Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Компьютерный контекстный анализ последовательностей ДНК мобильных генетических элементов

ВАК РФ 03.00.15, Генетика

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Амикишиев, Вагиф Гочу оглы

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Современные представления о мобильных генетических элементах

1.1.1. Классификация МГЭ

1.1.2. Транспозоны с короткими инвертированными повторами

1.1.3. Транспозоны с длинными инвертированными повторами

1.1.4. ЬТЫ-содержащие ретротранспозоны

1.1.5. ЬТЫ-несодержащие ретротранспозоны

1.2. Регуляторные сайты

1.2.1. Сайты инициации и терминации транскрипции и репликации ДНК

1.2.2. Энхансеры и сайленсеры

1.2.3. Сайты опознавания белками-рецепторами индуцирующих сигналов

1.2.4. Сайты, опознаваемые ткане- и локусспецифичными белковыми факторами

Введение Диссертация по биологии, на тему "Компьютерный контекстный анализ последовательностей ДНК мобильных генетических элементов"

Актуальность темы. Мобильные генетические элементы (МГЭ) являются составной частью всех существующих в природе геномных систем эукариот, занимая в среднем 10-30% их объема. Накоплены экспериментальные данные об участии МГЭ в регуляции экспрессии генов и полигенов, их изменчивости и селекции (Ратнер и др., 1992; Фурман и др., 1998; Ratner, 1998) С другой стороны, сами мобильные элементы подчинены генетическому управлению, за счет своей способности к восприятию внешних индуцирующих сигналов: теплового шока, гормонов, ткане-специфичных сигналов и т.д. (Strand, McDonald, 1985; Bilanchone et al., 1993).

Не оставляет сомнений, что чувствительность МГЭ к внешним воздействиям должна иметь структурную основу и соответственно вариации у разных представителей подвижной ДНК. В то же время участие МГЭ в молекулярно-генетических системах управления также должно осуществляться (за исключением прямого встраивания МГЭ в кодирующую область гена и последующее за этим грубое нарушение его экспрессии) посредством наличия в ДНК МГЭ соответствующих управляющих сайтов (энхансеров, сайленсеров и пр.).

Таким образом, закономерности и различия в структурной организации генома разных МГЭ могут быть ключом для понимания и предсказания их функционального поведения. В настоящий момент существуют экспериментальные работы на разных МГЭ, описывающие реализацию каких-либо частных функций или способностей МГЭ, но они не дают общего представления о потенциальных возможностях этого МГЭ в молекулярно-генетических системах управления. Основываясь на концепции МГЭ как возможных подвижных "кассет функциональных сайтов", способных вносить свой вклад в экспрессию генов, генетическую вариабельность и эволюцию видов, представляло интерес подробное исследование геномов МГЭ на наличие разнообразных регуляторных сайтов. Базы описания последних являются интенсивно развивающейся областью генетики и насчитывают на сегодняшний день более 3 тысяч единиц.

Цель и задачи. Целью работы явился компьютерный поиск мотивов регуляторных сайтов вдоль последовательностей ДНК 19-ти мобильных элементов разных классов, а также анализ их распределения с точки зрения обеспечения их возможных молекулярных фукнций.

В задачи работы входило: 1. Создание ряда компьютерных программ, позволяющих осуществить и визуализировать результат компьютерного поиска мотивов ре'уляторных сайтов по последовательностям ДНК.

2. Комплектация компьютерной базы данных секвенированных нуклеотидных последовательностей мобильных генетических элементов и оптимизация содержания исходной базы данных регуляторных сайтов на основании современных представлений о их функциональной значимости и синонимии.

3. Сканирование компьютерными методами последовательностей ДНК 19-ти МГЭ на наличие мотивов регуляторных сайтов из пересмотренной базы данных.

4. Сравнение сводных картин распределения выявленных мотивов функциональных сайтов по последовательностям ДНК 19-ти МГЭ со случайными последовательностями такой же длины и такого же нуклеотидного состава.

5. Контекстный анализ распределения мотивов регуляторных сайтов МГЭ с точки зрения обеспечения их возможных молекулярных функций.

6. Сравнение характера распределения мотивов функциональных сайтов в геномах близкородственных МГЭ и МГЭ разных классов между собой с целью объяснения их функциональной гомологии и различий.

7. Поиск возможных новых закономерностей в распределении мотивов регуляторных сайтов в последовательностях ДНК МГЭ с целью объяснения наблюдаемых и для предсказания новых особенностей их функционирования.

8. Оценка возможной взаимосвязи распределений нуклеотидного состава последовательностей МГЭ и выявленных в их геномах мотивов функциональных сайтов.

Научная новизна. Создан ряд компьютерных программ, позволяющих осуществить и визуализировать результат поиска мотивов функциональных сайтов вдоль любой последовательности ДНК.

Создана компьютерная база данных МГЭ, состоящая из отсеквенированных нуклеотидных последовательностей 40-ка мобильных элементов.

Пересмотрено, дополнено и оптимизировано содержание исходной базы данных регуляторных сайтов. Ее объем составил 277 единиц представительных, хорошо известных функциональных сайтов, классифицированных на несколько групп в соответствии с их функциональной ролью.

Влервые последовательности ДНК 19-ти мобильных генетических элементов разных классов были просканированы на наличие мотивов регуляторных сайтов из созданной базы данных. Статистически обосновано, что геномы МГЭ содержат неслучайные сгущения мотивов функциональных сайтов, тяготеющие во многих случаях к возможным регуляторным зонам: промоторным районам, ЬТКб, началам СЖБв, началам доменов (ЖРв и т.д.

Анализ сгущений позволил объяснить известные молекулярные функции МГЭ на основании имеющихся в их структуре мотивов регуляторных сайтов. Были предсказаны возможные позиции старта и окончания транскрипции полноразмерных мРНК МГЭ. В ряде случае, где эти позиции экспериментально выявлены - нашими методами они были подтверждены (АгкЫроуа е1 а1., 1986; Уик! е1 а1., 1986). Предсказана возможность независимой транскрипции доменов СЖР2 и СЖРЗ у некоторых (не всех) исследованных ретротранспозонов. Найдены новые закономерности в распределении функциональных сайтов вдоль последовательностей МГЭ, в том числе наличие повышенного числа мотивов сайтов рецепции внешних сигналов перед доменом обратной транскриптазы и интегразы ретроэлементов.

Выявлена положительная корреляция распределения мотивов функциональных сайтов в последовательностях МГЭ с распределениями состава нуклеотидов (%А+Т).

Научно-практическая ценность. Созданная компьютерная база данных 40-ка МГЭ является удобной коллекцией нуклеотидных последовательностей МГЭ разных классов для использования и приложений.

Оптимизированная компактная и представительная база данных регуляторных сайтов и метод ее использования позволяют быстро и эффективно проверить любую последовательность ДНК на наличие мотивов регуляторных сайтов, что может представлять несомненный интерес для прогнозирования возможных свойств исследуемой последовательности ДНК.

Анализ данным методом последовательностей ДНК 19-ти мобильных элементов позволил на основании выявленных регуляторных сайтов объяснить общие молекулярные функции МГЭ и характерные особенности представителей разных классов; высказать предположения о механизме осуществления ряда частных молекулярных функций МГЭ, которые требуют, тем не менее, дальнейшей экспериментальной проверки.

Данные о наличии мотивов регуляторных сайтов в геномах 19-ти МГЭ являются ценным информативным материалом для экспериментальной генетики мобильных элементов в качестве справочника возможных потенциальных свойств и специфики функционирования конкретных | МГЭ. Полученные результаты представлены в виде "У/еЬ-страницы в Интернет (адрес: 11Цр://\у\¥\¥ mgs.bionet.nsc.ru/systems/mge/).

Наконец, выявленный нами избыток регуляторных сайтов и , неслучайность их распределения в последовательностях генома МГЭ служат дополнительным подтверждением теории использования мобильных элементов молекулярно-генетическими системами управления в качестве "подвижных кассет функциональных сайтов", способных, помимо собственных молекулярных функций размножения и транспозиций, оказывать модифицирующее регуляторное действие на соседние гены и полигены.

Апробация работы. Основные результаты работы были представлены на Международной конференции по моделированию и компьютерным |" методам в молекулярной биологии и генетике (Новосибирск, 1990), Франко-советском симпозиуме по регуляции и экспрессии генов (Новосибирск, 1995), ХХХШ-й Международной научной студенческой 1 конференции (Новосибирск, 1995), Втором сибирском конгрессе по прикладной и индустриальной математике ("ШРШМ", Новосибирск, 1996), Международной конференции, посвященной 80-летию со дня рождения академика Д.К.Беляева (Новосибирск, 1997), Международной конференции "Биоинформатика: структура и регуляция генома" (Новосибирск, 1998), Третьем сибирском конгрессе по прикладной и индустриальной математике ("1МРЫМ", Новосибирск, 1998), а также на отчетных сессиях Института цитологии и генетики СО РАН (1996, 1999).

