Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Компьютерный анализ нуклеосомной организации ДНК и промоторов эукариот

ВАК РФ 03.00.15, Генетика

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Левицкий, Виктор Георгиевич

Введение

Цели и задачи исследования.

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Структурно-функциональная организация геномов эукариот.

1.1.1. Особенности организации геномов и генов эукариот

1.1.2. Структурно-функциональная организация 5'-регуляторных районов, контролирующих транскрипцию генов эукариот

1.1.3. Функциональная роль и эволюционные мотивации возникновения интронов

1.1.4. Повторяющиеся последовательности геномов эукариот 3 О

1.2. Структура геномной ДНК.

1.2.1 Общие сведения об организации двойной спирали ДНК

1.2.2. Конформационные и физико-химические контекстно зависимые свойства ДНК

1.3. Нуклеосомная организация хроматина.

1.3.1. Компактизация ДНК в ядре эукариот, уровни упаковки хроматина

1.3.2. Негистоновые белки хроматина HMG-14 и HMG

1.3.3. MAR/SAR-элементы и высокие уровни упаковки хроматина

1.3.4. Влияние компактизации хроматина на репликацию ДНК

1.3.5. Картирование нуклеосомных сайтов в геномных последовательностях

1.3.6. Экспериментальные исследования ультраструктуры нуклеосомы

1.3.7. Модели нуклеосомной упаковки хроматина

1.3.8. Классификация типов неслучайного расположения нуклеосом на ДНК

1.3.9. Интроны и нуклеосомная организация хроматина

1.4. Роль нуклеосомной организации хроматина в регуляции-транскрипции генов.

1.4.1. Нуклеосомная упаковка ДНК в промоторном районе гена

1.4.2. Нуклеосома как регулятор транскрипции. Взаимодействие нуклеосом и транскрипционных факторов

1.4.3. Изменения нуклеосомной организации хроматина в процессе инициации и элонгации транскрипции

1.4.4. Модификации гистонов: изменения в клеточном цикле и при экспрессии генов

1.4.5. Регуляция транскрипции генов с помощью гистона HI

1.5. Компьютерный анализ нуклеосомной организации ДНК.

1.5.1. Особенности нуклеосомного кода укладки хроматина

1.5.2. Метод анализа частот динуклеотидов

1.5.3. Метод консенсусов

1.5.4. Анализ лингвистической сложности ДНК

1.5.5. Анализ периодичности расположения тринуклеотидов VWG

1.5.6. Метод множественного выравнивания и анализ частот динуклеотидов

1.5.7. Метод контурной длины ДНК

1.5.8. Метод конформационных параметров и профилей

1.6. Компьютерные методы распознавания регуляторных геномных последовательностей

1.6.1. Метод весовых матриц

1.6.2. Метод скрытых марковских цепей

1.6.3. Метод дискриминантного анализа

1.6.4. Метод реализаций

1.6.5. Метод конформационных параметров: система B-DNA Video

1.6.6. Методы распознавания промоторов и построения моделей регуляторных районов

1.6.7. Обзор программ распознавания промоторов, доступных по сети Интернет

1.6.8. Статистические характеристики, используемые для сравнения точности разных методов

Введение Диссертация по биологии, на тему "Компьютерный анализ нуклеосомной организации ДНК и промоторов эукариот"

Актуальность темы

Отличительная особенность геномов эукариот - наличие сложно организованного хроматина, обеспечивающего компактизацию и упорядоченную упаковку геномной ДНК. Базовый уровень этой упаковки соответствует нуклеосомной организации геномной ДНК. Регуляция экспрессии генов эукариот тесно связана с изменениями нуклеосомной организации хроматина (Steger and Workman, 1996).

В настоящее время имеется большой набор методов экспериментального исследования нуклеосом. Структура нуклеосомной ДНК исследуется с помощью методов рентгеноструктурного анализа (Luger et al., 1997, Arents and Moudrianakis, 1993), электронной микроскопии, методами химической физики (Mirzabekov et al., 1990; Ebralidse et al, 1993). К настоящему времени выявлены различные особенности нуклеосомной ДНК (Satchwell et al., 1986; Ulyanov and Stormo, 1995; Ioshikhes et al, 1996).

Многочисленные данные, полученные в экспериментальных и компьютерных исследованиях, свидетельствуют о том, что расположение нуклеосом может контролироваться особым контекстным кодом укладки хроматина (Trifonov, 1997). Однако вопрос о природе кода нуклеосомной упаковки ДНК остается открытым. Не решен также вопрос о природе конформационных сигналов, обеспечивающих оптимальную конформацию ДНК, необходимую для формирования нуклеосомы, а также о способах кодирования конформационных сигналов в нуклеотидных последовательностях нуклеосомных сайтов. Исследование этих вопросов является актуальной задачей молекулярной биологии и генетики. Особую важность имеет создание технологий компьютерного анализа нуклеосомных сайтов, направленных на комплексное изучение их структурно-функциональной организации и выявление значимых контекстных и конформационных сигналов, обеспечивающих позиционирование нуклеосом.

Локализация сайтов формирования нуклеосом в геномной ДНК может выявляться с использованием разнообразных экспериментальных подходов (Wu, 1980; Nedospasov and Georgiev, 1980; Nedospasov et al, 1989). Однако эти методы не пригодны для массового анализа нуклеосомной организации геномной ДНК, в особенности - изучения нуклеосомной организации протяженных участков геномной ДНК размером в десятки и сотни тысяч пар оснований. Эта проблема приобрела особую актуальность в последние годы в связи с огромными успехами в массовом секвенировании геномов эукариот (Marshall, 2000; Dunham et al., 1999; Jang et al, 1999). Секвенирование геномов превратилось в рутинную процедуру молекулярной биологии и в настоящее время в рамках множества геномных проектов происходит стремительное накопление информации о нуклеотидных последовательностях геномов эукариот. Вместе с тем, эффективные процедуры компьютерного анализа нуклеосомной организации последовательностей геномов эукариот в настоящее время отсутствуют. В связи с этим важное значение имеет разработка надёжных методов компьютерного распознавания нуклеосомных сайтов в нуклеотидных последовательностях геномной ДНК. Их создание является актуальной задачей информационной генетики.

Показано, что позиционирование нуклеосомы в промоторном районе гена может затруднять формирование многокомпонентного комплекса инициации транскрипции (Adams and Workmann, 1993). С другой стороны, упаковка промоторной ДНК в нуклеосому может приводить к пространственному сближению удалённых сайтов связывания транскрипционных факторов, способствующему формированию транскрипционного комплекса (Wolffe, 1994). Однако в настоящее время имеется лишь ограниченное количество экспериментальных и компьютерных исследований, посвященных изучению особенностей нуклеосомной ДНК промоторов эукариот. В частности, остаются открытыми вопросы о связи нуклеосомной упаковки ДНК промоторов с характером экспрессии генов. Не изучены особенности нуклеосомной упаковки ДНК в других типах функциональных районов геномов эукариот (кодирующих частях генов, интронах, повторяющихся последовательностях и т.д.). Решение этих задач является актуальным для понимания механизмов регуляции функций геномов и экспрессии генов эукариот. Исследование этих вопросов с помощью методов компьютерного анализа является одной из актуальных задач молекулярной биологии и генетики.

В начальный период массового секвенирования геномов эукариот основное внимание исследователей при их компьютерном анализе уделялось изучению кодирующих частей генов. Несколько позднее перед исследователями встала задача компьютерного анализа и распознавания промоторов. В настоящее время, несмотря на наличие большого разнообразия программ распознавания промоторов (Brazma et al., 1998; Fickett and Hatzigeorgiou, 1997), их точность по-прежнему остается невысокой. Создание новых методов компьютерного анализа и распознавания промоторов является актуальной задачей не только потому, что на этой основе возможно создание более надежных методов поиска генов в геномной ДНК эукариот, но также и потому, что оно может внести существенный вклад в изучение структурнофункциональной организации транскрипционных регуляторных районов и понимание сложных процессов регуляции транскрипции.

Цели и задачи исследования

Целью настоящей работы является комплексный компьютерный анализ нуклеосомных сайтов и промоторов генов эукариот, направленный на изучение базовых особенностей их структурно-функциональной организации и создание методов их распознавания. Для достижения этой цели в рамках диссертации решаются следующие задачи.

1. Компьютерный анализ контекстной организации нуклеосомных сайтов. Разработка программы для распознавания нуклеосомных сайтов в последовательностях геномной ДНК на основе значимых особенностей контекста.

Характерная особенность геномов эукариот - упаковка ДНК в хроматин, базовым уровнем организации которого являются нуклеосомы. Показано, что позиционирование нуклеосом на ДНК контролируется специальным кодом (Trifonov, 1997). Несмотря на многочисленные исследования, контекстные особенности этого кода окончательно не установлены. Исследование контекстных особенностей нуклеосомного кода требует разработки новых подходов, учитывающих его вырожденность и распределенность контекстных сигналов этого кода вдоль нуклеосомных сайтов.

2. Исследование конформационных и физико-химических особенностей ДНК нуклеосомных сайтов. Разработка программ для распознавания нуклеосомных сайтов в последовательностях геномной ДНК на основе их значимых конформационных и физико-химических особенностей.

Необходимость решения этой задачи обусловлена тем, что природа ДНК-белковых взаимодействий в нуклеосоме определяется конформационными и физико-химическими свойствами ДНК, которые, в свою очередь, зависят от локального нуклеотидного контекста нуклеосомных сайтов. Зависимость конформационных и физико-химических свойств ДНК от её локального нуклеотидного контекста позволяет исследовать конформационные и физико-химические особенности нуклеосомной ДНК. При этом особую важность представляет выявление конформационных и физико-химических особенностей ДНК, значимых для формирования нуклеосом и установление характера их зависимости от контекста нуклеосомных сайтов и создание на этой основе метода распознавания нуклеосомных сайтов в геномной ДНК.

