Структурно-функциональная характеристика генов-модификаторов иммунного ответа при заболеваниях печени различной этиологии

Хеба Гамаль Абд Ель-Азиз Наср

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Структурно-функциональная характеристика генов-модификаторов иммунного ответа при заболеваниях печени различной этиологии
ВАК РФ 03.02.07, Генетика

Автореферат диссертации по теме "Структурно-функциональная характеристика генов-модификаторов иммунного ответа при заболеваниях печени различной этиологии"

На правах рукописи

с:у^^

ХЕБА ГАМАЛЬ АБД ЕЛЬ-АЗИЗ НАСР

СТРУКТУРНО-ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ГЕНОВ-МОДИФИКАТОРОВ ИММУННОГО ОТВЕТА ПРИ ЗАБОЛЕВАНИЯХ ПЕЧЕНИ РАЗЛИЧНОЙ ЭТИОЛОГИИ

03.02.07 - генетика

АВТОРЕФЕРАТ

диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук

о 3 ОсЗ 2011

ТОМСК-2011

4843627

Работа выполнена в Государственном образовательном учреждении высшего профессионального образования «Сибирский государственный медицинский университет Росздрава» и в Учреждении Российской академии медицинских наук Научно-исследовательском институте медицинской генетики. Сибирского отделения РАМН

Научный руководитель: доктор биологических наук, профессор

Степанов Вадим Анатольевич

Официальные оппоненты: доктор биологических наук, профессор

Чердынцева Надежда Викторовна

кандидат медицинских наук Тарасенко Наталия Викторовна

Ведущая организация: Институт цитологии и генетики СО РАН

Защита состоится « /б~ » <?>(?$рО/1Я 2011 года в /¿7 час. на заседании диссертационного совета ДМ 001.045.01 при Учреждении Российской академии медицинских наук НИИ медицинской генетики Сибирского отделения РАМН по адресу: 634050 г. Томск, Набережная реки У шайки, д. 10.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Учреждения Российской академии медицинских наук НИИ медицинской генетики Сибирского отделения РАМН, г. Томск

Автореферат разослан «_» «_» 2011 г.

Ученый секретарь диссертационного совета доктор биологических наук, профессор Кучер А.Н.

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность проблемы:

С конца 90-х годов прошлого столетия началось активное изучение генетических основ предрасположенности к различным инфекционным заболеваниям (Hill, 1999; Frodsham, 2004; Пузырев, 2003; Фрейдин, 2002). Изучена связь различных генов, как с фенотипом заболевания, так и с патогенетически значимыми качественными и количественными признаками, в том числе, связь генов цитокинов с гепатитами В и С (Toniutto, 2004; Suppiah, 2009; Rauch, 2010) - тяжестью их течения, прогрессированием, ответом на терапию и исходом заболевания (Knapp, 2003; Toniutto, 2004; Гончарова, 2009). Данные же о влиянии генотипа по тем или иным полиморфным вариантам генов на изменчивость количественных показателей, значимых для развития и прогрессирования хронического вирусного гепатита, немногочисленны. Вместе с тем, такие исследования могут помочь более точно определить структуру генетической подверженности к патологии и, зачастую, объяснить ассоциацию генетических маркеров с заболеванием и вариантом его прогрессии.

Инфекционные заболевания являются удобной моделью для изучения гено-фенотипических взаимодействий в детерминации сложных мультифакторных признаков у человека, поскольку позволяют выделять фактор, определяющий развитие заболевания. В качестве таких модельных патологий могут служить вирусные гепатиты, характеризующиеся высокой распространенностью и степенью хронизации, поздней выявляемостыо и неблагоприятным прогнозом. Полная изученность вирусов гепатита С (HCV) и гепатита В (HBV) дает возможность более четко охарактеризовать взаимоотношения «патоген-хозяин» и выявить особенности функционирования генома человека при воздействии этих патогенов. Изучение алкогольной болезни печени в сравнении с вирусными гепатитами, дает возможность выявления особенностей функционирования генома при воздействии на организм агентов инфекционной и неинфекционной природы.

Решение проблемы «индивидуального ответа» генотипа на воздействие различных факторов внешней среды возможно путем выбора однонуклеотидных полиморфных вариантов (SNPs) в генах иммунного ответа, оказывающих влияние на функционирование гена и дальнейшей оценки связи данных вариантов генов с заболеваниями печени вирусной и невирусной природы (хронические вирусные гепатиты С, В и алкогольная болезнь печени), особенностями клинического течения и исходов этих заболеваний, оценить влияния генетического полиморфизма исследуемых генов на особенности их функционирования (экспрессии) в условиях воздействия на организм человека повреждающих факторов вирусной и невирусной природы.

Таким образом, представляется актуальным исследование структурно-функциональных особенностей генов-модификаторов иммунного ответа при заболеваниях печени различной этиологии Цель исследования:

Провести структурно-функциональный анализ генетической подверженности к заболеваниям печени различной этиологии по генам иммунной системы.

Задачи исследования:

1. Изучить полиморфизм генов иммунной системы IL12B (А1188С и rs3212220 G/T) ; IL12RB1(G53\A и С2087Т); IFNG (Т-1488С); IFNGR2 (G-1704/-); ШМ(С1196Т); CTLA(GA9A) у больных хроническими гепатитами С (ХВГС) и В - (ХВГВ), алкогольной болезнью печени.

2. Оценить ассоциации выбранных полиморфных вариантов генов с заболеваниями печени различной этиологии (вирусные гепатиты ХВГС, ХВГВ, алкогольная болезнь печени).

3. Выявить ассоциации генов иммунной системы и детоксикации ксенобиотиков GSTT1/GSTM1 с морфологическими особенностями течения хронических гепатитов различной этиологии качественными и количественными признаками.

4. Охарактеризовать паттерн экспрессии генов иммунной системы (IL12B\ ILI2RBI; IFNG\ IFNGR2; TLR4; CTLA) при заболеваниях печени вирусной и невирусной этиологии.

Научная новнзна:

Впервые получены данные о генетическом полиморфизме генов IL12B (А1188С и rs3212220 G/T) ; IL12RB1 (G531A и С2087Т); IFNG (Т-1488С); IFNGR2 (G-1704/-); TLR4 (С1196Т); CTLA (G49A) у больных хроническими гепатитами С (ХВГС), В - (ХВГВ), алкогольной болезнью печени. Впервые выявлены ассоциации гомозиготного генотипа «АА» полиморфного варианта гена JL12B (А1188С) и генотипа «GG» варианта гена IFNGR2 (G-1704/-) с хроническим вирусным гепатитом С и генотипа «ТТ» SNP гена IL12B (rs3212220 G/T) и генотипа «СТ» варианта гена IL12RB1 (С2087Т) с алкогольной болезнью печени. Впервые показаны различия между группами больных ХВГС и ХВГВ в частотах аллеля, несущего делецию «-» полиморфизма гена IFNGR2 (G-1704/-).

Впервые выявлено, что полиморфные варианты гена IL12B (А1188С) и (rs3212220 G/T) ассоциированы с уровнем цитокинов (IL4, IL12, IFN-y) и

протромбиновым индексом у больных ХВГС; делеционный полиморфизм в промоторной области гена IFNGR2 (G-1704/-) ассоциирован с уровнем общего билирубина, показателями тимоловой пробы, концентрацией ai-протеиназного ингибитора у больных ХВГС и уровнем ACT у больных ХВГВ; полиморфизм гена IFNG (Т-1488С) влияет на уровень ai-протеиназного ингибитора у больных ХВГС; полиморфный вариант гена CTLA4 (G49A) ассоциирован с такими биохимическими показателями как ACT и AJIT у больных ХВГС; полиморфный вариант гена TLR4 (CI 196Т) оказывает влияние на показатели тимоловой пробы у больных ХВГВ.

Впервые выявлены особенности функционирования генов IL12B; IL12RB1; IFNG; IFNGR2; TLR4\ CTLA в биоптатах печени в зависимости от воздействующих факторов вирусной и невирусной природы. Показано, что при ХВГС в гепатоцитах наблюдается увеличение экспрессии гена IL12B, при ХВГВ - увеличение экспрессии генов 1L12B и IFNG по сравнению с уровнем экспрессии этих генов у больных АБП. Научно-практическая значимость:

Данные настоящего исследования дополняют фундаментальные сведения о генетической компоненте предрасположенности к хронизации вирусных гепатитов С и В и развитию алкогольной болезни печени. Полученные в настоящей работе данные могут быть использованы в клинической практике для оценки особенностей течения и исходов данных заболеваний для носителей определенных генотипов. Результаты исследования могут быть использованы в лекционном курсе для врачей различных специальностей по терапии и медицинской генетике. Полученная информация о полиморфизме генов модификаторов иммунного ответа у русских жителей г. Томска может быть использована при проведении ассоциативных исследований подверженности к инфекционным заболеваниям.

Положения, выносимые на защиту:

1. Генетическая составляющая подверженности к ХВГС, ХВГВ и АБП, тяжести течения заболеваний и изменений патогенетически значимых количественных признаков является различной: полиморфные варианты генов 1L12B (А1188С), IFNGR2 (G-1704/-), CTLA (G49A) ассоциированы с ХВГС; полиморфные варианты генов IFNGR2 (G-1704/-) и TLR4 (С1196Т) ассоциированы с ХВГВ, полиморфные варианты генов IL12B (rs3212220 G/T) и IL12RB1 (С2087Т) - с АБП.

2. Заболевания печени вирусного и алкогольного генеза характеризуются различным паттерном экспрессии генов-модификаторов иммунного ответа: в биоптатах печени при ХВГС увеличивается экспрессия гена IL12B, при ХВГВ увеличивается экспрессия генов IL12B и 1FNG, АБП характеризуется угнетением экспрессии генов 1L12B и IFNG.

Апробация работы:

Основные материалы диссертационной работы доложены на межлабораторных научных семинарах НИИ медицинской генетики СО РАМН (Томск 2009, 2010); на VI Съезде Российского общества медицинских генетиков (Ростов-на-Дону, 2010).

Публикации: По теме диссертации .опубликовано 3 работы, в том числе 2 статьи в рецензируемых журналах списка ВАК, и 1 тезисы в материалах отечественной конференции.

Структура и объем диссертации: Диссертационная работа изложена на 154 страницах машинописного текста и состоит из введения, трех глав («Обзор литературы», «Материалы и методы» и «Результаты и их обсуждение»), заключения, выводов, и списка литературы. Данные проиллюстрированы 16 рисунками и 32 таблицами. Библиографический указатель включает 220 источников, из них 190 зарубежных.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

В группу больных хроническим вирусным гепатитом (ХВГ) вошли 321 человек. Среди них 185 человек были больны хроническим вирусным гепатитом С (ХВГС), 47- хроническим вирусным гепатитом В (ХВГВ) и 89- алкогольной болезнью печени (АБП). Критериями для включения в исследование служили: 1) серологические маркеры ХВГ В и/или С, обнаруженные в сыворотке крови методом иммуноферментного анализа (набор фирмы "ELISA"); 2) ДНК вируса гепатита В и РНК вируса гепатита С, выявленная с помощью нолимеразной цепной реакции (ПДР). У всех больных проведена морфологическая верйфикация диагноза с определением индекса гистологической активности по Knodell (Knodell, 1981) и стадии фиброза по Desmet (Desmet, 1994). Контрольная группа состояла из 96 русских жителей г. Томска.

Для оценки ассоциации полиморфных маркеров генов со стадией фиброза больных ХВГС разделили на три подгруппы. К первой подгруппе (I) отнесены больные со слабой степенью фиброза (стадия I) (п=61). Вторую группу (II) составили 85 человек с умеренным и выраженным фиброзом (стадии II и III соответственно). В третью группу (III) вошли 28 больных с циррозом печени (стадия фиброза IV). Для больных с циррозом печени был проведен дополнительный анализ ассоциаций «нулевых» генотипов генов глутатион S-трансфераз GSTT1 и GSTM1 с циррозом печени, обусловленным HCV-инфекцией. Генотипирование генов GSTT1 и GSTM1 проводили с помощью мультиплексной полимеразной цепной реакции. Последовательности праймеров: GSTM1 (прямой - 5'-tgc-ttc-acg-tgt-tat-gga-ggt-tc; обратный - 5'-gtt-ggg-ctc-aaa-tat-acg-gtg-g); GSTT1 (прямой - 5'-ggt-cat-tct-gaa-ggc-caa-gg; обратный- 5'-ttt-gtg-gac-tgc-tga-gga-cg); внутренний контроль амплификации (ген рецептора эстрогена ESR1) (прямой - 5'-caa-gtc-tcc-cct-cac-tcc-cc; обратный - 5'- gtg-cga-gtg-gct-cag-tgt-gt). Гомозиготное состояние по "нулевым" аллелям генов GSTT1 и GSTM1 определяли по отсутствию соответствующих фрагментов размером 131 и 114 п.н. и обозначали «-». Наличие этих фрагментов свидетельствовало о присутствии нормальной копии гена в гомо- либо гетерозиготном состоянии и было обозначено «+».

Исследование способности мононуклеарами продуцировать интерлейкин 4, 10, 12 (ИЛ-4, ИЛ-12, ИЛ-10), фактор некроза опухолей - а (ФНО-сх) и содержание в сыворотке крови фибронектина, коллагеназы, протеиназного ингибитора (агПИ), макроглобулина (а2-МГ), эластазы, свободного

оксипролина и оксипролина, связанного с белком (СОП и БОП соответственно) было проведено по стандартным методикам на базе областной клинической больницы г.Томска.

Выделение ДНК проводили методом фенолыюй экстракции с помощью коммерческого набора «Вектор ДНК экстракция» (ЗАО «Вектор-Бест», Россия). Генотипирование осуществляли с помощью ПДРФ-анализа продуктов полимеразной цепной реакции (ПЦР), используя описанную в литературе структуру праймеров и соответствующие ферменты рестрикции. В работе были исследованы полиморфизмы генов И12В(А\ШС) и (rs3212220 G/T), IL12RB1 (С2087Т) и (G531 A), IFNG (Т-1488С), IFNGR2 (G-1704/-), CTLA4 (G49A), TLR4 (С1190Т) (Табл. 1).

Выделение суммарной мРНК проводили с использованием реактива TRI-Reagent (Mrcgene). Для выделения РНК из 50 мкг ткани печени, замороженной в азоте использовали 1 мл TRI-Reagent. Для постановки количественной ПЦР в реальном времени (RT-PCR) использованы наборы праймеров и TagMan-зондов производства фирмы Sintol (Москва). Реакцию проводили на амплификаторе с оптической насадкой iCycler iQ (BIO RAD, США).

Распределение генотипов по исследованным полиморфным локусам проверяли на соответствие равновесию Харди-Вайнберга (РХВ) с помощью критерия х2 (Вейр, 1995). Расчет наблюдаемой полокусной гетерозиготности проводили по формуле: hobs= No/N, где No= ENjj - общее число всех гетерозигот в данной выборке (N); теоретическую гетерозиготность рассчитывали: hexp = 1 -Zp,2, где pi - частоты аллелей соответствующего локуса (Животовский, 1983). Ожидаемую гетерозиготность рассчитывали по М. Nei (1987). Относительное отклонение ожидаемой гетерозиготности от наблюдаемой (D) рассчитывали по формуле: D-(hob3-hcxp)/hcxp, где hab.s и hap - ожидаемая и наблюдаемая гетерозиготность соответственно.

Таблица 1.

Характеристика изученных полиморфных вариантов генов

Ген Локализация на хромосоме Полиморфизм Локализация в гене Номер rs в базе данных NCBI

IL12B 5q31.1-q33.1 А1188С 3'UTR 3212227

G3563753T интрон 1 3212220

IL12RB1 19pl 3.1 С2087Т 3'UTR 3746190

G531A экзон 5 11575926

IFNG 12р14 Т-1488С промотор 2069705

1FNGR2 21р22.11 G-1704del промотор 17880053

CTLA4 2q33 G49A экзон 1 231775

TLR4 9q33.1 С1196Т экзон 3 4986791

Для оценки связи качественных признаков с исследуемыми генетическими маркерами использовали критерий Пирсона с поправкой Иейтса на непрерывность при числе степеней свободы равном 1 и точный тест Фишера при ожидаемом числе наблюдений, хотя бы в одной из ячеек таблицы сопряженности менее 5. Для оценки ассоциаций полиморфных вариантов генов с патологическим фенотипом рассчитывали показатель отношения шансов (OR) по формуле: OR = ad/bc; где а - частота анализируемого аллеля у больных; b - частота анализируемого аллеля в контрольной выборке; с и d - суммарная частота остальных аллелей у больных и в контроле соответственно (Allison, 1997). Величина OR = 1 указывает на отсутствие ассоциации, 0R>1 - имеет место при положительной ассоциации «фактор риска» и OR<l - отрицательная ассоциация аллеля с заболеванием. Обсуждение величин OR проводили при уровне значимости не более 5%.

Для проведения анализа ассоциаций количественных признаков с генотипами была выполнена проверка количественных показателей на нормальность распределения по тесту Колмогорова-Смирнова. Кроме этого была введена поправка на возраст. Данная процедура выполнена по формуле: y=x+b(t(rt); где х - исходная величина исправляемого показателя; b -коэффициент линейной регрессии; t0 .. средний возраст; t - исходный возраст (Животовский, 1983). В случае нормального распределения сравнение средних значений нескольких переменных проводили с помощью однофакторного дисперсионного анализа, в случае ненормального распределения -непараметрическими методами Краскала-Уоллиса и Манна-Уитни (Allison, 1997).

