Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Характеристика геномных последовательностей человека, прилегающих к местам встраивания вируса папилломы

ВАК РФ 03.00.15, Генетика

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Климов, Евгений Александрович

Список сокращений

Введение

Обзор литературы

I. Роль вирусов папиллом человека в патогенезе шейки матки

1. Заболеваемость и факторы риска рака шейки матки (РШМ)

2. Ассоциация РШМ с инфекцией вирусами папиллом

3. Структура вирусного генома

4. Механизмы трансформирующего действия вирусных онкогенов

5. Персистенция вирусной ДНК

6. Интеграция вирусной ДНК в клеточный геном

II. Подходы к картированию и анотированию геномов высших эукариот

1. Генетическое картирование

2. Физическое картирование

2.1. Цитогенетическое картирование

2.2. Картирование на основе гибридов соматических клеток

2.3. Рестрикционное картирование генома человека

2.4. Контиг-карты хромосом человека на основе перекрывающихся клонов геномной ДНК человека

2.5. Картирование генома на основе радиационных гибридов соматических клеток (RH-картирование)

3. Предсказание генов человека с помощью компьютерных методов анализа последовательностей биополимеров

3.1. Молекулярно-биологические базы данных 3 6 3.1. Строение генов и подходы к их предсказанию в последовательностях генома человека

Материалы и методы

Результаты и их обсуждение 53 I. Отработка метода радиационного картирования на примере локализации мозгоспецифичной последовательности Gfhb и маркера GC-богатой последовательности - cmgc

1. Подбор праймеров и оптимизация условий полимеразной цепной реакции

2. Локализация исследуемых маркеров 56 II. Локализация последовательностей генома человека, прилегающих к местам встраивания вируса папилломы

1. Физическая локализация последовательностей, прилегающих к местам встраивания HPV16 методом RH-картирования на хромосомах человека

1.1. Оптимизация условий ПЦР, скрининг панели радиационных гибридов и определение локализации маркеров INT на RH-карте

1.2. Совмещение RH-карты с другими типами карт и поиск генов, прилегающих к местам встраивания HPV

2. Локализация in silico последовательностей, прилегающих к местам встраивания HPV16 в геноме человека

3. Поиск гомологий последовательностей, прилегающих к местам встраивания HPV16, с экспрессирующимися последовательностями человека

4. Анализ нуклеотидных последовательностей генома человека, прилегающих к местам встраивания HPV

4.1. Анализ нуклеотидных последовательностей генома человека, прилегающих к местам встраивания HPV16, с использованием сервиса Genomatrix Suite

4.2. Анализ геномных последовательностей человека, прилегающих с 3'-конца к интегрированной вирусной ДНК

5. Анализ гипотетических генов

5.1. Установление экзон-интронной структуры и поиск необходимых регуляторных элементов

5.2. Определение предположительной функции белков, кодируемых описанными генами

5.3. Анализ экспрессии изучаемых генов в различных органах и тканях 86 Заключение 90 Выводы 92 Список литературы 93 Приложения

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ п.н. - пар нуклеотидов т.п.н. - тысяч пар нуклеотидов

ОТ-ПЦР - обратной транскрипции полимеразная цепная реакция ПЦР - полимеразная цепная реакция ТК - тимидинкиназа

АРОТ - amplification of papillomavirus oncogenes transcripts

ВАС - bacterial artificial chromosome

DDBJ - DNA Data Bank of Japan

EBI - The European Bioinformatics Institute

EMBL - European Molecular Biology Laboratory

EST - expressed sequence tag

FISH - fluorescence in situ hybridization

GDB - Genome Data Base

IFGT - irradiation and fusion gene transfer

HPRT - фосфорибозилтрансфераза

HPV - human papilloma virus

HR-HPV - high risk HPV

MAR - matrix attachment region

NCBI - National Center for Biotechnology Information

ORF - open reading frame

RH - radiation hybrids

S/MAR - scaffold/matrix attachment region

STS - sequenced tagged site

URR - upstream regulated region

UTR - untranslated region

YAC - yeast artificial chromosomes

Введение Диссертация по биологии, на тему "Характеристика геномных последовательностей человека, прилегающих к местам встраивания вируса папилломы"

Одной из важных задач современной генетики является изучение наследственных заболеваний человека и молекулярных механизмов онкогенеза. В этой связи активно ведутся исследования по поиску и изучению вирусных генов, связанных с развитием различных опухолей, а также последовательностей генома человека, в которые происходит встраивание вирусных генов.

