная локализация NAT.
1.7 Роль негенетических факторов в регуляции активности NAT.
1.7.1 Влияние препаратов на активность NATI и NAT2.
1.7.2 Изменение активности NAT при некоторых заболеваниях.
1.8 Ассоциация полиморфизма NAT и полифакторных заболеваний.
1.8.1 Полиморфизм NAT и рак легкого.
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
2.1 Объект исследования.
2.2 Материалы.
2.3 Методы.
2.3.1 Подбор эндонуклеаз рестрикции.
2.3.2 Сравнение нуклеотидных последовательностей генов NAT.
2.3.3 Выделение ДНК из цельной крови.
2.3.4 Анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов.
2.3.5 Полимеразная цепная реакция.
2.3.6 Ферментативный гидролиз.
2.3.7 Анализ продуктов ферментативного гидролиза.
2.3.8 Статистическая обработка полученных данных.
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ.
3.1 Оптимизация набора эндонуклеаз рестрикции для выявления полиморфных вариантов генов NAТ.
3.1.1 Выявление полиморфизма С190Т гена 77.
3.1.2 Выявление полиморфизма А1025 гена NATI.
3.1.3 Выявление полиморфизма А752Т гена NATI.
3.1.4 Выявление полиморфизмов С190Т и G191А гена NAT2.
3.1.5 Выявление полиморфизмов G857A, Т859С и 859Del гена NAT2.
3.1.6 Выявление полиморфизма С481Т гена NAT2.
3.2 Поиск новых полиморфизмов в гене NAT2.
3.3 Полиморфизм генов NAТ в контрольной выборке европеоидов г. Новосибирска.
3.3.1 Распределение частот встречаемости полиморфных вариантов гена NATI в контрольной выборке европеоидов г. Новосибирска.
3.3.2 Распределение частот встречаемости полиморфных вариантов гена NAT в контрольной выборке европеоидов г. Новосибирска.
3.4 Анализ ассоциаций полиморфных вариантов гена NAT2 и их комбинаций с раком легкого у европеоидов г. Новосибирска.
3.4.1 Анализ ассоциаций полиморфных вариантов гена NAT с раком легкого у европеоидов г. Новосибирска.
3.4.2 Анализ ассоциаций комбинаций генотипов гена NAT2 с раком легкого у европеоидов г. Новосибирска.
Введение Диссертация по биологии, на тему "Исследование полиморфизма генов ариламин N-ацетилтрансфераз и ассоциации полиморфных вариантов с раком легкого у европеоидов г. Новосибирска"
В современных молекулярно-эпидемиологических исследованиях многофакторных заболеваний, к которым относятся и онкологические, широко используется подход, основанный на исследовании ассоциаций полиморфных вариантов генов, продукты которых потенциально вовлечены в развитие и регуляцию тех или иных звеньев патогенеза заболевания, так называемый подход кандидатных генов (Пузырев, Степанов, 1997). С этих позиций перспективным объектом исследования представляются ферменты биотрансформации ксенобиотиков (ФБК), которые ответственны за процессы токсификации и детоксификации чужеродных соединений, в том числе и канцерогенных веществ (Galton, Ferns, 1999). Соотношение процессов токсификации и детоксификации сильно варьирует между индивидуумами вследствие высокой популяционной вариабельности генов ФБК (Weber, 1999). Особое значение дисбаланс детоксификации/токсификации ксенобиотиков имеет для онкологической патологии, составляя важную часть процессов стадии инициации. Рак легкого -самое распространенное в мировой популяции злокачественное заболевание. По данным МАИР в мире ежегодно диагностируется около 1 млн новых случаев рака легкого, что составляет более 12% от числа всех выявляемых злокачественных новообразований (Трахтенберг, Чиссов, 2000). Острота проблемы обусловлена не только высокой распространенностью заболевания, но и поздней диагностикой, неудовлетворительными результатами лечения и, как следствие, высокой летальностью. Это делает актуальным изучение всех факторов, причастных к начальному этапу канцерогенеза, в том числе и ФБК.
К группе ферментов биотрансформации ксенобиотиков относятся ариламин N-ацетилтрансферазы (Е.С. 2.3.1.5.): NATI и NAT2, осуществляющие N- и 0-ацетилирование ароматических и гетероциклических аминов и гидразинов (Hein et al., 2000). Обширный скрининг субстратов показал, что NATI и NAT2 имеют перекрывающиеся, но четко отличающиеся профили специфических активностей (Kawamura et al., 2005). Давно известный полиморфизм NAT2 фенотипически проявляется наличием в популяции «быстрых» и «медленных» ацетиляторов, при этом у представителей европеоидной расы частота «медленных» ацетиляторов составляет 40-60% (Evans, 1989). Долгое время считалось, что для NATI не свойственен метаболический полиморфизм, но лишь недавно показано, что около 8% европеоидов являются медленными ацетиляторами по специфическим субстратам NATI (Butcher et al., 1998). Причиной метаболического полиморфизма ацетилирования являются некоторые нуклеотидные замены в белок-кодирующем регионе гена NAT2 (Grant et al., 1990) и кодирующем и некодирующем регионе гена NATI (Weber, Vatsis, 1993). Молекулярные механизмы, ведущие к фенотипу «медленного» ацетилятора до сих пор не совсем понятны. Снижение активности ацетилирования в несколько сотен и даже тысяч раз происходит за счет снижения экспрессии белка (Leff et al., 1999), образования менее стабильного белка (Grant et al., 1997; Delomenie et al., 1997) или усиленной деградации белка (Butcher et al., 2004; Zang et al., 2004). Эти различия в механизмах реализации, а также характерная субстратная специфичность аллозимов (Hickman et al., 1995), свидетельствуют о гетерогенности группы медленных ацетиляторов.
После того, как была показана роль ацетилирования в метаболической активации и детоксификации канцерогенов, присутствующих в табачном дыме, окружающей среде и потребляемой пище (Hein et al., 1993; 1994: Fretland et al., 2001; 2002), стали широко проводиться исследования ассоциаций между полиморфизмом NAT и онкологическими заболеваниями. К настоящему времени показано, что статус ацетилирования вносит изменения в риски возникновения рака мочевого пузыря (Inatomi et al., 1999; Hein, 2006) и толстой кишки (Hein et al., 2000; Tamer et al., 2006). Имеющиеся немногочисленные данные литературы о связи полиморфизма NAT и рака легкого противоречивы (Cascorbi et al., 1996; Bouchardy et al., 1998; Wikman et al., 2001). В этих исследованиях по результатам генотипирования делили аллели на две группы: ведущие к фенотипу медленного или быстрого ацетилятора. Однако в свете последних данных о разнообразии проявлений полиморфизмов, изучение их ассоциации с заболеванием имеет самостоятельное значение. В нашем институте показано, что в группе больных раком легкого частота встречаемости фенотипа медленного ацетилятора выше, чем в контроле (Ляхович и др., 1997). Эти результаты подтолкнули нас к дальнейшему исследованию ассоциаций с раком легкого, используя в качестве маркера полиморфные варианты NAT.
Для обнаружения полиморфных вариантов в нуклеотидной последовательности часто используется метод анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (ПДРФ-анализ). Этот метод является широко распространенным, доступным, достаточно быстрым, информативным и легко интерпретируемым методом, позволяющим обнаружить мутационную изменчивость в сайтах узнавания различных эндонуклеаз рестрикции. Кроме того, его проведение не требует дорогостоящего оборудования. Несмотря на появление новых высокотехнологичных альтернативных методов обнаружения полиморфизмов, ПДРФ-анализ за счет указанных выше преимуществ и возможности его проведения практически в любой диагностической лаборатории в ближайшие время останется одним из наиболее часто востребованных методов. В связи с открытием все новых полиморфизмов в генах NAT, иногда в непосредственной близости от ранее известных мутаций, например, С559Т и G560A гена NATI, С190Т и G191A гена NAT2, очень важна более точная локализация выявляемых мутаций при наименьших затратах (Hein et al., 2000). Поэтому оптимизация метода ПДРФ-анализа является актуальной задачей.
Генетический полиморфизм NAT2 у европеоидов Западной Сибири, как и вообще России, остается малоизученным. Генетический полиморфизм NATI у европеоидов России не изучен вообще. В связи с этим имеет большое значение изучение распределения полиморфизмов генов NAT у европеоидов России, а также поиск возможных специфических полиморфизмов в нашей популяции.