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

Характеристика полиморфных вариантов генов /L12B(A1188C) и (rs3212220

G/T), IL12RBI (С2087Т) и (G531A), IFNG (Т-1488С), IFNGR2 (G-1704/-), CTLA4 (G49A), TLR4 (С1190Т) у больных хроническим гепатитом

При оценке соответствия наблюдаемого распределения генотипов, ожидаемому при равновесии Харди-Вайнберга (РХВ) было выявлено отклонение от РХВ для гена CTLA4 (G49A) в объединенной группе больных хроническим вирусным гепатитом (ХВГ) и в группе с ХВГС за счет 14% избытка гетерозигот, для гена IL12RB1 (С2087Т) в группе больных алкогольным гепатитом за счет 23% избытка гетерозигот, а также для гена IL12B (A1188С) в объеденной группе больных хроническим гепатитом (XI"), у больных ХВГ и у больных ХВГС за счет 15%, 13% и 19% недостатка гетерозигот соответственно. Распределение генотипов генов /RVGXT-148SC), !FNGR2(G-I704f) и TLR4( С1196Т) соответствовало ожидаемому при РХВ во всех исследованных группах больных. При сравнительном анализе частот изученных генов в группах больных ХГВ с данными литературы показано, что распространенность аллелей исследованных полиморфных вариантов находилась в пределах величин, описанных другими авторами.

Выявлено, что наибольшим уровнем полиморфизма в группе больных (ХГ) характеризовались нуклеотидные замены в генах /¿/2ЙВ/(С2087Т) и СТЬА4(СА9К), где уровень гетёрозиготности составил 52% и 55% соответственно; в группе больных ХВГС - вариант (в49А) гена СТЫ4 (56,8%), а у больных ХВГВ и алкогольной болезнью печени - вариант (С2087Т) гена 1Ы2КВ1 (59% и 58,9% соответственно). Наименьшим уровнем полиморфизма характеризовался вариант С1196Т гена ТЬК4, гетерозиготность которого составила 10-19% во всех обследованных группах. Полиморфный вариант А1188С тена.1Ы2В так же показал схожий уровень гетерозиготности во всех группах больных и находился в пределах от 19 до 31 %.

Анализ ассоциаций исследованных полиморфных вариантов генов с хроническим вирусным и алкогольным гепатитом

В результате проведенного исследования не было установлено статистически значимых различий в распределении генотипов и частот аллелей между группами больных ХГ и представителями контрольной группы по аллельным вариантам генов 1Ы2В (А1188С) и (^3212220 О/Т), 1Ы2ЯВ1 (С2087Т) и (0531 А), Шв (Т-1488С), №N012 (О-1704/-), СТЫ4 (049А), ТГЛ4 (С1190Т). Между группой больных ХВГ и контролем так же не было выявлено различий в частотах аллелей и генотипов по изученным вариантам генов. Поскольку группа больных ХГ представляет собой совокупность больных гепатитами разной этиологии, представлялось целесообразным рассмотреть каждую изученную подгруппу по отдельности. При разделении больных ХВГ на группы в зависимости от возбудителя, вызвавшего заболевание - РНК вирус НСУ или ДНК вирус - НВУ, выявлено, что группа больных ХВГС отличалась от контрольной по частотам генотипов полиморфного варианта гена 1Ы2В (А1188С) и по частотам аллелей и генотипов гена рецептора к №N-7 — IFNGR2(О-1704/-) (табл. 2).

Различия в распределении частот генотипов гена 1Ы2В (А1188С) обусловлены снижением частоты гетерозиготного генотипа «АС» в группе с ХВГС (19,45%) по сравнению с контролем (33,33%) (р=0,01; (Ж=0,48; 95% С1: 0,27-0,88) и повышением частоты гомозиготного генотипа «АА» у больных (76,21%) по сравнению с контрольной группой (64,58%) (р=0,05; 011= 1,76; 95% С1: 0,99-3,12). Различия в частотах по полиморфному варианту №N012(0-1704/-) происходят за счет более высокой частоты генотипа «Ой» (75,67%) и более низкой частоты аллеля, несущего делецию - «-» (12,77%) у больных ХВГС по сравнению с контрольной группой ((62,50%; р=0,02; О К-1,98; 95% С1: 1,08-3,37) и (19,27%; р=0,05; (Ж=0,61; 95% С1: 0,37-1,00) соответственно).

Группа больных с АБП характеризовалась повышенной частотой носителей генотипа «ТТ» (8,9%) полиморфного варианта гена 1Ы2В (ге3212220 О/Т) и более высокой частотой гетерозиготного генотипа «СТ» (59,5%) гена рецептора к 1Ы2 - 1Ы2В.В1 (С2087Т) по сравнению с контрольной группой ((2,1%; р=0,05; (Ж=4,64; 95% С1: 0,88-32,64) и (43,7%; р=0,04; <Ж=1,89; 95% СЪ 1,01-3,55), соответственно) (табл. 2). В группе больных АБП так же наблюдается повышение частоты гомозиготного генотипа «ОО» гена №N012(0-1704/-) до

73,2% по сравнению с контрольной группой, где частота данного генотипа находится на уровне 62,5%, но различия не достигают принятого уровня статистической значимости (табл. 2).

Значимые различия выявлены между группами больных ХВГС (12,7%) и ХВГВ (23,4%) в частотах делеционного аллеля «-» гена №N012 (О-1704/-) (р=0,01; 011=2,11; 95% С1: 1,15-3,85) (табл. 2). Причем, для ХВГС частота данного аллеля значимо ниже, чем в контрольной группе и для этой формы патологии аллель «-» может быть определен как протективный. Тогда как, для ХВГВ частота данного аллеля повышается по сравнению с контрольной группой, но различия не достигают 5% уровня значимости (табл. 2).

Таким образом, в настоящем исследовании показано, что на подверженность к ХВГС влияют полиморфные варианты генов 1Ы2В (А1188С) и IFNGR2(G-1704/-). Причем фактором, увеличивающим риск хронизации инфекции является генотип «Св» гена 1РЛгСЯ2(0-\704/-). Генотип «АА» полиморфного варианта гена 1Ы2В (А1188С) также может оказывать влияние на подверженность к хронизации вирусного гепатита С. Фактором, снижающим риск хронизации гепатита С, является аллель «-» полиморфного варианта гена 1РМОК2(С-1704/-). Для ХВГВ не показано статистически значимых различий в частотах генотипов и аллелей исследованных генов. Но, на примере разнонаправленного изменения частот данных показателей гена IFNGR2(в-1704/-) у больных ХВГС и ХВГВ можно предположить, что генетическая составляющая подверженности к данным патологиям будет различной. В подверженность к алкогольной болезни печени могут вносить вклад гены 1112В (гв3212220 в/Т) и 1Ы2М1 (С2087Т). На основе полученных результатов можно предположить, что полиморфный вариант гена №N012(0-1704/-) является общим в развитии гепатитов разной этиологии и влияет на предрасположенность к ХВГС, ХВГВ и АБП. Структура подверженности к ХВГВ отличается от таковой для ХВГС. Подверженность к АБП может определяться общими генами как для ХВГС, так и для ХВГВ.

: Анализ ассоциаций изученных полиморфных вариантов генов с морфологическими особенностями течения заболевания

\ При изучении связи полиморфных вариантов генов 1Ы2В (гя3212220 в/Т), 1Ы2КВ1 (С2087Т) и (0531 А), ШО (Т-1488С), П'ШЯ2 (О-1704/-), СТЬА4 (С49А), Т1Л4 (С1190Т) со стадией фиброза у больных ХВГ, не было выявлено достоверных различий в частотах аллелей и генотипов в исследованных подгруппах больных ХВГ. В группе больных циррозом печени было выявлено увеличение частоты носителей гетерозиготного генотипа «АС» гена 1Ы2В (А1188С) (39,3%) по сравнению с объединенной группой, включающей больных с I и II стадией фиброза печени (15,5%) (рис.1). В группе больных циррозом печени (1П группа) наблюдалось накопление аллеля «С» (23,2%) по сравнению с фиброзом легкой и средней степени тяжести (1+П Группы) (12,2%). Это не согласуется с данными, полученными для больных ХВГС в Индии, где частота аллеля С выше у больных мягким фиброзом по сравнению с тяжелым, что говорит о протективной роли аллеля «С» относительно тяжести течения вирусного гепатита С (Бипее^а, 2006). Кроме этого, в настоящем исследовании

выявлены различия по частотам генотипов и аллелей по полиморфному варианту гена CTLA4 (A49G) у больных ХВГС, разделенных в зависимости от стадии фиброза печени. Выявлено накопление генотипа «GG» и и аллеля «G» в зависимости от увеличения стадии фиброза печени. В группе больных циррозом печени (III группа) выявлена наиболее высокая частота генотипа «GG» и аллеля «G» по сравнению с больными ХВГС с легкой и средней тяжестью заболевания (I+II группы) (р=0,04; OR=2,83 (1,09-8.15)) и (р=0,04; OR=l,66 (1,02-2,68)) соответственно (рис. 2).

Таблица 2.

Аллели и генотипы, являющиеся предрасполагающими и протективными при

разных формах ХГ

Ген Генотип аллель Контроль (%) Частота (%) рискового/нротскгнвного генотипа/аллелн, Р

ХВГС хвгв АБП

* ** * ** * **

IL12B А 1188С «АА» 64,6 76,2 р=0,05 - - - - -

«АС» 33,3 - 19,4 р=0,01 - - - -

IL12B rs3212220 G/T «ТТ» 2,0 5,4 р=0,23 - - - 8,9 р=0,05 -

IL12RB1 С2087Т «ст» 43,7 ■ - - 59,6 р=0,12 - 59,5 р=0,04 -

«сс» 41,7 - - - 25,5 р=0,08 - -

IFNGR2 G-1704/- «GG» 62,5 72,7 р=0,02 - - - 73,2 р=0,17 -

19,3 - 12,7% р=0,05 23,4 р=0,51 - - -

Примечание, р - уровень значимости, полученный тестом %2 при сравнении частот аллелей и генотипов между группами больных и контрольной группой; * - аллель или генотип, увеличивающие риск развития патологии; ** - аллель или генотип, уменьшающие риск развития патологии.

Глутатион S-трансферазы (GSTs) представляют собой семейство ферментов, необходимых для детоксикации различных химических соединений, в том числе лекарств и эндогенных метаболитов. Ферменты GSTs принимают участие в метаболизме химически активного кислорода, продуцируемого при воспалительных процессах и необходимы для поддержания целостности генома. Отсутствие ферментативной активности глутатион S-трансфераз приводит к накоплению эндогенных мутагенов и продуктов окислительного стресса. Такое состояние может приводить к развитию различных патологий печени, поскольку детоксикация метаболитов и чужеродных соединений протекает в гепатоцитах. Ранее было показано, что делеционный полиморфизм генов GSTT1 и GSTM1 вносит вклад в развитие алкогольной болезни печени (Ladero, 2005; Stickel, 2006;)

и гепатоцеллюлярной карциномы (White, 2007). Поскольку ранее уже была показана ассоциация генов GSTT1 и GSTM1 с алкогольной болезнью печени, то в настоящем исследовании было проведен только анализ вклада данных полиморфизмов в подверженность к циррозу печени при ХВГС.

Не было выявлено связи между генотипами по генам GSTT1 и GSTM1 и циррозом печени у больных ХВГС. Частоты «нулевых» генотипов генов GSTT1 и GSTM1 не отличались между больными циррозом печени, вызванным воздействием вируса HCV и контрольной группой и распределялись следующим образом: для гена GSTT1 частота «нулевого» генотипа в группе больных и контроле составила 23,3% и 22,1% (р=0,50)соответственно; для гена GSTM1 -50% и 65,5% (р=0,17).

Таким образом, в настоящем исследовании выявлено, что генетическими факторами, предрасполагающими к тяжелому течению ХВГС и развитию цирроза печени, являются гетерозиготный генотип «АС» полиморфного варианта гена IL12B (А1188С), а так же аллель «G» и генотип «GG»

Рис. 1. Частоты гетерозиготного генотипа «АС» полиморфного варианта гена IL12B (AI 188С) в группах больных с циррозом печени (III) и умеренной и средней стадией фиброза (I+II), (р=0,004; OR=3,74 (1,42-9,81))

полиморфного варианта гена CTLA4 (A49G).

DWI D III ;

"АС"

Рис. 2. Частоты генотипа «ОС» полиморфного варианта гена СТЬА4 (А49С) у больных ХВГС с разными стадиями фиброза печени.

Ассоциации исследованных полиморфных вариантов генов с патогенетически значимыми для течения хронического вирусного гепатита количественными признаками

В результате проведенного исследования было установлено, что генетический статус человека по полиморфным вариантам исследованных генов IL12B (А1188С) и (rs3212220 G/T), IFNG (Т-1488С), IFNGR2 (G-1704/-), CTLA4 (G49A) является фактором, определяющим уровень биохимических показателей крови, количественное содержание цитокинов, фракций гидроксипролииа, у больных хроническими вирусными гепатитами. Биохимические показатели крови, такие как уровень аланин-аминотрансферазы (АЛТ), аспартат-аминотрансферазы (ACT), билирубина (Бил), активность щелочной фосфотазы (ЩФ), тимоловая проба (ТП), служат для определения функционального состояния печени в норме и при различных патологиях. Синдром цитолиза оценивается путем определения активности в сыворотке крови «печеночных» ферментов АЛТ и ACT. Состояние пигментного обмена оценивается по уровню общего билирубина и его фракций в сыворотке крови. Показатель синдрома холестаза определется по уровню активности ЩФ. Синтетическую функцию печени характеризует протромбиновый индекс (ПТИ). Для выявления мезенхимально-воспалительного синдрома используется показатель ТП (Камышников, 2000).

В настоящем исследовании было показано, что из всех изученных полиморфных вариантов с биохимическими показателями крови у больных ХВГС ассоциированы полиморфные варианты генов IL12B (А1188С), IFNGR2 (G-1704/-), CTLA4(G49A) (табл. 3-5). Выявлено, что носители гомозиготного генотипа «СС» гена IL12B (А1188С) показывают более высокий ПТИ по сравнению с носителями других генотипов (табл. 3). Гомозиготы по делеции (-/-) характеризуются более высокими показателями уровня общего билирубина в сыворотке крови (41,13 мкмоль/л) по сравнению с носителями генотипов «GG» (24,25 мкмоль/л) и «G/-» (21,66 мкмоль/л) (табл. 3, 5). Кроме этого, у больных с генотипом (-/-) наблюдался повышенный уровень тимоловой пробы (6,3 ед.) по сравнению с носителями других генотипов («G/G» - 4,16 ед., «G/-» - 4,78 ед.)(табл. 3). Поскольку ассоциации количественных признаков с полиморфным вариантом 1FNGR2 (G-1704/-) ранее не проводились, то сравнить полученные результаты с литературными данными не представляется возможным. С уровнем аминотрансфераз АЛТ и ACT ассоциирован полиморфный вариант гена CTLA4 (G49A). Показано что, генотип «АА» ассоциирован с более высоким уровнем АЛТ у больных ХВГС по сравнению с другими генотипами. В то же время гетерозиготный генотип «AG» связан с более низкими значениями АЛТ и ACT у больных ХВГС (табл. 3).

статистически значимые различия в уровне ACT в сыворотке крови у больных ХВГВ. В этой же группе было выявлено изменение показателей тимоловой пробы в зависимости от генотипа по полиморфному варианту гена TLR4 (С1196Т). Выявлено, что у гетерозиготных носителей «СТ» данного варианта наблюдается сниженные показатели тимоловой пробы по сравнению с номителями генотипа «СС».

Таким образом, при ХВГС носители генотипа (-/-) полиморфного варианта гена IFNGR2 (G-1704/-) и генотипа «АА» гена CTLA4 (G49A) будут характеризоваться более высоким уровнем повреждения гепатоцитов и степенью выраженности мезенхимального воспаления. В то же время, носители гетерозиготного генотипа «AG» гена CTLA4 (G49A) будут характеризоваться меньшей степенью повреждения гепатоцитов по сравнению с носителями других генотипов. При ХВГВ носители генотипов «ТТ» гена IFNG (Т-1488С) и «СТ» гена TLR4 (С1196Т) будут характеризоваться меньшим уровнем некроза и дистрофии гепатоцитов по сравнению с носителями других генотипов.

В настоящем исследовании получены данные о наличии зависимости продукции IL-4, IL-12, IFN-y от генотипов полиморфных вариантов гена IL12B (А1188С) и (rs3212220 G/T), что согласуется с представлением о цитокинах, как о молекулах, для которых характерны дублирующие, перекрывающиеся эффекты и взаимное влияние на динамику выработки друг друга при взаимодействиях в каскадах единой регуляторной сети.

