Бесплатный автореферат и диссертация по биологии на тему

Регуляция экспрессии генов гуанилспецифичных рибонуклеаз Bacillus intermedius и Bacillus pumilus

ВАК РФ 03.00.07, Микробиология

Содержание диссертации, кандидата биологических наук, Вершинина, Ольга Анатольевна

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1. Сравнительная характеристика внеклеточных гуанилспецифичныхрибонуклеаз B.intermedius, B.pumilus, B.amyloliquefaciens.

1.1. Физико-химические свойства и структура белков.

1.2. Биосинтез рибонуклеаз. Клонирование генов.

2. Механизмы фосфатной регуляции у бактерий.

2.1. РНО регулон у Escherichia coli.

2.2. РНО регулон у Bacillus subtilis.

Введение Диссертация по биологии, на тему "Регуляция экспрессии генов гуанилспецифичных рибонуклеаз Bacillus intermedius и Bacillus pumilus"

Актуальность проблемы. Интерес к ферментам нуклеинового обмена обусловлен исключительной важностью нуклеиновых кислот, играющих ключевую роль в процессах воспроизведения и реализации генетической информации. Важнейшим семейством ферментов нуклеинового обмена являются рибонуклеазы, катализирующие расщепление фосфодиэфирных связей в РНК. Рибонуклеазы как эукариотического, так и микробного происхождения являются объектом пристального изучения вследствие проявления ими многообразных биологических эффектов, таких как стимуляция роста клеток про- и эукариот (Колпаков и др., 1992; 1996), пролиферация кровеносных сосудов (Shapiro et al., 1986; Saxena et al., 1992), мутагенные и антимутагенные свойства (Ilinskaya et al., 1995), мембранотропное, антивирусное и противоопухолевое действие (Куриненко и др., 1988). РНКазы используются в молекулярной биологии в качестве инструментов для изучения структуры РНК и в последние годы находят все новые применения в медицине. Открыта возможность синтеза на основе РНКаз эффективных конъюгатов для воздействия на опухолевые клетки (Zewe et al., 1997; Piccoli et al., 1999; Rybak, 1999), на основе ингибиторов РНКаз создаются препараты для лечения аллергий (Hatzelmann et al., 1995; Bufe et al., 1996), активаторы РНКаз используются при терапии вирусных инфекций (Liu and Altman, 1995). Разрабатываются диагностические методы, основанные на анализе содержания в организме определенных видов РНКаз (Schein, 1997). Чрезвычайно привлекательной в плане разработки терапевтических препаратов представляется идея создания конъюгатов РНКаз, обладающих специфичностью к определенному типу РНК (Nakai et al., 1994; Giles et al., 1995,1998; Robbins et al, 1998).

В последние годы достигнуты значительные успехи в изучении внеклеточных РНКаз микроорганизмов, которые выполняют различные 4 метаболические и регуляторные функции. Объектом нашего исследования явились циклизующие гуанилспецифичные рибонуклеазы бацилл. К настоящему времени гуанилспецифичные рибонуклеазы выделены из семи видов бацилл - B.amyloliquefaciens (Hartley et al., 1963; Hartley and Barker, 1972), B.intermedius (Лещинская и др., 1974; Голубенко и др., 1979), B.pumilus (Струминская и др., 1992), B.thuringiensis (Дементьев и др., 1992), В.circulons (Дементьев и др., 1993), B.coagulans (Шляпников и Дементьев, 1993), B.polymyxa (Дементьев и др., 1996). Подробно изучены физико-химические и каталитические свойства ферментов, установлены их аминокислотные последовательности. Успешно развиваются структурно-функциональные исследования этой группы ферментов. Гены некоторых из этих РНКаз клонированы и секвенированы (Paddon and Hartley, 1985; Shulga et al., 1992; Znamenskaya et al., 1995), что создает предпосылки для изучения механизмов регуляции биосинтеза ферментов на молекулярном уровне.

Синтез ферментов деградации, в том числе различных фосфогидролаз, можно рассматривать как один из способов адаптации бактерий к условиям окружающей среды. Поэтому установление молекулярных механизмов регуляции их синтеза вносит существенный вклад в понимание этой общебиологической проблемы. Внеклеточные ферменты бацилл имеют большое экономическое значение (Ferrari et al., 1993). В этой связи исследования механизмов регуляции синтеза ферментов необходимы и для решения практических проблем, в частности, для повышения выхода ферментов путем клонирования целевых генов. Все изложенное свидетельствует об актуальности данной работы, направленной на изучение механизмов регуляции биосинтеза внеклеточных рибонуклеаз бацилл. 5

Цель и задачи исследования: Целью данной работы было выяснение молекулярных механизмов регуляции экспрессии генов гуанилспецифичных рибонуклеаз, синтезируемых Bacillus intermedius и Bacillus pumilus. В работе решались следующие задачи:

1. Анализ структуры промоторов генов рибонуклеаз В .intermedius и В.pumilus и сравнение с промоторами генов B.subtilis и E.coli.

2.Изучение экспрессии генов рибонуклеаз B.intermedius и B.pumilus в рекомбинантных штаммах Е. coli.

3.Получение плазмид с полными генами рибонуклеаз B.intermedius и B.pumilus для их экспрессии в клетках B.subtilis, и характеристика рекомбинантных штаммов B.subtilis, несущих эти плазмиды.

4.Изучение экспрессии генов рибонуклеаз B.intermedius и B.pumilus в клетках B.subtilis.

5.У становление роли регуляторных белков PhoP и PhoR в регуляции экспрессии генов рибонуклеаз B.intermedius и B.pumilus в рекомбинантных штаммах B.subtilis.

Научная новизна работы. К началу настоящей работы публикации по биосинтезу рибонуклеаз бацилл были посвящены изучению регуляции синтеза ферментов факторами внешней среды. Новизна данной работы заключается в качественно новом уровне изучения регуляторных механизмов биосинтеза бациллярных рибонуклеаз. Впервые регуляция синтеза рибонуклеаз B.intermedius и B.pumilus экзогенным фосфатом была подтверждена на молекулярном уровне. С использованием мутантных штаммов B.subtilis с делециями генов, кодирующих регуляторные белки РНО регулона, установлено, что синтез рибонуклеаз B.intermedius и B.pumilus в клетках B.subtilis регулируется на уровне транскрипции белками двухкомпонентной системы трансдукции сигнала PhoP-PhoR. До наших исследований было известно, что данная система вовлечена в регуляцию синтеза только тех ферментов, которые непосредственно обеспечивают 6 бактериальную клетку фосфором. Нами впервые показано, что синтез рибонуклеазы - фермента, который не освобождает неорганический фосфат, а лишь вызывает деполимеризацию РНК, регулируется той же регуляторной системой. Кроме того, показано, что тип регуляции, установленный для белков фосфорного обмена B.subtilis, распространяется на биосинтез фосфогидролаз у других видов бацилл.

Практическая ценность работы. Получены рекомбинантные продуценты рибонуклеаз B.intermedius и B.pumilus, с высоким уровнем синтеза ферментов, созданные на основе штаммов B.subtilis и плазмид, несущих полные гены рибонуклеаз. Оптимизирована питательная среда, обеспечивающая высокий уровень продукции этих РНКаз рекомбинантными штаммами B.subtilis, которая может быть использована для препаративного получения ферментов. Предложена синтетическая среда для изучения регулируемого фосфатом биосинтеза рибонуклеаз бацилл. Выявленные в работе закономерности важны для общего понимания механизмов функционирования регуляторных систем бациллярной клетки.

Апробация работы. Основные положения диссертационной работы были доложены на VIII Европейском конгрессе по биотехнологии (Будапешт, Венгрия, 1997), VIII конференции "Новые направления в биотехнологии" (Москва, 1998), XI Всероссийской конференции "Ферменты микроорганизмов" (Казань, 1998), XII форуме прикладной биотехнологии (Брюгге, Бельгия, 1998), V Международной конференции "Рибонуклеазы: структура и функции" (США, 1999).

Публикации. По материалам диссертации опубликовано 9 работ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение Диссертация по теме "Микробиология", Вершинина, Ольга Анатольевна

ВЫВОДЫ:

1. Получены рекомбинантные штаммы B.subtilis, несущие плазмиды с полными генами гуанилспецифичных рибонуклеаз B.intermedius и B.pumilus. Созданные на базе вектора pUBllO и плазмид с полными генами биназы и РНКазы Bp, состыкованными с геном внутриклеточного ингибитора -барстара, плазмиды pMZ55 и pMZ56 обеспечивали эффективную экспрессию генов этих рибонуклеаз в клетках B.subtilis.

2. Изучена экспрессия генов биназы и РНКазы Bp при культивировании рекомбинантных штаммов B.subtilis на комплексной и синтетической средах. Показано, что на обеих средах синтез ферментов происходит в стадию замедления роста и коррелирует с истощением запасов фосфора в среде.

3. Промоторы генов рибонуклеаз B.intermedius и B.pumilus имеют нуклеотидные последовательности на 50% гомологичные сайту связывания белка-регулятора PhoB с промоторами генов РНО регулона E.coli, тем не менее, подавляемая фосфатом экспрессия генов биназы и РНКазы Bp в рекомбинантных штаммах E.coli не опосредована белками PhoB и PhoR двухкомпонентной системы трансдукции сигнала РНО регулона.

4. Выявлено, что промоторы генов биназы и РНКазы Bp содержат тандемные прямые повторы гексануклеотидов, характерные для участка связывания белка-регулятора PhoP с промоторами генов РНО регулона B.subtilis. С использованием штаммов B.subtilis, дефектных по регуляторным белкам РНО регулона показано, что экспрессия генов этих РНКаз в клетках B.subtilis регулируется на уровне транскрипции белками двухкомпонентной системы трансдукции сигнала PhoP-PhoR РНО регулона.

