Грибы в коллекциях культур

Озерская, Светлана Михайловна

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Грибы в коллекциях культур
ВАК РФ 03.02.12, Микология

Автореферат диссертации по теме "Грибы в коллекциях культур"

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г.К.Скрябина Российской академии наук

На правах рукописи

005046825

Озерская Светлана Михайловна

Грибы в коллекциях культур: фундаментальные и прикладные аспекты

03.02.12 Микология

Автореферат диссертации на соискание ученой степени доктора биологических наук

З О АВГ 2012

Москва

-2012

005046825

Работа выполнена в лаборатории мицелиальных грибов отдела «Всероссийская коллекция микроорганизмов» (ВКМ) Федерального государственного бюджетного учреждения науки Института биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г.К.Скрябина Российской академии наук (ИБФМ РАН)

Официальные оппоненты: Мельник Вадим Александрович

доктор биологических наук,

ФГБУН Ботанический институт им. B.JI. Комарова

Российской академии наук, ведущий научный сотрудник

лаборатории систематики и географии грибов

Синеокий Сергей Павлович

доктор биологических наук, профессор,

ФГУП "ГосНИИгенетика", директор Всероссийской

коллекции промышленных микроорганизмов

Феофилова Елена Петровна

доктор биологических наук, профессор,

ФГБУН Институт микробиологии

им. С.Н. Виноградского Российской академии наук,

зав. лабораторией экспериментальной микологии

Ведущая организация:

Научно-исследовательский институт медицинской микологии им. П.Н.Кашкина -ГБОУ ВПО Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова, Санкт-Петербург

Защита состоится 12 октября 2012 г. в 15 ч. 30 мин. На заседании Диссертационного совета Д 501.001.46 по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора биологических наук при Московском государственном университете им. М.В. Ломоносова по адресу: 119991, Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 12, МГУ им. М.В. Ломоносова, Биологический факультет, аудитория_тел/факс (495) 939-39-10.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеках Биологического факультета МГУ им. М.В. Ломоносова и ИБФМ РАН.

Отзывы (в двух экземплярах) просим отправлять по адресу: 119991, Москва, ГСП-1, Ленинские горы, д. 1, стр. 12, МГУ им. М.В. Ломоносова, Биологический факультет, кафедра физиологии растений, ученому секретарю Диссертационного совета Д 501.001.46. Телефон: (495) 939-21-18. Факс: (499) 783-24-02. Просим высылать также электронную копию отзыва на e-mail: smo@dol.ru

Автореферат разослан •_2012 г.

Ученый секретарь диссертационного совета, кандидат биологических наук М.А.Гусаковская

Актуальность

Возросшие в последние годы цифры, характеризующие выявленное на Земле биологическое (генетическое) разнообразие микроорганизмов и грибов в частности, генерируют новый импульс роста интереса мировой науки к его изучению, практическому использованию и сохранению его представителей в биологических коллекциях. Объем и качество фондов культур микроорганизмов, поддерживаемых в коллекциях мира, составляют важнейший ресурс, обеспечивающий развитие науки, биоэкономики и образования. Актуальность увеличения объема и повышения качества фондов биологических коллекций обусловлена как уникальностью и разнообразием биоресурсов, надлежащих изучению и сохранению ex situ, так и необходимостью решения задач, связанных с инновационным направлением развития стран мира.

Качество фондов биологических коллекций определяется числом и разнообразием единиц хранения, наличием условий, обеспечивающих надежность сохранения биоматериалов в неизменном виде, адекватную характеристику и адекватное информационное сопровождение образцов в современных базах данных. Увеличение темпов изучения микроорганизмов и их свойств, в том числе, перспективных для практического использования, сопровождается возрастающей потребностью исследователей в своевременном получении требуемых образцов из конкретной коллекции, а также быстром доступе к информации о сохраняемых культурах. Информация, необходимая исследователям, носит разноплановый характер и включает сведения о положении организмов в современной системе классификации, данные о (потенциальных) штаммах-продуцентах, методах их культивирования и долгосрочного хранения, степени опасности при работе с теми или иными группами микроорганизмов (патогенными/условно-патогенными для человека, животных и растений) и др.

Эффективным способом предоставления современному исследователю информации о штаммах микроорганизмов и, в частности, грибов, обладающих чрезвычайно высоким биотехнологическим потенциалом, является обеспечение прямого доступа к специализированным базам данных. С точки зрения результативности и времени поиска нужной информации, наиболее востребованными являются базы данных с открытым доступом и наличием поисковых систем, работающих в режиме online. Повышению эффекта использования баз данных по грибам способствует их связь с авторитетными международными информационными ресурсами, такими, как, например, Index Fungorum (www.indexfungorum.org). MycoBank (www.mvcobank.org). GenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/). Strainlnfo (www.straininfo.net/) и другими.

В связи со всем вышесказанным, разработка информационного сопровождения оперативной деятельности коллекций грибных культур, анализ и структуризация в специализированных базах данных собственных экспериментальных данных и разноплановой доступной информации о грибах, организация связи в режиме on-line с релевантными информационными ресурсами мира по грибам, являются в настоящее

время одними из актуальных направлений микологических исследований и технологических разработок в микологии.

Целью данной работы было создание информационно-справочной системы по грибам в коллекциях культур для обеспечения оперативной деятельности микологических коллекций на уровне стандартов, рекомендованных Организацией экономического сотрудничества и развития (ОЭСР) для Биологических ресурсных центров (БРЦ), способствующей дальнейшему развитию фундаментальных и научно-прикладных исследований, связанных с использованием чистых культур грибов.

Для достижения поставленной цели предполагалось решить следующие задачи.

1. Сбор, анализ и структуризация данных о видовом разнообразии грибов в публичных (официальных) и исследовательских (лабораторных) коллекциях мира.

2. Анализ таксономического разнообразия грибов в генетическом банке (GenBank - National Center for Biotechnology Information, NCBI), оценка возможностей и ограничений использования информации GenBank для идентификации штаммов грибов.

3. Сравнительный анализ видового разнообразия условно-патогенных и патогенных грибов по регуляторным документам РФ, Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ), разных государств мира с оценкой релевантности отечественных документов и международных стандартов в области биобезопасности.

4. Изучение возможности длительного сохранения штаммов грибов ВКМ при использовании различных методов консервации для предоставления пользователям информации о методах и сроках длительного гарантированного сохранения жизнеспособности разных видов.

5. Создание прототипа базы данных, обеспечивающей поиск информации по штаммам-продуцентам при проведении фундаментальных, научно-прикладных и аналитических исследований, на основании анализа опубликованных данных о разнообразии вторичных метаболитов штаммов грибов рода Pénicillium.

6. Разработка структуры, наполнение информационно-справочной системы по грибам в коллекциях культур и организация ее связи в режиме on-line с релевантными информационными ресурсами мира по грибам.

Методы исследования

Сбор и анализ информации. Информационную базу аналитических исследований составили:

• каталоги (печатные и электронные), указатели и другие доступные источники информации по 662 публичным и исследовательским коллекциям мира;

• таксономическое разнообразие грибов на основе Словаря Эйнсворта и Бисби (Ainsworth and Bisby's Dictionary of the Fungi, 2008, 10-e издание);

• таксономическое разнообразие грибов в генетическом банке (GenBank, NCBI);

• официальные документы разных стран мира и ВОЗ, касающиеся биобезопасности работ с грибами;

• библиография по штаммам грибов ВКМ;

• экспериментальные данные о длительности хранения штаммов мицелиальных грибов, полученные в ходе многолетних исследований автора и руководимого ею коллектива по сохранению фонда грибов ВКМ с использованием известных и модифицированных методов консервации. Состав питательных сред, оптимальные условия культивирования и способы хранения штаммов указаны в электронном каталоге мицелиальных грибов ВКМ, доступном по адресу www.vkm.ru.

Разработка и наполнение баз данных как технологической основы анализа. Специализированные базы данных были разработаны по всем аспектам проведенного аналитического исследования с использованием персональных компьютеров с операционной системой MS Windows. Тип средств управления базами данных - MS Access 2007. Объем созданных в процессе работы баз данных составляет более 100 МБ.

Основные положения, выносимые на защиту

1. Впервые получены обобщенные данные о видовом разнообразии мирового коллекционного фонда грибов, определена его доля от общего числа известных (описанных) видов и внутривидовых таксонов грибных организмов.

2. На основе структуризации и анализа данных по нуклеотидным последовательностям грибов, депонированным в GenBank, проведена оценка степени его видового разнообразия, возможностей и ограничений использования информации GenBank для идентификации новых штаммов грибов.

3. Результаты сравнительного анализа существующих отечественных и зарубежных регуляторных документов в области биобезопасности, предоставляющие исследователям информацию для планирования и проведения научных экспериментов и биотехнологических разработок. Результаты анализа свидетельствуют об актуальности разработки в РФ новых регуляторных документов, включающих научно обоснованный перечень условно-патогенных и патогенных видов грибов, а также о необходимости их гармонизации с аналогичными документами стран-членов ВТО (связанной со вступлением в эту организацию РФ).

4. Обобщение экспериментальных результатов по длительному (более 40 лет) сохранению в жизнеспособном состоянии штаммов грибов ВКМ, относящихся более чем к 1220 видам, предоставляет пользователям ценную информацию о методах и сроках гарантированного сохранения культур грибов.

Microorganisms»»). Взаимодействие FungalDC в режиме on-line с информационными системами Index Fungorum, MycoBank, GenBank и Strainlnfo обеспечивает повышение эффективности поиска конкретных штаммов грибов в коллекциях мира и сопряженной информации.

Научная новизна

В процессе проведения исследований получены новые научные данные теоретического и прикладного характера. Впервые произведена оценка таксономического разнообразия мирового коллекционного фонда грибов и определена их доля от общего числа известных (описанных) видов грибных организмов. Впервые получены данные о реальном таксономическом разнообразии грибов, представленных в генетическом банке (GenBank NCBI) и выявлены «белые пятна» в информации таксономического, филогенетического и номенклатурного характера по разным группам грибов. Впервые проведен (по официальным документам РФ, ВОЗ и ряда стран мира) сравнительный анализ данных о патогенных и условно-патогенных видах грибов, результаты которого показали необходимость разработки новых, научно обоснованных регуляторных документов по вопросам биобезопасности работы с грибами. Получены новые экспериментальные данные по оценке сроков гарантированного сохранения жизнеспособности различными методами штаммов грибов широкого таксономического спектра. На основе информации, аккумулированной в ходе анализа разнообразия вторичных метаболитов (более 20 классов органических соединений), синтезируемых штаммами рода Penicillium создан прототип базы данных, ориентированной на поиск штаммов-продуцентов различных микробных метаболитов. Впервые в стране разработана оригинальная информационно-справочная система мирового уровня на основе базы данных FungalDC, обеспечивающая возможность поиска в режиме открытого доступа on-line (www.vkm.ru. www.mvcobank.org1 конкретных штаммов грибов и информации о них в ВКМ и других коллекциях страны и мира. Разработана информационная система по обеспечению деятельсности коллекции грибов ВКМ.

Результаты оценки таксономического разнообразия грибов в GenBank позволили определить возможные направления его расширения для повышения эффективности работ по идентификации новых штаммов и мониторинге генетического разнообразия грибов молекулярными методами. Результаты сравнительного анализа регуляторных документов РФ, ВОЗ и ряда государств мира по вопросам биобезопасности востребованы микологами, биотехнологами и эпидемиологами, и могут быть полезны органам государственных структур РФ при разработке новых научно обоснованных регуляторных документов и их гармонизации с аналогичными документами стран-членов ВТО. Результаты экспериментальных работ по оценке сроков гарантированного сохранения жизнеспособности у широкого спектра штаммов грибов ВКМ могут быть востребованы в разных областях науки и практической деятельности, касающихся, в том числе, вопросов патентования штаммов и научно-организационных мероприятий по сохранению биологического разнообразия.

На разработанные в диссертации базы данных получены свидетельства о государственной регистрации № 2010620603 от 13.10.2010 и № 2011620277 от 14.04.2011.

Апробация работы. Материалы диссертации были представлены в виде устных и стендовых докладов на многочисленных российских и международных научных конгрессах и конференциях. Ниже перечислены наиболее значимые из них: X Congress of European Mycologists, Tallinn, Estonian SSR, 1989; XII Congress of European Mycologists, Wageningen, the Netherlands, 1995; International Conference "Selection of Fungi for Degradation Processes", Vilnius, Lithuania, 1995; 15-oe рабочее совещание "Консервация генетических ресурсов", Пущино, 1998; 2nd International Workshop on Computer Science and Information Technologies, Ufa, Russia, 2000; Съезды микологов России, Москва, 2002, 2008; Всероссийские конгрессы по медицинской микологии, Москва, 2003, 2004, 2005, 2007; Научно-практические конференции по медицинской микологии (Кашкинские чтения), Санкт-Петербург, 2004, 2007, 2011, 2012; Междисциплинарные микологические форумы, Москва, 2009, 2010; 29th Annual Meeting of the European Culture Collections' Organization (ECCO XXIX), Istanbul, Turkey, 2010; 12th International Conference on Culture Collections (ICCC12), Florianopolis, Brazil, 2010; 30th Annual Meeting of the European Culture Collections' Organization (ECCO XXX), Utrecht, the Netherlands, 2011; International Seminars of World Data Centre for Microorganisms. Beijing, China, 2011, 2012; 31st Annual Meeting of the European Culture Collections' Organization (ECCO XXXI), Braga, Portugal, 2012.

Публикации

из перечня ВАК. Получены свидетельства о государственной регистрации на разработанные в процессе выполнения работы базы данных по грибам.

Место выполнения работы и личный вклад соискателя. Основная часть работы выполнена в лаборатории мицелиальных грибов отдела ВКМ ИБФМ РАН. Личный вклад автора состоял в планировании и проведении исследований, анализе и обобщении полученных результатов, разработке структур информационных баз данных, наполнению их информацией, подготовке и оформлению публикаций.

Автор выражает глубокую признательность коллегам, принимавшим участие в представленной работе на разных этапах ее выполнения и обсуждения полученных результатов: чл.-корр. РАН Л.В.Калакуцкому, д.б.н. Л.И.Евтушенко, к.б.н. Г.А.Кочкиной, к.б.н. Н.Е.Иванушкиной, А.Н.Василенко, к.б.н. С.С.Ереминой, д.б.н. А.Г.Козловскому, д.б.н. О.Е.Марфениной, к.б.н. Н.Й.Чигиневой. Автор искренне благодарен сотрудникам ИБФМ РАН, отдела ВКМ и, в особенности, лаборатории мицелиальных грибов, содействовавшим выполнению данной работы.

Работа выполнена при поддержке Программы Президиума РАН «Молекулярная и клеточная биология» и ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007—2013 годы» (государственные контракты №№ 02.518.11.7092 и 16.518.11.7035).

Структура и объем диссертации

Диссертационная работа состоит из следующих разделов: введение, главы, посвященные истории вопроса, анализу многолетних экспериментальных результатов, обсуждению сведений по различным аспектам информационного сопровождения оперативной коллекционной деятельности, описанию взаимодействия разработанных автором и существующих микологических баз данных, заключение, выводы, список литературы. Материалы диссертации (том 1) изложены на 294 страницах текста с иллюстрациями в виде 51 рисунка и 48 таблиц. Список литературы содержит 452 наименования, в их числе 144 работы отечественных и 308 иностранных авторов. Приложения к диссертации (том 2) включают перечень коллекций грибов мира, списки таксонов, относящихся к условно-патогенным и патогенным грибам, сроки гарантированного сохранения жизнеспособности штаммов 1220 видов мицелиальных грибов разными методами, описание структур разработанных баз данных.

Содержание работы

Глава 1. Разнообразие грибов, поддерживаемых в культуре, и информация о

биологических коллекциях

По уточняющимся оценкам, число видов грибов на Земле достигает нескольких миллионов (Hawksworth et Rossman, 1997; Hawksworth, 2003; Tang et al., 2006; Schmit, Mueller, 2007). Из них известно (описано) от 69000 до 120000 видов (Hawksworth, 1991).

При этом число введенных когда-либо в практику микологии наименований (на 12.07.2012 г.) составляет 473400 видов и внутривидовых таксонов (по базе данных Index Fungorum). Значительная часть наименований видов сегодня не используется (невалидные описания, синонимия, отсутствие доступного типового материала и т.п.). Общее число поддерживаемых в коллекциях мира видов грибов до нашей работы было неизвестно (оценка не проводилась).

В современной биологической коллекции имеет место непрерывная интеграция традиционных видов деятельности и с другими видами деятельности и вопросами, находившимися ранее вне «коллекционной» сферы (информатика, доступ к генетическим ресурсам, биобезопасность, регуляция, интеллектуальная собственность, международное право и многие другие). Концепция коллекций как центров биологических (генетических) ресурсов, призванных решать расширенный спектр задач, активно развивается в последнее время под эгидой Организации по экономическому содействию и развитию - ОЭСР (Organisation for Economic Co-operation and Development, OECD - www.oecd.org'). Координация коллекционной деятельности ведется Всемирной федерацией коллекций культур (World Federation for Culture Collections, WFCC, www.wfcc.info) и Европейской организацией коллекций культур (European Culture Collection Organization, ECCO, www.eccosite.org). При WFCC создан Всемирный центр данных по микроорганизмам (World Data Center for Microorganisms, WDCM, www.wfcc.info/wdcmdb').

Коллекции по своим функциям обычно подразделяются на исследовательские, созданные в процессе выполнения конкретных научных задач, и сервисные, обеспечивающие проведение фундаментальных, прикладных, в том числе и поисковых скрининговых исследований. В данной работе будут рассматриваться только сервисные коллекции и проблемы, связанные с их практической деятельностью по сохранению жизнеспособности культур, предоставлению штаммов и информации о них.

Биологические ресурсные центры - новый этап развития коллекций культур

Стремительное развитие биологии и биотехнологии в начале XXI века требует от коллекций культур микроорганизмов решения значительно большего объема различных задач по обеспечению научно-исследовательских работ фундаментального и прикладного характера, чем это было прежде. Традиционного снабжения исследователей только чистыми культурами уже недостаточно, нужна комплексная работа по информационному сопровождению, стандартизация процессов поддержания культур на качественном уровне, обеспечение сохранения интеллектуальных прав при передаче штаммов третьим лицам и патентных процедурах.

В связи с этими новыми требованиями, подразделением по развитию биотехнологии ОЭСР в результате многочисленных обсуждений группами экспертов как стран, входящих в эту организацию, так и стран-партнеров, была разработана концепция развития на основе ведущих биологических коллекций Биологических

ресурсных центров, или БРЦ (Biological Resource Centres, BRC). По определению ОЭСР БРЦ - это существенная часть инфраструктуры, обеспечивающей развитие биотехнологии. Они включают провайдеров услуг и депозиторов живых клеток, геномов организмов и информации, касающейся наследственности и функций биологических систем. БРЦ содержат коллекции культивируемых организмов (например, микрооорганизмов, клеток растений, животных и человекаj; воспроизводимых их частей (т.е. геномов, плазмид, ДНК), жизнеспособных, но пока некультивируемых организмов, клеткок и тканей, а также базы данных, содержащие молекулярную, физиологическую и структурную информацию, относящуюся к этим коллекциям и необходимые для их деятельности сведения по биоинформатике. Для того, чтобы обеспечивать поставку биологических материалов и информации, БРЦ должны соответствовать высоким стандартам качества и экспертизы международного сообщества исследователей и производственников. БРЦ должны обеспечивать доступ к биологическим ресурсам, которые являются основой фундаментальных исследований в науках о жизни и развивающейся биотехнологии. Все эти виды деятельности, по мнению ОЭСР, должны быть объединены в биологических ресурсных центрах, как мировой, так и европейской систем.

В данной главе диссертации подробно описаны условия организации БРЦ, мотивы их создания, стандарты БРЦ и степень их готовности, требования к коллекциям культур, желающим получить статус БРЦ, механизмы сертификации БРЦ, примеры действующих в настоящее время БРЦ. Что касается России, то пока остается открытым вопрос о необходимости и возможности организации БРЦ. Не решен и вопрос о том, сколько их должно быть и как они могут быть созданы. Необходим долгодсйствующий механизм финансовой поддержки развития инфраструктуры, обогащения и сохранения фондов российских коллекций микроорганизмов.

Коллекции микроорганизмов мира

Основной объем информации по штаммам микроорганизмов, которые поддерживаются в коллекциях различных стран мира, может быть получен из данных WDCM. В настоящее время (на 11.07.2012 г.) в WDCM зарегистрировано 621 коллекция из 69 стран. Распределение числа коллекций по частям света и материкам представлено на рисунке 1.

В последнее время WDCM поменял место своего расположения и переместился из Японии в Китай. Существенно интенсифицированы работы по созданию информационной системы, сопровождающей деятельность различных коллекций мира (uww.wdcm .огаЛ.

Южная Аметтокя

Азия

Н Азия - 218 И Африка - 11 и Европа - 206 в Австралия и Океания - 42 и Северная Америка - 66 Н Южная Америка - 78

Северная Америка

Австралия и Океания

Рисунок 1 - Распределение мировых коллекций

Значительными темпами ведется организационная работа по созданию Глобального каталога микроорганизмов (Global Catalogue of Microorganisms, gcm.wfcc.infoA и обновлению Каталога референтных штаммов микроорганизмов (WDCM Reference Strains Catalogue, refs.wdcm.org/home.htm'). В состав последнего входят тест-организмы, использующиеся в процессе проведения различных экспертных лабораторных исследований. Новым шагом в развитии WDCM стало предоставление пользователям информации по библиографии иа штаммы микроорганизмов, включенные в базу данных WDCM (Analyzer of Bio-resource Citations (ABC), abc.wfcc.infoA. В таблице 1 представлены 18 российских коллекций, зарегистрированных в WDCM. Это составляет чуть больше 15% от числа коллекций микроорганизмов РФ. информация о которых включена в базу данных ВКМ, частично представленную на ВЕБ-сайте (www.sevin.ru).

Необходимо отметить, что обновление информации на сайте WDCM происходит нерегулярно, в зависимости от желания и активности администрации коллекций. На рисунке 2 показано число коллекций, которые последний раз обновляли информацию о своих фондах в различные, с 1985 по 2012, годы.

В рамках данной работы было проведено исследование степени доступа к информации о составе поддерживаемых фондов коллекций WFCC. Оказалось, что каталожная информация в системе on-line имеется только для 128 коллекций (рисунок 3). У менее половины коллекций представлены только списки видов, у других - только тип поддерживаемых микроорганизмов или информация полностью отсутствует. Сведения в таблице 2 указаны по доступной информации WDCM. Основные функции коллекций культур микроорганизмов по данным WDCM, указаны на рисунке 4.

Таблица 1 - Российские коллекции, зарегистрированные в WFCC

Акроним Номер WDCM Название коллекции

CCS 936 Algae Culture Collection of Siberia

BOROK 602 The Collection of algae

CALU 461 Collection of Algae in Leningrad. St. Petersburg, State University

CBMW 986 Collection of bacteriophages and microorganisms Micro World

CC1BSO 836 Culture Collection IBSO

CIAM* 890 Collection of Nonpathogenic Microorganisms for Agriculture

ЕМТС 974 Collection for extremophile microorganisms and type cultures

IEGM 768 Regional Specialized Collection of Alkanotrophic Microorganisms

IPPAS 596 Culture Collection of Microalgae IPPAS

КММ 644 Collection of Marine Microorganisms

LE(BIN) 1015 Komarov Botanical Institute Basidioinycetes Culture Collection

LTI 554 Crvobank of Microorganisms-Destructors

PGC 641 Peterhof Genetic Collection of Microalgae

RCAM* 966 Russian Collection of Agricultural Microorganisms

RIA 337 The Russia Research Institute for Antibiotics Culture Collection

VIZR 760 Collection for Plant Protection. All-Russian Institute of Plant Protection

VKM 342 All-Russian Collection of Microorganisms

VKPM 588 Russian National Collection of Industrial Microorganisms

Примечание:

•-коллекция зарегистрирована дважды под разными номерами

II.

ІІПІІІІІІІ

пшшш

о, с* о, оГ о, о\ О! ^ Ч » О! о, (> 5 б 5 5 5 5 (5 5 ^ 5 О1 О О

Годы

Рисунок 2 - Число коллекций, последнее обновление информации о которых датировано годами от 1985 до 2012

и Списки культур+on-line каталоги - 71

«Только списки культур - 248

и Только on-line каталоги - 57

И Только тип культур (без списков и

каталогов) - 218 и Нет информации - 27

Рисунок 3 - Информация о микроорганизмах, предоставляемая коллекциями

ЛУОСМ

Таблица 2 - Микроорганизмы, поддерживаемые в коллекциях \VDCM

Тип организма Число коллекций WFCC Наличие информации

Список видов On-line каталог

Бактерии 413 255 82

Грибы и дрожжи 380 220 65

Водоросли 59 12 15

Вирусы и клетки 49 8 12

200 ¡150

¡100 §

g 50 -( т

У!

иш

' Всего КОЛЛвКЦИЙ I Депонирование Хранение I Выдача культур

Рисунок 4 - Распределение коллекций с указанием проводимых сервисных работ Коллекции грибов

Информация о разнообразии грибов, поддерживаемых в коллекциях мира, была получена нами из различных доступных источников. Фонды поддерживаемых грибов в микробных коллекциях, зарегистрированных в \VDCM. были изучены как по отдельным страницам \¥ЕВ-сайта \VDCM в Интернете, так и по собственным данным различных

✓

коллекций, включая их печатные и электронные источники. Дополнительно была проанализирована информация о 41 коллекции грибов, которые не вошли пока в WDCM, но объявили в сети Интернет о своем существовании или опубликовали каталоги поддурживаемых штаммов в виде отдельных изданий или журнальных публикаций. Таким образом, число коллекций, фонды которых были рассмотрены при выполнении данной работы, составило 662.

Полученные результаты показали, что большая часть коллекций (415 из 662) имеет в своем составе мицелиальные грибы и дрожжи, хотя списки поддерживаемых видов в указателях или каталогах приводят из них только 287. Полный перечень коллекций микроорганизмов, в состав которых входят фонды культур грибов, представлен в приложении 1 к диссертации. Известно, что коллекции, как правило, поддерживают такие культивируемые штаммы микроорганизмов, включая мицелиальные грибы и дрожжи, условия сохранения жизнеспособности которых в искусственных условиях уже известны или могут быть подобраны по аналогии с другими. Встречаемость различных видов в коллекциях культур зависит, на наш взгляд, от нескольких факторов, в число которых могут входить: 1) степень изученности представителей того или иного таксона, 2) условия выделения в чистую культуру, 3) условия последующего хранения культур, 4) возможное прикладное значение штаммов для медицины, биотехнологии, сельского хозяйства, и другие.