Изложенное выше определило цель исследования: исследование полиморфизма генов NATI и NAT2 методом полиморфизма длин рестрикционных фрагментов и анализ ассоциации полиморфных вариантов с раком легкого у европеоидов г. Новосибирска.
Для достижения цели решались следующие задачи:
1. Изучить возможность использования новых эндонуклеаз рестрикции для более надежного и точного обнаружения известных полиморфизмов генов NATI и NAT2 и поиска новых полиморфизмов.
2. Изучить частоту встречаемости полиморфных вариантов генов NATI и NAT2 у европеоидов г. Новосибирска.
3. Провести анализ ассоциаций аллелей, генотипов и комбинаций генотипов полиморфных вариантов генов NAT с раком легкого.
Научная новизна исследования
Впервые предложен способ обнаружения полиморфизма А1025 гена NATI методом ПДРФ-анализа и предложены способы однозначного определения полиморфизмов А752Т гена NATI и С190Т, G857A гена NAT2 этим методом. Предложенные способы ПДРФ-анализа позволяют различать полиморфизмы С190Т и G191A; G857A и Т859С, 859Del гена NAT2.
Впервые в России охарактеризована частота встречаемости полиморфных вариантов С97Т, С190Т, 350,351G>C, Т402С, А752Т и А1025 гена NATI и С190Т, G191A, А434С, С759Т, Т859С, 859Del гена №472. Впервые у европеоидов Западной Сибири определены частоты встречаемости полиморфных вариантов С282Т, A803G и G857A гена NAT2.
Установлено, что аллель 803G гена NAT2 у мужчин ассоциирован с устойчивостью к раку легкого. Генотип 803АА у мужчин, в том числе курящих, ассоциирован с предрасположенностью к раку легкого. Комбинация генотипов гена NAT2 282TC/590AG/481CC/803GA/857GG ассоциирована с устойчивостью к раку легкого, а комбинация 282CC/590GG/481TC/803AA/857GG ассоциирована с предрасположенностью к раку легкого.
Практическая значимость работы
Предложены новые способы ПДРФ-анализа генов NAT, которые позволяют однозначно определить полиморфизмы А752Т гена NATI и С190Т, G857A гена NAT2, а также различить полиморфизмы С190Т и G191A; G857A и Т859С, 859Del гена NAT2. Эти способы применимы в исследованиях, направленных на изучение функциональных проявлений полиморфизмов генов NAT, кинетических характеристик аллозимов NAT и популяционно-генетических исследованиях.
Полученные данные о распределении аллелей и генотипов полиморфных вариантов NAT у жителей г. Новосибирска представляют интерес для геногеографических и генетико-эпидемиологических исследований широко распространенных заболеваний человека. Результаты настоящей работы могут быть использованы в учебно-методическом процессе на биологических и медицинских факультетах ВУЗов.
Основные положения, выносимые на защиту
1. Предложенные способы ПДРФ-анализа позволяют однозначно определять полиморфизмы С190Т и G857A гена NAT2 и А752Т гена NATI, а также различать полиморфизмы С190Т и G191A; G857A и Т859С, 859Del remNAT2.
2. Распределение частот встречаемости полиморфных вариантов генов NATI и NAT2 у европеоидов г. Новосибирска соответствует таковому в других популяциях европеоидов.
3. В европеоидной популяции г. Новосибирска аллель 803G гена NAT2 у мужчин ассоциирован с устойчивостью к раку легкого. Генотип 803АА у мужчин, в том числе курящих, ассоциирован с предрасположенностью к раку легкого.
4. Комбинация генотипов 282TC/590AG/481CC/803GA/857GG гена NAT2 в исследованной популяции ассоциирована с устойчивостью к раку легкого, а комбинация 282CC/590GG/481TC/803AA/857GG ассоциирована с предрасположенностью к раку легкого.
Апробация работы
Материалы исследования были представлены на III съезде биохимического общества (Санкт-Петербург, 2002); 8-ой Международной Пущинской школе-конференции молодых ученых «Биология - наука XXI века» (Пущино, 2004); на Российской научно-практической конференции, посвященной 25-летию НИИ онкологии ТНЦ СО РАМН «Современное состояние и перспективы развития клинической онкологии» (Томск, 2004); на V молодежной научной конференции СО РАМН «Фундаментальные и прикладные проблемы современной медицины» (Новосибирск, 2004).
Публикации: По материалам диссертации опубликовано 10 работ (из них 4 в рецензируемой печати).
Заключение Диссертация по теме "Биохимия", Никишина, Марина Владимировна
выводы
1. Использование эндонуклеаз рестрикции Bsell и Hinfl позволяет однозначно определить полиморфизмы С190Т и G857A гена NAТ2, соответственно, a Bst4CI - полиморфизм А752Т гена NATI. Сочетанное использование эндонуклеаз рестрикции MspI, Bsell и Bst2UI позволяет различить полиморфизмы С190Т и Gl91 А, а эндонуклеаз BamHI, Hinfl и AspS9I - полиморфизмов G857A и Т859С, 859Del гена NAТ2.
2. В результате поиска методом ПДРФ-анализа с использованием эндонуклеаз рестрикции АссВП, AluI, AspS9I, Вше 181, BstACI, Bst4CI, BstDSI, Erhl, Fsp4HI, Hinfl, Rsal, SfaNI и SmiMI новых мутаций в транслируемой последовательности генаNAT2 не обнаружено.
3. Показано, что частоты встречаемости шести полиморфных вариантов гена NATI (С97Т, С190Т, G350,351C, Т402С, А752Т и А1025) и двенадцати полиморфных вариантов гена NAT2 (Т111С, С190Т, G191A, С282Т, С481Т, А434С, G590A, С759Т, A803G, G857A, Т859С, 859Del) в исследованной выборке европеоидов г. Новосибирска достоверно не отличаются от таковых в других популяциях европеоидов.
4. В европеоидной популяции г. Новосибирска отсутствует ассоциация полиморфных вариантов С282Т, С481Т, G590A и G857A гена NAT2 с раком легкого.
5. В европеоидной популяции г. Новосибирска аллель 803G гена NAT2 у мужчин (ОШ = 0.60; р = 0.026) ассоциирован с устойчивостью к раку легкого. Генотип 803АА у мужчин (ОШ = 1.92; р = 0.041), в том числе курящих (ОШ = 2.13; р = 0.043) ассоциирован с предрасположенностью к раку легкого.
6. Комбинация генотипов 282TC/590AG/481CC/803GA/857GG гена NAT2 в исследованной популяции ассоциирована с устойчивостью к раку легкого (ОШ = 0.22; р = 0.041), а комбинация 282CC/590GG/481TC/803AA/857GG ассоциирована с предрасположенностью к раку легкого (ОШ =11.65; р = 0.005).
104
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Молекулярно-биологические исследования мультифакторных заболеваний являются самостоятельным направлением в геномике человека и на сегодняшний день составляют часть фундаментальной науки, от успехов которой зависит клиническая практика. В современных исследованиях мультифакторных заболеваний, к которым относятся и онкологические заболевания, широко используется подход кандидатных генов, основанный на исследовании ассоциаций полиморфных вариантов генов, продукты которых потенциально вовлечены в развитие и регуляцию тех или иных звеньев патогенеза заболевания.
Для выявления подобных ассоциаций используют методы аналитической эпидемиологии, наиболее распространенными из которых являются когортные исследования и менее трудоемкие, но достаточно надежные исследования «случай-контроль». В настоящей работе было проведено исследование, построенное по типу «случай-контроль», направленное на поиск возможных ассоциаций распространенных полиморфных вариантов генов ариламин N-ацетилтрансфераз, принадлежащих системе ферментов биотрансформации ксенобиотиков, с раком легкого. В основу поиска связи легли данные о роли ацетилирования в метаболической активации и детоксикации (про-)канцерогенов, принадлежащих к гетероциклическим и ароматическим аминам, а также данные об изменении кинетических параметров реакции ацетилирования вследствие наличия полиморфизмов в транслируемой последовательности генов NAT, что приводит к изменению баланса процессов активации/детоксификации. Изменение баланса процессов активации/детоксификации (про-)канцерогенов в свою очередь играет важную роль на стадии инициации процесса канцерогенеза.
