Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Анализ профилей метилирования локусов генома человека, содержащих видоспецифические ретроэлементы

ВАК РФ 03.00.03, Молекулярная биология

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Ходосевич, Константин Викторович

I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ. Роль метилирования ДНК в регуляции экспрессии генов эукариот

Введение 5 Клеточный аппарат метилирования ДНК и ремоделирования хроматина 7 Механизмы регуляции экспрессии генов с помощью метилирования ДНК 11 Влияние метилирования ДНК на тканеспецифичность экспрессии генов 13 Клеточные процессы, регулируемые с помощью метилирования ДНК

Метилирование ДНК при опухолеобразовании

Генетические изменения: точечные мутации

Эпигенетические изменения: гипометилирование

Эпигенетические изменения: гиперметилирование

Метилирование импринтируемых генов

Метилирование ДНК при инактивации хромосомы X

Метилирование мобильных элементов

Заключение Диссертация по теме "Молекулярная биология", Ходосевич, Константин Викторович

выводы.

1. По результатам анализа ортологичных локусов геномов приматов идентифицировано 34 интеграции ЬТЯ НЕКУ-К(НМЬ-2) элементов, специфичных для генома человека, и определено их генное окружение.

2. Разработан метод крупномасштабного определения профилей метилирования геномных ДНК, основанный на использовании повторяющихся элементов генома в качестве маркеров статуса метилирования. Метод успешно применен для идентификации и сравнительного анализа метилирования областей внедрения 50 видоспецифичных ЬТЯ НЕКУ-К(НМЬ-2) в ДНК двух тканей и десяти клеточных линий человека.

3. Показан тканеспецифичный характер метилирования использованного набора ЬТЯ-маркеров и доказана его применимость для целей эпигенетического типирования клеточных линий человека.

БЛАГОДАРНОСТИ.

Автор выражает благодарность своему научному руководителю Юрию Борисовичу Лебедеву, без чьего постоянного присмотра и чуткого руководства ^ написание этой работы вряд ли было бы возможным. Автор глубоко признателен

Евгению Давидовичу Свердлову за помощь и дельные советы, предоставляемые в процессе всей работы. Спасибо всем аспирантам комнаты 665, и вообще всем молодым сотрудникам Лаборатории Структуры и Функций Генов Человека, которые поддерживали мое душевное равновесие во время рабочей деятельности и не только. Отдельное спасибо Имаму и Пупсику за все все все. Я выражаю благодарность всем сотрудникам ЛСФГЧ за плодотворное сотрудничество и участие в обсуждении различных аспектов моей работы. В завершение хочу поблагодарить всех родственников и друзей, без чьей заботы и участия в моей жизни не было бы никакой кандидатской диссертации и работал бы я сейчас менеджером в офисе.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Ходосевич, Константин Викторович, Москва

1. Jaenisch, R. and Bird, A. (2003) Nat Genet, 33 SuppI, 245-254.

2. Laird, P.W. and Jaenisch, R. (1996) Annu Rev Genet, 30,441-464.

3. Macleod, D., Ali, R.R. and Bird, A. (1998) Mol Cell Biol, 18,4433-4443.

4. Adachi, N. and Lieber, M.R. (2002) Cell, 109, 807-809.

5. Woodcock, D.M., Crowther, P.J. and Diver, W.P. (1987) Biochem Biophys Res Commun, 145, 888-894.

6. Clark, S.J., Harrison, J. and Frommer, M. (1995) Nat Genet, 10,20-27.

7. Li, E., Bestor, Т.Н. and Jaenisch, R. (1992) Cell, 69,915-926.

8. Jain, P.K. (2003) Ann N YAcad Sci, 983, 71-83.

9. Marahrens, Y. (1999) Genes Dev, 13,2624-2632.

10. Verona, R.I., Mann, M.R. and Bartolomei, M.S. (2003) Annu Rev Cell Dev Biol, 19,237-259.

11. Walsh, C.P., Chaillet, J.R. and Bestor, Т.Н. (1998) Nat Genet, 20,116-117.

12. Wilson, G.G. and Murray, N.E. (1991) Annu Rev Genet, 25, 585-627.

13. Versteeg, R., van Schaik, B.D., van Batenburg, M.F., Roos, M., Monajemi, R., Caron, H., Bussemaker, H.J. and van Kampen, A.H. (2003) Genome Res, 13, 1998-2004.

14. Bird, A. (1999) Science, 286, 2287-2288.

15. Kass, S.U., Goddard, J.P. and Adams, R.L. (1993) Mol Cell Biol, 13,7372-7379.

16. Peters, J. and Beechey, C. (2004) Brief Funct Genomic Proteomic, 2, 320-333.

17. Okano, M., Bell, D.W., Haber, D.A. and Li, E. (1999) Cell, 99,247-257.

18. Nguyen, C.T., Gonzales, F.A. and Jones, P.A. (2001) Nucleic Acids Res, 29, 4598-4606.

19. Newell-Price, J., Clark, A.J. and King, P. (2000) Trends Endocrinol Metab, 11, 142-148.

20. Boyes, J. and Bird, A. (1991) Cell, 64, 1123-1134.

21. Billard, L.M., Magdinier, F., Lenoir, G.M., Frappart, L. and Dante, R. (2002) Oncogene, 21,2704-2712.

22. Robertson, K.D., Ait-Si-Ali, S., Yokochi, Т., Wade, P.A., Jones, P.L. and Wolffe, A.P. (2000) Nat Genet, 25, 338-342.

23. Attwood, J.T., Yung, R.L. and Richardson, B.C. (2002) Cell Mol Life Sci, 59, 241-257.24.