Результаты проведенного в работе анализа показали, что представленность различных видов грибов в коллекциях культур различается в довольно большой степени. Основное разнообразие грибов распределено среди небольшого числа коллекций, при этом штаммы более 8000 видов грибов встречаются лишь в единичных коллекциях мира. Полученные результаты показали, что наиболее распространенными в коллекциях являются штаммы только нескольких видов, встречающиеся более чем в 100 коллекциях мира. Виды мицелиальных грибов и дрожжей, культуры которых поддерживаются в наибольшем числе различных коллекций, представлены в таблице 3. Хорошо известно, что крупнейшей грибной коллекцией мира и по видовому разнообразию и по численности поддерживаемых культур является CBS (Centraalbureau voor Schimmelcultures, Fungal and Yeast Collection, Нидерланды, www.cbs.knaw.nM. По нашим данным другие коллекции значительно отстают по этим показателям, распределяясь между собой таким образом, что единичные коллекции поддерживают значительное число видов (более 3-х тысяч), тогда как большая часть ограничивается небольшим разнообразием поддерживаемых культур (рисунок 5).

Необходимо отметить, что существуют коллекции, видовое разнообразие которых чрезвычайно мало, но число штаммов поддерживаемых видов довольно значительно. К таким коллекциям относятся в первую очередь генетические коллекции, в которых хранятся фонды мутантов Neurospora crassa (www.fgsc.net/ncrassa.html) и Aspergillus nidulans (www.fgsc.net/AspergillusA. а также коллекции продуцентов, например, Aspergillus niger — продуцента лимонной кислоты и других органических веществ

(Andersen et al.. 2011; Frisvad et al., 2011). Коллекции грибов, фонды которых поддерживают более 1000 различных видов, представлены в таблице 4. ВКМ по разнообразию поддерживаемого фонда является четвертой в Европе и восьмой в мире.

Таблица 3 - Наиболее часто встречающиеся виды грибов в коллекциях культур

№№ п/п Наименование вида Число коллекций

1 Saccharomyces cerevisiae Meyen ex E.C. Hansen 1883 147

2 Aspergillus niger Tiegh. 1867 132

3 Aspergillus flavus Link 1809 103

4 Aspergillus oryzae (Ahlb. 1878) E.Cohn 1884 93

5 PeniciIlium chrysogenum Thorn 1910 90

6 Trichoderma vi ride Pers. 1794 84

7 Fusarium oxysporum Schltdl. 1824 80

8 Geotrichum candidum Link 1809 80

9 Chaelomium globosum Kunze 1817 77

10 Rhizopus oryzae Went et Prins. Geerl. 1895 73

Рисунок 5 - Виды грибов в мировых коллекциях

Видовые названия всех микроорганизмов, включая мицелиальные грибы и дрожжи, приведены в базе данных '\VDCM без проверки, в том виде, как их подала та или иная коллекция. В связи с этим списки представленных в \VDCM фондов изобилуют неточностями, связанными как с ошибками в написании, так и с последствиями некачественного распознавания сканированных печатных текстов. Нами проанализировано суммарно 77196 видовых наименований грибов, включенных в каталоги грибных коллекций. Исключение повторяющихся названий в разных коллекциях и названий, написанных с искажениями, позволило определить разнообразие видовых наименований грибов, поддерживаемых в коллекциях мира как

24897 видов и внутривидовых таксонов. При этом в разных коллекциях мира один и тот же организм может поддерживаться под разными наименованиями - синонимами. Тем не менее, даже в таком варианте, по-видимому, правомерно сравнивать объем видового разнообразия коллекционного фонда грибов, с объемом известных видовых наименований, приведенных в номенклатурной базе данных Index Fungorum, в которой также приведены все виды и внутривидовые таксоны, включая синонимы и недействительные наименования. Полученные данные позволяют оценить видовое богатство грибов, поддерживаемых в коллекциях, как 5,26% от числа известных науке.

Таблица 4 - Перечень наиболее крупных по видовому разнообразию грибов коллекций культур мира

Страна Акроним Название коллекции Число видов

Нидерланды CBS Centraalbureau voor Schimmelcultures, Fungal and Yeast Collection 13433

США АТСС American Type Culture Collection 6627

Бельгия MUCL Mycotheque de l'Universite catholique de Louvain 5944

Великобритания IMI CABI Bioscience Genetic Resource Collection 3985

Япония IFO Institute for Fermentation, Osaka 3111

Канада CCFC Canadian Collection of Fungal Cultures 2717

Япония JCM Japan Collection of Microorganisms 2661

Россия VKM All-Russian Collection of Microorganisms 2135

Канада UAMH University of Alberta Microfungus Collection and Herbarium 1749

Германия DSMZ DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH 1712

Тайвань BCRC Bioresource Collection and Research Center, Food Industry Research and Development Institute 1565

Южная Корея КСТС KCTC Korean Collection for Type Cultures 1476

Китай CGMCC China General Microbiological Culture Collectio Center 1364

Индия DUM Delhi University Mycological Herbarium 1281

Бразилия URM Universidade Federal de Pernambuco 1149

Индия МТСС Microbial Type Culture Collection and Gene Bank 1012

В процессе анализа полученной информации по разнообразию коллекционных грибных фондов нами была создана база данных, в которую включена информация по разнообразию таксонов разного уровня (от царств до видов), поддерживаемых в коллекциях мира. В группу грибов при выполнении данной работы были включены представители царств Chromista (Hyphochytriomycota, Labyrinthulomycota, Oomycota), Fungi (Zygomycota, Ascomycota, Basidiomycota) и Protozoa (Acrasiomycota, Myxomycota), традиционно поддерживающиеся в коллекциях чистых культур грибов. Анаморфные

виды грибов (АпатогрЫс йтде) внесены нами в соответствующие таксоны сумчатых и базидиальных грибов в соответствии с рекомендациями номенклатурной базы данных 1пс1сх Рш^опип.

В настоящее время в России действуют 15 фибных коллекций, 12 из которых на протяжении многих лет участвовали в различных научных программах совместно с ВКМ. Совокупный фонд поддерживаемых в коллекциях России грибных культур составляет в настоящее время около 15000 штаммов, большая часть которых была помещена в сводный каталог непатогенных микроорганизмов (wwvv.vkm.ru).

Степень уникальности поддерживаемых фондов коллекций грибов России представлена на рисунке 6. Видовое разнообразие грибов российских коллекций в настоящее время насчитывает примерно 3000 видов, относящихся к 732 родам. При этом отмечено увеличение совокупного фонда грибов на 3000 штаммов по сравнению с ВКМ, а разнообразие его - почти на 500 видов. Большая часть этого разнообразия представлена в коллекциях институтов Российской академии наук, что объясняется, в первую очередь, стремлением исследователей к сохранению в искусственных условиях максимально возможного разнообразия выделяемых культур. Для коллекций прикладных институтов более характерно сохранение и поддержание продуцентов известных метаболитов, что приводит к некоторому ограничению таксономического разнообразия фондов при увеличении штаммового разнообразия отдельных видов.

100,0

90,0

80,0

70,0

£ 60,0

то 50,0

-е- 40,0

и 30,0

20,0

10,0

0,0

71 :4 б8,з ,4

| 36.8_______ __

1 29,4 3 А 5

, 1 2 1, 6

0,0 1 Й 0,0

о* л?

X о*

^ Л

Рисунок 6 - Специфика фондов коллекций грибов России

Сведения по мицелиальным грибам ВКМ были включены в несколько 1саталогов российских коллекций (Каталог..., 1976, 1981, 1992), электронный

сводных сводный

каталог (www.vkm.ru, - последнее обновление 2003 года) и WFCC Global Catalogue of Microorganisms (GCM - gcm.wfec.info/). Таксономическое разнообразие фонда грибов ВКМ представлено на рисунке 7.

Миксомицеты

Рисунок 7 - Таксономическое разнообразие (число штаммов) фонда ВКМ Глава 2 Базы данных по грибам Микологи ческие интернет-ресурсы

Одно из направлений биоинформатики по определению Википедии (Wikipedia, ru. wikipedia.ora/wikiA - это создание баз данных для сбора информации по видовым наименованиям живых организмов, их описаниям, ареалам распространения и генетической информации. В течение последних десятилетий активно развиваются база данных Генетического банка (GenBank), разработаны и стали доступны в системе on-line базы данных по номеклатуре и таксономии грибов, такие как Index Fungorum и MycoBank, а также информационная система Strainlnfo - по штаммам микроорганизмов. Все они, дополняя друг друга, выполняют важную функцию обеспечения научных исследователей новейшими данными по различным группам грибов.

Index Fungorum (www.indexfungorum.org)- это глобальная номенклатурная информационная система, координируемая и поддерживаемая коллективом микологов Великобритании (CABI), Нидерландов (CBS) и Новой Зеландии (bandeare Research-NZ). База данных содержит названия грибов всех рангов, включая дрожжи, лишайники, грибоподобные организмы из царств Chromista и Protozoa, а также древние формы грибов. Включение новых таксонов грибов, опубликованных в Index of Fungi (CABI), в Index Fungorum происходит каждые три месяца. В настоящее время Index Fungorum предлагает систему регистрации новых таксонов, включая новые видовые названия и новые комбинации, а также новых типификаций непосредственно на своем сайте. Index Fungorum предлагает и механизм электронной публикации новых видовых названий.

Species Fungorum (www.speciesfungorum.org/) - это информационная система, координируемая сотрудниками CABI, создает глобальный список (check-list), прошедших таксономическую ревизию видов грибов В настоящее время в этот список входит пока еще небольшое число видовых наименований (47930 вида на 11.07.2012), но он постоянно растет. Species Fungorum представляет собой грибную часть глобального международного проекта по видовому биологическому разнообразию «Species 2000» (www.sp2000.org/) и является партнером Международной интегрированной таксономической информационной системы (The Integrated Taxonomic Information System, ITIS - wwwjtis^gov/), которая создана с целью разработки Каталога жизни (The Catalogue of Life - www.cata1ogueoflife.org/).

В целом, Index Fungorum представляет собой чрезвычайно важный открытый информационный источник, использование которого имеет несомненное теоретическое и практическое значение для исследований микологов всего мира.

MycoBank (www.mvcobank.org) представляет собой доступную on-line сервисную службу для предоставления исследователям информации по номеклатуре, библиографии, описаниям видов, иллюстрациям и дополнительным интернет-ресурсам по грибам. Каждое видовое название имеет уникальный номер микобанка (MB), который может цитироваться в публикациях. Эти же номера используются для тех же видовых названий в номенклатурной базе данных Index Fungorum, которая была описана ранее, и с которой MycoBank тесно взаимодействует.

GenBank (NCBI, www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/) - это аннотированная коллекция доступных пользователям сиквенсов ДНК (Benson et al., 2011), призванная обеспечить доступ в рамках научного сообщества к наиболее актуальной и полной информации о последовательностях ДНК. На 11.07.2012 г. эта база данных содержала 3366856 нуклеотидных последовательностей для грибов. Значение генетического банка для систематики грибов, также как и других организмов, широко известно. В последнее время активно развиваются филогения, систематика и экспресс идентификация отдельных таксонов грибов разного ранга на основе сравнения последовательностей ITS 1/ITS2 (internal transcribed spaces) (Braun et al., 2003; Nilsson et al., 2005; Druzhinina et al., 2006), LSU rDNA, SSU rDNA (Padovan et al., 2005; Tang et al., 2007), COl (cytochrome С oxidase 1 gene) (Seifert et al., 2007) и других участков генома.

Strainlnfo (www.straininfo.net/) - информационная система по штаммам микроорганизмов, разработанная несколько лет назад специалистами Гентского университета (Бельгия), работающая on-line. В состав коллекций микроорганизмов, информацию о которых объединила эта база данных в настоящее время входит более 60 коллекций мира, включая ВКМ. Известно, что конкретная информация о наличии тех или иных культур в той или иной коллекции, в том числе о типовых штаммах, может быть получена из каталогов коллекций, часть которых доступна в Интернете. Каждая коллекция (БРЦ) присваивает свои номера для поддерживаемых культур, что приводит к длинным перечням многочисленных номеров культур, ссылающихся на один и тот же

типовой или референтный штамм. В связи с этим, при необходимости получения информации по определенном)' штамму, в процессе поиска нужно использовать все известные для данного штамма номера соответствующих культур в разных коллекциях. 51гат1пГо решает эту проблему объединением всех существующих параллельно в разных коллекциях номеров культур в единый паспорт штамма. Паспорт штамма содержит, таким образом, все номера относящихся к нему культур и дополнительную информацию по истории их движения от автора штамма до коллекции и в процессе обмена культурами между ними (схема ЮбИт, рисунок 8), а также библиографические сведения, имеющие отношение к конкретному штамму и молекулярно-генетические данные. Особенностью базы данных Б^аМпТо является и то, что она позволяет посредством связей между разными базами данных отдельных коллекций переходить со страниц сайта вПаиМо непосредственно на страницы с описанием данного штамма в электронных каталогах отдельных коллекций.

Т\/кМГ-Гз2в ^

СВ5 624.72 1.СГ 72.2193

ґ ІМІ 1673(3 ^

І--

1359 Л

ССИС 31665 ПМ

ВСЛС 31665 '"Ч ґ ЯТСС 52213

_^ V,_

МУСІ. 31206

11.Ип<сг \ КМ 1-І 323 - 2312/2 51» лгпТиГоле»

Рисунок 8 - Схема Ні$1гі

Результаты анализа разнообразия грибов в генетическом банке Известно, что таксономическая составляющая ОепВапк не поддерживается каким-либо экспертным советом со стороны специалистов по таксономии и филогении. В настоящее время из более чем 82000 наименований образцов грибных последовательностей, внесенных в 1\'СВ1 на 14.04.2012 г., только чуть более 20000 имеют определенные видовые названия. Остальные представлены на уровне более высоких таксонов - семейств, порядков, отделов и классов. Значительная часть (более 14000) образцов вообще не имеет какого-либо определенного таксономического статуса и обозначена как «ипсквяПес!» или «тГогта!» (не имеющие формального

таксономического диагноза) грибы, отобранные из природной среды, такие, например, как «beech leaf mycelium 1», «ectomycorrhiza oiSalix reinii» и т.д.

Для того чтобы прояснить сложившуюся ситуацию с разнообразием грибов в генетическом банке и обеспечением этого разнообразия типовым материалом нами был проведен анализ информации из нескольких крупных действующих on-line источников: » база данных по видам грибов в генетическом банке (NCBI, Taxonomy) » база данных IndexFungorum (CABI, CBS)

• база данных по видам грибов в коллекциях мира (ВКМ)

• база данных по культурам грибов в БРЦ (Strainlnfo)

В базу данных FungalDC были внесены названия всех таксонов грибов в рангах от царства до рода, а также все названия видов, включенные в GenBank и каталога 287 коллекций мира. Классификация высших таксонов представлена в соответствии с 10-ой редакцией словаря грибов (Dictionary of Fungi, 2008). В результате анализа интегрированных данных удалось оценить степень представленности в GenBank грибных таксонов разного уровня в целом по царствам Fungi, Chromista и Protozoa, в той части, что традиционно поддерживается грибными коллекциями и гербариями.

Анализируя динамику увеличения данных по грибам в генетическом банке в течение последних почти 20 лет, можно сказать, что для начального этапа этого периода было характерно, в основном, изучение последовательностей известных таксонов (рисунок 9). В последние годы в GenBank лавинообразно растет количество неидентифицированных образцов.

"Высшие таксоны

"Роды

"Виды

М Формы и варианты

u Не идентифицированные образцы

N сч 5 # £ .<? ,<?

Годы

Рисунок 9 - Динамика увеличения разнообразия грибов в GenBank

Такое положение может быть связано как с тем, что для публикации данных, полученных молекулярно-генетическими методами, требуется помещение

соответствующих последовательностей в доступную базу данных (Ryberg et al., 2009), так и с тем, что многие исследователи рассчитывают с помощью внесенных в генетический банк последовательностей быстро и на современном уровне идентифицировать изучаемый образец. Однако, последнее далеко не всегда возможно по следующим причинам:

1) недостаточная представленность в GenBank таксономического разнообразия грибов (Vilgalys, 2003; Nilsson et al„ 2006),

2) GenBank не является авторизованной системой по номенклатуре и таксономии, а приведенные в нем классификационные схемы значительно отличаются от современных (Hibbett et al., 2007). Об этом на каждой его странице есть соответствующее уведомление - «Disclaimer: The NCBI taxonomy database is not an authoritative source for nomenclature or classification - please consult the relevant scientific literature for the most reliable information»,

3) для подтверждения идентичности видовых наименований необходимо предварительно изучить степень внутривидовой вариабельности (Druzhinina et al., 2006),

4) количество новых некорректных записей значительно превышает число вносимых исправлений, что ведет к неуклонному росту неточностей (Pennissi, 2008),

5) большое число некорректных последовательностей (около 20%), с которыми и производится сравнение новых данных с помощью специальных компьютерных программ (Bridge et al., 2003; Bitardonto et al., 2008). Последнее является следствием того, что присвоение определенного видового названия организму, из которого выделена та или иная последовательность, при помещении ее в GenBank, несомненно, зависит от квалификации исследователя и, следовательно, не может исключить влияния, так называемого, человеческого фактора, а именно:

• автор может просто неверно провести идентификацию гриба на основании других диагностических характеристик,

• автор может придерживаться определенной специфической классификационной схемы, что приведет к отличному от других пониманию объема того или иного таксона,

• последовательности могут быть внесены для образца, идентифицированного лишь приблизительно, а после окончательной идентификации название его в GenBank изменено не было;

• живая культура или гербарный образец, подвергшиеся секвенированию, могут быть контаминированы, что станет причиной неправильных данных и, соответственно, повлечет за собой неверные выводы.

Тем не менее, несмотря на вышеперечисленные ограничения, молекулярно-генетические исследования имеют несомненное значение для систематики грибов (Bridge et al., 2005), a GenBank выполняет крайне важную функцию, поддерживая огромное количество последовательностей, выделенных из разных организмов, и предоставляя возможность быстрой компьютерной обработки при их сравнении. В связи

с этим, именно сейчас, пока объем данных по грибам еще позволяет проводить их детальный анализ, микологическому научному сообществу необходимо осознать совершенную необходимость внесения в СгепВапк данных по максимально возможному объему существующих номенклатурных типов для видов грибов. Рассматривая общее разнообразие генетического банка (рисунок 10) по высшим таксонам грибов можно отметить, что лидирующее положение по количеству заложенных в СгепВапк последовательностей известных родов и видов грибов занимают аскомицеты (61,7% родов, 58,7% видов) и базидиомицеты (30,5% родов, 36,8% видов), включая анаморфы соответствующего аффинитета. В малых долях представлены другие высшие таксоны, из которых зигомицеты составляют 3,3 и 1.8% соответственно, а все остальные таксоны в сумме - менее 5%.

Рисунок 10 - Таксономическое разнообразие грибов в гене тическом банке

Соотношение по представленности в GenBank родов грибов, относящихся к разным высшим таксонам, по сравнению с числом известных для них названий родов, представленных в базе данных Index Fungorum. позволило оценить уровень изученности отдельных групп грибов молекулярно-генетическими методами. Полученные данные показали, в каких именно таксонах наибольшее количество «белых пятен», а какие из них имеют наивысший показатель по количеству уже имеющегося в GenBank материала. На рисунках 11-12 показано соотношение имеющегося известного таксономического разнообразия разных групп грибов к их разнообразию в генетическом банке. Подробные данные по отдельным классам сумчатых и базидиальных грибов приведены в тексте диссертации.

Arthoniomycetes Dothideomycetes Eurotiomycetes Incertae sedis Laboulbeniomycetes Lecanoromycetes Leotiomycetes Lichinomycetes Neolectomyeetes Orbiliomycetes Pezizomycetes Pneumocystidomycetes Saccharomycetes Sordariomycetes Taphrinomycetes

и Помещены в GenBank

и Отсутствуют в Genbank

1000

Число родов

2000

Рисунок 11 - Представленность родов грибов Ascomycota в GenBank

Ч/Чг

Agaricomycetes Agaricostilbomycetes Atraclieilomycetes Classiculömycetes Cryptomycocolaeomycetes Cystobasldlomycetes Dacrymycetes Entorrhlzomycetes Exohasidiomycetes Incertae sedis Microbotryomycetes Mixlomycet.es Puccintomycetes Tremellomycetes Ustilaglnomycetes iVallentlomycetes

749

1590

и Помещены в GenBank

ö Отсутствуют в Genbank

0 50 100 150 200 250 300 350 400 Число родов

Рисунок 12 - Представленность родов грибов Basidiomycota в GenBank

Необходимость использования типовых образцов в разных направлениях микологических исследований неоднократно отмечалась многими авторами, в том числе и в виде открытых писем всему научному сообществу (Agerer et al., 2000; Hawksworth, 2004b: Romano et al., 2005). В периодической литературе многие исследователи, приводя номера изученных молекулярно-генетическими методами штаммов, часто не указывают,

являются они типовыми (аутентичными) или нет (Tang et al., 2007), часто вообще не приводят обозначения исследованных образцов, указывая лишь Accession Numbers GenBank (Padovan et al., 2005). Следствием такого невнимания к обозначению типа является неопределенность таксономического значения сравнительных данных по молекулярно-генетическим исследованиям. Для уточнения статуса исследованных образцов необходимо проводить довольно трудоемкую сверку их номеров с соответствующими каталогами коллекций или гербариев, что возможно только в случае их существования в открытом доступе. Определение числа исследованных молекулярно-генетическими методами номенклатурных типов для грибных таксонов, имеющих отношение к живым культурам, до сих пор практически невозможно оценить из-за отсутствия в базе данных GenBank специального обязательного поля для внесения обозначения статуса образца (тип/не тип).

Сравнение таксономического разнообразия GenBank и Index Fungorum позволило выявить ряд видовых наименований (примеры которых приведены в таблице 5), отсутствующих в базах Index Fungorum и MycoBank, но имеющихся в GenBank. При этом ни для одного из приведенных в таблице таксонов в описании последовательности нет указания на статус исследуемого образца, а именно, является ли он типовым. По устному сообщению куратора Index Fungorum Пола Керка (Paul Kirk) очередь на внесение в базу данных составляет практически постоянно почти 1000 видовых наименований. Это еще раз подтверждает необходимость взаимодействия разных баз данных и координации прилагаемых усилий их кураторов. Совместно с сотрудниками Strainlnfo (Бельгия) и Fungal GenBank Taxonomy Group (NIH/NLM/NCBI) нами была проведена работа по настройке взаимодействия в системе: «GenBank/Taxonomy/Accession Numbers of Fungi —> Таксономическая база по грибам ВКМ <— Strainlnfo.net/ejc-fvpe fungal cultures» для интеграции информации в отношении типовых культур для видов грибов.

Таблица 5 - Примеры таксонов, информация о которых есть в СепВапк, но отсутствует в номенклатурных базах (на 10.07.2012 г.)

NN Название вида Номер в GenBank Таксономическое описание в GenBank

1 Appendicheirospora graminicola EF584526 Diaporthaies; mitosporic Diaporthaies; Appendicheirospora

2 Ascobrunneispora aquatica AF177154 Sordariales; Annulatascaceae; Ascobrunneispora.

3 Ascocollumdensa aquatica AF132325 Sordariales; Annulatascaceae; Ascocollumdensa.

4 Cateraclispora recepliculi AF177153 Sordariales; Annulatascaceae; Cateractispora

FungalDC- база данных о разнообразии грибов в коллекциях мира

Практически ни одна из крупных коллекций мира в настоящее время не дает на своих ВЕБ-сайтах полного списка поддерживаемых видов, предоставляя возможность пользователю искать нужные культуры по отдельным запросам на каждое требуемое наименование. Поиск необходимого наименования на ВЕБ-сайте WDCM по спискам отдельных коллекций требует крайне длительного времени, поскольку здесь возможен просмотр только отдельных страниц, каждая из которых содержит по 30 видовых наименований, расположенных в алфавитном порядке. Кроме этого до сих пор полностью отсутствуют сведения о разнообразии коллекций культур грибов по таксонам в ранге выше вида и рода - от семейства до царства. В связи с этим нами была разработана собственная специализированная база данных FungalDC (Fungal Diversity in Culture Collection), способная стать справочной системой о поддерживаемых в различных коллекциях мира видах мицелиальных грибов и дрожжей, работающая в системе открытого доступа (on-line). База данных содержит информацию по следующим разделам:

- разнообразие видов грибов в коллекциях мира (по данным WFCC, по электронным каталогам различных коллекций, а также по опубликованным печатным или размещенным в интернете спискам видов грибных культур, имеющихся в работе у отдельных лабораторий);

- типовые культу ры (ex-type cultures) видов/внутривидовых таксонов в коллекциях мира (согласно данным Straininfo и каталогам различных коллекций);

- молекулярно-генетические исследования грибных таксонов (мицелиальные грибы и дрожжи) - их таксономическое разнообразие в GenBank;

- присвоение разным таксонам групп риска согласно классификациям, одобренным в различных странах (в соответствии с международными стандартами и регулирующими документами отдельных стран) и международных организациях (Всемирная организация здравоохранения, Европейский Союз).

Разработанная база данных объединила разнообразие видов в GenBank с классификацией высших таксонов и с информацией о доступности типовых культур в коллекциях мира. FungalDC доступна на сайте ВКМ и в режиме реального времени дает информацию для каждого вида гриба через линки на такие источники, как Index Fungorum, MycoBank, GenBank и Straininfo. Кроме того, существует возможность быстро найти информацию о местонахождении типовой культуры для определенного вида в различных коллекциях культур. В настоящее время объем FungalDC составляет более 74000 записей. Количество внесенных данных постоянно увеличивается в соответствии с периодическими обновлениями. Структура включенной информации представляет перечень всех наименований родов по Dictionary of the Fungi (2008) - более 16000, более 23000 видов грибов (3733 рода) в 287 коллекциях культур мира, более 22000 таксонов в GenBank. Поисковая система (рисунок 13) представлена в двух вариантах - поиск названия для перехода в известные информационные системы по

грибам - Index Fungorum, MycoBank, GenBank, Straininfo и поиск названия в коллекциях культур. Особенностью созданной нами информационной системы в отличие от имеющихся известных в мире баз данных является возможность перехода от каждого видового наименования гриба в FungalDC на соответствующее поле каждой из перечисленных на рисунке 14 баз данных. Некоторые функции Straininfo совокупно близки к FungalDC. Однако наша система одновременно охватывает значительно больший спектр коллекций и предоставляет связь с номенклатурными базами.