В результате проведенного анализа было установлено, что для больных ХВГС носителей генотипа «СС» полиморфного варианта (А1188С) и генотипа «ТТ» варианта (rs3212220 G/T) гена IL12B характерно повышенное содержание IFN-y и IL4 и пониженное содержание IL12 сыворотке крови по сравнению с носителями генотипов «АА+АС» и «TG+GG» (табл. 4, 5). Поскольку группа больных ХВГВ немногочисленна, не было получено данных об ассоциациях генотипов по изученным полиморфным вариантам генов с уровнем цитокинов. Полученные в настоящем исследовании результаты об ассоциации генотипа «СС» с пониженным содержанием EL 12 в сыворотке крови согласуются с данными литературы. Ранее было показано, что аллель «С» полиморфного варианта (А1188С) гена IL12B, понижает экспрессию данного цитокина, в то время как генотип «АА» ассоциирован с повышением экспрессии IL12 in vitro (Moraban , 2001). Однако, на этот счет существуют противоречивые мнения. В частности, при исследовании полиморфизма гена IL12B и исхода вирусного гепатита С, отмечена предрасположенность к хронизации воспалительного ответа у пациентов являющихся носителями генотипа «АА», что по мнению авторов связано с пониженным уровнем экспрессии гена IL12B (Houldsworth, 2005). Установленная в данном исследовании закономерность в разнонаправленное™ выработки ИЛ-4 и IL12, выявленная для генотипа «СС» гена IL12B( А1188С) подтверждает генетическую детерминированность взаимоингибирования про- и противовоспалительных цитокинов.

Ключевую роль в катаболизме коллагена играет протеолитический фермент - коллагеназа (Alberti, 1999; Brassart, 1998).

Таблица 3.

Зависимость биохимических показателей крови от генотипов исследованных полиморфных вариантов у больных ХВГС

Ген Генотип АЛТ АСТ Бил ТП ЩФ ПТИ

1Ы2В АС 92,5 ±11,4 82,2 ± 9,8 26,5 ± 5,5 4,8 ± 0,4 193,8 ± 18,4 92,3 ±2,1

АА 85,9 ± 5,7 68,8 ± 5,0 23,0 ±2,8 4,2 ± 0,2 176,6 ±9,4 94,2 ± 1,1

СС 61,1 ±25,2 53,4 ±22,0 10,7 ± 12,4 3,02 ± 0,9 200,1 ±41,2 103,5 ± 4,7

Н=(р=) 2,13 (0,34) 3,68 (0,16) 5,76 (0,056); 5,04(0,08) 1,24 (0,54) 6,22 (0,04)

1РШК2 а- 84,8 ± 10,4 68,9 ±9,1 21,6 ±5,8 4,8 ± 0,4 204,6 ± 18,5 93,1 ±2,1

о./с 87,0 ± 5,85 71,6 ±5,1 24,2 ±3,1 4,2 ± 0,2 176,1 ± 10,0 95,1 ±1,1

-/- 66,6 ± 38,6 46,0 ± 33,8 41,1 ±20,0 6,3 ±1,4 324,6 ± 63,2 75,6 ±7,1

Н= (р=) 0,31 (0,86) 0,49 (0,78) 5,10(0,08) 6,54 (0,04) 4,65 (0,10) ; 3,37(0,19)

СТЬА4 Ав 74,4 ± 6,8 56,0 ± 5,7 22,1 ±3,7 4,1 ±0,2 179,5 ± 12,4 93,2 ±1,3 "

АА 105,8 ±9,6 82,5 ± 8,0 23,2 ±5,3 4,6 ± 0,3 198,9 ± 17,4 97,2 ± 1,9

Ой 99,8 ± 12,6 97,1 ± 10,6 27,9 ± 6,8 4,7 ± 0,4 199,0 ±22,5 93,6 ± 2,5

11= (р=) 6,79 (0,03) 7,24(0,03) : 0,14(0,93) , 3,15(0,21) 1,68 (0,43) 1 3,52 (0,17)

Примечание. Н - значение критерия Краскала-Уоллиса; р — уровень значимости, полученный непараметрическим критерием Краскала-Уоллиса.

Таблица 4.

Уровни цитокинов, аг протеиназного ингибитора и фибронектина в зависимости от генотипов по исследованным

полиморфным вариантам генов у больных ХВГС

Ген Генотип №N-7 1Ь4 ПЛ2 агПИ ФН

1Ы2В АС 115,7 ±32,9 40,9 ± 12,69 273,9 ± 62,9 32,4 ± 3,6 189,2 ±15,5

АА 78,6 ± 16,0 37,1 ±6,1 238,9 ±27,7 33,1 ± 1,7 156,6 ±9,1

СС 243,3 ± 57,0 107,6 ±21,9 55,4 ±96,2 31,3 ±8,9 108,0 ±51,5

Н=(р=) 5,32(0,07) 4,87 (0,09) 5,02 (0,08) 0,01 (0,98) 6,17 (0,04)

1Ы2В те 125,5 ±22,3 43,3 ± 8,9 210,8 ±44,2 33,4 ±2,4 179,4 ± 12,3

61,0 ± 17,6 34,5 ± 7,0 260,9 ±30,7 32,8 ±2,1 151,9 ± 10,7

ТТ 243,3 ± 54,7 107,6 ±21,8 55,4 ±95,5 32,1 ±7,5 163,0 ±37,1

нг= (р-) 9,56 (0,01) 6,54 (0,04) 5,04(0,08) 1 0,01 (0,99) 4.1 (> (0,12)

. ТТ 95,5 ± 28,9 51,7± 11,6 67,9 ±5,2 39,1 ±8,7 154,4 ± 14,9

СТ 90,0 ± 28,9 45,2 ± 11,6 58,9 ± 4,9 17,9 ± 8,2 189,6 ± 10,1

СС 156,0 ±48,3 60,2 ± 19,5 88,5 ± 13,8 34,1 ± 23,2 97,0 ± 27,9

н=(р= 0,11 (0,95) 0,40 (0,82) 0,56 (0,76) : 5,95 (0,05) 1,25 (0,53)

Примечание. Н - значение критерия Краскала-Уоллиса; р - уровень значимости, полученный непараметрическим критерием Краскала-Уоллиса

Таблица 5.

Ассоциации генотипов исследованных генов с количественными признаками у больных ХВГС, рассчитанные по критерию Манна-Уитни

Ген Генотип IFN-y IL4 IL12 Бнл а,-ПИ

ILI2B (Л/С) СС 243,3jtl40, 107,7±57,5 55,5±8,9

ЛА НАС 85,7±96,6 37,9±36,6 244,6± 169,1

Р 0,022 0,032 0,027

IL 12В (T/G) TT 55,5±8,9

TG+GG 244,6± 169,1

Р 0,028

IFNGR2 (G/-) -/- 41,1±13,7

GG+G/- 22,9±33,1

Р 0,023

1FNG (Т/С) СТ 17,9±8,2

СС+ТТ 36,6±19,2

Р 0,016

Синтез коллагеназы клетками контролируется цитокинами IL1, IL6, ILIO, IFN-y и IFN-ß, трансформирующим фактором роста (TGF) а и ß, TNF-a и т. д. Торможение синтеза осуществляется посредством IL4, IL11, IL13, IFN-y, TGF-ß. Кроме того, доказано, что активность коллагеназы ингибируется рядом сывороточных факторов, среди которых главную роль играет а2-макроглобулин (а2-МГ). Деградация коллагена под влиянием коллагеназы сопровождается увеличением содержания оксипролина (гетероциклическая аминокислота -специфическая составная часть белков соединительной ткани - коллагена и эластина) (Ishii, 2000).

Количественные показатели содержания общего (ОбО), свободного (СО), пептидо-связанного (ПСО) и белково-связанного (БСО) оксипролина в биологических жидкостях являются доступными маркерами оценки состояния обмена коллагена (Ishii, 2000; Brassart, 1998). Основным лимитирующим фактором развития фиброза является а2-МГ — гликопротеид, который ограничивает фиброгенез, является основным ингибитором коллагеназы (Пинцани, 2002). а2-МГ является универсальным ингибитором, подавляющим активность протеиназ всех четырех классов: сериновых, тиоловых, кислых и металлопротеиназ (трипсин, химотрипсин, тромбин, калликреин, плазмин) крови и тканей.

В настоящем исследовании было показано, что активность протеолитических ферментов, уровень фибронектина и фракций гидроксипролина не изменялась в зависимости от генотипов по полиморфными вариантам всех исследованных генов, кроме IFNG (Т-1488С). Eluio выявлено, что для носителей гетерозиготного генотипа «CT» характерна более низкая

концентрация щ-протеиназного ингибитора в сыворотке крови по сравнению с носителями генотипов «СС» и «ТТ» (табл. 5). Дефицит этого фермента приводит к дисбалансу в системе протеиназы-антипротеиназы, в результате чего накапливаются протеолитические энзимы, повреждающие ткани. Можно предположить, что носители генотипа «СТ» будут характеризоваться более тяжелым повреждением печени при хроническом течении вирусного гепатита С.

Функционирование генов иммунного ответа при заболеваниях печени различной этиологии

В настоящей работе было проведено сравнение уровня экспрессии генов иммунного ответа 1Ы2В, 1Ы2Ш, МС, ШСЯ2, СПА4, ТШ4 между больными ХВГС, ХВГВ и АБП. Интерлейкин-12 играет центральную роль в развитии эффективного клеточного иммунного ответа, направленного на элиминацию внутриклеточных патологических агентов. При понижении уровня экспрессии гена 1Ь12В чувствительность к инфекциям повышается, так как в этом случае наблюдается недостаточная продукция ШЧ-у (ЕНошш^Ьа!, 2002).

В настоящем исследовании показано, что уровень экспрессии гена 1Ы2В в тканях печени у больных ХВГС был в 5,56±0,342 раз выше чем у больных АБП | (рис. 1). У больных ХВГВ уровень экспрессии гена 1Ы2В был в 4,02±0,486 раза выше, чем в группе больных АБП (рис.3). Уровень экспрессии гена 1Ы2В не отличался между больными ХВГС и ХВГВ (рис.3). Для гена рецептора к 1Ь12 -\L12KB1 не было показано различий между группами больных ХВГС, ХВГВ и АБП .

Рис. 3. Значения уровней экспрессии гена И12В у больных ХВГС, ХВГВ и АБП.

Гамма-интерферон регулирует иммунный ответ, и выраженность воспалительных реакций Он продуцируется активированными Т-клетками и естественными киллерами. Интерферон гамма обладает самостоятельным антивирусным и противоопухолевым эффектом. Его противовирусный эффект заключается в подавлении синтеза как вирусной РНК, так и белков оболочки вируса.

В настоящем исследовании показано, что среди исследованных групп наибольший уровень экспрессии гена №N0 наблюдается у больных ХВГВ (рис. 4). Выявлены двукратные различия в уровне экспрессии гена №7УС между группами пациентов ХВГВ и АБП. В группах больных ХВГС и ХВГВ не

/Щшк

выявлено различий с уровнем экспрессии гена №N0 (рис 4.). Ген №N0112 экспрессировался на одном и том же уровне в тканях печени во всех исследованных группах больных.

СТЬА-4 - член семейства иммуноглобулиноподобных молекул и является костимуляторной молекулой, экспрессируемой активированными Т клетками. Молекула СТЬА-4 является ингибирующим рецептором, который ограничивает Т-клеточную активацию. Эксперементальные исследования показали, что СТЬА4 является необходимым компонентом, модулирующим иммунный ответ при ВГВ и ВГС может быть терапевтической мишенью для лечения этих заболеваний (Уи, 2009 ; Иове, 2009).

В настоящем исследовании выявлено что, наибольший уровень экспрессии гена гена СТЬА4 наблюдался в группе пациентов с ХВГС, наименьший - с ХВГВ, группа больных АБП занимала промежуточное положение. Но, поскольку кратность различий между группами не достигала пограничного значения (в 2 раза), то результаты не являются статистически достоверными.

То11-подобные рецепторы - ТЫ1 играют центральную роль в распознавании антигена и инициации врожденного иммунитета. При вирусных гепатитах ТЬК непосредственно вовлечены в развитие реакций организма на НСУ- и НВУ-вирусы, патогенез и исход заболеваний. Выявлено, что вирус ПСУ непосредственно индуцирует экспрессию ТЬЯ4 посредством активации промотора гена вирусным белком И85А. У больных ХВГС показано 3-7 кратное увеличение уровня экспрессии гена ТИЫ в мононуклеарных клетках периферической крови по сравнению со здоровыми донорами (МасЫс1а, 2006). В настоящем исследовании не показано различий в уровне экспрессии гена Т1Я4 в гепатоцитах больных ХАГС, ХАГВ и АБП.

При изучении полиморфных вариантов генов иммунной системы 1Ы2В (А1188С и 1-83212220 С/Т) ; Ш2КВ1 (С531А и С2087Т); Шв (Т-1488С);

| ШСШ (0-1704/-); тиы (С1196Т); СТЬА (С49А) у больных хроническими гепатитами С (ХВГС) и В - (ХВГВ), АБП и в контрольной группе было показано, что частоты исследованных генов во всех группах находилась в пределах величин, характерных для европеоидных популяций мира. У больных

Рис. 4. Значения уровней экспрессии гена //-Ж? у больных ХВГС, ХВГВ и АБП.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ХВГС наибольший уровень полиморфизма и отклонение от РХВ было выявлено для SNP гена CTLA4 (G49A). Отклонение от РХВ в данной группе больных было выявлено так же для варианта (А1188С) гена IL12B . У больных ХВГВ и АБП наибольший уровень полиморфизма выявлен для IL12RB1 (С2087Т), а так же отклонение от РХВ в группе больных АБП.

При оценке ассоциации выбранных полиморфных вариантов генов с заболеваниями печени различной этиологии выявлено, что группа больных ХВГС отличалась от контрольной по частотам генотипов полиморфного варианта гена IL12B (A1188С) и по частотам аллелей и генотипов гена рецептора к IFN-y - IFNGR2(G-1704/-).

Группа больных с АБП характеризовалась повышенной частотой носителей генотипа «ТТ» полиморфного варианта гена IL12B (rs3212220 G/T) и более высокой частотой гетерозиготного генотипа «СТ» гена рецептора к IL12 -IL12RB1 (С2087Т) по сравнению с контрольной группой.

Выявлены значимые различия между группами больных ХВГС и ХВГВ в частотах аллеля, несущего делецию «-» гена IFNGR2 (G-1704/-) Причем, для ХВГС частота данного аллеля была значимо ниже, чем в контрольной группе, тогда как, для ХВГВ частота данного аллеля повышалась по сравнению с контрольной группой, но различия не достигли 5% уровня значимости.

Таким образом, в настоящем исследовании показано, что на подверженность к ХВГС влияют полиморфные варианты генов IL12B (А1188С) и IFNGR2 (G-1704/-). Причем фактором, увеличивающим риск хронизации инфекции является генотип «GG» гена IFNGR2 (G-1704/-) и генотип «АА» полиморфного варианта гена IL12B (A1188С) Фактором, снижающим риск хронизации гепатита С, является аллель «-» полиморфного варианта гена IFNGR2 (G-1704/-).

Для ХВГВ не показано статистически значимых различий в частотах генотипов и аллелей исследованных генов. Но, на примере разнонаправленного изменения частот данных показателей гена IFNGR2(G-\704I-) у больных ХВГС и ХВГВ можно предположить, что генетическая составляющая подверженности к данным патологиям будет различной. В подверженность к алкогольной болезни печени вносят вклад гены IL12B (rs3212220 G/T) и IL12RB1 (С2087Т).

При изучении связи полиморфных вариантов генов IL12B (rs3212220 G/T), IL12RB1 (С2087Т) и (G531A), IFNG (Т-1488С), 1FNGR2 (G-1704/-), CTLA4 (G49A), TLR4 (CI 190Т) со стадией фиброза у больных ХВГС, не было выявлено достоверных различий в частотах аллелей и генотипов в исследованных подгруппах. Так же не было выявлено различий в частотах «нулевых» генотипов генов GSTT1 и GSTM1 между больными циррозом печени и контролем. В группе больных циррозом печени было показано увеличение частоты носителей гетерозиготного генотипа «АС» гена IL12B (А1188С) (39,3%) по сравнению с объединенной группой, включающей больных с I и II стадией фиброза печени (15,5%). В группе больных циррозом печени наблюдалось накопление аллеля «С» по сравнению с объединенной группой (фиброз легкой и средней степени тяжести) (12,2%) Кроме этого, выявлено накопление генотипа «GG» и и аллеля «G» варианта гена CTLA4 (A49G) в зависимости от увеличения стадии фиброза печени. Таким образом, в настоящем исследовании показано, что генетическими

факторами, предрасполагающими к тяжелому течению ХВГС и развитию цирроза печени, являются гетерозиготный генотип «АС» полиморфного варианта гена 1L12B (А1188С) и аллель «G» и генотип «GG» полиморфного варианта гена CTLA4 (A49G).

С биохимическими показателями крови у больных ХВГС ассоциированы полиморфные варианты генов 1L12B (А1188С), IFNGR2(G-1704/-) и CTLA4(G49A). Выявлено, что носители гомозиготного генотипа «СС» гена IL12B (А1188С) показывают более высокий протромбиновый индекс (ПТИ) по сравнению с носителями других генотипов.