3. Компьютерный анализ структурно-функциональной организации промоторов генов эукариот. Разработка программ распознавания промоторов.

Промоторы генов эукариот, транскрибируемых РНК-полимеразой П, являются объектом исследования с использованием как экспериментальных, так и компьютерных методов. Однако, несмотря на многочисленные исследования, глубокое понимание особенностей организации промоторов, определяющих их функцию до настоящего времени отсутствует (Pedersen etal., 1999). По-видимому, в связи с этим создание надежных методов распознавания промоторов оказалась одной из самых трудных задач современной биоинформатики. Хотя к настоящему времени предложено несколько подходов к распознаванию промоторов эукариот (Fickett and Hatzigeorgiou, 1997, Pedersen et al, 1999), вопрос о создании эффективных методов распознавания промоторов нельзя считать решённым. В связи с этим в рамках диссертации нами проведено комплексное исследование промоторов генов эукариот, направленное на изучение их блочно-контекстной организации и создание на этой основе метода распознавания промоторов.

4. Исследование нуклеосомной организации промоторов генов эукариот.

Имеющиеся экспериментальные данные показывают, что нуклеосомная организация промоторов оказывает существенное влияние на транскрипцию генов эукариот (Hahn, 1998; Paranjape et al, 1994). Компьютерное исследование нуклеосомной организации промоторов может дать ценные знания о роли нуклеосомной организации хроматина в механизмах регуляции экспрессии генов. В связи с этим в настоящей работе проведено систематическое исследование особенностей нуклеосомной организации промоторов генов, транскрибируемых РНК-полимразой П, имеющих различную специфичность транскрипции (генов "домашнего хозяйства", генов, экспрессирующихся в широком круге тканей, тканеспецифичных генов).

5. Изучение особенностей нуклеосомной организации генов, связанных с их экзон-интронной структурой.

Экзон-интронная организация генов и нуклеосомная упаковка ДНК - характерная особенность геномов эукариот. Несмотря на важность вопроса об их взаимосвязи, систематического исследования этого вопроса до настоящего времени не проводилось. Компьютерное исследование этого вопроса являлось одной из задач настоящей работы. Еще одна характерная особенность геномов эукариот - наличие повторяющихся последовательностей различных типов, функциональная роль которых в большинстве случаев остается неизвестной. В связи с этим нами проведено компьютерное исследование различных типов повторов в геномах эукариот для оценки их нуклеосомного потенциала, то есть способности к формированию нуклеосом.

6. Создание баз знаний по структурно-функциональной организации нуклеосомных сайтов.

В результате компьютерного анализа нуклеосомных сайтов, проведенного в рамках диссертации, было накоплено большое количество значимой информации и созданы программы их распознавания. Для хранения полученных результатов, их накопления, визуализации и обеспечения эффективного Интернет-доступа к ней нами в рамках новых информационных технологий осуществлялась разработка базы знаний по структурно-функциональной организации нуклеосомной ДНК, содержащей: (1) нуклеотидные последовательности нуклеосомных сайтов; (2) описание выявленных значимых контекстных и конформационных свойств ДНК; (3) интерактивные программы распознавания нуклеосомных сайтов в произвольных последовательностях ДНК; (4) знания о нуклеосомной ДНК, полученные на основе применения этих программ.

Научная новизна и практическая ценность

Предложен новый, не имеющий аналогов метод распознавания нуклеосомных сайтов, основанный на использовании дискриминантного анализа и учёте частот динуклеотидов в локальных участках этих сайтов. Этот метод опирается на выявление блочной структуры нуклеосомного сайта при разбиении его на локальные участки со специфическим динуклеотидным контекстом.

С использованием этого метода впервые получены систематические оценки потенциала формирования нуклеосомы для промоторов генов эукариот. Показано, что промоторы тканеспецифичных генов обладают более высоким потенциалом формирования нуклеосомы по сравнению с промоторами генов, экспрессирующихся в широком круге тканей и генов "домашнего хозяйства".

Исследован потенциал формирования нуклеосомы для экзонов, интронов, сайтов сплайсинга, повторяющихся последовательностей.

Выявлены существенные отличия потенциала формирования нуклеосомы для районов генов, соответствующих донорным и акцепторным сайтам сплайсинга.

На базе разбиения нуклеосомного сайта на локальные участки впервые проведено систематическое исследование конформационных и физико-химических свойств ДНК в локальных участках нуклеосомных сайтов со специфическим динуклеотидным контекстом. Выявлены конформационные и физико-химические свойства ДНК наиболее значимые для отдельных локальных участков нуклеосомной ДНК.

На базе дискриминантного анализа разработан оригинальный алгоритм распознавания промоторов эукариот, основанный на учёте частот динуклеотидов в пределах локальных неперекрывающихся участков промотора. Распознавание промоторов основано на учете модульной структуры промоторных районов. Разработанный подход применён для распознавания ТАТА-содержащих и ТАТА-несодержащих промоторов DrosophiJa melanogaster. Показано, что разработанная программа распознавания промоторов способна правильно предсказывать положение ТАТА-несодержащих промоторов, для которых характерны слабые и неточно локализованные контекстные сигналы. С помощью разбиения промоторной ДНК на локальные участки сайтов со специфическим динуклеотидным контекстом проведено исследование конформационных и физико-химических свойств ДНК в локальных участках ТАТА-содержащих промоторов. Выявлены конформационные и физико-химические свойства ДНК, наиболее важные для района ТАТА-бокса и его флангов.

Впервые создана база знаний для накопления информации о значимых результатах компьютерного анализа нуклеосомных сайтов. Для представления полученных результатов ДНК разработан формат интегрированной базы знаний, содержащей сведения о последовательностях ДНК различных типов функционально значимых районов геномов, их контекстной и структурной организации, а также программы распознавания нуклеосомных сайтов и промоторов в последовательностях геномной ДНК. База знаний - это справочно-информационная система для всех исследователей, изучающих нуклеосомную организацию хроматина, кроме того, она может быть полезной в целях обучения.

Практическая значимость полученных оригинальных результатов заключается в том, что они могут ускорить процесс аннотации вновь секвенируемых геномных последовательностей. Возможность поиска компьютерными методами сайтов посадки нуклеосом и промоторов очень важна для выяснения молекулярных механизмов функционирования геномных последовательностей, изучения их структуры и эволюции.

Публикации

По итогам диссертационной работы опубликовано 15 работ, включая четыре статьи в рецензируемых журналах. Результаты работы представлены на четырёх российских и пяти международных конференциях: Третий сибирский конгресс по индустриальной и прикладной математике (ИНПРИМ-98, г. Новосибирск, июнь 1998 г.); Первая международная конференция по биоинформатике, структуре и регуляции генома (г. Новосибирск, август 1998 г.); Школа молодых учёных по молекулярной биологии и биомедицине (апрель 1999 г., г. Черноголовка Московской обл.); Конференция по актуальным проблемам современной

11 биологии (г. Новосибирск, август 1999 г.); Школа молодых учёных по биоинформатике (г. Магдебург, Германия, сентябрь 1999 г.); Международный симпозиум по инактивации X хромосомы млекопитающих (г. Новосибирск, сентябрь 1999 г.); П съезд Всероссийского Общества Генетиков и Селекционеров (г. Санкт-Петербург, февраль 2000 г.); Вторая международная конференция по биоинформатике, структуре и регуляции генома (г. Новосибирск, август 2000 г.); Конференция молодых учёных, посвященная 100-летию со дня рождения академика М. А. Лаврентьева (декабрь 2000 г., Новосибирск).

Структура работы

Диссертационная работа состоит из введения, обзора литературы (первая глава), трёх глав, содержащих основные результаты, выводов, списка цитированной литературы (376 ссылок). Работа изложена на 237 страницах, содержит 72 рисунка и 38 таблиц. Нумерация рисунков, таблиц и формул производится отдельно для каждой главы.

Заключение Диссертация по теме "Генетика", Левицкий, Виктор Георгиевич

выводы по диссертационной работе

Предложен метод разбиения сайтов формирования нуклеосом на локальные участки с гомогенным ринуклеощдным контекстом. На основе этого метода разработана программа вычисления (уклеосомного потенциала нуклеотидной последовательности - количественной характеристики июсобност ДНК к формированию нуклеосом Показано, что эта программа обеспечивает давильную классификацию нуклеогидных последовательностей, обладающих повышенным и юниженным сродством к гистоновому октамеру.

Хоказано выраженное возрастание нуклеосомного потенциала по направлению от экзонов к [тронам в донорных сайгах сплайсинга и выраженное падение по направлению ог интронов к кзонам в акцепторных сайгах сплайсинга.

Ьказано, что нуклеосомный потенциал промоторных районов генов "домашнего хозяйства" и генов, кспрессирующихся во многих тканях существенно ниже, чем промспорных районов канеспецифичных генов.

Ставлены следующие наиболее значимые контекстно-зависимые информационные и физико-имические свойства ДНК для локальных участков сайтов формирования нуклеосом: "вероятность онтасга малой бороздки ДНК с нуклеосомным кором" и "угол раскрытия пары оснований вдоль её орогкой оси для ДНК-белковых комплексов".