Полиморфные варианты исследованных генов выявлялись при помощи широко использующегося в молекулярно-эпидемиологических исследованиях метода ПДРФ-анализа. В ходе выполнения работы было проведено усовершенствование методической стороны выявления полиморфных вариантов генов NAT, направленное на безошибочную и точную локализацию выявляемых полиморфизмов, а также различение полиморфизмов, расположенных в непосредственной близости друг от друга. В результате были предложены способ выявления полиморфизма А1025 гена NATI, а также способы однозначного определения полиморфизмов А752Т гена NATI и С190Т, G857A гена NAT2 методом ПДРФ-анализа. Также разработаны способы, позволяющие различать полиморфизмы С190Т и С191А; G857A и Т859С, 859Del гена NAT2 методом ПДРФ-анализа, что важно в свете уже имеющихся данных о разных функциональных проявлениях этих полиомрфизмов.
Полученное распределение частот встречаемости исследованных шести полиморфизмов гена NATI и двенадцати полиморфизмов NAT2 у европеоидов г. Новосибирска оказалось близко таковому в других популяциях европеоидов.
Выявляемые в ходе молекулярно-эпидемиологических исследований ассоциации между полиморфными вариантами генов ФБК и онкологическими заболеваниями, скорее всего, имеют небольшое значение для отдельного индивидуума в плане риска возникновения рака, но могут иметь большое значение в популяции в силу широкой распространенности некоторых полиморфизмов. Поэтому нами было проведено исследование ассоциаций с раком легкого только для пяти полиморфизмов NAT2, для которых характерна высокая частота встречаемости у европеоидов. Высокая частота встречаемости этих полиморфизмов свидетельствует о целесообразности их исследования и, скорее всего, об отсутствии связанного с ними высокого риска с заболеваниями. Однако в определенных условиях окружающей среды и/или в определенных подгруппах такие полиморфные варианты могут быть факторами риска или устойчивости. К настоящему времени показано, что полиморфизм ацетилирования вносит вклад б риск возникновения таких онкологических заболеваний, как рак мочевого пузыря и рак толстой кищки. В отношении других онкологических заболеваний, в том числе рака легкого, результаты исследований противоречат друг другу. В нашем исследовании было обнаружено, что аллель 803G гена NAT2 у мужчин ассоциирован с устойчивостью к раку легкого. При существующем уровне знаний функциональных проявлений отдельных полиморфных вариантов генов ФБК, и в частности гена NAT2, а также понимания механизмов канцерогенеза, сложно предположить определенный метаболический механизм, лежащий в основе полученных ассоциаций.
В результате проведенного анализа ассоциаций комбинаций генотипов гена NAT2 с раком легкого были выявлены комбинации, ассоциированные с устойчивостью к раку легкого (282TC/590AG/481CC/803GA/857GG, 282CC/590AG и 481CC/803GA), а также комбинации генотипов, ассоциированные с предрасположенностью к раку легкого (282CC/590GG/481 ТС/803AA/857GG и 481 ТС/803АА). В мировой популяции превалируют гаплотипы «СА» и «TG» полиморфных вариантов С481Т и A803G и гаплотипы «CG» и «ТА» полиморфных вариантов С282Т и G590A гена NAT2. Ассоциации с раком легкого обнаружены для редких комбинаций, в которых присутствуют гаплотип «CG» и «ТА» полиморфных вариантов С481Т и A803G и гаплотип «СА» полиморфных вариантов С282Т и G590A гена NAT2. Выявленные нами ассоциации являются отправной точкой дальнейших углубленных исследований метаболических проявлений полиморфизмов. Кроме того, они являются стимулом для дальнейших расширенных исследований роли NAT в механизмах канцерогенеза.
103
Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Никишина, Марина Владимировна, Новосибирск
1. Викторова Т.В, Корытина Г.Ф, Макарова О.В. и др. Полиморфизм гена ариламин-К-ацетилтрансферазы 2 у народов Волго-Уральского региона // Мол. Биология. 2003. - Т. 37. - С. 971-974.
2. Глотов С, Наседкина Т.В, Иващенко Т.Е. и др. Разработка биочипа для анализа полиморфизма генов системы биотрансформации // Мол. Биология. 2005. -Т. 36.-№4.-С. 563-584.
3. Гуляева Л.Ф, Вавилин В.А, Ляхович В.В. Ферменты биотрансформации ксенобиотиков в химическом канцерогенезе. Аналит. обзор. Новосибирск, 2000. -85 с.
4. Канцерогенез / Под ред. Д.Г.Заридзе. М.: Медицина, 2004. - 576 с.
5. Ляхович В.В, Вавилин В.А, Гуткина Н.И. и др. Гены и ферменты системы метаболизма ксенобиотиков в онкопатологии // Вопр. мед. хим. 1997. - Т. 43. - № 5.-С. 330-338.
6. Макарова С.И, Додунова Е.М, Иванова Г.Г. и др. Полиморфизм гена ариламин Ы-ацетилтрансферазы 2 ассоциирован с риском развития атопического дерматита // Бюлл. Эксп. Биол. Мед. 2005. - Т. 139. - № 5. - С. 628-631.
7. Макарова С.И, Вавилин В.А, Ляхович В.В, Гавалов С.М. Аллель ИАТ2*5 -фактор устойчивости к заболеванию бронхиальной астмой у детей // Бюлл. Эксп. Биол. Мед. 2000. - № 6. - С. 677-679.
8. Маниатис Т, Фрич Э, Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. М.: Мир, 1984.-480 с.
9. Мерабишвили В.М, Дятченко О.Т. Статистика рака легкого (заболеваемость, смертность, выживаемость) // Практическая онкология. 2000. -№ 3.- С. 3-7.
10. Пузырев В.П, Степанов В.А. Патологическая анатомия генома человека. -Новосибирск: Наука, 1997. 224 с.
11. Трахтенберг А.Х., Чиссов В.И. Клиническая онкопульмонология. М.: ГЕОТАР Медицина, 2000. - 600 с.
12. Флетчер Р., Флетчер С, Вагнер Э. Клиническая эпидемиология. Основы доказательной медицины. М.: Медиа Сфера, 1998. - 352 с.
13. Adedoyin A., Stiff D.D., Smith D.C. et al. All-irans-retinoic acid modulation of drug-metabolizing enzyme activities: investigation with selective metabolic drug probes // Cancer Chemother. Pharmacol. 1998. - V. 41. - P. 133-139.
14. Agundez J.A., Jimenez-Jimenez F.J., Luengo A. et al. Slow allotypic variants of the NAT2 gene and susceptibility to early-onset Parkinson's disease // Neurology. -1998.-V. 51.-P. 1587-1592.
15. Agundez J.A., Martinez C., Olivera M. et al. Expression in human prostate of drug- and carcinogen-metabolizing enzymes: association with prostate cancer risk // Br. J. Cancer. 1998. - V. 78. - P. 1361-1367.
16. Andres H.H., Klem A.J., Schopter L.M. et al. On the active site of liver acetyl-CoA arylamine N-acetyltransferase from rapid acetylator rabbits (III/J) // J. Biol. Chem. -1988.-V. 263.-P. 7521-7527.
17. Anitha A., Banerjee M. Arylamine N-acetyltransferase 2 polymorphism in the ethnic populations of South India // Int. J. Mol. Med. 2003. - V. 11. - P. 125-131.
18. Arias T.D., Jorge L.F., Griese E.U. et al. Polymorphic N-acetyltransferase (NAT2) in Amerindian populations of Panama and Columbia: High frequencies of point mutation 857A, as found in allele S3/M3 // Pharmacogenetics. 1993. - V. 3. - P. 328-331.
19. Bandmann O., Vaughan J.R., Holmans P. Detailed genotyping demonstrates association between the slow acetylator genotype for N-acetyltransferase 2 (NAT2) and familial Parkinson's disease // Mov. Disord. 2000. - V. 15. - P. 30-35.
20. Badawi A.F., Hirvonen A., Bell D.A. et al. Role of aromatic amine acetyltransferases, NAT1 and NAT2, in carcinogen-DNA adduct formation in the human urinary bladder // Cancer Res. 1995. - V. 55. - P. 5230-5237.
21. Barrett J.H., Smith G., Waxman R. et al. Investigation of interaction between N-acetyltransferase 2 and heterocyclic amines as potential risk factors for colorectal cancer // Carcinogenesis. 2003. - V. 24. - P. 275-282.
22. Bell D.A., Badawi A.F., Lang N.P. et al. Polymorphism in the N-acetyltransferase 1 (NAT1) polyadenylation signal: association of NAT1*10 allele with higher Nacetylation activity in bladder and colon tissue // Cancer Res. 1995. - V. 55. - P. 52265229.
23. Bell D.A., Stephens E.A., Castranio T. et al. Polyadenylation polymorphism in the acetyltransferase 1 gene (NAT1) increases risk of colorectal cancer // Cancer Res. -1995.-V. 55.-P. 3537-3542.