5. Впервые показано, что механизм регуляции, характерный для щелочной фосфатазы и других белков фосфорного обмена B.subtilis,

106 используется и для регуляции рибонуклеазы - фермента, который не приводит к непосредственному высвобождению неорганического фосфата.

6.Полученные данные свидетельствуют о том, что регуляторные пути, обеспечивающие экспрессию генов B.subtilis, продукты которых вовлечены в ассимиляцию фосфорсодержащих соединений, распространены и у других представителей рода Bacillus, в частности у B.intermedius и B.pumilus.

Заключение

Гуанилспецифичные рибонуклеазы, секретируемые B.intermedius, B.pumilus и B.amyloliquefaciens, достаточно хорошо изучены охарактеризованы их физико-химические свойства, установлена первичная и пространственная структура. Однако исследования по биосинтезу этих внеклеточных ферментов ограничены лишь изучением регуляции факторами внешней среды. Несмотря на то, что эти ферменты входят в структурно-гомологичное семейство бациллярных рибонуклеаз, механизмы регуляции синтеза этих ферментов,--1ГО=вщщшому-, различны? Уетаневленег-чте- синтез

Г|

1 тй< рибонуклеаз В.ШегтесИш и В.ритИш подвержен регуляции экзоге^*31 фосфатом, тогда как биоситез РНКазы В. атуЬИдие/аЫет осуществлю независимо от концентрации фосфора в среде. Гены этих рибону*с-г1 клонированы и секвенированы, что создает предпосылки для изу*1 механизмов регуляции биосинтеза ферментов на молекулярном уровне. В условиях дефицита неорганического фосфата в еДе цов микроорганизмы экспрессируют гены РНО регулона. Продукты этих участвуют в метаболизме фосфорсодержащих соединений и поз£*~^ клетке быстро адаптироваться к условиям фосфатного дефицита. ЭксггР этих генов регулируется двухкомпонентной системой трансдукции о РЬоВ-РЬоК. К настоящему времени системы РНО регулона обнару^ представителей различных таксономических групп, включая археба^ У р

Это позволяет рассматривать РНО регулон как универсальный ме^ дьКУ обеспечивающий ответ клетки на дефицит экзогенного фосфатат. Псх^36^ синтез рибонуклеаз В.ШегтесИш и В.ритИш регулируется неорган!*"*^" 0 фосфатом мы предположили, что его регуляция может осуществлю типу белков РНО регулона. Проверке этого предположения посвяще работа.

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

1. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ Штаммы бактерий, которые были использованы в работе, приведены в таблице 3.

Библиография Диссертация по биологии, кандидата биологических наук, Вершинина, Ольга Анатольевна, Казань

1. Аринушкина E.B. Руководство по химическому анализу почв. - М.: Изд-воМГУ. - 1970. -218с.

2. Афанасенко Г.А., Дудкин С.М., Каминир Л.Б., Северин Е.С., Голубенко И.А. Первичная структура рибонуклеазы Bacillus intermedius 7Р //Биоорг. химия. 1979.- Т.5, N2. - С. 187-202.

3. Банникова Г.Е., Варламов В.П. Выделение внутриклеточных ингибиторов бактериальных РНКаз на колонке с иммобилизованной РНКазой Bacillus intermedius //Прикл. биохимия и микробиология. 1994. - Т.30. -С.379-383.

4. Габдрахманова Л.А., Знаменская Л.В., Лещинская И.Б. Влияние актиномицина Д на биосинтез рибонуклеаз спорообразующих бактерий //Антибиотики и химиотерапия. 1997. - Т.42, N11.- С. 15-21.

5. Методы общей бактериологии. /Под ред. Герхардта Ф. и др., в 3-х томах. М: Мир. 1983. - С.324-350.

6. Клонирование ДНК. Методы. /Под ред. Гловера Д. М.: Мир. 1988. - 538с.

7. Дементьев A.A. Межвидовые структурные различия внеклеточных рибонуклеаз бацилл: Автореф. дис.канд. биол. наук. М., 1993. - 24с.

8. Иерусалимский Н.Д. Основы физиологии микробов. М.: Изд-во АН СССР. 1963. -245с.

9. Карпейский М.Я., Яковлев Г.И. Топохимические аспекты субстратной специфичности рибонуклеаз //Итоги науки и техники. Серия биологическая химия. 1986. - Т.22. - 177с.

10. Кожаринова Л.В., Федорова Н.Д., Передемчук М.Ю., Рябченко Н.Ф., Шульга A.A., Кирпичников М.П. Клонирование гена внеклеточной РНКазы B.thuringiensis var.subtoxicus //Биотехнология. 1994. - Т.2.-С.9-11.

11. Колпаков А.И., Куприянова Ф.Г. Влияние экзогенных РНКаз на размножение дрожжей Candida tropicalis //Микробиология. 1992. -Т.61, N6. - С.969-974.

12. Колпаков А.И., Куприянова-Ашина Ф.Г., Горская Е.М. Изменение некоторых биологических свойств лактобацилл под влиянием экзогенной рибонуклеазы //Антибиотики и химиотерапия. -1996. Т.41, N10. - С. 16-18

13. Краснов С.И., Знаменская Л.В. Комплекс программ "ВЮРТ" для оптимизации в биологических исследованиях //Биологические науки -1992.-N2. -С.15-18.

14. Куриненко Б.М., Собчук Л.И. Экспериментальное исследование противоопухолевой эффективности РНКазы Bacillus intermedins //Эксперим. онкология. 1988. - Т. 10, N6. - С.54-57.

15. Современные методы изучения нуклеиновых кислот и нуклеаз микроорганизмов /Под ред Лещинской И.Б. Казань: Изд.КГУ.-1980-118с.

16. Лещинская И.Б., Балабан Н.П., Шарипова Ф.Р., Знаменская Л.В. Способ получения внеклеточной щелочной рибонуклеазы Bacillus intermedins 7Р //Патент Российской Федерации N 1314670, 19 января 1993 г.

17. Лещинская И.Б., Булгакова Р.Ш., Балабан Н.П., Егорова Г.С. Препаративное получение рибонуклеазы В.intermedins //Прикладная биохимия и микробиология. -1974. -Т. 10, N2. -С.242-247.109

18. Лещинская И.Б., Сайманова Р.А., Булгакова Р.Ш., Капранова М.Н., Голубенко И. А. Штамм бактерий В .intermedins 7Р продуцент щелочной внеклеточной рибонуклеазы - Авт.св.СССР N587156. Опубл. 05.01.78. Бюл.Ш

19. Максимов В.И. Многофакторный эксперимент в биологии. М.: Изд-во МГУ. 1980.-278с.

20. Манниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Молекулярное клонирование. М.: Мир. 1984. 394с.

21. Матыс С.В., Лауринавичюс К.С. Несмеянова М.А. Катаболизм метилфосфоновой кислоты и его физиологическая регуляция у Escherichia coli //Микробиология 1996 - Т. 65 - С.481-487.

22. Несмеянова М.А., Богданов А.А., М.А. Прокофьев. Щелочная фосфатаза, связанная с рибосомами из E.coli //Биохимия. 1966. - Т.ЗО. - С.463-470.

23. Несмеянова М.А., Дмитриев А.Д., Кулаев И.С. Регуляция экзогенным ортофосфатом ферментов фосфорного обмена и уровня полифосфатов у Escherichia coliK12 //Микробиология. 1974 -Т.43, N2. - С.227-234.

24. Струминская Н.К., Ивайловский В.Л., Дементьев А.А., Моисеев Г.П., Федосов Ю.А., Яковлев Г.И. Внеклеточная рибонуклеаза из Bacillus pumilus //Биологические науки. 1992. - N2. -С.41-44.

25. Федорова Н.Д., Шульга А.А., Передемчук М.Ю., Кожаринова Л.В., Голышин П.Н., Рябченко Н.Ф., Кирпичников М.П. Клонирование гена внеклеточной РНКазы Bacillus circulans //Мол. биология. 1994. - Т.28., N3 - С.468-472

26. Иммунологические методы. /Под ред. Г. Фримеля, М: Медицина. 1987. - С.77-82.

27. Шляпников С.В, Дементьев А.А. Аминокислотная последовательность и каталитические свойства внеклеточной рибонуклеазы Bacillus coagulans II ДАН РАН. 1993.- Т.332, № 3. - С. 382-384.

28. Яковлев Г.И., Чепурнова Н.К., Моисеев Г.П., Бочаров А.Л., Лопатнев С.В. Специфичность РНКазы Bacillus intermedius 7Р в реакциях расщепления полинуклеотидов //Биоорг. химия. 1987.- Т. 13, N3. - С. 338-343.

29. Aiba H., Nakasai F., Mizushima S., Mizuno T. Phosphorylation of a bacterial activator, OmpR, by a protein kinase EnvZ results in stimulation of its DNA binding ability //J.Biochem. 1989. - V.106. - P.5-7

30. Altschul, S.F., Madden T.L., Schaffer A.A., Zhang J., Zhang Z., Miller W., Lipman DJ. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. //Nucleic Acids Res. 1997. - V.25. - P.3389-3402

31. Amemura M., Makino K., Shinagawa H., Kobayashi A. and Nakata A. Nucleotide sequence of the genes involved in phosphate transport and regulation of the phosphate regulon in E.coli //J.Mol.Biol. 1985. - V.184. -P.241-250.1.l

32. Anba J, Bidaud M, Vasil ML, Lazdunski A. Nucleotide sequence of the Pseudomonas aeruginosa phoB gene, the regulatory gene for the phosphate regulon. //¿Bacterid. 1990. -V.172. - P.4685-4689.

33. Anfmsen C.B., Redfield R.R., Choate W.I., Page J. and Carrol W.R. Studies of cross structure, cross-linkage and terminal sequences in ribonuclease. //J.Biol.Chem. 1954. - V.207. - P.201-210.