Вирус папилломы человека (HPV) относится к ДНК содержащим вирусам. Известно около 100 представителей HPV человека, из которых типы 16, 18 и им родственные ассоциированы с развитием рака шейки матки [De Villiers, 1994]. В связи с его высокой онкогенностью и распространенностью в популяции человека изучение HPV представляет немалый интерес, как для прикладной, так и для теоретической науки.

HPV может существовать в клетке как в эписомальной, так и в интегрированной форме. Экспрессия вирусного генома происходит с использованием механизма сплайсинга, при этом экспрессируются два трансформирующих гена вируса Е6 и Е7, а в случае интегрированной формы и слитые с вирусными клеточные последовательности, расположенные с З'-конца встроенной ДНК вируса [Klaes et al., 1999; Киселев и др., 2001]. Часть интегрированных вирусных последовательностей остаются «молчащими» и не экспрессируются.

В случае интеграции вирус теряет собственный сайт полиаденилирования. До последнего времени оставалось неизвестным, где происходит терминация транскрипции ДНК вируса при ее интеграции в геном человека.

Как свидетельствуют литературные данные по локализации сайтов, в которые происходит встраивание вируса, интеграция HPV16 и других типов HPV может происходить в разные участки клеточного генома [el Awady et al., 1987; Cannizzaro et al., 1988; Sastre-Garau et al., 1990; Gilles et al., 1996; Wilke et al., 1996; Koopman et al., 1999; Thorland et al., 2000; Wentzensen, et al., 2002]. Многие авторы перечисленных работ указывают на близкое расположение к местам интеграции участков клеточного генома, часто подверженных хромосомным перестройкам и делециям, а также генов, прямо или косвенно участвующих в развитии онкозаболеваний. Локализацию в указанных работах проводили с использованием in situ гибридизации или панели гибридов соматических клеток, т.е. методов, не позволяющих определить точную физическую локализацию интегрированных последовательностей HPV.

Несмотря на впечатляющие успехи в расшифровке первичной нуклеотидной последовательности, аннотирование генома человека далеко от завершения. Остаются не определенными функции и структура более 2/3 генов человека. Структура и предположительные функции большинства генов на настоящий момент определены in silico [Venter et al., 2001]. И хотя полученные компьютерными методами данные нельзя принимать как абсолютно достоверные, этап работы по аннотированию генома человека in silico является основой для дальнейших экспериментальных исследований и значительно облегчает планирование и постановку эксперимента.

Физическое картирование на хромосомах человека мест интеграции ДНК вируса и их in silico анализ имеют большое значение для понимания того, как интегрированный вирусный геном может нарушать генетическую программу клетки.

Целью данной работы были точная физическая локализация мест встраивания HPV16 в хромосомы человека и характеристика in silico геномных последовательностей, прилегающих к местам встраивания вирусной ДНК, транскрибируемой в клетках плоскоклеточного рака шейки матки.

Для достижения указанной цели были поставлены следующие задачи:

1) отработка метода картирования с использованием панели радиационных гибридов соматических клеток (RH-картирование);

2) определение физической локализации геномных последовательностей, прилегающих к местам встраивания транскрибируемой ДНК вируса папилломы тип 16 (маркеры INT) в хромосомы человека в клетках плоскоклеточного рака шейки матки методом RH-картирования и картирования in silico;

3) анализ in silico последовательностей генома человека, прилегающих к местам встраивания HPV16, и структурно-функциональный анализ гипотетических генов, в последовательности которых происходит интеграция ДНК HPV16;

4) поиск in silico в геномных последовательностях человека возможных сайтов терминации транскрипции интегрированной ДНК вируса;

5) экспериментальное подтверждение методом ОТ-ПЦР транскрипционной активности проанализированных гипотетических генов человека.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

I. Роль вирусов папиллом человека в патогенезе шейки матки.

Заключение Диссертация по теме "Генетика", Климов, Евгений Александрович

ВЫВОДЫ:

1. Установлена физическая локализация (методом RH-картирование) на хромосомах человека мозгоспецифичной последовательности Hfbl (5q35) и гиперметилированной в клетках рака шейки матки последовательности cmgc30 (9q31).