1редгожен новый метод распознавания промоторов РНК-подимеразы П, основанный на разбиении ромоторов на локальные участки и учёте распределения динуклесгтидных частот в пределах этих часгков. Разработаны программы распознавания ТАТА-содержащих и ТАТА-несодержащих ромоторов Drasophila melanogasler. t ТАТА-содержащих промоторах при переходе ог ТАТА-боксов к их G/C-ботшым флангам оказано резкое изменение величин конформационных и физико-химических свойств ДНК, таких как ширина малой бороздки", "гибкость в сторону малой бороздки", "гибкость в сторону большой ороздки".

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Левицкий, Виктор Георгиевич, Новосибирск

1. Adams С.С., Workman J.L. Nucleosome displacement in transcription. Cell, 1993, 72,05.308.

2. Adroer R., Oliva R. Nucleosome positioning in the rat protamine 1 gene in vivo and in itro. Biochim. Biophys. Acta, 1998, 1442, 252-260.

3. Alberts В., Bray D., Lewis J., RafFM., Roberts K., Watson J.D. Molecular biology of the ell (Third edition) Garland Publishing, Inc. New York, London, 1994.

4. Allan J., Mitchell Т., Harborne N., Bohm L., Crane-Robinson C. Roles of HI domains in etermining higher order chromatin structure and HI location. J. Mol. Biol., 1986, 187(4), 91-601.

5. Anderberg, M. R. Cluster Analysis for Applications, Academic Press, New York, 1973.

6. Anderson J.D., Widom J. Sequence and position-dependence of the equilibrium ccessibility of nucleosomal DNA target sites. J. Mol. Biol., 2000, 296(4), 979-987.

7. Antequera F., Bird A. Number of CpG islands and genes in human and mouse. Proc. rati. Acad Sci. USA, 1993, 90(24), 11995-11999.

8. Arai Y., Sugama Т., Hashido K., Ohishi S., Mukai T. The first exon of the rat aldolase С ene is essential for restoring the chromatin structure in transgenic mice. J. Biochem. Tokyo), 1997,122(5), 927-938.

9. Arkhipova I.R. Promoter elements in Drosophila melanogaster revealed by sequence nalysis. Genetics, 1995, 139, 1359-1369.

10. Arents G., Burlingame R.W., Wang B.C., Love W.E., Moudrianakis E.N. The ucleosomal core histone octamer at 3.1 A resolution: a tripartite protein assembly and a left-anded superhelix. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1991, 88, 10148-10152.

11. Arents G., Moudrianakis E.N. Topography of the histone octamer surface: repeating xuctural motifs utilized in the docking of nucleosomal DNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 993, 90, 10489-10493.

12. Arnone M.I., Davidson E.H. The hardwiring of development: organization and function f genomic regulatory systems. Development, 1997, 124(10), 1851-1864.

13. Audic S., Claverie J.M. Detection of eukaryotic promoters using Markov transition tatrices. Comput. Chem., 1997, 21, 223-227.

14. Babenko V.N., Kosarev P.S., Vishnevsky O.V., Levitsky V.G., Basin V.V., Frolov A.S. lvestigating extended regulatory regions of genomic DNA sequences. Bioinformatics, 1999, 5, 644-653.

15. Bailey K.A., Reeve J.N. DNA repeats and archaeal nucleosome positioning. Res. iicrobiol., 1999, 50(9-10), 701-709.

16. Baker R.T., Board P.G. The human ubiquitin gene family: structure of a gene and seudogenes from the Ub В subfamily Nucleic Acids Res., 1987, 15, 443-463.

17. Baldi P., Brunak S., Chauvin Y., Engelbrecht J., Krogh A. Periodic sequence patterns in uman exons. Ismb., 1995, 3, 30-38.

18. Baldi P., Brunak S, Chauvin Y., Krogh A. Naturally occurring nucleosome positioning ignals in human exons and introns. J. Mol. Biol., 1996, 263(4), 503-510.

19. Bavykin S.G., Usachenko S.I. Zalensky A.O. Mizarbekov A.D. Structure of nucleosomes ad organization of intemucleosomal DNA in chromatin. J. Mol. Biol, 1990, 212, 495-511.

20. Bazett-Jones D.P., Mendez E., Czarnota G.J., Ottensmeyer F.P., Allfrey V.G. risualization and analysis of unfolded nucleosomes associated with transcribing chromatin. rucleic Acids Res., 1996, 24, 321-329.

21. Beato M., Eisfeld K. Transcription factor access to chromatin. Nucleic Acids Res., 1997, 5, 3559-3563.

22. Belikov S., Karpov V. Localization of histone HI binding sites within the nucleosome by Y-induced HI-DNA crosslinking in vivo J. Biomol Struct. Dyn., 1998,16, 35-39.

23. Berget S.M. Exon recognition in vertebrate splicing. J. Biol Chem., 1995, 270, 2411-♦14.

24. Bishop M.J. Guide to human genome computing. Academic Press. London 1998.

25. Blomquist P., Li Q., Wrange O. The affinity of nuclear factor 1 for its DNA site is irastically reduced by nucleosome organization irrespective of its rotational or translational losition. J. Biol. Chem., 1996, 271, 153-159.

26. Bolshoy A., McNamara P., Harrington R.E., Trifonov E.N. Curved DNA without A-A: xperimental estimation of all 16 DNA wedge angles. Proc. Nath. Acad. Sci. USA, 1991, 88, 312-2316.

27. Bolshoy A., Shapiro K., Trifonov E.N., Ioshikhes I. Enhancement of the nucleosomal attern in sequences of lower complexity. Nucleic Acids Res., 1997, 25, 3248-3254.

28. Bork P., Dandekar Т., Diaz-Lazcoz Y., Eisenhaber F., Huynen M., Yuan Y. Predicting unction: from genes to genomes and back. J. Mol. Biol, 1998, 283, 707-725.

29. Bradbury E.M. Reversible histone modifications and the chromosome cell cycle. Uoessays, 1992,14, 9-16.

30. Brazma A., Jonassen I., Eidhammer I., Gilbert D.Approaches to the automatic discovery f patterns in biosequences. J. Comput. Biol, 1998, 5(2), 279-305.

31. Breitbart R.E., Andreadis A., Nadal-Ginard B. Alternative splicing: a ubiquitous lechanism for the generation of multiple protein isoforms from single genes. Annu. Rev. 'iochem., 1987, 56, 467-495.

32. Brown S.A., Kingston R.E. Disruption of downstream chromatin directed by anscriptional activator. Genes. Dev., 1997, 11, 3116-3121.

33. Broyles S.S., Pettijohn D.E. Interaction of the Escherichia coli HU protein with DNA. Evidence for formation of nucleosome-like structures with altered DNA helical pitch. J. Mol. Ш, 1986, 187,47-60.

34. Brukner I., Jurukovski V., Savic A. Sequence-dependent structural variations of DNA ivealed by DNase I. Nucleic Acids Res., 1990, 18, 891-894.

35. Brukner I., Jurukovski V., Konstantinovic M., Savic A. Curved DNA without AA/TT inucleotide step. Nucleic Acids Res., 1991, 19, 3549-3551.

36. Buttinelli M., Di Maura E., Negri R. Multiple nucleosome positioning with unique National setting for the Saccharomyces cerevisiae 5S rRNA gene in vitro and in vivo. Proc. Гай Acad Sci. USA, 1993, 90, 9315-9319.

37. Cacchione S., Cerone M.A., Savino M. In vitro low propensity to form nucleosomes of зиг telomeric sequences. FEBSLett., 1997,400(1), 37-41.

38. Cairns B.R., Lorch Y., Li Y., Zhang M., Lacomis L., Erdjument-Bromage H., Tempst P., >u J., Laurent В., Kornberg R.D. RSC, an essential, abundant chromatin-remodeling omplex. Cell, 1996, 87, 1249-1260.

39. Calladine C.R., Drew H.R. Principles of sequence-dependent flexure of DNA. J. Mol iol., 1986,192, 907-918.

40. Calladine C.R., Drew H.R., McCall M.J. The intrinsic DNA curvative in solution. J. Mol. Ш, 1988, 201, 127-137.ao H., Widlund H.R., Simonsson Т., Kubista M. TGGA repeats impair nucleosome ormation. J. Mol Biol, 1998, 281(2), 253-260.

41. Cavalier-Smith T. Intron phytogeny: a new hypothesis. Trends Genet, 1991, 7, 145-148.

42. Carstens R.P., Wagner E.J., Garcia-Blanco M.A. An intronic splicing silencer causes kipping of the Illb exon of fibroblast growth factor receptor 2 through involvement of lolypyrimidine tract binding protein. Mol Cell Biol, 2000 20(19), 7388-7400.

43. Chang L.Y., Slightom J.L. Isolation and nucleotide sequence analysis of the beta-type ilobin pseudogene from human, gorilla and chimpanzee J. Mol Biol, 1984,180, 767-784.

44. Chen H., Li В., Workman J.L. A histone-binding protein, nucleoplasmin, stimulates ranscription factor binding to nucleosomes and factor-induced nucleosome disassembly. 7MBOJ., 1994, 13, 380-390.

45. Chen Q.K., Hertz G.Z., Stormo G.D. MATRIX SEARCH 1.0: a computer program that cans DNA sequences for transcriptional elements using a database of weight matrices. lomput. Appl. Biosci., 1995,11(5), 563-566.

46. Chen Q.K., Hertz G.Z., Stormo G.D. PromFD 1.0: a computer program that predicts ukaryotic pol II promoters using strings and IMD matrices. Comput. Appl Biosci., 1997, 3(1), 29-35.

47. Chirinos M., Hernandez F., Palacian E. Repressive effect on oligonucleosome ranscription of the core histone tail domains. Biochemistry, 1998, 37, 7251-7259.