34. Ansari A.Z., Bradner J.E., O'Halloran T.V. DNA-bend modulation in a repressor-to-activator switching mechanism //Nature-1995.-V.374.-P.371-375

35. Antelmann H., Bernhardt J., Schmid R., Mach H., Volker U. and Hecker M. First steps from a two-dimensional protein index towards a response-regulation map for Bacillus subtilis. //Electrophoresis. 1997. -V.18. - P. 1451-1463.

36. Asayama M., Yamamoto A., Kobayashi Y. Dimer form of phosphorylated SpoOA, a transcriptional regulator, stimulates the spoOF transcription at the initiation of sporulation in Bacillus subtilis //J.Mol.Biol. 1995.-V.250.-P.11-23

37. Bardin S.D, Finan TM. Regulation of phosphate assimilation in Rhizobium (Sinorhizobium) meliloti. //Genetics. 1998. - V.148. - P.1689-1700.

38. Birkey S.M., Liu W., Zhang X., Duggan M.F., Hulett F.M. PHO signal trunsduction network reveals direct transcriptional regulation of one two-component system by another two-component regulator: Bacillus subtilis112

39. PhoP directly regulates production of ResD //Mol.Microbiol. 1998.-V.30. -P.943-953

40. Birnboim H.C., Doly J.A. A rapid alkaline extraction procedure for screening recombinant plasmid DNA. //Nucl.Acids.Res. 1979. - V.7. - P.1513-1523.

41. Bookstein C., Edwards C.W., Kapp N.V., Hulett F.M. The Bacillus subtilis 168 alkaline phosphatase III gene: impact of the phoAIII mutation on total alkaline phosphatase synthesis //J.Bacteriol.- 1990. V.172-P.3730-3737

42. Boucher P.E., Murakami K., Ishihama A., Stabitz S. Nature of DNA-binding and RNA polymerase interactionof Bordetella pertussis BvgA transcriptional activator at the fha promoter //J.Bacteriol.-1997. -V.179. P. 1755-1763

43. Brzoska P., M.Rimmele., Brzostek K. and Boos W. The PHO regulon dependent Ugp uptake system for glycerol-3-phosphate in Escherichia coli is trans inhibited by Pi // J.Bacteriol.-1994.-V. 176.-P. 15-20.

44. Bufe A., Spangfort M.D., Kahlert H., Schlaak M., Becker W.M. The major birch pollen allergen, Bet vl, shows ribonuclease activity //Planta. 1996. -V.199. - P.413-415.

45. Burbulys D., Trach K.A., Hoch J.A. Initiation of sporulation in B.subtilis is controlled by a multicomponent phosphorelay //Cell 1991.-V.64.- P.545-552

46. Bycroft M., Ludvigsen S., Fersht A.R., Poulsen F.M. Determination of the three-dimensional solution structure of barnase using nuclear magnetic resonance spectroscopy //Biochemistry. 1991. - V.30. - P.8697-8701.

47. Chan F.Y. and Torriani A. PstB protein of the phosphate-specific transport system of E.coli is an ATPase. //J.Bacteriol. 1996. - V.178. - P.3974-3977

48. Chesnut R.S., Bookstein C., Hulett F.M. Separate promoters direct expression of phoAIII, a member of Bacillus subtilis alkaline phosphatase multigene family during phosphate starvation and sporulation // Mol. Microbiol. 1991. - V.5.- P.2181-2190.

49. Coward E., Drablos F. Detecting periodic patterns in biological sequences //Bioinformatics. 1998. - V.14. - P.498-507.113

50. Crary S.M., Niranjanakumari S,. Fierke C.A. The protein component of Bacillus subtilis ribonuclease P increases catalytic efficiency by enhancing interactions with the 5' leader sequence of pre-tRNAAsp //Biochemistry. 1998. - V.37. - P.9409-9416.

51. Dahn J.L., Wei B.Y., and R.J.Kadner. Protein phosphorylation affects binding of the Escherichia coli transcription activator UhpA to the uhpT promoter. //J.Biol.Chem. 1997. -V.272. - P. 1910-1919.

52. Dubnau D. Genetic competence in Bacillus subtilis II Microbiol.Rev. 1991. -V.55. - P.395-424.

53. Dutta R. and M.Inouye. Reverse phosphotranspher from OmpR to EnvZ in a kinase/phosphatase + mutant of EnvZ (EnvZ.N347D), a bifunctional signal trunsducer of Escherichia coli. II J.Biol.Chem. 1996. -V.271. - P. 1424-1429.

54. Eder S., Liu W., Hulett F.M. Mutational analysis of the phoD promoter in Bacillus subtilis: implications for PhoP binding and promoter activation of Pho regulon promoters //J.Bacteriol. 1999. - V. 181. - P.2017-2025.

55. Eder S., Shi L., Jensen K., Yamane K., Hulett F.M. A Bacillus subtilis secreted phosphodiesterase/alkaline phosphatase is the product of a Pho regulon gene, phoD //Microbiol. 1996. - V.142. - P.2041-2047.

56. Eymann C., Mach H., Harwood C.R., Hecker M. Phosphate-starvation inducible proteins in B.subtilis: a two-dimensional gel electrophoresis study //Microbiol. 1996. - V.142. - P.3163-3170.114

57. Ferrari E., Howard S., Hoch J.A. Effect of stage 0 sporulation mutations on subtilisin exspression //J.Bacteriol. 1986. - V.166. - P.173-179.

58. Fiedler U., Weiss V. A common switch in activation of the response regulators NtrC and PhoB: phosphorylation induces dimerization of the receiver modules //EMBO J.-1995.-V.15.-P.3696-3705.

59. Forinha M.A., Kropinski A.M. Construction of the broad-host-range plasmid vectors for easy visible selection and analysis of promoters //J.Bacteriol. 1990. -V.172. - P.3496-3499.

60. Foster J.W., Spector M.P. Phosphate starvation regulon of Salmonella typhimurium //J.Bacteriol. 1986. - V.166. - P.666-669.

61. Geissdorfer W, Ratajczak A., Hillen W. Transcription of ppk from Acinetobacter sp. strain ADP1, encoding a putative polyphosphate kinase, is induced by phosphate starvation //Appl.Environ.Microbiol. 1998. - V.64.-P.896-901

62. Graves M.C., Rabinovitz J.C. In vivo and in vitro transcription of the Clostridium pasteurianum ferredoxin gene. Evidence for extended promoter115elements in gram-positive organisms //J.Biol.Chem. 1986. - V.261. - P. 1140911415

63. Harlocker S.L., Bergstrom L., Inouye M. Tandem binding of six OmpR proteins to the ompF upstream regulatory sequence of Escherichia coli //J.Biol.Chem. 1995. - V.270. - P.26849-26856

64. Hartley R.W. Barnase and Barstar. Expression of its cloned inhibitor permits expression of a cloned ribonuclease //J.Mol.Biol. 1988. - V. 202. - P.913-915.

65. Hartley R.W. Directed mutagenesis and barnase-barstar recognition //Biochemistry. 1993. - V.32. - P.5978-5984.

66. Hartley RW. Barnase and Barstar. In: Ribonucleases: Structures and Functions (G. D'Alessio and T.F. Riordan., Eds.). Academic Press. 1997. - P. 51-100.

67. Hartley R.W., Barker E.A. Amino acid sequence of extracellular ribonuclease (barnase) of Bacillus amyloliquefaciens //Nature New Biology 1972. - V.235, N53. - P.15-16.

68. Hartley R.W., Smeaton J.R. On the reaction between the extracellular ribonuclease of Bacillus amyloliquefaciens (barnase) and its intracellular inhibitor (barstar) //J.Biol.Chem. 1973. - V. 248. - P.5624-5626.

69. Hartley R.W., Rushizky G.W., Greco A.E., Sober H.A. Studies on Bacillus subtilis ribonuclease. II.Molecular weight and physical homogeneity //Biochemistry. 1963. - V.2, N4. - P.794-797.

70. Harwood C.R., Cutting S.M. Molecular biological methods in B.subtilis. Chichester: John Wiley. 1990. - 317p.

71. Hatzelmann A, Tenor H., Schudt C. Differential effects of non-selective and selective phosphodiesterase inhibitors on human eosinophil functions. //J.Pharmacol. 1995. - V.114. - P.821-831.

72. Helmann J.D. Compilation and analysis of Bacillus subtilis aA-dependent promoter sequences: evidence for extended contact between RNA polymerase and upstream promoter DNA //Nucleic Acids.Res.- 1995. V.23. - P.2351-2360116

73. Henrich B., Backes H., Klein J.R., Plapp R. The promoter region of Escherichia coli pepD gene: deletion analysis and control by phosphate concentration //Mol.Gen.Genet. 1992. - V.232 - P.l 17-125.

74. Huang K., Lan C., Igo M. Phosphorylation stimulates the cooperative DNA binding properties of the transcription factor OmpR. //Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1997. - Y.94. - P.2828-2832.

75. Hulett F.M. The signal transduction network for PHO regulation in Bacillus subtilis //Mol.Microbiol. - 1996. -V.19. - P.933 - 939.

76. Hulett F.M., Bookstein C., Jensen K. Evidence for two structural genes for alkaline phosphatase in Bacillus subtilis //J.Bacteriol. 1990.-V.72.-P.735-740.

77. Hulett F.M., Jensen K. Critical roles of spoOA and spoOH in vegetative alkaline phosphatase production in Bacillus subtilis //J.Bacteriol. 1988. -V.170. - P.3765 - 3768.

78. Hulett F.M., Lee J.K., Shi L., Sun G., Chesnut R., Sharkova E., Duggan M.F., Kapp N. Sequential action of two-component genetic switches regulates thepho regulon in Bacillus subtilis //J.Bacteriol.-1994a. -V.176.-P.1348-1358

79. Jeffris G.D., Holtman W.F., Guse D. Rapid method for determining the activity of microorganisms on nucleic acids //¿Bacteriol. -1957.-V.73. P.61-79

80. Jensen K.K., Sharkova E., Duggan M.F., Qi Y., Koide A., Hoch J.A., Hulett F.M. Bacillus subtilis transcription regulator, SpoOA, decreases alkaline phosphatase levels induced by phosphate starvation //J.Bacteriol. 1993. -V.175. - P.3749 -3756.