RUSS1AH ACADEMT OF SCHUCK О КЯСЛГАВМ ЮетшЛЕ OF BIOCHEWJSniyAMD PHÏSlObOOÏ OF MICROORGANISMS

ALL-RUSSIAN COLLECTION OF MICROORGANISMS - VKM

Fimgal Dtvmity In Соки* саііепіош (f ивдаШО

Tili» paper prtMotl tlw database 1Ш cmiiniiH Î4SW fiaigal species front cuibtt* rolleclioui around Hie World, IH814 nantcc üffiMgal qxcii »Л'шгвііИ tl ciii □•«Baak »к! IM I i сенегn Ii от 101 Ii Kditiou ofltic Dictionaiy of I-^itgi. ЇООв. її« database will be under ceiutaiit chante «lue lo the &« that its iukJui ly iii£ data or« consbaUly updated A special format was devalopsd to: (я) perlini« ml-іши intcfclis& to urfticli exieiit diveiï* limitai srorçjs

have hteu siiuiicd by molecular methods. and (b> identify type material of a paiticulm яре ciea пакт* the studied Each species unrnc in the

dahlbn*o is Itrrtrf.l [.чи, Ihe orftoeraphy of Inde* Гшвопип For each specie, шипе. Hw «игеврщкКЩ hielici' гішК Hrtrt MtuilicMcd. accordiu« to dMa from AFTOt (САНІ! Hie ifcdabase is niable 10 жну iuleiested user at die webfit« «f VKM wid Kit ainlidv

PinigiUDC tttbU І ТІНвШьвШшІїитм in Culture collections (7.4Î MB) Моя of turnten have links to МусйВяЫ, Nul ludttBuinflM.

ЯК» die fungal леще j Soa.ch j ¡t.

or search m Table 1 according lite first letter of the imnie

ABCEEEDHUKlMÛQieEalUÏÂXÏÏ

FiwjtalDC table 2. Dim rinitiou of fiuiai ¡a Cultara collections |CC)

Columns Culture гшліе. Country. CC ясі-ш^ш. WDCM ішшЬег. CC інше. Soiled Ц' Culture наше. Commy. CC nnouyiu

Give the name and [_ Soaicti } for it.

or search ill Table 1 according fltc lUH leitet of Hie пая»:

ABÇDEEUUliKLMMQea&SIL'ywsïZ

Ч1іс niitliom highly appreciated die valuable btlp in collection of these deda provided by: - Boil Veulyppe and Peter Dnwyndt - Su aitiinfe. system, UNIVERSITES GENT. Всіціши

Рисунок 13 - Поисковая страница FungalDC на сайте ВКМ (www.vkm.ru)

КОЛЛЕКЦИИ КУЛЬТУР

MYCOBANK

INDEX FUNGORUM

GENBANK

STRAININFO

НАЗВАНИЕ ГРИБА

Рисунок 14 - Схема взаимодействии баз данных в Рип^аШС

Из базы данных РигщаШС можно перейти к каждой конкретной коллекции в базе данных \VDCM. Именно эта возможность была использована Мшсобанком, который в

настоящее время на странице каждого таксона сделал ссылку на FungalDC в разделе «Specimens and strains links, «АН-Russian Collection of Microorganism». База данных WDCM в настоящее время не содержит сведений о конкретных номерах штаммов, а названия видов указаны так, как они приводятся в коллекциях, что является причиной определенных неточностей и опечаток. В нашей системе все названия родов и видов уже выверены по Index Fungorum.

Кроме предоставления необходимой различной информации из разных источников, FungalDC позволяет вести анализ имеющейся в ней информации. Это особенно интересно, так как обобщение получаемых ответов на различные запросы, дает возможность оценить насколько имеющееся в коллекциях таксономическое разнообразие использовано для получения молекулярно-генетических характеристик отдельных таксонов или в каких-либо прикладных исследованиях. Так, нами было проведено сравнение объемов различных родов мицелиальных грибов (по числу видов, указанных в Dictionary of the Fungi, 2008) с видовым разнообразием этих родов в коллекциях культур и в GenBank (рисунок 15). Полученные данные показали, какие из таксонов на уровне рода практически не изучены с помощью молекулярно-генетических методов, что дает возможность при планировании проведения фундаментальных исследований по систематике отдельных групп грибов обратить на них больше внимания. При этом можно сразу оценить возможность проведения работ на должном уровне, получив информацию о доступности типового материала или референтных штаммов для каждого нужного вида.

Более наглядно картина, выявляющая «белые пятна» в изучении различных видов грибов с помощью FungalDC показана на рисунке 16. Отчетливо видны незаполненные названиями баз данных участки для перечисленных видов грибов. Таким образом, можно сразу увидеть, для каких из представленных таксонов отсутствует информация по таксономии, номенклатуре или молекулярно-генетическая характеристика, т.е. какие виды больше других нуждаются в изучении. Переход на страницы коллекций культур или в систему Strainlnfo даст необходимую информацию о наличии нужных штаммов и контактных сведениях по конкретным коллекциям, из которых их можно получить. Наличие возможности получения подобной информации имеет большое значение для оценки состояния изученности отдельных таксонов и позволяет направленно вести работу по изучению отсутствующего в GenBank типового материала. Таким образом, нами создана «рабочая площадка», которая, несомненно, будет способствовать дальнейшему повышению эффективности работ по идентификации грибов и развитию системы классификации.

База данных Fungal DC прошла государственную регистрацию, о чем имеется соответствующее свидетельство. Параметры и описание FungalDC приведены в приложении 2.1 к диссертации. В результате работы впервые был создан Указатель мирового коллекционного фонда грибов, доступный на сайте ВКМ (www.vkm.ru'). Объем этого Указателя в настоящее время составляет 24897 наименований

мицелиальных грибов и дрожжей. Полученные в результате данной работы материалы, стали основой информационно-справочной систем по грибам в коллекциях культур, особенностью которой является взаимодействие РипцаЮС с известными базами данных по грибам, такими как 1пс1ехРш^огит, МусоВапк, СспВапк и Утип1пГо, что позволяет считать ее единой справочной системой по грибному разнообразию мирового коллекционного фонда.

1000

2000

3000

4000

3=»-

Acremonium jT" Alternaria Aspergillus Candida Ceratocystis Cercospora > Chaetomium Fusarium Mucor Mycosphaerella Nectria Pénicillium Phoma Phomopsis Pichia Polyporus Poria Pythium Saccharomyces

r=~

Н Всего известных видов и Число видов в коллекциях и Число видов в ОепВапк

Рисунок 15 - Представленность видов отдельных родов грибов в Gen Ban к, Index Fungorum и коллекциях мира

Наличие такой информации позволит заинтересованным исследователям отыскать среди множества коллекционных каталогов культуру необходимого для решения требуемой задачи вида, что, безусловно, будет иметь большое значение для проведения теоретических и прикладных исследований. Создание источника обзорной информации по культурам грибов, несомненно, может содействовать соотнесению морфо-физиологических и молекулярно-биологических сведений по грибам, что, в свою очередь, позволит выявить наиболее узкие места в классификации и филогении грибов, направить усилия исследователей в наиболее интересные точки для приложения, уточнить логику проводимых изысканий. Подтверждением того, что разработанная нами система достаточно востребована пользователями, служат данные статистики по сайту ВКМ (рисунок 17).

RUSSIAN ACADEMY OF ЭЯЕНШ

ALL-RUSSIAN COLLECTION OF MICROORGANISMS - VKM

"frf

'Samti

.'SMl

Gakids'SaBts SsU'^d!

'Snsfc l&USBii iStmtik 1 ;»pi. iStmte

'Ssmto 'Sums

ЗЭ

Рисунок 16 - «Белые пятна» в изучении различных видов грибов с помощью

Гш^аГОС

Monthly Statistics Cm- June 2012 |

Top 10 of 4632 Total tTRLs By KBytes

# ШВННН' KBvtei URL

1 178921 70.07% 12412210.47%/tbl2.php —► Fmigal DC

2 30 0.01% 70691 5.96%/frugal dc/wcc-names.htm

3 72 0.03% 53714 4.53%/cataloe/list'fimsa.pdf

4 5 170 54 0.07% 45683 3.85%/fimifal dc/tablel/t.htm 0.02% 38179 3.22% /catalo e/list/fima.txt

6 7« 0.03% 36520 3.08% /cataloe/HTML/Fiuiai.htm

7 102 0.04% 29976 2.53%/fungal dc/tablel/elitm

8 24 0.01% 28597 2.41%/ftm?al dc/p.htm

9 32 0.01% 24503 2.07% /catalo e/HTML/Bacteiia .htm

10 31 0.01% 23092 155%/ftmgal dc/ahtm

Рисунок 17 - Статистика запросов по FungalDC

Показано, что количество скачанной информации составляет более 120 МБ, число просмотров страницы БитщаГОС достигло в мае-июне 2012 года 180000 в месяц.

Информационное сопровождение коллекции мицелиальных грибов ВКМ Деятельность специалистов ВКМ, касающаяся биоинформатики, является одним из важных направлений коллекционной работы и связана с реализацией задач по созданию в перспективе на базе ВКМ Биологического ресурсного центра - коллекции культур новой генерации, а также с интеграцией ВКМ в существующие и создаваемые мировые информационные сети Центров биологических ресурсов (рисунок 18), такие как Всемирная федерация коллекций культур, БцаттГо и Глобальный каталог микроорганизмов (СгСМ).

В ВКМ разработана (рисунок 19) информационная система, которая состоит из курируемых баз данных, связанных между собой. Практически все из них в настоящее время открыты для пользователей на сайте ВКМ. Каталог коллекционного фонда представлен в нескольких форматах, включая два варианта поисковой системы - по названию организма и по номеру штамма.

База данных «Фонд мицелиальных грибов Всероссийской коллекции ■микроорганизмов ИБФМ РАН» - это база данных о штаммах мицелиальных грибов, включенных в фонд ВКМ. Число записей в базе данных составляет более четырех тысяч (4268) и равно количеству поддерживаемых в коллекции культур грибов. База данных периодически обновляется, обеспечивая пользователей сведениями о номенклатуре, таксономии, различных биотехнологически перспективных свойствах поддерживаемых штаммов, а также о методах их культивирования и длительного сохранения в искусственных условиях. Для того, чтобы база данных могла использоваться исследователями разных стран мира, все данные о штаммах приведены на двух языках -русском и английском. База данных содержит таблицы и формы, позволяющие быстро обрабатывать собранные данные и обновлять имеющиеся. Таблицы дополнены большим списком запросов, помогающих исследовать накопленное информационное

Рисунок 18 - Схема включения ВКМ в существующие мировые информационные сети

пространство в различных сечениях и комбинациях. База данных «Фонд мицелиальных грибов ВКМ ИБФМ РАН» и комплекс программ для организации ее работы на сайте ВКМ (wvvw.vkm.ru') прошли государственную регистрацию, о чем имеются соответствующие свидетельства. Параметры и описание базы данных «Фонд мицелиальных грибов ВКМ ИБФМ РАН» приведены в приложении 2.2 к диссертации.

www.vkm.ru

Фонд ВКМ

Разнообразие грибов

• F -

мицелиальные грибы

* Y- дрожжи

Вибпио! рафия о ни яшмах

Методы и нормативные

документы

"----\

( Питательные среды

Сроки гарантированного хранения

Рисунок 23 - Информационная система ВКМ

Глава 3 Грибы в связи с проблемами биологической безопасности

Использование культур грибов и в научных исследованиях, и в технологических разработках требует особого внимания к вопросам биологической безопасности. Необходимо отметить, что русскоязычное определение «биобезопасности», по сути, объединяет два понятия, которые переводятся на английский как «ЫоэаГЫу» и «ЬювесигЙу». «ВкгеаГад» - это защита лабораторного персонала и окружающей среды от вредного случайного воздействия патогенных микроорганизмов, а «ЫокссигЦу» -предотвращение несанкционированного специального использования патогенных микроорганизмов, в том числе и с целью создания биологического оружия. Выполнение условий по обеспечению биобезопасности при работе с грибами необходимо в связи с существующими правилами и нормами, такими как:

- санитарные правила по работе с патогенными и условно-патогенными культурами грибов в лаборатории и их передаче в другие учреждения (Санитарно-эпидемиологические правила.,., 2003; Санитарно-эпидемиологические правила..., 2008);

- карантинные ограничения по ввозу грибов на территорию Российской Федерации и вывозу их за пределы России (Перечень вредителей..., 2007);

- международные обязательства России по нераспространению потенциально опасных грибов, способных быть использованными в качестве биологического оружия (Список возбудителей..., 2001);

- рекомендации по упаковке живых культур мицелиальных грибов и транспортировке их с помощью отечественных и международных почтовых служб (Иванушкина с соавт., 1997; International Regulations..., 2008).

Категоризация биологического риска

Для каждого отдельного государства или конкретного региона Земного шара Всемирная Организация Здравоохранения (Laboratory Biosafety Manual..., 2004) рекомендует проводить обязательную разработку национальной или региональной классификации микроорганизмов по группам биологического риска, которая должна учитывать: 1) патогенность организма, 2) пути передачи инфекции и специфику организма-хозяина, 3) доступность и эффективность профилактических мероприятий на местах, 4) доступность эффективного лечения на местах - пассивная иммунизация, вакцинация после инфицирования, использование противомикробных и химиотерапевтичсских средств с учетом возможности появления резистентных штаммов. В тексте диссертации подробно рассмотрены определения уровней биологического риска, принятых в различных странах мира и разными международными организациями, связанными с этой проблемой в сравнении с категоризацией патогенных и условно-патогенных грибов в соответствии с российским законодательством.

Таксономическое разнообразие патогенных и условно-патогенных грибов

В процессе выполнения данной работы был проведен анализ информации, опубликованной в нормативных документах разных стран мира по биологической безопасности, связанной с мицелиальными и дрожжевыми грибами. В структуру созданной базы данных вошли поля, содержащие сведения по номенклатуре потеницально опасных видов, группе патогенности, объекту инфекции, названию и симптомах болезни, пути инфицирования, жизнеспособности возбудителя в природных условиях, особенностям географического распространения и библиографии, а также сведения по таксономической принадлежности каждого вида - подцарство, класс, отдел, порядок, семейство, род вид и внутривидовые таксоны. Основное внимание было уделено вводу полного списка известных для каждого конкретного организма номенклатурных синонимов. Это позволяет использовать полученную информацию для предотвращен™ возможного применения патогенных грибов в биотехнологии, сельском хозяйстве и других видах деятельности человека на ранних стадиях разработки соответствующих технологий.

На основании литературных данных был проведен анализ видов мицелиальных грибов и дрожжей, включенных в официальные списки групп риска различных стран мира - России, Бельгии, Германии, Голландии, Великобритании, США, Швейцарии, Австралии и Новой Зеландии, Сингапура (Directive 2000/54/ес, 2000; De Hoog et al., 2000; Liste Risikobewerteter..., 2001; Biosafety..., 2009; Safety in Laboratories, 2002; Санитарно-эпидемиологические правила..., 2008; Сергеев, Сергеев, 2003; Approved List..., 2004; Guidelines on the Import..., 2004; Herausgegeben vom Bundesamt..., 2004; Belgian Cassifications..., 2006). Известно, что общее количество видов, относящихся к патогенным формам, по данным разных авторов различается, но быстро увеличивается со временем и сейчас уже насчитывает по нашим данным более тысячи видов. Обобщенные данные о разнообразии патогенных и условно патогенных грибов представлены в таблице 6. Общий список видов насчитывает, таким образом, более пятнадцати тысяч наименований. Показано, что основная часть этой группы грибов относится к сумчатым грибам и их анаморфам. Анализ проведен с использованием базы данных Index Fungorum, данные представлены на 30.06.2011 г.

Таблица 6 - Таксономическое разнообразие патогенных грибов

Царство Подцарство Число родов Число видов

Chromista Oomycota 2 3

Fungi Zygomycota 20 1061

Fungi Basidiomycota 33 537

Fungi Ascomycota 224 13532

Всего 279 15133

Особый интерес для исследователей в области медицинской микологии могут представлять сведения о том, насколько велико разнообразие чистых культур патогенных и условно-патогенных грибов, поддерживаемых в специализированных коллекциях и доступных для заинтересованных пользователей. Типовые и аутентичные культуры могут быть использованы для проведения сравнительных тестов при диагностических исследованиях или для проведения каких-либо других лабораторных работ прикладного характера. Оценка таксономического разнообразия поддерживаемых в коллекциях патогенных грибов была проведена на основе общего разнообразия фонда грибов в коллекциях WDCM.

При рассмотрении вопроса о таксономическом разнообразии имеющихся списков патогенных видов и представленности этих видов в коллекционных фондах, необходимо иметь в виду тот факт, что в разных документах и каталогах один и тот же вид может одновременно поддерживаться под разными наименованиями, которые могут соответствовать различным стадиям жизненного цикла (таблица 7) или являться синонимами одного вида.

Таблица 7 - Категоризация грибов по разным стадиям жизненного цикла

Телеоморфа Группа риска* Анаморфа Группа риска

Arthroderma gertleri X/IV Trichophyton vanbreuseghemii III/IV

Arthroderma gloriae X Trichophyton gloriae III/IV

Debaryomyces hansenii var. fabryi IV Candida famata \ai.flareri X

Eurotiiim herbarsorum X Aspergillus glaucus IIWV

Hypocrea aurantlaca X Trichoderma viride III/IV

Примечание:

*Х - уровень риска для этих видов не определен, однако при работе с ними необходимо придерживаться санитарных правил, определенных национальным законодательством (Швейцария, Guidelines. Classification ...,2004)

Интересная ситуация возникает когда один и тот же организм имеет названия it разных стадий - телеоморфы и анаморфы, и названия их синонимов (таблица 8). Необходимость решения проблемы использования при категоризации риска различных названий одних и тех же организмов привела к принятию Европейским Союзом специальной Директивы (European Union, 2000), в которой указано, что в официальных списках патогенных видов должны использоваться только современные данные по таксономии и номенклатуре. Это очень существенно, поскольку избавляет пользователя от необходимости сопоставления новых и уже давно устаревших названий.

Таблица 8 - Варианты представления одного гриба п каталогах разных коллекций

Название телеоморфы Группа риска Название анаморфы Группа риска

Pseudallescheria boydii IIWV Scedosporiwn apiospermum Ш/IV

Synonym Allescheria boydii - Synonym Monosporium apiospermum -

В течение длительного времени (с 1980 года) россшюкие списки групп патогенности не пересматривались. В мае 2008 года эта ситуация изменилась и в настоящее время в России действуют новые официальные списки патогенных грибов (Санитарно-эпидемиологические правила..., 2008). При этом категоризация опасных грибов практически не изменилась. В отличие от зарубежных классификаций, в РФ продолжает существовать понятие «патогенность», а не группа риска. В связи с этим, все грибы, включенные в списки групп патогенности, автоматически считаются патогенными, что не соответствует действительности не только в части 4-ой группы, но и третьей. В связи с этим нами был проведен анализ таксономического разнообразия

патогенных и условно-патогенных грибов по официальным документам различных стран мира в сравнении с Санитарными правилами России (таблица 9).

Таблица 9 - Разнообразие патогенных грибов второй группы патогенностп, соответствующей уровню риска (Risk group 3)

Виды грибов Страны*

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

Blastomyces dermatitidis V V V V V V V V V

Clctdophialophora arxii V V

CI. bantiana V V V V V V V

CI. carrionii V

CI. devriesli V

Cladosporium trichoides V

Coccidioides immitis V V V V V V V V V V V

C. posadasii V V

Cryptococcus neoformans V V

Cr. gattii (syn. Cr. neoformans var. gattii) V V

Cr. neoformans var. grubii V

Cr. neoformans var. neoformans V V

Dactylaria gallopava V V

Epidermophyton spp. V

Exophiala dermaliditis V

Fonsecae pedrosoi V

Histoplasma capsulatum var. capsulatum V V V V V V V V V V V

H.dubosii (syn. H.capsnlatum var. dubosii) V V V V V V V V V

H. capsulatum var. farciminosum V V V V V

Microsporum spp. V

Paracoccidioides brasiliensis V V V V V V V V V

PeniciIlium mameffei V V V V V

Rhinocladiella mackenziei V

Sporothrix schenckii V

Trichophyton spp. V

Примечание:

* Названия стран и ссылки на использованные документы: 1. - РФ (2008); 2 - Великобритания (2004); 3 -Еи (2000); 4 - Швейцария (2004); 5 - Сингапур (2004); 6 - Бельгия (2006); 7 - Германия (2001); 8 - США (2011); 9 - Нидерланды (2009); 10 - Южная Корея (2005); 11 - Канада (2009).

Виды грибов третьей и четвертой групп патогениости по российским правилам в сравнении с соответствующими группами риска зарубежных официальных документов представлены в приложении 3 к диссертации (в связи с большим объемом материала).

Глава 4 Методы хранения и опыт поддержания фонда грибов ВКМ

Проблема надежного сохранения культур грибов возникает практически сразу после выделения свежих изолятов из природных источников и установления их научной и практической значимости. Известно, что физиологические и генетические нарушения, возникающие в чистых культурах грибов при неверно выбранном методе хранения, могут стать причиной значительных экономических потерь в биотехнологии или неудач при проведении научных исследований. Гарантированное сохранение жизнеспособности грибов в течение длительного времени достигается различными способами. В настоящее время разработано большое число доступных методов консервации. В диссертации подробно описаны достоинства и недостатки различных методов хранения грибов, различающихся по сложности воспроизведения и используемой технической базе.

На основе многолетних результатов по сохранению фонда мицелиальных грибов ВКМ в жизнеспособном состоянии разработана база данных, позволяющая получить сведения о максимальных сроках сохранения культур разных видов различными методами, как традиционными (периодические пересевы, хранение под минеральным маслом, под водой, в почве), так и более современными (методы криоконсервации -лиофилизация и замораживание, в том числе на инертных носителях).

Опыт хранения мицелиальных грибов в ВКМ

Для гарантированного сохранения всех имеющихся таксонов коллекционного фонда обязательным является применение разных способов хранения для каждого штамма параллельно. Международными стандартами, разработанными для Биологических ресурсных центров, рекомендуется максимально возможное использование таких методов как лиофилизация и криоконсервация (Common Access..., 2009). Каждый метод реализуется с использованием конкретных методик, которые подобраны для отдельных штаммов и указаны в каталоге ВКМ в виде буквенно-цифрового индекса. Систематически, через определенные промежутки времени ведется контроль за сохранением жизнеспособности, что позволяет оценить длительность гарантированного хранения разных видов микроорганизмов различными методами. В настоящее время для хранения и консервации микроорганизмов фонда используется 4 группы методов: субкультивирование, высушивание, лиофилизация, криоконсервация (таблица 10). Методы хранения, используемые для разных таксономических групп грибов в ВКМ, представлены в таблице 11. Детальная информация по истории штаммов,

условиям культивирования и методам их хранения доступна на сайте ВКМ fwww.vkm.nO.

Таблица 10 - Условные обозначения методов хранения и консервации

Пересев на питательных средах

С-4 Субкультивирование аэробное на скошенном агаре

С-5 Субкультивирование на скошенном агаре под вазелиновым маслом

С-8 Субкультивирование на скошенном агаре под водопроводной водой

Высушивание

В-4 Высушивание спор в почве

Лиофипизация

Л-1 Лиофилизация в сепарированном молоке

Криокопсервация

К-1 Криоконсервация в глицерине при - 196°С с высокой* скоростью

охлаждения

К-5 Криоконсервация при - 196°С с низкой** скоростью охлаждения

К-7 Криоконсервация на силикагеле - 70°С. -150°С

К-8 Криоконсервация при -70°С

Примечание

* высокая скорость охлаждения - около 400°/мин

* * низкая скорость охлаждения — 17мин

Таблица 11 - Методы хранения разных таксономических групп фонда грибов ВКМ

Царство Подцарство Класс Стадия Методы хранения

С-4 С-5 В-4 Л-1 К-1, К-5, К-8 К-7

Chromista Oomvcota Oomycetes + + +

Fungi Zygomycota Zygomycetes + + + + +

Fungi Ascomvcota Ascomycetes ам + + + + +

Fungi Ascomycota Ascomvcetes тм + + + + +

Fungi Ascomvcota Saccharomvcetes ам + + + + +

Fungi Ascomycota Saccharomvcetes тм + + + +

Fungi Ascomvcota Taphrinotm xetes тм + + +

Fungi Basidiomycota Basidiomycetes ам + + + +

Fungi Basidiomvcota Basidiomvcetes тм + + +

Fungi Basidiomvcota Urediniomvcetes тм + + +

Fungi Basidiomycota Ustilaginomycetes ам + + + +

Fungi Basidiomvcota Ustilaginomycetes тм + + +

Метод лиофилизации используется для поддержания жизнеспособности около 80% (2991 штамм, относящийся к 1010 видам и 303 родам) фонда мицелиальных грибов ВКМ. Представители различных таксономических групп (Zygomycetes, Ascomycetes -телео- и анаморфы), формирующие в чистой культуре различные типы покоящихся

структур (споры, склероции и т.д.), в целом достаточно хорошо переносят условия лиофилизации. По нашим данным от 87 до 92% этих штаммов сохраняют жизнеспособность после лиофилизации. При этом для 40% всех лиофильно-высушенных культур были получены положительные результаты хранения при 5°С не менее 20 лет, а культуры более 130 видов сохранили жизнеспособность после 30-38 лет хранения. Вместе с тем, выявлены виды, представители которых даже при наличии обильного спороношения теряют жизнеспособность в процессе лиофилизации. К таким видам относятся, в частности, Conidiobolus coronatus, С. obscurus (syn. Eníomophthora thwcteriana), С. íhromboides (syn. Eníomophthora virulenta), Erynia cónica (syn. Eníomophthora cónica), Pandora dipterigena (syn. Entomophthora dipterigena), Cunninghamella homothallica, C. vesiculosa. Довольно быстро после лиофилизации (менее 10 лет) утрачивают жизнеспособность и представители рода Botrytis (В. cinerea, В. fabae и В. gladiolorum), образующие в культуре в качестве покоящихся форм только склероции.

Для неспорулирующих организмов из классов Oomycetes и Basidiomycetes метод лиофилизации в ВКМ не используется в связи с тем, что стерильный мицелий в целом не выдерживает процесса лиофилизации. В литературе, однако, имеется информация о создании специального протокола для успешной лиофилизации стерильного мицелия некоторых эктомикоризных грибов, в частности Laccaria laccata. Необходимым условием такого процесса является предварительное медленное замораживание материала до температуры -32°С (Sundari, Adholeya, 1999).

Криоконсервация. Согласно данным литературы, замораживание ультрабыстрым способом и последующее хранение в жидком азоте при -196°С позволяет гарантированно сохранять значительную часть культур грибов в течение длительного времени (Ryan, Smith, 2007). Однако способность противостоять повреждающим факторам в процессе замораживания-оттаивания значительно различается у разных видов и зависит от индивидуальных особенностей организмов (наличия и типа спорообразования, состава цитоплазматической мембраны и клеточной стенки в целом, физиологического состояния организма и др.). Подбор оптимальных криопротекторов, а также режимов (скоростей) замораживания и оттаивания позволяет увеличить число и разнообразие таксонов, сохраняемых методом криоконсервации (Smith, Thomas, 1998).