2. Показано, что места интеграции транскрибипруемой в клетках плоскоклеточного рака шейки матки ДНК вируса папилломы (тип 16) локализованы в активно транскрибируемых областях генома ( хромосомы 1, 2,3, 4, 5, 6, 7, 10, 13, 14, X).

3. Впервые, с помощью анализа in silico, показано наличие с 3'-конца от встроенной ДНК HPV16 альтернативных клеточных последовательностей, в норме не используемых клеткой, но способных терминировать транскрипцию интегрированной вирусной ДНК.

4. Определена структура пяти гипотетических генов человека (LOC161154, KIAA1808, LOC158537, KIAA0887 и LOC151164), являющихся местами встраивания транскрибируемой ДНК HPV16. Нуклеотидная последовательность одного из проанализированных генов (LOCI58537) зарегистрирована в базе данных EMBL, как последовательность нового гена WASF4 (AccN AJ509090).

5. Онределена на основе анализа in silico предположительная функция трех белков, кодируемых гипотетическими генами человека: а) продукт гена LOCI58537 имеет высокий уровень сходства, с белком человека WASF2 (88%), позволяющий считать эти белки гомологами, принадлежащими к одному семейству ГТФаз - переносчиков сигнала к актину цитоскелета (WAS family); б) продукт гена KIAA1808 имеет сходство (57%) с белком человека ABLIM, содержащим LIM домен; в) продукт гена KIAA0887 имеет достоверный уровень сходства с белком Faf-Pl (37%) дрозофилы, содержащим UBX домен.

6. Экспериментально показана экспрессия трех гипотетических генов (LOC161154, KIAA1808 и KIAA0887) в тканях человека; это позволяет утверждать, что они являются реальными, а не гипотетическими генами человека.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В процессе отработки метода картирования с использованием панели радиационных гибридов соматических клеток (RH-картирование) определена физическая локализация мозгоспецифичной последовательности Hfbl, кодирующей протяженную З'-нетранслируемую область мРНК для белка комплексина 2 человека, а также последовательности cmgc30, гиперметилированной в клетках рака шейки матки. Результаты RH-картирования мозгоспецифичной последовательности Hfbl совпали с известной ранее локализацией гена комплексина 2 (5q35). Последовательность cmgc30 была локализована в области 9q31, позднее было показано наличие в этой области сходной последовательности нуклеотидов. Эти данные подтверждают правильность выбора метода RH-картирования, как одного из самых точных и эффективных методов тонкого физического картирования.

С помощью метода RH-картирования была определена физическая локализация пяти геномных последовательностей, прилегающих к местам встраивания транскрибируемой ДНК вируса папилломы тип 16 в хромосомы человека (маркеры INT) в клетках плоскоклеточного рака шейки матки. Повторная локализация in silico этих маркеров подтвердила результаты RH-картирования. Семь других маркеров INT были локализованы только in silico, что стало возможным после появления в банках данных более полного варианта черновых последовательностей генома человека.

Анализ мест локализации маркеров INT и их сходства с экспрессирующимися последовательностями генома человека позволил нам высказать предположение, о предпочтительном встраивании ДНК вируса в районы хромосом, характеризующиеся активной транскрипцией. Высказанное нами предположение согласуется с недавно опубликованными данными других авторов [Wentzensen et al., 2002]. Необходимо иметь в виду, что предположение о предпочтительном встраивании ДНК HPV16 в активно транскрибируемые области генома человека правомочно только для транскрибируемой ДНК вируса папилломы. Этот феномен можно объяснить тем, что активно транскрибируемые последовательности находятся в деконденсированном состоянии, облегчающем интеграцию чужеродного генетического материала и последующею его транскрипцию.

Анализ in silico клеточных последовательностей, расположенных с 3'-конца далее от места интеграции, показал наличие в них клеточного сигнала терминации транскрипции (содержащего сайт полиаденилирования). Эти данные позволяют нам утверждать, что транскрипция интегрированной вирусной ДНК в случае встраивания ее в интроны клеточных генов и межгенные последовательности, происходит до ближайшего с 3'-конца клеточного сигнала терминации транскрипции.

Результаты проведенного в данной работе анализа мест интеграции ДНК вируса и прилегающих к ним геномных последовательностей человека позволяют лучше понять, как происходит взаимодействие вирусного и клеточного геномов, приводящее к возникновению рака шейки матки.