81. Jiang W., Metcalf W.W., Lee K.S., Wanner B.L. Molecular cloning, mapping and regulation of the pho regulon genes for phosphate breakdown by the phosphosphonatase pathway of Salmonella typhimurium LT2 //J.Bacteriol. 1995.-V.177.-P.6411-6421.

82. Jones D.H., Howard B.H. A rapid method for site-specific mutagenesis and directional subcloning by using the polymerase chain reaction to generate recombinant circles. //Biotechniques. 1990. - V.8. - P.178 - 183.

83. Kapp N.V., Edwards C.W., Chesnut R.S., Hulett F.M. The B.subtilis phoAIV gene: effects of in vitro inactivation on total alkaline phosphatase production //Gene. 1990. - V.96.- P.95-100.

84. Kasahara M., Makino K., Amemura M., Nakata A., Shinagawa H. Dual regulation of the ugp operon by phosphate and carbon starvation at two interspaced promoters //J.Bacteriol. 1991. - V.173. - P.549-558.

85. Kato J., Yamamoto T., Yamada K., Ohtake H. Cloning, sequence and characterization of the polyphosphate kinase-encoding gene (ppK) of Klebsiella aerogenes //Gene. 1993. - V.137. P. 237-242.

86. Keggins K.M., Lovett P.S., Duvall E.J. Molecular cloning of genetically active fragments of Bacillus DNA in B.subtilis and properties of the vector Plasmid pUBl 10 //Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1978. - V.75, N3. - P. 1423-1427

87. Kim S.K., Makino K., Amemura M., Shinagawa H. and A.Nakata. Molecular analysis of the phoH gene, belonging to the phosphate regulon of Escherichia coli II J.Bacteriol. 1993. - V.175. - P. 1316-1324.

88. Kim S.K., Wilmes-Riesenberg M.R., Wanner B.L. Involvment of the sensor kinase EnvZ in the in vivo activation of the response-regulator PhoB by acetyl phosphate //Mol.Microbiol. 1996. - V.22. - P.135-147.

89. Lang W.K., Glassey K., Archibald A.R. Influence of phosphate supply on teichoic acid and teichuronic acid content of B.subtilis cell walls //J.Bacteriol. 1982.-V.151.-P.367-375.

90. Lee J., Hulett F.M. Nucleotide sequence of the phoP gene encoding PhoP, the response regulator of the phosphate regulon of Bacillus subtilis II Nucl. Acids Res. 1992. - V.20. - P.21.

91. Liu F., Altman S. Inhibition of viral gene expression by the catalytic RNA subunit of RNase P from Escherichia coli //Genes.Dev.-1995.-V.9 -P.471-480119

92. Liu W., Eder S., Hulett F.M. Analysis of Bacillus subtilis tagAB and tagDEF expression during phosphate starvation identifies a repressor role for PhoP~P //J.Bacteriol. 1998a. - V.180. - P.753-758.

93. Liu W., Hulett F.M. Bacillus subtilis PhoP binds to the phoB tandem promoter exclusively within the phosphate starvation-inducible promoter //J.Bacteriol. 1997. - V.179. - P.6302-6310.

94. Liu W., Hulett F.M. Comparison of PhoP binding to the tuaA promoter with PhoP binding to other PHO regulon promoters establishes a Bacillus subtilis PHO core binding site //Microbiology. 1998. - V.144. - P.1443-1450

95. Liu W., Qi Y., Hulett F.M. Sites internal to the coding regions of phoA and pstS bind PhoP and are required for full promoter activity //Mol.Microbiol. -1998b.-V.28.-P.119-130

96. Magbanua J.P., Fujisawa K., Ogawa N., Oshima Y. The homeodomain protein Pho2p binds at an A/T-rich segment flanking the binding site of the basic-helix-loop-helix protein Pho4p in the yeast PHO promoters //Yeast. -1997.-V.14.-P. 1299-1308.

97. Makino K., Amemura M., Kawamoto T., Kimura S., Shinagawa H., Nakata A. DNA binding of PhoB and its interaction with RNA polymerase. //J.Mol.Biol. 1996. - V.259. - P. 15-26.

98. Makino K., Amemura M., Kawamoto T., Kimura S., Shinagawa H., Nakata A., Suzuki M. DNA binding of PhoB and its interaction with RNA polymerase //J.Mol.Biol. 1995. -V.259. - P. 15-26.

99. Makino K., Amemura M., Kim S.K., Nakata A., Shinagawa H. Role of the sigma subunit of RNA polymerase in transcription activation by activator protein PhoB in Escherichia coli //Genes.Dev. 1993. - V.7. - P.149-160.

100. Makino K., Kim S.K., Shinagawa H., Amemura M., Nakata A. Molecular analysis of the cryptic and functional phn operons for phosphonate use in Escherichia coli K-12 //J.Bacteriol. 1991. - V. 173. -P.2665-2672.

101. Makino K., Shinagawa H., Amemura M., Nakata A. Nucleotide sequence of the phoB gene, the positive regulatory gene for the phosphate regulon of Escherichia coliK12 //J.Mol.Biol.-1986a.-V.190.-P.3 7-44.

102. Makino K., Shinagawa H., Amemura M., Nakata A. Nucleotide sequence of the phoR gene, a regulatory gene for the phosphate regulon of Escherichia coli //J.Mol.Biol. 1986b. - V.192. - P.549-556.

103. Makino K., Shinagawa H., Amemura M., Kawamoto T., Yamada M., Nakata A. Signal transduction in the phosphate regulon of Escherichia coli involves phosphotransfer between PhoR and PhoB proteins //J.Mol.Biol. -1989.-V.210. -P.551-559.

104. Makino K., Shinagawa H., Amemura M., Kimura S., Nakata A. Regulation of the phosphate regulon of Escherichia coli: activation of the pstS transcription by PhoB proetein in vitro //J.Mol.Biol. 1988. - V.203. -P.85-95

105. Makino K., Shinagawa H., Nakata A. Cloning and characterization of the alkaline phosphatase positive regulator gene (phoB) of Escherichia coli //Mol. Gen.Genet. 1982. - V. 187. - P. 181-186.

106. Makino K., Shinagawa H., Nakata A. Regulation of the phosphate regulon of Escherichia coli K12. Regulation and role of the regulatory gene phoR //J.Mol.Biol. 1985. - V.184. - P.231-240.121

107. Malvar T., Baum J.A. Tn5401 disruption of the spoOF gene, identified by direct chromosomal sequencing, results in CrylllA overproduction in

108. B.thuringiensis //J.Bacteriol. 1994. - V.176. - P.4750-4753.

109. Malvar T., Gawron-Burke C., Baum J.A. Overexpression of Bacillus .thuringiensis HknA, a histidine protein kinase homology, bypasses early Spo~ mutations that result in CrylllA overproduction //J.Bacteriol. 1994. -V.176-P.4742-4749

110. Mantis N.J., Winans S.C. The chromosomal response regulatory gene chvl of Agrobacterium tumefaciens complements an Escherichia coli phoB mutation and is required for virulence //J.Bacteriol. 1993. - V. 175. - P.6626-6636

111. Martinez-Hackert E., Stock A.M. Structural relationships in the OmpR family of winged-helix transcription factors //J.Mol.Biol. 1997. - V.269. -P.301-312

112. Mauguen Y., Hartley R.W., Dodson E.J., Dodson G.G., Bricogne G., Chothia

113. C., Jack A. Molecular structure of a new family of ribonucleases //Nature (London). 1982. - V.297. - P. 162-164.

114. McCarter L.L., Silverman M. Phosphate regulation of gene expression in Vibrioparahaemolyticus //J.Bacteriol. 1987. - V.169. - P.3441-3449.

115. McCleary W.R. The activation of PhoB by acetylphosphate //Mol.Microbiol. -1996.-V.20.-P.1155-1163

116. McCleary W.R. and J.B. Stock. Acetyl phosphate and the activation of two-component response regulators //J.Biol.Chem.-1994.-V.269.-P.31567-31572.

117. Mibus D.J., Mee B.J., McGregor K.F., Garbin C.D., Chang B.J. The identification of response regulators of Branhamella catarrhalis using PCR. //FEMS Immunol Med Microbiol. 1998. -V.22. - P.351-354.

118. Miller J.H. Experiments in molecular genetics. Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY, 1972.122

119. Minder A.C, Narberhaus F., Fischer H.M., Hennecke H. The Bradyrhizobium japonicum phoB gene is required for phosphate-limited growth but not for symbiotic nitrogen fixation. //FEMS Microbiol Lett. 1998. - V.161. - P.47-52

120. Mossakovska D.E., Nyberg K., Fersht A.R. Kinetic characterization of the recombinant ribonuclease from B.amyloliquefaciens (barnase) and investigation of key residues in catalysis by site-directed mutagenesis //Biochemistry. 1989. -V.28. -P.3843-3850.

121. Moszer, I., Glaser, P., Danchin A. SubtiList: a relational database for the Bacillus subtilis genome //Microbiology. 1995. V.141. - P.261-268.

122. Muda M., N.Rao, Torriani A. Role of PhoU in phosphate transport and alkaline phosphatase regulation//J.Bacteriol. 1992. - V.174. - P.8057-8064.

123. Nakai C., Konishi A., Komatsu Y., Inoue H., Ohtsuka E., Kanaya S. Sequence-specific cleavage of RNA by a hybrid ribonuclease H //FEBS Letters. 1994.-339.-P.67-72.

124. Nakamura,A., Koide,Y., Miyazaki,H., Kitamura,A., Masaki,H., Beppu,T., Uozumi T. Gene cloning and characterization of a novel extracellular ribonuclease of Bacillus subtilis //Eur.J.Biochem. 1992. - V.209. -P. 121-127.