В ВКМ данный метод начал использоваться с середины 80-х годов XX века. В настоящее время более 70% фонда грибов (2714 штаммов, относящихся к 1148 видам и 405 родам) заложено на хранение с использованием различных программ криоконсервации. Низкотемпературное замораживание проводится в защитных средах с оптимальной для каждой культуры скоростью охлаждения. При наличии хорошего бесполого или полового спороношения применяли, как правило, ультрабыстрый метод охлаждения с последующим хранением в жидком азоте или в низкотемпературном холодильнике.

В процессе подбора и оптимизации методов хранения культур разных групп мицелиальных грибов ВКМ было проанализировано влияние различных факторов на длительность сохранения их жизнеспособности. Полученные данные свидетельствуют не только о необходимости поиска новых модификаций метода криоконсервации мицелиальных грибов, но и о целесообразности периодической (с частотой не менее в 710 лет) проверки их сохранности для последующего анализа и систематизации данных с учетом таксономической принадлежности культур. В результате были предложены модификации метода криоконсервации, применимые для длительного гарантированного сохранения грибов, в том числе и труднокультивируемых (таблица 12). Особое значение данных модификаций заключается в возможности их использования в отсутствии дорогостоящего оборудования (программного замораживателя или азотного хранилища).

Таблица 12 - Модификации методов низкотемпературного замораживания

Модификация Скорость охлаждения Температура хранения

К-8 3°/мин до -70°С -70°С

К-14 -0,47мин до -70°С -70°С

К-15 -0,47мин до -70°С, затем -4007мин -196°С

Установлено, что ряд культур класса Zygomycetes, относящихся к родам Mortierella, Basidiobolus, Coemmsta, Lobosporangium (syn. Echinosporangium) не сохраняет жизнеспособность при использовании ультрабыстрого охлаждения даже при наличии обильного бесполого спороношения. В данном случае положительный результат удалось получить при модификации режима криоконсервации -использовании программного замораживания. Этот же способ был использован для грибов, представленных в культуре мицелием без спороношения и плодовых тел или образующих зооспорангии (Oomycetes, Basidiomycetcs). Показано, что через 20 лет хранения жизнеспособность сохраняют представители разных таксономических групп: базидиомицеты - Pholiota adiposa, Heterobasidion annosum, Piptoporiis betulinus, Chondrostereum purpureum, зигомицеты - Cunninghamella japónica, Basidiobolus meristosporus, аскомицсты - Chaetomium elatum, Thielavia terrestris и др. (таблица 13).

Анализ имеющихся в ВКМ данных показывает, что около 20% культур Oomycetes, 4% - Basidiomycetes, 1% - Zygomycetes, 1% - Ascomycetes не поддаются процессу криоконсервации даже с использованием всех известных режимов криоконсервации и их модификаций. По нашим данным, наибольшие проблемы при поддержании в коллекции связаны с сохранением жизнеспособности оомицетов, относящихся к родам Brevilegnia, Dictyuchus, Phytophthora, некоторых видов рода Achlya и Saprolegnia, а также культур, относящихся к классу Basidiomycetes (Suilltis, Amanita, Dictyophora, Mutinus). При этом, чем дольше культура поддерживается в коллекции

периодическими пересевами, тем хуже она переносит процедуру замораживания впоследствии.

Есть мнение, что если культуры микроорганизмов способны пережить сам процесс криоконсервации, то они в дальнейшем неограниченное время будут жизнеспособны (Ryan et al., 2000). Тем не менее, по нашим данным, некоторые штаммы грибов, относящиеся к видам Coemansia aciculifera, Mortierella humüis, Conidiobolus thromboides, потеряли способность к росту после 5-7 лет хранения в жидком азоте, несмотря на положительный результат через сутки после погружения в жидкий азот. Однако, по-видимому, это скорее исключение из правил, так как результаты, полученные нами в данной работе, показали, что около 350 штаммов грибов разных таксонов, выборочно проверенных после 20 лет хранения, остались жизнеспособными.

Таблица 13 - Консервация мнцелиальнмх грибов ВКМ с использованием модификаций метода низкотемпературною замораживания

Таксоны Число штаммов, заложенных по программам криоконсервации

общее число ультрабыстрое охлаждение медленное охлаждение

К-1 К-8 К-5 К-14 К-15

Zygomycetes штаммы 519 370 209 61 64 66

виды 157 132 76 41 40 47

роды 39 30 26 12 7 10

Oomycetes штаммы 70 - - 47 24 25

виды 42 - - 32 19 17

роды 8 - - 7 4 6

Anamorphic fungi штаммы 1434 887 537 220 28 -

виды 678 476 292 170 24 -

роды 205 148 126 88 20 -

Ascomvcetes штаммы 260 172 53 37 - _

виды 130 98 10 32 -

роды 59 49 9 19 . -

Basidiomycetes штаммы 355 - 142 147 109 223

виды 174 - 85 84 83 138

роды 103 - 57 56 60 85

Всего штаммов 2638 1429 941 512 225 314

Представленный в диссертации анализ результатов по подбору и оптимизации современных методов консервации штаммов мицелиальных грибов различных таксономических групп может быть полезен широкому кругу специалистов, в той или иной степени занимающихся вопросами поддержания и исследования данной группы эукариотных микроорганизмов. В качестве справочного материала могут быть

использованы сведения по длительности сохранения жизнеспособности штаммов 1220 разных видов грибов, представленные в приложениях 4 и 5 к диссертации.

Глава 5 Прикладное значение коллекционных штаммов мицелиальных

грибов

С целью повышения эффективности разработок в области биотехнологии, все более актуальным становится получение информации о потенциальных продуцентах, связанной как с конкретными видами и штаммами, так и с отдельными направлениями биотехнологически перспективных поисковых работ. Особое значение при этом имеет наличие в архиве коллекции информации по отдельным штаммам. Это не только данные о том, откуда и когда была получена та или иная культура, но и описание тех свойств, которые были найдены за всю историю существования конкретного штамма и, конечно, ссылки на литературные данные. Накопление сведений по штаммам в коллекции ведется в специализированных базах данных с использованием отечественной и зарубежной периодики, а также патентной информации и различных доступных баз данных. Большое значение для этого имеет взаимодействие ВКМ с международной информационной системой БЦаШпГо ("www.straininfo.net').

Частично информация о свойствах поддерживаемых штаммов отображена в каталоге ВКМ, где указаны ссылки на опубликованные работы, связанные с определенными номерами культур. Однако объем каталога обычно ограничен и не позволяет привести все имеющиеся в коллекции сведения. В связи с этим представленный в данной работе материал о конкретных свойствах, имеющихся в ВКМ культур мицелиальных грибов, может быть интересен для выбора объектов исследования, обладающих потенциальной активностью, с целью планирования последующих биотехнологических разработок. Из выборочных данных архива ВКМ, представленных в диссертации, видно, что среди грибов ВКМ есть продуценты ферментов, органических кислот, алкалоидов и других биологически-активных веществ, есть штаммы, давно известные своей способностью к активной деградации целлюлозы, лигнина и других субстратов, также как и к трансформации различных органических соединений. Все эти культуры могут использоваться в прикладных поисковых исследованиях для получения различных биологических препаратов. Информация о свойствах отдельных штаммов ВКМ постоянно накапливается, чему способствует введенное в редакциях некоторых научных журналов правило для авторов указывать в их публикациях коллекционные номера использоваиных исследователями культур. Полученные данные позволили представить разнообразие свойств имеющихся штаммов мицелиальных грибов фонда ВКМ по различным группам (рисунок 24).

Биотехнологический потенциал поддерживаемых штаммов микроорганизмов может быть оценен с помощью анализа существующих в коллекциях культур баз данных об их свойствах. При этом большое значение для научных и научно-прикладных исследований имеет возможность доступа к чистым культурам определенных таксонов,

для которых известна способность к биосинтезу конкретных органических веществ. В связи с этим, был проведен анализ поддерживаемых в ВКМ штаммов грибов рода Pénicillium, для которых показана способность к синтезу метаболитов различной химической природы.

Ферменты

.Белки

Биологическая очистка сточных вод

Биологическая добавка к пище

Использование в селекции растений Определение грибостойкости Деструкция и трансформация Сорбенты

Продуценты

Липиды и жирные кислоты

Полисахариды Аякаяоиды Антогонисти-_/ Другие вещества ческие свойства

Рисунок 24 - Свойства штаммов фонда грибов ВКМ

В настоящее время фонд ВКМ насчитывает 641 штамм рода Pénicillium, относящихся к 122 видам. Из них 482 культуры представлены в каталоге ВКМ, доступном on-line (www.vkm.ru1 и активно выдаются пользователям по их запросам. Значительная часть недавно выделенных штаммов данного рода составляет рабочую коллекцию ВКМ, созданную в процессе изучения биологического разнообразия грибов многолетней мерзлоты Арктики и Антарктиды или выделенных из различных других уникальных природных и техногенных субстратов. База данных ВКМ по разнообразию метаболитов грибов рода Pénicillium охватывает 160 видов данного рода, среди которых найдены продуценты 395 органических веществ. Объем базы данных насчитывает в настоящее время 1918 записей. Информация структурирована по следующим полям: •название класса соединений, «название органического вещества, -название вида гриба, для которого известно данное свойство, »номер штамма ВКМ данного вида, •использование метаболита в качестве диагностического признака в идентификационных ключах по роду Pénicillium, «возможное прикладное значение метаболита, 'литературные источники. Дальнейшее развитие базы данных позволяет включение полей с новыми категориями информации.

В результате проведенного анализа данных опубликованных в литературе в течение последних 30 лет впервые представлена сводная информация о 175 штаммах 32 видов и вариантов рода Pénicillium, поддерживаемых в ВКМ, обладающих

способностью к биосинтезу вторичных метаболитов: P. auranliogriseum, P. brevicompaclum, P. camemberti, P. canescens, P. chrysogenum, P. citreonigrum, P. citrinum, P. commune, P. decumbens, P. dierckxii, P. expansum, P. granulalum, P. griseofulvum, P. islandicum, P.janczewskii, P.jensenii, P. melinii, P. miczynskii, P. oxalicum, P. palitans, P. phoeniceum, P. purpurogenum, P. roqueforti, P. rugulosum, P. simplicissimum, P. solitum var. solitum, P. solitum var. cruslosum, P. variabde, P. verrucosum, P. vitale, P. vulpinum, P. waksmanii. Представители данных таксонов обладают способностью к синтезу 116-ти метаболитов, относящихся к различным классам соединений, таким как бензодиазепиновые (аурантин, циклопенин, циклопенол, циклопептин, 6-гидрокси-2-метилбензоидная кислота), дикетопиперазиновые (52 метаболита, в том числе веррукозин, виридикатин, рокефортин и их производные, метаболиты PF, бревианамиды А и В, гландиколины А и В, дикетопиперазин, мелеагрин, оксалин, пискаринины А и В, пуберулин, ругулозувины А и В, феллутанины, эргостерол и др.), клавиновые (33 метаболита, в том числе агроклавин, ругуловазин, фумигаклавин, ханоклавин и их производные, аурантиоклавин, костаклавин, пенниклавин, пироклавин, ЦПК, элимоклавин, эпикостаклавин и др.), хинолиновые алкалоиды (хиноцитринины А и В, 3-метоксивиридикатин), поликетиды (15 метаболитов, в том числе 6-метилсалициловая кислота, виомеллеин, гризеофульвин, дехлоргризеофульвин, изопатулин, ксантомегнин, микофеноловая кислота, охратоксин, патулин, пеницилловая кислота, симатоксин, фульвиевая кислота, циклохлоротин, цитринин,, производные аминокислот, и др.), производные аминокислот (тремортины, N-ацетилтриптотамин, ИУК), терпены (PR-токсин), метаболиты с неустановленной природой (фоеницин, эстин, лютеоскирин).

Разработка базы данных по метаболитам грибов рода Pénicillium позволила использовать ее в качестве модели для организации информации по другим микроорганизмам, свойства которых могут быть интересны различным пользователям.

Заключение

Революция в методах и методологии изучения биологических объектов (секвенирование геномов и белков, синтетическая и системная биология и т.д.) свидетельствует, что в ближайшие годы поток биологических образцов, подлежащих безусловному сохранению в биологических коллекциях с целью дальнейшего использования в фундаментальных и прикладных исследованиях лавинообразно возрастет. Разработка информационных баз данных, аккумуляция в них сведений разнопланового характера о поддерживаемых штаммах микроорганизмов, в том числе и грибов, и организация их сетевого взаимодействия с важнейшими международными информационными ресурсами, становятся одним из важнейших элементов деятельности.

В современной биологической коллекции имеет также место непрерывная интеграция традиционных видов деятельности и с другими видами деятельности и

вопросами, находившимися ранее вне «коллекционной» сферы (доступ к генетическим ресурсам, биобезопасность, регуляция, интеллектуальная собственность, международное право и многие другие). Оперативная деятельность публичных коллекций культур микроорганизмов, к которым относится ВКМ, включает сегодня в качестве основных структурных компонентов следующие направления работы: длительное гарантированное сохранение поддерживаемого фонда (в нарастающем объеме); предоставление аутентичных культур и информации о них заинтересованным пользователям; обеспечение соответствия национальным и международным правилам по биобезопасности, включая процессы обмена культурами и их транспортировки; анализ и обобщение данных о поддерживаемых культурах и ряд других.

В представленной работе обобщены результаты многолетних исследований, касающихся различных направлений коллекционной деятельности (экспериментального, научно-аналитического и научно-информационного характера). Получен комплекс новых научных данных, в их числе: - результаты оценки сроков сохранения жизнеспособности грибов при использовании различных методов консервации (по опыту сохранения фонда грибов ВКМ), - результаты оценки таксономического разнообразия мирового коллекционного фонда грибов (более 24 тысяч видов и внутривидовых таксонов согласно каталогам и другим доступным источникам информации по 662 публичным и исследовательским коллекциям мира, что составляет 5,26 % от числа известных грибных наименований), - степень охарактеризованное™ грибов молекулярно-генетическими методами (всего 3768 родов и менее 23 тысяч видов по данным, представленных в GenBank; http://www ncbi.nlm.nih.gov/genbank/i. Установлено, что численность условно-патогенных и патогенных грибов превышает 15000 (по официальным документам ВОЗ и разных стран мира).

На основе результатов проведенных экспериментальных и научно-аналитических исследований разработана информационно-справочная система по штаммам грибов и сопряженной информации по таксономии, номенклатуре, биобезопасности, биотехнологии. Справочная система работает в открытом доступе на сайте ВКМ.

Выводы

• Впервые оценено таксономическое разнообразие реального фонда грибов, поддерживаемого в коллекциях мира, в сравнении с таксономическим разнообразием грибов в генетическом банке (GenBank).

• Разработана информационно-справочная система по грибам в коллекциях мира на основе базы данных FungalDC, с предоставлением к ней свободного доступа в режиме он-лайн на сайте ВКМ (www.vkm.riO. Непосредственно со страниц ВЕБ-сайта ВКМ организован быстрый и точный переход к основным информационным ресурсам по грибам - WDCM, Index Fungorum, MycoBank, GenBank и Strainlnfo, предоставивший

пользователям возможность получать максимальный объем сведений по конкретным видам грибов.

• Проведен анализ и обобщение сведений по патогенным и условно-патогенным видам грибов, которые включены в официальные документы по проблемам биобезопасности Всемирной организации здравоохранения и разных стран мира. Вьивлена необходимость приведения правил и рекомендаций по работе с патогенными и условно-патогенными видами грибов в РФ в соответствие с современным уровнем развития науки и и их гармонизации с релевантными документами по биобезопасности стран-участниц ВТО.

• Получены экспериментальные данные по срокам длительного (более 40 лет) гарантированного сохранения различными методами жизнеспособности штаммов более 1220 видов из фонда мицелиальных грибов Всероссийской коллекции микроорганизмов.

• Проведен анализ разнообразия вторичных метаболитов (более 20 классов органических соединений), синтезируемых штаммами рода и создана действующая модель специализированной базы данных по поиску штаммов-продуцентов различных микробных метаболитов.

• Разработана структура и проведено наполнение информационн-справочной системы для сопровождения оперативной коллекционной деятельности по поддержанию фонда мицелиальных грибов ВКМ, позволяющей вести поиск нужных штаммов и информации о них в режиме on-line.

Публикации.

Статьи в рецензируемых российских журналах и главы в монографиях и учебных пособиях

1 Мирчинк Т.Г., Озерская С.М., Кочкина Г.А. Фенолоксидазная активность микромицетов подстилок и почв // Биологические науки. 1984. №12. С.88-90.

2 Озерская С.М., Скворцова М.М., Кочкина Г.А., Дрягина Т.Н., Афонина Е.В. Активация прорастания покоящихся спор Entomophthora thaxteriana Petch // Микология и фитопатология. 1986. Т.20. Вып.4. С.175-178.

3 Запрометова О.М., Озерская С.М., Улезло И.В. Активность некоторых специфических гликозидаз микроскопических грибов почвы и подстилки // Микология и фитопатология. 1987. Т.21. Вып.2. С.148-151.

4 Мацкевич Н.В., Денбновецкий Г.Ю., Семашко А.Ю., Налепина J1.H., Озерская С.М., Бурова Л.Г., Соломахина В.М. Научно-методические указания по изучению и охране редких и находящихся под угрозой исчезновения видов грибов-макромицетов. М.: ВНИИ Охраны природы. 1989. 35с.

5 Виды мицелиальных и дрожжевых грибов, поддерживаемых в коллекциях Болгарии, Вьетнама, Монголии, СССР, Чехословакии / Озерская С.М., Голубев В.И., Кочкина Г.А. и др. // Биотехнология, биотехника, biotechnology. Болгария. 1990. № 5-6.

6 Озерская С.М., Иванушкина Н.Е. Международная комиссия по таксономии грибов. Элементы кодекса номенклатуры в практике микологов-систематиков // Микология и фитопатология. 1991. Т.25. Вып.З. С.260-263.

7 Каталог культур микроорганизмов. Раздел "Мицелиальные грибы" / Озерская С.М., Кочкина Г.А., Иванушкина Н.Е., Запрометова К.М., Еремина С.С. (Ред. Л.В.Калакуцкий, М.В.Фатеева). М.: Изд-во ВИНИТИ. 1992. С.93-164.

8 Озерская С.М., Кочкина Г.А., Иванушкина Н.Е. Информационная база данных о штаммах мицелиальных грибов // Микробиология. 1995. Т.64. №4. С.5-9.

9 Калакуцкий JI.B., Озерская С.М., Евтушенко Л.И., Мазанов A.JI. Российские коллекции микроорганизмов // Прикладная биохимия и микробиология. 1996. Т. 32. №1. С.144-154.

10 Коваленко А.Е., Нездойминого Э.Л., Мацкевич Н.В., Афанасьева М.М., Лутков А.И., Семашко А.Ю., Иванов А.И., Озерская С.М. Программа концептуальной модели банка региональных данных по редким видам грибов. ВНИИ Охраны природы / Деп. в ВИНИТИ №3684-В96 от 09.12.1996/. 13с.

11 Мацкевич Н.В., Денбновецкий Г.Ю., Мамедова Э.Т., Семашко А.Ю., Лутков A.A., Кучерявая O.A., Новак О.Г., Озерская С.М., Налепина Л.Н., Кобякова Т.Е., Клипцов C.B. Научно-методические указания по криоконсервации редких макромицетов и папоротниковидных с использованием морфологического и цитологического тестирования. ВНИИ Охраны природы / Деп. в ВИНИТИ № 3771-В96 от 17.12.1996/. 20с.

12 Озерская С.М. Рецензия на сборник "Биоразнообразие микроорганизмов: роль центров микробных ресурсов" (The Biodiversity of Microorganisms and the Role of Microbial Resource Centres / Ed.: B.Kirsop, D.L.Hawksworth on behalf of the WFCC Bidiversity Committee. World Federation for Culture Collections. UNEP, UK, 1994. 104p.) // Микология и фитопатология. 1996. T.30. Вып.5-6. С.81-84.

13 Озерская С.М. Рецензия на сборник "Международные руководящие принципы техники безопасности ЮНЕП в области биотехнологии". Программа Организации Объединенных Наций по окружающей среде, 1996. 39с. // Микробиология. 1996. Т.66. №6. С.863-864.

14 Фонин B.C., Сидякина Т.М., Шаин С.С., Озерская С.М., Павлова Е.Ф. Изучение условий хранения промышленных штаммов паразитарной культуры спорыньи // Прикладная биохимия и микробиология. 1996. Т.32. №4. С.406-410.

15 Воронина Э.Г., Мукомолова Т.Ю., Васильев C.B., Кочкина Г.А., Озерская С.М. Токсические метаболиты коллекционных культур энтомофторовых грибов и первичный отбор активных моноконидиальных изолятов Entomophthora thaxteriana Petch. (Zygomycetes, Entomophlhorales) II Микология и фитопатология. 1997. Т.31. Вып.2. С.42-53.

16 Иванушкина Н.Е., Еремина С.С., Кочкина Г.А., Запрометова K.M., Озерская С.М. Влияние бифоназола на мицелиальные грибы разных систематических групп // Вестник дерматологии и венерологии. 1997. №4. С.8-9.

17 Иванушкина Н.Е., Кочкина Г.А., Озерская С.М. Транспортировка потенциально опасных культур грибов// Микология и фитопатология. 1997. Т.31. Вып.4. С.62-71.

18 Козловский А.Г., Винокурова Н.Г., Желифонова В.П., Озерская С.М. Исследование алкалоидообразования у грибов рода Pénicillium серий Fellutana и Canescentia II Микробиология. 1997. Т.66. №4. С.514-519.

19 Кочкина Г.А., Иванушкина Н.Е., Озерская С.М. Проблемы безопасности при работе с мицелиальными грибами // Вестник дерматологии и венерологии. 1997. №4. С. 16-20.

20 Козловский А.Г., Винокурова Н.Г., Озерская С.М. Особенности алкалоидообразования у штаммов Pénicillium chrysogenum, выделенных из почв различных климатических зон // Микробиология. 1998. Т.67. №4. С.483-487.

21 Озерская С.М., Кочкина Г.А. (Перевод). Будапештский договор: Практический кодекс для международных органов по депонированию (The Budapest Treaty: Code of Practice for IDAs / Ed.: M.Bosschaerts. BCCM, Belgium, 1998. 24p.) // Микробиология. 1999. T.68. № 3. C.423-430.

22 Шабаева Э.В., Яшина С.Г., Еремина С.С., Озерская С.М. Опыт культивирования мицелия базидиальных грибов на средах для выращивания тканей растений // Цитология. 1999. №3-4. С.323-324.

23 Винокурова Н. Г., Озерская С.М., Желифонова В. П., Аданин В.М. Таксономическое положение и азотсодержащие вторичные метаболиты Pénicillium vitale Pidoplichko et Bilai apud Bilai // Микробиология. 2000. T.69. №3. C.415-419.

24 Козловский А.Г., Желифонова В.П., Винокурова Н.Г., Озерская С.М. Влияние микроэлементов на биосинтез метаболитов грибом Pénicillium citrinum Thom ВКМ F-1079 // Микробиология. 2000. Т.69. №5. С.642-646.

25 Винокурова Н. Г., Озерская С.М., Баскунов Б.П., Аринбасаров М.У. Грибы Pénicillium commune Thom и Pénicillium clavigerum Demelius - продуценты фумигаклавинов A и Б II Микробиология. 2003. Т.72. №2. С. 180-182.

26 Козловский А.Г., Желифонова В.П., Аданин В.М., Антипова Т.В., Озерская С.М., Иванушкина Н.Е., Грефе У. Выделенные из вечной мерзлоты грибы вида Pénicillium aurantiogriseum Dierckx 1901 - продуценты дикетопиперазиновых алкалоидов рокефортина и 3,12-дигидрокефортина // Прикл. биохимия и микробиология. 2003. Т.39. №4. С.446-451.

27 Шабаева Э.В., Яшина С.Г., Еремина С.С., Озерская С.М., Левицкая Г.Е., Егорова Е.Ф., Гахова Э.Н. О сохранении генофонда базидиальных грибов Приокско-Террасного заповедника // Микология и фитопатология. 2004. Т.38. Вып.З. С.59-65.

28 Озерская С.М., Кочкина Г.А., Иванушкина Н.Е., Запрометова К.М., Еремина С.С. Мицелиапьные грибы во Всероссийской коллекции микроорганизмов (ВКМ ИБФМ РАН) // Прикл. биохимия и микробиология. 2005. Т.41. №5. С.596-600.

29 Белова Н.В, Псурцева Н.В., Гачкова Е.Ю., Озерская С.М. Сохранение разнообразия базидиомицетов ex situ в специализированной коллекции культур ЛЕ (БИН) // Микология и фитопатология. 2005. Т.39. Вып.2. С.1-10.

30 Винокурова Н.Г., Иванушкина Н.Е., Кочкина Г.А., Аринбасаров М.У., Озерская С.М. Синтез микофеноловой кислоты грибами рода Pénicillium Link // Прикл. биохимия и микробиология. 2005. Т.41. №1. С.95-98.

31 Озерская С.М., Кочкина Г.А., Иванушкина Н.Е., Запрометова К.М., Еремина С.С., Князева Е.В. Состояние коллекций микроорганизмов в России // Вестник биотехнологии и физико-химической биологии им. Ю.А.Овчинникова. 2006. Т.2. №3. С.51-61.

32 Желифонова В.П., Антипова Т.В., Озерская С.М., Иванушкина Н.Е., Козловский А.Г. Грибы Pénicillium variabile Sopp 1912, выделенные из многолетнемерзлых древних отложений, как продуценты ругуловазинов // Микробиология. 2006. Т.75. №6. С.742-746.

33 Буркин А.А., Кононенко Г.П., Кочкина Г.А., Озерская С.М. Иммуноферментный анализ PR-токсина в таксономической оценке грибов рода Pénicillium Link // Прикл. биохимия и микробиология. 2007. Т.43. №4. С.505-510.

34 Кураков А.В., Новикова Н.Д., Озерская С.М., Дешевая Е.А., Геворкян С.А., Гогинян В.Б. Условно-патогенные и токсигенные микроскопические грибы среди деструкторов синтетических полимерных материалов // Авиакосмическая и экологическая медицина. 2007. Т.41. №5. С.49-55.

35 Озерская С.М., Иванушкина Н.Е., Кочкина Г.А. Патогенные грибы: категоризация биологического риска и разнообразие / В сб. "Микология сегодня" / Ред. Ю.Т.Дьяков, Ю.В.Сергеев. М.: Национальная академия микологии, 2007. С.268-282.