Проведен детальный анализ структуры и функции пяти гипотетических генов, являющихся местами встраивания ДНК HPV16. С помощью компьютерных программ определены их экзон-интронные структуры, найдены необходимые для функциональной активности генов элементы в 5'- и 3'-регуляторных областях и на границах экзонов. Методом поиска сходства удалось определить предположительную функцию для трех белковых продуктов изучаемых генов. Экспериментально (методом ОТ-ПЦР) показана экспрессия двух генов (LOC161154 и KIAA0887) в тканях человека. На основании гомологии белковых продуктов генов WASF2 и LOC158537, ген LOC158537 назван нами WASF4, его нуклеотидная последовательность зарегистрирована в базе данных EMBL как последовательность нового гена (AccN AJ509090).

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Климов, Евгений Александрович, Москва

1. Аитова С.С. ДНК-маркеры хромосомы 13 человека: локализация, полиморфизм и использование для картирования // Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук. Москва. 1997.

2. Горбунова В.Н. Молекулярные основы медицинской генетики. // СПб. 1999. 212С.

3. Жданова Н.С. Радиационной картирование геномов. Настоящее и будущее // Генетика. 2002. Т.38. С.581-594.

4. Жимумев И.Ф. Современные представления о структуре гена у эукариот // Соросовский образовательный журнал. 2000. Т.6. С. 17-24.

5. Забаровский Е.Р., Домнинский Д.А., Киселев JI.J1. Физическое картирование генома человека: на пути к выработке оптимальной стратегии // Молекулярная биология. 1994. Т.28.

6. Захаров И.А. Генетические карты высших организмов // JI. Наука. 1979. 158С.

7. Захаров И.А., Никифоров B.C., Степанюк Е.В. Генетическое картирование сельскохозяйственных животных // Успехи современной генетики. 1993. Т.18. С.36-75.

8. Киселев Ф.Л. Вирусы папиллом человека как этиологический фактор рака шейки матки: значение для практики и здравоохранения // Вопросы вирусологии. 1997 Т.6. С.248-251.

9. Киселев Ф.Л., Киселева Н.П., Кобзева В.К., Грицко Т.М., Семенова Л.А., Павлова Л.С., Клэс Р., фон Кнебель-Деборитц М.Статус ДНК вируса папиллом человека в опухолях шейки матки. Молекулярная биология. 2001. Т.35. С.470-476.

10. Лаасри Мажид. Биологический потенциал мутантных вариантов генов Е6 и Е7 вируса папиллом человека тип 18 // Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук. Москва. 1998.

11. Лобашев М.Е. Генетика. Курс лекций // Изд. Ленинградского Университета. 1967. 489С.

12. Маниатис Т., Фрич Э., Сембрук Дж. Молекулярное клонирование // М. Мир. 1984. 480С.

13. Методы генетики соматических клеток // Под Ред. Дж. Шея. М. Мир. 1985. Т.1. 311С.; Т.2. 629С.

14. Сахарова О.В., Нечушкин М.И. Роль вирусов папиллом человека в патогенезе шейки матки (обзор литературы) // 1999. www.rosoncoweb.ru

15. Свищева Г.Р. Статистические методы радиационного гибридного картирования: селективные модели // Генетика. 1999. Т.35. С.95-100.

16. Сулимова Г.Е., Компанийцев А.А., Кунижева С.С., Климов Е.А., Рахманалиев Э.Р., Удина И.Г. Картирование в геноме человека EST- и STS-маркеров с использованием панели радиационных гибридов // Генетика. 2000а. Т.36. С.900-907.

17. Эфрусси Б. Гибридизация соматических клеток// М. Мир. 1976. 195С.

18. Antson A.A., Burns J.E., Moroz O.V., Scott D.J., Sanders C.M., Bronstein I.B., Dodson G.G., Wilson K.S., Maitland N.J. Structure of the intact transactivation domain of the human papillomavirus E2 protein // Nature. 2000. V.403. P.805-809.

19. Baker, C.C., Phelps, W.C., Lindgren, V., Braun, M.J., Gonda, M.A., Howley, P.M. Structural and transcriptional analysis of human papillomavirus type 16 sequences in cervical carcinoma cell lines // J. Virol. 1987. V.61. P.962-971.

20. Barillot E., Dausset J., Cohen D. Theoretical analysis of a physical mapping strategy using random single-copy landmarks // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991. V.88. P.3917-3921.

21. Barnard P., McMillan N.A. The human papillomavirus E7 oncoprotein abrogates signaling mediated by interferon-alpha // Virology. 1999. V.259. P.305-313.