Таким образом, при ХВГС для носителей генотипа (-/-) полиморфного варианта гена JFNGR2 (G-1704/-) и генотипа «АА» гена CTLA4 (G49A) характерен более высокий уровнень повреждения генатоцитов и степенью выраженности мезенхимального воспаления. В то же время, для носителей гетерозиготного генотипа «AG» гена CTLA4 (G49A) характерна меньшая степень повреждения генатоцитов по сравнению с носителями других генотипов.

У больных ХВГВ с биохимическими показателями крови ассоциированы полиморфные варианты генов IFNG (Т-1488С) и TLR4 (С1196Т). При ХВГВ носители генотипов «ТТ» гена IFNG (Т-1488С) и «СТ» гена TLR4 (С1196Т) будут характеризоваться меньшим уровнем некроза и дистрофии гепатоцитов по сравнению с носителями других генотипов.

Не было получено статистически значимых изменений количества IFN-y в зависимости от генотипа по полиморфному варианту гена IFNG (Т-1488С), хотя у носителей генотипа «СС» отмечалось повышенное содержание белка по сравнению с носителями генотипов «ТТ» и «СТ».

Было выявлено, что в группе больных ХВГС для носителей гетерозиготного генотипа «СТ» характерна более низкая концентрация арпротеиназного ингибитора в сыворотке крови по сравнению с носителями генотипов «СС» и «ТТ». В связи с этим носители генотипа «СТ» будут характеризоваться более тяжелым повреждением печени при хроническом течении вирусного гепатита С.

Таким образом, выявлено, что: - полиморфные варианты гена IL12B (A1188С) и (rs3212220 G/T) ассоциированы с уровнем цитокинов (IL4, IL12, IFN-у) и протромбиновым индексом у больных ХВГС; - делеционный полиморфизм в промоторной области гена IFNGR2 (G-1704/-) ассоциирован с уровнем общего билирубина, показателями тимоловой пробы, концентрацией агпротеиназного ингибитора у больных ХВГС и уровнем ACT у больных ХВГВ; - полиморфизм гена IFNG (Т-1488С) влияет на уровень арпротеиназного ингибитора у больных

ХВГС; - полиморфный вариант гена CTLA4 (G49A) ассоциирован с такими биохимическими показателями как ACT и AJTT у больных ХВГС; -полиморфный вариант гена TLR4 (С1196Т) оказывает влияние на показатели тимоловой пробы у больных ХВГВ.

При изучении паттерна экспрессии генов иммунной системы (IL12B; IL12RBI; IFNGi IFNGR2; TLR4\ CTLA) при заболеваниях печени вирусной и не вирусной этиологии было выявлено, что при ХВГС в гепатоцитах наблюдается увеличение экспрессии гена JL12B, при ХАГВ - увеличение экспрессии генов IL12B и IFNG. Алкогольная болезнь печени характеризуется угнетением экспрессии генов IL12B и IFNG по сравнению с уровнем экспрессии этих генов, наблюдаемым при вирусных гепатитах.

ВЫВОДЫ

1. У русских жителей г. Томска, больных хроническими вирусными гепатитами В и С и алкогольной болезнью печени, частоты полиморфных вариантов генов ILI2B (А1188С и rs3212220 G/T), 1L12RB1 (G531A и С2087Т), IFNG (Т-1488С), 1FNGR2 (G-1704/-), TLR4 (CI 196Т), CTLA (G49A) находятся в переделах значений, полученных для европеоидных популяций мира. При ХВГС наибольший уровень полиморфизма характерен для варианта G49A гена CTLA4, а при ХВГВ - для варианта С2087Т гена IL12RB1

2. Генетическая составляющая подверженности к заболеваниям печени вирусного и алкогольного генеза различна: в подверженность к ХВГС вносят вклад генотип «GG» полиморфного варианта гена IFNGR2 (G-1704/-) и генотип «АА» полиморфного варианта гена IL12B (А1188С); на подверженность к алкогольной болезни печени влияют генотип «ТТ» полиморфного варианта гена 1L12B (rs3212220 G/T) и генотип «СТ» 1L12RB1 (С2087Т).

3. Генетическими факторами, предрасполагающими к тяжелому течению ХВГС и развитию цирроза печени, являются гетерозиготный генотип «АС» полиморфного варианта гена IL12B (А1188С), аллель «G» и генотип «GG» полиморфного варианта гена CTLA4 (A49G).

4. При ХВГС генотип «СС» полиморфного варианта гена IL12B (А1188С) ассоциирован с повышенным уровнем цитокинов IFNy, IL4, и пониженным уровнем IL12, а так же повышением протромбинового индекса; генотип (-/-) варианта гена 1FNGR2 (G-1704/-) - с высоким уровнем общего билирубина и тимоловой пробы; генотип «AG» варианта гена CTLA4 (G49A) - с пониженным уровнем аминотрансфераз ACT и АЛТ; генотип «СТ» IFNG (Т-1488С) характеризуется более низкой концентрацией ai-протеиназного ингибитора.

5. При ХВГВ для носителей гомозиготного генотипа «ТТ» варианта (Т-1488С) гена IFNG характерен более низкий уровень ACT; для носителей генотипа «СТ» TLR4 (С1196Т) наблюдается сниженные показатели тимоловой пробы.

6. Анализ экспрессии изученных генов в биоптатах печени показал увеличение экспрессии гена 1Ы2В при ХВГС и генов 1Ы2В и №N0 при ХВГВ относительно АБП, которая характеризовалась угнетением экспрессии данных генов.

7. В развитие заболеваний печени различной этиологии наибольший вклад вносит ген 1Ы2В поскольку: характеризуется повышением уровня экспрессии при вирусных и понижением - при алкогольном гепатитах; полиморфный вариант (ге3212220 О/Т) гена ассоциирован с АБП; полиморфный вариант (А1188С) ассоциирован с ХВГС, тяжестью его течения, протромбиновым индексом; понижением содержания в сыворотке крови №N-7 и 1Ь4 и повышением содержания 1Ь12.

Список работ, опубликованных по теме диссертации

1. Гончарова И. А., Рачковский М.И., Белобородова Е. В., X. Гамаль Абд Ель-Азиз Наср, Пузырев В. П. Патогенетика цирроза печени: полиморфизм генов глутатион Б-трансфераз // Молекулярная биология. 2010. Т. 44. №3. С. 431-438.

2. Гончарова И.А., X. Гамаль Абд Ель-Азиз Наср, Белобородова Е.В., Ожегова Д.С., Степанов В.А., Пузырев В.П. Полиморфизм генов-модификаторов иммунного ответа при заболеваниях печени различной этиологии // Медицинская генетика. 2010. №12. С. РО

3. Гончарова И.А., Ожегова Д.С., X. Гамаль Абд Ель-Азис Наср, Белобородова Е.В., Пузырев В.П. Структурно-функциональная характеристика полиморфных вариантов генов 1КМС(Т-1488С) и т\ГОЫ2 (в-! 704/с1е1) при инфекционных заболеваниях / Материалы VI Съезда Российского общества медицинских генетиков. Ростов-на-Дону, 14-18 мая 2010 г. С.47.

Отпечатано в ООО «НИП» . Томск, ул. Советская, 47, тел.: 53-14-заказ № 1301, тираж 100 экз.

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Хеба Гамаль Абд Ель-Азиз Наср

Список сокращений.

Введение.v.

1. Литературный обзор.

1.1. Хронические гепатиты: эпидемиология, патогенез и факторы прогрессирования.

1.2. Роль полиморфизма генов-модификаторов иммунного ответа в развитии и течении заболеваний печени различной этиологии.

1.3. Гены глутатион S-трансфераз и их вклад в развитие заболеваний печени.

1.4. Функциональная активность генов-модификаторов иммунного ответа при патологиях печени различной этиологии.

2. Материалы и методы.

2.1. Структура и объем исследованного материала.

2.2. Характеристика методов исследования.

2.2.1. Молекулярно-генетические методы.

2.2.2. Статистические методы.

3. Результаты и обсуждение.

3.1. Характеристика полиморфных вариантов генов IL12B(A1188С) и (rs3212220 G/T), IL12RB1 (С2087Т) и (G531A), IFNG (Т-1488С) , IFNGR2 (G-1704/-), CTLA4 (G49A), TLR4 (CI 190Т) у больных хроническим вирусным и алкогольным гепатитом.

3.2. Анализ ассоциаций полиморфных вариантов генов IL12B (А1188С) и (rs3212220 G/T), IL12RB1 (С2087Т) и (G531 A), IFNG (Т-1488С), IFNGR2 (G-1704/-), CTLA4 (G49A), TLR4 (CI 190Т) с хроническими вирусными и алкогольным гепатитом.

3.3. Анализ ассоциаций генов IL12B (A1188С) и (rs3212220 G/T), IL12RB1 (С2087Т) и (G531A), IFNG (Т-1488С), IFNGR2 (G-1704/-), CTLA4 (G49A), TLR4 (CI 190T) с морфологическими особенностями течения заболевания.

3.4. Ассоциаций полиморфных вариантов IL12B (A1188С), IL12B (rs3212220 G/T), IL12RB1 (С2087Т), IL12RB1 (G531A), IFNG (Т-1488С), IFNGR2 (G-1704/-), CTLA4 (G49A), TLR4 (CI 196Т) с патогенетически значимыми для течения хронического вирусного гепатита количественными признаками.

3.5 Функционирование генов иммунного ответа при заболеваниях печени различной этиологии.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Структурно-функциональная характеристика генов-модификаторов иммунного ответа при заболеваниях печени различной этиологии"

В настоящее время большой интерес представляет собой вопрос «индивидуального ответа» генотипа на воздействие различных факторов внешней среды, агентов инфекционной и неинфекционной природы. Действие на организм человека определенных факторов может в значительной степени изменять паттерн генной экспрессии, тем самым, определяя особенности индивидуального ответа организма, течения и исходов заболеваний. Это подтверждается экспериментальными исследованиями, выявившими кластеры совместно экспрессирующихся генов в культурах макрофагов и дендритных клеток, структура и уровень экспрессии которых в значительной степени изменялись в зависимости от воздействующего патогена. Инфекционные заболевания являются удобной моделью для изучения гено-фенотипических взаимодействий в детерминации сложных мультифакторных признаков у человека, поскольку позволяют выделять фактор, определяющий развитие заболевания. В качестве таких модельных патологий могут служить вирусные гепатиты, характеризующиеся высокой распространенностью и степенью хронизации, поздней выявляемостью и неблагоприятным прогнозом. Полная изученность вирусов гепатита С (НСУ) и гепатита В (НВУ) дает возможность более четко охарактеризовать взаимоотношения «патоген-хозяин» и выявить особенности функционирования генома человека при воздействии этих патогенов. Изучение алкогольной болезни печени в сравнении с вирусными гепатитами, дает возможность выявления особенностей функционирования генома при воздействии на организм агентов инфекционной и неинфекционной природы.

Решение проблемы «индивидуального ответа» генотипа на воздействие различных факторов внешней среды в рамках данной диссертационной работы можно решить следующим образом: - по данным литературы выбрать однонуклеотидные замены (ЭКРэ) в генах иммунного ответа, оказывающих влияние на функционирование гена; - оценить связи предположительно б функциональных полиморфных вариантов генов с заболеваниями печени вирусной и невирусной природы (хронические вирусные гепатиты С, В и алкогольная болезнь печени); выявить SNPs, ассоциированные с особенностями клинического течения и исходов этих заболеваний: оценить влияния генетического полиморфизма исследуемых генов на особенности их функционирования (экспрессии) в условиях воздействия на организм человека повреждающих факторов вирусной и невирусной природы.

Выбор генов для проведения данной работы осуществлялся по результатам ассоциативных исследований, представленных в базах данных NCBI, GeneCards, HuGENavigator. Например, для вирусного гепатита С показаны ассоциации со 199 генами. Среди них гены цитокинов (TNFA, IL1B, IL б, ILIO, TGFB, IFNA, IFNG, CCR5, RANTES), регулятора иммунного ответа (TLR, MCP, STAT) противоинфекционного иммунитета (NRAMP1, MBL) и другие.

Интересным на наш взгляд является изучение гена цитокина IL 12 (IL 12) и его рецептора, поскольку этот белок является ключевым цитокином, влияющим на продукцию интерферона-гамма и развитие противовирусного Т-хелперного ответа. При отсутствии экспрессии генов IL12RB1 или IL12RB2, обусловленной наличием мутаций в их генной структуре, чувствительность к инфекциям повышается, так как в этом случае также наблюдается недостаточная продукция IFN-y, опосредованная недостаточной активацией со стороны IL 12 (Gollob, 2000). Немногочисленные исследования показали ассоциации полиморфных вариантов гена IL12B с резистентностью к HCV-инфекции (Hegazy, 2008), протективным эффектом развития тяжелых поражений печени (Suneetha, 2006), исходом заболевания (Houldsworth, 2005; Mueller, 2004; Yin, 2004).

IFN-y регулирует экспрессию более 500 генов, многие из которых опосредуют иммунный ответ. Взаимодействуя со своим рецептором, IFN-y, активирует сигнальные трансдукторы и активаторы транскрипции, связывающиеся с промоторами IFNG-индуцибельных генов. Показаны ассоциации полиморфных вариантов гена IFNG с резистентностью к HCV и . HBV-инфекциям, скоростью репликации вируса HCV, подверженностью к тяжелым повреждениям печени и исходу заболевания (Gao, 2009; Bouzgarrou, 2009; Pereira, 2008; Dai, 2006; Abbas, 2005).

CTLA4 - член семейства иммуноглобулиноподобных молекул и является костимуляторной молекулой, экспрессируемой активированными Т клетками. По сути, молекула CTLA4 является ингибирующим рецептором, который ограничивает Т-клеточную активацию. В гене, кодирующем цитотоксический Т-лимфоцитарный антиген (CTLA4), наиболее исследуемыми являются 2 полиморфизма - замены С/Т в позиции -318 в промоторной области и замена G/A в позиции 49 в первом экзоне, приводящая к аминокислотной замене аланина на треонин. Известно, что гаплотипы, состоящие из этих двух полиморфизмов, ассоциированы с разной степенью СТЪА4-опосредованного влияния на Т-клеточную активацию и ответом на интерферонотерапию (Wang, 2002), а также с повышенным риском хронизации инфекции (Schott, 2007).

Значительную роль в распознавании патогена > играют Toll-like рецепторы (TLRs). TLRs могут опосредовать ответ на грамположительные бактерии, влиять на продукцию TNFa, IL6 и NO в ответ на отдельные компоненты грамположительной бактериальной стенки (Hirschfeld, 1999). Полиморфные варианты генов, кодирующие TLRs, ассоциированы с риском развития фиброза при HCV (Li, 2009), тяжестью течения хронических вирусных гепатитов (Von-Hahn, 2008), смертностью после трансплантации печени у больных с HCY (Eid, 2007).

Фактор некроза опухолей-альфа (TNFa) - провоспалительный цитокин, относящийся к семейству факторов некроза опухолей, имеющий большое количество биологических эффектов на организм. Важную роль ФНО-а играет в развитии острого воспалительного процесса, в элиминации патогенов за счет стимуляции фагоцитоза и индукции «оксидативного стресса». Помимо участия в остром воспалении, TNFa играет роль в хронизации процесса, в основном, за счет повышения адгезии макрофагов -основных клеток-эффекторов хронического воспаления. Ассоциативным исследованиям полиморфных вариантов гена TNF с хроническими вирусными гепатитами посвящено наибольшее количество исследований из всех вышеперечисленных генов. Показаны ассоциации полиморфных вариантов этого гена с риском развития гепатоцеллюлярной карциномы при HCV-инфекции (Jeng, 2009), хронизацией вирусных гепатитов (Chen, 2009), ответом на терапию (Pereira, 2008; Valenti, 2005), тяжестью течения заболевания (Dai, 2006), элиминацией вируса (Thio, 2004), риском быстрого прогрессирования заболевания до цирроза печени (Bahr, 2003).

Большой интерес, как с точки зрения фундаментальной науки, так и с позиции практического здравоохранения представляет оценка влияния генетического полиморфизма на особенности функционирования генов в условиях воздействия на организм человека повреждающих факторов различной природы. Известно, что функционирование генома человека в тесном взаимодействии с факторами окружающей среды, приводит к тому, что один и тот же «генетический фон» проявляется по-разному и реализуется в различные фенотипы. Это косвенно подтверждается результатами изучения подверженности популяций человека к инфекционным заболеваниям. В популяциях Дании, Британии, Китая, Греции показана протективная роль аллеля -159Т гена CD 14 для аллергических заболеваний, атопии, экземы, а у американцев европеоидного происхождения данный аллель ассоциирован с высоким уровнем IgE, пищевой аллергией и неатопической бронхиальной астмой (Vercelli, 2004). Полиморфный вариант G-308A гена TNF в одних популяциях ассоциирован с подверженностью, а в других - с устойчивостью к лепре, что связывают с разными штаммами M.lepre, персистирующими в этих популяциях (Fitness, 2004). Экспериментальные исследования, выполненные на культурах клеток, говорят о том, что экспрессия гена в присутствии мутаций и полиморфизмов является «стимулспецифической». Например, присутствие полиморфных вариантов в промоторной области J может оказывать влияние на транскрипцию гена за счет нарушения структуры сайтов связывания транскрипционных факторов. Однако, в условиях действия различных активаторов транскрипции, наличие мутации или полиморфизма не всегда приводит к однонаправленному изменению транскрипционного уровня. Известно что, мутации в сайтах связывания транскрипционных факторов значительно понижают транскрипцию гена TNF V в культурах клеток мышей при стимуляции М. Tuberculosis или липополисахаридом (LPS), но присутствие этих мутаций не влияет на уровень экспрессии гена TNF в клеточной линии моноцитов человека при стимуляции ионофором (Barthel, 2003). Однако, все эти исследования выполнены, в основном, на культурах клеток при воздействии различных стимуляторов. Данные же по изменению уровня экспрессии гена в зависимости от генотипа индивида при действии различных факторов in vivo единичны и противоречивы. Вместе с тем, такие исследования дадут возможность не только понять особенности функционирования генома человека в различных условиях, но и помогут внедрить в практическое здравоохранение подходы персонифицированной медицины. Таким образом, цель настоящего исследования:

Задачи:

1. Изучить полиморфизм генов иммунной системы IL 12В (А1188С) и (rs3212220 G/T)'ÍL12RB1 (G531A) и (С2087Т), IFNG (Т-1488С), IFNGR2 (G-1704/-), TLR4 (С1196Т), CTLA4 (G49A) у больных хроническими гепатитами С (ХВГС) и В - (ХВГВ), алкогольной болезнью печени.