36 Озерская С.М., Кочкина Г.А., Иванушкина Н.Е., Князева Е.В., Гиличинский Д.А. Структура комплексов микромицетов в многолетнемерзлых грунтах и криопэгах Арктики // Микробиология. 2008. Т.77. №4. С.542-550.

37 Кураков А.В., Геворкян С.А., Гогинян В.Б., Озерская С.М. Разнообразие и особенности состава микроскопических грибов на синтетических полимерных материалах // Прикл. микробиология и биохимия. 2008. Т.44. №2. С.232-235.

38 Озерская С.М. Рецензия на сборник «Руководства ОЭСР для биологических ресурсных центров с учетом наилучшей практики» (OECD Best Practice Guidelines for Biological Resource Centres. OECD, 2007, 115p.) Il Прикл. биохимия и микробиология. 2008. Т.44. №5. С.615-616.

39 Желифонова В.П., Антипова Т.В., Озерская С.М., Кочкина Г. А., Козловский А.Г. Вторичные метаболиты грибов рода Pénicillium, выделенных из многолетней мерзлоты, как хемотаксономические маркеры // Микробиология. 2009. Т.78. №3. С.393-398.

40 Иванушкина Н.Е., Кочкина Г.А., Еремина С.С., Озерская С.М. Опыт использования современных методов длительного хранения грибов в ВКМ // Микология и фитопатология. 2010. Т.44. Вып. 1.С. 19-30.

41 Антипова Т.В.,Желифонова В.П., Баскунов Б.П., Озерская С.М., Иванушкина Н.Е., Козловский А Г. Новые продуценты биологически активных соединений - грибы рода Pénicillium, выделенные из отложений вечной мерзлоты // Прикл. биохимия и микробиология. 2011. Т.47. №3. С.318-323.

42 Озерская С.М., Иванушкина Н.Е., Кочкина Г.А. Микроскопические грибы в связи с проблемами биологической безопасности // Проблемы медицинской микологии. 2011. Т.13. №3. С.3-12.

43 Калакуцкий JI.B., Озерская С.М. Биологические ресурсные центры: современное состояние в России и мире, проблемы организации, перспективы развития // Вестник биотехнологии и физико-химической биологии им. Ю.А.Овчинникова. 2011. Т.7. №1. С.28-40.

44 Озерская С.М., Иванушкина Н.Е., Кочкина Г.А. Таксономическое разнообразие патогенных и условно-патогенных грибов / Блинов Н.П., Васильева Н.В., Маметьева А.А., Николенко М.В., Озерская С.М. Патогенные и условно-патогенные макро- и микромицеты как объекты царства грибов (Fungi), их характеристика с учётом требований международного кодекса ботанической номенклатуры. Вып. I. Учебное пособие. Санкт-Петербург, 2011. Глава 13. С.44-49.

45 Озерская С.М., Иванушкина Н.Е., Кочкина Г.А. Разнообразие грибов третьей (111) и четвёртой (IV) групп патогенности, соответствующих уровням риска BSL-2 и BSL-1 / Блинов Н.П., Васильева Н.В., Маметьева А.А., Николенко М.В., Озерская С.М. Патогенные и условно-патогенные макро- и микромицеты как объекты царства грибов (Fungi), их характеристика с учётом требований международного кодекса ботанической номенклатуры. Вып. I. Учебное пособие. Санкт-Петербург, 2011. Глава 14. С.50-60.

46 Козловский А.Г., Желифонова В.П., Антипова Т.В., Баскунов Б.П., Кочкина Г.А., Озерская С.М. Профили вторичных метаболитов грибов подрода Pénicillium рода Pénicillium, выделенных из вечномерзлых отложений, как элементы полифазной таксономии // Микробиология. 2012. Т.81. №3. С.332-338.

Статьи в зарубежных изданиях

47 Vasilenko A.N., Ozerskaya S.M. Package for Cluster Analysis on an IBM PC Computer // BINARY. 1992. V.4. P.64-65.

48 Vasilenko A.N., Ozerskaya S.M. Quick Algorithms of Cluster Analysis in BIOMATRIX 3.0 // BINARY. 1994. V.6. P. 141-144.

49 Kozlovsky A.G., Zhelifonova V P., Ozerskaya S.M., Vinokurova N.G., Adanin V.M., Grafe U. Cyclocitrinol, a new fungal metabolite from Pénicillium citrinum II Pharmazie. 2000. V.55. N.6. P.470-471.

50 Kozlovsky A G., Zhelifonova V P., Adanin V.M., Ozerskaya S.M., Grafe U. Nosporins A and B, new metabolites from a filamentous fungus, VKM F-375011 Pharmazie. 2003. V.58. N. 1. P.76-77.

51 Kozlovsky A G., Zhelifonova V.P., Antipova T.V., Adanin V.M., Ozerskaya S.M., Ivanushkina N.E., Gollmick F.A., Grâfe U. A new N-carboxylester derivative of 3,12-dihydroroquefortine // Heterocycles. 2003. V.60. N.7. P.1639-1644.

52 Ozerskaya S.M., Vasilenko A.N, Verslyppe В., Dawyndt P. FungalDC: a database on fungal diversity in culture collections of the world // Inoculum. Supplement to Mycologia (Newsletter of the Mycological Society of America). 2010. V.61. N.3. P.l-5.

53 Ozerskaya S.M., Kochkina G.A., Ivanushkina N.E. Fungal diversity in GenBank: problems and possible solutions // Inoculum. Supplement to Mycologia (Newsletter of the Mycological Society of America). 2010. V.61. N.4. P. 1-4.

54 Vasilenko A., Ozerskaya S., Stupar O. Current WFCC CC catalogues as a starting ground for networking efforts // WFCC Newsletter. 2011. N.50. P.5-15.

55 Ozerskaya S.M. Fungal diversity in Genbank. McGraw-Hill Yearbook of Science and Technology 2012. McGraw-Hill Professional, NY, 2012. P.99-103.

56 Ozerskaya S.M., Ivanushkina N.E., Kochkina G.A., Eremina S.S., Vasilenko A.N., ChiginevaN.I. Long Term Preservation of Fungal Cultures in All-Russian Collection of Microorganisms (VK.M): Protocols and Results / In: «Laboratory protocols in fungal biology: current methods in fungal biology» / Eds. Gupta V.K., Tuohy M., Manimaran A., Turner K.M., O'Donovan A.) Springer, New York, 2012 (In Press).

57 Vasilenko A.N., Ozerskaya S.M. Fungal taxonomic diversity and bioinformatics-related issues / Proceedings of the 6th International Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (iCBBE 2012). 2012. - NY. - IEEE Service Center. - P. 633-634.

58 Ozerskaya S.M., Kirillova N.P., Vasilenko A.N. FungalDC: a database on fungal diversity in genetic resource collections // IMA Fungus. 2012. V.3. N.l. P.9.

Свидетельства о Государственной регистрации

59 Озерская С.М., Кочкина Г.А., Василенко А.Н., Максимова Л.А., Иванушкина Н.Е. FungalDC - Разнообразие грибов в коллекциях культур. Свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2010620603. Зарегистрировано в Реестре баз данных 13.10.2010.

60 Озерская С.М., Кочкина Г. А., Василенко А.Н., Чигинева Н.И., Иванушкина Н.Е., Карпышева Н.Н., Кириллова Н.П., Растегаева Т.Ф. База данных: Фонд мицелиальных грибов Всероссийской коллекции микроорганизмов ИБФМ РАН. Свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2011620277. Зарегистрировано в Реестре баз данных

14.04.2011.

Соискатель

С.М.Озерская

Подписано в печать: 16.08.2012 Объем: 2,5 усл.п.л. Тираж: 100 экз. Заказ № 600 Отпечатано в типографии «Реглет» 119526, г. Москва, Ленинский проспект, д. 2 (495) 978-66-634; www.reglet.ru

Содержание диссертации, доктора биологических наук, Озерская, Светлана Михайловна

I. Введение

II. Основная часть

Глава 1 Разнообразие грибов, поддерживаемых в коллекциях культур

1.1 Коллекции культур микроорганизмов

1.1.1 Общие вопросы организации коллекций

1.1.2 Биологические ресурсные центры - новый этап развития коллекций культур

1.2 Коллекции микроорганизмов разных стран мира

1.2.1 Коллекции микроорганизмов WFCC

1.2.2 Коллекции грибов разных стран мира

1.2.3 Коллекции грибов России

1.2.4 Фонд мицелиальных грибов ВКМ

Глава 2 Базы данных по грибам

2.1 Микологические интернет-ресурсы

2.1.1 Index Fungorum

2.1.2 Species Fungorum

2.1.3 MycoBank

2.1.4 GenBank

2.1.5 Strainlnfo

2.2 Результаты анализа разнообразия грибов в GenBank

2.3 FungalDC - база данных о разнообразии грибов в коллекциях мира

2.4 Информационное сопровождение коллекции мицелиальных грибов ВКМ

Глава 3 Грибы в связи с проблемами биологической безопасности

3.1 Категоризация биологического риска

3.2 Таксономическое разнообразие патогенных и условно-патогенных грибов

3.3 Транспортировка потенциально опасных культур грибов

Глава 4 Методы хранения и опыт поддержания фонда мицелиальных грибов ВКМ

4.1 Общие принципы хранения мицелиальных грибов в коллекциях чистых культур

4.2 Хранение культур грибов на агаризованных средах

4.2.1 Периодические пересевы

4.2.2 Хранение под минеральным маслом

4.2.3 Хранение в воде

4.3 Хранение культур мицелиальных грибов в виде высушенных спор

4.3.1 Хранение на естественно высохших средах

4.3.2 Хранение на природных и искусственных субстратах

4.3.3 Хранение в стерильной почве

4.3.4 Хранение в песке

4.3.5 Хранение на фильтровальной бумаге

4.3.6 Хранение на зерне

4.3.7 Хранение на силикагеле

4.4 Методы лиофилизации культур грибов

4.4.1 Общая характеристика процесса лиофилизации микроорганизмов

4.4.2 Основные способы лиофилизации микроорганизмов

4.4.3 Факторы, влияющие на жизнеспособность и стабильность свойств лиофилизированных культур

4.5 Криоконсервация культур грибов

4.5.1 Факторы, влияющие на эффективность криоконсервации

4.5.2 Стадия развития культуры гриба

4.5.3 Криопротекторы

4.5.4 Скорость охлаждения и программы замораживания

4.5.5 Минимизация площадей азотных хранилищ

4.5.6 Условия хранения замороженных культур и необходимое оборудование

4.5.7 Схема закладки на хранение культур мицелиальных грибов

4.5.8 Жизнеспособность грибов разных таксонов при хранении

4.6 Опыт хранения мицелиальных грибов в ВКМ

4.6.1 Лиофилизация

4.6.2 Криоконсервация

4.6.3 Консервация на силикагеле

Глава 5. Прикладное значение коллекционных штаммов мицелиальных грибов

5.1 Грибы ВКМ - продуценты биологически-активных веществ

5.2 Специализированная база данных о штаммах рода Pénicillium - продуцентах вторичных метаболитов

Введение Диссертация по биологии, на тему "Грибы в коллекциях культур"

Актуальность

Эффективным способом предоставления современному исследователю информации о штаммах микроорганизмов и, в частности, грибов, обладающих чрезвычайно высоким биотехнологическим потенциалом, является обеспечение прямого доступа к специализированным базам данных. С точки зрения результативности и времени поиска нужной информации, наиболее востребованными являются базы данных с открытым доступом и наличием поисковых систем, работающих в режиме on-line. Повышению эффекта использования баз данных по грибам способствует их связь с авторитетными международными информационными ресурсами, такими, как, например, Index Fungorum (www.indexfungorum.org), MycoBank (www.mycobank.org), GenBank (www.ncbi .nlm.nih. gov/genbank/), Strainlnfo (www. str ai ni nfo. net/) и другими.

В связи со всем вышесказанным, разработка информационного сопровождения оперативной деятельности коллекций грибных культур, анализ и структуризация в специализированных базах данных собственных экспериментальных данных и разноплановой доступной информации о грибах, а также организация связи в режиме on-line с релевантными информационными ресурсами мира по грибам, являются в настоящее время одними из актуальных направлений микологических исследований и технологических разработок в микологии.

Для достижения поставленной цели предполагалось решить следующие задачи.

Методы исследования

Сбор и анализ информации. Информационную базу аналитических исследований составили:

• таксономическое разнообразие грибов на основе словаря Эйнсворта и Бисби (Ainsworth and Bisby's Dictionary of the Fungi, 2008, 10-e издание); таксономическое разнообразие грибов в генетическом банке (GenBank, NCBI);

• официальные документы разных стран мира и ВОЗ, касающиеся биобезопасности работ с грибами;

• библиография по штаммам грибов ВКМ; экспериментальные данные о длительности хранения штаммов мицелиальных грибов, полученные в ходе многолетних исследований автора и руководимого ею коллектива по сохранению фонда грибов ВКМ с использованием известных и модифицированных методов консервации. Состав питательных сред, оптимальные условия культивирования и способы хранения штаммов указаны в электронном каталоге мицелиальных грибов ВКМ, доступном по адресу www.vkm.ru.

ОСНОВНАЯ ЧАСТЬ

Заключение Диссертация по теме "Микология", Озерская, Светлана Михайловна

выводы

• Разработана информационно-справочная система по грибам в коллекциях мира на основе базы данных FungalDC, с предоставлением к ней свободного доступа в режиме on-line на сайте ВКМ (www.vkm.ru). Непосредственно со страниц ВЕБ-сайта ВКМ организован быстрый и точный переход к основным информационным ресурсам по грибам - WDCM, Index Fungorum, MycoBank, GenBank и Strainlnfo, предоставивший пользователям возможность получать максимальный объем сведений по конкретным видам грибов.

• Проведен анализ и обобщение сведений по патогенным и условно-патогенным видам грибов, которые включены в официальные документы по проблемам биобезопасности Всемирной организации здравоохранения и разных стран мира. Выявлена необходимость приведения правил и рекомендаций по работе с патогенными и условно-патогенными видами грибов в РФ в соответствие с современным уровнем развития науки и и их гармонизации с релевантными документами по биобезопасности стран-участниц ВТО.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В современной биологической коллекции имеет также место непрерывная интеграция традиционных видов деятельности и с другими видами деятельности и вопросами, находившимися ранее вне «коллекционной» сферы (доступ к генетическим ресурсам, биобезопасность, регуляция, интеллектуальная собственность, международное право и многие другие). Оперативная деятельность публичных коллекций культур микроорганизмов, к которым относится ВКМ, включает сегодня в качестве основных структурных компонентов следующие направления работы: длительное гарантированное сохранение поддерживаемого фонда (в нарастающем объеме); предоставление аутентичных культур и информации о них заинтересованным пользователям; обеспечение соответствия национальным и международным правилам по биобезопасности, включая процессы обмена культурами и их транспортировки; анализ и обобщение данных о поддерживаемых культурах и ряд других.

В представленной работе обобщены результаты многолетних исследований, касающихся различных направлений коллекционной деятельности (экспериментального, научно-аналитического и научно-информационного характера). Получен комплекс новых научных данных, в их числе: - результаты оценки сроков сохранения жизнеспособности грибов при использовании различных методов консервации (по опыту сохранения фонда грибов ВКМ), - результаты оценки таксономического разнообразия мирового коллекционного фонда грибов (более 24 тысяч видов и внутривидовых таксонов согласно каталогам и другим доступным источникам информации по 662 публичным и исследовательским коллекциям мира , итп РЛГ'Т'ЭР ГГСТР»Т ^ ГЧ'Г ТТТТГТГа ТДГЯЭррТЧ.ТТ ТЛЛ Т^ГЧТТ^Т.ТТ ТЛ/" тт0тт*/г£атт/-»т-» ОтттттгЛ лгтлптт/ЛТТТ ни А иОлЛ^ 1. /О ЧУХ "Ш1ли гииСу А ХхОХ/У 1 рпииогл Пи.Г11У1ч^Г1 \JDCiriiilXL) ^ - ^/Х^/И^Л-Ь охарактеризованности грибов молекулярно-генетическими методами (всего 3768 родов и менее 23 тысяч видов по данным, представленных в ОепВапк; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/). Установлено, что численность условно-патогенных и патогенных грибов превышает 15000 (по официальным документам ВОЗ и разных стран мира).

Основные положения, выносимые на защиту

2. На основе структуризации и анализа данных по нуклеотидным последовательностям грибов, депонированным в ОепВапк, проведена оценка степени его видового разнообразия, возможностей и ограничений использования информации ОепВапк для идентификации новых штаммов грибов.

5. На основе полученных и структурированных аналитических материалов, содержащих разноплановую информацию по грибам, поддерживаемым в культуре, разработана информационно-справочная система FungalDC (Fungal Diversity in Culture Collections). Доступ к ней открыт на сайтах ВКМ (www.vkm.ru) и MycoBank (www.mycobank.org, раздел «Specimens and strains links, All-Russian Collection of Microorganisms»»). Взаимодействие FungalDC в режиме on-line с информационными системами Index Fungorum, MycoBank, GenBank и Strainlnfo обеспечивает повышение эффективности поиска конкретных штаммов грибов в коллекциях мира и сопряженной информации.

Научная новизна

В процессе проведения исследований получены новые научные данные теоретического и прикладного характера. Впервые произведена оценка таксономического разнообразия мирового коллекционного фонда грибов и определена их доля от общего числа известных (описанных) видов грибных организмов. Впервые получены данные о реальном таксономическом разнообразии грибов, представленных в генетическом банке (GenBank NCBI) и выявлены «белые пятна» в информации таксономического, филогенетического и номенклатурного характера по разным группам грибов. Впервые проведен (по официальным документам РФ, ВОЗ и ряда стран мира) сравнительный анализ данных о патогенных и условно-патогенных видах грибов, результаты которого показали необходимость разработки новых, научно обоснованных регуляторных документов по вопросам биобезопасности работы с грибами. Получены новые экспериментальные данные по оценке сроков гарантированного сохранения жизнеспособности различными методами штаммов грибов широкого таксономического спектра. На основе информации, аккумулированной в ходе анализа разнообразия вторичных метаболитов (более 20 классов органических соединений), синтезируемых штаммами рода Pénicillium создан прототип базы данных, ориентированной на поиск штаммов-продуцентов различных микробных метаболитов. Впервые в стране разработана оригинальная информационно-справочная система мирового уровня на основе базы данных FungalDC, обеспечивающая возможность поиска в режиме открытого доступа on-line (www.vkm.ru, www.mycobank.org) конкретных штаммов грибов и информации о них в ВКМ и других коллекциях страны и мира. Разработана информационная система по обеспечению деятельсности коллекции грибов ВКМ.

Практическая значимость. Созданная база данных FungalDC и разработанная схема ее взаимодействия с известными международными сетевыми ресурсами (IndexFungorum, MycoBank, GenBank и Strainlnfo) обеспечивают удобство и повышение эффективности поиска штаммов и информации о них при планировании и проведении фундаментальных, научно-прикладных и аналитических исследований. Система позволяет в режиме on-line использовать вышеперечисленные информационные ресурсы простым переходом из одной базы данных в другую, выбрать наиболее подходящую коллекцию для запроса штамма, получить информацию по истории и характеристикам штамма или таксона, имеющуюся в мировых информационных сетях (базах данных). Созданная и регулярно обновляемая база FungalDC способствует развитию системы классификации грибов на новом научно-методическом уровне. Результаты оценки таксономического разнообразия грибов в GenBank позволили определить возможные направления его расширения для повышения эффективности работ по идентификации новых штаммов и мониторинге генетического разнообразия грибов молекулярными методами. Результаты сравнительного анализа регуляторных документов РФ, ВОЗ и ряда государств мира по вопросам биобезопасности востребованы микологами, биотехнологами и эпидемиологами, и могут быть полезны органам государственных структур РФ при разработке новых научно обоснованных регуляторных документов и их гармонизации с аналогичными документами стран-членов ВТО. Результаты экспериментальных работ по оценке сроков гарантированного сохранения жизнеспособности у широкого спектра штаммов грибов ВКМ могут быть востребованы в разных областях науки и практической деятельности, касающихся, в том числе, вопросов патентования штаммов и научно-организационных мероприятий по сохранению биологического разнообразия.

X Congress of European Mycologists, Tallinn, Estonian SSR, 1989; XII Congress of European Mycologists, Wageningen, the Netherlands, 1995; International Conference "Selection of Fungi for Degradation Processes", Vilnius, Lithuania, 1995; 15-oe рабочее совещание "Консервация генетических ресурсов", Пущино, 1998; 2nd International Workshop on Computer Science and Information Technologies, Ufa, Russia, 2000; Съезды микологов России, Москва, 2002, 2008; Всероссийские конгрессы по медицинской микологии, Москва, 2003, 2004, 2005, 2007; Научно-практические конференции по медицинской микологии (Кашкинские чтения), Санкт-Петербург, 2004, 2007, 2011, 2012; Междисциплинарные микологические форумы, Москва, 2009, 2010; 29th Annual Meeting of the European Culture Collections' Organization (ECCO XXIX), Istanbul, Turkey, 2010; 12th International Conference on Culture Collections (ICCC12), Florianopolis, Brazil, 2010; 30th Annual Meeting of the European Culture Collections' Organization (ECCO XXX), Utrecht, the Netherlands, 2011; International Seminars of World Data Centre for Microorganisms. Beijing, China, 2011, 2012; 31st Annual Meeting of the European Culture Collections' Organization (ECCO XXXI), Braga, Portugal, 2012.

Публикации

По результатам диссертации опубликовано 109 работ, из которых 58 составляют статьи в рецензируемых научных журналах и главы в монографиях/учебных пособиях (46 в отечественных и 12 - в зарубежных изданиях). 37 статей опубликовано в журналах из перечня ВАК. Получены свидетельства о государственной регистрации на разработанные в процессе выполнения работы базы данных по грибам.

Место выполнения работы и личный вклад соискателя. Основная часть работы выполнена в лаборатории мицелиальных грибов отдела ВКМ ИБФМ РАН. Личный вклад автора состоял в планировании и проведении исследований, анализе и обобщении полученных результатов, разработке структур информационных баз данных, их наполнении и анализе, подготовке и оформлении публикаций.

Автор выражает глубокую признательность коллегам, принимавшим участие в представленной работе на разных этапах ее выполнения и обсуждения полученных результатов: чл.-корр. РАН Л.В.Калакуцкому, д.б.н. Л.И.Евтушенко, к.б.н. Г.А.Кочкиной, к.б.н. Н.Е.Иванушкиной, А.Н.Василенко, к.б.н. С.С.Ереминой, д.б.н. А.Г.Козловскому, д.б.н. О.Е.Марфениной, к.б.н. Н.И.Чигиневой. Автор искренне благодарен сотрудникам ИБФМ РАН, отдела ВКМ и, в особенности, лаборатории мицелиальных грибов, содействовавшим выполнению данной работы.

Работа выполнена при поддержке Программы Президиума РАН «Молекулярная и клеточная биология» и ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013 годы» (государственные контракты №№ 02.518.11.7092 и 16.518.11.7035).

Библиография Диссертация по биологии, доктора биологических наук, Озерская, Светлана Михайловна, Москва

1. А.с. № 1585331 СССР. Штамм гриба Mucor lusitanicus продуцент липидов с повышенным содержанием гамма - линоленовой кислоты / Фунтикова Н.С., Катомина А.А, Марченко И.В.; опубл.15.08.90, Бюл. № 30.

2. А.с. № 1685994 СССР. Способ получения оксидов алюминия и ванадия из алюмогетитсодержащих бокситов / Авакян З.А., Огурцова Л.В., Каравайко Г.И., Сафонова О.Ф., Кулина Л.Г., Зинкевич Ж.Д.; опубл. 23.10.91, Бюл. № 39.

3. Аак О.В. Аллергены грибов. Особенности микогенной сенсибилизации (обзор) // Проблемы медицинской микологии. 2005. - Т. 7. - № 2. - С. 12-16.

4. Абрамович В.В., Другов М.А. Опыт проведения виноделия на споровых культурах винных дрожжей // Виноделие и виноградарство СССР. 1958. - № 1. - С. 47-49.

5. Акименко В.К., Андреева Н.А., Кулаев И.С., Лозинов А.Б., Черменский Д.Н. О взаимосвязи между синтезом энниатина, пулом АТФ и цианидрезистентным дыханием у Fusarium sambucinum II Микробиология. 1981. - T. 50. - № 2. - С. 205-210.

6. Ангелова Б.А., Суходольская Г.В., Кощеенко К.А. Микробиологическое 11бета-гидроксилирование стероидных соединений грибами Cunninghamella и Curvularia II Микробиология. 1985. - Т. 54. - № 5. - С. 704-710.

7. Ангелова Б.А., Суходольская Г.В, Кощеенко К.А. Сравнительное изучение закономерности роста и ферментативной активности свободного и иммобилизованного мицелия Curvularia lunata ВКМ F-644 // Изв. АН СССР. -Сер. Биол. 1986. - № 5. - С.753-761.

8. Антипова Т.В, Желифонова В.П, Кочкина Г.А, Козловский А.Г. Особенности роста и биосинтеза ругуловазинов у грибов Pénicillium variabile Sopp 1912 II Микробиология. 2008. - T. 77. - № 4. - С. 502-507.

9. Аренде И.M., Дорохов В.В., Сверчкова Т.М., Федорова Г.Д, Казаков Г.А., Катомина А.А. Биосинтез липазы Geotrichum candidum при глубинном культивировании // Прикл. биохимия и микробиология. 1986. - Т. 22. - № 1. -С. 102-106.

10. Ю.Аркадьева З.А. Факторы, влияющие на жизнеспособность и свойства микроорганизмов при различных методах хранения // Научн. докл. высшей школы. Сер. Биол. науки. - 1983. - № 4. - С. 93-105.

11. П.Афанасьева О.В. О работе с коллекцией чистых культур микроорганизмов, применяемых в хлебопечении / Краткие тезисы докладов на Первой конференции о задачах и методах работы микробных коллекций СССР. М.: Изд-во АН СССР, 1972. - С. 53-55.

12. Бекер М.Е., Дамберг Б.Е., Рапопорт А.И. Анабиоз микроорганизмов. Рига: Зинатне, 1981.-247 с.

13. Белякова JI.A., Лаврова Л.Н., Кудрявцев В.И. Хранение культур грибов / Методы хранения коллекционных культур микроорганизмов. Институт микробиологии АН СССР / Отв. ред. Красильников Н.А. М.: Наука, 1967. - С. 7-55.

14. Н.Белякова Л. А. Логинова Л. Г., Бурденко Л. Г., Лебедева М. К., Одоевская Н. С. О хранении культур грибов в жидком азоте // Микология и фитопатология. -1979. Т. 13. - Вып. 5. - С. 432-437.

15. Белякова Л.А., Милько А.А. Новые и редкие виды Pénicillium, обнаруженные в СССР // Микология и фитопатология. 1972. - Т. 6. - Вып. 2. - С. 145-151.