24. Bell D.A., Taylor J.A., Butler M.A. et al. Genotype/phenotype discordance for human arylamine N-acetyltransferase (NAT2) reveals a new slow-acetylator allele common in African-Americans // Carcinogenesis. 1993. - V. 13. - P. 1689-1692.
25. Belogubova E.V., Kuligina E.S., Togo A.V. et al. 'Comparison of extremes' approach provides evidence against the modifying role of NAT2 polymorphism in lung cancer susceptibility // Cancer Lett. 2005. - V. 221. - P. 177-183.
26. Blum M., Demierre A., Grant D.M. et al. Molecular mechanism of slow acetylation of drugs and carcinogens in humans // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. — 1991. — V. 88.-P. 5237-5241.
27. Blum M., Grant D.M., Demierre A., Meyer U.A. Nucleotide sequence of a full-length cDNA for arylamine N-acetyltransferase from rabbit liver // Nucleic Acids Res.1989.-V. 17. P. 3589.
28. Blum M., Grant D.M., McBride W. et al. Human arylamine N-acetyltransferase genes: isolation, chromosomal localization and functional expression // DNA Cell Biol.1990.-V. 9.-P. 192-203.
29. Borlak J., Reamon-Buettner S.M. N-acetyltransferase 2 (NAT2) gene polymorphisms in colon and lung cancer patients // BMC Med. Genet. 2006. - V. 7. -P. 58.
30. Bouchardy C., Mitrunen K., Wikman H. et al. N-acetyltransferase NAT1 and NAT2 genotypes and lung cancer risk // Pharmacogenetics. 1998. - V. 8. - P. 291-298.
31. Boukouvala S., Price N., Plant K.E., Sim E. Structure and transcriptional regulation of the Nat2 gene encoding for the drug-metabolizing enzyme arylamine N-acetyltransferase type 2 in mice // Biochem J. 2003. - V. 375. - P. 593-602.
32. Boukouvala S., Sim E. Structural analysis of the genes for human arylamine N-acetyltransferases and characterization of alternative transcripts // Basic Clin. Pharmacol. Toxicol. 2005. - V. 96. - P. 343-351.
33. Brennan P. Gene-environment interaction and aetiology of cancer: what does it mean and how can we measure it? // Carcinogenesis. 2002. - V. 23. - P. 381-387.
34. Brockton N., Little J., Sharp L., Cotton S.C. N-acetyltransferase polymorphisms and colorectal cancer: a HuGE review // Am. J. Epidemiol. 2000. - V. 151. - P. 846861.
35. Bruhn C., Brockmoller J., Cascorbi I. et al. Correlation between genotype and phenotype of the human arylamine N-acetyltransferase type 1 (NAT1) // Biochem. Pharmacol. 1999. - V. 58. - P. 1759-1764.
36. Butcher N.J., Arulpragasam A., Pope C., Minchin R.F. Identification of a minimal promoter sequence for the human N-acetyltransferase Type I gene that binds AP-1 (activator protein 1) and YY-1 (Yin and Yang 1) // Biochem J. 2003. - V. 376. - P. 441448.
37. Butcer N.J., Boukouvala S., Sim E., Minchin R.F. Pharmacogenetics of the arylamine N-acetyltransferases // Pharmacogenomics J. 2002. - V. 2. - P. 30-42.
38. Butcher N.J., Ilett K.F., Minchin R.F. Functional polymorphism of the human arylamine N-acetyltransferase type 1 gene caused by C190T and G560A mutations // Pharmacogenetics. 1998. - V. 8. - P. 67-72.
39. Butcher N.J., Ilett K.F., Minchin R.F. Substrate-dependent regulation of human arylamine N-acetyltransferase-1 in cultured cells // Mol. Pharmacol. 2000. - V. 57. - P 468-473.
40. Cascorbi I., Brockmoller J., Bauer S. et al. NAT2* 12A (803A>G) codes for rapid arylamine N-acetylation in humans // Pharmacogenetics. 1996. - V. 6. - P. 257-259.
41. Cascorbi I., Brockmoller J., Mrozikiewicz P.M. et al. Homozygous rapid arylamine N-acetyltransferase (NAT2) genotype as a susceptibility factor for lung cancer // Cancer Res. 1996. - V. 56. - P. 3961-3966.
42. Cascorbi I., Brockmoller J., Roots I. Molecular-epidemiological aspects of carcinogenesis: the role of xenobiotic metabolizing enzymes // Int. J. Clin. Pharmacol. Ther. 2002. - V. 40. - P. 562-563.
43. Cascorbi I., Drakoulis N., Brockmoller J. et al. Arylamine N-acetyltransferase (NAT2) mutations and their allelic linkage in unrelated Caucasian individuals: correlation with phenotypic activity // Am. J. Hum. Genet. 1995. - V. 57. - P. 581-592.
44. Cascorbi I., Roots I., Brockmoller J. Association of NAT1 and NAT2 polymorphisms to urinary bladder cancer: significantly reduced risk in subjects with NAT 1*101 I Cancer Res. 2001. - V. 61. - P. 5051-5056.
45. Chang H.L., Hung C.F., Yeh C.C. Paeonol promoted 2-aminofluorene and p-aminobenzoic acid acetylation by mononuclear leucocytes from Sprague-Dawley rats // Cytobios. 2000. - V. 103.-P. 149-258.
46. Chen J., Stampfer M.J., Hough H.L. et al. A prospective study of N-acetyltransferase genotype, red meat intake, and risk of colorectal cancer // Cancer Res. -1998.-V. 58.-P. 3307-3311.
47. Chiou H.L., Wu M.F., Chien W.P. et al. NAT2 fast acetylator genotype if associated with an increased risk of lung canser among never-smoking women in Taiwan // Cancer Lett. 2005. - V. 223. - P. 93-101.
48. Chung J.G., Chang H.L., Lin W.C. et al. Effects of ibuprofen on arylamine N-acetyltransferase activity in human colon tumour cells // J. Appl. Toxicol. 1999. - V. 19.-P. 1-6.
49. Chung J.G., Chang H.L., Lin W.C. et al. Inhibition of N-acetyltransferase activity and DNA-2-aminofluorene adducts by glycyrrhizic acid in human colon tumour cells // Food Chem. Toxicol. 2000. - V. 38. - P. 163-172.
50. Chung J.G., Chang H.L., Yeh C.C. et al. Effects of immunomodulator tilorone on the acetylation of 2-aminofluorene and DNA-2-aminofluorene in rats // Anticancer Res. -2000.-V. 20.-P. 467-473.
51. Cribb A.E., Grant D.M., Miller M.A., Spielberg S.P. Expression of monomorphic arylamine N-acetyltransferase (NAT1) in human leukocytes // J. Pharmacol. Exp. Ther. -1991.-V. 259.-P. 1241-1246.
52. Dandara C., Masimirembwa C.M., Magimba A. et al. Arylamine N-acetyltransferase (NAT2) genotypes in Africans: the identification of a new allele with nucleotide changes 481C>T and 590G>A // Pharmacogenetics. 2003. - V. 13. - P. 5558.
53. Debiec-Rychter M, Land S.J., King C.M. Histological localization of acetyltransferases in human tissue // Cancer Lett. 1999. - V. 143. - P. 99-102.
54. Deguchi T. Sequences and expression of alleles of polymorphic arylamine N-acetyltransferase ofhuman liver//J. Biol. Chem. 1992. -V. 267. -P. 18140-18147.
55. Deitz A.C., Doll M.A., Hein D.W. A restriction fragment length polymorphism assay that differentiates human N-acetyltransferase-1 (NATI) alleles // Anal. Biochem. -1997.-V. 253.-P. 219-224.
56. Deitz A.C., Zheng W., Leff M.A. et al. N-acetyltransferase-2 genetic polymorphism, well-done meat intake, and breast cancer risk among postmenopausal women // Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 2000. - V. 9. - P. 905-910.
57. Dhaini H.R., Levy G.N. Arylamine N-acetyltransferase 1 (NAT1) genotypes in a Lebanese population // Pharmacogenetics. 2000. - V. 10. - P. 79-83.
58. Dupret J-M, Rodrigues-Lima F. Structure and regulation of the drug-metabolizing enzymes arylamine N-acetyltransferases // Curr. Med. Chem. 2005. - V. 12. - P. 763-r 771.
59. Ebisawa T., Sasaki Y., Deguchi T. Complementary DNAs for two arylamine N-acetyltransferases with identical 5' non-coding regions from rat pineal gland // Eur. J. Biochem. 1995. - V. 228. - P. 129-137.