4. Выявить различия в паттерне экспрессии генов иммунной системы (.IL12B, IL12RB1, IFNG, IFNGR2, TLR4, CTLA4) при заболеваниях печени вирусной и невирусной этиологии.

Научная новизна:

Впервые получены данные о генетическом полиморфизме генов IL12B (А1188С и rs3212220 G/T), IL12RB1 (G531A и С2087Т), IFNG (Т-1488С), IFNGR2 (G-1704/-), TLR4 (С1196Т), CTLA4 (G49A) у больных хроническим гепатитом С (ХВГС), В (ХВГВ), алкогольной болезнью печени. Впервые выявлены ассоциации гомозиготного генотипа «АА» полиморфного варианта гена IL12B (А1188С) и генотипа «GG» варианта гена IFNGR2 (G-1704/-) с хроническим вирусным гепатитом С и генотипа «ТТ» полиморфизма гена IL12B1 (rs3212220 G/T) и генотипа «СТ» варианта гена IL12RB1 (С2087Т) с алкогольной болезнью печени. Впервые показаны различия между группами больных ХВГС и ХВГВ в частотах аллеля, несущего делецию «-» полиморфизма гена IFNGR2 (G-1704/-).

Впервые выявлено, что полиморфные варианты гена IL12B (А1188С) и (rs3212220 G/T) ассоциированы с уровнем цитокинов (IL4, IL12, IFN-y) и протромбиновым индексом у больных ХВГС; делеционный полиморфизм в промоторной области гена IFNGR2 (G-1704/-) ассоциирован с уровнем общего билирубина, показателями тимоловой пробы, концентрацией а]-протеиназного ингибитора у больных ХВГС и уровнем ACT у больных ХВГВ; полиморфизм гена IFNG (Т-1488С) влияет на уровень протеиназного ингибитора у больных ХВГС; полиморфный вариант гена CTLA4 (G49A) ассоциирован с такими биохимическими показателями, как

ACT и AJIT у больных ХВГС; полиморфный вариант гена TLR4 (С1196Т) оказывает влияние на показатели тимоловой пробы у больных ХВГВ.

Впервые выявлены особенности функционирования генов IL12B, IL12RB1, IFNG, IFNGR2, TLR4, CTLA4 в биоптатах печени в зависимости от воздействующих факторов вирусной и невирусной природы. Показано, что при ХВГС в гепатоцитах наблюдается увеличение экспрессии гена IL12B, при ХВГВ - увеличение экспрессии генов IL12B и IFNG по сравнению с уровнем экспрессии этих генов у больных АБП.

Научно-практическая значимость: Данные настоящего исследования дополняют фундаментальные сведения о генетической компоненте предрасположенности к хронизации зирусных гепатитов С и В и развитию алкогольной болезни печени. Полученные в настоящей работе данные могут быть использованы в клинической практике для оценки особенностей течения и исходов данных заболеваний для носителей определенных генотипов. Результаты исследования могут быть использованы в лекционном курсе для врачей различных специальностей по терапии и медицинской генетике. Полученная информация о полиморфизме генов модификаторов иммунного ответа у русских жителей г. Томска может быть использована при проведении ассоциативных исследований подверженности к инфекционным заболеваниям

Положения, выносимые на защиту:

1. Генетическая составляющая подверженности к ХВГС, ХВГВ и АБП, тяжести течения заболеваний и изменений патогенетически значимых количественных признаков является различной: полиморфные варианты генов IL12B (А1188С), IFNGR2 (G-1704/-), CTLA (G49A) ассоциированы с ХВГС; полиморфные варианты генов IFNGR2 (G-1704/-) и TLR4 (С1196Т) ассоциированы с ХВГВ, полиморфные варианты генов IL12B (rs3212220 G/T) и IL12RB1 (С2087Т) - с АБП. '

2. Заболевания печени вирусного и алкогольного генеза характеризуются различным паттерном экспрессии генов-модификаторов иммунного ответа: в биоптатах печени при ХВГС увеличивается экспрессия гена 1Ы2В, при ХВГВ увеличивается экспрессия генов 1Ы2В и //*М7, АБП характеризуется угнетением экспрессии генов 1Ы2В и /РЖ?.

Апробация работы:

По теме диссертации опубликовано 3 работы, в том числе 2 статьи в рецензируемых журналах списка ВАК, и 1 тезисы в материалах отечественной конференции.

1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР

Заключение Диссертация по теме "Генетика", Хеба Гамаль Абд Ель-Азиз Наср

выводы

1. У русских жителей г. Томска, больных хроническими вирусными гепатитами В и С и алкогольной болезнью печени частоты полиморфных вариантов генов IL12B (А1188С и rs3212220 G/T), IL12RB1 (G531A и С2087Т), IFNG (Т-1488С), IFNGR2 (G-1704/-), TLR4 (CI 196Т), CTLA4 (G49A) находятся в переделах значений, полученных для европеоидных популяций мира. При ХВГС наибольший уровень полиморфизма характерен для варианта G49A гена CTLA4, а при ХВГВ - для варианта С2087Т гена IL12RB1

2. Генетическая составляющая подверженности к заболеваниям печени вирусного и алкогольного генеза различна: в подверженность к ХВГС вносят вклад генотип «GG» полиморфного варианта гена IFNGR2 (G-1704/-) и генотип «АА» полиморфного варианта гена IL12B (А1188С); на подверженность к алкогольной болезни печени влияют генотип «ТТ» полиморфного варианта гъна1Ы2В (rs3212220 G/T) и генотип «СТ» IL12RB1 (С2087Т).

4. При ХВГС генотип «СС» полиморфного варианта гена IL12B (A1188С) ассоциирован с повышенным уровнем цитокинов IFNy, IL4, и пониженным уровнем IL12, а так же с повышением протромбинового индекса; генотип (-/-) варианта гена IFNGR2 (G-1704/-) - с высоким уровнем общего билирубина и тимоловой пробы; генотип «AG» варианта гена CTLA4 (G49A) - с пониженным уровнем аминотрансфераз ACT и АЛТ; генотип «СТ» IFNG (Т-1488С) характеризуется более низкой концентрацией оц-протеиназного ингибитора.

5. При ХВГВ для носителей гомозиготного генотипа «ТТ» варианта (Т-1488С) гена IFNG характерен более низкий уровень ACT; для носителей генотипа «СТ» TLR4 (С 1196Т) наблюдается сниженные показатели тимоловой пробы.

6. Анализ экспрессии изученных генов в биоптатах печени показал увеличение экспрессии гена IL12B при ХВГС и генов IL12B и IFNG при ХВГВ относительно АБП, которая характеризовалась угнетением экспрессии данных генов.

7. В развитие заболеваний печени различной этиологии наибольший вклад вносит ген IL12B поскольку: характеризуется повышением уровня экспрессии при вирусных и понижением - при алкогольном гепатитах; полиморфный вариант (rs3212220 G/T) гена ассоциирован с АБП; полиморфный вариант (А1188С) ассоциирован с ХВГС, тяжестью его течения, протромбиновым индексом; повышением содержания в сыворотке крови IFN-y и IL4 и содержания IL12.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

При изучении полиморфных вариантов генов иммунной системы (IL12B (А1188С) и (rs3212220 G/T), IL12RB1 (G531A) и (С2087Т), IFNG (Т-1488С), IFNGR2 (G-1704/-), TLR4 (С1196Т), CTLA4 (G49A)) у больных хроническими гепатитами С и В, алкогольной болезнью печени и в контрольной группе были получены следующие результаты:

- наибольшим уровнем полиморфизма в объединенной группе больных хроническими гепатитами характеризовались: варианты генов IL12RB1 (С2087Т) и CTLA4 (G49A), где уровень гетерозиготности составил 52% и 55% соответственно; в группе больных ХВГС - вариант CTLA4 (G49A) (56,8%), а у больных ХВГВ и алкогольной болезнью печени - вариант IL12RB1 (С2087Т) (59% и 58,9% соответственно);

- наименьшим уровнем полиморфизма характеризовался вариант С1196Т гена TLR4, гетерозиготность которого составила 10-19% во всех обследованных группах;

- отклонение от РХВ для гена CTLA4 (G49A) было выявлено у больных ХВГС за счет 14% избытка гетерозигот; для гена IL12RB1 (С2087Т) в группе больных алкогольным гепатитом за счет 23% избытка гетерозигот, а также для гена IL12B (A1188С) в объеденной группе больных ХГ, у больных ХВГ и у больных ХВГС за счет 15%, 13% и 19% недостатка гетерозигот;

- частоты исследованных генов находилась в пределах величин, характерных для евррпеоидных популяций мира.

При оценке ассоциации выбранных полиморфных вариантов генов с заболеваниями печени различной этиологии не было установлено статистически значимых различий в распределении генотипов и частот аллелей между группами больных ХГ, ХВГ и представителями контрольной группы. При разделении больных ХВГ на группы в зависимости от возбудителя, вызвавшего заболевание - РНК вирус HCV или ДНК вирус -HBV, выявлено, что группа больных ХВГС отличалась от контрольной по частотам генотипов полиморфного варианта гена IL12B (А1188С) и по

122 частотам аллелей и генотипов гена рецептора к IFN-y - IFNGR2 (G-1704/-). Различия в распределении частот генотипов гена IL12B (А118ВС) обусловлены снижением частоты гетерозиготного генотипа «АС» в группе с ХВГС (19,45%) по сравнению с контролем (33,33) (р=0,01; OR=0,48; 95% CI: 0,27-0,88) и повышением частоты гомозиготного генотипа «АА» у больных (76,21%) по сравнению с контрольной группой (64,58%) (р=0,05; OR=l,76; 95% CI: 0,99-3,12). Различия в частотах по полиморфному варианту IFNGR2(G-1704/-) происходили за счет более высокой частоты генотипа «GG» (75,67%) и более низкой частоты аллеля, несущего делецию - «-» (12,77) у больных ХВГС по сравнению с контрольной группой ((62,50%; р=0,02; OR=l,98; 95% CI: 1,08-3,37) и (19,27%; р=0,05; OR=0,61; 95% CI: 0,37-1,00) соответственно).

Группа больных с АБП характеризовалась повышенной частотой носителей генотипа «ТТ» (8,9%) полиморфного варианта гена IL12B (rs3212220 G/T) и более высокой частотой гетерозиготного генотипа «СТ» (59,5%) гена рецептора к IL12 - IL12RB1 (С2087Т) по сравнению с контрольной группой ((2,1%; р=0,05; OR=4,64; 95% CI: 0,88-32,64) и (43,7%; р=0,04; OR=l,89; 95% CI: 1,01-3,55), соответственно).

Выявлены значимые различия между группами больных ХВГС (12,7%) и ХВГВ (23,4%) в частотах аллеля, несущего делецию «-» гена IFNGR2 (G-1704/-) (р=0,01; OR=2,ll; 95% CI: 1,15-3,85). Причем, для ХВГС частота данного аллеля значимо ниже, чем в контрольной группе и для этой формы патологии аллель «-» может быть определен как протективный. Тогда как, для ХВГВ частота данного аллеля повышается по сравнению с контрольной группой, но различия не достигают 5% уровня значимости.

Таким образом, в настоящем исследовании показано, что на подверженность к ХВГС влияют полиморфные варианты генов IL12B ч

А1188С) и IFNGR2 (G-1704/-). Причем фактором, увеличивающим риск хронизации инфекции, является генотип «GG» гена IFNGR2 (G-1704/-) и генотип «АА» полиморфного варианта гена IL12B (А1188С) Фактором, снижающим риск хронизации гепатита С, является аллель «-» полиморфного варианта гена IFNGR2 (G-1704/-).

Для ХВГВ не показано статистически значимых различий в частотах генотипов и аллелей исследованных генов. Но, на примере разнонаправленного изменения частот данных показателей гена IFNGR2 (G-1704/-) у больных ХВГС и ХВГВ можно предположить, что генетическая составляющая подверженности к данным патологиям будет различной.

В подверженность к алкогольной болезни печени вносят вклад гены IL12B (rs3212220 G/T) и IL12RB1 (С2087Т).

При изучении связи полиморфных вариантов генов IL12B (rs3212220 G/T), IL12RB1 (С2087Т) и (G531A), IFNG (Т-1488С), IFNGR2 (G-1704/-), CTLA4 (G49A), TLR4 (С 1190Т) со стадией фиброза у больных ХВГС, не было выявлено достоверных различий в частотах аллелей и генотипов в исследованных подгруппах. В группе больных циррозом печени было выявлено увеличение частоты носителей гетерозиготного генотипа «АС» гена IL12B (А1188С) (39,3%) по сравнению с объединенной группой, включающей больных с I и II стадией фиброза печени (15,5%). Частота генотипа «СС» не отличалась между группами больных с разной степенью фиброза . Однако в группе больных циррозом печени наблюдалось накопление аллеля «С» (23,2%) по сравнению с объединенной группой (фиброз легкой и средней степени тяжести) (12,2%) Кроме этого, выявлено накопление генотипа «GG» и аллеля «G» варианта гена CTLA4 (A49G) в зависимости от увеличения стадии фиброза печени В группе больных циррозом печени (III группа) наблюдается наиболее высокая частота генотипа «GG» и аллеля «G» по сравнению с больными ХВГС с легкой и средней тяжестью заболевания (р=0,04; OR=2,83; 95%, CI: 1,09-8,15) и (р=0,04; OR=l,66; 95% CI: (1,02-2,68)) соответственно.

Не было выявлено связи между генотипами по генам GSTT1 и GSTM1 и циррозом печени у больных ХВГС. Частоты «нулевых» генотипов генов GSTT1 и GSTM1 не отличались между больными циррозом, печени, вызванным воздействием вируса HCV и контрольной группой и распределялись следующим образом: для гена GSTT1 частота «нулевого» генотипа в группе больных и контроле составила 23,3% и 22,1% р=0,50)соответственно; для гена GSTM1 - 50% и 65,5% (р=0,17). t

Таким образом, в настоящем исследовании показано, что генетическими факторами, предрасполагающими к тяжелому течению ХВГС и развитию цирроза печени, являются гетерозиготный генотип «АС» полиморфного варианта гена IL 12В (А1188С), а так же аллель «G» и генотип «GG» полиморфного варианта гена CTLA4 (A49G).

В результате проведенного исследования было установлено, что генетический статус человека по полиморфным вариантам исследованных генов IL12B (А1188С) и (rs3212220 G/T), IFNG (Т-1488С), IFNGR2 (G-1704/-), CTLA4 (G49A) является фактором, определяющим уровень биохимических показателей крови, количественное содержание цитокинов, фракций гидроксипролина, у больных ХВГ. Из всех изученных полиморфных вариантов с биохимическими показателями крови у больных ХВГС ассоциированы IFNGR2 (G-1704/-) и CTLA4 (G49A). Выявлено, что гомозиготные носители делеции (-/-) характеризуются более высокими показателями уровня общего билирубина в сыворотке крови (41,13 мкмоль/л), по сравнению с носителями генотипов G/G (24,25 мкмоль/л) и G/-(21,66 мкмоль/л) . У больных с генотипом (-/-) наблюдался повышенный уровень тимоловой пробы (6,3 ед.), по сравнению с носителями других генотипов (G/G - 4,16 ед., G/- - 4,78 ед.). С биохимическими показателями, такими как АЛТ и ACT ассоциирован полиморфный вариант гена CTLA4 (G49A). Показано что, генотип «АА» ассоциирован с более высоким уровнем АЛТ у больных ХВГС по сравнению с другими генотипами. В то же время гетерозиготный генотип «AG» связан' с более низкими значениями АЛТ и ACT у больных ХВГС.

У больных ХВГВ с биохимическими показателями крови ассоциированы полиморфные варианты генов IFNG (Т-1488С) и TLR4 (С1196Т). Показано что для гомозиготного генотипа «ТТ» варианта (Т-1488С) гена IFNG характерен более низкий уровень ACT (46,6 ед/л) по сравнению с генотипами «СС» (74,5 ед/л) и «СТ» (89,8 ед/л) . При объединении генотипов «СС+СТ» I так же показаны статистически значимые различия в уровне ACT в сыворотке крови у больных ХВГВ. В данной группе больных было выявлено изменение показателей тимоловой пробы в зависимости от генотипа по полиморфному варианту гена TLR4 (С1196Т). У гетерозиготных носителей «СТ» данного варианта наблюдается сниженные показатели тимоловой пробы по сравнению с носителями генотипа «СС».