По теме диссертации опубликовано 3 статьи в центральном отечественном издании и 7 тезисов в материалах Российских и международных конференций.

Структура и объем работы. Диссертация состоит из введения, обзора ' литературы, посвященного описанию всех классов МГЭ и известных на сегодняшний день регуляторных сайтов (глава 1), представления объектов и методов исследования (глава 2), изложения результатов (глава 3), обсуждения (глава 4), выводов, списка литературы и трех приложений.

Заключение Диссертация по теме "Генетика", Амикишиев, Вагиф Гочу оглы

выводы

1. Создан комплекс компьютерных программ, позволяющих осуществить и визуализировать результат поиска мотивов регуляторных сайтов из имеющейся базы данных (277 единиц) по любой последовательности ДНК.

2. Создан первичный интернетный вариант базы данных транспозирующихся генетических элементов эукариот. Информация по каждому элементу включает: нуклеотидную последовательность, блок-структуру генома мобильного элемента, наличие и позиции мотивов регуляторных сайтов из имеющейся базы данных.

3. Проведен компьютерный анализ последовательностей ДНК 19-ти мобильных элементов, который выявил в их геномах "сгущения" функциональных сайтов, достоверно отличающиеся от случайных.

4. Контекстный анализ "сгущений", расположеных в предполагаемых регуляторных зонах (LTRs, промоторные районы, промежутки между ORF, между доменами ORF2, и пр) выявил подходящие мотивы функциональных сайтов, необходимые для осуществления основных молекулярных функций МГЭ.

5. Проведен сравнительный анализ распределения в МГЭ разных классов и подклассов мотивов ряда основных регуляторных сайтов, в том числе инициации и терминации прямой и обратной транскрипции. Проверена теоретическая возможность независимого считывания отдельных ORFs и доменов ферментов репликативного комплекса внутри ORFs у ретротранспозонов. Для большинства из них предсказана возможность независимой транскрипции и трансляции всех ORFs и доменов ORF.

6. Обнаружено плотное расположение сайтов рецепции внешних сигналов (в том числе, теплового шока) перед и в начале доменов обратной транскриптазы и интегразы у многих ретротранспозонов. У транспозона Р подобная локализация сайтов рецепции внешних си. налов выявлена перед ехоп 3. Предложен новый механизм индукции транспозиций МГЭ внешними сигналами.

7. В последовательностях МГЭ выявлено значительное количество энхансерных мотивов, что создает большое потенциальное разнообразие вариантов управления транскрипцией как внутри МГЭ, так и по отношению к окружающим генам и полигенам. Мобильные элементы, таким образом, можно рассматривать как "подвижные кассеты регуляторных сайтов" в геномах эукариот.

8.У большинства МГЭ найдена положительная корреляция между числом регуляторных сайтов в различных районах МГЭ и процентным соотношением АТ-нуклеотидов в этих районах; содержание последних, в свою очередь, у всех исследованных мобильных

1.3. ЗАКЛЮЧЕНИЕ ПО ОБЗОРУ ЛИТЕРАТУРЫ

Настоящий момент в изучении мобильной ДНК генома можно охарактеризовать как накопление эмпирических данных использования "эгоистической ДНК" в целях генома-хозяина. Так, например, Р-элемент и hobo-элемент дрозофилы способны вызывать хромосомные церестройки. Они участвуют в эктопической рекомбинации, и таким образом могут играть роль в поддержании структуры генома дрозофилы и других организмов (Lim, Simmons, 1994; Ananiev et al., 1998). Один из классов МГЭ (LTR-несодержащие ретротранспозоны) в больших количествах присутствуют в теломерных районах хромосом эукариот и участвует в поддержании их целостности и достройки при удвоении числа хромосом в течение клеточного цикла (Danilevskaya et al., 1998). Возникновение механизма поддержания теломер с помощью МГЭ произошло по оценкам исследователей 5-15 млн лет назад. Показано, что ряд МГЭ, в том числе ЬоЬо-транспозон, несут трансгенные инсерции и таким образом способны играть заметную роль в трансформации генеративных клеток дрозофилы и других насекомых (Losovskaya et al., 1996).

Мнение о том, что мобильные элементы могут вносить решающий вклад в генетическую вариабельность необходимую для эволюции впервые прозвучало в конце 70-ых - начале 80-ых годов (Nevers, Saedler, 1977; Döring, Starlinger, 1984). В последующие годы были получены

РОССИАС

Лсуддрста результаты о положительногй корреляции между транспозициями Mt^°и* ростом приспособленности особей в популяциях Dr.melanogaster (Пасюкова, 1984; Пасюкова и др., 1999). Работами Ратнера и соавторов (1992а) показано, что МГЭ участвуют в отклике на отбор количественного признака дрозофилы - длине радиальной жилки крыла. Исследоания Фурман и соавторов выявили зависимость пенентрантности количественного признака (число гумеральных щетинок) от особенностей локализации МГЭ разных классов в геномах мутантных линий дрозофилы (Фурман и др., 1993; 1998). В недавней публикации Гвоздева (1998) приводятся данные о способности МГЭ, расположенных в промоторных районах генов, не только ингибировать, но и увеличивать экспрессию хозяйских генов.

Таким образом, накапливаются факты участия МГЭ как в текущих молекулярно-генетических процессах, так и в эволюционных процессах разного уровня. Это служит подтверждением второй по времени возникновения теории функциональной роли МГЭ как непременных участников регуляции экспрессии генов и полигенов; их изменчивости, селекции и эволюции (Ратнер, Васильева, 1994; Ratner, Vasilyeva, 1992). Обнаружение в структуре МГЭ многих регуляторных сайтов позволило авторам сформулировать концепцию МГЭ как возможных "кассет функциональных сайтов", которые меняя свое местоположение в геноме участвуют в перестройках генетического управления, порождая тем самым новые варианты регуляторной изменчивости и соподчиненности генных ансамблей.

В то же время, целостной оценки потенциальных возможностей МГЭ в регуляции близлежащих генов и полигенов на основании имеющихся в их структуре регуляторных сайтов на сегодняшний день нет. В связи с изложенным были сформулированы цель и задачи настоящего исследования.

ГЛАВА 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Объекты исследования

В качестве объектов исследования были взяты следующие 19 МГЭ разных классов: транспозоны: Р-элемент и hobo; LTR-содержащие ретротранспозоны gypsy-rpynnbi: mdg2, mdgl, Del, gypsy из Dr.melanogaster и gypsy из Dr.virilis, 17.6, 297, Suri, Ted, Tom, Ulysses; и copia-группы: copia, copia-white и 1731; LTR-несодержащие ретротранспозоны Line-1 human, Line M.Mus. и jockey.

Эти объекты отсеквенированы и многие из них изучены в различных функциональных отношениях, среди которых особенности воспроизведения, мобильности, участия в изменчивости генов и геномов, участия в отклике на отбор, чувствительности к внешним и физиологическим стрессам и т.д. В то же время некоторые из взятых МГЭ мало изучены (например, Del растений), и наши исследования представляли особый интерес, как прогностические.

Исследуемые МГЭ являются составной частью геномных систем эукариот разных таксонов: растений, животных, в том числе - насекомых и млекопитающих, включая человека. Закономерности строения последовательностей ДНК этих МГЭ в определенной степени могут характеризовать и другие семейства МГЭ соответствующих видов, а различия в функциональном поведении могут иметь структурную основу.

Целью настоящей работы явились компьютерный поиск мотивов функциональных сайтов и оценка характера их распределения вдоль последовательности ДНК 19-ти МГЭ, или другими словами анализ неслучайности "сгущений" мотивов и их расположения относительно LTR, ORF и доменов структуры мобильных элементов.

2.2. База данных функциональных сайтов

Исходная база данных (130 единиц) была сформирована В.В.Соловьевым в 1990 году (Solovyov et al., 19926), затем ее содержание было увеличено И.В.Морозовой до 350 единиц. Мы пересмотрели и оптимизировали содержание базы данных. Добавили новые идентифицированные в последние годы сайты, удалили малозначимые последовательности, а также перекрывающиеся мотивы, например, ТАТА-бокса и бокса Голдберга-Хогнесса, отвечающие одному базисному сайту). В результате проделанной работы объем базы данных сократился до 277 единиц. Регуляторные сайты в базе данных сгруппированы по следующему принципу:

1. Сайты инициации и терминации репликации и транскрипции.