60. Estrada-Rodgers L., Levy G.N., Weber W.W. Characterization of a hormone response element in the mouse N-acetyltransferase 2 (Natl*) promoter // Gene Expression. 1998. - V. 7. - P. 13-24.
61. Evans D.A. N-acetyltransferase // Pharmacol. Therapeut. 1989. - V. 42. - P. 157-234.
62. Evans T.L. Highlights from the tenth world conference on lung cancer // Oncologist. 2004. - V. 9. - P. 232-238.
63. Farker K., Schotte U., Scheele J., Hoffmann A. Impact of N-acetyltransferase polymorphism (NAT2) in hepatocellular carcinoma (HCC) an investigation in a department of surgical medicine // Exp. Toxicol. Pathol. - 2003. - V. 54. - P. 387-391.
64. Fretland A.J., Doll M.A., Leff M.A., Hein D.W. Functional characterization of nucleotide polymorphisms in the coding region of N-acetyltransferase 1 // Pharmacogenetics. 2001. V. 11. - P. 511-520.
65. Fretland A.J., Leff M.A., Doll M.A., Hein D.W. Functional characterization of human N-acetyltransferase 2 (NAT2) single nucleotide polymorphisms // Pharmacogenetics. 2001. - V. 11. - P. 207-215.
66. Fronhoffs S., Bruning T., Ortiz-Pallardo E. et al. Real-time PCR analysis of the N-acetyltransferase NAT1 allele *3, *4, * 10, * 11, *14 and *17 polymorphism in squamous cell cancer of head and neck // Carcinogenesis. 2001. - V. 22. - P. 1405-1412.
67. Gaikovitch E.A., Cascorbi I., Mrozikiewicz P.M. et al. Polymorphisms of drug-metabolizing enzymes CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6, CYP1A1, NAT2 and P, glycoprotein in a Russian population // Eur. J. Clin. Pharmacol. 2003. - V.59. - P. 303312.
68. Galton D.J., Ferns G.A. Genetic markers to predict polygenic disease: a new problem for social genetics // QJM. 1999. - V. 92. - P. 223-232.
69. Garte S. Metabolic susceptibility genes as cancer risk factors: time for a reassessment? // Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 2001. - V. 10. - P. 1233-1237.
70. Goodfellow G.H., Dupret J-M., Grant D.M. Identification of amino acids impairing acceptor substrate selectivity to human arylamine acetyltransferases NAT1 and NAT2 //Biochem. J. 2000. - V. 348. - P. 159-166.
71. Grant D.M., Blum M., Beer M., Meyer U.A. Monomorphic and polymorphic human arylamine N-acetyltransferases: a comparison of liver isozymes and expressed products of two cloned genes // Mol. Pharmacol. 1991. - V. 39. - P. 184-191.
72. Grant D.M., Blum M., Demierre A., Meyer U.A. Nucleotide sequence of an intronless gene for a human arylamine N-acetyltransferase related to polymorphic drug acetylation // Nucl. Acids Res. 1989. - V. 17. - P. 3978.
73. Grant D.M., Hughes N.C., Janezic S.A. et al. Human acetyltransferase polymorphisms // Mutat. Res. 1997. - V. 376. - P. 61-70.
74. Grant D.M., Morike K., Eichelbaum M., Meyer U.A. Acetylation pharmacogenetics. The slow acetylator phenotype is caused by descreased or absent arylamine N-acetyltransferase in human liver // J. Clin. Invest. 1990. - V. 85. - P. 968972.
75. Gross M., Kruisselbrink T., Anderson K. et al. Distribution and concordance of N-acetyltransferase genotype and phenotype in an American population // Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 1999. - V. 8. - P. 683-692.
76. Habalova V., Salagovic J., Kalina I., Stubna J. A pilot study testing the genetic polymorphism of N-acetyltransferase 2 as a risk factor in lung cancer // Neoplasma. -2005.-V. 52.-P. 364-368.
77. Hadasova E., Siegmund W., Franke G. et al. // Drug oxidation and N-acetylation in rats pretreated with subtoxic doses of streptolysin 0 // Biochem. Pharmacol. 1991. -V. 42.-P. 702-704.
78. Hall P.M., Stupans I., Burgess W. et al. Immunohistochemical localization of NADPH-cytochrome P450 reductase in human tissues // Carcinogenesis. 1989. - V. 10. -P. 521-530.
79. Hamasaki T., Inatomi H., Katoh T. et al. N-acetylteansferase-2 gene polymorphism as a possible biomarker for prostate cancer in Japanese men // Int. J. Urol. -2003.-V. 10.-P. 167-173.
80. Haugen A., Ryberg D., Mollerup S. et al. Gene-environment interactions in human lung cancer // Toxicol. Lett. 2000. - V. 112. - P. 233-237.
81. Hein D.W. N-acetyltransferase 2 gene genetic polymorphism: effects of carcinogen and haplotype on urinary bladder cancer risk // Oncogene. 2006. - V. 25. -P. 1649-1658.
82. Hein D.W., Doll M.A., Fretland A.J. et al. Molecular genetics and epidemiology of the NAT1 and NAT2 acetylation polymorphisms // Cancer Epidemiol. Biomark. Prev. -2000. V. 9. - P. 29-42.
83. Hein D.W., Doll M.A., Rustan T.D. et al. Metabolic activation and deactivation of arylamine carcinogens by recombinant human NAT1 and polymorphic NAT2 acetyltransferases // Carcinogenesis. 1993. - V. 14. - P. 1633-1638.
84. Hein D.W., Ferguson R.J., Doll M.A. et al. Molecular genetics of human polymorphic N-acetyltransferase: enzymatic analysis of 15 recombinant wild-type, mutant, and chimeric NAT2 allozymes // Hum. Mol. Genet. 1994. - V. 3. - P. 729-734.
85. Hein D.W., Grant D.M., Sim E. Update on consensus arylamine N-acetyltransferases nomenclature // Pharmacogenetics. 2000. - V. 10. - P. 291-292.
86. Hein D.W., Rustan T.D., Ferguson R.J. et al. Metabolic activation of aromatic and heterocyclic N-hydroxyarylamines by wild-type and mutant recombinant human NAT1 and NAT2 acetyltransferases // Arch. Toxicol. 1994. - V. 68. - P. 129-133.
87. Henning S., Cascorbi I., Munchow B. et al. Association of arylamine N-acetyltransferases NAT1 and NAT2 genotypes to laryngeal cancer risk // Pharmacogenetics. 1999. - V. 9. - P. 103-111.
88. Hickman D., Palamanda J.R., Unadkat J.D., Sim E. Enzyme kinetic properties of human recombinant arylamine N-acetyltransferase 2 allotypic variants expressed in Escherichia coli 1/ Biochem. Pharmacol. 1995. - V. 5. - P. 697-703.
89. Hickman D., Pope J., Patil S.D. et al. Expression of arylamine N-acetyltransferase in human intestine // Gut. 1998. - V. 42. - P. 402-409.
90. Hickman D., Risch A., Buckle V. et al. Chromosomal localization of human genes for arylamine N-acetyltransferase // Biochem. J. 1994. - V. 297. - P. 441-445.
91. Hickman D., Risch A., Camilleri J.P., Sim E. Genotyping human polymorphic arylamine N-acetyltransferase: identification of new slow allotypic variants // Pharmacogenetics. 1992. - V. 2. - P. 217-226.
92. Hickman D., Sim E. N-acetyltransferase polymorphism: comparison of phenotype and genotype in humans //Biochem. Pharmacol. -1991. V. 42. - P. 1007-1014.
93. Holton S.J., Dairou J., Sandy J. et al. Structure of Mesorhizobium loti arylamine N-acetyltransferase 1 // Acta Crystallograph. 2005. - V. 61. - P. 14-16.
94. Hou S-M., Ryberg D., Fait S. et al. GSTM1 and NAT2 polymorphisms in operable and non-operable lung cancer patients // Carcinogenesis. 2000. - V. 21. - P. 49-54.
95. Hubbard A., Moyes C., Wyllie A.H. et al. N-acetyltransferase 1: two polymorphisms in coding sequence identified in colorectal cancer patients // Br. J. Cancer. 1998. - V. 77. - P. 913-916.
96. Hung R.J., Boffetta P., Brockmoller J. et al. CYP1A1 and GSTM1 genetic polymorphisms and lung cancer risk in Caucasian non-smokers: a pooled analysis // Carcinogenesis. 2003. - V. 24. - P. 875-882.