При ХВГВ носители генотипов «ТТ» гена IFNG (Т-1488С) и «СТ» гена TLR4 (С1196Т) будут характеризоваться меньшим уровнем некроза и дистрофии гепатоцитов по сравнению с носителями других генотипов.

Не было получено статистически значимых изменений количества IFN-y в зависимости от генотипа по полиморфному варианту гена IFNG (Т-1488С), хотя у носителей генотипа «СС» отмечалось повышение содержание белка до 129,36 мг/л-по сравнению с носителями генотипа «ТТ» (94,57 мг/л) и генотипа «СТ» (85,68 мг/л).

В настоящем исследовании было показано, что активность протеолитических ферментов, уровень фибронектина и фракций гидроксипролина не изменялась в зависимости от генотипов по полиморфным вариантам всех исследованных генов, кроме IFNG (Т-1488С).

Было выявлено, что в группе больных ХВГС для носителей гетерозиготного генотипа «СТ» характерна более низкая концентрация ai-протеиназного ингибитора в сыворотке крови по сравнению с носителями генотипов «СС» и «ТТ». Поскольку дефицит этого фермента приводит к дисбалансу в системе протеиназы-антипротеиназы, в результате чего накапливаются протеолитические энзимы, повреждающие ткани, можно предположить, что носители генотипа «СТ» будут характеризоваться более тяжелым повреждением печени при хроническом течении вирусного гепатита С.

Таким образом, выявлено, что:

- полиморфные варианты гена IL12B (А1188С) и (rs3212220 G/T) ассоциированы с уровнем цитокинов (IL4, IL12, IFN-y) и протромбиновым индексом у больных ХВГС;

- делеционный полиморфизм в промоторной области гена IFNGR2 (G-1704/-) ассоциирован с уровнем общего билирубина,' показателями тимоловой пробы у больных ХВГС;

- полиморфизм гена IFNG (Т-1488С) влияет на уровень агпротеиназного ингибитора у больных ХВГС и уровнем ACT у больных ХВГВ;

- полиморфный вариант гена CTLA4 (G49A) ассоциирован и такими биохимическими показателями как ACT и AJIT у больных ХВГС;

- полиморфный вариант гена TLR4 (С1196Т) оказывает влияние на показатели тимоловой.пробы у больных ХВГВ.

При изучении паттерна экспрессии генов иммунной системы (IL12B, IL12RB1, IFNG, IFNGR2, TLR4, CTLA4) при заболеваниях печени вирусной и не вирусной этиологии было выявлено, что наибольший уровень экспрессии гена СТЬА4 наблюдался в группе пациентов с ХВГС, наименьший - с ХВГВ, группа больных АБП занимала промежуточное положение.

Среди исследованных групп наибольший уровень экспрессии гена /Т^Ж? наблюдается у больных ХВГВ. Выявлены двукратные различия в уровне экспрессии гена /^РЖ? между группами пациентов ХВГВ и АБП. В группах больных ХВГС и ХВГВ не выявлено различий с уровнем экспрессии гена //<Жг. Ген рецептора к ШЧ-у - №1<ЮК2 экспрессировался на одном и том же уровне в тканях печени во всех исследованных группах больных. Уровень экспрессии гена 1Ы2В в тканях печени был значимо выше у больных ХВГС и ХВГВ по сравнению с больными АБП, однако между больными ХВГС и ХВГВ уровень экспрессии гена 1Ы2В не отличался. Экспрессия гена рецептора к 1Ь12 - 1Ы2КВ1 и гена ТЬЯ4 оставалась на одном уровне во всех исследованных группах больных.

Таким образом, проведенное исследование показало, что при ХВГС в гепатоцитах наблюдается увеличение экспрессии гена 1Ы2В, при ХАГВ — увеличение экспрессии генов 1Ы2В и /7<Жг. Алкогольная болезнь печени характеризуется угнетением экспрессии генов 1Ы2В и /РМ?.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Хеба Гамаль Абд Ель-Азиз Наср, Томск

1. Абдурахманов Д.Т. Вирус гепатита В в патологии человека / Д.Т. Абдурахманов // Клиническая фармакология и терапия. 2002. № 1. С. 48-56.

2. Абдурахманов' Д.Т. Стеатоз при хроническом гепатите С: механизмы развития и роль в прогрессировании поражения печени / Д. Т. Абдурахманов // Клиническая гепатология. 2005. № 1. С. 25-28.

3. Белобородова Е.В. Поражение печени при хронических вирусных гепатитах и их сочетании с алкогольной болезнью и опийной наркоманией. Прогноз течения и исходы: автореферат дис. . / Сиб. гос. мед. ун-т МЗ РФ Томск, 2007, 42 с.

4. Брагина Е.Ю., Куценко И.Г., Евтушенко И.Д. и др. 2009. Полиморфизм генов ферментов метаболизма ксенобиотиков у женщин с лейомиомой матки, работающих в условиях ядерно-химического производства. Медицинская генетика. Т. 8. С. 25-30.

5. Вейр Б. Анализ генетических данных / Б. Вейр. М. : Мир, 1995. - 400 с.

6. Горбаков В.В. Современные подходы к лечению хронических вирусных заболеваний печени / В.В. Горбаков // Терапевтический архив. 2000. № 38. С. 5-9.

7. Григорьева С.А. Никитина В.А., Косякова Н.В. и др. Частотаполиморфизмов генов ферментов биотрансформации ксенобиотиков CYP1A1, GSTM1 и GSTT1 у жителей г. Москвы // Медицинская генетика. 2007. Т.6. С.38-41.

8. Горбаков В. В., Абдулаева Х.И., Раков А.Л., Урсов Р.Р. Современные представления, о хронической НВУ-инфекции // Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. 2003. № 2. С. 54-63.

9. Животовский Л.А. Статистические методы анализа частот генов в природных популяциях // Теоретическая и популяционная генетика: итоги науки и техники. Общая генетика / ВИНИТИ. М., 1983. - Т. 8. -Гл. 2. - С. 76-104.

10. Ибрагимова М.М., Крель П.Е., Абдурахманов Д.Т., Некрасова Т.П. Особенности течения НЬеА£-негативного хронического гепатита В // Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии. 2004. № 2. С. 34-39.

11. Ивашкин В. Т., Маммаев С. Н., Лукина Е. А. и др.: Система цитокинов у больных хроническим гепатитом С при лечении интерфероном-а / // Терапевтический архив. 2002. № 2. С. 37-41.

12. Каган, В. Е. Проблема анализа эндогенных продуктов ПОЛ / В. Е. Каган, О. Н. Орлов, Л. П. Прилипко // Итоги науки и техники. Серия биофизика. М. : ВИНТИ, 1986. -Т 18. - С. 120.

13. Камышников В. С. Справочник по клинико-биохимической лабораторной диагностике: В 2-х т. //В. С. Камышников. Минск : Беларусь, 2000. Т 1. 495 с.

14. Кашкин, К. П. Цитокины иммунной системы: основные свойства и иммунобиологическая активность / К. П. Кашкин // Клиническая лабораторная диагностика. 1998. № 11. С. 21 32.

15. Курамшин Д. X. Цитокины и показатели иммунного статуса больных вирусным гепатитом С и сочетанным вариантом гепатита С+В : Автореф. дис. . канд. биол. Наук / Д. X. Курамшин. Новосибирск, 2002. 22 с.

16. Масалова, О. В. Изменения показателей гуморального и клеточного иммунитета у пациентов с хроническим гепатитом С различнойтяжести / О. В. Масалова, А. Г. Абулмеджидова, К. В. Мортухов // Вопросы вирусологии. 2003. № 3. С. 15-19.

17. Мезенцева М. В., Наровлянский Т. П А, Оспельникова Н. и др. Продукция цйтокинов клетками крови при герпесе, гепатите С и других формах патологии / // Вопросы вирусологии. 2002. № 1. С. 4447.

18. Никитин, И. Г. Клиника, диагностика и этиопатогенетическое лечение хронического .НСV-гепатита. : Автореф. дис. . д-ра мед. наук // Никитин И. Г. Москва, 2000. - 48 с.

19. Павлов Ч. С, Шульпекова Ю. О, Золотаревский В. Б, Ивашкин В. Т. Современные представления о патогенезе, диагностике и лечении фиброза печени // Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологиии,т;колопроктологии. 2005. № 2. С. 13-20.

20. Попова С.Н., Сломинский П.А., Галушкин С.Н. и др. Полимрфизм Глутатион S-трансфераз в ряде популяций России. Генетика. 2002. Т.38. С. 281-284.

21. Пинцани М. Эволюция фиброза печени: от гепатита к циррозу / М. Пинцани // Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии. 2002, Т. 12. № 5. С. 4-9.

22. Раков А.Л., Горбаков В.В., Хазанов А.И. и др. Сравнительная клинико-лабораторная характеристика HbeAg-позитивных и HbeAg-негативных хронических гепатитов В // Экспериментальная и клинипческая гастроэнтерология. 2003. № 2. С. 48-52.

23. Ройт А. Иммунология / А. Ройт, Дж. Бростофф, Д. Мейл. М.: Мир, 2000. С. 169-175.

24. Рудко A.A., Ондар Э.А., Фрейдин М.Б., Пузырев В.П. Генетика подверженности к туберкулезу у тувинцев. // Вестн этнич. медицины. 2004. V 1.Р.17-21.

25. Серова В.В., Апросина 3. Г. Хронический вирусный гепатит / Под ред М.: Медицина, 2004. - 384 с.

26. Симбирцев А;С. Клиническое применение препаратов цитокинов / А. С. Симбирцев // Иммунология. 2004. № 4. С. 247-251.

27. Соринсон, С.Н. Вирусные гепатиты / С. Н. Соринсон. — 2-е изд. — СПб., 1998. 325 с.

28. Фрейдин М.Б., Рудко А.А., Колоколова А.А., и др. Сранительный анализ структуры наследственной компоненты подверженности туберкулезу у тувинцев и русских // Молекулярная биология. 2006. Т. 40, №2.С. 252-262.

29. Фрейдин М.Б., Гончарова И.А., Рудко А.А. Геномные основы подверженности инфекционным заболеваниям. // Молекул, медицина. 2006 V3 Р. 39—46.

30. Царегородцева Т.М. Цитокины в гастроэнтерологии / Т.М. Царегородцева, Т. И. Серова. М.: Анахарсис, 2003. - 94 с.

31. Царегородцева Т.М., Зотина М., Серова М.М. и др. Интерлейкины при хронических заболеваниях органов пищеварения // Терапевтический архив. 2003. № 2. С. 7-9.

32. Шамшева О.В. Гепатит В главная проблема для здравоохранения многих стран мира / Шамшева О.В. // Мир вирусных гепатитов. 2004. № 1. С. 3-6.

33. Alberti A., Chemello L., Benvengnu L. Natural history of hepatitis С // j. Hepatol. 1999. V.31, №.1. P. 17-24.

34. Alizadeh A.A., Eisen M.B., Davis R.E., Ma C., et al. Distinct types of diffuse large B-cell lymphoma identified by gene expression profiling // Nature. 2000. V.403. P.503-511.

35. Allison D.B. Transmission/Disequilibrium Tests for quantitative traits // .Am.J. Hum. Genet. 1997. V. 60, №.6. P. 676-690.

36. Alter M.J. The epidemiology of acute and chronic hepatitis C // Clin Liver Dis. 1997. V. 1, №3 P.559-68.

37. Alter M. Epidemiology and disease burden of hepatitis B and C // Antiviral Ther. 1996. V.l. (suppl 3) P. 9-15.

38. Alter M.J., Kruszon-Moran D., Nainan O.V., McQuillan G.M., et al. The prevalence of hepatitis C virus infection in the United States, 1988 through 1994// N Engl J Med. 1999. V.341. P. 556-562.

39. Alwine J.C., Kemp D.J., Stark G.R. Method for detection of specific RNAs in agarose gels by transfer to diazobenzyloxymethyl-paper and hybridization with DNA probes // Proc. Natl. Acad. Sci. 1977. V.74. P.5350-5354.

40. Anantharaman D., Chaubal P.M., Rajani S. K. et al. Susceptibility to oral cancer by genetic polymorphisms at CYP1A1, GSTM1 and GSTT1 loci among Indians: tobacco exposure as a risk modulator. Carcinogenesis. 2007. V.28. P.1455 1462.

41. Asselah T., Biéche I., Sabbagh A., et al.Gene expression and hepatitis C virus infection // Gut. 2009. V.58. P. 846-858.

42. Bahr M.J., Menuawy M., Boeker K.H., et al. Cytokine gene polymorphisms and the susceptibility to liver cirrhosis in patients with chronic hepatitis C // Liver Int. 2003. V.23. P. 420-425.

43. Barthel Robert , Anne E. Goldfeld. T Cell-Specific Expression of the Human TNFa, Gene Involves a Functional and Highly Conserved Chromatin Signature in Intron 31 // The Journal of Immunology. 2003. V.171. P.3612—3619.

44. Bdour S. Hepatitis C virus infection in Jordanian haemodialyis units, serological diagnosis and genotyping // J Med Microbiol. 2002. V.51. P.700-704.

45. Bellodi-Privato M., Kubrusly MS., Stefano JT., Soares IC., et al. Differential gene expression profiles of hepatocellular carcinomas associated or not with viral infection // Braz J Med Biol Res. 2009. V.42, №.12. P. 119-1127.

46. Ben-Ari Z., Pappo O., Druzd T., Sulkes J., et al. Role of cytokine gene polymorphism and hepatic transforming growth factor betal expression in recurrent hepatitis C after liver transplantation // Cytokine. 2004. V. 27, №.1. P. 7-14.

47. Berenguer M., et al. HCV-related fibrosis progression following liver transplantation: increase in recent years // J Hepatol. 2000. V.32, №.4. P. 673-684.

48. Bieche I., AsselahT., LaurendeauL, Vidaud D., et al. Molecular profiling of early stage liver fibrosis in patients with chronic hepatitis C virus infection //Virology. 2005. V.332,№.1. P. 130-144.

49. Bittner M., et al. Molecular classification of cutaneous malignant melanoma by gene expression profiling // Nature. 2000. V.406. P.536-540.

50. Blackham Samantha , Baillie Andrew, Al-Hababi Fadel, Remlinger Katja, et al. Gene Expression Profiling Indicates the Roles of Host Oxidative Stress,v

51. Apoptosis, Lipid Metabolism, and Intracellular Transport Genes in the

52. Replication of Hepatitis C Virus // Journal of Virology. 2010. V.84, №. 10. P.5404-5414.

53. Blumberg B. Hepatitis B virus the vaccine and the control of primary cancer of the liver // Proc .Nat. Acad. Sci. USA. 1997. V.94. P. 71217124.

54. Blum H. Variants of hepatitis B, C and D viruses molecular biology and clinical significance // Digestion. 1995. V.56. P. 85-95.

55. Borden EC., Sen GC., Uze G., et al. Interferons at age 50: past, current and future impact on biomedicine // Nat Rev Drug Discov 2007. V. 6. P. 975-990.

56. Bosch F. X., Ribes J. Epidemiology of liver cancer in Europe // Can. J. Gastr. 2000. V:i4, №.7. P. 621-630.

57. BouzgaiTOU N., Hassen E., Farhat K., Bahri O., et al. Combined analysis of interferon-gamma and interleukin-10 gene polymorphisms and chronic hepatitis C severity // Hum Immunol. 2009 V.70, №.4. P. 230-236.

58. Brunetto M. R. , Rodrigues U. A., Bonino F. Hepatitis B virus mutants // lntervirology. 1999. V.42. P. 69-80.

59. Budhu A. ,Chen Y., Kim J.W., Forgues M., Valerie K., Harris C.C., Wang X. W. Induction of a unique gene expression profile in primary human hepatocytes by hepatitis C virus core, NS3 and NS5A proteins // Carcinogenesis. 2007. V.28 №.7. P. 1552-1560.

60. Cao S.X., Dhahbi J.M., Mote P.L., Spindler S.R. Genomic profiling of short- and long-term caloric restriction effects in the liver of aging mice // Proc. Natl. Acad. Sci. 2001. V.98. P.10630-10635.

61. Carlsten C., Sagoo G. S., Frodsham A. J., Burke W. , J Higgins. P. T. Glutathione S-Transferase Ml (GSTM1) Polymorphisms and Lung Cancer: A Literature-based Systematic HuGE Review and Meta-Analysis. Am J Epidemiol. 2008. V. 167. P. 759-774.

62. Chan HL., Hui AY., Wong ML., et al. Genotype C hepatitis B virus infection is associated with an increased risk of hepatocellular carcinoma // Gut.2004. V.53 P. 1494-1498.

63. Charlton M. Hepatitis C infection in liver transplantation // Am J Transplant. 2001. V.l, №.3. P. 197-203.

64. ChenY.W., Zhao P., Borup R., Hoffman E. P. Expression profiling in the muscular dystrophies. Identification of novel aspects of molecular pathophysiology // J. Cell Biol. 2000. V.151. P.1321-1336.