2. Энхансеры и сайленсеры различных генов хромосом, вирусов и т.д.

3. Сайты, опознаваемые общими клеточными белковыми факторами транскрипции и трансляции.

4. Сайты, опознаваемые белками-рецепторами индуцирующих сигналов (теплового шока, ионов тяжелых металлов, лекарств, гормонов, голодания, цАМФ и др.).

5. Сайты, опознаваемые ткане- и локусспецифичными белковыми факторами, из регуляторных зон генов иммуноглобулинов, гистонов, клеточного цикла и др.

6. Сайты рекомбинаций, перестроек и т.п., в том числе - действия топоизомераз, нуклеаз, сМ-сайты, сайты Джеффриса и т.д.

Нас в первую очередь интересовали функциональные сайты управления транскрипцией, трансляцией, репликацией, энхасеры, индуцибельные сайты и некоторые другие. Исходные последовательности функциональных сайтов брались нами и нашими предшественниками из экспериментальных работ, их консенсусы восстановлены теоретическими средствами. Многие последовательности были заимствованы из Международных баз данных (GenBank, EMBL-Library и др.) и опубликованных обзоров (Locker, Buzard, 1990; Ghossh, 1991; Faisst, Meyer, 1992). Важным дополнительным источником была база GNOMIC (Trifonov, 1986), откуда были взяты многие консервативные последовательности из регуляторных зон генов.

Приоритетность сайтов для включения в нашу базу данных оценивалась в следующем порядке: дрозофила > животные > растения > грибы > прокариоты. Наибольшей приоритетностью в базе данных пользовались известные сайты дрозофилы и консенсусы, полученные с их участием. Большинство прокариотических сайтов было исключено из сравнения. Кроме того, были опущены мотивы размером < 5 нуклеотидов.

Для решения поставленных задач мы использовали базу данных в полном объеме. Наиболее представительные сайты:

- часто присутствующие в последовательностях ДНК МГЭ;

- интересные с точки зрения осуществления молекулярных функций МГЭ - были отобраны и сгруппированы в отдельную таблицу (табл.3).

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Амикишиев, Вагиф Гочу оглы, Новосибирск

1. Аведисов С.Н., Ильин Ю.В. Экспрессия третьей рамки считывания ретротранспозонов дрозофилы МДГ4, подобно ретровирусным ENV» гееам, осуществляется через сплайсинг // Молек. Биология. 1994. - Т. 28. - С 813-821.

2. Аведисов С.Н., Черкасова В.А., Ильин Ю.В. Особенности структурной организации ретротранспозона дрозофилы МДП, выявленные при еш секвенировании // Генетика. 1990. - Т. 26. - С. 1905-1914.

3. Агамалян Н.С., Архипова И.Р., Сурков С.А., Ильин Ю.В. Изучение регуляции полиаденилирования транскриптов мобильног элемента, жокея» относящегося к классу LINE, в культуре клеток дрозофилы // Молек,: Биология. 1996,. - Т. 30. - С. 818-828.

4. Ананьев Е.В. Мобильные генетические элементы Drosophila melanogaster // Организация генома. Москва: Наука. - 1989. - С. 177-197.

5. Архипова И.Р., Ильин Ю.В. Особенности организации промоторных областей ретротранспозонов дрозофилы // Мол. Биология, 1991. - Т.25. - № 1. - С. 69-76.

6. Вингендер Э. Классификация транскрипционных факторов эукариот // Молек.биол. 1997. - Т. 31. - С. 584-600.

7. Гвоздев В.А. Подвижная ДНК эукариот // Соросовскнй образовательный журнал. 1998. - N. 8. - С. 8-20.

8. Георгиева С. Г., Мизрохи Л. 10,, Кричевская A.A., Ильин Ю.В. Мобильный элемент дрозофилы жокей, являющийся типичным LINE, транскрибируется с внутреннего промотора РНК-полимеразой II // Генетика. 1988. - Т. XXIV. - С. 1353-1363.

9. Глушкова И.В., Беляева Е.Ст. Гвоздев В.А. Поддержание числа копийретротранспозона mdg-З в геноме Drosophila melanogaster // Генетика. -J 991. Т. 27. - N» 3. - С. 404-410.

10. Грачева Е.М., Захаров И.К., Волошина М.А., Георгиев П.Г., Голубовекий М.Д. Вспышки мутаций гена yellow в природной популяции Drosophila melanogaster связаны с инеерцией транснозона hobo // Генетика. 1998. -Т. 34. - N. 4. - С. 462-468.

11. Захаров И.А. Хромосомы дрожжей сахаромицетов // Организация генома. Москва: Шгука. - 1989. - С. 74-88.

12. Ильин Ю.В. Повторяющиеся гены эукариот // Молек. Биология. 1982, -Т. 16. - С. 229.

13. Ильин Ю.В., Архипова И.Р., Горлова Т.В., Шуппе Н.Г. Обнаружение итггермедиатов обратной транскрипции РНК мобильных диспергированных .генов мдг1 и мдгЗ в клетках дрозофилы // Ролек.биол. 1985. Т.19. - Вып.1. - С. 162-172.

14. Капитонов В.В. Теоретические исследования структурно-функциональной организации и эволюции мобильных генетическихэлементов // Дисс. на соиск. уч. ст. канд. биол. наук. 1990. 217с.

15. Капитонов В.В., Колчанов H.A., Шахмурадов И.А., Соловьев В.В. Присутствие участков, гомологичных к регуляторным сайтам теплового шока, в мобильных элементах // Генетика. 1987. - Т. 23. - № 12. - С. 2112-2119.

16. Карас X., Еелъ A.B., Кель О.В. и др. Интеграция знаний потранскрипционной регуляции генов эукариот на основе объединения баз данных TRRD, COMPEL и TRANSFAC // Молек.биол. "1997. - Т. 31. -О. 637-646.

17. Кель А.Э., Колчанов H.A., Кель О.В. и др. TRRD: база данных транскрипционных регуляторных районов генов эукариот // Молек.биол. 1997б, - Т. 31. - С. 626-636.

18. Кель О.В,, Кель А.Э., Ромащенко А Г. и др. Композиционные р^туляторные элементы: классификация и описание в базе данных COMTEL И Молек.биол. 1997. - Т. 31. - С. 601-615.

19. Колесникова О.В., Забанов С.А,, Васильева Л.А., Ратнер В.А. Индукциятранспозиций МГЭ Dm-412 в геноме дрозофилы при помощи теплового шока // Генетика. 1991. - Т. 27. - № 9. - С. 1547-1555.

20. К.увахина А.И., Иурминекий ДЖ, Коган ГЛ., Гвоздев В.А. // Генетика. -1988. Т. XXIV. - № 7. - С. 1234-1240.

21. Ллойд Э., Ледерман У,, Тьюрин Ю.Н. Справочник по прикладнойстатистики // М: Финансы и статистика. 1990.

22. Льюин Б. Гены// М: Мир. 1987. - 544 с.

23. Макарова К.С. Изучение эволюции ретротраеппозонов эукариот новыми компьютерными методами // Дис-с. на соиск. уч. ст. канд. биол. наук. -1996. 113с»

24. Макарова К.С., Вульф Ю.В., Селедцов H.A., Ратнер В.А. Эволюция ретротранспозонов gypsy-rpynnn: филогенетический анализ доменов, входящих в состав POL-протеина // Генетика. 1995. - Т. 31. - № 12. -С. 1614-1629.

25. Меркулова Т.И., Меркулов В.М., Митина РЛ. Механизмы шюкокортикоидной регуляции и регуляторные зоны генов, когролируемых глкжокортикоидами: описание в базе данных TRRD // Молек.биол. 1997. - Т. 31. - С 714-725.

26. Иасюкова Е.Г., Беляева B.C., Коган ГЛ., Павлова М.Б., Кайданов Л.З.,

27. Гвоздев В.А. // Генетика. 1984. - Т. 20. - С. 1772-1782.

28. Иасюкова Е.Г.,. Нуждин С. В., Филатов Д. А., Гвоздев В.А. Ретротранспозон геном хозяина: механизмы и эффекты взаимодействия // Молек. Биол. - 1999. - Т. 33. - N. 1. - С. 26-37.

29. Подколодная O.A., Степаненко ИЛ. Механизмы транскрипционной регуляции эритроид-специфичных генов // Молек.биол. 1997, - Т. 31. -С. 671-683.