22. Barnard P., Payne E., McMillan N.A. The human papillomavirus E7 protein is able to inhibit the antiviral and anti-growth functions of interferon-alpha // Virology. 2000. V.277. P.411-419.

23. Benson D.A., Boguski M.S., Lipman D.J., Ostell J., Ouellette B.F., Rapp B.A., Wheeler D.L. GenBank // Nucleic Acids Res. 1999. V.27. P.12-17.

24. Boehnke M., Lange K., Cox D.R. Statistical methods for multipoint radiation hybrid mapping // Am. J. Hum. Genet. 1991. V.49. P.l 174-1188.

25. Briggs M.W., Adam J.L., McCance DJ. The human papillomavirus type 16 E5 protein alters vacuolar H(+)-ATPase function and stability in Saccharomyces cerevisiae //Virology. 2001. V.280. P.169-175.

26. Burge C., Karlin S. Prediction of complete gene structures in human genomic DNA // J. Mol. Biol. 1997. V.268. P.78-94.

27. Burke D.T., Carle G.F., Olson M.V. Cloning of large segments of exogenous DNA into yeast by means of artificial chromosome vectors // Science. 1987. V.236. P.806-812.

28. Cannizzaro L.A., Durst M., Mendez M.J., Hecht B.K., Hecht F. Regional chromosome localization of human papillomavirus integration sites near fragile sites, oncogenes, and cancer chromosome breakpoints // Cancer Genet. Cytogenet. 1988. V.33. P.93-98.

29. Carmody, M.W., Jones, M., Tarraza, H., and Vary, C.P. Use of the polymerase chain reaction to specifically amplify integrated HPV-16 DNA by virtue of its linkage to interspersed repetitive DNA // Mol. Cell. Probes. 1996. V.10. P.107-116. *

30. Caron H., van Schaik В., van der Мее M., Baas F., Riggins G., van Sluis P., Hermus M.C., van Asperen R., Boon K., Voute P.A., Heisterkamp S., van

31. Kampen A., Versteeg R. The human transcriptome map: clustering of highly expressed genes in chromosomal domains // Science. 2001. V.291. P. 1289-1292.

32. Chen Т. M., Chen C. A., Hsieh C. Y., Chang D. Y., Chen Y. H., Defendi V. The state of p53 in primary human cervical carcinomas and its effects in human papillomavirus-immortalized human cervical cells // Oncogene. 1993. V8. P.1511-1518.

33. Chen Y.H., Huang L.H., Chen T.M. Differential effects of progestins and estrogens on long control regions of human papillomavirus types 16 and 18 // Biochem Biophys Res Commun. 1996. V.224. P.651-659.

34. Chumakov I., Bellanne-Chantelot C., LeGall I., Cohen D. Integrated mapping across the whole human genome // Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1993. V.58. P.377-382.

35. Chumakov I., LeGall I., Billaut A. Isolation of chromosome 21-specific yeast artificial chromosomes from a total human genome library // Nature Genet. 1992. V.l. P.222-225.

36. Cohen D., Chumakov I. Weissenbach J.A. First-generation physical map of the human genome // Nature. 1993. V.366. P.698-701.

37. Cox D.R., Burmeister M., Price E.R., Kim S., Myers R.M. Radiation hybrid mapping: a somatic cell genetic method for constructing high-resolution maps of mammalian chromosomes // Science. 1990. V.250. P.245-250.

38. De Villiers E.M. Human pathogenic papillomavirus types: an upgrade // Curr Top Microbiol Immunol. 1994. V.l86. P. 1-12.

39. Etscheid B.G., Foster S.A., Galloway D.A. The E6 protein of human papillomavirus type 16 functions as a transcriptional repressor in a mechanism independent of the tumor suppressor protein, p53 // Virology. 1994. V.205. P.583-585.

40. Fan Y., Davis L.M., Shows T.B. Mapping small DNA sequences by fluorescence in situ hybridization directly on banded metaphase chromosomes // Proc. Natl. Acad. Sci. 1990. V.87. P.6223-6227.

41. Fedorova L., Kost-Alimova M., Gizatullin R.Z., Alimov A., Zabarovska V.I., Szeles A., Protopopov A.I., Vorobieva N.V., Kashuba V.I., Klein G., Zelenin

42. A. V., Sheer D., Zabarovsky E.R. Assignment and ordering of twenty-three unique iVb/I-linking clones containing expressed genes including the guanosine 5'-monophosphate synthetase gene to human chromosome 3 // Eur. J. Hum. Genet. 1997. V.5. P.110-116.