125. Nakano M.M., Zuber P., Glaser P., Danchin A., Hulett F.M. Two-component regulatory proteins ResD-ResE are required for transcriptional activation of fnr upon oxygen limitation in Bacillus subtilis //J.Bacteriol. -1996. -V.178.-P.3796-3802.

126. Paddon C.J., Hartley R.W. Cloning, sequencing and transcription of inactivated copy of B.amyloliquefaciens extracellular (barnase) //Gene. 1985. -V. 40.-P.231-239.124

127. Paddon C.J., Hartley R.W. Expression of B.amyloliquefaciens extracellular ribonuclease (barnase) in Escherihia coli following an inactivating mutation //Gene. 1987. - V. 53. - P. 11-19.

128. Perego M., Glaser P., Hoch J.A. Aspartyl-phosphate phosphatases deactivate the response regulator components of the sporulation signal transduction system in Bacillus subtilis //Mol.Microbiol 1996. - V.19. -P.l 151-1157.

129. Perego M., Wu J.J., Spiegelman G.B., Hoch J.A. Mutational dissociation of the positive and negative regulatory properties of the SpoOA sporulation transcription factor of Bacillus subtilis //Gene 1991. -V.100. - P.207-212.

130. Perez-Martin J., Rojo F., DeLorenzo V. Promoters responsive to DNA bending: a common theme in prokaryotic gene expression //Microbiol.Rev. -1994. V.58. - P.268-290.

131. Piggot P.J., Moir A., Smith D.A. Advances in the genetics of Bacillus subtilis differentiation / In Levinson H.S., Sonenshein A.L., Tipper D.J. (Eds). Sporulation and germination American Society of Microbiology: Washington, D.C., 1981. - P.29 - 39.

132. Porath J., Axen R., Ernback S. Chemical coupling of proteins to agarose. //Nature. 1967. - V.215. - P. 1491-1492.125

133. Powell B.S., Rogowsky P.M., Kado C.I. VirG of Agrobacterium tumefaciens plasmid pTiC58 encodes a DNA-binding protein //Mol.Microbiol.-1989.-V.3 .-P.411-419

134. Qi Y., Hulett F.M. Role of PhoP~P in transcriptional regulation of genes involved in cell wall anionic polymer biosynthesis in Bacillus subtilis II J.Bacteriol. 1998b. - V.180. - P.4007-4010.

135. Qi Y., Kobayashi Y., Hulett F.M. The pst operon of Bacillus subtilis has a phosphate regulated promoter and is involved in phosphate transport but not in regulation of the pho regulon // J.Bacteriol. 1997. -V.179. - P.2534 - 2539

136. Rao N.N., Torriani A. Utilization by Escherichia coli of a high-molecular-weight, linear polyphosphate: roles of phosphatases and pore proteins. //J.Bacteriol. 1988. -V.170. -P.5216-5223.

137. Rao N.N., Torriani A. Molecular aspects of phosphate transport in Escherichia coli //Mol.Microbiol. 1990. -V.7. -P. 1083-1090.

138. Robbins I., Mitta G., Vichier-Guerre S., Sobol R., Ubysz A., Rayner B., Lebleu B. Selective mRNA degradation by antisense oligonucleotide-2,5A chimeras: involvement of RNase H and RNase L //Biochimie 1998. - V.80. -P.711-720

139. Rushizky G.W., Greco A.E., Hartley R.W., Sober H.A. Studies on Bacillus subtilis ribonuclease. I. Characterization of enzymatic specificity. //Biochemistry. 1963. - V.2, N4. - P.787-793.

140. Rybak S.M. Ribonuclease based therapeutics for cancer and A TPSth

141. Proceedings of the 5 Meeting on ribonucleases. 12-16 May, Warrengton, USA. 1999.-P.18.

142. Seki T., Yoshikawa H., Takahashi H., Saito H. Nucleotide sequence of the Bacillus subtilisphoR gene //J.Bacteriol. -1988.-V.170. P.5935-5938.

143. Shapiro R., Riordan J.F., Vallee B.L. Characteristic ribonucleolytic activity of human angiogenin//Biochemistry. 1986. - V.25. - P.3527-3532.

144. Shi L., Hulett F.M. The cytoplasmic kinase domain of PhoR is sufficient for the low phosphate-inducible expression of PHO regulon genes in Bacillus subtilis //Mol.Microbiol. 1999. - V.31. - P.211-222.

145. Shi L., Liu W., Hulett F.M. Decay of activated Bacillus subtilis Pho response regulator, PhoP approximately P, involves the PhoR approximately intermediate //Biochemistry. 1999. - V.38. - P.10119-10125.

146. Shulga A.A., Nurkiyanova K.M., Zakharyev V.M., Kirpichnikov M.P., K.G.Skryabin. Cloning of the gene encoding RNase binase from Bacillus intermedins //Nucl. Acids Res. 1992. - V.20. - P.23-25.128

147. Siehnel RJ, Worobec EA, Hancock RE. Regulation of components of the Pseudomonas aeruginosa phosphate-starvation-inducible regulon in Escherichia co/z //Mol. Microbiol. 1988. - V.2. - P.347-352.

148. Siew D, Zahler NH, Cassano AG, Strobel SA, Harris ME Identification of adenosine functional groups involved in substrate binding by the ribonuclease P ribozyme //Biochemistry. 1999. - V.38. - P.1873-1883.

149. Smeaton J.R.,. Eliott W.H. Isolation and properties of a specific bacterial ribonuclease inhibitor //Biochim.Biophys.Acta.- 1967. V. 145,N3. - P.547-560

150. Steed P.M., Wanner B.L. Use of rep technique for allele replacement to construct mutants with deletions of the pstSCAB-phoU operon: evidence of a new role for the PhoU protein in the phosphate regulon //J.Bacteriol. 1993. -V.175. - P.6797-6809.

151. Stock J.B., Ninfa A.J., Stock A.M. Protein phosphorylation and the regulation of adaptive responses in bacteria //Microbiol.Rev.-1989.-V.53.-P.450-490.

152. Strauch M.A., Hoch J.A. Transition-state transcription regulators: sentinels of Bacillus subtilis post-exponential gene expression //Mol.Microbiol. 1993.- V.7. P.337-342.

153. Strauch M.A., Perego M., Burbulys D., Hoch J.A. The transition state transcription regulator AbrB of Bacillus subtilis is autoregulated during vegetative growth //Mol.Microbiol. 1989. - Y.3. - P.1203-1209.

154. Strauch M.A., Webb V., Spigelman G., Hoch J.A. The SpoOA protein of Bacillus subtilis is a repressor of the abrB gene //Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1990. V.87. - P.1801-1805.

155. Summers M.L., Elkins J.G., Elliott B.A., McDermott T.R. Expression and regulation of phosphate stress inducible genes in Sinorhizobium meliloti. //Mol Plant Microb Interact. 1998. - V.l 1. - P.1094-1101.

156. Sun G., Birkey M., Hulett F.M. Three two-component signal transduction systems interact for pho regulation in Bacillus subtilis //Mol.Microbiol. -1996a. -V.19.-P.941 -948.129

157. O.Sun G., Sharkova E., Chesnut R., Birkey S., Duggan M.F., Sorokin A., Pujic P., Ehrlich S.D., Hulett F.M. Regulators of aerobic and anaerobic respiration m Bacillus subtilis //J.Bacteriol. 1996b. -V.178. - P.1374 - 1385.

158. Surin B.P., H.Rosenberg and G.B.Cox. Phosphate-specific transport system of Escherichia coli: nucleotide sequence and gene-polypeptide relationship //J.Bacteriol. 1985. - V.161. - P.189-198.

159. Suzuki M., Brenner S. Classification of multi-helical DNA-binding domain and application to predict the DBD structures of factor LysR, OmpR/PhoB, CENP-B, Rap, and XylS/Ada/AraC //FEBS Letters.-1995. -V.372.- P.215-221

160. Tatusova T.A., Madden T.L. BLAST 2 Sequences, a new tool for comparing protein and nucleotide sequences //FEMS Microbiol.Letters. -1999. -V. 174, N2. P.247-250.

161. Tommassen J., P. De Geus., B. Lugtenberg, J.Hackett, Reeves P. Regulation of the pho regulon of Escherichia coli K12. Cloning of the regulatory genes phoB and phoR and identification of their gene products //J.Mol.Biol. 1982. -V.157. - P.265-274.

162. Torriani-Gorini A. Introduction: The PHO regulon of Escherichia coli /In: Torriani-Gorini A., Yagil E. and S. Silver (eds.) Phosphate in microorganisms: cellular and molecular biology. Washington, DC: American Society for Microbiology. 1994. - P. 1-4.

163. Van Bogelen R.A., Olson E.R., Wanner B.L., Neidhardt F.C. Global analysis of proteins synthesized during phosphorus restriction in Escherichia coli. //J.Bacteriol. 1996. - V.178. - N15. - P.4344-4366.

164. Vilu R. Calculation of probability of random occurence of different types of palindromes //J.Theor.Biol. 1983. - V.102. - P.261-268130

165. Wackett L.P., Wanner B.L., Venditti C.P., Walsh C.T. Involvment of the phosphate regulon and psiD locus in the carbon-phosphorus lyase activity of Escherichia coliK12 //J.Bacteriol. 1987. - V.169 - P.1753-1756.

166. Walker M.S., DeMoss J.A. NarL-phosphate must bind to multiple upstream sites from the narG promoter of Escherichia coli //Mol.Microbiol. 1994. -V.14. - P.633-641.

167. Wang W., Bechhofer D.H. Bacillus subtilis RNase III gene cloning, function of the gene in Escherichia coli, and construction of Bacillus subtilis strains with altered rnc loci//J.Bacteriol. - 1997. -V.179. -P.7379-7385.

168. Wanner B.L., Wilmes-Riesenberg M.R. Involvment of phosphotransacetylase, acetate kinase, and acetyl phosphate synthesis in control of the phosphate regulon in Escherichia coli //J.Bacteriol.-1992.-V.174.-P.2124-2130.