97. Husain A., Barker D.F., States J.C. et al. Identification of the major promoter and non-coding exons of the human arylamine N-acetyltransferase 1 gene (NAT1) // Pharmacogenetics. 2004. - V. 14. - P. 397- 406.
98. Ilett K.F., Chiswell G.M., Spargo R.M. et al. Acetylation phenotype and genotype in arboriginal leprosy patients from the north-west region of Western Australia // Pharmacogenetics. 1993. - V. 3. - P. 264-269.
99. Ilett K.F., David B.M., Detchon P. et al. Acetylation phenotype in colorectal carcinoma // Cancer Res. 1987. - V. 47. - P. 1466-1469.
100. Ilett K.F., Ingram D.M., Carpenter D.S. et al. Expression of monomorphic and polymorphic N-acetyltransferases in human colon // Biochem. Pharmacol. 1994. - V. 47.-P. 914-917.
101. Inatomi H., Katoh T., Kawamoto T., Matsumoto T. NAT2 gene polymorphism as a possible marker for susceptibility to bladder cancer in Japanese // Int. J. Urol. 1999. -V.6.-P. 446-454.
102. Kadlubar F.F., Badawi A.F. Genetic susceptibility and carcinogen-DNA adduct formation in human urinary bladder carcinogenesis // Toxicol. Lett. 1995. - V. 82-83. -P. 627-632.
103. Katoh T., Kaneko S., Boissy R. et al. A pilot study testing the association between N-acetyltransferases 1 and 2 and risk of oral squamous cell carcinoma in Japanese people //Carcinogenesis. 1998.-V. 19.-P. 1803-1807.
104. Kawamura A., Graham J., Mushtaq A. et al. Eukaryotic arylamine N-acetyltransferase. Investigation of substrate specificity by high-throughput screening // Biochem. Pharmacol. 2005. - V. 69. - P. 347-359.
105. Kivisto K.T., Fritz P., Linder A. et al. Immunohistochemical localization of cytochrome P450 3A in human pulmonary carcinomas and normal bronchial tissue // Histochemistry. 1995. - V. 103. - P. 25-29.
106. Kristiansen E., Meyer 0., Thorup I. The ability of two cooked food mutagens to induce aberrant crypt foci in mice // Eur. J. Cancer Prev. 1997. - V. 6. - P. 53-57.
107. Kukongviriapan V., Phromsopha N., Tassaneeyakul W. et al. Inhibitory effects of polyphenolic compounds of human arylamine N-acetyltransferase 1 and 2 // Xenobiotica. -2006.-V. 36.-P. 15-28.
108. Land S.J., Jones R.E., King C.M. Biochemical and genetic analysis of two acetyltransferases from hamster tissues that can metabolise aromatic amine derivatives // Carcinogenesis.-1994.-V. 15.-P. 1585-1595.
109. Lang N.P., Chu D.Z., Hunter C.F. et al. Role of aromatic amine acetyltransferase in human colorectal cancer // Arch. Surg. 1986. - V. 121. - P. 1259-1261.
110. Lee B.L., Wong D., Benowitz N.L., Sullam P.M. Altered patterns with acquired immunodeficiency syndrome // Clin. Pharmacol. Ther. 1993. - V. 53. - P. 529-535.
111. Lee S-Y., Lee K-A., Ki C-S. et al. Complete sequencing of a genetic polymorphism in NAT2 in the Korean population // Clin. Chem. 2002. - V. 48. - P. 775777.
112. Levy M., Caraco Y., Geisslinger G. Drug acetylation in liver disease // Clin. Pharmacokinet. 1998. -V. 34. - P. 219-226.
113. Li Y.C., Hung C.F., Yeh F.T. et al. Luteolin-inhibited arylamine N-acetyltransferase activity and DNA-2-aminofluorene adduct in human and mouse leukaemia cells // Food Chem. Toxicol. 2001. - V. 39. - P. 641-647.
114. Lin H.J., Han C-Y., Lin B.K., Hardy S. Ethnic distribution of slow acetylator mutations in the polymorphic N-acetyltransferse (NAT2) gene // Pharmacogenetics. -1994.-V. 4.-P. 125-134.
115. Lin H.J., Probst-Hensch N.M., Hughes N.C. et al. Variants of N-acetyltransferase NAT1 and case-control study of colorectal adenomas // Pharmacogenetics. 1998. - V. 8.-P. 269-281.
116. Liu F., Zhang N., Hanna P.E. et al. Arylamine N-acetyltransferase aggregation and constitutive ubiquitylation // J. Mol. Biol. 2006. - V. 361. - P. 482-492.
117. Lower G.M., Nilsson T., Nelson C.E. et al. N-acetyltransferase phenotype and risk in urinary bladder cancer: approaches in molecular epidemiology. Preliminary results in Sweden and Denmark. // Environ. Health Perspect. 1979. - V. 29. - P. 71-79.
118. Mace K., Bowman E.D., Vautravers P. et al. Characterization of xenobiotic-metabolizing enzyme expression in human bronchial mucosa and peripheral lung tissues // Eur. J. Cancer. 1998. - V. 34. - P. 914-920.
119. Martinez C., Agundez J.A., Olivera M. et al. Lung cancer and mutations at the polymorphic NAT2 gene locus // Pharmacogenetics. 1995. - V. 5. - P. 207-214.
120. Meisel P. Arylamine N-acetyltransferases and drug response // Pharmacogenomics. 2002. - V. 3. - P. 349-366.
121. Meyer U.A., Zanger U.M. Molecular mechanisms of genetic polymorphisms of drug metabolism // Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 1997. - V. 37. - P. 269-296.
122. Minchin R.F. Acetylation of p-aminobenzoylglutamate, a folic acid catabolite, by recombinant human arylamine N-acetyltransferase and U937 cells // Biochem. J. 1995. -V. 307.-P. 1-3.
123. Mitchell K.R, Warshawsky D. Xenobiotic inducible regions of the human arylamine N-acetyltransferase 1 and 2 genes // Toxicol. Lett. 2003. - V. 139. - P. 11-23.
124. Mrozikiewicz P.M., Cascorbi I, Brockmoller J, Roots I. Determination and allelic allocation of seven nucleotde transitions within the arylamine N-acetyltransferase gene in the Polish pooulation // Clin. Pharmacol. Ther. 1996. - V. 59. - P. 376-382.
125. Mushtaq A, Payton M, Sim E. The COOH terminus of arylamine N-acetyltransferase from Salmonella typhimurium controls enzymic activity // J. Biol. Chem. 2002. - V. 277. - P. 12175-12181.
126. Nagao M, Wakabayashi K, Ushijima T. et al. Human exposure to carcinogenic heterocyclic amines and their mutational fingerprints in experimental animals // Environ. Health Perspect. 1996. - V. 104. - P. 497-501.
127. Nebert D.W. Drug-metabolizing enzymes, polymorphisms and interindividual response to environmental toxicants. // Clin. Chem. Lab. Med. -2000. V. 38. - P. 857861.
128. Nebert D.W. Pharmacogenetics and pharmacogenomics: why is this relevant to the clinical geneticist? // Clin. Genet. 1999. - V. 56. - P. 247-258.
129. Nebert D.W, Roe A.L. Ethnic and genetic differences in metabolism genes and risk of toxicity and cancer // Sci. Total. Environ. 2001. - V. 274. - P. 93-102.
130. Nwankwo J.O, Garba M.A, Chinje C.E. et al. Possible chloroquine-induced modification of N-acetylation of isoniazid modification of N-acetylation of isoniazid and sulphadimidine in the rat // Biochem. Pharmacol. 1990. - V. 40. - P. 654-659.
131. Ognjanovic S., Yamamoto J., Maskarinec G., Marchand L.L. NAT2, meat consumption and colorectal cancer incidence: an ecological study among 27 countries // Cancer Causes Control. 2006. - V. 17. - P. 1175-1182.
132. Ohsako S., Deguchi T. Cloning and expression of cDNAs for polymorphic and monomorphic arylamine N-acetyltransferases from human liver // J. Biol. Chem. 1990. -V. 265.-P. 4630-4634.
133. O'Neil W.M., Drobitch R.K., MacArthur R.D. et al. Acetylator phenotype and genotype in patients infected with HIV: discordance between methods for phenotype determination and genotype // Pharmacogenetics. 2000. - V. 10. - P. 171-182.
134. O'Neil W.M., Gilfix B.M., DiGirolamo A. et al. N-acetylation among HIVpositive patients and patients with AIDS: when is fast, fast and slow, slow? // Clin. Pharmacol. Ther. 1997. - V. 62. - P. 161 -271.