30. Потапов В.А., Соловьев В.В., Ромащенко А.Г. и др. Особенностиструктуры и эволюции сложных тандемно организованных Вер-повторовn-яома лисицы. IL Тканеенецифичные и рекомбинационные сайты ВатШ-димера // Мол. биология. 1991. - Т. 25. - С. 116-132.

31. Ратнер В.А. Генетический язык: грамматика, семантика, эволюция // Генетика. 1993. - Т. 29. - № 5.

32. Ратнер В.А., Амикишиев В.Г. Анализ мотивов функциоиалшых сайтов МДГ2 в обеспечении его возможных молекулярных функций // Генетика.- 1996. Т. 32. - N. 7. - С. 902-913.

33. Ратнер В.А., Васильева Л.А. Мобильные элементы и количественные признаки у дрозофилы: факты и гипотезы // Генетика. 1992а. - Т. 28. -№ 11. - С. 15-27.

34. Ратнер В. А., Васильева Л .А,. Критические ограничения геномнойсистемы мобильных генетических элементов (М13) // Генетика. 1994.- Т. 30. № 5. ~ С. 593-599.

35. Ратнер В.А., Забанов С.А., Колесникова О.В., Васильева Л.А. Анализ множественных транспозиций МП') Dm412, индуцированных тяжелым тепловым шоком у дрозофилы // Генетика., 1992, - Т 28. - № 3. - С. 6886,

36. Ратнер В.А. Молекулярно-генетические системы управления /7 Новосибирск: Наука. 1975. - 283 с.

37. Резник Н.Л., Кидготко О.В., Золотова Л.И., Шуппе Н.Г. Гетерологичная тг'гдукция ретротранспозиции Ту'1: обратная транскриптаза играет ключевую роль в запуске цикла ретротранспозиции // Генетика. 1995.

38. Т, 31. N. 12. - С. 1605-1613.

39. Соловьев В.В. Анализ функциональных сайтов в геномах про- и эукариот //Методы молекулярной генетики и генной инженерии (Ред. С-алганик Р.И.). ~ Новосибирск: Наука. 1990. - С. 154-189.

40. Соловьев В.В. Рогозин И.Б. Пакет программ контекстною анализа последовательностей ДНК, РНК и белков КОНТЕКСТ /У Новосибирск.- 1986.

41. Фурман Д.IL, Матушкин Ю.Г., Морозов П.С. Идентификация полигонов в системе aehaete-seute у Drosophila melanogaster методами кластерного анализа // Генетика. 1998. - Т. 34. - N. 2. - С. 226-234.

42. Хесин Р.Б. Непостоянство генома// Москва; Наука. 1984. - 578 с.

43. Холодков O.A., Иванов В.А. Потенциальная активная копия LINE-1элемента в клетках HeLa: идентификация нового специфического промотора // Докл. Акад. наукю 1998. - Т. 362. - № 1. - С. 122-126.

44. Черкасова В.А., Аведисов С.Н., Ильин Ю.В. Необычная организация лндерной и терминальной областей мобильного элемента дрозофилы МДП //Докл. Акад. наук СССРю 1990. - Т. 310. - № б. - С. 1485-1488.

45. Черкасова В.А„, Ильин Ю.В. Лидерная область ретротраяспозона дрозофилы МДП содержит участки термипации транскрипции // 1 енетика, 1990. - Т. 26. №11,- С. 1893-1904.

46. Шахмурадов H.A. Теоретический анализ структурно-функциональной организации и эволюции диспергированных повторов геномов зукариот /7 Дисс. на соиск. уч. ст. канд. биол. наук. 1987. - 336с.

47. Шахмурадов И. А., Колчанов H.A., Соловьев В. А., Ратиер В.А. Энхансеро-подобные структуры в умеренно повторяющихсяпоследовательностях эукариотических генов // Генетика. 1986. - Т. 22. - № 3. - С. 2112-2119.

48. Aliad P., Vaury С., Pelisson A. et al. A long interspersed repetitive element • the I factor of Drosophila teissieri. is able to transpose in different Drosophila species // Proc. Natl. Acad. Sei. USA,. - 1989. - Vol. 86. - P. 8887-8891.

49. Aissani В., D'önofrio G., Mouchiroud D., et al. The compositional properties of human genes // J. Mol. Evol. 1991. - Vol. 32. - P. 493-503.

50. Akerblom I.E., Slater E.P., Beato M. et al. Negative regulation by glucocorticoids through interference with a cAMP responsive enhancer. // Science. 1988. - Vol. 241. - P. 350-353.

51. Ananiev E.V., Phillips R.L., Pines H.W. Complex, structure of knob DMAon maize chromosome 9. Retrotransposon invasion into heterochromatin if Genetics. 1998. - Vol. 149. - P. 2025-2037.

52. Ananthan J., Goldberg A.L., Voelmy R. Abnormal proteins serve as eukarypiic stress signals and trigger the activation of heat shock genes If Science. ~ 1986. Vol. 232. - N. 4751. ~ P. 522-524.

53. Andrews O.K. Regulation of metallothionein gene expression ff Prog, in Food and Nutr.Sci 1990. - Vol. 14. - P, 193-258=

54. Aranda A., Perez-Ortin I.E., Moore C, del Olmo M.L. Transcription termination downstream of the Saccharomyces cerevisiae FBP1 changedfrom FPB1. poly (A) site does not depend on efficient 3'end processing // RNA. ---- 1998. Vol. 4. - N. 3. - P. 303-318.

55. Arkhipova LR. Promoter elements in Drosophila melanogaster revealed by sequence analysis // Genetics. 1995. - Vol. 139. - N. 3. - P. 1359-1369.

56. Arkhipova I.R., Ilyin Y.V. Properties of promoter regions of mdgl Drosophila retrotransposon indicate that it belong to a specific class of promoters If EMBO J. 1991. - Vol. 10. - P. 1169-1177.

57. Arkhipova I.R., Ilyin Y.V. Control of transcription, of Drosophila retrotransposon^ // BioEssay. 1992. - Vol. 14. - P. 161-168.

58. Arkhipova LR., Lyubomirskaya N.V., Ilyin Y.V. Drosophila retrotransposons ff Heidelberg (Germany): Springer-Verlag, 1995. - 134 c.

59. Arkhipova. LR., Mazo A.M., Cherkasova V.A. et al. The steps of reverse transcription of Drosophila. mobile dispersed genetic elements and U3-R-U5 structure of their LTRs // Cell. 1986. - Vol 44. •- P. 555-563.

60. Barsanti P., Palumbo G. Heat shock or hybrid dysgenesis induced instability in the Wa mutation of Drosophila melanogaster ft Abstr.Proc.IX Europ. Drosophila Res.Conference. Budapest. 1985.

61. Beall E.L., Rio D.C. Transposase makes critical contacts with, and is stimulated by, single-stranded DNA at the P element termini in vitro // EMBO J. 1998. - Vol. 17. - P. 2122-2136.

62. Beato M., ChalepaMs G., Schauer M. et al. DNA regulatory elements for steroid hormones.// J.Steix>id.Biochem. 1989. - Vol. 32. - P. 737-748.

63. Becker J., Becker J.L., Best-Belpomme M. Characterization and purification of DNA-RNA complexes related with 1731 ans copia-like transposableelements in Drosophila cell line // Cell Mol.BioL 1990. - Vol. 36. - P.449.460,.

64. Berg D.A., Howe M.M. Mobile DNA. Waphington, DC: American Society for Microbiology. 1989.

65. Bernard! G. Genome organization and species formation in vertebrates it J. MoL Evol. 1993. - Vol. 37. - P. 331-337.

66. Bienz M. Transient and developmental activation of heat-shock genes ft 'JIBS. 1985. - Vol. 10. - N. 4. - P. 157-161.

67. BOanchone V.W., Claypool J.A., Kinsey P.T. et al. Positive and negativeregulatory elements control expression of the yeast retrotransposon Ty3 It Genetics. 1993. - Vol. 134. - P. 685-700.

68. Bingham P.M., Zachar Z. Retrotransposons and the txansposon from Drosophila melanogaster // Mobil. DNA / Eds Berg D.E., Howe M.M. Washington^ An Soc.Microbiol. 1989. - P. 485-502.

69. Bimstiel MX., Busslinger M., Strnb K. Transcription termination and 3'processing: the end. is in site // Cell. -- 1985. Vol. 41. - P. 349-359.

70. Bjoerklu'nd S., Kim, et al. Mediator of transcriptional regulation if Trends Biocbem.Sci. 1996. - Vol. 249. - P. 335-337.

71. Blackman R.K., Gelbart W.M. The transposable element hobo of Drosophila melanogaster if Mobil. DNA / Eds Berg D.E., Howe M.M. Washington^; An Soc.Microbiol. 1989. - P. 523-529.