169. Wanner B.L., Latterell P. Mutants affected in alkaline phosphatase expression: eviodence for multiple positive regulators of the phosphate regulon in Escherichia coli cells //Genetics. 1980. -V.96. -P.353-366.

170. Wanner B.L. Is cross regulation by phosphorylation of two-component response regulator proteins important in bacteria //J.Bacteriol. 1992. - V.174 -P.2053-2058.

171. Wanner B.L. Gene regulation by phosphate in enteric bacteria //J.Biol.Chem.1993.-V.51 .-P.47-54.

172. Wanner B.L. Molecular genetics of carbon-phosphorus bond cleavage in bacteria //Biodegradation. 1994. - V.5. - P. 175-184.

173. Watson G.M., Scanlan D.J., Mann N.H. Characterization of the genes encoding a phosphate-regulated two component sensory system in the marine131cyanobacterium Synechococcus sp. WH7803 //FEMS Microbiol Letters. 1996. - V.142. - P.105-109.

174. Wyman C., Rombel I., North A., Bustamante C., Kustu S. Oligomerization require for activity of NtrC, a bacterial enhancer binding protein //Science. -1997. -V.275. P.1658-1661.

175. Yakovlev G.I., Struminskaya N.K., Kipenskaya L.V., Znamenskaya L.V., Leshchinskaya I.B., Hartlley RW. Contribution of arginine-82 and arginine-86 to catalysis of RNases from B.intermedius //FEBS Letters. 1998. - V.428.-P.57-58

176. Yamada M., Makino K., Amemura M., Shinagawa H., Nakata A. Regulation of the phosphate regulon of E.coli: analysis of mutant phoB and phoR genes causing different phenotypes //J.Bacteriol. 1989. - V.171. - P.5601-5606

177. Yamada M., Makino K., Shinagawa H., Nakata A. Regulation of the phosphate regulon of E.coli: properties of phoR deletion mutants and subcellular localization of phoR protein //Mol.Gen.Genet. 1990. - V.220.-P.366-372.

178. Yamane K., Maruo B. Alkaline phosphatases possesing alkaline phosphodiesterase activity and other phosphodiesterases in Bacillus subtilis //J.Bacteriol. 1978. - V.134. - P.108-114.

179. Yoshida K., Ogawa N., Oshima Y. Function of PHO regulatory genes for repressible acid phosophatase synthesis in Saccharomyces cerevisiae //Mol.Gen.Genet.-1989. V.217. - P.40-46.

180. Zewe M., Rybak S.M., Dubel S., Coy J.F., Welschof M., Newton D.L., Little Cloning and cytotoxicity of a human pancreatic RNase immunofusion //Immunotechnology. 1997. -V.3. - P. 127-136.

181. Bacillus amyloliquefaciens >giI 493894|pdbI1BRN|M

182. A Bacillus amyloliquefaciens >giI 493903|pdb11BSB|B

183. A Bacillus amyloliquefaciens >gi|493906|pdbI1BSCIB

184. A Bacillus amyloliquefaciens >giI 493909|pdbI1BSD|B

185. A Bacillus amyloliquefaciens >giI 493900 IpdbI1BSA|B

186. A Bacillus amyloliquefaciens >giI 442 652|pdbI1BAN|B

187. A Chain A, Barnase Mutant With lie 88 Replaced By

188. A Bacillus amyloliquefaciens >giI 442 655|pdbI1BAO|B

189. A Bacillus amyloliquefaciens >giI 576012|pdb11BNS|B

190. A Chain A, Barnase Mutant With Leu 14 Replaced By

191. A Chain A, Barnase Mutant With He 76 Replaced By

192. A Chain A, Barnase Mutant With lie 96 Replaced By

193. A Chain A, Deletion Of A Buried Salt Bridge In Bar

194. A Chain A, Structural Response To Mutation At A Pr

195. A Chain A, Deletion Of A Buried Salt-Bridge In Bar

196. A Bacillus amyloliquefaciens >gi|576022|pdbI1BRG|B ribonuclease T2 (EC 3.1.27.1) Bacillus circul

197. A Chain A, Barnase A43cS80C DISULFIDE MUTANT >gi|1

198. A Bacillus amyloliquefaciens >gi|229427|prfI I 72194

199. A Chain A, Structural Response To Mutation At A Pr

200. A Chain A, Barnase T70cS92C DISULFIDE MUTANT >gi|1

201. A Chain A, Deletion Of A Buried Salt Bridge In Bar

202. Score = 327 bits (829), Expect = 6e-891.entities = 162/162 (100%), Positives = 162/162 (100%)1. Frame = +3

203. Query: 177 MKKISSVFTMFALIAAILFSGFIPQQAYAETPLTQTATNETATIQLTSDVHTLAVINTFD 356

204. MKKISSVFTMFALIAAILFSGFIPQQAYAETPLTQTATNETATIQLTSDVHTLAVINTFD Sbjct: 1 MKKISSVFTMFALIAAILFSGFIPQQAYAETPLTQTATNETATIQLTSDVHTLAVINTFD 60

205. Query: 357 GVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGRLPSASG 536

206. GVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGRLPSASG Sbjct: 61 GVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGRLPSASG 120

207. Query: 537 RTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

208. Score = 318 bits (807), Expect = 2e-861.entities = 158/162 (97%), Positives = 160/162 (98%)1. Frame = +3

209. Query: 177 MKKISSVFTMFALIAAILFSGFIPQQAYAETPLTQTATNETATIQLTSDVHTLAVINTFD 356

210. MKKISSVFTMFALIAAILFSGFIPQQAYAET LT TATN+TA+IQLTSDVHTLAVINTFD Sbjct: 1 MKKISSVFTMFALIAAILFSGFIPQQAYAETTLTPTATNKTASIQLTSDVHTLAVINTFD 60

211. Query: 357 GVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGRLPSASG 536

212. GVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGRLPSASG Sbjct: 61 GVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGRLPSASG 120

213. Query: 537 RTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

214. RTWREADINYVSG FRNADRLVYS SDWLIYKTTDHYATFTRIR Sbjct: 121 RTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 162pdb|1BUJ| Structure Of Binase In Solution Length = 109

215. Score = 225 bits (567), Expect = 3e-581.entities = 108/108 (100%), Positives = 108/108 (100%)1. Frame = +32uery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

216. VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 3bjct: 2 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 612uery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

217. Score = 224 bits (566), Expect = 4e-581.entities = 108/109 (99%), Positives = 108/109 (99%)1. Frame = +3

218. Query: 336 AVINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREG 515

219. AVINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREG Sbjct: 1 AVINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREG 60

220. Query: 516 RLPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

221. RLPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATF RIR Sbjct: 61 RLPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFARIR 109pdbI2RBI1A Chain A, Structure Of Binase Mutant His 101 Asngi|1942121|pdb|2RBI|B Chain B, Structure Of Binase Mutant His 101 Asn Length = 109

222. Score = 224 bits (564), Expect = 7e-581.entities = 108/109 (99%), Positives = 109/109 (99%)1. Frame = +3

223. Query: 336 AVINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREG 515

224. AVINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREG Sbjct: 1 AVINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREG 60

225. Query: 516 RLPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

226. RLPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTD+YATFTRIR Sbjct: 61 RLPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDNYATFTRIR 109pir||NRBSI ribonuclease (EC 3.1.-.-) Bacillus "intermedius" Length = 109

227. Score = 217 bits (546), Expect = 9e-561.entities = 104/109 (95%), Positives = 107/109 (97%)1. Frame = +3

228. Query: 336 AVINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREG 515

229. AVINTFDGVADYLIRYKRLP++YITKSQASALGWVASKG+LAEVAPGKSIGGDVFSNREG Sbjct: 1 AVINTFDGVADYLIRYKRLPNDYITKSQASALGWVASKGDLAEVAPGKSIGGDVFSNREG 60

230. Query: 516 RLPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

231. Score = 202 bits (508), Expect = 3e-51 Identities = 91/108 (84%), Positives = 102/108 (94%) Frame = +3

232. Query: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

233. VINTFDGVADYL+ Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ Sbjct: 3 VINTFDGVADYLLTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 62

234. Query: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662 LP+ SGRTWREADINY SGFRN+DR++YSSDWLIYKTTDHY TFT+IR

235. Sbjct: 63 LPAKSGRTWREADINYTSGFRNSDRILYSSDWLIYKTTDHYKTFTKIR 110pdb|lBSE|a Bacillus amyloliquefaciens >gi|4 93912|pdb|1BSE|B Bacillus amyloliquefaciens >giI 493913 IpdbI1BSE|C Bacillus amyloliquefaciens Length = 110

236. Score = 201 bits (505), Expect = 6e-511.entities = 92/108 (85%), Positives = 100/108 (92%)1. Frame = +32uery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

237. VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ 3bjct: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 622uery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

238. Score = 200 bits (504), Expect = 8e-511.entities = 94/112 (83%), Positives = 103/112 (91%), Gaps = 1/112 (0%)1. Frame = +3

239. Query: 327 HTLA-VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFS 503

240. HT A VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FS Sbjct: 37 HTEAQVINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFS 96

241. Query: 504 NREGRLPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

242. Score = 200 bits (504), Expect = 8e-511.entities = 94/112 (83%), Positives = 103/112 (91%), Gaps = 1/112 (0%)1. Frame = +3

243. Query: 327 HTLA-VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFS 503

244. HT A VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FS Sbjct: 45 HTEAQVINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFS 104

245. Query: 504 NREGRLPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

246. NREG+LP SGRTWREADINY SGFRN+DR++YSSDWLIYKTTDHY TFT+IR Sbjct: 105 NREGKLPGKSGRTWREADINYTSGFRNSDRILYSSDWLIYKTTDHYQTFTKIR 157giI 1439559 (U46664) barnase synthetic construct. Length = 111