43. Frisch M, Freeh K, Klingenhoff A, Cartharius K, Liebich I, Werner T. In silico prediction of scaffold/matrix attachment regions in large genomic sequences // Genome Res. 2002. V.12. P.349-354.

44. Galloway D.A., McDougall J.K. The disruption of cell cycle checkpoints by papillomavirus oncoproteins contributes to anogenital neoplasia // Semin Cancer Biol. 1996. V.7.P.309-315.

45. Gilles C., Piette J., Ploton D., Doco-Fenzy M., Foidart J.M.Viral integration sites in human papilloma virus-33-immortalized cervical keratinocyte cell lines // Cancer Genet. Cytogenet. 1996. V.90. P.63-69.

46. Goss S.J., Harris H. New method for mapping genes in human chromosomes // Nature. 1975. V.255. P.680-684.

47. Green E.D., Olson M.V. Systematic screening of yeast artificial-chromosome libraries by use of the polymerase chain reaction // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1990. V.87. P.1213-1217.

48. Hartwell L. Defects in a cell cycle checkpoint may be responsible for the genomic instability of cancer cells // Cell. 1992. V.71. P.543-546.

49. Holland J., Coffey A.J., Giannelli F., Bentley D.R. Vertical integration of cosmid and YAC resources for interval mapping on the X chromosome. // Genomics. 1993. V.15. P.297-304.

50. Hozier J.C., Davis M. Cytogenetic approach to genome mapping // Anal. Biochem. 1992. V.200. P.205-217.

51. Ichikawa H., Hosoda F., Arai Y. Shimizu K., Ohira M., Ohki M. A Noil restriction map of the entire long arm of human chromosome 21 // Nature Genet. 1993. V.4. P.361-366.

52. International Human Genome Sequencing Consortium. Initial sequencing and analysis of human genom // Nature. 2001. V.409. P.860-922.

53. Ishizuka Т., Saisu H., Odani S., Abe T. Synaphin: a protein associated with the docking/fusion complex in presynaptic terminals // Biochem. Biophys. Res. Comimm. 1995. V.213. P.l 107-1104.

54. Itakura M., Misawa H., Sekiguchi M., Takahashi S., Takahashi M. Transfection analysis of functional roles of complexin I and II in the exocytosis of two different types of secretory vesicles // Biochem. Biophys. Res. Com. 1999. V.265. P.691-696.

55. Jones D.L., Munger К. Interactions of the human papillomavirus E7 protein with cell cycle regulators // Semin Cancer Biol. 1996. V.7. P.327-337.

56. Khare S., Pater M.M., Tang S.C., Pater A. Effect of glucocorticoid hormones on viral gene expression, growth, and dysplastic differentiation in HPV 16-immortalized ectocervical cells // Exp Cell Res. 1997. V.232. P.353-360.

57. Koch J.E., Kolvraa S., Petersen K.B., Gregersen N., Bolund L. Oligonucleotide -priming methods for the chromosome specific labelling of alpha satellite DNA in situ // Cromosoma. 1989. V.98. P.259-265.

58. Lange K., Boehnke M. Bayesian methods and optimal experimental design for gene mapping by radiation hybrids // Ann. Hum. Genet. 1992. V.56. P. 119-144.

59. Lange K., Boehnke M., Cox D.R., Lunetta K.L. Statistical methods for polyploid radiation hybrid mapping // Genome Res. 1995. V.5. P.136-149.

60. Larin Z., Monaco A.P., Lehrach H. Yeast artificial chromosome libraries containing large inserts from mouse and human DNA // Proc. Natl. Acad. Sci. 1991. V.88. P.4123-4127.

61. Lengauer С., Riethman H., Cremer Т. Painting of human chromosomes with probes generated from hybrid cell lines by PCR with Alu and LI primers // Hum Genet. 1990. V.86. P. 1-6.

62. Liebich I, Bode J, Frisch M, Wingender E. S/MARt DB: a database on scaffold/matrix attached regions // Nucleic Acids Res. 2002. V.30. P.372-374.

63. Littlefield J.W. Selection of hybrids from matings of fibroblasts in vitro and their presumed recombinants // Nature. 1964. V.256. P.495-497.