72. Boshart M. The tissue-specific extinguisher locus TSB'l encodes a regulatory su burnt of cAMI-dependent protein kinase // Cell. 1991. - Vol. 66. - P. 849-859.

73. P-'icheton A. I transposable elements and 1-R hybrid dysgenesis in

74. Drosophila // Trends (.Tenet, 1990. - Vol. 6. - P. 16-21.

75. Carulli I.P., Kxane D.E., Haiti D.L. et al. Compositional heterogeneity and. patterns of molecular evolution in theDrosophila genome // Genetics. 1993. - Vol. 134, - P. 837-845.

76. Champion S., Maison.haute C., Kim Mil et al. Characterization of the reverse transcriptase of 1731, a Drosophila melanogaster retrotransposon /7 Ear. J, Biochem. 1992. - Vol. 209. - P. 523-531.

77. Charlesworth B,, Langley C.H. The evolution of self-regulated transposition of transposable elements H Genetics. 1986. - Vol 112. - N. 2. ~ P. 359«383.

78. Cherkassova V.A,, Surkov S.N., llyin Y.V. Leader region of mdgl Drosophila retrotransposon RNA contains 3-end processing sites // Nucl. Acids Res. 1991. - Vol. 19. - P. 3213-3219.

79. Cleavinger P.J., Kandala J.C., Guntaka R.V. The GT-rich sequence in the U5 region of Rous sarcoma virus long terminal repeats is required for transcription termination and 3J processing // Folia Biol. 1997. - Vol. 43.- N. 4. P. 153-160.

80. Cockerill P.N., Bert A.G., Jenkins F. et al. Human granulocyte-macrophage colony-stimulating factor enhancer function is associated with cooperative interactions between AP-1 and NFATp/c // MoLCell.BioL 1995. ~ Vol. 15. ~ P. 2071-2079,

81. Daniels G.R., Demmger P.L. A second class of Alu family repeated DNA sequences in a primate genome /7 Nucl.Acids Res. 1983. - Vol. 11. - P. 7595-7610.

82. Danilevskaya O.N., Tan C., Wong J. et al. Unusual features of the

83. Drosophila melanogaster telomere transposahle element HeT-A are conserved in Drosophila yakuba telomere elements /7 PNAS USA. 1998. -Vol. 95. - P. 3770-3775.

84. Davidson E.N., Jacobs H.J., Britten RJ. Very short repeats and coordinate induction of genes //Nature. 1983. - Vol. 301. - P. 468-470.

85. DeBerardiriis R.J., Goodier J.L., Gstertag E.M. et al. Rapid amplification of a retrotransposon subfamily is evolving the mouse genome // Nat. Genet.1998. Vol. 20. - P. 288-290.

86. DeBerardinis R.J., Kazazian H.H. Analysis of the promoter from an. expanding mouse retrotransposon subfamily // Genomics. 1999. - Vol. 56.1. V. 317-323.

87. Dhellin O., Maestre J., Heidmatm T. Functional differences between the human LINE retrotransposon and retroviral reverse transcriptases for in vivo niRRA reverse transcription // EMBO J. 1997. - Vol, 16, - P. 6590-6602.

88. Diamond MX, Miner J.N., Yoshinaga S.K. et al. Transcription factor interactions: selectors of positive or negative regulation from a single DNA element 11 Science. 1990. - Vol. 249. - P. 12664272.

89. DiNocera P.P. Close relationphip between non-viral retroposons in

90. Drosophila melanogaster // Nucl. Acids Res, 1988. - Vol,. 16. - P, 4041» 4052.

91. DiNocera. P.P., Casari G. Related polypeptides are encoded by Drosophila F elements, I factors and mammalian LI sequences // Proc.Natl.Acad.Sci.

92. USA. 1987. - Vol. 84. - P. 5843-5847.

93. DombrosM B.A., Mathias S.L., NanthaJcumar E. Isolation of an active human transposable element // Science. 1991. - Vol. 254. - P. 1805-1808,

94. Dominguez A., Albornoz I. Rates of movement of transpoable elements in Drosophila melanogaster // MoL Gen. Genet. 1996. - Vol. 251. - N. 2. -P. 130-138.

95. Doolittle R.F., Feng D.-F., Johnson M.S. et al. Origins and evolutionary relationships of retroviruses // Quart, Rev. Biol. 1989, - Vol. 64. - P. 1-29.

96. Doolittle R.F. Feag D.F., McClure M.A. et al. Retrovirus phylogeny and ¿solution //Qiff. Top Microbiol. Immunol. 1990. - Vol. 157. - P. 1-18.

97. Doring H.P., Starlinger P. Barbara. McCIintock's controlling elements: now at the DNA level // Cell. 1984. - Vol. 39. - P, 253-259.

98. Dougherty J.P., Temin H.M. A promoterless retroviral, verctor indicates that there are sequences in U3 required for 3s RNA processing // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1987.P. 1197-1201.

99. Eiekbush T.H. Transposing without ends: The non-LTR retrotransposable elements // New Biol. 1992. - Vol. 4. - P. 430-440.

100. Eiekbush T.H. Origin and evolutionary relationships of retroelements //In: Morse S.S. cd. The evolutionary biology of viruses. New York: Raven Press.- 1994.

101. Engels W.R. The P family of transposable elements in Drosophila // Annu. Rev. Genet. 1983. - Vol. 17. - P. 315.

102. Engels W.R. P-elements in Drosophila 11 Mobile DNA / Eds D.E.Berg, M„ M.Howe. Washington, D.C. (USA): A.mer,Soc.MicrabioL 1989. - P. 437-484.

103. Hvgen'ev M.B., Corces V.G., Lankenau D.H. Ulysses transposable element of Drosdophila shows high structural similarities to functional domains of retroviruses // J. Mol. Biol. 1992. - Vol. 225. - P. 917-924.

104. Faisst S.j Meyer S» Compilation of vertebrate-encode transcription factors // Nucl. Acids Res. 1992. - Vol. 20. - P. 3-26.

105. Faure E. A sequence of the 135 region of drosophila 1731 retrotransposon long terminal repeat (LTR) trans-represses the LTR-directed transcription //

106. Biochemistry (Mose). 1999. - Vol. 64. - P. 678-692.

107. Finnegan DJ, F and. related, elements in Drosophila. melanogaster // Mobil. DNA / Eds Berg D.E., Howe M,M. Washington& An Soc.MicrobioL 1989.- P. 519-52L

108. Finnegan D.I. Transposable elements // Curr. öpin. Geriet. 1992. - Vol. 2.• P. 161-168.

109. Havel A.J. Tyl-eopia group retrotransposons and evolution of retroelemenls in the eukaryotes // Transposable Elements and Evolution / Ed. McDonald J. Dordrecht: Kluwer Acad. Pubis. 1993. - P. 258-269.

110. Havel AJ., Brierley C. The termini of extrachromosomal linear copia elements // Nucl.Acids Res, 1986. - Vol. 14. - P. 3659-3669.

111. Flavell A.J., Lewis R., Simon M.A. et al. The 5* termini of RNAs encodedby the transposable element copia // Nucl.Acids Res. 1981. - Vol. 9. - P.

112. Pliant S., Heyman T., Bystrom A.S. et al. Interactions between Tyl rrtrotransposon RNA and T and D regions of the tRNA(iMet) primer are required for initiation of reverse transcription in vivo // Mol. Ceil Biol. -1998. Vol. 18. - N. 2. - P. 799-806.

113. Friesen P.D., Rice W.C., Miller D.W. et al. Bidirectional transcription from a solo long terminal repeat of the retrotransposon TED: symmetrical RNAstart sites // MoLCell Biol. 1986. - Vol. 6.

114. Friesen P.D., Nissen M.S. Gene organization and transcription of TED, a lepidoptetan retrotransposon integrated within the bacwlovirus genome /7 Mol. Ceil Biol. 1990. - Vol. 10. - P. 3067-3077.

115. FuettererJ., Hohn T. Involvement of nticleocapsids in reverse transcription: ageneral phenomenon // Trends Biochem. Sci 1987. - Vol,, 12. - P. 92-95.

116. Galindo M.I., Ladeveze V., Lemeimier F. et aJ. Spread of the autonomous transposable element hobo in the genome of Drosophila melanogaster // Mol. Biol. Evol. ~ 1995. Vol. 12. - N. 5. - P. 723-734.

117. Gdula D.A., Gerasimova TX, Corces V.G. Genetic and molecular analysis of ths gypsy chromatin insulator of Drosophila// PNAS, 1996. - Vol. 93. - P. 9378-9383.