48. Claverie J.M., Poirot O., Lopez F. The difficulty of identifying genes in anonymous ertebrate sequences. Comput. Chem., 1997,21, 203-214.

49. Claverie J.M. Computational methods for the identification of genes in vertebrate enomic sequences. Hum. Mol. Genet., 1997, 6, 1735-1744.

50. Coleman R.A., Pugh B.F. Evidence for functional binding and stable sliding of the TATA inding protein on nonspecific DNA. J. Biol Chem., 1995, 270(23), 13850-13859.

51. Cote J., Quinn J., Workman J.L., Peterson C.L. Stimulation of GAL4 derivative binding ) nucleosomal DNA by the yeast SWI/SNF complex. Science, 1994, 265, 53-60.

52. Covault J., Chalkley R. The identification of distinct populations of acetylated histone. J. Ш Chem., 1980, 255, 9110-9116.

53. Crick F.H., Klug A. Kinky helix. Nature, 1975, 255, 530-533.

54. Csordas A. A proposal for a possible role of nucleosome positioning in the evolutionary djustment of introns. Int. J. Biochem., 1989, 21, 455-461.

55. Davey С., Pennings S., Meersseman G., Wess T.J., Allan J. Periodicity of strong lucleosome positioning sites around the chicken adult beta-globin gene may encode regularly paced chromatin. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1995, 92, 11210-11214

56. Decker C.J., Parker R. Mechanisms of mRNA degradation in eukaryotes. Trends iiochem. Sci., 1994,19(8), 336-340.

57. Denisov D.A., Shpigelman E.S., Trifonov E.N. Protective nucleosome centering at splice ites as suggested by sequence-directed mapping of the nucleosomes. Gene, 1997, 205,14549.

58. Deutsch M., Long M. Intron-exon structures of eukaryotic model organisms. Nuclec cids Res, 1999, 27(15), 3219-3228.

59. Dickerson, R.E., Drew, H. Structure of a B-DNA dodecamer. II. Infuence of base equence on helix structure. J. Mol. Biol., 1981,149, 761-786.

60. Diehl H.J., Schaich M., Budzinski R.M., StofFel W. Individual exons encode the integral lembrane domains of human myelin proteolipid protein. Proc. Natl. Acad. Set, USA 1986, 3,9807-9811.

61. Ding H.F., Rimsky S., Batson S.C., Bustin M., Hansen U. Stimulation of RNA olymerase II elongation by chromosomal protein HMG-14. Science, 1994, 265(5173), 79699.

62. Ding H.F., Bustin M., Hansen U. Alleviation of histone HI-mediated transcriptional jpression and chromatin compaction by the acidic activation region in chromosomal protein \MG-U.Mol. Cell. Biol, 1997, 17(10), 5843-5855.

63. Doolittle W.F. Genes in pieces: were they ever together? Nature, 1978, 272, 581-582.

64. Dorsett D. Distant liaisons: long-range enhancer-promoter interactions in Drosophila. yurr. Opin. Genet. Dev., 1999, 9, 505-514.

65. Drew H.R., Travers A. A. DNA bending and its relation to nucleosome positioning. J. iol. Biol., 1985,186, 773-790.

66. Drew H.R., Calladine C.R. Sequence-specific positioning of core histones on an 860 >ase-pair DNA. Experiment and theory. J. Mol Biol., 1987,195, 143-173.

67. Drouin G., Dover G.A. A plant processed pseudogenes. Nature, 1987, 328, 557-558.

68. Durbin R., Eddy S.R., Krogh A., Mitchson G. Biological sequence analysis. 1998, Cambridge University Press, UK.

69. Dynan W.S. Modularity in promoters and enhancers. Cell, 1989, 58(1), 1-4.

70. Dynlacht B.D., Hoey Т., Tjian R. Isolation of coactivators associated with the TATA-linding protein that mediate transcriptional activation. Cell, 1991, 66, 563-576.

71. Eamshaw W.C. Mitotic chromosome structure. Bioessays, 1988, 9(5), 147-150.

72. Eaton W.A. The relationship between coding sequences and function in haemoglobin. Mature, 1980, 284, 183-185.

73. Ebralidse K.K., Hebbes T.R., Clayton A.L., Thorne A.W., Crane-Robinson C. facleosomal structure at hyperacetylated loci probed in nuclei by DNA-histone crosslinking. hcleic Acids Res., 1993, 21,4734-4738.

74. Efron, В., Gong G. A leisurely look at the bootstrap, the jackknife, and cross-validation. merican Statistician, 1983,37,36-48.

75. Efron В., Tibshirani R. Statistical analysis in the computer age. Science, 1991, 253, 39095.

76. Englander E.W., Howard B.H. Nucleosome positioning by human Alu elements in hromatin. J. Biol Chem., 1995, 270(17), 10091-10096.

77. Fabry S., Muller K., Lindauer A., Park P.B., Cornelius Т., Schmitt R. The organization tructure and regulatory elements of Chlamydomonas histone genes reveal features linking lant and animal genes. Curr. Genet., 1995, 28, 333-345.

78. Fatyol K., Illes K., Szalay An alternative intronic promoter of the Bombyx A3 ytoplazmatic actin gene exhibits a high level of transcriptional activity in mammalian cells. fol. Gen. Genet., 1999, 261, 337-345.

79. Fedorov A., Suboch G., Bujakov M., Fedorova L. Analysis of nonuniformity in intron hase distribution. Nucleic Acids Res., 1992, 20, 2553-2557.

80. Fickett J.W. Recognition of protein coding regions in DNA sequences. Nucleic Acids les., 1982, 10, 5303-5318.

81. Fickett J.W. Assessment of protein coding measures. Nucleic Acids Res., 1992, 20, 6441->450.

82. Fickett J.W., Hatzigeorgiou A.G. Eukaryotic promoter recognition. Genome Res., 1997, r, 861-878.

83. Fitzgerald D.J., Dryden G.L., Bronson E.C., Williams J.S., Anderson J.N. Conserved latterns of bending in satellite and nucleosome positioning DNA. J. Biol Chem., 1994, 269, :1303-21314.

84. Fitzgerald D.J., Anderson J.N. Unique translational positioning of nucleosomes on ynthetic DNAs. Nucleic Acids Res., 1998, 26, 2526-2235.

85. Fragoso G., John S., Roberts M.S., Hager G.L. Nucleosome positioning on the MMTV ,TR results from the frequency-biased occupancy of multiple frames. Genes. Dev., 1995, 9, 933-1947.

86. Freeh K., Danescu-Mayer J., Werner T. A novel method to develop highly specific lodels for regulatory units detects a new LTR in GenBank which contains a functional romoter. J. Mol Biol, 1997, 270(5), 674-687.

87. Frugoli JA, McPeek MA, Thomas TL, McClung CR: Intron loss and gain during volution of the catalase gene family in angiosperms. Genetics., 1998, 149, 355-365.

88. Gabrielian A., Simoncsits A., Pongor S. Distribution of bending propensity in DNA щиппсы. FEBS Lett., 1996,393(1), 124-130.

89. Gale J.M., Nissen K.A., Smerdon M.J. UV-induced formation of pyrimidine dimers in ucleosome core DNA is strongly modulated with a period of 10.3 bases. Proc. Natl Acad, ci. USA, 1987, 84, 6644-6448.

90. Gartenberg M.R., Crothers D.M. DNA sequence determinants of CAP-induced bending md protein binding affinity. Nature, 1988, 333, 824-829.

91. Gasser S.M., Laemmli U.K. Cohabitation of scaffold binding regions with ipstream/enhancer elements of three developmentally regulated genes of D. melanogaster. ;<?//, 1986, 46, 521-530.

92. Gelfand M.S., Dubchak I., Dralyuk I., Zorn M. ASDB database of alternatively spliced jenes. Nucleic Acids Res., 1998, 27, 301-302.

93. Gilbert W. Why genes in pieces? Nature, 1978, 271, 501.

94. Gilbert W., Marchionni M., McKnight G. On the antiquity of introns. Cell, 1986, 46, 15154.

95. Gilbert W., de Souza S.J., Long M. Origin of genes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1997, 94, '698-7703.

96. Girard F., Bello В., Laemmli U.K., Gehring W.J. In vivo analysis of scaffold-associated egions in Drosophila: a synthetic high-affinity SAR binding protein suppresses position ffect variegation. EMBOJ., 1998,17(7), 2079-2085.

97. Giroux M.J., Clancy M., Baier J., Ingham L., McCarty D., Hannah L.C. De novo ynthesis of an intron by the maize transposable element dissociation. Proc. Natl. Acad. Sci. JSA, 1994, 91, 12150-12154.

98. Glazko G.V., Rogozin I.B., Glazkov M.V. Computer prediction of DNa binding sites lvolved in interaction with different nuclear matrix elements. Mol. Biol. (Mosk), 2000, 4(1), 5-10.

99. Go M. Correlation of DNA exonic regions with protein structural units in haemoglobin. latere, 1981, 291, 90-92.

100. Go M. Modular structural units, exons, and function in chicken lysozyme. Proc. Natl, cad. Sci. USA, 1983, 80(7), 1964-1968.

101. Goodsell D.S., Dickerson R.E. Bending and curvature calculations in B-DNA. Nucleic cids Res., 7994 22, 5497-5503.

102. Gorin A.A., Zhurkin V.B., Olson W.K., B-DNA twisting correlates with base-pair lorphology. J. Mol. Biol., 1995, 247, 34-48.

103. Gotoh О., Tagashira Y. Stabilities of nearest-neighbor doublets in double-helical DNA ietermined by fitting calculated melting profiles to observed profiles. Biopolymers, 1981, 20, 1033-1042.