135. Oyama T., Kawamoto T., Mizoue T. et al. N-acetylation polymorphism in patients with lung cancer and its association with p53 gene mutation // Anticancer Res. -1997.-V. 17.-P. 577-581.
136. Pacifici G.M., Bencini C., Rane A. Acetyltransferase in humans: development and tissue distribution // Pharmacology. 1986. - V. 32. - P. 283-291.
137. Payton M.A. The first 3D structure of arylamine N-acetylnransferase reveals a protease-like catalytic triad // Trends Pharmacol. Sci. 2000. - V. 21. - P. 329-330.
138. Payton M.A., Sim E. Genotyping human arylamine N-acetyltransferase type 1 (NAT1) // Biochem. Pharmacol. 1998. - V. 55. - P. 361-366.
139. Perera F.P. Environment and cancer: who are susceptible? // Science. 1997. - V. 287.-P. 1068-1073.
140. Pink J.C, Messing E.M, Reznikoff C.A. et al. Correlation between N-acetyltransferase activities in uroepithelia and in vivo acetylator phenotype // Drug Metab. Dispos. 1992. - V. 20. - P. 559-565.
141. Pompeo F, Brooke E, Kawamura A. et al. The pharmacogenetics of NAT: structural aspects // Pharmacogenomics. 2002. - V. 3. - P. 19-30.
142. Probst-Hensch N.M, Bell D.A, Watson M.A. et al. N-acetyltransferase 2 phenotype but not NATI* 10 genotype affects aminobiphenil-gemoglobin adduct levels // Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 2000. - V. 9. - P. 619-623.
143. Reeves P.T, Minchin R.F, Ilett K.F. In vivo mechanisms for the enhanced acetylation of sulfamethazine in the rabbit after hydrocortisone treatment // J. Pharmacol. Exp. Ther. 1989. - V. 248. - P. 348-352.
144. Riddle B, Jencks W.P. Acetyl-coenzyme A: arylamine N-acetyltransferase. Role of the acetyl-enzyme intermediate and the effects of substituents on the rate // J. Biol. Chem. 1971. - V. 246. - P. 3250-3258.
145. Rocha L, Garcia C, de Mendonca A. et al. N-acetyltransferase (NAT2) genotype and susceptibility of sporadic Alzheimer's disease // Pharmacogenetics. 1999. - V. 9. -P. 9-15.
146. Rodrigues-Lima F, Cooper R.N, Goudeau B. et al. Skeletal muscles express the xenobiotic-metabolizing enzyme arylamine N-acetyltransferase // J. Histochem, Cytochem. 2003. - V. 51. - P. 789-796.
147. Rodrigues-Lima F, Dupret J-M. Regulation of the activity of the human drug metabolizing enzyme arylamine N-acetyltransferase 1: role of genetic and non genetic factors // Curr. Pharm. Des. 2004. - V. 10. - P. 2519-2524.
148. Rodriguez JW., Kirlin W.G., Ferguson R.J. et al. Human acetylator genotype: relationship to colorectal cancer incidence and arylamine N-acetyltransferase expression in colon cytosol // Arch. Toxicol. 1993. - V. 67. - P. 445-452.
149. Rothen J.P., Haefeli W.E., Meyer U.A. et al. Acetaminophen is an inhibitor of hepatic N-acetyltransferase 2 in vitro and in vivo // Pharmacogenetics. 1998. - V. 8. -P. 553-559.
150. Saarikoski S.T., Reinikainen M., Anttila S. et al. Role of NAT2 deficiency in susceptibility to lung cancer among asbestos-exposed individuals // Pharmacogenetics. -2000.-V. 10.-P. 183-185.
151. Sadrieh N., Davis C.D., Snyderwine E.G. N-acetyltransferase expression and metabolic activation of the food-derived heterocyclic amines in the human mammary gland // Cancer Res. 1996. - V. 56. - P.2683-2687.
152. Sandy J., Mushtaq A., Holton S.J. et al. Investigation of the catalytic triad of arylamine N-acetyltransferases: essential residues required for acetyl transfer to arylamines // Biochem J. 2005. - V. 390. - P. 115-123.
153. Sandy J., Mustaq A., Kawamura A. et al. The structure of arylamine N-acetyltransferase from Mycobacterium smegmatis an enzyme which inactivates the anti-tubercular drug, isoniazid // J. Mol. Biol. - 2002. - V. 318. - P. 1071-1083.
154. Sasaki Y., Ohsako S., Deguchi T. Molecular and genetic analysis of arylamine N-acetyltransferase of rabbit liver // J. Biol. Chem. 1991. - V. 266. - P. 13243-13250.
155. Sekine A., Saito S., Iida A. et al. Identification of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) of human N-acetyltransferase genes NAT., NAT2, AANAT, ARD1, and LI CAM in the Japanese population // J. Hum. Genet. 2001. - V. 46. - P. 314319.
156. Seow A., Zhao B., Poh W-T. et al. NAT2 slow acetylator genotype is associated with increased risk of lung cancer among non-smoking Chinese women in Singapore // Carcinogenesis. 1999. - V. 20. - P. 1877-1881.
157. Shastry B.S. SNP alleles in human disease and evolution // J. Hum. Genet. 2002. - V. 47.-P. 561-566.
158. Shishikura K., Hohjoh H., Tokunaga K. Novel allele containing a 190C>T nonsynonymous substitution in the N-acetyltransferase (NAT2) gene // Hum. Mutat. -2000.-V. 15.-P. 581.
159. Silverman E.K., Palmer L.J. Case-control association studies for the genetics of complex respiratory diseases // Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 2000. -V. 22. - P. 645648.
160. Sinclair J.C., Sandy J., Delgoda R., Sim E., Noble M.E. Structure of arylamine N-acetyltransferase reveals a catalytic triad // Nat. Struct. Biol. 2000. - V. 7. - P. 560-564.
161. Sim E., Payton M., Noble M., Minchin R. An update on genetic, structural and functional studies of arylamine N-acetyltransferases in eukaryotes and prokaryotes // Hum. Mol. Genet. 2000. - V. 9. - P. 2435-2441.
162. Sim E., Pinter K., Mushtaq A. et al. Arylamine N-acetyltransferases: a pharmacogenomic approach to drug metabolism and endogenous function // Biochem. Soc. Trans. 2003. - V. 31. - P. 615-619.
163. Sinclair J.C., Sandy J., Delgoda R., Sim E., Noble M.E. Structure of arylamine N-acetyltransferase reveals a catalytic triad // Nat. Struct. Biol. 2000. - V. 7. - P. 560-564.
164. Sinclair J.C., Sim E. A fragment consisting of the first 204 amino-terminal amino acids of human arylamine N-acetyltransferase one (NAT1) and the first transacetylation step of catalysis // Biochem. Pharmacol. 1997. - V. 53. - P. 11-16.
165. Slattery M.L., Edwards S., Curtin K. et al. Association between smoking, passive smoking, GSTM-1, NAT2, and rectal cancer // Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. -2003.-V. 12.-P. 882-889.
166. Smelt V.A., Upton A., Adjaye J. et al. Expression of arylamine N-acetyltransferases in pre-term placentas and in human pre-implantation embryos // Hum. Mol. Genet. -2000. V. 9. - P. 1101-1107.
167. Smith C.J., Livingston S.D., Doolittle D.J. An international literature survey of 'IARC Group I carcinogens' reported in mainstream cigarette smoke // Food Chem. Toxicol. 1997. - V. 35. - P. 1107-1130.
168. Sorensen M., Autrup H., Tjonneland A. et al. Genetic polymorphisms in CYP1B1, GSTA1, NQOl and NAT2 and the risk of lung cancer // Cancer Lett. 2005. -V. 221.-P. 185-190.
169. Soucek P., Skjelbred C.F., Svendsen M. et al. Single-track sequencing for genotyping of multiple SNPs in the N-acetyltransferase 1 (NAT1) // BMC Biotechnol. -2004.-V. 4.-P. 28.
170. Sram R.J., Binkova B. Molecular epidemiology studies on occupational and environmental exposure to mutagens and carcinogens, 1997-1999. // Environ. Health Perspect. 2000. - V. 108. - P. 57-70.
171. Svensson C.K., Drobitch R.K., Tomilo M. Effects of chloroquine and primaquine on rat liver cytosolic N-acetyltransferase activity // Biochem. Pharmacol. 1991. - V. 42. -P. 954-956.