247. Score = 199 bits (502), Expect = le-501.entities = 91/108 (84%), Positives = 100/108 (92%)1. Frame = +3

248. Query: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

249. VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ Sbjct: 4 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 63

250. Query: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

251. Structure At Ph 6.0 >gi11127179|pdb|1BNI|B Chain B,

252. Barnase Wildtype Structure At Ph 6.0gi11127180 Ipdb11BNI|C Chain C, Barnase Wildtype

253. Structure At Ph 6.0 >giI 1127282Ipdbl1BNRI Barnasegi|32122 68|pdb|1A2P|A Chain A, Barnase Wildtype

254. Structure At 1.5 Angstroms Resolutiongi.32122 69|pdb|1A2P|B Chain B, Barnase Wildtype

255. Structure At 1.5 Angstroms ResolutiongiI 3212270 Ipdb11A2P|C Chain C, Barnase Wildtype

256. Structure At 1.5 Angstroms ResolutiongiI 3745778 Ipdb11BV0|A Chain A, Structural Response To

257. Mutation At A Protein-Protein InterfacegiI 3745779Ipdbl1BV0IB Chain B, Structural Response To

258. Mutation At A Protein-Protein InterfacegiI 3745780Ipdbl1BV0IC Chain C, Structural Response To

259. Mutation At A Protein-Protein InterfacegiI 4139697Ipdbl1B2X|A Chain A, Barnase Wildtype

260. Structure At Ph 7.5 From A Cryocooled Crystal At 100kgiI 4139698Ipdbl1B2XIB Chain B, Barnase Wildtype

261. Structure At Ph 7.5 From A Cryocooled Crystal At 100kgiI 4139699Ipdbl1B2XIC Chain C, Barnase Wildtype

262. Structure At Ph 7.5 From A Cryocooled Crystal At 100kgi|4139778|pdb|1B27|A Chain A, Structural Response To

263. Mutation At A Protein-Protein InterfacegiI 4139779Ipdbl1B27IB Chain B, Structural Response To

264. Mutation At A Protein-Protein InterfacegiI 4139780 Ipdb|1B27|C Chain C, Structural Response To

265. Mutation At A Protein-Protein Interfacegi|4388896|pdb|1YVS| Trimeric Domain Swapped BarnasegiI 39310 IembICAA31365| (X12871) barnase Bacillusamyloliquefaciens.1.ngth = 110

266. Score = 199 bits (502), Expect = le-50 Identities = 91/108 (84%), Positives = 100/108 (92%) Frame = +32uery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

267. VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ 3bjet : 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 622uery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

268. Score = 199 bits (501), Expect = 2e-50 Identities = 90/108 (83%), Positives = 100/108 (92%) Frame = +3

269. Juery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

270. VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ 3bjct: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 62iuery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

271. Score = 199 bits (501), Expect = 2e-50 Identities = 91/108 (84%), Positives = 100/108 (92%) Frame = +32uery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

272. VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ 3bjct: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 622uery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

273. Score = 199 bits (501), Expect = 2e-50 Identities = 90/108 (83%), Positives = 100/108 (92%) Frame = +32uery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

274. VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ 3bjet: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 622uery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

275. Score = 199 bits (501), Expect = 2e-50 Identities = 90/108 (83%), Positives = 100/108 (92%) Frame = +32uery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

276. VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKS+GGD+FSNREG+ 3bjet: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSVGGDIFSNREGK 622uery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

277. Score = 198 bits (499), Expect = 3e-50 Identities = 90/108 (83%), Positives = 100/108 (92%) Frame = +3

278. Query: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

279. VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ Sbjct: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 622uery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

280. Score = 198 bits (499), Expect = 3e-50 Identities = 91/108 (84%), Positives = 99/108 (91%) Frame = +3

281. Query: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

282. VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ Sbjct: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 62

283. Query: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

284. Score = 198 bits (498), Expect = 4e-50 Identities = 90/108 (83%), Positives = 100/108 (92%) Frame = +3

285. Query: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

286. ViNTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ Sbjct: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 62

287. Query: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

288. Score = 198 bits (497), Expect = 5e-50 Identities = 90/108 (83%), Positives 99/108 (91%) Frame = +33uery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

289. VINTFDGVADYL Y +LPDNYI KS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ 3bjet: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYIAKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 622uery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

290. Score = 198 bits (497), Expect = 5e-50 Identities = 90/108 (83%), Positives = 99/108 (91%) Frame = +32uery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

291. VINTFDGVADY Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ Bbjct: 3 VINTFDGVADYAQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 622uery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

292. Score = 198 bits (497), Expect = 5e-50 Identities = 90/108 (83%), Positives = 99/108 (91%) Frame = +32uery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

293. VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ Sbjct: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 622uery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

294. Score = 198 bits (497), Expect = 5e-50 Identities = 90/108 (83%), Positives = 99/108 (91%) Frame = +3

295. Query: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

296. VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ Sbjct: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 62

297. Query: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

298. Score = 198 bits (497), Expect = 5e-50 Identities = 90/108 (83%), Positives = 100/108 (92%) Frame = +3

299. Juery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDN YI TKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

300. VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ 3bjet: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 622uery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

301. Score = 197 bits (496), Expect = 7e-50 Identities = 90/108 (83%), Positives = 99/108 (91%) Frame = +32uery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

302. VINTFDGVADYL Y +LPDNYIT S+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ Sbjct: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITASEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 622uery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

303. Score = 197 bits (496), Expect = 7e-50 Identities = 90/108 (83%), Positives = 99/108 (91%) Frame = +3

304. Juery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

305. VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ 3bjet: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 622uery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

306. Score = 197 bits (496), Expect = 7e-50 Identities = 90/108 (83%), Positives = 99/108 (91%) Frame = +32uery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

307. VINT DGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ 3bjct: 1 VINTLDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 602uery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

308. Score = 196 bits (493), Expect = 2e-49 Identities = 89/108 (82%), Positives = 100/108 (92%) Frame = +32uery: 339 VINT FDGVADYLIRYKRL PDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

309. Score = 196 bits (493), Expect = 2e-49 Identities = 89/108 (82%), Positives = 98/108 (90%) Frame = +3

310. Juery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

311. VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNL +VAPGKSIGGD+FSNREG+ sbjct: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLCDVAPGKSIGGDIFSNREGK 622uery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

312. SGRTWREADINY GFRN+DR++YSSDWLIYKTTDHY TFT+IR Sbjct: 63 LPGKSGRTWREADINYTCGFRNSDRILYSSDWLIYKTTDHYQTFTKIR 110pdb|1RNB|A Bacillus amyloliquefaciens >gi|229427|prf||721946A RNase Bacillus amyloliquefaciens. Length = 110

313. Score = 196 bits (492), Expect = 2e-49 Identities = 89/108 (82%), Positives = 100/108 (92%) Frame = +32uery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

314. VINTFDGVADYL Y +LP++YITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ Sbjct: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPNDYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 622uery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

315. Score = 196 bits (492), Expect = 2e-49 Identities = 90/108 (83%), Positives = 99/108 (91%) Frame = +32uery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLÄEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

316. VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ Sbjct: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 622uery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

317. Score = 195 bits (491), Expect = 3e-49 Identities = 89/108 (82%), Positives = 98/108 (90%) Frame = +32uery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQÄSALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

318. VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ Sbjct: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 622uery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

319. Score = 195 bits (491), Expect = 3e-491.entities = 89/108 (82%), Positives = 99/108 (91%) Frame = +3

320. Juery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

321. VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ Sbjct: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 62

322. Juery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

323. Score = 195 bits (490), Expect = 3e-49 Identities = 90/108 (83%), Positives = 98/108 (90%) Frame = +32uery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWVASKGNLAEVAPGKSIGGDVFSNREGR 518

324. VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWVASKGNLA+VAPGKSIGGD+FSNREG+ Sbjct: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGK 62

325. Juery: 519 LPSASGRTWREADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRIR 662

326. SGRTWREADINY SGFRN DR++YSSDWLIYKTTD Y TFT+IR Sbjct: 63 LPGKSGRTWREADINYTSGFRNCDRILYSSDWLIYKTTDCYQTFTKIR 110bbsI 139914 ribonuclease Bci I; RNAase Bci I Length = 36

327. Score =64.4 bits (154), Expect = 9e-10 Identities = 28/34 (82%), Positives = 31/34 (90%) Frame = +3uery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWV 440

328. VINTFDGVADYL+ Y +LPDNYITKS+A ALGWV Sbjct: 3 VINTFDGVADYLLTYHKLPDNYITKSEAQALGWV 3 6embICAA07009I (AJ006407) barnase Bacillus intermedius. Length = 38

329. Score = 62.5 bits (149), Expect = 3e-09 Identities = 28/34 (82%), Positives = 30/34 (87%) Frame = +3

330. Juery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASALGWV 440

331. VINTFDGVADYL Y +LPDNYITKS+A ALGWV Sbjct: 5 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWV 38bbs|139916 ribonuclease Bci II, RNAase Bci II {N-terminal} Bacillus, BCF 247, Peptide Partial, 43 aa. Length = 43

332. Score = 57.0 bits (135), Expect = le-071.entities = 28/35 (80%), Positives = 31/35 (88%), Gaps = 1/35 (2%) Frame = +3uery: 327 HTLA-VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASAL 431

333. HT A VINTFDGVADYL+ Y +LPDNYITKS+A AL Sbjct: 8 HTEAQVINTFDGVADYLLTYHKLPDNYITKSEAQAL 43bbs|125249 extracellular alkaline ribonuclease {N-terminal} Bacillus thuringiensis, var. subtoxicus, Peptide Partial, 25 aa. Length =25

334. Score = 55.4 bits (131), Expect = 4e-07 Identities = 25/25 (100%), Positives = 25/25 (100%) Frame = +3

335. Juery: 336 AVINTFDGVADYLIRYKRLPDNYIT 410

336. AVINTFDGVADYLIRYKRLPDNYIT Sbjct: 1 AVINTFDGVADYLIRYKRLPDNYIT 25bbsI 148781 alkaline ribonuclease, alkaline RNase {N-terminal} {EC 3.1.4.23} Bacillus subtilis, Kolyma lowland isolate, BCF 256, Peptide Partial, 24 aa. Length = 24