118. Ghosh D. Eukajyotic Transcription Factor Recognition Sites // Release 3.0 SITES Tables. 1991. - P. 47-76.

119. G'-andbastiei! ML-A. Retroelements in higher plants if Trends Genet. 1992.- Vol. 8. P. 103-108.

120. Grappin P., Audeon C., Chupeau M.C., Gradbastien M.A. Molecular and functional characterization of Slide, an Ac-like autonomous transposable clement from tobacco // Mol. Gem Genet. 1996. - Vol. 252. - N. 4. - P.386.397.

121. Grosveld G.C., Rosenthal A., FlaveD. R.A. Sequece requirements for the transcription of the rabbit ¡3—globin gene in vivo: the -80 region // Nucl.

122. Acids Res. 1982. - Vol. 10. - P. 4951-4971.

123. Oiialberto A., lePagc D,, Pons G, ct al. Functional antagonism between YY1 and the serum response factor // MoLCell.BioL 1992, - Vol. 32. - P. 4209-4214.

124. Guarente L., Bermingham-McBonogh O. Conservation and evolution of transcriptional mechanisms of eukaryotes // Trends in Genetics. 1992. -Vol. 8. - № 1. - P. 27-32.

125. Gubb D., Roote J., Harrington G. et al. A preliminary genetic analysis of TE 346, a very large transposing element of Drosophila melanogaster //

126. Chromosoma. 1985. - Vol. 92. - P. 116.

127. Harden N., Ashbumer M. Characterization of the FB-NOF transposable element of Drosophila melanogaster // Genetics. 1990. - Vol. 126. - N. 2.- P. 387-400,

128. Hendrick J .P., Haiti F.-U. Molecular chaperone functions of heat-shock proteins if Annu. Rev. Biochem. 1993. - Vol. 62. - P. 349-384.

129. Hernandez-Munain C., Krangel M.S. c~Myb and core-binding factor/PEBP2 display ftmctional synergy but bind independently to adjacent sites in the T-ceil receptor delta enhancer // MoLCell Biol. 1995, - Vol. 15. - P. 30903099.

130. Herr W., Clarke J. The SV40 enhancer is composed of multiple functionalelements that can compensate of one another /7 Cell. 1986. - Vol. 45. - P. 461-470.

131. Hohjoh H., Singer M.F. Cytoplasmic libonucieoproteiii complexes containinghuman LINE-1 protein and RNA // EMBO j. 1996. - Vol. 15. - P. 630639.

132. Hohjoh iL, Singer M.F. Ribonuclease and high salt sensibility of the riboraicleoprotein complex formed by the human LINB-1 retrotransposon // J. Mol Biol 1997. - Vol. 271. - P. 7-12.

133. Hohjoh fi., Singer M.F. Sequence-specific single-strand RNA binding pj otein encoded by the human LINE-1 retrotransposon // EMBO J.1997. -Vol. 16. P. 6034-6043.

134. Holmes W.M., Piatt T., Rosenberg M. Termination of transcription in E.eoii

135. Cell. 1983. - Vol 32,. - P. 1029-1032.

136. Hultrnark D„ Klemenz R., Gehring W.R. Translational and transcriptionalcontrol elenments in the untranslated leader of the heat-shock gene Iisp22 // Cell. 1986. - Vol. 44. P. 429-438.

137. Hutchison C.A. III, Hardies S.C. Loeb D.D. et aL LINEs and related refcroposons: long interspersed repeated sequences in the eukaryotic genome // Mobil. DNA / Eds Berg D.E., Howe M.M. Washington^ An. Soc.Microbiol. 1989. - P. 593-617.

138. Jvanov V.A., Melnikov A.A., Siunov A.V. et aJL Authentic reverse transcriptase is coded by jockey, a mobile Drosophila element related to ii.ammaliaii LINEs // EMBO J. 1991. - Vol. 10. - P. 2489-2495.

139. Jarrell K.Av, Meselson M. Drosophila retrotransposon promoter includes an essential sequence at the initiation site and requires a downstream element lbr full activity if Proc.Nafi.Acad.Sei USA. 1991. - Vol. 88, - P. 102-104.

140. Jordan I.K., McDonald J.F. Evolution of the copia rctrolmnsposon in the DfosopMla melanogaster species subgroup // Mol. Biol. Evol. 1998. - Vol. 15. - P. 1160-1171.

141. Jvnakovic R, I>i Franco €., Barsanti P, et ai. Transpositions of eopia-Iike elements nomadic elements can be induced, by heat shock /7 J.Voi.Evol.1986. Vol. 24. - N. 1. - 89-93.

142. Kaiser K., Meisterremst el ai. The human general co-factors // Trends BiociiemJcL ~ 1996. Vol. 249. - P. 342-345.

143. КаПипМ P., Edelmars G.M., Jones F.S. The neural restrictive silencer element can act as both a repressor and enhancer of LI cell adhesionmolecule gene expression during postnatal development /7 Proc.Nail.Acad.Sci. USA. 1998. - Vol. 95. - P. 3233-3238.

144. JCamakaka R.T., Туше C.M., Kadonaga .T.T. Accurate and efficient RNA polymerase II transcription, with a soluble nuclear fraction derived from Drosophila embryos // Proc.NatLAcad.Sci. USA. 1991. - Vol. 88, - P. 1024-1028.

145. Karess R.E., Rubin G.M. Analysis of P transposable element functions in

146. Drosophila /7 Cell. 1984. - Vol. 38. - P. 135-146.

147. К el A.E., Ponomarenko M.P., Likhachev E.A. et ai. SITEVIDEO: A ompuetr system for functional site analysis and recognition. Investigation ofthe human splice sites // CABIOS, 1993. - Vol. 9. - N. 6. - P. 617-627.

148. Khouri G., Grass P. Enhanser elements // Cell. » 1983. Vol. 33. - N. 2. - P. 313-314.

149. Kikuchi Y.f Ando Y., Shiba T. Unusual priming mechanism of RNA-directed DNA synthesis in copia retrovims-Iike particlcs of Drosophila // Nature. 1986. - Vol. 323. - P. 824-826.

150. Lm H.S., Yang C., Kim K.S. The cell-specific silencer region of the human c'. pamme beta-iiydroxyIa.se gene contains several negative regulatory elements ff J. Neurochem. 1998. - Vol. 71. - P. 41-50.

151. K.obayasbi T., Rein T., DePamphilis MI,. Identification of primary initiation sites for DNA replication in the hamster dihydrofolate reductase gene initiation zone ff MoL Cell Biol. 1998. - Vol. 18. -- N. 6. - P. 3266-3277.

152. Kolchanov N.A., Lim H.A. Computer Analysis of Genetic Macromolecules.

153. Structure, Function and Evolution // Singapore c.a.: World Scientific Pub J. -1994»

154. Kroiewsfci. I.J., Rush M.G. Some extrachromosomal circular DNAs containing the Alu family of dispersed repetitive sequences may by reverse transcripts ff J.Mol.BioI. 1984. - Vol. 174. - P. 31-40.

155. Mangelsford D.J., Thummel C., Beato M. et al. From embryogencsis to metamorphosis: the regulation and function of Drosophila nuclear receptor Si.perfamily members // Ceil,. .1995, - Vol 83, - P. 835-839,

156. Maniatis T., Goodboum S., Fisher J.A. Regulation of iiidiiciblle and tissue-specific gene expression // Science. 1987. - Vol. 236. - N. 4806. - P. 1237-1245.

157. M'irahrens Y.; StiHman B, Replicator dominance in an eukaryotic chromosome // EMBO 3, 1994. - Vol. 13. - P. 3395-3400,

158. Marlor R.L., PaiMmrst S.M., Corces V.G. The Drosophila melanogaster gypsy transposable element encodes putative gene products homologous to retroviral proteins // Mol.Cell Biol. ~ 1986. Vol. 6. - P. 1129-1134.

159. Mason S.W., Waliisch M., Grnmmt L RNA polymerase I transcription termination: similar mechanisms are employed by yeast and mammals // J„ Mol. Biol, 1997. - Vol. 268. - N. 2. - P. 229-234.

160. Mathias S.L., Scott A.,R, Kazazian H.H. et al, Reverse transcriptase encoded by a. human transposabie element /7 Science. 1991. - Vol. 254. - P. 1808.

161. Mazo A.M., et aL Suppression in Drosophila: su(Hw) and su(f) gene products interact with a. region of gypsy (mdg4) regulating its transcriptional activity // EMBO J, 1989, - Vol. 8. ■ P. 903-911,

162. McClintock: B. Controlling elements and the gene if ("old Spring Harbor Simp. Quant. Biol. 1956. - Vol. 21. - P. 197-216.