64. Liu Z., Ghai J., Ostrow R.S., Faras A.J. The expression levels of the human papillomavirus type 16 E7 correlate with its transforming potential // Virology. 1995. V.207. P.260-270.

65. Mantovani F., Banks L. The interaction between p53 and papillomaviruses // Semin Cancer Biol. 1999. V.9. P.387-395.

66. Matlashewski G. The cell biology of human papillomavirus transformed cells // Anticancer Res. 1989. V.9. P.1447-1456.

67. McMahon H.T., Missler M., Li C., Sudhof T.C. Complexins: cytosolic proteins that regulate SNAP receptor function // Cell. 1995. V.83. P.l 11-119.

68. Mitra A.B. Genetic deletion and human papillomavirus infection in cervical cancer: loss of heterozygosity sites at 3p and 5p are important genetic events // Int. J. Cancer. 1999. V.82. P.322-324.

69. Morton M.E. Parameters of the human genome // Proc. Nat. Acad. Sci. 1991. V.88. P.7474-7476.

70. Nakagawa S., Watanabe S., Yoshikawa H., Taketani Y., Yoshiike K., Kanda T. Mutational analysis of human papillomavirus type 16 E6 protein: transforming function for human cells and degradation of p53 in vitro // Virology. 1995. V.212. P.535-542.

71. Naylor S.L., Buys C.H.C.M., Carritt B. Report of the fourth international workshop on human chromosome 3 mapping 1993 // Cytogenet. Cell Genet. 1995. V.65. P.l-50.

72. Newell W., Beck S., Lehrach H., Lyall A. Estimation of distances and map construction using radiation hybrids // Genome Res. 1998. V.8. P.493-508.

73. NIH/CEPH Collaborative Mapping Group. A comprehensive genetic linkage map of the human genome // Science. 1992. V.258. P.67-86.

74. Nizetic D., Gellen L., Hamvas R., Mott R., Grigoriev A., Vatcheva R., Zehetner G., Yaspo M.L, Dutriaux A., Lopes C., et al. An integrated YAC-overlap and "cosmid-pocket" map of the human chromosome 21 // Hum. Mol. Genet. 1994. V.3. P.759-770.

75. Olson M., Hood L., Carton C., Botstein D. A common language for physical mapping of human genome // Science. 1989. V.245. P. 1434-1435.

76. Pabst S., Hazzard J.W., Antonin W., Sudhov T.C., Jahn R., Rizo J., Fasshauer D. Selective interaction of complexin with the neuronal SNARE complex. Determination of the binding regions // J. Biol.Chem. 2000. V.275. P. 1980819818.

77. Rey O., Lee S., Baluda M.A., Swee J., Ackerson В., Chiu R., Park N.H. The E7 oncoprotein of human papillomavirus type 16 interacts with F-actin in vitro and in vivo // Virology. 2000. V.268. P.372-381.

78. Rey O., Lee S., Park N.H. Human papillomavirus type 16 E7 oncoprotein represses transcription of human fibronectin // J. Virol. 2000. V.74. P.4912-4918.

79. Ristriani Т., Masson M., Nomine Y., Laurent C., Lefevre J.F., Weiss E., Trave G. HPV oncoprotein E6 is a structure-dependent DNA-binding protein that recognizes four-way junctions //J. Mol. Biol. 2000. V.296. P.l 189-1203.

80. Rodriguez-Tome P., Lijnzaad P. The radiation hybrid database // Nucleic Acids Res. 1999. V.27. P. 115-118.

81. Saiki R.K., Gelfand D.H., Stoffel S., Scharf S.J., Higuchi R., Horn G.T., Mullis K.B., Erlich H.A. Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA Polymerase // Science. 1988. V.239. P.487-491.

82. Scherf M., Klingenhoff A., Werner T. Highly specific localization of promoter regions in large genomic sequences by Promoterlnspector: a novel context analysis approach // J. Mol. Biol. 2000. Y.297. P.599-606.

83. Schneider-Gadicke, A., and Schwarz, E. Different human cervical carcinoma cell lines show similar transcription patterns of human papillomavirus type 18 early genes // EMBO J. 1986. V.5. P.2285-2292.

84. Schneider-Mannoury S., Croissant O., Orth G. Integration of human papillomavirus type 16 DNA sequences: Possible early event inthe progression of genital tumors // J. Virol. 1987. V.61. P.3295-3298.