16. Буркин А. А., Кононенко Г.П., Кочкина Г.А., Озерская С.М. Иммуноферментный анализ PR-токсина в таксономической оценке грибов рода Pénicillium Link II Прикл. биохимия и микробиология. 2007. - Т. 43. - № 4. - С. 505-510.

17. Васильева Н.В., Блинов Н.П. Микроорганизмы-контаминанты и патогены -индукторы процессов старения больничных зданий и помещений медицинского назначения, а также возбудители некоторых заболеваний людей / Ред. Блинов Н.П. СПб.: Коста, 2009. - 224 с.

18. Веселов И.Я., Мосичев М.С., Типограф Д.Я. Техническая микология. М.: Изд-во МТИПП, 1972. - 211 с.

19. Винокурова Н.Г., Иванушкина Н.Е., Кочкина Г.А., Аринбасаров М.У., Озерская С.М. Синтез микофеноловой кислоты грибами Pénicillium Link II Прикл. биохимия и микробиология. 2005. - Т. 41. - № 1. - С. 95-99.

20. Винокурова Н.Г., Озерская С.М., Баскунов Б.П., Аринбасаров М.У. Грибы Pénicillium commune Thom и Pénicillium clavigerum Demelius продуценты фумигаклавинов A и Б II Микробиология. - 2003. - T. 72. - № 2. - С. 180-182.

21. Винокурова Н.Г., Озерская С.М., Желифонова В. П., Аданин В.М. Таксономическое положение и азотсодеращие вторичные метаболиты Pénicillium vitale Pidoplichko et Bilai apud Bilai II Микробиология. 2000. - T. 69. -№3.-C. 415-419.

22. Винокурова Н.Г., Решетилова T.A., Аданин B.M., Козловский А.Г. Исследование алкалоидного состава грибов Pénicillium palitans и Pénicillium oxalicum II Прикл. биохимия и микробиология. 1991. - Т. 27. - № 6. - С. 850855.

23. Винокурова Н.Г., Решетилова Т.А., Ярчук Н.Г., Аданин В.М., Козловский А.Г. Исследование алкалоидообразования у Pénicillium palitans и P.expansum при росте на различных средах // Прикл. биохимия и микробиология. 1993. - Т. 29. - № 4. - С. 559-566.

24. Войшвилло Н.Е., Истомина З.И., Камерницкий А.В., Весела И.В., Решетова И.Г., Стрелкова О.Г. Поиск микроорганизмов, способных к 9альфа-гидроксилированию Збета-гидрокси стероидов // Прикл. биохимия и микробиология. 1994. - Т. 30. - № 4-5. - С. 617-623.

25. Всемирная почтовая конвенция от 14 сентября 1994 г. Всемирный почтовый союз Электронный ресурс. 1994. - Режим доступа: jurist.ioso.ru/vsemirnpochtkonv.html.

26. Гасич E.JL, Берестецкий А.О. Коллекция чистых культур микромицетов, поражающих сорные растения / Современная микология в России. М.: Национальная академия микологии, 2002. - С. 133.

27. Герна Р. Хранение микроорганизмов / Методы общей бактериологии / Ред. герхардт ф. М.: Мир, 1983.-Т. 1. - С. 512-534.

28. Гесслер Н.Н., Соколов А.В., Белозерская Т.А. Начальные этапы синтеза триспоровых кислот // Прикл. биохимия и микробиология. 2002. - Т. 38. - № 6. -С. 625-633.

29. Горбачева И.-М.В., Кебекбаева К.М., Безбородов А.М. Внеклеточные ФМЭазы Aspergillus clavatus II Прикл. биохимия и микробиология. 1988. - Т. 24. - № 3. -С. 328-334.

30. Да Сильва Э., Калакуцкий JI. В., Сун Дакан. Сохранение и использование генетических ресурсов // Импакт. 1991. - Т. 2. - С. 65-76.

31. Данилова М.В. Жизнеспособность и стабильность бактерий после их лиофилизации и хранении при разных условиях. Автореф. дис. . канд. биол. наук. М., 1972. - 24 с.

32. Дудучава М.Р. Трансформация хинолинкарбоновых кислот микроорганизмами. Автореф. дис. . канд. биол. наук. М., 2000. - 22 с.

33. Блинов Н.П. Токсигенные грибы в патологии человека // Проблемы медицинской микологии. 2002. - Т. 4. - № 4. - С. 1-5.

34. Желифонова В. П. Антипова Т. В., Козловский А. Г. Вторичные метаболиты в таксономии грибов рода Pénicillium // Микробиология. 2010. - Т. 79. - № 3. - С. 291-303.

35. Желифонова В.П., Кулаковская Т.В., Козловский А.Г. О механизме экскреции и транспорта алкалоида аурантиоклавина в процессе роста гриба Pénicillium nalgiovense BKM F-229 II Микробиология. 2003. - T. 72. - № 2. - С. 183-188.

36. Желифонова В.П., Матыс В.Ю., Ерошин В.К. Синтез липидов грибами порядка Mucorales при росте на среде с этиловым спиртом // Микробиология.- 1988. Т. 57.-Вып. 4.-С. 591-594.

37. Зеленкова Н.Ф., Веприцкая И.Г., Аданин В.М., Сахаровский В.Г., Нефедова М.Ю., Козловский А.Г. Новый эргоалкалоид-1, 1 бис (6,8-диметил,8,9-эпокси,5а,10е) эрголин // Докл. АН СССР. 1990. - Т. 313. - № 6. - С. 1494-1496.

38. Иванушкина Н.Е., Кочкина Г.А., Озерская С.М. Транспортировка потенциально опасных культур грибов // Микология и фитопатология. 1997. - Т. 31. - Вып. 4. -С. 62-71.

39. Калакуцкий Л.В. Коллекции микробов / Сохранение биологического разнообразия России основа устойчивого развития науки и наукоемких производств. ГНУ ВСТИСП Россельхозакадемии. М., 20116. - С-39-48.

40. Калакуцкий Л.В., Сидякина Т.М. Сохранение жизнеспособности микроорганизмов в природе и основные подходы к консервации коллекционных культур / Тезисы докладов 2-й Всесоюзной конференции по анабиозу. Рига, 16-18 октября 1984. - С. 19-20.

41. Карандашов В.Е. Особенности формирования и развития арбускулярной микоризы в условиях in vitro. Автореф. дис. . канд. биол. наук. М., 1999. - 21 с.

42. Каталог культур Всесоюзной коллекции непатогенных микроорганизмов. Институт микробиологии АН СССР / Отв. ред. Кудрявцев В.И. М.: Наука, 1976.-238 с.

43. Каталог культур микроорганизмов: бактерии, мицелиальные грибы, дрожжевые грибы. Генетически модифицированные штаммы / ИБФМ РАН, ВКМ / Общ. ред. Калакуцкий Л.В., Фатеева М.В. Пущино-Москва, 1992. - 362 с.

44. Каталог культур микроорганизмов, поддерживаемых в учреждениях СССР. Институт микробиологии АН СССР / Отв. ред. Кудрявцев В.И., Рудаков О.Л. -М.: Наука, 1981.- 245 с.

45. Кашкин П.Н. О значении коллекции патогенных для человека грибов в научно-практической медицине / Краткие тезисы докладов на Первой конференции о задачах и методах работы микробных коллекций СССР. М.: Изд-во АН СССР, 1972. - С. 3-5.

46. Клетка и температура среды / Труды Международного симпозиума по цитоэкологии. Ин-т цитологии АН СССР. М.: Наука, 1964. - 304 с.

47. Козловский А.Г. Исследование алкалоидов сапрофитных грибов: биосинтез, структура, свойства, химико-микробиологический синтез. Автореф. дис. . докт. биол. наук. -М., 1987. 39 с.

48. Козловский А.Г., Аданин В.М., Дазе Х.М., Грефе У. Ругулозувины А и Б -дикетопиперазиновые алкалоиды грибов Pénicillium rugulosum и Pénicillium piscarium II Прикл. биохимия и микробиология. 2001. - Т. 37. - № 3. - С. 292296.

49. Козловский А.Г., Винокурова Н.Г., Аданин В.М. Дикетопиперазиновые алкалоиды грибов Pénicillium Westling 1911 II Прикл. биохимия и микробиология. 2000. - Т. 36. № 3. - С. 317-321.

50. Козловский А.Г., Винокурова Н.Г., Аданин В.М., Седмера П. Вторичные метаболиты штаммов грибов, относящихся к Pénicillium fellutanum II Прикл. биохимия и микробиология.- 1997. Т. 33. - № 4. - С. 408-414.

51. Козловский А.Г., Винокурова Н.Г., Желифонова В.П. Микотоксины грибов Pénicillium vulpinum (Cooke et Masse) Seifert et Samson II Микробиология. 2000. -T. 69.-№ l.-C. 45-48.

52. Козловский А.Г., Винокурова Н.Г., Желифонова В.П., Аданин В.М. Вторичные метаболиты грибов вида Pénicillium janczewskii II Прикл. биохимия и микробиология. 1997. - Т. 33. - № 1. - С. 70-74.

53. Козловский А.Г., Винокурова Н.Г., Желифонова В.П., Аданин В.М., Озерская С.М. Алкалоиды грибов рода Pénicillium, выделенных из почв Сирии // Микробиология. 1997. - Т. 66. - № 5. - С. 600-604.

54. Козловский А.Г., Винокурова Н.Г., Желифонова В.П., Озерская С.М. Исследование алкалоидообразования у грибов рода Pénicillium серий Fellutana и Canescentia И Микробиология. 1997. - Т. 66. - № 4. - С. 514-519.

55. Козловский А.Г., Желифонова В.П., Антипова Т.В. Вторичные метаболиты в таксономии грибов подрода Pénicillium II Микробиология. 2009. - Т. 78. - № 5. - С. 684-689.

56. Козловский А.Г., Соловьева Т.А. Микроскопические грибы продуценты алкалоидов // Прикл. биохимия и микробиология. - 1985. - Т. 21. - № 5. - С. 579586.

57. Козловский А.Г., Соловьева Т.Ф., Сахаровский В.Г., Аданин В.М. Биосинтез "необычных" эргоалкалоидов Pénicillium aurantiovirens II Докл. АН СССР. -1981а. Т. 260.-№ 1. - С. 230-233.

58. Козловский А.Г., Соловьева Т.Ф., Слокоска Л., Григоров И. Влияние некоторых факторов на биосинтез алкалоидов культурой Claviceps sp. СР II // Прикл. биохимия и микробиология. 1986. - Т. 22. - № 4. - С. 548-553.

59. Козловский А.Г., Стефанова-Аврамова Л.Н., Решетилова Т.А., Сахаровский В.Г., Аданин В.М. Клавиновые эргоалкалоиды метаболиты Pénicillium gorlenkoanum II Прикл. биохимия и микробиология. - 19816. - Т. 17. - № 6. - С. 806-812.

60. Кольцов С.И., Алесковский В.Б. Силикагель, его строение и химические свойства. JL: Госхимиздат, 1963. - 121 с.

61. Конвенция о биологическом разнообразии. Текст и приложения Электронный ресурс. М., 1993. 34 с. Режим доступа: www.un.org/ru/documents/declconv/conventions/biodiv.shtml.

62. Кондратьева Т.Ф., Лобачева H.A. Оптимизация состава питательной среды методом математического планирования с целью увеличения количества синтезируемого Pullulariapullulans пуллулана // Микробиология. 1990. - Т. 59.- № 6. С. 1004-1009.

63. Кореневский A.A., Авакян З.А., Каравайко Г.И. Микробиологическая деструкция сынныритов // Микробиология. 1992. - Т. 61. - № 6. - С. 1011-1017.

64. Костышин С.С., Мошкович Ф.С., Домбровская E.H., Оплачко Л.Т. Фенолоксидазная активность некоторых базидиомицетов: 1. Оптимизация ферментообразования и скрининг продуцентов // Биотехнология. 1992. - № 6. -С. 46-49

65. Костюковский В.А. Анаэробные целлюлозолитические грибы рубца крупного рогатого скота при разных условиях питания. Автореф. дис. . канд. биол. наук. -Пущино, 1990,- 16 с.

66. Кудрявцев В.И., Фатеева М.В., Никитина Т.Н. Хранение коллекционных дрожжевых культур под минеральным маслом // Микробиология. 1972. - Т. 41.- № 5. С. 903-908.

67. Кудрявцева Л.П., Лошакова Н.И., Крылова Т.В. Коллекция фитопатогенных микроорганизмов возбудителей болезней льна / Современная микология в России. М.: Национальная академия микологии, 2002. - С. 134-135.

68. Кузнецов В.Д. Хранение актиномицетов в лабораторных условиях / Методы хранения коллекционных культур микроорганизмов. Институт микробиологии АН СССР / Отв. ред. Красильников H.A. М.: Наука, 1967. - С. 136-150.

69. Кузнецов В.Д., Лягина Н.М., Сорокина Е.И., Абызова Л.Ф. Некоторые вопросы хранения культур актиномицетов и грибов в лабораторных условиях // Микробиология. 1962. - Т. 31. - № 4. - С. 731-737.

70. Куплетская М.Б. О лиофилизации сапрофитных микроорганизмов // Микробиология. 1961. - Т. 30. - № 4. - С. 717-721.

71. Куплетская М.Е., Дольникова Г.А. Фенилаланил аммиак - лиазная активность пигментных дрожжей и мицелиальных грибов // Прикл. биохимия и микробиология. - 1992. - Т. 28. - № 1. - С. 50-54.

72. Лаузне Э.Я. О сохранении жизнеспособности эпифитных бактерий при хранении / Краткие тезисы докладов на Первой конференции о задачах и методах работы микробных коллекций СССР. М.: Изд-во АН СССР, 1972. - С. 25-27.

73. Лисов A.B., Пожидаева З.А., Степанова Е.В., Королева О.В., Леонтьевский A.A. Трансформация полихлорированных фенолов лакказами с участием 1-гидроксибензотриазола как медиатора // Прикл. биохимия и микробиология. -2007. Т. 43. - № 6. - С. 691-694.

74. Лисова З.А. Характеристика изоформ лакказы гриба Cerrena unicolor. Автореф. дис. . канд. биол. наук. Пущино, 2011. - 24 с.

75. Марфенина O.E. Опасные плесени в окружающей среде // Природа. 2002. - № 11.-С. 33-38.

76. Методы экспериментальной микологии. Справочник / Отв. ред. Билай В.И. -Киев: Наукова Думка, 1982. 552 с.

77. Милман И.А., Фрейманис Я.Ф. Микробиологический синтез и превращение простагландинов // Прикл. биохимия и микробиология. 1986. - Т. 22. - № 5. - С. 595-606.

78. Минасян А.Е., Черменский Д.Н., Элланская И.А. Синтез энниатина В культурой Fusarium sambucinum Fuck // Микробиология. 1978. - Т. 47. - № 1. - С. 67-71.

79. Надирова И.М., Данилова М.В. Хранение бактериальных культур под минеральным маслом / Методы хранения коллекционных культур микроорганизмов. Институт микробиологии АН СССР / Отв. ред. Красильников H.A. М.: Наука, 1967. - С. 91-119.

80. Никитин Е.Е., Звягин И.В. Замораживание и высушивание биологических препаратов. М.: Колос, 1971. - С. 183-197.

81. Озерская С.М., Иванушкина Н.Е., Кочкина Г.А. Патогенные грибы: категоризация биологического риска и разнообразие / Микология сегодня / Ред. Дьяков Ю.Т., Сергеев Ю.В. М.: Национальная академия микологии, 2007. - С. 268-282.

82. Озерская С.М., Иванушкина Н.Е., Кочкина Г.А. Микроскопические грибы в связи с проблемами биологической безопасности // Проблемы медицинской микологии. 2011. - Т. 13. - № 3. - С. 3-12.

83. Озерская С.М., Кочкина Г.А., Иванушкина Н.Е., Запрометова K.M., Еремина С.С. Мицелиальные грибы во Всероссийской коллекции микроорганизмов (ВКМ ИБФМ РАН) // Прикл. биохимия и микробиология. 2005. - Т. 41. - № 5. -С. 596-600.

84. Озерская С.М., Кочкина Г.А., Иванушкина Н.Е., Запрометова K.M., Еремина С.С. Обзор состояния дел с коллекциями микроорганизмов в России // Вестник биотехнологии и физико-химической биологии им. Ю.А. Овчинникова. 2006. Т. 2. - № 3. - С. 51-61.

85. Патент № 2115678 Российской Федерации. Способ получения ликопина / Феофилова Е.П., Терешина В.М., Меморская A.C.; опубл. 20.07.1998.

86. Патент № 2146293 Российской Федерации. Биотехнологический способ очистки деталей техники от загрязнений / Доценко Г.Н.; Феофилова Е.П., Терешина В.М., Меморская A.C.; опубл. 10.03.2000.

87. Патент № 2386692 Российской Федерации. Способ получения тартрата эпоксиагроклавина-i и хиноцитрининов / Козловский А.Г., Желифонова В.П., Антипова Т.В., Озерская С.М., Кочкина Г.А., Иванушкина Н.Е.; опубл. 00.00.2010, Бюл.№ 12.

88. Положение о порядке учета, хранения, обращения, отпуска и пересылки культур бактерий, вирусов, риккетсий, простейших, микоплазм, бактерийных токсинов, ядов биологического происхождения. M.: МЗ СССР, 1980. - 37 с.

89. Практическое руководство по биологической безопасности в лабораторных условиях. 3-е издание. Женева: Всемирная организация здравоохранения, 2004.-201 с.

90. Проект технического регламента "О биологической безопасности", согласованный с ФОИВ. М., 2005. - 63 с.

91. ЮЗ.Псурцева Н.В. Сохранение грибов, имеющих значение для медицины, в коллекции культур базидиомицетов JIE (БИН) / Успехи медицинской микологии / Ред. Сергеев Ю.В. М.: Национальная академия микологии, 2003. -С. 46-48.

92. Рамниеце В.Э., Вентыня Э.Ю., Бекер М.Е. Резистентность выращенных на бедной среде дрожжей при замораживании и обезвоживании // Биохимия. -1972.-Т. 9.-С. 125-130.

93. Редчиц Т.Н. Хранение культур грибов / Методы экспериментальной микологии. Справочник / Отв. ред. Билай В.И. Киев: Наукова думка, 1982. - С. 462-473.

94. Решетилова Т.А., Соловьева Т.Ф., Баскунов Б.П., Козловский А.Г. Исследования алкалоидообразования у некоторых грибов рода Pénicillium II Микробиология. 1992. - Т. 61. - № 5. - С. 391-394.

95. Решетилова Т.А., Шевченко В.И., Аданин В.М., Козловский А.Г. Биосинтез алкалоидов мелеагрина и рокефортина грибами Pénicillium chrysogenum и

96. P.purpurrescens //Прикл. биохимия и микробиология. 1993. - Т. 29. - № 3. - С. 418-423.

97. Решетилова Т.А., Ярчук Н.И., Шурухин Ю.В., Козловский А.Г. Алкалоиды гриба Pénicillium expansum II Прикл. биохимия и микробиология. 1991. - Т. 27. -№ 5.-С. 725-730.

98. Рудаков O.JI. Микофильные грибы, их биология и практическое значение. -М.: Наука, 1981,- 159 с.

99. Румянцева В.М., Трибис Ж.М. Влияние глубокого охлаждения на дышащие дрожжевые клетки // Цитология. 1965. - Т. 7. - Вып. 5. - С. 650-652.

100. Садовова Н.В., Феофилова Е.П. Особенности липидного состава термофильного гриба Myceliophthora thermophila II Микробиология.- 1989. T. 58,-№2,-С. 222-228.

101. Самосудова E.B. О лиофилизации фитопатогенных бактерий // Микробиология. 1965. - Т. 34. - № 3. - С. 551-555.

102. Санитарные правила СП 1.2.036-95. Порядок учета, хранения, передачи и транспортирования микроорганизмов I-IY групп патогенности. Утв. Постановлением Госкомсанэпиднадзора РФ от 28.08.95 № 14. М., 1996. - 7 с.

103. Сергеев А.Ю., Сергеев Ю.В. Грибковые инфекции. Руководство для врачей. -М.: ООО "Бином-пресс", 2003. 440 с.

104. Сергеева Я.Э., Галанина JI.A., Андрианова Д.А., Феофилова Е.П. Липиды мицелиальных грибов как основа для получения биодизельного топлива // Микробиология. 2008. - Т. 44. - № 5. - С. 576-581.

105. Сидякина Т.М. Консервация микроорганизмов / Серия «Консервация генетических ресурсов». -Пущино: ОНТИ НЦБИ АН СССР, 1985. 63 с.

106. Сидякина Т.М. Методы консервации микроорганизмов / Серия «Консервация генетических ресурсов». Пущино: ОНТИ НЦБИ АН СССР, 1988. - 59 с.

107. Симонян М.Г. Влияние различных способов консервации на биологические особенности грибов рода Aspergillus. Автореф. дис. . канд. биол. наук. М., 1989. - 17 с.

108. Соловьева И.В., Михалева Н.И., Окунев О.Н., Шульга А.В. Некоторые регуляторные механизмы, детерминирующие двухфазность образования целлобиазы Aspergillus japonicus II Микробиология. 1989. - T. 58. - № 6. - С. 909-914

109. Соловьева Т.Ф., Баскунов Б.П. Биосинтез дикетопиперазиновых алкалоидов грибами рода Pénicillium и некоторые аспекты их образования // Прикл. биохимия и микробиология. 1992. - Т. 28. - № 6. - С. 880-888.

110. Соловьева Т.Ф., Баскунов Б.П., Киселева О.В., Козловский А.Г. Биосинтез алкалоидов культурой Pénicillium puberulum II Микробиология. 1992. - T. 61. -№3.-С. 395-403.

111. Соловьева Т.Ф., Баскунов Б.П., Решетилова Т.А. Пуберулин А новый дикетопиперазиновый алкалоид гриба Pénicillium rugulosum Thom ВКМ F-352 II Прикл. биохимия и микробиология. - 1997. - Т. 33. - № 1. - С. 66-69.

112. Супрун Т.П. О хранении микроскопических грибов в стерильной почве // Микробиология. 1965. - Т. 34. - № 3. - С. 539-545.

113. Татаренко Е.С., Высоцкая М.А. О хранении плесневых грибов // Микробиология. 1960. - Т. 29. - № 4. - С. 606-610.

114. Тренина Г.А, Капитонова О.Н, Трутнева Е.М., Лаврова Л.Н. Хранение и изменчивость генетически различных штаммов / Краткие тезисы докладов на Первой конференции о задачах и методах работы микробных коллекций СССР. М.: Изд-во АН СССР, 1972. - С. 14-17.

115. Уголовный кодекс Российской Федерации. Официальный текст. М.: Издательская группа ИНФРА М - НОРМА, 1996. - 205 с.

116. Фатеева М.В. Коллекции культур микроорганизмов, их задачи и функции / Коллекции культур, депонирование, патентование, номенклатура микроорганизмов. Материалы VI Съезда Всесоюзного микробиологического общества. Рига, 1980. - С. 3-5.

117. Фатеева М.В. Коллекции микроорганизмов и методы длительного хранения коллекционных культур // Успехи микробиологии. 1983. - Т. 18. - С. 193-219.

118. Фатеева М.В. Методы хранения коллекционных культур дрожжей / Методы хранения коллекционных культур микроорганизмов. Институт микробиологии АН СССР / Отв. ред. Красильников H.A. М.: Наука, 1967. - С. 55-90.

119. Фатеева М. В. Рецензия // Микробиология. 1979. - Т. 48. - № 6. - С. 11321135. - Рец. на кн.: Calcott Р. Н. Freezing and Thawing Microbes. - England, Meadowfield Press Ltd., - 1978. - 68 p.

120. Федько П.А., Удовиченко Ю.М. Сохранение жизнеспособности гриба Stachybotrys alternans при длительном хранении / Исследования в области ветеринарии. Одесса, 1975. - С. 98-101.

121. Фениксова Р.В., Улезло И.В. Изучение биосинтеза целлюлазы Myrothecium verrucaria II Прикл. биохимия и микробиология. 1965. - Т. 1.- № 4,- С. 406-413.

122. Фонин B.C., Сидякина Т.М., Шаин С.С., Озерская С.М., Павлова Е.Ф. Изучение условий хранения промышленных штаммов паразитарной культуры спорыньи // Прикл. биохимия и микробиология. 1996. - Т. 32. - № 4. - С. 406410.

123. Хрипунов Е.М., Котляров В.М., Вакулов И.А. Лиофильное высушивание Listeria monocytogenes II Ветеринария. 1969. - № 4. - С. 22-25.

124. Четверикова Е. П. Проблема сохранения свойств организмов после криоконсервации (на примере грибов) // Биофизика. 2009. - Т. 54. - № 5. - С. 887-893.

125. Шабаева Э.В., Яшина С.Г., Еремина С.С., Озерская С.М. Опыт культивирования мицелия базидиальных грибов на средах для выращивания тканей растений // Цитология. 1999. - Т. 41. - № 3А. - С. 323-324.

126. Щелокова Е.В., Воробьева Л.И. Образование биотина грибом Rhizopus delemar II Прикл. биохимия и микробиология. 1982. - Т. 18. - № 5. - С. 630-635.

127. Adams К.В., Wu М.Т., Salunkhe D.K. Effects of gamma radiation on growth and patulin production of Penicillium expansum and Penicillium patulum II Environmental and Experimental Botany. 1976. - V. 16. -N. 2-3, - P. 189-193.

128. Anderson R.F., Arnold M., Nelson G.E.N., Ciegler A. Microbiological production of beta-carotene in shaken flasks // J. Agric. Food Chem. 1958. - V. 6. - N. 7. - P. 543-545.

129. Approved list of biological agents. Advisory Committee on Dangerous Pathogens Electronic resource. UK: HSE, 2004. - 21 p. - Режим доступа: www.hse.gov.uk/pubns/misc208.pdf.

130. Atkinson R.G. Survival and pathogenicity of Alternaria raphani after five years in dried soil cultures // Can. J. Bot. 1953. - V. 31. - P. 542-546.

131. Bakerspiegel A. Soil as a storage medium for fungi // Mycologia. 1953. - V. 45. -P. 596-604.

132. Bank H., Mazur P. Visualization of freezing damage // J. Cell. Biol. 1973. - V. 57. - N. 3. - P. 729-742.

133. Barreto M.C., Houbraken J., Samson R.A., Frisvad J.C., San-Româo M.V. Taxonomic studies of the Pénicillium glabrum complex and the description of a new species P. subericola II Fungal Divers. 2011. - V. 49. - P. 23-33.

134. Baskarathevan J., Jaspers M.V., Jones E.E., Ridgway H.J. Evaluation of different storage methods for rapid and cost-effective preservation of Botryosphaeria species // N. Z. Plant Prot. 2009. - V. 62. - P. 234-237.