163. McDonald J.F., Strand BJ., Lambert M.E. Weinstein J.B. The responsive genome: evidence and evolutionary implications If Development as evolutionary process (Eds Raff R.A., Raff E.G. ) N.Y.: Alan R. Liss, Inc. -1 <>87. P. 239-263.

164. MeGmnis W., Shermoen A.W., Beckendorf S.K, A transposabie element inserted just 5s to a Drosophila Glue protein gene alters gene expression and chromatin structure If Cell. 1983. - Vol. 34. - P. 75-84.

165. McLaucMan J., Gaffhey D., Whitton J.L. et al The consensus sequence YGTGTTYY located downstream from the AATAAA signal is required for efficient formation of mRNA 3* termini // Nucl. Acids Res, 1985. - Vol. 13. - P. 1347-1368.

166. Mellon P.M., Parker V., Gluzman Y. et al. Identification of DNA sequence required for transcription of the human al-globin gene using a new SV40host-vector system If Cell. 1981. - Vol. 27. - P. 279-288.

167. Mercóla M, Wang XF, Olsen J„ Caíame K. Transcriptional enhancer elements in the mouse immunoglobulin heavy chain locus II Science. 1983. - Vol. 221. - P. 663-665.

168. MincMotti G., DiNocera P.P Convergent transcription initiates from oppositely oriented promoters within the 5' end ' regions of Drosophila meïanogaster F elements // MoLCell Biol. 199L - Vol. 11. - P. 51715180.

169. Miner J.N., Yamamoto K.R. The basic region of AP-i specifies glucocorticoid receptor activity at a composite response element If Genes

170. Dev. 1992. - VoL 6. - P. 2491-2501.

171. Mizrokhi LJ,„ Georgieva S.G., ïlyin Y.V. Jockey, a mobile Drosophila element' similar to mammalian LlNEs, is transcribed from the internai promoter by RNA polymerase II // Cell. 1988. - VoL 54. - P. 685-691.

172. Mizrokhi L.J., Mazo A.M. Evidence for horizontal transmission of the mobile element jockey between distant Drosophila. species // PNAS USA. » 1990. VoL 87. - P. 9216-9220.

173. Morimoto R.I. (Mis in stress: Transcriptional activation of heat shock genes /7 Science. 1993. - vol. 259. - P. "1409-1410.

174. Moriyama E.N., Gojobori T. Rates of synonymous substitution and base composition of nuclear genes in Drosophila if Gcnetics. Î992, - Vol. 130, -P. 855-864.

175. Mossie K.G., Young M.W., Vamius H.H. Extrachromosoraal DNA forms of copia-like transposable elements, F elements and middle repetitive DMA. sequences in Drosophila melanogaster if J.Mol.Biol. 1985. - VoL 182. - P.31.43.

176. Müller H.-P., Schaffner W. Transcriptional enhanceres can act m trans // Trends in Genetics. 1990. - VoL 6. N 9. - P. 300-304.

177. Nabirochkin S., Ossokina M., Heidmann T. A nuclear matrix/scaffold attachment region co-localizes with the gypsy retrotraasposon insulator sequence if J. Biol. Chem. 1998. - VoL 273. - P. 2473-2479.

178. Neehushtan H. Benvenisty N., Brandies R. et al. Glucocorticoids control phosphoenolpyruvate carboxykiuasi; gene expression in a tissue specific maimer // Nucleic Acids Res. 1987. - Vol. 15. P. 6405-6417.

179. Nevers P., Sacdler H. Transposable genetic elements as agents of gene instability andchromosomal rearrangements // Nature. 1977; - Vol, 268. - p. 109-115,

180. Nouaud D., Anxoiabehere D. P element domestication: a stationary truncated P element may encode a 66-kDa repressor-like protein in the Drosophila moatiiim species subgroup // MoL Biol. Evol. 1997, - Vol. 14, » P. 11321*44,

181. Hover L., Hellaund D., Neumann D. et a). The heat shock response of eukaryotic cell // Biol.Zbl. 1984. - Vol. 103. - N. 4. - P. 357-438.

182. Orgel L.E., Crick F.H.C. Selfish DNA: the ultimate parasite 11 Nature. -. 980.Vol 284. ~ N. 5757. P. 604-607.

183. Ozers M.S.s Friesen P.D. The env-like open reading frame of the baeulovirus-integrated retrotransposon TED encodes a retroviras-like envelope protein fi Virology. 1996. - Vol. 226. - N. 2. - P. 252-259.

184. Paguin C., Williamson V. Temperature effects on the rale of Ty transposition // Science. 1984. - Vol. 226. - N. 4670, ~ P. 53-55.

185. Parkhurst S.M., Corees V.G. Developmental expression of Drosophila melanogaster retro virus-like transposable elements // EMBO J. 1987. - Vol. 6. - p. 419-424.

186. Pelisson A, Song S.U., Prud'homme N. et al. Gypsy transposition correlates with the production of a retroviral envelope-like protein under the tissuespecific control of the Drosophila. flamenco gene // EMBO J. 1994, - Vol 13. - P. 4401-4411.

187. Peng M., Lemke P.A., Singh N.K. A nucleotide sequence involved in replicative transformation, of a. filamentous fungus If Cult, Genet. 1993, -Vol, 24. - N. 1-2. - P. 114-121.

188. Pow.gcibaia J.M.R., NagulapaJB. H., K'lems?. M.J, ef. ai, PUJ. recruits a second nuclear factor to a site "important for inimunoglobuJin kappa. 3' enhancer activity // Mol.Cell.Biol. 1992. - Vol. 12. - P. 368-378.

189. Potter S.3. DNA sequences analysis of a. ■ DrosohpIIa foldback transposable r'~mmt rearra.ngem.ent // MoL Ans Gen.Genet. 1982.Vol. 188, ■■■ P, 107.

190. PrHmagi A.F., Mizrokhi LJ., Ilyin Y.V. Drosophila mobile element jockey belong to LlNEs and conteins coding sequences homologous to someretroviral proteins // Gene. ~ 1988. » Vol. 70. P. 253-262.

191. Pugh B.F., Tjlaa. R. Transcription from a. TATA-tess promoter requires arr^Mmbumt TFIiD complex If Genes Dev. -. 1991. . Vol. 5. P. 19351CM 5,

192. Renkawitz R., Schutz G., von der Abe D. et al. Sequences in the promoter region of the chocken lysozime gene required for steroid regulation and reccptor binding if Cell. •• 1984. Vol. 37. - P. 503-510.

193. Rogers J. The origin and evolution of reroposons // Int.Rev.CytoL 1985. -Vol. 76. - P. 67-112.

194. Rosen C.A., SodrosM J.G., Haseitine W.A. The location of cis-acting reguiato.ry sequences m the human T cell Jymphotropic vims type XII (>VrLV-m/LA'V) long terminal repeat // Cell. 1985. - Vol 41. - P. 83 3823.

195. Rubacha A., Sumner III W., Richicr L. et al. Conserved 5' flank homologiesm diptersn 5S RNA genes that would function on "A." form DNA // Noel. Acids Res. 1984. - Vol. 12. - P.8193-8207.

196. Rubin G.M. Dispersed repetitive DNAs in Drosophila ti Mobil genetic elements / Ed. J. Shapiro. N.Y.: Acad. Press. 1983. - P. 329.

197. Ruvolo V., Hill J.E., Levitt A. The Tc2 transposon of Caenorhabciitis elegans has the structure of a self regulated element // DNA. Cell Biol. -1992, Vol. 11. - P. 111-122.

198. Sassone-Corsi P., Dougherty J.P., Wasylik B. et al, Stimulation of in vitro transcription from heterologous promoters by the simian virus 40 enhancer If

199. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1984. - Vol. 81. - P. 308-312.

200. Sciiaeibr M.R., Kabn K,' Cyanobacterial transposons Tn5469 and. Tn5541 represent a novel noncomposite transposon family // J. BactenoL 1998. -Vol. 180. - P, 6059-6063.

201. Scheinker V.S., Losovskaya E.R., Bishop J.G. et al. A king terminal repeat-containing retrotransposon is mobilized during hybrid dysgenesis in

202. DrosophiIa virilis if Pnx\Nat),Aead,Sci. USA, 1990, - vol 87. - p, 961596 J 9.

203. Schcrer G., Tchudi C., Perera. J. et al. B104, a new dispersed repealed gene family in DrosopMIa rnolanogasier and its analogies with retrovirus ft L MoL PioL 1981. - Vol. "157,. P. ¿35-45!,

204. Scott K., Gayer P.K. Effects of the sp(liw) insulator protein on the expression of the divergently transcribed Drosophila yolk protein genes // EMBO J. 1995. - Vol. 14. P. 6258-6279.