85. Schwarz, E., Freese, U. K., Gissmann, L., Mayer, W., Roggenbuck, В., Stremlau, A., zur Hausen, H. Structure and transcription of human papillomavirus sequences in cervical carcinoma cells // Nature (Lond.). 1985. V.314. P. 111-114.

86. Shera K.A., Shera C.A., McDougall J.K. Small tumor virus genomes are integrated near nuclear matrix attachment regions in transformed cells // J. Virol. 2001. V.75. P. 12339-12346.

87. Stoppler M.C., Straight S.W., Tsao G., Schlegel R., McCance D.J. The E5 gene of HPV-16 enhances keratinocyte immortalization by full-length DNA // Virology. 1996. V.223. P.251-254.

88. Szarka K., Veress G., Juhasz A., Konya J., Sapy Т., Soos G., Hernadi Z., Gergely L. Integration status of virus DNA and p53 codon 72 polymorphism in human papillomavirus type 16 positive cervical cancers // Anticancer Res. 2000. V.20. P.2161-2167.

89. Takahashi S., Ujihara H., Huang G.Z., Yagyu K., Sanbo M., Kaba H., Yagi T. Reduced hippocampal LTP in mice lacking a presynaptic protein: complexin II // Eur. J. Neurosci. 1999. V.ll. P.2359-2366.

90. Takahashi S., Yamamoto H., Matsuda Z., Ogawa M., Yagyu K. Identification of two highly homologous presynaptic proteins distinctly localized at the dendritic and somatic synapses // FEBS left. 1995. V.368. P.455-460.

91. Thorland E., Myers S., Persing D., Sarkar G., McGovern R., Gostout В., Smith D. Human papillomavirus type 16 integrations in cervical tumors frequently occur in common fragile sites // Cancer Researsch 2000. V.60. P.5916-5921.

92. Troyer D.L., Goad D.W., Xie H., Rohrer G.A., Alexander L.J., Beattie C.W. Use of direct in situ single copy (DISC) PCR to physically map fine porcine microsatellites // Cytogenet. Cell Genet. 1994. V.67. P. 199-204.

93. Van Tine В., Knops J., Broker Т., Chow L., Moen Jr. P. In situ analysis of the transcriptional activity of integrated viral DNA using tyramide-FISH // Dev Biol (Basel) 2001. V.106. P.381-385.

94. Wagatsuma M., Hashimoto K., Matsukura T. Analysis of integrated human papillomavirus type 16 DNA in cervical cancers: amplification of viral sequences together with cellular flanking sequences // J Virol. 1990. V.64. P.813-821.

95. Walter M.A., Goodfellow P.N. Radiation hybrids: irradiation and fusion gene transfer//Trends Genet. 1993. V.9. P.352-356.

96. Walter M.A., Spillett D.J., Thomas P., Weissenbach J., Goodfellow P.N. A method for constructing radiation hybrid maps of whole genome // Nature Genetics. 1994. V.7. P.22-28.

97. Weissenbach J., Gyapay G., Dib C., Vignal A., Morissette J., Millasseau P., Vaysseix G., Lathrop M. A second-generation linkage map of the human genome //Nature. 1992. V.359. P.794-801.

98. Wentzensen N., Ridder R., Klaes R., Vinokurova S., Schaefer U., von Rnebel Doeberitz M. Characterization of viral-cellular fusion transcripts in a large series of HPV16 and 18 positive anogenital lesions // Oncogene 2002. V.21. P.419-426.

99. Wingender E., Chen X., Hehl R., Karas H., Liebich I., Matys V., Meinhardt Т., Pruss M., Reuter I., Schacherer F. TRANSFAC: an integrated system for gene expression regulation // Nucleic Acids Res. 2000. V.28. P.316-319.

100. Zhdanova N.S., Thomsen P.D., Astakhova N.M., Kuznetsov S.B., Jorgensen C.B., Plyusnina E.V., Serov O.L. Production of pig-mink cell hybrids with single pig chromosomes 2, 5, 12, or t(l,13) // Mamm Genome. 1996. V.7. P.613-615.

101. Zur Hausen H. 1991 .Human papillomaviruses in the pathogenesis of anogenital cancer. Virology. V.184. P.9-13.

102. Zur Hausen H., Gissman L. Viral Oncology. Ed. G.Klein // New York, 1980. 433P.