135. Belgian classifications for microorganisms based on their biological risks. Belgian biosafety server Electronic resource. 2006. - Режим доступа: www.biosafety.be/RA/Class/ClassBEL.html.

136. Benson D.A., Karsch-Mizrachi I., Lipman D.J., Ostell J., Sayers E.W. GenBank // Nucleic Acids Research. 2011. - V. 39. (Database issue). - D32-D37.

137. Best practice guidelines for the microorganism domain / OECD Best practice guidelines for biological resource centres. OECD, 2007a. - P. 58-66.

138. Best practice guidelines on biosecurity for BRCs / OECD Best practice guidelines for biological resource centres. OECD, 2007b. - P. 45-57.

139. Betts R.E., Walters D.E., Rosazza J.P. Microbial transformations of antitumor compounds: 1. Conversion of acronycine to 9-hydroxyacronycine by Cunninghamella echinulata // J. Med. Chem. 1974. - V. 17. - N. 6. - P. 599-602.

140. Biodiversity of fungi: inventory and monitoring methods / Eds. Mueller G.M., Bills G.F., Foster M.S. Elsevier Academic Press, 2004. - 777 p.

141. Biorisk management: Laboratory biosecurity guidance Electronic resource. -Geneva: World Health Organization, 2006. 41 p. - Режим доступа: www.who.int/csr/resources/publications/biosafety/WHO CDS EPR 2006 6/en.

142. Bitardonto M.I., Bruns T.D., Blackwell M. et al. Preserving accuracy in Genbank // Science. 2008. - V. 319. - P. 1616.

143. Bloom B.M., Shull G.M. Epoxidation of unsaturated steroids by microorganisms // J. Am. Chem. Soc. 1955. - V. 77. - N. 21. - P. 5707-5708.

144. Boesewinkel H.J. Storage of fungal cultures in water // Trans. Brit. Mycol. Soc. -1976.-V. 66.-P. 183-185.

145. Booth C. The genus Fusarium. U.K, Kew: CMI, 1971. - P. 24-26.

146. Borba C.M., Rodriges K.F. Viability and sporulating capability of Coelomycetes preserved under a range of different storage regimes // Rev. Iberoam. Micol. 2000. -V. 17.-P. 142-145.

147. Braun U., Crous P.W., Dugan F., Groenewald J.Z., Hoog G.S. de. Phylogeny and taxonomy of Cladosporium-like hyphomycetes, including Davidiella gen.nov., the teleomorph of Cladosporium s.str. // Mycol. Progress. 2003. V. 2. - N. 1. - P. 3-18.

148. Brian P.W., Curtis P.J., Hemming H.G. A substance causing abnormal development of fungal hyphae produced by Penicillium janczewskii Zal. III. Identity of "curling factor" with griseofulvin // Trans. Brit. Mycol. Soc. 1949. - V. 32. - P. 30-33.

149. Bridge P.D., Roberts P.J., Spooner B.M., Panchal G. On the unreliability of published DNA sequences // New Phytol. 2003. - V. 160. - P. 43-48.

150. Bridge P.D., Spooner B.M., Roberts P.J. The impact of molecular data in fungal systematics // Adv. Bot. Res. 2005. - V. 42. - P. 33-67.

151. Brockbank K.G.M., Covault J.C., Taylor M.J. Cryopreservation manual / A guide to cryopreservation techniques. Thermo Electron Corporation, 2003. - 24 p.

152. Brown D.E., Hasan M., Thornton A.J. Fat production by Trichoderma reesei II Biotechnol. Lett. 1988. - V. 10. - N. 4. - P. 249- 254.

153. Bunse T., Steigler G.K. The preservation of fungal cultures by lyophilization // Mycoses. 1991. - V. 34. - N. 3-4. - P. 173-176.

154. Burdsall H.H., Dorworth E.B. Preserving cultures of wood-decaying Basidiomycotina using sterile distilled water in cryovials // Mycologia. 1994. - V. 86.-N. 2. - P. 275-280.

155. Butterfield W., Jong S.C., Alexander M.T. Preservation of living fungi pathogenic for man and animals // Can. J. Microbiol. 1974. - V. 20. - P. 1665-1673.

156. Calcott P.H. Freezing and thawing microbes. England, Durham: Meadowfield Press Ltd, 1978.- 68 p.

157. Campbell L.H., Taylor M.J., Brockbank K.G.M. Evaluation of cell viability during cryopreservation using cell culture medium versus low-temperature storage solutions / Vitro Cell. Dev. Biol. Animal. - 2001. - V. 37. - N. 3. - Supplements: VT-2006.

158. Carvalho A.S., Silva J., Ho P., Teixeira P., Malcata F.H., Gibbs P. Survival of freeze-dried Lactobacillus plantarum and Lactobacillus rhamnosus during storage in the presence of protectants // Biotechnol. Lett. 2002. -V. 24. - P. 1587-1591.

159. Castellani A. Maintenance and cultivation of common pathogenic fungi of man in sterile distilled water. Further researches // J. Trop. Med. Hyg. 1967. - V. 70. - P. 181-184.

160. Catalogue of microbial cultures of All-Russian Collection of Microorganisms (VKM) Electronic resource. 2012. - Режим доступа: www.vkm.ru/.

161. Catalogue of filamentous fungi. 18th edition / Eds. Jong S.C., Edwards M.J. -American Type Culture Collection, 1991. 669 p.

162. Catley B.J. The extracellular polysaccharide, pullulan, produced by Aureobasidium pullulans: a relationship between elaboration rate and morphology // J. Gen. Microbiol. 1980. - V. 120. - N. 1. - P. 265-268.

163. Cazin J.J., Weimer D.F., Howard J.J. Isolation, growth characteristics, and long-term storage of fungi cultivated by attine ants // Appl. Environ. Microbiol. 1989. -V. 55.-N. 6.-P. 1346-1350.

164. CBS List of cultures. Fungi and yeasts. 34th edition. The Netherlands, Baarn: CBS, 1996. - 603 p.

165. CBS List of cultures. Fungi and yeasts. 35th edition. The Netherlands, Baarn-Delft: CBS, 2001. -687 p.

166. CBS Strain Catalog Electronic resource. 2012. - Режим доступа: www.cbs.knaw.nl/collections/Biolomics.aspx?Table:=CBS%20strain%20database/.

167. Chen Q., Haddad G. Role of trehalose synthase and trehalose during hypoxia: from flies to mammals // J. Exp. Biology. 2004. - V. 207. - P. 3125-3129.

168. Ciegler A., Arnold M., Anderson R.F. Microbiological production of carotenoides: 4. Effect of various grains on production of beta-carotene by mated strains of Blakeslea trispora // Appl. Microbiol. 1959. - V. 7. - N. 2. - P. 94-98.

169. Clark A.M., Hufford C.D. Microbial transformations of the sesquiterpene lactone costunolide // J. Chem. Soc. Perkin Transact. 1. 1979. - V. 12. - N. 4. - P. 30223028.

170. Colauto N., da Eira A., Linde G. Cryopreservation at -80°C of Agaricus blazei on rice grains // World J. Microbiol. Biotechnol. 2011. - V. 27. - N. 12. - P. 3015-3018.

171. Collecting and preserving fungi. A SAFRINET manual for mycology / Eds. Baxter A.P., van der Linde E. South Africa, Pretoria: ARC - Plant Protection Research Institute, 1999. - 85 p.

172. Common access to biological resources and information service Electronic resource. 2012. - Режим доступа: www.cabri.org/guidelines/micro-organisms/MCover 1 .html.

173. Costa C.P., Ferreira M.C. Preservation of microorganisms // Rev. Microbiol. 1991. -V. 22.-N. 3.-P. 263-268.

174. Couriel B. Freeze drying: past, present and future // PDA J. Pharm. Sci. Technol -1980. V. 34. - N. 1.5. - P. 352-357.

175. CRC Handbook series in nutrition and food. Section G: diets, culture media, food supplements. V. 3: Culture media for microorganisms and plants / Ed. Rechcigl M. -USA: CRC Press Inc., 1978. 647 p.

176. Croan S.C., Burdsall H. H, Rentmeester R. M. Preservation of tropical wood-inhabiting Basidiomycetes II Mycologia. 1999. - V. 91. - N. 5. - P. 908-916.

177. Croan S.C. Conversion of wood waste into value-added products by edible and medicinal Pleurotus (Fr.) P. Karst. species (Agaricales s.l, Basidiomycetes) II Int. J. Med. Mushrooms. 2000. - N. 2. - 73-80.

178. Crous P.W., Gams W., Stalpers J.A, Cannon P.F, Kirk P.M., David J.C, Triebel D. An online database of names and descriptions as an alternative to registration // Mycol. Res.-2004a.-V. 108.-N. 11.-P. 1236-1238.

179. Crous P.W., Gams W., Stalpers J.A, Robert V, Stegehuis G. Mycobank: an online initiative to launch mycology into the 21st century // Stud. Mycol. 2004b. - V. 50. -P. 19-22.

180. Curtin T., Fitzgerald G., Reilly J. Production of phoenicine on synthetic media: Pénicillium phoeniceum van Beyma. 2. Pénicillium rubrum Grasberger-Stoll // Biochem. J. 1940. - V. 34.-N. 12. - P. 1605-1610.

181. Dahman H., Staub T, Schwinn F. J. Technique for long-term preservation of phytopathogenic fungi in liquid nitrogen // Phytopathology. 1983. - V. 73. - P. 241246.

182. Daniel J.W., Baldwin H.H. Methods of culture for plasmoidal Myxomycetes / Methods in cell physiology. Chapter 2 / Ed. Preseott D.M. N-Y., L.: Acad. Press, 1964. - P. 9-41.

183. Dauphin G., Gramain J.C., Kergomard A., Renard M.F., Veschambre H. Microbiological synthesis and circular dichroism of optically active 2-deuterio-cycloalkanones // Tetrahedron. Lett. 1980. - V. 21. - N. 44. - P. 4275-4278.

184. Day J.G., Harding K.C., Nadarajan J., Benson E.E. Cryopreservation: conservation of bioresources at ultra-low temperatures / Molecular biomethods handbook. 2nd edition / Eds. Walker J. M., Rapley R. Totowa, NJ: Humana Press, 2008. - P. 917947

185. Day J.G., Stacey G.H. Biobanking // Mol. Biotechnol. 2008. - V. 40. - P. 202-213.

186. De Hoog G.S., Guarro J., Gene J., Figueras M.J. Atlas of clinical fungi. 2nd edition. The Netherlands, Utrecht: CBS and Spain, Reus: Universität Rovira i Virgili, 2000. -1126 p.

187. De Hoog G.S., Guarro J., Gene J., Figueras M.J. Atlas of clinical fungi. 3rd edition. -The Netherlands, Utrecht: CBS, CD-ROM version, 2009.

188. De Hoog G.S. Risk assessment of fungi reported from humans and animals // Mycoses. 1996. - V. 39. - P. 407-417.

189. Dedeurwaerdere T. The Institutional economics of sharing biological information // Int. Soc. Sei. J. 2006. - V. 188. - P. 351-368.

190. Dedeurwaerdere T. Understanding ownership in the knowledge economy: the concept of the bundle of rights / BCCM Newsletter. 2005. - Edition 18/05. - Article 3. Electronic resource. - Режим доступа: bccm.belspo.be/newsletter/18-05/bccm03.htm.

191. Dedeurwaerdere T. Global microbial commons: institutional challenges for the global exchange and distribution of microorganisms in the life sciences // Res. Microbiol. 2010. - V. 161. - P. 410-421.

192. Detroy R.W., Freer S.N., Fennell D.I. Relationship between the biosynthesis of virus-like particles and mycophenolic acid in Penicillium stoloniferum and Penicillium brevicompactum II Can. J. Microbiol. 1973. - V. 19. - N. 11. - P. 14591462

193. Dictionary of the Fungi / Ainsworth and Bisby's Dictionary of the Fungi / Eds. Ainsworth G.C., Bisby G.R., Hawksworth D.L., Sutton B.C. 7th edition. UK, Kew: CAB Int., 1983.-445 p.

194. Dictionary of the Fungi / Ainsworth and Bisby's Dictionary of the Fungi / Ed. Kirk P.M., Cannon P.F., David J.C., Stalpers J.C. 9th edition. UK, Wallingford: CABI Publishing, 2001.- 655 p.

195. Dictionary of the Fungi / Ed. Kirk P. M., Cannon P.F., Minter D.W., Stalpers J.A. 10th edition. UK, Wallingford: CAB International, 2008. - 771 p.

196. Difco manual of dehydrated culture media and reagents for microbiological and clinical laboratory procedures. 9th edition. Michigan, Detroit: Difco Laboratories Inc., 1965.- 350 p.

197. Dijkshoorn L., De Vos P., Dedeurwaerdere T. Understanding patterns of use and scientific opportunities in the emerging global microbial commons // Res. Microbiol. -2010.-V. 161.-P. 407-413.

198. Directive 2000/54/Ec of the European Parliament and of the Council of 18 September 2000 Electronic resource. Режим доступа: osha.europa.eu/en/legislation/directives/exposure-to-biological-agents/77.

199. Dombrink-Kurtzman M.A. The sequence of the isoepoxydon dehydrogenase gene of the patulin biosynthetic pathway in Penicillium species // Antonie van Leeuwenhoek. 2007. - V. 91. - P. 179-189.

200. Druzhinina I.S., Kopchinskiy A.G., Kubicek C.P. The First 100 Trichoderma species characterized by molecular data // Mycoscience. 2006. - V. 47. - P. 55-64.

201. DSM Catalogue of strains. 5th edition. Germany: DSM, 1993. - 569 p.

202. Dwortzan M. Pathogenic yeasts and fungi: a growing health concern (especially for immune compromised individuals) // Proc. Natl. Acad. Sci. 2003. - V. 100. - Issue 5. - P. 2766-2770.

203. Elliott R.F. Viability of fungal cultures dried and stored over silica gel // N. Z. J. Sci. 1975.-V. 18.-P. 577-583.

204. Ellis J.J. Preserving fungus strains in sterile water // Mycologia. 1979. - V. 71. - P. 1072-1075.

205. Espinel-Ingroff A., Montero D., Martin-Mazuelos E. Long-term preservation of fungal isolates in commercially prepared cryogenic microbank vials // J. Clin. Microbiol. 2004. - P. 1257-1259.

206. Fahy G. M. Vitrification / Low temperature biotechnology: emerging applications and engineering contributions / Eds. McGrath J. J., Diller K. R. New York: ASME, 1988. - P. 113.

207. Finnie K.S., Bartlett J.R., Woolfrey J.L. Encapsulation of sulfate-reducing bacteria in a silica host//J. Mater. Chem. 2000. - V. 10.-P. 1099-1101.

208. Freitas R.S., Dantas K.C., Pereira C.N., Levi J.E., Martins J.E.C. Preservation methods of fungi in 35 years old stock culture storages: a comparative study // African J. Microbiol. Research. 2011. - V. 5. -N. 5. - P. 555-561.

209. Frisvad J.C., Larsen T.O., Thrane U., Meijer M., Varga J., Samson R.A., Nielsen K.F. Fumonisin and ochratoxin production in industrial Aspergillus niger strains // PLoS ONE. 2011. - V. 6. - N. 8: e23496.

210. Gadd G.M., de Rome L. Biosorption of copper by fungal melanin // Appl. Microbiol. Biotechnol. 1988. - V. 29. - P. 610-617.

211. Galadan J.E., Henn M.R., Ma L.J., Cuomo C.A., Birren B. Genomics of the fungal kingdom: insights onto eukaryotic biology // Genome Res. 2005. - V. 15. - N. 12. -P. 1620 - 1631.

212. General best practice guidelines for all BRCs / OECD Best practice guidelines for Biological Resource Centres. OECD, 2007. - P. 32-44.

213. Gherna R.L. Preservation / Manual of methods general bacteriology / Ed. Gerhardt P. Washington: Amer. Soc. Microb., 1981. - P. 208-217.

214. Ghosh A.C., Manmade A., Townsend J.M., Bousquet A., Howes J.F., Demain A.L. Production of cyclochlorotine and a new metabolite, simatoxin, by Penicillium islandicum Sopp // Appl. Environ. Microbiol. 1978. - V. 35. - N. 6. - P. 1074-1078.

215. Grinn-Gofron A. Airborne Aspergillus and Penicillium in the atmosphere of Szczecin, (Poland) (2004-2009) // Aerobiologia. 2011. - V. 27. - N. 1. - P. 67-76.

216. Grivell A.R., Jackson J.F. Microbial culture preservation with silica gel /7 J. Gen. Microbiol. 1969. - V. 58. - P. 423-425.

217. Guidelines for research involving recombinant DNA molecules (NIH Guidelines) Electronic resource. Department of Health and Human Services, USA National1.stitutes of Health, 2011. Режим доступа:oba. od. nih. gov/oba/rac/Guidelines/NIHGuidelines .pdf.

218. Guidelines on the import, transport, transfer, handling and disposal of human pathogens for diagnosis, scientific research and industrial uses in Singapore. -Singapore: Disease Control Branch Current Operations Division Ministry of Health, 2004. 37 p.

219. Guidelines. Classification of organisms: fungi. Berne: Swiss Agency for the Environment, Forests and Landscape SAEFL, 2004. - 115 p.

220. Guidelines for the establishment and operation of collections of cultures of microorganisms. 2nd edition. WFCC, 1999. - 24 p.

221. Guidelines for the establishment and operation of collections of cultures of microorganisms Electronic resource. 3rd edition. WFCC Executive Board, February 2010. - Режим доступа: www.wfcc.info/guidelines/.

222. Hajek A. E., Shimazu M., Hunter R. A. Instability in pathogenicity of Entomophaga maimaiga after long-term cryopreservation // Mycologia. 1995. - V. 87. - P. 483489.

223. Hardreaves A.J., Fox R.A. Survival of Fusarium avenaceum in soil // Trans. Brit. Мус. Soc. 1977. - V. 69. - N. 3. - P. 425-428.

224. Hartung de Capriles C., Mata S., Middelveen M. Preservation of fungi in water (Castellani): 20 years // Mycopathologia. 1989. - V. 106. - P. 73-79.

225. Hawksworth D.L., Sastramihardja K.I., Kokke R., Stevenson R. Guidelines for the establishments and operations of collections of culture microorganisms. WFCC Secretariat. Brazil: WFCC, 1990. - 16 p.

226. Hawksworth D.L., Rossman A.Y. Where are all the undescribed fungi? // Phytopathology. 1997. - V. 87. - N. 9. - P. 888-891.

227. Hawksworth D.L. Fungus culture collections as a biotechnological resource / Biotecnology and Genetic Engineering Reviews. 1985. - V. 3. - P. 417-453.

228. Hawksworth D.L. The fungal dimension of biodiversity: magnitude, significance, and conservation // Mycol. Res. 1991. - V. 95. - N. 6. - P. 641-655.

229. Hawksworth D.L. The magnitude of fungal diversity: the 1.5 million species estimate revisited // Mycol. Res. 2001. - V. 105. - N. 12. - P. 1422-1432.

230. Hawksworth D. L. Monitoring and safeguarding fungal resources worldwide: the need for an international collaborative MycoAction Plan // Fungal Divers. 2003. - V. 13.-P. 29-45.

231. Hawksworth D.L. Fungal diversity and its implications for genetic resource collections // Stud. Mycol. 2004a. - V. 50. - P. 9-18.

232. Hawksworth D.L. "Misidentifications" in fungal DNA sequence databanks // New Phytol. 2004b. - V. 161. - P. 13-15.

233. Hawksworth D.L., Colwell R.R. Microbial Diversity 21: biodiversity among microorganisms and its relevance // Biodiversity Conserv. 1992 - V. 1. - N. 4. - P. 221-226.

234. Hawksworth D., Kirsop B. Living resources for biotechnology: filamentous fungi. -Cambridge: Cambridge University Press, 1988. 209 p.

235. Hederer C., Wong H.M., Cprnell M.J., Soanes D.M., Rattray M., Hubbard S.J., Talbot N.J., Oliver S.G., Paton N.W. E-Fungi: a data resource for comparative analysis of fungal genomes // BMC Genomics. 2007. - V. 20. - N. 8. - P. 426-440.

236. Henry J., Kirsop B. Cryopreservation of yeasts in polypropylene straws. Technical information. Sheet 3 // World J. Microbiol. Biotechnol. 1990. - V. 6. - N. 4. - P. 447-449.

237. Hine R.B. Saprophytic growth of Fusarium oxysporum f. niveum in soil // Phytopathology. 1962. - V. 52. - P. 840-845.

238. Hippe H. Modern method of preservation: low temperature storage / Training course on running and management of culture collection. Czechoslovakia, Brno, CCM, 1981.-P. C3-1-C3-7.

239. Hoffmann P. Cryopreservation of fungi // World J. Microbiol. Biotechnol. 1991a. -V. 7.-N. l.-P. 92-94.

240. Hoffmann P. Liquid nitrogen preservation of fungi and yeasts / Training course on culture collection and strain management. Czechoslovakia, Prague, 1991b. - P. 2-11-3.

241. Homolka L., Lisa L., Eichlerova I., Nerud F. Cryopreservation of some Basidiomycete strains using perlite // J. Microbiol. Methods. 2001. - V. 47. - P. 307313.

242. Homolka L., Lisa L., Nerud F. Viability of Basidiomycete strains after cryopreservation: comparison of two different freezing protocols // Folia Microbiol. -2003.-V. 48.-N. 2.-P. 219-226

243. Homolka L., Lisa L., Nerud F. Basidiomycete cryopreservation on perlite: evaluation of a new method // Cryobiology. 2006. - V. 52. - P. 446-453.

244. Homolka L., Lisa L., Kubatova A., Valqova M., Janderova B., Nerud F. Cryopreservation of filamentous micromycetes and yeasts using perlite // Folia Microbiol. 2007. - V. 52. - P. 153-157.

245. Horter R. Uberlebensraten von Bakterien nach der Hochvacuumsfriertrocknung. Zbl.f. Bact. Parasitenkunde, Infektionskrankheiten und Hygiene, I. Orig, 1958. P. 171.

246. Houbraken J., Frisvad J. C., Samson R. A. Taxonomy of Penicillium section Citrina II Stud. Mycol. 2011. - V. 70. - P. 53-138

247. Hubalek Z. Protectants used in the cryopreservation of microorganisms // Cryobiology. 2003. - V. 46. - N. 3. - P. 205-229.

248. Hufford C.D., Capiton G.A., Clark A.M, Baker J.K Metabolism of impiramine by microorganisms // J. Pharm. Sci. 1981. - V. 70. - N. 2. -P. 151-155.

249. Human Pathogens and Toxins Act Electronic resource., Canada Department of Justice, 2009. - 47 p. Режим доступа: lois-laws.justice.gc.ca/PDF/H-5.67.pdf.

250. Hwang S.-W., Kwolek W.F., Haynes W.C. Investigation of ultra-low temperature for fungal cultures III. Viability and growth rate of mycelial cultures following cryogenic storage // Mycologia. 1976. - V. 68. - P. 377-387.

251. Hwang S.-W. Long-term preservation of fungus cultures with liquid nitrogen refrigeration//Appl. Microbiol. 1966. - V. 14. - P. 784-788.

252. IMCAS Launches World Data Centre for Microorganisms // WFCC Newsletter. -2011. -N. 50. P. 1-3.

253. International regulations for packaging and shipping of microorganisms Electronic resource. EBRCN Information Resource, 2008. - 7p. - Режим доступа: www.ebrcn.net/docs.php

254. Ishii К., Ueho Y. Production of the hepatotoxic chlorine-containing peptide by Penicillium islandicum Sopp // Appl. Microbiol. 1973. - V. 26. -N. 3. - 359-363.

255. Ito I. Frozen storage of fungal cultures deposited in the IFO Culture Collection // IFORes. Comm.-1991.-V. 15.-P. 119-128.

256. Ito Т., Nakagiri A. Viability of Frozen Cultures of Basidiomycetes after fifteen-year Storage // Microbiol. Culture Coll. 1996. - V. 12. - P. 67-78.

257. Ito I., Yokoyama T. Further investigation on the preservation of basidiomycete cultures by freezing // IFO Res. Comm. 1987. - V. 13. - P. 69-81.

258. Japan Collection of Microorganisms (JCM). Catalogue of strains. 7th edition. -Japan, the Institute of Physical and Chemical Research (RIKEN), 1999. 603 p.

259. Jin-Yong Lee, Sang-Jun Eun, Ki-dong Park, Jong-Kyun Kim, Jeong-Soo Im, Yoo-Sung Hwang, Yong-Ik Kim. Biosafety of microbiological laboratories in Korea // J. Prev. Med. Public Health. 2005. - V. 38. - N 4. - P. 449-456.

260. Johnson G.C., Martin A.K. Survival of wood-inhabiting fungi stored for 10 years in water and under oil // Can. J. Microbiol. 1992. - V. 38. - P. 861-864.

261. Kaur L., Dhanda S., Sodhi H.S., Kapoor S., Khanna P.K. Storage and preservation of temperate mushroom cultures, Agaricus bisporus and Pleurotus florida II Indian J. Microbiol. 2011. - V. 51. - N. 2. - P. 234-238.

262. Kirby G.W., Robins D.J., Sefton M.A., Talekaret R.R. Biosynthesis of bisdethiobis(methylthio)-gliotoxin, a new metabolite of Gliocladium deliquescens // J. Chem. Soc. Perkin Trans. 1980. - P. 119-121.

263. Kirsop B.E. Culture and preservation / Living Resources for Biotechnology: Yeasts / Eds. Kirsop B.E., Kurtzman C.P. Cambridge: Cambridge University Press, 1988. -P. 74-98.

264. Kitamoto Y., Suzuki A., Shimada S., Yamanaka K. A New method for the preservation of fungus stock cultures by deep-freezing // Mycoscience. 2002. - V. 43.-P. 143-149.

265. Knapp S., McNeill J., Turland N.J. Changes to publication requirements made at the XVIII International botanical congress in Melbourne what does e-publication mean for you?//BMC Evol. Biol. -2011. - V. 11. -N. 1. - P. 251-254.

266. Kobayashi T. Maintaining cultures of Basidiomycetes by mineral oil method, 1 // Bull. Forestry and Forestry Product Res. Inst. 1984. - V. 325. - P. 141-147.

267. Kolkowski J.A., Smith D. Cryopreservation and freeze drying of fungi / Cryopreservation and freeze drying protocols / Eds. Day J.G., McLellan M.R. / Methods in Molecular Biology. Totowa, NJ: Humana Press Inc., 1995. - V. 38. - P. 49-61.