65. Chen DQ., Zeng Y., Zhou J., Yang L., et al. Association of candidate susceptible loci, with chronic infection with hepatitis B virus in a Chinese population // J Med Virol. 2010. V.82,№.3. P. 371-378.

66. Chen TY., Hsieh YS., Wu TT., Yang SF., et al. Impact of serum levels and gene polymorphism of cytokines on chronic hepatitis C infection // Transl Res. 2007. V. 150, №.2. P. 116-121.

67. Chen Y., Pei J. An assessment of a TNF polymorphic marker for the risk of HCV infection: meta-analysis and a new clinical study design // Infect Genet Evol. 2009. V9, №.6. P. 1356-1363.

68. Cheong JY., Cho SW., Chung SG., Lee JA., et al. Genetic polymorphism of interferon-gamma, interferon-gamma receptor, and interferon regulatory factor-1 genes'-in patients with hepatitis B virus infection // Biochem Genet. 2006. V.44, №. 5-6. P.246-255.

69. Chloe L. Thio, Jacquie Astemborski, Rasmi Thomas, Timothy Mosbruger et al. Interaction between RANTES Promoter Variant and CCR5A32 Favors Recovery from Hepatitis B // J. Immunol. 2008. V.181. P. 7944 -7947.

70. Choo Q.L., et al. Isolation of a cDNA clone derived from a bloodborne non-A, non-B viral hepatitis genome // Science. 1989. V.244, №.4902. P. 359-362.

71. Cotton SC, Sharp L, Little J, et al. Glutathione S-transferase polymorphisms and colorectal cancer: a HuGE review. Am J Epidemiol. 2000. V. 15l.P. 7-32.

72. Dai CY., Chuang WL., Hsieh MY., Lee LP., et al. Polymorphism of interferon-gamma gene at position +874 and clinical characteristics of chronic hepatitis C // Transl Res. 2006. V. 148, №.3. P. 128-133.

73. Dai CY., Chuang WL., Lee LP., Chen SC., et al. Associations of tumour necrosis factor alpha promoter polymorphisms at position -308 and -238 with clinical characteristics of chronic hepatitis C // J Viral Hepat. 2006. V.13, №.11. P. 770-774.

74. Dariavach P., Mattei M.-G., Golstein P., Lefranc M.-P. Human Ig superfamily CTLA4 gene: chromosomal localization and identity of protein sequence between murine and human CTLA4 cytoplasmic domains // Europ. J. Immun.1988. V.18. P. 1901-1905.

75. Der S.D., Zhou A., Williams B.R.G., Silverman R.H. Identification of genes differentially regulated by interferon a, (3 , or y using oligonucleotide arrays //PNAS.1998. V.95. P.15623 -15628.

76. DeRisi J., Penland L., Brown P.O., Bittner M.L., et al. Use of a cDNA microarray to analyze gene expression patterns in human cancer // Nat. Genet. 1996. V. 14. P. 457-460.

77. Desmet V.J., Gerber M., Hoofnagle J.H., et al. Classification of chronic hepatitis: Diagnosis, grading and staging // Hepatology. 1994. V.19. P. 1513-1520.

78. Drmanac S., Kita D., Labat I., Hauser B., Schmidt, C., Burczak J.D. , Drmanac, R. Accurate sequencing by hybridization for DNA diagnostics and individual genomics // Nat. Biotechnol. 1998. V.16. P. 54-58.

79. D'Souza R., Sabin C.A., Foster G.R. Insulin resistance plays a significant role in liver fibrosis in chronic hepatitis C and in the response to antiviral therapy //Am J Gastroenterol. 2005. V.100, №.7. P. 1509-1515.

80. Eid AJ., Brown RA., Paya CV., Razonable RR. Association between tolllike receptor polymorphisms and the outcome of liver transplantation for chronic hepatitis C virus // Transplantation. 2007. V.84, №. 4. P.511-516.

81. Ellervik C., Birgens H., Tybjaerg-Hansen A., Nordestgaard BG. Hemochromatosis genotypes and risk of 31 disease endpoints: metaanalyses including 66,000 cases and 226,000 controls // Hepatology. 2007. V.46,№.4. P. 1071-1080.

82. Elloumi-Zghal H., Barbouche M.R., Chemli J. et al. Clinical and genetic heterogeneity of inherited autosomal recessive susceptibility to disseminated Mycobacterium bovis bacille calmette-gurin infection // J Infect Dis. 2002. V.185, №.10. P. 1468-1475.

83. Friedman S. L ., Schiff R., Sorrell F. M., Willis C. Hepatic fibrosis // Schiffs Diseases of the liver. Eighth Edition, edited by Eugene -Philadelphia. Maddrey. 1999. P. 371-385.

84. Fujie H., Yotsuyanagi H., Moriya K. et al. Stestosis and intrahepatic hepatitis C virus // J. Med. Virol. 1999. V.59. P. 141-145.

85. Gao QJ., Liu DW., Zhang SY., Jia M., et al. Polymorphisms of some cytokines and chronic hepatitis B and C virus infection // World J Gastroenterol. 2009. V.15,№.44. P.5610-5619.

86. Gao QJ., Liu DW., Zhang SY., Jia M., Wu LH. Association between IFN-gamma+874 polymorphisms and the clinical outcomes of hepatitis B and/or hepatitis C virus infection // Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi. 2010. V.31, №.3. P.324-328.

87. Geiss G. K. et al. Large-scale monitoring of host cell gene expression during HIV-1 infection using cDNA microarrays // Virology. 2000. V.266. P. 8-16.

88. Ginsberg S. D., Hemby S. E , Lee V. M., Eberwine, J. H.,Trojanowski, J. Q. Expression profile of transcripts in Alzheimer's disease tangle-bearing CA1 neurons // Ann. Neurol. 2000. V.48. P.77-87.

89. Golub T.R., Slonim D.K., Tamayo P., Huard C., et al. Molecular classification of cancer: class discovery and class prediction by gene expression monitoring // Science. 1999. V.286. P.531-537.

90. Gordon S. C., Bayati N., Silverman A. Clinical outcome of hepatitis C as a function of mode of transmission // Hepatology. 1998. V.28. P. 562-567.

91. Gu X., Qi P., Zhou F., Ji Q., et al. +49G > A polymorphism in the cytotoxic T-lymphocyte antigen-4 gene increases susceptibility to hepatitis B-related hepatocellular carcinoma in a male Chinese population // Hum Immunol. 2010. V.71, №,1. P.83-87.

92. Gust ID. Epidemiology of hepatitis B infection in the Western Pacific and South East Asia // Gut. 1996. V.38, (suppl 2) P. S18-S23.

93. Harada N., Okajima K., Liu W., et. al, Activated neutrophils impair gastric cytoprotection role of neutrophil elastase // Dig. Dis. Sci. 2000. V.45. P. 1210-1216.

94. Hegazy D., Thurairajah P., Metzner M., Houldsworth A., et al. Interleukin 12B gene polymorphism and apparent resistance to hepatitis C virus infection // Clin Exp Immunol. 2008. V.152, №.3. P. 538-541.

95. Heller R.A., Schena M., Chai A., Shalon D., et al. Discovery and analysis of inflammatory disease-related genes using cDNA microarrays // Proc. Nat. Acad. Sci. 1997. V.94. P.2150-2155. .

96. Hijikata M., Ohta Y., Mishiro S. Identification of a single nucleotide polymorphism in the MxA gene promoter (G/T at nt -88) correlated with the response of hepatitis C patients to interferonl // Intervirology 2000. V.43.P. 124-127.

97. Hirschfeld Matthew, Carsten J. Kirschning, Ralf Schwandner, et al. Cutting Edge: Inflammatory Signaling by Borrelia burgdorferi Lipoproteins Is Mediated by*lToll-Like Receptor 2 // The Journal of Immunology. 1999. V.163 P. 2382-2386.

98. Hirashima M., Fukazawa T., Abe K., Morita Y., Kusaoi M. Expression and activity analyses of CTLA4 in peripheral blood lymphocytes in systemic lupus erythematosus patients // Lup us .2004. V.13. P. 24-31.

99. Hong X., Yu RB., Sun NX., Wang B., Xu YC., Wu GL. Human leukocyte antigen class II DQB 1*0301, DRB1*1101 alleles and spontaneous clearance of hepatitis C virus infection: a meta-analysis // World J Gastroenterol. 2005. V.l 1, №.46. P. 7302-7307.

100. Houldsworth A„ Metzner M., Rossol S. et al. Polymorphisms in the IL-12B gene and outcome of HCV infection // J. Interferon Cytokine Res. 2005. V. 25, №.5. P. 271-276.

101. Howell C., Jeffers L., Hoofnagle J.H. Hepatitis C in African Americans: summary of a workshop // Gastroenterology. 2000. V. 119, №.5. P.1385-1396.

102. Huang Ying, Huiying Yang, Brian B. Borg, Xiaowen Su, et al. A functional SNP of interferon gene is important for interferon-y-induced and spontaneous recovery from hepatitis C virus infection // PNAS. 2007. V.104, №.3. P. 985-990.

103. Huang YS., Dai Y., Yu XF., Bao SY., et al. Microarray analysis of microRNA expression in hepatocellular carcinoma and non-tumorous tissues without viral hepatitis // J Gastroenterol Hepatol. 2008. V.23, №.1. P. 87-94.

104. Huang YX., Ma LN., Chen XY., Li Z., et al. Genetic polymorphisms of MxA protein and eIF-2a-reg2 and their responses to interferon treatment in patients with chronic hepatitis B // Zhonghua Gan Zang Bing Za Zhi. 2007. V.15,№.3. P.187-191.

105. Hui J., Sud A., Farrell G. C. Insulin resistance is associated with chronic hepatitis C and virus infection fibrosis progression // Gastroenterology. 2003. V.25.P. 1695-1704.

106. Hunter CA. NewIL-12-family members: IL-23 and IL-27, cytokines with divergent functions // Nat Rev Immunol. 2005. V.5. P. 521-531.

107. Huy TT., Abe K. Molecular epidemiology of hepatitis B and C virus infections in Asia // Pediatrics International.2004. V.46. P.223-230.

108. Iadonato S.P., Katze M.G. Hepatitis C virus gets personal // Nature. -2009. V.461.P. 357-358.

109. Ishii T., Asuwa N. Collagen and elastin degradation by matrix metalloproteinases and tissue inhibitors of matrix metalloproteinase in aortic dissection // Hum. Pathol .2000. V. 31, №.6. P. 640-646.

110. Janeway C. A. The T cell receptor as a multicomponent signaling machine: CD4/CD8 coreceptors and CD45 in T cell activation // Ann. Rev. Immunol. 1992. V.10. P. 645-674.

111. Kamatani Y., ,Wattanapokayakit S., Ochi H., Kawaguchi T., et al. A genome-wide association study identifies variants in the HLA-DP locus associated with chronic hepatitis B in Asians // Nat Genet. 2009. V.41, №.5. P.591-595.

112. Kao JH. Hepatitis B virus genotypes and hepatocellular carcinoma in Taiwan // Intervirology. 2003. V.46. P. 400-407.

113. Kawashima T., Noguchi E., Chan J. et al. Linkage and association of an IL-4 gene polymorphism with atopic dermatitis in Japanese families // Science. 1999. V.39. P. 805-809.

114. Khan J., Wei J.S., Ringner M., Saal L.H., et al. Classification and diagnostic prediction of cancers using gene expression profiling and artificial neural networks / /Nat. Med. 2001. V.7. P. 673- 679.

115. Kidm W., Rail L., Smuclder E. et al. Hepatitis B virus DNA in liver and serum of asymptomatic earners // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1982. V.79. P. 7522-7526.

116. Kleeff J., et al. Pancreatic cancer: from bench to 5-year survival // Pancreas. 2006. V. 33. P.lll-118.

117. Knapp S., Yee L.J., Frodsham A.J. et al. Polymorphisms in interferon-induced genes and the outcome of hepatitis C virus infection: roles of MxA, OAS-1 and PKR // Genes Immun. 2003. V.4. P. 411-419.

118. Knodell R.G., Ishak K.G., Black W.C. Formulation and application of numerical scoring system for assessing histological activity in asymptomatic chronic active hepatitis //Hepatology. 1981. V.l. P. 431-435.

119. Lauer G.M., Walker B.D. Hepatitis C virus infection // N Engl J Med. 2001. V.345,№.1. P.41-52.

120. Lee J.H., Teuber G., von Wagner M. et al. Antiviral effect of human recombinant interleukin-12 in patients infected with hepatitis C virus // J Med Virol. 2000. V.60, №.3. P.264-268.

121. Li Y., Chang M., Abar O., Garcia V., et al. Multiple variants in toll-like receptor 4 gene modulate risk of liver fibrosis in Caucasians with chronic hepatitis C infection //JHepatol. 2009. V.51, №.4. P.750-757.

122. Ling V., Wu P. W., Finnerty H. F., Sharpe A. H., Gray G. S., Collins M. Complete sequence determination of the mouse and human CTLA4 gene loci: cross-species DNA sequence similarity beyond exon borders // Genomics. 1999. V.60. P. 341-355.

123. Lima C. S., Louren9o G. J., Angelo S. N., et al. An analysis of the GST genetic polymorphism in cancer risk in Southeastern Brazil. Journal of Clinical Oncology. 2008. V.26. P.22-53.

124. Liu M., Cao B., Zhang H., Dai Y., Liu X., Xu C. Association of interferon-gamma gene haplotype in the Chinese population with hepatitis B virus infection // Immunogenics. 2006. V.58, №.11. P.859-864.

125. Liu X., Wang T., Wakita T., Yang W. Systematic identification of microRNA and messenger RNA profiles in hepatitis C virus-infected human hepatoma cells // Virology. 2010. V.398, №.1. P. 57-67.

126. Livesey F.J., Furukawa T., Steffen M.A., Church G.M.,Cepko C.L. Microarray analysis of the transcriptional network controlled by the photoreceptor homeobox gene // Crx. Curr. Biol.2000.V.10. P. 301-310.

127. Lockhart D.J., Dong H., Byrne M.C., Follettie M.T., et al. Expression monitoring by hybridization to high-density oligonucleotide arrays // Nat. Biotechnol. 1996. V.14. P.1675-1680.

128. London S.J., Daly A.K., Cooper J., et al. Polymorphism of glutatione S-transferase Ml and lung cancer risk among afgican-americans and Caucasians in Los Angeles country, California. J. Nat. Cancer Inst. 1995. V.87. P.1246-1252.

129. Machida Keigo, Cheng Kevin T. H., Sung Vicky M.-H., Levine Alexandra M. Hepatitis C Virus Induces Toll-Like Receptor 4 Expression, Leading to Enhanced Production of Beta Interferon and Interleukin-6 // Journal Of Virology. 2006. V.80, №.2. P.866-874.

130. Machidaa Keigo, Tsukamotoa Hidekazu, Mkrtchyana Hasmik, Duanb Lewei, et al. Toll-like receptor 4 mediates synergism between alcohol and HCV in hepatic oncogenesis involving stem cell marker Nanog // PNAS. 2009. V.106, №.5. P. 1548-1553

131. Mahmood S., Niiyama G., Kamei A., et al. Influence of viral load and genotype in the progression of hepatitis B-associated liver cirrhosis to hepatocellular carcinoma // Liver Int. 2005. V.25. P. 220-225.

132. Marcellin P., Asselah T , Boyer N. Fibrosis and disease progression in hepatitis C// Hepatology. 2002. V.36, №.1. P. 47-56.

133. Martinez C., Garcia6Martin E., Ladero J.M., et al. GSTT1 and GSTM1 null genotypes may facilitate hepatitis C virus infection becoming chronic // J. Infect. Dis. 2007. V.195. P. 1320-1323.

134. McMahon BJ. Hepatocellular carcinoma and viral hepatitis // In Viral Hepatitis. Edited by Wilson RA. New York: Marcel Dekker. 1997. P. 315330.

135. Milks MW, Cripps JG, Lin H., Wang J., et al. The role of IFNG in alterations in liver gene expression in a mouse model of fulminant autoimmune hepatitis //Liver Int. 2009. V.29, №.9. P. 1307-1315.

136. Mimics K., Middleton F. A., Marquez A., Lewis, D. A., Levitt P. Molecular characterization of schizophrenia viewed by microarray analysis of gene expression in prefrontal cortex // Neuron. 2000. V.28. P.53-67.

137. Mohammad Alizadeh AH., Hajilooi M., Ranjbar M., Fallahian F., Mousavi SM. Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 gene polymorphisms and susceptibility to chronic hepatitis B // World J Gastroenterol. 2006. V.12, №.4. P.630-635.

138. Mohanty S.K., Shivakumar P., Sabla G., Bezerra J. A. Loss of interleukin-12 modifies the pro-inflammatory response but does not prevent duct obstruction in experimental biliary atresia // BMC Gastroenterol. 2006. V.6. P.M.

139. Mohsen AH. Trent HCV study group: The epidemiology ofhepatitis C in a UK health regional population of 5.12 million // Gut.2001. V. 48. P 707713.

140. Morahan G., Huang D., Ymer S.I. et al. Linkage disequilibrium of a type 1 diabetes susceptibility locus with a regulatory IL12B allele // Nat. Genet. 2001. 27. P. 218—221.