337. Score = 53.5 bits (126), Expect = 2e-06 Identities = 24/24 (100%), Positives = 24/24 (100%) Frame = +32uery: 336 AVINTFDGVADYLIRYKRLPDNYI 407

338. AVINTFDGVADYLIRYKRLPDNYI 3bjct: 1 AVINTFDGVADYLIRYKRLPDNYI 24bbs|179881 Bpo 11=12.608 kda ribonuclease isoform II {N-terminal} Bacillus polymyxa, 514, Peptide Partial, 32 aa. Length = 32

339. Score = 51.9 bits (122), Expect = 5e-06 Identities = 21/29 (72%), Positives = 28/29 (96%) Frame = +3

340. Juery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQAS 425

341. VINTF+GVADY+++Y RLPDN+ITK++AS 3bjct: 4 VINTFEGVADYIVKYGRLPDNFITKAEAS 32bbs|148782 alkaline ribonuclease, alkaline RNase {N-terminal} {EC 3.1.4.23} Bacillus subtilis, Kolyma lowland isolate, BCF 247, Peptide Partial, 25 aa. Length = 25

342. Score = 43.4 bits (100), Expect = 0.002 Identities = 19/23 (82%), Positives = 20/23 (86%) Frame = +3

343. Juery: 339 VINTFDGVADYLIRYKRLPDNYI 407

344. VINTFDGVADYL Y +LPDNYI Jbjct: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYI 25bbs|179882 Bpo 111=13.18 kda ribonuclease isoform III {N-terminal} Bacillus polymyxa, 514, Peptide Partial, 31 aa. Length = 31

345. Score = 42.6 bits (98), Expect = 0.003 Identities = 17/27 (62%), Positives = 23/27 (84%) Frame = +32uery: 324 VHTLAVINTFDGVADYLIRYKRLPDNY 404

346. V + VINTF+GVADY+++Y RLPDN+ >bjct: 5 VQSNEVINTFEGVADYIVKYGRLPDNF 31spIP30289|RNS3STRAU GOANYL-SPECIFIC RIBONUCLEASE SA3 PRECURSOR >gi|98876|pir||JC1287 ribonuclease Sa (EC 3.1.27.-) precursor Streptomyces aureofaciens (strain CCM3239) Length = 141

347. Score =39.1 bits (89), Expect = 0.0361.entities = 25/57 (43%), Positives = 31/57 (53%), Gaps = 2/57 (3%) Frame = +3

348. Juery: 489 GDVFSNREGRLPSASGRTWREAD-INYVSGFRNADRLVYSSDWLI-YKTTDHYATFTRI 659

349. Score = 34.8 bits (78), Expect = 0.711.entities = 21/54 (38%), Positives = 26/54 (47%), Gaps = 1/54 (1%) Frame = +3uery: 489 GDVFSNREGRLPSASGRTWREADINYVSG-FRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATF 650

350. G VF NREG LP + +E+ SGRARV +T DHY +Fibjct: 41 GTVFENREGILPDCAEGYYHEYTVKTPSGDDRGARRFVVGDGGEYFYTEDHYESF 95gi11079693 (U39202) ribonuclease St synthetic construct. Length = 102

351. Score =34.8 bits (78), Expect =0.711.entities = 21/54 (38%), Positives = 26/54 (47%), Gaps = 1/54 (1%) Frame = +3uery: 489 GDVFSNREGRLPSASGRTWREADINYVSG-FRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATF 650

352. G VF NREG LP + +E + SG RARV +T DHY +Fbjct: 42 GTVFENREGILPDCAEGYYHEYTVKTPSGDDRGARRFVVGDGGEYFYTEDHYESF 96gi|3242716 (AC003040) hypothetical protein Arabidopsis thaliana. Length = 555

353. Score = 33.2 bits (74), Expect = 2.1 Identities = 27/92 (29%), Positives = 43/92 (46%) Frame = +3luery: 153 DFLNRRMKMKKISSVFTMFALIAAILFSGFIPQQAYAETPLTQTATNETATIQLTSDVHT 332

354. D +N +K+ +1 + F +AI I + + T+ A + L+ D Ibjct: 188 DMVNMCLKLLRIQTGFVPLVAGSAIAVCAGIIKDGFQLARFTEGAED----FFLSLDCFQ 243luery: 333 LAVINTFDGVADYLIRYKRLPDNYITKSQASA 428

355. A + + VA YLI+ KR P + T SQASA Ibjct: 244 IAALG-YKSVAHYLIQTKRAPTDDTTPSQASA 274gi 1153424 (M88615) ribonuclease Streptomyces aureofaciens. Length = 163

356. Score =32.8 bits (73), Expect =2.71.entities = 22/57 (38%), Positives = 26/57 (45%), Gaps = 1/57 (1%) Frame = +3luery: 489 GDVFSNREGRLPSASGRTWRE-ADINYVSGFRNADRLVYSSDWLIYKTTDHYATFTRI 659

357. G VF NRE RLP + E + S R R+V Y + DHYATF I1.jct: 102 GVVFENRESRLPKKGNGYYHEFTVVTPGSNDRGTRRVVTGGYGEQYWSPDHYATFQEI 159gi13243108 (AF034976) T7-like RNA polymerase Pilayella littoralis. Length = 824

358. Score = 31.3. bits (69), Expect = 8.11.entities = 18/67 (26%), Positives = 35/67 (51%), Gaps = 1/67 (1%) Frame = +1luery: 4 87 VEMFSLTG-RDVFLQQAAEHGVRQISTTSLASEMLTASCIQVTGSFTKQQTIMQLSHVFD 663

359. FSL +D+F+ + + T+ L +TAS +Q+ G T+ ++++ VFD bjct: 478 IDDFSLHALKDIFINEGGQ-------TSQLIGLDVTASGLQIMGLITRCTKALEMTQVFD 530luery: 664 NQSKNSPI 687 NS +bjct: 531 QNETNSAV 538

360. Database: Non-redundant GenBank CDS translations+PDB+SwissProt+SPupdate+PIR

361. I I I I I I I I I I I I I I I Jbjct: 7571 cttccgaaatgctgac 7586emb1X92868|BS233DEG B.subtilis 23.9kb fragment from map position 233 degrees on the chromosome

362. Score =32.2 bits (16), Expect =1.4 Identities = 16/16 (100%) Strand = Plus / Plusuery: 575 cttccgaaatgctgac 590

363. I I II I I I I I I I I I I I I Jbjct: 21452 cttccgaaatgctgac 21467emb|Z99106IBSUB0003 Bacillus subtilis complete genome (section 3 of 21): from 402751 to 6118501.ngth = 209100

364. Score =32.2 bits (16), Expect =1.4 Identities = 16/16 (100%) Strand = Plus / Minusuery: 212 tctgatcgctgctatt 227

365. I I I II I I I I I I I I I I !bjct: 3975 tctgatcgctgctatt 3960emb|Z99123|BSUB0020 Bacillus subtilis complete genome (section 20 of 21): from 3798401 t 40105501.ngth = 212150

366. Score =32.2 bits (16), Expect = 1.4 Identities = 19/20 (95%) Strand = Plus / Minus2uery: 674 aaaacagccccatttgacgt 693

367. I I I I I II I I I I I I I I I I I >bjct: 64867 aaaaccgccccatttgacgt 64848

368. Database: Non-redundant GenBank+EMBL+DDBJ+PDB sequences

369. VINTFDGVADYL Y +LPDNYI >b jct: 3 VINTFDGVADYLQTYHKLPDNYI 25pir| |A26874 cellulase (EC 3.2.1.4) precursor Bacillus subtilis (strain DLG) >gi1143008 (M16185) endo-beta-1,4-glucanase Bacillus subtilis. Length = 508

370. Score = 29.7 bits (65), Expect = 0.79 Identities = 18/55 (32%), Positives = 26/55 (46%) Frame = +3uery: 165 RRMKMKKISSVFTMFALIAAILFSGFIPQQAYAETPLTQTATNETATIQLTSDVH 329

371. R MK+ S+F LIA + G+PAA TAN +1+ T V+ 3b j ct: 6 KRSDMKRSISIFITCLLIAVLTMGGLLPSPASAAGTKTPVAKNGQLSIKGTQLVN 60sp|P07983|GUN1BACSU ENDOGLUCANASE PRECURSOR (ENDO-1,4-BETA-GLUCANASE) (CELLULASE) Length = 4 99

372. Score = 27,8 bits (60), Expect =3.1 Identities = 17/51 (33%), Positives = 24/51 (46%) Frame = +3

373. Juery: 177 MKKISSVFTMFALIAAILFSGFIPQQAYAETPLTQTATNETATIQLTSDVH 329

374. MK+ S+F LIA + G+PAA TAN +1+ T V+ 3bj ct: 1 MKRSISIFITCLLIAVLTMGGLLPSPASAAGTKTPVAKNGQLSIKGTQLVN 51

375. Database: Non-redundant GenBank CDS translations+PDB+SwissProt+SPupdate+PIR

376. Posted date: Sep 2, 1999 2:50 PM Number of letters in database: 124,895,471 Number of sequences in database: 407,989jambda 0.3181. K H0135 0.4011. Sappedjambda K H0270 0.0470 0.2304atrix: BLOSUM62

377. Sap Penalties: Existence: 11, Extension: 1

378. Cumber of Hits to DB: 1804369

379. Cumber of Sequences: 407989

380. Cumber of extensions: 33457slumber of successful extensions: 89

381. Cumber of sequences better than 10.0: 8

382. Cumber of HSP's better than 10.0 without gapping: 4

383. Cumber of HSP's successfully gapped in prelim test: 0

384. Cumber of HSP's that attempted gapping in prelim test: 85