205. Seledsov LA,, Solcvyev Merlmlova. T.I New elements ofok: coco tticoid-receptor H**«45"*^ of hormone-regulated genes If

206. Biocb.im.Biophys.Acta. ! '. - Vol. 1089, - P, 367-376.

207. Shimizu H., Yamamoto K. NF-kappa B and C/EBP Uariscripuon iacio.r fi-.aiilies synergisticaiiy function in mouse scram amyloid A gene expression induced by inflammatory cytokines // Gene. 1994. Col. 149. P. 305-309.

208. Summons MJ., Raymond J.D., Grimes C.D. et ai Repression of hybrid, dysgenesis in Drosophila melanogasier by heal-shock-inducible sense and pntisense P-eiemeni constructs // Genetics. 1996. - Vol, 144. - P. 1529} 544.

209. Simon R., Tassan J,P., Richter J.D. Translational control by poly (A) (■■ongation during Xenopus development: differential repression and. enhancement by a novel cytoplasmic polyad.eDyla.tion dement ft Genes Dev. ■ 1992, Vol. 6, P. 2580-2591.

210. Siama-Schwok A., Brossaima E., Dcmcbenko Y. et ai. Structural flexibility of a DNA hairpin located in the long temiinai repeat of the DrosopMIa 1731 retrotransposon If Nucleic Acid Res. ~ 1998. Vol. 26. ■ P. 5142-5151.

211. Smyth D.R., KalMs P., Joseph J.L, et al. Plant rctrafransposcn from. Lilium h^nryi is related, to Ty3 of yeast and the gypsy group of DrosopMIa if Proc. Natl. Acad, Sci. MSA. 1989. - Vol. 80, - P. 50i>50i9.

212. Sneddon A., Plavell A.J. The transcriptional control regions of the copia larotransposon if NucL Acids Res. 1989. - Vol. 17. - P. 4025-4035.

213. Snyder M., Hurtkapiiler M., Yuen D. et ah Cuticle protein genes of Drosopliiia: structure, organization and evolution of four clustered genes .// Ceil. 1982. - Vol. 29. - P. 1027-1040.

214. Song S.U., Gerasimova T., Kurkulos M. ei al. An Env-liLe protein encoded by a Drosophila reixoelements: evidence thai gypsy is an infectiousi; 'rovirus // Genes Dev. 1994. - Vol. 8. - P. 2046-2057.

215. Sieller B,,, Pirrota V. P transposon controlled by the heart shock promoter // MoL Cell BioL 1986. - Vol. 6. - N. 5. - P. 1640-1649.

216. Strand D.J., McDonald A.C. Copia is tiaiiseiiptionaliy responsive to envifoiimeiilai stiess // Nutl. Acids Res. 1985. - Vol. 13. - P. 4401-4410.

217. S'vain A,, Coffin J.M. Mechanism of transduction by retroviruses // Science. 1992. - Vol. 255. - 841-844.

218. Swergold G.D. Identification, characterization, and cell specificity of a, human LINE-1promoter /7 MoL Cell BioL 1990. - Vol. 10. P. 6718.

219. Tabucte A,, Nakatani C, Nakaoka R. et aL Silencer-mediated repression and non-mediated activation of BDNF and e-fos gene promoters in primary glial or neuronal cells // Bioehem. Biophys. Res. Common. 1999, - Vol 261. -N.2. - P. 233-237.

220. Taira 1\, Igucht-Arida S,.M.,.; Ari.ga H, A novel DNA replication or-mm identified in the hnman heat shock, protein 70 gene promoter ff Mol. Ceil. Biol. 1994. - Vol. 14. - N. 9; - P. 6386-6397.

221. Tanda S., Shrimpton E„, ling-Ling C. et aL Retrovirus--like features and. site specific insertion of s. transposable element, torn., in Drosophila ananassae if MoLGen.Genet. 1988. - Vol 214. - P. 405-411.

222. Tanda S., MulJ.or J.L., Corces V.G. The Drosophila torn retrotrausposou encodes an envelope protein // Mol. Cell Biol. 1994. - Vol. 14. - P. 53925401.

223. Teng. S.C., Kim B., Gabriel A. Retrotransposon reverse-transcriptase-mediated repair of (chromosomal breaks // Nature. 1996. - Vol. 383. - P. 641-644.

224. Tidier A., Graur D. Nucleic acid composition, codon usage, and the rate of synonymoussubstitution in protein-coding genes // J, MoL EvoL -- 1989. « Vol. 28. P. 79.6-298.

225. Town.es T.M., Behiinger R.B. Human globin locus activation region (LAR) role in temporal control If Trends in Genetics. 1990. - VoL 6. - N. 7. - P. 219-223.

226. Trifonov E.N., Brende'I V. GNOMIC. A Dictionary of Genetic Code ff Rfvohot (Philadelphia): Balaban Po.bL 1986.

227. Trueit M.A., Jones R.S., potter S.S. Unusual structure of the FB family of tiansposable elements in Drosophila ff Cell. ~ 1981. VoL 24. - N. 3. - P. 753-763.

228. Truss M„, Beato M. Steroid hormone receptors: interaction with deoxyribonucleic acid and transcription factors // Endocrine Rev. 1993. -Vol. 14. - F. 459-478.

229. Tzai E.Y., Mn J., Pesavecto P. A. CeH-typc-specific regulation of the human f^tnor necrosis factor alpha gene in В cells and T cells by NFATp and ATF-2/JljN // MoLcMLBiol, 1996. - Vol. 16. - P. 459-467.

230. Tii Z., Isoe J., Guzova J.A. Structural, genomic, and phylogenerie analysis of Lian, a novel family of non-LTR retrotxansposons in the yellow fevermosquito, Aedes aegypti // MoL Biol. EvoL. 1998. Vol. 15. ~ N. 7. .P.837.853,

231. Van Holde. Chromatin // Springer-Veriag, 1988. - 497 e.

232. Varmus H.E. Reverse transcriptase rides again // Nature. 1985. - Vol. 318. - P. 583-584,

233. Varmus H., Broun P. Retrovirus // Mobil. DN.A / Eds Вещ D.F., Howe M.M. Washington, DC: Am. Soc.MicroWol. 1989. P. 53-108.

234. Verrijzer CP, Tpan et al, TAFs mediate transcriptional activation and promoter selectivity // Trends Biochem.Sci. -- 1996. Vol. 249. - P. 338342.

235. Von Kippel P.II An integrated model of the transection complex in elongation, termination,« and editing // Science, 1998. - Vol. 281, - N. 5377. - P. 660-665,

236. Wilson S., Магушшш L.V., McDonald J.F. An enhancer region within the copia untranslated leader contains binding sites for Drosophila regulatory proteins // Gene. 1998. - Vol. 209. - P. 239-246.

237. Wingender E„ Gene regulation in Eukaryotes //' N: VC.fi Weinheim. 1993, -у, 75-84.

238. WiEgeader E. Recognition of regulatory regions in genomic sequences II J. i;;otechnol. 1994, - Vol. 35. - P. 273-280.

239. Xiong Y., Biehbush T.H. Similarity of reverse iranscriptase-ïike sequences ofviruses, iransposabk elements and mitochondrial mirons // Moi. Biol. EvoL 1988. » Vol. 5. P. 675-690.

240. Yanofsky C. Opemn-speciSc control by trancription attenuation If Trends in Cr-.netics. 1987, « Vol. 3. N. 12, - P. 356-360.

241. Yuid I., Inouye S,, Isbimaryu S. et al. Nucleotide dequence characterizationof Drosophila retfotransposon 412 // Europ. J. Bioclicm. 1986. - Vol. 156. ■ N. 2. - P. 403-410.

242. Zhou IX Chen 5. Characterization of a. silencer element in the human aromatase gene // Arch. Biochem. Biophys. Ï998. - Vol. 353,. - P. 213-220.

243. Zhou Q., Liebemian P.M., Boyer T.G. et al. HoIo-TFîiD supporte transcriptional activation by diverse activators and from a. TATA-kso promoter // Genes Dev. 1992. - P. 19644 974.

244. Ziarcmk P., Bcst-Belpomme M. A. short 5' region of the long terminal repeat is required for regulation by hormone and heat shock of Drosophila retrotransposon 1731 ii NucL Acids Res. 1991. - Vol. 19, - P. 5689-5693.

245. Zuket C. Diviyostelmm transposabie alemenl DIRS1 has 350 base-pair ÏTR that contains a heat shock promoter // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. •• 1984. -Vol. 81. « N. 9. P. 2660-2665.