141. Mueller T., Mas-Marques A., Sarrazin C., Wiese M., et al. Influence of interleukin 12B (IL12B) polymorphisms on spontaneous and treatment-induced recovery from hepatitis C virus infection // J Hepatol. 2004. V.41, №.4. P. 652-658.

142. Munoz G., Velasco M., Thiers V., Hurtado C., et al. Prevalence andgenotypes of hepatitis C virus in blood donors and in patients with chronic liver disease and hepatocarcinoma in a Chilean population // Rev MedChil. 1998. V.126,№.9. P.1035-1042.

143. Nair U. J., Nair J., MathewB., Bartsch. Glutathione ^-transferase Ml and T1 null genotypes as risk factors for oral leukoplakia in ethnic Indian betel quid/tobacco chewers. Carcinogenesis. 1999. V.20. P.743-748.

144. Nalpas B., Lavialle-Meziani R., Plancoulaine S., Jouanguy E., et al. Interferon gamma receptor 2 gene variants are associated with liver fibrosis in patients with chronic hepatitis C infection // Gut. 2010. V.59, №. 8. P.1120-1126.

145. National Institutes of Health Consensus Development Conference Statement: Management of hepatitis C // Gastroenterology. 2002. V. 123,r * > r6. P. 2082-2099.

146. Naylor S. L., Sakaguchi A. Y., Shows T. B., Law ML L., et al. Human immune interferon gene is located on chromosome 12 // J. Exp. Med. 1983. V.57. P. 1020-1027.

147. Neghina AM., Anghel A., Sporea I., Popescu A., et al. Mutant HFE genotype leads to significant iron overload in patients with liver diseases from western Romania // J Appl Genet. 2009. V. 50, №.2. P. 173-176.

148. Nguyen M.H., et al. Role of ethnicity in risk for hepatocellular carcinoma in patients with chronic hepatitis C and cirrhosis // Clin Gastroenterol Hepatol 2004. V. 2, №.9. P. 820-824.

149. Norppa H. Cytogenetic biomarkers and genetic polymorphisms. Toxicol Lett. 2004. V. 149. P. 309-334.

150. Ohien J., Liegl J. Long term prognosis of chronic B and C viral hepatitis // Leber. Magen. Darm. 1995. V.25, №.5. P. 205-210.

151. Ohno O., Mizokami M., Wu RR., Saleh MG., Ohba K., Orito E., et al. New hepatitis C virus genotyping system that allows for identification of HCV genotypes la, lb, 2a,2b, 3a, 3b, 4, 5a, and 6a // J Clin Microbiol. 1997. V.35. P. 201-207.

152. Okamoto K., Ishida C., Ikebuchi Y., Mandai M., et al. The genotypes of IL-1 beta and MMP-3 are associated with the prognosis of HCV-related hepatocellular carcinoma // Intern Med. 2010. V.49, №.10. P.887-895.

153. Onto E., Mizokami M., Sakugawa H. et al. A case control study for clinical and molecular biological differences between hepatitis B virus of genotypes B and C // Hepatology. 2001. V.33, №.1. P. 218-233.

154. Pácal L., Husa P., Znojil V., Kanková K. HFE C282Y gene variant is a risk factor for the progression to decompensated liver disease in chronic viral hepatitis C subjects in the Czech population // Hepatol Res. 2007. V. 37, №9. P.740-747.,.

155. Pease A.C., Solas D., Sullivan E.J., Cronin M.T., et al. Light-generated oligonucleotide arrays for rapid DNA sequence analysis // Proc. Natl. Acad. Sei. 1994. V.91. P.5022-5026.

156. Pei-Lin Cheng, Hock-Liew Eng, Ming-Huei Chou, Huey-Ling You, And Tsun-Mei Lin. Genetic polymorphisms of viral infection-associated Tolllike receptors in Chinese population // Translational Research. 2007. V.150. №.5.

157. Peltonen L., McKuscik V. Dissecting human disease in the postgenomic era //Science. 2001. V.291. P.1224-1229.

158. Pereira FA, Pinheiro da Silva NN, Rodart IF, Carmo TM, Lemaire DC, Reis MG. Association of TGF-betal codon 25 (G915C) polymorphism with hepatitis C virus infection // J Med Virol. 2008 V.80, №1 P.58-64.

159. Perou C. M., et al. Molecular portraits of human breast tumours // Nature. 2000. V.406. P.747-752.

160. Pérsico M., Capasso M., Russo R., Pérsico E., et al. Elevated expression and polymorphisms of SOCS3 influence patient response to antiviral therapy in chronic hepatitis C // Gut.2008. V.57. P.507-515.

161. Pollack J. R., et al. Genome-wide analysis of DNA copy-number changes using cDNA microarrays //Nature Genet. 1999. V.23, P.41-46.

162. Powell E.E., Edwards-Smith C.J., Hay J.L., et al. Host genetic factors influence disease progression in chronic hepatitis C // Hepatology. 2000. V.31.P. 828-833.

163. Qi S., Cao Jiang M., Xu C., Dai Y., et al. Association of the -183 polymorphism in the IFN-gamma gene promoter with hepatitis B virus infection in the Chinese population // J Clin Lab Anal.2005. V.19, №.6. P. 276-281.

164. Raimondi,S. Meta- and pooled analysis of GSTT1 and lung cancer: a HuGE-GSEC review. Am. J. Epidemiol. 2006. V.164. P. 1027-1042.

165. Ramsay G. et al. DNA chips: state-of-the art // Nat. Biotechnol. 1998. V.16. P. 40-44.

166. Ratziu V., Trabut J. B., Poynard T. Fat, diabetes and liver injury in chronic hepatitis C // Curr. Gastroenterol. Rep.2004. V.6. P. 22-29.

167. Rauch A., Kutalik Z., Descombes P., et al. Genetic variation in IL28B is is associated with chronic hepatitis C and treatment failure: a genome-wide association study // Gastroenterology. 2010. V. 138, №.4. P.1338-1345.

168. Remus N., Reichenbach J., Picard N., Rietschel C., et al. Impaired Interferon Gamma-Mediated Immunity and Susceptibility to Mycobacterial Infection in Childhood // Pediatric research. 2001. V. 50, №.1. P. 8-13.

169. Ribeiro CS., Visentainer JE., Moliterno RA. Association of cytokine genetic polymorphism with hepatitis B infection evolution in adult patients // Mem Inst Oswaldo Cruz. 2007. V.102, №4. P.435-440.

170. Robert L, Robert A. M., Jacotot B. Elastin-elastase atherosclerosis revisited / L. Robert // Atherosclerosis. - 1998. - Vol. 140, N 2. P. 281295.

171. Robert L. Interaction between cells and elastin, the elastin-receptor // Connect. Tissue Res. 1999. V40. P. 75-82.

172. Rossini A., Rapozo D.C.M., LimaS.C.S. et al. Polymorphisms of GSTP1 and GSTT1, but not of CYP2A6, CYP2E1 or GSTM1, modify the risk for esophageal cancer in a western population. Carcinogenesis. 2007. V. 28. P. 2537-2542.

173. Roudot-Thoraval F., Bastie A., Pawlotsky J. U. et al. Epidemiological factors affecting the severity of hepatitis C virus-related liver disease: a French survey of 6664 patients // Hepatology. 1997. V. 26. P. 485-490.

174. Rubbia -Brandt L., Quadri R., Adid K. et al. Hepatocyte steatosis is a cytopathic effect of hepatitis C virus genotype // Hepatology. 2000. V. 33. P. 106-115.

175. Saito T., Ji G., Shinzawa H., Okumoto K., et al. Genetic variations in humans associated with differences in the course of hepatitis C // Biochem Biophys Res Commun. 2004. V. 317, №2. P.335-341.

176. Sallinen S. L. et al. Identification of differentially expressed genes in human gliomas by DNA microarray and tissue chip techniques // Cancer Res.2000. V.60. P. 6617-6622.

177. Schena M., Shalon D., Heller R., Chai A., et al. Parallel human genome analysis: microarray-based expression monitoring of 1000 genes // Proc. Natl. Acad. Sci. 1996. V.93. P.10614-10619.

178. Schott E., Witt H., Hinrichsen H., Neumann K., et al. Gender-dependent association of CTLA4 polymorphisms with resolution of hepatitis C virus infection // J Hepatol. 2007. V.46,№3. P. 372-380.

179. Schott E., Witt H PascuM., Van Boemmel F., Weich V., et al. Association of CTLA4 single nucleotide polymorphisms with viral but not autoimmune liver disease // Eur J Gastroenterol Hepatol. 2007. V.19, №11. P. 947-951.

180. Seeff L. B. Natural history of chronic hepatitis C // Hepatology. 2002. V. 36, № 1. p. 35-46.

181. Shiratori Y. , Shnna S., Imamura M. et al. Characteristic difference of hepatocellular carcinoma between hepatitis B and C viral infection in Japan //Hepatology. 1995. V. 22. P. 1027-1033.

182. Shiratori Y., Yoshida H., Omata M. Different clinico-pathological features of hepatocellular carcinoma in relation to causative agents // J. Gastroenterol. 2001. V. 36. P. 73-78.

183. Sikorska K., Stalke P., Jaskiewicz K., Romanowski T., Bielawski KP. Could iron deposits in hepatocytes serve as a prognostic marker of HFE gene mutations? // Hepatogastroenterology. 2008. V.55, №84. P. 102410248.

184. Sikorska K., Stalke P., Izycka-Swieszewska E., Romanowski T., Bielawski KP. The role of iron overload and HFE gene mutations in the era ofpegylated interferon and ribavirin treatment of chronic hepatitis C // Med Sci Monit. 2010. V.16, №3. P. 137-143.

185. Silvestri L., Sonzogni L., De Silvestri A., Gritti C., et al. CYP enzyme polymorphisms and susceptibility to HCV-related chronic liver disease and liver cancer // <Int J Cancer. 2003. V.104, №3. P.310-317.

186. Smith M.W., Yue Z.N., Geiss G.K., et al. Identification of Novel Tumor Markers in Hepatitis C Virus-associated Hepatocellular Carcinoma // Cancer research. 2003. V. 63. P. 859-864.

187. Stickel F., O" Sterreicher C. The role of genetic polymorphisms in alcoholic live disease. Alcohol & Alcoholism. 2006. V.41. P. 209-224.

188. Suneetha PV., Goyal A., Hissar SS., Sarin SK. Studies on TAQ1 polymorphism in the 3'untranslated region of IL-12P40 gene in HCV patients infected predominantly with genotype 3 // J Med Virol. 2006. V.78, №8. P. 1055-1060.

189. Suppiah V., Moldovan M., Ahlenstiel G., et al. IL28B is associated with response to chronic hepatitis C interferon-alpha and ribavirin therapy // Nat Genet. 2009. V.41,№10. P. 1100-1104.

190. Suzuki F., et al. Single nucleotide polymorphism of the MxA gene promoterinfluences the response to interferon monotherapy in patients with hepatitis C viral infection // Journal of Viral Hepatitis. 2004. V.ll. P. 271-276.

191. Tanaka Y., Nishida N., Sugiyama M., et al. Genome-wide association of IL28B with response to pegylated interferon-alpha and ribavirin therapy for chronic hepatitis C // Nat Genet. 2009 . V.41, №10. P.l 105-1109.

192. Thomas H. C., Foster G. R., Sumiya M. et al. Mutation of gene of mannose-binding protein associated with chronic hepatitis B viral infection // Lancet. 1996. V. 3, №48. P. 1417-1419.

193. Thomson BJ., (Finch RG. Hepatitis C virus infection // Clin Microbiol Infect.2005. V.ll. P. 86-94.

194. Thio CL., Goedert JJ., Mosbruger T., Vlahov D., et al. An analysis of tumor necrosis factor alpha gene polymorphisms and haplotypes with natural clearance of hepatitis C virus infection // Genes Immun. 2004. V.5, №4. P. 294-300.

195. Toniutto P., Fabris C., Fumo E., et al. Carriage of the apolipoprotein E-epsilon4 allele and histological outcome of recurrent hepatitis C after antiviral treatment // Am. J. Clin. Pathol. 2004. V.122. P. 428-433.

196. Tsai S. L., Liaw Y. F., Chen M. H. et al. Detection of type 2-like T-helper cells in hepatitis C infection: implications for hepatitis C virus chronicity // Hepatology. 1997. V. 25. P. 449-452.

197. Ura S., Honda M., Yamashita T., Ueda T., et al. Differential microRNA expression between hepatitis B and hepatitis C leading disease progression to hepatocellular carcinoma // Hepatology. 2009. V.49, №.4. P. 1098-1112.

198. Valenti L., De Feo T., Fracanzani AL., Fatta E., et al. Cytotoxic T-lymphocyte antigen-4 A49G polymorphism is associated with susceptibility to and severity of alcoholic liver disease in Italian patients //Alcohol Alcohol. 2004. V.39, №. 4. P.276-280.

199. Valenti L., Pulixi E., Fracanzani AL., Dongiovanni P., et al. TNFalpha genotype affects TNFalpha release, insulin sensitivity and the severity of liver disease in HCV chronic hepatitis // J Hepatol. 2005. V.43, №6. P. 944-950.

200. Vercelli D. Genetics, epigenetics, and the environment: switching, buffering, releasing // J Allergy Clin Immunol. 2004. V.l 13, №3. P. 381386; quiz 387.

201. Wang D.G., Fan J.B., Siao C. J., Berno A., et al. Large-scale identification, mapping, and genotyping of single-nucleotide polymorphisms in the human genome // Science. 1998. V.280. P.1077-10782.

202. Wang XB, Zhao X, Giscombe R, Lefvert AK. A CTLA4 gene polymorphism at position 318 in the promoter region affects the expression of protein // Genes Immun. 2002. V.3. P. 233-234.

203. Wang Yue, Naoya Kato, Yujin Hoshida, Hideo Yoshida, et al. Interleukin-1 Gene Polymorphisms Associated With Hepatocellular Carcinoma in Hepatitis C Virus Infection // Hepatology, 2007. V.37, Issue l(p 65-71).

204. Wasley A., Alter M.J. Epidemiology of hepatitis C: geographic differences and temporal trends // Semin Liver Dis.2000. V.20, №1 P. 1-16.

205. Wei Xiu-Qing,Guo Yun-Wei, Liu Jia-Jun ,Wen Zhuo-Fu.The significance of Toll-like receptor 4 (TLR4) expression in patients with chronic hepatitis B //Clin Invest Med. 2008. V. 31, №3. P.E123-E130.

206. Weindruch R., Kayo T., Lee C.K., and Prolla T.A. Microarray profiling of gene expression in aging and its alteration by caloric restriction in mice // J. Nutr.2001. V.131. P.918S- 923S.

207. Welsch T., Kleeff J. & Friess H. Molecular pathogenesis of pancreatic cancer: advances and challenges // Cum Mol. Med. 2007. V.7. P. 504-521.

208. White D.L., Li D., Nurgalieva Z., Serag H.B. Genetic variants of glutathione S-transferase as possible risk factors for hepatocellular carcinoma: A HuGE systematic review and meta6analysis // Am. J. Epidemiol. 2007. V.167. P. 377-389.

209. Wiese M. Low frequency of cirrhosis in a hepatitis C (genotype lb) single-source outbreak in germany: a 20-year multicenter study // Hepatology. 2000. V.32, №1. P.91-96.

210. Yamada G., Tanaka E., Miura T., Kiyosawa K., et al. ¡Epidemiology of genotypes of hepatitis C virus in Japanese patientswith type C chronic liver disease; a multi-institution analysis // JGastroenterol Hepatol. 1995. V.10. P.538-545.

211. Yee L., Tang J., Herrera J. et al. Tumor necrosis factor gene polymorphisms in patients with cirrhosis from chronic hepatitis C virus infection // Genes Immun. 2000. V. 1, № 6. P. 386-390.

212. Yershov, G., Barsky, V., Belgovskiy, A., Kirillov, E., et al. DNA analysis and diagnostics on oligonucleotide microchips // Proc. Natl. Acad. Sci . 1996. V.93. P.4913-4918.

213. Yin L.M., Zhu W.F., Wei L., Xu X.Y., et al. Association of interleukin-12 p40 gene 3' untranslated region polymorphism and outcome of HCV infection // World J Gastroenterol. 2004. V. 10, № 16. P. 2330-2333.

214. Yu S.K., Kwon O.S., Jung H.S., Bae K.S., et al. Influence of transforming growth factor-beta 1 gene polymorphism at codon 10 on the development of cirrhosis in chronic hepatitis B virus carriers // J Korean Med Sci. 2010. V. 25, №4. P.564-569.

215. Yu Y., Wu H., Tang Z., Zang G. CTLA4 silencing with siRNA promotes deviation of Thl/Th2 in chronic hepatitis B patients // Cell Mol Immunol. 2009. V.6, №2. P. 123-127.

Информация о работе

Хеба Гамаль Абд Ель-Азиз Наср
кандидата биологических наук
Томск, 2011
ВАК 03.02.07

Диссертация

Структурно-функциональная характеристика генов-модификаторов иммунного ответа при заболеваниях печени различной этиологии - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Структурно-функциональная характеристика генов-модификаторов иммунного ответа при заболеваниях печени различной этиологии - тема автореферата по биологии, скачайте бесплатно автореферат диссертации

Похожие работы