104. Gurley L.R., Walters R.A., Tobey R.A. Sequential phsophorylation of histone ubfractions in the Chinese hamster cell cycle J. Biol Chem., 1975, 250, 3936-3944.

105. Hahn S. Activation and the role of reinitiation in the control of transcription by RNA >olymerase II. Cold Spring Harb. Syrnp. Quant. Biol, 1998, 63, 181-188.

106. Hart C.M., Laemmli U.K. Facilitation of chromatin dynamics by SARs. Curr. Opin. jenet. Dev., 1998, 8, 519-525.

107. Hayes J.J., Wolffe A.P. Chromatin structure and transcription in Nucleic acid and Molecular Biology, 1995. 9,22-41. Springer-Verlag, Berlin Heiderberg.

108. Heidenreich R., Kappel A., Breier G. Tumor endothelium-specific transgene expression irected by vascular endothelial growth factor receptor-2 (Flk-1) promoter/enhancer equences Cancer Res., 2000, 60(21), 6142-6147.

109. Heinemeyer Т., Wingender E., Reuter I., Hermjakob H., Kel A.E., Kel O.V., Ignatieva IN., Ananko E.A., Podkolodnaya OA., Kolpakov F.A., Podkolodny N.L., Kolchanov N. A lucleic Acids Res., 1998, 26(1), 362-367.

110. Heslop-Harrison J.S. Comparative genome organization in plants, from sequence and larker to chromatin and chromosomes. The Plant Cell, 2000, 12, 617-635.

111. Henikoff S., Eghtedarzadeh M.K. Conserved arrangement of nested genes at the >rosophila Gart locus Genetics 1987, 117, 711-725.

112. Hernandez N. TBP, a universal eukaryotic transcription factor? Genes. Dev., 1993, 7B, 291-1308.

113. HerreraR.E., Nordheim A., Stewart A.F. Chromatin structure analysis of the human c-fos romoter reveals a centrally positioned nucleosome. Chromosoma, 1997,106, 284-292.

114. Hogan M.E., Austin R.H. Importance of DNA stiffness in protein-DNA binding pecificity. Nature, 1987, 329, 263-266.

115. Horikoshi M., Bertuccioli C., Takada R., Wang J., Yamamoto Т., Roeder R.G. ranscription factor TFIID induces DNA bending upon binding to the TATA element. Proc. Ш Acad Sci. USA, 1992, 89(3), 1060-1064.

116. Hurst L.D. The uncertain origin of introns. Nature, 1994, 371,381-382.

117. Jackson J.R., Benyajati C. DNA-histone interaction are suffucient to position a single ucleosome juxtaposing Drosophila Adh adult enhancer and distal promoter. Nuclec Acids. \es,. 1993, 21, 957-967.

118. Jang W., Chen H.C., Sicotte H., Schuler G.D. Making effective use of human genomic squence data. Trends Genet., 1999,15(7), 284-286.

119. Javahery R., Khachi A., Lo K., Zenzie-Gregory В., Smale S T. DNA sequence jquirements for transcriptional initiator activity in mammalian cells. Mol Cell Biol, 1994 4(1), 116-127.

120. Jenuwein Т., Forrester W.C., Fernandez-Herrero L.A., Laible G., Dull M., Grosschedl R. Extension of chromatin accessibility by nuclear matrix attachment regions. Nature, 1997,1. SS, 269-272.

121. Jeppesen P., Turner B.M. The inactive X chromosome in female mammals is listinguished by a lack of histone H4 acetylation, a cytogenetic marker for gene expression. Ж 1993, 74, 281-289.

122. Juan L.J., Utley R.T., Adams C.C., Vettese-Dadey M., Workman J.L. Differential epression of transcription factor binding by histone HI is regulated by the core histone mino termini. EMBOJ., 1994 13, 6031-6040.

123. Karas H., Knuppel R., Schulz W., Sklenar H. and Wingender E. Combining structural nalysis of DNA with search routines for the detection of transcription regulatory elements. ■omput. Applic. Biosci., 1996,12, 441-446.

124. Karlin S., Ladunga I. Comparisons of eukaryotic genomic sequences. Proc. Natl. Acad, ci. USA, 1994 91, 12832-12836.

125. Karlin S., Ladunga I., Blaisdell B.E. Heterogeneity of genomes: measunes and values. roc. Natl. Acad. Sci. USA, 1994 91, 12837-128341.

126. Kaufman P.D. Nucleosome assembly: the CAF and the HAT. Curr. Opin. Cell. Biol. 996, 8, 369-373.

127. Kawarabayasi Y., Sawada M., Horikawa H., Haikawa Y., Hino Y., Yamamoto S., Sekine ., Baba S., Kosugi H., Hosoyama A., Nagai Y., Sakai M., Ogura K., Otsuka R., Nakazawa

128. Kefalas P., Gray F.C., Allan J. Precise nucleosome positioning in the promoter of the licken beta A globin gene. Nucleic Acids Res., 1988, 16, 501-517.

129. Kel O.V., Romaschenko A.G., Kel A.E., Wingender E., Kolchanov N.A. A compilation ' composite regulatory elements affecting gene transcription in vertebrates. Nucleic Acids ?s., 1995, 333, 152-162.

130. Keplinger B.L., Guo X., Quine J., Feng Y., Cavener D.R. Complex Organization of remoter and Enhancer Elements Regulate the Tissue- and Developmental Stage-Specific Expression of the Drosophila melanogaster Gld Gene. Genetics, 2001,157(2), 699-716.

131. Khachatrian A.T., Pospelov V.A., Svetlikova S.B., Vorob'ev V.I. Nucleodisome a new jpeat unit of chromatin revealed in nuclei of pigeon erythrocytes by DNase I digestion. fflSLett, 1981, 128(1), 90-92.

132. Kingston R.E., Bunker C.A., Imbalzano A.N. Repression and activation by multiprotein omplexes that alter chromatin structure. Genes. Dev., 1996,10(8), 905-920.

133. Klenk, H.P., et al, 1997. The complete genome sequence of the hyperthermophilic ilphate-reducing archaeon Archaeoglobus fulgidus. Nature, 390, 364-370.

134. Kleinschmidt A.M., Martinson H.G. Structure of nucleosome core particles containing H2A (A24). Nucleic Acids Res., 1981 9, 2423-2431.

135. Kolchanov N. A., Lim H. A. Computer Analysis of Genetic Macromolecules: Structure, unction and Evolution, 1994, Singarope, New Jersey, London, Hong Kong, World Scientific ub. со.

136. Kolchanov N.A., Ponomarenko MP., Ponomarenko J.V., Podkolodnyi N.L., Frolov A.S. unctional sites of pro- and eukaryotic genomes: computer modeling and predicting activity. fol Biol (Mosk), 1998a, 32, 255-267.

137. Kondrakhin Y.V, Kel A.E., Kolchanov N. A., Romaschenko A.G., Milanesi L. Eukaryotic omoter recognition by binding sites for transcription factors. Comput. Appl. Biosci, 1995, I, 477-488.

138. Kolpakov F.A., Kel A.E., Ponomarenko MP., Kolchanov N.A. High heterogeneity of ligher eukaryotic gene promoters, transcribed by RNA polymerase II. Dokl. Akad. Nauk, 1997, 357(5), 693-695.

139. Koob M.D., Nemes J.P., Benzow K.A. The SCA8 transcript is an antisense RNA to a >rain-specific transcript encoding a novel actin-binding protein (KLHL1). Hum. Mol. Genet., >000, 9, 1543-1551.

140. Kornberg R.D., Lorch Y. Chromatin-modifying and -remodeling complexes. Curr. Opin. jenet. Dev., 1999a, 9(2), 148-151.

141. Kornberg R.D., Lorch Y. Twenty-five years of the nucleosome, fundamental particle of he eukaryote chromosome. Cell, 19996, 98(3), 285-294.

142. Kotsch K., Blasczyk R. The noncoding regions of HLA-DRB uncover interlineage ecombinations as a mechanism of HLA diversification. J. Immunol., 2000, 165(10), 5664->670.

143. Kozak M. Interpreting cDNA sequences: some insights from studies on translation. 4amm. Genome, 1996, 7, 563-574.

144. Knudsen S. Promoter2.0: for the recognition of PolII promoter sequences. Bioinformatics, 999,15, 356-361.

145. Kramer J.A., Singh G.B., Krawetz S.A. Computer assisted search for sites of nuclear aatrix attachment. Genomics, 1997, 33, 302-308.

146. Kumor A., Bennetzen J.L. Plant retrotransposons. Annu. Rev. Genet. 1999, 33, 479-532.

147. Kunst, F., et al., 1997. The complete genome sequence of the gram-positive bacterium lacillus subtilis. Nature, 390, 249-256.

148. В., Adams C.C., Workman J.L. Nucleosome binding by the constitutive transcription ictor Spl. J. Biol. Chem., 1994 269, 7756-7763.

149. G., Chandler S.P., Wolffe A.P, Hall T.C. Architectural specificity in chromatin tructure at the TATA box in vivo: nucleosome displacement upon beta-phaseolin gene ctivation. Genes Dev., 1998,12, 5-10.

150. Magin T.M., McEwan C., Milne M., Pow A.M., Selfridge J., Melton D.W. A position-nd orientation-dependent element in the first intron is required for expression of the mouse prt gene in embryonic stem cells. Gene, 1992,122(2), 289-296

151. Mahalanobis P.C. On the generalised distance in statistics. Proc. Natl. Inst. Sci. India, 936,12, 49-55.

152. Mallee J.J., Atta M.G., Lorica V., Rim J.S., Kwon H.M., Lucente A.D., Wang Y., Berry r.T. The structural organization of the human Na+/myo-inositol cotransporter (SLC5A3) ene and characterization of the promoter. Genomics, 1997, 46, 459-465.