268. Komagata K. Milestone in Japanese Culture Collections // WFCC Newsletter. -2005. V. 40. - P. 9-20.

269. Kozlovsky A.G., Zhelifonova V.P., Ozerskaya S.M., Vinokurova N.G., Adanin V.M., Grafe U. Cyclocitrinol, a new fungal metabolite from Pénicillium citrinum II Pharmazie. 2000. -V. 55. - № 6. - P. 470-471.

270. Kozlovsky A.G., Vinokurova N.G., Adanin V.M., Grafe U. Piscarinines, new polycyclic diketopiperazine alkaloids from Pénicillium piscarium VKM F-691 // Natural Products Lett. 2000. - V. 14. - N. 5. - P. 333-340.

271. Kozlovsky A.G., Reshetilova T.A. Regulation on the biosynthesis of ergot alkaloids by Pénicillium sizovae II Folia Microbiol. 1984. - V. 29. -N. 4. - P. 301-305.

272. Laboratory biosafety manual Electronic resource. 3rd edition. Geneva: World Health Organization, 2004. - 178 p. - Режим доступа:www.who.int/csr/resources/publications/biosafety/WHO CDS CSR LYO 2004 11en/

273. Lai S.P., Kapool J.N, Mathur N. Studies on the preservation of fungal cultures in sterile distilled water // Ind. Phytopathol. 1989. - V. 42. - N. 1. - P. 61-66.

274. Lapage S.P, Shelton J.E, Mitchell T.G, Mackenzie A.R. Culture collections and the preservation of bacteria / Methods in Microbiology. London, New York: Academic Press, 1970. - P. 135.

275. Lee J.M, Fox P.F. Purification and characterization of Paecilomyces lilacinus dextranase // Enzyme Microb. Technol. 1985. - V. 7. - N. 11. - P. 573-577.

276. Legard D.E., Changier C.K. Cryopreservation of the strawberry pathogens in a -95°C mechanical ultra-low temperature freezer // HortScience. 2000. - V. 35. - N. 7. -P. 1357.

277. Lindenfelser L.A., Ciegler A. Penicillic acid production in submerged culture // Appl. Environ. Microbiol. 1977. - V. 34. - P. 553-556.

278. Livage J., Caradin Т., Roux C. Encapsulation of biomolecules in silica gels // J. Phys.-Condens. Mat. 2002. - V. 13. - P. 673-691.

279. Living resources for biotechnology: filamentous fungi / Eds. Hawksworth D.L., Kirsop B.E. Cambridge: Cambridge University Press, 1988a. - 209 p.

280. Living resources for biotechnology: yeasts / Eds. Kirsop B.E., Kurtzman C.P. -Cambridge: Cambridge University Press, 1988b. 234 p.

281. Lopez L.C.C., Hajek A.E., Humber R.A. Effects of two cryopreservation techniques on viability and pathogenicity of entomophthoralean fungi // Can. J. Bot. 2001. - V. 79. -N. 7.-P. 861-864.

282. Lopez L.C.C., Hajek A.E., Humber R.A. Comparing methods for preservation of cultures of entomopathogenic fungi // Can. J. Bot. 2002. - V. 80. - P. 1126-1130.

283. Lopez-Martinez R., Hernandez-Hernandez F., Bazan-Mora E., Castanon-Olivares L.R. Comparative study of two culture conservation methods in medical mycology // World J. Microbiol. Biotechnol. 1999. - V. 15. - P. 471-474.

284. Lugauskas A., Raudoniene V., Varnaite R., Dirginciute V., Baliukoniene V., Bakutis B. Ecological and sanitary significance of micromycetes brought from abroad with various foodstuffs of floral orogin // Ekologija. 2006. -N. 3. - P. 28-41.

285. MacDonald J.C., Slater G.P. Biosynthesis of gliotoxin and mycelianamide // Can. J. Biochem. 1975. - V. 53. - P. 475-478.

286. Malanda N. Strengthening the BCCM corporate identity with Multi-site ISO 9001:2000 certification Electronic resource., BCCM Newsletter. 2005. - Edition 18/05. - Article 2. - Режим доступа: bccm.belspo.be/newsletter/18-05/bccm01.htm.

287. Malik K.A. Freeze-drying of microorganisms using a simple apparatus. Sheet 7 // World J. Microbiol. Biotechnol. 1992. - V. 8. - N. 1. - P. 76-79.

288. Malik K.A. Maintenance of microorganisms by simple methods / Maintenance of microorganisms and cultured cells. A manual of laboratory methods / Eds. Kirsop B.E., Doyle A. London: Academic Press, 1991a. - P. 121-133.

289. Malik K.A. Simple and sophisticated methods of preservation of microorganisms / Training course on culture collection and strain management. Czechoslovakia, Prague, 1991b. - P. 1-26.

290. Marx D.H., Daniel, W.J. Maintaining cultures of ectomycorrhizal and plant pathogenic fungi in sterile water cold storage // Can. J. Microbiol. 1976. - V. 22. - P. 338-341.

291. Mazur P. Limits to life at low temperatures and at reduced water contents and water activities // Origins of Life. 1980. - V. 10. - P. 137-159.

292. McGinnis M.R., Padhye A.A., Ajello L. Storage of stock cultures of filamentous fungi, yeasts and some aerobic actinomycetes in sterile distilled water // Appl. Environ. Microbiol. 1974. - V. 28. - N. 2. - P. 218-222.

293. McMorris T.C., White R.H. Biosynthesis of the oogoniols, steroidal sex hormones of Achlya-. the role of fucosterol // Phytochemistry. 1977. - V. 16. - N. 3,- P. 359362.

294. Microbial Type Culture Collection and Gene Bank (MTCC). 5th edition. India, Chandigarh: Institute of Microbial Technology, 2000. - P. viii.

295. Mikata K., Yamauchi S., Banno I. Preservation of yeast cultures by L-drying: viabilities of 1710 yeasts after drying and storage // IFO Res. Comm. 1983. - N. 11. -P. 25.

296. Mikata K., Banno I. Preservation of yeast cultures by freezing at 80°C: I. Viability after 2 years storage and the effects of repeated thawing-freezing // IFO Res. Comm. - 1987.-N. 13.-P. 59-68.

297. Miller J.H., Giddens J.E., Foster A.A. A Survey of the fungi of forest and cultivated soils of Georgia// Mycologia. 1957. - V. 49. - N. 6. - P. 779-808.

298. Miller R. H., Mazur P. Survival of frozen-thawed human red cells as a function of cooling and warming velocities // Cryobiology. 1976. - V. 13. - P. 404-414.

299. Milosevic M.B., Medic-Pap S.S., Ignjatov M.V., Petrovic D.N. Lyophilization as a method for pathogens long term preservation // Proc. Nat. Sci., Matica Srpska Novi Sad.-2007.-N. 113.-P. 203-210.

300. Minto R.E., Blacklock B.J., Younus H., Pratt A.C. A Typical biosynthetic properties of a A12/v+3 desaturase from the model basidiomycete Phanerochaete chrysosporium // Appl. Environ. Microbiol. 2009. - V. 75. - N. 4. - P. 1156-1164.

301. Morris G.J., Smith D., Coulson G.E. A Comparative study of the morphology of hyphae during freezing with the viability upon thawing of 20 species of fungi // J. Gen. Microbiol. 1988. - V. 134. - P. 2897-2906.

302. Muggleton P.W. The preservation of cultures / Progress in industrial microbiology. 1963. -V. 4. - P. 189-214.

303. Nassif N., Bouvet O., Rager M. N., Roux C., Coradin Т., Livage J. Living bacteria in silica gel // Nature Materials. 2002. - V. 1. - P. 42-44.

304. Naylor H.B., Smith P.A. Factors Affecting the viability of Serratia marcescens during dehydration and storage // J. Bacteriol. 1946. V. 52. - N. 4. - P. 565-573.

305. News from the WDCM // WFCC Newsletter. 2012. - N. 51. - P. 1-2.

306. Nilsson R.H., Kristiansson E., Ryberg M., Larsson K.-H. Approaching the taxonomic affiliation of unidentified sequences in public databases an example from the mycorrhizal fungi // BMC Bioinformatics. - 2005. - V. 6. - P. 178-184.

307. Nilsson R.H., Ryberg M., Kristiansson E., Abarenkov K., Larsson K.-H., Koljalg U. Taxonomic reliability of DNA sequences in public sequence databases: A fungal perspective // PLoS ONE. 2006. - V. 1. - N. 1: e59.

308. Nishii Т., Nakagiri A. Cryoconservation of oomycetous fungi in liquid nitrogen // IFO Res. Comm. 1991. -N. 15.-P. 105-118.

309. Norman S.M., Maiera V.P., Echolsa L.C. Reversed-phase cleanup and high performance liquid chromatographic analysis of abscisic acid in Cercospora rosicola liquid culture media // J. Liq. Chromatogr. 1982. - V. 5. - P. 81-91.

310. OECD Best practice guidelines for Biological Resource Centres. OECD, 2007. -115 P.

311. Ohtsuru M., Tang J., Delaney R. Liquid culture of Rhizopus chinensis for the production of acid protease rhizopuspepsin // Int. J. Biochem. 1982a. - V. 14. - N. 10. - P. 921-924.

312. Ohtsuru M., Tang J., Delaney R. Purification and characterization of rhizopuspepsin isozymes from a liquid culture of Rhizopus chinensis II Int. J. Biochem. 1982b. - V. 14. -N. 10. - P. 925-932.

313. Onions A.H.S. Preservation of fungi / The filamentous fungi. V. 4. - Fungal technology / Eds. Smith J.E., Berry D.R., Kristiansen B. - London: Edward Arnold, 1983.-P. 373-390.

314. Pasarell L., McGinnis M.R. Viability of fungal cultures maintained at -70°C // J. Clin. Microbiol. 1992. - V. 30. - P. 1000-1004.

315. Patent 3666630 US. Production of tremortins A, B, and С / Ciegler A., Hou C.T. -Issued 1972.

316. Patent 3671397 US. Method of preparing L-dopa / Sih C.J. Issued June 20, 1972.

317. Patent 3784447 US. Mycarosyl macrolide antibiotics / Theriault R.J. Issued April 17, 1974.

318. Patent 4335207 US. Process for the production of high fructose syrups and ethanol / Heady R.E. Issued June 15, 1982.

319. Pathogenic fungi: host interactions and emerging strategies for control / Eds. San-Blas G., Caister R.A. — UK, Wymondham: Caister Academic Press, 2004. 470 p.

320. Pathogenic fungi: Structural biology and taxonomy / Eds. San-Bias G., Caister R.A. uk, wymondham: Caister Academic Press, 2004. - 372 p.

321. Pedreschi F., Aguilera J.M. Viability of dry Trichoderma harzianum spores under storage // Bioprocess Engineering. 1997. - V. 17. - P. 177-183.

322. Peitersen N. Production of cellulase and protein from barley straw by Trichoderma viride II Biotechnol. Bioeng. 1975. - V. 17. - N. 3. - P. 361-374.

323. Pennisi E. Proposal to "Wikify" Genbank meets stiff resistance // Science. 2008. -V. 319.-P. 1598-1599.

324. Perkins D., Radford A., Sachs M.A. The Neurospora compendium chromosomal loci. San Diego: Academic Press, 2001. - 325 p.

325. Perkins D.D. Preservation of Neurospora stock cultures in anhydrous silica gel // Can. J. Microbiol. 1962. - V. 8. - P. 591-594.

326. Perkins J.J. Principles and methods of sterilization in health sciences. USA, Springfield, III: Charles C. Thomas Publ., 1976. - P. 286-292.

327. Person L.H. A Method of maintaining viability and ability to sporulate in isolates of Ascochyta II Phytopathology. 1961. - V. 51. - P. 797-798.

328. Preservation and recovery of filamentous fungi // ATCC Technical Bulletin. 2002. -N. 2.-P. 1-5.

329. Pruess M. Biological databases insights and trends / The new avenues in bioinformatics / Eds. Seckbach J., Rubin E. - The Netherlands: Kluwer Acad. Publ., 2004. - P. 41-55.

330. Raper K.B. The Dictyostelids. Princeton, New Jersey: Princeton University Press, 1984.-453 p.

331. Raper K.B., Fennell D.I. The Genus Aspergillus. Baltimore: The Williams and Wilkins Company, 1965. - 686 p.

332. Raper K.B., Thom C. A Manual of the Penicillia. Baltimore: The Williams and Wilkins Company, 1949. - 916 p.

333. Raphael Т. Using silica gel in microenvironments Electronic resource. // Conserve О Gram. 1999. - N. 1/8. - P. 1-4. - Режим доступа: www.cr.nps.gov/museum/publications/conserveogram/01-08.pdf.

334. Reese E.T, Mandels M. Beta-d-1, 3 glucanases in fungi // Can. J. Microbiol. 1959. -V. 5.-N. 2.-P. 173-185.

335. Richter D.L, Bruhn J.N. Revival of saprotrophic and mycorrhizal basidiomycete cultures from cold storage in sterile water // Can. J. Microbiol. 1989. - V. 35. - P. 1055-1060.

336. Richtlinien. Einstufung von Organismen. Pilze. Bern: Herausgegeben vom Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft BUWAL, 2004 Electronic resource., -Режим доступа: www.bafu.admin.ch/publikationen/publikation/01614/index.html

337. Romano P, Dawyndt P, Piersigilli F, Swings J. Improving interoperability between microbial information and sequence databases // BMC Bioinformatics. -2005. V. 6 - Suppl. 4. - P. 23.

338. Ryan M.J, Smith D., Jeffries P. A Decision-based key to determine the most appropriate protocol for the preservation of fungi // World J. Microbiol. Biotechnol. -2000. -V. 16. P. 183-186.

339. Ryan M.J, Smith D, Bridge P.D., Jeffries P. The relationship between fungal preservation method and secondary metabolite production in Metarhizium anisopliae and Fusarium oxysporum II World J. Microbiol. Biotechnol. 2003. - V. 19. - P. 839844.

340. Ryan M.J, Smith D. Fungal genetic resource centres and the genomic challenge // Mycol. Res. 2004. - V. 108. - N. 12. - P. 1351-1362.

341. Safe handling of liquid nitrogen (LN2) / Laboratory procedures for microorganisms. M/1998/1.06 - Appendix 1 Electronic resource. - Режим доступа: www.cabri.org/guidelines/micro-organisms/MCoverl.html.

342. Salzberg S.L. Genome re-annotation: a WIKI solution? // Genome Biology. 2007, -V. 8. - P. 102.

343. Samson R.A., Frisvad J.C. Penicillium subgenus Penicillium'. new taxonomic schemes, mycotoxins and other extrolites // Stud. Mycol. 2004. - V. 49. - P. 1-241.

344. Santos I.M., Lima N. Criteria followed in the establishment of a filamentous fungal culture collection Micoteca da Universidade do Minho - (MUM) // World J. Microbiol. Biotechnol. - 2001. - V. 17. - P. 215-220.

345. Schleifer K-H. The international union of microbiological societies, IUMS // Res. Microbiol. 2008. - V. 159. - P. 45-48.

346. Schmit J.P., Mueller G.M. An estimate of the lower limit of global fungal diversity // Biodivers. Conserv. 2007. - V. 16. - P. 99-111.

347. Sharma В., Smith D. Recovery of fungi after storage for over a quarter of a century // World J. Microbiol. Biotechnol. 1999. - V. 15. - P. 517-519.

348. Shearer B.L., Zeyen R.J., Ooka J.J. Storage and behavior in soil of Septoria species isolated from cereals // Phytopathology. 1974. - V. 64. - P. 163-167.

349. Simpson J.A., Walker J., Grgurinovic C.A., Buchanan P. What is an adequate collection of fungi? // Aust. Mycologist. 2001. - V. 20. -N. - 2. - P. 71-78.

350. Singh S.K., Upadhyay R.C., Yadav M.C., Tiwari M. Development of a novel lyophilization protocol for preservation of mushroom mycelial cultures // Curr. Sci. -2004.-V. 87.-N. 5.-P. 568-570.

351. Smith R.V., Davis P.J., Kerr K.M. Microbial transformations of pergolide to pergolide sulfoxide and pergolide sulfone // J. Pharm. Sci. 1983. - V. 72. - N. 7. - P. 733-736.

352. Smith J.E., McKay D.; Molina R. Survival of mycorrhizal fungal isolates stored in sterile water at two temperatures and retrieved on solid and liquid nutrient media // Can. J. Microbiol. 1994. - V. 40. - P. 736-742.

353. Smith D. Cryoprotectants and the cryopreservation of fungi // Trans. Brit. Mycol. Soc. 1983. - V. 80. - P. 360-363.

354. Smith D. Culture and preservation / Living resources for biotechnology. Filamentous fungi / Eds. Hawksworth D.L., Kirsop B.E. Cambridge: Cambridge University Press, 1988. - P. 75-99.

355. Smith D. Maintenance of filamentous fungi / Maintenance of microorganisms and cultured cells. A manual of laboratory methods / Eds. Kirsop B.E., Doyle A. -London: Academic Press, 1991. P. 134-159.

356. Smith D. Long-term Preservation of Test Strains (fungus) // Intern. Biodeterior. Biodegrad. 1993. - V. 31. - N. 3. - P. 227-230.

357. Smith D. The Use of cryopreservation in the ex-situ conservation of fungi // Cryo-Letters. 1998. - V. 19. - P. 79-90.

358. Smith D. Culture collections over the world // Int. Microbiol. 2003. - V. 6. - P. 95100.

359. Smith D., Onions A.H.S. The Preservation and maintenance of living fungi. Kew, U.K.: CMI Publ., 1983.-51 p.

360. Smith D., Onions A.H.S. The Preservation and maintenance of living fungi. 2nd edition. - UK, Wallingford: AB International. - 1994. - 132 p.

361. Smith D., Ryan M.J. Current status of fungal collections and their role in biotechnology / Handbook of fungal biotechnology. 2nd edition. / Ed. Arora D.K.-USA, NY: Marcel Dekker. 2004 - P. 527-538.

362. Smith D., Ryan M.J. Implementing best practices and validation of cryopreservation techniques for microorganisms // The scientific world journal. 2012. - V. 2012. -Article ID 805659. - 9 p. - doi:10.1100/2012/805659

363. Smith D., Thomas V.E. Cryogenic light microscopy and the development of cooling protocols for the cryopreservation of filamentous fungi // World J. Microbiol. Biotechnol. 1998. - V. 14. - P. 49-57.

364. Smith D., Waller J.M. Culture Collections of Microorganisms: Their Importance in Tropical Plant Pathology // Fitopathol. Bras. 1992. - V. 17. - P. 1-8.

365. Patent 332399 US. Antiviral antibiotic from Trichoderma todica and method of producing sam / Sokoloff B., TodaY. Issued January 27, 1964.

366. Somkuti G.A., Greenberg R. Antimicrobial peptides of thermophilic Mucor fungi // Dev. Ind. Microbiol. 1979. - V. 20. - P. 661-672.

367. Sprey B., Lambert C. Heterogeneity of cellulase complexes from Trichoderma reesei: a preparative isoelectric focusing study of some extracellular hydrolases // FEMS Microbiol. Lett. 1984. - V. 23. - N. 2/3. - P. 227-232.

368. Stackebrandt E. Diversification and focusing: strategies of microbial culture collections // Trends Microbiol. 2010. - V. 18. - P. 283-287.

369. Stahlberg J., Johansson G., Pettersson G. A binding-site-deficient, catalogically active, core protein of endoglucanase III from the culture filtrate of Trichoderma reesei II Eur. J. Bacteriol. 1988. - V. 173.-N. 1. - P. 179-183.

370. Stajich JE, Harris T, Brunk BP, Brestelli J, Fischer S, Harb OS, Kissinger JC, Li W, Nayak V, Pinney DF, Stoeckert CJ Jr, Roos DS. FungiDB: an integrated functional genomics database for fungi // Nucleic Acids Res. 2012. - V. 40. - N. 1. - D675-D681.

371. Stalpers J. A., de Hoog A., Vlug I. J. Improvement of the straw technique for the preservation of fungi in liquid nitrogen // Mycologia. 1987. - V. 79. - N. 1. - P. 8289.

372. Steel K.J., Ross H.E. Survival of freeze dried bacterial cultures // J. Appl. Bacteriol. 1963. - V. 26. - N. 3. - P. 370-375.

373. Stummer B. E., Scott E. S., Zanker T. Cryopreservation of air-dried conidia of Uncinula necator II Australasian Plant Pathol. 1999. - V. 28. - N 1. - P. 82-84.

374. Sundari S.K., Adholeya A. Freeze-drying vegetative mycelium of Laccaria fraterna and its subsequent regeneration // Biotechnol. Tech. 1999. - V. 13. - P. 491^495.

375. Sundari S K., Adholeya A. Retention of enzyme activity following freeze-drying the mycelium of ectomycorrhizal isolates // World J. Microbiol. Biotechnol. 2000. -V. 16. - P. 373-376.

376. Tan C.S. Preservation of fungi // Cryptogamie Mycol. 1997. - V. 18. - P. 157-163.

377. Tan C.S., Stalpers J.A. Vitrification of fungi / Biodiversity. International biodiversity seminar ECCO XIV meeting. / Eds. Cimerman A., Gunde-Cimerman N. ECCO, Slovenia, Ljubljana, 1996. - P. 189-193.

378. Tang A.M.C., Shenoy B.D., Hyde K.D. Fungal diversity / Reconstructing the tree of life: taxonomy and systematics of species rich taxa / Eds. Parnell J., Waldren S. Systematics Association Series. London: CRC Press, 2006. - P. 227-251.

379. Tang A.M.C., Jeewon R., Hyde K.D. Phylogenetic utility of protein (RPB2, a-tubulin) and ribosomal (LSU, SSU) gene sequences in the systematic of Sordariomycetes (Ascomycota, Fungi) // Antonie van Leeuwenhoek. 2007. - V. 91. -P. 327-349.

380. Taylor M.J., Campbell R.N., Rutledge R.N., Brockbank K.G. M. Comparison of UNISOL with Euro-Collins solution as a vehicle solution for cryoprotectants // Transpl. Proc. 2001. - V. 33. - P. 677-679.

381. Tedeschi R., De Paoli P. Collection and preservation of frozen microorganisms / Methods in Biobanking / Ed. Dillner J. / Methods in Molecular Biology. Totowa, NJ: Humana Press Inc., 2011. - V. 675. - P. 313-326.

382. Terashita T., Yoshida K., Suzuki A., Sakai T., Yoshikawa K., Nagai M. Effect of trehalose on the spawn storage in some edible mushroom fungi. 2: Effect on preservation in the freezer // Mycoscience. 2003. - V. 44. - N. 1. - P. 71-74.

383. The Biodiversity of microorganisms and the role of microbial resource centers / Eds. Kirsop B, Hawksworth D.L. London: WFCC, 1994. - 104 p.

384. The Budapest Treaty: Code of Practice for ID As / Ed. Bosschaerts M. Belgium: BCCM, 1998.-24 p.

385. Tindall B.J. Vacuum-drying and cryopreservation of prokaryotes / Cryopreservation and freeze-drying protocols. 2nd edition / Eds. Day J.C, Stacey G.N. / Methods in Molecular Biology. 2007. - V. - 368. - P. 73-97.

386. Tooley P.W. Use of uncontrolled freezing for liquid nitrogen storage of Phytophthora species // Plant Dis. 1988. - V. 72. - N. 8. - P. 680-682.

387. Trescott A.S, Tampion J. Properties of the endopolygalacturonase secreted by Rhizopus stolonifer II J. Gen. Microbiol. 1974. - V. 80. - N. 2. - P. 401-409

388. Trollope D.R. The preservation of bacteria and fungi on anhydrous silica gel. An assessment of survival over four years // J. Appl. Bacteriol. 1975. - V. 38. - P. 115120.

389. Update on MIRRI // WFCC Newsletter. 2011. - N. 50. - P. 3-4.

390. Uraguchi K, Saito M, Noguchi Y, Takahashi K, Enomoto M. Chronic toxicity and carcinogenicity in mice of the purified mycotoxins, luteoskyrin and cyclochlorotine // Food Cosmet. Toxicol. 1972. - V. 10. -N. 2. - P. 193-207.

391. Uruburu F. History and services of culture collections // Int. Microbiol. 2003. - V. 6. - P. 101-103.

392. Vilgalys R. Taxonomic misidentification in public DNA databases // New Phytol. -2003,-V. 160.-P. 4-5.

393. Wang H, Xu Z, Gao L, Hao B. A Fungal phylogeny based on 82 complete genomes using the composition vector method // BMC Evol. Biol. 2009. - V. 9. - P. 195 -207.

394. Wilson C.H. FGSC culture preservation methods // Fung. Gen. Newsletter. 1986. -V. 33. - P. 47-48.

395. Wong L.K, Dru J, Li-Shei Lin, Knapp J. Metabolism of 7, 12-dimethylbenza.anthracene by Cunninghamella elegans II Appl. Environ. Microbiol. -1983. V. 46. - N. 5. - P. 1239-1242.

396. World Data Center of Microorganisms statistics Electronic resource. 2012. -Режим доступа: www.wfcc.info/index.php/wdcmdb/.

397. World Directory of Collections of Cultures of Microorganisms / Eds. Staines JoE., McVowan V.F., Skerman V.B.D. 3rd edition. World Data Center for Microorganisms, 1986. - 689 p.

398. World Directory of Collections of Cultures of Microorganisms. Bacteria, Fungi and Yeasts / Eds. Sugawara H., Ma J., Miyazaki S., Shimura J., Takishoma Y. 4th edition. WFCC World Data Center for Microorganisms, 1993. - 1148 p.

399. Yocheva L., Najdenova M., Doncheva D., Antonova-Nikolova S. Influence of the long-term preservation of some biological features of three Streptomycetes strains producers of antibiotic substances // J. Cult. Collect. 2000-2002. - N. 3. - P. 25-32.

400. Zakelj-Mavric M., Belie I., Gottlieb H.E. The Bioconversion of 17alfa-ethynyl Steroids with 1 lalfa-hydroxylase of Rhizopus nigricans II FEMS Microbiol. Lett. -1986.-V. 33. -N. l.-P. 117-120.

Информация о работе

Озерская, Светлана Михайловна
доктора биологических наук
Москва, 2012
ВАК 03.02.12

Диссертация

Грибы в коллекциях культур - тема диссертации по биологии, скачайте бесплатно

Автореферат

Похожие работы

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему Грибы в коллекциях культур ВАК РФ 03.02.12, Микология

Автореферат диссертации по теме "Грибы в коллекциях культур"

Содержание диссертации, доктора биологических наук, Озерская, Светлана Михайловна

Введение Диссертация по биологии, на тему "Грибы в коллекциях культур"

Заключение Диссертация по теме "Микология", Озерская, Светлана Михайловна

Библиография Диссертация по биологии, доктора биологических наук, Озерская, Светлана Михайловна, Москва

Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему
Грибы в коллекциях культур
ВАК РФ 03.02.12, Микология