172. Svensson C.K., Tomilo M. Effect of H2-receptor antagonists on rat liver cytosolic acetylCoA:arylamine N-acetyltransferase activity // Drug Metab. Dispos. 1992. - V. 20.-P. 74-78.
173. Tamer L., Ercan В., Ates N.A. N-acetyltransferase 2 gene polymorphism in patients with colorectal carcinoma // Cell Biochem. Funct. 2006. - V. 24. - P. 131-135.
174. Tan E.K., Khajavi M., Thornby J.I. et al. Variability and validity of polymorphism association studies in Parkinson's disease // Neurology. 2000. - V. 55. -P. 533-538.
175. Tisdale J.E., Rudis M.I., Padhi I.D. et al. Inhibition of N-acetylation of procainamide and renal clearance of N-acetylprocainamide by para-aminobenzoic acid in humans // J. Clin. Pharmacol. 1995. - V. 35. - P. 902-910.
176. Toussaint C., Albin N., Massaad L. et al. Main drug- and carcinogen-metabolizing enzyme systems in human non-small cell lung cancer and peritumoral tissues // Cancer Res. 1993. - V. 53. - P. 4608-4612.
177. Unal M., Tamer L., Akbas Y. et al. Genetic polymorphism of N-acetyltransferase 2 in the susceptibility to laryngeal squamous cell carcinoma // Head Neck. 2005. - V. 27.-P. 1056-1060.
178. Upton A., Johnson N., Sandy J., Sim E. Arylamine N-acetyltransferases of mice, men and microorganisms // Trends Pharmacol. Sci. - 2001. - V. 22. - P. 140-146.
179. Vatsis K.P., Weber W.W., Bell D.A. et al. Nomenclature for N-acetyltransferases //Pharmacogenetics. 1995. - V. 5. - P. 1-17.
180. Walter R., Siegmund W., Scheuch E. Effect of interferon-gamma and streptolysin О on hepatic procainamide N-acetyltransferase and various microsomal cytochrome
181. P450-dependent monooxygenases in rats // Immunopharmacol. Immunotoxicol. 1996. -V. 18.-P. 571-586.
182. Wang C.Y., Debiec-Rychter M., Schut H.A.J, et al. N-acetyltransferase expression and DNA binding of N-hydroxyheterocyclic amines in human prostate epithelium // Carcinogenesis. 1999. - V. 20. - P. 1591-1595.
183. Wang H., Guo Z., Vath G.M. et al. Chemical modification of hamster arylamine N-acetyltransferase 2 with isozyme-selective and nonselective N-arylbromoacetamido reagents // Protein J. 2004. - V. 23. - P. 153-166.
184. Weber W.W. Populations and genetic polymorphisms // Mol. Diagn. 1999. - V. 4.-P. 299-307.
185. Weber W.W., Cohen S.N. N-acetylation and properties of an N-acetyltransferase from rabbit liver // Mol. Pharmacol. 1967. - V. 3. - P. 266-273.
186. Weber W.W., Hein D.W. N-acetylation pharmacogenetics // Pharmacol. Rev. -1985.-V. 37.-P.25-79.
187. Weber W.W., Vatsis K.P. Individual variability in p-aminobenzoic acid N-acetylation by human N-acetyltransferase (NATI) of peripheral blood // Pharmacogenetics. 1993. - V. 3. - P. 209-212.
188. Welfare M.R., Cooper J., Bassendine M.F., Daly A.K. Relationship between acetylator status, smoking, and diet and colorectal cancer risk in the north-east of England // Carcinogenesis. 1997. - V. 18. - P. 1351-1354.
189. Westwood I.M., Holton S.J., Rodrigues-Lima F. et al. Expression, purification, characterization and structure of Pseudomonas aeruginosa arylamine N-acetyltransferase // Biochem. J. 2005. - V. 385. - P. 605-612.
190. Wikman H., Thiel S., Jager B. et al. Relevance of N-acetyltransferase 1 and 2 {NATI, NATI) genetic polymorphisms in non-small cell lung cancer susceptibility // Pharmacogenetics. 2001. - V. 11. - P. 157-168.
191. Willey J.C., Coy E.L, Brolly C. et al. Xenobiotic metabolism enzyme gene expression in human bronchial epithelial and alveolar macrophage cells // Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 1996. - V. 14. - P. 262-271.
192. Williams J.A. Single nucleotide polymorphisms, metabolic activation and environmental carcinogenesis: why molecular epidemiologists should think about enzyme expression // Carcinogenesis. 2001. - V. 22. - P. 209-214.
193. Windmill K.F., Gaedigk A., Hall P. de la M. et al. Localization of N-acetyltransferases NAT1 and NAT2 in human tissues // Toxicol. Sci. 2000. - V. 54. - P. 19-29.
194. Wohlleb J.C., Hunter C.F., Blass B. et al. Aromatic amine acetyltransferase as a marker for colorectal cancer: environmental and demographic associations // Int. J. Cancer. 1990. - V. 46. - P. 22-30.
195. Wolkenstein P., Loriot M.A., Aractingi S. et al. Prospective evaluation of detoxification pathways as markers of cutaneous adverse reactions to sulphonamides in AIDS // Pharmacogenetics. 2000. - V. 10. - P. 821 -828.
196. Woolhouse N.W., Qureshi M.M., Bastaki S.M.A. et al. Polymorphic N-acetyltransferase (NAT2) genotyping of Emiratis // Pharmacogenetics. 1997. - V. 7. - P. 73-82.
197. Woolhouse N.W., Qureshi M.M., Bayoumi R.A.L. A new mutation C759T in the polymorphic N-acetyltransferase (NAT2) gene // Pharmacogenetics. 1997. - V. 7. - P. 83-84.
198. Zaher H., Svensson C.K. Glucocorticoid induction of hepatic acetyl CoA:arylamine N-acetyltransferase activity in the rat // Res. Commun. Chem. Pathol. Pharmacol. 1994. - V. 83. - P. 195-208.
199. Zang Y., Zhao S., Doll M.A. et al. The T341C (Ilell4Thr) polymorphism of N-acetyltransferase 2 yields slow acetylator phenotype by enhanced protein degradation // Pharmacogenetics. 2004. - V. 14. - P. 717-723.
200. Zenser T.V., Lakshmi V.M., Rustan T.D. et al. Human N-acetylation of benzidin: role of NAT1 and NAT2 // Cancer Res. 1996. - V. 56. - P. 3941-3947.
201. Zheng W., Deitz A.C, Campbell D.R. et al. N-acetyltransferase 1 genetic polymorphism, cigarette smoking, well-done meat intake, and breast cancer risk // Cancer Epidemiol. Biomark. Prev. 1999. - V. 8. - P. 233-239.
202. Zhu Y., Doll M.A., Hein D.W. Functional genomics of C190T single nucleotide polymorphism in human N-acetyltransferase 2 // Biol. Chem. 2002. - V. 383. - P. 983987.
203. Zhou Q., Talaska G., Jaeger M. et al. Benzidine-DNA adduct levels in human peripheral white blood cells significantly correlate with levels in exfoliated urothelial cells // Mutat. Res. 1997. - V. 393. - P. 199-205.
204. Zhou W., Liu G., Thurston S.W. et al. Genetic polymorphisms in N-acetyltransferase-2 and microsomal epoxide hydrolase, cumulative cigarette smoking, and lung cancer // Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 2002. - V. 11. - P. 15-21.
205. Zielinska E., Nieewiarowski W., Bodarski G. et al. Arylamine N-acetyltransferase (NAT2) gene mutation in children with allergic deseases // Clin. Pharmacol. Ther. -1997.-V. 62.-P. 635-642.
-
Никишина, Марина Владимировна
-
кандидата биологических наук
-
Новосибирск, 2007
-
ВАК 03.00.04
- Полиморфизм ариламин N-ацетилтрансферазы и его связь с некоторыми распространенными заболеваниями
- Полиморфизм ферментов метаболизма ксенобиотиков и антиоксидантной защиты и развитие гепатотоксических реакций у больных туберкулёзом легких
- Ассоциации полиморфных вариантов генов ферментов биотрансформации ксенобиотиков, протеолиза-антипротеолиза и цитокинов с хронической обструктивной болезнью легких
- Роль полиморфизма генов ферментов биотрансформации ксенобиотиков в предрасположенности к атопическим заболеваниям и гепатотоксичности противотуберкулезной терапии
- Ассоциация полиморфных вариантов генов фолатного цикла с предрасположенностью к развитию онкологических заболеваний и репродуктивных патологий у жителей Западно-Сибирского региона России