153. Marshall E. Human genome. Rival genome sequencers celebrate a milestone together. cience, 2000, 288, 2294-2295.

154. Marsolier M.C., Tanaka S., Livingstone-Zatchej M., Grunstein M., Thoma F., Sentenac A reciprocal interferences between nucleosomal organization and transcriptional activity of the east SNR6 gene. Genes. Dev., 1995, 9,410-422.

155. Matis S., Xu Y., Shah M., Guan X., Einstein J.R., Mural R., Uberbacher E. Detection of .NA polymerase II promoters and polyadenylation sites in human DNA sequence. Comput. Ъет., 1996, 20(1), 135-140.

156. Matthews H.R., Waterborg J.M. (1985) Reversible modification of nucleular protein and leir significance. In The Enzymology of post-translational modification of proteins. 2. Lcademic Press Inc., London.

157. Mattick J.S. Introns: evolution and function. Curr. Opin. Genet. Dev., 1994, 4, 823-831.

158. McKeownM. Alternative mRNA splicing. Annu. Rev. Cell. Biol, 1992, 8, 133-155.

159. McNaughton J.C., Hughes G., Jones W.A., Stockwell P.A., Klamut H.J., Petersen G.B. he evolution of an intron: analysis of a long, deletion-prone intron in the human dystrophin ene. Genomics, 1997, 40, 294-304.

160. McPherson C.E., Horowitz R., Woodcock CL, Jiang C, Zaret KS Nucleosome positioning jroperties of the albumin transcriptional enhancer. Nucleic Acids Res., 1996, 24, 397-404.

161. Mengeritsky G., Trifonov E.N. Nucleotide sequence-directed mapping of the mcleosomes.Nucleic Acids Res., 1983,11, 3833-3851.

162. Mengeritsky G., Trifonov E.N. Nucleotide sequence-directed mapping of the mcleosomes of SV40 chromatin. Cell Biophys., 1984, 6(1), 1-8.

163. Mighell, A.J., Markham, A.F., Robinson, P.A. Alu sequences. FEBSLett, 1997,417,1-5.

164. Milanesi L., D'Angelo D., Rogozin I.B. GeneBuilder: interactive in silico prediction of jene structure. Bioinformatics, 1999,15(7-8), 612-621.

165. Mirkovitch J., Mirault M.E., Laemmli U.K. Organization of the higher-order chromatin oop: specific DNA attachment sites on nuclear scaffold. Cell, 1984, 39(1), 223-232.

166. Mirzabekov A.D., Shick V.V., Belyavsky A.V., Bavykin S.G. Primary organization of mcleosome core particle of chromatin: sequence of histone arrangement along DNA. Proc. Ш. Acad Sci. USA, 1978 75, 4184-4188.

167. Miyamoto M.M., Slightom J.L., Goodman M. Phylogenetic relations of humans and African apes from DNA sequences in the pseudo-eta-globin region. Science, 1987, 238, 36973.

168. Montecino M., Lian J., Stein G., Stein J. Changes in chromatin structure support onstitutive and developmentally regulated transcription of the bone-specific osteocalcin lene in osteoblastic cells. Biochemistry, 1996, 35, 5093-6102.

169. Moreno M.L., Chrysogelos S.A., Stein G.S., Stein J.L. Reversible changes in the ucleosomal organization of a human H4 histone gene during the cell cycle. Biochemistry, 986, 25(19), 5364-5370.

170. Mueller R.D., Yasuda H., Hatch C.L., Bonner W.M., Bradbury E M. Identification of biquitinated histones 2A and 2B in Physarum polycephalum. Disappearance of these roteins at metaphase and reappearance at anaphase. J. Biol. Chem., 1985a, 260, 5147-5153.

171. Mueller R.D., Yasuda H., Bradbury E.M. Phosphorylation of histone HI through the cell ;ycle of Physarum polycephalum. 24 sites of phosphorylation at metaphase. J. Biol. Chem., 19856, 260, 5081-5086.

172. Murata M., Ogura Y., Motoyoshi F. Centromeric repetetive sequence in Arabidopsis haliana. Jpn. J. Genet., 1994, 69, 361-371.

173. Muro-Pastor M.I., Gonzalez R., Strauss J., Narendja F., Scazzocchio C. The GATA factor \reA is essential for chromatin remodelling in a eukaryotic bidirectional promoter. EMBO J., 999, 18, 1584-1597.

174. Nowak S J., Corces V.G. Phosphorylation of histone H3 correlates with transcriptionally ictive loci. Genes. Dev., 2000,14, 3003-3013.

175. Nussinov R.J. DNA sequences at and between the GC and TATA boxes: potential DNA ooping and spatial juxtapositioning of the protein factors. Biomol. Struct. Dyn., 1992, 9(6), 213-1237.

176. Nedospasov S.A., Georgiev G.P., Biochem. Biophys. Res. Commun., 1980, 92, 532-539.

177. Nedospasov S.A., Shakhov A.N., Georgiev G.P. Analysis of nucleosome positioning by adirect end-labeling and molecular cloning. Methods Enzymol., 1989,170, 408-420.

178. Nickel B.E., Allis C.D., Davie J.R. Ubiquitinated histone H2B is preferentially located in ranscriptionally active chromatin. Biochemistry, 1989, 28, 958-963.

179. Nickol J, Behe M, Felsenfeld G Effect of the B--Z transition in poly(dG-m5dC) . oly(dG-m5dC) on nucleosome formation Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1982 79, 1771-1775.

180. Nikolov D.B., Burley, S.K. RNA polymerase II transcription initiation: A structural view. 'roc. Natl. Acad. Sci. USA, 1997, 94, 15-22.

181. Niu X., Adams C.C., Workman J.L., Guiltinan M.J. Binding of the wheat basic leucine ipper protein EmBP-1 to nucleosomal binding sites is modulated by nucleosome positioning. 4ant Cell, 1996, 8, 1569-1587.

182. Nobile C., Nickol J., Martin R.G. Nucleosome phasing on a DNA fragment from the jplication origin of simian virus 40 and rephasing upon cruciform formation of the DNA. lol. Cell. Biol. 1986, 6,2916-2922.

183. Nuthall H.N., Moulin D.S., Huxley C., Harris A. Analysis of DNase-I-hypersensitive sites t the 3' end of the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator gene (CFTR). iochem. J., 1999, 341, 601-611.

184. Ohler U., Reese M. Detection of eukaryotic promoter regions using polygrams, lolekulare Bioinformatik (editor R. Hofestadt), pages 89-100, Aachen, 1998. Shaker.

185. Ohler U., Harbeck S., Niemann H., Noth E., Reese M.G. Interpolated markov chains for iukaryotic promoter recognition. Bioinformatics, 1999, 15, 362-369.

186. O'Neill Т.Е., Smith J.G., Bradbury E.M. Histone octamer dissociation is not required for ranscript elongation through arrays of nucleosome cores by phage T7 RNA polymerase in /itro. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1993, 90, 6203-6207.

187. Palmer J.D., Logsdon J.M. The recent origin ofintrons. Curr. Opin. Genet. Dev., 1991, 1, 170-477.

188. Paranjape S.M., Kamakaka R.T., Kadonaga J.T. Role of chromatin structure in the egulation of transcription by RNA polymerase II. Annu. Rev. Biochem., 1994, 63,265-297.

189. Paranjape S.M., Krumm A., Kadonaga J.T. HMG17 is a chromatin-specific ranscriptional coactivator that increases the efficiency of transcription initiation. Genes Dev., 995, 9(16), 1978-1991.

190. Patikoglou G., Burley S.K. Eukaryotic transcription factor-DNA complexes. Annu. Rev. iiophys. Biomol. Struct., 1997, 26, 289-325.

191. Patthy L: Modular exchange principles in proteins. Curr. Opin. Struct Biol., 1991, 1, 51-361.

192. Pedersen A.G., Baldi P., Brunak S., Chauvin Y. Characterization of prokaryotic and ukaryotic promoters using hidden Markov models. Ismb., 1996, 4, 182-191.

193. Pedersen A.G., Baldi P., Chauvin Y., Brunak S. The biology of eukaryotic promoter rediction-a review. Comput. Chem., 1999, 23, 191-207.

194. Perier R.C., Junier Т., Bonnard C., Bucher P. The Eukaryotic Promoter Database (EPD): scent developments. Nucleic Acids Res., 1999, 27(1), 307-309.

195. Perier R.C., Praz V., Junier Т., Bonnard C., Bucher P. The eukaryotic promoter database. Nucleic Acids Res, 2000, 28(1), 302-303.

196. Pereira S.L., Reeve J.N. Archaeal nucleosome positioning sequence from lethanothermus fervidus. J. Mol. Biol., 1999, 289(4), 675-681.

197. Peterson C.L., Herskowitz I. Characterization of the yeast SWI1, SWI2, and SWI3 genes, rhich encode a global activator of transcription. Cell, 1992, 68, 573-583.

198. Polach K.J., Widom J. Mechanism of protein access to specific DNA sequences in hromatin: a dynamic equilibrium model for gene regulation. J. Mol. Biol, 1995, 254(2), 30-149.

199. Ponomarenko M P., Ponomarenko J.V., Kel A.E. and Kolchanov N.A. Computer analysis f conformational features of the eukaryotic TATA-box DNA promotors. Mol Biol. (Mosk), 997a, 31, 733-740.

200. Ponomarenko M.P., Savnikova L.K., Ponomarenko J.V., Kel A.E., Titov I.I., Kolchanov Sf.A. Modeling TATA-box sequences in eukaryotic genes. Mol Biol (Mosk), 19976, 31, 726-732.

201. Ponomarenko J.V., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Vorobyev D.G., Overton G.C., Colchanov N.A. Conformational and physicochemical DNA features specific for ranscription factor binding sites. Bioinformatics, 1999, 15(7), 654-668.

202. Postnikov Y.V., Herrera J.E., Hock R., Scheer U., Bustin M. Clusters of nucleosomes :ontaining chromosomal protein HMG-17 in chromatin. J. Mol Biol, 1997, 274(4), 454-465.

203. Prestridge D.S. SIGNAL SCAN: A computer program that scans DNA sequences for ukaryotic transcriptional elements. CABIOS, 1991, 7, 203-206.

204. Prestridge D.S. Predicting Pol II promoter sequences using transcription factor binding ites. J Mol Biol, 1995, 249, 923-932.

205. Pruss D., Wolffe A.P. Histone-DNA contacts in a nucleosome core containing a Xenopus S rRNA gene. Biochemistry 1993, 32, 6810-6814.

206. Ptitsyn A.A., Rogozin I.B., Grigorovich D.A., Strelets V.B., КеГ A.E., Milanezi L., olchanov N.A. Computer system "AutoGene" for automatic analysis of nucleotide equences. Mol Biol (Mosk), 1996,30(2), 432-441.

207. Quandt K., Freeh K., Karas H., Wingender E., Werner T. Nucleic Acids Res., 1995, 3(23), 4878-4884.

208. Reinhard D., Lucchini R., Koller Т., Sogo. J.M. Transcription in the yeast rRNA gene icus: distribution of the active gene copies and chromatin structure of their flanking jgulatory sequences Molecular and cellular biology, 1995,15, 5294-5303.

209. Richardson J.P. Structural organization of transcription termination factor rho. J. Biol hem., 1996, 271,1251-1254.

210. Richmond T.J., Finch J.T., Rushton В., Rhodes D., Klug A. Structure of the nucleosome эге particle at 7 A resolution. Nature, 1984,11, 532-537

211. Rogers J.H. The role of introns in evolution. FEBS Lett., 1990, 268, 339-343.

212. Rossetti L, Cacchione S, Fua M, Savino M. Nucleosome assembly on telomeric :quences. Biochemistry, 1998, 37,6727-6737

213. Rzhetsky A., Ayala F.J., Hsu L.C., Chang C., Yoshida A: Exon/intron structure ofildehyde dehydrogenase genes supports the 'introns-late' theory. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1997, 94, 6820-6825.

214. Saitoh Y., Laemmli U.K. Metaphase chromosome structure: bands arise from a lifferential folding path of the highly AT-rich scaffold. Cell, 1994, 76, 609-622.

215. Sandman K., Pereira S.L., Reeve J.N. Diversity of prokaryotic chromosomal proteins and he origin of the nucleosome Cell Mol Life Sci., 1998, 54, 1350-1364.

216. Sandman K., Reeve J.N. Archaeal nucleosome positioning by CTG repeats. J. Bacteriol., .999, 181(3), 1035-1038.

217. SanMiguel P., Bennetzen J.L. Evidence that a recent increase in maize genome size was ;aused by the massive amplification of intergene retrotransposons Ann. Bot. Lond., 1998, 12(A), 37-44.

218. Satchwell S.C., Drew H.R. and Travers A.A. Sequence periodicities in chicken lucleosome core DNA. J. Mol. Biol, 1986, 191, 659-675.

219. Satchwell S.C., Travers A.A. Asymmetry and polarity of nucleosomes in chicken rythrocyte chromatin. EMBOJ., 1989, 8, 229-238.

220. Sauer F., Hansen S.K., Tjian R. Multiple TAFIIs directing synergistic activation of ranscription. Science, 1995,270, 1783-1788.

221. Schroth G.P., Yau P., Imai B.S., Gatewood J.M., Bradbury E M. A NMR study of nobility in the histone octamer. FEBSLett, 1990, 268, 117-120.

222. Schild-Poulter C., Sassone-Corsi P., Granger-Schnarr M., Schnarr M. Nucleosome ssembly on the human c-fos promoter interferes with transcription factor binding. Nucleic cidsRes., 1996,24,4751-4758.

223. Schug J., Overton G.C. 1997. Tess: transcription element search software on the www. 'echnical Report CBIL-TR-1997-1001-v0.0, of the Computational Biology and Informatics ,aboratory, School of Medicine, University of Pennsylvania.

224. Scott K.C., Taubman A.D., Geyer P.K. Enhancer blocking by the Drosophila gypsy lsulator depends upon insulator anatomy and enhancer strength. Genetics, 1999, 153(2), 87-798.

225. Senapathy, P. Origin of eukaryotic introns: a hypothesis, based on codon distribution tatistics in genes, and its implications. Proc Natl Acad Sci USA, 1986, 83, 2133-2137.

226. Shilatifard A., Conaway J.W., Conaway R.C. Mechanism and regulation of anscriptional elongation and termination by RNA polymerase II. Curr. Opin. Genet. Dev., 997, 7, 199-204.

227. Shim E.Y., Woodcock С., Zaret K.S. Nucleosome positioning by the winged helix ranscription factor HNF3. Genes. Dev., 1998, 12, 5-10.

228. Shpigelman E.S., Trifonov E.N., Bolshoy A. CURVATURE: software for the analysis of ;urved DNA. Comput. Appl. Biosci., 1993, 9, 435-440.

229. Shrader Т.Е., Crothers D.M. Artificial nucleosome positioning sequences. Proc. Natl, lead. Sci. USA, 1989, 86, 7418-7422.

230. Singh G.B., Kramer J.A., Krawetz S.A. Mathematical model to predict regions of ihromatin attachment to the nuclear matrix. Nucl. Acid Res., 1997, 25(7), 1419-1425.

231. Singson A., Leviten M.W., Bang A.G., Hua X.H., Posakony J.W. Direct downstream argets of roneural activators in the imaginal disc include genes involved in lateral inhibitory ignaling. Genes Dev., 1994, 8, 2058-2071.

232. Simard M.J., Chabot B. Control of hnRNP Al alternative splicing: an intron element epresses use of the common 3' splice site. Mol. Cell. Biol, 2000, 20(19), 7353-7362.

233. Simpson R.T., Kunzler P. Cromatin and core particles formed from the inner histones and ynthetic polydeoxyribonucleotides of defined sequence. Nucl Acids Res., 1979, 6, 138715.

234. Sivolob A.V., Kharpunov S.N. Translational positioning of nucleosomes on DNA: the ole of sequence-dependent isotropic DNA bending stiffness. J. Mol Biol, 1995, 247, 91831.

235. Sklenar H. Proceedings of the international workshop on computational analysis of ukariotic transcriptional regulatory elements. H: GBF. 1996, 44-47.

236. Smale S.T., Baltimore D. The "initiator" as a transcription control element. Cell, 1989, 7(1), 103-113.

237. Smale S.T. Transcription initiation from TATA-less promoters within eukaryotic protein-oding genes. Biochim BiophysActa, 1997, 1351(1-2), 73-88.

238. Smit A.F.A. The origin of interspersed repeats in the human genome. Curr. Opin. Genet. >ev., 1996, 6, 743-748.

239. Sobell H.M., Tsai C.C., Gilbert S.G., Jain S C., Sakore T.D. Organization of DNA in iromatin. Proc. Natl Acad. Sci. USA, 1976, 73, 3068-3072.

240. Solovyev V.V., Kolchanov N.A. The eucaryotic genes exon-intron structure can be etermined by the nucleosomes organisation of the chromatin and related characteristics of гпе expression regulation. Dokl Akad. NaukSSSR, 1985, 284, 232-237.

241. Solov'ev V.V., Seledtsov I.A. Reconstruction of the phylogenetic tree based on an nalysis of relatively conservative segments of nucleotide or amino acid sequences. Dokl. Ikad. Nauk SSSR, 1991,321(5), 1109-1114.

242. Solovyev V.V., Salamov A.A., Lawrence C.B. Predicting internal exons by iligonucleotide composition and discriminant analysis of spliceable open reading frames. fuel. Acids Res., 1994, 22, 24, 5153-5156.

243. Solovyev V., Salamov A. The gene-finder computer tools for analysis of human and lodel organisms genome sequences. In: Proceedings, Fifth International Conference on atelligent Systems for Molecular Biology (ISMB-97), 1997, 294-302.

244. Sneath, P. H. A., Sokal, R. R. Numerical Taxonomy, Freeman, San Francisco. 1973.

245. Spritz R.A., Deriel J.K., Forget B.G., Weissman S.M., Slightom J.L., Blechl A.E., mithies O., Baralle F.E., Shoulders C.C., Proudfoot N.J. The structure and evolution of the uman beta-globin gene family. Cell, 1980, 21,653-668.

246. Staffelbach H., Koller Т., Burks C. DNA structural patterns and nucleosome positioning. : Biomol. Struct. Dyn., 1994, 12, 301-325.

247. Starr D.B., Hoopes B.C., Hawley D.K. DNA bending is an important component of site-pecific recognition by the TATA binding protein. J. Mol. Biol, 1995, 250(4), 434-446.

248. Staynov D.Z., Crane-Robinson C. Footprinting of linker histones H5 and HI on the ucleosome. EMBO J., 1988, 7(12), 3685-3691.

249. Steger D.J., Workman J.L. Remodeling chromatin structures for transcription: what appens with histones? BioEssay, 1996,18, 875-884.

250. Stein A., Bina M. A signal encoded in vertebrate DNA that influences nucleosome ositioning and alignment. Nucleic Acids Res., 1999, 27, 848-853.

251. Stoltzfus A., Spencer D.F., Zuker M., Logsdon J.M., Doolittle W.F. Testing the exon leory of genes: the evidence from protein structure. Science, 1994, 265, 202-207.

252. Strick R., Laemmli U.K. SARs are cis DNA elements of chromosome dynamics: fnthesis of a SAR repressor protein. Cell, 1995, 83(7), 1137-1148.

253. Struhl K. Histone acetylation and transcriptional regulatory mechanisms. Genes Dev., 998, 12(5), 599-606.

254. Studitsky V.M., Kassavetis G.A., Geiduschek E.P., Felsenfeld G. Mechanism of ranscription through the nucleosome by eukaryotic RNA polymerase. Science, 1997, 278, 1960-1963.

255. Sudhof T.C., Goldstein J.L., Brown M.S., Russell D.W. The LDL receptor gene: a mosaic )f exons shared with different proteins. Science, 1985, 228, 815-822.

256. Sussman J.L., Trifonov E.N. Possibility of nonkinked packing of DNA in chromatin. Jroc. Natl Acad Sci. USA, 1978 75,103-107.

257. Sugimoto N., Nakano S., Yoneyama M., Honda K. Improved thermodynamic parameters ind helix initiation factor to predict stability of DNA duplexes. Nucleic Acids Res., 1996, 24, 1-501-4505.

258. Suzuki M, Yagi N., Finch J.T. Role of base-backbone and base-base interactions in lternating DNA conformations. FEBSLett., 1996, 379, 148-152.

259. Tanaka M, Ito S, Kiuchi К Novel alternative promoters of mouse glial cell line-derived Leurotrophic factor gene Biochim. Biophys. Acta, 2000,1494(1-2), 63-74.

260. Tatusov R.L, Koonin E.V., Lipman D.J. A genomic perspective on protein families. Icience, 1997, 278(5338), 631-637.

261. Taylor I.C., Workman J.L., Schuetz T.J., Kingston R.E. Facilitated binding of GAL4 and eat shock factor to nucleosomal templates: differential function of DNA-binding domains. renes. Dev., 1991 5, 1285-1298.

262. Thastrom A, Lowary P.T., Widlund H.R., Cao H., Kubista M., Widom J. Sequence iotifs and free energies of selected natural and non-natural nucleosome positioning DNA equences. J. Mol. Biol., 1999, 288(2), 213-229.

263. Thoma F. Nucleosome positioning (Review). Biochim. Biophys. Acta, 1992,1130, 1-19.

264. Thomas JO. Histone HI: location and role. Curr. Opin. Cell Biol, 1999,11(3), 312-317.

265. Thornton J.W., DeSalle R. Gene family evolution and homology: genomics meets hylogenetics. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet., 2000,1, 41-73.

266. Tomaszewski R., Jerzmanowski A. The AT-rich flanks of the oocyte-type 5S RNA gene f Xenopus laevis act as a strong local signal for histone HI-mediated chromatin ^organization in vitro. Nucleic Acids Res., 1997, 25,458-466.

267. Tomita M., Shimizu N., Brutlag D.L Introns and reading frames: correlation between slicing sites and their codon positions. Mol. Biol. Evol, 1996, 13, 1219-1223.

268. Travers A., Drew H. DNA recognition and nucleosome organization. Biopolymers, 1997, 4(4), 423-433.

269. Trieschmann L., Postnikov Y.V., Rickers A., Bustin M. Modular structure of ;hromosomal proteins HMG-14 and HMG-17: definition of a transcriptional enhancement iomain distinct from the nucleosomal binding domain. Mol Cell. Biol, 1995a, 15(12), 66635669.

270. Trifonov E.N. Sequence depended deformational anisotropy of chromatin DNA. Nucleic icidsRes., 7980, 8,4041-4053.

271. Trifonov E.N., Sussman J.L. The pitch of chromatin DNA is reflected in its nucleotide lequence. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1980, 77, 3816-3820.

272. Trifonov E.N. Genetic level of DNA sequences is determined by superposition of many :odes. Mol Biol (Mosk), 1997, 31, 759-767.

273. Trifonov E.N. 3-, 10.5-, 200- and 400-base periodicities in genome sequences. Physica 1., 1998,249(1-4), 511-516.

274. Trotman C. Intron-early: slipping lately? Trends Genet., 1998,14, 132-134.

275. Tsuji A., Hine C., Tamai Y., Yonemoto K., Mori K., Yoshida S., Bando M., Mori K., Ucamatsu Т., Matsuda Y. Genomic organization and alternative splicing of human PACE4 SPC4), kexin-like processing endoprotease. J. Biochem., 1997, 122, 438-452.

276. Tsukiyama Т., Wu C. Purification and properties of an ATP-dependent nucleosome emodeling factor. Cell, 1995, 83, 1011-1020.

277. Tuan, D., Solomon W., Li Q., London I.M. The "b-like-globin" gene domain in human rythroid cells. Proc. Natl Acad. Sci. USA, 1985, 82, 6384-6388.

278. Uberbacher E.C., Harp J.M., Bunick G.J. DNA sequence patterns in precisely positioned ucleosomes./ Biomol Struct. Dyn., 1988, 6, 105-120.

279. Uberbacher E.C., Xu Y., Mural R. J. Discovering and understanding genes in human DNA 3quence using GRAIL. Methods Enzymol, 1996, 266, 259-281.

280. Ulyanov A. V., Stormo G.D. Multi-alphabet consensus algorithm for identification of low Decificity protein-DNA interactions. Nucl. Acids Res., 1995, 23, 1434-1440.

281. Varga-Weisz P.D., Wilm M., Bonte E., Dumas K., Mann M., Becker P.B. Chromatin-emodelling factor CHRAC contains the ATPases ISWI and topoisomerase II. Nature, 1997, (88, 598-602.

282. Vettese-Dadey M., Walter P., Chen H., Juan L.J., Workman J.L. Role of the histone mino termini in facilitated binding of a transcription factor, GAL4-AH, to nucleosome ores. Mol. Cell. Biol., 1994,14, 970-981.

283. Vogt P. Potential genetic functions of tandem repeated DNA sequence blocks in the uman genome are based on a highly conserved "chromatin folding code". Hum. Genet., 990, 84(4), 301-336.

284. Wahle E, Keller W. The biochemistry of polyadenylation. Trends Biochem. Sci., 1996, 1(7), 247-250.

285. Wallrath L.L., Lu Q., Granok H., Elgin S.C. Architectural variations of inducible ukaryotic promoters: preset and remodeling chromatin structures. Bioessays, 1994 16(3), 65-170.

286. Wallrath L.L Unfolding the mysteries of heterochromatin. Current Opinion in Genetics & development, 1998, 8, 147-153.

287. Wang Y.H., Griffith J. Expanded CTG triplet blocks from the myotonic dystrophy gene reate the strongest known natural nucleosome positioning elements. Genomics, 1995, 25(2), 70-573.

288. Weber K., Kabsch W. Intron positions in actin genes seem unrelated to the secondary ructure of the protein. EMBO J., 1994, 13, 1280-1286.

289. Weinmann A.S., Plevy S.E., Smale S.T. Rapid and selective remodeling of a positioned jcleosome during the induction of IL-12 p40 transcription. Immunity, 1999, 11(6), 665-675.

290. Weis L., Reinberg D. Transcription by RNA polymerase II: initiator-directed formation of xanscription-competent complexes. FASEBJ., 1992, 6(14), 3300-3309.

291. Widlund H.R., Cao H., Simonsson S., Magnusson E., Simonsson Т., Nielsen P.E., Kahn F.D., Crothers D.M., Kubista M. Identification and characterization of genomic nucleosome-jositioning sequences. J. Mol. Biol., 1997, 267, 807-817.

292. Widom J. A relationship between the helical twist of DNA and the ordered positioning of tucleosomes in all eukaryotic cells. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1992, 89, 1095-1099.

293. WolfFe A.P. Nucleosome positioning and modification: chromatin structure that •otentiate transcription. Trends Genet., 1994, 19, 240-244.

294. Workman J.L., Roeder R.G. Binding of transcription factor TFIID to the major late (remoter during in vitro nucleosome assembly potentiates subsequent initiation by RNA •olymerase II. Cell, 1987, 51, 613-622.

295. Workman J.L., Kingston R.E. Alteration of nucleosome structure as a mechanism of ranscriptional regulation. Annu. Rev. Biochem., 1998, 67:545-579.

296. Wu C. The 5' ends of Drosophila heat shock genes in chromatin are hypersensitive to )Nase I. Nature, 1980, 286, 854-860.

297. Xie Z., Price D.H. Purification of an RNA polymerase II transcript release factor from )rosophila. J. Biol. Chew., 1996, 271, 11043-11046.

298. Xu M., Simpson R.T., Kladde M.P. Gal4p-mediated chromatin remodeling depends on inding site position in nucleosomes but does not require DNA replication. Mol. Cell Biol, 998, 18, 1201-1212.

299. Yao J., Lowary P.T., Widom J. Twist constraints on linker DNA in the 30-nm chromatin ber: implications for nucleosome phasing. Proc. Natl Acad Sci. USA, 1993, 90, 9364-9368.

300. Yoda K., Ando S., Okuda A., Kikuchi A., Okazaki T. In vitro assembly of the CENP-i/alpha-satellite DNA/core histone complex: CENP-B causes nucleosome positioning. Genes 'ells, 1998, 3, 533-548.